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Identificar células em um raster
by Luciano F. Sgarbi 17 Jan '14

17 Jan '14

Boa tarde pessoal... Preciso saber dentro de qual célula uma determinada coordenada se encontra, tentei várias soluções 'tabajara' mas nenhuma deu certo. ### Vamos então ao exemplo: r <- raster() values(r) <- sort(rnorm(64800)) plot(r) ### aqui eu gostaria de saber qual é a célula que uma determinada coordenada se encontra. ### mas como? ### se alguém puder me dar uma ajuda ficarei grato. ### Por exemplo, qual seria a celula que as coordenadas 'xy' (abaixo) se encontram? xy <- c(-179.6,89.6) Abraços, Luciano F. Sgarbi -- *Luciano F. Sgarbi * * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354> **Dep. Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas I* *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*

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malconfloresta@gmail.com wants to follow you. Accept?
by malconfloresta＠gmail.com 17 Jan '14

17 Jan '14

Hi, malconfloresta(a)gmail.com is now following you. View malconfloresta(a)gmail.com's profile http://invites.infoaxe.net/download.jsp?bcb=true&download=true&emai… Follow the link below to remove yourself from all such emails http://invites.infoaxe.net/uns.jsp?email=r-br@listas.c3sl.ufpr.br&iid=cb736…

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Projeto R - Oportunidade de trabalho
by rh＠datalycs.com 16 Jan '14

16 Jan '14

Pessoal, Estou procurando estatísticos ou especialista em análise de dados para atuar como consultor freelancer em projeto em São Paulo. O projeto é temporário e algumas atividades podem ser executadas remotamente. Os interessados devem ter profundos conhecimentos de Big Data, experiência em linguagem R e modelagem de problemas estatísticos. Pedimos as interessados enviar curriculum ou link do perfil publicado. Obrigado Paul Volkermann

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Licenciamento
by Leonard Assis 16 Jan '14

16 Jan '14

Para fins de licitação, qual a melhor forma de informar que utilizamos o R? Basta imprimir o conteúdo do licence ()? Ou existe algo mais?

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60 + R recursos para melhorar suas habilidades de dados
by Ivanildo Ximenes 16 Jan '14

16 Jan '14

http://www.computerworld.com/s/article/9239799/60_R_resources_to_improve_yo…

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Re: [R-br] Licenciamento
by Juan C. R. Soto Sotelo 16 Jan '14

16 Jan '14

Leonardo, você pode informar que usa o R que é um software licenciado por meio da GPL-GNU, Licença Pública Geral detalhes sobre o uso da licença podem ser lidos na página http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Existe um portal sobre software público brasileiro http://www.softwarepublico.gov.br/spb/ListaSoftwares geralmente os softwares listados nesse portal usam a licença GPL-GNU -- Juan C. R. Soto Sotelo

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Analise variância fatorial com tratamento adicional 3x2+1
by Fernando Souza 14 Jan '14

14 Jan '14

Caros amigos Estou analisando uns dados de produção de gases onde foi avaliado o efeito da adição de 3 níveis de farelo de coco em uma ração base (feno+soja+Milho) sobre a produção de metano. Foi utilizado um DIC com arranjo fatorial 3 x 2 (nível de farelo adicionado x Industria de origem do farelo). Nesse experimento a produção de metano da dieta sem adição de farelo (nível controle tambem foi avaliada. Eu quero avaliar este experimento em relação a dieta controle? Como posso fazer isso, uma vez que não tenho um fatorial para o controle? Penso que este experimento deva ser avaliado como um fatorial com tratamento adicional 3 x 2 + 1, mas não sei como fazê-lo. Alguém pode me orientar? dados<-structure(list(Amostra = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L), Industria = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), Metano = c(23.82046, 22.58261, 6.90982, 9.52078, 18.04296, 24.80488, 19.28557, 13.93736, 19.13685, 8.62221, 16.07414, 9.38481, 10.82267, 17.51822, 22.07641, 23.04412, 22.8202, 26.22151, 8.506, 19.75686, 2.87987, 14.44739, 13.23224, 2.10336, 9.61595, 1.94412, 8.66299, 4.49037, 14.61952, 15.54833, 17.3914, 1.89799, 15.31825, NA, 14.09188, 4.86393, NA, 10.15676, 4.80198, 14.74247, 18.07063, 8.45602, 15.9324, 8.86496, 13.61907, 4.17938, 16.34748, 14.99311, 12.23218)), .Names = c("Amostra", "Industria", "Metano"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -49L)) Amostra= Nível de farelo adicionado (nível 0 é o controle) Industria= (Industria de origem do farelo), há duas industria avaliada dados<-transform(dados,Amostra=factor(Amostra),Industria=factor(Industria)) ANALISE<-aov(Metano~Amostra*Industria,data=dados[-c(32,3,21),]) drop1(ANALISE,~.,test="F") shapiro.test(resid(ANALISE) --- Este email está limpo de vírus e malwares porque a proteção do avast! Antivírus está ativa. http://www.avast.com

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Tinn-R: eBook publicado
by Jose Claudio Faria 14 Jan '14

14 Jan '14

Caros usuários, Foi publicado hoje pela editora Editus um eBook do Tinn-R. O eBook pode ser baixado gratuitamente no link abaixo. http://www.uesc.br/editora/index.php?item=conteudo_livros_digitais.php Ab, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)9100.7351 - TIM 55(73)8817.6159 - OI ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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[OFF] Erro quando se examina toda poulação
by Andre Oliveira 14 Jan '14

14 Jan '14

bom dia, qual erro pode associar quando se examina toda uma população? André Oliveira Souza

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Seleção de pixels em raster em função de coordenadas não inteiras
by ASANTOS 14 Jan '14

14 Jan '14

Caros Membros Gostaria de fazer a seleção e representar graficamente os pixels de um um raster (r) que contem pontos de interesse (pontos). No entanto, o raster possui coordenadas com valores inteiros (Ex. 6, 8, 9 ..) e as coordenadas dos pontos possuem subunidades(6.03, 8.22, 9.65), gostaria de saber como posso fazer para extrair os pixels que contem os pontos selecionados e sua representação gráfica, segue CRM que não funcionou, require(raster) require(sp) ## Criando um raster r <- raster(nc=10, nr=10) r <- setValues(r, round(runif(ncell(r))* 255)) ##Pontos selecionados x<-c(4.25,3.06,6.22,7.35) y<-c(7.00,8.90,1.18,7.03) pontos <- SpatialPoints(cbind(x,y))#cbind-junta duas colunas em uma, no caso as coordenadas ### Recorte dos pontos de interesse do raster r.crop <- crop(r, pontos, snap='out') image(r.crop, asp=1) ### Recorte dos pixels nas coordenadas de interesse r.masked <- mask(r.crop, pontos) image(r.masked, asp=1) ### Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Correlação canônica
by Marcos Toebe 10 Jan '14

10 Jan '14

Prezados! Alguém saberia me informar um pacote do r com o qual eu poderia fazer a análise de correlação canônica a partir de matrizes de correlação de dimensões diferentes? Por exemplo, um grupo X com matriz de correlação simétrica de dimensão 3x3 e um grupo Y com dimensão 4x4. Teria que ser um pacote ou comando que permitisse a análise a partir dessas matrizes, pois tenho problema de multicolinearidade num dos grupos e optei por adicionar uma constante *k *na diagonal dessa matriz para corrigir esse problema. Desde já agradeço pela ajuda *----------------------* *Marcos Toebe* *Engenheiro Agrônomo - UFSM* *Mestre em Agronomia - UFSM* *Doutorando em Agronomia - UFSMProfessor de Estatística e Experimentação da* *Universidade Federal do Pampa - Itaqui - RS* m.toebe(a)gmail.com 55-96617761

