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Re: [R-br] Selecionar variáveis conforme linhas
by Éder Comunello 27 Ago '13

27 Ago '13

Senhores, boa noite! Muito legal as dicas do colega Rogério. E acabei achando um outro porém no código que passei. Usei a coluna 'data$tc' como total, ao invés de calcular e pude observar que ela está incorreta nas duas últimas observações do exemplo (u e v). Se optar por utilizar o código que passei, tem que corrigir a coluna 'tc". Tem várias formas de fazer isso, mas aproveitando as dicas do colega Rogério, sugiro rodar o comando abaixo antes do loop (for). data[,7] = rowSums(data[,3:6]) # recalcula data$tc Outra opção é partir diretamente pro código que ele forneceu. Até mais, -- Éder Comunello <c <comunello.eder(a)gmail.com>omunello.eder(a)gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]

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Selecionar variáveis conforme linhas
by Roney Fraga Souza 27 Ago '13

27 Ago '13

Caros, Considerando os dados: #------------------------------ # Carregar arquivo csv no Dropbox #install.packages('repmis') library(repmis) FinURL <- paste0("https://dl.dropboxusercontent.com/u/61883020/2013-08-25-r-br.csv") data <- repmis::source_data(FinURL, sep = ",", header = TRUE) dim(data) data #------------------------------ pessoa pessoa.grupo g.1 g.2 g.3 g.4 tc 1 a 3 360 913 1407 674 3354 2 b 2 235 693 588 384 1900 3 c 4 355 435 285 524 1599 4 e 3 37 129 258 80 504 5 f 1 317 40 14 95 466 6 g 2 17 216 88 27 348 7 h 2 53 155 73 59 340 8 i 4 19 71 99 123 312 9 j 4 177 19 9 97 302 10 l 2 82 84 27 74 267 11 m 4 31 54 23 155 263 12 n 4 22 53 70 113 258 13 o 4 37 37 23 153 250 14 p 1 144 29 49 25 247 15 q 3 8 49 157 17 231 16 r 2 27 138 33 27 225 17 s 2 32 82 25 77 216 18 t 3 12 16 183 3 214 19 u 4 0 54 33 90 212 20 v 3 0 0 135 11 211 #------------------------------ temos a seguinte situação, a pessoa 'a' pertence ao grupo '3', variável 'pessoa.grupo', e se relacionou '360' vezes com pessoas do grupo 1, variável 'g.1', '913' vezes com pessoas do grupo 2, variável 'g.2', '1407' vezes com pessoas do grupo 3, variável 'g.3', '674' vezes com pessoas do grupo 4, variável 'g.4', tendo por fim se relacionado '3354' vezes no total, variável 'tc'. Considerando os dados acima estou com a seguintes dúvidas: 1) Como criar uma coluna com o valor da relação de cada pessoa apenas com pessoas de seu grupo de origem? Exemplo: a pessoa 'e' pertence ao grupo '3', logo, seu valor é referente a variável 'g.3', que é '258'. Já a pessoa 'f', pertence ao grupo '1', seu valor deverá ser referente a 'g.1', '317'. Em outras palavras, preciso criar uma coluna mantendo o valor de uma das 4 variáveis ('g.1','g.2','g.4' e 'g.4'), respeitando o grupo que a pessoa pertence, que esta na variável 'pessoa.grupo'. 2) Como estabelecer a proporção das ligações de uma pessoa para seu grupo sobre as ligações para os demais grupos? Exemplo: A pessoa 'b', que pertence ao grupo '2', com o qual vez '693' ligações, variável 'g.2', e suas ligações com pessoas de outros grupos pode ser obtida nas soma das variáveis 'g.1','g.3' e 'g.4'. 3) Por fim, desejo obter a média da quantidade de ligações de uma pessoa considerando o total de grupos que ela tem ligações. Exemplo: A pessoa 'v', tem ligações apenas com pessoas dos grupos 3 e 4, variáveis 'g.3' e 'g.4', logo a média de duas ligações será ((0+0+135+11)/2). Já a pessoa 'u', tem ligações com pessoas de 3 grupos, então a média seria ((0+54+33+90)/3). Bem, essas são as dúvidas. Tentei utilizar regex e paste, mas meus conhecimentos básicos não foram suficientes. Minha base completa tem 16 categorias, 'g.1' a 'g.16', e 4000 linhas. Desde já grato pela atenção. Roney

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Escolha da estrutura de correlação gnls
by Fernando Antonio de souza 27 Ago '13

27 Ago '13

Caros colegas Estou trabalhando com dados de produção de gases em vitro no qual estou ajustando um modelo de produção cumulativa de gases ao longo do tempo. Neste tipo de dados as medidas de produção de gases em tempos pŕoximos estão correlacionados e esta correlação é reduzida pela distância entre as medidas. No pacote nlme (pinheiro e Bates) fornece diversas estruturas de correlação para modelar esta dependência entre as medidas. Estou seguindo o livro do Pinheiro e Bates "Mixed-Effects Models in S and S-Plus" e neste livro ele utiliza a função ACF(função de autocorrelação empirica) para obter a correlação entre respostas a diferentes distancias (lag's) e a observação desse comportamento ajuda na escolha da estrutura a utilizar. Este procedimento, me pareceu simples para definir a estrutura AR1() , mas não para outras estruturas como ARMA1(), CAR1(). Minha dúvida é a seguinte: Como definir a melhor estrutura de correlação e como avaliar a efetividade da estrutura escolhida. P.ex:quando a correlação não reduz com o aumento da distância entre observações, ou quando ela reduz e volta a elevar-se, como definir a melhor estrutura. atenciosamente

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Pacote ltm
by Felipe Buchbinder 27 Ago '13

27 Ago '13

Professores, Estou tentando ganhar familiaridade com a função rmvordlogis do pacote ltm, de Teoria de Resposta ao Item. Para isto, tentei gerar a função tal qual descrita no arquivo de ajuda do pacote. A única diferença é que eu inclui o parâmetro model = "grm'' thetas <- lapply(1:5, function(u) c(seq(-1, 1, len = 2), 1.2)) x <- rmvordlogis(10,thetas,model = "grm") A resposta que eu obtive foi a seguinte: Erro em sample(ncatg[j], 1, prob = probs[[j]][i, ]) : probabilidade não positiva O que pode estar ocasionando este problema e como eu poderia gerar resposas para o caso GRM? Desde já obrigado! Felipe Buchbinder

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[OFF-TOPIC] Meetup sobre Visualização de Dados
by Fabrício Tavares 27 Ago '13

