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Cluster - Var categorica e continua
by bruno vidigal 09 Fev '12

09 Fev '12

Boa noite, alguém conhece algum pacote que trabalhe com análise de agrupamento para variáveis categóricas e contínuas conjuntamente? Desde já agradeço a atenção, -- Bruno C. Vidigal

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Usando o nome da coluna dentro do apply
by Vanessa Leotti Torman 09 Fev '12

09 Fev '12

Caros membros da lista R-br, gostaria de uma ajuda em relação a situação a seguir. Gostaria de aplicar certa função as colunas de uma matriz, sendo que entre outras coisas, a função que desejo deve gravar arquivos csv com os dados. Entretanto, preciso de um arquivo apra cada coluna, e não estou conseguindo transferir o nome (ou número da coluna) dentro da função apply. Um código exemplo está abaixo: dados = replicate(100,rnorm(50)) funcao = function(coluna){ y = coluna x = 2*coluna tabela = data.frame(x,y) nome1 = colnames(coluna) nome2 = names(coluna) #write.csv("tabela_?NOMEDACOLUNA?.csv") saida = list(nome1,nome2,x,y) return(saida) } resultados = apply(dados,2,funcao) O problema está em como passar o nome da coluna, pois tanto o "names" e o "colnames" retornam NULL. Eu sei que se o objetivo fosse somente o de criar estes vários arquivos poderia usar "eval" e "paste", mas a função que quero aplicar é muito mais complexa que esta. O objetivo de criar os arquivos csv é poder tirar alguns objetos da saída da minha função e assim economizar memória RAM. Tais objetos não são primordias para mim mas gostaria de salvá-los. Muito obrigada, Vanessa B Leotti Torman UFRGS

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[Dúvida] Somar linhas duplicadas
by Pedro Rafael 09 Fev '12

09 Fev '12

Pessoal como somar elementos de uma tabela de frequencia que possui elementos duplicados, por exemplo, considere a tabela abaixo: tabela = data.frame(sexo = c("f","f","f","m","f","m","f"), horas = c(20,21,18,13,16,13,14)) Gostaria de obter a tabela que seque: resultado = data.frame(sexo = c("f","m"), horas = c(89,26)) Ou seja, queria de alguma forma fixar a variável sexo e como ela tem apenas dois níveis, "f" e "m", somar a variável horas de acordo com os dois níveis obtendo uma tabela resumida sem duplicidades. Meu problema real é uma tabela com mais de 10 mil linhas que possui duplicidades em uma coluna. Quero consolidar essas linhas duplicadas para uma dada variável somando as informações. -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho. Estatístico - Secretaria de Estado da Saúde - PB.

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 12, assunto 8
by jorgeas＠ufcg.edu.br 08 Fev '12

08 Fev '12

Qual procedimento para converte um arquivo .txt para .csv, ou sesa, uma banco da PNAD Jorge Alves de Sousa Prof. Adjunto I Coordenador pro tempore do Curso de Licenciatura em Matemática ----- Mensagem original ----- De: r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quarta-feira, 8 de Fevereiro de 2012 12:00:02 Assunto: Digest R-br, volume 12, assunto 8 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: Referências C/C++ e R (Eduardo Leoni) 2. Re: Usando o nome da coluna dentro do apply (Eduardo Leoni) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Tue, 7 Feb 2012 15:01:50 -0200 From: Eduardo Leoni <e.leoni(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Referências C/C++ e R Message-ID: <CAEKuhtiODAe8StpxLi_ox578Pf7r-3a9UGVYjF1V7+EhFAwvcg(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Eu começaria lendo a documentação Rcpp. Por exemplo: http://dirk.eddelbuettel.com/papers/Rcpp-introduction.pdf 2012/2/7 Leandro Marino <leandromarino(a)leandromarino.com.br> > * > * > *Caros,* > * > * > *tentei localizar sem sucesso nos históricos da lista. Alguém por acaso > pode sugerir referências (além do Google :) ) para aprender sobre C / C++. > Seria interessante algum material que focasse em estatística e no R. Vi o > livro * > Statistical Computing in C++ and R > *mas não sei se é bom. O preço dele é salgado para arriscar... * > * > * > *Um abraço,* > *Leandro* > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120207/570c011e/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Tue, 7 Feb 2012 15:13:00 -0200 From: Eduardo Leoni <e.leoni(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Usando o nome da coluna dentro do apply Message-ID: <CAEKuhtjLtBUiMrx8uzujdrYGuG9TeOiz4amPMXVKooMn5-ofAQ(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" O que Eder falou. Mas mesmo assim não daria certo. O jeito mais fácil, mas é um "copout" é usar um loop. Ou se quiser mesmo apply: apply(names(dados),2,funcao) modificando a funcao para pegar o nome da coluna e extrair de 'dados'. 2012/2/6 Eder David Borges da Silva <eder(a)leg.ufpr.br> > Vanessa, > se sei se é esse o problemas, mas sua matriz parece estar sem nome, > por isso esta retornando o NULL > quando a matriz tem nome nas colunas o colnames funciona: > > dados = replicate(100,rnorm(50)) > ## Colocando os nomes > dimnames(dados)[[2]] <- paste('X',1:100,sep='') > head(dados) > colnames(dados) > > dimnames(dados)[[2]] > > funcao = function(coluna){ > y = coluna > x = 2*coluna > tabela = data.frame(x,y) > nome1 = colnames(coluna) > nome2 = names(coluna) > #write.csv(FILE,paste(nome1,'.csv',sep='')) > saida = list(nome1,nome2,x,y) > return(saida) > } > > resultados = apply(dados,2,funcao) > > Acho que pode ser isso... > Éder > > > > Em 6 de fevereiro de 2012 16:12, Vanessa Leotti Torman > <vleotti(a)yahoo.com.br> escreveu: > > Caros membros da lista R-br, > > > > gostaria de uma ajuda em relação a situação a seguir. Gostaria de aplicar > > certa função as colunas de uma matriz, sendo que entre outras coisas, a > > função que desejo deve gravar arquivos csv com os dados. Entretanto, > preciso > > de um arquivo apra cada coluna, e não estou conseguindo transferir o nome > > (ou número da coluna) dentro da função apply. > > > > Um código exemplo está abaixo: > > > > dados = replicate(100,rnorm(50)) > > > > funcao = function(coluna){ > > y = coluna > > x = 2*coluna > > tabela = data.frame(x,y) > > nome1 = colnames(coluna) > > nome2 = names(coluna) > > #write.csv("tabela_?NOMEDACOLUNA?.csv") > > saida = list(nome1,nome2,x,y) > > return(saida) > > } > > > > resultados = apply(dados,2,funcao) > > > > O problema está em como passar o nome da coluna, pois tanto o "names" e o > > "colnames" retornam NULL. > > > > Eu sei que se o objetivo fosse somente o de criar estes vários arquivos > > poderia usar "eval" e "paste", mas a função que quero aplicar é muito > mais > > complexa que esta. O objetivo de criar os arquivos csv é poder tirar > alguns > > objetos da saída da minha função e assim economizar memória RAM. Tais > > objetos não são primordias para mim mas gostaria de salvá-los. > > > > Muito obrigada, > > Vanessa B Leotti Torman > > UFRGS > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código > > mínimo reproduzível. > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120207/fc7711f3/atta…> ------------------------------ _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Fim da Digest R-br, volume 12, assunto 8 ****************************************

