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Corpus não funciona dentro de um TermDocumentMatrix() - Package TM
by Fernando Gama 04 Mar '14

04 Mar '14

Galera, Estou tendo um problema em relação a leitura de um corpus, quando executo a função TermDocumentMatrix(). :: O trecho de erro do meu código: term.sample<-TermDocumentMatrix(corpus, control=list(wordLengths=c(4,100))) :: Quando executo este é o erro lançado: Error: inherits(doc, "TextDocument") is not TRUE Realizei alguns testes para ver se funcionava como: Dei o inspect(corpus) antes do (term.sample) ele retorna normalmente com os dados pós parsing. E também testei os dados nativos da biblioteca, no caso o "crude" no lugar do corpus, o que funcionou também. Por esse motivo creio eu, que o problema pode estar no corpus, mas imagino ao mesmo tempo, que se estivesse lá, teria retornado algum erro, ou não? Alguém tem alguma idéia? Já enfrentou esse tipo de problema? Abs, Fernando.

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transformação de booxcox
by jorgeas＠ufcg.edu.br 04 Mar '14

04 Mar '14

Ola pessoal estou tetando utilizar a transformação de boxcox nestes dados e o resultado é uma reta alguem dpo Prof. Jorge Alves de Sousa, DSc. Professor Adjunto II Universidade Federal de Campina Grande - UFCG Centro de Educação e Saúde - CES Unidade Acadêmica de Educação - UAE Olho D'Agua da Bica s/n , Cuité-PB, Cep.: 58175-000 Telefone: (83) 3372-1900

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RStudio - Shiny Server Pro
by Benilton Carvalho 03 Mar '14

03 Mar '14

Aos interessados: http://ow.ly/ubO8b

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Ogiva - fdth
by Andre Oliveira 03 Mar '14

03 Mar '14

Prezados estou tentando produzir uma Ogiva aqui usei os códigos. library(fdth) x=c(45,51,50,58,50,44,46,57,42,41,60,58,41,50,54,60,52,46,52,51) tab=fdt(x,start=41,h=6,end=60) tab plot(tab, type= "fp") Porém o meu gráfico não é ligado nas frequências zero. Alguém tem alguma sugestão de como ligar nas frequências zero anterior e posterior as ultimas frequências do histograma? André Oliveira Souza

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Conversão de numero em hora
by Thiago V. dos Santos 01 Mar '14

01 Mar '14

Olá pessoal, Por favor considerem o seguinte vetor: num <- c(0, 30, 100, 130, 200, 230, 500, 1000, 2330) Como posso transformar cada elemento dele em hora? Por exemplo: "0" seria 00:00:00, "30" seria 00:30:00, "100" seria 01:00:00, ... "1000" seria 10:00:00 e "2330" seria 23:30:00 Assim por diante. Na verdade tenho todas as horas do dia (a cada 30 minutos) representadas assim, e preciso convertê-las em horas reais. Pergunta simples, mas estou perdendo um certo tempo pensando nisso... Obrigado desde já, -- Thiago V. dos Santos PhD student Land and Atmospheric Science University of Minnesota http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/ind… Phone: (612) 323 9898

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Re: [R-br] linha da RMLE
by Hélio Gallo Rocha 28 Fev '14

28 Fev '14

Valeu Éder Era uma questão muito simples, mas não tava conseguindo resolver, obrigado! Não saiu na lista não. Acho que quando a gente responde, o endereço selecionado é o da pessoa. Com relação a deixar as linhas do contorno dentro dos limites do poligono, resolvi. É que tinha suprimido a linha: gd$borders <- border. Abraço e bom carnaval Em 28 de fevereiro de 2014 08:37, Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com>escreveu: > Parece que não postou na lista... > > Éder Comunello <c <comunello.eder(a)gmail.com>omunello.eder(a)gmail.com> > Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] > > > ---------- Mensagem encaminhada ---------- > De: Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> > Data: 27 de fevereiro de 2014 23:34 > Assunto: Re: [R-br] linha da RMLE > Para: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > > > Hélio, boa noite! > > Supondo o ajuste do variograma por geoR::likfit(), onde vA representa o > objeto variograma e LFA.*, os ajustes (objetos likfit): > > ### Não reproduzível! > plot(vA, type='n') ### plota estrutura do gráfico, omitindo pontos > lines(LFA.exp, col=2, lty=1, lwd=2) ### adiciona linha a partir de objeto > likfit > lines(LFA.sph, col=3, lty=2, lwd=2) ### outra linha no mesmo gráfico > > > Éder Comunello <c <comunello.eder(a)gmail.com>omunello.eder(a)gmail.com> > Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] > > > -- Hélio Gallo Rocha IFSULDEMINAS - Câmpus Muzambinho

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linha da RMLE
by Hélio Gallo Rocha 28 Fev '14

28 Fev '14

Boa tarde a todos, gostaria de uma ajuda dos listeiros. Teria como plotar apenas a linha estimada por RMLE sem os pontos do semivariograma? -- Hélio Gallo Rocha IFSULDEMINAS - Câmpus Muzambinho

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Kappa por categorias
by branco.sk8＠ig.com.br 27 Fev '14

27 Fev '14

Gentileza, Alguém sabe me dizer como se faz para fazermos os kappas por categorias (em função de outras variáveis)? Ex.: fazer o kappa do teste A com o teste B em função da variavel C (sexo, ocupação etc.). obrigado

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Tempo na Sobrevida
by Fátima Lima Paula 27 Fev '14

27 Fev '14

Olá a todos. Estou trabalhando a análise de sobrevivência com um banco. Utilizei o tempo de forma clássica sem problemas. Agora quero utilizar o método de contagem e para isso preciso criar uma coluna com o tempo final de cada um. Só que o tempo final de uns é o tempo de readmissão, de outros é o tempo até o óbito e de outros é o tempo da saída até o final do estudo, pois não readmitiram nem morreram. Bem, o primeiro problema que estou enfrentando é que quando uso ifelse, a data muda de forma. E eu queria que continuasse como data. Segue um exemplo para que vocês possam me ajudar nome=c("Ricardo","Maria","Tereza","Pedro","José", "Germano","Ricardo") sobrenome=c("Cunha","Andrade","Silva","Soares","Silva","Lima","Cunha") dataint=c(20121004,20120907,20120703,20120301,20120805,20121209,20120508) datasaida=c(20130101,20121006,20120912,20120402,20130104,20130102,20120520) sexo=c("M","F","F","M","M","M","M") tentre=c(20,12,67,04,49,27,08) banco1=cbind(nome,sobrenome,sexo,dataint,datasaida,tentre) banco1=data.frame(banco1) banco1 str(banco1) banco1$tentre=as.character(banco1$tentre) banco1$dataint=as.Date(banco1$dataint,"%Y%m%d") banco1$datasaida=as.Date(banco1$datasaida,"%Y%m%d") banco1$datafim=ifelse(banco1$tentre>30,"0",banco1$datasaida) head(banco1) nome sobrenome sexo dataint datasaida tentre datafim 1 Ricardo Cunha M 2012-10-04 2013-01-01 20 15706 2 Maria Andrade F 2012-09-07 2012-10-06 12 15619 3 Tereza Silva F 2012-07-03 2012-09-12 67 0 4 Pedro Soares M 2012-03-01 2012-04-02 4 0 5 José Silva M 2012-08-05 2013-01-04 49 0 6 Germano Lima M 2012-12-09 2013-01-02 27 15707 7 Ricardo Cunha M 2012-05-08 2012-05-20 8 0 Ao invés de continuar as datas do datasaida ele muda a forma. Alguém poderia me ajudar, por favor? Obrigada Fátima -- "Minha felicidade depende da qualidade dos meus pensamentos"

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Foreach + neuralnet
by Vinicius Brito Rocha 26 Fev '14

26 Fev '14

Senhores, ao tentar utilizar o comando foreach para ajustar redes neurais de diferentes fontes recebo a mensagem de que não existe a função neuralnet. Mesmo tendo o pacotes devidamente instalado e carregado. Alguém pode me ajudar?

