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Matriz de covariância fenotípica e genotípica
by Euriann Yamamoto 03 Set '15

03 Set '15

Bom dia, o R gera matriz de covariância genotípica e fenotípica e dados de análise de variância multivariada? Algum material que possua a rotina pra isso? Obrigada Euriann YamamotoDoutoranda em AgronomiaUniversidade Federal da Grande Dourados(67) 9910-6787

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Exibição de matriz de correlação dada uma condição
by ASANTOS 03 Set '15

03 Set '15

Prezados listeiros, No meu CRM abaixo tenho uma matriz de correlação com o valor de p na diagonal superior o e valor r de Pearson da diagonal inferior, no entanto eu gostaria de exibir uma matriz de correlação apenas com os p valores maiores ou igual 0.05 e r maior ou igual a 0.08 isso é possível? Segue CRM: require(Hmisc)## Pacote #Variáveis artificiais var1<-sort(rnorm(500,1), decreasing = TRUE) var2<-rnorm(500,10) var3<-sort(rnorm(500,22)) var4<-sort(rnorm(500,10)) var5<-sort(rnorm(500,0.5), decreasing = TRUE) var6<-sort(rnorm(500,25), decreasing = TRUE) var7<-rnorm(500,10) dados<-cbind(var1,var2,var3,var4,var5,var6,var7) #Função que dispõem p valor na diagonal superior e r valor na inferior pn <- function(X){crossprod(!is.na(X))} cor.prob <- function(X){ pair.SampSize <- pn(X) above1 <- row(pair.SampSize) < col(pair.SampSize) pair.df <- pair.SampSize[above1] - 2 R <- cor(X, use="pair") above2 <- row(R) < col(R) r2 <- R[above2]^2 Fstat <- (r2 * pair.df)/(1 - r2) R[above2] <- 1 - pf(Fstat, 1, pair.df) R } #Resultado da matriz cor.prob(dados) # -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Como extrair dados PNAD
by Thaís Brenda Martins 02 Set '15

02 Set '15

Boa tarde pessoal, Estou tentando extrair estas variáveis do banco de dados PNAD 2013: Variável Posição Inicial Tamanho Descrição V7122 121 12 Rendimento mensal em dinheiro que recebia normalmente no mês de referência no(s) trabalho(s) da semana de referência V9532 327 12 Rendimento mensal em dinheiro que recebia normalmente, no mês de referência, no trabalho principal da semana de referência V9982 426 12 Rendimento mensal em dinheiro que recebia normalmente, no mês de referência, nesse trabalho secundário V1022 457 12 Rendimento mensal em dinheiro que recebia normalmente, no mês de referência, no(s) outro(s) trabalho(s) da semana de referência V9122 516 1 Era aposentado de instituto de previdência federal (INSS), estadual ou municipal ou do governo federal na semana de referência V1251 519 2 Código 01 - recebia normalmente rendimento de aposentadoria de instituto de previdência ou do governo federal, no mês de referência V1252 521 12 Rendimento de aposentadoria de instituto de previdência ou do governo federal que recebia, normalmente, no mês de referência V1257 547 2 Código 03 - recebia normalmente rendimento de outro tipo de aposentadoria, no mês de referência Já tentei rodar o próprio pacote do IBGE o IBGEPesq, mas não funciona. Já tentei com outros códigos e não consegui. Alguém que trabalhe com PNAD pode me ajudar? Abraços. Att.,Thaís Brenda Martins

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Existe algum pacote que ajude na tabulação de dados?
by thiago franklin 02 Set '15

02 Set '15

Gostaria de saber se existir algum pacote que ajude na tabulação de dados diretamente no R.

