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Formatar grafico hexbin
by Bernardo Rangel Tura 28 Mai '12

28 Mai '12

Boa tarde a todos! Estou precisando de uma ajuda na formatação de um gráfico do tipo de hexbin. O problema é o seguinte o eixo Y tem valores muito altos na faixa de 2e8, 4e8, 6e8 etc Eu gostaria de substituir os dizeres para '200 Mi', '400 Mi', '600 Mi' etc para facilitar estou enviando um arquivo 'cmd.csv' que contém apenas 500 observações - o arquivo original tem mais de 100.000 mesmo assim vai ser suficiente O código que estou usando é: rm(list=ls(all=TRUE)) require(hexbin) base<-read.csv('cmd.csv') cores.ATS <- colorRampPalette(c('#2400D8','#181CF7','#2857FF','#3D87FF','#56B0FF','#75D3FF','#99EAFF','#BCF9FF','#EAFFFF','#FFFFEA','#FFF1BC','#FFD699','#FFAC75','#FF7856','#FF3D3D','#F72735','#D8152F','#A50021')) bin<-with(base,hexbin(Angio.sim, delta_modelos, xbins=25)) p <- plot(bin,colramp=cores.ATS,legend=.7,xlab='',ylab='') Alguém pode ajudar ? []s Tura

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 15, assunto 34
by Ary Casado 28 Mai '12

28 Mai '12

O meu dá o mesmo resultado. Alguma coisa nebulosa nessa PA. Ary ________________________________ De: "r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Domingo, 27 de Maio de 2012 12:00 Assunto: Digest R-br, volume 15, assunto 34 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: problemas com função "seq" (Alexandre Ribeiro Leichsenring) 2. Re: problemas com função "seq" (Fred) 3. Re: problemas com função "seq" (Diego Leal) 4. Re: problemas com função "seq" (Cesar Rabak) 5. Re: problemas com função "seq" (Paulo Justiniano) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Sat, 26 May 2012 14:18:18 -0300 From: Alexandre Ribeiro Leichsenring <aleleich(a)uol.com.br> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] problemas com função "seq" Message-ID: <CAOZy71uykKy-bTatqiA97eLDWGFjcB_5DejrXObxM9G6GqP1mw(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Ivan, Talvez não tenha ficado claro. O problema não é de formatação: veja que onde deveria dar 0 (zero), a minha sequência está retornando 1.110223e-16! > seq(-.6,.8,by=.2)[1] -6.000000e-01 -4.000000e-01 -2.000000e-01 1.110223e-16 2.000000e-01 [6] 4.000000e-01 6.000000e-01 8.000000e-01 Aliás, formatando a sequência com scientific = FALSE, veja que resultado "curioso": > format(seq(-.6,.8,by=.2),scientific=FALSE)[1] "-0.5999999999999999777955" "-0.3999999999999999666933" [3] "-0.1999999999999999555911" " 0.0000000000000001110223" [5] " 0.2000000000000000666134" " 0.4000000000000000222045" [7] " 0.6000000000000001998401" " 0.8000000000000000444089" Imagino que isso seja um problema de alguma configuração do meu sistema/máquina. Ou alguém tem o mesmo problema? Saudações, Alexandre From: Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman(a)yahoo.com.br> To: R Brasil <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] problemas com função "seq" Message-ID: <1337965493.37364.YahooMailNeo(a)web161806.mail.bf1.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Não há nada de errado! Para retornar exatamente o que você quer existem várias opções. Dentre elas, Não há nada de errado! Para retornar exatamente o que você quer existem várias opções. Dentre elas, a <- seq(-.6,.8,by=.2) round(a,2) format(a,scientific=TRUE) format(a,scientific=FALSE) format(a,digits=3,scientific=FALSE) formatC(a,format='f',digits=2,drop0trailing=TRUE) formatC(a,format='f',decimal.mark=',') as.numeric(formatC(a,format='f',decimal.mark='.')) (S,f,P) Allaman -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120526/5439bb51/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Sat, 26 May 2012 17:38:25 -0300 From: Fred <eng.fredericoalvarez(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] problemas com função "seq" Message-ID: <4FC13F41.6030008(a)gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"; Format="flowed" Boa noite. Aparentemente isso está normal, no meu R também acontece isso. Lembre-se que os computadores trabalham em base binária, não decimal. Por esse motivo, é impossível representar números reais com 100% de exatidão. Saudações. Em 26-05-2012 14:18, Alexandre Ribeiro Leichsenring escreveu: > Ivan, > > Talvez não tenha ficado claro. O problema não é de formatação: veja > que onde deveria dar 0 (zero), a minha sequência está retornando > 1.110223e-16! > > > seq(-.6,.8,by=.2) > [1] -6.000000e-01 -4.000000e-01 -2.000000e-01 1.110223e-16 2.000000e-01 > [6] 4.000000e-01 6.000000e-01 8.000000e-01 > > Aliás, formatando a sequência com scientific = FALSE, veja que > resultado "curioso": > > > format(seq(-.6,.8,by=.2),scientific=FALSE) > [1] "-0.5999999999999999777955" "-0.3999999999999999666933" > [3] "-0.1999999999999999555911" " 0.0000000000000001110223" > [5] " 0.2000000000000000666134" " 0.4000000000000000222045" > [7] " 0.6000000000000001998401" " 0.8000000000000000444089" > > Imagino que isso seja um problema de alguma configuração do meu > sistema/máquina. Ou alguém tem o mesmo problema? > > Saudações, > > Alexandre > > > > > > > > From: Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman(a)yahoo.com.br > <mailto:ivanalaman@yahoo.com.br>> > To: R Brasil <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br>> > Subject: Re: [R-br] problemas com função "seq" > Message-ID: > <1337965493.37364.YahooMailNeo(a)web161806.mail.bf1.yahoo.com > <mailto:1337965493.37364.YahooMailNeo@web161806.mail.bf1.yahoo.com>> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Não há nada de errado! Para retornar exatamente o que você quer > existem várias opções. Dentre elas, > > Não há nada de errado! Para retornar exatamente o que você quer > existem várias opções. Dentre elas, > > a <- seq(-.6,.8,by=.2) > round(a,2) > format(a,scientific=TRUE) > format(a,scientific=FALSE) > format(a,digits=3,scientific=FALSE) > formatC(a,format='f',digits=2,drop0trailing=TRUE) > formatC(a,format='f',decimal.mark=',') > as.numeric(formatC(a,format='f',decimal.mark='.')) > > (S,f,P) > Allaman > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- Frederico Steinmetz Alvarez Engenheiro Eletricista e de Produção Mestrando em Engenharia Eólica Laboratório de Fluidos Grupo de Mecânica dos Fluidos Ambientais da UFPE Home page ( www.ufpe.br/mecfluamb/ ) Universidade Federal de Pernambuco - UFPE Departamento de Engenharia Mecânica Fones: (48) 9143-5141 (VIVO) (81) 8885-1105 (OI) Laboratório Didático Pedagógico - Mecânica dos Flúidos LDP-FLU Universidade Federal de Pernambuco - UFPE -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120526/72c8181c/atta…> ------------------------------ Message: 3 Date: Sat, 26 May 2012 17:39:45 -0300 From: Diego Leal <diego.leight(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] problemas com função "seq" Message-ID: <4FC13F91.6050805(a)gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"; Format="flowed" Galera, como faço pra parar de receber emails do grupo. Apenas parar de receber emails, quero continuar fazendo parte do grupo... Att, Diego Leal Togni Em 26/05/2012 17:38, Fred escreveu: > Boa noite. > > Aparentemente isso está normal, no meu R também acontece isso. > Lembre-se que os computadores trabalham em base binária, não decimal. > Por esse motivo, é impossível representar números reais com 100% de > exatidão. > > Saudações. > > Em 26-05-2012 14:18, Alexandre Ribeiro Leichsenring escreveu: >> Ivan, >> >> Talvez não tenha ficado claro. O problema não é de formatação: veja >> que onde deveria dar 0 (zero), a minha sequência está retornando >> 1.110223e-16! >> >> > seq(-.6,.8,by=.2) >> [1] -6.000000e-01 -4.000000e-01 -2.000000e-01 1.110223e-16 2.000000e-01 >> [6] 4.000000e-01 6.000000e-01 8.000000e-01 >> >> Aliás, formatando a sequência com scientific = FALSE, veja que >> resultado "curioso": >> >> > format(seq(-.6,.8,by=.2),scientific=FALSE) >> [1] "-0.5999999999999999777955" "-0.3999999999999999666933" >> [3] "-0.1999999999999999555911" " 0.0000000000000001110223" >> [5] " 0.2000000000000000666134" " 0.4000000000000000222045" >> [7] " 0.6000000000000001998401" " 0.8000000000000000444089" >> >> Imagino que isso seja um problema de alguma configuração do meu >> sistema/máquina. Ou alguém tem o mesmo problema? >> >> Saudações, >> >> Alexandre >> >> >> >> >> >> >> >> From: Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman(a)yahoo.com.br >> <mailto:ivanalaman@yahoo.com.br>> >> To: R Brasil <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br>> >> Subject: Re: [R-br] problemas com função "seq" >> Message-ID: >> <1337965493.37364.YahooMailNeo(a)web161806.mail.bf1.yahoo.com >> <mailto:1337965493.37364.YahooMailNeo@web161806.mail.bf1.yahoo.com>> >> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" >> >> Não há nada de errado! Para retornar exatamente o que você quer >> existem várias opções. Dentre elas, >> >> Não há nada de errado! Para retornar exatamente o que você quer >> existem várias opções. Dentre elas, >> >> a <- seq(-.6,.8,by=.2) >> round(a,2) >> format(a,scientific=TRUE) >> format(a,scientific=FALSE) >> format(a,digits=3,scientific=FALSE) >> formatC(a,format='f',digits=2,drop0trailing=TRUE) >> formatC(a,format='f',decimal.mark=',') >> as.numeric(formatC(a,format='f',decimal.mark='.')) >> >> (S,f,P) >> Allaman >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. > > > -- > Frederico Steinmetz Alvarez Engenheiro Eletricista e de Produção > Mestrando em Engenharia Eólica Laboratório de Fluidos Grupo de > Mecânica dos Fluidos Ambientais da UFPE Home page ( > www.ufpe.br/mecfluamb/ ) Universidade Federal de Pernambuco - UFPE > Departamento de Engenharia Mecânica Fones: (48) 9143-5141 (VIVO) (81) > 8885-1105 (OI) Laboratório Didático Pedagógico - Mecânica dos Flúidos > LDP-FLU Universidade Federal de Pernambuco - UFPE > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120526/c6298e04/atta…> ------------------------------ Message: 4 Date: Sat, 26 May 2012 20:47:02 -0300 From: Cesar Rabak <cesar.rabak(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] problemas com função "seq" Message-ID: <4FC16B76.8010800(a)gmail.com> Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed Em 26/5/2012 14:18, Alexandre Ribeiro Leichsenring escreveu: > Ivan, > > Talvez não tenha ficado claro. O problema não é de formatação: veja que > onde deveria dar 0 (zero), a minha sequência está retornando 1.110223e-16! > >> seq(-.6,.8,by=.2) > [1] -6.000000e-01 -4.000000e-01 -2.000000e-01 1.110223e-16 2.000000e-01 > > [6] 4.000000e-01 6.000000e-01 8.000000e-01 > Alexandre, Talvez a gente não esteja sendo claro: o seu problema é de [falta] de entendimento mais basal: Por favor, leia o FAQ 7.31 e os documentos referenciados nele. []s -- Cesar Rabak GNU/Linux User 52247. Get counted: http://counter.li.org/ ------------------------------ Message: 5 Date: Sat, 26 May 2012 21:41:22 -0300 (BRT) From: Paulo Justiniano <paulojus(a)leg.ufpr.br> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] problemas com função "seq" Message-ID: <alpine.DEB.2.00.1205262140350.19183(a)pataxo.est.ufpr.br> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"; Format="flowed" Vá na pagina da lista com sue usuário cadansgtrado onde voce pode definir as confiugurações de recebimento (e interrupcao se desejado) On Sat, 26 May 2012, Diego Leal wrote: > Galera, > como faço pra parar de receber emails do grupo. Apenas parar de receber emails, quero continuar fazendo parte do > grupo... > > Att, > Diego Leal Togni > > Em 26/05/2012 17:38, Fred escreveu: > Boa noite. > > Aparentemente isso está normal, no meu R também acontece isso. Lembre-se que os computadores trabalham > em base binária, não decimal. Por esse motivo, é impossível representar números reais com 100% de > exatidão. > > Saudações. > > Em 26-05-2012 14:18, Alexandre Ribeiro Leichsenring escreveu: > Ivan, > > Talvez não tenha ficado claro. O problema não é de formatação: veja que onde deveria dar 0 (zero), a > minha sequência está retornando 1.110223e-16! > > > seq(-.6,.8,by=.2) > [1] -6.000000e-01 -4.000000e-01 -2.000000e-01 1.110223e-16 2.000000e-01 > [6] 4.000000e-01 6.000000e-01 8.000000e-01 > > Aliás, formatando a sequência com scientific = FALSE, veja que resultado "curioso": > > > format(seq(-.6,.8,by=.2),scientific=FALSE) > [1] "-0.5999999999999999777955" "-0.3999999999999999666933" > [3] "-0.1999999999999999555911" " 0.0000000000000001110223" > [5] " 0.2000000000000000666134" " 0.4000000000000000222045" > [7] " 0.6000000000000001998401" " 0.8000000000000000444089" > > Imagino que isso seja um problema de alguma configuração do meu sistema/máquina. Ou alguém tem o mesmo > problema? > > Saudações, > > Alexandre > > > > > > > > From: Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman(a)yahoo.com.br> > To: R Brasil <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] problemas com função "seq" > Message-ID: > <1337965493.37364.YahooMailNeo(a)web161806.mail.bf1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Não há nada de errado! Para retornar exatamente o que você quer existem várias opções. Dentre elas, > > Não há nada de errado! Para retornar exatamente o que você quer existem várias opções. Dentre elas, > > a <- seq(-.6,.8,by=.2) > round(a,2) > format(a,scientific=TRUE) > format(a,scientific=FALSE) > format(a,digits=3,scientific=FALSE) > formatC(a,format='f',digits=2,drop0trailing=TRUE) > formatC(a,format='f',decimal.mark=',') > as.numeric(formatC(a,format='f',decimal.mark='.')) > > (S,f,P) > Allaman > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. > > > > -- > Frederico Steinmetz Alvarez Engenheiro Eletricista e de Produção Mestrando em Engenharia Eólica Laboratório de > Fluidos Grupo de Mecânica dos Fluidos Ambientais da UFPE Home page ( www.ufpe.br/mecfluamb/ ) Universidade > Federal de Pernambuco - UFPE Departamento de Engenharia Mecânica Fones: (48) 9143-5141 (VIVO) (81) 8885-1105 > (OI) Laboratório Didático Pedagógico - Mecânica dos Flúidos LDP-FLU Universidade Federal de Pernambuco - UFPE > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. > > > > ------------------------------ _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Fim da Digest R-br, volume 15, assunto 34 *****************************************

