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correlação de Spearman e respectiva linha no grafico
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 28 Nov '11

28 Nov '11

Amigos de R, Andei procurando RSiteSearch funçoes sobre a correlação de spearman. Eu achei diversas funçoes que fazem o rho de spearman e algumas extensões e correções, mas não consegui achar nenhuma que colocasse a linha da correlação em um grafico, a semelhança da reta na correlação de pearson. Alguem conhece alguma função ou tem algum script que faz isso? v1 v2 1 26 0.000 2 73 0.000 3 76 143.072 4 72 172.587 5 59 123.325 6 78 142.367 7 73 190.804 8 77 14.497 9 63 120.499 10 72 165.570 11 73 152.220 12 75 170.482 13 73 137.436 14 71 169.079 15 72 170.482 16 65 160.654 17 76 0.000 18 28 0.000 19 61 107.763 20 66 8.643 21 68 133.911 22 65 113.427 23 27 0.000 24 71 104.929 25 73 116.257 26 68 0.000 27 75 142.367 28 63 0.000 29 77 7.168 30 66 127.561 31 66 0.000 32 60 144.480 33 74 136.731 34 65 32.527 35 74 145.184 36 65 112.012 37 67 145.184 38 81 103.511 39 82 3.448 40 72 130.384 41 66 244.553 42 73 0.000 43 65 0.000 44 57 0.000 45 63 105.637 46 60 98.546 47 76 137.436 48 68 1.558 49 26 0.000 50 72 0.000 51 64 30.378 52 76 0.000 53 25 3.072 54 58 0.000 55 28 0.000 56 69 72.592 57 26 0.000 58 27 2.318 59 26 0.790 60 63 0.000 61 71 121.912 62 60 41.808 63 33 0.000 64 31 0.000 65 71 0.000 66 24 0.000 67 69 0.000 68 69 22.468 69 35 0.000 70 65 33.243 71 78 7.906 72 31 0.000 73 74 0.000 74 71 4.943 75 65 38.244 76 34 3.448 77 19 11.944 78 35 19.577 79 26 0.000 80 35 197.415 81 13 0.000 82 35 0.000 83 35 0.000 84 28 0.000 85 17 30.378 86 37 0.000 library('Hmisc') spearman2(v1 ~ v2, data=z, p=2) Spearman rho^2 Response variable:v1 rho2 F df1 df2 P Adjusted rho2 n v2 0.181 9.16 2 83 0.0003 0.161 86 Abraço forte e que a força esteja com você, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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Inversão de matriz diagonal gigante
by Marcelo Cardoso mello 28 Nov '11

28 Nov '11

Olá pessoal. Gostaria de inverter uma matriz diagonal com algum processo que use menos memória que o do exemplo abaixo. (tenho uma matriz enorme e não esta invertendo via solve()). d<-c(1,1,0.5,0.75,0.5,0.5) d<-diag(d) i<-solve(d) i diag(i) # resultado que eu quero, mas de uma forma a gastar menos memória para diagonais gigantes!!!!

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Versão R-2.14.0 no Ubunto
by Marcelo Cardoso mello 27 Nov '11

27 Nov '11

Pessoal, executei no terminal: $ sudo apt-get install r-base $ sudo apt-get install r-recommendad $ sudo apt-get etc etc que me foi indicado por aqui Tudo ok. Mas o R instalado é da versão 2.10 Tudo bem até aí. O problema é que não instala pacotes recentes. usei: instal.packages("vegan") tudo ok ... instalou mas não instala o lme4 por exemplo. O problema deve ser da versão do R que tenho? Como faço para instalar a versão R-2.14.0 no Ubunto? De forma rápida e simples. Obrigado por qualquer dica.

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Re: [R-br] valor maximo e minimo
by Ivan Bezerra Allaman 27 Nov '11

27 Nov '11

Gilson, Busque por modelos que podem lhe dar respostas mais interessantes. Veja, A.Det=c(-0.595750,0.050250,0.270000,0.711500,1.608750,3.353500,4.937652,4.573750,4.955000) luz=c(0,25,50,75,100,500,1000,1500,2000) ajuste <- nls((A.Det~(a + 0.595750) * (1 - exp (-b * luz/(a-0.595750)))+0.595750), start=list(a=500, b=5)) plot(luz,A.Det) curve(3.9669 + 0.595750 * (1 - exp (-0.0061 * x/(3.9669-0.595750)))+0.595750,add=TRUE,col='blue') curve(SSasympOff(x,4.8292,-5.7353,23.452),add=TRUE,col='red') legend('bottomright', xjust=1,bty="n", c('Alternativo','Gilson'), lwd=2,col=c('red','blue')) Sobre este modelo 'alternativo', consulte "Mixed Effects Models in S and S-Plus, Pinheiro & Bates (2000)" OBS: Estes modelos não tem ponto de inflexão, pois quanto x tende ao infinito, y tende a zero, veja: D(expression(theta1*(1-exp(-exp(theta2)*(x-theta3)))),'x') curve(4.8292 * (exp(-exp(-5.7353) * (x - 23.452)) * exp(-5.7353)),to=0,from=2000,ylab='y') (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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valor maximo e minimo
by Gilson Sanchez 26 Nov '11