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Família ply
by Tropidurus Torquatus 26 Fev '14

26 Fev '14

Caros R-users Dada uma matrix qualquer: seq = c("a","a","a","a","a","a","b","b","b","b","b","c","c","c","c","c","c","c","c","c","c","c","c","c”) var1 = c(1,2,3,4,5,6,0,1,2,3,4,0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12) matrix.x = data.frame(seq,var1) funcao.x = function(x,d=1,T=3) { i = exp ( ( -x ) / ( d * T ) ) net = sum (i) resultado = 100 * ( i / net ) return (resultado) } Preciso aplicar a função dentro de cada subgrupo (seq) da matrix.x e criar ou um novo data.frame ou uma nova linha da matrix.x. Tentei utilizar o comando ddply do pacote, com o comando abaixo, não sei se essa seria a melhor forma, mas mesmo assim não estou conseguindo: library(“plyr”) R2 <- ddply(matrix.x, 'seq', transform, var=funcao.x(matrix.x$var1)) Error in data.frame(list(seq = c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L), var1 = c(0, 1, 2, : arguments imply differing number of rows: 5, 24 Na verdade essa formula deveria dar um valor para cada linha… não sei se escolhi a função correta para o que necessito, alguém poderia me mostrar um caminho a seguir? No mais agradeço, Thales Siqueira

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erro modelo de metaregressão.
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 25 Fev '14

25 Fev '14

Olá Estou realizando um modelo de metaregressão usando a biblioteca metafor res <- rma.glmm(measure="PLO", xi=npart, ni=ntot, mods = ~ ano + factor(selecao) + relevel(factor(desfecho1),3) + relevel(factor(regiao),2), model="UM.RS", data=meta) porém está dando o seguinte erro: Erro em apply(X[, !is.d], 2, scale) : dim(X) must have a positive length Alguém sabe o porque desse erro? str(meta) 'data.frame': 34 obs. of 8 variables: $ id : int 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... $ ref : Factor w/ 34 levels "Alkerwi et al",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... $ ntot : num 4452 2071 11136 12786 22260 ... $ npart : num 1432 1776 8006 3699 18365 ... $ selecao : Factor w/ 3 levels "Amostragem","Censo",..: 1 1 2 1 2 1 1 2 3 1 ... $ desfecho : Factor w/ 16 levels "Absenteísmo",..: 7 15 7 7 3 7 4 6 13 8 ... $ ano : num 2006 1998 1989 2000 2002 ... $ regiao1 : Factor w/ 3 levels "América do Norte",..: 2 2 1 2 3 1 3 2 2 1 ... -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 968463637 http://www.linkedin.com/profile/view?id=250437145&trk=tab_pro

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Material didático de R para os não iniciados
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 25 Fev '14

25 Fev '14

Amigos de R, Depois de alguns anos penando com alunos e colegas de instituição pedindo ajuda com o R eu finalmente consegui fazer com o que o R seja uma parte do curso da pós-graduação dentro de uma disciplina. Eu sei que há muitos livros e materiais por ai, mas, dado as características da plateia e do tempo, eu tive elaborar um material com a cara da minha plateia. Eu disponibilizo para todos os que acharem conveniente para fazerem bom uso e distribuirem a partir desses links: http://blog.ipec.fiocruz.br/lapclin-chagas/ensino/computacao/ ou http://blog.ipec.fiocruz.br/lapclin-chagas/wp-content/uploads/sites/2/2014/… Abraço forte a todos e façam boas análises. :) Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil http://blog.ipec.fiocruz.br/lapclin-chagas/ Curriculum Lattes: http://lattes.cnpq.br/6597654894290806 ResearchGate.net: https://www.researchgate.net/profile/Pedro_Brasil2/ Instituto Nacional de Infectologia/Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 e-mail: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br e-mail: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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Multivariate Regression tree (MRT) usando Indval
by Jackson Rodrigues 23 Fev '14

23 Fev '14

Olá pessoal, Pergunta é simples, como usar o Indval para fazer o MRT? Eu sei calcular o Indval, sei fazer o MRT mas não consigo juntar os dois. Quero usar as espécies com Indval maior que 20% e p<0,001 para fazer meu MRT, mas como fazê-lo? Só mais uma coisa, depois de pronto meu MRT como plotar as porcentagesexplicadas por cada "galho"? Aguém poderia me socorrer? Desde já fico muito grato. Jackson

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Dúvida em tryCatch
by Felipe Buchbinder 22 Fev '14

22 Fev '14

Prezados, Preciso de ajuda com a função tryCatch. Se eu tenho, por exemplo, uma expressão expr que, em caso de erro ou warning, eu quero que me retorne NA, como é que eu devo escrever a função tryCatch? Pensei (não sei se está correto) em algo tipo tryCatch(expr, error <- function( ?? ) {return(NA)}, warnings <- function(??) {return(NA)}) mas não sei o que colocar como argumentos de error e de warnings. Desde já agradeço, Felipe

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Datacamp
by Rodolfo Silva 22 Fev '14

22 Fev '14

Para aprender e estudar: http://datacamp.com Muito bom.

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 38, assunto 18
by Talita andrade ferreira 21 Fev '14