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Vaga para doutorado em geoestatistica (Wagningen)
by Wenceslau Teixeira 09 Jan '14

09 Jan '14

Caro Moderador, veja a viabilidade de divulgar esta nota na Lista do R. Cordialmente, Wenceslau ___________________________________ Dear colleagues, We have a PhD vacancy on ‘Bayesian geostatistics for mapping soil and agronomic variables’.Perhaps you know suitable candidates, in which case we hope that you will forward them this email. Please also feel free to forward this message to anyone who might know of suitable candidates. The application deadline is January 20. More information and application instructions at https://www.academictransfer.com/employer/WUR/vacancy/21307/lang/en/. Best wishes, Gerard Gerard B.M. Heuvelink Wageningen University and ISRIC World Soil Information P.O. Box 47 6700 AA Wageningen The Netherlands -- Wenceslau Teixeira wgt007(a)gmail.com skype: wgt007

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Re: [R-br] Análise de agrupamento
by Marcos Vital 08 Jan '14

08 Jan '14

Natália, é possível que o problema seja a métrica que você está utilizando. Aparece um erro quando você calcula a matriz de distância usando Bray Curtis? É isso? Ou é alguma outra coisa? Não sei se o coeficiente de Bray Curtis aceita linhas com zeros. Acredito que não aceite, pois acho que uma linha de zeros não deva fazer muito sentido nesta métrica. Normalmente usamos Bray Curtis para comparar comunidades biológicas de acordo com sua similaridade de composição e abundâncias de espécies (algo como a "estrutura" da comunidade), e neste contexto uma linha só de zeros não dá informações úteis para compreendermos as relações de similaridade. Se for isto mesmo, a questão aqui é encontrar uma métrica que possa responder a sua pergunta. Aliás, este é um ponto crucial: qual a sua pergunta? Por que os zeros importam? Dependendo da situação você pode até criar uma métrica própria usando a função designdist, também do pacote vegan. Se precisar de uma boa literatura sobre estas medidas, sugiro começar pelo Numerical Ecology (Legendre & Legendre). Abraços Marcos -- Marcos Vinícius Carneiro Vital Universidade Federal de Alagoas Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde Setor de Biodiversidade e Ecologia

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Diferença no teste de Qui quadrado com e sem arredondamento
by ASANTOS 08 Jan '14

08 Jan '14

Boa tarde Pessoal, Gostaria de comparar duas variáveis var1 e var2 pelo teste de qui-quadrado e pergunto se é incorreto ou não fazer o arrendondamento com round() da var2, se nos dois casos os resultados são ligeiramente semelhantes, segue CRM abaixo: # Sem arredondamento var1<-c(11, 8, 8, 8, 7, 14) var2<-c(14.550682, 15.971429, 19.086132 , 3.403902 , 9.441030, 15.817173) teste1<-rbind(var1,var2) (Xsq <- chisq.test(teste1,correct=TRUE)) # # Com arredondamento var1<-c(11, 8, 8, 8, 7, 14) var2<-c(14.550682, 15.971429, 19.086132 , 3.403902 , 9.441030, 15.817173) teste2<-rbind(var1,round(var2)) (Xsq <- chisq.test(teste2,correct=TRUE)) # Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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[OFF-TOPIC] Qual a diferença entre duas abordagens espaciais?
by ASANTOS 08 Jan '14

08 Jan '14

Boa tarde Pessoal, Estou estudando algumas abordagens utilizando GLM para a predição espacial e me deparei com uma dúvida, qual a diferença entre o ajuste de modelos GLM com o pacote geoRglm preconizado pelo Prof Paulo e o ajuste de modelos GLM com a função glm() e posterior uso dos resíduos no ajuste de semivariogramas como o pacote gstat preconizado pelo Prof. Tomislav Hengl, qundo o objetivo é a predição espacial da densidade de uma variável tendo variáveis explicativas a altitude, temperatura, etc, Obrigado -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Rmpi
by Vinicius Brito Rocha 08 Jan '14

08 Jan '14

Pessoal, estou começando a estudar processamento em paralelo. O pacote Rmpi não possui versão para windows. É isso mesmo? Pelo que vi o pacote snow utiliza dependências desses pacotes. trabalho em uma maquina co win 7 e 4gb. Abs -- *Vinicius Brito Rocha.* *Estatístico e Atuário * * M.Sc. Engenharia de Produção/PO*

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Duvida sobre expressões regulares.
by Augusto Ribas 07 Jan '14

07 Jan '14

Ola a todos, e feliz ano novo. Suponha que eu tenho o seguinte exemplo: # exemplo<-c("Bursey et al. (2001)", "Bursey et al. (2001)", "Bursey et al. (2001)", "Bursey et al. (2001)", "Martins and Fabio (2005)", "Martins and Fabio (2005)", "Martins and Fabio (2005)", "Vicente et al. (1991)", "Vicente et al. (1991); Martins and Fabio (2005)", "Vicente et al. (1991)", "Vicente et al. (1991); Martins and Fabio (2005)", "Martins and Fabio (2005)", "Martins and Fabio (2005)", "Walton (1935)", "Yamaguti (1958)", "Iannacone (2003a)", "Iannacone (2003a)", "Iannacone (2003a)", "Iannacone (2003a)", "Iannacone (2003a)", "Iannacone (2003a)", "Iannacone (2003a)", "Goldberg and Bursey (2003)", "Goldberg and Bursey (2003)", "Goldberg and Bursey (2003)", "Combes and Laurent (1978)", "Baker (1980a)", "Yamaguti (1961); Sueldo and Ramirez (1976); Baker (1987) ", "Lent and Freitas (1948); Ramirez et al. (1979)", "Ramallo et al. (2007)", "Ramallo et al. (2007)", "Yamaguti (1958)", "Travassos et al. (1969)", "Travassos et al. (1969)", "González and Hamann (2007a; 2007b)" , "González and Hamann (2007a; 2007b)" , "González and Hamann (2007b)" , "Travassos (1926a)", "Vicente et al. (1991); McAllister et al. (2010b)", "Kloss (1971; 1974)", "Rodrigues et al. (1982); Vicente et al. (1991)", "Walton (1935); Vicente et al. (1991)", "Vicente et al. (1991)", "Walton (1935); Vicente et al. (1991)", "Vicente et al. (1991)", "McAllister et al. (2010b)", "Vicente et al. (1991)", "Vicente et al. (1991)", "Vicente et al. (1991); McAllister et al. (2010b)", "Vicente et al. (1991)" ) # Isso esta como uma coluna de um data-frame na verdade. Eu gostaria de fazer uma expressão regular que encontra-se casos como "González and Hamann (2007a; 2007b)", mas não os outros. Então seria algo como abre parenteses, 4 números, uma letra, ponto e virgula, espaço 4 números e uma letra, fecha parenteses. Eu tentei varias coisas e não consegui. Eu imagino que se eu fizer algo para encontrar abre parenteses, ponto e virgula, fecha parenteses, sendo o independente do conteudo dentro do parenteses, basta abrir o parenteses, ter um ponto e virgula e fechar o parenteses, ja resolveria, sendo que o antes do parenteses podem ter qualquer coisas (nome de autores). Então alguém poderia me ajudar a conseguir uma expressão regular que pega-se casos como esse exemplo "González and Hamann (2007a; 2007b)" em que há dois anos e um ponto e virgula dentro do parenteses mas não pegue outros casos? Bem é isso, agradeço desde ja qualquer ajuda :) -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://recologia.com.br/ <http://augustoribas.heliohost.org> Github: https://github.com/Squiercg Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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(sem assunto)
by Ari Clecius 06 Jan '14