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problemas com função "seq"
by Alexandre Ribeiro Leichsenring 28 Mai '12

28 Mai '12

Caros, Volta e meia me deparo com um comportamento estranho da função "seq", compartilho agora um exemplo: > seq(-.6,.8,by=.2) ao invés de resultar nisso: -.6 -.4 -.2 0 .2 .4 .6 .8 resulta nisso: -6.000000e-01 -4.000000e-01 -2.000000e-01 1.110223e-16 2.000000e-01 4.000000e-01 6.000000e-01 8.000000e-01 ! Outras sequências ao redor de zero resultam no mesmo "erro" (pelo menos na minha máquina)... que tipo de problema será esse? Obrigado, Alexandre

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Re: [R-br] problemas com função "seq"
by Alexandre Ribeiro Leichsenring 26 Mai '12

26 Mai '12

Ivan, Talvez não tenha ficado claro. O problema não é de formatação: veja que onde deveria dar 0 (zero), a minha sequência está retornando 1.110223e-16! > seq(-.6,.8,by=.2)[1] -6.000000e-01 -4.000000e-01 -2.000000e-01 1.110223e-16 2.000000e-01 [6] 4.000000e-01 6.000000e-01 8.000000e-01 Aliás, formatando a sequência com scientific = FALSE, veja que resultado "curioso": > format(seq(-.6,.8,by=.2),scientific=FALSE)[1] "-0.5999999999999999777955" "-0.3999999999999999666933" [3] "-0.1999999999999999555911" " 0.0000000000000001110223" [5] " 0.2000000000000000666134" " 0.4000000000000000222045" [7] " 0.6000000000000001998401" " 0.8000000000000000444089" Imagino que isso seja um problema de alguma configuração do meu sistema/máquina. Ou alguém tem o mesmo problema? Saudações, Alexandre From: Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman(a)yahoo.com.br> To: R Brasil <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] problemas com função "seq" Message-ID: <1337965493.37364.YahooMailNeo(a)web161806.mail.bf1.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Não há nada de errado! Para retornar exatamente o que você quer existem várias opções. Dentre elas, Não há nada de errado! Para retornar exatamente o que você quer existem várias opções. Dentre elas, a <- seq(-.6,.8,by=.2) round(a,2) format(a,scientific=TRUE) format(a,scientific=FALSE) format(a,digits=3,scientific=FALSE) formatC(a,format='f',digits=2,drop0trailing=TRUE) formatC(a,format='f',decimal.mark=',') as.numeric(formatC(a,format='f',decimal.mark='.')) (S,f,P) Allaman