26 Nov '11

Pessoal mais uma vez solicitando ajuda de vc's O seguinte estou fazendo ajuste de curva com uma exponencial, então quero saber se da pra saber o valor do ponto maximo e minimo dos valores ajustados tanto no eixo X quanto no eixo Y? espe1 A.Det=c(-0.595750,0.050250,0.270000,0.711500,1.608750,3.353500,4.937652,4.573750,4.955000) luz=c(0,25,50,75,100,500,1000,1500,2000) ajuste = nls((A.Det~(a + 0.595750) * (1 - exp (-b * luz/(a-0.595750)))+ 0.595750), start=list(a=500, b=5)) summary(ajuste) obrigado! -- Bach. Agr.Gilson Sánchez Chia, MSc. Laboratório de Fisiologia Vegetal Embrapa Amazônia Ocidental Fone: (92) 3303-7841 http://lattes.cnpq.br/3684553005529634 --- Antes de imprimir, pense na sua responsabilidade com o Meio Ambiente. Please consider the environment before printing this email. Renew, Reduce and Recycle. The Planet Knows.*** Salva un Árbol.* * *** * PIENSA**** EN EL MUNDO PARA TUS HIJOS** *

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Distribuição densidade de probabilidade de Weibull
by Rodrigo Muniz 25 Nov '11

25 Nov '11

Olá Pessoal, Sou usuário recente do R e como tal ainda tenho muitas dúvidas básicas na utilização do programa. Tenho uma série de dados de velocidade de vento na qual quero ajustar os parâmetros c e K da distribuição de Wuibull, no entanto quando uso as funções abaixo, da um erro que x deve ser um vetor numérico, no entanto se eu colocar um valor numérico ele gera uma série de números pseudoaleatórios, O que eu quero abrir os meus dados dentro da função. Se alguém puder me ajudar eu agradeço. Vento50m <- dweibull(Vento, shape=2, scale = 1) fitdistr(Vento50m, densfun="weibull") ATT. -- *Rodrigo A. Muniz* Eng. Agrônomo. Ms Produção Vegetal (UENF) Doutorando em Engenharia de Sistemas Agrícolas (ESALQ/USP) Cel (19) 8300-4333 (Pessoal) Tel (19) 3375-1196 (Residêncial) Tel (19) 3447-8537 (Trabalho)

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Ajuda para realizar post-hoc em Anova de Medidas repetidas.
by Augusto Ribas 25 Nov '11

25 Nov '11

Ola, pessoal eu estou apanhando aqui para conseguir realizar uma analise de contrastes pra poder dizer que os resultados do Dia 1 são iguais do Dia 2, ai so no Dia 3 começa a aumentar. Eu vi um exemplo usando a função gls do pacote nlme, mas não consegui reproduzir pra conseguir verificar o que falo acima. Se alguém puder indicar um tutorial ou algum texto não muito complicado sobre como avaliar contrastes para anova de medidas repetidas, muito me ajudaria. Segue um exemplo dos dados: #Criandos dados set.seed(1) Resposta<-c(rnorm(20,2),rnorm(10,5),rnorm(20,5),rnorm(10,8)) Perigo<-rep(c("Baixo","Alto"),each=30) Id<-c(rep(1:10,3),rep(11:20,3)) Dia<-rep(rep(1:3,each=10),2) dados<-data.frame(cbind(Perigo,Dia,Id,Resposta)) dados$Resposta<-as.numeric(levels(dados$Resposta))[dados$Resposta] #Olhando os dados com um grafico str(dados) library(lattice) xyplot(Resposta~Dia|Perigo,data=dados, pch=16, col="black", cex=1.3, strip=strip.custom(bg="white"),type=c("p","a"),scale=list(tck=c(1,0),alternating=1)) #Anova de medidas repetidas modelo<-aov(Resposta~Perigo*Dia+Error(Id),data=dados) summary(modelo) -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Combinações de padrão específico
by Leonard de Assis 25 Nov '11

25 Nov '11

Estou com a seguinte situação: a <- letters[1:4] expand.grid(a,a) <- não serve pra mim, pois retorna os pares (a,a),(b,b), (c,c), (d,d) como combinações t(combn(a,2)) <- não serve pois retorna (a,b) mas não retorna (b,a) Preciso de algo q retorne um conjunto de pares como o expand.grid faz, mas excluindo as combinações repetidas (a com a, b com b, etc) Atualmente faço assim: (a <- letters[1:4]) (b <- expand.grid(a1=a,a2=a)) (final <- subset(b, a1 != a2)) alguma idéia melhor? Comandos entre parentesis para ilustrar o resultado -- []s Leonard de Assis assis<dot> leonard<at> gmail<dot> com

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Cada alteração em um vetor sum () em outro
by ASANTOS 25 Nov '11

25 Nov '11

Boa tarde pessoal, Estou com uma dúvida de programação, onde tenho dois vetores de dados onde gostaria de obter a soma do primeiro, a cada alteração do segundo, tentei fazer: cont<-rpois(1000,4)####Cria os dados parc<-rep(1:length(freq),each=2)###Cria um novo vetor dados<-cbind(freq, parc) head(dados) ###Aqui gostaria de fazer a soma de cont a cada alteração de parc, usando um loop, for(i in 1:length(dados)) ##poderia ate especificar algo como dados$parc[i]>parc[i]+1 ## mas o problema seria fazer a sum() dentro de dados$freq Alguém teria alguma sugestão, Obrigado -- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304

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Problemas numericos
by Carolina Pena 24 Nov '11

24 Nov '11

Boa tarde, Estou lendo um arquivo "txt" no R que contém o seguinte número: 698.4. Porém ao utilizar o seguinte comando: formatC(bd$x, digits = 40, format = 'e') [1] "6.9839999999999997724181577396507236699108e+02" O número 698.4 aparece conforme mostrado acima. Eu gostaria que o R entendesse como sendo: 6.984000000000000000000000000000000000e+02 Isso está me causando problemas ao realizar transformações pois preciso de um grau muito alto de precisão. Alguém sabe por que isso acontece e se é possível resolver? Agradeço desde já, Carolina

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[OT] Distancias entre municipios
by Leandro Marino 24 Nov '11