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Uso da função sort()
by Michelle Bau Graczyk 02 Set '15

02 Set '15

Boa noite, Eu preciso ordenar uma tabela de dados na forma crescente de datas. Na coluna 1 eu tenho as datas e nas outras 400 colunas eu tenho números correspondente a valores de venda de um certo produto. O problema é que quando eu aplico o sort() na coluna de datas, ele só ordena a mesma. Para ser mais clara, ela não leva junto a linha de dados com as outros 400 valores para a nova posição. Por favor, Vocês sabem me dizer como eu posso arrumar isto? Muito obrigada, Michelle

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juntar base de dados
by joão Rodrigo Castro 02 Set '15

02 Set '15

Bom dia listeiros, Estou com um problema ao juntar duas bases de dados, sendo que já tentei o merge e não ficou bom (encontrei uma solução na lista, em uma postagem de fevereiro deste ano, e também não deu certo). Tenho dados de uma estação meteorológica e dados estimados. Preciso juntar os dados estimados com os dados observados, ou seja, para o mesmo dia e ano eu preciso dos fatores "Tmax" e "Tmin" (arquivo "dados") e de "Rad". A dimensão dos arquivos é diferentes pois há dias em que os dados não foram registrados na estação. Segue parte dos arquivos. dados = read.table("CANG_NASA.txt", dec=".", h=T ,col.names = c( "ano", "jday","Rad","Tmax", "Tmin","prec","vento","td","t2m","rh2m")) > dados1 = read.table("diario_original_CANG.dat", dec=".", h=T ,col.names = c( "ano", "mes","jday","Rad","Tmax", "Tmin","stopo","trans","dt")) > > head(dados) ano jday Rad Tmax Tmin prec vento td t2m rh2m 1 2008 1 24.9 20.7 19.2 0.0 8.5 17.8 20.0 87.3 2 2008 2 22.2 21.6 20.8 0.0 8.3 19.1 21.2 87.5 3 2008 3 31.2 22.0 21.2 0.0 7.4 20.1 21.6 91.7 4 2008 4 29.6 22.3 21.7 0.2 7.0 20.3 22.1 89.6 5 2008 5 18.4 22.7 22.1 7.9 8.0 21.0 22.3 92.7 6 2008 6 9.1 22.3 21.9 32.9 11.5 21.3 22.1 95.4 > head(dados1) ano mes jday Rad Tmax Tmin stopo trans dt 1 2008 1 1 32.731 32.2 19.2 44.054 0.743 13.0 2 2008 1 2 30.269 30.7 19.6 44.024 0.688 11.1 3 2008 1 3 23.485 32.0 20.1 43.991 0.534 11.9 4 2008 1 4 21.110 26.5 19.6 43.954 0.480 6.9 5 2008 1 5 26.837 27.3 18.1 43.915 0.611 9.2 6 2008 1 6 26.766 26.5 17.4 43.873 0.610 9.1 > dim(dados) [1] 2557 10 > dim(dados1) [1] 1911 9 Obrigado. -- João Rodrigo de Castro Programa de Pós-Graduação em Meteorologia Bolsista Laboratório de Agrometeorologia - Embrapa Clima Temperado Universidade Federal de Pelotas

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Otimização de parametros
by Leonardo Monteiro 02 Set '15

02 Set '15

Boa noite, Tenho a seguinte cjto de dados: x<- c(0, 1,2.1,3,5,5.2,5.5,6,5.8, 5.6, 5.4, 4.9, 4.8, 4.2, 3.3, 2.7, 2.3, 1.8, 0.5) e quero ajustar uma função y = ax^2+bx +c, como faço para achar os parametros a,b e c, para que o erro seja minimizado? obrigado, Leonardo

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Sobre lista de pacotes para formatação
by Franklin Januario da Silva 01 Set '15