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Re: [R-br] problemas com função "seq"
by Ivan Bezerra Allaman 25 Mai '12

25 Mai '12

Não há nada de errado! Para retornar exatamente o que você quer existem várias opções. Dentre elas, a <- seq(-.6,.8,by=.2) round(a,2) format(a,scientific=TRUE) format(a,scientific=FALSE) format(a,digits=3,scientific=FALSE) formatC(a,format='f',digits=2,drop0trailing=TRUE) formatC(a,format='f',decimal.mark=',') as.numeric(formatC(a,format='f',decimal.mark='.')) (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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Dificuldade em maximização/minimização de funções! (Repassando help Adailton Alcantara)
by Ivan Bezerra Allaman 25 Mai '12

25 Mai '12

Adailton, Procure seguir o guia de postagem e evite anexar arquivos! Repassando então a dúvido de Adailton Alcantara para os nobres amigos do R. OBS: Segue o link no final da postagem com as funções que o Adailton criou! Prezados, Nome: Adeilton Pedro de Alcântara Venho pedir ajuda. Definição do problema: Eu tenho uma superfície (mistura de cinco distribui��es normal bivariada) lambda_23(x,y) e uma reta lambda_1(t). Considerando a reta e a superf�cie como conhcidas ( distribui��es verdadeiras) o meu objetivo � recuperar essas distribui��es maximuzando a equa��o de log verossimilhan�a ( no programa que enviei denominada matricaalg1). Ou seja o meu objetivo � recuperar a estrutura do polin�mio que gerou um determinado conjunto de dados utilizando uma equa��o de log-verossimilhan�a sem a necessidade de escrever um modelo param�trico. A minha dificuldade est� no comando nlminb() do R que encontra-se na fun��o metricaalg1. Eu n�o consigo lidar com estes comandos de maximiza��o/minimiza��o de fun��es. Quando altero o chute inicial, embora tenha converg�ncia, os valores encontrados s�o completamente diferentes do valor que eu quero encontrar. Ou seja dependendo do chute inicial a fun��o me retorna coeficientes completamente diferentes. Eu n�o sei se o problema est� na op��o control.list() ou no chute inicial. Provavelmente n�o. O programa que gera o PPNH( Processo de Poisson n�o homog�neo) est� funcionando. A dificuldade est� no uso do comando nlminb(). J� utilizei nlm(), optim(), e DEoptim() para maximizar a equa��o de log-verossimilhan�a por�m n�o consigo enxergar o que est� errado . O problema deve ser de m�ltiplos m�ximos na verossimilhan�a, pois tenho muitos coeficientes. Já estou a quatro anos e não consigo sair disso. Atenciosamente, Adeilton Pedro de Alcântara. Estou enviando um c�digo na linguagem R. O objetivO � recuperar uma reta (lambda_1(t) )e uma mistura de 5 distribui��es normal bivariada (lambda_23(x,y) ). A minha dificuldade est� no chute inicial, ou seja os resultados dependem muito do chute inicial. Al�m disso, cada vez que eu modifici o chute inicial tenho um resultado completamente diferente. O senhor verifica a fun��o onde eu gero o chute inicial (CHUTEINICIALalg1) e a fun��o metricaalg1 (fun��o onde tenho a verossimilhan�a). Nesta fun��o estou fazendo a maximiza��o num�rica da equa��o de log-verossimilhan�a utilizaddo o comando "nlminb() do R. Onde tem CC<-(as.single(CC)>0) # Coloquei positivo para n�o ficar muito tempo rodando. O senhor pode deixar CC<-(as.single(CC)). Para rodar a fun��o basta seguir os comandos a partir de ################# #Rodando a fun��o# ################# O arquivo com as rotinas do R est� no anexo deste e-mail Me ajude, por favor. Atenciosamente, Adeilton Pedro de Alcântara http://dl.dropbox.com/u/33619290/codigoAdailton.txt \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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odfWeave problemas com acentos
by Walmes Zeviani 24 Mai '12

24 Mai '12

Saudações, Estou montando um micro tutorial de odfWeave e observei problemas na geração de documentos. Eu tenho um arquivo odf, gerado pelo OpenOffice Writer com o seguinte conteúdo #---- conteúdo do arquivo odf, walmes_teste1.odf ---- Isso é um teste <<teste, echo=TRUE>> x <- rnorm(100,50,3) summary(x) @ #---- fim do arquivo walmes_teste1.odf --- Abro uma sessão R para compilar por meio dos comandos que apresentam a mensagem de erro abaixo. *> odfWeave("walmes_teste1.odt", "walmes_saida1.odt")* Copying walmes_teste1.odt Setting wd to /tmp/RtmpCE5KJb/odfWeave24115817941 Unzipping ODF file using unzip -o walmes_teste1.odt Archive: walmes_teste1.odt extracting: mimetype creating: Configurations2/statusbar/ inflating: Configurations2/accelerator/current.xml creating: Configurations2/floater/ creating: Configurations2/popupmenu/ creating: Configurations2/progressbar/ creating: Configurations2/menubar/ creating: Configurations2/toolbar/ creating: Configurations2/images/Bitmaps/ inflating: content.xml inflating: manifest.rdf inflating: styles.xml extracting: meta.xml inflating: Thumbnails/thumbnail.png inflating: settings.xml inflating: META-INF/manifest.xml Removing walmes_teste1.odt Creating a Pictures directory Pre-processing the contents Sweaving content.Rnw *Erro: ‘content.Rnw’ is not ASCII and does not declare an encoding* Se eu removo o e acentuado da frame "isso é um teste" para "isso e um teste", a compilação tem sucesso. Googlei e não encontrei alternativas para superar o problema. Minha sessão R é *> sessionInfo()* R version 2.15.0 (2012-03-30) Platform: i486-pc-linux-gnu (32-bit) locale: [1] LC_CTYPE=pt_BR.utf8 LC_NUMERIC=C [3] LC_TIME=pt_BR.utf8 LC_COLLATE=pt_BR.utf8 [5] LC_MONETARY=pt_BR.utf8 LC_MESSAGES=pt_BR.utf8 [7] LC_PAPER=C LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=pt_BR.utf8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] odfWeave_0.7.17 XML_3.6-1 lattice_0.20-6 loaded via a namespace (and not attached): [1] grid_2.15.0 tools_2.15.0 Estou no Ubuntu 10.04 com o seguinte resultado de locale walmes@galibi:~$ locale LANG=pt_BR.utf8 LANGUAGE=pt_BR:pt:en LC_CTYPE="pt_BR.utf8" LC_NUMERIC="pt_BR.utf8" LC_TIME="pt_BR.utf8" LC_COLLATE="pt_BR.utf8" LC_MONETARY="pt_BR.utf8" LC_MESSAGES="pt_BR.utf8" LC_PAPER="pt_BR.utf8" LC_NAME="pt_BR.utf8" LC_ADDRESS="pt_BR.utf8" LC_TELEPHONE="pt_BR.utf8" LC_MEASUREMENT="pt_BR.utf8" LC_IDENTIFICATION="pt_BR.utf8" LC_ALL= walmes@galibi:~$ Alguém tem alguma sugestão? Grato. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================

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Help
by Adeilton Alcantara 24 Mai '12

24 Mai '12

Nome: Adeilton Pedro de Alcântara

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pergunta simples - regular expressions
by Vitor Aguiar 24 Mai '12

24 Mai '12

Caros, faz um tempo que o Benílton me passou um código muito útil, mas como não entendo de regular expressions não sei como exatamente ele funciona. Será que alguém poderia me ajuda a entender? É algo muito simples. Eu tenho um dataframe com várias colunas com nomes como: "PentaE.1" "PentaE.2" "D18S51.1" "D18S51.2" "D21S11.1" "D21S11.2"... Então Benilton me passou o seguinte código: Names = unique(gsub("(.*)\\.\\d{1}$", "\\1", names(x))) que me gera o seguinte resultado: "PentaE" "D18S51" "D21S11" Eu sei que gsub está fazendo um matching do primeiro argumento no meu daframe e substituindo pelo segundo argumento, retirando tudo que está após o "." (ponto) e criando apenas 1 nome onde havia 2. Mas não entendo tudo, como o código produz esse resultado? Quais as funções dessas \\ e d{}... Obrigado, Vitor

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eliminar valores de data.frame
by Vitor Aguiar 24 Mai '12

24 Mai '12

Caros, tenho um data frame com 30 colunas e 100 mil linhas, composto de valores numéricos de 1 a 65. Gostaria de eliminar todos os valores que aparecem menos de 5 vezes, em cada 2 colunas consecutivas separadamente. Por exemplo, se o valor "18" aparece 4 vezes entre os 200.000 valores das minhas 2 primeiras colunas, eu gostaria de eliminar todos os 4. Eu sei que no final eu teria colunas de lengths diferentes no meu data frame, mas eu não preciso recriar o data frame, eu só preciso usar os pares de colunas separadamente. Como fazer isso? Desde já, muito obrigado aos que puderem ajudar. Vitor Aguiar

