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Re: [R-br] Problema para reinstalar pacote (ExpDes) no Linux Ubuntu 10.04
by Andre Oliveira 20 Nov '12

20 Nov '12

Versão ExpDes_1.1.1.tar.gz agora sim consegui instalar no linux. André Oliveira Souza ________________________________ De: Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> Para: Eric Ferreira <ericbferreira(a)gmail.com> Enviadas: Quinta-feira, 5 de Janeiro de 2012 11:05 Assunto: Re: [R-br] Problema para reinstalar pacote (ExpDes) no Linux Ubuntu 10.04 O Walmes me disse, aqui mesmo na lista, ha algum tempo que realmente o pacote para linux em português ele não consegui colocar para funcionar. E no caso do windows eu não sabia que estava em inglês! Obrigado André Oliveira Souza ________________________________ De: Eric Ferreira <ericbferreira(a)gmail.com> Para: Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> Enviadas: Quinta-feira, 5 de Janeiro de 2012 10:55 Assunto: Re: [R-br] Problema para reinstalar pacote (ExpDes) no Linux Ubuntu 10.04 Olá Andre, Que bom que não desistiu. Vamos por partes que solucionaremos todos os seus problemas. Quanto ao Windows, não se esqueça que a versão do CRAN está em ingles. Portanto, após carregar, voce deve pedir o help da função cdr (completely randomized design) e não dic, ou seja ?crd Veja se funciona. Quanto ao linux, talvez voce deva escrever para o Walmes, que faz parte dessa lista. Ele usa o ExpDes no Linux e diz que funciona perfeitamente. abs Eric. Em 5 de janeiro de 2012 10:42, Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> escreveu: Eric, > >eu acompanhei o pacote no seu site e nunca consegui coloca-lo para funcionar no Linux a versão em português. Agora com ele no CRAN voltei a tentar colocar o pacote para funcionar no Linux, mas sem sucesso. E para minha surpresa no windows não está funcionado também. Olha a minha tentativa no windows! >require(ExpDes) >Carregando pacotes exigidos: ExpDes >> ?dic >No documentation for ‘dic’ in specified packages and libraries: >you could try ‘??dic’ > > > Estou ansioso para colocar este pacote para funcionar por aqui. Já li o TCC e o manual sobre o mesmo e vi a importância do mesmo. Visto que antes tinha que usar muitos pacotes para a mesma análise e com o ExpDes é muito mais prático. > > > > > > > > > > >André Oliveira Souza > > > > > > >________________________________ > De: Eric Ferreira <ericbferreira(a)gmail.com> >Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br; Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> >Enviadas: Quarta-feira, 4 de Janeiro de 2012 18:25 >Assunto: Re: [R-br] Problema para reinstalar pacote (EspDes) no Linux Ubuntu 10.04 > > >Olá André, > >Se quiser trocar uma ideia em particular, posso tentar te ajudar. Sou o criador do ExpDes, mas não usu Linux. Não sei se serei útil. > >A princípio, posso te dizer que existe o pacote no CRAN e na minha página pessoal: https://sites.google.com/site/ericbferreira/unifal/downloads-1 > >Tente pegar o pacote de lá para ver se o erro se repete. >Peço gentilmente aos usuárioas de (R no) Linux que me ajudem a exclarecer o André. > >Atenciosamente, > >Eric. > > >Em 4 de janeiro de 2012 16:39, Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> escreveu: > >Opa vacilo meu erro no nome do pacote >> >> >> install.packages("ExpDes", dep=T) >> >> >> >> >> >> >>André Oliveira Souza >> >> >>________________________________ >> De: Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> >>Para: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> >>Enviadas: Quarta-feira, 4 de Janeiro de 2012 16:36 >>Assunto: [R-br] Problema para reinstalar pacote (EspDes) no Linux Ubuntu 10.04 >> >> >> >>Pessoal estou com problemas para reinstalar o EspDes !! Alguém saberia dizer o que pode ser? >> >> >> >> >>install.packages("EspDes", dep=T) >>Installing package(s) into ‘/home/andre/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.14’ >>(as ‘lib’ is unspecified) >>--- Please select a CRAN mirror for use in this session --- >>Carregando a interface Tcl/Tk ... pronto >>Mensagens de aviso perdidas: >>In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) : >> package ‘EspDes’ is not available (for R version 2.14.1) >> >> >> >> >> >> >> >>André Oliveira Souza >>obrigado >> >> >>_______________________________________________ >>R-br mailing list >>R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >> >> >>_______________________________________________ >>R-br mailing list >>R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >> > > >-- >Dr Eric B Ferreira >Exact Sciences Department >Federal University of Alfenas >Brazil > > > -- Dr Eric B Ferreira Exact Sciences Department Federal University of Alfenas Brazil

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Dúvida sobre IC simultâneos para modelagem de variáveis binarias no R (multcomp)
by Gilenio Borges Fernandes 20 Nov '12

20 Nov '12

Prezados(as) Precisamos de ajuda no seguinte problema: Estamos ajustando um modelo de transição em dados binários longitudinais, usando a resposta imediatamente anterior como covariavel. Os dados estão no arquivo "d_dogs.txt" em anexo. O interesse é construir IC simultâneos para as probabilidades condicionais. d1=read.table("d_dogs.txt", header=T, quote="\"") attach(d1) gmod1 <- glm(y ~ Trat+y_ant, data = d1, family = binomial()) summary(gmod1) ########################################################### library(multcomp) gmod1_ci <- confint(glht(gmod1, linfct = mcp(Trat = "Tukey",covariate_average = TRUE))) gmod1_ci$confint <- apply(gmod1_ci$confint, 2, binomial()$linkinv) gmod1_ci$confint apply(gmod1_ci$confint, 2, binomial()$linkinv) plot(gmod1_ci, xlab = "Media da Prob marginal", xlim = c(0, 1)) A dúvida é a seguinte: > apply(gmod1_ci$confint, 2, binomial()$linkinv) Estimate lwr upr B - A 0.5615396 0.5062051 0.6919771 C - A 0.7310586 0.5000000 0.7310586 D - A 0.5439900 0.5035155 0.6819754 C - B 0.7310586 0.5000000 0.7310586 D - B 0.5973698 0.5089817 0.7148991 D - C 0.5000000 0.5000000 0.7310586 Estes intervalos estão incoerentes com os resultados do gráfico: plot(gmod1_ci, xlab = "Media da Prob marginal", xlim = c(0, 1)) Qual é o problema??????? Desde já agradeço -- Gilenio Borges Fernandes Universidade Federal da Bahia Instituto de Matemática Departamento de Estatística Av. Adhemar de Barros, s/n – Ondina. 40.170-110 - Salvador - BA, Brasil Tel.: (071)3283-6280/6336 Fax: (071)3283-6276 URL: http://lattes.cnpq.br/6764860618464860

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ExpDes - Comparações múltiplas
by Andre Oliveira 20 Nov '12

20 Nov '12

Boa tarde, estou aqui tentando reproduzir algumas análises do ExpDes. A analise abaixo não me deu as comparações múltiplas como faço para tais comparações? require(ExpDes) Carregando pacotes exigidos: ExpDes data(ex1) attach(ex1) dic(trat, ig, quali = FALSE, sigF = 0.05) André Oliveira Souza

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matrizes de correlação
by alanarocha＠sapo.pt 20 Nov '12

20 Nov '12

Olá, a actualização do R resultou para o meu problema. agora preciso de ajuda pois tou a tentar fazer uma matriz de correlação e outra de covariancias de 4 variaveis de um dataframe e dame estes erros: ##matriz de correlação cor.p<-cor.ps(dados[,2:4], Pearson=TRUE,NAs=TRUE) cor.p dados=na.omit(dados[,2:4]) cat("valores NA retirados\n") x11() pairs(dados) x11() boxplot(dados) dados=dados[,2:4] x11() boxplot(dados) correl=cor(dados[2:4]) result=correl return(list(sumario=summary(dados),resultado=result)) cor(cbind(X1s09, X1s10, X1s11, X1s12)) cor.test(dados[,2:4], method='pearson')$p.value cor_with_p_test(cbind(X1s09, X1s10, X1s11, X1s12)) ct <- cor.test(X1s10, X1s12) ct$p ct$v #matriz de covariancias cov(dados[,2:4], na.rm=TRUE) > cor.p<-cor.ps(dados[,2:4], Pearson=TRUE,NAs=TRUE) Error: could not find function "cor.ps" > cor.p Error: object 'cor.p' not found > dados=na.omit(dados[,2:4]) > > cat("valores NA retirados\n") valores NA retirados > > > > > correl=cor(dados[2:4]) Error in `[.data.frame`(dados, 2:4) : undefined columns selected > result=correl Error: object 'correl' not found > return(list(sumario=summary(dados),resultado=result)) Error: object 'result' not found > cor(cbind(X1s09, X1s10, X1s11, X1s12)) Error in cbind(X1s09, X1s10, X1s11, X1s12) : object 'X1s09' not found > cor.test(dados[,2:4], method='pearson')$p.value Error in `[.data.frame`(dados, , 2:4) : undefined columns selected > cor_with_p_test(cbind(X1s09, X1s10, X1s11, X1s12)) Error: could not find function "cor_with_p_test" > ct <- cor.test(X1s10, X1s12) Error in cor.test(X1s10, X1s12) : object 'X1s10' not found > ct$p Error: object 'ct' not found > ct$v Error: object 'ct' not found > > #matriz de covariancias > cov(dados[,2:4], na.rm=TRUE) Error in cov(dados[, 2:4], na.rm = TRUE) : unused argument(s) (na.rm = TRUE) > cumprimentos e obrigada Ana Rocha

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Re: [R-br] (sem assunto)
by Eder Comunello 20 Nov '12

20 Nov '12

Edson e colegas, bom dia! Ao invés de deixar o campo 'motivo' em branco (NA), experimente atribuir um valor, p. ex. 'sem resposta', e rode novamente. Assim estes casos serão considerados e aparecerão na saída. Vale pros outros campos. ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00

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Gráfico de distribuiçoes estimadas
by Matheus Monteiro 20 Nov '12

20 Nov '12

Boa noite, obtive as densidades aproximadas da 't' e da 'normal', gostaria de compara-las através de graficos dessas densidades estimadas. Alguma sugestão, como faria isso? *t * > fitdistr(x[,1],"t") m s df -0.001874414 0.009122738 3.522064232 ( 0.001726835) ( 0.001862692) ( 2.234067399)* **normal* fitdistr(x[,1],"normal") mean sd 0.0001040816 0.0128201843 (0.0018314549) (0.0012950342) x são dados simulados.

