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Estimação dos parâmetros <likfit>
by Felinto COSTA 13 Nov '14

13 Nov '14

Prezados. Preciso estimar os parâmetros do componente espacial (e do erro) da função de correlação usando a função <likfit> com a remoção de tendência da média. Para isso estou inserindo uma função para esta tendência <trend=~coords[,1]+coords[,2]+ I(coords[,1]^2)+I(coords[,2]^2)+coords[,1]*coords[,2]>, mas que parece ser incorreta para esta situação pelo aviso de erro que retorna. Seria o caso de estimar os resíduos partindo da regressão da matriz de tendência (via <trend.spatial>) pelos valores observados e daí sim usá-los como o novo <geodata> a função <likfit>? Uma vez estimados os parâmetros da função usando os resíduos, a aplicação dela para realizar estimativas em pontos não amostrados deverá ser sobre o <geodata> original? O o <geodata> dos resíduos, somando-se a esta estimativa a parte estimada pelo polinômio de 2ª ordem? Antecipadamente agradeço a atenção de todos.

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Problemas lendo .dbf no R
by Paulo Pimenta 13 Nov '14

13 Nov '14

Prezados, Estou com um problema ao ler arquivos .dbf no R. Abaixo segue a lógica que usei em meu código para fazer a leitura: ########################################################################################## #############################################################################################comando para ler um arquivo ".dbf" #### ## ##library("foreign") #### ####read.dbf("I:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/testes/teste_1/corte_estrada_aneis.dbf") #### ## ###############################################################################################Salvando tudo em forma de lista library("foreign") setwd("I:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/testes/teste_1") arquivos <- list.files(pattern="\\.dbf$") x <- lapply(arquivos, read.dbf) ##Exportando os comprimentos de cada estrada cortada por um anel for (i in 1:91){ y[[i]] <- x[[i]] vector_length[i] <- sum(y[[i]][,2]) } ########################################################################################## Assim como mostrado no exemplo acima estou lendo um arquivo chamado "corte_estrada_aneis.dbf", todavia possui um banco com 91 desses arquivos numerados de forma que seus nomes ficam, por exemplo: corte_estrada_aneis.1dbf, corte_estrada_aneis2.dbf, corte_estrada_aneis3.dbf, ... até finalmente corte_estrada_aneis91.dbf. O problema na leitura dos .dbf consiste que a lógica acima usada por mim faz com que a ordenação saia errada, ou seja, ele faz a leitura dos arquivos corte_estrada_aneis1.dbf, corte_estrada_aneis12.dbf, corte_estrada_aneis13.dbf e assim por diante. Uma tentativa minha, porém não muito bem sucedida foi a seguinte: ######################################################################################### library("foreign") for (i in 1:9){ g[i] <- read.dbf("I:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/testes/teste_1/corte_estrada_aneis[i].dbf") } g ######################################################################################### Mas como tudo esta contido em " " o índice [i] será lido literalmente. Peço ajuda aos colegas para poder solucinar este problema, seja com a minha lógica ou com alguma idéia diferente. Abraços a todos! Paulo Henrique de A. S. Pimenta. Graduando em Meteorologia (Bacharelado) - IAG/USP. Fone: +5511981318435.

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Read.table
by Giselle Davi 12 Nov '14

12 Nov '14

Prezados, Fiz a leitura do arquivo de dados dessa maneira: snp0 <- as.matrix(read.table("SNP.txt", header = TRUE, as.is = TRUE, sep="\t")) A leitura ocorre sem mensagem de erro. Logo, eu utilizo o comando head(snp0)para visualizar os dados, mas some tudo no Console do R como se eu tivesse iniciado o programa. Alguém saberia me ajudar ?? Desde já agradeço !! Att, Giselle

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Matrizes de variâncias e covariâncias do pacote nlme
by Tiago Souza Marçal 12 Nov '14

12 Nov '14

Boa noite pessoal, gostaria de saber quais as estruturas de matrizes eu posso obter combinando os argumentos correlation e weights nas funções lme e gls?? Att. Tiago. ################################################################# Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas #################################################################

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Amostragem numa população.
by Andre Oliveira 11 Nov '14

