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Dificuldades em substituição de programas
by Leonardo Luiz Calado 17 Mai '20

17 Mai '20

Caros Amigos, boa tarde. Estou com dificuldades, por ser iniciante no R, em conseguir substituir um pacote no mesmo de essencial funcionamento no meu escopo de trabalho. O pacote a ser 'rimage' já não consta nas instalações do R e mesmo os antigos não funcionam. Gostaria de saber se existe algum que substituiria o mesmo realizando o mesmo trabalho. Atualmente estou trabalhando fotos para morfometria geométrica em especies animais e necessito em suma manipular e transformar essas fotos estabelecendo coordenadas na imagem para landmarks, estabelecer escalas, transformar grids de deformação dentre outras coisas. Grande abraço a todos e muito obrigado LCalado PhD. Biotechnology in natural resources http://lattes.cnpq.br/2459740082072347 leonardocalado(a)hotmail.com 84-9 9931-1630

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Dificuldade em instalar pacotes
by Marco Tadeu Gonçalves 13 Mai '20

13 Mai '20

Bom dia, Sou novo no R e estou com dificuldade na instalação de um pacote. Uso o Ubuntu 18.04 e também utilizo o Rstudio. O pacote que não consigo instalar é o devtools. Já tentei no script do Rstudio e também pelo terminal o comando install.packages, mas não funcionou, aparecendo a seguinte mensagem: 1: In install.packages("devtools") : installation of package ‘xml2’ had non-zero exit status 2: In install.packages("devtools") : installation of package ‘roxygen2’ had non-zero exit status 3: In install.packages("devtools") : installation of package ‘rversions’ had non-zero exit status 4: In install.packages("devtools") : installation of package ‘devtools’ had non-zero exit status Desde já agradeço. -- *Marco Tadeu Gonçalves - Professor EBTT* *Área de atuação: Matemática* Instituto Federal do Paraná Campus Avançado de Goioerê Rodovia BR 180 - Trevo da UEM s/n CEP: 87360-000 (44) 3522 - 5432

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Informações para análises na nuvem.
by Ze Henrique 13 Mai '20

13 Mai '20

Bom dia Srs., estou necessitando realizar análises de um grande conjunto de dados só que estou sem servidor neste momento e meu computador não suporta. Gostaria de saber se os Srs. poderiam me recomendar alguma plataforma que tenha um preço acessível e posso realizar para realizar as análises pelo R. Desde já obrigado. -- *José Henrique Soler Guilhen* Doutor em Genética e Melhoramento Universidade Federal do Espírito Santo - CCAUFES [image: Mailtrack] <https://mailtrack.io?utm_source=gmail&utm_medium=signature&utm_campaign=sig…> Remetente notificado por Mailtrack <https://mailtrack.io?utm_source=gmail&utm_medium=signature&utm_campaign=sig…> 13/05/20 08:14:43

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Pesquisa de artigos na área de Estatística
by Manasses Nóbrega 13 Mai '20

13 Mai '20

Boa noite, pessoal. Por conta de meus estudos, tenho utilizado nos últimos anos a plataforma PubMEd para busca de artigos científicos na área das "ciências da vida". Entretanto, surgiu a necessidade de pesquisar alguns temas da área de Estatística. Assim como no caso do PubMed, existe alguma plataforma específica para busca de artigos científicos na área de Estatística? Caso não haja, poderiam me indicar sites de busca específicos da área? Desde já agradeço a colaboração de vocês. Atenciosamente, Manasses -- *I am a brain, Watson. The rest of me is a mere appendix. * *(Sherlock Holmes)*

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Atualizar pacotes R em outra versão
by Diogo Jerônimo 09 Mai '20

09 Mai '20

Bom dia!!! Talvez ridícula, mas não achei resposta. Quero atualizar meu R para outra versão (3.6.0 para 4.0.0). Tem um monte de libraries no anterior que não estão no atual, e que me darão muito trabalho de reinstalar, devido a quantidade. Pergunta: é possível instalar a versão nova, e fazer com que as libraries do antigo apareçam no atual? Obrigado!!! Diogo JerônimoBacharel em Ciências Estatísticas - ENCE/IBGEMestre em Metrologia - PUC-Rio/PósMQICONRE: 8514 - SÉRIE AEmail: diogojose21@yahoo.com.brhttp://lattes.cnpq.br/8996149312896520

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Problema com a instalação de pacotes no R!
by Andre Oliveira 09 Mai '20

09 Mai '20

bom dia, mesmo depois de executar o R como administrador tenho alguns problemas para instalar alguns pacotes no R (nlme e lubridate entre outros). Alguma dica para solução deste problema? > install.packages("nlme") Installing package into 'C:/Users/andreoliveira/Documents/R/win-library/3.6' (as 'lib' is unspecified) tentando a URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/.../contrib/3.6/nlme_3.1-147.zip' Content type 'application/zip' length 2374568 bytes (2.3 MB) downloaded 2.3 MB package 'nlme' successfully unpacked and MD5 sums checked Warning: cannot remove prior installation of package 'nlme' Warning: restored 'nlme' The downloaded binary packages are in C:\Users\andreoliveira\AppData\Local\Temp\RtmpMH69CO\downloaded_packages Warning message: In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE) : problem copying C:\Users\andreoliveira\Documents\R\win-library\3.6\00LOCK\nlme\libs\x64\nlme.dll to C:\Users\andreoliveira\Documents\R\win-library\3.6\nlme\libs\x64\nlme.dll: Permission denied att,.André

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Pacote Bipartite
by Sarah Reis 09 Mai '20

09 Mai '20

Olá pessoal, Estou realizando análises de interações ectoparasita-hospedeiro utilizando o pacote Bipartite. Utilizei a função dfun, porém, com o modelo padrão fornecido pelo pacote, sendo dfun(web,abuns=NULL), onde a abundância não é levada em consideração, só a frequência de interações. Agora, gostaria de refazer as análises levando em consideração a abundância dos ectoparasitas, contudo, quando insiro o vetor abundância, o R diz que "o comprimento do vetor não condiz com o número de espécies do nível trófico mais alto". Utilizo uma matriz de abundância do mesmo modelo da matriz de frequência utilizada para a análise. Já tentei inverter a matriz, mas o erro continua o mesmo. Alguém pode me ajudar? Desde já, muito obrigada! -- Sarah Fontes Reis Mestranda em Biologia Animal - UFV Bacharela em Ciências Biológicas - UFV Museu de Zoologia João Moojen Contato: (31)9-98993346 (wpp)

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Re: [R-br] Atualizar pacotes R em outra versão
by sznelwar＠uol.com.br 07 Mai '20

07 Mai '20

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Boxplot
by Alexandre Loures 06 Mai '20

06 Mai '20

Boa noite, Listeiros! Saberiam como adaptar meu script para criar um Boxplot igual ao da figura anexada? p <- ggplot (df, aes (type, lmean, fill = type)) + geom_boxplot () + scale_fill_viridis (discrete = TRUE, alpha = .6) + geom_jitter (color = 'black', size = 1, alpha = .9) + theme_ipsum () + theme (legend.position = 'none', plot.title = element_text (size = 11)) + ggtitle ('A boxplot with jitter') + xlab (' ') Seguem meus dados abaixo: dput (df) structure(list(Mean = c(14935404544, 15222448128, 38751113216, 14268438528, 14946194432, 15161123840, 9273937920, 9673856000, 14560262144, 17200879616, 3811098880, 7633272320, 290639968, 89202434048, 2005522432, 625789952, 1819531136, 2311044096, 1209199872, 296506752, 915887232, 2633880832, 488109632, 91674344, 694895872, 170653968, 586009152, 67529624, 2587323136, 66061892), type = c("gmean", "gmean", "gmean", "gmean", "gmean", "gmean", "gmean", "gmean", "gmean", "gmean", "gmean", "gmean", "gmean", "gmean", "gmean", "mean", "mean", "mean", "mean", "mean", "mean", "mean", "mean", "mean", "mean", "mean", "mean", "mean", "mean", "mean"), lmean = c(23.4270003752245, 23.4460370258537, 24.380425320488, 23.3813158390422, 23.4277225513355, 23.4420003463391, 22.9504739289101, 22.992692825977, 23.4015618839485, 23.5682263599233, 22.0611834044475, 22.7557824657935, 19.4875958357754, 25.2141741636937, 21.4191704283524, 20.2545253328222, 21.3218446872636, 21.560965248974, 20.9132247150145, 19.5075805484868, 20.6354038058895, 21.6917241970269, 20.0060505943238, 18.3337531161829, 20.3592725678438, 18.9551484853174, 20.1888459651668, 18.0280769336398, 21.673889639965, 18.0061026181465)), datalabel = "", time.stamp = " 1 May 2020 12:05", formats = c("%9s", "%9.0g", "%9s"), types = c(5L, 254L, 5L), val.labels = c("", "", ""), var.labels = c("Reporter.ISO", "", ""), row.names = c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12", "13", "14", "15", "16", "17", "18", "19", "20", "21", "22", "23", "24", "25", "26", "27", "28", "29", "30"), version = 12L, class = "data.frame")Boxplot com dados experimentais plotados -- *Alexandre Loures* Professor Substituto Universidade Federal da Paraíba <https://ufpb.br> Pós-graduação em Economia - PPGE <https://sigaa.ufpb.br/sigaa/public/programa/portal.jsf?lc=pt_BR&id=1875> www.rodriguesloures.com

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IC em tabelas de frequência
by Emerson Cotta Bodevan 06 Mai '20

06 Mai '20

Prezados, boa noite. Uma dúvida sobre como reproduzir alguns resultados de um artigo no R. O artigo tem o seguinte DOI: 10.1590/1980-549720190009 (Revista Brasileira de Epidemiologia). Tem-se uma amostra de 28427 indivíduos. Destes 17244 tem o habito de ler a bula de remédios (A) e 11183 (o restante) não tem este hábito (B). A dúvida é como obter a prevalência e o IC95% que eles conseguiram no artigo, a saber: (A) 59.6 (57.7 - 61.5) (B) 40.4 (38.5 - 42.5) Eu obtive os seguintes resultados: (A) 17244/28427 = 60.7 17244/28427-1.96*sqrt(17244/28427*(1-17244/28427)/28427) = 60.1 17244/28427+1.96*sqrt(17244/28427*(1-17244/28427)/28427) = 61.2 *60.7 (60.1 - 61.2)* (B) 11183/28427 = 39.3 11183/28427-1.96*sqrt(11183/28427*(1-11183/28427)/28427) = 38.8 11183/28427+1.96*sqrt(11183/28427*(1-11183/28427)/28427) = 39.9 *39.3 (38.8, 39.9)* Primeiro... o porquê das diferenças. Segundo... sugestão de material para leitura. E terceiro... como fazer isso no R? Há algum pacote pronto? Qualquer ajuda será bem vinda. Obrigado. *Emerson*

