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Iniciar no Pyton
by sznelwar＠uol.com.br 27 Jan '21

27 Jan '21

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AIC vs Teste de significância
by Wagner Wolff 27 Jan '21

27 Jan '21

Olá pessoal, Fiz uma análise de escolha de modelos mistos (geoestatísticos) me baseando no valor de AIC. Fui questionado em uma revisão se eu deveria usar a significância dos parâmetros em conjunto com o AIC. Acredito que as duas coisas não batem, ou seja, um modelo com AIC menor (melhor modelo pelo AIC) às vezes tem parâmetros que sejam insignificantes e um modelo com AIC maior pode ter todos os parâmetros significativos (melhor modelo por teste de significância). Então minha pergunta é porque deve usar o AIC ao invés de testes de significância e qual a vantagem? Tem alguma explicação da estatística teórica nisso? Não é minha praia e acabo ficando com muitas dúvidas. Abraços -- *Wagner Wolff, **PhD* "*Luiz de Queiroz**" College of Agriculture,* University of São Paulo Pádua Dias avenue11 | 13418-900| Piracicaba-SP| Brazil Phone: +55 19 982385582 <+55%2019%2098238-5582> http://orcid.org/0000-0003-3426-308X https://github.com/wwolff7 http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4463141A1 ᐧ

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Análise de crescimento de peixe pelo modelo de Gompertz
by Alisson Lucrécio 27 Jan '21

27 Jan '21

Prezado colegas, Bom dia. O modelo de gompertz mais adequado para análise de crescimento de peixe é o disponibilizado pelo pacote *stats* na função *SSgompertz()* : *Asym*exp(-b2*b3^x)* ou é o modelo disponibilizado pelo pacote *FSA* na função *GompertzFuns()*: *Linf * exp(-exp(-gi * (t - ti)))* Os dois modelos apresentam bastante semelhança entre si, eles são iguais? Obrigado -- Alisson Lucrecio da Costa

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Duvidas Análise de Componentes Principais
by Fernando Souza 09 Dez '20

09 Dez '20

Olá pessoal tudo bem Estou realizando uma análise de componentes principais, com o objetivo de selecionar as melhores variáveis para uma análise multivariada. Gostaria de uma orientação sobre a interpretação. Eu interpretei de forma correta? Variáveis que possuem alta correlação com um CP também estão correlacionadas entre si. Isso significa que posso utilizar somente uma das principais variáveis do CP1 (por exemplo) para incluir no modelo multivariado? No caso a variável que apresentar significado para o trabalho. Os círculos de correlação, screem plot e corrplot geradas pelo Pca estão disponíveis no link https://drive.google.com/open?id=1jS5tCX-2-qHo2Gbej00DkFQBpLztwXks A interpretação que fiz foi a seguinte: Considerei as variáveis PC,IC e Prod leite (Azul no gráfico) como variável suplementar quantitativa. Baseado no ScreenPlot selecionei somente 5 CP para avaliação que explicaram 67,80% da variancia total. Pela minha interpretação cheguei as seguintes conclusões Principais variáveis para cada componente: Consumos (CP1): CMS,CMO,CPB,CEE,CCNF,CFDNcp,CFDA,CNDT,CEB,CED,CEM,CEL Energia (CP2) : EB,ED,EM,EL Peso (CP3): PV,PCJ,PCVZ,PCVZ075 Composição do Leite(CP4) : Solido e DCNF Variaveis sanguíneas (CP5): PT e ALBUMINA Segue uma descrição do trabalho para compreensão. Aceito sugestões sobre a melhor forma trabalhar esses dados O banco de dados é oriundo dois estudos realizados pelo mesmo grupo de pesquisa nas mesmas condições experimentais (animais,instalação,dieta,manejo) e avaliaram 48 variáveis. Os fatores experimentais foram: *Raça*: Estudo 1 avaliou 12 animais (6 raça1 e 6 da raça 2). O estudo 2 avaliou 13 animais (6 raça 1 e 7 raça 2) *Plano nutricional:* O estudo 1 avaliou os níveis (0,15,30) o estudo 2 avaliou os níveis (0,5,10,20) *Dias em lactação-DEL* (medidas repetidas no tempo): Estudo 1, dias dispersos entre os períodos de 30 a 120 dias. No estudo 2 os DEL foram avaliados em dias entre 150 a 250 dias. Eu realizei uma análise gráfica e não há indicações de haver diferenças entre estudos, o que era de certo modo esperado. Raça e DEL parecem ser os fatores que afetam as variáveis respostas. -- ========================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção e Alimentação Animal Celular: (31)99796-8781 (Vivo) E-mail:nandodesouza@gmail.com <e-mail%3Anandodesouza(a)gmail.com> Lattes: http://lattes.cnpq.br/6519538815038307 Blog: https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ==========================================

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Re: [R-br] Problema na conversão de datum: SIRGAS2000 para WGS84
by José Lucas Safanelli 07 Dez '20

07 Dez '20

Bia, Acredito que não seja um problema do R ou pacote 'sf'. Digo isso porque fazendo as mesmas operações que você, percebi que não houve nenhuma alteração do CRS. Você pode verificar isso utilizando a função st_crs(). Além disso, você pode exportar teus dados espaciais usando o próprio pacote sf com o comando st_write. library(sf) dadosibge <- st_transform(municipios, 4326) st_crs(municipios) st_crs(dadosibge) df <- inner_join(dadosibge, df, by= c("geocodigo"="cod_municipio")) %>% st_as_sf(coords=c("lon","lat"), crs = 4326) st_crs(df) st_write(df, dsn = getwd(), layer = "teste", driver = 'ESRI Shapefile') teste <- st_read(dsn = getwd(), layer = "teste") st_crs(teste) Gostaria de saber como você verificou essa inconsistência do CRS, foi utilizando um SIG externo? Penso que talvez tenha acontecido isso porque a nomenclatura descreve o termo visualization, então pode ser que teu SIG tenha trocado automático para talvez otimizar a visualização, não!? Acho que não somente o nome, mas seria bom conferir se os parâmetros elipsoidais se alteram com essa pequena mudança. Enfim, precisa investigar melhor. José Lucas Safanelli https://zecojls.netlify.app/

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Problema na conversão de datum: SIRGAS2000 para WGS84
by Bia Rebelatto 03 Dez '20

03 Dez '20

Olá pessoal! Após a produção de shapefiles no R, eles apresentaram o seguinte datum: Geographic Coordinate System: GCS_WGS_84_with_axis_order_normalized_for_visualization Datum: D_WGS_1984 Sendo que o que preciso seria: Geographic Coordinate System: GCS_WGS_1984 Datum: D_WGS_1984 Ou seja, preciso fazer a transformação sem gerar essa extensão de "with_axis_order_normalized_for_visualization", mas não consigo encontrar uma solução. Resumindo o que fiz: 1. Download de dados municipais do IBGE (o datum deles é o SIRGAS2000) 2. Transformação dos dados do IBGE para o datum que preciso (WGS84) com a função 'st_transform': dadosibge <- st_transform(dadosibge, 4326) 3. União destes dados do IBGE com minha planilha de dados, mais a transformação de objeto st em sf: df <- inner_join(dadosibge, df, by="id") %>% st_as_sf(coords=c("lon","lat"), crs=4326) 4. Transformação do data frame em objeto espacial: df <- as(df, "Spatial") 5. Exportação do shapefile: writeOGR(df, dsn = "diretorio", layer = i, driver = 'ESRI Shapefile') Obs.: fiz com múltiplas planilhas, então o código está em um loop. Segue o meu código: ###Pacotes x<-c("geobr","ggplot2","dplyr","RColorBrewer","ggspatial","maps","mapdata","rworldmap","maptools","mapproj","ggmap","sf","raster","spData","spDataLarge", "rgdal") lapply(x, require, character.only=T) ###Carregar dados IBGE ##All municipalities limits of all states spatial <- read_municipality(code_muni = 'all', year = 2019) ##Check CRS - If this fuction return "NA", the CRS is unknown st_is_longlat(spatial) ##Verify the DATUM. In this case, shows SIRGAS 2000 st_crs(spatial) ##Transform SGC SIRGAS 2000 to WGS84 ###WGS84 EPSG code: 4326 spatial <- st_transform(spatial, 4326) st_crs(spatial) class(spatial) ###Carregar diretorio dos meus dados setwd('diretorio') list.files() alldata = list.files() ###Loop para exportar varios shapefiles for (i in alldata) { df = read.csv(i, sep = ";", stringsAsFactors = FALSE) %>% #Unindo meus dados com o df do IBGE df <- inner_join(spatial_f, df, by="id") %>% st_as_sf(coords=c("lon","lat"), crs=4326) #Transformando df em dados espaciais df <- as(df, "Spatial") #Exportando shapefile writeOGR(df, dsn = "C:/Users/Bianca/Desktop/ipam_consult/shapes_test", layer = i, driver = 'ESRI Shapefile') } Agradeço desde já!