11 Nov '14

Pessoal, boa tarde.Estou em uma aula básica sobre espaço amostral. Gostaria de construir algo no R (deve ter alguma função) que me retornasse todos as amostras de tamanho n em população de tamanho k. Eu pesquisei e achei a função a=LETTERS[1:5] ; combn(a,3) para o caso sem reposição. Como a função sample() fiz os seguinte. x=c("A","B","C","D", "E") sample(x,3) # Seria possível aqui gerar todas as amostras de tamanho 3 ou 4? Aqui eu conseguiria fazer sem reposição com rep=T algo que não tem na combn! Alguma dica? obrigado André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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Submeter ao CRAN
by Waldelene Moura 11 Nov '14

11 Nov '14

Olá Alguem poderia me dar algumas dicas de como proceder para submeter ao CRAN um pacote que implementei? Já contrui o arquivo .tar.gz através do R CMD BUILD. Tenho algumas dúvidas tais como: o manual pode ser em portugues ou tem que ser em ingles? Waldelene Moura Analista de Sistemas Universidade Federal do Maranhão - PROEN

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Ajuda com as condições
by Vanessa Felix 11 Nov '14

11 Nov '14

Pessoal, tenho o seguinte problema tenho 4 variáveis (a,b,c,d) e quero criar uma 5º no banco que seja condicionada as outras 4, segue abaixo um exemplo: a<-c(1,0,1,0,1,0,1,0,1,1) b<-c(2,2,2,3,3,3,4,4,5,1) c<-c(1,1,2,3,1,2,1,3,1,3) d<-c(2,2,3,3,1,3,2,1,2,1) dado<-data.frame(cbind(a,b,c,d)) mode(dd) if(a==1 & b==2 & c==3) { dado$e[d==1]<-"jovem" dado$e[d==2]<-"adulto" dado$e[d==3]<-"idoso" } dado Eu gostaria que a coluna da variável "e" fosse recebendo e guardando os labels conforme eu fosse mudando tbm as condições do if. Alguém poderia me ajudar, não gostaria de usar nenhum pacote pra isso. Desde já, obrigada!! -- ------------------------------------------------------------------------------------------ Vanessa Felix do Nascimento Sergio Graduada em Estatística - ICE/UFJF Mestranda em Saúde Coletiva - IMS/UERJ Assistente de pesquisa I - Instituto de Pesquisa Econômica Aplicada – IPEA (32) 8854-4881 / 9142-8428 (21) 97656-3448 -------------------------------------------------------------------------------------------

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Re: [R-br] Erro ao rodar Wibugs/Openbugs
by Alisson Lucrécio 11 Nov '14

