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Matriz distâncias rodoviárias
by Raphael Saldanha 12 Ago '16

12 Ago '16

Prezados, Para estimar um determinado modelo, estou precisando de uma matriz de distâncias rodoviárias entre os municípios brasileiros. Uma postagem <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-OT-Distancias-entre-municipios-td396…> de 2011 tratou deste assunto, mas gostaria de saber se houve algum avanço na área. Att, Raphael Saldanha UFJF

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Rpubs ERROR
by Andre Oliveira 11 Ago '16

11 Ago '16

boa noite,quando tento publicar no RPubs ocorre este aviso! Alguém saberia dizer o motivo deste erro? Error in function (type, msg, asError = TRUE) : <not set> Calls: <Anonymous> ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous> Execução interrompida André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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ISO8601 time duration
by Raphael Saldanha 11 Ago '16

11 Ago '16

Olá pessoal, Preciso lidar com um formato da ISO8601 para duração de tempo. A string vem desta forma: x <- "P4DT21H36M43S" Onde P indica que é uma duração de tempo, 4D : quatro dias, T indica que a seguir vem informações sobre tempo em um dia, 21H : 21 horas, 36M : 36 minutos e 43S : 43 segundos. Guia: https://www.w3.org/TR/xmlschema-2/#isoformats Preciso criar uma função para transformar isto em minutos. Até achei algo parecido em python ( https://github.com/gweis/isodate/blob/master/src/isodate/isoduration.py) mas não vi nada parecido para R. Alguém com mais experiência em expressões regulares pode me dar uma mão? Att, Raphael Saldanha

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Markdown
by Andre Oliveira 10 Ago '16

10 Ago '16

boa dia, como esconder estes avisos no R Markdown? Já pesquisei e não consegui resolver, quando carrego a gdata, ficam estes estes avisos no texto. Minhas configurações no documento são: ```{r,include=F} # Configuração global require(knitr) opts_chunk$set(echo = F,comment="",message=" ") ``````{r} require(gdata, quietly = TRUE) gdata: read.xls support for 'XLS' (Excel 97-2004) files ENABLED. gdata: read.xls support for 'XLSX' (Excel 2007+) files ENABLED. Attaching package: ‘gdata’ The following object is masked from ‘package:stats’: nobs The following object is masked from ‘package:utils’: object.size The following object is masked from ‘package:base’: startsWith``` Obrigado! André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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RES: Markdown
by Leonard Mendonça de Assis 10 Ago '16