01 Set '15

Bom dia, Eu recomendaria fazer um backup da pasta de instalação do R, a menos que você creia haver alguma corrupção em seus arquivos. Depois de reinstalado é só substituir as pastas originais pelas do backup e você não teria que fazer nem lista nem baixar tudo novamente. Att. -----Mensagem original----- De: R-br [mailto:r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br] Em nome de r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Enviada em: sábado, 29 de agosto de 2015 12:00 Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Assunto: Digest R-br, volume 56, assunto 28 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a formatação (Fernando Antonio de souza) 2. conversão caracter para formato hora (Heloíse Pavanato) 3. Re: Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a formatação (Marcus Nunes) 4. Re: Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a formatação (Fernando Antonio de souza) 5. Re: duvida em if else (Cesar Rabak) 6. Re: Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a formatação (Walmes Zeviani) 7. Re: ANOVA via bootstrap não-paramétrico (Cesar Rabak) 8. Re: Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a formatação (Cesar Rabak) 9. Re: Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a formatação (Paulo Justiniano) 10. Re: ANOVA via bootstrap não-paramétrico (Euriann Yamamoto) 11. Re: Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a formatação (Fernando Mayer) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Fri, 28 Aug 2015 12:20:55 -0300 From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza(a)gmail.com> To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a formatação Message-ID: <CAFrWFs=RG9p2Td_CdSeSBQpFmYA7v9agrKuBiHVRJPKCf6OM0w(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Caros colegas. Preciso formatar meu computador. Eu utilizo Ubuntu 14.04, eu gostaria de salvar uma lista com os pacotes instalados para que eu possa repor após a formatação de forma automática. Há uma forma de fazer isso, ou terei de fazer de maneira automática? Qual a melhor forma de resolver Att -- ======================================================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção Animal e-mail:nandodesouza@gmail.com https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ======================================================================== -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150828/8d87cffe/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Fri, 28 Aug 2015 12:45:58 -0300 From: Heloíse Pavanato <helopavanato(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] conversão caracter para formato hora Message-ID: <CAPw23dGUaUO3xfH8nK7KnWAT27-_jDLUWaSAO-wVR0O3mfPNog(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Cara lista, Tenho uma dúvida quanto a conversão de um vetor (importado por read.table) com caracteres em formato de hora (H:M:S). Por exemplo, este vetor: hora <- c('10:57:41', '11:04:41', '11:04:41', '11:05:56') Agradeço qualquer ajuda. Heloise -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150828/07f01429/atta…> ------------------------------ Message: 3 Date: Fri, 28 Aug 2015 13:24:37 -0300 From: Marcus Nunes <marcus.nunes(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a formatação Message-ID: <CA+QGQvtj7ho3=DC2g3rvQdrSzMbuM_EGYJR2fLg7gFaqWdzZxw(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Não sei se é a melhor forma de resolver, mas o que eu faço nestes casos é o seguinte: 1- Entre no R e digite .libPaths() [1] "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library" Estes são os locais onde teus pacotes estão instalados 2- No terminal, rode ls /usr/lib64/R/library > pacotes.txt Com isto, um arquivo chamado pacotes.txt vai ser criado, com todos os pacotes instalados na tua versão do R. Verifique se não falta nada. 3- Formate o computador e instale o R 4- Entre no R da nova instalação do Ubuntu, leia o arquivo pacotes.txt nele e instale os pacotes contidos nele: pacotes <- read.table(file="pacotes.txt") install.packages(pacotes) 5- Se houverem pacotes do Bioconductor, será necessário instalá-los também 2015-08-28 12:20 GMT-03:00 Fernando Antonio de souza <nandodesouza(a)gmail.com >: > Caros colegas. > > Preciso formatar meu computador. Eu utilizo Ubuntu 14.04, eu gostaria > de salvar uma lista com os pacotes instalados para que eu possa repor > após a formatação de forma automática. Há uma forma de fazer isso, ou > terei de fazer de maneira automática? > Qual a melhor forma de resolver > > Att > > -- > ====================================================================== > = > Fernando Souza > Zootecnista, DSc. Produção Animal > e-mail:nandodesouza@gmail.com > https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ > ====================================================================== > == > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -- Marcus Nunes http://marcusnunes.me/ -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150828/36979554/atta…> ------------------------------ Message: 4 Date: Fri, 28 Aug 2015 14:12:36 -0300 From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza(a)gmail.com> To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a