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como carregar somente algumas colunas de um arquivo csv?
by Cinara Santos 08 Dez '18

08 Dez '18

Olá! Continuo as voltas com arquivos realmente grandes... Desta vez, está em csv. Ocorre que não preciso trabalhar com todas as colunas. Tendo conhecimento das colunas que me interessam (sei seus nomes - "header"), gostaria de saber da possibilidade de carregar somente tais colunas ao invés de carregar o arquivo inteiro, pra depois manter somente as colunas que me interessam.... É possível? Ainda gostaria de saber se alguém tem alguma sugestão pra eu conseguir abrir aos pouquinhos o arqeuivo do stata que deu estouro de memória [Digest R-br, volume 95, assunto 21].... Desde já, grande abraço! ------------------------ Cinara Santos

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análise de correlação entre variáveis qualitativas e quantitativas
by Flávia de Campos Martins 07 Dez '18

07 Dez '18

Prezad@s, O objetivo do meu trabalho é analisar a correlação entre o conhecimento que as pessoas tem sobre a fauna local (variável dependente) e dados sócio-econômicos (sexo, idade, renda, escolaridade, tempo de residência no local). Eu tenho uma amostra de 105 informantes e as variáveis independentes foram organizadas em frequências e para montar a matriz de dados usamos números que representam as frequências das variáveis. Ex.: Idade: 0 a 10 anos - 1; 10 a 20 anos - 2... Como estamos trabalhando com a variável dependente qualitativa ordinal, e as amostras não apresentaram distribuição normal, fizemos um teste de correlação de Spearman. Entretanto, minha dúvida é se os informantes não se distribuem igualmente nas classes (categorias) de idade, de renda, de escolaridade isso não vai afetar o resultado? Para esclarecer: em relação à renda mensal eu tenho quatro classes: não possui renda fixa (0); até um salário mínimo (1); até dois salários (2) e até 3 salários. Só que 58% dos informantes estão na classe 1. Ou seja eu tenho distribuição desigual entre as classes, isso pode afetar meu resultado? Se sim, como resolver? Obrigada! Professora Adjunta Universidade de Pernambuco (UPE), *Campus* Petrolina BR 203, km 2, S/N Vila Eduardo 56328903 - Petrolina, PE- Brasil.

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COMPARAR TRATAMENTOS
by Edson Lira 02 Dez '18

02 Dez '18

Boa noite, os dados abaixo referem-se a 10 tratamentos e ao estagio de uma doença. O grau 2 é o estágio maior. doencaTrat 0 1 2 Total GM1 3 2 1 6GM2 0 2 4 6GM3 1 3 2 6GM4 0 3 2 5GM5 0 4 2 6GM6 0 1 5 6GM7 1 1 4 6GM8 0 0 6 6GM9 0 4 1 5GM10 0 0 6 6 Fiz um teste de associação (Exato de Fisher) e verifiquei que ha uma associação entre o tratamento e o estagio da doença. Agora gostaria de verificar qual dos tratamentos é o mais eficiente. Posso testar também: G1xG2G3xG4G5xG6G7xG8G9XG10 Alguém tem alguma sugestão? [ ]'s.Prof. Edson Lira, Me Estatístico Manaus-Amazonas

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 95, assunto 23
by Paulo Eduardo de Mesquita 30 Nov '18

30 Nov '18

Obrigado ao Daniel, ao Luciano e ao Jônatan, Cada uma das soluções apresentadas, contém, a sua forma, lições muito interessantes. A solução do Daniel, embora um pouco mais exaustiva, mostra como desmontar uma estrutura de dados em listas e depois fazer a engenharia reversa numa nova estrutura bidimensional na orientação desejada. Já as soluções do Luciano e também a do Jônatan; mais elegantes e econômicas que essas, só com mágica; e mágica não me interessa. Muito obrigado a todos, PM Em sex, 30 de nov de 2018 às 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Re: Modificação da orientação de estrutura de dados > (Leonardo Mancini) > 2. Re: Modificação da orientação de estrutura de dados > (Daniel Guimarães Tiezzi) > 3. Re: Modificação da orientação de estrutura de dados (Jônatan) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Thu, 29 Nov 2018 12:04:32 -0200 > From: Leonardo Mancini <lmancini(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Modificação da orientação de estrutura de > dados > Message-ID: > <CABAOmR02Yd4XgrYj92r47vpURiiivMDcYNo=sF= > G9daTjs9KhQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Paulo, > > Certamente há uma maneira mais elegante de fazer isso, mas talvez esse > código te dê alguma pista: > > df %>% > spread(CAUSA, CAUSA) %>% > unite(CAUSAS, A, B, C, D, E, F, G, H, I, sep = ",", remove = T) %>% > mutate(CAUSAS = str_remove_all(CAUSAS, ",NA")) %>% > mutate(CAUSAS = str_remove_all(CAUSAS, "NA,")) > > Abs > > Em qui, 29 de nov de 2018 às 10:30, Paulo Eduardo de Mesquita por (R-br) < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > > > Prezado(a)s Colegas > > > > Peço ajuda para um problema simples para o qual não encontro solução. > > > > O código abaixo gera uma estrutura de dados de trabalho: > > > > [image: demo1.png] > > > > Eu quero muda-la para esse formato: > > > > [image: demo2.png] > > > > > > ID <- c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 3, 3, 3) > > NOME <- c("xpto", "xpto", "xpto", "xpto", "tpzo", "tpzo", "capr", "capr", > > "capr") > > IDADE <- c(1, 1, 1, 1, 57, 57, 81, 81, 81) > > SEXO <- c("M", "M", "M", "M", "M", "M", "F", "F", "F") > > CAUSA <- c("A", "B", "C", "D", "E", "F","G","H","I") > > > > df <- data.frame(ID, NOME, IDADE, SEXO, CAUSA) > > > > df > > > > Procurei soluções com as com as funções do pacote reshape2 (unmelt e > > dcast) e group_by do dplyr, mas não tive sucesso. > > > > Fico grato por alguma dica. > > > > Muito obrigado pela atenção. > > -- > > Paulo Eduardo de Mesquita > > Disciplina de Infectologia - Faculdade de Medicina Universidade do Oeste > > Paulista Presidente Prudente - São Paulo - Brasil > > telefone: 5518 97718261 > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181129/7bd3a241/atta… > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo não-texto foi limpo... > Nome: demo1.png > Tipo: image/png > Tamanho: 3960 bytes > Descrição: não disponível > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181129/7bd3a241/atta… > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo não-texto foi limpo... > Nome: demo2.png > Tipo: image/png > Tamanho: 2925 bytes > Descrição: não disponível > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181129/7bd3a241/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Thu, 29 Nov 2018 12:26:45 -0200 > From: Daniel Guimarães Tiezzi <dtiezzi(a)usp.br> > To: "a lista Brasileira oficial de discussão do programa R." > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Cc: Paulo Eduardo de Mesquita <paulomesquita7(a)gmail.com> > Subject: Re: [R-br] Modificação da orientação de estrutura de > dados > Message-ID: <060B7FE8-BC19-4D9B-8083-07CE255C6617(a)usp.br> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Pode ser que não seja o mais rápido, mas resolve > > ID <- c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 3, 3, 3) > NOME <- c("xpto", "xpto", "xpto", "xpto", "tpzo", "tpzo", "capr", "capr", > "capr") > IDADE <- c(1, 1, 1, 1, 57, 57, 81, 81, 81) > SEXO <- c("M", "M", "M", "M", "M", "M", "F", "F", "F") > CAUSA <- c("A", "B", "C", "D", "E", "F","G","H","I") > > df <- data.frame(ID, NOME, IDADE, SEXO, CAUSA) > > df > > names <- unique(df$NOME) > id_l = list() > nome_l = list() > idade_l = list() > sexo_l = list() > causa_l = list() > > for (i in 1:length(names)) { > name = names[i] > block = as.data.frame(df[df$NOME == name, ]) > id = block$ID[1] > nome = block$NOME[1] > idade = block$IDADE[1] > sexo = block$SEXO[1] > causa = vector() > for (j in 1:nrow(block)) { > causa = paste0(causa,block$CAUSA[j], sep = ',') > } > print(causa) > id_l[[paste0(i)]] <- id > nome_l[[paste0(i)]] <- nome > idade_l[[paste0(i)]] <- idade > sexo_l[[paste0(i)]] <- sexo > causa_l[[paste0(i)]] <- causa > } > > unlist(causa_l) > > dfNew <- data.frame(ID = unlist(id_l), NOME= unlist(nome_l), IDADE= > unlist(idade_l), SEXO= unlist(sexo_l), CAUSA= unlist(causa_l)) > print(dfNew) > > Abraço > > daniel > > Daniel Tiezzi, MD, PhD > Professor Associado > Departamento de Ginecologia e Obstetrícia > Setor de Mastologia e Oncologia Ginecológica > Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP > Tel.: 16 3602-2488 > e-mail: dtiezzi(a)fmrp.usp.br > > > On Nov 29, 2018, at 10:30 AM, Paulo Eduardo de Mesquita por (R-br) < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > > > > ID <- c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 3, 3, 3) > > NOME <- c("xpto", "xpto", "xpto", "xpto", "tpzo", "tpzo", "capr", > "capr", "capr") > > IDADE <- c(1, 1, 1, 1, 57, 57, 81, 81, 81) > > SEXO <- c("M", "M", "M", "M", "M", "M", "F", "F", "F") > > CAUSA <- c("A", "B", "C", "D", "E", "F","G","H","I") > > > > df <- data.frame(ID, NOME, IDADE, SEXO, CAUSA) > > > > df > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181129/778f1d5b/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Thu, 29 Nov 2018 14:08:54 -0200 > From: Jônatan <jdtatsch(a)gmail.com> > To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Modificação da orientação de estrutura de > dados > Message-ID: > <CAEiHnvPm3sJcOZSQE1HnNnSrHY= > FrYZrwaNCXmw9OLbLmNH6Fw(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Alternativa também com dplyr. > > library(dplyr) > df %>% > group_by_at(vars(-CAUSA)) %>% > summarise(CAUSA = paste(CAUSA, collapse = ", ")) > > > On Thu, Nov 29, 2018 at 12:04 PM Leonardo Mancini por (R-br) < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > > > Paulo, > > > > Certamente há uma maneira mais elegante de fazer isso, mas talvez esse > > código te dê alguma pista: > > > > df %>% > > spread(CAUSA, CAUSA) %>% > > unite(CAUSAS, A, B, C, D, E, F, G, H, I, sep = ",", remove = T) %>% > > mutate(CAUSAS = str_remove_all(CAUSAS, ",NA")) %>% > > mutate(CAUSAS = str_remove_all(CAUSAS, "NA,")) > > > > Abs > > > > Em qui, 29 de nov de 2018 às 10:30, Paulo Eduardo de Mesquita por (R-br) > < > > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > > > >> Prezado(a)s Colegas > >> > >> Peço ajuda para um problema simples para o qual não encontro solução. > >> > >> O código abaixo gera uma estrutura de dados de trabalho: > >> > >> [image: demo1.png] > >> > >> Eu quero muda-la para esse formato: > >> > >> [image: demo2.png] > >> > >> > >> ID <- c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 3, 3, 3) > >> NOME <- c("xpto", "xpto", "xpto", "xpto", "tpzo", "tpzo", "capr", > "capr", > >> "capr") > >> IDADE <- c(1, 1, 1, 1, 57, 57, 81, 81, 81) > >> SEXO <- c("M", "M", "M", "M", "M", "M", "F", "F", "F") > >> CAUSA <- c("A", "B", "C", "D", "E", "F","G","H","I") > >> > >> df <- data.frame(ID, NOME, IDADE, SEXO, CAUSA) > >> > >> df > >> > >> Procurei soluções com as com as funções do pacote reshape2 (unmelt e > >> dcast) e group_by do dplyr, mas não tive sucesso. > >> > >> Fico grato por alguma dica. > >> > >> Muito obrigado pela atenção. > >> -- > >> Paulo Eduardo de Mesquita > >> Disciplina de Infectologia - Faculdade de Medicina Universidade do > Oeste > >> Paulista Presidente Prudente - São Paulo - Brasil > >> telefone: 5518 97718261 > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> código mínimo reproduzível. > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > -- > ############################################################### > ## Jônatan Dupont Tatsch > ## Professor do Departamento de Física > ## Centro de Ciências Exatas e Naturais (CCNE) > ## Universidade Federal de Santa Maria - UFSM > ## Faixa de Camobi, Prédio 13 - Campus UFSM - Santa Maria, RS, Brasil - > 97105-900 > ## Telefone: +55(55)33012083 > ## www.ufsm.br/meteorologia > ############################################################### > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181129/c0417ec9/atta… > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo não-texto foi limpo... > Nome: demo1.png > Tipo: image/png > Tamanho: 3960 bytes > Descrição: não disponível > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181129/c0417ec9/atta… > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo não-texto foi limpo... > Nome: demo2.png > Tipo: image/png > Tamanho: 2925 bytes > Descrição: não disponível > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181129/c0417ec9/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 95, assunto 23 > ***************************************** > -- Paulo Eduardo de Mesquita Disciplina de Infectologia - Faculdade de Medicina Universidade do Oeste Paulista Presidente Prudente - São Paulo - Brasil telefone: 5518 97718261

