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Instalar pacote rgl
by Andre Oliveira 23 Jun '14

23 Jun '14

Pessoal é uma coisa simples, mas depois de esgotar minhas pesquisas resolvi postar na lista. Coloquei o Ubuntu 14.04 aqui e resolvi instalar o Rcmdr instalou, mas requer o pacote rgl que nunca consigo instalar o mesmo. Olha minhas tentativas install.packages("rgl") Installing package into ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1’ (as ‘lib’ is unspecified) tentando a URL 'http://brieger.esalq.usp.br/CRAN/src/contrib/rgl_0.93.996.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 1756512 bytes (1.7 Mb) URL aberta ================================================== downloaded 1.7 Mb * installing *source* package ‘rgl’ ... ** package ‘rgl’ successfully unpacked and MD5 sums checked checking for gcc... gcc -std=gnu99 checking whether the C compiler works... yes checking for C compiler default output file name... a.out checking for suffix of executables... checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E checking for gcc... (cached) gcc -std=gnu99 checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... (cached) yes checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... (cached) none needed checking whether __attribute__((visibility())) is supported... yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -fvisibility... yes checking whether accepts -fvisibility... no checking for libpng-config... yes configure: using libpng-config configure: using libpng dynamic linkage checking for X... no configure: error: X11 not found but required, configure aborted. ERROR: configuration failed for package ‘rgl’ * removing ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/rgl’ The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpHgKsb1/downloaded_packages’ Mensagens de aviso perdidas: In install.packages("rgl") : installation of package ‘rgl’ had non-zero exit status ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ andre@andre-Aspire-5920:~/Área de Trabalho$ ls rgl_0.93.996.tar.gz andre@andre-Aspire-5920:~/Área de Trabalho$ R CMD INSTALL rgl_0.93.996.tar.gz * installing to library ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1’ * installing *source* package ‘rgl’ ... ** package ‘rgl’ successfully unpacked and MD5 sums checked checking for gcc... gcc -std=gnu99 checking whether the C compiler works... yes checking for C compiler default output file name... a.out checking for suffix of executables... checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E checking for gcc... (cached) gcc -std=gnu99 checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... (cached) yes checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... (cached) none needed checking whether __attribute__((visibility())) is supported... yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -fvisibility... yes checking whether accepts -fvisibility... no checking for libpng-config... yes configure: using libpng-config configure: using libpng dynamic linkage checking for X... no configure: error: X11 not found but required, configure aborted. ERROR: configuration failed for package ‘rgl’ * removing ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/rgl’ Esta ali uma mensagem de erro comum nas duas tentativas X11. Suspeitei que devo instalar algum pacote no linux para resolver. Alguém tem alguma dica? obrigado André Oliveira Souza

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Re: [R-br] EMV
by Walmes Zeviani 23 Jun '14

23 Jun '14

Ana Paula, A optim() otimiza qualquer função. Nem precisa ser uma função de verossimilhança. Ela pode ser usada para definir delineamentos ótimos, máximo de funções como curvas de lactação, enfim, serve à propósitos gerais. Sendo assim, depende do usuário escrever a função objetivo e passar. Abaixo seguem exemplos da gama com a optim() e da weibull com optim(), nlm(), survival::survreg() e bbmle::mle2(). ##----------------------------------------------------------------------------- ## Gama. n <- 100; shape <- 5; scale <- 3 curve(dgamma(x, shape, scale), 0, 10) y <- rgamma(n, shape=shape, scale=scale) ll <- function(theta, y){ sum(dgamma(y, shape=theta[1], scale=theta[2], log=TRUE)) } start <- c(5,3) op <- optim(start, fn=ll, y=y, hessian=TRUE, method="BFGS", control=list(fnscale=-1)) op$par op$value op$hessian ##----------------------------------------------------------------------------- ## Weibull. n <- 100; shape <- 5; scale <- 3 curve(dweibull(x, shape, scale), 0, 10) y <- rweibull(n, shape=shape, scale=scale) ll <- function(theta, y){ sum(dweibull(y, shape=theta[1], scale=theta[2], log=TRUE)) } start <- c(5,3) op <- optim(start, fn=ll, y=y, hessian=TRUE, method="BFGS", control=list(fnscale=-1)) op$par op$value op$hessian ##----------------------------------------------------------------------------- ## Usando a nlm (só minimiza). ll <- function(theta, y){ -sum(dweibull(y, shape=theta[1], scale=theta[2], log=TRUE)) } start <- c(5,3) op <- nlm(p=start, f=ll, y=y, hessian=TRUE) op ##----------------------------------------------------------------------------- ## Usando a survreg (para a gama seria a glm(..., family=gamma)). require(survival) m0 <- survreg(Surv(time=y)~1, dist="weibull") summary(m0) exp(coef(m0)) ## = scale. 1/m0$scale ## = shape. ##----------------------------------------------------------------------------- ## Usando a bblme. require(bbmle) ## Forma de especificar I. ml0 <- mle2(y~dweibull(shape=sh, scale=sc), start=list(sh=5, sc=3), data=list(y=y)) class(ml0) ## Vantagem é a disponibilidade de métodos. summary(ml0) vcov(ml0) plot(profile(ml0)) confint(ml0) confint(ml0, method="quad") ## Forma de específicar II. ll <- function(shape, scale, y){ -sum(dweibull(y, shape=shape, scale=scale, log=TRUE)) } start <- list("shape"=5, "scale"=3) ml1 <- mle2(minuslogl=ll, start=start, method="BFGS", data=list(y=y)) summary(ml1) vcov(ml1) plot(profile(ml1)) confint(ml1) confint(ml1, method="quad") ##----------------------------------------------------------------------------- À disposição Walmes.

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Atlas blas no ubuntu
by Luis Iván Ortiz Valencia 23 Jun '14

23 Jun '14

Bom dia Estou interessado em instalar o Atlas Blas no computador com linux ubuntu onde posso obter os passos para tal procedimento? obrigado Ivan

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Pacote lcmm: Estimação de variância do resíduo em modelo de mistura com duas classes
by Felipe Buchbinder 22 Jun '14

22 Jun '14

Prezados, Estou utilizando a função hlme do pacote lcmm para estimar um modelo RMM (*Regression Mixture Model*) com duas classes latentes. Eu gostaria que a função estimasse as variâncias dos resíduos separadamente para cada classe. Porém, o output contém uma única linha para variância dos resíduos. Exemplo: > rmm <- hlme(y ~ x + x2, ng = 2, mixture = y ~ x + x2, subject = 'ID',data = data) > summary(rmm) Fixed effects in the longitudinal model: coef Se Wald p-value intercept class1 -2.26113 0.78246 -2.890 0.00386 intercept class2 0.93273 0.78247 1.192 0.23324 x class1 1.40524 0.32679 4.300 0.00002 x class2 2.09610 0.32679 6.414 0.00000 x2 class1 0.07210 0.02895 2.490 0.01276 x2 class2 0.09123 0.02895 3.151 0.00163 coef se Residual standard error: 0.9408319 0.105216 Como é possível estimar variâncias dos resíduos específicas para cada classe latente? Obrigado! Felipe Buchbinder

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Plotar objeto polylist pacote spdep
by Helder Gramacho 20 Jun '14

20 Jun '14

Boa noite pessoal, Estou praticando o tutorial sobre o pacote spdep e modelos de regressão espacial disponível no link: http://wiki.dpi.inpe.br/lib/exe/fetch.php?id=materiais_para_leitura_e_tutor… O tutorial utiliza o dataset columbus, o qual possui um objeto polys que é da classe polylist e que possui 49 poligonos. Numa determinada etapa do tutorial é utilizado o comando plot para exibir os poligonos: ### <code r> library(spdep) data(columbus) plot(polys) plot(polys,bbs,border="grey") ### </code> entretanto quando executo aparecem os seguintes erros: > plot(polys) Error in xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log) : 'x' is a list, but does not have components 'x' and 'y' > plot(polys,bbs,border="grey") # não funciona Error in xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log) : 'x' and 'y' lengths differ Alguém sabe o que pode estar acontecendo, e como corrigir? Desde já agradeço, *Hélder Gramacho * Recife-PE / *agrohelder(a)gmail.com <agrohelder(a)hotmail.com>*

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salvando gráfico
by Aline Lipsky 20 Jun '14

