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Summary GLM
by ana paula coelho madeira 16 Dez '13

16 Dez '13

Boa tarde pessoal. Tenho dados de contagem de ácaros em função do tempo(8 tempos) e da cultivar(4 cultivares). Quando declaro o modelo NP1 <- glm (Y ~ T+C, family = poisson, data=dados) tenho a seguinte saída: Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -5.7588 -1.0631 -0.0002 0.7864 4.7855 Coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -1.718e+01 9.994e+02 -0.017 0.98628 T15 3.932e-09 1.413e+03 0.000 1.00000 T29 1.951e+01 9.994e+02 0.020 0.98442 T43 2.088e+01 9.994e+02 0.021 0.98333 T57 2.139e+01 9.994e+02 0.021 0.98292 T71 2.140e+01 9.994e+02 0.021 0.98291 T85 2.081e+01 9.994e+02 0.021 0.98339 T99 1.745e+01 9.994e+02 0.017 0.98607 C2 -1.468e-01 5.659e-02 -2.594 0.00950 ** C3 -1.433e-01 5.653e-02 -2.535 0.01123 * C4 -1.800e-01 5.710e-02 -3.152 0.00162 ** Pegunto: Não aparece o efeito da cultivar 1 (C1) e do tempo 0 (T0), por que isso ocorre? Como falar sobre o efeito desses dois fatores? Desde já agradeço. Ana Paula

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 36, assunto 15
by Gilenio Borges Fernandes 15 Dez '13

15 Dez '13

Boxplot e um histograma juntos O Pacote que substituiu o simple é UsingR. Abs Gilenio Fernandes Em 15 de dezembro de 2013 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br>escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Ajuda com gráficos no R - Diagrama volumétrico dos espaços no > solo (Wenceslau Teixeira) > 2. Histograma e boxplot juntos (Andre Oliveira) > 3. Re: Histograma e boxplot juntos (Tiago Souza Marçal) > 4. Re: Histograma e boxplot juntos (Andre Oliveira) > 5. Re: Ajuda com gráficos no R - Diagrama volumétrico dos > espaços no solo (Benilton Carvalho) > 6. Gráfico de regressão linear (Andre Oliveira) > 7. Re: Gráfico de regressão linear (Rodrigo Coster) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Sat, 14 Dec 2013 12:31:22 -0200 > From: Wenceslau Teixeira <wgt007(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Ajuda com gráficos no R - Diagrama volumétrico dos > espaços no solo > Message-ID: > <CACqRER=2kyBPdwUcX0V0QzTa=2c1WXPx= > 4FMY6sNT08qyLB2Zw(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Caro Walnes, > > > Agradeço a atenção,excelente, esta isto mesmo que precisávamos. > Agora só me falta descobrir como fazer uma legenda usando os "símbolos" > usados para diferenciar os poligonos. Qualquer dica é bem vinda > > Sds gráficas > > Wenceslau > > > Message: 11 > Date: Wed, 11 Dec 2013 19:56:22 -0200 > From: "walmes ." <walmeszeviani(a)gmail.com> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Ajuda com gráficos no R - Diagrama volumétrico dos > espaços no solo > Message-ID: > <CAFU=EkY= > nDFvVPz3vAc1txSYxDURzv1xCPodDjLHNpXDZ9kU7Q(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > A partir dessa tabela que você forneceu, você pode criar as listas que > demarcam os vértices dos polígonos que representam cada porção do solo. > Algo como > > plot(x=NULL, y=NULL, xlim=c(0,1), ylim=c(1.2,0), > xlab="Umidade (%)", ylab="Profundidade (m)") > > ## points(expand.grid(seq(0,1,0. > 1), seq(0,1.2,0.2))) > ## l <- locator() > ## lines(l) > ## l <- lapply(l, round, digits=1) > ## dput(l) > > l1 <- list(x = c(0, 0.2, 0.2, 0.4, 0.4, 0.5, 0.5, 0), > y = c(1.2, 1.2, 0.8, 0.8, 0.4, 0.4, 0, 0)) > l2 <- list(x = c(0.2, 0.7, 0.7, 0.6, 0.6, 0.6, 0.5, > 0.5, 0.4, 0.4, 0.2, 0.2), > y = c(1.2, 1.2, 0.8, 0.8, 0.6, 0, 0, 0.4, > 0.4, 0.8, 0.8, 1.2)) > l3 <- list(x = c(0.7, 1, 1, 0.6, 0.6, 0.7), > y = c(1.2, 1.2, 0, 0, 0.8, 0.8)) > > polygon(l1$x, l1$y, col="gray90") > polygon(l2$x, l2$y, density=3, angle=33) > polygon(l3$x, l3$y, density=12, angle=55, col="blue") > > > À disposição. > Walmes. > > > -- > Wenceslau Teixeira > > wgt007(a)gmail.com > skype: wgt007 > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20131214/10382342/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Sat, 14 Dec 2013 10:15:27 -0800 (PST) > From: Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Histograma e boxplot juntos > Message-ID: > <1387044927.86401.YahooMailNeo(a)web125905.mail.ne1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Pessoal, > estava precisando de um pacote que plota o boxplot e um histograma > juntos. Dei uma olhando a internet achei, mas não deu certo parece que o > pacote Simple saiu dos repositórios. Tem um pacote que plota y~x e na > margem de x e y plota o histograma. Estou precisando desta duas coisas eu > sei que existe, mas não me lembro qual pacote faz estas dois gráficos. > > library("Simple") > data(emissions) > attach(emissions) > simple.scatterplot(perCapita,CO2) > title("GDP/capita vs. CO2 emissions 1999") > > > > obrigado > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20131214/0dcd7061/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Sat, 14 Dec 2013 23:22:03 +0300 > From: Tiago Souza Marçal <tiagosouzamarcal(a)hotmail.com> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Histograma e boxplot juntos > Message-ID: <BLU170-W38E483DCD7AC28E10DBD5D9DE0(a)phx.gbl> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Você pode fazer isso usando o comando par() para dividir a janela gráfica > e depois usar as funções boxplot() e hist(). > > Att. > > Tiago. > > > ################################################################# Tiago de > Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação > Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas > ################################################################# > > Date: Sat, 14 Dec 2013 10:15:27 -0800 > From: andreolsouza(a)yahoo.com.br > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Histograma e boxplot juntos > > Pessoal,estava precisando de um pacote que plota o boxplot e um histograma > juntos. Dei uma olhando a internet achei, mas não deu certo parece que o > pacote Simple saiu dos repositórios. Tem um pacote que plota y~x e na > margem de x e y plota o histograma. Estou precisando desta duas coisas eu > sei que existe, mas não me lembro qual pacote faz > estas dois gráficos. > library("Simple")data(emissions)attach(emissions)simple.scatterplot(perCapita,CO2)title("GDP/capita > vs. CO2 emissions 1999") > > > obrigado > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne?a > c?digo m?nimo reproduz?vel. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20131214/7a59de80/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 4 > Date: Sat, 14 Dec 2013 14:07:26 -0800 (PST) > From: Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Histograma e boxplot juntos > Message-ID: > <1387058846.73250.YahooMailNeo(a)web125906.mail.ne1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Eu fiz isto Tiago. Queria a outra função só para colocar em uma > apresentação sobre R apenas para fim didático! > > > > > > > > André Oliveira Souza > > > > Em Sábado, 14 de Dezembro de 2013 18:22, Tiago Souza Marçal < > tiagosouzamarcal(a)hotmail.com> escreveu: > > Você pode fazer isso usando o comando par() para dividir a janela gráfica > e depois usar as funções boxplot() e hist(). > > Att. > > Tiago. > > > > ################################################################# > > Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES > > Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de > Plantas > > ################################################################# > > > > ________________________________ > Date: Sat, 14 Dec 2013 10:15:27 -0800 > From: andreolsouza(a)yahoo.com.br > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Histograma e boxplot juntos > > > Pessoal, > estava precisando de um pacote que plota o boxplot e um histograma > juntos. Dei uma olhando a internet achei, mas não deu certo parece que o > pacote Simple saiu dos repositórios. Tem um pacote que plota y~x e na > margem de x e y plota o histograma. Estou precisando desta duas coisas eu > sei que existe, mas não me lembro qual pacote faz estas dois gráficos. > > library("Simple") > data(emissions) > attach(emissions) > simple.scatterplot(perCapita,CO2) > title("GDP/capita vs. CO2 emissions 1999") > > > > obrigado > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne?a > c?digo m?nimo reproduz?vel. > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20131214/f1130aeb/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 5 > Date: Sat, 14 Dec 2013 21:16:16 -0200 > From: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho(a)gmail.com> > To: r-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Ajuda com gráficos no R - Diagrama volumétrico dos > espaços no solo > Message-ID: > < > CAO-arWMqcX481cpDvopuU-sAj6y9UdwukvKu0BBneCLHariJJQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > ?legend > > usando os comandos q o Walmes te enviou, uma tentativa natural e': > > legend('right', c('txtA', 'txtB', 'txtC'), fill=c('gray90', 'black', > 'blue'), angle=c(0, 33, 55), density=c(100, 3, 12)) > > > Em 14 de dezembro de 2013 12:31, Wenceslau Teixeira <wgt007(a)gmail.com > >escreveu: > > > Caro Walnes, > > > > > > Agradeço a atenção,excelente, esta isto mesmo que precisávamos. > > Agora só me falta descobrir como fazer uma legenda usando os "símbolos" > > usados para diferenciar os poligonos. Qualquer dica é bem vinda > > > > Sds gráficas > > > > Wenceslau > > > > > > Message: 11 > > Date: Wed, 11 Dec 2013 19:56:22 -0200 > > From: "walmes ." <walmeszeviani(a)gmail.com> > > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > > Subject: Re: [R-br] Ajuda com gráficos no R - Diagrama volumétrico dos > > espaços no solo > > Message-ID: > > <CAFU=EkY= > > nDFvVPz3vAc1txSYxDURzv1xCPodDjLHNpXDZ9kU7Q(a)mail.gmail.com> > > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > > > A partir dessa tabela que você forneceu, você pode criar as listas que > > demarcam os vértices dos polígonos que representam cada porção do solo. > > Algo como > > > > plot(x=NULL, y=NULL, xlim=c(0,1), ylim=c(1.2,0), > > xlab="Umidade (%)", ylab="Profundidade (m)") > > > > ## points(expand.grid(seq(0,1,0. > > 1), seq(0,1.2,0.2))) > > ## l <- locator() > > ## lines(l) > > ## l <- lapply(l, round, digits=1) > > ## dput(l) > > > > l1 <- list(x = c(0, 0.2, 0.2, 0.4, 0.4, 0.5, 0.5, 0), > > y = c(1.2, 1.2, 0.8, 0.8, 0.4, 0.4, 0, 0)) > > l2 <- list(x = c(0.2, 0.7, 0.7, 0.6, 0.6, 0.6, 0.5, > > 0.5, 0.4, 0.4, 0.2, 0.2), > > y = c(1.2, 1.2, 0.8, 0.8, 0.6, 0, 0, 0.4, > > 0.4, 0.8, 0.8, 1.2)) > > l3 <- list(x = c(0.7, 1, 1, 0.6, 0.6, 0.7), > > y = c(1.2, 1.2, 0, 0, 0.8, 0.8)) > > > > polygon(l1$x, l1$y, col="gray90") > > polygon(l2$x, l2$y, density=3, angle=33) > > polygon(l3$x, l3$y, density=12, angle=55, col="blue") > > > > > > À disposição. > > Walmes. > > > > > > -- > > Wenceslau Teixeira > > > > wgt007(a)gmail.com > > skype: wgt007 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20131214/558be745/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 6 > Date: Sun, 15 Dec 2013 04:33:51 -0800 (PST) > From: Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Gráfico de regressão linear > Message-ID: > <1387110831.59894.YahooMailNeo(a)web125903.mail.ne1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Bom dia, > alguem da lsta sabe qual função do R faz este gráfico. > https://www.dropbox.com/s/iyfef9sy4tfv4r4/teste.png > > obrigado > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20131215/39a0e6fa/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 7 > Date: Sun, 15 Dec 2013 11:08:40 -0200 > From: Rodrigo Coster <rcoster(a)gmail.com> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>, Andre > Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> > Subject: Re: [R-br] Gráfico de regressão linear > Message-ID: > < > CAKU4wov0PYNJXtYhCT-4HKikOHzJ0z7tPF3tnn76yoQUezruVA(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Uma simples busca no google resulta em diversas soluções: > > https://www.google.com/search?q=scatter+plot+with+histogram+r< > https://www.google.com/search?q=scatter+plot+with+histogram+r&oq=scatter+pl… > > > > > O 2o link é mais amigável para quem não tem 'intimidade' com o ggplot2... > > > 2013/12/15 Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> > > > Bom dia, > > alguem da lsta sabe qual função do R faz este gráfico. > > https://www.dropbox.com/s/iyfef9sy4tfv4r4/teste.png > > > > obrigado > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20131215/50469f52/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 36, assunto 15 > ***************************************** > -- Gilenio Borges Fernandes Professor Associado IV Universidade Federal da Bahia Instituto de Matemática Departamento de Estatística Av. Adhemar de Barros, s/n – Ondina. 40.170-110 - Salvador - BA, Brasil Tel.: (071)3283-6280/6336 Fax: (071)3283-6276 URL: http://lattes.cnpq.br/6764860618464860