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Modificação da orientação de estrutura de dados
by Paulo Eduardo de Mesquita 29 Nov '18

29 Nov '18

Prezado(a)s Colegas Peço ajuda para um problema simples para o qual não encontro solução. O código abaixo gera uma estrutura de dados de trabalho: [image: demo1.png] Eu quero muda-la para esse formato: [image: demo2.png] ID <- c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 3, 3, 3) NOME <- c("xpto", "xpto", "xpto", "xpto", "tpzo", "tpzo", "capr", "capr", "capr") IDADE <- c(1, 1, 1, 1, 57, 57, 81, 81, 81) SEXO <- c("M", "M", "M", "M", "M", "M", "F", "F", "F") CAUSA <- c("A", "B", "C", "D", "E", "F","G","H","I") df <- data.frame(ID, NOME, IDADE, SEXO, CAUSA) df Procurei soluções com as com as funções do pacote reshape2 (unmelt e dcast) e group_by do dplyr, mas não tive sucesso. Fico grato por alguma dica. Muito obrigado pela atenção. -- Paulo Eduardo de Mesquita Disciplina de Infectologia - Faculdade de Medicina Universidade do Oeste Paulista Presidente Prudente - São Paulo - Brasil telefone: 5518 97718261

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abrir arquivo muito grande sem ter como alterar a fonte
by Cinara Santos 27 Nov '18

27 Nov '18

Olá! Estou com um arquivo muito grande, do stata, pra ser aberto... A versão do stata que tenho está abaixo da versão utilizada pra gerar o arquivo com o qual preciso trabalhar, de modo que não posso manipulá-lo : dividir, salvar em txt.... nada disso... E ele é muito grande.... tentei importar no R e deu estouro de memória.... ------- # 1st trying .................27/11/2018 # ----- library(rio) df <- import(file = "parte1.dta") #--------------------- # Error: memory exhausted (limit reached?) # Time difference of 10.22388 mins # # # # 2nd trying .................27/11/2018 # ----- library(haven) df2 <- read_dta(" parte1.dta", encoding = NULL) #--------------------- # Error: memory exhausted (limit reached?) # In addition: Warning message: # In doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler) : # restarting interrupted promise evaluation # # Time difference of 9.341693 mins # # # # 3rd trying .................27/11/2018 # ----- # library(rio) # convert("parte1.dta", "parte1.txt") #--------------------- # Error: memory exhausted (limit reached?) # Time difference of 10.64566 mins Alguem tem alguma sugestao pra eu conseguir abrir aos pouquinhos???? Pergunto isso pq, se fosse txt acho que dava, com os comandos a seguir: ------- dados <- as.data.frame(scan("parte1.dta", skip=1,what=as.list(rep("\t",7)))) # não leu, mas parece que são 462 variáveis ===> 462 obs. of 7 variables heade_ <- unlist(scan("parte1.dta", nlines=1,what=as.list(rep("\t",7)))) ------------------------ Cinara Santos whatsApp (32) 9.8416-0441

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Colocar o nome de espécie em itálico e deixar sp. normal
by Tamily Santos 26 Nov '18

26 Nov '18

Olá pessoal, Estou fazendo curvas de abundância, no entanto tenho algumas espécies com sp., sp. 1 e sp. 2. Mas quando rodo o script todas as espécies ficam em itálico. Não consigo deixar os sp. em letra normal. Se alguém puder dar uma dica de como fazer essa manipulação, seria de muita ajuda! E agradeço desde já por qualquer dica. Obrigada! Tamily Santos par(las=2, mar=c(12, 5, 3, 3), family = "serif") plot(rad.auati, type="n", xaxt="n", xlab="", bty="l", ylab="Abundance") points(rad.auati, pch=21, cex=1.5) lines(rad.auati$models$Mandelbrot, lwd=2, lty=1) lines(rad.auati$models$Null, lwd=2, lty=2) axis(1, at=seq(1,length(abu.rel.auati.s),1), labels=nomes.auati, font=3, cex=0.2) legend("topright", legend=c("Mandelbrot", "Null"), lwd=2, lty=c(1,2), bty="n") rect(0.002,1,5.5,150, col=rgb(0,0,0,0.2),lwd=0) arrows(7.5,70,5.5,70, length=0.07) text(12, 65, "Hyperdominant species \n> 50% of individuals", cex=0.7)

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usar funções em C dentro do objeto DLL
by Cleber N.Borges 26 Nov '18

26 Nov '18

olá a todos... boa tarde! Estou tentando aprender como usar uma DLL, via "dyn.load" e ".C" dentro do R. Fiz uns testes (abaixo tem um pedaço do que tentei) e não consegui entender como fazer isso. Se alguém puder dar uma dica de como fazer essa manipulação, seria de muita ajuda! E agradeço desde já por qualquer dica. Obrigado! Cleber ### No pdf explicando o SDK, tem detalhe da função: FDwfGetVersion(char szVersion[32]) Description: Retrieves the version string. The version string is composed of major, minor, and build numbers (i.e., “2.0.19”). ############################################################## ### No R, eu tentei: > dwf <- dyn.load("C:\\Program Files (x86)\\Digilent\\WaveForms3\\dwf") > is.loaded("FDwfGetVersion") [1] TRUE > result <- .C("FDwfGetVersion", ver=as.character() ) > str(result) List of 1 $ ver: chr(0) > ################################# Mas em Python, vi que o resultado é o seguinte ( exemplos em Python são disponibilizados pelo fabricante) ################################# >>> from ctypes import * >>> dwf = cdll.dwf >>> version = create_string_buffer(16) >>> dwf.FDwfGetVersion(version) 1 >>> print("DWF Version: "+str(version.value)) DWF Version: 3.8.22 >>> --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. https://www.avast.com/antivirus

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RMarkdown com valores de objetos
by Juliano Bortolini 25 Nov '18

25 Nov '18

Prezados, Gostaria de usar expressões matemáticas com valores de objetos. É possível? Exemplo: ```{r} beta1 <- 1.2 beta2 <- 3 ``` $$ Y_i = beta1 x_{1,i} + beta2 x_{2,i} + \epsilon_i $$ Resultado que eu gostaria: $$ Y_i = 1.2 x_{1,i} + 3 x_{2,i} + \epsilon_i $$ Agradeço pela atenção. []s Juliano

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erro no tinytex::install_tinytex()
by Luiz Leal 25 Nov '18

25 Nov '18

Prezados bom dia, ao tentar instalar o tinytex dá o seguinte erro: > tinytex::install_tinytex()tentando a URL 'http://mirror.ctan.org/systems/texlive/tlnet/install-tl.zip'Content length 348 bytestentando a URL 'http://mirror.ctan.org/systems/texlive/tlnet/install-tl.zip'tentando a URL 'http://mirror.ctan.org/systems/texlive/tlnet/install-tl.zip'Error in download_file("http://mirror.ctan.org/systems/texlive/tlnet/install-tl.zip", : No download method works (auto/wininet/wget/curl/lynx)Além disso: Warning messages:1: In download.file(url, output, ..., method = method) : cannot open URL 'http://linorg.usp.br/CTAN/systems/texlive/tlnet/install-tl.zip': HTTP status was '503 Service Unavailable'2: In download.file(url, output, ..., method = method) : cannot open URL 'http://mirror.ctan.org/systems/texlive/tlnet/install-tl.zip': HTTP status was '503 Service Unavailable'3: In download.file(url, output, ..., method = method) : cannot open URL 'http://mirror.ctan.org/systems/texlive/tlnet/install-tl.zip': HTTP status was '503 Service Unavailable'Please restart your R session and IDE (if you are using one, such as RStudio or Emacs) and check if tinytex:::is_tinytex() is TRUE.> > tinytex:::is_tinytex()[1] FALSE Alguém sabe como resolver? Já procurei no google e não achei.Desde já agradeço Luiz

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converter coordenadas geográficas
by Ze Henrique 23 Nov '18