21 Fev '14

Prezados gostaria de saber se tem um pacote no R para trabalhos com analise de sobrevivencia, e como faço para acessa-lo. Obrigada Talita Em 21 de fevereiro de 2014 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br>escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Rpresentation (Ari Clecius) > 2. Re: Rpresentation (Fernando Souza) > 3. Re: Rpresentation (Bruno Barros) > 4. Re: Rpresentation (Ari Clecius) > 5. Re: Rpresentation (Alisson Lucrecio) > 6. gpData (Giselle Davi) > 7. Re: gpData (André Figueiras Rutz) > 8. Re: gpData (Giselle Davi) > 9. Re: gpData (André Figueiras Rutz) > 10. Re: gpData (Éder Comunello) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Thu, 20 Feb 2014 08:05:17 -0800 (PST) > From: Ari Clecius <ari072000(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Rpresentation > Message-ID: > <1392912317.58063.YahooMailNeo(a)web124501.mail.ne1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations, > mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas, > alguém saberia resolver? > > Att, > > Ari Clecius Alves de Lima > Engenheiro Químico > Me. Engenharia Civil > (085)88412345 > (085)33669042 > > > Biogás > ======================================================== > author: Ari Clecius Alves de Lima > date: 19/02/2014 > > > Definição de Biogás > ======================================================== > > > > Biogás ... > > > - Bullet 1 > - Bullet 2 > - Bullet 3 > > Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido > ======================================================== > > ```{r} > summary(cars) > > ``` > > Slide With Plot > ======================================================== > > ```{r, echo=FALSE} > plot(cars) > ``` > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/18636ed0/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Thu, 20 Feb 2014 14:25:57 -0300 > From: Fernando Souza <nandodesouza(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br, Ari Clecius <ari072000(a)yahoo.com.br> > Subject: Re: [R-br] Rpresentation > Message-ID: <53063AA5.5070405(a)gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"; Format="flowed" > > Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding, > e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar. > att > > Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu: > > Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R > > presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem > > desconfiguradas, alguém saberia resolver? > > > > Att, > > Ari Clecius Alves de Lima > > Engenheiro Químico > > Me. Engenharia Civil > > (085)88412345 > > (085)33669042 > > > > > > */Biogás/* > > */========================================================/* > > */author: Ari Clecius Alves de Lima/* > > */date: 19/02/2014/* > > */ > > /* > > */ > > /* > > */Definição de Biogás/* > > */========================================================/* > > */ > > /* > > */ > > /* > > */ > > /* > > */Biogás .../* > > */ > > /* > > */ > > /* > > */- Bullet 1/* > > */- Bullet 2/* > > */- Bullet 3/* > > */ > > /* > > */Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido/* > > */========================================================/* > > */ > > /* > > */```{r}/* > > */summary(cars)/* > > */ > > /* > > */```/* > > */ > > /* > > */Slide With Plot/* > > */========================================================/* > > */ > > /* > > */```{r, echo=FALSE}/* > > */plot(cars)/* > > *//* > > */```/* > > > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/ec7556b8/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Thu, 20 Feb 2014 14:42:35 -0300 > From: Bruno Barros <brunosoab(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Rpresentation > Message-ID: > < > CAD5Js7hugp9+iPrJHzuWXaLKhVBObdQODSJ9RHNLbHbsDxLaQQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Pode tentar também usar: > > source("file.r", encoding="utf-8") > > abs, > > Bruno Barros > @brunosoab > > > Em 20 de fevereiro de 2014 14:25, Fernando Souza > <nandodesouza(a)gmail.com>escreveu: > > > Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding, > > e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar. > > att > > > > Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu: > > > > Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations, > > mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas, > > alguém saberia resolver? > > > > Att, > > > > Ari Clecius Alves de Lima > > Engenheiro Químico > > Me. Engenharia Civil > > (085)88412345 > > (085)33669042 > > > > > > *Biogás* > > *========================================================* > > *author: Ari Clecius Alves de Lima* > > *date: 19/02/2014* > > > > > > *Definição de Biogás* > > *========================================================* > > > > > > > > *Biogás ...* > > > > > > *- Bullet 1* > > *- Bullet 2* > > *- Bullet 3* > > > > *Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido* > > *========================================================* > > > > *```{r}* > > *summary(cars)* > > > > *```* > > > > *Slide With Plot* > > *========================================================* > > > > *```{r, echo=FALSE}* > > *plot(cars)* > > *```* > > > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing listR-br@listas.c3sl.ufpr.brhttps:// > listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/0806e82c/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 4 > Date: Thu, 20 Feb 2014 09:57:57 -0800 (PST) > From: Ari Clecius <ari072000(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Rpresentation > Message-ID: > <1392919077.12594.YahooMailNeo(a)web124504.mail.ne1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Ok obrigado deu certo. > > Att, > > Ari Clecius Alves de Lima > Engenheiro Químico > Me. Engenharia Civil > (085)88412345 > (085)33669042 > > > > Em Quinta-feira, 20 de Fevereiro de 2014 14:42, Bruno Barros < > brunosoab(a)gmail.com> escreveu: > > Pode tentar também usar: > > source("file.r",encoding="utf-8") > > > abs, > > Bruno Barros > @brunosoab > > > > Em 20 de fevereiro de 2014 14:25, Fernando Souza <nandodesouza(a)gmail.com> > escreveu: > > Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding, e > altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar. > >att > > > > > >Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu: > > > >Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations, > mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas, > alguém saberia resolver? > >> > >> > >>Att, > >> > >>Ari Clecius Alves de Lima > >>Engenheiro Químico > >>Me. Engenharia Civil > >>(085)88412345 > >>(085)33669042 > >> > >> > >> > >> > >>Biogás > >>======================================================== > >>author: Ari Clecius Alves de Lima > >>date: 19/02/2014 > >> > >> > >> > >> > >>Definição de Biogás > >>======================================================== > >> > >> > >> > >> > >> > >> > >>Biogás ... > >> > >> > >> > >> > >>- Bullet 1 > >>- Bullet 2 > >>- Bullet 3 > >> > >> > >>Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido > >>======================================================== > >> > >> > >>```{r} > >>summary(cars) > >> > >> > >>``` > >> > >> > >>Slide With Plot > >>======================================================== > >> > >> > >>```{r, echo=FALSE} > >>plot(cars) > >>``` > >> > >> > >> > >> > >>_______________________________________________ > R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de > postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo > reproduzível. > > > >_______________________________________________ > >R-br mailing list > >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/40df52cc/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 5 > Date: Thu, 20 Feb 2014 15:00:01 -0300 > From: Alisson Lucrecio <alissonluc(a)gmail.com> > To: r-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Rpresentation > Message-ID: > <CAGE5b4d+BpdF8F94je9+YxUrCZT8r_SGWm= > sCeWj-AFPvWc0vw(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > user encoding = "latin1" > > read.csv("nomedoarquivo.csv", ...., encoding = "latin1") > > att > > > 2014-02-20 14:42 GMT-03:00 Bruno Barros <brunosoab(a)gmail.com>: > > > Pode tentar também usar: > > > > source("file.r", encoding="utf-8") > > > > abs, > > > > Bruno Barros > > @brunosoab > > > > > > Em 20 de fevereiro de 2014 14:25, Fernando Souza <nandodesouza(a)gmail.com > >escreveu: > > > > Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding, > >> e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar. > >> att > >> > >> Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu: > >> > >> Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R > >> presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem > >> desconfiguradas, alguém saberia resolver? > >> > >> Att, > >> > >> Ari Clecius Alves de Lima > >> Engenheiro Químico > >> Me. Engenharia Civil > >> (085)88412345 > >> (085)33669042 > >> > >> > >> *Biogás* > >> *========================================================* > >> *author: Ari Clecius Alves de Lima* > >> *date: 19/02/2014* > >> > >> > >> *Definição de Biogás* > >> *========================================================* > >> > >> > >> > >> *Biogás ...* > >> > >> > >> *- Bullet 1* > >> *- Bullet 2* > >> *- Bullet 3* > >> > >> *Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido* > >> *========================================================* > >> > >> *```{r}* > >> *summary(cars)* > >> > >> *```* > >> > >> *Slide With Plot* > >> *========================================================* > >> > >> *```{r, echo=FALSE}* > >> *plot(cars)* > >> *```* > >> > >> > >> > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing listR-br@listas.c3sl.ufpr.brhttps:// > listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > >> > >> > >> > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> código mínimo reproduzível. > >> > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > -- > Alisson Lucrecio da Costa > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/61696c61/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 6 > Date: Thu, 20 Feb 2014 10:50:11 -0800 (PST) > From: Giselle Davi <giselle_davi(a)yahoo.com.br> > To: r-br <R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] gpData > Message-ID: > <1392922211.92369.YahooMailNeo(a)web126102.mail.ne1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Ao rodar esta rotina: > ############################################# > ## Test gpData object and regress > ## > ## > ## author : Hans-Juergen Auinger > ## date : 2011 - 11 - 30 > ## > ############################################## > > # number of locations > nLoc <- 3 > # number of genotypes > nEntry <- 10 > # number of replications > nRep <- 2 > # phenotypic residuals > pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc), > Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3), > Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2, > Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5), > loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry), > wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc)) > head(pheno) > # individual values > IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry, > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > head(IDvals) > # location values > locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc, > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > # replication values > repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5), > rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > # sums > Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) + > IDvals[pheno$ID, 1] > Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) + > IDvals[pheno$ID, 2] > Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) + > IDvals[pheno$ID, 3] > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1 > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2 > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3 > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5 > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2 > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10 > # genotypic values > geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry, > ncol=15) > rownames(geno) <- 1:nEntry > colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="") > # map infomation > map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2, > each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25)) > head(map) > # create a gpData object > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) > > > O seguinte erro aparece : > > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) > Error: could not find function "create.gpData" > > > Alguém poderia me ajudar ??? > Desde já agradeço. > > Att, > > Giselle > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/16251a0d/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 7 > Date: Thu, 20 Feb 2014 17:02:05 -0300 > From: André Figueiras Rutz <rutzaf(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] gpData > Message-ID: > <CAE7MPagSX85UdBwE-uA5rsc+7NdUM9SKc= > ATReFSJ3E5B67mDQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Já tentou verificar se o pacote gpData está instalado? > > Abs > > "Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is > clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?" > Lao Tzu - Tao Te Ching > Em 20/02/2014 15:50, "Giselle Davi" <giselle_davi(a)yahoo.com.br> escreveu: > > > Ao rodar esta rotina: > > ############################################# > > ## Test gpData object and regress > > ## > > ## > > ## author : Hans-Juergen Auinger > > ## date : 2011 - 11 - 30 > > ## > > ############################################## > > > > # number of locations > > nLoc <- 3 > > # number of genotypes > > nEntry <- 10 > > # number of replications > > nRep <- 2 > > # phenotypic residuals > > pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc), > > Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3), > > Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2, > > Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5), > > loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry), > > wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc)) > > head(pheno) > > # individual values > > IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry, > > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > > head(IDvals) > > # location values > > locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc, > > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > > # replication values > > repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5), > > rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > > # sums > > Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) + > > IDvals[pheno$ID, 1] > > Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) + > > IDvals[pheno$ID, 2] > > Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) + > > IDvals[pheno$ID, 3] > > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1 > > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2 > > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3 > > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5 > > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2 > > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10 > > # genotypic values > > geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry, > > ncol=15) > > rownames(geno) <- 1:nEntry > > colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="") > > # map infomation > > map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2, > > each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25)) > > head(map) > > # create a gpData object > > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = > > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) > > > > > > O seguinte erro aparece : > > > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = > > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) > > Error: could not find function "create.gpData" > > > > > > Alguém poderia me ajudar ??? > > Desde já agradeço. > > > > Att, > > > > Giselle > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/7ad7cd81/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 8 > Date: Thu, 20 Feb 2014 12:30:09 -0800 (PST) > From: Giselle Davi <giselle_davi(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] gpData > Message-ID: > <1392928209.63193.YahooMailNeo(a)web126106.mail.ne1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Sim, está !!! > > > > Em Quinta-feira, 20 de Fevereiro de 2014 17:02, André Figueiras Rutz < > rutzaf(a)gmail.com> escreveu: > > Já tentou verificar se o pacote gpData está instalado? > Abs > ?Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is > clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?" > Lao Tzu - Tao Te Ching > Em 20/02/2014 15:50, "Giselle Davi" <giselle_davi(a)yahoo.com.br> escreveu: > > Ao rodar esta rotina: > >############################################# > >## Test gpData object and regress > >## > >## > >## author : Hans-Juergen Auinger > >## date : 2011 - 11 - 30 > >## > >############################################## > > > > > ># number of locations > >nLoc <- 3 > ># number of genotypes > >nEntry <- 10 > ># number of replications > >nRep <- 2 > ># phenotypic residuals > >pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc), > > Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3), > > Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2, > > Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5), > > loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry), > > wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc)) > >head(pheno) > ># individual values > >IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry, > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > >head(IDvals) > ># location values > >locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc, > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > ># replication values > >repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5), > rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > ># sums > >Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) + > IDvals[pheno$ID, 1] > >Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) + > IDvals[pheno$ID, 2] > >Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) + > IDvals[pheno$ID, 3] > >pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1 > >pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2 > >pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3 > >pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5 > >pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2 > >pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10 > ># genotypic values > >geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry, > ncol=15) > >rownames(geno) <- 1:nEntry > >colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="") > ># map infomation > >map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2, > each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25)) > >head(map) > ># create a gpData object > >gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) > > > > > > > > > >O seguinte erro aparece : > >> gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) > >Error: could not find function "create.gpData" > > > > > > > > > >Alguém poderia me ajudar ??? > >Desde já agradeço. > > > > > >Att, > > > > > >Giselle > > > > > >_______________________________________________ > >R-br mailing list > >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/d6cb18b0/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 9 > Date: Thu, 20 Feb 2014 17:34:54 -0300 > From: André Figueiras Rutz <rutzaf(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] gpData > Message-ID: > < > CAE7MPajUcri-EesQGEaghMia4qLuC3qXLaa5UVq_D_jW9Nrv7Q(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Vc carregou ele na sessão com o require? > > "Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is > clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?" > Lao Tzu - Tao Te Ching > Em 20/02/2014 17:30, "Giselle Davi" <giselle_davi(a)yahoo.com.br> escreveu: > > > Sim, está !!! > > > > > > Em Quinta-feira, 20 de Fevereiro de 2014 17:02, André Figueiras Rutz < > > rutzaf(a)gmail.com> escreveu: > > Já tentou verificar se o pacote gpData está instalado? > > Abs > > "Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water > is > > clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?" > > Lao Tzu - Tao Te Ching > > Em 20/02/2014 15:50, "Giselle Davi" <giselle_davi(a)yahoo.com.br> > escreveu: > > > > Ao rodar esta rotina: > > ############################################# > > ## Test gpData object and regress > > ## > > ## > > ## author : Hans-Juergen Auinger > > ## date : 2011 - 11 - 30 > > ## > > ############################################## > > > > # number of locations > > nLoc <- 3 > > # number of genotypes > > nEntry <- 10 > > # number of replications > > nRep <- 2 > > # phenotypic residuals > > pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc), > > Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3), > > Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2, > > Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5), > > loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry), > > wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc)) > > head(pheno) > > # individual values > > IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry, > > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > > head(IDvals) > > # location values > > locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc, > > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > > # replication values > > repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5), > > rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > > # sums > > Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) + > > IDvals[pheno$ID, 1] > > Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) + > > IDvals[pheno$ID, 2] > > Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) + > > IDvals[pheno$ID, 3] > > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1 > > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2 > > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3 > > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5 > > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2 > > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10 > > # genotypic values > > geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry, > > ncol=15) > > rownames(geno) <- 1:nEntry > > colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="") > > # map infomation > > map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2, > > each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25)) > > head(map) > > # create a gpData object > > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = > > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) > > > > > > O seguinte erro aparece : > > > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = > > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) > > Error: could not find function "create.gpData" > > > > > > Alguém poderia me ajudar ??? > > Desde já agradeço. > > > > Att, > > > > Giselle > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/7700d9bc/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 10 > Date: Thu, 20 Feb 2014 21:09:24 -0400 > From: Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] gpData > Message-ID: > < > CABmC8gnsy-EkSDtBAGWBzisEW4VtVpVLkwtLKdjb8JGWvi9qaw(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Boa noite! > > A função create.gpData() pertence ao pacote {synbreed}. > > Inicie com: > require(synbreed) > > -- > Éder Comunello <c <comunello.eder(a)gmail.com>omunello.eder(a)gmail.com> > Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/3121fda7/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 38, assunto 18 > ***************************************** >