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Help Swaeve
by jorgeas＠ufcg.edu.br 08 Fev '12

08 Fev '12

Alguém pode dizer por que quando rodo o Swaeve, ele dá a seguinte mensagem: Swaeve.sty not found??? Jorge Alves de Sousa Prof. Adjunto I Coordenador pro tempore do Curso de Licenciatura em Matemática ----- Mensagem original ----- De: r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quarta-feira, 8 de Fevereiro de 2012 12:00:02 Assunto: Digest R-br, volume 12, assunto 8 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: Referências C/C++ e R (Eduardo Leoni) 2. Re: Usando o nome da coluna dentro do apply (Eduardo Leoni) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Tue, 7 Feb 2012 15:01:50 -0200 From: Eduardo Leoni <e.leoni(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Referências C/C++ e R Message-ID: <CAEKuhtiODAe8StpxLi_ox578Pf7r-3a9UGVYjF1V7+EhFAwvcg(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Eu começaria lendo a documentação Rcpp. Por exemplo: http://dirk.eddelbuettel.com/papers/Rcpp-introduction.pdf 2012/2/7 Leandro Marino <leandromarino(a)leandromarino.com.br> > * > * > *Caros,* > * > * > *tentei localizar sem sucesso nos históricos da lista. Alguém por acaso > pode sugerir referências (além do Google :) ) para aprender sobre C / C++. > Seria interessante algum material que focasse em estatística e no R. Vi o > livro * > Statistical Computing in C++ and R > *mas não sei se é bom. O preço dele é salgado para arriscar... * > * > * > *Um abraço,* > *Leandro* > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120207/570c011e/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Tue, 7 Feb 2012 15:13:00 -0200 From: Eduardo Leoni <e.leoni(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Usando o nome da coluna dentro do apply Message-ID: <CAEKuhtjLtBUiMrx8uzujdrYGuG9TeOiz4amPMXVKooMn5-ofAQ(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" O que Eder falou. Mas mesmo assim não daria certo. O jeito mais fácil, mas é um "copout" é usar um loop. Ou se quiser mesmo apply: apply(names(dados),2,funcao) modificando a funcao para pegar o nome da coluna e extrair de 'dados'. 2012/2/6 Eder David Borges da Silva <eder(a)leg.ufpr.br> > Vanessa, > se sei se é esse o problemas, mas sua matriz parece estar sem nome, > por isso esta retornando o NULL > quando a matriz tem nome nas colunas o colnames funciona: > > dados = replicate(100,rnorm(50)) > ## Colocando os nomes > dimnames(dados)[[2]] <- paste('X',1:100,sep='') > head(dados) > colnames(dados) > > dimnames(dados)[[2]] > > funcao = function(coluna){ > y = coluna > x = 2*coluna > tabela = data.frame(x,y) > nome1 = colnames(coluna) > nome2 = names(coluna) > #write.csv(FILE,paste(nome1,'.csv',sep='')) > saida = list(nome1,nome2,x,y) > return(saida) > } > > resultados = apply(dados,2,funcao) > > Acho que pode ser isso... > Éder > > > > Em 6 de fevereiro de 2012 16:12, Vanessa Leotti Torman > <vleotti(a)yahoo.com.br> escreveu: > > Caros membros da lista R-br, > > > > gostaria de uma ajuda em relação a situação a seguir. Gostaria de aplicar > > certa função as colunas de uma matriz, sendo que entre outras coisas, a > > função que desejo deve gravar arquivos csv com os dados. Entretanto, > preciso > > de um arquivo apra cada coluna, e não estou conseguindo transferir o nome > > (ou número da coluna) dentro da função apply. > > > > Um código exemplo está abaixo: > > > > dados = replicate(100,rnorm(50)) > > > > funcao = function(coluna){ > > y = coluna > > x = 2*coluna > > tabela = data.frame(x,y) > > nome1 = colnames(coluna) > > nome2 = names(coluna) > > #write.csv("tabela_?NOMEDACOLUNA?.csv") > > saida = list(nome1,nome2,x,y) > > return(saida) > > } > > > > resultados = apply(dados,2,funcao) > > > > O problema está em como passar o nome da coluna, pois tanto o "names" e o > > "colnames" retornam NULL. > > > > Eu sei que se o objetivo fosse somente o de criar estes vários arquivos > > poderia usar "eval" e "paste", mas a função que quero aplicar é muito > mais > > complexa que esta. O objetivo de criar os arquivos csv é poder tirar > alguns > > objetos da saída da minha função e assim economizar memória RAM. Tais > > objetos não são primordias para mim mas gostaria de salvá-los. > > > > Muito obrigada, > > Vanessa B Leotti Torman > > UFRGS > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código > > mínimo reproduzível. > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120207/fc7711f3/atta…> ------------------------------ _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Fim da Digest R-br, volume 12, assunto 8 ****************************************

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Referências C/C++ e R
by Leandro Marino 07 Fev '12

07 Fev '12

* * *Caros,* * * *tentei localizar sem sucesso nos históricos da lista. Alguém por acaso pode sugerir referências (além do Google :) ) para aprender sobre C / C++. Seria interessante algum material que focasse em estatística e no R. Vi o livro * Statistical Computing in C++ and R *mas não sei se é bom. O preço dele é salgado para arriscar... * * * *Um abraço,* *Leandro*

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Sobre teste de igualdade de matrizes de covariâncias
by Katia Alves Campos 07 Fev '12

07 Fev '12

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Novo pacote SCperf
by marlene marchena 07 Fev '12

07 Fev '12

Oi pessoal, Gostaria de anunciar que o pacote 'SCperf " já está disponible no CRAN. O pacote implementa diferentes modelos de estoque, o efeito chicote e outras variáveis de desempenho da cadeia de suprimento. Esta é a primeira versão do pacote e também o meu primeiro pacote para R. Sugestões, informes de erros e outros comentarios são benvindos. Obrigada, Marlene.

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Re: [R-br] arredondar soma para 100%
by Ivan Bezerra Allaman 06 Fev '12

06 Fev '12

Se você arredondar o seu objeto "porc" para 3 digitos, terás 20,455 para a letra a. Não sei porque cargas d'água o R arredonda para 20,45, pois aprendi na escolinha e segundo o wikipedia também, o correto seria arredondar este número para 20,46. Fazendo isso, o seu problema fica resolvido. (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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Gaussian Random Fields - grf::geoR
by Rodrigo Sant'Ana 06 Fev '12