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Re: [R-br] Gráfico de regressão linear
by Andre Oliveira 15 Dez '13

15 Dez '13

require(UsingR) x=rnorm(999) y=x+rnorm(999) simple.scatterplot(x,y) André Oliveira Souza Em Domingo, 15 de Dezembro de 2013 15:50, Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> escreveu: André Oliveira Souza Em Domingo, 15 de Dezembro de 2013 11:35, Rodrigo Coster <rcoster(a)gmail.com> escreveu: Acho que tu nao entrou no link que eu falei... Enfim, segue o texto do link (http://www.r-bloggers.com/example-10-3-enhanced-scatterplot-with-marginal-h…) scatterhist <- function(x, y, xlab = "", ylab = "", plottitle="", xsize=1, cleanup=TRUE,...){ # save the old graphics settings-- they may be needed def.par <- par(no.readonly = TRUE) zones <- matrix(c(1,1,1, 0,5,0, 2,6,4, 0,3,0), ncol = 3, byrow = TRUE) layout(zones, widths=c(0.3,4,1), heights = c(1,3,10,.75)) # tuning to plot histograms nicely xhist <- hist(x, plot = FALSE) yhist <- hist(y, plot = FALSE) top <- max(c(xhist$counts, yhist$counts)) # for all three titles: # drop the axis titles and omit boxes, set up margins par(xaxt="n", yaxt="n",bty="n", mar = c(.3,2,.3,0) +.05) # fig 1 from the layout plot(x=1,y=1,type="n",ylim=c(-1,1), xlim=c(-1,1)) text(0,0,paste(plottitle), cex=2) # fig 2 plot(x=1,y=1,type="n",ylim=c(-1,1), xlim=c(-1,1)) text(0,0,paste(ylab), cex=1.5, srt=90) # fig 3 plot(x=1,y=1,type="n",ylim=c(-1,1), xlim=c(-1,1)) text(0,0,paste(xlab), cex=1.5) # fig 4, the first histogram, needs different margins # no margin on the left par(mar = c(2,0,1,1)) barplot(yhist$counts, axes = FALSE, xlim = c(0, top), space = 0, horiz = TRUE) # fig 5, other histogram needs no margin on the bottom par(mar = c(0,2,1,1)) barplot(xhist$counts, axes = FALSE, ylim = c(0, top), space = 0) # fig 6, finally, the scatterplot-- needs regular axes, different margins par(mar = c(2,2,.5,.5), xaxt="s", yaxt="s", bty="n") # this color allows traparency & overplotting-- useful if a lot of points plot(x, y , pch=19, col="#00000022", cex=xsize, ...) # reset the graphics, if desired if(cleanup) {par(def.par)} } scatterhist(rnorm(1000), rchisq(1000, 7)) 2013/12/15 Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> Já havia buscado em meus arquivos pessoais e na internet com construir este gráfico com uma rodada só de camandos. Algo deste tipo: > > >library("Simple") >data(emissions) >attach(emissions) >simple.scatterplot(perCapita,CO2) >title("GDP/capita vs. CO2 emissions 1999") > > >Só que não deu certo aqui, parece que esta biblioteca saiu dos repositórios. > > > > > > > >Em Domingo, 15 de Dezembro de 2013 11:08, Rodrigo Coster <rcoster(a)gmail.com> escreveu: > >Uma simples busca no google resulta em diversas soluções: > > >https://www.google.com/search?q=scatter+plot+with+histogram+r > > > > > >O 2o link é mais amigável para quem não tem 'intimidade' com o ggplot2... > > > >2013/12/15 Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> > >Bom dia, >>alguem da lsta sabe qual função do R faz este gráfico. >>https://www.dropbox.com/s/iyfef9sy4tfv4r4/teste.png >> >> obrigado >> >> >> >> >>_______________________________________________ >>R-br mailing list >>R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >> > > >

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Gráfico de regressão linear
by Andre Oliveira 15 Dez '13

15 Dez '13

Bom dia, alguem da lsta sabe qual função do R faz este gráfico. https://www.dropbox.com/s/iyfef9sy4tfv4r4/teste.png obrigado

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Ajuda com gráficos no R - Diagrama volumétrico dos espaços no solo
by Wenceslau Teixeira 14 Dez '13