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Graficos de decomposição
by kaue veras 20 Nov '12

20 Nov '12

Boa tarde prezados, Estou realizando um trabalho em que utilizo a decomposição, análises de previsão usando o modelo ARIMA e Holt-Winters e goataria de mudar os títulos do gráfico e titulos dos eixos. Com os comandos main, xlab e ylab não esta dando certo, poderiam me dar uma luz ou me ajudar como faço para gerar essas modificações? Desde já agradeço. Atenciosamente, Kauê P. Veras da Cunha Estatística - UERJ MSN: kaueveras(a)hotmail.com E-mail: kaueveras(a)gmail.com Cel: (21) 8254-9601

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excluir mar no ETOPO
by D'Apolito 20 Nov '12

20 Nov '12

Prezados, Estou graficando mapas com os dados do ETOPO01 de elevação e gostaria de excluir o mar, para que os dados iniciem em zero ao invés de números negativos (profundidades dos oceanos). Qualquer ajuda é bem vinda, desde já agradeço Att Carlos #código: library(raster) library(rgdal) etopo<-"ETOPO1_Ice_g_geotiff.tif" r.etopo<-raster(etopo) ext <- extent(-95,-35,-31,31) zoom(r.etopo, ext=ext,col=rev(gray.colors(12)))

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Re: [R-br] excluir mar no ETOPO
by Eder Comunello 20 Nov '12

20 Nov '12

Carlos e colegas, bom dia! Vou aproveitar um script anterior, fazendo algumas alterações. Como da outra vez, creio que dá pra adaptar facilmente pro seu caso. Vou trabalhar extraindo o vetor de interesse, substituindo este vetor no objeto origem ao final... ##### <begin> ##### require(sp); require(rgdal) ### Download do exemplo (399 Kb) download.file('https://dl.dropbox.com/u/117618178/dourados/DDOS.tif', file.path(getwd(),'DDOS.tif'), mode='wb') alt = readGDAL("DDOS.tif"); gridded(alt) ### 'importa' o geotiff image(alt, col=terrain.colors(21)) ## visualização slotNames(alt) ### nome dos slots (S4) proj4string(alt) ### projeçãoo definida no geotiff head(alt@data) ### observe os valores dos dados head(alt@data$band1) ### observe os valores dos dados ### Opção para fatiar (0 ou 1) alt2 <- alt ### para manipular uma cópia do objeto z <- alt2@data$band1 ### para manipular apenas o vetor de interesse n <- length(z); n for(i in 1:n){if (z[i]<400){z[i]=0} else{z[i]=1}}; head(z) ### 0 ou 1 alt2@data$band1 <- z ### substitui o vetor manipulado no objeto image(alt2) ## visualização ### Opção para mascarar valores abaixo de critério (com 0 ou NA) alt3 <- alt ### para manipular outra cópia do objeto z <- alt3@data$band1 ### para manipular apenas o vetor de interesse n <- length(z); n for(i in 1:n){if (z[i]<400){z[i]=0}}; head(z) ### 0 ou 1 #for(i in 1:n){if (z[i]<400){z[i]=NA}}; head(z) ### 0 ou 1 alt3@data$band1 <- z ### substitui o vetor manipulado no objeto image(alt3) ## visualização ##### <end> ##### ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00

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Re: [R-br] Experimento fatorial. Desdobramento
by tiago souza marçal 20 Nov '12

20 Nov '12

Estes são os dados. Qualquer duvida eu estou a disposição. K A bloc rg ts nvi nv 0 37.5 1 14.55 136 22 56 30 37.5 1 21.51 159 2 62 60 37.5 1 24.62 156 0 66 120 37.5 1 21.88 171 2 68 180 37.5 1 28.11 190 0 82 0 50 1 17.16 140 20 63 30 50 1 24.44 193 6 86 60 50 1 28.5 200 6 94 120 50 1 32.94 208 7 86 180 50 1 28.76 237 10 97 0 62.5 1 14.13 132 23 58 30 62.5 1 19.71 178 10 80 60 62.5 1 31.05 231 5 99 120 62.5 1 38.35 271 0 110 180 62.5 1 36.97 262 1 106 0 37.5 2 15.72 120 22 48 30 37.5 2 19.72 146 0 64 60 37.5 2 24.29 159 1 62 120 37.5 2 25.39 152 0 60 180 37.5 2 28.45 159 0 62 0 50 2 15.44 124 12 52 30 50 2 28.12 239 9 103 60 50 2 31.49 248 4 103 120 50 2 29.95 190 1 87 180 50 2 30.06 240 4 101 0 62.5 2 15.42 140 14 64 30 62.5 2 23.68 167 7 77 60 62.5 2 33.27 237 3 96 120 62.5 2 36.63 240 1 94 180 62.5 2 41.04 248 0 105 0 37.5 3 12.77 106 4 44 30 37.5 3 20.45 157 3 63 60 37.5 3 24.35 204 1 84 120 37.5 3 27.15 169 0 66 180 37.5 3 24.08 147 1 58 0 50 3 16.01 133 22 56 30 50 3 24.57 199 7 81 60 50 3 28.85 211 3 92 120 50 3 26.23 223 7 91 180 50 3 26.36 261 5 100 0 62.5 3 16.08 128 21 50 30 62.5 3 20.99 164 9 71 60 62.5 3 30.45 216 3 94 120 62.5 3 36.83 215 2 89 180 62.5 3 34.6 228 2 89 0 37.5 4 14.26 125 11 60 30 37.5 4 23.71 185 7 75 60 37.5 4 22.76 159 1 67 120 37.5 4 22.46 176 2 76 180 37.5 4 22.97 154 1 63 0 50 4 15.54 133 27 51 30 50 4 18.48 149 4 60 60 50 4 25.54 170 1 67 120 50 4 30.29 215 2 90 180 50 4 30.64 186 4 80 0 62.5 4 17.26 147 18 62 30 62.5 4 20.51 154 10 67 60 62.5 4 24.47 179 2 75 120 62.5 4 34.52 229 0 90 180 62.5 4 37.62 216 1 87 0 37.5 5 10.3 92 5 36 30 37.5 5 16.28 133 5 57 60 37.5 5 23.61 139 2 53 120 37.5 5 29.66 166 0 69 180 37.5 5 23.34 128 1 50 0 50 5 14.41 131 26 57 30 50 5 17.24 150 1 61 60 50 5 29.08 218 4 92 120 50 5 29.52 236 1 96 180 50 5 27.98 261 4 110 0 62.5 5 17.56 150 17 69 30 62.5 5 20.05 156 13 63 60 62.5 5 29.9 215 3 95 120 62.5 5 33.21 128 0 55 180 62.5 5 35.5 208 2 90 Att. Tiago. From: sznelwar(a)uol.com.br To: tiagosouzamarcal(a)hotmail.com Subject: Fw: [R-br] Experimento fatorial. Desdobramento Date: Mon, 19 Nov 2012 20:07:34 -0200 Poderia enviar este arquivo UFPR1.txt, eu não estou conseguindo entrar na página do LEG. Só completando, o pacote ExpDes é a maneira mais fácil, mas caso você queira fazer da forma que esta fazendo é só utilizar os seguintes comandos: rend<-read.table("C:\\Program Files\\R\\RDADOS\\UFPR1.txt",h=T) attach(rend) A<-factor(A) K<-factor(K) bloc<-factor(bloc) m1 <- aov(rg~bloc+A/K) KinA<-sapply(paste("A",levels(A),sep=""),simplify=F,grep,x=names(coef(m1)[m1$assign==3])) DesKinA<-summary(m1, split=list("A:K"=KinA)) DesKinA m2 <- aov(rg~bloc+K/A) AinK<-sapply(paste("K",levels(K),sep=""),simplify=F,grep,x=names(coef(m2)[m2$assign==3])) DesAinK<-summary(m2, split=list("A:K"=AinK)) DesAinK Outra forma seria pelo método dos efeitos aninhados rend<-read.table("C:\\Program Files\\R\\RDADOS\\UFPR1.txt",h=T) attach(rend) A<-factor(A) K<-factor(K) bloc<-factor(bloc) m1 <- aov(rg~bloc+A/K) effects(m1) #A partir da matriz de efeitos você seleciona os efeitos de interesse. DesKinA<-summary(m1, split=list("A:K"=list(A37.5=c(1,4,7,10),A50=c(2,5,8,11),A62.5=c(3,6,9,12)))) DesKinA m2 <- aov(rg~bloc+K/A) effects(m2) DesAinK<-summary(m2, split=list("K:A"=list(K0=c(1,6),K30=c(2,7),K60=c(3,8),K120=c(4,9),K180=c(5,10)))) DesAinK Espero que tenhamos sanado sua duvida. Att. Tiago. Date: Sat, 17 Nov 2012 09:21:23 -0200 From: jhguilhen(a)gmail.com To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br; camposagro(a)yahoo.com.br Subject: Re: [R-br] Experimento fatorial. Desdobramento Uma outra maneira de fazer isto e bem mais fácil é utilizar o pacote ExpDes, ele já faz o desdobramento automaticamente quando dá interação e bem fácil de utilizar. Atte.. Em 16 de novembro de 2012 21:41, Odirley Campos <camposagro(a)yahoo.com.br> escreveu: #Pessoal! Boa noite ! #Estou tentando sem sucesso fazer o desdobramento de interações com R. Cheguei a baixar alguns arquivos da net no endereço "http://www.leg.ufpr.br/doku.php/ridiculas#desdobramento_de_interacao_em_exp…" . Porêm tive o mesmo problema que tive com meus dados. #Usei os mesmos comandos retirados da net para os dados tirados de lá. A anova "geral" saiu normalmente: >rend<-read.table("C:\\Program Files\\R\\RDADOS\\UFPR1.txt",h=T) #após armezenar arquivo no meu PC# >rend >m1 <- aov(rg~bloc+A/K, data=rend) >summary(m1) #Anova geral saiu norma sem problemas# Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) bloc 1 51.3 51.3 3.585 0.0624 . A 1 495.6 495.6 34.633 1.2e-07 *** A:K 1 2213.7 2213.7 154.712 < 2e-16 *** Residuals 71 1015.9 14.3 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 >summary(m1,split=list("A:K"=list("A-37.5"=c(1,4,7,10),"A-50.0"=c(2,5,8,11),"A-62.5"=c(3,6,9,12)))) #Mas o desdobramento não mostra Quadrado médio nem mesmo, F-value ou mesmo o P-value. O que eu posso ter feito de errado?? Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) bloc 1 51.3 51.3 3.585 0.0624 . A 1 495.6 495.6 34.633 1.2e-07 *** A:K 1 2213.7 2213.7 154.712 < 2e-16 *** A:K: A-37.5 4 A:K: A-50.0 4 A:K: A-62.5 4 Residuals 71 1015.9 14.3 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Odirley Campos Engenheiro Agrônomo UFV/MG

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(sem assunto)
by Edson Lira 19 Nov '12

19 Nov '12

Boa noite turma, tenho um banco no xlsx e estou com problemas com os NAs. Não consigo excluir os NAs. No link http://www.datafilehost.com/download-72c9ce3c.html Tem algumas linhas do banco, quando associo o motivo a expect_exc, a resposta em percentuais não desconsidera os NAs e me dá uma saída falsa. A rotina para a associação é essa. 100*prop.table(table(h$motivo,h$expect_exc)) Que me dá em percentuais: não sim atendimento 1 7 despertar 1 0 espera por apto 2 0 mensageiro 0 7 recepção 5 18 reserva 1 0 todos 3 55 Somando o sim têm-se o valor de 87%, quando seria 65,7%. Consequentemente o não também está errado. Alguém poderia me dar uma saída? [ ]`s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Simulação de variáveis correlacionadas usando Cópulas
by Gabriel Bruno de Lemos 19 Nov '12