11 Nov '14

Lie a respeito deles há alguns meses, WinBugs, JAGS e Stan, não me lembro muito bem mais todos funcionam com MCMC. Tinha lido que o Rtan era mais eficiente que o WinBurgs pos tinha tido uma evolunção no amostradores de Gibbs. Entretanto, não sei se o Jags também teve essa evolução, mas todos fazem a mesma coisa, vc só tera uns 30 a 40 segundos a menos quando rodar o código. 2014-11-08 16:31 GMT-02:00 Alisson Lucrécio < alisson.lucrecio(a)ifgoiano.edu.br>: > Lie a respeito deles há alguns meses, WinBugs, JAGS e Stan, não me lembro > muito bem mais todos funcionam com MCMC. Tinha lido que o Rtan era mais > eficiente que o WinBurgs pos tinha tido uma evolunção no amostradores de > Gibbs. Entretanto, não sei se o Jags também teve essa evolução, mas todos > fazem a mesma coisa, vc só tera uns 30 a 40 segundos a menos quando rodar o > código. > > 2014-11-08 16:12 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] < > ml-node+s2285057n4663488h64(a)n4.nabble.com>: > > Oi Alisson, fui experimentar o JAGS, conhece? Com os mesmos códigos de >> antes rodou normalmente o programa. Não sabia que o rbug era problemático, >> fiquei horas quebrando a cabeça para solucionar e nada. >> >> Aparentemente está tudo ok! >> >> >> O rstan não rodou de jeito nenhum aqui. Chegou a carregar o pacote pelo >> comando que me passou, mas na hora de rodar aquele exemplo começou a >> apresentar erro de funções não encontradas. Não sei se o problema foi no >> meu pc. >> >> >> >> >> >> Valeu pela ajuda >> >> Em 8 de novembro de 2014 15:54, Alisson Lucrécio <[hidden email] >> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=0>> escreveu: >> >>> Victor, >>> >>> Minha sugestão é que vc sustituia o código rbug por rstan, o rbug é >>> muito problemático e ineficente, mande um CMR. Vc conseguiu rodar o rstar? >>> >>> Att. >>> >>> 2014-11-08 15:52 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] >>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=1>>: >>> >>>> Victor, >>>> >>>> Minha sugestão é que vc sustituia o código rbug por rstan, o rbug é >>>> muito problemático e ineficente, mande um CRM. Vc conseguiu rodar o rstar? >>>> Att. >>>> >>>> 2014-11-08 15:38 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email] >>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=2>>: >>>> >>>> Não rodou aqui. =/ >>>>> >>>>> O erro que tinha incialmente eu consegui arrumar, só que agora surgiu >>>>> outro >>>>> >>>>> Error in handleRes(res) : NA >>>>> >>>>> >>>>> Só que não tem NA na minha base de dados >>>>> >>>>> 2014-11-08 14:10 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] >>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=0>>: >>>>> >>>>>> Caro Victor, >>>>>> >>>>>> Se der certo teste esse exemplo. >>>>>> >>>>>> library(rstan) >>>>>> >>>>>> treatment_level <- c("0", "5", "10", "15") >>>>>> repetition_number <- 20 >>>>>> response_mean <- c(100, 94, 88, 82) >>>>>> >>>>>> treatment <- gl(n = length(treatment_level), k = repetition_number, >>>>>> labels = treatment_level) >>>>>> str_error <- 2 >>>>>> >>>>>> response_temp <- sapply(response_mean, function(x){ >>>>>> response <- rnorm(n = repetition_number, mean = x, sd = str_error) >>>>>> }) >>>>>> >>>>>> response <- c(response_temp) >>>>>> >>>>>> plot(response ~ treatment) >>>>>> >>>>>> summary(lm(response ~ treatment -1)) >>>>>> >>>>>> mean(response) >>>>>> sd(response) >>>>>> >>>>>> stan_data <- list(N = length(response), I = length(treatment_level), >>>>>> Treatment=as.numeric(treatment), Response = response) >>>>>> >>>>>> # Bayesian method for estimate mean and standard error by treatment >>>>>> >>>>>> stan_modelcode <- " >>>>>> data { // data setup >>>>>> int<lower=0> N; // sample size >>>>>> int<lower=1> I; // number of treatments >>>>>> real Response[N]; // Response >>>>>> int<lower=1, upper=I> Treatment[N]; // Treatment >>>>>> } >>>>>> >>>>>> parameters { >>>>>> real mu[I]; >>>>>> real<lower=0, upper=100> sigma[I]; >>>>>> } >>>>>> >>>>>> model { >>>>>> //Priors >>>>>> mu ~ normal(0, 100); >>>>>> sigma ~ uniform(0, 100); >>>>>> //Likelihood >>>>>> for(i in 1:N) { >>>>>> Response[i] ~ normal(mu[Treatment[i]], sigma[Treatment[i]]); >>>>>> } >>>>>> } >>>>>> " >>>>>> >>>>>> fit <- stan(model_code = stan_modelcode, data = stan_data, iter = >>>>>> 1000, chains = 3, >>>>>> verbose = TRUE) >>>>>> >>>>>> plot(fit) >>>>>> >>>>>> 2014-11-08 14:09 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] >>>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=1>>: >>>>>> >>>>>> Use esse código. >>>>>>> >>>>>>> Sys.setenv(MAKEFLAGS = "-j4") >>>>>>> source('http://mc-stan.org/rstan/install.R', echo = TRUE, >>>>>>> max.deparse.length = 2000) >>>>>>> install_rstan() >>>>>>> >>>>>>> 2014-11-08 13:41 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email] >>>>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=2>>: >>>>>>> >>>>>>> Oi Alisson, o pacote deu erro para instalar. Tanto pelo arquivo >>>>>>>> quando pelo código install.packages >>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>> Esse erro que está acontecendo comigo é no modelo? Porque >>>>>>>> aparentemente está