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gpData
by Giselle Davi 20 Fev '14

20 Fev '14

Ao rodar esta rotina: ############################################# ## Test gpData object and regress ## ## ## author : Hans-Juergen Auinger ## date : 2011 - 11 - 30 ## ############################################## # number of locations nLoc <- 3 # number of genotypes nEntry <- 10 # number of replications nRep <- 2 # phenotypic residuals pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc), Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3), Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2, Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5), loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry), wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc)) head(pheno) # individual values IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) head(IDvals) # location values locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) # replication values repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) # sums Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 1] Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 2] Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 3] pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1 pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2 pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3 pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5 pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2 pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10 # genotypic values geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry, ncol=15) rownames(geno) <- 1:nEntry colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="") # map infomation map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2, each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25)) head(map) # create a gpData object gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) O seguinte erro aparece : > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) Error: could not find function "create.gpData" Alguém poderia me ajudar ??? Desde já agradeço. Att, Giselle

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Rpresentation
by Ari Clecius 20 Fev '14

20 Fev '14

Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas, alguém saberia resolver? Att, Ari Clecius Alves de Lima Engenheiro Químico Me. Engenharia Civil (085)88412345 (085)33669042 Biogás ======================================================== author: Ari Clecius Alves de Lima date: 19/02/2014 Definição de Biogás ======================================================== Biogás ... - Bullet 1 - Bullet 2 - Bullet 3 Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido ======================================================== ```{r} summary(cars) ``` Slide With Plot ======================================================== ```{r, echo=FALSE} plot(cars) ```

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Bases Grandes
by Gerson R. Primo Jr 17 Fev '14

17 Fev '14

Pessoal, Estou migrando meus processos do SPSS, para o R e tenho encontrado dificuldade na input de bases muito grandes. Tipo: 1,5Gb, com ~3 milhões de registros. Alguém sabe de algum pacote para trabalhar com bases grandes? Aproveitando para compartilhar essa noticia. http://www.revista.espiritolivre.org/a-ambiciosa-linguagem-de-programacao-q… Abraços *Att,Gerson R. Primo Jr*

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adehabitatLT | Objeto ltraj - análise de deslocamento animal
by Jefferson Ferreira Ferreira 15 Fev '14

15 Fev '14

Boa tarde pessoal! Estou usando o pacote adehabitatLT para realizar análises espaciais de um carnívoro terrestre monitorado. A questão, acho eu, que é bastante simples. Nesse pacote há uma função chamada plotltr para plotar em um gráfico a distância de deslocamento versus data de cada registro. O problema é que não encontrei um meio para manipular graficamente o plot: mudar cores, controlar o intervalo dos eixos, e nem mesmo encontrei na documentação da internet um modo de trocar as labels dos eixos. Na documentação diz-se que : Arguments x- An object of class ltraj which - a character string giving any syntactically correct R expression implying the descriptive elements in x or the variables in the optional attribute infolocs. pch- the type of points on the plot (see help(par)). cex - the size of points on the plot (see help(par)). addlines - logical. Indicates whether lines should be added to the plot. addpoints - logical. Indicates whether points should be added to the plot. ... *additional parameters to be passed to the generic function plot* Mas como controlar esses parâmetros adicionais? Tentei col, ylab, main, e nada disso funcionou. Alguma ideia? Segue um cmr: library(adehabitatLT) onca <- simm.crw(date = 1:100) plotltr(onca) -- *Jefferson Ferreira-Ferreira* Geógrafo - GEOPROCESSAMENTO IDSM | Coordenadoria de TI Jefferson.ferreira(a)mamiraua.org.br *Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá* Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação Telefone: +55 97 3343-9710 *Google Maps* - Mapas deste e-mail: Exibir mapa ampliado<https://maps.google.com.br/maps?q=-3.355557,-64.731151&ll=-3.355471,-64.731…> *Contatos particulares:* *(55) 9615-0100*