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Forçar a geração do número das linhas em as.matrix() combinado com funções do pacote dplyr
by ASANTOS 25 Nov '20

25 Nov '20

Prezados Membros do r-br, Estou tentando criar um objeto X_train através de funções do pacote dplyr e a função as.matrix(), mas eu não consigo criar o número das linhas para esse objeto. Meu CMR é: |library(dplyr) RES_F<-read.csv("https://raw.githubusercontent.com/Leprechault/trash/main/cnn_ds.csv",sep=",",h=T) RES_train<-RES_F%>% group_by(status) %>% sample_n(1280) X_train <- RES_train %>% select(-status) %>% as.matrix(nrow = length(RES_train[,2]), ncol = ncol(RES_train)-1, byrow = TRUE) str(X_train) # chr [1:2560, 1:5] "attack" "attack" "attack" "attack" "attack" "attack" "attack" "attack" "attack" "attack" "attack" ... # - attr(*, "dimnames")=List of 2 # ..$ : NULL # ..$ : chr [1:5] "status" "NDVI" "SIPI" "RGI" ...| Podemos ver que aparece NULL: |# ..$ : NULL # ..$ : chr [1:5] "status" "NDVI" "SIPI" "RGI" ...| , mas eu quero que meu output seja: |# ..$ : chr [1:2560] "1" "2" "3" "4" ... # ..$ : chr [1:5] "status" "NDVI" "SIPI" "RGI" ...| Por favor, alguma sugestão? Obrigado e abraços, Alexandre -- Alexandre dos Santos Geotechnologies and Spatial Statistics applied to Forest Entomology Instituto Federal de Mato Grosso (IFMT) - Campus Caceres Caixa Postal 244 (PO Box) Avenida dos Ramires, s/n - Vila Real Caceres - MT - CEP 78201-380 (ZIP code) Phone: (+55) 65 99686-6970 / (+55) 65 3221-2674 Lattes CV: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 ResearchGate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 Publons: https://publons.com/researcher/3085587/alexandre-dos-santos/ --

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Excluir parte dos caracteres e colocar caracteres em minúsculos
by Bia Rebelatto 18 Nov '20

18 Nov '20

Olá pessoal, Eu gostaria de retirar a UF que vem junto com os municípios dos dados do IBGE, coloca-la em uma nova coluna para os estados, e deixar todos os caracteres em minúsculo. Exemplo: De Nova_Nazare_(MT) para nova_nazare Este é o script que estou utilizando: #Calling the package group ---- library(tidyverse) #Load data ---- setwd('...') alldata = list.files() #Change especial character ---- chg = function(x){ iconv(x, to = "ASCII//TRANSLIT") } #Put NA info ---- ##We will replace all in this loop ##In the and, we will exporting all for (i in alldata) { df = read.csv(i, sep = ";") df[df == "-"] <- c(NA) df[df == "..."] <- c(NA) df$municipalities = chg(df$municipalities) df$municipalities = gsub("'", "", df$municipalities) df$municipalities = gsub(" ", "_", df$municipalities) Desde já agradeço! Bianca

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Conversão de alguns elementos de texto em variáveis de um data frame com o pacote tidyverse
by ASANTOS 12 Nov '20

12 Nov '20

Bom dia Membros, Eu gostaria de realizar a manipulação de um *txt para uso de algumas informações como variáveis em um data frame a ser criado. Em meu exemplo: #Pacote library(tidyverse) # Leitura do arquivo myfile<-read_lines("https://raw.githubusercontent.com/Leprechault/trash/main/result_imgall_f_te…") # Visualização parcial da informação contida no *txt # [1] "Start processing imgall/sample_59178.jpg" # [2] "imgall/sample_59178.jpg: Predicted in 7337.640000 milli-seconds." # [3] "End" # [4] "Start processing imgall/sample_34773.jpg" # [5] "imgall/sample_34773.jpg: Predicted in 7376.639000 milli-seconds." # [6] "End" # [7] "Start processing imgall/sample_24908.jpg" # [8] "imgall/sample_24908.jpg: Predicted in 7412.858000 milli-seconds." # [9] "End" #[10] "Start processing imgall/sample_18922.jpg" #[11] "imgall/sample_18922.jpg: Predicted in 7424.998000 milli-seconds." #[12] "End" #[13] "Start processing imgall/sample_31653.jpg" #[14] "imgall/sample_31653.jpg: Predicted in 7311.578000 milli-seconds." #[15] "lca: 90.681282%\tleft_x: 18\ttop_y: 33\twidth: 18\theight: 30" #[16] "End" #[17] "Start processing imgall/sample_17341.jpg" #[18] "imgall/sample_17341.jpg: Predicted in 7418.365000 milli-seconds." #[19] "End" #[20] "Start processing imgall/sample_11440.jpg" #[21] "imgall/sample_11440.jpg: Predicted in 7365.160000 milli-seconds." #[22] "lca: 66.567978%\tleft_x: 54\ttop_y: 34\twidth: 18\theight: 23" #[23] "lca: 33.219677%\tleft_x: 74\ttop_y: 15\twidth: 23\theight: 22" #[24] "End" #Como output final eu gostaria de ter o seguinte dataframe: #[1] left top width height obj_id lca #[2] 54 34 18 23 sample_11440 66.567978 #[3] 74 15 23 22 sample_11440 33.219677 #[4] 1 38 19 28 sample_40452 66.658073 #Estou tentando algo com o pacote tidyverse, mas sem sucesso e com muita dificuldade em isolar o que esta após "imgall/" e recuperar o que está contido após "\t" : names_col <- c("left", "top", "width", "height", "obj_id","lca") mydf <- myfile %>% str_subset("lca$") %>% enframe(name = NULL) %>% separate(col = value, into = names_col, sep = "[\t]") mydf # A tibble: 0 x 6 # ... with 6 variables: left <dbl>, top <dbl>, width <dbl>, height <dbl>, obj_id <dbl>, lca <dbl #Dicas e/ou sugestões. Obrigado! -- Alexandre dos Santos Geotechnologies and Spatial Statistics applied to Forest Entomology Instituto Federal de Mato Grosso (IFMT) - Campus Caceres Caixa Postal 244 (PO Box) Avenida dos Ramires, s/n - Vila Real Caceres - MT - CEP 78201-380 (ZIP code) Phone: (+55) 65 99686-6970 / (+55) 65 3221-2674 Lattes CV: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 ResearchGate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 Publons: https://publons.com/researcher/3085587/alexandre-dos-santos/ --

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Re: [R-br] Traçar linha representando a média em gráfico ggplot2
by sznelwar＠uol.com.br 11 Nov '20

11 Nov '20

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Traçar linha representando a média em gráfico ggplot2
by Marcelo Laia 11 Nov '20

11 Nov '20

Colegas, Estou usando a rotina abaixo para produzir gráficos de Altura ~ DAP em um fatorial com Clones em diferentes Espaçamentos. O código ficou assim: ggplot( dat , aes(x=DAP, y=Altura, color=as.factor(Espacamento) )) + geom_point(size=1) + facet_grid(Espacamento ~ Clone) + theme(legend.position="none") Como eu faço para traçar a média do DAP (y) e da Altura (x) em cada grid? É possível simular o código acima com os pacotes e código abaixo: library(ggplot2) head(mtcars) ggplot( mtcars , aes(x=mpg, y=wt, color=as.factor( cyl ))) + geom_point(size=1) + facet_grid( cyl ~ gear) + theme(legend.position="none") Obrigado -- Marcelo