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Re: [R-br] Problema com a instalação de pacotes no R!
by Andre Oliveira 27 Abr '20

27 Abr '20

Oi Rodrigo, obrigado pelas ponderações! Faz poucos dias que coloquei a versão do R mais nova na tentativa de resolução do problema e alguns destes pacotes não estão instalados e tem o mesmo problema! att,.André Em segunda-feira, 27 de abril de 2020 09:27:54 BRT, Rodrigo Araujo e Castro <webyard1(a)yahoo.com.br> escreveu: Bom dia André, Inicialmente eu sugiro desinstalar manualmente esses pacotes com o "uninstall.packages()" e te tentar novamente a instalação. Uma atualização de todos os pacotes e do R (e do R Studio se você usa) pode ajudar também, pois algo pode ter sido corrigido nos últimos patches. Se nada disso funcionar, reinstalar o R não costuma dar tanto trabalho e não afeta seu trabalho já feito, já que você não perde nada. Se alguma dessas dicas resolver, avise. Rodrigo Sent from Yahoo Mail on Android On Mon, Apr 27, 2020 at 9:11, Andre Oliveira por (R-br)<r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: bom dia, mesmo depois de executar o R como administrador tenho alguns problemas para instalar alguns pacotes no R (nlme e lubridate entre outros). Alguma dica para solução deste problema? > install.packages("nlme") Installing package into 'C:/Users/andreoliveira/Documents/R/win-library/3.6' (as 'lib' is unspecified) tentando a URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/.../contrib/3.6/nlme_3.1-147.zip' Content type 'application/zip' length 2374568 bytes (2.3 MB) downloaded 2.3 MB package 'nlme' successfully unpacked and MD5 sums checked Warning: cannot remove prior installation of package 'nlme' Warning: restored 'nlme' The downloaded binary packages are in C:\Users\andreoliveira\AppData\Local\Temp\RtmpMH69CO\downloaded_packages Warning message: In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TRUE) : problem copying C:\Users\andreoliveira\Documents\R\win-library\3.6\00LOCK\nlme\libs\x64\nlme.dll to C:\Users\andreoliveira\Documents\R\win-library\3.6\nlme\libs\x64\nlme.dll: Permission denied att,.André _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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Subset a data.frame com base no valor absoluto de uma coluna
by Marcelo Laia 26 Abr '20

26 Abr '20

Prezado(a), Tenho o seguinte problema: data <- replicate(5, rnorm(10)) colnames(data) <- paste("Sample", c(1:ncol(data))) rownames(data) <- paste("Gene", c(1:nrow(data))) head(data) Sample 1 Sample 2 Sample 3 Sample 4 Sample 5 Gene 1 -1.29177540 2.61720282 -0.64705357 -2.05636255 0.5752323 Gene 2 -1.20619719 1.13791932 1.12844157 -0.04053514 1.2973240 Gene 3 -0.15952476 -0.56391140 -1.34226004 -1.21020574 -1.1353717 Gene 4 1.58893451 -1.33082381 0.02267418 1.42659928 2.2377680 Gene 5 -0.56417983 -0.14454059 -0.14543579 0.43021823 -1.1564112 Gene 6 -0.01443123 0.08013149 0.44877039 -0.38360173 1.7286058 Gene 7 -0.40133700 -0.84755154 -1.05251409 1.87298617 0.7788947 Gene 8 -1.81773166 -1.50967753 0.30168885 1.06245963 0.2409281 Gene 9 -2.27682903 0.83455263 -0.93035283 -0.49503281 -0.7293654 Gene 10 -0.19309118 -0.84698014 -0.12649364 -1.32398348 1.3218277 Eu desejo fazer um subset em um novo data.frame com os dados das colunas 1 e 2 (Sample 1 e Sample 2) baseados no valor absoluto da coluna 4 (Sample 4). Eu tentei o seguinte: mydata <- subset(data, (data[ ,4]>abs(1.3))) mydata Sample 1 Sample 2 Sample 3 Sample 4 Sample 5 Gene 4 1.588935 -1.3308238 0.02267418 1.426599 2.2377680 Gene 7 -0.401337 -0.8475515 -1.05251409 1.872986 0.7788947 No entanto, neste primeiro passo ele só pega os positivos da coluna 4 que são maiores que 1,3. Os valores negativos maiores que módulo de -1,3 são todos excluídos. No segundo passo eu excluiria as colunas 3, 4 e 5. myvars <- colnames(mydata) %in% c("Sample 3", "Sample 4", "Sample 5") mydata2 <- mydata[!myvars] Como não consegui obter o primeiro passo, o segundo também não rodou. Obrigado -- Marcelo

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Manter o R atualizado no linux mint 9.3
by Emerson Cotta Bodevan 24 Abr '20

24 Abr '20

Pessoal não estou obtendo sucesso para manter o R atualizado no linux mint 9.3. O que estou fazendo: Adicionei o repositório deb https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ pelo synaptic Quando pedi para recarregar aconteceu o seguinte erro ##### Não foi possível baixar todos os índices de repositórios O repositório pode não estar mais disponível ou pode não ter sido possível entrar em contato com o mesmo devido a problemas de rede. Caso esteja disponível, uma versão mais antiga do índice que falhou será usada. Senão o repositório será ignorado. Verifique sua conexão de rede e certifique-se de que o endereço do repositório esteja correto nas preferências. The repository 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Release' does not have a Release file. ###### Depois disso minha intenção é instalar o pacote Rcmdr, pois com a versão atual do R 3.4.4 está ocorrendo o seguinte erro: #### > install.packages("Rcmdr") Installing package into ‘/home/ecbodevan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’ (as ‘lib’ is unspecified) Warning message: package ‘Rcmdr’ is not available (for R version 3.4.4) #### Alguém poderia me ajudar? *Emerson*

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Rotina: interferência de plantas daninhas
by Cleiton Fernando Barbosa Brito 22 Abr '20

22 Abr '20

Boa tarde, Alguém poderia disponibilizar uma rotina sobre a determinação dos períodos críticos de interferência de plantas daninhas. Cleiton Fernando Barbosa Brito

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Regressão Logística pode ser influenciada pelo balanceamento de resultados de variável dependente
by Elias Carvalho 22 Abr '20

22 Abr '20

Tenho um banco de dados com 3074 linhas sem missing. Uma variável dependente binária e mais 42 variáveis independentes também binárias (todas como fator). Minha pergunta é quals VIs contribuem para a doença que está em VD. Meu summary da VD apresenta o seguinte resultado: summary(data.to.work.train$NMM) Sem doença Com doença 2715 359 removi as variáveis com alta correlação (multicolinearidade) e fiz uma RL com todas as variáveis e nada deu signficativo. Fiz tambem com variáveis individuais e nada de significativo. A maioria das variáveis apresenta uma prevalência pequena da doença: Não Sim Não 2683 32 Sim 353 6 Alguém poderia opinar sobre uma possível solução? Ou outros passos a seguir? -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"*

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Re: [R-br] Busca de coordenadas de municípios usando RgoogleMaps
by sznelwar＠uol.com.br 14 Abr '20

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Re: [R-br] Busca de coordenadas de municípios usando RgoogleMaps
by sznelwar＠uol.com.br 14 Abr '20

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Re: [R-br] Busca de coordenadas de municípios usando RgoogleMaps
by verginio＠unesc.net 14 Abr '20

14 Abr '20

Boa tarde Flávio, Fiz um teste acrescentando o nome do país e separando por vírgula. O que ajuda a busca a entender que se trata de um município. library(RgoogleMaps) # Município, Estado, País aux_city <- c( "Vitória, ES, BR", "Serra, ES, BR", "Vila Velha, ES, BR", "Cariacica, ES, BR", "Colatina, ES, BR" ) aux_city_coord <- data.frame(Municípios = aux_city, lat = NA, long = NA) aux_city_coord <- with(aux_city_coord, data.frame(Municípios = aux_city_coord$Municípios, t( sapply(aux_city_coord$Municípios, getGeoCode) ))) aux_city_coord Atenciosamente, Max Richard Verginio _____________________________________ Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com

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Busca de coordenadas de municípios usando RgoogleMaps
by Flávio Fagundes 14 Abr '20

14 Abr '20

boa noite, colegas. Gostaria de uma ideia para o seguinte problema: Estou buscando as coordenadas de alguns municípios do estado de ES usando o seguinte código: library(RgoogleMaps) aux_city <- c("Vitória ES","Serra ES","Vila Velha ES","Cariacica ES","Colatina ES") aux_city_coord <- data.frame(Municípios=aux_city, lat=NA, long=NA) aux_city_coord <- with(aux_city_coord,data.frame(Municípios=aux_city_coord$Municípios, t(sapply(aux_city_coord$Municípios, getGeoCode)))) aux_city_coord Que retorna essas coordenadas. > aux_city_coord Municípios lat lon 1 Vitória ES 42.84651 -2.6724025 2 Serra ES 39.68388 -0.4288545 3 Vila Velha ES -20.32973 -40.2920284 4 Cariacica ES -20.26320 -40.4165490 5 Colatina ES -19.53467 -40.6287836 Notem que as coordenadas de Vitória e Serra estão totalmente erradas Porém, na tentativa e erro eu descobri que Vitória, não precisada do "ES" e retornou corretamente, mas Serra, sem chances de encontrar. aux_city <- c("Vitória","Serra","Serra-ES","Serra.ES") aux_city_coord <- data.frame(Municípios=aux_city, lat=NA, long=NA) aux_city_coord <- with(aux_city_coord,data.frame(Municípios=aux_city_coord$Municípios, t(sapply(aux_city_coord$Municípios, getGeoCode)))) aux_city_coord > aux_city_coord Municípios lat lon 1 Vitória -20.32009 -40.3376682 2 Serra 43.07201 1.1727739 3 Serra-ES 39.68388 -0.4288545 4 Serra.ES 39.68388 -0.4288545 Provavelmente poderá acontecer isso com outros municípios. Eu gostaria de saber se existe alguma uma forma de obter/consultar/verificar a grafia correta de, por exemplo, um ou todos os municípios de um determinado estado, sem que tenha que digitar o nome do mesmo. Mas qualquer outra forma de contornar este problema será bem vinda. Obrigado Att Flávio