formatação Message-ID: <CAFrWFsmD8HCd+UJT+Tf9i-F2y_yZ9+otgmtg1SfTFN9yWdeF9A(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Obrigado Marcus! Em 28 de agosto de 2015 13:24, Marcus Nunes <marcus.nunes(a)gmail.com> escreveu: > Não sei se é a melhor forma de resolver, mas o que eu faço nestes > casos é o seguinte: > > 1- Entre no R e digite > > .libPaths() > [1] "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library" > > Estes são os locais onde teus pacotes estão instalados > > 2- No terminal, rode > > ls /usr/lib64/R/library > pacotes.txt > > Com isto, um arquivo chamado pacotes.txt vai ser criado, com todos os > pacotes instalados na tua versão do R. Verifique se não falta nada. > > 3- Formate o computador e instale o R > > 4- Entre no R da nova instalação do Ubuntu, leia o arquivo pacotes.txt > nele e instale os pacotes contidos nele: > > pacotes <- read.table(file="pacotes.txt") > install.packages(pacotes) > > 5- Se houverem pacotes do Bioconductor, será necessário instalá-los > também > > > > > > 2015-08-28 12:20 GMT-03:00 Fernando Antonio de souza < > nandodesouza(a)gmail.com>: > >> Caros colegas. >> >> Preciso formatar meu computador. Eu utilizo Ubuntu 14.04, eu gostaria >> de salvar uma lista com os pacotes instalados para que eu possa repor >> após a formatação de forma automática. Há uma forma de fazer isso, ou >> terei de fazer de maneira automática? >> Qual a melhor forma de resolver >> >> Att >> >> -- >> ===================================================================== >> == >> Fernando Souza >> Zootecnista, DSc. Produção Animal >> e-mail:nandodesouza@gmail.com >> https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ >> ===================================================================== >> === >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> > > > > -- > Marcus Nunes > http://marcusnunes.me/ > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -- ======================================================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção Animal e-mail:nandodesouza@gmail.com https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ======================================================================== -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150828/2f303a80/atta…> ------------------------------ Message: 5 Date: Fri, 28 Aug 2015 14:25:09 -0300 From: Cesar Rabak <cesar.rabak(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] duvida em if else Message-ID: <CAKrF98k-vUkiYkntY20hjR05LrRnL9zPGLwrsTEhYoet_fumWA(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Leonardo, Eu já toquei nesse assunto em resposta a outra questão parecida com essa sua, por isso serei mais breve. A linguagem R é por excelência uma linguagem voltada para o tratamento de dados em grupos que *grosso modo* podemos denominar de "matriciais". Por a maioria das "coisas" que se pode fazer em R são "automagicamente" feitas em vetores ou matrizes de dados. Como um exemplo "bobinho" veja: > 1:10 + 0.07 [1] 1,07 2,07 3,07 4,07 5,07 6,07 7,07 8,07 9,07 10,07 Se você quiser pensar de maneira procedural você *poderia* (mas IMNSHO *não deve*) fazer: > for (i in 1:10) print(i + 0.07) [1] 1,07 [1] 2,07 [1] 3,07 [1] 4,07 [1] 5,07 [1] 6,07 [1] 7,07 [1] 8,07 [1] 9,07 [1] 10,07 Então vejamos: Seu teste if(x < 4) retorna o vetor > x < 4 [1] TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE Mas você está tentando resolver um teste encima de um objeto com dez elementos e faz um único teste. . . Veja que no seu caso seu depoimento "porem isso nao esta funcionando." não está correto de todo, pois o R lhe indica com clareza qual é o problema: > if(x < 4) {print ("a")} else {print ("b")} [1] "a" Mensagens de aviso perdidas: In if (1:10 < 4) {: a condição tem comprimento > 1 e somente o primeiro elemento será usado Aliás, o seu código no exemplo acima do "if" tem erro de sintaxe, que talvez esteja mascarando a mensagem de erro: > if(x < 4) {print ("a")} else {"print ("b)} Erro: símbolo inesperado in "if(x < 4) {print ("a")} else {"print ("b" Portanto, entenda que para um programador do R a forma mais clara no script é a natural da linguagem, como mostrou a Fátima. Como curiosidade, veja como mesmo o ifelse poderia ser removido, se você quisesse fazer algo mais "críptico" (que aí eu considero exagero no malabarismo do uso dos recursos da linguagem, mas vez por outra eu me deparo em código escrito até pelos mantenedores do corpo de pacotes do R): > c("a","b")[(x < 4) + 1] [1] "b" "b" "b" "a" "a" "a" "a" "a" "a" "a" HTH -- Cesar Rabak 2015-08-23 23:27 GMT-03:00 Leonardo Monteiro <monteiroleonardo6(a)gmail.com>: > Prezados, eu sei que existem outras maneiras (funcoes, tipo ifelse) de > se fazer isso, porem eu gostaria de fazer pelo if else , pq fica mais > claro no meu script. > > > bom.. eu venho tentando aplicar a condicao em um vetor, por exemplo > > x<- 1:10 > if(x < 4) {print ("a")} else {"print ("b)} > > porem isso nao esta funcionando. > > Há algum outra maneira de aplicar a funcao if else para teste e/ou > avaliacao dos dados de um