27 Ago '13

Olá pessoal, estou organizando o primeiro meetup sobre visualização de dados, com foco no d3js (uma biblioteca em js similar — mas mais "low level" — ao pacote ggplot2), aqui em Belo Horizonte. Quem tiver interesse, pode acessar o evento em: http://www.meetup.com/d3js-BH/events/128766152/ Se você trabalha bastante com visualizações, principalmente interativas (algo como o Shiny), ou se deseja conhecer um pouco mais sobre visualizações de dados na web, tente comparecer! Obs.: Não é necessário ter conhecimento de JavaScript para participar. Abs, Fabrício fabriciotav.org

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erros
by alanarocha＠sapo.pt 27 Ago '13

27 Ago '13

estes são os erros de grafico que estou a ter como resolvo? boxplot(dados[,-1], axes=FALSE) # O parametro axes=FALSE faz com que os eixos não sejam desenhados title(col.name="blue",main= 'Indicador Hemoglobina, semestres compreendidos entre 2009 e 2013') # Acrescenta o título do gráfico Warning message: In title(col.name = "blue", main = "Indicador Hemoglobina, semestres compreendidos entre 2009 e 2013") : "col.name" is not a graphical parameter title(col.xlab="blue",xlab= 'semestres') # Acrescenta o titulo do eixo X Warning message: In title(col.xlab = "blue", xlab = "semestres") : "col.xlab" is not a graphical parameter title(col.ylab="blue",ylab= 'Percentual') # Acrescenta o titulo do eixo Y Warning message: In title(col.ylab = "blue", ylab = "Percentual") : "col.ylab" is not a graphical parameter box() # Desenha a caixa em torno do gráfico axis(2) # Coloca o eixo Y (o 2 ali representa o eixo Y) no gráfico axis(1, 1:5, c("1s09", "1s10", "1s11", "1s12", "1s13")) # Coloca no eixo X (representado pelo 1), nos pontos 1 a 5, as etiquetas dos semestres compreendidos entre 1s09 e 1s2013 medias<-apply(dados[,-1],2,mean,na.rm=TRUE) # Calcula as médias > points(medias,col="red",pch=17) # Adiciona os pontos das médias no boxplot Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : plot.new has not been called yet

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Re: [R-br] Selecionar variáveis conforme linhas
by Éder Comunello 27 Ago '13

27 Ago '13

Corrigindo... Tinha um erro no cálculo do nlink, que retornava sempre 4... Segue a modificação. # <BEGIN> #install.packages('repmis') library(repmis) FinURL <- paste0(" https://dl.dropboxusercontent.com/u/61883020/2013-08-25-r-br.csv") data <- repmis::source_data(FinURL, sep = ",", header = TRUE) dim(data); head(data) data$new = 0; data$prop = 0; data$medlnk= 0; data$nlink=0 str(data) for (i in 1:length(data[,1])){ # para cada linha col = data[i,2]+2 # coluna do grupo dado dado = data[i,col] # dado para a coluna calculada nlink = length(which(data[i,3:6]>0)) # núm de grupos com valor (ligações) data[i,8] = dado # aloja o dado data[i,9] = dado/(data[i,7]-dado) # total - dado do grupo data[i,10] = data[i,7]/nlink # total/núm ligações data[i,11] = nlink } tail(data) #<END> > tail(data) pessoa pessoa.grupo g.1 g.2 g.3 g.4 tc new prop medlnk nlink 15 q 3 8 49 157 17 231 157 2.1216216 57.75000 4 16 r 2 27 138 33 27 225 138 1.5862069 56.25000 4 17 s 2 32 82 25 77 216 82 0.6119403 54.00000 4 18 t 3 12 16 183 3 214 183 5.9032258 53.50000 4 19 u 4 0 54 33 90 212 90 0.7377049 70.66667 3 20 v 3 0 0 135 11 211 135 1.7763158 105.50000 2 -- Éder Comunello <c <comunello.eder(a)gmail.com>omunello.eder(a)gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]

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Re: [R-br] Selecionar variáveis conforme linhas
by Éder Comunello 27 Ago '13

27 Ago '13

Roney, bom dia! Não deve ser a melhor forma, mas o código abaixo pode ser um começo... # <BEGIN> #install.packages('repmis') library(repmis) FinURL <- paste0(" https://dl.dropboxusercontent.com/u/61883020/2013-08-25-r-br.csv") data <- repmis::source_data(FinURL, sep = ",", header = TRUE) dim(data); head(data) data$new = 0; data$prop = 0; data$medlnk= 0 str(data) for (i in 1:length(data[,1])){ # para cada linha col = data[i,2]+2 # coluna do grupo dado dado = data[i,col] # dado para a coluna calculada nlink = length(data[1,3:6]>0) # núm de grupos com valor (ligações) data[i,8] = dado # aloja o dado data[i,9] = dado/(data[i,7]-dado) # total - dado do grupo data[i,10] = data[i,7]/nlink # total/núm ligações } head(data) #<END> > head(data) pessoa pessoa.grupo g.1 g.2 g.3 g.4 tc new prop medlnk 1 a 3 360 913 1407 674 3354 1407 0.7226502 838.50 2 b 2 235 693 588 384 1900 693 0.5741508 475.00 3 c 4 355 435 285 524 1599 524 0.4874419 399.75 4 e 3 37 129 258 80 504 258 1.0487805 126.00 5 f 1 317 40 14 95 466 317 2.1275168 116.50 6 g 2 17 216 88 27 348 216 1.6363636 87.00 -- Éder Comunello <c <comunello.eder(a)gmail.com>omunello.eder(a)gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]

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path analysis - pacote agricolae
by Heloíse Pavanato 26 Ago '13