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Gráfico de network para o comércio internacional entre países
by Alexandre Loures 13 Abr '20

13 Abr '20

Boa noite, Listeiros! Gostaria de fazer um gráfico de rede para o comércio internacional entre um grupo de países. Nesse sentido, estou tentando replicar o seguinte exemplo: http://beyondvalence.blogspot.com/2014/05/text-mining-7-term-network-analys… Porém, no meu caso, possuo pares de países: ARE-JPN, AUS-JPN,... Ademais, gostaria que cada node fosse proporcional ao volume comercializado pelo país (variável exports). dput (df) structure(list(ido = c("ARE", "AUS", "CHN", "GBR", "GBR", "GBR", "HKG", "IDN", "IRN", "JPN", "JPN", "KOR", "KOR", "MYS", "NGA", "NLD", "NOR", "RUS", "RUS", "USA", "USA", "AUS", "AUS", "BEL", "BEL", "BEL", "CHN", "CHN", "CHN", "DEU", "DEU", "DEU", "DEU", "DEU", "DEU", "DEU", "GBR", "GBR", "GBR", "IRN", "MYS", "MYS", "NLD", "POL", "RUS", "RUS", "SGP", "SGP", "SGP", "SGP", "USA" ), idd = c("JPN", "JPN", "KOR", "CHE", "DEU", "FRA", "USA", "JPN", "JPN", "HKG", "SGP", "CHN", "JPN", "SGP", "USA", "FRA", "GBR", "DEU", "ITA", "GBR", "KOR", "CHN", "JPN", "DEU", "FRA", "NLD", "GBR", "RUS", "SGP", "AUT", "BEL", "ESP", "FRA", "NLD", "POL", "USA", "ARE", "IRL", "USA", "ITA", "SGP", "USA", "BEL", "DEU", "CHE", "TUR", "CHN", "HKG", "IDN", "MYS", "ARE"), exports = c(13112242813, 12600200044, 11292363934, 8415084770, 34788506146, 28475980395, 46984336771, 14415189665, 4968556482, 27183303751, 20820248756, 18454539579, 20466015819, 18045941449, 11499435728, 22555328417, 12375241280, 9231828795, 7254325411, 41578521231, 27901876438, 12302482046, 21703963590, 64547770665, 57659467585, 39244445982, 18976473583, 13211283269, 16632262456, 53765327000, 54292454000, 49796586000, 98354819000, 60942951000, 27729562000, 86050473000, 10567139812, 29981708162, 56706301526, 6191623821, 22078782553, 27815727284, 40914697144, 25222684658, 10781703404, 10841448818, 19757037697, 21522016786, 22102891530, 30384988869, 8476570775 )), class = "data.frame", row.names = c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12", "13", "14", "15", "16", "17", "18", "19", "20", "21", "22", "23", "24", "25", "26", "27", "28", "29", "30", "31", "32", "33", "34", "35", "36", "37", "38", "39", "40", "41", "42", "43", "44", "45", "46", "47", "48", "49", "50", "51")) Desde já, muito obrigado pela atenção! -- *Alexandre Loures* Professor Substituto Universidade Federal da Paraíba <https://ufpb.br> Pós-graduação em Economia - PPGE <https://sigaa.ufpb.br/sigaa/public/programa/portal.jsf?lc=pt_BR&id=1875> www.rodriguesloures.com

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Problemas na instalação de pacotes
by profiack＠gmail.com 11 Abr '20

11 Abr '20

Veja este link que me parece o mesmo caso. https://stackoverflow.com/questions/36346781/r-package-installation-issue <quote author='R-br mailing list'> Boa noite, Quando tento instalar pacotes : >chooseCRANmirror() Warning: failed to download mirrors file (não foi possível abrir a URL 'https://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv'); using local file 'C:/PROGRA~1/R/R-36~1.3/doc/CRAN_mirrors.csv' Warning message: In download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) : falha em InternetOpenUrl: '' > utils:::menuInstallPkgs() Warning: unable to access index for repository https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib: não foi possível abrir a URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib/PACKAGES' Error in install.packages(lib = .libPaths()[1L], dependencies = NA, type = type) : argumento "pkgs" ausente, sem padrão Tentei instalar várias versões e todas estão apresentado este problema. Atenciosamente, Cleiton Fernando _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. </quote> Quoted from: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Problemas-na-instalacao-de-pacotes-t… _____________________________________ Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com

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Problemas na instalação de pacotes
by Cleiton Fernando Barbosa Brito 11 Abr '20

11 Abr '20

Boa noite, Quando tento instalar pacotes : >chooseCRANmirror() Warning: failed to download mirrors file (não foi possível abrir a URL 'https://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv'); using local file 'C:/PROGRA~1/R/R-36~1.3/doc/CRAN_mirrors.csv' Warning message: In download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) : falha em InternetOpenUrl: '' > utils:::menuInstallPkgs() Warning: unable to access index for repository https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib: não foi possível abrir a URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib/PACKAGES' Error in install.packages(lib = .libPaths()[1L], dependencies = NA, type = type) : argumento "pkgs" ausente, sem padrão Tentei instalar várias versões e todas estão apresentado este problema. Atenciosamente, Cleiton Fernando

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Re: [R-br] Subscribe - Erro ao exportar Dados para o Excel
by verginio＠unesc.net 04 Abr '20

04 Abr '20

Bom dia Márcio Boareto, Seu código funcionará, se alterar a linha: rownames(planilha) <- dados [,1] # nomeas das linhas (empresas) #por rownames(planilha) <- dados[[1]] # nomeas das linhas (empresas) ### O diferença está na library usada para leitura da planilha dados.xlsx. Foram carregadas três `xlsx`, `openxlsx`e `readxl`. Mas foi utilizada apenas esta última, que carrega como tibble. dados <- readxl::read_excel(path = "dados.xlsx", col_names = T) Atenciosamente, Max Richard Verginio _____________________________________ Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com

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Re: [R-br] Subscribe - Erro ao exportar Dados para o Excel
by Daniel Guimarães Tiezzi 04 Abr '20