14 Dez '13

Caro Walnes, Agradeço a atenção,excelente, esta isto mesmo que precisávamos. Agora só me falta descobrir como fazer uma legenda usando os "símbolos" usados para diferenciar os poligonos. Qualquer dica é bem vinda Sds gráficas Wenceslau Message: 11 Date: Wed, 11 Dec 2013 19:56:22 -0200 From: "walmes ." <walmeszeviani(a)gmail.com> To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Ajuda com gráficos no R - Diagrama volumétrico dos espaços no solo Message-ID: <CAFU=EkY=nDFvVPz3vAc1txSYxDURzv1xCPodDjLHNpXDZ9kU7Q(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" A partir dessa tabela que você forneceu, você pode criar as listas que demarcam os vértices dos polígonos que representam cada porção do solo. Algo como plot(x=NULL, y=NULL, xlim=c(0,1), ylim=c(1.2,0), xlab="Umidade (%)", ylab="Profundidade (m)") ## points(expand.grid(seq(0,1,0. 1), seq(0,1.2,0.2))) ## l <- locator() ## lines(l) ## l <- lapply(l, round, digits=1) ## dput(l) l1 <- list(x = c(0, 0.2, 0.2, 0.4, 0.4, 0.5, 0.5, 0), y = c(1.2, 1.2, 0.8, 0.8, 0.4, 0.4, 0, 0)) l2 <- list(x = c(0.2, 0.7, 0.7, 0.6, 0.6, 0.6, 0.5, 0.5, 0.4, 0.4, 0.2, 0.2), y = c(1.2, 1.2, 0.8, 0.8, 0.6, 0, 0, 0.4, 0.4, 0.8, 0.8, 1.2)) l3 <- list(x = c(0.7, 1, 1, 0.6, 0.6, 0.7), y = c(1.2, 1.2, 0, 0, 0.8, 0.8)) polygon(l1$x, l1$y, col="gray90") polygon(l2$x, l2$y, density=3, angle=33) polygon(l3$x, l3$y, density=12, angle=55, col="blue") À disposição. Walmes. -- Wenceslau Teixeira wgt007(a)gmail.com skype: wgt007

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Histograma e boxplot juntos
by Andre Oliveira 14 Dez '13

14 Dez '13

Pessoal, estava precisando de um pacote que plota o boxplot e um histograma juntos. Dei uma olhando a internet achei, mas não deu certo parece que o pacote Simple saiu dos repositórios. Tem um pacote que plota y~x e na margem de x e y plota o histograma. Estou precisando desta duas coisas eu sei que existe, mas não me lembro qual pacote faz estas dois gráficos. library("Simple") data(emissions) attach(emissions) simple.scatterplot(perCapita,CO2) title("GDP/capita vs. CO2 emissions 1999") obrigado

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Re: [R-br] Otimização (boost + simplex)
by Ivan Bezerra Allaman 13 Dez '13

13 Dez '13

Debug a função para que tenha um diagnóstico melhor. library(debug) mtrace(simplex) mtrace(simplex1) O erro está acontecendo dentro a função simplex1 que é interna da função simplex. O erro ocorre em um while. Então, só você mesmo pra saber o porque do erro. (s,f,p) Allaman

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Otimização (boost + simplex)
by Rodolfo Timoteo da Silva 13 Dez '13

13 Dez '13

Senhores, ao tentar otimizar a partir do arquivo abaixo: /library(boot)// //z = c(1,1,1,1,1,1,1)// //res2 = matrix(c(1,0,0,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,0,0,0,1,1,1,1,1,0,0,0,1,1,1,1,1),7,7)// //simplex(a=z,A1=NULL,b1=NULL,A2=rbind(res2),b2=c(18,12,15,19,14,16,11),A3=NULL,b3=NULL,maxi=FALSE)// / Recebo a mensagem: /Erro em pivot(tableau, prow, pcol) : // // NAs não são permitidos em atribuições por subscritos// //Calls: simplex -> simplex1 -> pivot// //Execução interrompida// / A título de elucidação, abaixo o arquivo utilizado pelo gurobi (www.gurobi.com) ao qual realizo a tarefa normalmente. /Minimize// // x1 + x2 + x3 + x4 + x5 + x6 + x7// //Subject To// // x1 + x2 + x3 + x4 + x5 >= 18// // x2 + x3 + x4 + x5 + x6 >= 12// // x3 + x4 + x5 + x6 + x7 >= 15// // x4 + x5 + x6 + x7 + x1 >= 19// // x5 + x6 + x7 + x1 + x2 >= 14// // x6 + x7 + x1 + x2 + x3 >= 16// // x7 + x1 + x2 + x3 + x4 >= 11// //Bound// // x1 >= 0// // x2 >= 0// // x3 >= 0// // x4 >= 0// // x5 >= 0// // x6 >= 0// // x7 >= 0// //Integers// // x1 x2 x3 x4 x5 x6 x7// //End/ Alias, como garantir lá no R que os resultados sejam números inteiros apenas? Obrigado Att

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[OFF] Banco de dados
by Andre Oliveira 12 Dez '13

12 Dez '13

Boa noite, estou para fazer uma apresentação sobre análise descritiva de dados no R e não tenho um banco de dados com descrição das variáveis. Algo semelhante aquele conjunto de dados milsa que circula na internet. Alguém teria algum site para indicar onde eu possa conseguir alguns conjuntos de dados? obrigado

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Re: [R-br] Ajuda com gráficos no R - Diagrama volumétrico dos espaços no solo
by Wenceslau Teixeira 12 Dez '13

12 Dez '13

Caros colegas do R, > > Um amigo me pediu ajuda para fazer um diagrama volumétrico de algumas > propriedades do solo (agua retida a diferentes potenciais, volume de > sólidos, etc). > > Este é uma figura que ilustra todo a distribuição do espaço poroso de um > perfil de solo. Mas não consigo montar este diagrama no R. Talvez alguém > aqui da lista possa me dar uma ajuda ou já tenha visto algo semelhante. Ela > era usualmente feita como figura no Corel. > > A figura/diagrama que comento está neste endereço > > https://www.dropbox.com/l/zPSzOqAKPVSEhHFopbu3Xc > > No diagrama no eixo x fica o volume do solo (variando de 0,0 - 1,0 m3/m3. > No eixo y fica os horizontes/profundidades em cm. > E o volume fica dividido entre os valores de i) CAD1 capacidade de água > disponível – [0,010 – 1,5 MPA], ii) CAD2 Capacidade de água disponível [ > 0,033 – 1,5 MPA], iii) Macroporos; iv) Água fortemente retida; v) água > efêmera (conteúdo de água retida entre 0,01 e 0,033 MPA), vi) Matéria > sólida. Alguns deste parâmetros se sobrepõe. > > Sei que a regra e tentar enviar um CMR. Mas não sei por onde começar. > > > Cordialmente, > > > Wenceslau Teixeira > > Embrapa Solos > > > Horiz. > > Profund. > > CAD1 (0,01) > > CAD2 (0,03) > > Macro > > Água fortemente retida (PM) > > Água retida entre (0,01 e 0,03) > > Matéria sólida > > A > > 0-18 > > 0,079 > > 0,062 > > 0,311 > > 0,206 > > 0,08 > > 0,396 > > AB > > 18-37 > > 0,085 > > 0,057 > > 0,252 > > 0,260 > > 0,016 > > 0,387 > > Bw1 > > 37-90 > > 0,079 > > 0,051 > > 0,251 > > 0,265 > > 0,017 > > 0,388 > > Bw2 > > 90-150 > > 0,089 > > 0,054 > > 0,215 > > 0,263 > > 0,019 > > 0,414 > > > > > > > > > > > > > > > > > > -- > Wenceslau Teixeira > > wgt007(a)gmail.com > skype: wgt007 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > -- Wenceslau Teixeira wgt007(a)gmail.com skype: wgt007

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regressão linear polinomial: classificar em simples ou múltipla (dúvida conceitual)
by Jose Claudio Faria 12 Dez '13

12 Dez '13

Caros membros, Vou usar da lista para possivelmente redimir uma dúvida conceitual, pois não vejo melhor local para fazê-lo, dado ao perfil dos usuários. Muitos autores classificam os modelos de regressão linear assim: 1- Simples (y = Bo + B1X) 2- Polinomial (y = Bo + B1X + B2X^2 + + B3X^3...) 3- Múltipla (y = Bo + B1X + B2Y + B3XY...) Outros (dando ênfase na variável preditora) classificam as polinomiais (dependentes de apenas uma variável fixa ou aleatória) como simples e usam r² (minúsculo) para o coef. de determinação, independente do grau do polinômio. Já outros (dando ênfase no modelo) classificam as polinomiais (dependentes de apenas uma variável fixa ou aleatória) como múltipla, e usam R² (maiúsculo) para o coef. de determinação, desde que tenha mais de um grau e independente do número de graus do polinômio. Gostaria muito da opinião do pessoal mais especializado sobre esse assunto! Não seria uma caso como o da "a cerveja que desce redondo"? Ou seja se a ênfase está no substantivo (cerveja) deveria ser: desce redonda. Outros pensam que "redondo" é um advérbio e se refere ao verbo "descer", portanto, que está correta a concordância no masculino. http://salp-pmf.blogspot.com.br/2012/06/cerveja-que-desce-redondo-ou-redond… Ab, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)9100.7351 - TIM 55(73)8817.6159 - OI ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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Re: [R-br] regressão linear polinomial: classificar em simples ou múltipla (dúvida conceitual)
by Ivan Bezerra Allaman 11 Dez '13