26 Ago '13

Boa noite, Estou com uma dúvida sobre path analysis no pacote agricolae. No exemplo do manual do pacote se usa a correlação de Pearson para depois computar os coeficientes da análise. Minha dúvida é se posso utliizar correlação de Spearman ao invés, já que meus dados não são normais, gostaria de saber se isso bastaria. Se alguém tiver alguma outra sugestão será muito bem-vinda. O CRM segue abaixo: # dados: y <- c(77, 92, 94, 95, 79, 87, 91, 70, 65, 69, 68, 56, 71, 67, 62, 95, 91, 78, 90, 85, 83, 78, 65, 77, 87, 43, 55, 63, 66, 87, 67, 70, 69, 30, 28, 44, 67, 89, 82, 36, 60, 52, 14, 19, 51, 22, 37, 15, 86, 79, 31, 35, 15, 96, 89, 88, 92, 90, 18, 15, 13, 93, 95, 83, 95, 100, 100, 84, 90, 93, 74, 78, 73, 69, 75, 67, 68, 100, 95, 94, 94, 88, 93, 83, 73, 88, 95, 71, 69, 71, 74, 100, 71, 77, 73, 56, 52, 62, 75, 93, 88, 44, 72, 60, 27, 33, 69, 35, 44, 27, 93, 87, 56, 52, 27, 98, 94, 90, 96, 95, 26, 20, 16, 94, 97, 100) temp <- c(26.26, 26.26, 26.26, 26.26, 26.26, 26.26, 26.26, 25.83, 25.83, 25.83, 25.83, 25.83, 25.83, 25.83, 25.83, 26.40, 26.40, 26.40, 26.40, 26.40, 26.40, 26.40, 26.40, 26.13, 26.13, 26.13, 26.13, 26.13, 26.13, 26.13, 26.13, 25.60, 25.60, 25.60, 25.60, 25.60, 25.60, 25.60, 25.60, 24.96, 24.96, 24.96, 24.96, 24.96, 24.96, 24.96, 24.96, 25.30, 25.30, 25.30, 25.30, 25.30, 25.30, 25.30, 25.30, 26.76, 26.76, 26.76, 26.76, 26.76, 26.76, 26.76, 26.76, 24.36, 24.36, 24.36, 24.36, 24.36, 24.36, 24.36, 23.80, 23.80, 23.80, 23.80, 23.80, 23.80, 23.80, 24.26, 24.26, 24.26, 24.26, 24.26, 24.26, 24.26, 24.26, 23.70, 23.70, 23.70, 23.70, 23.70, 23.70, 23.70, 23.70, 23.06, 23.06, 23.06, 23.06, 23.06, 23.06, 23.06, 23.06, 21.93, 21.93, 21.93, 21.93, 21.93, 21.93, 21.93, 21.93, 22.30, 22.30, 22.30, 22.30, 22.30, 22.30, 22.30, 22.30, 24.00, 24.00, 24.00, 24.00, 24.00, 24.00, 24.00, 24.00, 24.00) pluv <- c(136.6, 136.6, 136.6, 136.6, 136.6, 136.6, 136.6, 136.0, 136.0, 136.0, 136.0, 136.0, 136.0, 136.0, 136.0, 112.3, 112.3, 112.3, 112.3, 112.3, 112.3, 112.3, 112.3, 65.3, 65.3, 65.3, 65.3, 65.3, 65.3, 65.3, 65.3, 66.0, 66.0, 66.0, 66.0, 66.0, 66.0, 66.0, 66.0, 65.0, 65.0, 65.0, 65.0, 65.0, 65.0, 65.0, 65.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 53.0, 254.6, 254.6, 254.6, 254.6, 254.6, 254.6, 254.6, 256.6, 256.6, 256.6, 256.6, 256.6, 256.6, 256.6, 231.3, 231.3, 231.3, 231.3, 231.3, 231.3, 231.3, 231.3, 142.6, 142.6, 142.6, 142.6, 142.6, 142.6, 142.6, 142.6, 126.6, 126.6, 126.6, 126.6, 126.6, 126.6, 126.6, 126.6, 118.0, 118.0, 118.0, 118.0, 118.0, 118.0, 118.0, 118.0, 110.6, 110.6, 110.6, 110.6, 110.6, 110.6, 110.6, 110.6, 57.6, 57.6, 57.6, 57.6, 57.6, 57.6, 57.6, 57.6, 57.6) # shapiro-wilk shapiro.test(y) shapiro.test(x$temperatura) # não é normal! shapiro.test(x$pluviosidade) x <- data.frame(temp,pluv) # path analysis require(agricolae) cor.y <- correlation(y,x)$correlation cor.x <- correlation(x)$correlation path.analysis(cor.x,cor.y) Grata, Heloise

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Fábio, let's connect on LinkedIn
by Iago Carvalho Cunha via LinkedIn 26 Ago '13

26 Ago '13

LinkedIn ------------ Iago Carvalho Cunha requested to add you as a connection on LinkedIn: ------------------------------------------ I'd like to add you to my professional network on LinkedIn. Accept invitation from Iago Carvalho Cunha http://www.linkedin.com/e/-33g73l-hku2i88j-z/vhj1xG42iBdUFK5d_HMEGL4iFMC511… View profile of Iago Carvalho Cunha http://www.linkedin.com/e/-33g73l-hku2i88j-z/rso/282741063/Q3Ds/name/827774… ------------------------------------------ You are receiving Invitation emails. This email was intended for Fábio Corrêa. Learn why this is included: http://www.linkedin.com/e/-33g73l-hku2i88j-z/plh/http%3A%2F%2Fhelp%2Elinked… (c) 2012, LinkedIn Corporation. 2029 Stierlin Ct, Mountain View, CA 94043, USA.

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Mapa com as Regiões de Minas Gerais
by Alisson Lucrecio 24 Ago '13

24 Ago '13

Caro colegas r-br, Boa tarde. Eu estou precisando de uma mapa com as coordenas da regiões de Minas Gerais e de preferencia com as principais cidades, Algum de você saberiam me informar? Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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Extrair string usando padrão de caracteres
by Thiago V. dos Santos 23 Ago '13

23 Ago '13

Olá pessoal, Digamos que eu tenha uma lista com os nomes de vários arquivos: i <- c("./maize-yield.csv", "./rice-yield.csv", "./soybean-yield.csv", "./sugarcane-yield.csv", "./wheat-yield.csv") e eu precise extrair os caracteres após a barra ("/") e antes do hífen ("-") , ou seja, o nome das culturas. Qual comando ou combinação de comandos eu devo usar para chegar ao seguinte resultado? > ii [1] "maize" "rice" "soybean" "sugarcane" "wheat" Agradece desde já, -- Thiago V. dos Santos PhD student Land and Atmospheric Science University of Minnesota http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/ind… Phone: (612) 323 9898

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get coordinates of patches (clumps) in a raster map
by Ludmila Rattis 21 Ago '13

21 Ago '13

Prezados, Preciso extrair as coordenadas dos centroides de diferentes clumps de um raster. Para isso, usei o seguinte código: p <- data.frame(rasterToPoints(meu_raster)) a<- p[p$layer > 0,] c<-sapply(split(p[, c("x", "y")], p$layer), colMeans) Contudo, esse código não está funcionando. Alguém saberia me dizer como posso obter tais coordenadas? []'s *Ludmila Rattis* Programa de Pós-graduação em Ecologia/UNICAMP Conservation Biogeography Lab http://www.wix.com/rdloyola/lab <http://sites.ffclrp.usp.br/ficus>

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Livros ou materiais sobre VarSelRF
by Alisson Lucrecio 21 Ago '13

21 Ago '13

Caro Colegas, Eu estou precisando estudar sobre a função varselRF para seleções de variáveis, assim estou precisando de algum livro ou material. Você teriam algo que poderiam me recomendar? Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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comparação codigo R
by alanarocha＠sapo.pt 21 Ago '13