20 Jun '14

Boa tarde prezados colegas, Estou tentando salvar um gráfico com o seguinte comando: jpeg("Figura1.jpg") par(cex.lab = 0.8, cex.axis = 0.8, "usr", cex.main = 1.2, font.main=4)taxacaptura <- tabela3[,9]names(taxacaptura) <- rownames(tabela3)taxacaptura <- taxacaptura [-26]taxacaptura <- sort (taxacaptura, decreasing = TRUE) figura.1 <- barplot(sort( tabela3[1:25,9], decreasing=TRUE), width = 0.4,beside=TRUE, ylab="Taxa de desembarque (t/desembarque)", col = "deepskyblue4", ylim=c(0,10), font.main = par ("font.main"), cex.axis=par("cex.axis"), cex.lab=par("cex.lab"), border=NA, names.arg = NA) axis(1, labels = FALSE, lwd.ticks = 0) # criar uma linha no eixo x sem os riscados (ticks)text(figura.1, par("usr")[3], srt=45, cex = 0.75, lab = names(taxacaptura) , adj = 1.1, xpd=NA, cex.axis = 0.4) dev.off() Quando insiro a imagem no word ela aparece em branco. O que posso fazer para solucionar esse problema? Grata pela atenção, Aline

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Predição lenta - Interpolação Kriging
by Thiago Cesar Lima Silveira 20 Jun '14

20 Jun '14

Bom dia pessoal, Espero que possam me ajudar. Entro em contato para pedir uma ajuda em uma interpolação que estou tentando fazer. Já usei o mesmos comandos abaixo para realizar interpolações de variáveis de um lago por ordinary kriging com 240 pontos, sem problemas. Agora estou tentando interpolar a batimetria do lago, para tanto criei pontos no limite do lago com valor zero, cerca de 1200 pontos. Usando a mesma metodologia, a predição “predict( )" para o grid passa de 3 horas e não tive paciência para esperar mais, visto que as outras vezes que usei a predição para o grid demorou cerca de 2 minutos para 240 pontos interpolados. Imagino que a quantidade de pontos seja o problema. Alguém teria alguma sugestão de caminho que tivesse menos custo computacional, pois acho que a quantidade de pontos seja o problema. Agradeço desde já a atenção. Segue abaixo os comandos utilizados: >library(geoR) >library(raster) >library(gstat) >library(rgdal) >interpol_pcsand<-data_interpol[,c(1,2,6)] >coordinates(interpol_pcsand)<- ~long+lat #setting the CRS for the geospatial data, same as the mask and grid >projection(interpol_pcsand)<-'+proj=utm +zone=22 +south +ellps=aust_SA +units=m +no_defs ' #search for duplicated coords >dup.coords(interpol_pcsand$coords) #Creating a gstat object >g_pcsand <- gstat(id="pcsand", formula=pcsand ~ 1, data=interpol_pcsand) # variogram with eye ball fitting > v.eye_sand <- eyefit(variog(as.geodata(interpol_pcsand["pcsand"]), max.dist = 20000)) #saving a readable file for gstat >ve.fit <- as.vgm.variomodel(v.eye[[1]]) #updating the gstat object >g_pcsand <- gstat(g_pcsand, id="pcsand", model=ve.fit_pcsand ) #predicting to new data # grid4 diemensions - #features : 1630464 #extent : 468333.3, 499983.3, 6634933, 6681223 (xmin, xmax, ymin, ymax) #coord. ref. : +proj=utm +zone=22 +south +ellps=aust_SA +units=m +no_defs >p_pcsand <- predict(g_pcsand, model=ve.fit_pcsand , newdata=grid4) #write a raster with the interpolated matrix rasterpcsand_pred <- rasterFromXYZ(as.data.frame(p_pcsand)[, c("x", "y", "data.pred")]) #Create raster tif file >writeRaster(raster, filename="raster.tif", overwrite=TRUE) _________________________________ Thiago Cesar Lima Silveira PhD candidate - Zoology PUCRS - Brazil Visitor PhD. student - School of Ocean Sciences - Bangor University Building Westbury Mouth Room Nautilus 327 Menai Bridge - Isle of Anglesey - UK Telephone.: 07843 115244 e-mail: thiago.cesar(a)acad.pucrs.br CV: http://lattes.cnpq.br/5960267776845701

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Erro em download de dados da internet
by Leonardo Monteiro 20 Jun '14

20 Jun '14

Bom dia, pessoal Estou tentando rodar o seguinte codigo: ### year.ini<- 2010 #ano inicial year.end<- 2013 # ano final url<- paste0(' http://power.larc.nasa.gov/cgi-bin/cgiwrap/solar/agro.cgi?email=agroclim%40…',sep=lat, '&lon=', sep = long, '&ms=1&ds=1&ys=', sep = year.ini, '&me=12&de=31&ye=', sep = year.end, '&p=toa_dwn&p=swv_dwn&p=lwv_dwn&p=T2M&p=T2MN&p=T2MX&p=RH2M&p=DFP2M&p=RAIN&p=WS10M&submit=Submit') download.file(url, "data.txt", method = "auto", quiet = FALSE, mode = "w", cacheOK = TRUE) ### entretanto, se a diferenca entre os anos (inicial e final) for >8, aparece a seguinte msg: "Error in download.file(url.a, "data.txt", method = "auto", quiet = FALSE, : cannot open URL ' http://power.larc.nasa.gov/cgi-bin/cgiwrap/solar/agro.cgi?email=agroclim%40… ' In addition: Warning message: In download.file(url.a, "data.txt", method = "auto", quiet = FALSE, : InternetOpenUrl failed: 'O tempo limite da operação foi atingido' " Por outro lado, se forem poucos anos, esta rodando normalmente. Alguem saberia como resolver esse problema? Obrigado, -- Leonardo Amaral Monteiro - Agronomist MSc in Agrometeorology PhD Student in Engineering Agricultural Systems Sao Paulo University - College of Agriculture "Luiz de Queiroz" - Brazil Landscape System Analysis - ZALF Institute, Müncheberg - Germany ====================================================== Mestre em Agrometeorologia Doutorando em Engenharia de Sistemas Agrícolas Universidade de Sao Paulo - Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" Landscape System Analysis - Instituto ZALF - Müncheberg - Alemanha ====================================================== Phone: +55 19 34294123 - R. 236

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Passar configurações de proxy ao R
by Éder Comunello 19 Jun '14

19 Jun '14

O colega Lucas Souza relatou a dificuldade de utilizar o R em redes que requerem a configuração do proxy em: < http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-varias-linhas-em-um-unica-coluna-td4… > Para não truncar a discussão, tomei a liberdade de criar um tópico novo com uma possível solução: *### Solução 1: para estabelecer proxy no R Console no Windows* *Essa solução implica em copiar ou criar um atalho para o R Console acrescentando alguns parâmetros.* Ao editar o atalho que aponta para o R Console você tem algo na forma: "C:\Program Files\R\your_R_version\bin\arch\Rgui.exe" Ex: "C:\Program Files\Statistical\R-3.1.0\bin\i386\Rgui.exe" ou "C:\Program Files\Statistical\R-3.1.0\bin\x64\Rgui.exe" A partir daqui são duas possibilidades: *a) uso de internet2.dll, que refere-se as opções passadas ao Internet Explorer (método 1):* "C:\Program Files\Statistical\R-3.1.0\bin\x64\Rgui.exe" --internet2 Em algumas redes você deve logar no seu primeiro uso da internet na sessão, fornecendo seu username e senha. Se isso ocorre no seu sistema quando usa o Internet Explorer, mas o R não consegue produzir esse evento, você deverá logar primeiro via Internet Explorer para depois acionar o R. ### *b) passar as configurações diretamente na forma:* "C:\Program Files\Statistical\R-3.1.0\bin\x64\Rgui.exe" http_proxy=http://user_id:passwod@your_proxy:your_port/ Você deve solicitar ao analista de TI que lhe forneça os parâmetros ou pode conseguir nas configurações de 'Opções da Internet'. Seria algo do tipo: "C:\Program Files\Statistical\R-3.1.0\bin\x64\Rgui.exe" http_proxy=http://luc.souza:senha1@http:/proxy.conab.gov.br:3128 ### *c) passar as configurações diretamente, mas solicitgando uma tela para entrada de login e senha (método 2):* "C:\Program Files\Statistical\R-3.1.0\bin\x64\Rgui.exe" http_proxy=http:/999.99.99.99:8080/ http_proxy_user=ask Considero essa a melhor forma. Seria algo como: Ex: '"C:\Program Files\Statistical\R-3.1.0\bin\x64\Rgui.exe" http_proxy=http:/ proxy.conab.gov.br:3128/ http_proxy_user=ask' No método 2, quando você tentar acessar a rede deverá surgir uma tela tal como aparece na figura que segue: Éder Comunello <c <comunello.eder(a)gmail.com>omunello.eder(a)gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-varias-linhas-em-um-unica-coluna-td4…