24 Nov '11

Caros, Por acaso alguém sabe me dizer se existe em algum local uma tabela / matriz de distancias entre TODOS os municípios brasileiros? Estava precisando deste tipo de dado. Atenciosamente, Leandro Lins Marino Centro de Avaliação Fundação CESGRANRIO Rua Santa Alexandrina, 1011 - 2º andar Rio de Janeiro, RJ - CEP: 20261-903 ( (21) 2103-9600 R.:236 * <mailto:leandro@cesgranrio.org.br> leandro(a)cesgranrio.org.br P Antes de imprimir pense em sua responsabilidade e compromisso com o MEIO AMBIENTE Esta mensagem, incluindo seus anexos, pode conter informacoes privilegiadas e/ou de carater confidencial, nao podendo ser retransmitida sem autorizacao do remetente. Se voce nao e o destinatario ou pessoa autorizada a recebe-la, informamos que o seu uso, divulgacao, copia ou arquivamento sao proibidos. Portanto, se você recebeu esta mensagem por engano, por favor, nos informe respondendo imediatamente a este e-mail e em seguida apague-a.

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Versão R-2.14.0 no Ubunto
by Marcelo Cardoso mello 23 Nov '11

23 Nov '11

Ok, funcionou perfeitamente. Meu Ubunto é o 10.04 e usei lucid. Depois instalou os pacotes na nova versão. Obrigado. A ajuda das funções aparecem dentro do terminal. É possível fazer a ajuda aparecer em outra janela?

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[Dúvida] Erro na instalação do RMySQL
by Pedro Rafael 22 Nov '11

22 Nov '11

Configuration error: could not find the MySQL installation include and/or library directories. Manually specify the location of the MySQL libraries and the header files and re-run R CMD INSTALL. INSTRUCTIONS: Pessoal estou usando o Ubuntu 11.10 e instalei o MySQL e posteriormente tentei instalar o pacote RMySQL e ocorreu o seguinte erro. O que pode está havendo? 1. Define and export the 2 shell variables PKG_CPPFLAGS and PKG_LIBS to include the directory for header files (*.h) and libraries, for example (using Bourne shell syntax): export PKG_CPPFLAGS="-I<MySQL-include-dir>" export PKG_LIBS="-L<MySQL-lib-dir> -lmysqlclient" Re-run the R INSTALL command: R CMD INSTALL RMySQL_<version>.tar.gz 2. Alternatively, you may pass the configure arguments --with-mysql-dir=<base-dir> (distribution directory) or --with-mysql-inc=<base-inc> (where MySQL header files reside) --with-mysql-lib=<base-lib> (where MySQL libraries reside) in the call to R INSTALL --configure-args='...' R CMD INSTALL --configure-args='--with-mysql-dir=DIR' RMySQL_<version>.tar.gz ERROR: configuration failed for package ‘RMySQL’ * removing ‘/home/pedro/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.14/RMySQL -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho. Estatístico - Secretaria de Estado da Saúde - PB.

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Teste de Friedman
by Ivan Bezerra Allaman 22 Nov '11

22 Nov '11

A agricolae baseia-se no livro Practical Nonparametrics Statistics. W.J. Conover, 1999 e a pgirmess no livro Siegel & Castellan (1988) Non parametric statistics for the behavioural sciences. Infelizmente não tenho os livros para ver se há ou não diferenças entre metodologias adotas nestes livros. (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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ANN/MLP
by Edmar Alino 22 Nov '11

22 Nov '11

Srs, bom dia, Estou implementando ANN/MLP e gostaria de saber quais artigos embasaram o ANN/MLP no software R. Nao consegui achar citacoes. Grato desde ja! Atenciosamente, *Edmar Alino (12) 8111-4699*

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Teste de Friedman
by Fernanda Balbino 22 Nov '11

22 Nov '11

Olá, boa tarde! Estou tentando fazer o teste de friedman e utilizei duas ferramentas que o R oferece. Porém me dá resultados diferentes. Utilizei no pacote pgirmess o friedmanmc para comparação multipa e o R me deu o resultado em que em alguns casos não há diferença significativa. E utilizei do pacote agricolae o friedman que me dá como resposta que somente existem diferenças significativas. Alguém já utilizou algumas destas funções ou conhece para me explicar por que da diferença? A função friedmanmcdo pacote pgirmessme parece ser mais comleta. Muito obrigada. Fernanda Balbino.

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[OFF-topic] Fwd: Novo tutorial ExpDes
by Walmes Zeviani 22 Nov '11

22 Nov '11

From: Eric Batista Ferreira Date: 2011/11/22 Subject: Novo tutorial ExpDes Prezados colegas, Não linguem para o trocadilho, mas segue o tutorial do ExpDes repaginado. Segue em anexo também versão atualizada do pacote ExpDes Fiquem atentos, pois versões atualizadas estão sendo postadas com frequência em minha página (https://siteou pelos.google.com/site/ericbferreira/<https://sites.google.com/site/ericbferreira/> ). Acessem o tutorial diretamente pelo link https://sites.google.com/site/ericbferreira/unifal/downloads-1/ExpDes.pdf?a… Abraços a todos. -- Prof. Dr. Eric Batista Ferreira Statistics and Sensometrics Federal University of Alfenas - Brazil

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erro ao instalar "rimage"
by Guilherme Moraes Ferraudo 22 Nov '11