06 Fev '12

Pessoal, estou com uma pequena dúvida na simulação de um campo Gaussiano aleatório, com a função grf do pacote geoR. Acredito que vocês poderão me ajudar e/ou até me corrigir. A idéia central é simular um campo onde os valores dos dados representaram densidades de uma determinada espécie, para posterior determinação da densidade total da área em questão. Para tanto, estou replicando a seguir o código executado por mim. ### set.seed(3) dados <- grf(400, grid = "reg", xlims = c(0, 20), ylims = c(0, 20), cov.pars = c(56, 4), cov.model = "gaussian", nugget = 1, mean = 57.8) summary(dados1) $n [1] 400 $coords.summary x y min 0 0 max 20 20 $distances.summary min max 1.052632 28.284271 $data.summary Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. 44.06 55.45 59.33 59.36 63.71 71.96 $borders.summary Var1 Var2 min 0 0 max 20 20 $others [1] "cov.model" "nugget" "cov.pars" "kappa" "lambda" [6] "aniso.pars" "method" ".Random.seed" "messages" "call" attr(,"class") [1] "summary.geodata" ======= Dúvida: Ao solicitar o summary do objeto "dados", observa-se que o amplitude dos valores ($data.summary) gerados pela função grf vai de 44.06 a 71.96. Entretanto, gostaria de simular algo mais próximo da realidade das espécies de animais alvo desta simulação, onde esta amplitude deveria que ser maior, com valores minimos mais próximos a zero e os valores máximos poderiam ser os mesmos (próximos á 80). Seria possível aumentar a amplitude dos valores gerados para os dados ou estou devaneando demais? P.S.: A idéia não é induzir a geração de valores aleatórios, o intuito é aumentar a amplitude dos dados ok! Desculpem-me se ficou um pouco tendenciosa a explanação a cima, mas a ideia era meramente explicar minha dúvida. Obrigado pela atenção e ajuda de todos. Abs _______________ Rodrigo Sant'Ana Oceanógrafo

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Factanal - Erro!
by Lincoln Thiago Neves 05 Fev '12

05 Fev '12

Amigos, Gostaria de ma ajuda com o procedimento de Análise Fatorial no R. Estou tentando rodar um programa com o factanal, mas o R apresenta o seguinte erro: Erro em solve.default(cv) : sistema é computacionalmente singular: condição recíproca número = 2.65204e-20 Gostaria de entender sobre esse erro. Quem puder me dar essa ajuda serei grato! O programa que estou rodando é o seguinte: escola_2<-read.csv2('Input_Q_escola2.csv') outputaf_2<-factanal(escola_2,factors= 9,scores='regression') rot_escola_2<-varimax(loadings(outputaf_2), normalize = FALSE) matrizL_2<-outputaf$loadings escores_2<-outputaf$score write.table(file='matrizL_2.csv', matrizL_2, sep=';', dec=',') write.table(file='escores_2.csv', escores_2, sep=';', dec=',') O erro acontece abaixo do "outputaf_2". A base "Input_Q_escola2.csv" segue anexa. Obrigado! -- Lincoln Neves MSN: lincolnthiago(a)hotmail.com E-mail: lincolnthiago.neves(a)gmail.com Web: http://ltnestsof.blogspot.com/ Cel: 8883-3632

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Ponto máximo equações quadráticas
by Alexandre Santos 04 Fev '12

04 Fev '12

Boa tarde pessoal, Tenho várias equações quadráticas como por exemplo: fx <- function(x) -6.685+8.227*x-0.841*x^2, gostaria de calcular as coordenadas dos pontos máximos/mínimos para as equações e gostaria de saber se existe uma função para tal ou tenho que encontrar a derivada, depois encontrar as raízes, etc. Muito obrigado, Alexandre dos Santos Engenheiro Florestal, MSc. Universidade Federal de Lavras Departamento de Entomologia Laboratório de Entomologia Florestal Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras/MG Fone: +55 (35) 3829-5122

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cluster hierarquico ward
by Vinicius Brito Rocha 03 Fev '12

03 Fev '12

Sr. estou com uma dúvida sobre o método hierarquico de clusterização de ward. Não em como utiliza-lo no R e sim como funciona o seu algoritmo? Estou com uma bibliografia, mas honestamente não estou entendendo. Alguém poderia me dar uma luz? Abs -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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mudar cor grafico - Plot(x,y)
by jose coelho 01 Fev '12

01 Fev '12

Vivam todos, Alguém me diz com mudar a cor num gráfico feito com Plot (xy), mas mudar a penas a cor da área de desenho. tentei com bg="gray" mas altera toda a área! Muito obrigado -- jmmcoelho

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Factor para Dummy
by Vinicius Brito Rocha 01 Fev '12

01 Fev '12

Sr., Acredito que essa seja fácil. Qual o pacote trasforma uma variável tipo factor em uma matrix de variáveis Dummy? abs -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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ajuste com nls
by Gilson Sanchez 31 Jan '12

31 Jan '12

Pessoal mais uma duvida, eu fiz um ajuste com o nls, mas eu quero saber como utilizar a e b ou seja se tem algum comando para que eu possa utilizar os valores que foram estimadas pela equação Segue o CMR que estou trabalhando # Planta 1 planta1=foto[1:90,-3:-6] names(planta1) [1] "especie" "esp" "PAR" "Tleaf" "W" "Pn" "E" [8] "C" "int_CO2" colnames(planta1)<-c("especiea", "espa", "PARa","Tleafa", "Wa", "Pna", "Ea", + "Ca", "int_CO2a") # Obtendo PAR planta1.luz =tapply(planta1$PARa, INDEX=planta1$PARa, FUN=mean) planta1.luz 0 25 50 75 100 500 1000 1500 2000 0 25 50 75 100 500 1000 1500 2000 planta1.me.Pna=tapply(planta1$Pna, INDEX=planta1$PARa, FUN=mean) planta1.me.Pna 0 25 50 75 100 500 1000 1500 2000 -0.428 0.144 0.411 1.275 2.052 4.349 5.082 4.078 3.794 planta1.ajuste=nls((planta1.me.Pna~(a+0.428)*(1-exp(-b*planta1.luz/(a+0.428)))-0.428), + start=list(a=200, b=0.5)) planta1.ajuste Nonlinear regression model model: planta1.me.Pna ~ (a + 0.428) * (1 - exp(-b * planta1.luz/(a + 0.428))) - 0.428 data: parent.frame() a b 4.37564 0.02943 residual sum-of-squares: 1.258 Number of iterations to convergence: 5 Achieved convergence tolerance: 3.175e-06 max=c(planta1.ajuste$a) = ????? alfa=c(plnat1.ajuste$b) = ??????? Desde já muito obrigado. -- Bach. Agr.Gilson Sánchez Chia, MSc. Laboratório de Fisiologia Vegetal Embrapa Amazônia Ocidental Fone: (92) 3303-7841 http://lattes.cnpq.br/3684553005529634 --- Antes de imprimir, pense na sua responsabilidade com o Meio Ambiente. Please consider the environment before printing this email. Renew, Reduce and Recycle. The Planet Knows.*** Salva un Árbol.* * *** * PIENSA**** EN EL MUNDO PARA TUS HIJOS** *

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(sem assunto)
by Paulo Ricardo Silva Moreira 31 Jan '12

31 Jan '12

Boa tarde Galera, Gostaria de saber como faço para postar várias séries no mesmo gráfico, e como faço para colocar uma cor diferente para cada série, de forma a diferenciá-las. Att, Paulo Ricardo.