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união 2 shapefiles para mapa
by Heloíse Pavanato 18 Jun '14

18 Jun '14

Boa tarde, Quero plotar uma mapa unindo dois shapefiles diferentes: um da classe polígono (SpatialPolygonsDataFrame) e outro da classe linha (SpatialLinesDataFrame), mas não sei que função usar para uni-los. O CMR com os mapas plotados em separado está abaixo: # Ler arquivo shapefile da RDSM (websig - IDSM) library(maptools) # Toda a área shp <- readShapeSpatial(file.choose()) crs.geo <- CRS("+proj=longlat +ellps=WGS84 +datum=WGS84") proj4string(shp.t) <- crs.geo par(bg='grey99', pty='s', oma=c(0.5,0.5,0.5,0.5)) plot(shp, col='lightsteelblue', axes=T) title(main='Rio Tefé', font.main=1, cex.main=1.5) shp1 <- readShapeSpatial(file.choose()) crs.geo <- CRS("+proj=longlat +ellps=WGS84 +datum=WGS84") proj4string(shp1) <- crs.geo par(bg='grey99', pty='s', oma=c(0.5,0.5,0.5,0.5)) plot(shp1, col='lightsteelblue', axes=T) title(main='Lago Tefé', font.main=1, cex.main=1.5) Os arquivos Rio_Tefe.shp e Lago_tefe que estou usando estão aqui: http://www.datafilehost.com/d/4099211a A quem puder me ajudar, obrigada! Abraço, Heloise

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EMV Gama
by ana paula coelho madeira 18 Jun '14

18 Jun '14

Bom dia! Estou verificando o ajuste da distribuição gama a um conjunto de dados. Tenho utilizado o programa Maple para calcular as estimativas dos parâmestros e feito o restante da análise no R. Gostaria de saber como faço calculo os estimadores de máxima verossimilhança da distribuição gama no R. Desde já agradeço. Att., Ana Paula

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outputs de tabelas
by Daniela Recchia 17 Jun '14

17 Jun '14

Olá pessoal, pesquisei algumas funções para obter tabelas "mais bonitas" (como uma do excel, com linhas e tudo mais) porém só encontrei exemplos - vários - para casos de tabelas mais complexas. Tentei o paxote xtables e também o Hmisc mas não obtenho ainda o output que quero, poderia ser em pdf, html ou o que fosse - mas não dá certo pois tenho apenas uma tabela de frequencias e não um modelo. Por exemplo quero ter um output bonito para essa tabela: > table(groups_fit,groups_mbi) groups_mbi groups_fit [ 9.0,19.0) [19.0,26.4) [26.4,31.9) [31.9,38.0) [25.1,35.0) 31 15 1 0 [35.0,46.0) 50 51 28 4 [46.0,55.5) 11 34 35 33 [55.5,68.0) 2 6 27 39 [68.0,96.1] 0 0 2 9 groups_mbi groups_fit [38.0,53.0] [25.1,35.0) 0 [35.0,46.0) 0 [46.0,55.5) 11 [55.5,68.0) 28 [68.0,96.1] 50 tentei com o latex(tabular) mas ainda nao da certo, continua no mesmo formato. Alguém teria uma sugestão? Obrigada! Daniela -- Daniela Rodrigues Recchia M.Sc. in Statistics Tel. (Mobil): +49 01578 7588382 Germany “The standard of success in life is absolutely the amount of joy you feel” Esther & Jerry Hick

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análise de reísduo
by Hélio Gallo Rocha 16 Jun '14

16 Jun '14

Boa noite listeiros. Uma dúvida de estatística básica. A questão é que ao analisar o CV dos resíduos entre dois modelos de estimativa de safra e o observado, o CV do modelo que melhor ajustou ficou muito, mas muito alto. Acredito que seja pelo fato de estar analisando resíduos, com valores negativos e positivos, com grande amplitude. Sendo que o modelo que melhor ajustou apresentou média baixa, tornando o CV alto. Pensando nisso, subtrai o menor valor de cada variável aos resíduos, tornando todos os valores positivos. Feito isto, o desvio padrão ficou igual, mas a média aumentou, diminuindo o CV, ficando no mesmo patamar dos estimadores. Este procedimento está correto? Se sim, quem poderia me indicar material que "validasse" este procedimento? Agradeço desde já as opiniões. -- Hélio Gallo Rocha IFSULDEMINAS - Câmpus Muzambinho

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Alterar o tipo das variáveis de um data.frame
by Aline Lipsky 16 Jun '14

16 Jun '14

Bom dia prezados colegas, Eu tenho um data.frame com a seguinte estrutura: $ Bonito : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... $ Burriquete : chr "0" "0" "0" "0" ... $ Cabrinha : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... $ Cação : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... $ Cação.anjo : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... $ Camarão : Factor w/ 437 levels "0","1","10","100",..: 196 1 320 256 16 126 41 204 310 115 ... $ Camarão.barba.ruça: int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... $ Camarão.rosa : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... $ Camarão.santana : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... Preciso que todas as variáveis sejam do tipo numérico. Como posso fazer essa alteração? Grata pela atenção, Aline

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Preenchimento e substituição de dados
by Leonardo Monteiro 16 Jun '14

16 Jun '14

Ola, pessoal, tenho um vetor de uma variavel 'x', que varia durante o ano, ou seja, tenho essa variavel de acordo com o numero do dia do ano (1,2,3,..., 366), num total de com 9862 linhas as quais estao presentes valores NA tb.. Aí, eu tenho um vetor com os valores médios dessa variavel por dia do ano ... entao esse vetor tem 366 linhas. Como eu poderia substituir os valores NA, considerando o valor medio de 'x', por dia do ano?? Obrigado, -- Leonardo Amaral Monteiro - Agronomist MSc in Agrometeorology PhD Student in Engineering Agricultural Systems Sao Paulo University - College of Agriculture "Luiz de Queiroz" - Brazil Landscape System Analysis - ZALF Institute, Müncheberg - Germany

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Base de Dados do JSON para o R
by Lincoln Thiago Neves 16 Jun '14