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Modelo Misto - Análise Experimento Switchback
by Fernando Souza 07 Nov '20

07 Nov '20

Boa tarde pessoal, Estou analisando um experimento em Switchback com vacas leiteiras e estou com duvidas sobre a montagem do modelo. Gostaria da ajuda de vocês. O experimento comparou dois tratamentos A e B. Utilizou 30 vacas, porém as vacas não foram avaliadas simultaneamente. 10 vacas entraram no momento 1, 10 entraram no momento 2 e 10 entraram no momento 3. As vacas dentro de cada momento foram sorteadas para uma das duas sequencias possíveis A-B-A ou B-A-B, sendo a sequencia aplicadas em 3 períodos diferentes de igual duração. Entendo que o desenho experimental desse trabalho é semelhante ao descrito nesse trabalho: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022030287802734 (https://link.getmailspring.com/link/6AAC746E-76FD-40C3-9BB7-28232AAC3000@ge…) sendo o block os momentos (1,2 e 3) Porém nesse trabalho os autores utilizam o PROC GLM dos SAS. Eu no entanto desejo analisá-lo através da abordagem dos modelos mistos, com a função lme{nlme} Fiz o seguinte modelo e gostaria de uma opinião para saber se o modelo está correto? Se não como posso melhorá-lo dados<-structure(list(Bloco = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), .Label = c("1", "2", "3"), class = "factor"), Ordem = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("1", "2"), class = "factor"), Periodo = c(1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L), Tratamento = structure(c(1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L), .Label = c("A", "B"), class = "factor"), Sequencia = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("1", "2"), class = "factor"), Vacas = structure(c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 5L, 5L, 5L, 6L, 6L, 6L, 7L, 7L, 7L, 8L, 8L, 8L, 9L, 9L, 9L, 10L, 10L, 10L, 11L, 11L, 11L, 12L, 12L, 12L, 13L, 13L, 13L, 14L, 14L, 14L, 15L, 15L, 15L, 16L, 16L, 16L, 17L, 17L, 17L, 18L, 18L, 18L, 19L, 19L, 19L, 20L, 20L, 20L, 21L, 21L, 21L, 22L, 22L, 22L, 23L, 23L, 23L, 24L, 24L, 24L, 25L, 25L, 25L, 26L, 26L, 26L, 27L, 27L, 27L, 28L, 28L, 28L, 29L, 29L, 29L, 30L, 30L, 30L), .Label = c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12", "13", "14", "15", "16", "17", "18", "19", "20", "21", "22", "23", "24", "25", "26", "27", "28", "29", "30"), class = "factor"), Leite = c(18.28, 15.73, 14.96, 16.08, 15.64, 15.41, 16.21, 15.52, 14.93, 17.29, 14.52, 12.98, 13.28, 12.57, 12.31, 21.82, 19.28, 18.75, 16.69, 15.15, 14, 17.11, 15.51, 14.73, 15.38, 14.77, 13.37, 15.21, 14.46, 13.5, 12.67, 11.91, 11.55, 15.78, 14.68, 14.61, 13.29, 12.12, 11.77, 17.32, 14.81, 14.66, 16.13, 14.81, 14.29, 14.94, 13.45, 13.09, 15.27, 12.36, 11.29, 14.02, 13, 12.06, 15.25, 14.9, 14.59, 12.44, 11.8, 11.56, 12.56, 12.22, 7.68, 15.15, 14.56, 10.08, 14.26, 13.34, 10.21, 13.56, 12.85, 8.9, 14.09, 14.63, 11.52, 17.7, 17.24, 14.89, 16.69, 16.28, 12.25, 12.66, 12.14, 9, 18.74, 18.23, 14.98, 17.62, 17.4, 15.67), Per = structure(c(1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L), .Label = c("1", "2", "3" ), class = "factor")), class = "data.frame", row.names = c(NA, -90L)) #install.packages("nlme") library(nlme) options(contrasts=c("contr.sum","contr.poly")) controle<-lmeControl(maxIter = 200, msMaxIter = 200,opt = 'optim') mlme <- lme(Leite ~Tratamento,random=~1|Bloco/Vacas/Per,control=controle, data=dados) anova(mlme,type='marginal')

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Criando uma função [HELP]
by Diego Vieira 01 Nov '20

01 Nov '20

Olá pessoal, Se possível, gostaria da ajuda de alguém para fazer uma função que subtrai e adicione alternadamente os valores. O conjunto de dados é: 10, 20, 25, 35, 45, 65, 44. A função deverá fazer o seguinte: Cálculo 1: 10 - 20 + 25 - 35 + 45 = 25 Cálculo 2: 20 - 25 + 35 - 45 + 65 = 50 Cálculo 3: 25 - 35 + 45 - 65 + 44 = 14 . O resultado dos cálculos [25, 50 e 14] gostaria que fosse salvo em um novo data.frame e em uma única coluna. Gostaria, também, que a função tivesse um argumento que controlasse o tamanho dos subconjuntos dos valores. Nesse caso, o tamanho é 5, para cada subconjunto dos cálculo 1, 2 e 3. -- Diego dos Santos Vieira

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tidyverse e vroom: Leitura de informações alvo em um arquivo *txt e também computo de informação ausente
by ASANTOS 29 Set '20

29 Set '20

Prezados membros, Surgiu um novo problema para a extração de informações em um arquivo *txt quando eu tenho que computar também quando eu não tenho determinada informação (lca) e preciso considerar isso no meu data.frame final. Em meu exemplo: #Pacotes library(vroom) library(tidyverse) #Download dos dados myfile <- vroom("https://raw.githubusercontent.com/Leprechault/yolov3ants/master/result_imgv…") As informações alvo são: 1) No caso quando ocorreu o evento lca o padrão das linhas é: imgval/sample_21915.jpg: Predicted in 7337.147000 milli-seconds. lca: 65.648048% left_x: 0 top_y: 18 width: 13 height: 27 lca: 45.191948% left_x: 71 top_y: 31 width: 7 height: 12 End Então meu data.frame precisa receber a informação: image lca sample_21915.jpg 1 sample_21915.jpg 1 2) Quando não ocorrer o evento lca, o padrão das linhas será diferente: Start processing imgval/sample_3908.jpg imgval/sample_3908.jpg: Predicted in 7282.433000 milli-seconds. End E nesse caso o meu data.frame precisa receber a seguinte informação: image lca sample_3908.jpg 0 Gostaria de saber ideias de como filtrar essa informação e especialmente do que fazer para gerar os zeros, se o meu data.frame final que preciso, após a análise da informação de 100 imagens deve ser: image lca sample_14715 1 sample_3101 0 sample_5769 0 sample_21884 1 sample_4163 0 sample_20368 0 sample_20371 0 sample_3370 0 sample_4434 0 sample_20888 1 sample_19295 1 sample_22196 0 ... sample_20314.jpg 0 Antecipadamente agradeço, Alexandre -- Alexandre dos Santos Geotechnologies and Spatial Statistics applied to Forest Entomology Instituto Federal de Mato Grosso (IFMT) - Campus Caceres Caixa Postal 244 (PO Box) Avenida dos Ramires, s/n - Vila Real Caceres - MT - CEP 78201-380 (ZIP code) Phone: (+55) 65 99686-6970 / (+55) 65 3221-2674 Lattes CV: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 ResearchGate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 Publons: https://publons.com/researcher/3085587/alexandre-dos-santos/ --

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Dúvida para conversão de um output em *txt para data.frame usando tidyverse [NÃO FORMATADO]
by ASANTOS 29 Set '20