19 Nov '12

Boa noite a todos! Já tem algum tempo que estou tentando aprender um pouco mais sobre cópulas... e confesso que não está sendo a coisa mais simples do mundo. Sinto falta de alguma aplicação (rotina no R) mais simples mostrando uma utilização aplicada deste tipo de função (principalmente para casos acima de 2 dimensões). Utilizo-a no meu trabalho para precificar portfólios... mas em um software caixa preta... Hoje consegui rodar um pequeno exemplo de uma das possíveis utilidades destas cópulas. Gerar variáveis aleatórias correlacionadas... com as marginais possuindo QUALQUER função de distribuição de probabilidade (não ficando restrito ao caso da normal multivariada). Parece que está funcionando legal... se alguém tiver mais alguns exemplos ou possíveis correções na rotina abaixo será bem vinda! Abs require(copula) ## Primeiro define-se a cópula a ser utilizada t neste caso. O comando dispstr=un especifica que desejo informar 3 correlações diferentes na matriz de correlações. myCop.t <- ellipCopula(family = "t", dim = 3, dispstr = "un", param = c(0.8, 0.5,0.2), df = 8) ## Definida a cópula, especifico quais marginais desejo que minha função possua. Neste caso defini exponencial, normal e qui-quadrado. myMvd <- mvdc(copula = myCop.t, margins = c("exp", "norm","chisq"), paramMargins = list(list(rate= 2), list(mean = 0,sd = 1), list(df=5))) x.samp <- rMvdc(10000,myMvd) cor(x.samp) par(mfrow=c(1,3)) hist(x.samp[,1]) hist(x.samp[,2]) hist(x.samp[,3]) Gabriel Bruno de Lemos Mestrando em Estatística e Experimentação Agronômica Esalq / Usp skype: gb_lemos msn: gb_lemos(a)hotmail.com (19) 8212-6999

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Experimento fatorial. Desdobramento
by Odirley Campos 19 Nov '12

19 Nov '12

#Pessoal! Boa noite ! #Estou tentando sem sucesso fazer o desdobramento de interações com R. Cheguei a baixar alguns arquivos da net no endereço "http://www.leg.ufpr.br/doku.php/ridiculas#desdobramento_de_interacao_em_exp…" . Porêm tive o mesmo problema que tive com meus dados. #Usei os mesmos comandos retirados da net para os dados tirados de lá. A anova "geral" saiu normalmente: >rend<-read.table("C:\\Program Files\\R\\RDADOS\\UFPR1.txt",h=T) #após armezenar arquivo no meu PC# >rend >m1 <- aov(rg~bloc+A/K, data=rend) >summary(m1) #Anova geral saiu norma sem problemas# Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) bloc 1 51.3 51.3 3.585 0.0624 . A 1 495.6 495.6 34.633 1.2e-07 *** A:K 1 2213.7 2213.7 154.712 < 2e-16 *** Residuals 71 1015.9 14.3 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 >summary(m1,split=list("A:K"=list("A-37.5"=c(1,4,7,10),"A-50.0"=c(2,5,8,11),"A-62.5"=c(3,6,9,12)))) #Mas o desdobramento não mostra Quadrado médio nem mesmo, F-value ou mesmo o P-value. O que eu posso ter feito de errado?? Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) bloc 1 51.3 51.3 3.585 0.0624 . A 1 495.6 495.6 34.633 1.2e-07 *** A:K 1 2213.7 2213.7 154.712 < 2e-16 *** A:K: A-37.5 4 A:K: A-50.0 4 A:K: A-62.5 4 Residuals 71 1015.9 14.3 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Odirley Campos Engenheiro Agrônomo UFV/MG

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R versus SAS e SPSS
by Richard Santos 19 Nov '12

19 Nov '12

O único software estatístico livre que faz todas as coisas e com bases grandes (apenas não pequenas) é o R. Os únicos softwares estatísticos não-livres que fazem todas as coisas e com grandes bases (tb não apenas com pequenas) é o SPSS e o SAS (acabei encontrando limitações no Minitab também. O Stata atende, mas com limitações de opções também). Agora quando a instituição demonstra dificuldade em obter o SAS ou o SPSS (como agora, pela primeira vez encontrei uma assim), optei assim por adquirir o SPSS e trazer o notebook para o trabalho. Desisti de aprender o R, porque me dei conta de que o R você tem que programar para tudo, até para fazer gráficos, e isso até no SAS que antes você tinha que programar pois pelo point in click não tinha como fazer um gráfico a seu modo já se aboliu. Além do que a programação do R teria que aprender tudo agora, e não é a C que já estou acostumado. E como lembra a própria mensagem do R, "você não tem garantia de nada". E para mim que até hoje não sou especialista no R, vai demorar uma década ainda para eu fazer tudo o que eu quero rapidamente. Demora naturalmente o treinamento, por ser inclusive uma linguagem de programação e ampla. Então vou ficar por pouco tempo na lista do R, até lá vai ser um prazer aprender, mas vou optar em breve por trazer o meu notebook com o SPSS comprado. Não vou ter tempo para aprender tudo o que preciso a contento (até lá é possível até que tenha trocado por algum motivo de instituição - para uma que tem o SPSS). Obrigado. Abraços, Att. Richard

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Valores preditos do modelo misto generalizado
by Greice Laureano 19 Nov '12

19 Nov '12

Bom dia, Estou com problemas para encontrar os valores preditos dos efeitos fixos e aleatórios. fit<-glmer(x1~sujeito+(1|sujeito),data=dadosx1,family="Gamma") x1 é a medida que é feita em cada sujeito. Alguém sabe como encontrar esses valores? Obrigado, Att, Greice.

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[Dúvida] Upload de um pacote para o CRAN
by Pedro Rafael 19 Nov '12

19 Nov '12

Pessoal qual softwares vocês utilizam para fazer upload de um pacote para o CRAN? [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.

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Zelig vs RevolutionR
by Leonard Mendonça de Assis 19 Nov '12

19 Nov '12

Alguém já instalou a biblioteca Zelig no RevolutionR? Instalei o revolutionR acadêmico em uma vm windows e quando fui instalar o Zelig, deu um erro estranho na ide (que nada mais é que o visual studio 2008) e forçou a saída. Existe problema de incompatibilidade entre Zelig e o Revolution R? -- []s Leonard de Assis http://about.me/ldeassis

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pacotes do R para trabalhar com correlação
by alanarocha＠sapo.pt 19 Nov '12