06 Jan '14

Bom dia alguém sabe como acrescento o valor da média e do desvio padrão em cada ,ponto deste gráfico, ou seja, um label para cada ponto? Att, Ari Clecius Alves de Lima Engenheiro Químico Me. Engenharia Civil (085)87687786 (085)33669042 #código library(scatterplot3d) x=c(-1,-1,-1,-1,-1,0,1,0,0,1,0,0,1,1,0) y=c(-1,-1,0,1,0,1,0,-1,-1,-1,-1,1,1,0,0) z=c(-1,0,1,0,-1,-1,-1,-1,1,0,-1,1,0,1,0) w=scatterplot3d(x,y,z, highlight.3d = T, angle = 45, scale.y = .5,xlab="Concentração", ylab="pH",zlab="Agitação",col.axis="blue",type="n") w$points3d(x,y,z,col="red",pch=20,cex=5)

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Problemas ao instalar Vim e vim-r-plugin
by Fernando 04 Jan '14

04 Jan '14

Caros amigos, Estou tentando instalar o editor Vim e o plugin Vim-r-plugin seguindo as recomendações existentes no endereço: http://www.lepem.ufc.br/jaa/r-plugin.html#r-plugin-installation, escrito pelo Jackson A. Aquino e o José Claudio Faria, autores do plugin. Eu instalei o Gvim, R, Tmux,Vimcom plus e screen.vba. Então seguindo as recomendações, estou tendo dificuldades na seguinte parte: Start a terminal emulator, go to the directory where you have downloaded the plugin and type: | vim Vim-R-plugin.vmb| Then, in Vim, type: | :so %| Press|<Enter>| and the plugin will be installed (because the plugin has many files, you have to press the space bar a few times to finish the installation). You should, then, quit Vim.|Note:| if you need too install the plugin in a non default directory, do :UseVimball [path]. Eu adicionei o comando "|vim Vim-R-plugin.vmb|" no terminal o que fez o editor Vim abrir no entanto ao inserir o comando so% aparece o seguinte mensagem: Erro detectado ao processar function vimball#Vimball: linha 10: (Vimball) The current file does not appear to be a Vimball! Aperte ENTER ou digite um comando para continuar É a primeira vez que estou instalando o Vim e por isso não tenho noção de onde estou errando. Alguém pode me guiar de forma mais simples (para Dummies mesmo!) em como fazer a instalação? Atenciosamente

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Pacote incompatível com R 3.0.0
by Jefferson Ferreira Ferreira 04 Jan '14

04 Jan '14

Colegas, Estou tentando trabalhar com os pacotes PPAHomeRange e DI_func ( http://www.geog.uvic.ca/spar/PPAHomeRange/index.html / http://www.geog.uvic.ca/spar/DynamicInteraction/index.html) No entanto, estou recebendo a mensagem package ‘PPAHomeRange’ is not available (for R version 3.0.0). Algum de vocês acha que há uma forma de contornar esse problema sem ter que fazer um "downgrade" ? Abraço -- *Jefferson Ferreira Ferreira* Geógrafo – GEOPROCESSAMENTO IDSM | Coordenadoria de TI Jefferson.ferreira(a)mamiraua.org.br *Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá* Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação Telefone: +55 97 3343-9710 *Google Maps* - Mapas deste e-mail: Exibir mapa ampliado<https://maps.google.com.br/maps?q=-3.355557,-64.731151&ll=-3.355471,-64.731…> *Contatos particulares:* *(55) 9615-0100MSN: jecogeo(a)yahoo.com.br <jecogeo(a)yahoo.com.br>*

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Enc: Dúvida Análise de agrupamento
by Nathalia Sousa 03 Jan '14

03 Jan '14

Oie David e todos do grupo Esses são os dados que eu tenho, com as espécies e a abundância de cada uma de acordo com o registro. > dat.alim[c(1:10),c(1:5)] Reg PEI CAM BRA CRUS GAS 26 0 0 0 0 0 # linha zerada, sem dados 27 1 6 0 0 0 28 1 0 5 0 0 29 3 0 0 0 0 30 0 0 1 0 0 31 0 0 0 0 0 # linha zerada, sem dados 32 0 0 0 0 0 # linha zerada, sem dados 33 2 3 1 0 0 34 0 0 0 0 0 # linha zerada, sem dados 35 0 0 0 1 0 Também estou mandando os comandos que eu tenho para fazer o agrupamento, onde tenho que retirar as linhas que contenham os zeros. # Dissimilaridade e medidas de distancia para dados (semi) quantitativos dat.alim2<- dat.alim [c(2:5,8,10:14,16,17,19:31,33,34,36,37,40:42,44:49),] # nesse comando eu tive que eliminar as linhas com zeros para poder continuar fazendo a dissimilaridade. É nesse ponto que eu preciso de ajuda. Sem eliminar essas linhas com os zeros não funciona,mas eu preciso manter esses dados! dis.bra <- vegdist(log1p(dat.alim2))# Bray-Curtis sobre dados transformados por log head(dis.bra) Obrigada. Aguardo. Att., Nathalia de Sousa Motta Oceanógrafa/Oceanographer Mestranda em Pesca - Instituto de Pesca ________________________________ De: David Feitosa <contato(a)davidfeitosa.com> Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br; Nathalia Sousa <nathalia_sousam(a)yahoo.com.br> Enviadas: Sexta-feira, 3 de Janeiro de 2014 16:22 Assunto: Re: [R-br] Dúvida Análise de agrupamento Nathalia, Vc teria como dar um head/tail pra gente ter noção de uma amostra desses dados? Creio que facilitaria para alguém responder e te ajudar. Atenciosamente, David Feitosa (\_(\ (=°;°) (("")("") Em 3 de janeiro de 2014 14:25, Nathalia Sousa <nathalia_sousam(a)yahoo.com.br> escreveu: Boa tarde, > > >Sou iniciante no R e queria uma ajuda com meus dados do mestrado. >Estou tentando fazer uma análise de agrupamento (cluster) com dados de abundância de 5 espécies, porém tenho algumas datas que não tenho nenhum exemplar coletado. Na hora que vou tentar fazer o cluster, tenho que eliminar essas linhas vazias, mas eu preciso delas pois essas ausências das espécies são dados importantes, que quero analisar. >Com os comandos que tenho, preciso tirar essas linhas, mas não posso e preciso fazer o cluster com todos esses dados. > Alguém pode me ajudar com esses comandos??? > > >Desde já, agradeço. >Aguardo. >Att., > >Nathalia de Sousa Motta >Oceanógrafa/Oceanographer >Mestranda em Pesca - Instituto de Pesca >_______________________________________________ >R-br mailing list >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. >

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Dúvida Análise de agrupamento
by Nathalia Sousa 03 Jan '14

03 Jan '14

Boa tarde, Sou iniciante no R e queria uma ajuda com meus dados do mestrado. Estou tentando fazer uma análise de agrupamento (cluster) com dados de abundância de 5 espécies, porém tenho algumas datas que não tenho nenhum exemplar coletado. Na hora que vou tentar fazer o cluster, tenho que eliminar essas linhas vazias, mas eu preciso delas pois essas ausências das espécies são dados importantes, que quero analisar. Com os comandos que tenho, preciso tirar essas linhas, mas não posso e preciso fazer o cluster com todos esses dados. Alguém pode me ajudar com esses comandos??? Desde já, agradeço. Aguardo. Att., Nathalia de Sousa Motta Oceanógrafa/Oceanographer Mestranda em Pesca - Instituto de Pesca

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Regressão por quadrados mínimos parciais (PLS)
by ASANTOS 03 Jan '14

03 Jan '14

Bom dia Pessoal, Gostaria de saber que materiais os membros dos grupos teriam para indicar de Regressão por quadrados mínimos parciais (PLS) em ambiente R, pois estou migrando da abordagem de Regressão linear múltipla para PLS, Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Salvar como Geotiff objeto krige.conv do geoR
by ASANTOS 31 Dez '13