04 Abr '20

Bom dia Marcio Segue o código e a planilha final. Eu só converti a sua table dados para o formato CSV pois não tenho instalado o pacote xlsx. Eu fiz isso no Excel mesmo. Veja se ficou OK. Daniel Daniel Tiezzi, MD, PhD Oncologia / Mastologia Professor Associado - Livre Docente Departamento de Ginecologia e Obstetrícia Setor de Mastologia e Oncologia Ginecológica Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP Tel.: 16 3602-2488 e-mail: <mailto:dtiezzi@usp.br>dtiezzi(a)usp.br <mailto:dtiezzi@usp.br> > On 4 Apr 2020, at 10:31, Marcio Boareto <marcioboareto(a)gmail.com> wrote: > > Prezado Prof Daniel > > > Ficaria muito agradecido se puder me ajudar. > Segue a planilha "dados", os resultados, o artigo e o script do R studio, se tiver como reproduzir. > > O artigo onde estou tentando reproduzir o modelo (está dando erro, pois o pacote de leitura da planilha foi descontinuado (xlsReadWrite) e estou tentando utilizar outro pacote para exportar o modelo para uma planilha. > > > > > Desde já agradeço vossa atenção. > > > > > Em sáb., 4 de abr. de 2020 às 10:22, Daniel Guimarães Tiezzi <dtiezzi(a)usp.br <mailto:dtiezzi@usp.br>> escreveu: > Ok, seria melhor VC enviar parte da sua planilha para podemos reproduzir o erro e resolver para VC. > > > On Sat, 4 Apr 2020, 10:17 Marcio Boareto, <marcioboareto(a)gmail.com <mailto:marcioboareto@gmail.com>> wrote: > Bom dia > > Prezado Prof Daniel > > Não consegui resolver e o erro ainda persiste. Estou aprendo recentemente a usar o R para cálculo de eficiência em análise envoltória de dados, estou com dificuldades em exportar os resultados para uma planilha. > > Muito obrigado pela ajuda! > > Em sáb., 4 de abr. de 2020 às 09:49, Daniel Guimarães Tiezzi <dtiezzi(a)usp.br <mailto:dtiezzi@usp.br>> escreveu: > Bom dia > > O erro gerado diz que a dimensão do objeto que você está tentando inserir como rownames do seu dataframe são diferentes. > > Verifique isso: > > > dim(planilha)[1] > > length(dados [ ,1]) > > Esses valoras devem ser iguais. > > Daniel > > > > Daniel Tiezzi, MD, PhD > Oncologia / Mastologia > Professor Associado - Livre Docente > Departamento de Ginecologia e Obstetrícia > Setor de Mastologia e Oncologia Ginecológica > Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP > Tel.: 16 3602-2488 > e-mail: dtiezzi(a)usp.br <mailto:dtiezzi@usp.br> > > > >> On 4 Apr 2020, at 09:02, Marcio Boareto por (R-br) <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br>> wrote: >> >> Bom dia >> >> Preciso gerar uma planilha em excel dos dados gerados no modelo, porém está dando erro ao tentar colocar o nome das empresas na coluna 1 da planilha, segue o script: está dando erro no comando rownames >> >> #modelo retirado do artigo disponível em: https://www.aedb.br/seget/arquivos/artigos13/44218525.pdf <https://www.aedb.br/seget/arquivos/artigos13/44218525.pdf> >> > require(lpSolve) # carrega pacote lpSolve previamente instalado >> Carregando pacotes exigidos: lpSolve >> > require(xlsx) # carrega pacote xlsReadWrite previamente instalado >> Carregando pacotes exigidos: xlsx >> > setwd('c:/Users/Usuário/UFG/MESTRADO 2017/MESTRADO 2019/R') # define o diretório de trabalho >> > library(readxl) >> > library(openxlsx) >> >> Attaching package: ‘openxlsx’ >> >> The following objects are masked from ‘package:xlsx’: >> >> createWorkbook, loadWorkbook, read.xlsx, saveWorkbook, write.xlsx >> >> > library(xlsx) >> > dados <- read_excel("C:/Users/Usuário/UFG/MESTRADO 2017/MESTRADO 2019/R/dados.xlsx", col_names=TRUE) >> > View(dados) >> > dados >> # A tibble: 18 x 5 >> UTILITY OPEX NETWORK MWH CUSTOMERS >> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> >> 1 ELETROPAULO 1249143613 45213 39922710 5987873 >> 2 CEMIG 1682334644 460219 37476802 6832546 >> 3 CPFL - PAULISTA 497290782 89879 25267579 3502793 >> 4 COPEL 1018866491 224817 23525040 3628209 >> 5 LIGHT 557206112 58074 22902552 3640182 >> 6 CELESC 721455274 144896 18105811 2237127 >> 7 COELBA 436436014 215001 14286757 4622046 >> 8 ELEKTRO 414602018 107116 13398558 2123670 >> 9 CPFL - PIRATININGA 195789961 22236 13013378 1367488 >> 10 BANDEIRANTE 286832273 27496 12536237 1482518 >> 11 CELPE 350651684 120428 10001560 2994259 >> 12 AMPLA 436532756 51050 9506961 2365558 >> 13 CELG 691472253 199494 9344291 2213198 >> 14 RGE 186357415 84997 7993103 1226079 >> 15 COELGE 316166876 120300 7929212 2744830 >> 16 ESCELSA 241433335 56960 7897969 1185432 >> 17 AES SUL 206122962 76133 7616460 1150518 >> 18 CEEE 385990997 71892 7277929 1438072 >> > inputs<- data.frame(dados[,2]) # seleciona coluna 2 do objeto data >> > outputs <- data.frame(dados[,c(3,4,5)]) # seleciona colunas 3, 4 e 5 do objeto data >> > N<- dim(dados)[1] # número de DMUs >> > s <- dim(inputs)[2] # número de inputs >> > m <- dim(outputs)[2] # número de outputs >> > f.rhs <- c(rep(0,1,N),1) # RHS >> > f.dir <- c(rep("<=",1,N),"=") # direção das restrições >> > aux <- cbind(-1*inputs,outputs) # matriz com os coeficientes tecnológicos em (6) >> > for (i in 1:N) { >> + f.obj <- c(0*rep(1,s),as.numeric(outputs[i,])) # coeficientes da função objetivo >> + f.con <- rbind(aux ,c(as.numeric(inputs[i,]), + rep(0,1,m))) # adiciona a restrição bTz=1 >> + results <- lp("max",as.numeric(f.obj),f.con,f.dir,f.rhs,scale=1,compute.sens=TRUE) # resolve PPL >> + multipliers <- results$solution # multiplicadores >> + efficiency <- results$objval # indices de eficiência >> + duals <- results$duals # ??? >> + if (i==1) { >> + weights <- multipliers >> + effcrs <- efficiency >> + lambdas <- duals [seq(1,N)] >> + } else { >> + weights <- rbind(weights,multipliers) >> + effcrs <- rbind(effcrs , efficiency) >> + lambdas <- rbind(lambdas,duals[seq(1,N)]) >> + } >> + } >> > ################################################################### >> > planilha <- cbind(effcrs,weights) >> > #ESSA PARTE NÃO ESTÁ FUNCIONANDO################################### >> > rownames(planilha) <- dados [,1] # nomeas das linhas (empresas) >> Error in dimnames(x) <- dn : >> comprimento de 'dimnames' [1] não é igual ao tamanho do array >> >> Segue a planilha gerada, na coluna A preciso constar os nomes da coluna A (UTILITY) >> efficiency OPEX NETWORK MWH CUSTOMERS >> effcrs 0,58270216 8,00548E-10 0 6,07396E-09 5,6817E-08 >> efficiency 0,579460003 5,94412E-10 9,73842E-07 3,50295E-09 0 >> efficiency.1 0,885425355 2,0109E-09 0 1,52572E-08 1,42719E-07 >> efficiency.2 0,518585846 9,81483E-10 7,95216E-07 1,11913E-08 2,10933E-08 >> efficiency.3 0,775513183 1,79467E-09 0 1,36166E-08 1,27372E-07 >> efficiency.4 0,523933705 1,38609E-09 1,28427E-06 1,86596E-08 0 >> efficiency.5 1 2,29129E-09 1,85644E-06 2,61264E-08 4,92426E-08 >> efficiency.6 0,687899797 2,41195E-09 1,95421E-06 2,75023E-08 5,18359E-08 >> efficiency.7 1 5,10751E-09 0 7,6844E-08 0 >> efficiency.8 0,698435209 3,48636E-09 0 2,64519E-08 2,47436E-07 >> efficiency.9 0,82245379 2,85183E-09 0 2,16376E-08 2,02402E-07 >> efficiency.10 0,549836367 2,29078E-09 0 1,73807E-08 1,62583E-07 >> efficiency.11 0,585646 1,44619E-09 2,93566E-06 0 0 >> efficiency.12 1 5,36603E-09 8,79133E-06 3,16227E-08 0 >> efficiency.13 0,819757504 3,16289E-09 0 0 2,98655E-07 >> efficiency.14 0,669679648 4,14193E-09 3,35587E-06 4,72283E-08 8,90153E-08 >> efficiency.15 0,840551996 4,85147E-09 3,93075E-06 5,53189E-08 1,04264E-07 >> efficiency.16 0,44597084 2,59073E-09 2,09906E-06 2,95408E-08 5,56781E-08 >> >> Se puderem ajudar, fico agradecido. >> Atenciosamente >> >> Márcio Boareto >> > >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br <https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia>) e forneça código mínimo reproduzível. > > > > -- > Márcio Boareto > Administrador > CRA-GO 15993 > Mestre em Gestão Organizacional pela UFG Catalão. > Especialista em Gestão Financeira e Controladoria - UFG Catalão > Graduado em Administração de Empresas - UFG Catalão > 64 98137-9049 whatsapp > Lattes:http://lattes.cnpq.br/8524063708922235 <http://lattes.cnpq.br/8524063708922235> > ORCID: https://orcid.org/0000-0003-0398-8774 <https://orcid.org/0000-0003-0398-8774> > > > > > -- > Márcio Boareto > Administrador > CRA-GO 15993 > Mestre em Gestão Organizacional pela UFG Catalão. > Especialista em Gestão Financeira e Controladoria - UFG Catalão > Graduado em Administração de Empresas - UFG Catalão > 64 98137-9049 whatsapp > Lattes:http://lattes.cnpq.br/8524063708922235 <http://lattes.cnpq.br/8524063708922235> > ORCID: https://orcid.org/0000-0003-0398-8774 <https://orcid.org/0000-0003-0398-8774> > > > <resultscrs.xlsx><script -seget.R><dados.xlsx><44218525.pdf><script.docx>

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Subscribe - Erro ao exportar Dados para o Excel
by Marcio Boareto 04 Abr '20

04 Abr '20

Bom dia Preciso gerar uma planilha em excel dos dados gerados no modelo, porém está dando erro ao tentar colocar o nome das empresas na coluna 1 da planilha, segue o script: está dando erro no comando rownames #modelo retirado do artigo disponível em: https://www.aedb.br/seget/arquivos/artigos13/44218525.pdf > require(lpSolve) # carrega pacote lpSolve previamente instalado Carregando pacotes exigidos: lpSolve > require(xlsx) # carrega pacote xlsReadWrite previamente instalado Carregando pacotes exigidos: xlsx > setwd('c:/Users/Usuário/UFG/MESTRADO 2017/MESTRADO 2019/R') # define o diretório de trabalho > library(readxl) > library(openxlsx) Attaching package: ‘openxlsx’ The following objects are masked from ‘package:xlsx’: createWorkbook, loadWorkbook, read.xlsx, saveWorkbook, write.xlsx > library(xlsx) > dados <- read_excel("C:/Users/Usuário/UFG/MESTRADO 2017/MESTRADO 2019/R/dados.xlsx", col_names=TRUE) > View(dados) > dados # A tibble: 18 x 5 UTILITY OPEX NETWORK MWH CUSTOMERS *<chr>* *<dbl>* *<dbl>* *<dbl>* *<dbl>* 1 ELETROPAULO *1*249*143*613 *45*213 39*922*710 5*987*873 2 CEMIG *1*682*334*644 *460*219 37*476*802 6*832*546 3 CPFL - PAULISTA 497*290*782 *89*879 25*267*579 3*502*793 4 COPEL *1*018*866*491 *224*817 23*525*040 3*628*209 5 LIGHT 557*206*112 *58*074 22*902*552 3*640*182 6 CELESC 721*455*274 *144*896 18*105*811 2*237*127 7 COELBA 436*436*014 *215*001 14*286*757 4*622*046 8 ELEKTRO 414*602*018 *107*116 13*398*558 2*123*670 9 CPFL - PIRATININGA 195*789*961 *22*236 13*013*378 1*367*488 10 BANDEIRANTE 286*832*273 *27*496 12*536*237 1*482*518 11 CELPE 350*651*684 *120*428 10*001*560 2*994*259 12 AMPLA 436*532*756 *51*050 9*506*961 2*365*558 13 CELG 691*472*253 *199*494 9*344*291 2*213*198 14 RGE 186*357*415 *84*997 7*993*103 1*226*079 15 COELGE 316*166*876 *120*300 7*929*212 2*744*830 16 ESCELSA 241*433*335 *56*960 7*897*969 1*185*432 17 AES SUL 206*122*962 *76*133 7*616*460 1*150*518 18 CEEE 385*990*997 *71*892 7*277*929 1*438*072 > inputs<- data.frame(dados[,2]) # seleciona coluna 2 do objeto data > outputs <- data.frame(dados[,c(3,4,5)]) # seleciona colunas 3, 4 e 5 do objeto data > N<- dim(dados)[1] # número de DMUs > s <- dim(inputs)[2] # número de inputs > m <- dim(outputs)[2] # número de outputs > f.rhs <- c(rep(0,1,N),1) # RHS > f.dir <- c(rep("<=",1,N),"=") # direção das restrições > aux <- cbind(-1*inputs,outputs) # matriz com os coeficientes tecnológicos em (6) > for (i in 1:N) { + f.obj <- c(0*rep(1,s),as.numeric(outputs[i,])) # coeficientes da função objetivo + f.con <- rbind(aux ,c(as.numeric(inputs[i,]), + rep(0,1,m))) # adiciona a restrição bTz=1 + results <- lp("max",as.numeric(f.obj),f.con,f.dir,f.rhs,scale=1,compute.sens=TRUE) # resolve PPL + multipliers <- results$solution # multiplicadores + efficiency <- results$objval # indices de eficiência + duals <- results$duals # ??? + if (i==1) { + weights <- multipliers + effcrs <- efficiency + lambdas <- duals [seq(1,N)] + } else { + weights <- rbind(weights,multipliers) + effcrs <- rbind(effcrs , efficiency) + lambdas <- rbind(lambdas,duals[seq(1,N)]) + } + } > ################################################################### > planilha <- cbind(effcrs,weights) > #ESSA PARTE NÃO ESTÁ FUNCIONANDO################################### > rownames(planilha) <- dados [,1] # nomeas das linhas (empresas) Error in dimnames(x) <- dn : comprimento de 'dimnames' [1] não é igual ao tamanho do array Segue a planilha gerada, na coluna A preciso constar os nomes da coluna A (UTILITY) efficiency OPEX NETWORK MWH CUSTOMERS effcrs 0,58270216 8,00548E-10 0 6,07396E-09 5,6817E-08 efficiency 0,579460003 5,94412E-10 9,73842E-07 3,50295E-09 0 efficiency.1 0,885425355 2,0109E-09 0 1,52572E-08 1,42719E-07 efficiency.2 0,518585846 9,81483E-10 7,95216E-07 1,11913E-08 2,10933E-08 efficiency.3 0,775513183 1,79467E-09 0 1,36166E-08 1,27372E-07 efficiency.4 0,523933705 1,38609E-09 1,28427E-06 1,86596E-08 0 efficiency.5 1 2,29129E-09 1,85644E-06 2,61264E-08 4,92426E-08 efficiency.6 0,687899797 2,41195E-09 1,95421E-06 2,75023E-08 5,18359E-08 efficiency.7 1 5,10751E-09 0 7,6844E-08 0 efficiency.8 0,698435209 3,48636E-09 0 2,64519E-08 2,47436E-07 efficiency.9 0,82245379 2,85183E-09 0 2,16376E-08 2,02402E-07 efficiency.10 0,549836367 2,29078E-09 0 1,73807E-08 1,62583E-07 efficiency.11 0,585646 1,44619E-09 2,93566E-06 0 0 efficiency.12 1 5,36603E-09 8,79133E-06 3,16227E-08 0 efficiency.13 0,819757504 3,16289E-09 0 0 2,98655E-07 efficiency.14 0,669679648 4,14193E-09 3,35587E-06 4,72283E-08 8,90153E-08 efficiency.15 0,840551996 4,85147E-09 3,93075E-06 5,53189E-08 1,04264E-07 efficiency.16 0,44597084 2,59073E-09 2,09906E-06 2,95408E-08 5,56781E-08 Se puderem ajudar, fico agradecido. Atenciosamente Márcio Boareto >

