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matriz de coeficientes do modelo linear
by Samuel Carvalho 26 Nov '13

26 Nov '13

Olá pessoal, Gostaria da opinião de vocês de como proceder para gerar uma matriz de coeficientes para dados agrupados utilizando apenas a função lm, considerando os grupos como fatores. Segue um RCMR de exemplificação com os respectivos comentários. Em seguida apresento uma solução via "nlme". De ante mão já agradeço a ajuda de todos. Forte abraço. Samuel #RMCR data(Orange) head(Orange) class(Orange$Tree) Orange$Tree <- as.numeric(Orange$Tree) ml <- lm(circumference~age*factor(Tree), data=Orange) summary(ml) coef(ml) matrix(coef(ml),length(unique(Orange$Tree)),2) # Nesta matriz que preciso garantir a integridade dos parametros ao seu respectivo grupo # Solucao via nlme require(nlme) ml_list <- lmList(circumference~age|factor(Tree), data=Orange) coef_list <- data.frame(Tree=rownames(coef_list), b0=coef(ml_list)[,1], b1=coef(ml_list)[,2]) coef_list # a ideia é gerar uma saida semelhante a esta porem apenas com a função lm ### ==================================== Samuel P. C. Carvalho Engº Florestal [UFLA] Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutor em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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Leitura de arquivos raster no formato Geotiff e JPEG
by Rudiney S Pereira 26 Nov '13

26 Nov '13

Prezados, Extratos de códigos que encontrei na rede para a carga de arquivos nos formatos tiff e jpeg, estão com mensagens de erro. Os arquivos imagens encontram-se na pasta porém persistem as mensagens de erro. Fiz a carga dos pacotes tiff e jpeg. > require(jpeg) > require(tiff) > img <- readJPEG(system.file("img","IMG_0606.jpg",package="jpeg"),TRUE) > Erro em readJPEG(system.file("img", "/home/rudiney/Data_R/IMG_0606.jpg", : unable to open Agradeço! -- Prof. Dr. Rudiney Soares Pereira UFSM - CCR - DER RS 509 KM 9 - Campus Universitário 97.105-900 Santa Maria RS Brasil site: http://www.ufsm.br/geosere skype: rudiney.s.pereira msn: rudiney.s.pereira(a)hotmail.com gtalk: rudiney.s.pereira(a)gmail.com fone: 55 3220-9468 55 9118-4142

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A.mat
by Giselle Davi 26 Nov '13

26 Nov '13

Prezados, alguém sabe me dizer o por que, ao tentar utilizar a função A.mat , do pacote rrBLUP, depamos com: could not find function "A.mat" ??? Att, Giselle

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[OFF-topic] OdfWeave no Windows
by walmes . 26 Nov '13

26 Nov '13

Saudações, Passei um trabalho para meus alunos fazerem no OdfWeave. A esmagadora maioria usa Windows e eles reportam não conseguir usar. A mensagem de erro é referente ao unzip na fase compilação. Essas duas mensagem repostam o mesmo erro observado por eles http://r.789695.n4.nabble.com/odfWeave-td2401995.html http://r.789695.n4.nabble.com/odfWeave-Error-unzipping-file-in-Win-7-td3232… Embora as mensagens apontem soluções para o problema (instalar o winzip, unzip, mudar diretório, retirar espaços do path), a partir delas não houve progresso. Eu não tenho nenhuma máquina windows para fazer testes e então gostaria de saber se tem alguém que usa o OdfWeave com frequência e qual a "mágica" para fazê-lo funcionar no Windows. No Linux eu uso sem problema algum. Grato. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 skype: walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================

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Dúvida análise de dados
by Kalill V.Páscoa 25 Nov '13

25 Nov '13

Boa tarde pessoal. Estou com algumas duvidas quanto a análise que vou realizar nos meus dados. O meu experimento consiste em avaliar o efeito do espaçamento de plantio sob o crescimento de uma espécie florestal chamada Candeia. Contudo dentro de cada espaçamento ainda existe um sub-tratamento que é a realização de poda. Assim , são 4 tratamentos referentes ao espaçamento de plantio (1,5x1,5; 1,5x2,0; 1,5x2,5 e 1,5x3,0m) distribuídos aleatoriamente e 2 sub-tratamentos (podado e não podado), divididos em 4 Blocos também aleatorizados. Cada tratamento e formado por 4 subparcelas (1-Testemunha, 2-Poda, 3-Poda, 4-Testemunha - sempre nessa ordem, ou seja, os subtratamentos não foram aleatorizados), cada subparcela é formada por 56 plantas. Eu tenho como variáveis resposta o diâmetro (DAP), altura e área da copa, referentes a 16 medições ao longo de 12 anos. Assim eu peguei os dados médios de cada subparcela (Bloco, Espaçamento, Podado ou não e Idade) para realizar a anova. Minhas duvidas são as seguintes: 1- o experimento é uma parcela subdividida no tempo em DBC? 2- se for parcela subdividida no tempo como ficaria a formula do modelo para análise de variância? - imaginei assim: aov(DAP~Bloco+Espaçamento+Poda+Idade+Error(Bloco:Espaçamento, Bloco:Poda)) 3- Como eu testo se existe iteração entre os fatores? Att -- *Kalill José Viana da Páscoa* *Engenheiro Florestal * *Mestrando em Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras* *Rua Geraldo dos Passos, 81 * *Água Limpa, **Lavras-MG* *CEP: 37200-000* *(35)3821-6833* *(35)9152-4828* *(35)9928-6574*

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Sugestão de artigos sobre modelos mistos
by Alisson Lucrecio 24 Nov '13

24 Nov '13

Caro Colegas da lista r-br, Boa tarde. Eu fiz a analise do crescimento de plantas de café com modelo misto linear de um experimento com 3 solos e 4 doses de lodo de esgoto com amostragem em varias datas de amostragem, mas agora estou com dificuldade de apresentar esses resultados. Eu procurei alguns artigos correlacionado com análise como modelo misto, mas ainda estou com muita dificuldade de apresentar esses resultado, assim, gostaria da ajuda de vocês com algum sugestão de artigos. Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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Aplicação shiny na web
by Marcos Silva 24 Nov '13

24 Nov '13

Olá pessoal, Eu estou comaçando a aprender a utilizar o pacote shiny para desenvolvimento de aplicações web. Recentemente consegui uma conta para hospedar aplicações nos servidores do RStudio (spart.rstudio.com) só que não faço a menor idéia de como fazer a coisa funcionar. :) Alguém tem alguma experiência com isso? Abs. -- Marcos F. Silva http://sites.google.com/site/marcosfs2006

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Erro ao fazer a leitura de arquivos shapefiles.
by Rudiney S Pereira 22 Nov '13