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Inserir legenda em Boxplot
by Marcelo Claro de Souza 31 Jan '12

31 Jan '12

Tentei inserir uma legenda dentro de um boxplot utilizando o comando abaixo e sempre recebo a informção de erro inesperado. legend("topleft","(x,y)",pch=1,tittle=" A",inset=0.02) Teria alguma outra opção? Abraço e muito obrigado. Marcelo Claro de Souza Biologist, PhD student in Plant Biology Institute of Bioscience - UNESP, Brazil

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Dúvida sobre teste
by Katia Alves Campos 31 Jan '12

31 Jan '12

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Importar Microdados - arquivos .txt sem separação entre as colunas
by Roney Fraga 31 Jan '12

31 Jan '12

Caros, Diante da necessidade de importar microdados, principalmente do IBGE, por meio do pacote IBGEPesq()* *que vem apresentando alguns problemas, pergunto se algum usuário tem alguma sugestão para importar microdados alternativa ao pacote IBGEPesq(). Microdados consiste geralmente em grandes pesquisas que são disponibilizadas em arquivos .txt apenas com números sem nenhuma separação entre as colunas, sendo o arquivo dicionário disponibilizado a parte em outro arquivo .txt, nesse arquivo dicionário consta em que coluna começa e termina cada variável. No link http://www.datafilehost.com/download-2565fe79.html segue exemplo do arquivo .txt com os dados da PNAD 2009 banco domicílios. E no link http://www.datafilehost.com/download-fe9c31a8.html segue exemplos de dicionários para o SAS, disponibilizado pelo IBGE, e para o Stata que fiz com base no dicionário anterior. Se necessário o mesmo dicionário pode ser encontrado no R através dos comandos install.packages('dicionariosIBGE')library(dicionariosIBGE) data(dicPNAD2009) dicdom2009 No Stata uma vez que tenha o dicionário, na extensão .dct, e o arquivo .txt com os dados a serem lidos basta executar o comando infile using “/Caminho/Arquivo/dicionario.dct” no R não sei se é possível seguir o mesmo raciocínio para importar dados em arquivos .txt, caso algum usuário possa contribuir será uma grande ajuda. Os arquivos em .txt geralmente são grandes, por exemplo, a PNAD 2009 arquivo pessoas tem 320MB. Uma vez ultrapassada a dificuldade de importar os dados, será mais fácil utilizar o R para trabalhar com os dados públicos das seguintes pesquisas: PNAD, POF, PME, Enade, Censo Escolar, Censo da Educação Superior, Censo dos Profissionais do Magistério, Saeb, Enem, Provão, PNERA, Prova Brasil, Pesquisa de Ações Discriminatórias no Âmbito Escolar, etc... Atenciosamente Roney

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Comparando series temporais com uma variavel externa, como analisar?
by Augusto Ribas 30 Jan '12

30 Jan '12

Ola pessoal. Bem pra economizar tempo, antes de ficar falando minha historinha eu vou fazer a minha pergunta pra não tomar muito o tempo de vocês. Como correlacionar series temporais com um atributo externo de cada serie temporal e estimar o quanto esse atributo deixa a serie temporal estável. Acho que essa é a pergunta que eu tenho que responder e ainda não sei como. Estava tentando aprender sobre series temporais mas estou apanhando aqui com o R. Basicamente eu gostaria de comparar varias series temporais com uma variável externa. A ideia é mais ou menos o seguinte, tenho dados da fenologia de varias especies de planta. Por exemplo, todo mes eu vou la no campo e para varias arvores de cada especie eu olho se ha brotos e estimo qual a porcentagem da copa que tem esses brotos. Ai fico com uma matriz onde colunas são especies e linhas são o estado fenológico da planta. Além disso, cada especie tem uma medida caracteristica dela, da especie, que é a densidade de madeira. A principio, me parece que especies com densidade de madeira alta so dão brotos no período de seca, enquanto as especies que tem densidade de madeira baixa são bagunçadas, brotam na chuva, fora da chuva, estão nem ai pra paçoca. Eu estava lendo o livro Analyzing Ecological Data (2007 by Zuur, Ieno & Smith), e pra esse tipo de coisa eles sugerem o uso de Min/max auto-correlation factor analysis (MAFA) e Dynamic factor analysis (DFA). Mas nos scripts do livro ele fala que ambos os métodos não eram implementados no R na época e ainda não achei no R eles. Eu estou garimpando atrás de algo nesse sentido aqui http://cran.r-project.org/web/views/TimeSeries.html Mas Time Series parece ser um campo muito amplo e eu to ficando perdido. Alguem tem alguma sugestão de literatura para Time Series mais voltado pra ecologia, pra fazer relação de series temporais com variáveis externas, mas não tão matematico ja que eu não tenho muita facilidade com matematica? Eu fiz um exemplo de dados de mais ou menos como estão as coisas. O exemplo é uma matriz de series temporais chamada brota, um vetor chamado chuva que é a pluviosidade no mês e um vetor que são valores de densidade de madeira das especies: Eu estava a principio explorando graficamente tudo , se alguem tiver alguma sugestão. Segue o CMR. #Exemplo: #Criando dados #Densidade de madeira set.seed(69) dmad<-round(c(rnorm(5,mean=50),rnorm(5,mean=90))) names(dmad)<-c(paste("sp",1:10,sep="")) dmad #Chuva chuva<-c(150,100,50,40,20,20,30,50,70,100,150,200,150,100,50,30,20,20,40,50,70,100,150,200) #Padrão Anual ydeb<-c(10,10,10,10,20,40,50,40,20,10,10,10) ydea<-rnorm(12,mean=mean(ydeb),sd=sd(ydeb)) #Amostras por 2 anos para especies com baixa e alta densidade de madeira brota<-matrix(NA,nrow=24, ncol=10,dimnames=list(paste("mes",1:24,sep=""),paste("sp",1:10,sep=""))) for (i in 1:5) { brota[,i]<-round(c(ydeb+rnorm(12,mean=5,sd=5),ydeb+rnorm(12,mean=5,sd=5)),digits=2) } for (i in 6:10) { brota[,i]<-round(c(ydea+rnorm(12,mean=5,sd=5),ydea+rnorm(12,mean=5,sd=5)),digits=2) } #TRansformando em serie temporal brota<-ts(brota) #Observando as Series plot(brota) #Observando as series juntas, separando as densidade de madeira por cores #Mais vermelho = mais densa, mais claro = menos densa cores<-heat.colors(10,alpha=1) matplot(c(1:24),brota,type="l",lwd=2,lty=1,xlab="meses",ylab="brota",col=cores[order(dmad)]) #Observando a chuva junto no grafico anterior graficobarras<-barplot(chuva/max(chuva)*100) matlines(graficobarras,brota,type="l",lwd=2,lty=1,xlab="meses",ylab="brota",col=cores[order(dmad)]) #Obsevando a partir de uma pca como são, mas acredito que isso esta errado fazer. brota.pca<-princomp(brota) biplot(brota.pca) -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Legenda eixo y
by Marcelo Claro de Souza 30 Jan '12

30 Jan '12

Alguém poderia me informar quais os comandos para aumentar o tamanho da fonte e deixar em negrito as legendas do eixo Y de um boxplot? Só encontrei essas informações para alterações no título. Muito obrigado pela ajuda. Marcelo Claro de Souza Biologist, PhD student in Plant Biology Institute of Bioscience - UNESP, Brazil

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Re: [R-br] Importar Microdados - arquivos .txt sem separação entre as colunas
by Roney Fraga 28 Jan '12

28 Jan '12

Obrigado a todos pela ajuda. O caminho que segui foi esse http://sites.google.com/site/marcosfs2006/microdados e em seguida utilizar a função read.fwf(). Att -- Roney

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Markov-switching GARCH (MS-GARCH)
by Rodrigo Coster 27 Jan '12

27 Jan '12

Povo, alguem tem, ou sabe onde encontrar, um código pra ajustar um MS GARCH? O que eu encontrei até agora foi um artigo dos autores do DEoptim ( http://www.jstatsoft.org/v40/i06/paper, aquele mesmo que eu pedi ajuda para gerar uma DLL), mas não tomei muita fé nos resultados que obtive e resolvi procurar por alternativas. []'s