10 Ago '16

André, Pela mensagem, é erro do pandoc, não do R. Ele não está achando onde o markdown gerou a figura. Pode ser problema de configuração de seu PATH ou até um erro do R que passou batido (Acho difícil ser isto, pois, segundo você, o html é gerado). Eu, particularmente, instalei o pandoc direto, não utilizo o do R Leonard De: Andre Oliveira [mailto:andreolsouza@yahoo.com.br] Enviada em: terça-feira, 9 de agosto de 2016 16:33 Para: Leonard Assis <assis.leonard(a)gmail.com> Assunto: Re: [R-br] Markdown Este é o erro .... output file: análise.knit.md ! Package pdftex.def Error: File `an�lise_files/figure-latex/unnamed-chunk-17-1 .pdf' not found. See the pdftex.def package documentation for explanation. Type H <return> for immediate help. ... l.767 ...iles/figure-latex/unnamed-chunk-17-1.pdf} pandoc: Error producing PDF from TeX source Erro: pandoc document conversion failed with error 43 Execução interrompida André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES Em Terça-feira, 9 de Agosto de 2016 14:10, Leonard Assis <assis.leonard(a)gmail.com <mailto:assis.leonard@gmail.com> > escreveu: Eu tive um.problema deste uma vez. Era problema do pacote, que não era muito compatível com o markdown. Agora não lembro ao certo qual figura era, suponho que seja alguma representação de rede neural. Leonard Em 9 de ago de 2016 14:06, "Andre Oliveira via R-br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br> > escreveu: Boa tarde, deu tudo certo. Obrigado pela dicas! Ao rodar para gerar o HTML está tudo certo, mas para rodar para obter o .pdf não insere as figuras! Alguma dica de como contornar este ponto? obg Estrutura ... --- title: "Material R" author: "André Oliveira Souza" date: "3 de maio de 2016" output: pdf_document number_sections: yes --- ```{r,fig=T} Dados<-scale(dad) hc<-hclust(dist(dad),method=" ward.D") par(las=2) # Gira título do eixo plot(as.dendrogram(hc),horiz = F,main = "Agrupamentos dos Tratamentos") abline(h=6,lty=3, col="red") ``` André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES Em Domingo, 7 de Agosto de 2016 20:36, Andre Oliveira via R-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br> > escreveu: obrigado! André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES Em Domingo, 7 de Agosto de 2016 13:36, Marcos Silva via R-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br> > escreveu: Tente supressMessages() Em 7 de ago de 2016 11:21 AM, "Felipe via R-br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br> > escreveu: Tentou assim: ```{r,message=FALSE} require(gdata) ``` Em 07-08-2016 11:04, Andre Oliveira via R-br escreveu: boa dia, como esconder estes avisos no R Markdown? Já pesquisei e não consegui resolver, quando carrego a gdata, ficam estes estes avisos no texto. Minhas configurações no documento são: ```{r,include=F} # Configuração global require(knitr) opts_chunk$set(echo = F,comment="",message=" ") ``` ```{r} require(gdata, quietly = TRUE) gdata: read.xls support for 'XLS' (Excel 97-2004) files ENABLED. gdata: read.xls support for 'XLSX' (Excel 2007+) files ENABLED. Attaching package: ‘gdata’ The following object is masked from ‘package:stats’: nobs The following object is masked from ‘package:utils’: object.size The following object is masked from ‘package:base’: startsWith ``` Obrigado! André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES ______________________________ _________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/ cgi-bin/mailman/listinfo/r-br <https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br- guia <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia> ) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. -- Atenciosamente Felipe E. Barletta Mendes Estatístico(UFPR) - Conre3 9766-A Mestrando em Bioestatística(UEM) +55 (41)-92077191 +55 (41)-33287216 ______________________________ _________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/ cgi-bin/mailman/listinfo/r-br <https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br- guia <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia> ) e forneça código mínimo reproduzível. ______________________________ _________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/ cgi-bin/mailman/listinfo/r-br <https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br- guia <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia> ) e forne� c�igo m�imo reproduz�el. ______________________________ _________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/ cgi-bin/mailman/listinfo/r-br <https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br- guia <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia> ) e forne� c�igo m�imo reproduz�el. ______________________________ _________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/ cgi-bin/mailman/listinfo/r-br <https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br- guia <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia> ) e forneça código mínimo reproduzível.

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[Dúvida] Hessiana pela função optim
by Pedro Rafael 08 Ago '16