29 Set '20

Estou com um problema para criar um dataframe a partir de um conjunto de duas linhas de interesse, sendo: library(tidyverse) myfile<-read_lines("https://raw.githubusercontent.com/Leprechault/yolov3ants/master/yolov3-lca_…") head(myfile) Em algumas parte do meu arquivo eu tenho trechos que quero extrair que são: #Last accuracy mAP(a)0.5 = 73.10 % #1585: 0.299288, 0.423193 avg loss, 0.001000 rate, 3.927486 seconds, 101440 images Nesses pontos eu quero remover as informações: mAP(a)0.5 = 73.10 % (na primeira linha), 1585: e 0.423193 avg loss (da linha seguinte) e criar um dataframe final que seria: # iteration avg_loss mAP # 1585 0.423193 73.10 mas quando tento remover a informação de interesse e por ser beginner no tidyverse, não tenho sucesso, sendo a minha tentativa no sentido de: names_col2 <- c("iteration", "avg_loss", "mAP") mydf <- myfile %>% str_subset("Last accuracy mAP(a)0.5 =") %>% enframe(name = NULL) %>% separate(col = value, into = names_col2, sep = "[=,]") %>% mutate_all(parse_number) head(as.data.frame(mydf)) Alguém poderia me dar uma luz? Obrigado e abraços, Alexandre -- Alexandre dos Santos Geotechnologies and Spatial Statistics applied to Forest Entomology Instituto Federal de Mato Grosso (IFMT) - Campus Caceres Caixa Postal 244 (PO Box) Avenida dos Ramires, s/n - Vila Real Caceres - MT - CEP 78201-380 (ZIP code) Phone: (+55) 65 99686-6970 / (+55) 65 3221-2674 Lattes CV: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 ResearchGate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 Publons: https://publons.com/researcher/3085587/alexandre-dos-santos/ --

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Dúvida para conversão de um output em *txt para data.frame usando tidyverse
by ASANTOS 29 Set '20

29 Set '20

Estoucomumproblemaparacriarumdataframeapartirdeumconjuntodeduaslinhasdeinteresse, sendo: library(tidyverse) myfile<-read_lines("https://raw.githubusercontent.com/Leprechault/yolov3ants/master/yolov3-lca_…") head(myfile) Emalgumaspartedomeuarquivoeutenhotrechosquequeroextrairquesão: #Last accuracy mAP(a)0.5 = 73.10 % #1585: 0.299288, 0.423193 avg loss, 0.001000 rate, 3.927486 seconds, 101440 images Nessespontoseuqueroremoverasinformações:mAP@0.5 = 73.10 % (naprimeiralinha), 1585:e0.423193avgloss (dalinhaseguinte) ecriarumdata.framefinalqueseria: # iteration avg_loss mAP # 1585 0.423193 73.10 # ... masquandotentoremoverainformaçãodeinteresseeporserbeginnernotidyverse, nãotenhosucesso, sendoaminhatentativana seguinte direção: names_col2 <- c("iteration", "avg_loss", "mAP") mydf <- myfile %>% str_subset("Last accuracy mAP(a)0.5 =") %>% enframe(name = NULL) %>% separate(col = value, into = names_col2, sep = "[=,]") %>% mutate_all(parse_number) head(as.data.frame(mydf)) Alguémpoderiamedarumaluz? Obrigado, Alexandre -- Alexandre dos Santos Geotechnologies and Spatial Statistics applied to Forest Entomology Instituto Federal de Mato Grosso (IFMT) - Campus Caceres Caixa Postal 244 (PO Box) Avenida dos Ramires, s/n - Vila Real Caceres - MT - CEP 78201-380 (ZIP code) Phone: (+55) 65 99686-6970 / (+55) 65 3221-2674 Lattes CV: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 ResearchGate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 Publons: https://publons.com/researcher/3085587/alexandre-dos-santos/ --

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Assimetria
by ana paula coelho madeira 24 Set '20

24 Set '20

Prezados, Bom dia! Gostaria de sugestões de como plotar uma densidade com assimetria negativa. Desde já agradeço! At.te Ana Paula

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Diferença entre o teste de normalidade normalidade sobre a variável resposta e sobre a aov() dos dados em função da variável explicativa
by ASANTOS 22 Ago '20

22 Ago '20

Prezados Membro do R-br, Gostaria de saber a diferença entre realizar: 1) Análise de normalidade sobre a variável resposta x <- rep(seq(from=10, to=50, by=0.5),6) y1 <- rnorm(length(x), mean=10, sd=1.5) y1.res<-y1-mean(y1) shapiro.test(y1.res) # Shapiro-Wilk normality test # #data: y1.res #W = 0.99688, p-value = 0.4787 2) Sobre a análise de variância do modelo em função da variável explicativa y1.av<-aov(y1 ~ x) shapiro.test(y1.av$res) # Shapiro-Wilk normality test # #data: y1.av$res #W = 0.99736, p-value = 0.6338 Obrigado, Alexandre -- Alexandre dos Santos Geotechnologies and Spatial Statistics applied to Forest Entomology Instituto Federal de Mato Grosso (IFMT) - Campus Caceres Caixa Postal 244 (PO Box) Avenida dos Ramires, s/n - Vila Real Caceres - MT - CEP 78201-380 (ZIP code) Phone: (+55) 65 99686-6970 / (+55) 65 3221-2674 Lattes CV: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 ResearchGate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 Publons: https://publons.com/researcher/3085587/alexandre-dos-santos/ --

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Mudar eixo numérico para labels
by Diogo Jerônimo 10 Ago '20

10 Ago '20

Gente, mais uma dúvida, para isso o exemplo abaixo (em vermelho): Item=c("Lote1","Lote2","Lote3","Lote4","Lote5") R1=c(8.30,5.69,3.55,1.29,0.01)R2=c(7.70,5.62,3.36,1.28,0.01)Título="Análise de Linearidade"CR=seq(1:mean(length(R1),length(R2))) dados=data.frame(Item,R1,R2,CR)i=1 for (i in (1:nrow(dados))){dados$MRES[i]=mean(c(dados$R1[i],dados$R2[i]))i=i+1}dados$CR2=(dados$CR)^2 dados$CR3=(dados$CR)^3 dados$reglin=as.numeric(matrix(predict(lm(MRES~CR,data=dados)))) valmax=trunc(max(max(dados$MRES),max(dados$reglin)),2)+1 minesc=0maxesc=valmaxplot(c(min(dados$CR),max(dados$CR)),c(minesc,maxesc),type="n",main=Título,xlab="",ylab="") points(dados$CR,dados$MRES,col="blue",pch=16,cex=1.8)lines(dados$CR,dados$MRES,col="blue",lwd=2)points(dados$CR,dados$reglin,col="green",pch=16,cex=1.8)lines(dados$CR,dados$reglin,col="green",lwd=2) No exemplo, com esses dados, fiz um gráfico de pontos e linhas. sendo que como era de esperar, ele vai apresentar valores numéricos nas duas colunas. O que queria saber é se é possível substituir no eixo "x" os números 1,...5, pelos labels de texto que aparecem na variável "Item" ("Lote 1",..., Lote5). Tentei mudar transformando o "class" de CR de "numeric" para "factor", mas não deu certo... Obrigado novamente pela atenção!!! Diogo JerônimoBacharel em Ciências Estatísticas - ENCE/IBGEMestre em Metrologia - PUC-Rio/PósMQICONRE: 8514 - SÉRIE Ahttp://lattes.cnpq.br/8996149312896520

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Artigo sobre p.value
by Luiz Roberto Martins Pinto 09 Ago '20

09 Ago '20

Bom dia. Há algum tempo alguém encaminhou para a lista um artigo sobre p.value. O autor se referiu ao artigo como "o artigo que ele sempre quiz escrever", ou algo parecido. Eu tive problema no computador e perdi. Peço ajuda para acessar este artigo. Outros artigos temáticos sobre p.value também serão bem-vindos. Grato. Luiz Roberto. Luiz Roberto Martins Pinto Prof. Pleno/DCET/UESC Laboratório de Estatística Computacional Universidade Estadual de Santa Cruz Ilhéus-Bahia-Brasil luizroberto.uesc(a)gmail.com skype: lrmpinto http://lattes.cnpq.br/2732314327604831 "*The s**cience exists because there are patterns. * * The patterns exist because God created them*. * The statistic exists to research the patterns that God created.*"

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Diferença de todos os valores
by Diogo Jerônimo 07 Ago '20