19 Nov '12

Olá a todos, eu ando as voltas para instalar pacotes para trabalhar com correlação. install.packages("ppcor", lib="~/Rpacks") library" library(ppcor, lib="~/Rpacks") install.packages("ppcor", lib="~/Rpacks") library" library(ppcor, lib="~/Rpacks") no library trees found in 'lib.loc' > > help.search(“correlaction”) > > help.search(“correlation”) Error: unexpected input in "help.search(“" > > help.search(“correlation”) Error: unexpected input in "help.search(“" > > > help.search(“correlaction”) Error: unexpected input in "help.search(“" > > help.search(“cor”) Error: unexpected input in "help.search(“" > > help(package=ppcor) starting httpd help server ... done > help(package=ppcor) help(package=cor) install.packages("ppcor") Installing package(s) into ‘C:/Documents and Settings/ARua/My Documents/R/win-library/2.15’ (as ‘lib’ is unspecified) Warning: unable to access index for repository http://cran.fiocruz.br/bin/windows/contrib/2.15 Warning: unable to access index for repository http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/2.15 Warning message: package ‘ppcor’ is not available (for R version 2.15.1) > library(ppcor) Error in library(ppcor) : there is no package called ‘ppcor’ > e tambem com "cor" pscor etc se eu tenho um pdf do pacote por isso acho ainda mai estranho... que estou eu a fazer mal? tenho R2.15 Package ‘ppcor’ February 15, 2012 Type Package Title Partial and Semi-partial (Part) correlation Version 1.0 Date 2011-06-14 Author Seongho Kim Maintainer Seongho Kim <biostatistician.kim(a)gmail.com> Description The R package ppcor can calculate parital and semi-partial (part) correlations along with p-value. License GPL-2 Repository CRAN Date/Publication 2011-06-15 18:04:26 R topics documented: ppcor-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 pcor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 pcor.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 spcor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 spcor.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 Index 9 ppcor-package Partial and Semi-partial (Part) correlation Description The R package ppcor can calculate parital and semi-partial (part) correlations along with p value. Details 1 2 ppcor-package Package: ppcor Type: Package Version: 1.0 Date: 2011-06-14 License: GPL-2 Author(s) Seongho Kim <biostatistician.kim(a)gmail.com> References Kim, S.H. and Yi, S. (2007) Understanding relationship between sequence and functional evolution in yeast proteins . Genetica, 131: 151. Kim, S.H. and Yi, S. (2006) Correlated asymmetry between sequence and functional divergence of duplicate proteins in Saccharomyces cerevisiae . Molecular Biology and Evolution, 23: 1068. Johnson, Richard A. and Dean W. Wichern (2002) Applied multivariate statistical analysis. Prentice Hall. Whittaker, Joe (1990) Graphical models in applied multivariate statistics. John Wiley & Sons. Examples # data y.data <- data.frame( hl=c(7,15,19,15,21,22,57,15,20,18), disp=c(0.000,0.964,0.000,0.000,0.921,0.000,0.000,1.006,0.000,1.011), deg=c(9,2,3,4,1,3,1,3,6,1), BC=c(1.78e-02,1.05e-06,1.37e-05,7.18e-03,0.00e+00,0.00e+00,0.00e+00,4.48e-03,2.10e-06,0.00e+00) ) # partial correlation pcor(y.data) # partial correlation between "hl" and "disp" given "deg" and "BC" pcor.test(y.data$hl,y.data$disp,y.data[,c("deg","BC")]) pcor.test(y.data[,1],y.data[,2],y.data[,c(3:4)]) pcor.test(y.data[,1],y.data[,2],y.data[,-c(1:2)]) # semi-partial (part) correlation spcor(y.data) # semi-partial (part) correlation between "hl" and "disp" given "deg" and "BC" spcor.test(y.data$hl,y.data$disp,y.data[,c("deg","BC")]) spcor.test(y.data[,1],y.data[,2],y.data[,c(3:4)]) spcor.test(y.data[,1],y.data[,2],y.data[,-c(1:2)]) pcor 3 pcor Partial correlation Description The function pcor can calculate the pairwise partial correlations for each pair of variables given others. In addition, it gives us the p value as well as statistic for each pair of variables. Usage pcor(x, method = c("pearson", "kendall", "spearman")) Arguments x a matrix or data fram. method a character string indicating which partial correlation coefficient is to be computed. One of "pearson" (default), "kendall", or "spearman" can be abbreviated. Details Partial correlation is the correlation of two variables while controlling for a third or more other variables. Value estimate a matrix of the partial correlation coefficient between two variables p.value a matrix of the p value of the test statistic a matrix of the value of the test statistic n the number of samples gn the number of given variables method the correlation method used Note Missing values are not allowed. Author(s) Seongho Kim <<biostatistician.kim(a)gmail.com>> References Kim, S.H. and Yi, S. (2007) Understanding relationship between sequence and functional evolution in yeast proteins . Genetica, 131: 151. Kim, S.H. and Yi, S. (2006) Correlated asymmetry between sequence and functional divergence of duplicate proteins in Saccharomyces cerevisiae . Molecular Biology and Evolution, 23: 1068. Johnson, Richard A. and Dean W. Wichern (2002) Applied multivariate statistical analysis. Prentice Hall. Whittaker, Joe (1990) Graphical models in applied multivariate statistics. John Wiley & Sons. 4 pcor.test See Also pcor.test, spcor, spcor.test Examples # data y.data <- data.frame( hl=c(7,15,19,15,21,22,57,15,20,18), disp=c(0.000,0.964,0.000,0.000,0.921,0.000,0.000,1.006,0.000,1.011), deg=c(9,2,3,4,1,3,1,3,6,1), BC=c(1.78e-02,1.05e-06,1.37e-05,7.18e-03,0.00e+00,0.00e+00,0.00e+00,4.48e-03,2.10e-06,0.00e+00) ) # partial correlation pcor(y.data) pcor.test Partial correlation for two variables given a third variable. Description The function pcor.test can calculate the pairwise partial correlations between two variables. In addition, it gives us the p value as well as statistic. Usage pcor.test(x, y, z, method = c("pearson", "kendall", "spearman")) Arguments x a numeric vector. y a numeric vector. z a numeric vector. method a character string indicating which partial correlation coefficient is to be computed. One of "pearson" (default), "kendall", or "spearman" can be abbreviated. Details Partial correlation is the correlation of two variables while controlling for a third variable. Value estimate the partial correlation coefficient between two variables p.value the p value of the test statistic the value of the test statistic n the number of samples gn the number of given variables method the correlation method used spcor 5 Note Missing values are not allowed Author(s) Seongho Kim <<biostatistician.kim(a)gmail.com>> References Kim, S.H. and Yi, S. (2007) Understanding relationship between sequence and functional evolution in yeast proteins . Genetica, 131: 151. Kim, S.H. and Yi, S. (2006) Correlated asymmetry between sequence and functional divergence of duplicate proteins in Saccharomyces cerevisiae . Molecular Biology and Evolution, 23: 1068. Johnson, Richard A. and Dean W. Wichern (2002) Applied multivariate statistical analysis. Prentice Hall. Whittaker, Joe (1990) Graphical models in applied multivariate statistics. John Wiley & Sons. See Also pcor, spcor, spcor.test Examples # data y.data <- data.frame( hl=c(7,15,19,15,21,22,57,15,20,18), disp=c(0.000,0.964,0.000,0.000,0.921,0.000,0.000,1.006,0.000,1.011), deg=c(9,2,3,4,1,3,1,3,6,1), BC=c(1.78e-02,1.05e-06,1.37e-05,7.18e-03,0.00e+00,0.00e+00,0.00e+00,4.48e-03,2.10e-06,0.00e+00) ) # partial correlation between "hl" and "disp" given "deg" and "BC" pcor.test(y.data$hl,y.data$disp,y.data[,c("deg","BC")]) pcor.test(y.data[,1],y.data[,2],y.data[,c(3:4)]) pcor.test(y.data[,1],y.data[,2],y.data[,-c(1:2)]) spcor Semi-partial (part) correlation Description The function spcor can calculate the pairwise semi-partial (part) correlations for each pair of variables given others. In addition, it gives us the p value as well as statistic for each pair of variables. Usage spcor(x, method = c("pearson", "kendall", "spearman")) 6 spcor Arguments x a matrix or data fram. method a character string indicating which semi-partial (part) correlation coefficient is to be computed. One of "pearson" (default), "kendall", or "spearman" can be abbreviated. Details Semi-partial correlation is the correlation of two variables with variation from a third or more other variables removed only from the second variable. Value estimate a matrix of the semi-partial (part) correlation coefficient between two variables p.value a matrix of the p value of the test statistic a matrix of the value of the test statistic n the number of samples gn the number of given variables method the correlation method used Note Missing values are not allowed. Author(s) Seongho Kim <<biostatistician.kim(a)gmail.com>> References Kim, S.H. and Yi, S. (2007) Understanding relationship between sequence and functional evolution in yeast proteins . Genetica, 131: 151. Kim, S.H. and Yi, S. (2006) Correlated asymmetry between sequence and functional divergence of duplicate proteins in Saccharomyces cerevisiae . Molecular Biology and Evolution, 23: 1068. Johnson, Richard A. and Dean W. Wichern (2002) Applied multivariate statistical analysis. Prentice Hall. Whittaker, Joe (1990) Graphical models in applied multivariate statistics. John Wiley & Sons. See Also spcor.test, pcor, pcor.test Examples # data y.data <- data.frame( hl=c(7,15,19,15,21,22,57,15,20,18), disp=c(0.000,0.964,0.000,0.000,0.921,0.000,0.000,1.006,0.000,1.011), deg=c(9,2,3,4,1,3,1,3,6,1), spcor.test 7 BC=c(1.78e-02,1.05e-06,1.37e-05,7.18e-03,0.00e+00,0.00e+00,0.00e+00,4.48e-03,2.10e-06,0.00e+00) ) # semi-partial (part) correlation spcor(y.data) spcor.test Semi-partial (part) correlation for two variables given a third variable. Description The function spcor.test can calculate the pairwise semi-partial (part) correlations between two variables. In addition, it gives us the p value as well as statistic. Usage spcor.test(x, y, z, method = c("pearson", "kendall", "spearman")) Arguments x a numeric vector. y a numeric vector. z a numeric vector. method a character string indicating which partial correlation coefficient is to be computed. One of "pearson" (default), "kendall", or "spearman" can be abbreviated. Details Semi-partial correlation is the correlation of two variables with variation from a third variable removed only from the second variable. Value estimate the semi-partial (part) correlation coefficient between two variables p.value the p value of the test statistic the value of the test statistic n the number of samples gn the number of given variables method the correlation method used Note Missing values are not allowed 8 spcor.test Author(s) Seongho Kim <<biostatistician.kim(a)gmail.com>> References Kim, S.H. and Yi, S. (2007) Understanding relationship between sequence and functional evolution in yeast proteins . Genetica, 131: 151. Kim, S.H. and Yi, S. (2006) Correlated asymmetry between sequence and functional divergence of duplicate proteins in Saccharomyces cerevisiae . Molecular Biology and Evolution, 23: 1068. Johnson, Richard A. and Dean W. Wichern (2002) Applied multivariate statistical analysis. Prentice Hall. Whittaker, Joe (1990) Graphical models in applied multivariate statistics. John Wiley & Sons. See Also spcor, pcor, pcor.test Examples # data y.data <- data.frame( hl=c(7,15,19,15,21,22,57,15,20,18), disp=c(0.000,0.964,0.000,0.000,0.921,0.000,0.000,1.006,0.000,1.011), deg=c(9,2,3,4,1,3,1,3,6,1), BC=c(1.78e-02,1.05e-06,1.37e-05,7.18e-03,0.00e+00,0.00e+00,0.00e+00,4.48e-03,2.10e-06,0.00e+00) ) # semi-partial (part) correlation between "hl" and "disp" given "deg" and "BC" spcor.test(y.data$hl,y.data$disp,y.data[,c("deg","BC")]) spcor.test(y.data[,1],y.data[,2],y.data[,c(3:4)]) spcor.test(y.data[,1],y.data[,2],y.data[,-c(1:2)]) Index _Topic htest pcor, 3 pcor.test, 4 ppcor-package, 1 spcor, 5 spcor.test, 7 pcor, 3, 5, 6, 8 pcor.test, 4, 4, 6, 8 ppcor (ppcor-package), 1 ppcor-package, 1 spcor, 4, 5, 5, 8 spcor.test, 4–6, 7 u9no meu caso qero trabalhar com matrizes de celação obrigada Ana Rocha

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[off topic] Adobe!
by FHRB Toledo 19 Nov '12

19 Nov '12

Senhores, Esse é um thread totalmente OFF TOPIC, peço a compreensão de vocês quanto a isso! Um colega da lista brasileira do DEBIAN ( debian-user-portuguese(a)lists.debian.org) encabeça essa iniciativa. Acho extremamente válida, quem for da mesma opinião, por favor assine. Leiam o email abaixo! att, FH ---------- Forwarded message ---------- From: Juliano Cesar <cetapsao883(a)yahoo.com.br> Date: 2012/11/18 Subject: Assinem a petição para a Adobe sempre fazer a versão mais recente do Adobe Reader para Linux. To: "debian-user-portuguese(a)lists.debian.org" < debian-user-portuguese(a)lists.debian.org> Vamos divulgar e assinar http://www.change.org/pt-BR/peti%C3%A7%C3%B5es/adobe-systems-incorporated-w… Se alguém tiver uma ideia de uma melhor descrição em inglês e portarmos a descrição em vários idiomas, pode ser que isso dê certo. A meta é de 2 milhões de assinaturas, sabemos que existem alternativas de leitores de PDF, mas nenhum se compara ao Adobe Reader, é uma pena que a Adobe parou de atualizar a sua versão para Linux.

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Re: [R-br] Cluster para r
by Diogo Ferrari 18 Nov '12

18 Nov '12

Fabio, vc usou esses pacotes que o Benilton mencionou? abs 2012/11/18 Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla(a)yahoo.com.br> > Eu já li arquivos .txt de 50Gb em meu laptop com 4 Gb de RAM e processador > dual core. > > Faça um teste. > > Valeu! > > Fábio Mathias Corrêa > > Universidade Estadual de Santa Cruz > Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET > > > Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna > CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia > > > Tel.: 73-3680-5076 > ------------------------------ > *De:* Diogo Ferrari <diogoferrari(a)gmail.com> > *Para:* r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br; Fabio Mathias Corrêa < > fabio.ufla(a)yahoo.com.br> > *Enviadas:* Domingo, 18 de Novembro de 2012 13:20 > > *Assunto:* Re: [R-br] Cluster para r > > Legal, não conhecia esse pacote. Mas no caso de bancos de 20 GB, a memória > não basta.... > > > 2012/11/18 Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla(a)yahoo.com.br> > > O pacote bigmemory permite trabalhar com grandes bancos de dados sem > sobrecarregar a memória. > > > > Fábio Mathias Corrêa > > Universidade Estadual de Santa Cruz > Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET > > > Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna > CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia > > > Tel.: 73-3680-5076 > ------------------------------ > *De:* Diogo Ferrari <diogoferrari(a)gmail.com> > *Para:* r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br; regis barros <regisgbarros(a)yahoo.com.br> > > *Enviadas:* Domingo, 18 de Novembro de 2012 12:07 > *Assunto:* Re: [R-br] Cluster para r > > Ola Regis, > > Já trabalhei, ou melhor, tentei trabalhar, com R operando em servidor > linux. O principal problema é a divisão do processamento. Não é possível > dividir o processamento entre os nós. é possível apenas dividir dentro do > próprio núcleo do processador. Eu trabalhei com bases na casa de 20x10^9. A > melhor solução que encontrei foi o RevolutionR, fazer proc. paralelo local > e converter os arquivos para .xdf (usado pelo revolution). Se o seu > problema é computar sobre os dados, e não fazer simulações por exemplo, vc > tem que encontrar uma solução que permita isso. É mais um problema de > geranciamento e acesso aos dados do que capaciadade de processamento. O R > tradicional carrega tudo na memória e, portanto, limita o uso de big data. > O .xdf e o RevolutionR solucionam isso permitindo trabalhar com os dados > sem carregá-los, além de dividir e indexar o banco, como se faz em SQL, por > exemplo. Mas isso vai depender do que vc precisa fazer com os dados. As > funções disponível para o RevolutionR são as mais simples.estão no pacote > RevoscaleR. > > abs > > > 2012/11/18 regis barros <regisgbarros(a)yahoo.com.br> > > Bom dia Pessoal > Gostaria de saber de pessoas que trabalham com cluster para linux e usam o > r para executar os cálculos e modelos que venho trabalhando. Li nos e-mails > anteriores que pessoas que estavam usando uma base de dados de 1*10^9, > todavia gostaria de trabalhar com mais do que isto alguém trabalha? > Grato > Regis Godoy Barros > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > > -- > Diogo Ferrari > University of San Paulo (USP) > Faculty of Philosophy, Languages, Literature and Human Sciences (FFLCH) > Department of Political Science (DCP) > San Paulo/SP - Brazil > E-mail: diogo.ferrari(a)usp.br > > Open Source! Use R! Use Linux! > > "A vida é a arte de tirar conclusões suficientes de dados insuficientes" > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > > -- > Diogo Ferrari > University of San Paulo (USP) > Faculty of Philosophy, Languages, Literature and Human Sciences (FFLCH) > Department of Political Science (DCP) > San Paulo/SP - Brazil > E-mail: diogo.ferrari(a)usp.br > > Open Source! Use R! Use Linux! > > "A vida é a arte de tirar conclusões suficientes de dados insuficientes" > > > > -- Diogo Ferrari University of San Paulo (USP) Faculty of Philosophy, Languages, Literature and Human Sciences (FFLCH) Department of Political Science (DCP) San Paulo/SP - Brazil E-mail: diogo.ferrari(a)usp.br Open Source! Use R! Use Linux! "A vida é a arte de tirar conclusões suficientes de dados insuficientes"