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Mensagem de erro da função optim
by Rubem Kaipper Ceratti 24 Mai '12

24 Mai '12

CaRos, Ao rodar o script abaixo, a função 'optim' retorna a mensagem: 'Erro em function (par) : não foi possível encontrar a função "fn"'. Tentei, mas não consegui encontrar a razão para o erro. Alguém teria uma idéia? Grato, Rubem ## Script R: library(tweedie) # Simulação de dados period<-factor(1:4) herd<-factor(1:10) dat<-expand.grid(period=period,herd=herd) beta<-c(-.3,1.7,2.5,3.4) x<-model.matrix(~period,dat) b<-rnorm(length(levels(dat$herd)),sd=.3) z<-model.matrix(~-1+herd,dat) mu<-as.vector(exp(x%*%beta+z%*%b)) phi<-.8; p<-1.6 dat$resp<-rtweedie(nrow(dat),p,mu,phi) y<-dat$resp th<-c(rep(0,ncol(x)),1,1,1.5) beta<-th[1:ncol(x)] sig<-th[ncol(x)+1] phi<-th[ncol(x)+2] p<-th[ncol(x)+3] z.ast<-sig*z l.u<-function(u,y,z,x,beta,phi,p){ eta.u<-as.vector(x%*%beta+z%*%u) f.y<-log(dtweedie(y,p,exp(eta.u),phi)) l.yu<-sum(f.y)+sum(dnorm(u,log=T)) return(-l.yu) } uhat<-optim(rep(0,ncol(z)),l.u,method="BFGS",hessian=T, y=y,z=z.ast,x=x,beta=beta,phi=phi,p=p)

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Erro em file("toto230876.tmp", "w")
by Ricardo Dobrovolski 24 Mai '12

24 Mai '12

Olá pessoal, Criei uma função que produz arquivos de saída. No entanto, ela tem sido interrompida com a seguinte mensagem de erro: Erro em file("toto230876.tmp", "w") : não é possível abrir a conexão Além disso: Mensagens de aviso perdidas: 1: In file.create("toto230876.tmp") : não foi possível criar arquivo 'toto230876.tmp', motivo 'Permission denied' 2: In file("toto230876.tmp", "w") : não foi possível abrir o arquivo 'toto230876.tmp': Permission denied Porém, isso só ocorre às vezes, em diferentes passos da função. Abraço, RD.

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Atribuir nomes a códigos
by Edson Lira 24 Mai '12

24 Mai '12

Boa noite a todos. Estou com um pequeno problema. Tenho um banco aonde a variável bairro está codificada com números, e tenho um outro arquivo que consigo ler, aonde contenho os códigos e os bairros para cada código. como associar os códigos do meu banco com a relação de bairros do outro arquivo. A disposição é mostrada a seguir: IDBairro BAIRRO BZONA CodCida 1 92 Centro Presidente Figueiredo 3 2 93 Morada do Sol Presidente Figueiredo 3 3 94 Centro Balbina 3 4 95 Honório Roldão Presidente Figueiredo 3 5 96 Aida Mendonça Presidente Figueiredo 3 6 97 José Dutra Presidente Figueiredo 3 7 98 Tancredo Neves Presidente Figueiredo 3 8 99 Galo da Serra Presidente Figueiredo 3 9 100 Sol Nascente Presidente Figueiredo O banco de dados está assim: Os bairros em código: 92 92 92 92 92 92 92 92 92 92 97 93 93 93 93 93 95 93 93 93 93 95 95 95 95 95 93 95 93 95 95 95 95 95 95 95 93 93 93 95 Como associar o código do banco com o bairro do arquivo de códigos? Obrigado. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Extração de QMerros em lme
by Marcelo Cardoso mello 23 Mai '12

23 Mai '12

Para extrair o QMerro de subparcela na lme posso usar model$sigma, mas como faço para obter o QMerro relativo as parcelas?

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Pacote_gerar_mapas
by Rafael Tieppo 23 Mai '12

23 Mai '12

Necessito gerar mapas a partir de X (LONGITUDE) Y (LATITUDE) Z(teor de umidade no solo). O mapa deve ser 2D e a variável Z pretendo representar por cores através de uma legenda, ex.: 12-16% azul ; 16,01 - 18% verde ; etc Testei o GeoR e o adehabitatMA, porém nao tive os resultados pretendidos. Alguém pode me indicar um pacote? Obrigado. Atenciosamente, Eng. Agrícola Rafael Cesar Tieppo UNEMAT - Campus Tangará da Serra - MT / Departamento de Agronomia Fone:+55-65 3311-4922 site:http://www2.unemat.br/rafaeltieppo "Evite o desperdício: antes de imprimir pense na sua responsabilidade com o ambiente".

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Bayesiana [OFF-TOPIC]
by ASANTOS 23 Mai '12

23 Mai '12

Bom dia Pessoal, Gostaria de saber se alguém quem trabalha com Bayesiana poderia recomendar algumas boas literaruras para estudo para que esta començando a usar esta abordagem, preferencialmente gostaria de material aplicado ao R e não ao winBugs. Obrigado, *Alexandre dos Santos *Engenheiro Florestal, Dr. Universidade Federal de Lavras Departamento de Entomologia Laboratório de Entomologia Florestal Caixa Postal 3037 37200-000 - Lavras/MG

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duvidas sobre teste de causalidade de granger
by Marcelo Zeuli 23 Mai '12

23 Mai '12

Bom dia, qual é o pacote mais adequado para teste de causalidade de granger? o FIAR? ********************************************* Type Package Title Functional Integration Analysis in R Version 0.4 Date 2011-04-01 Author Bjorn Roelstraete Maintainer Bjorn Roelstraete <Bjorn.Roelstraete(a)ugent.be> Description Contains DCM, (autoregressive) SEM, and multivariate Granger causality tests for analyzing fMRI connectivity data. Depends R (>= 2.11.1),lavaan(>= 0.4-7),Matrix,boot,accuracy,np ********************************************************** Grato, Marcelo Zeuli

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Re: [R-br] Alteração em função de pacote
by Junior Beleti 22 Mai '12

22 Mai '12

Olá Benilton. No manual encontrei instruções de como se criar uma função em um novo pacote. No meu caso, onde apenas modifiquei a função eigen.f para eigem.f, gostaria de saber como fazer para carregá-la no momento da execução. Quando chamo a função eigen: eigen(cbind(c(1,-1),c(-1,1))) $values [1] 2 0 $vectors [,1] [,2] [1,] -0.7071068 -0.7071068 [2,] 0.7071068 -0.7071068 Já na chamada a eigem: eigem(cbind(c(1,-1),c(-1,1))) Erro: não foi possível encontrar a função "eigem" Att, Carlos.

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Visualização interativa
by Eder David Borges da Silva 21 Mai '12

21 Mai '12

Pessoal gostaria de trocar uma ideia sobre visualização de dados. Ultimamente venho dando uma olhada do pacote googleVis, em especial na função gvisMotionChart, que possibilita criar gráficos onde podemos interagir com eles selecionando time, dando destaque a um nivel etc. O que estou procurando e algo como o gvisMotionChart, porem com uma especie de filtro a mais, por exemplo imaginem que tenho um conjunto de dados, emails da R-br, nos três últimos anos, onde uma coluna tenho o ano, uma segunda o participante, e uma terceira o numero de emails. Eu gostaria de fazer um gráfico selecionando por exemplo, no ano 0, apenas o user1 versus user2, onde essa seleção seria feia em uma caixa de seleção, selecionando ano 0, depois em um segunda caixa selecionando user1 e user2, e automaticamente o gráfico de barras por exemplo iria ser atualizado. para quem já ouviu falar seria um qlikview http://www.inteligencia-negocios.com/produtos/qlikdemos porem feito via R com a saida final de interface html. Oque quero compartilhar com vocês é o seguinte: alguém já viu algo assim feito em R?