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API de Georreferenciamento do Google
by Helder Gramacho 15 Fev '14

15 Fev '14

Bom dia, Estou tentando conhecer um pouco mais do R por meio da publicação "Introdução à análise de dados espacialmente referenciados" do Elias Teixeira Krainski, nela existe uma etapa na qual é possível utilizar uma API do google.maps para fazer o georreferenciamento de endereços, ou seja, obter a latitude e longitude desses endereços o código é o que segue logo abaixo: require(sp) ltipo <- c("av", "rua", NA) lnome <- c("Brasil", "joubert", "prefeitura municipal") enum <- c(3500, 100, NA) fGetLatLonLog <- function(tipo, nome, num, mun, uf, pais) { end <- paste(tipo, nome, num, mun, uf, pais, sep="+") end <- gsub(" ", "+", end, fixed=TRUE) end <- gsub("NA", "", end, fixed=TRUE) end <- gsub("++", "+", end, fixed=TRUE) end <- paste('http://maps.google.com/maps/geo?q= ',end,'&output=csv&sensor=true_or_false&key=abcdefg',sep="") end <- sapply(end, readLines, warn=FALSE) end <- t(sapply(strsplit(end, ","), as.numeric)) colnames(end) <- c("Status", "Acuracia", "Latitude", "Longitude") rownames(end) <- 1:nrow(end) return(as.data.frame(end))} ll=fGetLatLonLog(ltipo, lnome, enum, "Maringa", "PR", "BR") ll Mas quando executo a função aparece o seguinte erro: Error in file(con, "r") : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(con, "r") : cannot open: HTTP status was '403 Forbidden' Parece que o Google não permite realizar a conexão... Será que alguém sabe como me ajudar. Hélder Santos *agrohelder(a)gmail.com <agrohelder(a)hotmail.com>*

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Erro em lapply
by Ludmila Rattis 15 Fev '14

15 Fev '14

Olá, Rodando a função lapply como segue: uc_list<-lapply(sp_names, function(x) data$WDPAID[data$BINOMIAL==x]) Deu o seguinte erro (apesar de continuar rodando): Error in sprintf("^%s", makeRegexpSafe(text)) : promise already under evaluation: recursive default argument reference or earlier problems? Alguém sabe me dizer o que significa? -- *Me. Ludmila Rattis* Programa de Pós-graduação em Ecologia/UNICAMP Conservation Biogeography Lab http://www.wix.com/rdloyola/lab <http://sites.ffclrp.usp.br/ficus>

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Dúvida no pacote ltm
by Felipe Buchbinder 14 Fev '14

14 Fev '14

Prezados professores, Estou utilizando o pacote ltm para análise de um modelo de TRI do tipo *Graded Response Model*. Todavia, eu tenho ocasionalmente encontrado a seguinte mensagem: Error in log.pr[xj, ] : subscript out of bounds Alguém pode me ajudar a saber por que isso ocorre e como consertar o problema? Envio anexo um CMR, onde eu gero um teste e analiso com base no pacote ltm. Desde já, obrigado, Felipe

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bootstrap em correlação
by geovane barbosa 13 Fev '14

13 Fev '14

Olá pessoal boa tarde Tenho a seguinte situação. Possuo um conjunto de dados caracterizados por x1,x2,x3. e gostaria de realizar o bootstrap para calcular a correlação e efetuar intervalos de confiança bootsrap. A linha de pensamento é essa. Suponhamos que x1<-rnorm(100) x2<-rnorm(100) x3<-rnorm(100) dados<-data.frame(x1,x2,x3) rx1x2<-cor(x1,x2) rx1x3<-cor(x1,x3) rx2x3<-cor(x2,x3) theta1<- sqrt[(rx1x2+rx1x3)/rx2x3] theta2<- sqrt[(rx1x3+rx2x3)/rx2x1] Gostaria de ter como resultados final os intervalos bootstrap para theta1, theta2. obrigado

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quebrar amostra através de sorteio aleatório sem reposição
by Jodavid Ferreira 13 Fev '14

13 Fev '14

Olá pessoal,estou com dúvida na hora de realizar este problema, O problema é: Gero uma amostra de tamanho 100 por exemplo com dist. poisson amostra<-rpois(100,lambda=2.5) amostra [1] 1 4 8 0 2 4 2 1 2 2 6 3 3 0 2 2 1 1 1 2 1 2 4 2 2 2 1 0 4 6 5 2 1 2 2 3 3 1 2 [40] 0 3 5 5 5 2 2 2 5 3 2 2 3 3 2 2 2 3 3 0 2 2 1 2 1 1 4 2 0 3 4 2 2 3 4 4 2 4 1 [79] 2 2 1 0 2 1 4 3 2 2 0 3 3 1 3 3 2 3 3 1 5 0 agora com esses valores quero podemos dizer que quebrar em três amostas, a primeira de tamanho 25, a segunda, 40, e a terceira 35. Só que o problema é que tenho que sortear valores para a primeira amostra e estes valores tem que sair da amostra original. ou seja, quando sortear para a primeira amostra, chamar amostra1, só deve restar 75 valores para que eu possa dividir e mais duas. Estava pensando em utilizar o sample, para sortear os valores e alocar a cada amostra, mas como faço para remover os valores entre uma amostra e outra? -- Jodavid Ferreira Responsável pela comissão de Comunicação do MJ da RCCPB - http://rccpbjovem.com Membro da equipe Estadual do Ministério de Comunicação da RCCPB - http://rccpb.com.br Responsável pelo Ministério de Comunicação do Grupo de Oração Boa Esperança - http://grupoboaesperanca.com Bacharelando em Estatística - UFPB Estagiário no Laboratório de Estatística Aplicada ao Processamento de Imagens e Geoprocessamento - http://de.ufpb.br/~leapig Site Pessoal - http://jodavidferreira.com Twitter - @JodavidFerreira <http://twitter.com/JodavidFerreira>

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Re: [R-br] R Session Aborted
by Fernando Gama 11 Fev '14

11 Fev '14

Pronto, Agora imagem em um link externo. http://imageshack.com/a/img593/951/hekz.png Abs, Fernando. Em 11 de fevereiro de 2014 12:15, Fernando Gama <f.fabiogama88(a)gmail.com>escreveu: > Valeu Ivan, > > no linux é na hora da instalação do package. Veja na imagem em anexo. > > abs, > > Fernando. > > > Em 11 de fevereiro de 2014 11:27, Ivan Bezerra Allaman < > ivanalaman(a)yahoo.com.br> escreveu: > >> Bom dia Fernando! >> >> Eu uso a shiny no linux sem problemas. Me relate detalhadamente qual o >> problema estás tendo no linux para eu tentar te ajudar. >> >> Abraços! >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> > >

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Dúvida coeficiente de regressão partial
by Fernando Souza 11 Fev '14

11 Fev '14

Caros colegas. Rodei um modelo de regressão misto multivariado por meio da função lme (pacote nlme) eu obter o coeficiente de regressão parcial das variáveis selecionadas no modelo (R2 parcial). Estou com algumas dúvidas sobre como se calcula esse coeficiente. Alguém pode me explicar ou me indicar algum bom texto (tipo for Dummies) para que eu possa me inteirar sobre o assunto? att

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Re: [R-br] R Session Aborted
by Ivan Bezerra Allaman 11 Fev '14

11 Fev '14

Bom dia Fernando! Eu uso a shiny no linux sem problemas. Me relate detalhadamente qual o problema estás tendo no linux para eu tentar te ajudar. Abraços!