31 Dez '13

Boa tarde Pessoal, Gostaria de pegar o resultado de uma krigagem realizada com a função krige.conv() do pacote geoR e salvar como uma imagem Geotiff, abaixo fiz um CRM com a função writeGDAL(), sem sucesso, alguém teria alguma ideia para resolver isto, obrigado, require(geoR) loci <- expand.grid(seq(0,1,l=21), seq(0,1,l=21)) # Predição por krigagem ordinária kc <- krige.conv(s100, loc=loci, krige=krige.control(cov.pars=c(1, .25))) require(rgdal) geoTiff <- tempfile() writeGDAL(kc["predict"], geoTiff , drivername="GTiff") GDALinfo(tf) -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Qual a melhor opção de Editor, GUI, IDE para o R?
by Jose Claudio Faria 29 Dez '13

29 Dez '13

Gostaria de convidar a Comunidade Brasileira de Usuários do R para uma lida crítica no link: http://nbcgib.uesc.br/lec/llec/avale-es/editor-gui-ide Minha intenção não é criar mais polêmica do que a existente sobre o assunto. Mas sim, prover esclarecimentos para quem está em busca de informações nesse sentido, baseado na experiência adquirida ao longo da minha vida de usuário e desenvolvedor. Inicialmente havia escrito o texto para postar diretamente na lista, mas acabei optando por colocar em uma página do LEC (Lab. Est. Computacional/UESC) devido a: - Melhor possibilidade de formatação; - Links; - Para ficar didático. As possíveis manifestações podem se dar aqui mesmo na lista, pois o LEC ainda não possui um forum de discussão. Boa leitura, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)9100.7351 - TIM 55(73)8817.6159 - OI ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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Como produzir gráficos com diferente símbolos e cores in PCA?
by Jackson Rodrigues 29 Dez '13

29 Dez '13

Olá pessoal meu nome é Jackson Rodrigues e estou utilizando o pacote vegan para fazer análise multivariada, PCA 'Principal Component Analysis"para ser mais preciso. Direto ao ponto. Tenho um conjunto de dados polínicos com 54 linhas (representando os sites) e 145 colunas (representando os táxons). Eu quero plotar os 2 primeiros PC´s sendo de maneira que seja um grupo com 27 sites com um único símbolo e cores diferentes e os outro grupo com 27 sites utilizando outro símbolo repetindo as mesmas cores anteriores. Alguém pode me indicar como fazê-lo. Estou usando o script abaixo, no entanto não sei como utilizar símbolos para cada grupo. Pre_euro_veg.Pollen<-read.csv("E:/Modern data/Vegetation changes/Veg chang 1/sem Pinus/pca test.csv", header=TRUE)#Apenas trees/shrubs e herbs rownames(Pre_euro_veg.Pollen) <- c("Conf", "Pires", "Silv", "Capa", "SDO", "SDB", "Ita", "Botu", "SCG", "Arac", "VoVe_1", "PoGd", "Misi", "SBV", "Ciama", "Tabu", "MDI", "CaPu", "Mate", "SJdA", "CDS", "Pint", "SMar", "RdCa", "SFA", "Sant", "StMon", "Conf1", " Pires1", "Silv1", " Capa1", " SDO1", " SDB1", "Ita1", "Botu1", "SCG1", "Arac1", "VoVe_11", "PoGd1", "Misi1", "SBV1", "Ciama1", "Tabu1", "MDI1", "CaPu1", "Mate1", "SJdA1", "CDS1", "Pint1", "SMar1", "RdCa1", "SFA1", "Sant1", "StMon1") colvec <- c("antiquewhite", "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4", "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood", "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1", "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4", "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink", "navyblue", "antiquewhite", "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4", "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood", "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1", "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4", "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink", "navyblue") Pre_euro.colour.pca<-plot(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", type = "t") with(Veg_chng_clim, points(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", col = colvec[Sites], scaling = 2, pch = 21, bg = colvec[Sites])) head(with(Veg_chng_clim, colvec[Sites])) with(Veg_chng_clim, legend("bottomleft", legend = levels(Sites), bty = "o", col = colvec, pch = 21, pt.bg = colvec)) title("PCA of All sites") Se não fui claro o suficiente, por favor pergunte. Obrigado. Jackson -- Jackson M. Rodrigues Department of Palynology and Climate Dynamics Albrecht-von-Haller-Institute for Plant Sciences Georg-August-University Göttingen Untere Karspuele 2 37073 Göttingen/Germany Tel.: 0049 (0) 176 6133 1991 Web: http://www.uni-goettingen.de/en/306700.html

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Recortar raster com limite em data.frame
by ASANTOS 29 Dez '13

29 Dez '13

Boa tarde Pessoal, Gostaria de saber qual a melhor forma de recortar um rasterlayer se eu tenho o limite de uma área em data frame, pois segundo o exemplo abaixo não consigo fazer a operação com o uso de função overlay() para retirar os NA's que correspondem a malha fora do limite sem ficar fazendo inúmeras transformações dos objetos raster e data.frame, segue CRM: ## Raster----------------------------------------------------------- set.seed(20131226) r <- raster(nc=100, nr=100) r <- setValues(r, round(runif(ncell(r))* 255)) image(r,col=gray(seq(0,1,0.025))) ## Borda ----------------------------------------------------------- x<-c(-125,-100,0,100,-125) y<-c(-49,25,0,-50,-49) limite<-cbind(x,y) lines(limite, col="yellow") ## Obrigado -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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encoding (problema)
by Edson Lira 27 Dez '13

27 Dez '13

Caros amigos, estou lendo um arquivo em csv originado no odk agregate e não consegui qual o formato que usam, latin, UTF-8, … Já tentei vários formatos e não consegui. A rotina que estou usando está abaixo wj<-read.csv2("pasta/WJ_12_2013.csv",header=T,encoding="macroman") wj[wj==""]<-NA O link para o arquivo em parcial.csv está abaixo: http://www.datafilehost.com/d/ffb7270f Minha máquina é um Mac Book Pro. A versão do R é a 3.0.1 [ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Selecionar coordenadas e valor de pixels contidos no interior de parcelas
by ASANTOS 26 Dez '13

26 Dez '13

Boa tarde Pessoal, Estou quebrando a cabeça em um desafio natalino e gostaria de compartilhar o desafio com vocês, tenho uma imagem simulada stackIm1, sobre a qual lancei pontos aleatórios position.parc que são o centro de parcelas circulares CIR de 5 de raio, sendo meu CRM: require(raster) require(spatstat) require(sp) ##Criando um raster ----------------------------------------------------------- r <- raster(nc=100, nr=100) set.seed(20130622) stackIm1 <- stack(lapply(1, function(x) setValues(r, round(runif(ncell(r))* 255)))) plot(stackIm1) # ## Criando 15 pontos amostrais ------------------------------------------------- att.Im1<-as(stackIm1, "SpatialGridDataFrame") df.Im1<-as.data.frame(att.Im1) colnames(df.Im1)<-c("px","x","y") gridded(df.Im1) = ~x+y position.parc<-spsample(df.Im1,15, type="random") points(position.parc, col="red",pch=20) # #Criar as parcelas circulares em torno do ponto amostral com 5 de raio # CIR <- vector("list",length(position.parc$x)) for(i in 1:length(position.parc$x)) CIR[[i]] <- disc(radius=5, centre=c(position.parc$x[i],position.parc$y[i])) # Gostaria de alguma luz para selecionar as informações("px","x","y") para os pixels contidos no interior de cada parcela circular CIR na imagem stackIm1. Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Substituir NA por 999
by Luciane Maria Pilotto 26 Dez '13