21 Ago '13

Bom dia, eu tenho o seguinte excerto de dados: Clínica 1s09 1s10 1s11 1s12 1s13 1 Arcos de Valdevez 70,5% 73,9% 75,7% 81,0% 77,9% 2 Braga 72,5% 79,9% 77,3% 73,4% 81,8% 3 Fafe 74,7% 74,7% 71,1% 74,4% 80,0% 4 Maia 76,7% 72,7% 77,3% 78,1% 80,5% 5 VNGaia 84,6% 84,3% 83,4% 81,8% 73,3% 6 SMFeira 73,0% 73,8% 76,7% 79,4% 68,5% pretendo comparar para saber qual o melhor em média, comparar tambem seus desvios padroes, variancias, medianas e amplitudes. Qual a melhor função para fazer isto e se posso comparar os 5 semestres juntos ou se tem de ser 2 a 2. obrigada. cumprimentos Ana Rocha

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GIS - matriz de distância entre polígonos
by Ludmila Rattis 20 Ago '13

20 Ago '13

Oi pessoal, Estou tentando criar uma matriz de distância entre todos os polígonos de um shape. Alguém tem ideia de qual pacote ou função posso usar? [ ]'s *Ludmila Rattis* Programa de Pós-graduação em Ecologia/UNICAMP Conservation Biogeography Lab http://www.wix.com/rdloyola/lab <http://sites.ffclrp.usp.br/ficus>

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ExpDes
by Natalia Martins 20 Ago '13

20 Ago '13

Boa tarde prezados, estou fazendo uma anova com 3 fatores e bloco fat3.rbd(hibrido, populacao, zona, bloco, Prod, sigT = 0.1, sigF = 0.1) No entanto, a analise nao 'e finalizada pois o teste de shapiro nao 'e aplicado para amostras maiores que 5000. Por favor o que devo fazer para utilizar esse pacote? Att -- Natália da Silva Martins Contato: (19) 8306-4743

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OFF-TOPIC: Curso RNA-Seq usando R/BioConductor
by Benilton Carvalho 20 Ago '13

20 Ago '13

Prezados, peço desculpas pelo OT, mas aproveito esta oportunidade para anunciar a realizacao de um curso de análise de dados de RNA-Seq em Recife/PE, a partir de 28 de Outubro. Vejam detalhes no flyer 'linkado' abaixo, contaremos com a participação de alguns nomes interessantes, como: Robert Gentleman (o criador do R e do BioConductor), Martin Morgan (o atual diretor do BioConductor) e Wolfgang Huber (autor de vários pacotes, incluindo o DESeq e vsn). https://dl.dropboxusercontent.com/u/83643/RnaSeqRecife.pdf Os custos incluem acomodação e alimentação. Att, benilton

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Dúvida: Utilizando o RCurl para preencher formulários
by Rogério Barbosa 20 Ago '13

20 Ago '13

Olá, Estou tentando aprender a mexer com o RCurl para postar formulários web. Mas não estou tendo muito sucesso com o uso da função postForm. Abaixo há dois exemplos de tentativas minhas... ambas não deram certo. Alguma dica? abraços, Rogério J. Barbosa ######## Exemplo 1 - Preenchimento de um Google Form require(XML) require(RCurl) # Página com o formulário url = " https://docs.google.com/forms/d/1daaGo7XZaaGGPvTOconG8QZItqaLeIZmSpPPcgxTJv… " # Define o a ser usado certificado options(RCurlOptions = list(cainfo = system.file("CurlSSL", "cacert.pem", package = "RCurl"))) #Baixa a url orig = getURLContent(url=url) #Parsing... doc = htmlParse(orig[[1]], asText=TRUE) # Obtem os formulários forms = getNodeSet(doc, "//form") forms[[1]] #exibe o primeiro # Mostra os nodes do tipo "input" que devem ser preenchidos no formulário getNodeSet(forms[[1]], ".//input") # Mostra os nodes do tipo "select" que devem ser preenchidos no formulário getNodeSet(forms[[1]], ".//select") # Tentativa de postar o formulário ---------- "Error: Method Not Allowed" htmlParse(postForm(url, "entry.1945263135"="Option 1", "entry.1427156778"="", "entry.296661609"="Option 1", "entry.1456907668"="Option 1", style = 'POST')) ################################### ######## Exemplo 2 - Tentativa de prencher um fomulario em que o botão de submissão é uma ######## funçao javascript url = " http://www.javascript-coder.com/files/form-submit/javascript-form-submit-ex… " # Preenchimento do formulario ---------- não acontece nada, não submete htmlParse(postForm(url, "query"="bla", .opts=curlOptions( referer=url,verbose = TRUE, followLocation = TRUE) ) )

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Passar parâmetro para with() dentro de uma função
by Rodrigo Coster 19 Ago '13

19 Ago '13

Caros, eu tenho uma função que me retorna um data.frame() com várias colunas que vou utilizar para outros calculos. Eu queria facilitar a minha vida e colocar esses calculos dentro da função, como um parâmetro (dado que não existe somente um calculo). Encontrei uma maneira de fazer isso fora da função pelo with() ou até mesmo evalq(), só que não consegui fazer isso dentro da função. Eu entendo os erros que dão e concordo com eles, mas não consegui encontrar uma maneira que funcione. Basicamente é isso: dados <- data.frame(x=1:10, v1=rnorm(10), v2=rnorm(10)) with(dados, v1+v2) # Fora da função funciona func <- function(data, func) { with(dados, func) } func(dados, v1+v2) # Da erro na hora de chamar a função func(dados, 'v1+v2') # Retorna o string Alguma sugestão/solução?

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Modelo Random Forest em ambiente de produção.
by Fabrício Barth 19 Ago '13

19 Ago '13

Pessoal, Usei o algoritmo randomForest do pacote http://cran.r-project.org/web/packages/randomForest/randomForest.pdf para criar um classificador com 80% de acurácia. Quero utilizar este modelo (classificador) em ambiente de produção, integrado a uma aplicação escrita em Ruby. Para implementar a integração eu já fiz alguns testes com: 1) RApache: http://rapache.net/ 2) Rserver: http://www.rforge.net/Rserve/doc.html 3) RinRuby: https://sites.google.com/a/ddahl.org/rinruby-users/ 4) RScript: http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/utils/html/Rscript.html 5) R com a opção "-e EXPR" via bash do unix. 6) Exportar o modelo usando PMML ( http://journal.r-project.org/archive/2009-1/RJournal_2009-1_Guazzelli+et+al…) e importá-lo no ruby. No entanto, nenhuma das opções é rápida e robusta o sufiente para processar 4e+09 requisições em no máximo 4 horas. Aliás, se eu fosse fazer um ranking das opções, eu diria que em primeiro lugar está "R com a opção "-e EXPR" via bash do unix", seguido por RScript, depois RinRuby e depois todas as outras alternativas. A parte em Ruby já foi desenvolvida para processar paralelamente em várias máquinas. No entanto, o gargalo da aplicação está sendo a execução do modelo em R. Alguém conhece alguma forma para converter um modelo preditivo em R (no caso, randomForest) para uma estrutura em C ou Ruby? Valeu! -- Fabrício J. Barth http://fbarth.net.br http://blog.fbarth.net.br http://twitter.com/fbarth http://www.flickr.com/fbarth