08 Ago '16

Caros, sabemos que a matriz Hessiana multiplicada por -1 da função de log-verossimilhança nos fornecem a matriz de informação observada que converge assintoticamente para a matriz de informação esperada. A diagonal principal da matriz inversa da informação esperada nos dá as variâncias os estimadores de máxima verossimilhança. Um fato importante para o o questionamento que vou fazer é que estou fazendo uso da matriz de informação observada de modo a ter ao menos uma aproximação da variância dos estimadores de máxima verossimilhança obtidos numericamente pelo método BFGS. O problema é que estou obtendo em alguns caros que a solve(-diag(hessiana)) negativa o que não era de se esperar. Vejam se possível o código. # PDF pdf_ekww <- function(par,x){ a = par[1] b = par[2] c = par[3] alpha = par[4] beta = par[5] g = dweibull(x = x, shape = alpha, scale = beta, log = FALSE) G = pweibull(q = x, shape = alpha, scale = beta, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE) a * b * c * g * G^(a-1) * (1-G^a)^(b-1) * (1-(1-G^a)^b)^(c-1) } # Quantilica sample_ekww <- function(n,par){ a = par[1] b = par[2] c = par[3] alpha = par[4] beta = par[5] u = runif(n=n,min=0, max=1) qweibull(p = (1-(1-u^(1/c))^(1/b))^(1/a), shape = alpha, scale = beta, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE) } set.seed(1987) vector_par_true = c(1,1,1,1,1) data = sample_ekww(n = 1000, par = vector_par_true) # Função de log-verossimilhança. obj_ekww = function(par,x){ sum(log(pdf_ekww(par,x))) } # Maximizando log-verossimilhança. result = optim(fn = obj_ekww, par = c(0.5,1.4,1,1,1), method = "BFGS", x = data, hessian = TRUE, control=list("fnscale"=-1)) diag(solve(-result$hessian)) Observem que o primeiro elemento do vetor logo acima é negativo o que não deveria ser verdade. Notem também que houve convergência segundo o critério de parada da função optim, em que convergence é igual a zero. O que para vocês podem estar provocando esse problema? A função objetivo é complicada a ponto de provocar problemas na convergência do algoritmo vindo por sua vez acarretar esse tipo de problema? Digo isso porque essas novas classes de distribuições de probabilidade por apresentar diversos parâmetros produzem log-verossimilhanças muito complicadas incluindo problemas de regiões aproximadamente planas bem como problemas piores como log-verossimilhanças monótonas. Obrigado desde já, Pedro Rafael.

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Levene Test em experimentos fatoriais
by Maurício Sangiogo 07 Ago '16