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Plots com dimensões diferentes
by Marcelo Claro de Souza 21 Mai '12

21 Mai '12

Preciso plotar 4 figuras no mesmo frame (2 x2) mas preciso que as figuras tenham dimensões diferentes. No caso preciso que as 2 figuras superiores ocupem apenas 25% do frame e as figuras inferiores 75%. Como posso fazer isso? Abraço. Marcelo Claro de Souza Biologist, PhD student in Plant Biology Institute of Bioscience - UNESP, Brazil

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Re: [R-br] modelo linear com efeito aleatório
by Ivan Bezerra Allaman 21 Mai '12

21 Mai '12

library(lme4) mod <- lmer(tempo ~ desfecho + (1|pac),data=data) summary(mod) ?lmer (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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modelo linear com efeito aleatório
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 21 Mai '12

21 Mai '12

Amigos de R, Pacientes foram expostos a experimentos para verificar o tempo de resposta a determinadas exposições. Para cada exposição (que são 3, mas prefiro aborda-las individualmente) verificou-se se o sujeito acertou a resposta desejada e quanto tempo levou para responder. A hipótese do estudo é que quando o sujeito acerta a resposta o tempo de resposta é menor do que quando erra. O problema é que cada paciente é exposto diversas vezes. Então eu tenho um banco com 10 pacientes, mas com mais de 300 linhas, semelhante a simulação abaixo. A minha questão é que eu imagino que haja dependencia dos pacientes, ou seja, que as respostas sejam mais parecidas dentro de cada sujeito do que entre cada sujeito. Provavelmente a variação teria dois componentes, o de dentro do sujeito e entre os sujeitos. POr isso, eu imaginei que utilizar um modelo aleatório com o paciente como o elemento aleatório fosse mais interpretável que um modelo linear simples. Mas infelizmente nao estou conseguindo fazer a função funcionar. Olhei os exemplos , li algumas vezes a documentção... mas ainda não foi. Qualquer sugestão de como fazer funcionar é bem vinda! z <- rnorm(200, mean = 120 , sd = 10) x <- rnorm(100, mean = 90, sd = 20) data <- as.data.frame(rbind(cbind(x,1,1:10),cbind(z,0,1:10))) names(data) <- c('tempo','desfecho','pac') summary(lm(tempo ~ desfecho + pac,data)) library('nlm') > lme(tempo ~ desfecho + pac,data) Erro em getGroups.data.frame(dataMix, groups) : Invalid formula for groups > lme(tempo ~ desfecho,data,random= pac) Erro em reStruct(random, REML = REML, data = NULL) : objeto 'pac' não encontrado > lme(tempo ~ desfecho,data,random= ~ pac) Erro em getGroups.data.frame(dataMix, groups) : Invalid formula for groups > lme(tempo ~ desfecho,data,random= ~desfecho|pac) Erro em lme.formula(tempo ~ desfecho, data, random = ~desfecho | pac) : nlminb problem, convergence error code = 1 message = iteration limit reached without convergence (10) Abraço forte, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Curriculum Lattes: http://lattes.cnpq.br/6597654894290806 Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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séries em escalas diferentes com lattice
by Lucas Barbosa 20 Mai '12

20 Mai '12

Boa tarde pessoal, Como posso fazer um gráfico de duas séries em diferentes escalas (com dois eixos verticais) usando o lattice? Sei fazer com o plot normal (exemplo abaixo), mas seria muito vantajoso para mim criar uma função panel -- quero fazer vários gráficos, um para cada valor de uma outra variável ("condicionando" com aquela barra vertical). x=1:100 y1 = rpois(100, 20) y2 = rnorm(100, 5) par(mar=c(5,5,4,5)) plot(x, y1, type="l", axes=FALSE, frame=TRUE, ann=FALSE, col=4) axis(4) mtext(text="y1", 4, line=3) par(new=T) plot(x, y2, type='l', lwd=1.5)

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Dúvida tapply
by Leandro Marino 19 Mai '12

19 Mai '12

Caros, estou executando o seguinte comando utilizando os dados da ProvaBrasil 2009 no RJ. > unlist(tapply(alunorj$NU_THETAT_L,list1,length,simplify=F)) [1] 94410 72130 17151 93198 55995 6091 2863 > unlist(tapply(alunorj$NU_THETAT_L,list1,length,simplify=T)) 4ª série / 5º ano EF 8ª série / 9º ano EF Matutino 94410 93198 Vespertino 72130 55995 Noturno NA 6091 Intermediário 17151 2863 Note que o NA que tem no noturno 4ª serie nao aparece quando o simplify=F, existe alguma forma de forçá-lo? Preciso que tenha uma saída em vetor destes dados. Atenciosamente, Leandro Marino Cel.: + 55 21 9845-7707 Cel.: + 55 21 8777-7907

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aplicando cálculo sobre linhas de um dataframe
by Vitor Aguiar 18 Mai '12

18 Mai '12

Olá. Postei essa pergunta ontem mas não obtive resposta. Desculpe por estar postando novamente. Tenho um dataframe com milhares de linhas com valores NAs e não-NAs. Suponhamos a seguinte linha: 1. NA NA NA NA NA NA 6 6 NA NA 8 11 NA NA 17 18 NA NA 10 10 11 13 8 9 11 11 11 11 Vamos considerar os dados em pares. Assim, meu primeiro par é NA NA, o quarto par é 6 6. Há alguma forma de eu contar quantos pares iguais eu tenho em cada linha do dataframe? Assim, nessa linha por exemplo eu teria o resultado 4, pois tenho 4 pares de valores iguais (6 6, 10 10, 11 11, 11 11). Então preciso aplicar o cálculo para todas as linhas. O caminho seria um loop onde eu contaria dados[i, 1] == dados[i, 2]? Obrigado, Vitor

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Componentes de variância - dúvida
by Fernando Colugnati 18 Mai '12

18 Mai '12

#Pessoal, estou analisando um experimento que procura avaliar as fontes de variabilidade em um processo de medição. São 101 pacientes, #onde são realizadas 5 medidas em 2 imagens de endotélio, ou seja, para cada paciente tenho 10 replicações, 5 em cada imagem (variável #medida no dataframe abaixo). Entendo que tenho um modelo misto, pois considero os pacientes como efeito aleatório (a variablidade entre eles #é enorme) e também as imagens, já que podem ser tiradas de diferentes partes do antebraço do paciente. #Especifiquei este modelo com o lme4 para uma das medidas que quero analisar, o diâmetro do endotélio pós-oclusão: fm1 <- lmer(abps ~ replicacao + (replicacao|medida) + (medida|id3), medidas) #e gostaria de estimar o % da variância de cada componente, e para isso preciso da variância total, que é a soma de todas, inlcuindo dos #efeitos fixos, do aleatório e tbm dos resíduos. Está especificação está correta, na opinião dos especialistas em experimentos? (não é meu #caso) #Rodando, após o modelo VarCorr(fm1, type="varcov") anova(fm1) #como identifico a variância residual? Na verdade me enrolei um pouco com a saída do VarCorr, e mesmo pesquisando no Google, não achei nada que #apresente este tipo de propósito de análise (é um estudo de R&R, onde quero mostrar que a variabilidade das replicações, ou do operador, é a #de menor culpa neste processo). #Segue um pedaço dos dados: #> dput(medidas[1:20,]) structure(list(abpre = c(0.382, 0.383, 0.386, 0.386, 0.383, 0.386, 0.384, 0.387, 0.386, 0.383, 0.339, 0.335, 0.342, 0.335, 0.339, 0.357, 0.342, 0.346, 0.343, 0.35), abps = c(0.412, 0.412, 0.415, 0.404, 0.408, 0.408, 0.393, 0.408, 0.408, 0.408, 0.382, 0.386, 0.386, 0.386, 0.386, 0.383, 0.383, 0.379, 0.379, 0.379), abs = c(0.03, 0.029, 0.029, 0.018, 0.025, 0.022, 0.009, 0.021, 0.022, 0.025, 0.043, 0.051, 0.044, 0.051, 0.047, 0.026, 0.041, 0.033, 0.036, 0.029), id3 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), replicacao = c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L ), medida = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), abpre2 = c(0.407, 0.408, 0.399, 0.404, 0.401, 0.404, 0.413, 0.413, 0.416, 0.407, 0.318, 0.318, 0.325, 0.325, 0.318, 0.314, 0.315, 0.316, 0.322, 0.322), abps2 = c(0.458, 0.452, 0.452, 0.455, 0.459, 0.465, 0.456, 0.459, 0.462, 0.462, 0.372, 0.382, 0.392, 0.386, 0.365, 0.386, 0.382, 0.369, 0.382, 0.382), abs2 = c(0.051, 0.044, 0.053, 0.051, 0.058, 0.061, 0.043, 0.046, 0.046, 0.055, 0.054, 0.064, 0.067, 0.061, 0.047, 0.072, 0.067, 0.053, 0.06, 0.06), X_Imedida_1 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), X_ImedXrepli_1 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L)), .Names = c("abpre", "abps", "abs", "id3", "replicacao", "medida", "abpre2", "abps2", "abs2", "X_Imedida_1", "X_ImedXrepli_1"), row.names = c(NA, 20L ), class = "data.frame") Abraço -- Fernando A.B. Colugnati -- Fernando A.B. Colugnati

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Plot precipitação + temperatura no mesmo frame
by Marcelo Claro de Souza 18 Mai '12