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arredondar soma para 100%
by Alexandro (Yahoo) 26 Jan '12

26 Jan '12

#Saudações a todos da lista R-br, fui fazer um gráfico com os dados abaixo #e a pessoa que o analisou, reclamou-me dizendo que a soma não foi 100%. #Como devo proceder para que a soma seja exatamente 100% ? Ou devo dar um print screen e mudar de 20,5% para 20,4% na categoria a? #Observe que a soma não fica 100% mesmo mudando digits para 2,3,... a=rep("a",9);b=rep("b",30);c=rep("c",5) dados=c(a,b,c);tabela=table(dados) porc=round(table(dados)/length(dados)*100,digits=1) graf=barplot(tabela,axes=FALSE,ylim=c(0,100));text(graf,porc,format(porc),pos=1);text(graf,porc," %",pos=1);text(graf,porc,format(tabela)) title(main = "Quantidade e Porcentagem das Categorias :a,b,c") #Obrigado! #Desde já agradeço! #Respeitosamente, #Alex

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Re: [R-br] predict com minpack.lm
by Ivan Bezerra Allaman 26 Jan '12

26 Jan '12

Com ?nls.lm você resolveria seu problema. No entanto, segue um exemplo: f <-function(luz,a,b){ (((0.01940*luz+a+0.60375)-(((0.01940*luz+a+0.60375)^2)-4*0.01940*luz*b*(a+0.60375))^0.5)/2*b)-0.60375 } preditos <- do.call('f',c(list(luz=luz),lin1$par)) plot(luz,Pn,ylim=c(-1,5),type='l') par(new=TRUE) plot(luz,preditos,ylim=c(-1,5),col='red',xlab='',ylab='',type='l') (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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predict com minpack.lm
by Gilson Sanchez 26 Jan '12

26 Jan '12

Pessoal mais uma vez na procura de ajuda... Estou utilizando o pacote minpack.lm para ajustar uma equação muito grande que com o nls não consegui fazer, agora estou querendo ver os valores ajustados pelo modelo, alguém pode ajudar... segue o CMR o qual estou trabalhando luz=c(0,25,50,75,100,500,1000,1500,2000) Pn=c(-0.60375, 0.04300,0.27000,0.90175,1.39225,2.70350,4.93100,4.31000, 3.80075) ps<-list(a=1,b=1) model1=function(ps,xx){(((0.01940*xx+ps$a+0.60375)-(((0.01940*xx+ps$a+0.60375)^2)-4*0.01940*xx*ps$b*(ps$a+0.60375))^0.5)/2*ps$b)-0.60375} resid1=function(observed,ps,xx){observed-model1(ps,xx)} lin1=nls.lm(ps,resid1,observed=Pn, xx=PAR) summary(lin1) predict???? Agradeço desde já! -- Bach. Agr.Gilson Sánchez Chia, MSc. Laboratório de Fisiologia Vegetal Embrapa Amazônia Ocidental Fone: (92) 3303-7841 http://lattes.cnpq.br/3684553005529634 --- Antes de imprimir, pense na sua responsabilidade com o Meio Ambiente. Please consider the environment before printing this email. Renew, Reduce and Recycle. The Planet Knows.*** Salva un Árbol.* * *** * PIENSA**** EN EL MUNDO PARA TUS HIJOS** *

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[OFF-TOPIC] Superfície de resposta
by Gustavo Marcatti 26 Jan '12

26 Jan '12

Pessoal, quais são os pressupostos para utilização de superfície de resposta? Por exemplo: as variáveis independentes podem ser aleatórias ou os valores devem ser previamente definidos pelo pesquisador, assim como num delineamento experimental. Desde já agradeço. Gustavo Marcatti Eng Florestal-UFV

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Otimização de Código
by Leandro Marino 26 Jan '12

26 Jan '12

*Caros,* * * *alguém sabe me ajudar a otimizar o código do link abaixo:* * * http://pasteit.com/16646 Como referencia, coloquei o arquivo parit no link: http://pasteit.com/16647 Agradeco qualquer ajuda!!! Atenciosamente, Leandro Marino http://www.leandromarino.com.br (Fotógrafo) http://est.leandromarino.com.br/Blog (Estatístico) Cel.: + 55 21 9845-7707 Cel.: + 55 21 8777-7907

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Dúvida no uso do pacote "IBGEPesq"
by Savano Pereira 25 Jan '12

25 Jan '12

Prezados, Estou tento a seguinte mensagem de erro ao tentar carregar o pacote IBGEPesq: ------ Carregando pacotes exigidos: survey Attaching package: ‘survey’ The following object(s) are masked from ‘package:graphics’: dotchart Erro em library(pkg, character.only = TRUE) : package ‘IBGEPesq’ does not have a NAMESPACE and should be re-installed ------ Alguém já passou por algo semelhante? Como posso resolver este problema se já reinstalei o pacote? Desde já agradeço. Att, Savanno

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Regressão Stepwise
by FHRB Toledo 25 Jan '12

25 Jan '12

Colegas da lista, Seguindo o livro MASS Capítulo 6, página 175 na sessão sobre escolha "automática" de modelos e recorrendo ao help da função stepAIC() fiquei em dúvida quanto ao argumento "k". Alguém tem alguma experiência nesse ponto? Não entendi direito o emprego desse argumento, no help diz que se "k" é igual a 2 efetivamente temos como critério o AIC, percebi que aumentando o "k" a resposta é um modelo mais parcimonioso, mas qual o critério para a sua escolha? No livro MASS os autores (V & R) eles fazem qualquer referência a isso... Alguém tem alguma referencia para a escolha do "k" com qualquer relação com escolha de preditores com efeito significativo pelo "F", por exemplo? att, FH

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hotelling graph
by Daniel Marcelino 25 Jan '12

25 Jan '12

Caros, estou procurando ilustrar um paper com graficos similares aos que eu encontrei nos links abaixo. Alguém tem alguma cola de como plotar eles? http://bp0.blogger.com/_yz73HCR7mqc/SHe6j7uAxRI/AAAAAAAAADA/C1hOIjYjDbY/s16… http://bp1.blogger.com/_yz73HCR7mqc/SHe6kA34YWI/AAAAAAAAADQ/o86ZUZqTbm4/s16… http://bp3.blogger.com/_yz73HCR7mqc/SHe6j_WLH3I/AAAAAAAAADI/e5gQLByLWXk/s16…

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construcao de variaveis de polinomios
by Samuel Carvalho 25 Jan '12

25 Jan '12

Boa noite caros membros, Alguem saberia me dizer como proceder com a seguinta situação: estou ajustando modelos polinomiais tipo y ~ x+x^2+x^3+x^4+x^5 e meu data frame original possui as colunas x e y uma primeira alternativa seria dados$x2 <- dados$x^2 dados$x2 <- dados$x^3 dados$x2 <- dados$x^4 dados$x2 <- dados$x^5 mas gostaria de uma forma um pouco mais automatizada para criar estas variáveis, algo mais generico onde eu forneço o graus do polinomio e as variaveis seriam criadas automaticamente sem a necessidade de se fazer uma a uma como mostrado anteriormente. Pela antenção Obrigado Samel ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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Associação gamma no R
by Marcelo Cardoso mello 24 Jan '12