22 Nov '13

Boa tarde a todos! Estou tentando realizar a leitura de arquivos shapefiles usando o maptools. O código que estou usando é: Loading required package: sp > require(maptools) Carregando pacotes exigidos: maptools Checking rgeos availability: TRUE > library("sp", lib="/home/est/paulojus/R-lib/") > library("maptools", lib="/home/est/paulojus/R-lib/") > rs <- readShapePoly("43MUE250GC_SIR") Shapefile type: PolygonM (25), # of Shapes: 498 ____________________ A mensagem de erro é: Erro em read.shape(filen = fn, verbose = verbose, repair = repair) : Shapefile type not (yet) handled by this function Alguém pode ajudar! Abraço e muito obrigado. -- Prof. Dr. Rudiney Soares Pereira UFSM - CCR - DER RS 509 KM 9 - Campus Universitário 97.105-900 Santa Maria RS Brasil site: http://www.ufsm.br/geosere skype: rudiney.s.pereira msn: rudiney.s.pereira(a)hotmail.com gtalk: rudiney.s.pereira(a)gmail.com fone: 55 3220-9468 55 9118-4142

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Re: [R-br] dim(X)
by Ivan Bezerra Allaman 21 Nov '13

21 Nov '13

A mensagem de erro é clara. O arquivo não existe ou o diretório não pode ser encontrado. Use o mesmo caminho que estava usando, apagando sep=";", dec=",",header=TRUE e colocando o que o Benilton sugeriu, ou seja, faça: GBS <- read.csv("C:/GS_tutorial/DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv", header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE) e prossiga do mesmo jeito que vai dar certo. (s,f,p) Allaman

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Parametrização com lme4
by FHRB Toledo 20 Nov '13

20 Nov '13

Senhores, Seguindo no assunto proposto pelo Alisson, no thread sobre pvalor com a lme4, estou tentando parametrizar um modelo misto com o intuito de fazer a inferência pelo perfil da verossimilhança. Entretanto, estou tentando "traduzir" um modelo da lm() pela parametrização da lme4 e enfrento grandes dificuldades, assim gostaria da ajuda de vocês com esse intento... Seguem dois modelos da lm() que são equivalentes, visto que o fator "trat" tem 9 níveis e "eras" tem um certo confundimento com "trat", assim procedo: mf1 <- lm(terms(resp ~ local/rep + trat + local:trat, keep = TRUE), data = dados) mf2 <- lm(terms(resp ~ local/rep + eras/trat + local:eras/trat, keep = TRUE), data = dados) Esses dois modelo tem o mesmo erro e gostaria de reproduzi-los usando a lmer(). Quando faço o primeiro modelo, sem problemas: mm1 <- lmer(resp ~ ( 1 | local/rep ) + ( 1 | trat ) + ( 1 | local:trat ), data = dados) Recupero a mesma variância do resíduo da lm(), todavia não consgigo fazer o segundo modelo recuperar essa mesma variância... Alguém tem alguma sugestão? P.S.: Se, por acaso alguém tiver outra sugestão, que use a lme(), ou lme2() gostaria de saber... como disse, meu objetivo a obter os perfis da verossimilhança! Seja os dados de exemplo: dados <- dput(dados) structure(list(local = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L), .Label = c("1", "2", "3", "4"), class = "factor"), rep = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L), .Label = c("1", "2", "3", "4"), class = "factor"), trat = structure(c(1L, 6L, 2L, 3L, 5L, 8L, 7L, 4L, 9L, 1L, 3L, 7L, 6L, 5L, 4L, 2L, 8L, 9L, 1L, 8L, 4L, 6L, 3L, 9L, 2L, 5L, 7L, 1L, 5L, 9L, 6L, 8L, 7L, 2L, 3L, 4L, 9L, 8L, 3L, 2L, 7L, 4L, 1L, 6L, 5L, 9L, 2L, 1L, 8L, 7L, 6L, 3L, 4L, 5L, 9L, 4L, 6L, 8L, 2L, 5L, 3L, 7L, 1L, 9L, 7L, 5L, 8L, 4L, 1L, 3L, 2L, 6L, 4L, 9L, 2L, 3L, 8L, 6L, 5L, 1L, 7L, 4L, 3L, 5L, 9L, 8L, 1L, 2L, 6L, 7L, 4L, 6L, 1L, 9L, 3L, 7L, 2L, 8L, 5L, 4L, 8L, 7L, 9L, 6L, 5L, 2L, 3L, 1L, 9L, 2L, 7L, 8L, 4L, 5L, 6L, 3L, 1L, 9L, 8L, 6L, 2L, 4L, 3L, 7L, 5L, 1L, 9L, 5L, 3L, 2L, 8L, 1L, 7L, 4L, 6L, 9L, 4L, 1L, 2L, 5L, 6L, 7L, 8L, 3L), .Label = c("a", "b", "c", "d", "e", "f", "g", "h", "i"), class = "factor"), eras = structure(c(2L, 4L, 2L, 3L, 3L, 1L, 4L, 3L, 1L, 2L, 3L, 4L, 4L, 3L, 3L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 3L, 4L, 3L, 1L, 2L, 3L, 4L, 2L, 3L, 1L, 4L, 1L, 4L, 2L, 3L, 3L, 1L, 1L, 3L, 2L, 4L, 3L, 2L, 4L, 3L, 1L, 2L, 2L, 1L, 4L, 4L, 3L, 3L, 3L, 1L, 3L, 4L, 1L, 2L, 3L, 3L, 4L, 2L, 1L, 4L, 3L, 1L, 3L, 2L, 3L, 2L, 4L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 4L, 3L, 2L, 4L, 3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 2L, 2L, 4L, 4L, 3L, 4L, 2L, 1L, 3L, 4L, 2L, 1L, 3L, 3L, 1L, 4L, 1L, 4L, 3L, 2L, 3L, 2L, 1L, 2L, 4L, 1L, 3L, 3L, 4L, 3L, 2L, 1L, 1L, 4L, 2L, 3L, 3L, 4L, 3L, 2L, 1L, 3L, 3L, 2L, 1L, 2L, 4L, 3L, 4L, 1L, 3L, 2L, 2L, 3L, 4L, 4L, 1L, 3L), .Label = c("0", "1", "2", "3"), class = "factor"), resp = c(1878L, 3417L, 3546L, 2284L, 3220L, 2692L, 2243L, 2088L, 1871L, 1793L, 1983L, 2087L, 2628L, 2909L, 1928L, 3065L, 2650L, 2390L, 2428L, 3125L, 3010L, 2181L, 2478L, 2575L, 2348L, 2492L, 2295L, 1892L, 2257L, 2003L, 3123L, 2673L, 2449L, 3333L, 3040L, 3212L, 1767L, 2514L, 2503L, 2547L, 2055L, 1591L, 1898L, 2748L, 2376L, 1458L, 1709L, 1649L, 1784L, 1724L, 1956L, 1706L, 1043L, 1056L, 1346L, 1657L, 1970L, 1483L, 1103L, 985L, 779L, 915L, 800L, 1155L, 1074L, 1435L, 988L, 1052L, 932L, 1112L, 1728L, 2746L, 5150L, 3101L, 5020L, 5828L, 3927L, 5123L, 5765L, 3620L, 4901L, 5859L, 5050L, 5383L, 2920L, 4002L, 3850L, 4727L, 4998L, 5702L, 5154L, 5098L, 4039L, 3493L, 5417L, 5097L, 4954L, 3964L, 4371L, 5681L, 4090L, 4644L, 3370L, 5529L, 5491L, 5145L, 5158L, 3864L, 2777L, 2697L, 2739L, 1911L, 2103L, 2959L, 3241L, 2457L, 2321L, 2410L, 2085L, 3511L, 2657L, 3349L, 3157L, 2948L, 3491L, 2951L, 2626L, 2396L, 1997L, 2895L, 2244L, 2807L, 3408L, 3350L, 4104L, 2613L, 2589L, 2617L, 2791L, 3063L, 3665L, 2918L, 2092L, 2583L)), .Names = c("local", "rep", "trat", "eras", "resp"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -144L)) att, FH