11 Dez '13

Para mim é claro e evidente que a diferença entre uma regressão linear simples e uma múltipla é o número de variáveis preditoras (ou independentes) indiferentemente do grau do polinômio. Vejamos a seguinte situação: Y = a + bX Y = a + bX + cZ O que os diferencia? - Ambos são polinômios do primeiro grau? Sim - Ambos tem o mesmo número de variáveis preditoras? Não . Então isso os diferencia? Sim Vejamos outra situação: Y = a + bX + cX^2 Y = a + bX + cX^2 + dZ + dZ^2 O que os diferencia? - Ambos são polinômios do segundo grau? Sim - Ambos tem o mesmo número de variáveis preditoras? Não . Então isso os diferencia? Sim Lembrando láaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa da matemática básica, todo *monômio *(comumente conhecido como regressão linear simples) é um *polinômio*. Portanto, o que diferencia um polinômio simples de um múltiplo é o número de variáveis preditoras. (s,f,p)

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Converter dados de contagem em binomial
by ASANTOS 11 Dez '13

11 Dez '13

Caros Membros, Estou tentando converter dados de contagem de insetos mortos em notação binomial e estou fazendo algo errado, pois se tenho: trat<-gl(5,10) ## 5 tratamentos com dez repetições tempo<- gl(10,50) ## 10 avaliações no tempo dados<-expand.grid(trat, tempo) colnames(dados)<-c("trat","tempo") y<-rpois(length(dados[,1]),10) ## Simula a variável resposta dados<-cbind(dados,y) ## Converter os dados de contagem em binomial, por ex. se tenho 5, devo converter em 1 1 1 1 1 dados.bin <- NULL for (i in 1:nrow(dados)) dados.bin <- c(dados.bin, rep(c(1,dados[i,3]))) Por que para cada valor de contagem na coluna dados[,3] não tenho a transformação que espero? Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Como fazer uma Análise Fatorial
by Jodavid Ferreira 09 Dez '13

09 Dez '13

Alguém pode me ajudar a como realizar uma análise Multivariada no R? -- Jodavid Ferreira Responsável pela comissão de Comunicação do MJ da RCCPB - http://rccpbjovem.com Membro da equipe Estadual do Ministério de Comunicação da RCCPB - http://rccpb.com.br Responsável pelo Ministério de Comunicação do Grupo de Oração Boa Esperança - http://grupoboaesperanca.com Bacharelando em Estatística - UFPB Estagiário no Laboratório de Estatística Aplicada ao Processamento de Imagens e Geoprocessamento - http://de.ufpb.br/~leapig Site Pessoal - http://jodavidferreira.com Twitter - @JodavidFerreira <http://twitter.com/JodavidFerreira>

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Análise Discriminante e Análise Fatorial
by Jodavid Ferreira 09 Dez '13

09 Dez '13

Como realizar uma Analise Fatorial e Análise Discriminante no software R? Onde posso encontrar material, ou algum algoritmo, script? -- Jodavid Ferreira Responsável pela comissão de Comunicação do MJ da RCCPB - http://rccpbjovem.com Membro da equipe Estadual do Ministério de Comunicação da RCCPB - http://rccpb.com.br Responsável pelo Ministério de Comunicação do Grupo de Oração Boa Esperança - http://grupoboaesperanca.com Bacharelando em Estatística - UFPB Estagiário no Laboratório de Estatística Aplicada ao Processamento de Imagens e Geoprocessamento - http://de.ufpb.br/~leapig Site Pessoal - http://jodavidferreira.com Twitter - @JodavidFerreira <http://twitter.com/JodavidFerreira>

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filliben
by Hélio Gallo Rocha 07 Dez '13

07 Dez '13

Caros listeiros, bom dia. Estou com uma Li um comunicado técnico da EMBRAPA utilizando o Teste de Filliben, onde analisa os resíduos ortonormais para validação modelos geoestatísticos. neste link: https://www.dropbox.com/s/e9ww5h5w9dz8wed/CT60_FILLIBEN.pdf Fiz uma busca na lista e não achei nenhuma referencia. Achei neste link: http://genepi.qimr.edu.au/staff/davidD/R/filliben.R esta função: filliben <- function(x) { y<-sort(x) n<-length(y) p<-(1:n-0.3175)/(n+0.365) p[1]<-1-0.5^(1/n) p[n]<-0.5^(1/n) p<-qnorm(p) cor(y,p) } Para obter o resultado do teste: filliben(rstandard(reglin_esc)) onde, segundo o link reglin_esc seria produto de uma regressão, pensei entre os dados originais e os estimados pela krigagem, até ai tudo bem. No Comunicado técnico ele calcula o resíduo ortonomal. Alguém poderia dar uma ajuda? Agradeço antecipadamente, -- Hélio Gallo Rocha IFSULDEMINAS - Câmpus Muzambinho

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Extração de coordenadas e tempo em múltiplas imagens
by ASANTOS 05 Dez '13

05 Dez '13

Caros Membros, Estou precisando de ajuda para criar um laço para extrair as coordenadas e o tempo (no nome do arquivo) em múltiplas figuras. No meu exemplo abaixo e usando apenas a figura 1, tenho uma regiões de pixels de interesse em branco e o nome da figura Fig1-0_00_00.png, preciso das coordenadas x e y das regiões em branco (Valor digital = 0), representado pelo objeto fig.data.pix e juntei ao tempo que é 0:00:00, pois o nome da Figura é 0_00_00. Conforme CRM abaixo, fazendo figura por figura esta OK, mas gostaria de fazer um laço para extrair essas informações das três figuras abaixo e armazená-las em um único objeto, alguém teria alguma sugestão? #------------------------------------------------------------------------------- # Rotina para extração de coordenadas e tempo em imagens #------------------------------------------------------------------------------- # Abertura das imagens require(RCurl) #Figura 1 ---------------------------------------------------------------------- get.dropbox <- function(file, token) { require(RCurl, quietly=TRUE) bin <- getBinaryURL(paste0("https://www.dropbox.com/s/8b99gn9ve1yo7is/Fig1-0_00_00.png", token, "/", file), ssl.verifypeer = FALSE) con <- file(file, open = "wb") writeBin(bin, con) close(con) message(noquote(paste(file, "read into", getwd()))) } # get.dropbox("Fig1-0_00_00.png", "Fig1-0_00_00.png") #Figura 2 ---------------------------------------------------------------------- get.dropbox <- function(file, token) { require(RCurl, quietly=TRUE) bin <- getBinaryURL(paste0("https://www.dropbox.com/s/8b99gn9ve1yo7is/Fig2-0_20_00.png", token, "/", file), ssl.verifypeer = FALSE) con <- file(file, open = "wb") writeBin(bin, con) close(con) message(noquote(paste(file, "read into", getwd()))) } # get.dropbox("Fig2-0_20_00.png", "Fig2-0_20_00.png") #Figura 3 --------------------------------------------------------------------- get.dropbox <- function(file, token) { require(RCurl, quietly=TRUE) bin <- getBinaryURL(paste0("https://www.dropbox.com/s/bo6gbt3ca6xwxm0/Fig3-0_40_00.png", token, "/", file), ssl.verifypeer = FALSE) con <- file(file, open = "wb") writeBin(bin, con) close(con) message(noquote(paste(file, "read into", getwd()))) } # get.dropbox("Fig3-0_40_00.png", "Fig3-0_40_00.png") # Extraido as coordenadas dos pixels para figura 1 ----------------------------- require(raster) r <- raster("Fig1-0_00_00.png") image(r) r2<-as.data.frame(r) # Cria as coordenadas ---------------------------------------------------------- grid0 <- expand.grid(x=seq(0,length.out=r@nrows), y=seq(0,length.out=r@ncols)) # Coordenadas + valor dos pixels fig.data<-cbind(grid0,r2) # Região de interesse - Número digital = 0 fig.data.pix<-fig.data[fig.data[,3]==0,] # Extrai o tempo do nome do arquivo tempo2<-r@data@names tempo1<-gsub("Fig1.", "", tempo2) tempo<-gsub("_", ":", tempo1) # Cria o arquivo final dados<-cbind(fig.data.pix[,1:2],rep(tempo)) head(dados) #------------------------------------------------------------------------------- Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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zip
by ana paula coelho madeira 05 Dez '13

05 Dez '13

Boa tarde pessoal, Estou tentando ajustar um modelo com excesso de zeros, usando a função zeroinfl() do pacote pscl. No entanto, quando rodo o programa aparece a seguinte mensagem de erro: require(pscl) zip <-zeroinfl(Y~T+C+C:T,dist=c("poisson"), link=c("logit")) Error: could not find function "zeroinfl" Alguém sabe o que pode estar ocorrendo? Obrigada Ana Paula