16 Jun '14

Prezados, Gostaria de uma ajuda na manipulação de um arquivo JSON dentro do R. O arquivo tem as variáveis *_id*, *last_seen*, *section_views*, *urls *e *urls_seen *e segue a seguinte estrutura: { "_id" : "2minformatica(a)uol.com.br", "last_seen" : "2014-06-04T23:12:44.426Z", "section_views" : { "blogs．lancenet．com．br/palestra" : 1, "www．lancenet．com．br" : 3, "www．lancenet．com．br/flamengo" : 1, "www．lancenet．com．br/futebol" : 1, "www．lancenet．com．br/minuto" : 1, "www．lancenet．com．br/palmeiras" : 5 }, "urls" : [ "www.lancenet.com.br/minuto/Palmeiras-Alberto_Valentim_0_1148885234.html", " blogs.lancenet.com.br/palestra/2014/06/01/diogo-fica-mais-forte-no-ataque-do-palmeiras ", "www.lancenet.com.br/palmeiras", " www.lancenet.com.br/palmeiras/Uruguaios-citam-saida-Eguren-empresario_0_115… ", " www.lancenet.com.br/futebol/Contrato-Neilton-despede-Santos-Aprendi_0_11476… ", " www.lancenet.com.br/flamengo/Andre-Santos-retorna-Fenerbahce-proposta_0_115… ", " www.lancenet.com.br/palmeiras/Pratto-aguarda-Palmeiras-melhor-aceita_0_1150… " ], "urls_seen" : [ "www.lancenet.com.br/minuto/Palmeiras-Alberto_Valentim_0_1148885234.html", " blogs.lancenet.com.br/palestra/2014/06/01/diogo-fica-mais-forte-no-ataque-do-palmeiras ", "www.lancenet.com.br", "www.lancenet.com.br/palmeiras", " www.lancenet.com.br/palmeiras/Uruguaios-citam-saida-Eguren-empresario_0_115… ", " www.lancenet.com.br/futebol/Contrato-Neilton-despede-Santos-Aprendi_0_11476… ", " www.lancenet.com.br/flamengo/Andre-Santos-retorna-Fenerbahce-proposta_0_115… ", " www.lancenet.com.br/palmeiras/Pratto-aguarda-Palmeiras-melhor-aceita_0_1150… " ] } Eu preciso colocar este dados em uma 'tabela' da seguinte maneira: *_id* *last_seen* *section_views* *2minformatica(a)uol.com.br <2minformatica(a)uol.com.br>* 2014-06-04T23:12:44.426Z "blogs．lancenet．com．br/palestra" : 1, *2minformatica(a)uol.com.br <2minformatica(a)uol.com.br>* 2014-06-04T23:12:44.426Z "www．lancenet．com．br" : 3, *2minformatica(a)uol.com.br <2minformatica(a)uol.com.br>* 2014-06-04T23:12:44.426Z "www．lancenet．com．br/flamengo" : 1, *2minformatica(a)uol.com.br <2minformatica(a)uol.com.br>* 2014-06-04T23:12:44.426Z "www．lancenet．com．br/futebol" : 1, *2minformatica(a)uol.com.br <2minformatica(a)uol.com.br>* 2014-06-04T23:12:44.426Z "www．lancenet．com．br/minuto" : 1, *2minformatica(a)uol.com.br <2minformatica(a)uol.com.br>* 2014-06-04T23:12:44.426Z "www．lancenet．com．br/palmeiras" : 5 A princípio pretendo utilizar apenas as variáveis *_id*, *last_seen *e *section_view*. Desde já agradeço por qualquer ajuda. Abraços. -- Atenciosamente, Lincoln T Neves +55 21 96426-2949 lincolnthiago.neves(a)gmail.com www.lincolntneves.weebly.com

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Encoding usando read.csv.sql()
by Leonardo Aguirre 16 Jun '14

16 Jun '14

Pessoal, Alguém sabe como definir o encoding do arquivo usando a função read.csv.sql? Tenho um banco em CSV com 19Gb e preciso ler já aplicando alguns filtros, e pensei em fazer isso usando a função read.csv.sql, do pacote sqldf. Entretanto, preciso definir o encoding="latin1" ao ler essa base. Obrigado, Leonardo.

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Box-Cox para objetos da classe geotada
by Helder Gramacho 14 Jun '14

14 Jun '14

Boa tarde pessoal, Observando a ajuda da Transformação Box-Cox por meio do help(boxcox), vi que o objeto precisa ser da classe fórmula como no exemplo abaixo: boxcox(Volume ~ log(Height) + log(Girth), data = trees, lambda = seq(-0.25, 0.25, length = 10)) Entretanto, no tutorial disponível na página: http://leg.ufpr.br/geoR/tutorials/ctc.R vi que para objetos da classe geodata é possível realizar o teste Box-Cox, se é que não me enganei: ### <code r> ctc <- read.table("http://www.leg.ufpr.br/geoR/tutorials/datasets/ctc.dat", head=T) require(geoR) ctc <- as.geodata(ctc) require(MASS) boxcox(ctc) ### </code> É isso mesmo? Gostaria de entender como funciona o teste nos dois casos (fórmula e geodata). Desde já agradeço, *Hélder Gramacho * Recife-PE / *agrohelder(a)gmail.com <agrohelder(a)hotmail.com>*

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Plotar categorias em clusplot
by Rodrigo Muniz 12 Jun '14

12 Jun '14

Caros membros da lista, gostaria de solicitar a ajuda de vocês mais uma vez, para plotar categorias em gráficos de cluster. Segue um exemplo. No exemplo abaixo temos um data frame com com as variáveis x,y e z, e tais variáveis estão dentro de categorias elencadas de A-F. A partir da função "kmeans" as variáveis foram agrupadas em 5 grupos, e plotados utilizando a função "clusplot". Eu gostaria de plotar no mesmo gráfico algum identificador das categorias, como cores, ou mesmo símbolos. Desculpem pelo exemplo simplista. Desde já agradeço. ex=data.frame(cat=rep(c("A", "B","C","D","E","F"), c(10, 20, 5, 15, 20,30)) , x=rnorm(100), y=rnorm(100), z=rnorm(100)) clus=scale(ex[,2:3]) fit=kmeans(clus, 5) clusplot(clus, fit$cluster, color=T, shade=T, label=2, lines=0) Att... -- *Rodrigo A. Muniz* Eng. Agrônomo. Ms Produção Vegetal (UENF) Doutorando em Engenharia de Sistemas Agrícolas (ESALQ/USP) E-mail - muniz.ra(a)usp.br Cel (19) 98300-4333 (Pessoal)

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Análise Fatorial Exploratória de experimento em fatorial com parcela subdividida no tempo
by Alisson Lucrecio 12 Jun '14

12 Jun '14

Caro Colegas da r-br, Boa tarde. Eu posso fazer uma análise fatorial de dados de fertilidade de 2 amostragem (no mesmo local) de 3 solos que foram cultivado com cafeeiro com 4 doses lodo de esgoto com 3 blocos? Delineamento fatorial com parcela subdividida no tempo. 2 amostragem em data diferentes x 3 solos x 4 dose de lodo de esgoto com 3 blocos. Obrigado. -- Alisson Lucrecio da Costa

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Plotar Mapa
by Edson Lira 11 Jun '14

11 Jun '14

Estou tentando usar a rotina abaixo para plotar o mapa library(maptools) setwd(choose.dir());getwd() ### defina o diretório de trabalho mapmanac <- readShapePoly("13MIE250GC_SIR.shp") mapmanac@data Está me dando o erro: Shapefile type: PolygonM (25), # of Shapes: 13 Erro em read.shape(filen = fn, verbose = verbose, repair = repair) : Shapefile type not (yet) handled by this function Abaixo o link com o arquivo zipado. http://www.datafilehost.com/d/d5c3e0f2 [ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Teste de Hipótese de Coeficientes de uma regressão
by Adriano Borges Costa 11 Jun '14

11 Jun '14

Boa Tarde, Sou iniciante no uso do R e estou com uma dívida bastante simples. Estou fazendo a análise de uma política pública e quero medir a relação entre o grau de execução da política e características das gestões municipais. Para tanto, estou usando como variáveis de controle informações socioeconômicas das cidades (população, renda, IDH, etc). Para tanto, estou rodando uma regressão linerar simples mais ou menos desta forma: Modelo<-lm(ExecuçãodoPrograma~VariáveisdeGestãoPública+Controles) O Modelo deu certo e estou conseguindo fazer a análise dos parâmetros. No entanto, preciso fazer um teste de hipótese para verificar se alguns parâmetros são iguais a zero e se uns são iguais aos outros. Como faço este teste no R? Eu devo usar as funções test.t() e var.test()? Obrigado -- Adriano Borges Costa

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Sugestões sobre a melhor abordagens estatística
by Alisson Lucrecio 11 Jun '14

11 Jun '14

Caro Colegas, Boa tarde. Estou fazendo uma análise para um colega, mas estou com duvida sobre a melhor abordagem usar. Ele me enviou uma planilha com dados de matéria seca, numero nódulos (rizóbio), matéria seca dos nódulos, numero de vargens por planta, rendimendo de grão de feijão em 10 regioẽs diferente submetido a 8 tratamento diferente como com e sem nitrogênio e inoculado com 6 estirpes de rizóbio diferentes. O objetivo dele é comparar a eficiência das estirpes de rizóbio em relação a com e sem nitrogênio e selecionar a melhor estiper de rizóbio nos diferente locais. Algum colega poderia me ajudar com sugestões sobre a melhor abordagem estatística? Obrigado -- Alisson Lucrecio da Costa

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Plotar categorias em clusplot
by Rodrigo Muniz 11 Jun '14