07 Ago '16

Pessoal, estou iniciando no R, e me surgiu uma dúvida: no caso de experimentos fatoriais, com dois fatores como devo proceder a análise de homogeneidade das variâncias pelo teste Levene?Desde já agradeço! ..................Mauricio SangiogoTEL:(55) 96822030 Currículo Lattes: http://lattes.cnpq.br/1098128601727996 > From: r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Digest R-br, volume 68, assunto 5 > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Date: Fri, 5 Aug 2016 12:00:01 -0300 > > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Re: plotar batimetrias tracejadas (Éder Comunello) > 2. [Dúvida] Hessiana pela função optim (Pedro Rafael) > 3. Re: [Dúvida] Hessiana pela função optim (Wagner Bonat) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Thu, 4 Aug 2016 12:58:54 -0400 > From: Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> > To: Rodrigo Plei <rodrigo.plei(a)gmail.com>, a lista Brasileira oficial > de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] plotar batimetrias tracejadas > Message-ID: > <CABmC8g=X4h50BJndGYpsrV58odUJ3R8XoNZZnu1j3cK42zoj0g(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Rodrigo, > > Ao importar o shape ele se torna um objeto da classe sp (SpatialLines ou > SpatialLinesDF). A partir daí vc pode isolar as linhas e definir o padrão > ao usar plot(). Para tracejado use o argumento lty=2 ou 3. > > # <code r> > # http://mapas.mma.gov.br/i3geo/datadownload.htm > fn <- paste0("http://mapas.mma.gov.br/ms_tmp/estadosl_2007", c(".shp", > ".dbf", ".shx")) > for (i in fn) download.file(i, basename(i), mode="wb") > > require(maptools) > est <- readShapeLines("estadosl_2007") > est.pol <- readShapePoly("estadosl_2007") > str(est, max=2) > est@data > est@data[c(7,9,12,13),] > > plot(est, lty=2) > lines(est[c(7,9,12,13),], col=2, add=T) > # plot(est.pol[c(7,9,12,13),], col=2, add=T) > # </code> > > > > ================================================ > Éder Comunello > Researcher at Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) > DSc in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) > MSc in Environ. Sciences (UEM), Agronomist (UEM) > --- > Embrapa Agropecuária Oeste, Dourados, MS, Brazil |<O>| > ================================================ > GEO, -22.2752, -54.8182, 408m > UTC-04:00 / DST: UTC-03:00 > > > > > Em 3 de agosto de 2016 21:05, Rodrigo Plei via R-br < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > > > Prezados, > > > > Tenho um shapefile que contém os dados da linha de costa e de batimetrias > > (100 a 500 m). > > > > Eu uso o pacote "maptools" para plotar o mapa nos limites que eu quero, > > que obviamente acaba plotando tudo o que está no shapefile em linha > > contínua. > > > > Gostaria de saber: > > > > 1 - se há como plotar a linha de costa em traço contínuo e as batimetrias > > tracejadas > > > > 2 - se há como escolher somente uma das batimetrias (digamos, a de 200 m) > > para ser plotada (tracejada obviamente) no mesmo mapa. > > > > ------------------------------------------------------------ > > ------------------------------------------ > > CRM: > > > > setwd("C:\\ ...") # diretório onde está o shapefile > > > > mapa <- readShapeLines("nome_do_shapefile.shp") > > > > plot(mapa, xlim =c(-48, -44), ylim = c(-26.5, - 23), axes = TRUE, > > cex.axis=1.2) > > ------------------------------------------------------------ > > --------------------------------------------- > > > > Não dá para mandar o shapefile porque é muito grande, mas pelo CRM dá para > > visualizar o que eu fiz e o que eu gostaria de fazer. > > > > Agradeço desde logo, > > > > Rodrigo > > > > > > -- > > =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> > > > > Prof. Dr. Rodrigo Silvestre Martins > > > > Universidade Federal de São Paulo > > Instituto do Mar > > Campus Baixada Santista > > Rua Dr. Carvalho de Mendonça, 144 > > Encruzilhada, 11070100, Santos, SP - Brasil > > Tel: + 55 13 3229-0365 > > > > http://www.unifesp.br/campus/san7/ > > <http://www.unifesp.br/campus/san7/graduacao/cursos/bacharelado-interdiscipl…> > > > > Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br; > > rsmartins(a)unifesp.br > > CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777 > > Google Scholar: http://scholar.google.com.br/citations?user=zX_EezEAAAAJ& > > hl=pt-BR > > Orcid: http://orcid.org/0000-0002-9884-1515 > > Research Gate: https://www.researchgate.net/profile/Rodrigo_Martins6/ > > <https://www.researchgate.net/profile/Rodrigo_Martins6/?ev=hdr_xprf> > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160804/1c0b1756/atta…> > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Thu, 4 Aug 2016 18:39:32 -0300 > From: Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] [Dúvida] Hessiana pela função optim > Message-ID: > <CAKwavrkG0RvV+R6dGmVM1LRbw3KAK_bAJ7F4EriAHEXh4V0G8w(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Caros, > > sabemos que a matriz Hessiana multiplicada por -1 da função de > log-verossimilhança nos fornecem a matriz de informação observada que > converge assintoticamente para a matriz de informação esperada. A diagonal > principal da matriz inversa da informação esperada nos dá as variâncias os > estimadores de máxima verossimilhança. > > Um fato importante para o o questionamento que vou fazer é que estou > fazendo uso da matriz de informação observada de modo a ter ao menos uma > aproximação da variância dos estimadores de máxima verossimilhança obtidos > numericamente pelo método BFGS. > > O problema é que estou obtendo em alguns caros que a solve(-diag(hessiana)) > negativa o que não era de se esperar. Vejam se possível o código. > > # PDF > pdf_ekww <- function(par,x){ > a = par[1] > b = par[2] > c = par[3] > alpha = par[4] > beta = par[5] > g = dweibull(x = x, shape = alpha, scale = beta, log = FALSE) > G = pweibull(q = x, shape = alpha, scale = beta, lower.tail = TRUE, log.p > = FALSE) > a * b * c * g * G^(a-1) * (1-G^a)^(b-1) * (1-(1-G^a)^b)^(c-1) > } > > # Quantilica > sample_ekww <- function(n,par){ > a = par[1] > b = par[2] > c = par[3] > alpha = par[4] > beta = par[5] > u = runif(n=n,min=0, max=1) > qweibull(p = (1-(1-u^(1/c))^(1/b))^(1/a), shape = alpha, scale = beta, > lower.tail = TRUE, log.p = FALSE) > } > set.seed(1987) > > vector_par_true = c(1,1,1,1,1) > data = sample_ekww(n = 1000, par = vector_par_true) > > # Função de log-verossimilhança. > obj_ekww = function(par,x){ > sum(log(pdf_ekww(par,x))) > } > > # Maximizando log-verossimilhança. > result = optim(fn = obj_ekww, par = c(0.5,1.4,1,1,1), method = "BFGS", x = > data, hessian = TRUE, control=list("fnscale"=-1)) > > diag(solve(-result$hessian)) > > Observem que o primeiro elemento do vetor logo acima é negativo o que não > deveria ser verdade. Notem também que houve convergência segundo o critério > de parada da função optim, em que convergence é igual a zero. O que para > vocês podem estar provocando esse problema? A função objetivo é complicada > a ponto de provocar problemas na convergência do algoritmo vindo por sua > vez acarretar esse tipo de problema? > > Digo isso porque essas novas classes de distribuições de probabilidade por > apresentar diversos parâmetros produzem log-verossimilhanças muito > complicadas incluindo problemas de regiões aproximadamente planas bem como > problemas piores como log-verossimilhanças monótonas. > > Obrigado desde já, > Pedro Rafael. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160804/f76ae573/atta…> > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Fri, 5 Aug 2016 13:39:14 +0100 > From: Wagner Bonat <wbonat(a)gmail.com> > To: Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho(a)gmail.com>, a lista Brasileira > oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Hessiana pela função optim > Message-ID: > <CANt=4Mj_ScQyHrorVUCq7aG2ZyD-VZxBe_5Jb3HtmLuuNoSJuQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Esse problema pode ocorrer por muitos motivos incluindo apenas uma má > aproximação do hessiano. > Eu recomendo algumas coisas: > 1 - Calcule a verossimilhança perfilhada de cada parâmetro. Isso vai de dar > certeza que o algoritmo convergiu e te mostrar a cara da função. De acordo > com o comportamento da profile likelihood vc pode tentar alguma > reparametrização pra melhorar o comportamento do algoritmo numerico. Eu > usaria o pacote bbmle que vai fazer isso automaticamente pra vc. > 2 - Calcule ao menos a primeira derivada da sua log-verossimilhança e use > no BFGS. > 3 - Calcule o hessiano numericamente porém separado, vc pode usar por > exemplo o pacote numDeriv. > > Att > > Em 4 de agosto de 2016 22:39, Pedro Rafael via R-br < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > > > Caros, > > > > sabemos que a matriz Hessiana multiplicada por -1 da função de > > log-verossimilhança nos fornecem a matriz de informação observada que > > converge assintoticamente para a matriz de informação esperada. A diagonal > > principal da matriz inversa da informação esperada nos dá as variâncias os > > estimadores de máxima verossimilhança. > > > > Um fato importante para o o questionamento que vou fazer é que estou > > fazendo uso da matriz de informação observada de modo a ter ao menos uma > > aproximação da variância dos estimadores de máxima verossimilhança obtidos > > numericamente pelo método BFGS. > > > > O problema é que estou obtendo em alguns caros que a > > solve(-diag(hessiana)) negativa o que não era de se esperar. Vejam se > > possível o código. > > > > # PDF > > pdf_ekww <- function(par,x){ > > a = par[1] > > b = par[2] > > c = par[3] > > alpha = par[4] > > beta = par[5] > > g = dweibull(x = x, shape = alpha, scale = beta, log = FALSE) > > G = pweibull(q = x, shape = alpha, scale = beta, lower.tail = TRUE, > > log.p = FALSE) > > a * b * c * g * G^(a-1) * (1-G^a)^(b-1) * (1-(1-G^a)^b)^(c-1) > > } > > > > # Quantilica > > sample_ekww <- function(n,par){ > > a = par[1] > > b = par[2] > > c = par[3] > > alpha = par[4] > > beta = par[5] > > u = runif(n=n,min=0, max=1) > > qweibull(p = (1-(1-u^(1/c))^(1/b))^(1/a), shape = alpha, scale = beta, > > lower.tail = TRUE, log.p = FALSE) > > } > > set.seed(1987) > > > > vector_par_true = c(1,1,1,1,1) > > data = sample_ekww(n = 1000, par = vector_par_true) > > > > # Função de log-verossimilhança. > > obj_ekww = function(par,x){ > > sum(log(pdf_ekww(par,x))) > > } > > > > # Maximizando log-verossimilhança. > > result = optim(fn = obj_ekww, par = c(0.5,1.4,1,1,1), method = "BFGS", x = > > data, hessian = TRUE, control=list("fnscale"=-1)) > > > > diag(solve(-result$hessian)) > > > > Observem que o primeiro elemento do vetor logo acima é negativo o que não > > deveria ser verdade. Notem também que houve convergência segundo o critério > > de parada da função optim, em que convergence é igual a zero. O que para > > vocês podem estar provocando esse problema? A função objetivo é complicada > > a ponto de provocar problemas na convergência do algoritmo vindo por sua > > vez acarretar esse tipo de problema? > > > > Digo isso porque essas novas classes de distribuições de probabilidade por > > apresentar diversos parâmetros produzem log-verossimilhanças muito > > complicadas incluindo problemas de regiões aproximadamente planas bem como > > problemas piores como log-verossimilhanças monótonas. > > > > Obrigado desde já, > > Pedro Rafael. > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > -- > Wagner Hugo Bonat > ---------------------------------------------------------------------------------------------- > Department of Mathematics and Computer Science (IMADA) > University of Southern Denmark (SDU) and > Laboratório de Estatística e Geoinformação (LEG) > Universidade Federal do Paraná (UFPR) > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160805/4139cbe0/atta…> > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 68, assunto 5 > ****************************************