22 Nov '11

Pessoal, atualizei o meu R e não consigo instalar o pacote "rimage". Já tive esse problema tempos atrás, porém não lembro como resolvi. Segue os comandos e as mensagens do R: > install.packages("rimage") Installing package(s) into ‘/home/gferraudo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13’ (as ‘lib’ is unspecified) tentando a URL ' http://brieger.esalq.usp.br/CRAN/src/contrib/rimage_0.5-8.2.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 72186 bytes (70 Kb) URL aberta ================================================== downloaded 70 Kb * installing *source* package ‘rimage’ ... checking for g++... g++ checking for C++ compiler default output... a.out checking whether the C++ compiler works... yes checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of executables... checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes checking whether g++ accepts -g... yes checking for gcc... gcc checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc accepts -g... yes checking for gcc option to accept ANSI C... none needed checking how to run the C preprocessor... gcc -E checking for egrep... grep -E checking for ANSI C header files... yes checking for sys/types.h... yes checking for sys/stat.h... yes checking for stdlib.h... yes checking for string.h... yes checking for memory.h... yes checking for strings.h... yes checking for inttypes.h... yes checking for stdint.h... yes checking for unistd.h... yes checking fftw.h usability... no checking fftw.h presence... no checking for fftw.h... no configure: error: Sorry, can't find fftw header ERROR: configuration failed for package ‘rimage’ * removing ‘/home/gferraudo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/rimage’ The downloaded packages are in ‘/tmp/RtmpkbMTt0/downloaded_packages’ Mensagens de aviso perdidas: In install.packages("rimage") : installation of package ‘rimage’ had non-zero exit status sessionInfo() R version 2.14.0 (2011-10-31) Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) locale: [1] LC_CTYPE=pt_BR.UTF-8 LC_NUMERIC=C [3] LC_TIME=pt_BR.UTF-8 LC_COLLATE=pt_BR.UTF-8 [5] LC_MONETARY=pt_BR.UTF-8 LC_MESSAGES=pt_BR.UTF-8 [7] LC_PAPER=C LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=pt_BR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base loaded via a namespace (and not attached): [1] tcltk_2.14.0 tools_2.14.0 -- Guilherme Moraes Ferraudo Jaboticabal/Campinas - SP http://lattes.cnpq.br/2096118558794430

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Combinando vetores em data.frame
by ASANTOS 21 Nov '11

21 Nov '11

Boa noite pessoal, Estou tentando criar um vetor em um data.frame da seguinte forma: ex1 <- data.frame(c(2,5,6,11,12),c(3,1,3,5,5))##Cria o primeiro vetor que é o identificador e o segundo a variável resposta colnames(ex1)<-c("IDa","Var1") ex2 <- data.frame(1:15) colnames(ex2)<-c("IDb")##Cria outro identificador list(ex1,ex2) Existe alguma maneira de se criar um vetor em ex2 com os valores de Var1 correspondentes aos identificadores de IDb e IDa, ficando: IDb Var1 1 1 NA 2 2 3 3 3 NA 4 4 NA 5 5 1 6 6 3 7 7 NA 8 8 NA 9 9 NA 10 10 NA 11 11 5 12 12 5 13 13 NA 14 14 NA 15 15 NA Obrigado, -- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Entomologia Florestal Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304

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Diferenças na Qualidade de Ajuste SAS/R
by Danilo Scorzoni Ré 21 Nov '11

21 Nov '11

Prezados, Estou fazendo uma análise de dados do meu experimento utilizando modelo linear generalizado. No entanto, a estimativa do parâmetro de dispersão está diferente entre as saídas do SAS e do R. Isso está influenciando nos p-valores das estimativas dos parâmetros, bem como na análise de deviance para verificar os efeitos dos diferentes fatores estudados. Alguém tem alguma idéia por que isso acontece? Desde já agradeço! Atenciosamente, -- Danilo Scorzoni Ré Engenheiro Florestal Mestrando em Ciência Florestal FCA / UNESP - Botucatu (14) 8180-2494

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Frequência dentro de parcelas selecionadas com table()
by ASANTOS 21 Nov '11

21 Nov '11

Boa tarde pessoal, Estou tentando calcular a frequência de pontos dentro de parcelas selecionadas em uma área através da função table() e estou tendo dificuldades, bom consegui calcular para todas as parcelas da área mais não estou conseguindo utilizar o comando para selecionar algumas parcelas de interesse fiz: require(splancs) #Geração dos pontos aleatórios x <- runif(n=500,min=0, max=20) y <- runif(n=500,min=0, max=20) plot(x=x,y=y,axes=F, xlab="", ylab="", xlim=c(-1,20),ylim=c(0,21))##Plota os pontos ##Divide em parcelas segments(x0=rep(0,20),y0=0:20, x1=rep(20,20),y1=0:20, col="gray", lty=2) segments(x0=0:20,y0=rep(0,20), x1=0:20,y1=rep(20,20),col="gray", lty=2) pt0 <- c(0.5,0.5)##Define o centro da primeira parcela N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20)##Define o centro das parcelas L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20) grid0 <- expand.grid(N_S=seq(pt0[1], by=1, length.out=20), L_O=seq(pt0[2],by=1, length.out=20)) ##Cria o limite da área limx<-c(2.5,2.5,18,18) limy<-c(2.5,18,18,2.5) lim=cbind(limx,limy) lim<-as.matrix(lim) polygon(lim)##Desenha o limite grid0<-as.matrix(grid0) m.int<-pip(grid0,lim,out=FALSE)##Seleciona as parcelas dentro do limite points(m.int,col="blue", pch=10) ##Frequencia em cada parcela x.parcela <- cut(x,breaks=0:20) y.parcela <- cut(y,breaks=0:20) contag <- data.frame(table(x.parcela,y.parcela)) Aqui esta minha dificuldade, se uso o cut(), só consigo dividir a área toda, porém não estou conseguindo selecionar as parcelas localizadas dentro do limite, alguém poderia me dar uma luz, Obrigado, -- Alexandre DOS SANTOS Engenheiro Florestal, Msc. Laboratório de Pragas Florestais Departamento de Entomologia Universidade Federal de Lavras Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras - Minas Gerais - Brasil Tel: +55 35 92230304

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descrevendo dados
by Luiz André Zardo 21 Nov '11

21 Nov '11

como faço para obter um resumo estatistico de uma variável, por fatores de outra variável. Por exemplo como obter um resumo estatistico de uma variável contíua X, por categorias da uma variável categórica Y? Obrigado!