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Duvidas de amostras.
by edmar Caldas 18 Nov '12

18 Nov '12

Pessoal, uma ajuda. 1) Tenho 10.000 observações. DP = 10 Média = 70 Distribuição normal. 2) Imagina dividir essas 10.000 observações em 1.000 (Mil) amostras de 10 (dez) observações. DP = 3 Média = 70 3) Agora dividimos essa mesma 10.000 observações em 100 amostras de 100 observações. DP = 1 Média = 70. Portanto: No item 2 cada amostra tem sua própria média, sabendo que são observações diferentes. Essa diferença da média da amostra de uma para a outra é chamada de variação amostral correto? Se eu fizer uma distribuição com todas as médias das mil amostras eu tenho uma distribuição amostral? Se a média das médias dessas 1000 amostras for igual a média da população do item 1. Podemos dizer que qualquer amostra do item 2 representa a população? Está certo essa minha conclusão? Só para ter certeza, Toda vez que aumentar minha amostra meu DP diminui? Porquê?

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Re: [R-br] AKAIKE
by Helio Gallo Rocha 18 Nov '12

18 Nov '12

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Dados com tendência em geoestatística
by Fernando Zuchello 18 Nov '12

18 Nov '12

Olá a todos, estou trabalhando com distribuição espacial de dados de solo, principalmente dados físicos e da emissão de gases como (CH4 e N2O). Quando trabalho com variogramas grande parte destes valores apresentam tendencia! porém quando uso os argumentos trend só consigo usar funções para retirar a tendencia de 1 ordem e 2 ordem, como faço para utilizar outra função neste argumento? Utilizando o pacote geoR. Obj.geo.vt<-variog(Obj.geo,coords=Obj.geo$coords,log(data=Obj.geo$data[,1]),uvec=seq(,100,by=5),trend="1st"); Outra dúvida é como faço o jackknifing do modelo ajustado, uma vez que o utilizo como critério para seleção do melhor ajuste? agradeço! -- Fernando Zuchello Engenheiro Agrônomo (UFRRJ) Mestre em Agronomia - Ciência do Solo (UFRRJ) Doutorando em agronomia - Ciência do Solo (UFRRJ)

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Re: [R-br] AKAIKE
by Helio Gallo Rocha 18 Nov '12

18 Nov '12

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AKAIKE
by Helio Gallo Rocha 17 Nov '12

17 Nov '12

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[Dúvida] Criando pacotes para o R.
by Pedro Rafael 17 Nov '12

17 Nov '12

Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo de submissão? Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as atualizações fiquem disponíveis? Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela primeira vez? São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito. Obrigado à todos. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho.

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Lista
by Narede Golaco 17 Nov '12

17 Nov '12

Olá gostaria de postar uma dúvia, relacionada a função glm: Se possivel gostaria de um exemplos simples de analise de variancia usando a função glm em conjunto com qualquer pacote de dados do R, pode ser o mtcars, airqualiy... Gostaria muito mesmo do exemplo, pois estou iniciado no programa e só encontro na internet exemplos muito avançados. Agradeço desde já a ajuda de todos. Se eu puder postar esta dúvida ou não, por favor gostaria de ser avisado Obrigado a todos pela condescêndencia. Att: Thor Cerqueira Graduando em matematica

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Re: [R-br] Dados com tendência em geoestatística
by Eder Comunello 16 Nov '12

16 Nov '12

Fernando e colegas, boa noite! Para um conjunto de dados nominado 'dados', com 4 colunas: > head(dados) X1 Y1 MO ALT 1 726023.6 7534573 29.50 387.1 2 726042.6 7534567 31.60 386.7 3 726014.5 7534544 33.71 387.1 4 726033.6 7534538 34.06 386.6 5 726005.5 7534516 32.65 387.1 6 726024.6 7534510 34.76 387.3 Eu tenho definido a variável que supostamente promove a tendência como uma covariável dentro do objeto geodata. Neste exemplo dG é o objeto geodata, colunas 1 e 2 são as coords, coluna 3 ('MO') como data e coluna 4 ('ALT') como covar: dG <- as.geodata(dados, coords.col=c(1,2), data.col=3, covar.col=4) Definida como uma covar, a variável pode ser acessada pelo nome interno que recebe dentro do geodata, neste caso 'ALT' variog(dG, max.dist=350, trend=~coords) ### é a mesma tendência dada por '1st', usando o nome interno coords variog(dG, max.dist=350, trend=~ALT) ### tendência promovida por 'ALT' (coluna 4) variog(dG, max.dist=350, trend=~coords+ALT) ### combinação de efeitos variog(dG, max.dist=350, trend=~coords[,2]) ### só ordenadas (latitude) variog(dG, max.dist=350, trend=~I(coords[,2]^2) +ALT ### quadrado da latitude + ALT * OBS: não é necessário definir os argumentos coords e data para variog(), pois já são passados diretamente pelo objeto 'dG'. Se você não definir a variável como covar dentro do seu objeto geodata, também dá pra acessar diretamente a partir do data.frame de dados... variog(dG, max.dist=350, trend=~dados$ALT) Definido o modelo , a interpolação é feita pela função krige.conv() e para validar o procedimento não é jackknifing, mas sim a validação cruzada dada por xvalid(). Sugiro acessar o tutorial: http://www.leg.ufpr.br/geoR/geoRdoc/geoRintro.html Espero que ajude... ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00

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duvida em grafico
by Gilson Sanchez 16 Nov '12

16 Nov '12

Pessoal mais uma vez procurando ajuda de vc's, tenho um gigantesco banco de dados, e minhas variáveis são: pmc, te, tof e quero ver como elas se comportaram durante o tempo, ou seja por mês e por ano e por mat. So que no momento de fazer um barplot, os meses das barras estão do mesmo jeito que nos dados, da pra coloca-los em ordem, ou seja de janeiro a dezembro no entanto, tem alguns meses os quais os dados não foram coletados. http://www.datafilehost.com/download-99e615b1.html dados=read.table('dados.txt', h=T, dec=',') # Anlizando a variável 'datos$pmc' em função da época pmc.me1=tapply(dados$pmc, INDEX=dados$epoca, FUN=mean) pmc.me1 pmc.sd1=tapply(dados$pmc, INDEX=dados$epoca, FUN=sd) pmc.sd1 pmc.le1=tapply(dados$pmc, INDEX=dados$epoca, FUN=length) pmc.le1 pmc.se1=pmc.sd1/sqrt(pmc.le1) pmc.se1 grafico1=barplot(pmc.me1, ylim=c(0,20),las=1) box(bty='l') arrows(grafico1,pmc.me1+pmc.se1, grafico1,pmc.me1, code=3, angle=90,length=0.05,col="black", lwd=1.5) da pra fazer isso? Obrigado -- Bach. Agr.Gilson Sánchez Chia, MSc. Laboratório de Fisiologia Vegetal Embrapa Amazônia Ocidental Skype: gilsonsch Celular: (92) 9170-1825 Fone: (92) 3303-7943 http://lattes.cnpq.br/3684553005529634 --- Antes de imprimir, pense na sua responsabilidade com o Meio Ambiente. Please consider the environment before printing this email. Renew, Reduce and Recycle. The Planet Knows.*** Salva un Árbol.* * *** * PIENSA**** EN EL MUNDO PARA TUS HIJOS** *

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Re: [R-br] [STAT-MATH] R versus SAS e SPSS
by Richard Santos 16 Nov '12

16 Nov '12

SAS Eguide, é o Enterprise Guide. Se faz gráficos, tabelas, e muitos procedimentos de bases de dados e muitas técnicas estatísticas com point in click. Em 16/11/12, Paulo Maia<pbmaia(a)yahoo.com.br> escreveu: > Olá Richard; > > Tudo bem? > > Vc pode me dizer que versão é essa que do SAS que possui uma versão "mais > point click"? > > Uma das minha limitacoes ao SAS é o excesso de programação. > > Abraço. > > Att; > Paulo Roberto Bastos Maia > > > ________________________________ > De: Richard Santos <jamesrichardsantos(a)gmail.com> > Para: r-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>; STAT-MATH > <STAT-MATH(a)yahoogrupos.com.br>; "CONRE3(a)yahoogrupos.com.br" > <CONRE3(a)yahoogrupos.com.br>; "estatisticabsb(a)yahoogrupos.com.br" > <estatisticabsb(a)yahoogrupos.com.br> > Enviadas: Sexta-feira, 16 de Novembro de 2012 15:05 > Assunto: [STAT-MATH] R versus SAS e SPSS > > > > > > O único software estatístico livre que faz todas as coisas e com bases > grandes (apenas não pequenas) é o R. Os únicos softwares estatísticos > não-livres que fazem todas as coisas e com grandes bases (tb não > apenas com pequenas) é o SPSS e o SAS (acabei encontrando limitações > no Minitab também. O Stata atende, mas com limitações de opções > também). > > Agora quando a instituição demonstra dificuldade em obter o SAS ou o > SPSS (como agora, pela primeira vez encontrei uma assim), optei assim > por adquirir o SPSS e trazer o notebook para o trabalho. Desisti de > aprender o R, porque me dei conta de que o R você tem que programar > para tudo, até para fazer gráficos, e isso até no SAS que antes você > tinha que programar pois pelo point in click não tinha como fazer um > gráfico a seu modo já se aboliu. Além do que a programação do R teria > que aprender tudo agora, e não é a C que já estou acostumado. E como > lembra a própria mensagem do R, "você não tem garantia de nada". E > para mim que até hoje não sou especialista no R, vai demorar uma > década ainda para eu fazer tudo o que eu quero rapidamente. Demora > naturalmente o treinamento, por ser inclusive uma linguagem de > programação e ampla. > > Então vou ficar por pouco tempo na lista do R, até lá vai ser um > prazer aprender, mas vou optar em breve por trazer o meu notebook com > o SPSS comprado. Não vou ter tempo para aprender tudo o que preciso a > contento (até lá é possível até que tenha trocado por algum motivo de > instituição - para uma que tem o SPSS). > > Obrigado. > Abraços, > Att. > Richard > >