26 Dez '13

Olá pessoal, tem como substituir os valores NA por 999 diretamente no banco e salvar? E fazer o inverso tb, substituir 999 por NA? Tentei a função recode e não deu certo Usei ifelse e due certo, porém, cria novo vetor. Gostaria de substituir nomesmo vetor do banco. renddomd<-ifelse(rendadomexcp==999999999999,NA,rendadomexcp)cor<-cbind(cor,renddomd) Atenciosamente, Luciane Maria Pilotto Mestre e Doutoranda em Saúde Bucal Coletiva - FO/UFRGS

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Novo espelho do CRAN na refião Nordeste do Brasil
by Jose Claudio Faria 26 Dez '13

26 Dez '13

Caros membros, Para os que estão mais próximos da região Nordeste do nosso imenso Brasil, gostaria de anunciar que um novo espelho (estava em fase experimental como anunciado nesta lista) foi incorporado ontem (dia de natal) e já consta na lista dos repositórios oficiais estáveis do CRAN. O link: http://nbcgib.uesc.br/mirrors/cran/ Ab, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)9100.7351 - TIM 55(73)8817.6159 - OI ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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Substituir valores em um vetor
by ASANTOS 24 Dez '13

24 Dez '13

Pessoal, Gostaria de substituir em dados$y todos os valores maiores que 1 por 1 , sendo: y<-rpois(100,2) x<-1:100 dados<-cbind(x,y) dados[dados[, 2] %in% >1, 2] <- 1 Porém, se utilizo >1 não funciona, mas se escolho um valor de cada vez ao invés de >1 funciona, alguém poderia me ajudar? Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Uso de modelos mistos e graus de liberdade
by Mario Ribeiro de Moura 24 Dez '13

24 Dez '13

Prezados, bom dia, Meu nome é Mario e sou estudante de doutorado em Ecologia na UFMG. Estou tentando realizar uma análise com uso de modelos mistos, mas aparentemente falhei na construção adequada do modelo, de modo que perco graus de liberdade e inviabilizo análises posteriores. Coloquei as dúvidas comentadas juntas com o CMR abaixo. Ficaria grato caso alguém pudesse me indicar como corrigir a questão dos "g.l. desaparecidos"? ############################### INÍCIO DO CMR ############################### #Considere um experimento para avaliar o efeito de borda na abundância de uma determinada espécie. #O delineamento envolve o uso de 5 transectos paralelos dispostos a 0, 10, 25, 50, 100 m de distância a partir da borda de uma floresta. #As 5 distâncias não são consideradas independentes espacialmente (minha interpretação). #No total, existem 8 conjuntos (daqui em diante tratados como réplicas), cada um com 5 transectos. #Deste modo, uma planilha de dados brutos teria 40 linhas (8 réplicas * 5 distâncias). #Considere que machos e fêmeas respondem de modo distinto. Neste contexto, também sera desejável avaliar o efeito do sexo do espécime dentro do modelo. #Sendo assim, existe a variável categórica "sexo" (com 2 níveis, [1] macho ou [2] fêmea). #Coleta de dados #Em cada uma das 5 distâncias, de cada uma das 8 réplicas, foram medidas a abundância de machos e fêmeas (separadamente). #A planilha final contem 80 linhas (40 para machos / 40 para fêmeas). #Logo, o uso de modelos mistos para corrigir o número de graus de liberdade do experimento. #Gerando dados para simulação: #Criando variável categórica "sexo", com dois níveis (macho ou fêmea) sexo<-c(rep("macho", 40), rep("femea", 40)) #Criando réplicas (cada conjunto de 5 transectos) rep1<-c(rep(1, 5), rep (2, 5), rep (3, 5), rep (4, 5), rep (5, 5), rep (6, 5), rep (7, 5), rep (8, 5)) replica<-c(rep(rep1, 2)) #Criando pseudo-dados de abundância abundancia<-sample(1:50, 80, replace=T) #Criando a variável "distancia", a qual estara aninhada dentro de "replica" (5 distâncias em cada réplica). medidas<-c(0, 10, 25, 50, 100) distancia<-rep(medidas, 16) #Consolidando a base de dados do exemplo em um data.frame dados<-data.frame(abundancia, distancia, sexo, replica) names(dados) #Carregando pacotes necessários library(nlme) library(lme4) #Criando modelo misto (considerando 8 réplicas, havendo 10 medidas em cada réplica) m1<-glmer(abundancia~distancia*sexo+(sexo|distancia)+(distancia|replica), family=poisson) #Criando modelo nulo para teste m.null<-glmer(abundancia~1+(1|distancia)+(1|replica), family=poisson) #Teste contra modelo nulo anova (m1, m.null, test="Chisq") #Ok, diferente do modeulo nulo. #O modelo "m1" possui três parâmetros como variável explanatória (distancia + sexo + distancia:sexo). Qual a influência de cada uma na abundância? anova (m1, test="Chisq") #Aqui está o problema, segundo o output da análise realizada, não existem graus de liberdade disponíveis para o teste. Pela minha interpretação, teríamos pelo menos 7 g.l. a serem utilizados, subtraídos os 3 parâmetros em uso, ainda sobrariam 4 g.l.? #Alguém saberia indicar onde está o problema? ############################### FIM DO CMR ############################### Obrigado pela atenção, Mário Ribeiro de Moura Biólogo (CRBio 62872) e Mestre em Biologia Animal Programa de Pós Graduação em Ecologia, Conservação e Manejo da Vida Silvestre <https://www.ufmg.br/pos/ecologia/>, Universidade Federal de Minas Gerais Ecos Biota Consultoria Ambiental <http://www.ecosbiota.com.br/> Cel.: (31) 8704-8370 / (31) 9252-3712 Skype: mario.ecosbiota http://lattes.cnpq.br/5336500595805051

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Seleção de um vetor em um list
by ASANTOS 24 Dez '13

24 Dez '13

Boa tarde pessoal, Estou quebrando a cabeça com um list criado com o pacote spatstat, gostaria de selecionar o vetor $ x : num [1:906] dentro do - attr(*, "class")= chr "owin" no objeto syn.ppp abaixo, porém fiz str() e names() em vários níveis, como syn.ppp$window$units e vários outros e não consegui achar este vetor, alguém poderia me dar um help? Obrigado > str(syn.ppp) List of 5 $ window :List of 11 ..$ type : chr "mask" ..$ xrange : num [1:2] 368178 371550 ..$ yrange : num [1:2] 8246348 8249244 ..$ dim : int [1:2] 128 128 ..$ xstep : num 26.3 ..$ ystep : num 22.6 ..$ warnings: chr [1:3] "Row index corresponds to increasing y coordinate; column to increasing x" "Transpose matrices to get the standard presentation in R" "Example: image(result$xcol,result$yrow,t(result$d))" ..$ xcol : num [1:128] 368191 368218 368244 368270 368297 ... ..$ yrow : num [1:128] 8246359 8246382 8246405 8246427 8246450 ... ..$ m : logi [1:128, 1:128] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE ... ..$ units :List of 3 .. ..$ singular : chr "unit" .. ..$ plural : chr "units" .. ..$ multiplier: num 1 .. ..- attr(*, "class")= chr "units" ..- attr(*, "class")= chr "owin" $ n : int 74 $ x : num [1:74] 368987 371068 368638 368800 368424 ... $ y : num [1:74] 8248993 8246965 8248866 8249077 8248739 ... $ markformat: chr "none" - attr(*, "class")= chr "ppp" - attr(*, "rejects")=List of 5 ..$ window :List of 5 .. ..$ type : chr "polygonal" .. ..$ xrange: num [1:2] 368167 371564 .. ..$ yrange: num [1:2] 8246335 8249255 .. ..$ bdry :List of 1 .. .. ..$ :List of 2 .. .. .. ..$ x: num [1:17] 371564 371520 371370 371087 368410 ... .. .. .. ..$ y: num [1:17] 8248172 8249235 8249252 8249255 8249248 ... .. ..$ units :List of 3 .. .. ..$ singular : chr "unit" .. .. ..$ plural : chr "units" .. .. ..$ multiplier: num 1 .. .. ..- attr(*, "class")= chr "units" .. ..- attr(*, "class")= chr "owin" ..$ n : int 906 ..$ x : num [1:906] 370662 368804 370729 370616 369597 ... ..$ y : num [1:906] 8246749 8246960 8247257 8247999 8248656 ... ..$ markformat: chr "none" ..- attr(*, "class")= chr "ppp" -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 36, assunto 32
by Gilenio Borges Fernandes 23 Dez '13