11 Jun '14

Caros membros da lista, gostaria de solicitar a ajuda de vocês mais uma vez, para plotar categorias em gráficos de cluster. Segue um exemplo. No exemplo abaixo temos um data frame com com as variáveis x,y e z, e tais variáveis estão dentro de categorias elencadas de A-F. A partir da função "kmeans" as variáveis foram agrupadas em 5 grupos, e plotados utilizando a função "clusplot". Eu gostaria de plotar no mesmo gráfico algum identificador das categorias, como cores, ou mesmo símbolos. Desculpem pelo exemplo simplista. Desde já agradeço. ex=data.frame(cat=rep(c("A", "B","C","D","E","F"), c(10, 20, 5, 15, 20,30)) , x=rnorm(100), y=rnorm(100), z=rnorm(100)) clus=scale(ex[,2:3]) fit=kmeans(clus, 5) clusplot(clus, fit$cluster, color=T, shade=T, label=2, lines=0) Att... -- *Rodrigo A. Muniz* Eng. Agrônomo. Ms Produção Vegetal (UENF) Doutorando em Engenharia de Sistemas Agrícolas (ESALQ/USP) E-mail - muniz.ra(a)usp.br Cel (19) 98300-4333 (Pessoal)

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Evolução de elementos em grupos
by Roney Fraga Souza 11 Jun '14

11 Jun '14

Caros, Estou tentando resolver um problema que nem sei por onde começar. Tenho dois data.frame() > data1 name grupo 1 Banker, 1986, V32, P1613 1 2 Banker, 1986, V32, P30 1 3 Macmillan, 1986, V60, P41 1 4 Charnes, 1985, V30, P91 1 5 Sherman, 1985, V9, P297 3 6 Nunamaker, 1985, V6, P50 2 7 Sherman, 1984, V4, P35 3 8 Banker, 1984, V17, P35 1 9 Banker, 1984, V30, P1078 1 10 Nunamaker, 1983, V18, P183 2 11 Parks, 1983, V12, P337 2 12 Charnes, 1981, V27, P668 3 13 Bessent, 1980, V16, P57 2 14 Charnes, 1978, V2, P429 1 > data2 name grupo 1 Sengupta, 1987, V18, P2279 2 2 Sengupta, 1987, V8, P93 2 3 Thanassoulis, 1987, V38, P397 1 4 Sengupta, 1987, V14, P117 2 5 Banker, 1986, V32, P1613 1 6 Banker, 1986, V32, P30 1 7 Macmillan, 1986, V60, P41 1 8 Charnes, 1985, V30, P91 1 9 Sherman, 1985, V9, P297 3 10 Nunamaker, 1985, V6, P50 2 11 Sherman, 1984, V4, P35 3 12 Banker, 1984, V17, P35 1 13 Banker, 1984, V30, P1078 1 14 Nunamaker, 1983, V18, P183 2 15 Parks, 1983, V12, P337 3 16 Charnes, 1981, V27, P668 3 17 Bessent, 1980, V16, P57 2 18 Charnes, 1978, V2, P429 1 e desejo comparar quantos elementos de cada grupo de data2 fazem parte de cada grupo de data1. Tentando ser mais claro: #quantos elementos de subset(data2, grupo==1) # fazem parte de subset(data1, grupo==1) subset(data1, grupo==2) subset(data1, grupo==3) #depois o raciocínio se repete para o grupo 2 de data2 #quantos elementos de subset(data2, grupo==2) # fazem parte de subset(data1, grupo==1) subset(data1, grupo==2) subset(data1, grupo==3) Por fim, desejo acompanhar quanto o grupo 1 do objeto data1 contribuiu para constituir o grupo 1 do objeto data2, e assim por diante. Para baixar esses dados, segue link: http://www.datafilehost.com/d/4428e6f8 Atenciosamente Roney

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Encoding e função postForm
by Paulo Nogueira Starzynski 09 Jun '14

09 Jun '14

Senhores, acho que a questão é simples mas eu me confundo com encodings no R. No exemplo abaixo estou utilizando a função postForm para informar um número de rastreador no site dos correios. Em seguida, utilizo o pacote XML para limpar o código fonte e ficar com o que me interessa, que são os dados da carta em trânsito, desde Foz do Iguacu até minha casa. Está funcionando, mas eu gostaria que os acentos estivessem corretos. O resultado que obtenho no R é esse: [1] "\r04/06/2014 \r17:06 FOZ DO IGUACUÂ /Â PR\r\r\r\r\rObjeto postado \r \r" Marquei o enconding como "ISO-8859-1" porque é o que aparece no começo do código fonte da página: <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=ISO-8859-1"> Como posso melhorar? Segue o código: require(RCurl) require(XML) add<-"http://www2.correios.com.br/sistemas/rastreamento/resultado.cfm" src<-postForm(add, .params = c(objetos="JG310431462BR", btnPesq="Buscar", .enconding="ISO-8859-1")) tree<-htmlTreeParse(src, useInternalNodes=T) xpathSApply(tree, '//table', xmlValue) Grato, Paulo Nogueira Starzynski

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Dúvidas read.geodata
by Alex 09 Jun '14

09 Jun '14

Bom dia aos colegas da lista! Após usar a função "read.geodata", percebi que no resultado da leitura não são exibidas todas as casas decimais presentes no arquivo de origem. Na verdade o mesmo é arrendondado. Pergunta: Este seria um erro da função ou apenas uma forma de exibição truncada/arredondada? O trecho do código, a exibição parcial dos resultados e os dados presentes no arquivo de origem estão abaixo. *# Entrada de dados* (dadosP<- read.geodata("arquivo.csv", head=T, coords=4:5, data.col=9, sep="\t", dec=",")) *Resultado:* $coords E N [1,] 693067.3 6997731 [2,] 693568.8 7000175 [3,] 695651.3 6999927 [4,] 701238.3 7001212 [5,] 703768.7 7000372 [6,] 712850.4 6997434 [7,] 712848.8 7001789 [8,] 715729.2 6999106 [9,] 722978.1 6999740 [10,] 725936.6 6999752 [11,] 729037.8 7001935 [12,] 737063.3 7001920 ................ *Nota:* observem que a coordenada E apresenta 1 (uma) casa decimal, enquanto a coordenada N nenhuma. As coordenadas do arquivo de origem estão abaixo. *Dados aquivo de origem.* E N 693067,3 6997730,91 693568,8 7000174,95 695651,27 6999927,37 701238,26 7001211,82 703768,71 7000371,5 712850,37 6997434,3 712848,78 7001788,7 715729,22 6999105,77 722978,07 6999739,94 725936,55 6999752,02 729037,81 7001934,93 737063,33 7001920,08 Desde já agradeço a todos, Abraços, Alex Santos

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[OFF-Topic] Lista de discussão R de Portugal - R-pt.
by walmes . 06 Jun '14

06 Jun '14

Senhores, Venho divulgar que os usuários de Portugal, talvez seguindo nosso exemplo, criaram uma lista de discussão para eles. A lista está no google groups, é fechada para não membros e teve a primeira mensagem hoje (começou a algumas horas). A administradora, Marta Rufino, me procurou e eu sugeri que ela redirecionasse mensagens para o Nabble tal como a nossa lista faz. Com isso a lista se torna pública para consulta ao histórico. Para assinar a lista portuguesa entre em https://groups.google.com/forum/#!forum/r-pt Para assinar a lista espanhola https://groups.google.com/forum/#!forum/r-es-socios Se ela acatar a sugestão de redirecionar para o Nabble e enviar o link eu divulgo junto na página R-br no LEG e na home do Nabble. Participar da lista deles (e eles da nossa) é uma forma muito positiva de estreitar relações científicas/acadêmicas além de promover/difundir o R. Participem. Grato. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 skype: walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================

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reamostragem automatizada
by Samuel Carvalho 06 Jun '14

06 Jun '14

Boa tarde caros colegas da r-br, Gostaria da opinião dos senhores em um processo de automatização de geração de amostras (reamostragem) que iniciei. A ideia é gerar n amostras de tamanhos diferentes e verificar se as médias são estatísticamente iguais. Para fins de exemplificação, é como se eu fosse no campo e medisse inicialmente altura de 5 árvores, voltasse nessa área e medisse 3, posteriormente 2 e assim por diante para testar minha suficiência amostral. ## Segue um breve RCMR #### Reamostragem #### h <- c(18.79, 12.34, 14.11, 15.24, 13.82, 14.54, 13.77, 13.99, 10.00, 16.80, 10.49, 20.00, 14.19, 14.09, 14.65, 12.22, 16.21, 13.90, 16.29, 15.39); parc <- rep(1:4, each=5); arv <- rep(1:5, 4); dados <- data.frame(parc, arv, h); dados[1:6,] rm(arv, parc, h); dados_sorteio <- dados[unlist( with(dados, tapply(seq(nrow(dados)), parc, sample, size=3) ) ),] dados_sorteio # neste passo eu gero um novo dataframe reduzindo o tamanho da minha amostra, porém fico restrito a uma única comparação e a ideia é gerar esse procedimento n vezes e comparar as médias e também a estabilização do coeficiente de variação (curva de CV x n). Agradeço pela gentileza e contribuição de todos. Abraços Samuel -- Prof. Samuel P C Carvalho Manejo Florestal e Métodos Quantitativos Faculdade de Engenharia Florestal - UFMT (065)3615-8679 / Ramal 218 www.ufmt.br/fenf