24 Jan '12

Gostaria de saber qual pacote ou função no R faz a associação gamma. Algum material interessante sobre o test também é bem vindo. Abaixo os dados. Algum teste ou medida de associação seria mais interessante para avaliar concordância entre os métodos de diagnósticos tomados nos mesmos indivíduos? Um teste de concordância? McNemar? Ou é o teste gamma mesmo a melhor opção? Problema tomografia raio x macro Presente 8 4 9 Ausente 0 3 0 Inconclusivo 1 2 0

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Letras gregas no título dos eixos
by Emerson Cotta Bodevan 24 Jan '12

24 Jan '12

Prezados membros da lista, gostaria de colocar letras gregas (alfa, beta,etc..) no título dos eixos de meus gráficos. Não estou descobrindo como. Como fazer? Agradeço antecipadamente, -- *Emerson*

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Re: [R-br] matriz de presença e ausência
by Diego Bilski 24 Jan '12

24 Jan '12

Primeiro, desculpem a demora em responder. O raciocínio do Paulo está correto. Era exatamente isso que eu precisava. muito obrigado abraço Diego

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matriz de presença e ausência
by Diego Bilski 24 Jan '12

24 Jan '12

Olá a todos. Tenho uma matriz, gerada no ArcGIS, que lendo no R ficaria assim (usando fill=T para preencher os espaços faltantes): [,1] [,2] [,3] [1,] 1 2 3 [2,] 1 3 NA [3,] 2 NA NA O que preciso é construir uma matriz de presenças e ausências em que os valores na primeira matriz representassem a coluna com 1 na segunda matriz. Por exemplo, o elemento [2,2] acima corresponderia a presença na posição [2,3] da outra matriz, ficando dessa forma: [,1] [,2] [,3] [1,] 1 1 1 [2,] 1 0 1 [3,] 0 1 0 Meus conhecimentos do R não são muitos, mas tudo que tentei até agora não chegou nem perto de funcionar. Agradeço se alguém tiver uma solução ou sugestão. Diego

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Criação de função fortran em pacote (base)
by Junior Beleti 23 Jan '12

23 Jan '12

Boa noite Benilton, o manual "Writing R Extensions" seria para o desenvolvimento de pacotes. Gostaria de saber quais os passos para a criação de uma função dentro de um pacote já existente. Se tiver alguma documentação para me indicar ficaria muito grato. Att, -- Carlos Roberto Beleti Junior Mestrado em Ciência da Computação Departamento de Informática Universidade Estadual de Maringá

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Dúvida sobre instalação
by Crysttian Arantes 23 Jan '12

23 Jan '12

Olá Pessoal, Quero instalar o R no cluster do grupo de pesquisa que participo. Nós utilizamos a distro Rock, baseada no Centos. Seguindo os procedimentos de instalação eu tenho que pegar os pacotes rpm. Porém no site do R e nos mirros os pacotes rpm para redhat estão defasados. Existe algum repositório com os pacotes para redhat atualizados? Até e obrigado Crysttian Arantes Paixão Universidade Federal de Lavras - UFLA Cel: 35 9189-7272 (Tim) Linux User: 456734 - Debian “Se fiz descobertas valiosas, foi mais por ter paciência do que qualquer outro talento.” [Isaac Newton] "Otimismo é esperar pelo melhor. Confiança é saber lidar com o pior." [Roberto Simonsen] "Mesmo as noites totalmente sem estrelas podem anunciar a aurora de uma grande realização." [Martin Luther King] *OUVIR ESTRELAS* "Ora (direis) ouvir estrelas! Certo Perdeste o senso!" E eu vos direi, no entanto, Que, para ouvi-las, muita vez desperto E abro as janelas, pálido de espanto... E conversamos toda a noite, enquanto A via-láctea, como um pálio aberto, Cintila. E, ao vir do sol, saudoso e em pranto, Inda as procuro pelo céu deserto. Direis agora: "Tresloucado amigo! Que conversas com elas? Que sentido Tem o que dizem, quando estão contigo?" E eu vos direi: "Amai para entendê-las! Pois só quem ama pode ter ouvido Capaz de ouvir e de entender estrelas." (Olavo Bilac, Poesias, Via-Láctea, 1888.)

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Problemas nos scripts
by Mauro Sznelwar 23 Jan '12

23 Jan '12

Alguém sabe como corrigir estes dois scrpits para rodar? primeiro script f.4 = rnorm(30)*dnorm(1) x<-seq(-10,10,length= 30)) y<-x z<-c(x, y, f.4) persp(z) Erro em seq.default(0, 1, length.out = ncol(z)) : argument 'length.out' must be of length 1 --------------------------------------------------------------------------------------------------- segundo script frames = 5 for(i in 1:frames){ x = seq(0, i, 1) f.4 = rnorm(30)*dnorm(1) if (i <= 5) {name = paste('000',i,'plot.jpeg',sep='')} #saves the plot as a .jpeg file in the working directory jpeg(name) contour(f.4, ylab ='probability',main = paste('Normal density with n = ', i), col = 'red') dev.off() } Erro em seq.default(0, 1, length.out = ncol(z)) : argument 'length.out' must be of length 1

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Função readLines parando ao encontrar erro
by Paulo Nogueira 22 Jan '12

22 Jan '12

Ola a todos. estou usando a função readLines para baixar em looping uma série de códigos fonte de páginas web. Se por algum motivo a função não consegue acessar uma determinada página (mesmo o endereço estando certo) todo o processo é paralisado. Como eu posso fazer o processo continuar até o fim, mesmo encontrando alguns erros de acesso no meio do caminho? O programa é grande, mas para exemplificar criei o código abaixo que acessa 3 páginas da web e imprime a décima linha do código fonte. urlBase<-"http://www.prefeitura.sp.gov.br/cidade/secretarias/cultura/" url<-c(paste(urlBase,"bma/",sep=''), paste(urlBase,"bibliotecas/monteiro_lobatoooooo/",sep=''), paste(urlBase,"bibliotecas/bibliotecas_bairro/bibliotecas_a_l/afonso_schmidt_/",sep='')) for(i in 1:3) print(readLines(url[i], encoding="UTF-8")[10]) Reparem que o segundo endereço está errado e por isso a função retorna erro e não acessa a terceira url, parando o processo. Como evitar isso? Abraços Paulo Nogueira Starzynski

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.RData
by Leonard de Assis 20 Jan '12

20 Jan '12

Bom dia, Gostaria de saber se existe alguma API pronta para eu gerar um arquivo no formato .RData O problema é o seguinte: Minha empresa desenvolveu um servidor de questionários onde, via controle de versão, são armazenados os questionários de colheita (baseados em XForms e opendatakit). o problema é que gostaria que a coisa saisse do servidor praticamente mastigada, com os fatores definidos, sem precisar de codificação extra. Daí surgiu a idéia de fazer a geração do .RData direto no servidor e disponibilizá-lo para download. Atualmente eu tenho isso em csv, mas tenho que ficar criando os fatores e categorias 'na mão', queria que o servidor fizesse isto. Aguardo sugestões PS: Eu fiz algo parecido a 4 anos para o spss, o servidor gerava o .sav pronto para análise -- []s Leonard de Assis assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com

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Re: [R-br] Obtenção do ponto de inflexão em modelo logístico [OFF TOPIC]
by Fernando Colugnati 20 Jan '12