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Re: [R-br] Criar um dataframe pela combinação de duas linhas de informação em *txt
by ASANTOS 01 Abr '20

01 Abr '20

Muito obrigado Max, genial e muito didática a sua resposta!!! Apenas mudei o final para *csv para evitar a confusão que dá no *txt entre *numeric*/*character*, sendo: filename <- myfile[1, 1] %>% str_extract(".*:") %>% str_remove("\\.jpg:") %>% paste0("pred_", ., ".csv") filename # salva o arquivo write.csv(x = mydataframe, file = filename, row.names = FALSE) Achei também essa função lag() para atrasar uma linha demais! Alexandre -- Em 01/04/2020 11:00, r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br escreveu: > Re: Criar um dataframe pela combinação de duas linhas de > informação em *txt

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Criar um dataframe pela combinação de duas linhas de informação em *txt
by ASANTOS 31 Mar '20

31 Mar '20

Prezados membros do r-br, Eu gostaria de criar um novo data frame à partir de output de uma análise em *txt empregando o pacote *tidyverse*, sendo: library(tidyverse) #Arquivo original https://www.dropbox.com/s/2f13c2wb66zfrmr/result.txt?dl=0 #Faço a leitura do arquivo myfile<-read_lines("result.txt") #Separo o nome do arquivo filename<-myfile[1] filename<-gsub("\\..*","",filename) filename #[1] "sample_107" #Então removo a primeira linha que só tem a informação do nome do arquivo que o originou myfile<-myfile[-1] #Estrutura parcial do arquivo myfile # head(myfile) #[1] "lca: 84%" #[2] "left=475, right=586, top=0, bottom=527, obj_id=0, obj=lca " #[3] "lca: 82%" #[4] "left=548, right=553, top=0, bottom=722, obj_id=0, obj=lca " #[5] "lca: 79%" $[6] "left=439, right=534, top=174, bottom=440, obj_id=0, obj=lca " # Agora, eu quero criar um data frame onde eu reorganize essa informação de modo que sempre a linha superior que começa com "lca:... forme a última coluna da informação da linha abaixo que inicia-se com "left= ...., de forma que meu *dataframe* final fique, baseado na estrutura parcial apresentada: left right top bottom obj_id obj lca 475 586 0 527 0 lca 84 548 553 0 722 0 lca 82 439 534 174 440 0 lca 79 Para ao final salvar como: write.table(mydataframe, paste0("pred_",filename, "*txt"),h=T) Tentei uma derivação das sugestões do Max, mas eu tenho um problema, pois na primeira linha os valores estão depois de ":" e na segunda depois de "=". Também tenho uma variável que chama lca na primeira linha e um nível lca na variável obj do meu arquivo myfile. names_col <- c("left", "right", "top", "botton", "obj_id", "obj","lca") mydf <- myfile %>% str_subset("lca$") %>% enframe(name = NULL) %>% separate(col = value, into = names_col, sep = "[=,]") %>% mutate_all(parse_number) head(as.data.frame(mydf)) #[1] left right top botton obj_id obj lca #<0 linhas> (ou row.names de comprimento 0) Alguém que trabalha com manipulação de tabelas em R teria alguma dica para dar? Obrigado, Alexandre

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Re: [R-br] Criar um dataframe pela combinação de duas linhas de informação em *txt
by verginio＠unesc.net 31 Mar '20

31 Mar '20

Boa tarde Alexandre, Segue sugestão para leitura do seu documento de texto. Fiz um teste fazendo a leitura do arquivo como csv. # define a pasta de trabalho para ler e salvar os arquivos setwd(set_path) # Faço a leitura do arquivo usando read.csv ## nesse caso já faz a leitura como data.frame e separa seis colunas myfile <- read.csv( file = "result.txt", header = F, row.names = NULL, stringsAsFactors = F ) head(myfile) # Novos nomes das colunas, incluindo a nova coluna "ica" names_col <- c("left", "right", "top", "botton", "obj_id", "obj", "lca") # arruma df ## lag passa o vetor 'atrasado' em uma linha ## str_detect filtra linhas que iniciam com "left" ## set_names coloca novos nomes das colunas ## str_remove, retira o texto no início dos valores ## str_remove, retira o simbolo de percentual da 7ª coluna, ### e transforma todas em número, exceto a 6ª coluna ## trimws, retira o espaço sobrando na 6ª coluna mydataframe <- myfile %>% mutate(V7 = lag(V1)) %>% filter(str_detect(V1, "^left")) %>% set_names(names_col) %>% mutate_all( ~ str_remove(.x, ".*[=:]")) %>% mutate_at(-6, ~ str_remove(.x, "%") %>% as.numeric) %>% mutate_at(6, trimws) mydataframe #Separo o nome do arquivo ## adicionei a extensão do arquivo, já nesta etapa [opicional] filename <- myfile[1, 1] %>% str_extract(".*:") %>% str_remove("\\.jpg:") %>% paste0("pred_", ., ".txt") filename # salva o arquivo write.table(x = mydataframe, file = filename) Atenciosamente, Max Richard Verginio _____________________________________ Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com

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variance components no modelo gls
by Luiz Leal 30 Mar '20

30 Mar '20

Prezados, bom dia. Alguém sabe como estimar "variance between groups" e "variance within groups" no modelo abaixo?y <- c(1,2,3, 5,9,8, 2,3,4, 9,7,8 ) x <- as.factor(rep(letters[1:4], each=3)) library(nlme) model <- gls(y~x, weights = varExp())Desde já agradeçoLuiz

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Re: [R-br] ggplot2 (Mapa/UDHs/IVS)
by sznelwar＠uol.com.br 29 Mar '20

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ggplot2 (Mapa/UDHs/IVS)
by marcelonerymagalhaes＠gmail.com 29 Mar '20

29 Mar '20

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Análise de dados microbiológicos - Estatística não paramétrica
by ana paula coelho madeira 27 Mar '20

27 Mar '20

Prezados colegas, Boa tarde. Estou tentando analisar um conjunto de dados resultante de um experimento com queijo. Dentre as variáveis analisadas, temos a contagem de Coliformes e Staphylococcus cuja resposta, em muitos casos, aparece na forma de desigualdade, a saber: "<1000" ou "< que um determinado valor". Na literatura, todos os trabalho na área de alimentos que me deparei trabalham com a Estatística não paramétrica, em função da não normalidade dos dados ( até aí ok!). Minha dúvida é como entrar com esses dados no R , sabendo que não tenho "uma número" específico? Desde já agradeço Ana Paula

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Sugestão de pacotes para plotar pontos em mapa (google maps, p.ex)
by Marcelo Laia 26 Mar '20

26 Mar '20

Caros(as), Preciso plotar os seguintes pontos em um mapa e penso em utilizar os mapas do Google (Google Maps ou Google Earth). S/W 16°41'01"/39°22'31" 16°34'38"/39°25'40" 16°41'01"/39°22'31" 16°42'27"/39°36'22" Eu preciso plotar esses 4 pontos, calcular as distâncias entre eles (plotar no próprio gráfico ou indicar essas distâncias na legenda) e descarregar a figura para poder inserir em uma tese de uma orientada. Em uma busca no Google (https://is.gd/3kzPM8) eu encontrei diversos pacotes e tutoriais. Mas, pra você que já necessitou realizar algo assim, qual foi o pacote que você utilizou? Se puder ajudar, agradeço muito! Se tiver tutorial, também será muito bem vindo! Existe um mapeamento de solo da EMBRAPA. Seria possível utilizar essa informação? Divisa de municípios, estado? Obrigado -- Marcelo