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parâmetro com variavel não definida
by Waldelene Moura 05 Jun '14

05 Jun '14

Olá pessoal, se alguem puder me ajudar nesse problema agradeço. É o seguinte Preciso passar como parâmetro de uma função uma matriz que possui nos seus elementos uma variável p, sendo que essa variável p só vai assumir valores dentro da função chamada, exemplo, A = cbind(c(p+5, 6), c(10, p+8)) calcular_matrizes (A) dentro da função calcular_matrizes tenho que achar valores para essa matriz para varios valores de p A pergunta é, como passar esse parâmetro, no caso a matriz A na função, sem dar erro de que a variável p não foi definida? (object 'p' not found). Waldelene Moura Analista de Sistemas Universidade Federal do Maranhão - PROEN

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variável sem valor
by Waldelene Moura 05 Jun '14

05 Jun '14

Olá pessoal Voces sabem se é possível criar uma variável no R sem dar valor para ela? dizer que apenas é uma variável? Waldelene Moura Analista de Sistemas Universidade Federal do Maranhão - PROEN

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várias linhas em um única coluna
by luc.souza＠usp.br 05 Jun '14

05 Jun '14

Prezados, tenho uma planilha com várias linhas. Gostaria de colocar os dados dessas várias linhas, em uma única coluna, um após o outro. como pode ser feito isso? Obrigado Lucas Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutor em Agrometeorologia - ESALQ/USP tel: (19) 98160-7068

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Ajuda 3 loop for
by Wagner Bonat 04 Jun '14

04 Jun '14

Caros, Preciso de uma ajuda com a funcao abaixo. O que quero fazer e exatamente o que a minha funcao faz, porem sem usar esses for, pq e muito lento e eu preciso avaliar isso para matrized W realmente grande talvez 20000 x 20000, eu fiz algumas tentativas usando expand.grid e apply, mas tive problemas com alocacao de memoria ... Tenho certeza q deve ter uma forma de fazer isso rapido .... Alguma idea ?? Obrigado A = c(1,2,3) W = matrix(rnorm(9),3,3) res = c(1,2,3) cov.prod <- function(A, W, mu3){ soma = 0 n <- dim(W)[1] for(i in 1:n){ for(j in 1:n){ for(k in 1:n){ temp <- A[i]*W[j,k]*r[i]*r[j]*r[k] soma <- soma+temp } } } return(soma) } -- Wagner Hugo Bonat LEG - Laboratório de Estatística e Geoinformação UFPR - Universidade Federal do Paraná

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Re: [R-br] várias linhas em um única coluna
by Robert Iquiapaza 04 Jun '14

04 Jun '14

melt_check <- function (data, id.vars, measure.vars) { varnames <- names(data) if (!missing(id.vars) && is.numeric(id.vars)) id.vars <- varnames[id.vars] if (!missing(measure.vars) && is.numeric(measure.vars)) measure.vars <- varnames[measure.vars] if (!missing(id.vars)) { unknown <- setdiff(id.vars, varnames) if (length(unknown) > 0) { stop("id variables not found in data: ", paste(unknown, collapse = ", "), call. = FALSE) } } if (!missing(measure.vars)) { unknown <- setdiff(measure.vars, varnames) if (length(unknown) > 0) { stop("measure variables not found in data: ", paste(unknown, collapse = ", "), call. = FALSE) } } if (missing(id.vars) && missing(measure.vars)) { categorical <- sapply(data, function(x) class(x)[1]) %in% c("factor", "ordered", "character") id.vars <- varnames[categorical] measure.vars <- varnames[!categorical] message("Using ", paste(id.vars, collapse = ", "), " as id variables") } if (missing(id.vars)) id.vars <- varnames[!(varnames %in% c(measure.vars))] if (missing(measure.vars)) measure.vars <- varnames[!(varnames %in% c(id.vars))] list(id = id.vars, measure = measure.vars) } From: luc.souza(a)usp.br Sent: Wednesday, June 04, 2014 5:09 PM To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] várias linhas em um única coluna Obrigado. Mas está faltando a função melt_check abs Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutor em Agrometeorologia - ESALQ/USP tel: (19) 98160-7068 -------------------------------------------------------------------------------- De: "Robert Iquiapaza" <rbali(a)ufmg.br> Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quarta-feira, 4 de Junho de 2014 17:00:03 Assunto: Re: [R-br] várias linhas em um única coluna A função melt para data frames: x=data.frame(rbind(runif(5), rbind(runif(5)))) t(x) meltdf <- function (data, id.vars, measure.vars, variable_name = "variable", na.rm = !preserve.na, preserve.na = TRUE) { if (!missing(preserve.na)) message("Use of preserve.na is now deprecated, please use na.rm instead") var <- melt_check(data, id.vars, measure.vars) if (length(var$measure) == 0) { return(data[, var$id, drop = FALSE]) } ids <- data[, var$id, drop = FALSE] df <- do.call("rbind", lapply(var$measure, function(x) { data.frame(ids, x, data[, x]) })) names(df) <- c(names(ids), variable_name, "value") df[[variable_name]] <- factor(df[[variable_name]], unique(df[[variable_name]])) if (na.rm) { df <- df[!is.na(df$value), , drop = FALSE] } rownames(df) <- NULL df } meltdf(x) Sds From: luc.souza(a)usp.br Sent: Wednesday, June 04, 2014 3:56 PM To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] várias linhas em um única coluna Obrigado. Mas como não tenho o pacote instalado, tenho um problema. Sou func. público e o proxy não deixa eu baixar o pacote. Estou procurando uma solução para isso, através do R, mas não estou conseguindo. Conhece algo a respeito de liberação do proxy no R? Obrigado Lucas Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutor em Agrometeorologia - ESALQ/USP tel: (19) 98160-7068 ------------------------------------------------------------------------------ De: "Rodrigo Muniz" <uenf.rodrigo(a)gmail.com> Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quarta-feira, 4 de Junho de 2014 15:49:27 Assunto: Re: [R-br] várias linhas em um única coluna Exatamente Lucas a função melt é do pacote Reshape. Att.. 2014-06-04 15:27 GMT-03:00 <luc.souza(a)usp.br>: Rodrigo, obrigado. Essa função melt é do pacote reshape? Lucas Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutor em Agrometeorologia - ESALQ/USP tel: (19) 98160-7068 -------------------------------------------------------------------------- De: "Rodrigo Muniz" <uenf.rodrigo(a)gmail.com> Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quarta-feira, 4 de Junho de 2014 15:08:27 Assunto: Re: [R-br] várias linhas em um única coluna Considere o seguinte exemplo e veja se da certo para os seus dados. x=data.frame(rbind(runif(5), rbind(runif(5)))) t(x) melt(x) Att.. 2014-06-04 14:27 GMT-03:00 <luc.souza(a)usp.br>: Prezados, tenho uma planilha com várias linhas. Gostaria de colocar os dados dessas várias linhas, em uma única coluna, um após o outro. como pode ser feito isso? Obrigado Lucas Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutor em Agrometeorologia - ESALQ/USP tel: (19) 98160-7068 -------------------------------------------------------------------------------- _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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Re: [R-br] várias linhas em um única coluna
by Robert Iquiapaza 04 Jun '14