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Re: [R-br] R Session Aborted
by Ivan Bezerra Allaman 10 Fev '14

10 Fev '14

Boa noite Fernando! Há dias estou tendo solucionar um problema parecido só que com a função "runApp" no R console. Já procurei em "quase tudo" na internet mais não encontrei nenhuma solução. Tente o seguinte, talvez funcione para você. Vá no menu iniciar e clique com o botão direito em "computador". Depois vá em "propriedades". Em seguida clique em "Configurações avançadas do sistema". Depois em "Avançado" - "Configurações". Depois na terceira aba "Prevenção de Execução de dados" e clique em "Ativar a DEP para todos os ....". Clique em "adicionar" e procure pelo o executável "Rgui.exe". Detalhe: Se o seu sistema for 64bits acredito que não dará certo, pois segundo os blbababa da microsoft, os programas 64bits não estão sob DEP. Logo, se algum santo tiver a solução para esse problema eu agradeço, senão, tanto faz, pois estou no windows temporariamente e logo voltarei para o linux onde não EXISTE problemas imbecis como este. Abraço Fernando!

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Gráfico de Pareto
by Ari Clecius 10 Fev '14

10 Fev '14

Alguém poderia me dizer uma forma mais fácil de fazer um gráfico de pareto para los efeitos significativos de um experimento fatorial? Segue código abaixo. ATtt, Ari Clecius Alves de Lima Engenheiro Químico Me. Engenharia Civil (085)88412345 (085)33669042 #Código resp=scan(nmax=8) 82.8 55.1 74.3 72.2 64.7 51.3 69.9 53.3 #replicated rad=rep(c(+1,-1),time=4,each=1) rad pH=rep(c(+1,-1),time=2,each=2) pH area=rep(c(+1,-1),each=4) area order=(1:8) order fat=data.frame(rad,pH,area,resp,order) fat aov.2=aov(resp~rad+pH+area, data=fat) summary(aov.2) #Gráfico de pareto MSE=41.7 #Obtido a partir de coef1=c(aov.2$coef[2:4]) coef1 n=8 f1=t(abs(coef1))/(sqrt(MSE/n));f1 z=data.frame(f1) names(z) v1=qt(0.975,8) coef3=sort(abs(coef1)) coef3 g=barplot(sort(f1),horiz=TRUE,names.arg=c( names(coef3)),col=ifelse(sort(f1)>v1,"blue","gray"))##xlim, ylim box("plot", col="blue") abline(v=qt(0.975,8),col="red",lty=2) s=format(qt(0.975,8),digits=2) text(2.5,1,label=s,cex=1) mtext("Efeito padronizado", side=3, line=2, cex=1.0, col="blue", outer=FALSE) p=format(f1,scientific = TRUE) legend(x=6,y=4,cex=0.6,bg="yellow",box.col="blue", legend=c( "Rad=7.475","area=5.650","pH=-1.975" ), col="blue", lwd=1:2, lty=c(NA,NA,NA))

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Função bitmap
by Roberto Guevara 10 Fev '14

10 Fev '14

Olá, usuários do R. Estou tentando utilizar a função bitmap para salvar figuras em formato TIFF com resolução própria para publicação. Quanto tento usá-la, me deparo com a seguinte mensagem de erro, Código: bitmap("Plot.tiff", height = 4, width = 4, units = 'in', type="tifflzw", res=300) Error in system(paste(gsexe, "-help"), intern = TRUE, invisible = TRUE) : 'gswin32c.exe' not found Procurei saber como solucionar esse problema através do google. Baixei um arquivo chamado Ghostscript e tentei utilizar esse código: Sys.setenv(GS_CMD = "C:/Program Files (x86)/gs/gs9.10/bin/gswin32c.exe") E a partir disso agora aparece outra mensagem de erro: Error in system(paste(gsexe, "-help"), intern = TRUE, invisible = TRUE) : 'c:\Program' not found Alguém tem ideia de como se resolve isso? Ou, pelo menos, sabe de alguma alternativa que eu possa utilizar para obter as figuras do jeito que preciso? Obrigado pela atenção -- Roberto Guevara Ferreira Lima Biólogo - CRBio 6ª Região: 73146/06-D Mestre em Zoologia Laboratório de Ecologia e Zoologia de Vertebrados Instituto de Ciências Biológicas Universidade Federal do Pará Rua Augusto Corrêa, nº 01 - Bairro: Guamá. CEP: 66075-110 Currículo Lattes: http://lattes.cnpq.br/7363382159007600

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R Session Aborted
by Fernando Gama 10 Fev '14

10 Fev '14

Olá galera, Instalei recentemente o pacote shiny no windows. Utilizo o RStudio como IDE. Meu problema é que quando executo o diretório contendo os scripts(cliente e servidor) um fatal error é lançado com a seguinte mensagem: R Session Aborted e aí ele me força a iniciar uma nova sessão. testei com esse código nativo da biblioteca, assim como outros também: library(shiny) runExample("01_hello") Alguém já passou por este problema? OBS: quem quiser visualizar tirei print(em anexo). Abs, Fernando

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Intervalo de confiança para o valor estimado numa regressão múltipla.
by Helder Gramacho 08 Fev '14

08 Fev '14

Boa tarde, Estou trabalhando com dados de imóveis utilizando análise de regressão, consegui gerar o modelo que servirá para avaliar o preço do imóvel: > modelo2=lm(log_pu~area+Idade.+quartos+suites+cond+n_elev) > summary(modelo2) Call: lm(formula = log_pu ~ a_priv + Idade. + quartos + suites + cond + n_elev) Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -0.072013 -0.041334 -0.008192 0.032892 0.091292 Coefficients: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) (Intercept) 9.0404271 0.1336608 67.637 < 2e-16 *** area 0.0032140 0.0011938 2.692 0.01846 * Idade. -0.0110019 0.0036698 -2.998 0.01028 * quartos -0.1016121 0.0405304 -2.507 0.02624 * suites -0.0909447 0.0454335 -2.002 0.06664 . cond -0.0004982 0.0001582 -3.149 0.00769 ** n_elev 0.0555213 0.0368277 1.508 0.15557 --- Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1 Residual standard error: 0.0593 on 13 degrees of freedom Multiple R-squared: 0.8394, Adjusted R-squared: 0.7652 F-statistic: 11.32 on 6 and 13 DF, p-value: 0.0001628 Agora preciso a partir dos dados do imóvel que está sendo avaliado, substitui-los no modelo e encontrar o valor estimado para o mesmo, em seguida calcular o intervalo de confiança de 80% para este valor estimado. Abaixo tem a saída de um programa comercial, no qual encontrei os valores, mas gostaria de saber como calcula-los no R. [image: Imagem inline 2] Será que alguém poderia me ajudar a calcular estes intervalos de confiança para o valor estimado? Desde já agradeço, Hélder Santos *agrohelder(a)gmail.com <agrohelder(a)hotmail.com>*

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formatação de gráfico
by Maurício Lordêlo 07 Fev '14