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Re: [R-br] descrevendo dados
by Ivan Bezerra Allaman 21 Nov '11

21 Nov '11

?apply, ?by, ?tapply, ?sapply, ?lapply,... S,f,P (Allaman) \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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pacote colorout: agora com suporte a 256 cores e funcionando no Emacs
by Jakson Alves de Aquino 21 Nov '11

21 Nov '11

Olá, Recebi muitos comentários úteis quando anunciei aqui o pacote colorout que estou desenvolvendo. Por isso, resolvi anunciar a versão atual. Ontem enviei o pacote para o CRAN, mas ele ainda não foi avaliado. Enquanto esperava, continuei trabalhando e adicionei suporte a 256 cores. Num rápido teste que fiz, o colorimento do output do R está funcionando no buffer do Emacs (mas com apenas 16 cores). Para maiores detalhes: ?ColorOut Se puderem testar, eis o link para a versão atual: http://www.lepem.ufc.br/jaa/colorout_0.9-1.tar.gz Obrigado, -- Jakson

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Pacote ExpDes não consigo instalar!
by Andre Oliveira 21 Nov '11

21 Nov '11

Estou tentando instalar o pacote ExpDes_1.1.tar.gz, mas não deu certo. Ele está aqui https://sites.google.com/site/ericbferreira/unifal/downloads-1. andre@andre-laptop:~/Área de Trabalho$ R CMD INSTALL ExpDes_1.1.tar.gz * installing to library ‘/home/andre/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.14’ * installing *source* package ‘ExpDes’ ... ** R Error in parse(outFile) : caractere multibyte inválido na análise na linha 25 ERROR: unable to collate and parse R files for package ‘ExpDes’ * removing ‘/home/andre/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.14/ExpDes’ andre@andre-laptop:~/Área de Trabalho$ Alguma sugestão? André Oliveira Souza

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Erro: invalid version specification ‘c(2, 4, 0)’
by Daniel C Bezerra 20 Nov '11

20 Nov '11

Amigos do R, Tentei inicialmente compilar o R no meu linux Ubuntu 11.04 mas depois acabei instalando a versão pré-compilada mesmo. O problema é que ao usar: update.packages(ask=F,dep=T,checkBuilt=T) Recebo sempre a mensagem de erro: Error: invalid version specification ‘c(2, 4, 0)’ Alguém teria alguma sugestão? Muito obrigado. Abs, D

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[Dúvida] Programar no R com Emacs ou Vi
by Pedro Rafael 19 Nov '11

19 Nov '11

Pessoal programar com o R vale a pena com o emacs? Alguém aqui utiliza ele para programar? Entre o emacs e o vi qual seria a melhor opção.? -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho. Estatístico - Secretaria de Estado da Saúde - PB.

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Help - Graficos 3D
by Fÿffffe1bio Oki 19 Nov '11

19 Nov '11

olá redistas... alguém pode me ajudar a plotar elipsóides, parabolóides (1 folha e 2 folhas), esferas, hiperbolóide, etc...??? desde jah agradecendo Fábio ________________________________

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Carregar pacote automaticamente no Linux (Ubuntu)
by Andre Oliveira 19 Nov '11

19 Nov '11

Boa noite, como eu coloco um pacote para carregar automaticamente quando executo o R? André Oliveira Souza

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novo pacote: colorout (Colore o output do R em terminais)
by Jakson Alves de Aquino 19 Nov '11

19 Nov '11

Olá, Fiz um pacote do R que colore o output impresso em emulador de terminal do Linux ou outro Unix. Se alguém quiser testar, basta fazer o seguinte: 1) Baixar e instalar: wget http://www.lepem.ufc.br/jaa/colorout_0.1.tar.gz R CMD INSTALL colorout_0.1.tar.gz 2) Rodar o R e carregar o pacote: library(colorout) 3) Opcionalmente, configurar as cores: ?setOutputColors Até+, -- Jakson Aquino Univ. Federal do Ceará

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Valores lógicos.
by Juliana Freitas de Mello e Silva 18 Nov '11

18 Nov '11

Bom dia! Existe um valor lógico que signifique "até"? Eu queria selecionar todos os valores de "dd_stn" quando "frange" varia de 0 a 24, depois de 27 a 36, 39 a 48, ... prev = c(0,24,27,36,39,48,51,72,75,96,99,120) subset(dd_stn,dd_stn$frange==prev[j] ?? dd_stn$frange==prev[j+1]) Obrigada!