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Re: [R-br] Editar dados em arquivo *txt em um data frame
by ASANTOS 26 Mar '20

26 Mar '20

Obrigado Max, Mauro e Cesar, Deu certo, só tive que transformar o objeto *tibble* em *dataframe* na solução inicial do Max e tem outra que não necessita do pacote tidyverse, mas utilizam gsub, strsplit e grep, seguem as soluções: # Solução 1 library(tidyverse) myfile <- read_lines("log.txt") names_col <- c("iteration", "total_loss", "loss_error", "rate", "time", "n_images") mydf <- myfile %>% str_subset("images$") %>% enframe(name = NULL) %>% separate(col = value, into = names_col, sep = "[:,]") %>% mutate_all(parse_number) head(as.data.frame(mydf)) # iteration total_loss loss_error rate time n_images #1 1 799.2195 799.2195 0 654.6613 24 #2 2 799.5554 799.2531 0 672.5197 48 #3 3 801.0438 799.4322 0 667.1184 72 #4 4 799.9001 799.4790 0 647.3321 96 #5 5 801.5366 799.6848 0 660.7798 120 #6 6 799.3589 799.6522 0 683.4424 144 #Solução 2 myfile <- read_lines("log.txt") tmp <- myfile[grep("^\\d*\\:", unlist(myfile))] tmp <- do.call(rbind, strsplit(tmp, ", ")) tmp <- data.frame(do.call(rbind, strsplit(tmp[, 1], "\\: ")), tmp[, -1], stringsAsFactors=FALSE) tmp[] <- lapply(tmp, gsub, pat="\\s.+", repl="") tmp[] <- lapply(tmp, as.numeric) mydf <- setNames(tmp, c("iteration", "total_loss", "loss_error", "rate", "time", "n_images")) head(mydf) # iteration total_loss loss_error rate time n_images # 1 1 799.2195 799.2195 0 654.6613 24 # 2 2 799.5554 799.2531 0 672.5197 48 # 3 3 801.0438 799.4322 0 667.1184 72 # 4 4 799.9001 799.4790 0 647.3321 96 # 5 5 801.5366 799.6848 0 660.7798 120 # 6 6 799.3589 799.6522 0 683.4424 144 Abraços, Alexandre Em 26/03/2020 11:00, r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Re: Editar dados em arquivo *txt em um data frame > (verginio(a)unesc.net) > 2. Re: Editar dados em arquivo *txt em um data frame > (sznelwar(a)uol.com.br) > 3. Re: Editar dados em arquivo *txt em um data frame (Cesar Rabak) > 4. Re: Editar dados em arquivo *txt em um data frame > (sznelwar(a)uol.com.br) > 5. Re: Editar dados em arquivo *txt em um data frame (Cesar Rabak) > 6. Re: Editar dados em arquivo *txt em um data frame (Cesar Rabak) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Wed, 25 Mar 2020 11:27:44 -0500 (CDT) > From: verginio(a)unesc.net > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Editar dados em arquivo *txt em um data frame > Message-ID: > <1738291108.330325.1585153664487.JavaMail.administrator(a)n4.nabble.com> > Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 > > Olá, > > Segue uma sugestão: > > > library(tidyverse) > myfile <- read_lines("log.txt") > > names_col <- c("iteration", "total_loss", "loss_error", "rate", "time", "n_images") > > mydf <- myfile %>% > str_subset("images$") %>% > enframe(name = NULL) %>% > separate(col = value, into = names_col, sep = "[:,]") %>% > mutate_all(parse_number) > > mydf > > > Atenciosamente, > Max Richard Verginio > > _____________________________________ > Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Wed, 25 Mar 2020 18:33:22 -0300 > From: sznelwar(a)uol.com.br > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Editar dados em arquivo *txt em um data frame > Message-ID: > <5e7bce22943e_5e922b1d522cd10870933(a)ip-10-81-19-112.ec2.internal.mail> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20200325/4345eda5/atta…> > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Wed, 25 Mar 2020 21:02:08 -0300 > From: Cesar Rabak <cesar.rabak(a)gmail.com> > To: a lista Brasileira oficial de discussÃ£o do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Editar dados em arquivo *txt em um data frame > Message-ID: > <CAKrF98=mp-fZR0jFxuN4VwOF_EceOenERbqav7a+OOucVqarvQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > O arquivo que o OP postou o *link* não lhe parece adequado? > > > > On Wed, Mar 25, 2020 at 6:33 PM Mauro Sznelwar por (R-br) < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > >> Tem um arquivo para rodar e ver como fica? >> >> >> Olá, >> >> Segue uma sugestão: >> >> >> library(tidyverse) >> myfile <- read_lines("log.txt") >> >> names_col <- c("iteration", "total_loss", "loss_error", "rate", "time", >> "n_images") >> >> mydf <- myfile %>% >> str_subset("images$") %>% >> enframe(name = NULL) %>% >> separate(col = value, into = names_col, sep = "[:,]") %>% >> mutate_all(parse_number) >> >> mydf >> >> >> Atenciosamente, >> Max Richard Verginio >> >> _____________________________________ >> Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20200325/53488a8e/atta…> > > ------------------------------ > > Message: 4 > Date: Wed, 25 Mar 2020 21:27:44 -0300 > From: sznelwar(a)uol.com.br > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Editar dados em arquivo *txt em um data frame > Message-ID: > <5e7bf70012764_4c462b1d522cd1087147c(a)ip-10-81-19-112.ec2.internal.mail> > > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20200325/5fcc4576/atta…> > > ------------------------------ > > Message: 5 > Date: Wed, 25 Mar 2020 21:31:37 -0300 > From: Cesar Rabak <cesar.rabak(a)gmail.com> > To: a lista Brasileira oficial de discussÃ£o do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Editar dados em arquivo *txt em um data frame > Message-ID: > <CAKrF98nTgqFA9E_Zy5o6X2B2bEQ0LT=fdg1MtMx-nsTBy22xgQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Veja esta linha no texto do OP: > >> #Arquivo original >> https://www.dropbox.com/s/pncmjwl3camap6d/log.txt?dl=0 >> > Fazendo a entrada conforme a sugestão do Max: >> str(myfile) > chr [1:1445] "obj" "Learning Rate: 0.001, Momentum: 0.9, Decay: 0.0005" ... > > HTH > -- > Cesar Rabak > > > On Wed, Mar 25, 2020 at 9:27 PM Mauro Sznelwar por (R-br) < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > >> Muito obrigado pelo retorno! Sim, eu acabei vendo e consegui rodar, mas >> ele só motra os dez primeiros dados, como faço para ver o resto? >> >> >> >> O arquivo que o OP postou o *link* não lhe parece adequado? >> >> >> >> On Wed, Mar 25, 2020 at 6:33 PM Mauro Sznelwar por (R-br) < >> r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> <http://../../../undefined//compose?to=r-br@listas.c3sl.ufpr.br>> wrote: >> >>> Tem um arquivo para rodar e ver como fica? >>> >>> >>> Olá, >>> >>> Segue uma sugestão: >>> >>> >>> library(tidyverse) >>> myfile <- read_lines("log.txt") >>> >>> names_col <- c("iteration", "total_loss", "loss_error", "rate", "time", >>> "n_images") >>> >>> mydf <- myfile %>% >>> str_subset("images$") %>% >>> enframe(name = NULL) %>% >>> separate(col = value, into = names_col, sep = "[:,]") %>% >>> mutate_all(parse_number) >>> >>> mydf >>> >>> >>> Atenciosamente, >>> Max Richard Verginio >>> >>> _____________________________________ >>> Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >>> <http://../../../undefined//compose?to=R-br@listas.c3sl.ufpr.br> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >>> <http://../../../undefined//compose?to=R-br@listas.c3sl.ufpr.br> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20200325/9e13902f/atta…> > > ------------------------------ > > Message: 6 > Date: Wed, 25 Mar 2020 21:36:32 -0300 > From: Cesar Rabak <cesar.rabak(a)gmail.com> > To: a lista Brasileira oficial de discussÃ£o do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Editar dados em arquivo *txt em um data frame > Message-ID: > <CAKrF98nxi4mdR9mtQnS0DOwyfUeqKJ+EBKsAF1hHNKNSb11YvA(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Só gostaria de comentar, que o resultado mydf finda sendo um *tibble* e não > mais "apenas" um *data.frame*. > > Se isso é vantajoso ou requer que o tiblle seja demovido para data.frame só > Alexandre pode aquilatar... > > HTH > -- > Cesar Rabak > > On Wed, Mar 25, 2020 at 1:28 PM Max Richard Verginio por (R-br) < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > >> Olá, >> >> Segue uma sugestão: >> >> >> library(tidyverse) >> myfile <- read_lines("log.txt") >> >> names_col <- c("iteration", "total_loss", "loss_error", "rate", "time", >> "n_images") >> >> mydf <- myfile %>% >> str_subset("images$") %>% >> enframe(name = NULL) %>% >> separate(col = value, into = names_col, sep = "[:,]") %>% >> mutate_all(parse_number) >> >> mydf >> >> >> Atenciosamente, >> Max Richard Verginio >> >> _____________________________________ >> Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20200325/cb109757/atta…> > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 111, assunto 7 > *****************************************

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Re: [R-br] Editar dados em arquivo *txt em um data frame
by verginio＠unesc.net 25 Mar '20

25 Mar '20

Olá, Segue uma sugestão: library(tidyverse) myfile <- read_lines("log.txt") names_col <- c("iteration", "total_loss", "loss_error", "rate", "time", "n_images") mydf <- myfile %>% str_subset("images$") %>% enframe(name = NULL) %>% separate(col = value, into = names_col, sep = "[:,]") %>% mutate_all(parse_number) mydf Atenciosamente, Max Richard Verginio _____________________________________ Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com

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Re: [R-br] Editar dados em arquivo *txt em um data frame
by sznelwar＠uol.com.br 25 Mar '20

25 Mar '20

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Re: [R-br] Editar dados em arquivo *txt em um data frame
by sznelwar＠uol.com.br 25 Mar '20