18 Mai '12

Algém poderia me explicar como plotar um gráfico de precipitação e temperatura no mesmo frame, sendo a precipitação representada por barras e as temp max min e média como linhas. Meu conjunto de dados está organizado da suinte forma: month tmax tmin tmed rainfall Jan 30,21 16,82 23,51 17,54 Feb 30,71 16,36 23,53 7,68 Mar 27,23 15,91 21,57 9,87 Apr 28,23 15,80 22,02 5,45 May 25,19 11,57 18,38 0,15 Jun 24,39 9,07 16,73 1,61 Jul 26,59 13,07 19,83 0,01 Aug 28,39 12,65 20,52 0,33 Sep 29,77 12,98 21,38 1,53 Oct 28,49 15,47 21,98 4,85 Nov 28,61 16,21 22,41 3,77 Dec 29,79 17,26 23,53 9,35 Muito obrigado pela ajuda. Abraço. Marcelo Claro de Souza Biologist, PhD student in Plant Biology Institute of Bioscience - UNESP, Brazil

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simulação de mutinomiais
by Márcio Augusto Ferreira Rodrigues 17 Mai '12

17 Mai '12

Senhores, estou interessado em simular uma amostra de multinomiais em que suas probabilidades sao geradas por uma regressão logistica, isto é Y ~ Multinomial(1, Pk0i ,Pk1i ,Pk2i , Pk3i) em que i = 1, ..., 100 ( tamanho da amostra) e k= 1,2,3. Assim, k assume 3 valores para cada i. A dúvida é: como faço para informar essa variação das probabilidades na função rmultinom? ou teria outra maneira de fazer isso? Grato, Márcio

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pergunta simples - aplicar função para rows de um dataframe
by Vitor Aguiar 17 Mai '12

17 Mai '12

Boa tarde a todos, tenho um dataframe composto de milhares de linhas e queria calcular o proporção de NAs que tenho em cada linha em relação ao total de dados para essa linha. Exemplo de linha no dataframe: 1 NA NA 15 16 23 22 NA NA NA NA 4 10 18 19 14 21 NA NA 11 8 6 11 NA NA Então pensei em fazer algo como: funçãoNA = function( x ) { naind = table(is.na( x[i, ])) naind[[2]] / length(x[i, ]) } Sou novo em programação e não sei como aplicar isso pra todas as linhas. Não consigo aplicar a função acima com a função apply, pois ela não reconhece o "i". Tenho que usar um loop pra isso? Desde já, muito obrigado. Vitor

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Nomear linhas de matrizes em lista de matrizes
by Emmanuel Arnhold 17 Mai '12

17 Mai '12

Pessoal, estou tentando nomear linhas de matrizes em uma lista de matrizes. Alguém tem a solução? # Dados m1=matrix(c(1,2,4,5,7,8), nc=2) m2=matrix(c(1,5), nc=2) l=list(m1,m2) n=factor(letters[1:4]) n1=lapply(levels(n), list) # resultado que quero obter usando lapply se possível ou outro recurso rownames(m1)=n[c(1,2,3)] rownames(m2)=n[4] l=list(m1,m2)

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Re: [R-br] Alteração em função de pacote
by Junior Beleti 17 Mai '12

17 Mai '12

O nome da função "criada" é eigem.f e que deve ser criada no pacote Base. Sua execução se dá da mesma forma da função original (eigen.f). Att, Carlos.

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Alteração em função de pacote
by Junior Beleti 16 Mai '12

16 Mai '12

Boa noite a todos. Estou fazendo testes com algumas funções e pacotes do R. Em um desses testes tentei duplicar a função (eigen.f), alterando seu nome para (eigem.f) e os locais onde ela aparecia. Com tais alterações consegui compilar normalmente e até criar o código objeto (eigem.o). O problema ocorre ao utilizar a função pois obtenho a seguinte mensagem: Erro: não foi possível encontrar a função "eigem" Gostaria de saber se existe algum outro local que precisa ser alterado para que tal função execute normalmente. PS: Já estou ciente que essa não é a melhor forma de "criar" uma função, mas como já disse anteriormente, estou apenas realizando testes. Muito obrigado. Att, Carlos.

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Teste glht:multcomp com lista de contrastes
by Emmanuel Arnhold 16 Mai '12

16 Mai '12

Estou tentando usar a função glht com uma lista de contrastes. Tem solução? require(multcomp) x=structure(list(t = structure(c(1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 3L, 4L, 4L ), .Label = c("t1", "t2", "t3", "t4"), class = "factor"), r = c(5L, 6L, 23L, 29L, 12L, 16L, 45L, 49L)), .Names = c("t", "r"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L)) m=lm(r~t, data=x) teste3=glht (m, linfct = mcp(t = "Tukey" )) mc=teste3$linfct y=row.names(mc) dd=list(y[c(1,2)],y[3]) c=lapply(dd, function(ddi) { mc[ddi,] }) # ?????lapply(c, function(ci) {summary(glht(m, linfct =ci))})

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encoding="macroman"
by Edson Lira 16 Mai '12

16 Mai '12

Estou lendo um arquivo em csv2, cujas respostas são acentuadas, quando leio no excell xlsx, uso o encoding="macroman" para identificar a acentuação, qual a rotina para o csv2? O macroman não resolveu. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Re: [R-br] xlsx no R 2.15
by Fernando Mayer 15 Mai '12

15 Mai '12

Pelo resultado do build do pacote parece que realmente houve algum problema com a versão para Mac http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/checks/check_results_xlsx.html Aconselho entrar em contato com o administrador do pacote ou esperar até que resolvam. --- Fernando Mayer Universidade Federal de Santa Catarina - UFSC Departamento de Ecologia e Zoologia - ECZ/CCB URL: http://sites.google.com/site/fernandomayer e-mail: fernandomayer [@] gmail.com 2012/5/15 Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br>: > Usei o comando sugerido mas me deu a mensagem abaixo: > >> install.packages("xlsx", dependencies = TRUE, repos >> ="http://cran-r.c3sl.ufpr.br") > Mensagens de aviso perdidas: > package ‘xlsx’ is not available (for R version 2.15.0) >> > > Edson Lira > Estatístico > Manaus-Amazonas > ________________________________ > De: Fernando Mayer <fernandomayer(a)gmail.com> > Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br; Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > Enviadas: Terça-feira, 15 de Maio de 2012 18:29 > Assunto: Re: [R-br] xlsx no R 2.15 > > Qual comando vc tentou? > > O que significa não encontrou? O pacote está disponível no CRAN > > http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/packages/xlsx/index.html > > Tente > > install.packages("xlsx", dependencies = TRUE, repos = > "http://cran-r.c3sl.ufpr.br") > > > --- > Fernando Mayer > Universidade Federal de Santa Catarina - UFSC > Departamento de Ecologia e Zoologia - ECZ/CCB > URL: http://sites.google.com/site/fernandomayer > e-mail: fernandomayer [@] gmail.com > > > 2012/5/15 Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br>: >> Boa noite, tentei instalar o pacote xlsx no R 2.15 e não encontrei o >> pacote. >> >> Estou usando o R para o macbook pro 2.3 ghz i7, 4 giga de ram >> >> Alguma sugestão? >> Edson Lira >> Estatístico >> Manaus-Amazonas >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código >> mínimo reproduzível. > >

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xlsx no R 2.15
by Edson Lira 15 Mai '12

15 Mai '12

Boa noite, tentei instalar o pacote xlsx no R 2.15 e não encontrei o pacote. Estou usando o R para o macbook pro 2.3 ghz i7, 4 giga de ram Alguma sugestão? Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Re: [R-br] Falha em instalar pacotes devido a restrição do proxy
by ROSIANA RODRIGUES ALVES 15 Mai '12

15 Mai '12

Olá Pessoal, Consegui resolver o problema em instalar pacotes com a dica do Marcio Nicolau, mas quando tento utilizar o RStudio continua ocorrendo o mesmo problema. Att,

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instalar pacote rgl no ubuntu 12
by Marcelo Claro de Souza 15 Mai '12

15 Mai '12

Pessoal preciso instalar o pacote rgl para instalar outro pacote (ca), mas toda vez que tento instalar aparece um erro. Acredito que seja pq utilizo ubuntu 12.04. Alguma sugestão para resolver esse problema? Muito obrigado. Marcelo Claro de Souza Biologist, PhD student in Plant Biology Institute of Bioscience - UNESP, Brazil

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nivel de signficância na anova
by Edson Lira 15 Mai '12

15 Mai '12

Bom dia a todos, na regressão a anova e o summary têm a saída com varios níveis de signficância, Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Curiosidade: como faço para mostrar por exemplo somente a 1% (0,01), na anova e/ou no summary. Procurei no help e nao consegui identificar. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Dúvida Gráfico
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 15 Mai '12