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Problemas com manipulação de dados e arquivos .csv
by Paulo Henrique Pimenta 05 Ago '16

05 Ago '16

Olá listeiros! Estou com um problema na manipulação de um .csv e acredito que vcs possam me ajudar. O arquivo (http://www.filedropper.com/teste_3) possui várias colunas que contém informações sobre a imigração da comunidade chilena a partir do ano de 1973 até os anos mais recentes. Ao manipular no R o arquivo não consigo criar um gráfico. Ao usar um comando como: #### ## dados_2 <- read.csv("teste.csv", header=T, sep=",") plot(dados_2$Year[1:100], dados_2$Value[1:100], type="h") ## #### O gráfico não coloca os valores correspondentes da população emigrada por ano de saída e posteriormente quando feito para a série completa o mesmo erro continuar e ainda parece que os valores vão ser sempre crescentes para os anos após 1990. Ao tentar também manipular um elemento também encontro problemas, por exemplo: #### ## dados_2$Value[1] + 1 #Um simples teste para mexer com o valor... #Os erro é: #Warning message: #In Ops.factor(dados_2$Value[1], 2) : ‘*’ not meaningful for factors## #### Espero que vcs possam me ajudar! Um abraço. Paulo Henrique de A. S. Pimenta. Graduando em Meteorologia (Bacharelado) - IAG/USP. Fone: +5511981318435.

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plotar batimetrias tracejadas
by Rodrigo Plei 04 Ago '16

04 Ago '16

Prezados, Tenho um shapefile que contém os dados da linha de costa e de batimetrias (100 a 500 m). Eu uso o pacote "maptools" para plotar o mapa nos limites que eu quero, que obviamente acaba plotando tudo o que está no shapefile em linha contínua. Gostaria de saber: 1 - se há como plotar a linha de costa em traço contínuo e as batimetrias tracejadas 2 - se há como escolher somente uma das batimetrias (digamos, a de 200 m) para ser plotada (tracejada obviamente) no mesmo mapa. ------------------------------------------------------------------------------------------------------ CRM: setwd("C:\\ ...") # diretório onde está o shapefile mapa <- readShapeLines("nome_do_shapefile.shp") plot(mapa, xlim =c(-48, -44), ylim = c(-26.5, - 23), axes = TRUE, cex.axis=1.2) --------------------------------------------------------------------------------------------------------- Não dá para mandar o shapefile porque é muito grande, mas pelo CRM dá para visualizar o que eu fiz e o que eu gostaria de fazer. Agradeço desde logo, Rodrigo -- =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> Prof. Dr. Rodrigo Silvestre Martins Universidade Federal de São Paulo Instituto do Mar Campus Baixada Santista Rua Dr. Carvalho de Mendonça, 144 Encruzilhada, 11070100, Santos, SP - Brasil Tel: + 55 13 3229-0365 http://www.unifesp.br/campus/san7/ <http://www.unifesp.br/campus/san7/graduacao/cursos/bacharelado-interdiscipl…> Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br; rsmartins(a)unifesp.br CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777 Google Scholar: http://scholar.google.com.br/citations?user=zX_EezEAAAAJ&hl=pt-BR Orcid: http://orcid.org/0000-0002-9884-1515 Research Gate: https://www.researchgate.net/profile/Rodrigo_Martins6/ <https://www.researchgate.net/profile/Rodrigo_Martins6/?ev=hdr_xprf>