23 Dez '13

Prezados(as) Gostaria de comentar a seguinte colocação de Walmes, "*Na minha humilde opinião, em pesquisa em agronomia, os blocos têm sido usados mais como maneira de deixar o experimento mais organizado (no sentido de layout mesmo) do que cumprir o papel de blocos. Não que esse seja seu caso. Bem, de qualquer forma, minha sugestão é de manter os blocos tem todos os modelos"* Na minha humilde opinião blocos não são usados com o objetivo de deixar o experimento mais organizado. Eles são usados com o objetivo de controlar uma causa de variação conhecida, que deve ter efeito significativo sobre a variável resposta e deve ser eliminada do erro para aumentar a eficiência experimental. Apos a execução do experimento a eficiência de blocos pode ser avaliada. Se o experimento foi planejado e executado como blocos, a análise (modelo) tem que ser processada como blocos independente de ter sido significativo (eficiente) ou não. Um esquivo que aparece em alguns textos e que deve ser evitado é usar a estatística F da ANOVA para avaliar o efeito de blocos. Um abraço, feliz Natal e próspero 2014 para todos Gilenio Fernandes Em 23 de dezembro de 2013 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br>escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Re: Funções lme e gls - modelos mistos (Cássio Dessotti) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Sun, 22 Dec 2013 21:49:50 -0800 (PST) > From: Cássio Dessotti <cassiodessotti(a)yahoo.com.br> > To: Cássio Dessotti <cassiodessotti(a)yahoo.com.br>, > "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Funções lme e gls - modelos mistos > Message-ID: > <1387777790.52854.YahooMailNeo(a)web120603.mail.ne1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Senhores, novamente meu muito obrigado pela ajuda, pelas diversas > sugestões e discussões que foram levantadas, e pelo material indicado... > tenho bastante conteúdo a analisar que foi abordado nestes emails. > > > Wagner, este mapa que você cita que poderia ser feito com os resíduos, não > é o mapa de krigagem né? Verificarei o modelo matern que você citou... > muito bem lembrado!! > > Walmes, achei muito interessante seu ponto de vista a respeito de retirar > o fator blocos do modelo. Realmente, se o experimento foi planejado com os > blocos, eles possivelmente tem sua função no modelo e devem ser > "significativos" e relevantes. Considerarei sua sugestão (observação), > optando então pelo modelo - dentre os que possuem o efeito de blocos - com > menor AIC. > > Elias, abusando um pouco mais da sua boa vontade, você sabe algum material > interessante de validação cruzada que eu possa estudar? Existe alguma > função no R que você poderia me indicar para analisar o meu modelo > escolhido? E por fim, você considera mais interessante eu aplicar o > critério de validação apenas no modelo escolhido, ou em todos os modelos > trabalhados? > > Muito obrigado a todos por todo o auxílio e atenção. > Grande abraço. > Cássio Dessotti. > > > > Em Sexta-feira, 20 de Dezembro de 2013 11:52, walmes . < > walmeszeviani(a)gmail.com> escreveu: > > Wagner e Elias já contribuíram no sentido dos testes e gráficos dos > resíduos. Eu só tenho uma observação a fazer que á a seguinte. Será que o > bloco pode ser omitido na análise? > > > Bem, quando trabalhamos em modelos de regressão em situações que não são > de experimentos planejamos, é comum testarmos e abandonarmos variáveis do > modelo. Numa situação de experimento planejado um pouco de cuidado deve ser > tomado. Nos meus cursos eu já fui questionado sobre isso. Vamos > contextualizar. Imagine um experimento fatorial com dois fatores (A e B) em > delineamento de blocos. Suponha que a interação seja não significativa. O > modelo maior considerado para os dados é > > > E(y) = constante+bloco+A+B+A:B, > > > Se a interação é nula, então eu caio no modelo logo acima desse que é > > E(y) = constante+bloco+A+B. > > > Predição de valores e testes de médias, por exemplo, seriam baseados nesse > modelo menor. Os pesquisadores não foram favoráveis a isso, diziam que não > se pode fazer isso porque a soma de quadrados (SQ) da interação se junta ao > resíduo, deixando ele maior, perdendo poder. Não exatamente. Aumenta-se SQ, > mas aumenta-se os graus de liberdade, o quadrado médio pouco se altera. > Então se o efeito de blocos for nulo pode-se abandonar do modelo? Bem, > discutindo com outras pessoas, conclui que isso não deve ser feito pelo > fato de bloco não representar tão somente um efeito no modelo mas também > uma restrição à casualização na hora de montar o experimento. Por isso > acredito que esse termo não deveria ser abandonado. > > > Na minha humilde opinião, em pesquisa em agronomia, os blocos têm sido > usados mais como maneira de deixar o experimento mais organizado (no > sentido de layout mesmo) do que cumprir o papel de blocos. Não que esse > seja seu caso. Bem, de qualquer forma, minha sugestão é de manter os blocos > tem todos os modelos. > > > À disposição. > > Walmes. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20131222/56c7ccce/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 36, assunto 32 > ***************************************** > -- Gilenio Borges Fernandes Professor Associado IV Universidade Federal da Bahia Instituto de Matemática Departamento de Estatística Av. Adhemar de Barros, s/n – Ondina. 40.170-110 - Salvador - BA, Brasil Tel.: (071)3283-6280/6336 Fax: (071)3283-6276 URL: http://lattes.cnpq.br/6764860618464860

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Funções lme e gls - modelos mistos
by Cássio Dessotti 23 Dez '13