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Text Mining
by Vinicius Brito Rocha 19 Ago '13

19 Ago '13

Pessoal, sabe me dizer se no pacote tm ou no RCurl, existe alguma função para extrair o conteúdo de uma pagina baixada via getURL? Ou seja, apenas o texto do corpo principal da página. Abs -- *Vinicius Brito Rocha.* *Estatístico e Atuário ** M.Sc. Engenharia de Produção/PO*

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'If' dentro do 'Else'
by Arthur Telles Calegario 19 Ago '13

19 Ago '13

Oi pessoal,Estou com uma dificuldade de efetivar um 'if' dentro do 'else'.É possível fazer isso né? Estou trabalhando com uma técnica de agrupamento baseado na "transferência de entropia mútua" que é a matriz do exemplo.Grifei o problema em amarelo.Se puderem me ajudar.Agradecido,Arthur. #Exemplo: col1=c(1,0.45,0.25,0.18,0.14,0.22,0.26,0.41)col2=c(0.54,1,0.50,0.15,0.15,0.3,0.27,0.28)col3=c(0.2,0.52,1,0.21,0.17,0.5,0.22,0.26)col4=c(0.13,0.17,0.28,1,0.4,0.22,0.5,0.16)col5=c(0.12,0.15,0.15,0.42,1,0.19,0.31,0.14)col6=c(0.2,0.32,0.49,0.25,0.21,1,0.23,0.2)col7=c(0.21,0.25,0.19,0.48,0.29,0.19,1,0.21)col8=c(0.47,0.32,0.29,0.22,0.15,0.23,0.2,1) dados=cbind(col1,col2,col3,col4,col5,col6,col7,col8) # matrix DIT (direcional information transfer) #Prática Dit=dadosthreshold=0.35grupos=list(0,0,0,0,0,0,0,0) # 8 pois é o máximo número de grupos #lógica 1for (i in 1:ncol(dados)) { for (j in i:ncol(dados)) { if ((Dit[i,j]>=threshold && Dit[j,i]>=threshold) && Dit[i,j]!=1) #condição para agrupar --> i e j > thresold for (k in 1:i) #verificar se i ou j estão em algum grupo anterior { if (sum(grupos[[k]])==i | sum(grupos[[k]])==j) {grupos[[k]]=cbind(grupos[[k]],i,j)} else {(if (grupos[[k]]==0) {grupos[[k]]=c(i,j)})} ##Problema: fazer if dentro do else } } }

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referência - violação normalidade ANOVA
by Heloíse Pavanato 16 Ago '13

16 Ago '13

Boa tarde, Alguém tem uma sugestão de referência sobre violação do pressuposto de normalidade em análise de variâncias? Grata, Heloise

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Artigo de geoestatística com rastreamento de veículos
by Mauro Sznelwar 16 Ago '13

16 Ago '13

Alguém tem artigo do Geoestatística sobre rastreamento de veículos, ou alguma coisa no genero para área de transposrtes? Pode ser em outro idioma. Desde já agradeço!

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function heplot package heplots
by Alisson Lucrecio 15 Ago '13

15 Ago '13

Caro Colegas, Boa tarde. Eu estou precisando ter acesso ao código da função "heplot" ou alguma similar para poder plotar uma discriminante canônica. Algum de vcs poderia me ajudar? Obrigado Alisson Lucrécio da Costa

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MAIúSCULA- MINúSCULA
by Edson Lira 15 Ago '13

15 Ago '13

Bom dia a todos. Tenho um banco de dados aonde foram digitados todos os dados com as letras maiúsculas. Como faço no R para corrigir, ou seja, para formatar para letras minúsculas? [ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Gráfico
by Emerson Cotta Bodevan 14 Ago '13

14 Ago '13

Prezados membros da lista. Gostaria de saber se o R faz o gráfico que se encontra na fig 1 do artigo em anexo. International Journal of Food Microbiology Evaluation of lactic acid bacteria and yeast diversity in traditional white pickled and fresh soft cheeses from the mountain regions of Serbia and lowland regions of Croatia doi: 10.1016/j.ijfoodmicro.2013.05.032 Não sei o nome do gráfico. Agradeço qualquer ajuda. Att., * Emerson*

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Experimento em parcela sub-subdividida no tempo
by Raphael Antonio Prado Dias 14 Ago '13

14 Ago '13

Olá, peço ajuda, preciso realizar uma ANOVA de um experimento no delineamento em blocos casualizados, em que as variedades foram aplicadas ao nível de parcelas, doses de hormônios foram aplicados ao nível de subparcelas e a variável responta foi medida ao longo do tempo. Alguém tem um material e/ou script para me fornecer que possa me ajudar? Obrigado e bom dia! ============================================================= Raphael Antonio Prado Dias e-mail: raphael.dias(a)muz.ifsuldeminas.edu.br <http://carpa.ciagri.usp.br/sm/src/compose.php?send_to=rapdias%40esalq.usp.br> Professor do IFSULDEMINAS - Muzambinho-MG Doutorando em Estatística e Experimentação Agronômica Universidade de São Paulo - USP Escola Superior de Agricultura “Luiz de Queiroz” – ESALQ Piracicaba - SP - Brasil =============================================================

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Material sobre Regressão Logística Ordinal
by Monica Magnanini 14 Ago '13

14 Ago '13

Bom dia, Estou começando a estudar Regressão Logística Ordinal. Alguém teria um bom material para indicar? Abs Monica Magnanini IESC/UFRJ

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Base de dados
by Edmar Caldas 13 Ago '13

13 Ago '13

Olá pessoal Queria saber se alguém tem alguma arquivo / Base de dados de exemplo de credit scoring? ou aonde poderia conseguir? Obrigado. Edmar

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Re: [R-br] Tukey e plot
by Marcos Paulo Felizardo 13 Ago '13