23 Nov '18

Boa tarde pessoal, tenho um aquivo de dados que as coordenadas estão saindo em: "+proj=poly +lat_0=0 +lon_0=-54 +x_0=0 +y_0=0 +datum=WGS84 +units=m +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0" exemplo: " -1051.3741" "-3489634" Não estou conseguindo interpretar alguém poderia me ajudar. Creio que tenho que transformar, para que os pontos neste arquivo de dados coincidam com as coordenadas igual ao do googlemaps. Desde já obrigado. -- *José Henrique Soler Guilhen* Doutorando em Genética e Melhoramento Universidade Federal do Espírito Santo - CCAUFES

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Hurwitz zeta function
by Ana Beatriz Souza Souza 20 Nov '18

20 Nov '18

Prezados Colegas, Boa tarde! Gostaria de sugestões (caso vcs conheçam) de pacotes os funções que façam o cálculo da função Hurwitz zeta function no R. Desde já agradeço. Att., Ana

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MS/PhD assistantship at Univ. of Florida on Bayesian statistics applied to environmental sciences / malaria epidemiology
by Denis Valle 15 Nov '18

15 Nov '18

Hi, we currently have an opening for a MS/PhD student in our group focused on the development and application of novel Bayesian models here at Univ. of Florida. It would be great if you could help spread the word to people that might be interested in this opportunity. Details are attached. Thank you, Denis Valle Assistant Professor University of Florida http://denisvalle.weebly.com

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Eliminar NA no gráfico
by Edson Lira 13 Nov '18

13 Nov '18

Boa noite a todos, usando a rotina abaixo: library(ggpubr)p <- ggboxplot(hg2, x = "Grau", y = "glicose", color = "Grau", palette = "jco", add = "jitter",na.rm=T)p + stat_compare_means(aes(group = Grau), na.rm=T) Tenho a seguinte mensagem de erro: Don't know how to automatically pick scale for object of type quosure/formula. Defaulting to continuous.Don't know how to automatically pick scale for object of type quosure/formula. Defaulting to continuous.Error in validDetails.text(x) : objeto do tipo 'pairlist' não é coercível para tipo 'double'Além disso: Warning message:Removed 2 rows containing missing values (geom_point). Quando ploto o gráfico abaixo, aparece NA, como faço para eliminar o NA e qual o problema com a minha primeira rotina? O banco está nesse link:https://www.datafilehost.com/d/15ca7130 [ ]'sProf. Edson Lira, Me Estatístico Manaus-Amazonas

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Classificar um conjunto de dados
by Yury Duarte 09 Nov '18

09 Nov '18

Boa tarde colegas listeiros, como vão? Tenho um problema e estou com certa dificuldade em resolver de forma prática. Meu conjunto de dados é o seguinte: local frequencia data quantidade *valido* A 2 13/05/2015 500,00 *0* A 2 13/05/2015 700,00 *1* A 1 13/05/2015 700,00 *0* B 3 13/05/2015 400,00 *1* C 5 13/05/2015 300,00 *0* C 5 10/05/2015 400,00 *0* C 5 13/05/2016 400,00 *1* C 5 13/05/2015 900,00 *1* D 3 13/05/2015 550,00 *0* D 4 13/05/2015 500,00 *1* Para esse conjunto, gostaria de gerar a coluna 'valida', que me classifica os dados da seguinte maneira: para cada local e para cada ano, retornar apenas o local de maior frequência, mais recente e de maior quantidade (nessa ordem). Pensei em gerar um objeto para cada local a partir do which(), mas como meu conjunto de dados tem mais de 150 mil linhas e mais de 2000 locais, achei que essa abordagem não seria muito prática nem rápida de ser processada. Desde já, agradeço pela colaboração de todos! Att Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP

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GLM model
by Lucas Stempkowski 09 Nov '18

09 Nov '18

Olá boa noite, Estou utilizando um GLM para análise de incidência de doença. Utilizei o seguinte comando: Call: glm(formula = incid ~ factor(bloco) + factor(cod) + cultivar + Amostragem, family = quasibinomial("probit"), data = dados) e obtive os resultados a seguir: Minha dúvida fica em relação ao AIC: NA, há algo errado no modelo usado? Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -0.62644 -0.17630 -0.07311 0.07820 0.85815 Coefficients: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) (Intercept) -0.717767 0.107812 -6.658 1.40e-10 *** factor(bloco)2 -0.002541 0.087289 -0.029 0.9768 factor(bloco)3 -0.093526 0.089447 -1.046 0.2966 factor(bloco)4 -0.051161 0.088405 -0.579 0.5632 factor(cod)2 -0.153266 0.083405 -1.838 0.0671 . factor(cod)3 0.027784 0.079826 0.348 0.7280 factor(cod)4 -1.132366 0.135880 -8.334 3.21e-15 *** factor(cod)5 -1.266976 0.151660 -8.354 2.79e-15 *** cultivarParrudo -0.752089 0.084474 -8.903 < 2e-16 *** cultivarReponte -0.331743 0.071247 -4.656 4.92e-06 *** Amostragem -0.038367 0.022256 -1.724 0.0858 . --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 (Dispersion parameter for quasibinomial family taken to be 0.06977337) Null deviance: 39.898 on 299 degrees of freedom Residual deviance: 18.381 on 289 degrees of freedom AIC: NA Number of Fisher Scoring iterations: 7 Minha dúvida fica em relação ao AIC: NA, há algo errado no modelo usado? -- ----------------------------------------------------- Lucas Antonio Stempkowski Eng. Agronômo - UFFS Mestrando em Produção Vegetal CAV/UDESC +55 54 99153-0124/ 98448-4633 -------------------------------------------------- [https://ipmcdn.avast.com/images/icons/icon-envelope-tick-green-avg-v1.png]<http://www.avg.com/email-signature?utm_medium=email&utm_source=link&utm_cam…> Livre de vírus. www.avg.com<http://www.avg.com/email-signature?utm_medium=email&utm_source=link&utm_cam…>.

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 95, assunto 9
by Adilson de Oliveira Jr. 08 Nov '18

08 Nov '18

Boa tarde! Alguém poderia me ajudar com um delineamento em parcelas subdividadas com fatorial nas parcelas? Parcela: Fator A (3 doses de K no sulco de Semeadura) x Fator B (4 doses de K em cobertura) Subparcela: Aplicação ou não de K via foliar! Desde já, muito grato! Att., Adilson -- Adilson de Oliveira Junior Pesquisador, Fertilidade do Solo e Nutrição de Plantas Secretário Executivo CTI Embrapa Soja, Londrina - PR Telefone: +55 (43) 3371-6225 | Celular: +55 (43) 9 9979-6428 adilson.oliveira(a)embrapa.br Skype : adilsonoliveirajr www.embrapa.br/s oja | twitter.com/embrapa Confira também: www.facebook.com/agrosustentavel Aviso de confidencialidade: Esta mensagem da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa),empresa pública federal regida pelo disposto na Lei Federal no. 5.851, de 7 de dezembro de 1972, é enviada exclusivamente a seu destinatário e pode conter informações confidenciais, protegidas por sigilo profissional. Sua utilização desautorizada é ilegal e sujeita o infrator às penas da lei. Se você recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenviá-la ao emitente,esclarecendo o equívoco. Confidentiality note: This message from Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecu?a (Embrapa), a government company established under Brazilian law (5.851/72) is directed exclusively to its addressee and may contain confidential data, protected under professional secrecy rules. Its unauthorized use is illegal and may subject the transgressor to the law's penalties. If you are not the addressee, please send it back, elucidating the failure. "ANTES DE IMPRIMIR, pense em sua responsabilidade e compromisso com o MEIO AMBIENTE" ----- Mensagem original ----- De: r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quinta-feira, 8 de novembro de 2018 12:00:02 Assunto: Digest R-br, volume 95, assunto 9 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Duplo fatorial desbalanceado - Soluções simples de análise (Jair) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Wed, 7 Nov 2018 12:04:34 -0300 From: Jair <jair.stat(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Duplo fatorial desbalanceado - Soluções simples de análise Message-ID: <ac344a4d-fd23-c8e7-637b-ee3af919e78e(a)gmail.com> Content-Type: text/plain; charset=utf-8; format=flowed Pessoal, gostaria de sugestões de soluções simples para análise do experimento a seguir. #------------------------------------------------------------------ #Experimento fatorial com dois fatores em DIC #Fator 1: Solo (4 tipos de solo) #Fator 2: Profundidade (3 profundidades) #Variável resposta: Teor de cromo #Desbalanceado: não foi possível detectar a variável resposta #para alguns solos em alguma profundidade. #------------------------------------------------------------------ rm(list = ls()) solo <- rep(c("S1","S2","S3","S4"), each=15) #solos prof <- rep(rep(c("P1","P2","P3"), each=5),4) #profundidades rep <- rep(1:5, 12) #repetição cromo <- c(30.40, 4.28, 9.27, 14.46, 10.54, 34.52, 6.36, 16.89, 18.92, 12.92, 44.63, 18.53, 23.42, 23.37, 18.43, 57.54, 132.40, 129.17, 135.37, 157.58, 67.89, 154.09, 162.63, 155.19, 171.08, 70.82, 122.19, 164.69, 179.06, 160.65, 121.25, 37.54, 30.26, 46.60, NA, 81.91, 26.35, 34.91, 46.03, 13.42, NA, NA, NA, NA, NA, 1.80, 4.33, 8.57, 3.75, 2.31, 4.12, 10.72, 24.70, 6.50, 3.55, 57.91, 1.58, NA, 97.41, 56.73) dados <- data.frame(solo, prof, rep, cromo) str(dados) #dados<-na.omit(dados) #str(dados) require(lattice) xyplot(cromo~prof|solo, data = dados) xyplot(cromo~solo|prof, data = dados) library(car) #Type III SS ANOVA names(dados) m1 <- Anova(lm(cromo ~ solo * prof, dados), type = "3") m1 require(easyanova) dado <- dados[,c(1:2,4)] m2 <- ea2(data=dado, design = 1, alpha = 0.05, list = FALSE, p.adjust=1, plot=2) m2 #--------------------------------------------------------------------- Obrigado desde já, Jair ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 95, assunto 9 **************************************** ____________________________________________________________________________ Aviso de confidencialidade Esta mensagem da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), empresa publica federal regida pelo disposto na Lei Federal no. 5.851, de 7 de dezembro de 1972, e enviada exclusivamente a seu destinatario e pode conter informacoes confidenciais, protegidas por sigilo profissional. Sua utilizacao desautorizada e ilegal e sujeita o infrator as penas da lei. Se voce a recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenvia-la ao emitente, esclarecendo o equivoco. Confidentiality note This message from Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), a government company established under Brazilian law (5.851/72), is directed exclusively to its addressee and may contain confidential data, protected under professional secrecy rules. Its unauthorized use is illegal and may subject the transgressor to the law's penalties. If you are not the addressee, please send it back, elucidating the failure.