07 Ago '20

Boa tarde a todos. Seja por exemplo o seguinte vetor: x=(19,23,27,29) É possível se obter no R um vetor com TODAS as diferenças absolutas entre TODOS os pares de valores combinados de um vetor? Ou seja: vetor=(|19-23|,|19-27|,|19-29|,|23-27|,|23-29|,|27-29|) Obrigado por qualquer ajuda!!! Diogo JerônimoBacharel em Ciências Estatísticas - ENCE/IBGEMestre em Metrologia - PUC-Rio/PósMQICONRE: 8514 - SÉRIE Ahttp://lattes.cnpq.br/8996149312896520

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Erro ao rodar análise bifatorial - ExpDes.pt
by Tiago Camponogara Tomazetti 07 Ago '20

07 Ago '20

Prezados, gostaria de saber se alguém pode me tirar uma dúvida quanto a um "possível" bug que tenho tido quando uso a função fat2.dic() do pacote ExpDes.pt. Sempre que vou rodar a análise bifatorial, onde há interação, a função da o seguinte erro: ######################################################################## ... Interacao significativa: desdobrando a interacao ------------------------------------------------------------------------ Desdobrando F1 dentro de cada nivel de F2 ------------------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------------------ Quadro da analise de variancia ------------------------------------------------------------------------ GL SQ QM Fc Pr.Fc F2 4 194102.2 48525.55 4.768 0.0016 F1:F2 5 NA NA <NA> <NA> F1:F2 D0 5 NA NA <NA> <NA> F1:F2 D3 5 NA NA <NA> <NA> F1:F2 D5 5 NA NA <NA> <NA> F1:F2 D7 5 NA NA <NA> <NA> Residuo 87 885431.5 10177.37 Total 107 3341005.8 31224.35 ------------------------------------------------------------------------ Error in if (des1.tab[(i + 2), 5] <= sigF) { : valor ausente onde TRUE/FALSE necessário ######################################################################## Aparentemente é um erro dentro do pacote, contudo, se alguém conseguiu contornar este bug de alguma forma, ou conhecer outro modo de rodar uma análise bifatorial no R, seria grato por receber suas opiniões. A título de informação, estou chamando a função deste modo: "fat2.dic(data$TratA, data$TratB, data$Resp, quali=c(TRUE, TRUE), mcomp='tukey')" Desde já, agradeço pela atenção, Tiago Dr. Tiago Camponogara Tomazetti Plant Breeding professor - Federal University of Santa Catarina +55 (48) 9-9681-3848 Lattes: http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4408476D6 ResearchGate https://www.researchgate.net/profile/Tiago_Tomazetti

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Ponto de corte Cook's Distance
by Fernando Souza 07 Ago '20

07 Ago '20

Prezados colegas, Gostaria de saber como vocês definem o ponto de corte para a distância de Cook? Na literatura e listas de discussão tenho vistos várias sugestões, como valores de cook > 1 , valores maiores que 4/n , valor de cook maior que 3x a média, entre outros. Como eu devo proceder para definir o melhor ponto de corte. Eu estou analisando uma variável onde do total de 35 observações , 6 observações etão acima de 0.10 e dessas duas, as mais distantes estão entre 0.25 e 0.30. Eu deveria considerar as 6 observações como pontos de influencia? Se eu utilizar a regra de 4/35 = 0.11 então às 6 observações seriam removidas; Se eu considerar D>1, então nenhuma observação será removida Gostaria de saber sobre a experiencia de vocês e como procedem ATt

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Re: [R-br] Diferença de todos os valores
by sznelwar＠uol.com.br 06 Ago '20

06 Ago '20

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Re: [R-br] Assunto: Re: Diferença de todos os valores
by sznelwar＠uol.com.br 06 Ago '20

06 Ago '20

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Explicação gráfico e resultados da PCA
by Chiara Lubich 05 Ago '20

05 Ago '20

Gerei os resultados da PCA, porém estou com dificuldades para explicação dos resultados e do gráfico. Alguém poderia me dar um norte ou sugerir algum livro/artigo que me ajude na interpretação? Desde já agradeço pela atenção Abraços

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Manipulação de dados
by Cid Póvoas 31 Jul '20

31 Jul '20

Boa tarde, Eu tenho um banco de dados com 19 colunas sendo uma de data e 18 colunas com 67308 linhas e gostaria de saber se alguém sabe como editar esse dataframe quando valor de uma linha pra outra variar mais q X, repetir o valor da última linha, e continuar assim para todas as colunas. Na minha situação variar mais que 5 de uma linha pra outra seria uma anomalia do sensor. Banco de dados para exemplo df <- structure(list(a = c("A", "A","B","B","C","C","A", "A","B","B","C","C"), b = c(1,2,1,4,3,10,2,3,1,7,9,-10), c = c(5,1,2,3,3,1,2,3,9,7,-5,10), d = c(3,10,1,9,2,1,2,3,3,5,-5,9)), .Names = c("nome","b","c","d"), class = "data.frame",row.names = c(NA, -12L))

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histograma no R, como fazer?
by Ana Maria 31 Jul '20

31 Jul '20

Bom dia! Alguém sabe como eu faço um histograma desse tipo abaixo no R? As classes que quero inserir são: [10,30), [30,50) e ≥50. Já tentei diversas vezes e não consigo criar as classes que eu desejo no eixo x. [image: image.png] Segue anexo os dados que eu tenho para criar o histograma, caso alguém possa me ajudar eu agradeço desde já. Att., Ana Maria

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 115, assunto 5
by Andrea Vita Reis Mendonca 29 Jul '20

29 Jul '20

7.082E-08 significa: 7,082X10^-8 Em qua., 29 de jul. de 2020 às 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Re: Fwd: =?utf-8?Q?D=C3=BAvidas_?=sobre leitura de "p". > (Fernando Souza) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Wed, 29 Jul 2020 09:39:54 -0300 > From: Fernando Souza <nandodesouza(a)gmail.com> > To: > > "=?utf-8?Q?a_lista_Brasileira_oficial_de_discuss=C3=83=C2=A3o_do_programa_R.?=" > > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Fwd: =?utf-8?Q?D=C3=BAvidas_?=sobre leitura de > "p". > Message-ID: <489AE422-ED50-4989-BFFE-B9C075CAF47B(a)getmailspring.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > p= 7.082E-08 é o mesmo que 7.082x(10^-08) ou seja 0.00000007082 > na prática p<0.001 > > On Jul 27 2020, at 5:49 pm, Ana Maria por (R-br) <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > wrote: > > > > ---------- Forwarded message --------- > > De: Ana Maria <moreirafernandesanamaria(a)gmail.com (mailto: > moreirafernandesanamaria(a)gmail.com)> > > Date: seg, 27 de jul de 2020 17:45 > > Subject: Dúvidas sobre leitura de "p". > > To: <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br (mailto: > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br)> > > > > > > > > Boa tarde. > > > > Alguém sabe me dizer como eu leio esse resultado de p= 7.082E-08? O > mesmo foi gerado após um teste de normalidade que eu fiz nos meus dados. O > que significa E-08? Esse valor de p é maior que 0.05? > > > > Agradeço desde já. > > Ana Maria > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20200729/faeec36e/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 115, assunto 5 > ***************************************** >

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Fwd: Dúvidas sobre leitura de "p".
by Ana Maria 29 Jul '20

29 Jul '20

---------- Forwarded message --------- De: Ana Maria <moreirafernandesanamaria(a)gmail.com> Date: seg, 27 de jul de 2020 17:45 Subject: Dúvidas sobre leitura de "p". To: <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> Boa tarde. Alguém sabe me dizer como eu leio esse resultado de p= 7.082E-08? O mesmo foi gerado após um teste de normalidade que eu fiz nos meus dados. O que significa E-08? Esse valor de p é maior que 0.05? Agradeço desde já. Ana Maria

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Re: [R-br] Fwd: Dúvidas sobre leitura de "p".
by sznelwar＠uol.com.br 27 Jul '20

27 Jul '20

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GLM com alta proporção de zeros
by Emerson Cotta Bodevan 23 Jul '20