25 Mar '20

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Editar dados em arquivo *txt em um data frame
by ASANTOS 25 Mar '20

25 Mar '20

Prezados membros do r-br, Eu gostaria de criar um data frame à partir de output de uma análise em *txt, sendo: #Arquivo original https://www.dropbox.com/s/pncmjwl3camap6d/log.txt?dl=0 #Faço a leitura do arquivo myfile<-read.table("log.txt", sep="\t", quote="", comment.char="") #Estrutura parcial do arquivo myfile # obj Learning Rate: 0.001, Momentum: 0.9, Decay: 0.0005 Resizing 416 Loaded: 0.062388 seconds Region 82 Avg IOU: 0.254732, Class: 0.000000, Obj: 0.575008, No Obj: 0.417811, .5R: 0.000000, .75R: 0.000000, count: 4 Region 94 Avg IOU: -nan, Class: -nan, Obj: -nan, No Obj: 0.496387, .5R: -nan, .75R: -nan, count: 0 Region 106 Avg IOU: -nan, Class: -nan, Obj: -nan, No Obj: 0.415856, .5R: -nan, .75R: -nan, count: 0 Region 82 Avg IOU: 0.263274, Class: 0.000000, Obj: 0.306391, No Obj: 0.418069, .5R: 0.000000, .75R: 0.000000, count: 4 Region 94 Avg IOU: 0.435966, Class: 0.000000, Obj: 0.207774, No Obj: 0.496172, .5R: 0.000000, .75R: 0.000000, count: 1 Region 106 Avg IOU: -nan, Class: -nan, Obj: -nan, No Obj: 0.413582, .5R: -nan, .75R: -nan, count: 0 Region 82 Avg IOU: 0.303235, Class: 0.000000, Obj: 0.424457, No Obj: 0.418686, .5R: 0.000000, .75R: 0.000000, count: 4 Region 94 Avg IOU: -nan, Class: -nan, Obj: -nan, No Obj: 0.496352, .5R: -nan, .75R: -nan, count: 0 Region 106 Avg IOU: 0.579218, Class: 0.000000, Obj: 0.502197, No Obj: 0.415232, .5R: 1.000000, .75R: 0.000000, count: 1 Region 82 Avg IOU: 0.187162, Class: 0.000000, Obj: 0.501398, No Obj: 0.416089, .5R: 0.000000, .75R: 0.000000, count: 5 Region 94 Avg IOU: -nan, Class: -nan, Obj: -nan, No Obj: 0.496362, .5R: -nan, .75R: -nan, count: 0 Region 106 Avg IOU: -nan, Class: -nan, Obj: -nan, No Obj: 0.414499, .5R: -nan, .75R: -nan, count: 0 Region 82 Avg IOU: 0.271427, Class: 0.000000, Obj: 0.481964, No Obj: 0.417647, .5R: 0.166667, .75R: 0.000000, count: 6 Region 94 Avg IOU: -nan, Class: -nan, Obj: -nan, No Obj: 0.495838, .5R: -nan, .75R: -nan, count: 0 Region 106 Avg IOU: -nan, Class: -nan, Obj: -nan, No Obj: 0.415899, .5R: -nan, .75R: -nan, count: 0 Region 82 Avg IOU: 0.285605, Class: 0.000000, Obj: 0.469981, No Obj: 0.417026, .5R: 0.000000, .75R: 0.000000, count: 3 Region 94 Avg IOU: -nan, Class: -nan, Obj: -nan, No Obj: 0.494833, .5R: -nan, .75R: -nan, count: 0 Region 106 Avg IOU: -nan, Class: -nan, Obj: -nan, No Obj: 0.413943, .5R: -nan, .75R: -nan, count: 0 Region 82 Avg IOU: 0.300229, Class: 0.000000, Obj: 0.313481, No Obj: 0.416831, .5R: 0.000000, .75R: 0.000000, count: 6 Region 94 Avg IOU: -nan, Class: -nan, Obj: -nan, No Obj: 0.495936, .5R: -nan, .75R: -nan, count: 0 Region 106 Avg IOU: -nan, Class: -nan, Obj: -nan, No Obj: 0.413855, .5R: -nan, .75R: -nan, count: 0 Region 82 Avg IOU: 0.384617, Class: 0.000000, Obj: 0.398042, No Obj: 0.418052, .5R: 0.333333, .75R: 0.000000, count: 3 Region 94 Avg IOU: -nan, Class: -nan, Obj: -nan, No Obj: 0.496205, .5R: -nan, .75R: -nan, count: 0 Region 106 Avg IOU: 0.144387, Class: 0.000000, Obj: 0.349722, No Obj: 0.414624, .5R: 0.000000, .75R: 0.000000, count: 1 1: 799.219543, 799.219543 avg, 0.000000 rate, 654.661284 seconds, 24 images Loaded: 0.000042 seconds Region 82 Avg IOU: 0.308919, Class: 0.000000, Obj: 0.264983, No Obj: 0.418332, .5R: 0.250000, .75R: 0.000000, count: 4 Region 94 Avg IOU: 0.204282, Class: 0.000000, Obj: 0.167168, No Obj: 0.495162, .5R: 0.000000, .75R: 0.000000, count: 2 Region 106 Avg IOU: -nan, Class: -nan, Obj: -nan, No Obj: 0.415848, .5R: -nan, .75R: -nan, count: 0 Region 82 Avg IOU: 0.274081, Class: 0.000000, Obj: 0.471111, No Obj: 0.418323, .5R: 0.000000, .75R: 0.000000, count: 3 Region 94 Avg IOU: -nan, Class: -nan, Obj: -nan, No Obj: 0.495826, .5R: -nan, .75R: -nan, count: 0 ... 55: 1025.803833, 1181.399658 avg, 0.000000 rate, 919.132681 seconds, 1320 images Loaded: 0.000050 seconds # Agora, eu quero criar um data frame onde eu não preciso de toda essa informação e eu sei que cada linha que eu preciso está acima de linha que começam com a expressão "Loaded:", sendo as minhas linhas de interesse caracterizadas pela estrutura "1: 799.219543, 799.219543 avg, 0.000000 rate, 654.661284 seconds, 24 images". Eu preciso que seja criada alguma regra (informação desnecessária começa com a expressão "Region" e ocorre a cada 24 linhas) para que eu consiga inicialmente isolar a informação pertinente, ficando meu output processado com 55 linhas: # 1: 799.219543, 799.219543 avg, 0.000000 rate, 654.661284 seconds, 24 images 2: 799.555359, 799.253113 avg, 0.000000 rate, 672.519735 seconds, 48 images ... 55: 1025.803833, 1181.399658 avg, 0.000000 rate, 919.132681 seconds, 1320 images # e após com alguma manipulação a mais de modo a reorganizar a informação isolada, conseguir gerar o meu data frame final, que seria: # iteration total_loss loss_error rate time n_images 1 799.219543 799.219543 0.000000 654.661284 24 2 799.555359 799.253113 0.000000 672.519735 48 ... 55 1025.803833 1181.399658 0.000000 919.132681 1320 # Alguém que trabalha com manipulação de tabelas em R teria alguma dica para dar? Obrigado, Alexandre

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Sumarização de data.frame
by Vander Souza 24 Mar '20

24 Mar '20

Prezados, bom dia espero que estejam bem e seguindo a quarentena. Qual seria a maneira mais prática de sumarizar um dataframe: Entrada = data.frame( Ensaio = c(rep(1,6),rep(2,6)), Parcela = c(2,44,88,4,66,100,111,167,205,122,177,195), Bloco = c(rep(c(1,2,3),4)), Tratamento = c(rep("T1",3),rep("T2",3),rep("T1",3),rep("T2",3)) ) Para obter uma saída semelhante a esta: Saida = data.frame( Tratamento = c("T1", "T2"), Localiza = c("Ensaio 1 Parcela 2, 44, 88; Ensaio 2 Parcela 111, 167, 205", "Ensaio 1 Parcela 4, 66, 100; Ensaio 2 Parcela 122, 177, 195") ) Desde já agradeço, Vander

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F-value no modelo gls do pacote nlme
by Luiz Leal 17 Mar '20

17 Mar '20

Prezados, boa tarde Alguém sabe como o valor F é calculado na tabela de Anova do modelo gls do pacote nlme?Li a documentação, procurei na internet e não achei.Desde já agradeço.Luiz y=c(2370,1687,2592,2283,2910,3020,1282,1527,871,1025,825,920,562,321,636,317,485,842,173,127,132,150,129,227,193,71,82,62,96,44) x=as.factor(c("A","A","A","A","A","A","B","B","B","B","B","B","C","C","C","C","C","C","D","D","D","D","D","D","E","E","E","E","E","E"))library(nlme) model=gls(y~x, weights = varExp()) anova(model)Denom. DF: 25 numDF F-value p-value (Intercept) 1 148.55052 <.0001 x 4 50.83288 <.0001

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Definição de Prior do modelo
by Andre Oliveira 06 Mar '20

06 Mar '20

Pessoal, bom dia! estou com problemas de colocar priori para os efeitos fixos do modelo II. Alguém saberia onde estaria o erro? rm(list=ls(all=TRUE)) # Modelo I data(PlodiaPO) model1<-MCMCglmm(PO ~ plate, random=~FSfamily, data=PlodiaPO, verbose=FALSE, nitt=1300, burnin=300, thin=1) summary(model1) # Modelo II prioriC0 <- list(B = list(B1=list(mu = 0, V = 1e+8), B2=list(mu = 0, V = 1e+8), R = list(V=1, nu=1), G = list(G1=list(V=1, nu=1, alpha.mu = 0, alpha.V = 25^2))))model2<-MCMCglmm(PO ~ plate, random=~FSfamily, data=PlodiaPO, verbose=FALSE, nitt=13000, burnin=300, thin=2, prior=prioriC0)Error in MCMCglmm(PO ~ plate, random = ~FSfamily, data = PlodiaPO, verbose = FALSE, : either both or neither R and G structures need a priorsummary(model2) att,.André

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Rasterstack
by Rodolpho Medeiros 03 Mar '20

03 Mar '20

Calculei a média de uma série temporal de um arquivo rasterstack, tem como dessa média extrair só os dados de um polígono no formato csv? -- Att, Rodolpho Luiz Barros de Medeiros. Graduado e Mestrando em Meteorologia pela Universidade Federal de Campina Grande - UFCG Lattes: *http://lattes.cnpq.br/4495223945475265* <https://wwws.cnpq.br/cvlattesweb/PKG_MENU.menu?f_cod=441B5FA4192F2CAE928C84…>