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Duplo fatorial desbalanceado - Soluções simples de análise
by Jair 07 Nov '18

07 Nov '18

Pessoal, gostaria de sugestões de soluções simples para análise do experimento a seguir. #------------------------------------------------------------------ #Experimento fatorial com dois fatores em DIC #Fator 1: Solo (4 tipos de solo) #Fator 2: Profundidade (3 profundidades) #Variável resposta: Teor de cromo #Desbalanceado: não foi possível detectar a variável resposta #para alguns solos em alguma profundidade. #------------------------------------------------------------------ rm(list = ls()) solo <- rep(c("S1","S2","S3","S4"), each=15) #solos prof <- rep(rep(c("P1","P2","P3"), each=5),4) #profundidades rep <- rep(1:5, 12) #repetição cromo <- c(30.40, 4.28, 9.27, 14.46, 10.54, 34.52, 6.36, 16.89, 18.92, 12.92, 44.63, 18.53, 23.42, 23.37, 18.43, 57.54, 132.40, 129.17, 135.37, 157.58, 67.89, 154.09, 162.63, 155.19, 171.08, 70.82, 122.19, 164.69, 179.06, 160.65, 121.25, 37.54, 30.26, 46.60, NA, 81.91, 26.35, 34.91, 46.03, 13.42, NA, NA, NA, NA, NA, 1.80, 4.33, 8.57, 3.75, 2.31, 4.12, 10.72, 24.70, 6.50, 3.55, 57.91, 1.58, NA, 97.41, 56.73) dados <- data.frame(solo, prof, rep, cromo) str(dados) #dados<-na.omit(dados) #str(dados) require(lattice) xyplot(cromo~prof|solo, data = dados) xyplot(cromo~solo|prof, data = dados) library(car) #Type III SS ANOVA names(dados) m1 <- Anova(lm(cromo ~ solo * prof, dados), type = "3") m1 require(easyanova) dado <- dados[,c(1:2,4)] m2 <- ea2(data=dado, design = 1, alpha = 0.05, list = FALSE, p.adjust=1, plot=2) m2 #--------------------------------------------------------------------- Obrigado desde já, Jair

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Re: [R-br] Diferenças entre sistemas operacionais (geoR)
by Yury Duarte 07 Nov '18

07 Nov '18

Boa noite Paulo, como vai? Agradeço desde já pela atenção. Tentei remover ao máximo as partes que não afetam na função e anexei o script no arquivo texto que segue. Att Em qui, 4 de out de 2018 19:23, Paulo Justiniano Ribeiro Junior < paulojus(a)ufpr.br> escreveu: > Olá! > > krige.conv() só utiliza simulações caso seja indicado em output.options > o número de simulações da distribuição preditiva. > Neste caso são geradas simulações. > As simulações só são geradas se: > 1. especificado explicitamente > 2. se for utilizada alguma transformação com lambda diferente de 0, 1/2 > > O seu exemplo se enquadra em algum caso? > > A msg tb indica que voce colocou algum em micro.scale e seria bom saber o > que deseja com isto. > > Se dados e códigos são grande Envie o comando completo da chamada da > krige.conv() para vermos as opções > > P.J. > > > > > ------------------------------ > *From: *"Yury Duarte" <yurynepomuceno(a)gmail.com> > *To: *"Thiago V. dos Santos" <thi_veloso(a)yahoo.com.br> > *Cc: *"a lista Brasileira oficial de discussão do programa R." < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>, paulojus(a)ufpr.br, "p diggle" < > p.diggle(a)lancaster.ac.uk> > *Sent: *Thursday, 4 October, 2018 6:08:32 PM > *Subject: *Re: [R-br] Diferenças entre sistemas operacionais (geoR) > > Não sei se existe um gerador de números aleatórios dentro da função, mas > estou passando pra ela todos os parâmetros já pré definidos antes dela ser > chamada. > Vou colocar um set.sead() no início do código, conforme sugestão do César > para então comparar os valores gerados nos diferentes sistemas operacionais > e ver o que acontece. > > Em qui, 4 de out de 2018 17:45, Thiago V. dos Santos < > thi_veloso(a)yahoo.com.br> escreveu: > >> Da maneira que eu vejo, a unica explicacao plausivel seria se a >> krige.conv usasse um algoritmo gerador de numeros aleatorios. Caso voce >> tenha experiencia com esmagamento de bugs, vc pode conferir isso no codigo >> dela. Ou entao esperar o feedback dos autores. >> >> Greetings, >> -- Thiago V. dos Santos >> >> Postdoctoral Research Fellow >> Department of Climate and Space Science and Engineering >> University of Michigan >> >> >> On Thursday, October 4, 2018, 4:39:08 PM EDT, Yury Duarte < >> yurynepomuceno(a)gmail.com> wrote: >> >> >> Sim, Thiago. >> Até o último passo os resultados são iguais. A mesma grade com o mesmo >> número de pontos é gerada. As mesmas informações são passadas como >> parâmetro para a função, mas os resultados não batem. >> Nem mesmo em casos onde a função não quebra, os valores gerados no Ubuntu >> não batem com os valores gerados em Windows. Isso está me intrigando muito. >> >> Em qui, 4 de out de 2018 17:23, Thiago V. dos Santos < >> thi_veloso(a)yahoo.com.br> escreveu: >> >> Nao deveria ser assim. >> >> O seu codigo produz resultados identicos ate o momento em que voce roda a >> krige.conv? >> >> Em caso positivo, acho que seria uma boa ideia reportar esse erro ao >> Paulo (paulojus(a)ufpr.br) ou ao Peter (p.diggle(a)lancaster.ac.uk) >> >> Greetings, >> -- Thiago V. dos Santos >> >> Postdoctoral Research Fellow >> Department of Climate and Space Science and Engineering >> University of Michigan >> >> >> On Thursday, October 4, 2018, 3:42:35 PM EDT, Yury Duarte via R-br < >> r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: >> >> >> Boa tarde a todos os coleas! >> >> Fiz um código simples para interpolar valores que tenho em uma grade que >> construo dentro do próprio código. Para isso, estou utilizando um modelo >> esférico de interpolação por krigagem através da função krige.conv(). >> Estou achando muito estranho o fato de que, quando rodo o script em >> ambiente Windows, não tenho problemas e meu script gera as saídas >> exatamente como o esperado, entretanto, quando rodo o mesmo script (com o >> mesmo banco de dados) em ambiente Linux (Ubuntu), a função krige.conv() >> corrompe e o erro gerado é: >> krige.control: micro.scale must be in the interval [0, nugget] >> >> Não encontrei nada em outros fóruns que pudesse me ajudar para explicar >> isso. >> Caso alguém tenha interesse em testar exatamente o mesmo conjunto de >> dados que estou utilizando, informem que passo um link no google drive, já >> que o código e os dados de entrada são grandes demais para serem anexados >> no corpo do e-mail/nos anexos. >> >> Desde já, agradeço a atenção e a ajuda de todos! >> >> Yury Duarte >> Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a >> c�digo m�nimo reproduz�vel. >> >> >

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Sorteio de n linhas com especificação de variáveis e repetição dos valores calculados nas linhas
by ASANTOS 06 Nov '18

06 Nov '18

Prezados Membros, Segue um exemplo do que estou tentando fazer: #Tenho um banco de dados d com 4 variáveis (State, Amb, Year e rate) library(data.table) d <- fread (" State Amb Year rate GA soil 2015 .4 GA soil 2015 .4 GA soil 2015 .5 GA soil 2015 .2 GA soil 2015 .3 GA soil 2015 NA GA soil 2016 1.0 GA soil 2016 2.0 GA soil 2016 .5 GA soil 2016 1.0 GA veg 2015 .4 GA veg 2015 .4 GA veg 2015 .5 GA veg 2015 .2 GA veg 2015 .3 GA veg 2015 NA GA veg 2016 1.0 GA veg 2016 2.0 GA veg 2016 .5 GA veg 2016 1.0 ") # Gostaria de sortear 5 linhas dentro de cada variável Amb, calcular o desvio padrão da variável rate e repetir os valores obtidos nas linhas envolvidas em uma nova coluna (desv_pad) ao fim cada sorteio, sendo meu output desejado em um sorteio hipotético: State Age Year rate desv_pad 1: GA soil 2015 0.4 0.7549834 2: GA soil 2015 0.4 0.7549834 3: GA soil 2015 0.5 0.3082207 4: GA soil 2015 0.2 0.3082207 5: GA soil 2015 0.3 0.3082207 6: GA soil 2015 NA 0.7549834 7: GA soil 2016 1.0 0.7549834 8: GA soil 2016 2.0 0.7549834 9: GA soil 2016 0.5 0.3082207 10: GA soil 2016 1.0 0.3082207 11: GA veg 2015 0.4 0.580517 12: GA veg 2015 0.8 0.8736895 13: GA veg 2015 0.5 0.580517 14: GA veg 2015 1.5 0.580517 15: GA veg 2015 0.3 0.8736895 16: GA veg 2015 NA 0.8736895 17: GA veg 2016 1.0 0.580517 18: GA veg 2016 NA 0.8736895 19: GA veg 2016 2.0 0.8736895 20: GA veg 2016 1.7 0.580517 Alguém teria uma dica de como resolver isso? Obrigado -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 99686-6970 (VIVO) (+55) 65 3221-2674 (FIXO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 - ResearcherID: A-5790-2016 Researchgate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 Mendeley:www.mendeley.com/profiles/alexandre-dos-santos6/ ======================================================================

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Comparar semanas (experimento longitudinal)
by Edson Lira 06 Nov '18

06 Nov '18

Boa noite listeiros! Estou trabalhando com um bd (o pesquisador não conversou comigo antes) aonde preciso comparar a evolução de uma medida ao longo do tempo. São 10 grupos com 5 tratamentos, em determinados grupos tenho 5 ou 6 sujeitos. As semanas são: 1 e em alguns grupos vai a 7,8, 15 ou 16 semanas os grupos que têm 15, 16 semanas, tem um tratamento até a 9 semana, e outro tratamento até a 15 ou 16 semana. O objetivo do pesquisador é comparar a evolução e o efeito dos tratamentos. Alguém me sugere uma rotina para fazer a evolução entre a primeira e última semana? O banco está no link abaixo. https://www.datafilehost.com/d/f906462d [ ]'s. Prof. Edson Lira, Me Estatístico Manaus-Amazonas

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Problema com dataframe em tutorial de web scraping
by Helder Gramacho 05 Nov '18