15 Mai '12

Olá Estou fazendo uma análise segundo o artigo abaixo: DE VLAS et al. Validation of a chart to estimate true Schistosoma mansoni prevalences from simple egg counts Parasitology (1997), 114, 113±121 Qual comando no R eu posso usar para gerar o gráfico sugerido R? Gráfico: http://www.datafilehost.com/download-8952cea9.html Abraços -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942

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tranformar LatLong para UTM
by Samuel Carvalho 15 Mai '12

15 Mai '12

Bom dia caros membros do r-br, Alguém poderia auxiliar na transformação de coordenadas coletadas em LatLong para UTM? Segue um cmr seguido de um print de parte dos dados (adaptado do post do Marcelo Costa em 20/09/2011) dados[1,] coord_x coord_y -45.33402 -23.31597 Coord <- SpatialPoints(cbind(dados$coord_x,dados$coord_y), proj4string=CRS("+proj=longlat +zone=22S +datum=WGS84")) utm <- spTransform(Coord, CRS("+proj=utm")) Apesar do comando ter rodado, os resultados diferem quando comparado a um site de transformacao de coordenadas que encontrei na web (_http://home.hiwaay.net/~taylorc/toolbox/geography/geoutm.html) Outro ponto é que estas coordenadas constituem como uma variável do dataframe "dados" e com a transformação sugerida acima eu nao consigo incorporar os resultados como uma nova coluna no dataframe Grato pela atenção Samuel ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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Falha em instalar pacotes devido a restrição do proxy
by ROSIANA RODRIGUES ALVES 14 Mai '12

14 Mai '12

Olá Pessoal, Estou com problemas em instalar pacotes devido a restrições do proxy. Gostaria de saber o procedimento para configurar o proxy com usuário e senha para acessar os repostórios do R. Quando tento instalar um pacote aparece a seguinte mensagem de erro : " install.packages("nlme") Installing package(s) into ‘C:/Users/RosianaAlves/Documents/R/win-library/2.13’ (as ‘lib’ is unspecified) Warning in install.packages : não foi possível abrir: status HTTP foi '407 Proxy Authentication Required' Warning in install.packages : não foi possível abrir: status HTTP foi '407 Proxy Authentication Required' Warning in install.packages : unable to access index for repository http://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/contrib/2.13 Warning in install.packages : não foi possível abrir: status HTTP foi '407 Proxy Authentication Required' Warning in install.packages : não foi possível abrir: status HTTP foi '407 Proxy Authentication Required' Warning in install.packages : unable to access index for repository http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/2.13 Warning in install.packages : package ‘nlme’ is not available (for R version 2.13.1)" Att

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Substituição caracteres
by Vinicius Brito Rocha 14 Mai '12

14 Mai '12

Senhores, mais uma vez venho pedir a ajuda de vcs. Tenho um variável que armazena nomes dos municípios e preciso retirar os acentos e ç do das palavras. Alguém sugere algum método para fazer isso? abs -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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pergunta simples - aplicar operação para coluna de dataframe
by Vitor Aguiar 14 Mai '12

14 Mai '12

Boa tarde, tenho um dataframe com 10 colunas e gostaria de subtrair um valor "x" de todos os valores que são maiores que zero em uma determinada coluna. Como posso fazer isso, Obrigado Vitor

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Re: [R-br] Dúvida em erro na função Filtro de Kalman
by Ivan Bezerra Allaman 14 Mai '12

14 Mai '12

O erro é claro! Verifique a linha que eu grifei em vermelho no seu código. As dimensão do objeto "ar_A e ar_D" estão diferentes, impossibilitando a subtração. . . . for(t in 1:2){ ar_U[,,t]<-ar_Y[,,t]-ar_Z[,,t,drop=FALSE]%*%ar_A[,,t,drop=FALSE]-ar_D[,,t,drop=FALSE] ar_F[,,t]<-ar_Z[,,t,drop=FALSE]%*%ar_P[,,t,drop=FALSE]%*%t(ar_Z[,,t,drop=FALSE])+ar_H[,,t,drop=FALSE] ar_AA[,,t]<-ar_A[,,t,drop=FALSE]+ar_P[,,t,drop=FALSE]%*%ar_Z[,,t,drop=FALSE]%*%ginv(ar_F[,,t,drop=FALSE])%*%ar_U[,,t,drop=FALSE] ar_PP[,,t]<-ar_P[,,t,drop=FALSE]-ar_P[,,t,drop=FALSE]%*%t(ar_Z[,,t,drop=FALSE])%*%ginv(ar_F[,,t,drop=FALSE])%*%ar_Z[,,t,drop=FALSE]%*%ar_P[,,t] ar_A[,,t+1]<-ar_T[,,t,drop=FALSE]%*%ar_AA[,,t,drop=FALSE]+ar_C[,,t,drop=FALSE] ar_P[,,t+1]<-ar_T[,,t,drop=FALSE]%*%ar_PP[,,t,drop=FALSE]%*%t(ar_PP[,,t,drop=FALSE])+ar_R[,,t,drop=FALSE]%*%ar_Q[,,t,drop=FALSE]%*%t(ar_R[,,t,drop=FALSE]) } return(list(ar_A,ar_P)) } Filtro_Kalman(ar_Z,ar_T,ar_C,ar_D,ar_R,ar_H,ar_Q,a1,p1) (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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Dúvida em erro na função Filtro de Kalman
by Victor Eduardo 14 Mai '12

14 Mai '12

Galera, estou com um problema que não estou entendendo o motivo do erro que está na função filtro_kalman. Estou realizando um exercício que é para construir uma função que realiza o filtro de kalman. Utilizei o modelo de tendencia linear local no filtro de kalman: #Função para gerar as matrizes do sistema para o #Modelo de tendencia linear local matriz_Tll<-function(fi,sig2_eta,sig2_eps,sig2_qui,n){ #Definindo as dimensões das matrizes do sistema ar_Z<-array( ,dim=c(1,2,n)) ar_T<-array( ,dim=c(2,2,n)) ar_C<-array( ,dim=c(2,1,n)) ar_D<-array( ,dim=c(1,1,n)) ar_R<-array( ,dim=c(2,2,n)) ar_H<-array( ,dim=c(1,1,n)) ar_Q<-array( ,dim=c(2,2,n)) #Iniciando um 'for' para 'construir' as matrizes do sistema for(t in 1:n){ ar_Z[ , ,t]<-matrix(c(1,0),nc=2) ar_T[ , ,t]<-matrix(c(1,0,1,fi),nc=2) ar_C[ , ,t]<-matrix(c(0,0)) ar_D[ , ,t]<-matrix(0) ar_R[ , ,t]<-matrix(c(1,0,0,1),nc=2) ar_H[ , ,t]<-matrix(sig2_eps,nc=1) ar_Q[ , ,t]<-matrix(c(sig2_eta,0,0,sig2_qui),nc=2) } return(list(ar_Z,ar_T,ar_C,ar_D,ar_R,ar_H,ar_Q)) } fi<-0.5 #com |fi|<1 temos um modelo de tendencia amortecida sig2_eta<-4 sig2_eps<-6 sig2_qui<-10 n<-100 #número pequeno apenas para teste mat_sist<-matriz_Tll(fi,sig2_eta,sig2_eps,sig2_qui,n) ar_Z<-mat_sist[[1]] ar_T<-mat_sist[[2]] ar_C<-mat_sist[[3]] ar_D<-mat_sist[[4]] ar_R<-mat_sist[[5]] ar_H<-mat_sist[[6]] ar_Q<-mat_sist[[7]] #Função para modelo em espaço de estado em geral gerador_EE<-function(ar_Z,ar_T,ar_C,ar_D,ar_R,ar_H,ar_Q,a1,p1){ n<-dim(ar_Z)[3] #nº de matrizes do array Z ou D ou H p<-dim(ar_H)[1] #nº linhas de H, D ou Z m<-dim(ar_T)[1] #nº linhas de T, C ou R r<-dim(ar_Q)[1] #nº linhas de Q ar_Y<-array(,dim=c(p,1,n)) eps<-array(,dim=c(p,1,n)) eta<-array(,dim=c(r,1,n)) alfa<-array(,dim=c(m,1,n+1)) alfa[,,1]<-a1+chol(p1)%*%matrix(rnorm(m,0,1),nc=1) for(t in 1:n){ eps[,,t]<-0+chol(ar_H[,,t])%*%matrix(rnorm(p,0,1),nc=1) ar_Y[,,t]<-ar_Z[,,t]%*%alfa[,,t]+ar_D[,,t]+eps[,,t] eta[,,t]<-0+chol(ar_Q[,,t])%*%matrix(rnorm(r,0,1),nc=1) alfa[,,t+1]<-ar_T[,,t]%*%alfa[,,t]+ar_C[,,t]+ar_R[,,t]%*%eta[,,t] } return(ar_Y) } a1<-matrix(1:2,nc=1) p1<-matrix(c(3,1,1,2),nc=2) geracao<-gerador_EE(ar_Z,ar_T,ar_C,ar_D,ar_R,ar_H,ar_Q,a1,p1) #Gráfico dos valores gerados para Y plot(geracao,type='l') #Filtro de Kalman install.packages('MASS') require(MASS) Filtro_Kalman<-function(ar_Z,ar_T,ar_C,ar_D,ar_R,ar_H,ar_Q,a1,p1){ n<-dim(ar_Z)[3] #nº de matrizes do array Z ou D ou H p<-dim(ar_H)[1] #nº linhas de H, D ou Z m<-dim(ar_T)[1] #nº linhas de T, C ou R r<-dim(ar_Q)[1] #nº linhas de Q ar_Y<-array(,dim=c(p,1,n)) ar_U<-array(,dim=c(p,1,n)) ar_F<-array(,dim=c(p,p,n)) ar_AA<-array(,dim=c(m,1,n)) ar_PP<-array(,dim=c(m,m,n)) ar_A<-array(,dim=c(m,1,n+1)) ar_P<-array(,dim=c(m,m,n+1)) ar_A[,,1]<-a1 ar_P[,,1]<-p1 ar_Y<-gerador_EE(ar_Z,ar_T,ar_C,ar_D,ar_R,ar_H,ar_Q,a1,p1) for(t in 1:2){ ar_U[,,t]<-ar_Y[,,t]-ar_Z[,,t,drop=FALSE]%*%ar_A[,,t,drop=FALSE]-ar_D[,,t,drop=FALSE] ar_F[,,t]<-ar_Z[,,t,drop=FALSE]%*%ar_P[,,t,drop=FALSE]%*%t(ar_Z[,,t,drop=FALSE])+ar_H[,,t,drop=FALSE] ar_AA[,,t]<-ar_A[,,t,drop=FALSE]+ar_P[,,t,drop=FALSE]%*%ar_Z[,,t,drop=FALSE]%*%ginv(ar_F[,,t,drop=FALSE])%*%ar_U[,,t,drop=FALSE] ar_PP[,,t]<-ar_P[,,t,drop=FALSE]-ar_P[,,t,drop=FALSE]%*%t(ar_Z[,,t,drop=FALSE])%*%ginv(ar_F[,,t,drop=FALSE])%*%ar_Z[,,t,drop=FALSE]%*%ar_P[,,t] ar_A[,,t+1]<-ar_T[,,t,drop=FALSE]%*%ar_AA[,,t,drop=FALSE]+ar_C[,,t,drop=FALSE] ar_P[,,t+1]<-ar_T[,,t,drop=FALSE]%*%ar_PP[,,t,drop=FALSE]%*%t(ar_PP[,,t,drop=FALSE])+ar_R[,,t,drop=FALSE]%*%ar_Q[,,t,drop=FALSE]%*%t(ar_R[,,t,drop=FALSE]) } return(list(ar_A,ar_P)) } Filtro_Kalman(ar_Z,ar_T,ar_C,ar_D,ar_R,ar_H,ar_Q,a1,p1)