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dim(X)
by Giselle Davi 20 Nov '13

20 Nov '13

Prezados, estou tendo problemas em rodar a análise conforme manual do R: Genomic prediction with rrBLUP 4 Jeffrey Endelman,June 15, 2013 . Ao rodar a análise igual ao solicitado no manual a dim (X) resulta em NULL . Vcs poderiam me ajudar a encontrar a dimensão correta desta matriz ?? Aqui está o local indicado, conforme manual, de onde está a planilha de dados: https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-… OBS.: O nome do arquivo está diferente, pois na hora de baixar do mesmo site, o arquivo passa a ter o nome conforme indicado na rotina abaixo, porém é o mesmo arquivo com os mesmos dados. Abaixo segue a rotina: GBS <- read.csv("C:/GS_tutorial/DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv", sep=";", dec=",",header=TRUE) parse.GBS <- function(x) { unique.x <- unique(x) alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N")) y <- rep(0,length(x)) y[which(x==alleles[1])] <- -1 y[which(x==alleles[2])] <- 1 y[which(x=="N")] <- NA return(y) } X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS) dim(X) frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(is.na(z)))/length(z)}) length(which(frac.missing<0.5)) hist(frac.missing) Desde já agradeço. Att, Giselle

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Selecionar as variáveis físicas e químicas que melhor correlacionam com uma variável visual em experimento em fatorial 2x3
by Alisson Lucrecio 20 Nov '13

20 Nov '13

Caro Colegas, Eu analisei, em laboratório, 15 propriedades físicas e 10 propriedades químicas do solo e, no campo, 1 score com nota de 1 a 5, relacionado com atributos visual e indicando a qualidade do solo, essas analise foram feitas em um experimento em fatorial com 3 solo (LV, CX e NV) e com 3 profundidade (0-20, 20-40, 40-60 cm). Eu gostaria selecionar as variáveis físicas e químicas, medidas em laboratório, que melhor relacionam com esse score visual. Assim. gostaria de algum sugestão de vocês de como poderia fazer essa análise. Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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Como tirar a moldura que o knitr poe nos outputs de chunks durante o knitting
by Danielle Steffen 19 Nov '13

19 Nov '13

Ola, A pergunta eh exatamente essa: no hora de mandar o knit gerar a pagina partindo de um documento R markdown, ele (por default) coloca os outputs dos chunks dentro de uma moldura, acho que o nome eh fence. Gostaria de tirar essas molduras, tem como? So atraves de CSS? Como? Agradeco de antemao aos sugestoes, Danielle

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Re: [R-br] gráfico linhas
by Ivan Bezerra Allaman 19 Nov '13

19 Nov '13

Você não explorou o suficiente o argumento "par". Veja se é isto aí! op <- par(mfrow=c(3,1), mai = c(2,1,0,0), oma = c(3,0,0,0), pin = c(5.5,1.6), xpd = T) tempo<-c(5,7,9,11,13) m1A<-rnorm(5,90,4) m2A<-rnorm(5,90,4) m3A<-rnorm(5,90,4) m4A<-rnorm(5,90,4) plot(m1A ~ tempo, axes = F, xlab = '', ylab ="%", main = 'Intercepto', type = 'b', xlim=c(5,13), ylim=c(75,100)) lines(m2A~tempo,col="red",type="b") lines(m3A~tempo,col="green",type="b") lines(m4A~tempo,col="black",type="b") axis(2) mtext('GRÁFICOS', line = 1) m1B<-rnorm(5,90,4) m2B<-rnorm(5,90,4) m3B<-rnorm(5,90,4) m4B<-rnorm(5,90,4) plot(m1B ~ tempo, axes = F, xlab = '', ylab ="%", main = 'Tratamento B', type = 'b', xlim=c(5,13), ylim=c(75,100)) lines(m2B~tempo,col="red",type="b") lines(m3B~tempo,col="green",type="b") lines(m4B~tempo,col="black",type="b") axis(2) legend(13.5, 100, letters[1:4], col = 1:4, lty = rep(1,4), ncol = 1) m1C<-rnorm(5,90,4) m2C<-rnorm(5,90,4) m3C<-rnorm(5,90,4) m4C<-rnorm(5,90,4) plot(m1C ~ tempo, axes = F, xlab = "medidas de tempo", ylab ="%", main = 'Tratamento C', type = 'b', xlim=c(5,13), ylim=c(75,100)) lines(m2C~tempo,col="red",type="b") lines(m3C~tempo,col="green",type="b") lines(m4C~tempo,col="black",type="b") axis(1, at = seq(5, 13, 2)) axis(2) mtext('medidas de tempo', line = -15, cex = .8) (s,f,p) Allaman

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xyplot e repeticao
by Elias T Krainski 19 Nov '13

19 Nov '13

Pessoal, ## como fazer repeticao com xyplot para colocar numa mesma janela? xyl = lapply(1:4, function(i) data.frame(x=1:100, y=dnorm(1:100,50,10*i))) require(lattice); require(gridExtra) grid.arrange(xyplot(y~x, xyl[[1]], panel='llines'), xyplot(y~x, xyl[[2]], panel='llines'), xyplot(y~x, xyl[[3]], panel='llines'), xyplot(y~x, xyl[[4]], panel='llines'), nrow=2) ## como evitar repetir essas linhas para cada elemento? ## uma forma que sei e' assim: do.call(function(...) grid.arrange(...), lapply(xyl, function(d) xyplot(y~x,d, panel='llines'))) ## mas neste caso as escalas sao diferentes...