23 Jul '20

Prezados, boa tarde. Estou com dificuldade para cálculo de Razão de Prevalência, com respectivos IC95% para meus dados. Meus dados estão com a seguinte estrutura: Variável resposta: - ocorrência de AVC (0: Não, 1: Sim) Variáveis independentes: - Faixa Etária (18 a 28 - referência, 29 a 39, 40 a 59, 60 a 79 e 80 ou mais) - Escolaridade (Nunca estudou - referência, Ens Fun, Ens Med, Ens Sup) - Saúde (Excelente - referência, Muito Boa, Boa, Regular, Ruim) - Número Doenças Crônicas (Nenhuma - referência, Uma, Duas ou mais) - Automedicação (Não - referência, Sim) Importante dizer que tenho alta proporção de zeros na variável resposta: 371 zeros e 11 uns. *Tentei inicialmente a regressão de poisson da seguinte forma:* library(sandwich) library(lmtest) fit.poisson=glm(AVC~FE+Esc+Saude+NDC+Auto,data=dados,family=poisson) *Obtive a seguinte mensagem:* glm.fit: taxas ajustadas numericamente 0 ocorreu *Vi que o problema pode ser o excesso de zeros. Então, lendo algumas postagens aqui da lista tentei o seguinte:* library(pscl) fit.hurdle<-hurdle(AVC~FE+Esc+Saude+NDC+Auto,dist="poisson",zero.dist="poisson",data=dados) *Obtive a seguinte mensagem:* Warning messages: 1: glm.fit: fitted rates numerically 0 occurred 2: glm.fit: fitted rates numerically 0 occurred 3: In value[[3L]](cond) : Lapack routine dgesv: system is exactly singular: U[7,7] = 0FALSE *Tentei então* fit.zeroinflPoisson<-zeroinfl(AVC~FE+Esc+Saude+NDC+Auto,dist="poisson",link="logit",data=dados) *Obtive a seguinte mensagem:* Warning messages: 1: glm.fit: fitted probabilities numerically 0 or 1 occurred 2: In value[[3L]](cond) : sistema é computacionalmente singular: condição recíproca número = 8.9423e-20FALSE Não consigo encontrar uma saída. Alguém pode me dar uma dica? Agradeço imensamente. Atenciosamente, *Emerson*

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Pacote ARTools - Opinião sobre sua metodologia
by Fernando Souza 14 Jul '20

14 Jul '20

Olá Pessoal tudo bem? Eu gostaria de ouvir a opinião de vocês a respeito de um pacote que tive conhecimento recentemente. O nome do pacote é ARTools https://depts.washington.edu/acelab/proj/art/index.html (https://link.getmailspring.com/link/AEDB11B3-C17A-41DE-ADA1-2917EEF0D926@ge…) Pelo que andei lendo ele oferece uma forma de realizar análise de fatorial para dados não paramétricos. Ele também oferece meios de realizar comparação multipla, via o pacote emmeans e possui até um modelo de efeitos misto. Não estou inteirado da técnica utilizada. Me parece ser algo muito recente (ou pouco conhecido). Assim gostaria de saber a opinião de vocês a respeito. É seguro utilizar? Como é a aceitação dessa metodologia? Obrigado

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Dúvida sobre a função gls do pacote nlme
by Luiz Leal 25 Jun '20

25 Jun '20

Prezados colegas, preciso de ajuda.Eu sei como os pesos são calculados pra o caso 'varFixed' conforme exemplo abaixo, mas não sei como os pesos são calculados em attr(modelo$modelStruct$varStruct[], which="weights") para 'varExp', 'varPower' e 'varConstPower'. Alguém sabe como é calculado. Eu li a documentação do R, referências e procurei na internet, mas não achei nada.Desde já agradeço.Luiz# Data x <- c(20, 30, 30, 30, 40, 40, 50, 50, 50, 60, 70, 70, 70, 80, 80, 80, 90, 90, 90, 90, 100, 100, 110, 110, 120) y <- c(113, 121, 212, 273, 160, 244, 157, 221, 268, 224, 252, 323, 361, 342, 352, 399, 376, 377, 389, 468, 353, 420, 421, 435, 546)# Design matrix X = model.matrix(~x)# Package library(nlme)# varFixed modelo = gls(y~x, weights = varFixed(~x)) h = sqrt(1/x) w = 1/h^2 W = diag(w) b = solve(t(X)%*%solve(W)%*%X)%*%t(X)%*%solve(W)%*%y b ; coef(modelo) # 'b' computed by hand and 'coef(modelo)' match# varExp modelo = gls(y~x, weights = varExp()) h = attr(modelo$modelStruct$varStruct[], which="weights") # how are these values calculated? w = 1/h^2 W = diag(w) b = solve(t(X)%*%solve(W)%*%X)%*%t(X)%*%solve(W)%*%y

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Probleminha com Rfast
by Alejandro C. Frery 25 Jun '20

25 Jun '20

Bom dia, Eu gosto muito da biblioteca Rfast, e recentemente achei um probleminha nela. Vejam o seguinte código: set.seed(1234567890) gammamle(rgamma(100000, shape=2, rate=3)) $iters [1] 4 $loglik [1] -47638.33 $param shape scale 2.013402 3.020945 Claramente, a estimação dos parâmetros da distribuição gama retorna a taxa (rate) como se fosse a escala (scale). Comuniquei o problema aos desenvolvedores, que rapidamente responderam confirmando que é um erro. Eles me informaram que a versão do Rfast no Github já foi atualizada, e que ela virá na próxima versão. Eu aviso aos colegas da lista para que tenham cuidado com essa função. Abraços, Alejandro

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Modelo Estatístico
by Andre Oliveira 25 Jun '20

25 Jun '20

Prezad@s, bom dia!Tenho um experimento montado em faixas (bloco, sistema de plantio e lâminas de irrigação). Porém teve quatro ciclos de plantio. Qual melhor modelo para análise destes dados? Como declarar este modelo no R? Grato.

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Arguivo *.tps
by Leonardo Luiz Calado 18 Jun '20

18 Jun '20

Caros Colegas da lista, venho a procura de um arquivo do tipo *.tps denominado "sneathd.tps" que estava disponibilizado na versão mais antiga software gratuito tpsRelw, com a finalidade de estudo da forma. Por ser muito específico tenho perguntado a diversos grupos que trabalham com R, já que o presente arquivo faz parte das ações de estudo que tenho efetuado no livro morfometria com R, cuja questões já me foram sanadas aqui. Desde já agradeço qualquer ajuda. LCalado PhD. Biotechnology in natural resources http://lattes.cnpq.br/2459740082072347 leonardocalado(a)hotmail.com 84-9 9931-1630

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help Pacote rsm, superfície de resposta
by Katieli Química 08 Jun '20