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Script de função
by Luiz Leal 19 Fev '20

19 Fev '20

Prezados, boa noite.Como faço pra acessar o script desta função? > library(ellipse) > ellipse function (x, ...) UseMethod("ellipse") <bytecode: 0x00000000169e4040> <environment: namespace:ellipse> Desde já agradeço Luiz

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ajuda com o R
by Dayana Alves da Silva 14 Fev '20

14 Fev '20

Estou tentando rodar uma analise discriminante com meus dados (Rodando uma LDA) e da o seguinte erro: in qr.default(D %*% ss[[nt]] %*% D, tol = tol) : NA/NaN/Inf em chamada de função externa (argumento 1) precisava ver se alguém no forum poderia me esclarecer isso Obrigada! -- Dayana Alves da Silva Cunha Universidade Estadual do Mato Grosso do Sul - UEMS Programa de Pós-graduação em Recursos Naturais - PGRN Rod. Dourados-Itaum, KM 12 – Bairro Aeroporto http://lattes.cnpq.br/3746386393452470

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Identificar valores fora da elipse
by Luiz Leal 10 Fev '20

10 Fev '20

Prezados, como faço para criar um script que identifique que os laboratórios 7042 e 9541 estão fora da elipse.Os dados seguem em anexo.Desde já agradeço.Luiz # Dados setwd("F:\\") library(xlsx) dados=read.xlsx("Lab.xlsx" , sheetIndex=1,encoding="UTF-8") elipse=read.xlsx("elipse.xlsx" , sheetIndex=1,encoding="UTF-8") x=dados$x y=dados$y # Graph limitex = c( min(c(x,elipse[,1])), max(c(x,elipse[,1])) ) limitey = c( min(c(y,elipse[,2])), max(c(y,elipse[,2])) ) plot(x, y, type = "n", xlab = "", xlim = limitex, ylim = limitey, ylab = "", cex.axis = 1.3, cex.lab = 1.3) text(x, y, dados$Lab, font = 2, cex = 0.8) points(elipse, type = "l", col = "red")

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knitr::kable() para pdf como aumentar o tamanho da fonte do caption?
by Paulo Eduardo de Mesquita 08 Fev '20

08 Fev '20

Olá pessoal, Paz e bem, O arquivo Rmd que segue anexo (e abaixo); produz um documento no formato pdf que contém a tabela exemplo ilustrada abaixo. Eu utilizei um template do pacote "rticles" que possui uma formatação esteticamente agradável. [image: T1.png] Contudo, o tamanho da fonte do caption da tabela é menor do que o tamanho da fonte no corpo da tabela o que, a meu ver, quebra a harmonia do documento e gera um desconforto cognitivo apreciável. Eu não sei onde é definido o tamanho da fonte do caption, talvez no template que eu utilizei (arquivo csl também segue anexo). Apesar de ter pesquisado bastante, não consegui encontrar solução que me permitisse realizar dois ajustes: (1) Trocar o "Table 1" por "Tabela 1" e aumentar o tamanho da fonte do caption. Agradeço as orientações que vocês possam me passar. Muito obrigado. -- Paulo Eduardo de Mesquita Disciplina de Infectologia - Faculdade de Medicina Universidade do Oeste Paulista Presidente Prudente - São Paulo - Brasil telefone: 5518 97718261 --- title: Planetary Statistics author: - name: Alice Anonymous email: alice(a)example.com affiliation: Some Institute of Technology footnote: 1 - name: Bob Security email: bob(a)example.com affiliation: Another University address: - code: Some Institute of Technology address: Department, Street, City, State, Zip - code: Another University address: Department, Street, City, State, Zip footnote: - code: 1 text: "Corresponding Author" - code: 2 text: "Equal contribution" journal: "An awesome journal" date: "`r Sys.Date()`" csl: elsevier-harvard.csl output: rticles::elsevier_article geometry: "left=3cm,right=2cm,top=2cm,bottom=2cm" --- ```{r 1, include = TRUE, message=FALSE, warning=FALSE} require(dplyr) require(knitr) require(kableExtra) require(rticles) Mercury <- c(57900000, 4878, 1416, 88, 0.38, 100, 0) Venus <- c(108160000, 12104, 5832, 224, 0.9, 480, 0) Earth <- c(149600000, 12756, 24, 365, 1, 14, 1) Mars <- c(227936640, 6794, 24, 687, 0.38, -63, 2) Jupiter <- c(778369000, 142984, 10, 4380, 2.64, -130, 79) Saturn <- c(1427034000, 120536, 11, 10585, 1.16, -130, 62) Uranus <- c(2870658186, 51118, 17, 30660, 1.11, -200, 27) Neptune <- c(4496976000, 49532, 16, 60225, 1.21, -200, 14) df <- rbind(Mercury, Venus, Earth, Mars, Jupiter, Saturn, Uranus, Neptune) colnames(df) <- c("DFS", "Diameter","Day","Year","Gravity","Temperature","Moons") kable(df, caption = "Planetary Statistics.", booktabs = T, linesep = "", align = "lcccccc", format = "latex") %>% kable_styling(bootstrap_options = "condensed", latex_options = "striped", stripe_color = "#D9D8D8") %>% kable_styling(font_size = 10) %>% kable_styling(latex_options = "HOLD_position") %>% footnote(alphabet = "https://www.bobthealien.co.uk/solarsystem/table.htm", alphabet_title = "Source:", footnote_as_chunk = T) %>% footnote(alphabet = "average temperature in oC", alphabet_title = "Temperature:", footnote_as_chunk = T) %>% footnote(alphabet = "ratio to Earth's gravity", alphabet_title = "Gravity:", footnote_as_chunk = T) %>% footnote(alphabet = "time to complete a full rotation around the sun in days", alphabet_title = "Year:", footnote_as_chunk = T) %>% footnote(alphabet = "time to complete a full rotation over its axis in hours", alphabet_title = "Day:", footnote_as_chunk = T) %>% footnote(alphabet = "in km", alphabet_title = "Diameter:", footnote_as_chunk = T) %>% footnote(alphabet = "distance from the sun in km", alphabet_title = "DFS:", footnote_as_chunk = T) ```

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Criar numeração única para dados iguais
by Bárbara Mazetti Nascimento 08 Fev '20

08 Fev '20

Boa tarde pessoal! Sou nova no R e estou me batendo um pouco com algumas edições de banco de dados que era acostumada a fazer no SAS. Preciso criar uma coluna com uma nova identificação para uma variável que eu criei agrupando outras variáveis. Eu trabalho com dados de bovinos e criei o que chamamos de grupo de contemporâneos: animais que vivenciaram o mesmo ambiente. Então geralmente são animais nascidos no mesmo ano, no mesmo mês e na mesma propriedade. Então, por exemplo, temos os seguintes animais: Animal Ano de nascimento Mês de nascimento Fazenda A 2018 Oct 1 B 2018 Oct 1 C 2018 Oct 1 D 2018 Oct 2 E 2018 Oct 2 F 2018 Oct 2 G 2018 Nov 1 H 2018 Nov 1 I 2018 Nov 1 J 2018 Nov 1 Eu agrupei essas variáveis em uma que eu chamei de Grupo: Animal Grupo A 2018 Oct 1 B 2018 Oct 1 C 2018 Oct 1 D 2018 Oct 2 E 2018 Oct 2 F 2018 Oct 2 G 2018 Nov 1 H 2018 Nov 1 I 2018 Nov 1 J 2018 Nov 1 Agora preciso criar essa nova numeração, para que os animais que tenham o mesmo Grupo sejam chamados pelo mesmo número (GC). A saída que eu espero é a seguinte: Animal Grupo GC A 2018 Oct 1 1 B 2018 Oct 1 1 C 2018 Oct 1 1 D 2018 Oct 2 2 E 2018 Oct 2 2 F 2018 Oct 2 2 G 2018 Nov 1 3 H 2018 Nov 1 3 I 2018 Nov 1 3 J 2018 Nov 1 3 Será que vocês poderiam me ajudar em como eu consigo criar essa nova numeração? Muito obrigada!! Bárbara -- _____________________________________________________ MSc. Bárbara Mazetti Nascimento PhD student in Animal Science Genetic Applied to Animal Breeding Group - GAMA UFPR - Curitiba - PR - Brazil +55 41 99142-9495

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Re: [R-br] knitr::kable() para pdf como aumentar o tamanho da fonte do caption?
by sznelwar＠uol.com.br 07 Fev '20

07 Fev '20

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Script Entropia Bidimensional Padronizada
by Sarah Reis 07 Fev '20

07 Fev '20

Olá pessoal, Estou realizando análises em uma matriz de frequência de interações entre duas variáveis (ectoparasitas e hospedeiros). Com base em artigos de referência da área, li que a análise de Entropia Bidimensional Padronizada é utilizada para calcular essas interações no nível da rede. Porém, ainda estou no processo inicial de aprendizagem do R. Alguém já realizou esse tipo de análise e teria o script para fornecer? Desde já, muito obrigada pela tenção. Att., -- Sarah Fontes Reis Mestranda em Biologia Animal - UFV Bacharela em Ciências Biológicas - UFV Museu de Zoologia João Moojen Contato: (31)9-98993346 (wpp)

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Rodar RScript.exe especificando o encoding do arquivo
by Rodrigo de Souza Oliveira 05 Fev '20

05 Fev '20

Olá pessoal, Me deparei com um problema aqui, gostaria de saber se existe alguma solução mais sutil. Criei um arquivo "script.r" e o salvei com a codificação UTF-8 (padrão do MAC). Esse script recebe parâmetros através do terminal, então sempre executo ele pelo terminal com a rotina "Rscript script.r parametro" Acontece que preciso automatizar essa rotina em uma máquina virtual Windows, mas quando executo o Rscript.exe ele usa a codificação padrão do windows (ISO-8859-1), mesmo alterando a codificação do prompt (comando chcp 65001). Único jeito que consegui resolver foi salvando o arquivo "script.r" na codificação do Windows. Existe alguma outra forma, de passar um parâmetro no prompt para executar essa ação? Obrigado. -- Rodrigo Oliveira

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