05 Nov '18

Boa noite pessoal, Estou tentando reproduzir um tutorial de web scraping no r que está disponível na seguinte página: https://sillasgonzaga.github.io/2016-11-18-olx1/ Em determinada etapa aparece o seguinte erro: Error in `[[<-.data.frame`(`*tmp*`, "adicional", value = character(0)) : replacement has 0 rows, data has 50 In addition: Warning message: In function_list[[k]](value) : NAs introduced by coercion Timing stopped at: 3 0.75 4.94 Ao que parece existe um problema com o número de linhas do dataframe quando as informações são extraídas, mas não consigo detectar qual o problema, alguém poderia me ajudar? O código que estou executando é o que segue abaixo: # Pacotes para instalar no R: if(!require(c('magrittr','rvest','readr','stringr','curl','tidyr','dplyr'))) {install.packages(c('magrittr','rvest','readr','stringr','curl','tidyr','dplyr') ,type='binary',dep=T)} library("magrittr") # não vivo sem esse pacote library("rvest") # principal pacote para web-scraping library("readr") # usado para extrair numeros de texto library("stringr") # usado para o data cleaning library('curl') # usado como suporte para o rvest library("tidyr") # data cleaning library("dplyr") # data cleaning url_apt <- " http://rj.olx.com.br/rio-de-janeiro-e-regiao/imoveis/aluguel/apartamentos" number_pages <- 245 #hard coded # Criar vetor com todos os urls para as páginas do olx lista_urls <- paste0(url_apt, "?o=", 1:number_pages) limparString <- function(x) { # x = string coletado do olx x %<>% str_replace_all("[\t]", "") x %<>% str_replace_all("[\n]", "") x %<>% str_replace_all("Apartamentos", "") x %<>% str_replace_all("Anúncio Profissional", "") x %<>% str_replace("-", "") x %<>% str_replace_all("[R$]", "") x %<>% str_replace_all("[.]", "") x %<>% str_trim() return(x) } extrairAnuncios <- function(url_pagina, info_adicional) { ### INPUTS: # url_pagina: url de uma pagina do olx com uma lista de links de anúncios. # info_adicional: variavel booleana. se verdadeiro, faz o scraping de dados adicionais do anuncio # ... deve ser usado apenas para apartamentos, pois a sintaxe do html para quartos é diferente mycurl <- curl(url_pagina, handle = curl::new_handle("useragent" = "Mozilla/5.0")) mycurl <- read_html(mycurl) x <- mycurl %>% html_nodes(".OLXad-list-link") # extrair link do anuncio col_links <- mycurl %>% html_nodes(".OLXad-list-link") %>% html_attr("href") # extrair titulo do anuncio col_titles <- mycurl %>% html_nodes(".OLXad-list-link") %>% html_attr("title") # extrair preço precos <- lapply(x, . %>% html_nodes(".col-3")) precos %<>% lapply(html_text) precos %<>% unlist() precos %<>% limparString() precos %<>% as.numeric() col_precos <- precos # extrair bairros bairros <- mycurl %>% html_nodes(".OLXad-list-line-2") %>% html_text() bairros %<>% str_replace_all("[\t]", "") bairros %<>% str_replace_all("[\n]", "") bairros %<>% str_replace_all("Apartamentos", "") bairros %<>% str_replace_all("Aluguel de quartos", "") bairros %<>% str_replace_all("Anúncio Profissional", "") bairros %<>% str_replace("-", "") bairros %<>% str_trim() col_bairros <- bairros # extrair informações adicionais de apartamento if (info_adicional) { adicional <- mycurl %>% html_nodes(".mt5px") %>% html_text() adicional %<>% str_replace_all("[\t]", "") adicional %<>% str_replace_all("[\n]", "") col_adicionais <- adicional } return(data.frame(link = col_links, titulo = col_titles, preco = col_precos, bairro = col_bairros, adicional = col_adicionais, stringsAsFactors = FALSE)) } url_teste <- lista_urls[1] system.time(df <- extrairAnuncios(url_teste, info_adicional = TRUE)) Agradeço a ajuda, *Hélder Santos* *Eng. Agr. Salvador-BA*

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Diferença resultados agricolae::HSD.test e lsmeas
by Fernando Antonio de souza 04 Nov '18

04 Nov '18

Pessoal, poque o resultado dos testes HSD.test e lsmeans diferem neste exemplo? O resultado fornecido pelo lsmeas está em acordo com o material de onde tirei esse exemplo e que havia sido rodado no SAS. Já o HSD.test difere tanto no valor das médias estimadas como na significancia. install.packages(c("agricolae",lsmeans")) library(agricolae) library(lsmeans) COVARIANCIA<-read.csv(" https://www.dropbox.com/s/0uvwqnnvsdsvphc/Covariancia.csv?raw=1",head=TRUE) modeloCOVAR<-lm(GANHO~PESOINIC+DIETA,data=COVARIANCIA) anova(modeloCOVAR) HSD.test(modeloCOVAR,"DIETA",console=TRUE) lsmeans(modeloCOVAR,pairwise~DIETA,adjust="tukey") -- ========================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção e Alimentação Animal Celular: (31)99796-8781 (Vivo) E-mail:nandodesouza@gmail.com <e-mail%3Anandodesouza(a)gmail.com> Lattes: http://lattes.cnpq.br/6519538815038307 Blog: https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ==========================================

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Re: [R-br] Cálculo do CAP com base na repetição da árvore
by sznelwar＠uol.com.br 04 Nov '18

04 Nov '18

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 95, assunto 3
by sznelwar＠uol.com.br 04 Nov '18

04 Nov '18

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 95, assunto 3
by Caio Corrêa 04 Nov '18

04 Nov '18

Marcelo, acredito que isso pode te ajudar... > dados <- textConnection("Bloco Clone Esp Arv CAP HT + 1 A 3x3 1 12,5 18 + 1 A 3x3 2 10,1 11 + 1 A 3x3 2 11 11,5 + 1 A 3x3 3 19 21 + 1 A 3x3 4 19 20 + 1 A 3x3 5 9 8 + 1 A 3x3 6 18 17 + 1 A 3x3 6 17 18 + 1 A 3x3 6 18,5 17,5 + 1 A 3x3 7 8 10") > x <- read.table(dados, header = T, dec = ",");x Bloco Clone Esp Arv CAP HT 1 1 A 3x3 1 12.5 18.0 2 1 A 3x3 2 10.1 11.0 3 1 A 3x3 2 11.0 11.5 4 1 A 3x3 3 19.0 21.0 5 1 A 3x3 4 19.0 20.0 6 1 A 3x3 5 9.0 8.0 7 1 A 3x3 6 18.0 17.0 8 1 A 3x3 6 17.0 18.0 9 1 A 3x3 6 18.5 17.5 10 1 A 3x3 7 8.0 10.0 > CAP.sqrt <-function(x){ raiz = sqrt(sum(x^2)) + return(raiz)} > x$COVA <- paste(x$Bloco, x$Clone, x$Esp, x$Arv, sep = "") > attach(x) > CAPcalc <- tapply(CAP, COVA, CAP.sqrt) #note que aqui com o exemplo que você deu só teremos 7 resultados (possíveis combinações entre bloco, clone e espaçamento), > # criando um novo data.frame com a variável CAPcalc > detach(x) > # TESTE > newtable <- data.frame(BLOCO = rep(1, times = 7), + CLONE = rep("A", times = 7), + ESP = rep("3x3", times = 7), + ARV = 1:7, + CAPcalc) > newtable BLOCO CLONE ESP ARV CAPcalc 1A3x31 1 A 3x3 1 12.50000 1A3x32 1 A 3x3 2 14.93352 1A3x33 1 A 3x3 3 19.00000 1A3x34 1 A 3x3 4 19.00000 1A3x35 1 A 3x3 5 9.00000 1A3x36 1 A 3x3 6 30.90712 1A3x37 1 A 3x3 7 8.00000 Em sáb, 3 de nov de 2018 às 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. IC 95% (Edmar Caldas) > 2. Re: IC 95% (Marcus Nunes) > 3. Cálculo do CAP com base na repetição da árvore (Marcelo Laia) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Sat, 3 Nov 2018 01:21:39 +0000 (UTC) > From: Edmar Caldas <edmar_caldas(a)yahoo.com.br> > To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] IC 95% > Message-ID: <188698043.47848.1541208099198(a)mail.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Boa Noite! > Pq meus intervalos de confiança deram negativos, se a média é > positiva? Outra notação, valor do teste t também deu negativo? > > t.test(Pesquisa$wwwhr~Pesquisa$sex, var.equal=FALSE) > Welch Two Sample t-test > data: Pesquisa$wwwhr by Pesquisa$sext = -4.7853, df = 1314.3, p-value = > 1.9e-06alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 095 > percent confidence interval: -3.083359 -1.290332sample estimates: mean in > group FEMININO mean in group MASCULINO 4.920046 > 7.106892 > > > Edmar > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181103/4d191f27/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Sat, 3 Nov 2018 07:43:11 -0300 > From: Marcus Nunes <marcus.nunes(a)gmail.com> > To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] IC 95% > Message-ID: > <CA+QGQvuJ2brzVLqirK1-thcuEMRf+=Vfda4Nh3-w0ZAfoY= > C8w(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Este é um teste t de comparação da diferença entre as médias de dois > grupos. Por padrão, o R assume que os níveis dos grupos são dados em ordem > alfabética. Portanto, no teu caso, Grupo 1 é FEMININO e Grupo 2 é > MASCULINO. Desta forma, tua hipótese nula é > > H_0: mu_1 - mu_2 = 0 > > Ou seja, > > H_0: mu_FEMININO - mu_MASCULINO = 0 > > O estimador será X_barra_FEMININO - X_barra_MASCULINO. Portanto, > 4.920046 - 7.106892 > = -2.186846. A partir disso, é fácil ver porque o intervalo de confiança é > todo negativo (dica: há diferença entre as médias, com FEMININO < > MASCULINO) e porque a estatística do teste deu negativa também. > -- > Marcus Nunes > Professor Adjunto > Universidade Federal do Rio Grande do Norte > Centro de Ciências Exatas e da Terra > Departamento de Estatística > Laboratório de Estatística Aplicada > marcus.nunes(a)ccet.ufrn.br > https://marcusnunes.me/ > > > > On Fri, Nov 2, 2018 at 10:22 PM Edmar Caldas por (R-br) < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > > > Boa Noite! > > > > Pq meus intervalos de confiança deram negativos, se a média é positiva? > > Outra notação, valor do teste t também deu negativo? > > > > > t.test(Pesquisa$wwwhr~Pesquisa$sex, var.equal=FALSE) > > > > Welch Two Sample t-test > > > > data: Pesquisa$wwwhr by Pesquisa$sex > > t = -4.7853, df = 1314.3, p-value = 1.9e-06 > > alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0 > > 95 percent confidence interval: > > -3.083359 -1.290332 > > sample estimates: > > mean in group FEMININO mean in group MASCULINO > > 4.920046 7.106892 > > > > > > > > Edmar > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181103/4bc0b32e/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Sat, 3 Nov 2018 10:40:56 -0300 > From: Marcelo Laia <marcelolaia(a)gmail.com> > To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Cálculo do CAP com base na repetição da árvore > Message-ID: <20181103134056.GC2176@localhost> > Content-Type: text/plain; charset=iso-8859-1 > > Bom dia! > > Em Engenharia Florestal é comum termos numa mesma cova duas ou mais hastes > (árvores), a qual chamamos de bifurcadas (para duas), trifurcadas (para > três), > etc.. > > Assim, podemos ter o seguinte: > > Bloco Clone Esp Arv CAP HT > 1 A 3x3 1 12,5 18 > 1 A 3x3 2 10,1 11 > 1 A 3x3 2 11 11,5 > 1 A 3x3 3 19 21 > 1 A 3x3 4 19 20 > 1 A 3x3 5 9 8 > 1 A 3x3 6 18 17 > 1 A 3x3 6 17 18 > 1 A 3x3 6 18,5 17,5 > 1 A 3x3 7 8 10 > (...) > 5 C 6x1,5 66 20 21 > (...) > 6 E 6x1,5 66 18 19 > > > Para prosseguir com os cálculos, é comum reduzir as plantas bifurcadas, > trifurcadas e quadrifurcadas a uma única planta, da seguinte maneira: > > CAP = RAIZ(CAP1^2 + CAP2^2 + CAPn^2) > > Assim, o exemplo acima ficaria assim: > > CAPcalc = RAIZ(10,1^2+11^2) = 14,93 > > CAPcalc = RAIZ(18^2 + 17^2 + 18,5^2) > > Bloco Clone Esp Arv CAP HT CAPcalc > 1 A 3x3 1 12,5 18 > 1 A 3x3 2 10,1 11 14,93 > 1 A 3x3 2 11 11,5 > 1 A 3x3 3 19 21 > 1 A 3x3 4 19 20 > 1 A 3x3 5 9 8 > 1 A 3x3 6 18 17 30,91 > 1 A 3x3 6 17 18 > 1 A 3x3 6 18,5 17,5 > 1 A 3x3 7 8 10 > (...) > 5 C 6x1,5 66 20 21 > (...) > 6 E 6x1,5 66 18 19 > > São seis blocos, cinco clones diferentes e seis espaçamentos. > > Pergunto: alguém já otimizou isso no R? Tenho 7.473 linhas de dados para > analisar e já fiz isso na unha (Calc Libreoffice) para os 3 anos > anteriores. > Como ainda teremos mais 3 anos de medição desse experimento, estou buscando > ajuda. Não tenho nenhum código em mente para enviar. O pedido de ajuda para > este caso e para o outro que irei enviar em seguida parte do zero. > > Obrigado > > -- > Marcelo > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 95, assunto 3 > **************************************** > -- *Caio Cézar Guedes Corrêa* <http://lattes.cnpq.br/3271223159819454> Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro - UENF Genética e Melhoramento de Plantas (Plant proteomics)