08 Jun '20

Caros amigos usuários do RStudio Preciso gerar uma superfície de resposta pelo RStudio. Tenho as superfícies geradas pelo Design Expert (bem mais simples de mexer, mas é um software pago e tenho somente a versão de teste) e comparo as equações geradas com as obtidas pelo R. Não tenho experiência com o RStudio, por isso tenho insegurança se o que fiz está ou não correto. Poderiam me dar a opinião de vocês? Caso tenham também algum argumento que melhore/otimize meus ajustes, ficaria imensamente grata. Meu planejamento é um 2^2 com triplicata do ponto central. Anotei as dúvidas nos scripts. Dados: x1 <- c(-1,+1,-1,+1,0,0,0) x2 <- c(-1,-1,+1,+1,0,0,0) y <- c(6.07,6.67,6.25,6.7,6.43,6.47,6.44) dados1<-data.frame(x1,x2,y) dados1 modelo<-lm(y~x1*x2) summary(modelo) O código abaixo fornece o mesmo resultado, não entendo o porquê. Deve ser facultativo usar qualquer um dos scripts. modelo1<-lm(y~x1+x2+x1*x2) summary(modelo1) anova(modelo) library(alr3) pureErrorAnova(modelo) Gera um R^2 ajustado de 0.987 e falta de ajuste não significativa (p>0,05) pela ANOVA. mod <- lm(y ~ x1+x2++x1*x2+I(x1^2)+I(x2^2)) summary(mod) anova(mod) pureErrorAnova(mod) # EM pureErrorAnova(mod) DA ERRO E NÃO GERA OS DADOS . VOCÊS SABEM COMO CONSIGO ARRUMAR O SCRIPT? PRECISO DOS DADOS DA FALTA DE AJUSTE PARA COMPARAR, EMBORA O R2 AJUSTADO TENHA DADO 0,991 PARA ESSE AJUSTE. PARECE SER MELHOR QUE O ANTERIOR. Trabalhando com o pacote RSM para superfície de resposta x1 <- c(-1,+1,-1,+1,0,0,0) x2 <- c(-1,-1,+1,+1,0,0,0) y <- c(6.07,6.67,6.25,6.7,6.43,6.47,6.44) dados1<-data.frame(x1,x2,y) dados1 Não consegui gerar o planejamento pelo RStudio. Se eu usar ChemReact, por exemplo, os dados são diferentes e não consigo inserir os meus. Consigo apenas da forma demonstrada acima. library(rsm) ajuste <- rsm(y ~ FO(x1, x2), data = dados1) summary(ajuste) ajuste2 <- rsm(y ~ FO(x1, x2)+ TWI(x1, x2), data = dados1) summary(ajuste2) o ajuste abaixo gera estruturas de confundimento, é isso? Fornece um erro ao tentar rodar. ajuste3 <- rsm(y~SO(x1,x2), data = dados1) summary(ajuste3) graficos: Fiquei na dúvida porque o ajuste 2 parecia melhor (maior R2 ajustado), mas o gráfico de resíduos ficou estranho. Considerando os resíduos, o ajuste 1 parece mais adequado. O que vocês acham? contour(ajuste2,~x1+x2, image=TRUE, img.col = terrain.colors(50), xlabs=c("x1","x2")) persp(ajuste,~x1+x2, col=rainbow(50), contours = "colors", xlabs=c("x2","x3"),zlab="Resposta", theta = -30, phi= 50) O plot de resíduos achei estranho plot(fitted(ajuste2),resid(ajuste2),xlab = "Valores ajustados", ylab = "Resíduos", main = "Resíduos x Valores ajustados") abline(h=0,lty=2,col=2) Obrigada pela ajuda

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Manipulando banco de dados no R
by Wenceslau Teixeira 08 Jun '20

08 Jun '20

Caros, Bom dia. Sei que um dos usos do R e a manipulação de arquivos. Nunca tive muito contato com estes comandos. Mas chegou a hora. Agradeço se puderem me enviar alguma dica, material para o estudo sobre este tópico no R. O problema específico que enfrento é extrair dados selecionados com algumas regras de banco de dados (BD). O BD com informações sobre diversos parâmetros dentre estes teores de Areia (A), Silte (S), Argila (Ar) em % sem decimais, tem também dados da água retida na Capacidade de Campo (CC), no Ponto de Murcha permanente (PMP) também em % sem decimais. Eu criei um dataframe teórico de todas as combinações possíveis de resultados de granulometria do solo. Considerando que a soma A+S+Ar = 100 e os dados são sem decimais, num passo de 1% isto cria 5151 combinações possíveis. O que pretendo é buscar no BD as combinações que têm resultados no BD para uma determinada combinação (p.ex. A = 70, S=10, Ar=20 –> PMP = 10). Eu percebi que algumas das combinações da granulometria existem várias informações (dados) da PMP. (a p.ex. A = 60, S=10, Ar=30 –> CC = 12; CC = 11; CC = 20; CC=11). Para algumas nao tem informações de PMP e para algumas combinações há uma informação de PMP. O que quero é criar um script que leia o BD e preencha o data frame teórico de todas as combinações possíveis de granulometria com os dados existentes no BD de PMP. Os dados que tiver repetição que as as mesmas sejam colocadas lado a lado, ID AREIA(A) SILTE(S) ARGILA PMP 1 0 0 100 -ND 2 0 1 99 30 .. 35 0 20 80 29; 29; 27 -- 80 10 20 70 25; 25; 24 5151 100 0 0 ND Se alguém tem alguma dica. Eu agradeço Se cuidem. Cordialmente, Wenceslau Teixeira (Embrapa Solos –RJ)

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Ratio
by Eugenio Rosa 06 Jun '20

06 Jun '20

Sou inciante no R, quero calcular o Ratio entre as ações de um data.frame, iniciei o código mas não consigo ir adiante: Primeiro preciso calcular o ratio par a par das ações do data.frame, Segundo criar gráfico dos ratios incluindo bandas de bollinger de 20 períodos e 1,96 desvios, Terceiro que me retorne quais ratios estão nas bandas inferior e superior do Bollinger. Abaixo, até onde fui com o código: library(reshape2) library(readxl) dados <- readxl::read_excel("C:/Users/User/Desktop/Estudos Corr/!teste.xlsx", sheet = "Ibxx", skip = 1) dados <- as.data.frame(dados) Ativos<- dados -- Eugenio Santos da Rosa Vega Invest Fone: +55 53 3227-5615 Cel.: +55 53 99964-3189 / 98108-3767 Whatsapp Av. Cidade de Rio Grande, 139 96076-240 | Porto | Pelotas-RS

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Re: [R-br] Ratio
by sznelwar＠uol.com.br 06 Jun '20

06 Jun '20

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Comando pgmm
by Bruna Mendonça Oliveira 03 Jun '20

03 Jun '20

Olá, preciso estimar 3 equações utilizando como método de estimação o System GMM. Pretendo trabalhar com painel dinâmico e meus dados estão organizados por setores (produtos básicos, semimanufaturados e manufaturados) e foram coletados de janeiro de 2010 a dezembro de 2019. Meus dados são as exportações brasileiras por país de destino (Estados Unidos). Preciso estimar 3 equações separadas, onde só mudará a variável dependente, ou seja, preciso estimar uma equação considerando exportações de produtos básicos para os EUA como variável dependente, sendo as variáveis explicativas o índice de taxa de câmbio real bilateral e o índice de atividade econômica dos EUA. Depois preciso estimar mais duas equações, considerando as exportações de produtos semimanufaturados como variável dependente e outra considerando exportações de produtos manufaturados como variável dependente (sendo que as variáveis independentes continuam sendo as mesmas da primeira equação). Alguma dica para que eu consiga estimar essas três equações separadas utilizando o pacote "plm" e o comando "pgmm"? Desde já agradeço, Bruna Mendonça de Oliveira

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Variancia
by Elias Carvalho 03 Jun '20

03 Jun '20

Bom dia Estou analisando um banco de dados com variáveis dicotômicas apenas. Esse banco tem mais de 3.000 observações , a variável dependente tem como resposta 2.715 Não e 359 Sim, ou seja, 13% = Sim, porem entre as outras 42 variáveis independentes existem variãncias muito pequenas como por exemplo 3.069 Não e 5 Sim. Devo considerar uma variância mĩnima? Qual a melhor literatura para basear esssa decisão?