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Correlação entre vetores de comprimentos diferentes
by Tito Conte 13 Mai '12

13 Mai '12

Senhores, Preciso saber quais posições de um vetor de 10000 elementos são maiores do que os valores de um vetor de 203900 elementos (há NANs e elementos repetidos) e correlacionar com um vetor resultado do mesmo processo (comparar latitudes e longitudes, de duas tabelas distintas e observar em que posição a condição é igual) o problema é que não consigo fazer essa comparação pois um vetor é menor que o outro, há alguma forma de forçar essa comparação ou a única solução eh um loop gigantesco de 203900 steps? Tito Conte

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Dúvida Plot
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 12 Mai '12

12 Mai '12

Olá Como posso plotar uma série em um mesmo gráfico? Ou seja, eu gostaria de plotar a série de PE, AL e SP em um mesmo gráfico. A unica coisa que consegui até agora foi: PE.ts <- ts(dados[,2], start = 2001, end=2009, freq = 1) AL.ts <- ts(dados[,3], start = 2001, end=2009, freq = 1) SP.ts <- ts(dados[,4], start = 2001, end=2009, freq = 1) layout(1:3) plot(PE.ts,col="green",lwd=3,xlab="Ano") plot(AL.ts,col="green",lwd=3,xlab="Ano") plot(SP.ts,col="green",lwd=3,xlab="Ano") Porém eu gostaria de que as linhas estivessem em um mesmo gráfico > dput(dados) structure(list(ano = c(2001L, 2002L, 2003L, 2004L, 2005L, 2006L, 2007L, 2008L, 2009L, 2001L, 2002L, 2003L, 2004L, 2005L, 2006L, 2007L, 2008L, 2009L), PE = c(201L, 191L, 240L, 271L, 275L, 289L, 284L, 288L, 254L, 8735L, 9944L, 9533L, 4570L, 5106L, 4461L, 4107L, 2386L, 1114L), AL = c(216L, 260L, 62L, 56L, 71L, 60L, 82L, 61L, 69L, 497L, 1595L, 349L, 282L, 268L, 300L, 166L, 104L, 33L), SP = c(144L, 107L, 113L, 142L, 112L, 124L, 114L, 112L, 125L, 4189L, 2787L, 2738L, 2247L, 1778L, 1144L, 1549L, 1197L, 1147L), tipo = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("SIM", "SINAN"), class = "factor")), .Names = c("ano", "PE", "AL", "SP", "tipo"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -18L)) Abraços -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942

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Tukey para parcelas subdividad
by Gilson Sanchez 12 Mai '12

12 Mai '12

Muito obrigado pessoal pelas dicas fiquei interessado no pacote ExpDes, mas da pra ajudar no seguinte mensajem ------------------------------------------------------------------------ Legend: FACTOR 1 (plot): solo FACTOR 2 (split-plot): tempo ------------------------------------------------------------------------ Erro em `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels * * * * *O Script que estou tentando utilizar é:* split2.rbd(dados$solo, dados$tempo, dados$bloco, dados$a, quali=c(TRUE, FALSE), mcomp = "tukey", fac.names = c("solo", "tempo"), sigT = 0.05, sigF = 0.05) Aguardo resposta -- Bach. Agr.Gilson Sánchez Chia, MSc. Laboratório de Fisiologia Vegetal Embrapa Amazônia Ocidental Fone: (92) 3303-7841 / 3303-7919 http://lattes.cnpq.br/3684553005529634 --- Antes de imprimir, pense na sua responsabilidade com o Meio Ambiente. Please consider the environment before printing this email. Renew, Reduce and Recycle. The Planet Knows.*** Salva un Árbol.* * *** * PIENSA**** EN EL MUNDO PARA TUS HIJOS** *

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Modelo Bayesiano
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 11 Mai '12

11 Mai '12

Olá Estou tentando estimar a prevalência de uma doença (True Prevalence), através de um modelo Bayesiano (Joseph L, Gyorkos TW, Coupal L Bayesian estimation of disease prevalence and the parameters of diagnostic tests in the absence of a gold standard Am J Epidemiol 1995,141:263-72.) Para isso estou usando a biblioteca (R2WinBUGS) e modelando através de distribuição Binomial Negativa ##Parameterized by p and r: model { for( i in 1 : N ) { y[i] ~ dnegbin( p , r ) } p ~ dbeta(1.001,1.001) r ~ dgamma(0.01,0.01) m <- r*(1-p)/p v <- r*(1-p)/(p*p) } Porém quando rodo o modelo: N <-nrow(dados1) y <-dados1$esqui data <- list("N", "y") inits <- function(){list(p=rbeta(N,1.001,1.001),r=rgamma(1,0.01,0.01))} esqui.sim <- bugs(data, inits, model.file = "esqui.bugs", parameters = c("p", "r"), n.chains = 2, n.iter = 1000, bugs.directory = "C:/Users/sergio/Downloads/winbugs14",debug=T) Aparece o seguinte erro no log: display(log) check(C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/esqui.bugs.txt) model is syntactically correct data(C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/data.txt) expected collection operator c compile(2) inits(1,C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/inits1.txt) command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out) inits(2,C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/inits2.txt) command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out) gen.inits() command #Bugs:gen.inits cannot be executed (is greyed out) thin.updater(1) update(500) command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out) set(p) command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out) set(r) command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out) set(deviance) command #Bugs:set cannot be executed (is greyed out) dic.set() command #Bugs:dic.set cannot be executed (is greyed out) update(500) command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out) coda(*,C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/coda) command #Bugs:coda cannot be executed (is greyed out) stats(*) command #Bugs:stats cannot be executed (is greyed out) dic.stats() DIC history(*,C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/history.odc) command #Bugs:history cannot be executed (is greyed out) save(C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/log.odc) save(C:/Users/sergio/AppData/Local/Temp/Rtmp4SGBkz/log.txt) O que estou fazendo de errado? Abraços -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942

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