20 Jan '12

Walmes, esta função SSlogis() está em qual pacote? Não achei no MASS . Gostei desta parametrização, pode ser útil em um trabalho que estou desenvolvendo. Abs e obrigado Em 20 de janeiro de 2012 10:57, Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com>escreveu: > Adriano, > > Aplicação sequencial das regras do cálculo. Derive f(x) em relação à x > obtendo f'(x), depois derive f'(x) em relação à x obtendo f''(x), Iguale > f''(x) à zero e resolva para x. Isso é um excelente exercício, acredite. > Você pode usar funções que encontram raízes para ajudar na tarefa de > encontrar a raíz de f''(x), veja as funções do pacote rootSolve. Veja as > funções do pacote MASS, lá há uma função para cálculo dos "tempos de vida" > da logística (no caso glm), o tempo de 50% de vida é a inflexão. Seu código > não é reproduzível. > > Outra opção é usar essa parametrização da logística > > f(x) = Asym/(1+exp(-(x-xmid)/Scal)) > > que a paremetrização do R na função SSlogis(), que possui até selfStart, o > parâmetro xmid já é o tempo de meia vida. Estudos do qual participei > apontam que essa é a melhor parametrização do modelo logístico para > inferência estatística (contornos elípticos ortogonais para regiões de > confiança, intervalos simétricos, baixa não linearidade e viés). > > À disposição. > Walmes. > > ========================================================================== > Walmes Marques Zeviani > LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) > Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná > fone: (+55) 41 3361 3573 > VoIP: (3361 3600) 1053 1173 > e-mail: walmes(a)ufpr.br > twitter: @walmeszeviani > homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes > linux user number: 531218 > ========================================================================== > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -- Fernando A.B. Colugnati

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Tentando ler função C
by Rodrigo Coster 20 Jan '12

20 Jan '12

Boa tarde, estou tentando reproduzir os passos deste artigo: http://www.jstatsoft.org/v40/i06 (os codigos se encontram no MSGJR.zip), porém eles são para Linux e eu estou no Windows. No artigo os autores falam: Second, we load the package, the data set and the complied C function MSGJR.c (under Linux, use dyn.load("MSGJR.dll") under Windows) Porem não estou tendo muito sucesso nessa adaptação. A mensagem de erro que obtive foi a seguinte (reproduzindo apenas a primeira parte do codigo, acredito que resolvendo isso o restante funciona): > rm(list = ls()) > options(digits = 4, max.print = 1000, width = 120, prompt = "> ") > setwd('F:\\Econometria II\\Bla') > library("DEoptim") > data("SMI") > system("R CMD SHLIB MSGJRS.c") Mensagens de aviso perdidas: execução do comando 'R CMD SHLIB MSGJRS.c' teve status 1 > dyn.load("MSGJRS.so") Erro em inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...) : impossível carregar objeto compartilhado 'F:/Econometria II/Bla/MSGJRS.so': LoadLibrary failure: Não foi possível encontrar o módulo especificado. > dyn.load("MSGJRS.dll") Erro em inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...) : impossível carregar objeto compartilhado 'F:/Econometria II/Bla/MSGJRS.dll': LoadLibrary failure: Não foi possível encontrar o módulo especificado. Alguem sabe como resolver isso? []'s

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Obtenção do ponto de inflexão em modelo logístico
by Adriano Carvalho Costa 20 Jan '12

20 Jan '12

Boa noite, Venho solicitar a ajuda de voces, pois estou tentando calcular o ponto de inflexão de um modelo logístico e não estou conseguindo, tenho realizado os seguintes comandos. > ajnll.gg1<-nls(PESO ~ A/(1+B*exp(-k*IDADE)),data=gg1.dat,start=c(A=900,B=1,k=0.01)) > s.ajnll.gg1<-summary(ajnll.gg1) > s.ajnll.gg1 Formula: PESO ~ A/(1 + B * exp(-k * IDADE)) Parameters: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) A 9.284e+02 1.322e+01 70.202 < 2e-16 *** B 1.801e+01 2.210e+00 8.148 2.68e-14 *** k 2.826e-02 1.337e-03 21.140 < 2e-16 *** --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Residual standard error: 81.91 on 222 degrees of freedom Number of iterations to convergence: 8 Achieved convergence tolerance: 2.787e-06 > logi <- expression(A/(1+B*exp(-K*x))) > D(logi,'x') A * (B * (exp(-K * x) * K))/(1 + B * exp(-K * x))^2 Substituindo na equação > GGtc= 928.4*(18.01*(exp(-0.028*x)*0.028))/(1+18.01*exp(-0.028*x))^2 > GGtc [1] 1.328331 1.361869 1.396139 1.431151 1.466914

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Rodar um exemplo com distribuição normal
by Mauro Sznelwar 20 Jan '12

20 Jan '12

Oi pessoal, eu consegui rodar este exemplo debaixo da distribuição multinomial frames = 5 for(i in 1:frames){ # x = seq(0, i, 1) f.3 = rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8)) if (i <= 5) {name = paste('000',i,'plot.jpeg',sep='')} #saves the plot as a .jpeg file in the working directory jpeg(name) contour(f.3, ylab ='probability',main = paste('Multinomial density with n = ', i), col = 'red') dev.off() } Mas não consegui rodar este da normal, alguém sabe como fazê-lo? frames = 5 for(i in 1:frames){ x = seq(0, i, 1) f.4 = rnorm(30)*dnorm(1) if (i <= 5) {name = paste('000',i,'plot.jpeg',sep='')} #saves the plot as a .jpeg file in the working directory jpeg(name) dens= density(f.4, ylab ='probability',main = paste('Normal density with n = ', i), col = 'red') points(dens,type='l',col=1) # ou de preferência com o gráfico de contorno contour(f.4, ylab ='probability', main = paste('Normal density with n = ', i), col = 'red') dev.off() }

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Gerar uma sequência de gráficos diferentes
by Mauro Sznelwar 19 Jan '12

19 Jan '12

f=rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8)) n=5 for(i in 1:n){ g=f contour(g) } #preciso que gere 5 gráficos diferentes jpeg(filename = "MeusGraficos%03d.jpg", width = 480, height = 480) for (i in 1:5) contour(g) dev.off() #Só que estou gerando sempre o mesmo gráfico"

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Dúvida: Anova para modelos não lineares!
by Thiago de Paula Protásio 19 Jan '12

19 Jan '12

Walmes e demais membros da R-br; Escrevo-lhes para esclarecer uma dúvida que estou tendo em relação aos modelos não lineares. Analisando a função que o Walmes fez para a obteção da ANOVA para modelos não lineares e que está disponível na página das "Rídiculas" fiquei em dúvida se posso comparar o resultado dessa análise com aqueles obtidos para modelos lineares. O modelo que estou testando é reduzível ao intercepto. Lendo a explicação do Walmes na página das "Rídiculas" percebi que ele fez um comentário a esse respeito: http://ridiculas.wordpress.com/2011/05/29/analise-de-residuos-em-regressao-… Vejam abaixo a excelente função que o Walmes criou: A <- 6.25551 B <- -6.85223 # mudar até obter bons chutes C <- -0.24253 # mudar até obter bons chutes logCarbtotal=log(citriodora$Carbtotal) model8 <- nls(logCarbtotal~A+B*exp(C*Idade), data=citriodora, start=list(A=A, B=B, C=C)) ####função do Walmes: obtenção da ANOVA R2 <- function(nls.obj){ da <- eval(nls.obj$data) resp.name <- all.vars(summary(nls.obj)$formula)[1] form <- paste(resp.name, "~1", sep="") m0 <- lm(form, da) an <- anova(nls.obj, m0) sqn <- deviance(nls.obj) sqe <- deviance(m0) r2 <- 1-(sqn/sqe) aov <- data.frame(fv=c("regression","residuals"), gl=c(-an$Df[2],an$Res.Df[1]), sq=c(-an$Sum[2],an$Res.Sum[1])) aov$qm <- aov$sq/aov$gl aov$F <- c(aov$qm[1]/aov$qm[2], NA) aov$"Pr(>F)" <- c(1-pf(aov$F[1], df1=aov$gl[1], df2=aov$gl[2]), NA) names(aov) <- c(" ","Df", "Sum Sq", "Mean Sq", "F value", "Pr(>F)") return(list(anova=aov, R2=r2)) } R2(model8) #Retorno a ANOVA e o R^2 $anova Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) 1 regression 2 81.204480 40.60223996 502.8805 9.192647e-14 2 residuals 14 1.130351 0.08073934 NA NA $R2 [1] 0.9862713 Desde já agradeço a todos pelas valiosas contribuições! Att., -- Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Departamento de Ciências Florestais Ciência e Tecnologia da Madeira (035) 9183 - 2246