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Pacotes não compatíveis com R 2.14
by Carlos Andrade 18 Nov '11

18 Nov '11

Meus cumprimentos a todos da lista. Atualizei a minha versão do R para 2.14. Utilizo Debian 6.0. A atualização via synaptic foi um pouco posterior ao aviso no CRAN de nova versão. Alguns dias depois acusou a atualização. Tentei instalar dois pacotes para análise envoltória de dados, Como root,tentei instalar dea, e veio a mensagem In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) : package ‘dea’ is not available (for R version 2.14.0) Tentei instalar nonparaeff e veio a mensagem > install.packages("nonparaeff") Installing package(s) into ‘/usr/local/lib/R/site-library’ (as ‘lib’ is unspecified) tentando a URL ' http://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib/nonparaeff_0.5-2.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 12470 bytes (12 Kb) URL aberta ================================================== downloaded 12 Kb * installing *source* package ‘nonparaeff’ ... ** Creating default NAMESPACE file ** R ** preparing package for lazy loading Error in library(pkg, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, lib.loc = lib.loc) : package ‘Design’ does not have a NAMESPACE and should be re-installed ERROR: lazy loading failed for package ‘nonparaeff’ * removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/nonparaeff’ The downloaded packages are in ‘/tmp/RtmpjwfNMx/downloaded_packages’ Mensagens de aviso perdidas: In install.packages("nonparaeff") : installation of package ‘nonparaeff’ had non-zero exit status > Tentei instalar o Design e veio a mensagem > install.packages("Design") Installing package(s) into ‘/usr/local/lib/R/site-library’ (as ‘lib’ is unspecified) Mensagens de aviso perdidas: In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) : package ‘Design’ is not available (for R version 2.14.0) > Acho que o problema é com a versão 2.14 do R. Os pacotes não acompanharam ainda a atualização do R? Ou é problema da versão 2.14 do R? Agradeço qualquer ajuda. -- Atenciosamente, Prof. Carlos A. S. de Andrade LAPEA - Laboratório de Pesquisa em Economia Aplicada e Engenharia de Produção Universidade Federal de Campina Grande. Centro de Humanidades Unidade Acadêmica de Economia

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Re: [R-br] Regressão segmentada!
by Ivan Bezerra Allaman 18 Nov '11

18 Nov '11

Valeu Walmes e PJ! Realmente fornecendo os pontos de corte a convergência ficou mais fácil. Mauro, Tem que ler a discussão desde o início! A função requerida está no início da discussão. Abraços! (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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Re: [R-br] Regressão segmentada!
by Ivan Bezerra Allaman 17 Nov '11

17 Nov '11

Descobri o erro na função. O correto seria: segment_lpl <- function(x,b0,b1,b2,X0,X1){ (b0+b1*x)*(x<=X0)+ (b0+b1*X0)*(X0<x & x<X1)+ (b0+b1*X0-b2*(X1-x))*(x>=X1) } Só não entendo o porque que não estou conseguindo convergência, uma vez que estou fornecendo exatamente os valores que o gráfico interativo está fornecendo. Se alguém descobrir, fico grato. (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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Dúvida chisq.test
by Rafael Simões 17 Nov '11

17 Nov '11

Boa tarde! Estou tentando fazer um trabalho e está realmente dificíl. Será que alguém poderia me ajudar? Dois vetores, cada um com três elementos: *Curitiba <-c(24673, 505, 27) Lapa <- c(682, 2, 0)* Quando obtenho o teste obtenho os seguintes resultados: *chisq.test(Curitiba, Lapa)* "> chisq.test(Curitiba, Lapa) Pearson's Chi-squared test data: Curitiba and Lapa X-squared = 6, df = 4, p-value = 0.1991 Warning message: In chisq.test(Curitiba, Lapa) : Chi-squared approximation may be incorrect" Vi nos argumentos da chisq.test que para se fazer o teste, deve se usar Matriz ou vetores. Acontece que quando coloco os dois dados em formato de matriz, o resultado dá bem diferente: *m <- matrix(c(Curitiba, Lapa),2,3, byrow=TRUE) chisq.test(m)* "> chisq.test(m) Pearson's Chi-squared test data: m X-squared = 10.9144, df = 2, p-value = 0.004266 Warning message: In chisq.test(m) : Chi-squared approximation may be incorrect" A idéia é observar se existe algum tipo de associação entre Tipo de Gravidez e Munícipio. Os dados representam Um, dois, três ou mais filhos respectivamente. Algum dos meus testes está certo? Caso não estejam, alguém pode me informar onde eu estou errando? Essa é a primeira vez que trabalho com testes envolvendo a distribuição X² -- att, Rafael Simões (41) 9836 1010 http://alienado.com.br http://twitter.com/cwbrafael

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D de Dunnet
by Peterson Gardin 17 Nov '11

17 Nov '11

Pessoal, alguém sabe me dizer como encontrar o D de Dunnet, tabelado no R. Obrigado. João Peterson Pereira Gardin Pesquisador Epagri - Videira - SC Doutor em Fisiologia Vegetal Engenheiro Agrônomo Fones: (49) 3566-0054

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[Dúvida] Pintar polygono de Mapa
by Pedro Rafael 17 Nov '11

17 Nov '11

Pessoal plotei um arquivo shapfile de um mapa do Estado da Paraíba. Esse mapa apresente 16 regiões e cada região eu quero pintar com uma cor diferente (verde, azul, amarelo), corres não sequenciais. Estou conseguindo pintar os poligonos de cada região em separado. Criei uma variável no banco de dados (DBF) em que classifico o município enter 1 a 16. O comando abaixo eu consigo pintar de vermelho aqueles municípios que tem a variável dados_regionais igual à 1 e de azul os que tem a variável igual à 2. plot(mapa, col=ifelse(dados_regionais == 1, "red", "white"), axes = "TRUE") plot(mapa, col=ifelse(dados_regionais == 2, "blue", "white"), axes = "TRUE") O problema é que a cada plot tenho um mapa diferente. Como destacar esses municípios em um mesmo mapa? -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho. Estatístico - Secretaria de Estado da Saúde - PB.