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Cálculo do CAP com base na repetição da árvore
by Marcelo Laia 03 Nov '18

03 Nov '18

Bom dia! Em Engenharia Florestal é comum termos numa mesma cova duas ou mais hastes (árvores), a qual chamamos de bifurcadas (para duas), trifurcadas (para três), etc.. Assim, podemos ter o seguinte: Bloco Clone Esp Arv CAP HT 1 A 3x3 1 12,5 18 1 A 3x3 2 10,1 11 1 A 3x3 2 11 11,5 1 A 3x3 3 19 21 1 A 3x3 4 19 20 1 A 3x3 5 9 8 1 A 3x3 6 18 17 1 A 3x3 6 17 18 1 A 3x3 6 18,5 17,5 1 A 3x3 7 8 10 (...) 5 C 6x1,5 66 20 21 (...) 6 E 6x1,5 66 18 19 Para prosseguir com os cálculos, é comum reduzir as plantas bifurcadas, trifurcadas e quadrifurcadas a uma única planta, da seguinte maneira: CAP = RAIZ(CAP1^2 + CAP2^2 + CAPn^2) Assim, o exemplo acima ficaria assim: CAPcalc = RAIZ(10,1^2+11^2) = 14,93 CAPcalc = RAIZ(18^2 + 17^2 + 18,5^2) Bloco Clone Esp Arv CAP HT CAPcalc 1 A 3x3 1 12,5 18 1 A 3x3 2 10,1 11 14,93 1 A 3x3 2 11 11,5 1 A 3x3 3 19 21 1 A 3x3 4 19 20 1 A 3x3 5 9 8 1 A 3x3 6 18 17 30,91 1 A 3x3 6 17 18 1 A 3x3 6 18,5 17,5 1 A 3x3 7 8 10 (...) 5 C 6x1,5 66 20 21 (...) 6 E 6x1,5 66 18 19 São seis blocos, cinco clones diferentes e seis espaçamentos. Pergunto: alguém já otimizou isso no R? Tenho 7.473 linhas de dados para analisar e já fiz isso na unha (Calc Libreoffice) para os 3 anos anteriores. Como ainda teremos mais 3 anos de medição desse experimento, estou buscando ajuda. Não tenho nenhum código em mente para enviar. O pedido de ajuda para este caso e para o outro que irei enviar em seguida parte do zero. Obrigado -- Marcelo

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IC 95%
by Edmar Caldas 03 Nov '18

03 Nov '18

Boa Noite! Pq meus intervalos de confiança deram negativos, se a média é positiva? Outra notação, valor do teste t também deu negativo? > t.test(Pesquisa$wwwhr~Pesquisa$sex, var.equal=FALSE) Welch Two Sample t-test data: Pesquisa$wwwhr by Pesquisa$sext = -4.7853, df = 1314.3, p-value = 1.9e-06alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 095 percent confidence interval: -3.083359 -1.290332sample estimates: mean in group FEMININO mean in group MASCULINO 4.920046 7.106892 Edmar

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Amostra aleatória
by Edmar Caldas 01 Nov '18

01 Nov '18

Preciso de uma ajuda para criar uma amostra aleatória simples. Quero retirar 20% de uma arquivo excel. eu consigo fazer com o seguinte código, mas preciso retirar em forma de percentual e não mencionar o numero de linhas. tipo assim, amostra_20 <- Banco [sample(nrow(Banco), 0.20),]

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 95, assunto 1
by Denismar Nogueira 01 Nov '18

01 Nov '18

1. Re: Análise de experimentos em faixas (medidas repetidas no tempo) (Andre Oliveira) Quando em DIC a análise em parcela subdividida no tempo é igual a análise e parcela subdividida. Neste caso no ExpDes use a função Split2.crd ou o psub2.dic no ExpDes.pt []s Denismar

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Análise de experimentos em faixas (medidas repetidas no tempo)
by Andre Oliveira 31 Out '18

31 Out '18

bom dia,de todos os métodos análises que busquei em livros, no google e aqui na lista r-br, sempre achei análises de experimento em blocos, achei nas bibliotecas ExDes e na agricalae tal análise, mas, preciso de script para o DIC. Alguém tem alguma dica de material para eu dar uma estudada? Sei que posso usar a lme4, mas, não estou seguro nas testes a posteriori. Grato

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Teste qui-quadrado
by Lucas Stempkowski 30 Out '18

30 Out '18

Boa tarde, Preciso realizar o teste qui-quadrado para comparação de frequências de classes de severidade de doenças, porém não tenho ideia de como fazê-lo utilizando o R. Eu tenho cinco classes de severidade (1 a 5), 4 doses de N e duas cultivares. A intenção é comparar as frequências entre doses e cultivares. Se alguém puder me ajudar agradeço. -- ----------------------------------------------------- Lucas Antonio Stempkowski Eng. Agronômo - UFFS Mestrando em Produção Vegetal CAV/UDESC +55 54 99153-0124/ 98448-4633 --------------------------------------------------

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[off-topic] Divulgação VIII Encontro dos Alunos em Estatística - ESALQ/USP
by Eduardo Junior 25 Out '18

25 Out '18

Prezados(as) redistas, O Programa de Pós-graduação em Estatística e Experimentação Agronômica da ESALQ está organizando o *VIII Encontro dos Alunos em Estatística e Experimentação*. O evento ocorrerá nos dias *21, 22 e 23 de novembro* e contará com minicurso, conferências, mesa redonda e comunicações orais. Nessa edição, o minicurso será "*Modelos de regressão não linear: teoria e aplicações*", ministrado pelo Prof. Dr. *Walmes Zeviani* (LEG/UFPR). As conferências serão proferidas por excelentes pesquisadores da área: Profa. Dra. *Clarice Demétrio* (ESALQ/USP), Prof. Dr. *Afrânio Vieira* (UFSCar), Profa. Dra. *Vera Tomazella* (UFSCar) e Profa. Dra. *Luzia Trinca* (UNESP/Botucatu). Confira os detalhes da programação e demais informações para submissão de trabalhos inscrições no endereço *https://esalq-ppgeea.github.io/encontro2018*/ <https://esalq-ppgeea.github.io/encontro2018/>. Save the date! [image: cartaz.png] -- Eduardo Elias Ribeiro Junior <https://jreduardo.github.io/> Master's candidate in Statistics and Agricultural Experimentation (ESALQ-USP) Statistics and Geoinformation Laboratory (LEG) URL: http://leg.ufpr.br/~eduardojr

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Re: [R-br] COMPARANDO CURVAS [DÚVIDA]
by sznelwar＠uol.com.br 22 Out '18

22 Out '18

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COMPARANDO CURVAS [DÚVIDA]
by Diego Vieira 21 Out '18