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Re: [R-br] ANOVA em regressão não linear!
by Thiago de Paula Protásio 19 Jan '12

19 Jan '12

Walmes; Muito obrigado pela explicação! Vou testar sua dica aqui! Valeu mesmo! -- Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Departamento de Ciências Florestais Ciência e Tecnologia da Madeira (035) 9223 - 0472

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curva de acumulação de espécies
by Susamar Pansini 19 Jan '12

19 Jan '12

Oi Estou tentando fazer uma curva de acumulação de espécies com dados de plantas, mas o modelo que achei na apostila "estatistica aplicada a ecologia usando o R", não funciona, então não sei como fazer para os meus dados tb. gostaria de saber se alguem tem um modelo de aplicação de curva de acumulação de espécies ou tb como é chamada curva do coletor. Assim talvez consiga adequar os dados que tenho Desde ja agradeço Att Susi Susamar Pansini Lab. Biogeoquímica Ambiental Wolfgang Christian Pfeiffer Universidade Federal de Rondônia - UNIR Porto Velho-RO Fone: (69) 92652286 De: "r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quinta-feira, 19 de Janeiro de 2012 11:00 Assunto: Digest R-br, volume 11, assunto 20 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: Dúvida teste (Walmes Zeviani) 2. Distribuição de pareto (Vinicius Brito Rocha) 3. Gerar uma sequência de gráficos diferentes (Mauro Sznelwar) 4. Re: Gerar uma sequência de gráficos diferentes (Eder David Borges da Silva) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Wed, 18 Jan 2012 15:23:20 -0200 From: Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br, Peterson Gardin <petersongardin(a)yahoo.com.br> Subject: Re: [R-br] Dúvida teste Message-ID: <CAFU=EkZv58NfjgUTg6t=p7Xyjg_=vuUd2Tm6A_c4SSTcJeCktA(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Peterson, Digamos assim, o seu não cumprimento à casualização prevista para experimento DIC só faz uma coisa: te tira de uma situação experimental e coloca numa situação observacional. Parece simples mas isso envolve uma série de considerações. Nos experimentos planejados a casualização existe para minimizar viés causado por fontes de variação não controláveis, (manchas de solo, ataque não homogeneo de pragas, incidência não uniforme de luz, etc). Ao casualisar você faz com que uma repetição de A caia no solo fertil, outra no solo ruim, enfim, no final existe um equilíbrio. Havendo esse equilíbrio, o pesquisador pode assegurar que diferenças observadas entre níveis são causados pelos níveis, livres de qualquer outra fonte. Ou seja, pode se usar da expressão "causa efeito". No seu caso não pode. Por que não? Porque se existe algum efeito de linha, esse efeito será confundido com efeito de época. Exemplo: vamos supor que a linha 1 é a mais próxima da bomba de irrigação, então, pelas leis da hidráulica, haverá menor perda de carga, então maior vazão, então a linha 1 receberá mais água, o que pode elevar a produção. A diferença entre Época 1 e Época 4 então serão atenuadas pela irrigação diferencial. Agora, se você garante que não existe fonte de variação de expressão significativa... Só não pode dizer que a causa é a unicamente a época. No seu experimento você não tem repetição do nível época. Você amostra dentro dele. E a variância de amostrar dentro e sempre menor que a variância de uma amostrais entre repetições do mesmo nível. Isso quer dizer que você vai estar comparando efeitos sob uma variância supostamente menor. O estudo do fator época pode ser usando época como métrico (numérico). Mas como são penas 4 épocas, talvez seja forçar a barra. Melhor trabalhar como categórica mesmo. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120118/e0cedbf1/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Thu, 19 Jan 2012 01:05:28 -0200 From: Vinicius Brito Rocha <viniciusbritor(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Distribuição de pareto Message-ID: <CAJSzTecBHNqPXL8cx86RQWBkrqhokrc8Me8d5v+mxMVQvR0VhA(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Senhores, estou querendo gerar números a partir da distribuição de Pareto. Baixei o pacote VGAM. Meu problea é gerar dados de acordo com a proposta de que 80% da riqueza está na mão de 20% da sociciedade (no brasil é 90% em 2% rs) Alguem tem alguma noção de qual é a paremetrização para isso? No Pacote VGAM tem varias opões da distribuição de Pareto. Abs -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120119/1ca1eaa6/atta…> ------------------------------ Message: 3 Date: Thu, 19 Jan 2012 02:36:56 -0200 From: "Mauro Sznelwar" <sznelwar(a)uol.com.br> To: "R-br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Gerar uma sequência de gráficos diferentes Message-ID: <002801ccd663$fb4a5200$6400a8c0@mauro> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" f=rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8)) n=5 for(i in 1:n){ g=f contour(g) } #preciso que gere 5 gráficos diferentes jpeg(filename = "MeusGraficos%03d.jpg", width = 480, height = 480) for (i in 1:5) contour(g) dev.off() #Só que estou gerando sempre o mesmo gráfico" -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120119/379f050f/atta…> ------------------------------ Message: 4 Date: Thu, 19 Jan 2012 08:15:11 -0200 From: Eder David Borges da Silva <eder(a)leg.ufpr.br> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Gerar uma sequência de gráficos diferentes Message-ID: <CALKkXXrbn+inCrPdXPBcmJ4Q3eot_NRMj-wFAESB1SMJUKoccA(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1 Mauro, se você colocar o: " f=rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8)) " dentro do seu loop, creio que seus gráficos vão sair de forma diferente. Att Éder Em 19 de janeiro de 2012 02:36, Mauro Sznelwar <sznelwar(a)uol.com.br> escreveu: >> f=rmultinom(30,3,prob=c(0.5,0.3,0.8))*dmultinom(x=1:3,prob=c(0.5,0.3,0.8)) >> n=5 >> for(i in 1:n){ >> g=f >> contour(g) >> } >> #preciso que gere 5 gráficos diferentes >> >> jpeg(filename = "MeusGraficos%03d.jpg", width = 480, height = 480) >> for (i in 1:5) contour(g) >> dev.off() >> #Só que estou gerando sempre o mesmo gráfico" >> >> > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código > mínimo reproduzível. ------------------------------ _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Fim da Digest R-br, volume 11, assunto 20 *****************************************

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