04 Jun '14

A função melt para data frames: x=data.frame(rbind(runif(5), rbind(runif(5)))) t(x) meltdf <- function (data, id.vars, measure.vars, variable_name = "variable", na.rm = !preserve.na, preserve.na = TRUE) { if (!missing(preserve.na)) message("Use of preserve.na is now deprecated, please use na.rm instead") var <- melt_check(data, id.vars, measure.vars) if (length(var$measure) == 0) { return(data[, var$id, drop = FALSE]) } ids <- data[, var$id, drop = FALSE] df <- do.call("rbind", lapply(var$measure, function(x) { data.frame(ids, x, data[, x]) })) names(df) <- c(names(ids), variable_name, "value") df[[variable_name]] <- factor(df[[variable_name]], unique(df[[variable_name]])) if (na.rm) { df <- df[!is.na(df$value), , drop = FALSE] } rownames(df) <- NULL df } meltdf(x) Sds From: luc.souza(a)usp.br Sent: Wednesday, June 04, 2014 3:56 PM To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] várias linhas em um única coluna Obrigado. Mas como não tenho o pacote instalado, tenho um problema. Sou func. público e o proxy não deixa eu baixar o pacote. Estou procurando uma solução para isso, através do R, mas não estou conseguindo. Conhece algo a respeito de liberação do proxy no R? Obrigado Lucas Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutor em Agrometeorologia - ESALQ/USP tel: (19) 98160-7068 -------------------------------------------------------------------------------- De: "Rodrigo Muniz" <uenf.rodrigo(a)gmail.com> Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quarta-feira, 4 de Junho de 2014 15:49:27 Assunto: Re: [R-br] várias linhas em um única coluna Exatamente Lucas a função melt é do pacote Reshape. Att.. 2014-06-04 15:27 GMT-03:00 <luc.souza(a)usp.br>: Rodrigo, obrigado. Essa função melt é do pacote reshape? Lucas Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutor em Agrometeorologia - ESALQ/USP tel: (19) 98160-7068 ---------------------------------------------------------------------------- De: "Rodrigo Muniz" <uenf.rodrigo(a)gmail.com> Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quarta-feira, 4 de Junho de 2014 15:08:27 Assunto: Re: [R-br] várias linhas em um única coluna Considere o seguinte exemplo e veja se da certo para os seus dados. x=data.frame(rbind(runif(5), rbind(runif(5)))) t(x) melt(x) Att.. 2014-06-04 14:27 GMT-03:00 <luc.souza(a)usp.br>: Prezados, tenho uma planilha com várias linhas. Gostaria de colocar os dados dessas várias linhas, em uma única coluna, um após o outro. como pode ser feito isso? Obrigado Lucas Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutor em Agrometeorologia - ESALQ/USP tel: (19) 98160-7068 -------------------------------------------------------------------------------- _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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teste exato de Fisher
by Ze Henrique 04 Jun '14

04 Jun '14

Boa tarde, gostaria de saber se consigo aplicar o teste exato de Fisher usando o arquivo de dados abaixo. Já tentei alterar os valores do argumento workspace mas mesmo assim o erro persiste. data <- structure(list(V1 = c(2L, 1L, 0L, 6L, 1L, 4L, 4L, 4L, 4L, 6L, 7L, 1L, 0L, 4L, 1L, 4L, 0L, 1L, 0L, 0L), V2 = c(4L, 4L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L, 5L, 2L, 3L, 2L, 5L, 0L, 2L, 0L ), V3 = c(2L, 0L, 5L, 1L, 5L, 2L, 3L, 3L, 2L, 1L, 0L, 3L, 1L, 4L, 3L, 2L, 1L, 2L, 7L, 2L), V4 = c(2L, 5L, 3L, 1L, 2L, 1L, 0L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 4L, 0L, 3L, 2L, 4L, 7L, 1L, 8L)), .Names = c("V1", "V2", "V3", "V4"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -20L )) fisher.test(data,workspace=1000e+300) Agradeço desde já pela ajuda. -- *José Henrique Soler Guilhen* Graduando em Agronomia Universidade Federal do Espírito Santo - CCAUFES

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converter várias linhas em uma coluna
by luc.souza＠usp.br 04 Jun '14

04 Jun '14

Para reforçar minha dúvida: tenho a planilha com várias linhas linha 1- 1 2 3 4 5 6 7 linha 2- 0 5 6 4 3 3 2 linha 3- 8 6 4 0 3 2 1 gostaria de transformar para: coluna 1 coluna 2 1 0 2 5 3 6 4 4 5 3 6 3 7 2 1 8 2 6 3 4 4 0 5 3 6 2 7 1 Espero ter ajudado a melhorar a pergunta. Obrigado Lucas Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutor em Agrometeorologia - ESALQ/USP tel: (19) 98160-7068

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estimador robusto do semivariograma- conceitual
by Hélio Gallo Rocha 04 Jun '14

04 Jun '14

Caros da lista, Uma dúvida conceitual Comparando os estimadores de semivariancia de Materon e de Cressie, observei que de há um acréscimo dos valores da semivariancia quando estimado por Cressie, principalmente nas semivariancias do patamar. Haveria alguma influência prática na interpolação? Grato, -- Hélio Gallo Rocha IFSULDEMINAS - Câmpus Muzambinho

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Fuzzy Clustering
by Victor Eduardo 04 Jun '14

04 Jun '14

Galera, alguém tem algum material bom sobre Fuzzy Clustering no R? Estou tentando aplicar esse método num banco de dados que tenho, mas os resultados não estão me convencendo, acredito que esteja errado. O meu banco de dados tem uma variável quantitiva, 2 qualitativas e outras 4 variáveis que são notas (0 a 10). Preciso aplicar esse método a esse banco de dados, mas estou passando por problemas. Utilizei a função fanny Vi que existe um outro pacote chamado e1071. Alguém sabe como posso construir um gráfico através dos resultados do cmeans?

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decimais
by Luiz Roberto Martins Pinto 03 Jun '14

03 Jun '14

Tenho os valores 2.345 -> preciso capturar somente as casas decimais, isto é, preciso de -> .345 2.567 -> preciso capturar somente as casas decimais, isto é, preciso de -> .567 como faço? Luiz Roberto. Luiz Roberto Martins Pinto Prof. Pleno/DCET/UESC Laboratório de Estatística Computacional Universidade Estadual de Santa Cruz Ilhéus-Bahia luizroberto.uesc(a)gmail.com skype: lrmpinto http://lattes.cnpq.br/2732314327604831

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Problemas com loop.
by Paulo Pimenta 03 Jun '14

03 Jun '14

Prezados, Estou com dificuldades para abrir uma série de arquivos (88 arquivos .dbf) por meio de um loop e armazenar suas informações numa variável (x, por exemplo). A idéia, primeiramente, é abrir um arquivo e armazenar suas informações numa variável e posteriormente fazer o processo até o último arquivo. Este é o bloco do programa em R: ###################################################### library("foreign") for (i in 1:88){ x[i] <- read.dbf("F:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/testes/teste_1/corte_estrada_aneis[i].dbf") } ##################################################### Cheguei a usar o comando gsub, mas não deu certo. Abraços. -- Paulo Henrique Pimenta. Graduando em Meteorologia - IAGUSP.

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Esquema fatorial
by Ze Henrique 02 Jun '14

02 Jun '14

Boa noite. Gostaria de saber se alguém poderia me recomendar alguma literatura (livro ou artigo) e/ou pacote que faz o seguinte exemplo: Suponha que tenho um experimento com 4 doses de nitrogênio, 5 doses de potássio e 5 avaliações no tempo. Gostaria de saber como chegar aos valores da anova para este modelo que não seria nem fatorial triplo nem subsubparcela, eu acho. Desde já agradeço a todos. -- *José Henrique Soler Guilhen* Graduando em Agronomia Universidade Federal do Espírito Santo - CCAUFES

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Re: [R-br] Como ler arquivo .dbf no R
by Paulo Pimenta 01 Jun '14

01 Jun '14

Muito obrigado Sergio, deu certo! --- Original Message --- From: "sergio.edfisica" <sergio.edfisica(a)gmail.com> Sent: June 1, 2014 4:56 PM To: "Paulo Pimenta" <paulopimenta6(a)hotmail.com>, r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Como ler arquivo .dbf no R library("foreign") ?read.dbf Paulo Pimenta <paulopimenta6(a)hotmail.com> escreveu: >Prezadoslisteiros,EstouusandoumsoftwaredegeoprocessamentochamadoQGISqueexportavaloresemarquivos.dbfdoqualdesejofazeramanipulaçãodestesdadosdentrodoR.Infelizmentequandotentofazeraimportaçãodestesdadosusandoocomandoread.table()receboumamensagemdeerro,assimgostariadepediraajudadoslisteirosparapodersolucionaresteproblema!Qualcomando,pacoteoumétodoparalerum.dbfnoR?Abraçosatodos.--PauloHenriquePimenta.GraduandoemMeteorologia-IAGUSP.