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Espelho do CRAN no Nordeste do Brasil: novo link
by Jose Claudio Faria 05 Dez '13

05 Dez '13

Olá para todos, Informo que ocorreu uma pequena alteração no link do novo repositório experimental do CRAN no Nordeste do Brasil (UESC/Ilhéus/Bahia). O dados corretos estão abaixo: - URL: http://nbcgib.uesc.br/mirrors/cran/ - Country: Brazil - Name: Brazil (BA) - Cidade: Ilhéus - Host: NBCGIB - Núcleo de Biologia Computacional e Gestão de Informações Biotecnológicas. Ab, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)9100.7351 - TIM 55(73)8817.6159 - OI ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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Gráfico de pontos
by Alex 05 Dez '13

05 Dez '13

Ao grupo r-br, por favor, eu criei um gráfico de pontos onde o tamanho e cor de cada um é baseado no quartil ao qual ele pertence, o trecho do código está abaixo. Entretanto estou com dificuldades de criar a legenda. Alguém poderia me orientar? *attach(dadosT1)* *par(mfrow=c(1,1))* *ramp<-colorRamp(c("yellow", "red"))* *points(dadosT1,xlab="Coordenada X (coluna)",* *ylab="Coordenada Y (linha)",* *pt.divide="quartiles", col=rgb(ramp(seq(0,1, length=5)), max=255))* Desde já agradeço, Alex Santos

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Coords - GeoR
by João Sousa 05 Dez '13

05 Dez '13

Gostaria de ajuda/orientação de como obter os vetores das coordenadas dos bairros da cidade do Rio de Janeiro. O objetivo é montar um gráfico espacial para mostrar o número de furtos, roubos e homicídios dolosos na cidade. Tive um curso desse na graduação, há muuuito tempo e a coisa simplesmente caiu no esquecimento. []' João Sousa

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Parcela subdividida: problema na declaração do erro associado a parcela
by Jose Claudio Faria 04 Dez '13

04 Dez '13

Pessoal, O CMR abaixo é da apostila do Walmes. #------------------------------------------------------------------------------------------ # dados ps <- expand.grid(BL=c("I", "II", "III", "IV"), ES=c("e1", "e2"), AD=c("a1", "a2", "a3")) ps$alt <- c(58,77,38,52,44,59,30,34,85,90,73,77,59,68,45,55,66,93,67,64,54,75,53,48) str(ps) # #------------------------------------------------------------------------------------------ # análise de variância (erro A = BL x AD) m0 <- aov(alt ~ BL + AD + Error(BL:AD) + ES + AD:ES, data=ps) # termo Error para declarar erro A m0 <- aov(alt ~ BL + AD * ES + Error(BL:AD), data=ps) # o mesmo com fórmula comprimida summary(m0) #------------------------------------------------------------------------------------------ Encontrei muitos outros exemplos (na web e em livros) com essa notação: Error(BL:AD) Contudo o R (3.0.2patched) não está aceitando essa notação! Fornece sempre a mensagem de erro: In aov(alt ~ BL + AD + Error(BL:AD) + ES + AD:ES, data = ps) : modelo Error() é singular Contudo o R está aceitando esse modelo: m0 <- aov(alt ~ BL + AD + Error(BL/AD) + ES + AD:ES, data=ps) Mas nesse caso o resíduo A (associado a bloco e parcela - AD) não fica correto. Alguém que anda trabalhando com esses modelos poderia ajudar? Ab, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)9100.7351 - TIM 55(73)8817.6159 - OI ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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Plotar média de dois grupos
by Andre Oliveira 04 Dez '13

04 Dez '13

Pessoal, dei uma pesquisada e não consegui plotar o que desejo. Estou com os comandos. require(gdata) dados<-read.xls("multinacional.xls", encoding = "latin1") str(dados) attach(dados) library(doBy) require(lattice) xyplot(salario~escolaridade|sexo) summaryBy(salario~escolaridade|sexo,dados,FUN=c(mean)) escolaridade sexo salario.mean 1 médio Feminino 12.80000 2 médio Masculino 10.77500 3 pós-graduação Feminino 32.03333 4 pós-graduação Masculino 33.28000 5 superior Feminino 21.67000 6 superior Masculino 25.13478 Como plotar em um mesmo gráfico os gráficos de barras das médias dos três escolaridade que tenho por sexo um com cada cor? Tem como fazer isto de forma automática ou vou ter que criar os dados em um data frame para plotar? obrigado

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Re: [R-br] anova com dois fatores não paramétrica
by Antonio Moita 04 Dez '13

04 Dez '13

Shah, D. A., and Madden, L. V. 2004. Nonparametric analysis of ordinal data in designed factorial experiments. Phytopathology 94:33-43. Existe um artigo complementar que a revista chama de extra *The e-Xtra logo stands for “electronic extra” and indicates that the online article contains supplemental material not included in the print edition. The online supplement contains detailed instructions on use of statistical software and interpretation of the output, SAS programs (with data), and annotated output files. Segundo os autores foi implementada um pacote no R. Att, Moita -------------------------------------------- Em ter, 3/12/13, Luiz Henrique da Conceicao Leal <richfield(a)ig.com.br> escreveu: Assunto: [R-br] anova com dois fatores não paramétrica Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Data: Terça-feira, 3 de Dezembro de 2013, 11:32 Alguém sabe qual é alternativa não paramétrica quando não se pode assumir normalidade no caso de análise de variância com dois fatores? Desde já agradeço Luiz -----Anexo incorporado----- _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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Repositório do CRAN no Nordeste do Brasil
by Jose Claudio Faria 04 Dez '13

04 Dez '13

Olá para todos, O novo repositório experimental do CRAN no Nordeste do Brasil (UESC/Bahia) está no ar. O dados estão abaixo: - URL: http://nbcgib.uesc.br/mirros/cran/ - Country: Brazil - Name: Brazil (BA) - Cidade: Ilhéus - Host: NBCGIB - Núcleo de Biologia Computacional e Gestão de Informações Biotecnológicas. Para que possa ser incluido na lista dos repositórios oficiais do CRAN solicitamos testes. Ab, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)9100.7351 - TIM 55(73)8817.6159 - OI ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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scan()
by Fernanda De Bastiani 04 Dez '13

04 Dez '13

Caros, alguém conhece alguma função no R que possa substituir a função scan()? No sentido de que a função scan() precisa de um file para fazer scan, ou então voce digitar todos os valores (segundo o que eu entendo). Por exemplo: tenho um object de classe list, e gostaria de ler este objeto, sem precisar salvá-lo em file primeiro, ou sem precisar digitá-lo. n = c(2, 3, 5) s = c("aa", "bb", "cc", "dd", "ee") b = c(TRUE, FALSE, TRUE, FALSE, FALSE) object = list(n, s, b, 3) # x contains copies of n, s, b eu gostaria poder fazer scan(object), existe algo semelhante que funcione?! Obrigada, Fernanda

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Re: [R-br] Gráfico de pontos
by Alex 04 Dez '13

04 Dez '13

Tiago, obrigado por se oferecer a ajudar. Informo que encontrei a solução e compartilho com os demais integrantes da lista r-br. Ressalto que o gráfico exibe pontos com cores e tamanhos segundo o quartil do dado observado. Abraços, Alex Santos quantile(dadosT1$data) points(dadosT1,xlab="Coordenada X (coluna)",ylab="Coordenada Y (linha)", pt.divide="quartiles") legend(270,70, c("1º quartil", "2º quartil", "3º quartil", "4º quartil"), col=c('black', 'black', 'black', 'black'), pt.bg=c('blue', 'green', 'yellow', 'red'), pch=c(21,21,21,21), pt.cex=c(0.6,0.9,1.3,1.6),bty='0') Dec 04, 2013; 8:21am [image: Tiago de Souza]<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=user_nodes…> Tiago de Souza<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=user_nodes…> Nos envie um CMR para que possamos tentar ajudá-lo. Att. Tiago. ######################################################## Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas ######################################################## Em 4 de dezembro de 2013 08:12, Alex <alxcart(a)gmail.com> escreveu: > Ao grupo r-br, > por favor, eu criei um gráfico de pontos onde o tamanho e cor de cada um é > baseado no quartil ao qual ele pertence, o trecho do código está abaixo. > Entretanto estou com dificuldades de criar a legenda. Alguém poderia me > orientar? > > > *attach(dadosT1)* > *par(mfrow=c(1,1))* > *ramp<-colorRamp(c("yellow", "red"))* > *points(dadosT1,xlab="Coordenada X (coluna)",* > *ylab="Coordenada Y (linha)",* > *pt.divide="quartiles", col=rgb(ramp(seq(0,1, length=5)), max=255))* > > > > Desde já agradeço, > Alex Santos > > >