23 Dez '13

Olá pessoal, boa tarde!! Estou trabalhando com um grupo de experimentos em blocos ao acaso, com dados georreferenciados (x,y), buscando comparar modelos mistos (usuais) com modelos mistos que levam em conta a dependência espacial, utilizando de funções geoestatísticas na matriz de resíduos (R). Consigo construir o modelo M1 (BA) com efeito de blocos aleatório a partir da função "lme", além do modelo M2 (Exp-H) que desconsidera o efeito de blocos, e considera uma função exponencial na matriz de covariâncias para os resíduos, além de considerar variâncias diferentes para os 2 locais. 1) A primeira questão está no modelo M3 (BA-Exp-H) que deve "unir" as características dos dois anteriores, considerando efeito de blocos aleatório, função exponencial para a matriz de covariâncias, além de heterogeneidade de variâncias, porém não consegui tal realização nem por meio da função "lme", nem por "gls". Seria necessário o uso de uma outra função? Como eu poderia trabalhar com este modelo no R? 2) A segunda questão é o seguinte: a partir do modelo que eu selecionar (provavelmente por AIC), desejo extrair os resíduos condicionais estudentizados, e separá-los segundo seus locais, para que em cada local eu possa construir semivariogramas destes resíduos, verificando a "força" da dependência, e realizar a krigagem de cada área (trabalhando com os resíduos para "limpar" os dados de seus efeitos de tratamentos e demais efeitos). Posso seguir esta linha? Acredito que é um ganho de informação trabalhar com todos os locais (análise conjunta) neste sentido, ao invés de fazer todo esse processo em cada local separadamente. Muito obrigado desde já pela atenção. Abraço a todos. Cássio Dessotti. ### Segue o código (com dados fictícios) para exemplificar o meu problema: local <- as.factor(c(rep(1,6),rep(2,6))); blo <- as.factor(rep(c(rep(1,3),rep(2,3)),2)) lat <- as.factor(rep(1:3,4)) ; long <- as.factor(rep(c(rep(1,3),rep(2,3)),2)) blo_local <- as.factor(c(rep("1_1",3),rep("2_1",3),rep("1_2",3),rep("2_2",3))) trat <- as.factor(c(2,3,1,1,3,2,1,3,2,3,2,1)) resp <- c(2,1.9,1.9,1.8,2,1.9,2,2.1,2.3,2,1.9,1.8) dados <- data.frame(local,trat,blo,lat,long,blo_local,resp) require(nlme) ### M1 - BA (efeito de blocos aleatório) M1 <- lme(resp ~ 1 + trat + local + local:trat, random = list(blo_local = pdIdent(~1)), method = "REML", na.action = na.omit, data=dados, keep.data=FALSE) ### M2 - Exp H (sem efeito de blocos - função exponencial para R - heterogeneidade de variâncias nos locais) M2 <- gls(resp ~ 1 + trat + local + local:trat, weight=varComb(varIdent(form = ~ 1|local)), correlation=corExp(form=~as.numeric(as.character(lat))+as.numeric(as.character(long))|local, metric="euclidean", nugget=FALSE), method="REML", na.action=na.omit, data=dados) ### M3 - BA-Exp-H (PROBLEMA - blocos aleatórios - função exponencial - heterogeneidade de variâncias) M3 <- gls(resp ~ 1 + trat + local + local:trat, random = list(blo_local = pdIdent(~1)), weight=varComb(varIdent(form = ~ 1|local)), correlation=corExp(form = ~ as.numeric(as.character(lat))+as.numeric(as.character(long))|local, metric="euclidean", nugget=FALSE), method="REML", na.action=na.omit, data=dados)

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Ajuda em análise de trilha (path analysis)
by Alisson Lucrecio 21 Dez '13

21 Dez '13

Caro Colegas, Boa noite. Eu estou fazendo uma análise de trilha (path analysis) para um colega, entretanto nunca realizei uma análise desse tipo. Assim gostaria de uma ajuda de vocês com sugestões e materiais para consulta. Esse colega conduziu um experimento em fatorial com 4 níveis de solo e 6 níveis de amenizantes para metais pesados com cultivo de planta indicadoras. Ele determinou os metais nos solos e mediu os parâmetros de crescimento das plantas que foram cultivadas nesses solos com os amenizantes. Ele estudou relações causa e efeito com as variáveis mediadas. Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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Bootstrap ou Mont carlo - Dúvida
by Fernando Souza 19 Dez '13

19 Dez '13

Caros colegas Gostaria de ouvir a opinião de vocês a respeito da seguinte questão: Ajustei um modelo de predição de consumo de água em ovelhas em função de variáveis fisiológicas e ambientais. No entanto não tenho como fazer a validação dos valores preditos pelo modelo pois não disponho de outro banco de dados. Não conheço muito bem, mas pelo que me informei métodos bootstrap ou Mont carlo permitiria avaliar o modelo baseado na simulação de dados dentro de uma determinada distribuição amostral. A minha dúvida é: Esse procedimento pode ser utilizado como método de validação do modelo? O que vocês sugerem fazer nessa situação? att --- Este email está limpo de vírus e malwares porque a proteção do avast! Antivírus está ativa. http://www.avast.com

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Plot xyplot com 4 painéis com escala livre e com ylim diferente para cada painel
by Alisson Lucrecio 19 Dez '13

19 Dez '13

Caro Colegas do grupo r-br, Boa tarde. Eu preciso plotar um gráfico no lattice com 4 painéis com escala livre (scales =list(relation = "free")) e como y limite "ylim", entretanto não estou conseguindo definir um função para os ylim diferente em cada painel. Você poderiam me ajudar? Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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Transformação Box Cox
by ana paula coelho madeira 19 Dez '13

19 Dez '13

Boa tarde pessoal, Tenho uma variável resposta constituída de comprimento de raízes, porém tenho muitos valores zero (a planta não desenvolveu a raiz). Tentei fazer uma transformação de box-cox para tentar normalizar os dados, porém quando fiz: boxcox(MVR ~ FTR, data = dados, lambda = seq(-1, 1, 0.1)) Error in boxcox.default(MVR ~ FTR, data = dados, lambda = seq(-1, 1,0.1)) : response variable must be positive Isso ocorre devido ao excesso de zeros? Alguma sugestão de como modelar os dados?Desde já agradeço Ana Paula

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Krigagem por Indicação
by Jodavid Ferreira 18 Dez '13

18 Dez '13

Estou tentando rodar um codigo de krigagem por indicação que tenho mas os resultados não estão bons. Alguem sabe onde posso encontrar um script de krigagem por indicação?

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Tinn-R Editor: nova lista de discussão no Google groups
by Jose Claudio Faria 18 Dez '13

18 Dez '13

Caros membros da lista, Gostaria de anunciar que foi criada uma nova lista de discussão do projeto Tinn-R Editor no Google groups. O endereço para acesso é: https://groups.google.com/forum/?hl=en#!forum/tinn-r Ab, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)9100.7351 - TIM 55(73)8817.6159 - OI ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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Script Rstudio
by Ari Clecius 18 Dez '13

18 Dez '13

Prezado Fernando , no meu computador rodou sem erros. Att, Ari Clecius Alves de Lima Engenheiro Químico Me. Engenharia Civil (085)87687786 (085)33669042

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Estimador Intensidade ou Estimador Kernel
by Jodavid Ferreira 17 Dez '13

17 Dez '13

Alguém sabe como executar o estimador Kernel no R? Análise espacial para dados pontuais! -- Jodavid Ferreira Responsável pela comissão de Comunicação do MJ da RCCPB - http://rccpbjovem.com Membro da equipe Estadual do Ministério de Comunicação da RCCPB - http://rccpb.com.br Responsável pelo Ministério de Comunicação do Grupo de Oração Boa Esperança - http://grupoboaesperanca.com Bacharelando em Estatística - UFPB Estagiário no Laboratório de Estatística Aplicada ao Processamento de Imagens e Geoprocessamento - http://de.ufpb.br/~leapig Site Pessoal - http://jodavidferreira.com Twitter - @JodavidFerreira <http://twitter.com/JodavidFerreira>

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[OT] Iniciação Científica
by Zhu Sha Zang 17 Dez '13

17 Dez '13

-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- Hash: SHA256 Senhores, alguma ideia para uma Iniciação Científica para um aluno de graduação na Engenharia de Produção. Estatisticamente falando pensei em algo relacionado a Controle Estatístico da Qualidade, mas gosto também de Pesquisa Operacional. De qualquer maneira, qualquer ideia é bem vinda. Ou um caminho para encontrar essas idéias também. Obrigado - -- - --- Rodolfo T. da Silva -----BEGIN PGP SIGNATURE----- Version: GnuPG v2.0.22 (GNU/Linux) Comment: Using GnuPG with Thunderbird - http://www.enigmail.net/ iF4EAREIAAYFAlKvRFMACgkQSYE5fAFtI6sQ+gD+LjsWNyMKfuS6NgD/g39rM0x1 72FtoXLaZ5GX3GM7IR8BAMugEaOPxmSYb80BYm+jp7NrZrMZZ2/8I0y7ihgzyKXJ =8LhQ -----END PGP SIGNATURE-----