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Error: Aesthetics
by gabriel henrique pires de mello ribeiro 04 Ago '16

04 Ago '16

Prezados listeiros, antes de atualizar o R para a versão 3.3.1, o script abaixo rodava sem erros (apenas um Warning). segue a estrutura dos dados require(car) require(compute.es) require(effects) require(ggplot2) require(multcomp) require(pastecs) require(WRS2) require(extrafont) require(scales) str(d) 'data.frame': 60 obs. of 13 variables: $ Top : Factor w/ 2 levels "P","V": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ... $ nome2 : Factor w/ 3 levels "Eschweilera_spp",..: 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 ... $ Stem : num 1212 896 769 935 477 ... $ Crown : num 650 499 199 344 129 ... $ AGB : num 1862 1395 967 1279 606 ... $ HT : num 27.9 26.1 25.7 26.8 20.6 ... $ DBH : num 34.6 31.6 27.6 29.8 24.5 20 38.8 35 38.1 19.5 ... $ Center : num 11.61 10.86 9.48 10.8 8.14 ... $ failure: Factor w/ 2 levels "snap","uprooted": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... $ CTM : num 260554 197344 131775 195757 133708 ... $ SWD : num 0.9 0.79 0.84 0.82 0.82 0.92 0.81 0.83 0.86 0.9 ... $ slender: num 80.7 82.6 93.1 90 84.1 ... $ grain : Factor w/ 3 levels "cross","interlocked",..: 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 ... ####SCRIPT########### lb1 <- expression(paste(M[crit]~'(kN-m)')) # Critical turning moment lb2 <- expression(paste("AGB (kg)")) # biomass plot7 <- ggplot(d, aes(x = AGB, y = CTM/1000, col = grain, group = grain,colour=d[,"grain"], shape=d[,"grain"],linetype=d[,"grain"])) + geom_point(size = 3) + geom_smooth(method = "lm", group = d$grain, se = F) + stat_smooth(method="lm")+ ylab(lb1) + xlab(lb2) + scale_y_continuous(limits = c(0, 400)) + labs(colour = "grain", shape="grain",linetype="grain") + guides(colour = guide_legend(title="Type of grain"), linetype=guide_legend(title="Type of grain"), shape=guide_legend(title="Type of grain")) + scale_shape_manual(values = c(15,16,17)) + scale_colour_manual(values = c("black","red","blue"))+ scale_linetype_manual(values=c("dashed","solid","dotted"))+ theme_bw() + theme_classic()+ theme(text=element_text(family="CM Roman", face="bold")) + theme(axis.text=element_text(size=18),axis.title=element_text(size=18), legend.text=element_text(size=16),legend.title=element_text(size=14))+ theme(legend.justification = 'right', legend.position=c(0.29,0.85)) plot7 #+ annotate("text", x = 0.4, y = 370, label = "Intercept test\np - value\n0.00438",size=6,family="CM Roman") Após rodar o script aparece a seguinte mensagem *(Warning message:The plyr::rename operation has created duplicates for the following name(s): (`colour`) > plot7 #+ annotate("text", x = 0.4, y = 370, label = "Intercept test\np - value\n0.00438",size=6,family="CM Roman")* *Error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (240): group.* *Desde já agradeço qualquer comentário, abr* *Gabriel Ribeiro*

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