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Obter médias a cada 5 colunas em um data frame
by Rodrigo Muniz 04 Dez '13

04 Dez '13

Caros membros da lista, Gostaria pedir um ajuda bastante pontual, tenho um banco de dados que possui 1850 colunas que representam o comprimento de ondas de alguns tratamento, o comprimento de ondas está apresentado de 1 a 1 nanômetro, sendo que não há diferenças se for apresentado de 5 em 5, por isso gostaria de fazer uma médias a cada 5 colunas, para reduzir o volume de dados. Já tentei transpor a matriz de dados e utilizar a função tapply, porém eu ficaria com um outro data frame com 720 colunas, o que não ajudaria muito. Alguém poderia me falar alguma função para que realize essa operação? Desde já agradeço. ATT. -- *Rodrigo A. Muniz* Eng. Agrônomo. Ms Produção Vegetal (UENF) Doutorando em Engenharia de Sistemas Agrícolas (ESALQ/USP) Cel (19) 8300-4333 (Pessoal) Tel (19) 3375-1196 (Residêncial) Tel (19) 3447-8537 (Trabalho)

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Algoritmo de Fisher's Scoring para o procedimento REML
by Tiago Souza Marçal 04 Dez '13

04 Dez '13

Bom dia pessoal, Estou trabalhando com a estimação de componentes de variância via modelos mistos usando o procedimento de máxima verossimilhança restrita (REML), no entanto, em minhas pesquisas pela internet encontrei o algoritmo de Fisher's Scoring para solução do seguinte modelo: y = Xa + Zg + e em que: y é o vetor de dados a e g são vetores de efeito fixo e aleatório respectivamente. X e Z são as matrizes de incidência dos efeitos fixo e aleatório respectivamente. Gostaria de poder adicionar mais efeitos aleatórios no modelo como por exemplo y = Xa + Zg + Wp + e, e encontrar as soluções dos componentes de variância pelo algoritmo de Fisher's Scoring. Alguém me indica algum material onde possa encontrar algo a respeito? Att. Tiago. ################################################################# Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas #################################################################

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Plotar intervalo de confiança
by Fátima Lima Paula 04 Dez '13

04 Dez '13

Prezados, tenho a taxa de mortalidade por idade e queria plotar o intervalo de confiança. Alguém pode me ajudar? pop=c(37374, 54783, 86049, 126048, 287384) obfaF=c(6,15,27,55,239) txobfaF=(obfaF*365/popfaF)*100 txobfaF idade=c("1","2","3","4","5") plot(idade, txobfaF,type="b",main="Sexo Feminino",xlab="Idade",ylab="Taxa de Mortalidade",lty=2,ylim=c(1,40),xaxt='n') Obrigada Fátima -- "Minha felicidade depende da qualidade dos meus pensamentos"

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matriz correlação
by Luciane Maria Pilotto 03 Dez '13

03 Dez '13

Olá grupo, estou tentando fazer matriz de correlação de Spearman e tetracórica e não estou conseguindo.estou usando banco com algumas variáveis da PNAD e outras que foram criadas a partir destas. Em anexo, as primeiras observações do banco (matriz1.rda). str(matriz) #Transformando em numericas as variáveis que eram fator matriz$urbrurd <- as.numeric(matriz$urbrurd) matriz$racacat <- as.numeric(matriz$racacat) matriz$fumocat <- as.numeric(matriz$fumocat) matriz$consdent12<- as.numeric(matriz$consdent12) matriz$necref<- as.numeric(matriz$necref) matriz$excodo2<- as.numeric(matriz$excodo2) matriz$planocat<- as.numeric(matriz$planocat) matriz$cobraat2<- as.numeric(matriz$cobraat2) cor(matriz, use="complete.obs", method="spearman") # A matriz rodou, porém, não está lendo a variável planocat, alguém pode me ajudar? E preciso rodar a matriz de correlação tetracórica das mesmas variáveis e não estou conseguindo. tetrachoric(matriz) #Error in FUN(X[[1L]], ...) : only defined on a data frame with all numeric variables Tentei transformar as variáveis em fator (as.factor) e tb não deu certo #Error in tetra.mat(x, y = y, correct = correct, smooth = smooth, global = global) : Tetrachoric correlations require dictomous data Att., Luciane Maria Pilotto Mestre e Doutoranda em Saúde Bucal Coletiva - FO/UFRGS

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help
by Marcos Toebe 03 Dez '13

03 Dez '13

Prezados Estou desenvolvendo um estudo durante o doutorado, no qual busco definir por reamostragem no r, o dimensionamento amostral para a realização da análise de trilha. No entanto, tenho verificado que em muitos casos a matriz de correlação é singular. Nesse caso, uma alternativa seria eliminar variáveis correlacionadas, que não é meu interesse no momento, ou adicionar uma constante k na diagonal dessa matriz (menor valor k entre 0 e 1 que solucione o problema). Alguém saberia me informar como consigo adicionar essa constante k apenas na diagonal da matriz no r? E além disso, como poderia criar uma condição de iteração, no qual um valor k seria atribuído e sua eficiência testada por meio de, por exemplo, número de condição? Agradeço muito desde já a ajuda! -- -------------------- *Marcos Toebe* *Engenheiro Agrônomo - UFSM* *Mestre em Agronomia - UFSM* *Doutorando em Agronomia - UFSMBolsista de doutorado - CNPq* m.toebe(a)gmail.com 55-91522333 55-96617761

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ScottKnott
by Andre Oliveira 03 Dez '13

03 Dez '13

Pessoal depois de pesquisar na grupo e no manual da função ainda não resolvi o que quero. Estou com esta estrutura. > setwd("/media/Meus arquivos/Pendrive/KINGSTON/sweave/apostilaR2") > require(gdata) > dad<-read.xls("dic.xls") > str(dad) 'data.frame':12 obs. of 3 variables: $ trata: Factor w/ 4 levels "A","B","C","D": 1 1 1 2 2 2 3 3 3 4 ... $ rep : int 1 2 3 1 2 3 1 2 3 1 ... $ respo: int 6 14 4 9 10 8 73 22 10 1 ... > attach(dad) > dad trata rep respo 1 A 1 6 2 A 2 14 3 A 3 4 4 B 1 9 5 B 2 10 6 B 3 8 7 C 1 73 8 C 2 22 9 C 3 10 10 D 1 1 11 D 2 10 12 D 3 4 > library(doBy) > summaryBy(respo~trata,dad,FUN=c(mean,sd)) trata respo.mean respo.sd 1 A 8 5.291503 2 B 9 1.000000 3 C 35 33.451457 4 D 5 4.582576 > require(ScottKnott) > sk1<-SK(dad,y=respo,model="respo~trata",which="trata") > summary(sk1) Levels Means SK(5%) C 35 a B 9 a A 8 a D 5 a > plot(sk1, title = "Treatamentos", col = rainbow(3)) média iguais ? Minha pergunta é o que fiz de errado? Declarei o modelo errado? o correto seria sk1<-SK(x=dad,y=respo,model="respo~trata",which="trata")? Não mudou nada na resposta summary(sk1) Levels Means SK(5%) C 35 a B 9 a A 8 a D 5 a obrigado

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anova com dois fatores não paramétrica
by Luiz Henrique da Conceicao Leal 03 Dez '13

03 Dez '13

Alguém sabe qual é alternativa não paramétrica quando não se pode assumir normalidade no caso de análise de variância com dois fatores? Desde já agradeço Luiz

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Lattice segplot + panel.xblocks
by FHRB Toledo 02 Dez '13