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Selecionar observações na base, para as análises serem só nos dados selecionados, no R
by Richard Santos 16 Nov '12

16 Nov '12

Caros, Eu que sou iniciante no R, após importar os dados do Excel, e tal, como fazer: - selecionar observações (linhas, ou registros) de forma que eu consiga fazer uma análise somente com os dados selecionados? Obrigado! Abraços, Att. Richard Estatístico

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correlação de pearson
by alanarocha＠sapo.pt 16 Nov '12

16 Nov '12

eu tentei instalar os packages para a correlação e acontece-me o seguinte: > install.packages("ppcor") --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- Warning: unable to access index for repository http://cran.fiocruz.br/bin/windows/contrib/2.15 Warning: unable to access index for repository http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/2.15 Warning messages: 1: In open.connection(con, "r") : unable to resolve 'cran.r-project.org' 2: package ‘ppcor’ is not available (for R version 2.15.1) > library(ppcor) Error in library(ppcor) : there is no package called ‘ppcor’ > require(ppcor) Loading required package: ppcor Warning message: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, : there is no package called ‘ppcor’ > install.packages("ds") Warning: unable to access index for repository http://cran.fiocruz.br/bin/windows/contrib/2.15 Warning: unable to access index for repository http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/2.15 Warning message: package ‘ds’ is not available (for R version 2.15.1) > require(ds) Loading required package: ds Warning message: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, : there is no package called ‘ds’ obrigada. An Rocha

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Shiny ou RevolutionR????
by Gilbert Queiroz 16 Nov '12

16 Nov '12

E agora????

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Lattice Design
by FHRB Toledo 16 Nov '12

16 Nov '12

Senhores, Estou com uma dúvida com relação a reprodução de uma análise de um experimento em delineamento em lattice quadrado balanceado, tipo I, segundo Pimentel Gomes (cap 10). Escreve esse email baseado tanto no livro do Pimentel Gomes, como também no Cochran e Cox, cap 10, pag 274. Para quem interessar segue também um exemplo (teste) do livro Ramalho et al., Experimentação em Genética ... cap 11, pág 171 (mas não é estelionato, rsrs). Pois bem, como disse, trata-se da análise de blocos incompletos em lattice quadrado balanceado. A pergunta é: como obter a soma de quadrados de tratamentos ajustadas aos efeitos de blocos? E ainda, de que forma obter também as médias de tratamentos livre dos efeitos de blocos. Meu ponto de partida é o post do Walmes no wiki do LEG ( http://www.leg.ufpr.br/doku.php/ridiculas#analise_intrabloco_e_interbloco_d…) Todavia, minha implementação não "concorda" com o que lá é mostrado. Peço desculpas pela forma que procedi, mas a título didático me prendi exatamente ao modo como é originalmente apresentado em Cochran e Cox (pag 274) e seguindo o que lá é feito consegui reproduzir ipsis literis a análise. Assim, gostaria da ajuda de vocês para aprender um modo menos custoso de reproduzir o jeito original! Desde já agradeço qualquer ajuda/sugestão com relação a dúvida! Caso alguém se interesse disponibilizo outro conjunto de dados, da mesma natureza no mesmo lik, com o nome de "dados_magno.txt". att, FH Segue o CMR: rm(list = ls(all = TRUE)); ls() download <- read.table('http://dl.dropbox.com/u/38195533/dados_CC.txt', header = TRUE, # com cabecalho sep = '\t', # separador de celulas <TAB> dec = ',', # separador de decimal <, (virgula)> na.string = '.') # indicador de omissao ## lendo e transformando variaveis em fator dados <- transform(download, trat = factor(trat), # transforma em fator rep = factor(rep), # idem bloco = factor(bloco)) # ... str(dados) # estrutura da planilha ## fator bloco dentro de repeticoes dados$blocoDrep <- factor(with(dados, paste(rep, bloco, sep = ''))) ## niveis de cada fator **apenas auxiliar** r <- nlevels(dados$rep) k <- nlevels(dados$bloco) ## array do experimento **generalizacao da matrix do delineamento** X <- with(dados, tapply(resp, list(rep, blocoDrep, trat), mean, na.rm = TRUE)) ## totais dos fatores R <- apply(X, 1, sum, na.rm = TRUE) # repeticoes B <- apply(X, 2, sum, na.rm = TRUE) # blocos dentro de repeticoes T <- apply(X, 3, sum, na.rm = TRUE) # tratamentos ## somas de quadrados do 'jetinho' Pimentel Gomes Sx <- sum(X, na.rm = TRUE) Sx2 <- sum(X^2, na.rm = TRUE) C <- Sx^2 / sum(!is.na(X)) SQtotal <- Sx2 - C SQr <- ( 1 / k^2 ) * sum( R^2 ) - C SQt <- ( 1 / r ) * sum( T^2 ) - C SQb.unadj <- ( 1 / k ) * sum( B^2 ) - C SQe.DBC <- SQtotal - (SQr + SQt) ## totais dos blocos onde os tratamentos ocorrem... ver Cochran e Cox (cap 10, pag 274) X.tb <- apply(X, c(2, 3), function(x) sum(!is.na(x))) Bt <- t(X.tb) %*% B W <- k * T - (k + 1) * Bt + sum(T) ## outras somas de quadrados... blocos ajustados e erros SQb.adj <- sum(W^2) / ( k^3 * ( k + 1 ) ) SQe.intra <- SQe.DBC - SQb.adj Eb <- SQb.adj / (r * ( k - 1 )) Ee <- SQe.intra / ( ( k - 1 ) * ( r * k - k - 1 ) ) ## coeficiente 'mu' determina se existe ou nao ajuste das medias if( Eb <= Ee ) mu <- 0 else mu <- ( Eb - Ee ) / ( k * ( r - 1 ) * Eb ) Eel <- Ee * ( 1 + ( r * k * mu ) / ( k + 1 )) EDBC <- SQe.DBC / ( ( r - 1 ) * ( k^2 - 1 ) ) ## soma de quadrados de tratamentos ajustados **PROBLEMA** SQt.adj <- sum((T + mu * W - mean(T + mu * W))^2) / r ## montando quadro da ANOVA DofF <- c( (r - 1 ), ( k^2 - 1 ), ( k^2 - 1 ), ( r * ( k - 1 ) ), ( ( k - 1 ) * ( r * k - k - 1 ) ), ( ( r - 1 ) * ( k^2 - 1 ) ), ( ( k - 1 ) * ( r * k - k - 1 ) ), ( sum(!is.na(X)) - 1 )) SSs <- c(SQr, SQt, SQt.adj, SQb.adj, SQe.intra, SQe.DBC, Eel * (( k - 1 ) * ( r * k - k - 1 )), SQtotal) table <- cbind(DofF, SSs, SSs / DofF) dimnames(table) <- list(c('Rep', 'Trat. unadj.', ' Adj.', 'Bloco Adj.', 'Error Intra-bloco', ' DBC', ' Effective', 'Total'), c('Df', 'Sum Sq', 'Mean Sq')) ## teste F para tratamentos ajustados F.trat <- table[3, 3] / table[7, 3] p.trat <- pf(F.trat, table[3, 1], table[7, 1], lower.tail = FALSE) ## ajuste via aov ajuste <- aov(terms(resp ~ rep/bloco + trat, keep = TRUE), contrasts = list(rep = contr.sum, bloco = contr.sum, trat = contr.sum), data = dados) ## comparando resultados ## ANOVAS table # anova 'made by hands' c('F value' = F.trat, 'Pr(>F)' = p.trat) # teste F 'made by hands' summary(ajuste) # anova via aov() ## sugestao/implementacao do Walmes (Wiki do LEG) car::Anova(ajuste, type = 'III') drop1(ajuste, scope = .~., test = 'F') ## medias de tratamentos ajustadas data.frame(Unadj. = T / r, Adj. = (T + mu * W) / r, ## sugestao/implementacao do Walmes (Wiki do LEG) Outro = coef(ajuste)[1] + ajuste$contrasts$trat %*% coef(ajuste)[ajuste$assign == 3]) ## \EOF

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continua o erro na construção do grafico
by alanarocha＠sapo.pt 16 Nov '12

16 Nov '12

> x11() > curve(expr=dnorm(x,mean=mean(dados$X.Doentes),sd=sd(dados$X.Doentes)),add=TRUE,col="red") Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : plot.new has not been called yet > mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", > round(sd(dados$X.Doentes),1) + xlab="nome das clínicas no eixo do X" Error: unexpected symbol in: "mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", round(sd(dados$X.Doentes),1) xlab" > ylab="probabilidades no eixo do Y" o que está a falhar aqui? An Rocha

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continua o erro na construção do grafico
by alanarocha＠sapo.pt 16 Nov '12

16 Nov '12

> x11() > curve(expr=dnorm(x,mean=mean(dados$X.Doentes),sd=sd(dados$X.Doentes)),add=TRUE,col="red") Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : plot.new has not been called yet > mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", > round(sd(dados$X.Doentes),1) + xlab="nome das clínicas no eixo do X" Error: unexpected symbol in: "mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", round(sd(dados$X.Doentes),1) xlab" > ylab="probabilidades no eixo do Y" o que está a falhar aqui? An Rocha

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continua o erro na construção do grafico
by alanarocha＠sapo.pt 16 Nov '12

16 Nov '12

> x11() > curve(expr=dnorm(x,mean=mean(dados$X.Doentes),sd=sd(dados$X.Doentes)),add=TRUE,col="red") Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : plot.new has not been called yet > mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", > round(sd(dados$X.Doentes),1) + xlab="nome das clínicas no eixo do X" Error: unexpected symbol in: "mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", round(sd(dados$X.Doentes),1) xlab" > ylab="probabilidades no eixo do Y" o que está a falhar aqui? An Rocha

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continua o erro na construção do grafico
by alanarocha＠sapo.pt 16 Nov '12

16 Nov '12

> x11() > curve(expr=dnorm(x,mean=mean(dados$X.Doentes),sd=sd(dados$X.Doentes)),add=TRUE,col="red") Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : plot.new has not been called yet > mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", > round(sd(dados$X.Doentes),1) + xlab="nome das clínicas no eixo do X" Error: unexpected symbol in: "mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", round(sd(dados$X.Doentes),1) xlab" > ylab="probabilidades no eixo do Y" o que está a falhar aqui? An Rocha