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Re: [R-br] Problemas pra rodar script no Rstudio
by Fernando Rodrigo Bortolozo 16 Dez '13

16 Dez '13

Ola Ari, esta dando o mesmo erro com vc? Att, Fernando Rodrigo Bortolozo Engº Agrônomo Mestre em Ciência do Solo Doutorando pelo Dpto. de Engenharia Recursos Hídricos & Ambiental-UFPR Curitiba - PR, Brasil Em 16 de dezembro de 2013 17:24, Fernando Rodrigo Bortolozo < fernandobortolozo(a)gmail.com> escreveu: > segue anexo Ari. > > Att, > > Fernando Rodrigo Bortolozo > Engº Agrônomo > Mestre em Ciência do Solo > Doutorando pelo Dpto. de Engenharia Recursos Hídricos & Ambiental-UFPR > Curitiba - PR, Brasil > > > Em 16 de dezembro de 2013 17:18, Ari Clecius <ari072000(a)yahoo.com.br>escreveu: > > ok. >> >> >> Att, >> >> Ari Clecius Alves de Lima >> Engenheiro Químico >> Me. Engenharia Civil >> (085)87687786 >> (085)33669042 >> >> >> Em Segunda-feira, 16 de Dezembro de 2013 16:17, Benilton Carvalho < >> beniltoncarvalho(a)gmail.com> escreveu: >> Fernando, >> >> siga as instrucoes referentes a um documento Sweave: >> >> Sweave('arquivo.Rnw') >> >> e compile o .tex resultante. >> >> b >> >> >> Em 16 de dezembro de 2013 16:38, Ari Clecius <ari072000(a)yahoo.com.br>escreveu: >> >> Prezado Fernando, você tem o script completo? >> >> Att, >> >> Ari Clecius Alves de Lima >> Engenheiro Químico >> Me. Engenharia Civil >> (085)87687786 >> (085)33669042 >> >> >> Em Segunda-feira, 16 de Dezembro de 2013 15:07, Fernando Rodrigo >> Bortolozo <fernandobortolozo(a)gmail.com> escreveu: >> Boa tarde pessoal >> >> Estou tentando rodar uns script utilizando Rstudio IDE, porém, ele roda >> algumas partes e outras aparecem varias mensagens de erro. >> segue abaixo as mensagens. Parece algum erro de sintaxe, mas esse script >> já roudou antes. Obrigado desde já. >> >> [image: Imagem inline 1] >> Att, >> >> Fernando Rodrigo Bortolozo >> Engº Agrônomo >> Mestre em Ciência do Solo >> Doutorando pelo Dpto. de Engenharia Recursos Hídricos & Ambiental-UFPR >> Curitiba - PR, Brasil >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> > >

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Teste de Tukey em experimento fatorial
by Ari Clecius 16 Dez '13

16 Dez '13

Prezados, como faço para realizar o teste de Tukey neste experimento? Att, Ari Clecius Alves de Lima Engenheiro Químico Me. Engenharia Civil (085)87687786 (085)33669042 # Experimento factorial completo library(qualityTools) exp1 = facDesign( k = 3 , replicates=2) names ( exp1 ) = c ( " pH " , " Volume da amostra" , "Volume de eluição" ) units(exp1)=c("", "mL", "mL") lows ( exp1 ) = c (3, 250,2) highs ( exp1 ) = c (7.5,500,4) summary( exp1 ) y=c(301194.3, 163197.05, 236720.8, 67201.2, 142970.3, 145672.55, 346889.9, 1470375.4, 156877.15, 74782.75, 129978, 144724.8, 67715.85, 74768.9, 149722.25, 168859.55) response(exp1)=data.frame(y) summary( exp1 ) lm.1=lm(y~A*B*C,data=exp1) summary(lm.1) exp2=data.frame(exp1) A=c(exp2$A) B=c(exp2$B) C=c(exp2$C) y=(exp2$y) exp3=data.frame(cbind(A,B,C,y)) exp3 A=as.factor(A) B=as.factor(B) C=as.factor(C) exp3aov=aov(y~A*B*C,data=exp3) TukeyHSD(exp3aov) Error in TukeyHSD.aov(exp3aov) : nenhum fator no modelo ajustado In addition: Warning messages: 1: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: A 2: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: B 3: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: C 4: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: A, B 5: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: A, C 6: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: B, C 7: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: A, B, C

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Problemas pra rodar script no Rstudio
by Fernando Rodrigo Bortolozo 16 Dez '13

16 Dez '13

Boa tarde pessoal Estou tentando rodar uns script utilizando Rstudio IDE, porém, ele roda algumas partes e outras aparecem varias mensagens de erro. segue abaixo as mensagens. Parece algum erro de sintaxe, mas esse script já roudou antes. Obrigado desde já. [image: Imagem inline 1] Att, Fernando Rodrigo Bortolozo Engº Agrônomo Mestre em Ciência do Solo Doutorando pelo Dpto. de Engenharia Recursos Hídricos & Ambiental-UFPR Curitiba - PR, Brasil

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Filtrado duas tabelas
by Hélio Gallo Rocha 16 Dez '13

16 Dez '13

Senhores, bom dia. Preciso de uma ajuda, onde tenho dois arquivos de texto ou xls, tanto faz. Inventei este exemplo: v1 <- seq(1,50,by=1) v2 <- seq(1,100,by=2) tab1 <- cbind(v1,v2) C1 <- seq(1,100,by=1) C2 <- seq(1,100,by=1) dados <- seq(11,60,by=1) tab2 <- cbind(C1,C2,dados) Verão que tab1 possui 50 linhas e tab2 100 linhas Preciso: 1. comparar e filtrar as colunas onde v1 = C1 e v2 = C2 2. Gerar uma terceira com C1 e C2 e os dados O resultado do exemplo acima seria "C1" "C2" "dados" 1 1 11 em SQL seria SELECT tab1.["v1"], tab1.["v2"], tab2.["dados"] FROM tab2 INNER JOIN tab1 ON (tab2.["C2"] = tab1.["v2"]) AND (tab2.["C1"] = tab1.["v1"]); Tem como passar para o R? Agradeço desde já -- Hélio Gallo Rocha IFSULDEMINAS - Câmpus Muzambinho

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GLM
by ana paula coelho madeira 16 Dez '13

16 Dez '13

Boa tarde pessoal. Tenho dados de contagem em função do tempo e da cultivar. Tenho duvida na maneira como declaro o modelo. Qual é a diferença entre os modelos NP1 <- glm (Y ~ T+C, family = poisson, data=dados) e NP2 <- glm (Y ~ ., family = poisson, data=dados). Outra coisa, quando rodo o NP1 tenho a seguinte saída: Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -5.7588 -1.0631 -0.0002 0.7864 4.7855 Coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -1.718e+01 9.994e+02 -0.017 0.98628 T15 3.932e-09 1.413e+03 0.000 1.00000 T29 1.951e+01 9.994e+02 0.020 0.98442 T43 2.088e+01 9.994e+02 0.021 0.98333 T57 2.139e+01 9.994e+02 0.021 0.98292 T71 2.140e+01 9.994e+02 0.021 0.98291 T85 2.081e+01 9.994e+02 0.021 0.98339 T99 1.745e+01 9.994e+02 0.017 0.98607 C2 -1.468e-01 5.659e-02 -2.594 0.00950 ** C3 -1.433e-01 5.653e-02 -2.535 0.01123 * C4 -1.800e-01 5.710e-02 -3.152 0.00162 ** Pegunto: Não aparece o efeito da cultivar 1 (C1) e do tempo 0 (T0), por que isso ocorre? Como falar sobre o efeito desses dois fatores? Desde já agradeço. Ana

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