02 Dez '13

Senhores, Estou tentando fazer um gráfico usando a segplot()... até aí tudo perfeito! Entretanto gostaria de "hachurar" uma área do background do gráfico e tentei de várias formas, mas não consegui! O problema reside é que cada painel terá uma área diferente para hachurar. Procurei e achei as funções panel.xblocks() e pane.rect(). Acho que o caminho é por aí! Gostaria da ajuda de vocês para tentar implementar isso... segue o CMR: dados <- dput(dados) structure(list(fator = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("a", "b"), class = "factor"), tratamento = c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L), media = c(56.7273408697765, 21.6789539145706, 48.9147297325716, 16.128713312085, 72.2770042662147, 76.4078177803679, 50.9077623429051, 73.4185754594888, 6.10335920092642, 55.0889792680129, 73.2888965805648, 42.4138621293343, 61.1580652843309, 60.6674652959473, 61.985833396912, 59.1674199053476, 64.5810153586145, 49.9847839597647, 43.5403475266414, 73.2055926430283, 78.0443736554009, 29.0590364242541, 67.0013026876617, 21.7957799074036, 94.6993295797361, 97.3586875521169, 70.5384358034064, 84.0236784048615, 6.13251698933115, 72.2706008690223, 95.925565877041, 56.3692012642583, 79.8817867665571, 78.7296774114649, 78.3993769394509, 76.0775293205963, 80.0321741107855, 66.4321920049995, 54.1984087410355, 98.1778312021352), inferior = c(43.1836043224278, 17.1528746401404, 37.1996905806528, 12.9475504916982, 46.7714226580457, 45.3692479773409, 39.7789554679844, 29.8329460853507, 2.56413580548224, 35.8089238584928, 47.4171926197379, 29.7410223171652, 39.6810438781391, 38.6961342195907, 37.1835630240529, 37.067425724059, 35.4724912266013, 35.2427573484592, 25.0802453164008, 51.397401326238, 67.626248555891, 18.7695537973605, 56.7158673051006, 14.4447744494442, 85.018794282225, 86.9126759092797, 60.2303195514873, 71.7768506217856, 0.319225404377661, 64.8335865483444, 85.7060969685811, 47.3588023848516, 70.3807330972353, 68.9839724287896, 65.9920666691623, 65.2925804505429, 69.4612476374327, 55.1810503876307, 44.5545294532709, 86.576660755252), superior = c(62.3108540885626, 23.8615642963601, 53.7260587383325, 17.774181934749, 79.7146304606838, 84.9807494296331, 55.9924261554983, 86.5989631071634, 7.15646923884448, 60.7368137544209, 80.8316127544867, 46.572404145686, 67.4355492078165, 66.989163863718, 68.859173168856, 65.4348577926561, 72.5430140364942, 54.8771182917571, 48.6009761134763, 80.3851368007263, 87.1231257331536, 38.7305442725622, 76.1037592450441, 28.7278361811028, 102.689316368094, 106.025905852459, 79.6868529319033, 94.2065097903592, 11.6427132483976, 78.4162162468943, 104.39108823494, 64.3280982909318, 87.9131833084866, 86.9760720156632, 89.0620270643251, 85.2808640058557, 88.7701994563184, 76.4111720930247, 62.5587781906989, 107.948178577293)), .Names = c("fator", "tratamento", "media", "inferior", "superior"), row.names = c(NA, -40L), class = "data.frame") segplot(reorder(tratamento, media) ~ inferior + superior | fator, data = dados, centers = media, draw.bands = FALSE, segments.fun = panel.arrows, ends = 'both', angle = 90, length = 1, unit = 'mm', panel = function(x, y, z, centers, subscripts, ...) { panel.segplot(x, y, z, centers = centers, subscripts = subscripts, ...) }) Minha intenção é que o backgrund de cada painel tenha uma área preenchida de vermelho, por exemplo, mas cada intervalo é diferente por painel... acho que a única forma é informar essas áreas externamente, com outr data.frame, seja por exemplo: dadosAUX <- dput(dadosAUX) structure(list(fator = structure(1:2, .Label = c("a", "b"), class = "factor"), xleft = c(30, 50), xright = c(60, 80)), .Names = c("fator", "xleft", "xright"), row.names = c(NA, -2L), class = "data.frame") Assim... em cada painel, preciso que essa área seja preenchida por toda extensão do eixo Y. Qualquer ajuda é bem vinda. Obrigado a todos! Boa semana e que venha Dezembro! att, FH

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Re: [R-br] Intervalos de confiança plot
by Leal 02 Dez '13

02 Dez '13

Quando não puder assumir normalidade qual seria a alternativa? Conectado pela Motorola "walmes ." <walmeszeviani(a)gmail.com> escreveu: >_______________________________________________ >R-br mailing list >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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análise de sobrevivência
by Fátima Lima Paula 01 Dez '13

01 Dez '13

Prezados, qual o melhor pacote para análise de sobrevivência, riscos competitivos. Obrigada Fátima -- "Minha felicidade depende da qualidade dos meus pensamentos"

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Ajuda numa função para análise de resíduos em GEE
by Gilenio Borges Fernandes 01 Dez '13

01 Dez '13

Prezados(as) Alguém poderia identificar o que está errado na seguinte função: diag_gee_binomial <- function(modelo, dados, umaJanela=T, selGraficos = c(1,1,1,1), identifica=c(0,0,0,0)) { X <- model.matrix(as.formula(paste("~ ", modelo$call$formula[3])), dados) y <- modelo$y beta <- coef(modelo) R <- modelo$work mi <- fitted(modelo) individuo <- modelo$id repet <- dim(modelo$work)[1] ue <- modelo$nobs/repet N <- nrow(X) p <- ncol(X) # Matriz C <- A * Delta #Ligação canonica -> Delta=Identidade A <- diag(mi*(1-mi),N) Etc........... Na execução, diag_gee_binomial(model.ar1, d1, umaJanela=T, selGraficos = c(1,1,1,1), identifica=c(0,0,0,0)) Ocorre a seguinte mensagem de erro: Error in diag(mi * (1 - mi), N) : 'nrow' or 'ncol' cannot be specified when 'x' is a matrix O link para a o CMR da função completa é: https://dl.dropboxusercontent.com/u/73337918/diag_gee_binomial.txt O banco de dados d1 pode ser baixado do link https://dl.dropboxusercontent.com/u/73337918/d1.RData Desde já agradeço Att. -- Gilenio Borges Fernandes Professor Associado IV Universidade Federal da Bahia Instituto de Matemática Departamento de Estatística Av. Adhemar de Barros, s/n – Ondina. 40.170-110 - Salvador - BA, Brasil Tel.: (071)3283-6280/6336 Fax: (071)3283-6276 URL: http://lattes.cnpq.br/6764860618464860

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Intervalos de confiança plot
by Gustavo Faria 01 Dez '13

01 Dez '13

Olá, Fiz uma análise discriminante usando o comando lda no pacote MASS e para construção do gráfico utilizei o comando plot. Gostaria de saber como coloco as elipses dos intervalos de confiança no gráfico. Muito obrigado -- --- Gustavo de Faria Silva Biólogo herpetólogo Crbio 87421/04-P Pós-Graduado em Consultoria e Licenciamento Ambiental Mestrando em Zoologia de Vertebrados Telefone: (31) 9579-8473 (Vivo)

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profajabreu@gmail.com wants to follow you. Accept?
by profajabreu＠gmail.com 01 Dez '13

01 Dez '13

Hi, profajabreu(a)gmail.com is now following you. View profajabreu(a)gmail.com's profile http://invites.infoaxe.net/download.jsp?bcb=true&download=true&emai… Follow the link below to remove yourself from all such emails http://invites.infoaxe.net/uns.jsp?email=r-br@listas.c3sl.ufpr.br&iid=926b6…

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Legenda de pontos
by Alex 30 Nov '13

30 Nov '13

A lista r-br, por favor, eu gostaria de criar uma legenda de pontos de um gráfico. O tamanho e cores seguem a distribuição do pt.divide="rank.proportional" e uma rampa de cores criadas. O trecho do código está abaixo, a parte da legenda é apenas uma tentativa, mas não atende ao que eu quero. Desde já agradeço, Alex Santos attach(dadosT1) par(mfrow=c(1,1)) ramp<-colorRamp(c("yellow", "red")) points(dadosT1,xlab="Coordenada X (coluna)", ylab="Coordenada Y (linha)", pt.divide="rank.proportional", col=rgb(ramp(seq(0,1, length=5)), max=255)) legend(0,150, c('0%', '25%', '50%', '75%'), col=c('red', 'dark blue', 'dark green'), pch=c(1,2,3))

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Ajuda em uma função
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 30 Nov '13

30 Nov '13

Amigos Eu tenho um conjunto de dados com a média da idade dos participantes e o desvio padrão da mesma e gostaria de gerar a distribuição dessas idades para que eu possa obter a proporção de uma determinada faixa etária. Eu fiz a função abaixo: prop <- function(x){ for (i in 1:nrow(x)) z[i]=rnorm(x$npart[i], mean = x$idade[i],sd =x$sd[i]) z y = ifelse(z < 45,"menor de 45 anos","maior de 45 anos") tabela <- table(y) tabela <- round(prop.table(tabela)*100,2) resultado <- tabela[2] print(resultado)} Onde npart é o número total de participantes. O que tenho que modificar nessa função para que eu possa obter os resultados? Att -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 68463637 http://www.linkedin.com/profile/view?id=250437145&trk=tab_pro

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Amostragem hierárquica
by André Lucas de Oliveira Moreira 29 Nov '13

29 Nov '13

Olá pessoal, boa noite. Quero avaliar o efeito da fragmentação sobre a diversidade de aves em duas paisagens (uma com mais habitat outra com mennos e outras coisas que são medidas na paisagem) também vou usar algumas métricas de distúrbio crônico que são medidas dentro dos fragmentos. Então eu pesei em usar uma amostragem hierárquica com paisagem/fragmento/unidades amostrais. Mas a minha dúvida é: como poderia usar este modelo com variáveis contínuas em ambos os eixos? A única variável categórica seria paisagem (uma mais fragmentada e outra menos), as demais seriam contínuas, na verdade algumas com dados de contagem e outras com dados contínuos. Alguma sugestão pessoal? Obrigado, André -- *MSc. André Lucas de O. Moreira* http://lattes.cnpq.br/7258065668864153 <http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas> http://www.wikiaves.com.br/perfil_andrelukinhas 79 8837-3562 79 9153-5552