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Geoestatística_dúvida...
by andrebvs 16 Nov '12

16 Nov '12

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Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
by Pedro Rafael 15 Nov '12

15 Nov '12

Segue em anexo o pacote. Basta descompactar. Não estou vendo o erro. Obrigado. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 15 de novembro de 2012 08:52, Pedro Rafael < pedro.rafael.marinho(a)gmail.com> escreveu: > No INSTALL não deu nenhum erro. O processo de instalação foi normal. Será > que eu poderia anexar meu exemplos para vocês dá uma olhada? > > > Obrigado. > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 15 de novembro de 2012 08:42, Tiago de Souza [via R-br] < > ml-node+s2285057n4657017h4(a)n4.nabble.com> escreveu: > > Leonard onde eu consigo baixar esse rutil? >> >> Att. >> >> Tiago. >> >> ------------------------------ >> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200 >> >> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=0> >> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=1> >> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >> >> No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que >> estamos usando. >> >> Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei >> quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os >> 'bichinhos' do Rutil os quais precisava. >> >> []s >> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >> >> Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu: >> >> Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu >> caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R >> CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão >> antiga do MikTex que eu não estou usando. >> >> Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de >> instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este >> pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd. >> Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd >> com algumas mensagens de erro. >> >> Espero ter te ajudado. >> >> Att. >> >> Tiago. >> >> ------------------------------ >> Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 >> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=2> >> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=3> >> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >> >> Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro na >> hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da >> documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro? >> >> OBS: Estou em uma máquina Linux. >> >> * using log directory >> ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ >> * using R version 2.15.1 (2012-06-22) >> * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) >> * using session charset: UTF-8 >> * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK >> * checking extension type ... Package >> * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ >> * checking package namespace information ... OK >> * checking package dependencies ... OK >> * checking if this is a source package ... OK >> * checking if there is a namespace ... OK >> * checking for executable files ... OK >> * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK >> * checking installed package size ... OK >> * checking package directory ... OK >> * checking for portable file names ... OK >> * checking for sufficient/correct file permissions ... OK >> * checking DESCRIPTION meta-information ... OK >> * checking top-level files ... OK >> * checking index information ... OK >> * checking package subdirectories ... OK >> * checking R files for non-ASCII characters ... OK >> * checking R files for syntax errors ... OK >> * checking whether the package can be loaded ... OK >> * checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... >> OK >> * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK >> * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies >> ... OK >> * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK >> * checking for unstated dependencies in R code ... OK >> * checking S3 generic/method consistency ... OK >> * checking replacement functions ... OK >> * checking foreign function calls ... OK >> * checking R code for possible problems ... OK >> * checking Rd files ... WARNING >> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section >> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section >> prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value >> * checking Rd metadata ... OK >> * checking Rd cross-references ... OK >> * checking for missing documentation entries ... OK >> * checking for code/documentation mismatches ... OK >> * checking Rd \usage sections ... OK >> * checking Rd contents ... OK >> * checking for unstated dependencies in examples ... OK >> * checking examples ... OK >> * checking PDF version of manual ... ERROR >> Rd conversion errors: >> Warning: unknown option '-' >> Warning in file(con, "r") : >> cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or >> directory >> Error in file(con, "r") : cannot open the connection >> >> >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=4> >> > escreveu: >> >> Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas informações. >> Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei meus códigos. >> Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que eu não acho >> muito interessante porque quem quiser pode vender o código. Minha dúvida >> sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar algum código >> que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome dos autores, >> etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por uma pessoa e >> depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora e >> reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e depois muita >> luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". Isso ocorre >> com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção do pacote >> que deve ser respeitada? >> >> [ ], >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden >> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=5>> escreveu: >> >> >> >> On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote: >> >> > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo >> de submissão? >> >> 1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto >> em >> detalhes. >> >> 2 certifique-se que voce testou o seu pacote : >> >> R CMD check SEU_PACOTE >> >> e corrija todos os eventuais problemas >> >> > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira >> > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu >> tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as >> atualizações >> > fiquem disponíveis? >> >> Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION >> >> > >> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote não >> seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele >> > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem >> que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela >> primeira >> > vez? >> > >> >> Bem vindo ao Universo do Software livre >> >> Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que >> quiser >> >> Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca. >> Leia sobre licxancas GPL e análogas >> >> Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e >> livre-se destas preocupacoes >> >> > >> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito. >> >> Nao sao somente suas. >> Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem >> controvérsias! >> >> > >> > Obrigado à todos. >> > [ ], >> > Pedro Rafael Diniz Marinho. >> > >> > >> > >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657009&i=0> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp46… >> To unsubscribe from R-br, click here. >> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >> >> >> >> >> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden >> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=6> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de >> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo >> reproduz�vel. >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=7>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >> >> >> >> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden >> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=8> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de >> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo >> reproduz�vel. >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=9> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp46… >> To unsubscribe from R-br, click here<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscrib…> >> . >> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >> > >

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erros do R em graficos
by alanarocha＠sapo.pt 15 Nov '12

15 Nov '12

porque será que me dá este erro e como o corrijo? urve(expr=dnorm(x,mean=mean(dados$X.Doentes),sd=sd(dados$X.Doentes)),add=TRUE,col="red") Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : plot.new has not been called yet > mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", > round(sd(dados$X.Doentes),1) + xlab="nome das clínicas no eixo do X" Error: unexpected symbol in: "mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", round(sd(dados$X.Doentes),1) xlab" > ylab="probabilidades no eixo do Y" > aCumprimentos An

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dúvidas de gráficos
by alanarocha＠sapo.pt 15 Nov '12

15 Nov '12

bom dia desta vez a minha duvida prende-se com graficos. fiz o teste ks e o resultado da a normalidade. Queria desenhar um grafico da curva da normal. Mostro meu codigo aqui: setwd("G:/SIN/Users/Ana Rua/Ana_trabalho") dados<-read.table("transplante.csv",header=TRUE,sep=";") dados dim(dados) summary(dados) quantis<-c(0.05,0.1,0.25,0.5,0.75,0.9,0.95) quantis ks.test(dados$X.Doentes,"pnorm",mean=mean(dados$X.Doentes),sd=sd(dados$X.Doentes)) shapiro.test(dados$X.Doentes) main="curva da normal" hist(dados$X.Doentes, probability=TRUE) curve(expr=dnorm(x,mean=mean(dados$X.Doentes),sd=sd(dados$X.Doentes)),add=TRUE,col="red") mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", round(sd(dados$X.Doentes),1) xlab="nome das clínicas no eixo do X" ylab="probabilidades no eixo do Y" as linhas hist e curve estao a dar o seguinte erro: > ist(dados$X.Doentes, probability=TRUE) Error: could not find function "ist" > curve(expr=dnorm(x,mean=mean(dados$X.Doentes),sd=sd(dados$X.Doentes)),add=TRUE,col="red") > mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", > round(sd(dados$X.Doentes),1) + xlab="nome das clínicas no eixo do X" Error: unexpected symbol in: "mtext(paste("mean ", round(mean(dados$X.Doentes),1), "; sd ", round(sd(dados$X.Doentes),1) xlab" > ylab="probabilidades no eixo do Y" > queria saber o que falta para o grafico ser desenhado. obrigada pela atenção. Cumprimentos An Rocha

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Re: [R-br] Fwd: como extrair dados de arquivos GEOtiff
by Eder Comunello 15 Nov '12

15 Nov '12

Olá, boa tarde! Sugiro tabalhar com a biblioteca {rgdal} (e {sp}), pois ela já interpreta o cabeçalho geotiff, lendo seus dados na escala apropriada. Segue uma rotina que usei pra ler dados de altitude tomados do projeto TOPODATA (INPE). Acredito que possa ser facilmente adaptada ao teu caso. Preciso dar uma melhorada, mas acho que dá pra pegar a ideia. ### <begin> ### #install.packages(c("geoR", "maptools","sp", "rgdal"), dep=TRUE) #require(geoR); require(maptools); require(sp); require(rgdal) ### Download do exemplo (399 Kb) para a pasta definida em getwd() download.file('https://dl.dropbox.com/u/117618178/dourados/DDOS.tif', file.path(getwd(),'DDOS.tif'), mode='wb') alt = readGDAL("DDOS.tif"); gridded(alt) ### 'importa' o geotiff image(alt) ### visualiza na forma de imagem image(alt, col=terrain.colors(21)) ## outra opção de visualização slotNames(alt) ### nome dos slots (S4) proj4string(alt) ### para conferir a projeção (definida no geotiff) head(alt@data) ### observe os valores dos dados (neste caso, altitudes) ### se quiser todos os valores, alojando em um objeto DF alt.sp <- SpatialPoints(alt); slotNames(alt.sp) alt.df <- data.frame(x=alt.sp@coords[,1],y=alt.sp@coords[,2],alt=alt@data) head(alt.df); length(alt.df$x) ### extrair as altitudes em alguns pontos aleatórios (ou não! ;D) ### exemplo com 14 pontos pts <- structure(list(x = c(712930.163349833, 715345.025457117, 718363.603091221, 720636.414486312, 724152.169613092, 723903.580866754, 721701.79482776, 719215.90736438, 716126.304374179, 713391.828164461, 713924.518335185, 717582.324174159, 720352.313061925, 723086.789271644), y = c(7548164.89958582, 7548306.95029801, 7548271.43761996, 7548271.43761996, 7548129.38690777, 7546105.16425902, 7546105.16425902, 7546069.65158097, 7546211.70229316, 7546034.13890292, 7543441.71340539, 7543583.76411759, 7543654.78947368, 7543832.35286393)), .Names = c("x", "y")) ### Coloca tudo na classe Spatial pra poder manipular com funções do {sp} pts.sp <- SpatialPoints(pts) ### transforma os pontos para SpatialPoints pts.sp@proj4string;alt@proj4string ### observe as projeções definidas pts.sp@proj4string <- alt@proj4string ### atribui projeção dos pontos usando do grid over(pts.sp, alt) ### extrai valor em cada par de coordenadas ### extrair as altitudes usando uma grade regular ### neste caso vou ler a cada 300m alt@bbox ### limites da imagem/grade de altitude grd <- expand.grid(seq(711985,725005,300), seq(7541995,7549015,300)) ### modo 1 grd <- expand.grid(seq(alt@bbox[1,1],alt@bbox[1,2],300), seq(alt@bbox [2,1],alt@bbox[2,2],300)) ### modo 2 grd.sp <- SpatialPoints(grd) grd.sp@proj4string;alt@proj4string ### observe as projeções definidas grd.sp@proj4string <- alt@proj4string ### atribui projeção dos pontos usando do grid over(grd.sp, alt) ### xtrai valor em cada par de coordenadas ### <end> ### ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00

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Geoestatística_dúvida...
by Eder Comunello 14 Nov '12