vetor? > > > obrigado, > > Leonardo. > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150828/d07f7b76/atta…> ------------------------------ Message: 6 Date: Fri, 28 Aug 2015 14:31:12 -0300 From: Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com> To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a formatação Message-ID: <CAFU=EkZb1AGJRm1AemWQ3Lp_XnOchcx8LDmBvd+9NSH9wdRDpQ(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Eu nunca fiz mas segundo o que eu ouvi, você pode pegar o conteúdo dos diretórios retornados por .libPath(), salvar num pendrive, formatar e instalar o novo sistema, instalar o R, e devolver no lugar que tudo vai funcionar. Para o futuro, você pode instalar o Ubuntu numa partição e deixar a sua /home em outra, para poder formatar sem perder os dados. Na sua /home você cria um diretório no qual a partir de então vai instalar os pacotes do R (install.packages("pacote", lib="/home/eu/pacotesdoR")). Dessa forma, ao formatar, todos os pacotes serão mantidos. À disposição. Walmes. ? -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150828/f9045ca7/atta…> ------------------------------ Message: 7 Date: Fri, 28 Aug 2015 14:36:54 -0300 From: Cesar Rabak <cesar.rabak(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] ANOVA via bootstrap não-paramétrico Message-ID: <CAKrF98=9HEL1H4e=dxRCUtTTTa5Yovfea3ptC4wkxMFrGEKCuw(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Euriann, Bem vinda à lista R-Br! Embora eu saiba que em Estatística a gente acaba com nomes que parecem, á primeira vista, tão malucos como "bicicleta de uma roda só", achei interessante essa descrição "Análise de Variância via bootstrap não paramétrico". . .?. Uma primeira indicação é que você vá a https://cran.r-project.org/web/views/ e procure dentro das "tasks" aquelas que possuam os métodos que você necessita. Outra opção de busca é o site http://rseek.org/ que lhe permitirá buscar diretamente esse tipo de análise. HTH -- Cesar Rabak 2015-08-27 10:14 GMT-03:00 Euriann Yamamoto <euriann(a)outlook.com>: > Bom dia. Meu nome é Euriann e uso a versão 0.98.1028 do RStudio. > > Estamos trabalhando com adaptabilidade e estabilidade utilizando um > índice de seleção de distância para o ideótipo. Entretanto preciso > gerar uma análise de variância via bootstrap não-paramétrico. Comecei > a trabalhar com o R tem pouco tempo. Alguém poderia me ajudar a como > fazer essa análise pelo R? Ou sugerir algum material para estudo? > > Obrigada > > > *Euriann Yamamoto* > *Doutoranda em Agronomia* > *Universidade Federal da Grande Dourados* > > > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150828/4d94523f/atta…> ------------------------------ Message: 8 Date: Fri, 28 Aug 2015 14:45:40 -0300 From: Cesar Rabak <cesar.rabak(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a formatação Message-ID: <CAKrF98kjAnCoSqw6C1ts8n8d4bjf9NwV3sFeuKJ=Lgh0SjmCVQ(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Apenas como sugestão adicional, vejam este blog do Tal Galili, que parece ficou tão fissurado com esse tema de (re-)instalação de pacotes no R que até criou um para facilitar esse trabalho (o installr [mas não me lembro se a versão atual já funciona em "sabores" do Linux]) http://www.r-bloggers.com/automated-re-install-of-packages-for-r-3-0/ A lição mais importante, IMHO, é que existe um comando especialmente para saber quais são os pacotes instalados! Como se isso surpreenderia alguém que usa o R ? HTH -- Cesar Rabak 2015-08-28 14:31 GMT-03:00 Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com>: > Eu nunca fiz mas segundo o que eu ouvi, você pode pegar o conteúdo dos > diretórios retornados por .libPath(), salvar num pendrive, formatar e > instalar o novo sistema, instalar o R, e devolver no lugar que tudo > vai funcionar. Para o futuro, você pode instalar o Ubuntu numa > partição e deixar a sua /home em outra, para poder formatar sem perder > os dados. Na sua /home você cria um diretório no qual a partir de > então vai instalar os pacotes do R (install.packages("pacote", > lib="/home/eu/pacotesdoR")). Dessa forma, ao formatar, todos os pacotes serão mantidos. > > À disposição. > Walmes. > ? > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150828/ced95361/atta…> ------------------------------ Message: 9 Date: Fri, 28 Aug 2015 15:36:55 -0300 (BRT) From: Paulo Justiniano <paulojus(a)leg.ufpr.br> To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a formatação Message-ID: <alpine.DEB.2.00.1508281535350.14896(a)pataxo.est.ufpr.br> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed" pac <- packageStatus() names(pac) terá uma dista com istalados e dispobíveis exporte em um arquivo e depois leir e passe o vetor dos instalados para o install.packages() On Fri, 28 Aug 2015, Fernando Antonio de souza wrote: > Caros colegas. > > Preciso formatar meu computador. Eu utilizo Ubuntu 14.04, eu gostaria de salvar uma > lista com os pacotes instalados para que eu possa repor após a formatação de forma > automática. Há uma forma de fazer isso, ou terei de fazer de maneira automática? > Qual a melhor forma de resolver > > Att > > -- > ======================================================================= > Fernando Souza > Zootecnista, DSc. Produção