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Para submeter um pacote ao CRAN
by Freddy Hernandez Barajas 29 Nov '13

29 Nov '13

Ola Eu fiz um pacote chamado AA que depende do pacote BB, essa dependência foi incluída no campo Depends do arquivo DESCRIPTION. Eu consigo aplicar o "check" e o "build" sem erros, notas e avisos e assim eu obtenho o arquivo AA_1.0.tar. Quando eu tento instalar o pacote AA num outro computador o qual não tem o pacote BB instalado eu obtenho a seguinte mensagem: ERROR: dependency 'BB' is not available for package 'AA' A questão é: posso submeter meu pacote ao CRAN para conseguir o arquivo AA_1.0.zip ? O erro vai desaparecer? Atenciosamente Freddy Hernández Barajas

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Ajustamento de dados à curva exponencial
by Cícero C Nunes [rh] 28 Nov '13

28 Nov '13

Caro Walmes, boa tarde. Li o comentário sobre curva exponencial no e-mail abaixo endereçado ao grupo. Pois bem, estou com um probleminha para resolver, a saber: Tenho estas duas séries: x<-c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23) y<-c(100,150,200,250,300,350,400,450,500,550,600,650,700,750,800,850,900,950 ,1000,1050,1100,1150,1200) Utilizei um script apresentado no Livro Conhecendo o R de Luiz A Pertenelli e Márcio P de Mello pág. 165 e não consegui resolver no R. Bom! Ajustei a curva y para exponencial Y no EXCEL conforme abaixo: Y<-c(187,206,227,250,275,303,334,368,405,446,491,541,596,657,723,797,877,966 ,1064,1172,1291,1422,1566) Por favor, como ajusto à exponencial a série y no R? Como chegar ao resultado Y no R? #Script utilizado que não funcionou: x<-c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23) y<-c(100,150,200,250,300,350,400,450,500,550,600,650,700,750,800,850,900,950 ,1000,1050,1100,1150,1200) dados<-data.frame(x,y) plot(dados) funcao<-y~a*exp(b*x) exponencial<-nls(funcao, dados, start=c(a=1,b=1)) exponencial =====Erro no R ================== 10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23) > y<-c(100,150,200,250,300,350,400,450,500,550,600,650,700,750,800,850,900,950 ,1000,1050,1100,1150,1200) > dados<-data.frame(x,y) > plot(dados) > funcao<-y~a*exp(b*x) > exponencial<-nls(funcao, dados, start=c(a=1,b=1)) Erro em nls(funcao, dados, start = c(a = 1, b = 1)) : gradiente singular > exponencial Erro: objeto 'exponencial' não encontrado > Onde estou errando? Abs. _____ <http://www.posicional.com/> assinatura_email_sites Cícero C Nunes Diretor Técnico Operacional Divisão Remuneração <mailto:c2n@posicional.com> c2n(a)posicional.com +55(16)3397.0226 +55(11)3280.0226 +55(11)9.9978.0026 SKYPE: consultormp Rua Padre Duarte, 1360 salas 6/7 Centro Araraquara, SP CEP.: 14.801-310 Antes de imprimir pense em sua responsabilidade com o meio ambiente Quem ama cuida! De: R-br [mailto:r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br] Em nome de walmes . Enviada em: sexta-feira, 8 de novembro de 2013 18:33 Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Assunto: Re: [R-br] Contrastes em modelos de regressão de poisson inflacionados por zeros Você não deve esperar ver uma curva exponencial para a média das contagens em função do tempo e uma sigmoide para a proporção de zeros não Poisson para os zeros se não simulou os dados com efeito de tempo e não declarou efeito de tempo na porção binomial. Para que isso aconteça a simulação tem que estar condizente, tem que ter os efeitos para que as curvas não sejam as "curvas nulas". #------------------------------------------------------------------ # Definições da sessão. rm(list=ls()) require(pscl) require(VGAM) require(multcomp) require(lattice) require(latticeExtra) #------------------------------------------------------------------ # Dados artificiais. da <- expand.grid(tempo=rep(1:10), trat=gl(3,10)) ## simula porção Poisson X <- model.matrix(~trat+tempo, da) colnames(X) beta.pois <- c(-1,0.25,0.5,0.25) eta.pois <- X%*%beta.pois da$y.pois <- rpois(nrow(X), lambda=exp(eta.pois)) xyplot(y.pois~tempo|trat, da) ## simula porção binomial X <- model.matrix(~tempo, da) beta.bern <- c(0,0.3) eta.bern <- X%*%beta.bern da$y.bern <- rbinom(nrow(X), size=1, prob=1/(1+exp(-eta.bern))) xyplot(y.bern~tempo|trat, da) ## monta a contagem com inflação de zeros da$y <- with(da, ifelse(y.bern==0, 0, y.pois)) xyplot(y~tempo|trat, da) #------------------------------------------------------------------ # Modelo completo. compl.mod <- zeroinfl(y~trat+tempo|trat+tempo, data=da) coef(compl.mod) #------------------------------------------------------------------ # Predição do modelo considerando as duas porções. pred <- expand.grid(tempo=rep(1:10), trat=gl(3,1)) X <- model.matrix(~trat+tempo, pred) i <- grep("^count\\_", names(coef(compl.mod))) eta <- X%*%coef(compl.mod)[i] pred$m.pois <- exp(eta) i <- grep("^zero\\_", names(coef(compl.mod))) eta <- X%*%coef(compl.mod)[i] pred$p.zero <- exp(eta)/(1+exp(eta)) xyplot(y~tempo|trat, data=da, jitter.x=TRUE)+ as.layer(xyplot(m.pois~tempo|trat, data=pred, type="l"))+ as.layer(xyplot(p.zero~tempo|trat, data=pred, type="l", lty=2, lwd=2))+ layer(panel.abline(h=1, lty=2)) xyplot(p.zero~tempo|trat, data=pred, type="l", lty=2, lwd=2) #------------------------------------------------------------------ À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 skype: walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes <http://www.leg.ufpr.br/%7Ewalmes> linux user number: 531218 ==========================================================================

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Interromper processo no R - Linux
by Andre Oliveira 27 Nov '13

27 Nov '13

Pessoal, fiz uma busca google e na lista mas não consegui resolver uma pequena situação. Quando no R ocorre um erro na nomenclatura o cursor do R continua piscando esperando novos argumentos etc. Como interromper este processo de forma definitiva? Algo do tipo quando estamos com uma ajuda aberta via terminal e digitamos Q para voltar a tela inicial do R no terminal. obrigado

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Tinn-R: source code on GitHub
by Jose Claudio Faria 27 Nov '13

27 Nov '13

Dear list, The source code of Tinn-R editor is available on GitHub: https://github.com/jcfaria/Tinn-R Tinn-R is free, simple but efficient replacement for the basic code editor provided by Rgui. The project is coordinate by José Cláudio Faria/UESC/DCET. All users are welcome to make it better. LANGUAGE: Object Pascal IDE: Delphi 2007 Regards, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)9100.7351 - TIM 55(73)8817.6159 - OI ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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Teste Bonferonni-Detecção Outlier
by Helder Gramacho 27 Nov '13

27 Nov '13

A saída do teste Bonferonni para detecção de outlier apareceu com os resultados um pouco confusos para mim: > outlierTest(modelo1) No Studentized residuals with Bonferonni p < 0.05 Largest |rstudent|: rstudent unadjusted p-value Bonferonni p 25 3.200023 0.0030963 0.12385 A interpretação abaixo está correta? 25: é o número da observação 3.200023: é o rstudent unadjusted 0.0030963: p-value 0.12385: Bonferonni p No caso, para a observação 25 o p-value indica que esta observação é um outlier, está correto este entendimento? Hélder Gramacho *agrohelder(a)gmail.com <agrohelder(a)hotmail.com>*

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Tinn-R User Guide
by Jose Claudio Faria 27 Nov '13

27 Nov '13

Dears user, The Tinn-R User Guide is completely written in LaTeX and the idea behind this to be available on GitHub is that it has contributions from multiple users. If you find something that you would like to include or impruve: please, fell free to make it better. This User Guide have been developing under both OS: Windows and Linux. Under Windows: we have been using Tinn-R as editor and MikTeX as compiler. Under Linux: we have been using Vim (with LaTeX-Box plugin) as editor and TexLive as compiler. Link: https://github.com/jcfaria/Tinn-R-User-Guide All the best, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)9100.7351 - TIM 55(73)8817.6159 - OI ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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Curso R-Inla
by Gilbert Queiroz 26 Nov '13

26 Nov '13

Pessoal da lista... Existe algum curso sobre R-Inla previsto ainda este ano aqui no Brasil? Pergunto isto pq uma pessoa do LEG havia dito que H. Rue viria ao Br em Nov...Abs Enviado do Yahoo Mail no Android

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