21 Out '18

Boa tarde pessoal, Estou querendo fazer a comparação de duas curvas ajustadas utilizando a função "nlsLM" do pacote "minpack.lm". No entanto, não consigo ajustar as duas curvas em um único nlsLM, para depois usar a anova para realizar um teste da razão de verossimilhança para testar a restrição em A, B e C. Alguém pode me ajudar a solucionar esse problema. Desde já agradeço muito a todas as sugestões. Além disso, preciso usar esse pacote por causa do algoritmo de Levenberg-Marquardt. Segue o script reproduzível. if(!require("minpack.lm")){install.packages("minpack.lm",dependencies=T);require("minpack.lm")} if(!require("lattice")){install.packages("lattice",dependencies=T);require("lattice")} d <- expand.grid(parA=c(1,1.99,3,4,5,6,6), sistema = factor(c("TRAT1","TRAT2"))) d$diversidade <- c(55.000, 19.572, 10.231, 7.225, 6.004, 5.4022, 5.0566, 62.000, 31.6952, 21.4178, 17.6125, 15.7654, 14.7072, 14.0334) #ajusta as duas curvas em um unico nlsLM n0 <- nlsLM(diversidade ~ A[sistema]/(1+B[sistema]*exp(-C[sistema]*parA)), data = d, start = list(A = c(-2.790,11.106), B = c(-1.050,-0.821), C = c(-0.090, 0.248))) #Mensagem de erro: # Error in dimnames(x) <- dn : # length of 'dimnames' [2] not equal to array extent # In addition: Warning message: # In matrix(out$hessian, nrow = length(unlist(par))) : # data length [9] is not a sub-multiple or multiple of the number of rows [6] #ajusta o modelo em que A, B e C seja comum aos dois tratamentos n1 <- nlsLM(diversidade ~ A/(1+B*exp(-C*parA)), data = d, start = list(A = 4.158, B = -0.9355, C = 0.079)) anova(n0,n1) -- Diego dos Santos Vieira Engenheiro Florestal - UFRA Mestre em Ciência Florestal - UFVJM Doutorando em Ciência Florestal - UFVJM

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Anova fatorial com medidas repetidas (e aninhamento?)
by Thallita Grande 17 Out '18

17 Out '18

Olá pessoal. Desejo comparar a variável "PC" (variável dependente contínua) entre 3 fatores (variáveis independentes categóricas: rede, ambiente e sensibilidade). Como tenho mais de uma medida para a mesma paisagem, creio que devo fazer uma ANOVA fatorial com medidas repetidas. No entanto, creio que haja um aninhamento entre os níveis da variável "sensibilidade", pois o tipo "sensível" é sempre um subconjunto do tipo "tolerante" (está contido em). Como considero esse aninhamento no teste? Por enquanto, meu código é: resultado=aov(PC ~ rede + ambiente + sensibilidade + Error(factor(paisagem))) paisagem PC rede ambiente sensibilidade 35 238.00 Sim florestal sensivel 35 247.00 Sim florestal tolerante 35 6.76 Sim savanico tolerante 35 228.00 Não florestal sensivel 35 228.00 Não florestal tolerante 35 5.15 Não savanico tolerante 36 113.00 Sim florestal sensivel 36 123.00 Sim florestal tolerante 36 144.00 Sim savanico sensivel 36 160.00 Sim savanico tolerante 36 87.50 Não florestal sensivel 36 87.50 Não florestal tolerante 36 127.00 Não savanico sensivel 36 127.00 Não savanico tolerante Obrigada. ----------------------------- Thallita Grande, M.Sc. Doutorado em Ecologia Instituto de Ciencias Biologicas Universidade de Brasilia - Campus Darcy Ribeiro Skype: thallita.grande CRBio 080256/04-D

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grep e gsub: substituição de linhas
by Elerson 17 Out '18

17 Out '18

Prezados, Tendo criar mais uma coluna em data. data$Var2 <- ifelse(grepl("BARREIRO|CENTRO-SUL|LESTE|NORDESTE|NOROESTE|NORTE|OESTE|PAMPULHA|VENDA NOVA|RMBH|MG|SEM INFORMACAO", data$Var1, ignore.case = TRUE), gsub(".*(BARREIRO|CENTRO-SUL|LESTE|NORDESTE|NOROESTE|NORTE|OESTE|PAMPULHA|VENDA NOVA|RMBH|MG|SEM INFORMACAO).*", "\\1",data$Var1), "OUTRO ESTADO") NOROESTE acaba sendo excluído de Var2, sendo substituído por OESTE. Não quero que isso aconteça. Penso seja por conta do "OESTE" nele contido, já que existe outra palavra OESTE. O restante está exatamente como eu quero. Abaixo, exemplo de como está ficando. Desde já agradeço. *Var1* *Freq* *Var2* SEM INFORMACAO 0,38 SEM INFORMACAO SEM INFORMACAO 0 SEM INFORMACAO BARREIRO 9 BARREIRO CENTRO-SUL 22,18 CENTRO-SUL CIDADE DE CANDEIAS/MG 0 MG CIDADE DE CORONEL FABRICIANO/MG 0 MG CIDADE DE ITABIRA/MG 0 MG CIDADE DE ITABIRITO/MG 0,13 MG GOVERNADOR VALADARES/MG 0 MG LESTE 5,83 LESTE NORDESTE 9,25 NORDESTE NOROESTE 13,05 OESTE NORTE 8,11 NORTE OESTE 7,48 OESTE PAMPULHA 8,87 PAMPULHA RMBH/BETIM 0 RMBH RMBH/BRUMADINHO 0 RMBH RMBH/CONTAGEM 1,01 RMBH RMBH/ESMERALDAS 0 RMBH SEM INFORMACAO 0,89 SEM INFORMACAO VENDA NOVA 13,31 VENDA NOVA

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 94, assunto 9
by Wilson Cohen 13 Out '18

13 Out '18

oi Thallita Você chegou até aqui? > summary(resultado) Error: factor(paisagem) Df Sum Sq Mean Sq ambiente 1 4871 4871 Error: Within Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) rede 1 1432 1432 0.236 0.639 ambiente 1 16179 16179 2.662 0.137 sensibilidade 1 2471 2471 0.406 0.540 Residuals 9 54706 6078 Em sex, 12 de out de 2018 às 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Anova fatorial com medidas repetidas (e aninhamento?) > (Thallita Grande) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Fri, 12 Oct 2018 01:22:42 +0000 > From: Thallita Grande <tata9go(a)hotmail.com> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Anova fatorial com medidas repetidas (e aninhamento?) > Message-ID: > < > DM5PR15MB1659FB0E789FDBAEC3BE7C57FEE20(a)DM5PR15MB1659.namprd15.prod.outlook.com > > > > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Olá pessoal. > > > Desejo comparar a variável "PC" (variável dependente contínua) entre 3 > fatores (variáveis independentes categóricas: rede, ambiente e > sensibilidade). > > > Como tenho mais de uma medida para a mesma paisagem, creio que devo fazer > uma ANOVA fatorial com medidas repetidas. No entanto, creio que haja um > aninhamento entre os níveis da variável "sensibilidade", pois o tipo > "sensível" é sempre um subconjunto do tipo "tolerante" (está contido em). > > > Como considero esse aninhamento no teste? > > > Por enquanto, meu código é: > > > resultado=aov(PC ~ rede + ambiente + sensibilidade + > Error(factor(paisagem))) > > > > paisagem PC rede ambiente sensibilidade > 35 238.00 Sim florestal sensivel > 35 247.00 Sim florestal tolerante > 35 6.76 Sim savanico tolerante > 35 228.00 Não florestal sensivel > 35 228.00 Não florestal tolerante > 35 5.15 Não savanico tolerante > 36 113.00 Sim florestal sensivel > 36 123.00 Sim florestal tolerante > 36 144.00 Sim savanico sensivel > 36 160.00 Sim savanico tolerante > 36 87.50 Não florestal sensivel > 36 87.50 Não florestal tolerante > 36 127.00 Não savanico sensivel > 36 127.00 Não savanico tolerante > > > > > Obrigada. > > ----------------------------- > Thallita Grande, M.Sc. > Doutorado em Ecologia > Instituto de Ciencias Biologicas > Universidade de Brasilia - Campus Darcy Ribeiro > Skype: thallita.grande > CRBio 080256/04-D > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20181012/8c3e0e75/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 94, assunto 9 > **************************************** > -- *Prof. MSc. Wilson Martins da Silva* *Mestre em Ecologia Aquática e Pesca - PPGEAP/ICB/UFPA* *Especialista em Biodiversidade Amazônica - UFPA/ATMDepto de Morfologia e Ciências Fisiológicas* *Centro de Ciências Biológicas e da Saúde* *Universidade do Estado do Pará* *Campus IX - Altamira - Pará* http://lattes.cnpq.br/2440617911389759 wilsoncelula(a)gmail.com, wilsoncelula(a)hotmail.com <wilsonms(a)ufpa.br>

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Transcrição de vídeos para textos!
by Andre Oliveira 12 Out '18

12 Out '18

Boa tarde! Tenho algumas entrevistas e preciso fazer uma nuvem de palavras sobre tais entrevistas. Tem algum pacote do R que faça as transcrições do áudio dos vídeos para texto? Grato

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dois gradientes de cores no ggplot2
by Priscila Lemes 10 Out '18

10 Out '18

Olá lista! Alguém saberia como incluir dois gradientes de cores no mesmo conjunto de dados? No ggplot? Tentei dividir o conjunto de dados, mas não rolou. meu codigo foi: > dat1 change values 1 -10 0.00 2 -9 0.50 3 -8 0.20 4 -7 0.30 5 -6 0.00 6 -5 0.00 7 -4 0.61 8 -3 0.40 9 -2 1.00 10 -1 0.80 > dat2 change values 1 5 0.61 2 3 1.00 3 10 0.50 4 2 0.00 5 7 0.00 6 6 0.50 7 8 0.00 8 10 0.30 9 6 0.61 10 6 0.20 p = ggplot() + xlim(-10, 10) + ylim(0,1) + labs(x= "change", y= "values")+ geom_point(data=dat1, aes(x=change, y=value, color=value), shape=19, size=3, alpha=0.5)+ scale_color_gradientn(colours=c("#FC4013","#FED246")) p1 = p+geom_point(data=dat2, aes( x=change, y=value, color=value), shape=19, size=3, alpha=0.5)+ scale_color_gradientn(colours=c("#5CB0FD","#4DE775")) + theme(axis.text.x = element_text(size=18,colour='grey8'), axis.text.y = element_text(size=18,colour='grey8'), axis.title.x = element_text(size=18,colour='grey8'), axis.title.y = element_text(size=20,colour='grey8'), strip.text.x = element_text(size=18,colour='grey8'), strip.background = element_rect(fill="transparent"), legend.position="none", legend.text=element_blank(), legend.title=element_blank(), legend.background = element_rect(fill="grey98", size=1, linetype="solid"), panel.background=element_rect("grey98")) p1 + geom_vline(xintercept = 0,colour="grey68",linetype='twodash', size=2)+ geom_hline(yintercept = 0.5, colour="grey78") -- *Priscila Lemes, * *PhD in Ecology and Evolution* *- UFG* <http://www.wix.com/rdloyola/lab> Post Doctoral, Department of Zoology, IB, UNESP - Rio Claro - São Paulo - Brazil http://lattes.cnpq.br/7228776843625214 Skype: plemes_