13 Ago '13

Então, estas funções elas mudariam o gráfico, mas pelo que estudei nos documentos do R, não me trazem a possibilidade da separação das sete propriedades como citei acima. Preciso especificar melhor o meu problema. Tenho dados de área e diâmetro máximo, nas linhas que colocarei abaixo eu faço a comparação do teste e da replicata. Area<-data.frame(Teste=gl(2,465),Area=c(t2$Area,t3$Area)) factor(Area$Teste) Area.aov<-aov(Area$Area~Area$Teste) TukeyArea<-TukeyHSD(Area.aov,ordered=TRUE)plot(TukeyArea) ##O gráfico gerado é <http://www1.datafilehost.com/d/d4f9cd50> Dmax<-data.frame(Teste=gl(2,465),Dmax=c(t2$Dmax,t3$Dmax)) is.factor(Dmax$Teste) Dmax.aov<-aov(Dmax$Dmax~Dmax$Teste) TukeyDmax<-TukeyHSD(Dmax.aov,ordered=TRUE)plot(TukeyDmax) ##O gráfico gerado é <http://www1.datafilehost.com/d/98e6c918> Mas neste caso eu teria dois gráficos um para Área e outro para o Diâmetro máximo (Dmax). Para deixar mais concisa a minha análise eu gostaria de colocar estes dois dados no mesmo gráfico, e aí que fica o problema, pois ao tentar fazer isso consegui colocar os dois um do lado do outro particionando o dispositivo gráfico. Mas eu queria plotar essas duas análises como se truncando o eixo y e numa linha do eixo y apresentar os dados do TukeyArea e numa linha superior os dados de TukeyDmax utilizando a mesma escala do eixo x. Alguém sabe como me ajudar sobre funções que me possibilitam isso, ou que seria possível realizar algo semelhante. Por favor me ajudem, aqui no meu departamento não encontro ninguém que trabalha com R. Desde já agradeço. Marcos Paulo Felizardo RE: A funcao cld e plot.cld do pacote multcomp faz isso para vc. Veja documentacao Olá, peço ajuda, estou realizando uma análise inferencial e estou usando gráficos para mostrar o quanto a diferença entre as médias estão longe de 0. Com as seguintes linhas: Area<-data.frame(Teste=gl(2,465),Area=c(t2$Area,t3$Area)) factor(Area$Teste) Area.aov<-aov(Area$Area~Area$Teste) TukeyArea<-TukeyHSD(Area.aov,ordered=TRUE) plot(TukeyArea) Nestas linhas peguei a propriedade Área, mas são 7 propriedades do material analisado. Mas não sei como realizar a plotagem destas sete propriedades no mesmo gráfico. Já encontrei diferentes modos de colocar lado a lado, particionando o dispositivo gráfico, mas, a minha necessidade seria ter o gráfico com as sete propriedades comparadas nos dois testes (t2 e t3) utilizando o mesmo eixo x. Alguém pode me ajudar, por favor. Muito obrigado Marcos Paulo Felizardo

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Boxplot ordem
by Polliana Zocche 13 Ago '13

13 Ago '13

Olá, novamente, Procurei nos tópicos sobre como ordenar boxplot e não encontrei a solução. Tenho um boxplot feito com a interação de duas variáveis. box2009 = boxplot(x~setor*trat, ano2009, ylab="Riqueza/m²") A ordem das caixas que vem são: "Fr.Adj" "Fu.Adj" "Fr.Dalb" "Fu.Dalb" E eu quero trocar para: "Fr.Adj", "Fr.Dalb", "Fu.Dalb", "Fu.Adj" Vi que mexendo em factor() e colocando: factor = factor(box2009, levels=c("Fr.Adj", "Fr.Dalb", "Fu.Dalb", "Fu.Adj")) Era pra dar certo, mas na verdade vem este erro: Error in model.frame.default(formula = x ~ factor, data = ano2009) : variable lengths differ (found for 'factor') Alguém tem uma sugestão de como poderia mudar essa ordem? Muito obrigada e boa noite! Polliana -- Polliana Zocche de Souza Bióloga/Mestre em Ecologia Doutoranda em Ecologia Departamento de Biologia Vegetal, IB, UNICAMP

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Re: [R-br] Vista do OpenStreetMap
by Éder Comunello 13 Ago '13

13 Ago '13

Gilbert e colegas, boa tarde! Tenho esse trecho de código que pode servir pra testar. #install.packages("OpenStreetMap", dep=T) #Pacotes exigidos: c("OpenStreetMap", "rJava", "raster", "sp", "rgdal") require(OpenStreetMap) #Dourados-MS map1 <- openmap(c(lat=-21.5, lon=-56), c(lat=-23, lon=-54.5), minNumTiles=4, type="esri") map2 <- openmap(c(lat=-21.5, lon=-56), c(lat=-23, lon=-54.5), minNumTiles=4, type="esri-topo") plot(map1) plot(map2) #opcoes <- c("osm", "maptoolkit-topo", "waze", "mapquest", "mapquest-aerial", # "bing", "stamen-toner", "stamen-terrain", "stamen-watercolor", # "osm-german", "osm-wanderreitkarte", "mapbox", "esri", "esri-topo", # "nps", "apple-iphoto", "skobbler", "opencyclemap", "osm-transport", # "osm-public-transport", "osm-bbike", "osm-bbike-german") At.te, -- Éder Comunello <c <comunello.eder(a)gmail.com>omunello.eder(a)gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]

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ggplot2 geom_bar scale_y_continuous
by Alisson Lucrecio 13 Ago '13

13 Ago '13

Caro Colegas r-br, Boa tarde. Eu estou tentando usar esse script para plotar um gráfico de barra no ggplot2, mas quando coloco limits = c(2, 3) as barras não aparecem. Vocês sabem como resolver esse problema? ggplot(deployment, aes(x = Grupo, y = Means)) + facet_grid(. ~ Metodo) + geom_bar(stat = 2, position = "dodge") + geom_errorbar(data = deployment, aes(y=Means, ymin = min, ymax=max), width=0.1, position="identity") + geom_text(data = deployment, aes(x = Grupo, y = max, label = SK), parse=T, hjust=0.5, vjust=-0.5, size=5) + scale_y_continuous(limits = c(2, 3), breaks=seq(2,3,0.25)) Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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Tukey e plot
by Marcos Paulo Felizardo 13 Ago '13

13 Ago '13

Olá, peço ajuda, estou realizando uma análise inferencial e estou usando gráficos para mostrar o quanto a diferença entre as médias estão longe de 0. Com as seguintes linhas: Area<-data.frame(Teste=gl(2,465),Area=c(t2$Area,t3$Area))factor(Area$Teste)Area.aov<-aov(Area$Area~Area$Teste)TukeyArea<-TukeyHSD(Area.aov,ordered=TRUE)plot(TukeyArea) Nestas linhas peguei a propriedade Área, mas são 7 propriedades do material analisado. Mas não sei como realizar a plotagem destas sete propriedades no mesmo gráfico. Já encontrei diferentes modos de colocar lado a lado, particionando o dispositivo gráfico, mas, a minha necessidade seria ter o gráfico com as sete propriedades comparadas nos dois testes (t2 e t3) utilizando o mesmo eixo x. Alguém pode me ajudar, por favor. Muito obrigado Marcos Paulo Felizardo

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Vista do OpenStreetMap
by Gilbert Queiroz 13 Ago '13

13 Ago '13

Olá pessoal!!! Estou tentando abrir uma vista do OpenStreetMap no R mas estou tendo problemas. Baixei o pacote, mas existe um erro de conexão, mas não é da internet. O que pode ser???? Abs.