Animal > e-mail:nandodesouza@gmail.com > https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ > ======================================================================== > > ------------------------------ Message: 10 Date: Fri, 28 Aug 2015 18:41:27 +0000 From: Euriann Yamamoto <euriann(a)outlook.com> To: Dúvidas R <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] ANOVA via bootstrap não-paramétrico Message-ID: <COL128-W34295A7F42963CC461585BB66E0(a)phx.gbl> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Obrigada. Vou conferir! Euriann YamamotoDoutoranda em AgronomiaUniversidade Federal da Grande Dourados(67) 9910-6787 Date: Fri, 28 Aug 2015 14:36:54 -0300 From: cesar.rabak(a)gmail.com To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] ANOVA via bootstrap não-paramétrico Euriann, Bem vinda à lista R-Br! Embora eu saiba que em Estatística a gente acaba com nomes que parecem, á primeira vista, tão malucos como "bicicleta de uma roda só", achei interessante essa descrição "Análise de Variância via bootstrap não paramétrico". . .?. Uma primeira indicação é que você vá a https://cran.r-project.org/web/views/ e procure dentro das "tasks" aquelas que possuam os métodos que você necessita. Outra opção de busca é o site http://rseek.org/ que lhe permitirá buscar diretamente esse tipo de análise. HTH--Cesar Rabak 2015-08-27 10:14 GMT-03:00 Euriann Yamamoto <euriann(a)outlook.com>: Bom dia. Meu nome é Euriann e uso a versão 0.98.1028 do RStudio. Estamos trabalhando com adaptabilidade e estabilidade utilizando um índice de seleção de distância para o ideótipo. Entretanto preciso gerar uma análise de variância via bootstrap não-paramétrico. Comecei a trabalhar com o R tem pouco tempo. Alguém poderia me ajudar a como fazer essa análise pelo R? Ou sugerir algum material para estudo? Obrigada Euriann YamamotoDoutoranda em AgronomiaUniversidade Federal da Grande Dourados _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne?a c?digo m?nimo reproduz?vel. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150828/0d3e972e/atta…> ------------------------------ Message: 11 Date: Fri, 28 Aug 2015 22:42:56 -0300 From: Fernando Mayer <fernandomayer(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a formatação Message-ID: <CAO4bAdOu9RMX90es0YkeaXWvEzhXDBQF9hKp2h-UFvDcoiXFJg(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Para uma solução mais permanente, crie um diretório onde vc tem permissão de escrita, por exemplo em /home/fernando/R/library Ainda no seu HOME, crie um arquivo .Renviron (/home/fernando/.Renviron) com a seguinte variável de ambiente: R_LIBS=~/R/library Salve esse arquivo e reinicie uma sessão do R. Agora seu .libPaths() deve ser algo como .libPaths() [1] "/home/fernando/R/library" "/usr/local/lib64/R/library" O importante é que sua biblioteca particular é a primeira dessa lista. Agora qualquer pacote que vc instalar, tanto com install.packages() ou devtools::install_git() por exemplo, será instalado nessa biblioteca por padrão. Quando vc for formatar seu computador basta salvar esse diretório, e na nova instalação colocar ele no mesmo lugar e não esquecer de criar o ~/.Rprofile. Dessa forma tudo funcionará como antes. Esse procedimento também é válido para quando vc atualizar a versão do R. Se o seu .Rprofile estiver presente, a nova versão já ira carregar os pacotes desse local, sem a necessidade de fazer qualquer configuração adicional, e sem ter que reinstalar tudo novamente. Para mais detalhes de instalação e gerenciamento de pacotes no R, veja: http://git.leg.ufpr.br/fernandomayer/R-pacotes-rautu/blob/master/R_gerencia… --- Fernando de Pol Mayer Laboratório de Estatística e Geoinformação - LEG Departamento de Estatística - DEST Universidade Federal do Paraná - UFPR URL: http://www.leg.ufpr.br/~fernandomayer e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, ufpr.br} 2015-08-28 15:36 GMT-03:00 Paulo Justiniano <paulojus(a)leg.ufpr.br>: > pac <- packageStatus() > names(pac) > > terá uma dista com istalados e dispobíveis > > exporte em um arquivo e depois leir e passe o vetor dos instalados para o > install.packages() > > > > On Fri, 28 Aug 2015, Fernando Antonio de souza wrote: > > Caros colegas. >> >> Preciso formatar meu computador. Eu utilizo Ubuntu 14.04, eu gostaria de >> salvar uma >> lista com os pacotes instalados para que eu possa repor após a formatação >> de forma >> automática. Há uma forma de fazer isso, ou terei de fazer de maneira >> automática? >> Qual a melhor forma de resolver >> >> Att >> >> -- >> ======================================================================= >> Fernando Souza >> Zootecnista, DSc. Produção Animal >> e-mail:nandodesouza@gmail.com >> https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ >> ======================================================================== >> >> > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150828/426c1485/atta…> ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 56, assunto 28 ***************************************** [http://www.cerradinho.com/CBio.png] Franklin Januario da Silva Agricola 64 3634-2806 64 9979-0608 cerradinho.com.br<http://www.cerradinho.com.br>