07 Fev '14

Saudações a todos. No CMR abaixo construo seis gráficos e estou tendo dificuldade para acrescentar uma legenda única e de posicionar um "título" no centro de cada dupla de gráficos. Fiz um desenho manualmente para verem como gostaria que ficasse o resultado final: https://www.dropbox.com/s/o7snb3i206bz4dr/graficos.jpg Consegui ter acesso ao livro "R Graphics - Paul Murrel" e encontrei esta página que talvez tenha a informação que preciso: https://www.dropbox.com/s/n96r3h1aw9az41q/pag91_92Rgraphics.jpg Porém, fiz várias tentativas (nas linhas com "comentário" estão as últimas mudanças) juntamente com as informações contidas no help da função "par" e não obtive sucesso. Grato se puderem me ajudar. Maurício par(mfrow=c(3,2) # ,plt = c(-10,-10,0,0) # ,pty="s" # ,mai = c(-5,1,-7,1) # ,mar = c(-5, 4, -4, 2) # ,oma = c(1,0,1,0) # ,pin = c(-3,-6) # ,xpd = T # ,din=c(0.5,0.5) # ,fin=c(0.5,0.5) ) #par(mfrow=c(3,2)) #layout(matrix(c(1, 2, 3, 4, 5, 6), byrow=TRUE, ncol=2)) tempo<-c(4,5,6,7,8,9,10,11) A1A10<-rnorm(8,90,4) A3A10<-rnorm(8,90,4) plot(A1A10 ~ tempo,axes = F,xlab = '',ylab ="medida",main = 'Intercepto',cex.main=1,type = 'b',xlim=c(4,11),ylim=c(80,100)) mtext('10 repetições',line = 2.9,cex = .8) lines(A3A10~tempo, type="o",pch="+",lty=2) axis(2) A1A20<-rnorm(8,90,4) A3A20<-rnorm(8,90,4) plot(A1A20 ~ tempo,axes = F,xlab = '',ylab ="medida",main = 'Intercepto',cex.main=1,type = 'b',xlim=c(4,11),ylim=c(80,100)) mtext('20 repetições',line = 2.8,cex = .8) lines(A3A20~tempo,type="o",pch="+",lty=2) axis(2) A1B10<-rnorm(8,90,4) A3B10<-rnorm(8,90,4) plot(A1B10 ~ tempo,axes = F,xlab = '',ylab ="medida",main = 'Tratamento B',type = 'b',xlim=c(4,11),ylim=c(80,100)) lines(A3B10~tempo,type="o",pch="+",lty=2) axis(2) A1B20<-rnorm(8,90,4) A3B20<-rnorm(8,90,4) plot(A1B20 ~ tempo,axes = F,xlab = '',ylab ="medida",main = 'Tratamento B',type = 'b',xlim=c(4,11),ylim=c(80,100)) lines(A3B20~tempo,type="o",pch="+",lty=2) axis(2) A1C10<-rnorm(8,90,4) A3C10<-rnorm(8,90,4) plot(A1C10 ~ tempo,axes = F,xlab = "tempo",ylab ="medida",main = 'Tratamento C',type = 'b',xlim=c(4,11),ylim=c(80,100)) lines(A3C10~tempo,type="o",pch="+",lty=2) axis(1, at = seq(4, 11, 1)) axis(2) #legend(9.5,60,c("Opção 1",""),lty = c(1,2),ncol = 1,horiz=TRUE) A1C20<-rnorm(8,90,4) A3C20<-rnorm(8,90,4) plot(A1C20 ~ tempo,axes = F,xlab = "tempo",ylab ="medida",main = 'Tratamento C',type = 'b',xlim=c(4,11),ylim=c(80,100)) lines(A3C20~tempo,type="o",pch="+",lty=2) axis(1, at = seq(4, 11, 1)) axis(2) #legend(0.5,60,c("","Opção 3"),lty = c(1,2),ncol = 1,horiz=TRUE) #legend(0,60,c("Opção 1","Opção 3"),lty = c(1,2),ncol = 1,horiz=TRUE)

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Teste de Dunn
by Michele Figueiró 05 Fev '14

05 Fev '14

Caros amigos Estou analisando um banco de dados e para a analise de comparação multipla foi utilizado o teste de kruskall wallis com teste post doc de Dunn utilizando o R. Eu gostaria de saber se alguém poderia me indicar alguma referencia sobre o teste de Dunn. Eu estou com dúvidas pois este teste fornece dois p valores, o usual e o ajustado. Eu já me deparei com uma situação na qual há uma diferença significativa entre as médias e no resultado do teste de Dunn, os p valores ajustados não são significativos mas os p valores usuais, como agir neste caso?. Também gostaria de saber se há outros testes não-paramétricos post-hoc que poderiam ser utilizados ao invés do teste de Dunn. Abs Michele *"To live is the rarest thing in the world. Most people just exist." Oscar Wilde*

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Análise Espacial
by Paulo Vetz 05 Fev '14

05 Fev '14

Olá Pessoal, Eu quero avaliar o padrão espacial entre algumas espécies de animais. Eu tenho os dados (coordenadas) coletados durante deferentes épocas do ano. Vocês poderiam me indicar algumas referências de métodos estatísticos para poder realizar essa análise. Estou interessado em avaliar a interação no tempo, espaço e espaço-tempo. Desde já agradeço a ajuda. Saudações, Paulo

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Pacote synbreed
by Giselle Davi 04 Fev '14

04 Fev '14

Prezados, alguém saberia me dizer o que aconteceu com as funções do pacote synbreed ??? Grande parte delas não podem ser encontradas quando se roda a rotina conforme o manual. Abaixo encontra-se o início da rotina descrita no manual do pacote synbreed, onde já existe o erro de função não encontrada. Desde já agradeço. library(synbreedData) data (maize) newDHpheno <- data.frame(Trait=1000,row.names="newDH") newDHpheno #simulating genotypic data newDHgeno <- matrix(sample(c(0,1), ncol(maize$geno), replace=TRUE), nrow=1) rownames(newDHgeno) <- "newDH" #new pedigree newDHpedigree <- data.frame(ID="newDH", Par1=0, Par2=0, gener=0) #new covar information newDHcovar <- data.frame(family=NA, DH=1, tbv=1000, row.names="newDH") # add individual maize2 <- add.individuals(maize,newDHpheno,newDHgeno,newDHpedigree,newDHcovar) summary(maize2) ##erro em add.individuals: função não pode ser encontrada

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Dúvida com substituição
by Edson Lira 03 Fev '14

03 Fev '14

Tenho um banco com duas variáveis: bairro_resid bairro_ntabelado <NA> cidade nova <NA> SANTA ETELVINA Gostaria de subsituir o <NA> do bairro_resid pelo cidade nova na outra linha pelo SANTA ETELVINA O banco tem 58.000 linhas, em algumas delas acontece a situação acima mostrada, como substituir o NA do bairro residencial pelo conteúdo do bairro_ntabelado em todo o banco? [ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Como colocar caracteres, letras, números em subscrito ou sobrescrito em gráfico no R
by Ederson Civardi 03 Fev '14

03 Fev '14

Prezado Fernando Toledo, vi que deixei de incluir um parêntesis no final e por isso dava erro. Porém corrigido este detalhe o problema não foi resolvido e ficou desta maneira: "Lesão ("*mm^2*")", no gráfico. -- *_________________________________________* *Ederson A. Civardi* *Doutorando Produção Vegetal - UFG - PPGA - Goiânia* Cel. (Claro): (62) 9237-7817 ________________________________________________

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Como colocar caracteres, letras, números em subscrito ou sobrescrito em gráfico no R
by Ederson Civardi 30 Jan '14

30 Jan '14

Obrigado Fernando Toledo por responder. Porém o comando que me passou ainda não funciona. Da erro. Erro: símbolo inesperado in: "persp(xr,yr,z, main = "Banco", theta = 30, phi = 15, expand = 0.7, col = "darkorchid4" , xlab="Temperatura (ºC)", ylab="PMF (h)", zlab= expression ("Lesão (*mm^2*)",scale=T,ticktype = "detai persp" -- *_________________________________________* *Ederson A. Civardi* *Doutorando Produção Vegetal - UFG - PPGA - Goiânia* Cel. (Claro): (62) 9237-7817 ________________________________________________

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Como colocar caracteres, letras, números em subscrito ou sobrescrito em gráfico no R
by Ederson Civardi 30 Jan '14

30 Jan '14

Bom dia! Gostaria de uma ajuda básica para a formatação de gráficos no R. Preciso colocar caracteres, letras, números em subscrito ou sobrescrito em gráfico no R, porém não estou conseguindo fazer isso. Tentei vários comandos, porém sempre aparece como por ex. (M^2). O comandos para o gráfico em 3D é: persp(xr,yr,z, main = "Banco", theta = 30, phi = 15, expand = 0.7, col = "darkorchid4" , xlab="Temperatura (ºC)", ylab="PMF (h)", zlab= expression ("Lesão (mm^2)"),scale=T,ticktype = "detailed") Outra dificuldade é inserir algumas linhas nos eixos x, y, z no gráfico que correspondam as escalas de cada eixo, para facilitar a visualização para que for ver. Alguém pode me ajudar? Desde já agradeço. -- *_________________________________________* *Ederson A. Civardi* *Doutorando Produção Vegetal - UFG - PPGA - Goiânia* Cel. (Claro): (62) 9237-7817 ________________________________________________

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grafico de barras
by Natalia Martins 28 Jan '14

28 Jan '14

Boa tarde prezados, estou tentando fazer um gráfico de barras considerando 3 fatores, como p gráfico que o comando "bargraph.CI" permite fazer com dois fatores. Mas, não estou conseguindo. Alguém já fez este gráfico ou poderia me ajudar? Obrigada -- Natália Martins

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Fábio, let's connect on LinkedIn
by Tiago Oliveira via LinkedIn 28 Jan '14

28 Jan '14

LinkedIn ------------ Tiago Oliveira requested to add you as a connection on LinkedIn: ------------------------------------------ I'd like to add you to my professional network on LinkedIn. Accept invitation from Tiago Oliveira http://www.linkedin.com/e/-33g73l-hqz0ho8v-60/vhj1xG42iBdUFK5d_HMEGL4iFMC51… View profile of Tiago Oliveira http://www.linkedin.com/e/-33g73l-hqz0ho8v-60/rso/295376692/x7Tr/name/82777… ------------------------------------------ You are receiving Invitation emails. This email was intended for Fábio Corrêa. Learn why this is included: http://www.linkedin.com/e/-33g73l-hqz0ho8v-60/plh/http%3A%2F%2Fhelp%2Elinke… (c) 2012, LinkedIn Corporation. 2029 Stierlin Ct, Mountain View, CA 94043, USA.