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Função de busca em um arquivo de dados
by Tiago Souza Marçal 13 Ago '13

13 Ago '13

Prezados, estou com uma dificuldade de criar uma função de busca em um data.frame(). A situação é a seguinte eu tenho um arquivo de dados com rótulos identificados em ordem crescente de 1 a n. carac id 1 A1 1 2 A2 2 3 A3 3 4 A4 4 5 A5 5 6 B2 6 7 B3 7 8 C4 8 9 C8 9 10 C9 10 Agora eu sorteei 3 números aleatórios das identificações (9,3,5). Gostaria que esta função capturasse os rotulos da coluna carac na sequencia dos números sorteados aleatoriamente (9,3,5) CMR: carac=c("A1","A2","A3","A4","A5","B2","B3","C4","C8","C9") id=1:10 id2=c(9,3,5) dados=data.frame(carac,id) dados Att. Tiago. ################################################################# Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas #################################################################

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Seleção dados em 2 categorias
by Polliana Zocche 12 Ago '13

12 Ago '13

Olá, Pessoal, Preciso de um subset de uns dados de acordo com 2 condições, mas não estou conseguindo. data09e13 ano num setor trat spp pmed 3450 2013 42 Fr Adj Oxipetalum tomentosum 2.5 3451 2013 42 Fr Adj Alternanthera maritima 10.0 3452 2013 42 Fr Adj Achyrocline satureioides 20.0 3458 2013 43 Fr Adj Dalbergia ecastophyllum 20.0 3459 2013 43 Fr Adj Ipomoea imperati 2.5 3460 2013 43 Fr Adj Oxipetalum tomentosum 2.5 3461 2013 43 Fr Adj Noticastrum malmei 20.0 3462 2013 43 Fr Adj Remiria maritima 37.5 3463 2013 43 Fr Adj Spartina ciliata 20.0 3464 2013 43 Fr Adj Alternanthera maritima 10.0 3472 2013 44 Fr Adj Achyrocline satureioides 10.0 3473 2013 44 Fr Adj Remiria maritima 10.0 3474 2013 44 Fr Adj Conyza sp. 2.5 3475 2013 44 Fr Adj Dichondra repens 2.5 3476 2013 44 Fr Adj Alternanthera maritima 20.0 3477 2013 44 Fr Adj Oxipetalum tomentosum 2.5 3478 2013 44 Fr Adj Noticastrum malmei 10.0 3479 2013 44 Fr Adj Senecio crassiflorus 2.5 3480 2013 44 Fr Adj Spartina ciliata 20.0 3481 2013 44 Fr Adj Hidrocotile bonariensis 2.5 Quero selecionar as espécies com o mesmo data09e13$num onde Dalbergia esteja presente. Ou seja, nesse conjunto de exemplo, eu quero somente os dados de data09e13$num 43, único num onde ela ocorre. 3458 2013 43 Fr Adj Dalbergia ecastophyllum 20.0 3459 2013 43 Fr Adj Ipomoea imperati 2.5 3460 2013 43 Fr Adj Oxipetalum tomentosum 2.5 3461 2013 43 Fr Adj Noticastrum malmei 20.0 3462 2013 43 Fr Adj Remiria maritima 37.5 3463 2013 43 Fr Adj Spartina ciliata 20.0 3464 2013 43 Fr Adj Alternanthera maritima 10.0 Como faço para acessar os dados dessa forma? Obrigada! Polliana. -- Polliana Zocche de Souza Bióloga/Mestre em Ecologia Doutoranda em Ecologia Departamento de Biologia Vegetal, IB, UNICAMP

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Questão de concurso...
by andrebvs＠bol.com.br 12 Ago '13

12 Ago '13

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Re: [R-br] Problema com decimais
by Éder Comunello 11 Ago '13

11 Ago '13

Caro Sérgio, boa noite! Também havia me deparado com isso há algum tempo atrás e pelo que pude ver é devido ao default de dígitos significantes do comando summary(). No meu caso é 4 (7-3). ## Default S3 method: summary(object, ..., digits = max(3, getOption("digits")-3)) Você pode mudar o valor, mas me parece que não tem efeito além de 7 digitos. summary(dados, digits=7) Tem um tópico na lista internacional do R que relaciono abaixo... [R] inconsistent behavior of summary function https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2011-October/291602.html At.te, -- Éder Comunello <c <comunello.eder(a)gmail.com>omunello.eder(a)gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]

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Função str()
by Tiago Souza Marçal 11 Ago '13

11 Ago '13

Prezados, andei dando uma olhada na saída do str() do exemplo da função aov() e fiquei com uma dúvida. Como posso definir a saída de dados para que eles apareçam de forma resumida no formato Named num como mostrado abaixo: List of 13 $ coefficients : Named num [1:13] 54.88 1.71 1.68 -1.82 -1.01 ... ..- attr(*, "names")= chr [1:13] "(Intercept)" "block1" "block2" "block3" ... $ residuals : Named num [1:24] -1.39 4.47 -5.03 1.94 -5.3 ... ..- attr(*, "names")= chr [1:24] "1" "2" "3" "4" ... $ effects : Named num [1:24] -268.83 4.84 8.23 -12.63 -9.07 ... Att. Tiago. ################################################################# Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas #################################################################

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Problema com decimais
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 11 Ago '13

11 Ago '13

Prezados Estou trabalhando com um banco que tem uma variável numérica com duas decimais. Quando leio o banco ele mostra essa variável com as decimais, porém toda análise que faço os resultados não mostram as decimais. O que pode estar dando errado? Ex. dados <- read.csv("BANCO.csv",dec=",", sep=";", stringsAsFactors=FALSE) dput(dados) structure(list(VAR = c("PJ", "PJ", "PF", "PF", "PJ", "PJ", "PJ", "PF", "PJ", "PJ", "PF", "PJ", "PJ", "PJ"), Saldo = c(99514,04, 49781,73, 49731,17, 49723,11, 398253,84, 49805,66, 49764,19, 100363,2, 49739,54, 99580,98, 49781,73, 198958,16, 49739,54, 49830,54)), .Names = c("VAR", "Saldo"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -14L)) > summary(dados) VAR Saldo Length:14 Min. : 49723 Class :character 1st Qu.: 49746 Mode :character Median : 49794 Mean : 96040 3rd Qu.: 99564 Max. :398254 > tapply(dados$Saldo, list(VAR=dados$VAR), sum, na.rm=TRUE) VAR PF PJ 6111262 82400812 Abraços -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 68463637 http://www.linkedin.com/profile/view?id=250437145&trk=tab_pro

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extrapolacao de numero de espécies
by rodrigo koblitz 11 Ago '13