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Re: [R-br] gráfico linhas
by Ivan Bezerra Allaman 18 Nov '13

18 Nov '13

Ivan, obrigado pela atenção. Na sua dica, tentei e não consegui: 1. diminuir a distância entre os gráficos; Veja ?par 2. acrescentar uma legenda indicando os quatro modelos; Veja ?legend 3. acrescentar um título (único) para os três gráficos, mantendo os nomes que separam cada gráfico. Veja ?mtext (s,f,p) Allaman

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[OFF-TOPIC] Shapefile do Brasil com estados divididos em slots
by ASANTOS 18 Nov '13

18 Nov '13

Boa tarde pessoal, Gostaria de saber se alguém sabe onde encontrar um shapelife com o mapa do Brasil com os estados divididos em slots pelo nome, pois gostaria de após ler o shapefile com readShapeLines () e posterior conversão em data frame, fazer seleções do tipo: contorno_line[as.character(contorno_line$ESTADO)=='SaoPaulo',] Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Extrair p-valor de um objeto lmer
by Alisson Lucrecio 18 Nov '13

18 Nov '13

Caro Colegas r-br, Bom dia. Eu fiz uma analise com a função lmer "lmer1 <- lmer(Tiametoxam ~ Solo * Dose + Julian + Bloco + (1|Dia), data = dados)" do pacote lme4, mas a anova "anova(lmer1)" não retorna o p-valor. Alguém saberia como obter o p-valor para esse modelo? Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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Médias diárias em série de 10 anos
by Thiago V. dos Santos 17 Nov '13

17 Nov '13

Problema chato, pessoal: Tenho um data.frame com quatro colunas: variable, date, value e unit. O data.frame foi construído com medidas diárias de 10 anos de cada variável, portanto a data vai de 1 de janeiro de 1980 a aproximadamente 31 de dezembro de 1989 para cada variável. Aqui vai uma amostra do df: > tsvars[1:20,] variable date value unit 2 toa radiation 1980-01-01 258.8793 W/m^2 3 toa radiation 1980-01-02 289.1413 W/m^2 4 toa radiation 1980-01-03 264.9647 W/m^2 5 toa radiation 1980-01-04 291.8841 W/m^2 6 toa radiation 1980-01-05 269.4446 W/m^2 7 toa radiation 1980-01-06 286.0237 W/m^2 8 toa radiation 1980-01-07 274.6440 W/m^2 9 toa radiation 1980-01-08 277.9688 W/m^2 10 toa radiation 1980-01-09 272.6379 W/m^2 11 toa radiation 1980-01-10 273.0654 W/m^2 12 toa radiation 1980-01-11 278.9035 W/m^2 13 toa radiation 1980-01-12 267.1813 W/m^2 14 toa radiation 1980-01-13 270.5033 W/m^2 15 toa radiation 1980-01-14 279.6346 W/m^2 16 toa radiation 1980-01-15 262.5689 W/m^2 17 toa radiation 1980-01-16 267.4670 W/m^2 18 toa radiation 1980-01-17 273.8332 W/m^2 19 toa radiation 1980-01-18 271.3236 W/m^2 20 toa radiation 1980-01-19 271.2731 W/m^2 21 toa radiation 1980-01-20 269.9610 W/m^2 Ao todo eu tenho quatro variáveis e pra cada uma delas há 365 valores (um para cada dia do ano). O dataframe é muito longo e não vou postá-lo completo aqui, mas vejam a saída do str(): > str(tsvars) 'data.frame':18290 obs. of 4 variables: $ variable: Factor w/ 5 levels "latent","sensible",..: 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 ... $ date : Date, format: "1980-01-01" "1980-01-02" "1980-01-03" ... $ value : num 259 289 265 292 269 ... $ unit : chr "W/m^2" "W/m^2" "W/m^2" "W/m^2" ... O que eu preciso fazer é criar a média de cada dia individual dos 10 anos. Ou seja, preciso de uma média para o dia 01/jan, que vai ser a média de todos os 01/jan da série, 02/jan, 03/jan e assim por diante. O detalhe é que a coluna "date" está de fato formatada como data, o que talvez complique as coisas. E eu preciso que ela continue assim, pois facilita na hora de plotar a série temporal. Na sua opinião, qual é a melhor abordagem para tirar a média de cada dia da série, como descrito acima? Saudações, -- Thiago V. dos Santos PhD student Land and Atmospheric Science University of Minnesota http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/ind… Phone: (612) 323 9898

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Carregar MDT no formato *.asc no R
by Helder Gramacho 16 Nov '13

16 Nov '13

Olá Pessoal, Preciso carregar um Modelo Digital do Terreno (raster) no formato *.asc no R gostaria de saber qual pacote é necessário e qual o procedimento. O arquivo quando aberto possui o cabeçalho abaixo: ncols 141 nrows 144 xllcorner 190611.999818 yllcorner 7536478.000059 cellsize 100.000000 nodata_value -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 -9999 Att, Hélder Gramacho *agrohelder(a)gmail.com <agrohelder(a)hotmail.com>*

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Acentos em nomes da variáveis.
by Andre Oliveira 15 Nov '13

15 Nov '13

Pessoal estou lendo um banco de dados. dados9 <- read.table("arquivos/tab1.txt", h = T) nomes X1 X2 X3 1 Walter 4 0.308 10 2 Jo\xe3o 3 0.235 11 3 S\xe9rgio 5 0.207 4 4 Rui NA 0.270 10 5 Ad\xe3o 7 0.283 5 Como devo ler para sair os acentos corretamente?

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[Ajuda] Knitr - iniciante
by Andre Oliveira 15 Nov '13

15 Nov '13

Pessoal, sou iniciante Knitr já fiz uma busca de material na internet montei uma pasta de material aqui, mas, ainda estou com dúvidas básicas. Aceito indicação de literatura sobre opções de chunks. Estou aqui com um problema com estes códigos. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- <<echo=TRUE, results='asis', fig.width=4, fig.height=3, fig.cap="Histograma teste", echo=T>>= x=rnorm(3000) hist(x,main="",ylab="",xlab="") @ Este gráfico não esta no lugar correto do texto! ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- <<????????>>= x=rnorm(66) y=x+rnorm(66) fit=lm(y~x) require(xtable) xtable(anova(fit)) @ Qual comando devo inserir para imprime saida LaTeX? --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Obrigado André Oliveira Souza

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(sem assunto)
by Rodrigo Muniz 15 Nov '13