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Regressão segmentada!
by Ivan Bezerra Allaman 17 Nov '11

17 Nov '11

Bom dia senhores!! Estou encontrando um problema no ajuste de uma regressão segmentada, e não estou encontrando onde está este problema. Já fiz vários ajustes deste tipo, mais com este modelo particularmente tem alguma coisa errada que não sei onde é. No estudo dos pontos de chutes, o erro é claro, mais não estou sabendo como contornar. Deveria haver três segmentos, mais pelo estudo com janelas interativas, parece haver 5 segmentos. Se alguém puder ajudar, agradeço desde já. Segue um CMR. x <- c(0,0,0,10,10,10,20,20,20,35,35,35) y <- c(7.77, 7.81, 7.81, 7.60, 7.67, 7.65, 7.60, NA, 7.66, 7.60, 7.42, 7.50) segment_lpl <- function(x,b0,b1,b2,K,X0,X1){ (b0+b1*x)*(x<=X0)+ (K)*(X0<x & x<X1)+ (b0+b1*X0-b2*(X1-x))*(x>=X1) } teste <- nls(y ~ segment_lpl(x,b0,b1,b2,K,X0,X1), start=list(b0=7.8,b1=-0.02,b2=-0.01,K=7.5,X0=10,X1=20)) library(gWidgetsRGtk2) limits <- list(b0=c(7,8), b1=c(-0.05,0), b2=c(-0.04,0), K=c(7,8), X0=c(8,10), X1=c(18,25)) start <- list() # lista com os valores para chute #----------------------------------------------------------------------------- #função que será atualizada a cada movimento do deslizador #parâmetros dentro de svalue() são controlados, nomes igual aos da lista plot.chute <- function(...){ #faz o gráfico de dispersão plot(y ~ x) #sobrepõe a curva com os valores dos deslizadores curve(segment_lpl(x, svalue(b0), svalue(b1), svalue(b2), svalue(K),svalue(X0), svalue(X1)), add=TRUE, col=2) #reescreve o start com os valores dos delizadores, para usar na nls() start <- list(b0=svalue(b0), b1=svalue(b1), b2=svalue(b2), K=svalue(K), X0=svalue(X0), X1=svalue(X1)) } #----------------------------------------------------------------------------- #criação da janela com deslizadores #na primeira chamada escolher uma das opções (sempre escolho a 1) #Select a GUI toolkit #essa função pode estar num arquivo fn.R e carregada com source("fn.R") w <- gwindow("Caixa com deslizadores para controlar parâmetros") tbl <- glayout(cont=w) for(i in 1:length(limits)){ tbl[i,1] <- paste("Controle", names(limits)[i]) tbl[i,2, expand=TRUE] <- (assign(names(limits)[i], gslider(from=limits[[i]][1], to=limits[[i]][2], by=diff(limits[[i]])/20, value=mean(limits[[i]]), container=tbl, handler=plot.chute))) } # #----------------------------------------------------------------------------- #agora com a caixa criada, basta chamar a função e mover os deslizadores plot.chute() (S,P,f) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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R rodando no terminal??
by Marcelo Cardoso mello 16 Nov '11

16 Nov '11

Por este dias iniciei a utilização do linux e muitos de vocês me deram excelentes dicas. No terminal (do ubunto) usei: $ sudo apt-get install r-base Depois: $ R E o R abre e roda no terminal. No linix o R roda no terminal ou faltou algo? Obrigado mais uma vez por alguma luz.

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ks.test ajuda em resultados
by julio cesar araujo 16 Nov '11

16 Nov '11

Kolmogorov - Smirnov test no R, Pessoal, quero verificar se um conjunto de dados tem distribuição uniforme (0,1). Daí através da função ks.test, uso, por exemplo, o comando ks.test(x, "punif"). Para um conjutno de dados que possuo esse comando apresenta valor abaixo de 0.5 o que significa que meus dados não possuem a distribuição uniforme. Só que essa mesma função pode ser utilizada para comparar se duas amostras possuem a mesmadistribuição, por exemplo ks.test(x, y), daí criei uma variável y, através de um runif (uma uniforme randomica) e testei com a X e resultado foi aceito (acima de 0.20, no meu caso). Como isso é possível???? seria x então uniforme ou não, como é possível quando utilizado "punif" dar que não oe quando comparado a uma variável uniforme criada aleatorimente por mim acusar ter a mesma distribuição?? Desde já agradeço e peço desculpas pela "trivialidade" da pergunta.

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[Dúvida] Sites discussão sobre o R
by Pedro Rafael 16 Nov '11

16 Nov '11

Pessoal vocês indicam alguns sites que também discutem o R que são mantidos com frequência? Estou em busca de alguns sites interessantes que assim como nós discutem a linguagem R. -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho. Estatístico - Secretaria de Estado da Saúde - PB.

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Erro ao importar mapa (Shapefile)
by Roney Fraga Souza 15 Nov '11

15 Nov '11

Utilizo os seguintes endereços para encontrar shapefile, talvez seja útil. http://wwwn.cdc.gov/epiinfo/script/shapefiles.aspx http://www.econ.fea.usp.br/nereus/shapes.html#BRASIL http://siscom.ibama.gov.br/shapes/ http://www.zsee.seplan.mt.gov.br/servidordemapas/downloads/Shapes/Base_250_… Att Roney

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[OFF] Google investindo e divulgando ainda mais o R
by Pedro Rafael 14 Nov '11

14 Nov '11

Alguem aqui usam o googleVis? Comecei a perceber que a google já está investindo na linguagem R, utilizando e divulgando. Vejam o site: http://code.google.com/p/google-motion-charts-with-r/downloads/list Interessante que podemos criar gráficos interativos em flash muito rápidos usando R. -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho. Estatístico - Secretaria de Estado da Saúde - PB.