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Re: [R-br] Dúvida - elipse de confiança
by Marcos Vital 27 Jan '14

27 Jan '14

Olá, Mauro Não sei se resolve no seu caso, mas dê uma olhada na função ordiellipse() do pacote vegan. Ela funciona bem para as ordenações feitas no próprio pacote, mas não sei se é compatível com outras ordenações, como no seu caso. Mas uma possibilidade é fazer a pca pelo vegan também, usando a função rda() com o argumento scale=T. Abraços Marcos -- Marcos Vinícius Carneiro Vital Universidade Federal de Alagoas Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde Setor de Biodiversidade e Ecologia

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Curso de estatistica com R gratuito em Stanford
by Wenceslau Teixeira 27 Jan '14

27 Jan '14

Excelente dica ! No curso tem também uma entrevista com John Chambers Um dos criadores da linguagem S e R https://www.youtube.com/watch?v=jk9S3RTAl38 E para os que não tiver tempo é possivel baixar o pdf do livro (legalmente) An introduction to statistical learning with applications in R (Gareth James, Daniela Witten, Trevor Hastie and Robert Tibshirani - Springer - 2013) http://www-bcf.usc.edu/~gareth/ISL/ Sds Wenceslau -- Wenceslau Teixeira wgt007(a)gmail.com skype: wgt007

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Curso de estatistica com R gratuito em Stanford
by Fernando 25 Jan '14

25 Jan '14

Caros amigos Foi publicado no R-bloggers (http://www.r-bloggers.com/online-class-on-statistical-learning/) o anúncio de um curso on-line da universidade de Stanford sobre statistical learning (https://class.stanford.edu/courses/HumanitiesScience/StatLearning/Winter201…) com os autores do livro (http://www-bcf.usc.edu/~gareth/ISL/ <http://www-bcf.usc.edu>)). O curso iniciou dia 20/01 mas ainda pode ser feito inscrição. Basta cadastra (pelo que entendi). Abraços

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Dúvida - elipse de confiança
by Mauro Sznelwar 24 Jan '14

24 Jan '14

Preciso traçar elipse de confiança no fim desta sequencia, queria saber como entro com os dados, que está no último comando abaixo: Data set:https://www.dropbox.com/s/405ggda0h6scnie/marajoara320amostras.txt marajoara<-read.table('marajoara320amostras.txt') =======NORMALIZAÇÃO======== marajoara.norm<-sapply(data.frame(marajoara),scale) =======CLUSTER========= win.graph() marajoara.norm.h<-hclust(dist(marajoara.norm)^2,method="ward") plot(marajoara.norm.h,main="marajoara320amostras") =======PCA======== win.graph() initial<-tapply(marajoara.norm,list(rep(cutree(marajoara.norm.h,3),ncol(marajoara.norm)),col(marajoara.norm)),mean) marajoara.norm.km1<-kmeans(marajoara.norm,initial) marajoara.norm.pca<-princomp(marajoara.norm) marajoara.norm.px<-predict(marajoara.norm.pca) library(MASS) eqscplot(marajoara.norm.px[,1:2],type="n",xlab="componente 1",ylab="componente 2") text(marajoara.norm.px[,1:2],labels=as.character(marajoara.norm.km1$cluster),col=as.numeric(marajoara.norm.km1$cluster)) title("marajoara320amostras") # identificar amostras no gráfico de PCA identify(marajoara.norm.px[,1:2]) # Ellipse no gráfico de PCA (********DUVIDA*********) library(ellipse) plot(ellipse(marajoara.norm.px, centre = ???, t = ???), type = "???")

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medida repetida?
by Marcelo Laia 20 Jan '14

20 Jan '14

Temos o seguinte: PlacaPetri Trat Time Mortos Vivos %Morto %Vivo 1 A 48 8 6 57,14 42,85 1 A 72 17 15 1 A 96 18 28 2 A 48 17 15 2 A 72 24 33 2 A 96 19 6 (...) 10 A 96 7 60 1 B 48 7 2 1 B 72 5 2 1 B 96 2 6 2 B 48 10 4 (...) 10 B 96 11 20 (...) 10 F 96 0 6 O problema: Em cada placa de petri foi colocado uma quantidade de nematoide desconhecida, pois não é possível contar os indivíduos naquela fase. Logo em cima deles, foi colocado a dieta (ração) com o tratamento (seis, ao todo), que cobriu toda da placa. É como se você pegar um prato, colocar um pouco de água e depois cobrir com aveia. Fica tipo um bolo, uma massa. A placa foi dividida em quatro partes iguais sem tocar na ração, ou seja, divisão imaginária. Em cada tempo foi retirado um quarto e contado quantos estavam mortos e quantos estavam vivos. Eu tentei modelar da seguinte maneira: m <- lme(percentagem.morto~trat*tempo, data, random=~1|PlacaPetri/tempo) anova(m) Mas, tem gente falando que está errado! Como eu sou usuário do R, tão somente, pergunto se há, de fato, erro nessa abordagem. Fique a vontade para criticar, eu não sou melindroso. -- Marcelo

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Problemas com ajuste de análise de sobrevivência de Weibull
by ASANTOS 17 Jan '14

17 Jan '14

Caros Membros, Estou com problemas para ajustar a regressão de sobrevivência de Weibull quando tenho a mortalidade total de todos os indivíduos do experimento. Quando em ajustes anteriores, eu tinha um número x de indivíduos vivos e representava eles com zeros na última data de avaliação, os ajustes entre o modelo de Weibull ajustados com a função survreg() do pacote survival e os valores médios obtidos com a função survfit (), geralmente ajustavam bem. Porém, agora que tenho a mortalidade de todos os indivíduos (censor com somente 1's) e não tenho zeros os ajustes ficaram muito ruim, fiz um CRM com dados simulados abaixo (tinha 60 indivíduos e todos morreram) para ver se algum membro saber me explicar o por que disto, #Tratamentos trat<-c("T1","T2") dados<- data.frame(trat=rep(trat, times=c(30,30))) #Tempos temps1<-c(2,2,2,2,2,4,4,6,6,10,10,10,10,10,10,10,10,10,11,13,13,13,13,13,16,18,18,22,22,22) temps2<-c(2,2,2,2,2,4,4,6,6,6,6,6,10,10,10,10,10,10,10,10,10,11,11,11,11,11,11,11,11,11) tempo2<-c(temps1,temps2) #Censor censor2<-rep(1,60) # dados$tempo<-tempo2 dados$censor<-censor2 ## Análise de sobrevivência require(survival) #Modelo completo mod.c <- survreg(Surv(dados$tempo,dados$censor)~dados$trat) #Modelo minimo mod.m <- survreg(Surv(dados$tempo,dados$censor)~1) anova(mod.c,mod.m,test="Chisq") ## Existe diferença entre o modelo nulo e completo ## Então T1 é diferente de T2 e podem ser representados por curvas diferentes summary(mod.c) ############################### Curvas ## Curvas do modelo par(cex.lab=1.3,cex.axis=1,lwd=2,mar=c(4.5,4.5,1,1),mex=1.3,family="serif") y=c(0,0.1,0.2,0.3,0.4,0.5,0.6,0.7,0.8,0.9,1) x=seq(1:22) ########## T1 curve(exp((-(exp(mod.c$coefficients[1]))^(-1/mod.c$scale))*(x^1/mod.c$scale)),from=1, to=22,ylim=c(0,1),xaxt="n",yaxt="n",lty=1,ylab="Sobrevivência") axis(1,x,lwd=2) axis(2,y,lwd=2) ########## T2 curve(exp((-(exp(mod.c$coefficients[1]+mod.c$coefficients[2]))^(-1/mod.c$scale))*(x^1/mod.c$scale)),lty=2,add=T) ########################## Valores medios pontos<-survfit(Surv(dados$tempo,dados$censor)~(dados$trat)) points(pontos[1],pch=1) points(pontos[2],pch=2) #END---------------------------------------------------------------------------- Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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