15 Nov '13

Caros membros da lista, Estou tentando fazer uma função discriminante quadrática para o seguinte conjunto de dados, sendo este um exemplo com apenas 6 linha, mas o conjunto inteiro possui 4000 observações. Os comandos que estou usando segue abaixo bem como o erro encontrado, ressalto que o mesmo dado para a função discriminante linear funciona perfeitamente. Alguém poderia me ajudar com esse erro? Desde já agradeço. LST Altitude MNDWIN NDVI SAVI USO 1 19.36 502 0.50 0.08 0.11 2 2 20.42 611 0.41 0.25 0.38 2 3 17.75 629 0.24 0.39 0.58 1 4 16.73 662 0.22 0.36 0.53 3 5 22.93 596 0.37 0.06 0.10 6 6 19.24 477 -0.04 -0.05 9.41 7 is(LST1985) [1] "data.frame" "list" "oldClass" "vector" qda(LST1985$LST ~ Altitude + MNDWIN + NDVI + SAVI + USO, data=LST1985) Error in qda.default(x, grouping, ...) : some group is too small for 'qda' -- *Rodrigo A. Muniz* Eng. Agrônomo. Ms Produção Vegetal (UENF) Doutorando em Engenharia de Sistemas Agrícolas (ESALQ/USP) Cel (19) 8300-4333 (Pessoal) Tel (19) 3375-1196 (Residêncial) Tel (19) 3447-8537 (Trabalho)

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Re: [R-br] gráfico linhas
by Ivan Bezerra Allaman 15 Nov '13

15 Nov '13

É isso jovem? x <- seq(1,10) y1 <- rnorm(10) y2 <- rnorm(10) y3 <- rnorm(10) par(mfrow=c(3,1)) plot(y1 ~ x, axes = F, xlab = '', ylab = '', main = 'A', type = 'l') axis(2) plot(y2 ~ x, axes = F, xlab = '', ylab = '', main = 'B', type = 'l') axis(2) plot(y3 ~ x, axes = F, xlab = '', ylab = '', main = 'C', type = 'l') axis(1) axis(2) (s,f,P) Allaman

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Círculo
by FHRB Toledo 14 Nov '13

14 Nov '13

Senhores, Segue um CMR extremamente simples... a pergunta o resultado está certo? require(plotrix) plot(c(-1.2, 1.2), c(-1.2, 1.2), type = 'n', axes = FALSE, xlab = '', ylab = '') rect(-1, -1, 1, 1, lwd = 1.5) draw.circle(0, 0, 1) Por que será que obtenho um gráfico em que o círculo ultrapassa o limite superior do quadrado? att, FH

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gráfico linhas
by Maurício Lordêlo 14 Nov '13

14 Nov '13

Saudações a todos, Observando este exemplo (help da função "ts") z <- ts(matrix(rnorm(300), 100, 3), start = c(1961, 1), frequency = 12) plot(z) tem-se três gráficos empilhados, com uma série em cada um. Gostaria de saber se há possibilidade de que, em cada um dos gráficos, acrescentar outras linhas para efeito de comparação. Por exemplo, suponha que eu construa um único gráfico com quatro linhas da seguinte forma: time<-c(5,7,9,11,13) m1<-c(94.1,91.9,92.1,92.8,92.3) m2<-c(96.3,95.7,95.8,95.1,95.6) m3<-c(91.6,91.0,91.1,90.0,88.6) m4<-c(95.9,92.9,100.0,90.9,91.1) plot(tempo, m1,type="b",main="Percentual de IC´s que contém o parâmetro para X",xlab="tempo",ylab="%",col="blue",ylim=c(70,100)) lines(tempo, m2,col="red",type="b") lines(tempo,m3,col="green",type="b") lines(tempo, m4,col="black",type="b") legend(12.5,85,c("m1","m2","m3","m4"),col=c("blue","red","green","black"),pch=rep(20,2)) No exemplo do help, são três séries em três gráficos empilhados. Há possibilidade de acrescentar linhas a cada uma das séries, ou seja, em cada um dos três gráficos empilhados ter quatro linhas? Grato, Maurício

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Pergunta - depois de muita pesquisa da minha parte
by Danielle Steffen 14 Nov '13

14 Nov '13

Ola, Estou ha umas 2-3h procurando, e nao sei se eh orelhada minha ou nao. De cara, desculpem se for. Bom, estou usando o RStudio, pra gerar o relatorioi no HTML. Estou fazendo descritivas simples, e seja com a summary(), seja com a describe() do pacto Hmisc, o output que sai na tela eh literalmente o output, com as ## na frente do resultado. Eu nao queria isso aparecendo. Mas nao sei que parametro ajustar (se eh que existe) para o output, ou que gambiarra fazer (coisa como enfiar num dataframe), que elimine essas tranqueiras. Dado que essas funcoes geram la suas variaveis internas (a describe gera umas 5, "descript" "units" "format" "counts" "values" ), nao tem como arrumar esse output sem esse troco de ##? Eu estou gerando um sumario para 95 variaveis simultaneamente. Agradeco de antemao a ajuda, Danielle

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Evento presencial sobre R e Análise de Dados
by Fabrício Barth 14 Nov '13

14 Nov '13

Pessoal, Lembro de alguns e-mails trocados no passado sobre a vontade de unir a "comunidade R" num evento presencial aqui no Brasil. Houve algum progresso na discussão? Abraços, -- Fabrício J. Barth http://fbarth.net.br http://blog.fbarth.net.br http://twitter.com/fbarth http://www.flickr.com/fbarth

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Re: [R-br] Pergunta - depois de muita pesquisa da minha parte
by Danielle Steffen 14 Nov '13

14 Nov '13

Oi Raphael, Estou usando o Knitr ja. E finalmente, depois de procurar, meu marido achou o parametro pentelho que faltava: o comment, tirou as minhas ##. Abs, Danielle Em Quinta-feira, 14 de Novembro de 2013 6:22, Raphael Saldanha <rfsaldanha(a)gmail.com> escreveu: Olá Danielle, Pode ser interessante partir diretamente para o Sweave se você conhecer LaTeX, 2013/11/14 Danielle Steffen <daniellesteffen(a)yahoo.com> Ola, > > >Estou ha umas 2-3h procurando, e nao sei se eh orelhada minha ou nao. De cara, desculpem se for. > > >Bom, estou usando o RStudio, pra gerar o relatorioi no HTML. Estou fazendo descritivas simples, e seja com a summary(), seja com a describe() do pacto Hmisc, o output que sai na tela eh literalmente o output, com as ## na frente do resultado. > > >Eu nao queria isso aparecendo. Mas nao sei que parametro ajustar (se eh que existe) para o output, ou que gambiarra fazer (coisa como enfiar num dataframe), que elimine essas tranqueiras. Dado que essas funcoes geram la suas variaveis internas (a describe gera umas 5, "descript" "units" "format" "counts" "values" ), nao tem como arrumar esse output sem esse troco de ##? > > >Eu estou gerando um sumario para 95 variaveis simultaneamente. > > >Agradeco de antemao a ajuda, >Danielle >_______________________________________________ >R-br mailing list >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >