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Re: [R-br] Como ler arquivo .dbf no R
by sergio.edfisica 01 Jun '14

01 Jun '14

library("foreign") ?read.dbf Paulo Pimenta <paulopimenta6(a)hotmail.com> escreveu: >Prezadoslisteiros,EstouusandoumsoftwaredegeoprocessamentochamadoQGISqueexportavaloresemarquivos.dbfdoqualdesejofazeramanipulaçãodestesdadosdentrodoR.Infelizmentequandotentofazeraimportaçãodestesdadosusandoocomandoread.table()receboumamensagemdeerro,assimgostariadepediraajudadoslisteirosparapodersolucionaresteproblema!Qualcomando,pacoteoumétodoparalerum.dbfnoR?Abraçosatodos.--PauloHenriquePimenta.GraduandoemMeteorologia-IAGUSP.

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Como ler arquivo .dbf no R
by Paulo Pimenta 01 Jun '14

01 Jun '14

Prezados listeiros, Estou usando um software de geoprocessamento chamado QGIS que exporta valores em arquivos .dbf do qual desejo fazer a manipulação destes dados dentro do R. Infelizmente quando tento fazer a importação destes dados usando o comando read.table() recebo uma mensagem de erro, assim gostaria de pedir a ajuda dos listeiros para poder solucionar este problema! Qual comando, pacote ou método para ler um .dbf no R? Abraços a todos. -- Paulo Henrique Pimenta. Graduando em Meteorologia - IAGUSP.

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[OFF-TOPIC] Shapefile com vaiáveis climáticas
by ASANTOS 01 Jun '14

01 Jun '14

Boa dia Pessoal, Gostaria de saber se alguém sabe onde encontrar shapefiles com os dados das normais climatológicas para temperatura, insolação, precipitação, dentre outras variáveis para o Brasil. Tentei georeferenciar algumas imagens com essas informações adquiridas no site do INMET, mas devida a baixa resolução não tiveram bom resultado e imagino que pessoas que trabalhem com estatística espacial envolvendo variáveis climáticas possam saber onde achar essas informações, Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Função residente
by Luiz Roberto Martins Pinto 31 Mai '14

31 Mai '14

Caros listeiros, Preparei uma função e desejo colocá-la 'residente' (isto é, desejo instalá-la da mesma forma que faço com o 'install.packages'). Peço ajuda. Luiz Roberto Luiz Roberto Martins Pinto Prof. Pleno/DCET/UESC Laboratório de Estatística Computacional Universidade Estadual de Santa Cruz Ilhéus-Bahia luizroberto.uesc(a)gmail.com skype: lrmpinto http://lattes.cnpq.br/2732314327604831

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Fwd: Representação de gráfico tipo torta em um shapefile
by ASANTOS 30 Mai '14

30 Mai '14

Boa tarde Walmes, Estou tentando postar minha dúvida abaixo e aparece um erro no servidor, saberia me dizer o porque? Obrigado, Alexandre -------- Mensagem original -------- Assunto: Representação de gráfico tipo torta em um shapefile Data: Sat, 24 May 2014 11:24:58 -0400 De: ASANTOS <alexandresantosbr(a)yahoo.com.br> Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Bom dia Pessoal, Estou querendo inserir um gráfico do tipo torta em um shapefile de bacias hidrográficas da América do Sul (bacias), fazendo a inserção de um gráfico torta para cada bacia , onde localizam-se meus pontos de interesse (pontos$LEVEL2), porém os valores do gráfico gostaria que fosse a frequência de pontos$CT em cada pontos$LEVEL2, mas estou tento dificuldades e vou explicar passo a passo: # Start ------------------------------------------------------------------------------------------------------ #Pacotes require (maptools) require(shapefiles) require(rgdal) require(mapplots) require(RColorBrewer) # #Shapefile e dados links <- c( "https://www.dropbox.com/s/enrdm739ts4eba0/sa_bas_ll_r500m.shp", "https://www.dropbox.com/s/fnnumaix0v88jo1/sa_bas_ll_r500m.shx", "https://www.dropbox.com/s/o152vc0n15w54em/sa_bas_ll_r500m.dbf", "https://www.dropbox.com/s/2l24sso20645511/indv_atributos.csv") tokens <- gsub("^.*/s/","",dirname(links)) fileNames <- basename(links) newLinks <- file.path("http://dl.dropbox.com/s", tokens, fileNames); newLinks for (a in newLinks) { tryCatch(download.file(a, dest=basename(a), mode='wb'), error=function(...) print("Falha no download!"))} # #Abrindo o shapefile # CRS.new <- CRS("+proj=longlat +datum=WGS84") bacias <- readOGR(".", "sa_bas_ll_r500m") proj4string(bacias) <- CRS.new plot(bacias) # # #Coordenadas dos pontos + atributos pontos<-read.csv("indv_atributos.csv", sep=";",h=T) coordinates(pontos) <- c("x_long_dec","y_lat_dec") proj4string(pontos) <- CRS.new # # Selecionos os pontos que estão dentro de cada bacia hidrográfica inside.sa <- !is.na(over(pontos, as(bacias, "SpatialPolygons")))## inside.sa # # Pontos pertencentes a cada bacia nível 2, tenho varios niveis de classificação e escolhi o LEVEL2 bacias@bbox pontos@bbox pontos$LEVEL2 <- over(pontos, bacias)$LEVEL2 ## Adiciono o gráfico torta para cada pontos$LEVEL2 a frequencia de pontos$CT add.pie(z=pontos$CT, x=pontos$x_long_dec, y=pontos$y_lat_dec, radius=1, col=c(alpha("orange", 0.6), alpha("blue", 0.6), alpha("black", 0.6), alpha("red", 0.6), alpha("grey", 0.6)), labels=" ") #END---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Mas não obtive sucesso, alguém poderia me dar um help? Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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correlação robusta em dados longitudinais
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 30 Mai '14

30 Mai '14

Amigos de R, Estou conduzindo uma análise de dados longitudinais com a função nlme::lme. POr enquanto o melhor modelo que tenho é expresso como: f7 <- lme(Velocidade ~ lado + as.factor(dia) ,data=l,random = ~1|Id/Arteria,correlation=corAR1(.8,form=~dia)) Nessa função eu gostaria que a correlçao fosse considerada para os diferentes grupos dado para a variável lado, porque que graficamente me parece ser diferente. Mas eu não consegui colocar esse argumento dentro de corAR1. Mas esse nem é o problema que me preocupa mais. A leitura fonte que tenho indica que sempre que possivel, deve-se utilizar uma correlaçao robusta, pois assim provavelmente evita-se o erro de assumir uma estrutura incorreta da correlação, apesar de eu ter experimentado várias. Mas eu não achei no pacote nlme qualquer função/argumento que me levasse acreditar que uma correlçao robusta esteja disponível. Alguem saberia saber no lugar de corAR1 é possivel utilizar alguma coisa que funcionasse como uma correlação robusta? Abraço, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil http://blog.ipec.fiocruz.br/lapclin-chagas/ Curriculum Lattes: http://lattes.cnpq.br/6597654894290806 ResearchGate.net: https://www.researchgate.net/profile/Pedro_Brasil2/ Instituto Nacional de Infectologia/Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 e-mail: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br e-mail: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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liberação R proxy
by luc.souza＠usp.br 30 Mai '14

30 Mai '14

Prezados, estou com um problema e na verdade não sei bem como explicá-lo: Sou funcionário da CONAB e para acessar a internet tenho que colocar meu login e senha. Alguns sites preciso de liberação para baixar dados. Por exemplo, para baixar dados de clima do site do inmet. Já consegui liberação e ao acessar o site, consigo baixar os dados normalmente. Quando uso um script do R para baixar os dados automaticamente, fala que não consegue se conectar ao host. Minha dúvida é se tem algum parâmetro do R em que ele leia meu login e senha e consiga identificar o proxy. Não sei se passei minha dúvida corretamente. Obrigado Lucas Lucas F. de Souza Eng. Agrícola - CONAB M.Sc. Produção Vegetal - UENF Doutor em Agrometeorologia - ESALQ/USP tel: (19) 98160-7068

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