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Comparar 2 rasterbricks usando pacote TSdist
by Jackson Rodrigues 28 Mai '20

28 Mai '20

Pessoal Bom Dia! Estou com uma demanda aqui e não estou consigo enxergar onde estou errando. Preciso comparar 2 rasterbricks usando a função de dissimilaridade CorDistance do pacote TSdist. No entanto ela não funciona com NA's. Eu tentei remover ou ignorar os NA's sem sucesso. Alguém poderia me dar uma luz sobre como proceder? Abaixo está uma cópia do código que estou trabalhando. Saudações, Jackson ################### library(raster) library(TSdist) set.seed(12) r <- raster(nrow=10, ncol=10) s <- lapply(1:200, function(i) setValues(r, rnorm(ncell(r), sample.int(5,1), 0.5))) s <- stack(s) s[s < 0] <- NA s2<-s^2 # Visualizando que alguns pixels são NA hasna <- stackApply(s, indices = 1, fun = function(x, na.rm){anyNA(x)}) hasna2 <- stackApply(s2, indices = 1, fun = function(x, na.rm){anyNA(x)}) par(mfrow=c(1,2)) plot(hasna);plot(hasna2) # CorDistancenão funciona com NA CorDistance(as.vector(s[1]),as.vector(s2[1])) [1] 0.2192382 CorDistance(as.vector(s[2]),as.vector(s2[2])) <simpleError in .common.ts.sanity.check(x): NA in the series> [1] NA fun <- function(x,y){ out <- ifelse(anyNA(x) | anyNA(y), #Preciso resolver esta questão yes = NA, no = unname(CorDistance(x,y))) return(out) } # Aqui funciona fun(as.vector(s[1]),as.vector(s2[1])) [1] 0.2192382 # Aqui não funciona fun(as.vector(s[2]),as.vector(s2[2])) [1] NA new_s1 <- fun(s,s2) <simpleError in if (any(is.na(x))) { stop("NA in the series")}: argument is not interpretable as logical> # Veja que não funciona com calc new_s2 <- calc(s,s2, fun = fun) Error in .calcTest(x[1:5], fun, na.rm, forcefun, forceapply) : cannot use this function plot(s_out) ############# -- Jackson M. Rodrigues

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Duvida teste de correlação
by Rodrigo Zucaratto 27 Mai '20

27 Mai '20

Prezados, Estou com uma duvida em relação ao teste de correlação. Quando faço uma correlação, não ha uma relação de causa e efeito (até aqui entendo). No entanto, estou querendo avaliar a inluência de variáveis ambientais (temperatura e pluviosidade) na fenologia de uma palmeira. To fazendo a correlação usando a função "cor.test". Um dos argumentos na função é method=pearson (normalidade) ou method=sperman (dados sem normalidade). Gostaria de saber como testo a normalidade em uma correlação, alguem pode ajudar? Abraços *Rodrigo Zucaratto* Bacharel em Ciências Biológicas Mestre em Ciências - Conservação da Natureza Doutor em Ecologia e Evolução Laboratório de Ecologia de Mamíferos - Universidade do Estado do Rio de Janeiro - UERJ Laboratório de Ecologia e Conservação de Florestas - LECF - UFRuralRJ Currículo: http://lattes.cnpq.br/2138780069263641 BSc - Biology MSc - Nature Conservation PhD - Ecology and Evolution Mammalian Ecology Lab - Rio de Janeiro State University - UERJ Ecology and Conservation Forests Lab - LECF - Federal Rural University of Rio da Janeiro Curriculum: http://lattes.cnpq.br/2138780069263641 https://scholar.google.com/citations?view_op=list_works&hl=en&user=on_Y4WYA…

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Expoente de Lyapunov: horizonte de predição
by Nilson Guiotoku 27 Mai '20

27 Mai '20

Pessoal, quero encontrar o horizonte de previsões, usando o expoente de Lyapunov. O exemplo proposto no R, a serie de lorenz.ts funciona. Porém, quando troco pela minha variável que estou predizendo, da erro. Gostaria de entender qual parâmetro estou colocando errado. Segue o código mínimo reproduzível. #===================================== set.seed(22) y_obs <- 1:100 + rnorm(100,mean=0, sd=5) # supondo essa ser a variavel observada (100 observações temporais) y_estimado <- 1:80 # supondo essa ser a variavel estimada, até o tempo 80 y_pred <- 81:100 + rnorm(20,mean=0, sd=3) # suponha que usando uma rede recorrente chegue nesse resultado, como codigo minimo reproduzido, #simplifiquemos com uma rnorm com tendencia linear, para predição usando 80 tempos de predição plot(y_obs) points(1:80,1:80, type = "l") points(81:100,y_pred, type = "l", col="blue") legend("topleft", c("Observado","Estimado", "Predito"), col=c("black","black", "blue"), pch = c(1,NA, NA), lty = c(NA,1, 1)) # Horizonte de predicao usando o expoente de Lyapunov require("tseriesChaos") y_pred = as.ts(y_pred) output <-lyap_k(y_pred, m=3, d=2, s=200, t=2, ref=2, k=2, eps=4) par = lyap(output, 0.73, 2.47) lambda = par[2] plot(output) #=================================== O erro é esse: > output <-lyap_k(y_pred, m=3, d=2, s=200, t=2, ref=2, k=2, eps=4) Finding nearests Error in find_knearests(series, m = m, d = d, t = t, ref = length(ref), : cannot allocate memory block of size 134217728 Tb OBS: No meu caso, já havia testado e a dimensão m e d, são exatamente 3 e 2. Porém, não sei como controlar os demais parâmetros. Fico no aguardo, se alguém conseguir me explicar o problema. Agradeço e obrigado.

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Re: [R-br] Selecionar bancos específicos de uma pasta
by sznelwar＠uol.com.br 22 Mai '20

22 Mai '20

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Ajuda na função matplot
by Gilenio Borges Fernandes 21 Mai '20

21 Mai '20

Prezados(as) No CMR seguinte, esperava 255 linhas no matplot. Está plotando apenas uma linha e a seguinte mensagem: Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : tipo de gráfico inválido ',' Alguma ideia/sugestão? set.seed(1000) u = 0.25 dp = 0.15 periodo = 1:256 n_sim = 50 total_sim = matrix(0, nrow = 256, ncol = n_sim) p_inicial = 10 for(j in 1:n_sim) { aux = 2 p = p_inicial preco = c(p) dist = rnorm(255, 0, 1) for (i in dist) { P = p+p*(u/255 + dp/sqrt(255)*i) preco[aux] = P p = P aux = aux +1 } total_sim[,j] = preco } matplot(periodo,total_sim, main = "Simulacao Monte Carlo", xlab= "Tempo", ylab = "Valor", type = "l,", col = 1:n_sim) Gilênio Borges Fernandes Professor substituto da UFBA (03/2019 a ...) Professor substituto da UEFS/DEXA (01/2018 a 03/2019) Professor substituto Adjunto A (UFBA - 03/2015 a 03/2017) Professor Associado IV (Aposentado) Universidade Federal da Bahia Instituto de Matemática e Estatística Departamento de Estatística Av. Adhemar de Barros, s/n – Ondina. 40.170-110 - Salvador - BA, Brasil Tel.: (071)3283-6340/6341/6337 Fax: (071)3283-6336 ORCID: http://orcid.org/0000-0002-2364-0954 Lattes: http://lattes.cnpq.br/6764860618464860 https://gilenio.github.io/ Skype: gilenio.fernandes

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Re: [R-br] Selecionar bancos específicos de uma pasta
by sznelwar＠uol.com.br 19 Mai '20

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Selecionar bancos específicos de uma pasta
by Diogo Jerônimo 18 Mai '20

18 Mai '20

Lista, bom dia e boa semana!!! Criei o "reproduzível" para explicar a dúvida. Nesse exemplo, de uma pasta, identifiquei arquivos "*.csv", e depois apliquei o lapply e o do.call para importar e juntar esses bancos: dir.create('c:/users/diogo/desktop/bancosex/')banco1=data.frame(cbind(c("Diogo","Patrícia"),c(42,40),c(5000,7000))) write.csv2(banco1,file='c:/users/diogo/desktop/bancosex/banco1.csv',row.names=FALSE)banco2=data.frame(cbind(c("João","Alexandre"),c(41,40),c(8000,9000))) write.csv2(banco2,file='c:/users/diogo/desktop/bancosex/banco2.csv',row.names=FALSE)banco3=data.frame(cbind(c("Angélica","Nádia"),c(40,38),c(9500,7500))) write.csv2(banco3,file='c:/users/diogo/desktop/bancosex/banco3.csv',row.names=FALSE) setwd('c:/users/diogo/desktop/bancosex/') lista<-list.files() arquivos<-lapply(lista, function(x) read.csv2(x, header=TRUE, sep=";")) dados<-do.call("rbind", arquivos) Meu problema: esse código vai "pegar" TODOS os bancos da pasta antes de importar e juntar. Eu gostaria de pegar somente PARTE desses bancos (ex: apenas banco1 e banco2, apenas banco2 e banco3...). Alguém saberia como fazer isso? Obrigado!!! Diogo JerônimoBacharel em Ciências Estatísticas - ENCE/IBGEMestre em Metrologia - PUC-Rio/PósMQICONRE: 8514 - SÉRIE A

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