11 Ago '13

Buenos, Ecologia. estou querendo fazer a previsão de espécies de uma comunidade com a 'unconditional variance'. No 'vegan' os prórpios autores advertem:´The functions are based on assumption that there is a species pool: The community is closed so that there is a fixed pool size *S_P*. Such cases may exist, although I have not seen them yet. All indices are biased for open communities.´ Procurei no BiodiversityR, mas nada. Se alguém tiver trabalhando ou souber de alguém que tenha algum script que gere essa variancia e puder diponibilizar.... bom estou interessado. abs, Koblitz

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R em pesquisa operacional
by Zhu Sha Zang 09 Ago '13

09 Ago '13

-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- Hash: SHA256 Bom dia, alguém tem material específico do R para trabalhar com otimização e "tomada de decisão"? De fato, algum material onde se compara o uso do R no lugar do Solver®? Att - -- - --- Rodolfo T. da Silva -----BEGIN PGP SIGNATURE----- Version: GnuPG v2.0.20 (GNU/Linux) Comment: Using GnuPG with Thunderbird - http://www.enigmail.net/ iF4EAREIAAYFAlIEwiYACgkQSYE5fAFtI6skegD+I9ed8J3HyPSWkPwsjxK3fzlt FzHbk7wDhTuYlrHwVPoA/3NkvC3mr49CAasl+ZjzSFOjj0+cXGMUoE6OsNcn7kX7 =BxU5 -----END PGP SIGNATURE-----

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Popular um data.frame em dois loops
by Thiago V. dos Santos 09 Ago '13

09 Ago '13

Pessoal, Estou fazendo um loop para variáveis (tair, tsoil, biomass, lai) e dentro desse loop estou fazendo outro com anos (2005, 2006, 2007) etc. Ao final dos dois loops, gostaria de ter um data.frame assim: > d var date value 1 tair 2005-01-01 10 2 tair 2006-01-01 20 3 tair 2007-01-01 30 4 tair 2008-01-01 40 5 tsoil 2005-01-01 10 6 tsoil 2006-01-01 20 7 tsoil 2007-01-01 30 8 tsoil 2008-01-01 40 etc etc Qual é o meio mais eficiente para fazer isso? Talvez até exista uma forma mais rápida de fazer isso do que usar loops, então qualquer sugestão será muito bem-vinda. Segue o CMR (que não está eficiente, é só para fins de compreensão do problema): ------------------------------------------------------------------------------------------------------------- library(raster) # Create random rasterstack and set names r1 <- r2 <- r3 <- r4 <- raster(nrow = 50, ncol = 100) r1[] <- 10 r2[] <- 20 r3[] <- 30 r4[] <- 40 s <- stack(r1, r2, r3, r4) # Set years names(s) <- c('X2005.01.01', 'X2006.01.01', 'X2007.01.01', 'X2008.01.01') # Create random variable names vars <- c('tempsoi', 'tempair', 'biomass', 'lai') for( i in 1:length (vars) ) { # Loop over years (names), extract raster average values and put in the data.frame d <- NULL for ( j in 1:length (names(s)) ) { var <- vars[i] date <- format (as.Date (gsub (pattern='\\.', replacement='-', substring (names(s)[j],2)))) value <- mean (getValues (s[[j]]), na.rm = TRUE) d <- rbind (d, data.frame(var, date, value)) } # end loop over names } # end loop vars ------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Saudações, -- Thiago V. dos Santos PhD student Land and Atmospheric Science University of Minnesota http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/ind… Phone: (612) 323 9898

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Correlação não linear
by Alisson Lucrecio 09 Ago '13

09 Ago '13

Caro Colegar r-br, Boa tarde. Qual teste uso para fazer uma correlação não linear? Obrigado Alisson Lucrécio da Costa

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Clusters de mesmo tamanho
by Raphael Saldanha 08 Ago '13

08 Ago '13

Olá pessoal, Estou tentando procurando um modo de criar alguns clusters, mas não estou tendo sucesso. A ideia é a seguinte: tenho um dataframe chamado samp, com coordenadas geográficas (lat lon). Preciso criar n clusters com o mesmo tamanho k. Tentei algumas abordagens a partir do k-means e derivados, mas não obtive sucesso. Abaixo, coloco um exemplo para testes. library(RgoogleMaps) data(columbus) km1 <- kmeans(subset(columbus, select=c("X","Y")), 10) print(km1$size) Agradeço as ideias e sugestões. Obrigado! --- Atenciosamente,Raphael Saldanha rfsaldanha(a)outlook.com

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Plot Médias diárias com ggplot2
by Jefferson Ferreira Ferreira 07 Ago '13

07 Ago '13

Pessoal, Tenho um dataframe com duas colunas mes_dia e cota, representando as médias diárias de uma varável para os 365 dias do ano (no formato mes/dia). Ao plotar ggplot(data=md, aes(x=mes_dia, y=cota, group=1)) + geom_line() os labels, obviamente ficam ilegíveis. Eu gostaria que os labels Y (cotas) fossem discretos, em intervalos, e não contendo todos os valores possíveis. Da mesma maneira que os labels X (mes_dia) contesse apenas os meses e não 365 valores. Alguma sugestão? Obrigado! -- *Jefferson Ferreira Ferreira* Geógrafo – GEOPROCESSAMENTO IDSM | Coordenadoria de TI Jefferson.ferreira(a)mamiraua.org.br *Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá* Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação Telefone: +55 97 3343-9710 *Google Maps* - Mapas deste e-mail: Exibir mapa ampliado<https://maps.google.com.br/maps?q=-3.355557,-64.731151&ll=-3.355471,-64.731…> * Contatos particulares:* *(55) 9615-0100 MSN: jecogeo(a)yahoo.com.br*

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Média diária de uma série temporal
by Jefferson Ferreira Ferreira 07 Ago '13

07 Ago '13

Pessoal; Estou com um probleminha aparentemente simples. Espero que alguém possa me ajudar. Tenho uma série temporal de dados, duas colunas (data e cota), de 20 anos. Estou precisando calcular a cota média de cada dia. (média dos dia 1/jan, 2/jan,....). Minha coluna de data já está as.Date() library("utils") setwd("D:/JEFFERSON/Mapeamento/Dados Hidrológicos") cotas <- read.table("cotas2.csv",sep=",",header=T,allowEscapes=T,) as.Date(cotas$data,format="%d/%m/%Y") cotas$dia <- as.Date(cotas$data,format="%d/%m/%Y") Se alguém puder me ajudar, agradeço!! Abração! -- *Jefferson Ferreira Ferreira* Geógrafo – GEOPROCESSAMENTO IDSM | Coordenadoria de TI Jefferson.ferreira(a)mamiraua.org.br *Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá* Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação Telefone: +55 97 3343-9710 *Google Maps* - Mapas deste e-mail: Exibir mapa ampliado<https://maps.google.com.br/maps?q=-3.355557,-64.731151&ll=-3.355471,-64.731…> * Contatos particulares:* *(55) 9615-0100 MSN: jecogeo(a)yahoo.com.br*

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