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atualização windows 8.1
by luc.souza＠usp.br 14 Nov '13

14 Nov '13

Bom dia a todos. Alguém atualizou o windows para a versão 8.1 e está tendo algum problema com o R studio? Por exemplo, quando faço gráficos, o arquivo não é atualizado na pasta para onde o arquivo foi direcionado. Alguma versão do R studio seria compatível com o windows 8.1? Obrigado Lucas Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutorando Engenharia de Sistemas Agrícolas - ESALQ/USP tel: (19) 8160-7068

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Re: [R-br] Engasgada com o RStudio
by Danielle Steffen 14 Nov '13

14 Nov '13

Oi Raphael, Estou usando o Knitr. Ja gerei o relatorio em HTML, ficou bonitinho, mas queria mandar pra PDF, sem charlatanices como usar o Primo PDF. Abs, Danielle Em Quinta-feira, 14 de Novembro de 2013 6:19, Raphael Saldanha <rfsaldanha(a)gmail.com> escreveu: Olá Danielle, Você está usando o Sweave, Brew ou coisa do tipo? 2013/11/14 Danielle Steffen <daniellesteffen(a)yahoo.com> Oi, help. > > >Instalei o RStudio ha um tempinho, venho usando pra sintaxes menores, mas hoje queria salvar em PDF. No video do pai da crianca na internet aparece uma abinha extra do lado o Workspace, que eh Compile PDF ou Save PDF, e nao sei pq nao meu nao tem., > > >Ja instalei o Sumatra pra PDF Preview, ja instalei o MikTex pra poder ter o pdfLatex, mas nada, o erro que da quando tento compliar o Sweave (apesar de usar o Knitr, estou "consertando" isso no Sweave primeiro), o erro que da eh > > >Running pdflatex.exe on pdfsync.tex...failed >Error running C:/PROGRA~1/MIKTEX~1.9/miktex/bin/pdflatex.exe (exit code 1) > > >Alguem me da uma dica? Tenho que mudar o caminho do diretorio de onde o tranqueira do RStudio busca o pdfLatex? Tenho que reinstalar o MikTex? > > >Agradeco as sugestoes atencipadamente. >Danielle >_______________________________________________ >R-br mailing list >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >

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Engasgada com o RStudio
by Danielle Steffen 14 Nov '13

14 Nov '13

Oi, help. Instalei o RStudio ha um tempinho, venho usando pra sintaxes menores, mas hoje queria salvar em PDF. No video do pai da crianca na internet aparece uma abinha extra do lado o Workspace, que eh Compile PDF ou Save PDF, e nao sei pq nao meu nao tem., Ja instalei o Sumatra pra PDF Preview, ja instalei o MikTex pra poder ter o pdfLatex, mas nada, o erro que da quando tento compliar o Sweave (apesar de usar o Knitr, estou "consertando" isso no Sweave primeiro), o erro que da eh Running pdflatex.exe on pdfsync.tex...failed Error running C:/PROGRA~1/MIKTEX~1.9/miktex/bin/pdflatex.exe (exit code 1) Alguem me da uma dica? Tenho que mudar o caminho do diretorio de onde o tranqueira do RStudio busca o pdfLatex? Tenho que reinstalar o MikTex? Agradeco as sugestoes atencipadamente. Danielle

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centralizar gráfico
by luc.souza＠usp.br 13 Nov '13

13 Nov '13

Boa noite a todos. Preciso colocar três gráficos em uma mesma figura. Utilizo a função par(mfrow=c(2,2)) Porém, fica sobrando um espaço no último quadrante. Como faço para centralizar o gráfico que fica na metade inferior? Obrigado Lucas Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutorando Engenharia de Sistemas Agrícolas - ESALQ/USP tel: (19) 8160-7068

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Tinn-R: nova versão
by Jose Claudio Faria 13 Nov '13

13 Nov '13

Prezados, Como nem todo mundo fica verificando se existe uma nova versão dos software que usa, e alguns não tem o recurso de verificação automática, venho informar o seguinte: - Após um longo período de desenvolvimento e testes, semana passada foram liberadas 2 novas versõe estáveis do projeto Tinn-R. - As novidades (são muitas) podem ser lidas nos links abaixo: - http://sourceforge.net/p/tinn-r/news/2013/11/tinn-r-3018-released/ - http://sourceforge.net/p/tinn-r/news/2013/11/tinn-r-3019-released/ - Para atualizar: - Fazer download da nova última versão (3.0.1.9) - Desinstalar a antiga (usar o desinstalador do Tinn-R) - Instalar a nova. - Essa versão não necessita mais do script que ficava no arquivo Rprofile.site. (e caso exista recomenda-se remover ou comentar). - Todas as informações são providas pelo novo (e necessário) pacote TinnRcom que acompanha o aplicativo (não está no CRAN). - Links para download: - http://nbcgib.uesc.br/lec/software/editores/tinn-r/pt - http://sourceforge.net/projects/tinn-r/ Ab, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)9100.7351 - TIM 55(73)8817.6159 - OI ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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Dados agrupados
by Maicon J. Galiazzi 13 Nov '13

13 Nov '13

Bom diaSabem me dizer se há a possibilidade operar com dados agrupados no R, e como fazer?Se existe funções que calculem media, mediana e outras descritivas para dados agrupados.E se o R agrupa um conjunto de dados qualquer a partir de um numero de classes desejado. Obrigado por enquanto. Att Maicon J. Galiazzi

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Manual
by Maicon J. Galiazzi 13 Nov '13

13 Nov '13

Olá, estou desenvolvendo um manual de fácil utilização ao usuário, e no momento estou descrevendo a interfacedo software R Stuio 0.97.551, assim como a barra de ferramentas do mesmo. Podem me indicar algum material no qual posso conferir? Desde já agradeço! Att Maicon J. Galiazzi

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ordenar um data.frame
by Aline Lipsky 13 Nov '13