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Exportando objeto tipo table para Word usando officer
by Jobenil Luiz Magalhães Júnior 09 Out '18

09 Out '18

Prezados(as) Criei um objeto tipo "table" usando xtabs e estou tentando exportá-lo no mesmo formato para Word usando officer. > tp filiais q01 f1 f2 f3 f4 f5 f6 f7 f8 Total Sim 19.2 21.8 11.8 11.3 20.6 25.0 30.0 16.3 19.1 Não 80.8 78.2 88.2 88.7 79.4 75.0 70.0 83.7 80.9 Total 100.0 100.0 100.0 100.0 100.0 100.0 100.0 100.0 100.0 Estou usando os seguintes comandos doc <- doc %>% body_add_par("Você exerce função de chefia?", style = "heading 1") %>% body_add_table(as.data.frame(tp), style = "Table Professional", header = FALSE) print(doc, target = "teste.docx") O "officer" me obriga a transformar o objeto tp em dataframe e como resultado a tabela fica desconfigurada. Desejo manter o mesmo formato do objeto tp no relatório exportado. Alguém já passou por isso ou sabe como resolver o problema? Agradeço qualquer orientação que puderem me oferecer. At. Jobenil Júnior

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Codificar nomes
by Amiko Bh 05 Out '18

05 Out '18

Pessoal: Não consegui achar instruções a respeito. Quero codificar (criar id?) nomes em um enorme banco de dados. Há vários nomes que se repetem. Estes teriam que ter a mesma identificação. Exemplo: Deste banco: Nome: Alexandre Aguiar Parreiras Alexandre Aguiar Parreiras Breno Pereira Galvão Carlos Daniel Pereira de Souza Daniel Prates Andrade Daniel Prates Andrade Elian Kanaan dos Santos Érick Daniel Sena de Jesus Quero ter este: Nome: ID Alexandre Aguiar Parreiras 1 Alexandre Aguiar Parreiras 1 Breno Pereira Galvão 2 Carlos Daniel Pereira de Souza 3 Daniel Prates Andrade 4 Daniel Prates Andrade 4 Elian Kanaan dos Santos 5 Érick Daniel Sena de Jesus 6 Muito Obrigado.

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Gráfico em Linha com Marcações nas Amostras
by Leslie Watter 04 Out '18

04 Out '18

Olá a todos, Alguém sabe como faço um gráfico como o anexo usando o R? O meu objetivo é poder colocar o valor das amostras junto a elas no gráfico em linha. Obrigado LEslie -- Leslie H. Watter

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Re: [R-br] Diferenças entre sistemas operacionais (geoR)
by Yury Duarte 04 Out '18

04 Out '18

Sim, Thiago. Até o último passo os resultados são iguais. A mesma grade com o mesmo número de pontos é gerada. As mesmas informações são passadas como parâmetro para a função, mas os resultados não batem. Nem mesmo em casos onde a função não quebra, os valores gerados no Ubuntu não batem com os valores gerados em Windows. Isso está me intrigando muito. Em qui, 4 de out de 2018 17:23, Thiago V. dos Santos < thi_veloso(a)yahoo.com.br> escreveu: > Nao deveria ser assim. > > O seu codigo produz resultados identicos ate o momento em que voce roda a > krige.conv? > > Em caso positivo, acho que seria uma boa ideia reportar esse erro ao Paulo > (paulojus(a)ufpr.br) ou ao Peter (p.diggle(a)lancaster.ac.uk) > > Greetings, > -- Thiago V. dos Santos > > Postdoctoral Research Fellow > Department of Climate and Space Science and Engineering > University of Michigan > > > On Thursday, October 4, 2018, 3:42:35 PM EDT, Yury Duarte via R-br < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > > > Boa tarde a todos os coleas! > > Fiz um código simples para interpolar valores que tenho em uma grade que > construo dentro do próprio código. Para isso, estou utilizando um modelo > esférico de interpolação por krigagem através da função krige.conv(). > Estou achando muito estranho o fato de que, quando rodo o script em > ambiente Windows, não tenho problemas e meu script gera as saídas > exatamente como o esperado, entretanto, quando rodo o mesmo script (com o > mesmo banco de dados) em ambiente Linux (Ubuntu), a função krige.conv() > corrompe e o erro gerado é: > krige.control: micro.scale must be in the interval [0, nugget] > > Não encontrei nada em outros fóruns que pudesse me ajudar para explicar > isso. > Caso alguém tenha interesse em testar exatamente o mesmo conjunto de dados > que estou utilizando, informem que passo um link no google drive, já que o > código e os dados de entrada são grandes demais para serem anexados no > corpo do e-mail/nos anexos. > > Desde já, agradeço a atenção e a ajuda de todos! > > Yury Duarte > Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a > c�digo m�nimo reproduz�vel. >

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Diferenças entre sistemas operacionais (geoR)
by Yury Duarte 04 Out '18

04 Out '18

Boa tarde a todos os coleas! Fiz um código simples para interpolar valores que tenho em uma grade que construo dentro do próprio código. Para isso, estou utilizando um modelo esférico de interpolação por krigagem através da função krige.conv(). Estou achando muito estranho o fato de que, quando rodo o script em ambiente Windows, não tenho problemas e meu script gera as saídas exatamente como o esperado, entretanto, quando rodo o mesmo script (com o mesmo banco de dados) em ambiente Linux (Ubuntu), a função krige.conv() corrompe e o erro gerado é: krige.control: micro.scale must be in the interval [0, nugget] Não encontrei nada em outros fóruns que pudesse me ajudar para explicar isso. Caso alguém tenha interesse em testar exatamente o mesmo conjunto de dados que estou utilizando, informem que passo um link no google drive, já que o código e os dados de entrada são grandes demais para serem anexados no corpo do e-mail/nos anexos. Desde já, agradeço a atenção e a ajuda de todos! Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP

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Rmarkdown
by Edimeire Alexandra Pinto 03 Out '18

03 Out '18

Oi gente. Para aqueles que usam o rmarkdown: Existe algum alguma função que leia um arquivo em word? O que eu quero é o seguinte: a pessoa com um click consiga baixar um doc ( que não está na rede e sim no computador) para leitura, por exemplo, coloco um link ou crio um botão (como no shiny) e quando a pessoa da o click se consegue baixar um arquivo em word, sem desformatá-lo, que está numa pasta local no computador. Quero como se fosse uma função read.table que importa arquivos em csv, mas no meu caso é docx. Valeu gente!!!

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Gráfico Linha com Valores intermediários e Legenda para Símbolos
by Leslie Watter 02 Out '18

02 Out '18

Senhores(as) da lista, Gostaria de saber se alguém de vocês sabe como fazer um gráfico no R semelhante ao anexo (grafico-linha-com-anotacoes.png). Hoje eu coloco no grafico mlog-func-odometro-motos.png essas anotações exatamente no ponto onde elas ocorrem usando o annotate do ggplot2, mas para 2 ou mais eventos muito próximos o gráfico fica poluído (arquivo anexo mlog-func-odometro-motos.png). Tentei usar o ggrepel para inserir as anotações como alternativa, mas não entendi direito como combinar as anotações do ggrepel com os gráficos de linha. Imaginei então em utilizar as marcações de números vistas no gráfico-linha-com-anotações associadas a cores/símbolos para anotar os eventos que tenho de manutenções. O símbolo apareceria no gráfico de linha e uma legenda lateral indica o tipo de ocorrência. Agradeço sugestões de como chegar no grafico-linha-com-anotacoes-motos.png (em anexo) [ ]s Leslie -- Leslie H. Watter

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Comparando Curvas [HELP]
by Diego Vieira 01 Out '18

01 Out '18

Boa tarde pessoal, Estou querendo fazer a comparação de duas curvas ajustadas utilizando a função "nlsLM" do pacote "minpack.lm". No entanto, não consigo ajustar as duas curvas em um único nlsLM, para depois usar a anova para realizar um teste da razão de verossimilhança para testar a restrição em A, B e C. Alguém pode me ajudar a solucionar esse problema. Desde já agradeço muito a todas as sugestões. Além disso, preciso usar esse pacote por causa do algoritmo de Levenberg-Marquardt. Segue o script reproduzível. if(!require("minpack.lm")){install.packages("minpack.lm",dependencies=T);require("minpack.lm")} if(!require("lattice")){install.packages("lattice",dependencies=T);require("lattice")} d <- expand.grid(parA=c(1,1.99,3,4,5,6,6), sistema = factor(c("TRAT1","TRAT2"))) d$diversidade <- c(55.000, 19.572, 10.231, 7.225, 6.004, 5.4022, 5.0566, 62.000, 31.6952, 21.4178, 17.6125, 15.7654, 14.7072, 14.0334) #ajusta as duas curvas em um unico nlsLM n0 <- nlsLM(diversidade ~ A[sistema]/(1+B[sistema]*exp(-C[sistema]*parA)), data = d, start = list(A = c(-2.790,11.106), B = c(-1.050,-0.821), C = c(-0.090, 0.248))) #Mensagem de erro: # Error in dimnames(x) <- dn : # length of 'dimnames' [2] not equal to array extent # In addition: Warning message: # In matrix(out$hessian, nrow = length(unlist(par))) : # data length [9] is not a sub-multiple or multiple of the number of rows [6] #ajusta o modelo em que A, B e C seja comum aos dois tratamentos n1 <- nlsLM(diversidade ~ A/(1+B*exp(-C*parA)), data = d, start = list(A = 4.158, B = -0.9355, C = 0.079)) anova(n0,n1)

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Unir Shapefiles
by Yury Duarte 28 Set '18

28 Set '18

Boa tarde colegas listeiros! Gostaria de uma ajuda para unir diferentes objetos espaciais num único objeto, afim de salvar um único shapefile ao final do meu processamento. Estou trabalhando com dois objetos do tipo 'SpatialPolygonsDataFrame' e gostaria de uni-los num único 'SpatialPolygonsDataFrame', sem perder as informações setadas no campo '@data'. Se alguém souber uma forma de fazer isso, ajudaria imensamente! Obrigado! Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP

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Inscrições abertas para mestrado e doutorado em Estatística na USP
by Alexandre Galvão Patriota 27 Set '18

27 Set '18

Prezados, *Inscrições abertas para mestrado e doutorado em Estatística na USP* Segue link para anúncio veiculado pelo Jornal da USP: https://jornal.usp.br/universidade/inscricoes-abertas-para-mestrado-e-douto… att Prof. Dr. Alexandre G. Patriota, Department of Statistics, Institute of Mathematics and Statistics, University of São Paulo, Brazil.

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