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Confesso que achava ser mais complicado.
by Leonard de Assis 14 Nov '11

14 Nov '11

Hoje cedo precisei unir dois dataframes. Ambos com as mesmas variáveis, mas semelhantes ao cmr abaixo: df <- data.frame(A= 1:10, B = rnorm(10), C = TRUE) df1 <- data.frame(A= 1:10, C = FALSE, B = rnorm(10)) df df1 Por curiosidade, testei rbind(df,df1) e ... Funcionou! Por esta eu não esperava, achava ser um pouco mais complicado, tinha até aberto o help do merge para ver uma solução. -- []s Leonard de Assis assis<dot> leonard<at> gmail<dot> com

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[Dúvida] Rodando R no Vim.
by Pedro Rafael 13 Nov '11

13 Nov '11

Pessoal como chamar o R no Vim. Acredito que o o plugin vim-r-plugin está instalando corretamente. Veja o diretorio :~/.vim/r-plugin listado abaixo com todos os arquivos do .zip que baixei pelo site ( http://www.vim.org/scripts/script.php?script_id=2628) Ao chamar o GVim eu não vejo o ícone do R na aba superior como indício de uma instalação correta. Precisa fazer mais alguma coisa? root@pedro-Infoway:~/.vim/r-plugin# ls build_omniList.R global_r_plugin.vim tex_indent.vim vimprint.R common_buffer.vim screenrc tmux.conf vimSweave.R common_global.vim screenrc.xterm vimbrowser.R etags2ctags.R specialfuns.R vimhelp.R -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho. Estatístico - Secretaria de Estado da Saúde - PB.

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lack of fit
by Luiz André Zardo 13 Nov '11

13 Nov '11

como obter teste de falta de ajuste em um modelo de regressão no R? Obrigado!!

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Melhor versão do linux para R
by Marcelo Cardoso mello 12 Nov '11

12 Nov '11

Valeu pessoal pelas dicas. Instalei o Ubunto 11.10 que esta me parecendo ótimo. Instalei (acho que instalei) o R via terminal com o comando: $ sudo apt-get install r-base Mas diferentemente de outros programas que instalei pelo terminal (como o amsn) não encontro o ícone de inicialização no painel inicial. O que estou fazendo errado?

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Importar uma matriz na extensão data.xlsx
by Ricardo Olinda 11 Nov '11

11 Nov '11

Prezados! Poderiam me auxiliar na importação de uma matriz de dimensões 5384x7835? O arquivo está em .xlsx e estou utilizando o ubuntu. Utilizei o pacote 'gdata' e instalei o módulo: installXLSXsupport(perl = "perl", verbose = FALSE), suporte para extensão .xlsx... O primeiro erro que aparece é a falta de memória. Grato pela ajuda, Att: Ricardo,

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Erro ao importar mapa (Shapefile)
by Pedro Rafael 10 Nov '11

10 Nov '11

Pessoal estou utilizando a biblioteca maptools para importar mapas no shapefile e está ocorrendo o erro que segue: mapa <- readShapePoly("/home/pedro/Documentos/MALHA MUNICIPAL (MAPA)/PB.shp") Erro em make.names(onames, unique = TRUE) : string multibyte inválida 5 O que pode ser? É algum problema no arquivo DBF? Estou utilizando o Linux e a versão 2.14 do R. -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho. Estatístico - Secretaria de Estado da Saúde - PB.

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benchmarking
by Benilton Carvalho 10 Nov '11

10 Nov '11

Aos interessados em fazer algum benchmarking, aqui uma sugestao: 1) Instale o pacote SuppDists 2) Execute: source('http://r.research.att.com/benchmarks/R-benchmark-25.R') 3) Reporte aqui: a) Informacao de Hardware b) Versao do R c) Informacoes adicionais relevantes (BLAS / LAPACK / etc) d) Resultados do benchmark... Para o meu caso: Mac Pro 4,1 Quad-Core Xeon 2.93GHz x 2 HT 16G RAM R 2.13.2 (binario padrao) + ATLAS BLAS Resultados: R Benchmark 2.5 =============== Number of times each test is run__________________________: 3 I. Matrix calculation --------------------- Creation, transp., deformation of a 2500x2500 matrix (sec): 0.617666666666613 2400x2400 normal distributed random matrix ^1000____ (sec): 0.267000000000053 Sorting of 7,000,000 random values__________________ (sec): 0.821333333333352 2800x2800 cross-product matrix (b = a' * a)_________ (sec): 0.37166666666667 Linear regr. over a 3000x3000 matrix (c = a \ b')___ (sec): 0.316000000000031 -------------------------------------------- Trimmed geom. mean (2 extremes eliminated): 0.417059757745061 II. Matrix functions -------------------- FFT over 2,400,000 random values____________________ (sec): 0.489666666666684 Eigenvalues of a 640x640 random matrix______________ (sec): 0.65166666666668 Determinant of a 2500x2500 random matrix____________ (sec): 0.430999999999964 Cholesky decomposition of a 3000x3000 matrix________ (sec): 0.331666666666706 Inverse of a 1600x1600 random matrix________________ (sec): 0.471333333333329 -------------------------------------------- Trimmed geom. mean (2 extremes eliminated): 0.463342341088548 III. Programmation ------------------ 3,500,000 Fibonacci numbers calculation (vector calc)(sec): 0.721333333333367 Creation of a 3000x3000 Hilbert matrix (matrix calc) (sec): 0.472333333333268 Grand common divisors of 400,000 pairs (recursion)__ (sec): 2.30133333333337 Creation of a 500x500 Toeplitz matrix (loops)_______ (sec): 0.733999999999999 Escoufier's method on a 45x45 matrix (mixed)________ (sec): 0.533999999999992 -------------------------------------------- Trimmed geom. mean (2 extremes eliminated): 0.656333300289129 Total time for all 15 tests_________________________ (sec): 9.53200000000008 Overall mean (sum of I, II and III trimmed means/3)_ (sec): 0.502429238538774 --- End of test ---

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