13 Nov '13

Boa tarde a todos, Gostaria de uma ajuda com o seguinte: Tenho um data frame como esse: Animal Ordem Data Especie Sexo Peso 1 47 1 54 1 55 2 52 2 54 2 56 1 53 1 52 1 58 3 57 3 56 3 59 A estrutura é a seguinte: data.frame': 20 obs. of 6 variables: $ Animal : Factor w/ 10 levels "Barcelona","Baronesa",..: 1 4 7 1 4 7 3 2 10 8 ... $ Ordem: int 1 1 1 2 2 2 1 1 1 1 ... $ Data: Factor w/ 19 levels "01/01/2007","01/02/2004",..: 5 4 2 19 13 8 10 11 15 12 ... $ Especie : Factor w/ 5 levels "","",..: 1 2 3 1 4 5 5 4 4 5 ... $ Sexo : Factor w/ 2 levels "F","M": 2 1 1 1 1 2 2 1 2 2 ... $ Peso: num 47 54 55 52 54 56 53 52 58 57 ... Preciso ordenar primeiro todo o data.frame em ordem crescente de acordo com a ordem e depois ordenar todo o data.frame deacordo com o peso em ordem crescente. Agradeço pela ajuda, Aline

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Processar arquivo .rnw
by Andre Oliveira 13 Nov '13

13 Nov '13

Senhores estou meio enferrujado aqui no Sweave. Fiz um print aqui e não deu o esperado. <<>>= setwd("/media/Meus arquivos/Pendrive/KINGSTON/sweave/apostilaR2") require(gdata) dad<-read.xls("dados.xls") str(dad) attach(dad) require(xtable) test=xtable(dad, align = "llllll") print(test, table.placement = "H") @ Saida impressa no pdf. \begin{table}[ht] \centering \begin{tabular}{llllll} \hline & sexo & esc & sal & idad & filhos \\ \hline 1 & masculino & 1 grau & 4.00 & 26 & 0 \\ 2 & masculino & 1 grau & 4.56 & 32 & 1 \\ 3 & feminino & 1 grau & 5.25 & 36 & 2 \\ 4 & masculino & 2 grau & 5.73 & 20 & 0 \\ 5 & feminino & 1 grau & 6.26 & 40 & 1 \\ 6 & masculino & 1 grau & 6.66 & 28 & 1 \\ 7 & feminino & 1 grau & 6.86 & 41 & 0 \\ 8 & masculino & 1 grau & 7.39 & 43 & 0 \\ 9 & feminino & 2 grau & 7.59 & 34 & 1 \\ 10 & masculino & 2 grau & 7.84 & 23 & 0 \\ 11 & feminino & 2 grau & 8.12 & 33 & 2 \\ 12 & masculino & 1 grau & 8.46 & 27 & 0 \\ 13 & feminino & 2 grau & 8.74 & 37 & 0 \\ 14 & masculino & 1 grau & 8.95 & 44 & 3 \\ 15 & feminino & 2 grau & 9.13 & 30 & 0 \\ 16 & masculino & 2 grau & 9.35 & 38 & 3 \\ 17 & feminino & 2 grau & 9.77 & 31 & 1 \\ 18 & masculino & 1 grau & 9.80 & 39 & 2 \\ 19 & feminino & superior & 10.53 & 25 & 1 \\ 20 & masculino & 2 grau & 10.76 & 37 & 0 \\ 21 & feminino & 2 grau & 11.06 & 30 & 1 \\ 22 & masculino & 1 grau & 11.59 & 34 & 2 \\ 23 & feminino & 2 grau & 12.00 & 41 & 4 \\ 24 & masculino & superior & 12.79 & 26 & 0 \\ 25 & feminino & 2 grau & 13.23 & 32 & 2 \\ 26 & masculino & 2 grau & 13.60 & 35 & 2 \\ 27 & feminino & 1 grau & 13.85 & 46 & 0 \\ 28 & masculino & 2 grau & 14.69 & 29 & 2 \\ 29 & masculino & 2 grau & 14.71 & 40 & 5 \\ 30 & masculino & 2 grau & 15.99 & 35 & 2 \\ 31 & feminino & superior & 16.22 & 31 & 3 \\ 32 & masculino & 2 grau & 16.61 & 36 & 1 \\ 33 & feminino & superior & 17.26 & 43 & 3 \\ 34 & masculino & superior & 18.75 & 33 & 4 \\ 35 & feminino & 2 grau & 19.40 & 48 & 2 \\ 36 & masculino & superior & 23.30 & 42 & 3 \\ \hline \end{tabular} \end{table} Não se espera que imprima uma tabela com linhas? O que fiz de errado? André Oliveira Souza

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Customização de gráficos com a função plot() [Resolvido]
by Tiago Souza Marçal 13 Nov '13

13 Nov '13

Consegui aqui. ################################################################# Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas #################################################################

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Contrastes em modelos de regressão de poisson inflacionados por zeros
by ASANTOS 13 Nov '13

13 Nov '13

Caros membros, Gostaria de fazer a junção de termos qualitativos não significativos, através de análises de contraste de modelos, para verificar a semelhança entre tratamentos, no entanto, usando modelos de regressão de poisson inflacionados por zeros, aproveitando um modelo do Walmes fiz: #------------------------------------------------------------------ # Definições da sessão. rm(list=ls()) require(pscl) require(multcomp) require(lattice) require(latticeExtra) #------------------------------------------------------------------ # Dados artificiaiscom 3 tratamentos e 10 tempos da <- expand.grid(trat=gl(3,1), tempo=1:10) X <- model.matrix(~trat+tempo, da); ncol(X) betas <- c(0.1,0.1,0.3,0.5) eta <- X%*%betas y1 <- rpois(da$trat, lambda=exp(eta)) y2 <- rbinom(y1, size=1, prob=0.7) da$y <- y1*y2 str(da) xyplot(y~tempo|trat, data=da, jitter.x=TRUE) #------------------------------------------------------------------ # Ajuste do modelo. compl.mod <- zeroinfl(y~trat+tempo|trat, data=da) summary(compl.mod) #------------------------------------------------------------------ # Contrate de modelos de poisson inflacionado com zeros sort(tapply(da$y,da$trat,mean))#Ordena as médias trat2<-da$trat levels(trat2) levels(trat2)[1]<-"T1eT3" levels(trat2)[3]<-"T1eT3" levels(trat2) reduc.mod<-zeroinfl(y~trat2+tempo|trat, data=da) # Comparando o modelo completo e o ajunte com junção dos tratamentos 1 e 3 pchisq(-2*(logLik(compl.mod)-logLik(reduc.mod)),df=3,lower.tail=FALSE) # Na minha simulação: #[1] 1 #attr(,"df") #[1] 7 #attr(,"class") #[1] "logLik" Então pergunto: T1 e T3 são iguais e podem ser representados por um único modelo, isto esta correto? Ou existe alguma outra abordagem? Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Análise discriminante
by Gustavo Faria 13 Nov '13

13 Nov '13

Pessoal, estou precisando fazer uma análise discriminante, qual pacote posso usar? Abraços -- --- Gustavo de Faria Silva Biólogo herpetólogo Crbio 87421/04-P Pós-Graduado em Consultoria e Licenciamento Ambiental Mestrando em Zoologia de Vertebrados Telefone: (31) 9579-8473 (Vivo)