14 Nov '12

Olá, novamente! Retomando a dúvida do colega André... Comecei a estudar a geoestatística de fato, faz pouco. Ainda estou longe de ser um profundo conhecedor, mas acredito que já seja possível arriscar uns palpites: Para uma primeira análise dá pra tomar a média (decendial, mensal), procurando atenuar este desbalanceamento. Por exemplo, tomando a média das estações com séries maiores que 20 anos, utilizando somente os dados a partir de 1970 (ou 1980). Uma opção melhor seria calcular a probabilidade de ocorrência de chuvas (p. ex. 75 ou 90%) para cada localidade e usar os valores obtidos para a análise geoestatística. É esperado que os dados de precipitação apresentem uma tendência em relação à latitude e altitude, que deve ser considerada no modelo geoestatístico ('remoção' da tendência). No caso de trabalhar com estações pluviométricas, é bastante comum que as grandes distâncias entre estações não permitam 'capturar' a variabilidade espacial e no final você acabe optando por uma interpolação mais simples, tipo 'inverso da distância'. À medida que você for fazendo suas análises seria legal poder contar com alguém da área de clima/meteorologia para balizar os procedimentos e interpretações. ================================================ Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] ================================================ UTC-03:00 Em 11 de novembro de 2012 21:56, andrebvs <[hidden email]<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/user/SendEmail.jtp?type=node&node=4656955…> > escreveu: > Olá pessoal! > > Estou iniciando os estudos em Geoestatística e não tenho muito > conhecimento na área, então, sei que alguns colegas aqui trabalham na área, > e se possível, gostaria de saber o seguinte: > > Tenho alguns dados de totais anuais de precipitação pluviométrica de > um determinado Estado, os quais estão organizados com as respectivas > coordenadas em graus (Latitude, Longitude e Altitude). Cada coordenada (com > o total pluviométrico), é referente à cada um dos 46 municipios do Estado. > A pergunta é: o que dá pra fazer de análise com esses dados dentro da > geoestatística, tendo em vista que alguns municipios vão do ano de 1911 à > 1990, outros vão de 1920 a 1985, ou seja, há um certo desbalanceamento dos > anos de um municipio para outro. > > desde já agradeço! > > *Att.* > *André* > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email]<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/user/SendEmail.jtp?type=node&node=4656955…> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. >

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SAS e SPSS são os melhores, o R é o único que talvez entre nesse grupo
by Richard Santos 14 Nov '12

14 Nov '12

Porque nesse momento eu já descobri limitações em coisas que ainda seriam "simples" no Minitab, no StatPlus, etc, como essas que citei (difícil e demorado fazer um cluster misturando variáveis cat com numérica, tem que converter; regressão idem, etc, coisas que o SAS e o SPSS fazem bem rápido.) Vamos ver agora no R. A única esperança que eu tenho de não encontrar limitações significativas com relação ao SPSS e SAS, porque os outros... quando tem uma coisa não tem outra. O Stata não estou com ele aqui agora mas também acho que é assim. SAS e SPSS realmente mais completos, rápidos, e fáceis de usar, por enquanto, o R talvez entre nesse grupo, mas mesmo assim já acho a programação dele tão "difícil" qto o SAS, tem que aprender primeiro para fazer, e é diferente da linguagem C, então é totalmente diferente da que estou acostumado. Mas no mais, tomara que seja tão bom e COMPLETO quanto o SAS ou o SPSS. Abraços, Richard Em 14/11/12, Augusto Ribas<ribas.aca(a)gmail.com> escreveu: > http://www.statmethods.net/index.html > > Tente esse site, segundo o autor do site: > > "I created this website for both current *R* users, and experienced users > of other statistical packages (e.g., *SAS*, *SPSS*, *Stata*) who would like > to transition to *R*. My goal is to help you quickly access this language > in your work." > > Tem os comandos e exemplos para suas perguntas. > Espero que ajude. > > Em 14 de novembro de 2012 10:04, Richard Santos < > jamesrichardsantos(a)gmail.com> escreveu: > >> Prezados, >> Obrigado a todos. >> E Análise de Correspondência Múltipla? Regressão de Cox? Cluster >> independente se as variáveis são numéricas ou categóricas (porque o >> SPSS e o SAS conseguem)? >> Também no livro para cientistas? >> Valeu! >> Abraços, >> Att. >> Richard >> >> Em 14/11/12, Leandro Marino<leandromarino(a)leandromarino.com.br> escreveu: >> > Richard, >> > >> > sugiro à você a leitura do R para Cientistas Sociais é bem didático e >> > aborda do básico ao mais avançado. Tem, por exemplo, uma parte >> > dedicada à elaboração de mapas! >> > >> > http://www.lepem.ufc.br/aquino.php >> > >> > >> > >> > Em 14 de novembro de 2012 10:28, Leandro Marino >> > <leandromarino(a)leandromarino.com.br> escreveu: >> >> Richard, >> >> >> >> - como tirar uma estatística descritiva segundo alguma variável, >> >> escolhendo a estatística que eu quero? >> >> >> >> ?by >> >> ?aggregate >> >> >> >> - como fazer um gráfico dessa estatística segundo certa variável? >> >> ?plot >> >> ?hist >> >> >> >> - como fazer uma regressão de cox? >> >> http://www.ms.uky.edu/~mai/Rsurv.pdf >> >> >> >> >> >> Em 14 de novembro de 2012 10:19, Richard Santos >> >> <jamesrichardsantos(a)gmail.com> escreveu: >> >>> Prezados, >> >>> >> >>> Sou novo no R, e tenho 19 anos de experiência com o SAS e 12 anos com >> >>> o SPSS. Alguns meses com o Stata e o Minitab. >> >>> Gostaria de pedir a minha primeira ajuda: >> >>> >> >>> - como tirar uma estatística descritiva segundo alguma variável, >> >>> escolhendo a estatística que eu quero? >> >>> - como fazer um gráfico dessa estatística segundo certa variável? >> >>> - como fazer uma regressão de cox? >> >>> >> >>> Obrigado. >> >>> >> >>> Abraços, >> >>> Att. >> >>> Richard >> >>> _______________________________________________ >> >>> R-br mailing list >> >>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> >>> código mínimo reproduzível. >> > _______________________________________________ >> > R-br mailing list >> > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código >> > mínimo reproduzível. >> > >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> > > > > -- > Grato > Augusto C. A. Ribas > > Site Pessoal: > http://recologia.wordpress.com/<http://augustoribas.heliohost.org> > Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056 >

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Fwd: Medidas repetidas com estruturas de co-variâncias
by Mauricio Morgado Oliveira 14 Nov '12

14 Nov '12

Olá. Estou com dificuldade de fazer atribuir corretamente os argumentos no meu modelo de medidas repetidas com estruturas de co-variâncias. . Estou tentando fazer no nlmer, talvez possam me ajudar. O código no sas seria: proc mixed data=cruza order=data; class raca data animal; model peso = raca data raca*data/outp=p ddfm=satterth; repeated data / subject = animal(raca) type = sp(pow)(data) r rcorr; run; no *R*: dados <- data.frame(read.csv("dados.txt", sep=" ", header=TRUE)) dados$Peso <- as.numeric(cruza$Peso) library(nlme) modelo <- lme(Peso~Data*Raca, .............., data=dados) Os dados (parcial) estão em: https://www.dropbox.com/s/eajz72kmgk1f897/dados.txt Att, Mauricio

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[1/2 OFF] Equações Diferenciais Estocásticas
by Listeiro 037 14 Nov '12

14 Nov '12

Bom dia a todos. Gostaria de ter uma referência de um livro ou de internet mesmo sobre Equações Diferenciais Estocásticas. Agradeço a todos desde agora.

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Diferenças de R2 entre regressões lineares com e sem intercepto
by marcelo claro de souza 14 Nov '12

14 Nov '12

Bom dia a todos. Rodei duas correlações lineares com e sem intercepto, utilizando o mesmo conjunto de dados, para a determinação de uma equação para determinação da área foliar de uma espécie arbórea. regressão com intercepto lm(y~x) regressão sem intercepto lm(y~0+x) ou lm(y~x-1) O R2 da equação sem intercepto foi maior que o R2 da regressão com intercepto, e o assessor de uma revista questionou que isso seria matematicamente improvável e solicitou que eu refizesse as análises. Refiz e obtive os mesmos resultados. É possível essa variação nos valores de R2 ou estou fazendo algo errado? Muito obrigado pela ajuda. Abraço Marcelo

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Ajuda no R
by Richard Santos 14 Nov '12

14 Nov '12

Prezados, Sou novo no R, e tenho 19 anos de experiência com o SAS e 12 anos com o SPSS. Alguns meses com o Stata e o Minitab. Gostaria de pedir a minha primeira ajuda: - como tirar uma estatística descritiva segundo alguma variável, escolhendo a estatística que eu quero? - como fazer um gráfico dessa estatística segundo certa variável? - como fazer uma regressão de cox? Obrigado. Abraços, Att. Richard

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Re: [R-br] INLA Geoestatística
by Elias T. Krainski 14 Nov '12

14 Nov '12

Taynãna, fiz inla.upgrade(testing=TRUE) atualizou para a versao de 5 de novembro e consegui executar todo o script SwissRainfall.R sem problemas... Att. Elias T. Krainski >________________________________ > De: Taynãna César Simões <tay_estatistica(a)yahoo.com.br> >Para: Elias T. Krainski <eliaskrainski(a)yahoo.com.br>; Paulo Justiniano <paulojus(a)leg.ufpr.br> >Enviadas: Quarta-feira, 14 de Novembro de 2012 12:04 >Assunto: Re: INLA Geoestatística > > >Oi, Elias. > > >O Havard Rue respondeu dizendo p tentar o comando inla.upgrade(testing=TRUE), mas não deu certo. >A versão que estou usando é de 5 de novembro. > > >Abraço, Taynãna > > > >________________________________ > De: Elias T. Krainski <eliaskrainski(a)yahoo.com.br> >Para: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>; Taynãna César Simões <tay_estatistica(a)yahoo.com.br> >Enviadas: Quarta-feira, 14 de Novembro de 2012 11:10 >Assunto: Re: INLA Geoestatística > >Oi Taynãna, > >qual a versão do seu INLA. > inla.version() >Eu consegui executar sem problemas na versão de 18 de agosto > > > >Elias T. Krainski > > >>________________________________ >> De: Taynãna César Simões <tay_estatistica(a)yahoo.com.br> >>Para: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> >>Enviadas: Quarta-feira, 14 de Novembro de 2012 10:12 >>Assunto: [R-br] INLA Geoestatística >> >> >> >> >>Pessoal, >> >>Estou tentando reproduzir um exemplo de modelagem espacial no INLA com dados de geoestatística, do artigo >> >>de Blangiardo et al (2012). O código em R está disponível e o exemplo 3 (SwissRainfall.R). >> >>Ao rodar o modelo aparece a seguinte mensagem: >> >>> mod = inla(formula, >>+ data=inla.stack.data(stack, spde=spde),family="gaussian", >>+ control.predictor=list(A=inla.stack.A(stack), compute=TRUE), >>+ >control.compute=list(cpo=TRUE, dic=TRUE), >>+ keep=FALSE, verbose=TRUE) >>Erro em .local(x, i, j, ..., value) : >> not-yet-implemented 'Matrix[<-' method >>Calls: inla -> inla.predictor.section -> [<- -> [<- -> .local >> >>Alguém tem idéia do quê possa estar acontecendo? >> >>Att, >>Taynãna >>Pesquisadora em Saúde Pública - ENSP/FIOCRUZ >>_______________________________________________ >>R-br mailing list >>R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >> >> > > > > >

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