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Correção entre os PCAs obtidos e os Ys
by Andre Oliveira 31 Ago '15

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Prezad@s boa noite,existe um pacote que faz a matriz de correção entre os PCAs obtidos e os Ys? Estou fazendo na mão e gostaria de fazer de forma simples para uma apresentação com R. # CMRdata(mtcars) resultado<-prcomp(mtcars,scale=T,center = TRUE) summary(resultado) resultado$x André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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Rcmdr - não abre janela por problema leitura RcmdrMisc
by Ederson Civardi 31 Ago '15

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Bom dia a todos. Estou tentando abrir o Rcmdr no R version 3.2.2 (2015-08-14), Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) com o Windows 10. Porém ocorre esse erro abaixo. Alguém saberia me dizer o que devo fazer para solucionar o problema? Desde já agradeço. Ederson > require(Rcmdr) Carregando pacotes exigidos: Rcmdr Carregando pacotes exigidos: splines Carregando pacotes exigidos: RcmdrMisc Carregando pacotes exigidos: car Carregando pacotes exigidos: sandwich Error in get(Info[i, 1], envir = env) : não foi possível abrir o arquivo 'C:/Users/Ederson/Documents/R/win-library/3.2/rpart/R/rpart.rdb': No such file or directory Failed with error: ‘package ‘RcmdrMisc’ could not be loaded’

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