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[OFF-TOPIC] Apostila Análise multivaria para os cursos de administração
by ASANTOS 13 Nov '13

13 Nov '13

Prezados membros, Gostari de saber se alguém dispõem em pdf da Apostila Análise multivaria para os cursos de administração de autoria de Marcos F. Silva, Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Customização de gráficos com a função plot()
by Tiago Souza Marçal 12 Nov '13

12 Nov '13

Boa noite pessoal, gostaria de fazer um gráfico de dispersão com o CMR abaixo, entretanto, gostaria de variar o símbolo no parâmetro pch a cada tratamento e se possível a cor do símbolo. dados<-structure(list(trat = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L), .Label = c("1", "2", "3", "4"), class = "factor"), y = c(11.8807183390169, 12.9694790587891, 13.5719432329935, 14.1495411288071, 13.7188844205091, 13.7085726729894, 14.188188727139, 14.4207062289035, 14.0558767590019, 14.0546150322635, 13.8372107056864, 13.1017273131374, 13.7745678963343, 14.223215897062, 14.341261216336, 13.8407839797003, 11.9323668975876, 13.9694536897252, 15.1330345462558, 14.7502465943722), x = c(5.15285150048511, 5.23088470939349, 6.20787065204823, 6.51270372604554, 6.65529156385608, 6.52655333928202, 6.17338302680638, 5.49968725261633, 5.86263253631495, 6.16181924187809, 6.59939463078051, 4.83421448767032, 4.38760463552042, 5.77272300776806, 5.558880334431, 6.53341974503353, 4.87311768540645, 5.77134033889711, 4.37253448319016, 7.29343464773757)), .Names = c("trat", "y", "x"), row.names = c(NA, -20L), class = "data.frame") Att. Tiago. ################################################################# Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas #################################################################

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Problema para calcular erro padrão da média usando with(tapply())
by ASANTOS 12 Nov '13

12 Nov '13

Caros membros, Tenho variáveis respostas com diferentes tamanhos de vetores e na hora de calcular o erro padrão da média usando o with() e tapply(), em função dos diferentes comprimentos de vetores , não estou conseguindo calcular, alguém poderia me ajudar, segue CRM: y1<-rnorm(100,5)### Variável resposta y2<-rnorm(80,20) y3<-rnorm(100,15) y<-c(y1,y2,y3) trat1<-rep(1,100)### Variável explicativa tratamento trat2<-rep(2,80) trat3<-rep(3,100) trat<-c(trat1,trat2,trat3) id1<-rep(60,100)### Variável explicativa idade id2<-rep(84,180) id<-c(id1,id2) d<-cbind(trat,id,y) ep.b3<-with(d, tapply(y, list(trat,id), sd, na.rm = T)) /sqrt(with(d, tapply(y, list(trat,id), length, na.rm = T))) ### Calculando o erro padrão ep.b3 -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Esconder avisos ao carregar pacotes
by Andre Oliveira 11 Nov '13

11 Nov '13

Ao carregar o pacote tem estes avisos, já dei uma pesquisada e não achei o que queria. Alguém sabe como carrgar e esconder estes avisos? require(gdata,quietly=TRUE) gdata: read.xls support for 'XLS' (Excel 97-2004) files ENABLED. gdata: read.xls support for 'XLSX' (Excel 2007+) files ENABLED. Attaching package: ‘gdata’ The following object is masked from ‘package:stats’: nobs The following object is masked from ‘package:utils’: object.size obrigado

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Produção de tabelas no R - LaTeX
by Andre Oliveira 10 Nov '13

10 Nov '13

Pessoas, existe algum pacote melhor e mais eficiente que o xtable para imprimir tabelas no R? André Oliveira Souza

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Versão de um pacote instalado no R
by Andre Oliveira 10 Nov '13

10 Nov '13

Pessoas, como verificar a versão de um dado pacote instalado no R? obrigado André Oliveira Souza

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geoestatística - analise dos resíduos em área irregular
by Hélio Gallo Rocha 09 Nov '13

09 Nov '13

Caros da lista, bom dia. Situação: 1. Área de estudo tem forma irregular, aproximadamente a forma de um feijão com seu eixo principal com azimute de +/- 45º. 2. o grid para fazer a krigagem tem de ter uma forma quadrada ou retangular. 3. posso dizer que tenho duas áreas 3.1 área interna efetiva 3.2 área externa, que, no caso, não interessa. Problema: Ao analisar os residuos da krigagem, percebi que os mesmos (resíduos) da área externa possuem valores superiores. No meu modo de ver eles estariam influenciando na análise, tornando a análise não confiável Pergunto: 1. Teria como isolar estas áreas? Agradeço desde já sugestões -- Hélio Gallo Rocha IFSULDEMINAS - Câmpus Muzambinho

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geoestatística - AIC
by Hélio Gallo Rocha 08 Nov '13

08 Nov '13

Caros listeiros. Como já haviam citado, Prof. Paulo: *"Pensar se a validacao cruzada é de fato nbecessária. Embora seja usada é bem menos informativa e util que outras medidadas de avaliacao do **ajuste baseadas na verossimilhanã e análise dos residuos"* Éder citando Davis, B. M., 1987. Uses and abuses of cross-validation in geostatistics. Math. Geol., v. 17, p. 563–586. *"Cross-validation cannot confirm that a particular model is or is not the optimum. It is a method to better examine and understand the phenomenon under study using the available data"* situação: Caculando o AIC, tive dois resultados diferentes, como segue CRM: require(geoR);data(s100) vModel <- likfit(s100, ini=c(1,0.5), fix.nugget=T) xv.ml<-xvalid(s100,model=vModel) AIC(vModel) #173.1391 reglin_vModel=glm(xv.ml$data~xv.ml$pred) AIC(reglin_vModel) #142.4229 Qual a razão destes valores diferentes? Desde já agradeço qualquer elucidação -- Hélio Gallo Rocha IFSULDEMINAS - Câmpus Muzambinho

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Substituir valores > 0 por 1 em data.frame
by ASANTOS 08 Nov '13

08 Nov '13

Boa tarde pessoal, No seguinte exemplo: da <- expand.grid(trat=gl(2,1), tempo=1:10) X <- model.matrix(~trat+tempo, da); ncol(X) betas <- c(0.1,0.1,0.3) eta <- X%*%betas y1 <- rpois(da$trat, lambda=exp(eta)) y2 <- rbinom(y1, size=1, prob=0.7) da$y <- y1*y2 head(da) Gostaria de criar um novo vetor ybinom, através da substituição de valores em da$y >0 por 1, e os zeros continuam zeros mesmo. Alguém poderia me dar um help? Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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