tudo ok com ele. >>>>>>>> >>>>>>>> Em 8 de novembro de 2014 13:01, Alisson Lucrécio <[hidden email] >>>>>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=0>> escreveu: >>>>>>>> >>>>>>>>> Victor, >>>>>>>>> >>>>>>>>> Boa tarde. >>>>>>>>> >>>>>>>>> Use o pacote rstan. >>>>>>>>> >>>>>>>>> Att. >>>>>>>>> >>>>>>>>> >>>>>>>>> 2014-11-08 12:53 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden >>>>>>>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=1>>: >>>>>>>>> >>>>>>>>> Pessoal, estou rodando um modelo de regressão pelo Openbugs. Na >>>>>>>>>> hora de rodar ele da o seguinte erro durante o processo >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> Error in BRugs::samplesSet(parametersToSave) : >>>>>>>>>> model must be initialized before monitors used >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> O que seria exatamente isso? Já mexi em tudo quanto é >>>>>>>>>> configuração e código do meu modelo e nada até agora >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> Atenciosamente, >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> Victor Eduardo >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>>>> R-br mailing list >>>>>>>>>> [hidden email] >>>>>>>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663480&i=0> >>>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>>>>>> forneça código mínimo reproduzível. >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> ------------------------------ >>>>>>>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>>>>>>> discussion below: >>>>>>>>>> >>>>>>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp4663… >>>>>>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>>>>>>> NAML >>>>>>>>>> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >>>>>>>>>> >>>>>>>>> >>>>>>>>> >>>>>>>>> >>>>>>>>> -- >>>>>>>>> Alisson Lucrecio da Costa >>>>>>>>> >>>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>>> R-br mailing list >>>>>>>>> [hidden email] >>>>>>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=2> >>>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>>>>> forneça código mínimo reproduzível. >>>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>> R-br mailing list >>>>>>>> [hidden email] >>>>>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=3> >>>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>>>> forneça código mínimo reproduzível. >>>>>>>> >>>>>>>> ------------------------------ >>>>>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>>>>> discussion below: >>>>>>>> >>>>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp4663… >>>>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>>>>> NAML >>>>>>>> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >>>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> -- >>>>>>> Alisson Lucrecio da Costa >>>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> -- >>>>>> Alisson Lucrecio da Costa >>>>>> >>>>>> _______________________________________________ >>>>>> R-br mailing list >>>>>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=3> >>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>>>>> código mínimo reproduzível. >>>>>> >>>>> >>>>> >>>>> _______________________________________________ >>>>> R-br mailing list >>>>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=4> >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>>>> código mínimo reproduzível. >>>>> >>>>> ------------------------------ >>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>> discussion below: >>>>> >>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp4663… >>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>> NAML >>>>> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >>>>> >>>> >>>> >>>> >>>> -- >>>> Alisson Lucrecio da Costa >>>> >>> >>> >>> >>> -- >>> Alisson Lucrecio da Costa >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=3> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=4> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp4663… >> To unsubscribe from R-br, click here >> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscrib…> >> . >> NAML >> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >> > > > > -- > Alisson Lucrecio da Costa > -- Alisson Lucrecio da Costa

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Predição modelo GAM com factor para raster
by Thiago Cesar Lima Silveira 10 Nov '14

10 Nov '14

Olá pessoal, Estou com um problema para fazer a predição de um modelo GAM com uma variável categórica para rasters. Quando faço a predição do modelo para rasters, configurando a função predict() considerando a variável categórica, ela não funciona. Segue abaixo um código exemplo ilustrando o meu problema com e sem a variável categórica. Espero que possam ajudar. Muito obrigado! Thiago __________________________________ Thiago Cesar Lima Silveira Biólogo, Me. Biologia Animal Doutorando do PPG Zoologia - PUCRS ###### library(mgcv) library(raster) # exemplo de layer raster v1rst<-raster() values(v1rst) <- 1:ncell(v1rst) names(v1rst)<-'v1' # Exemplos de variáveis resposta e preditores y<-c(1,33,500,700, 334,320, 703,303,3030,3002,200,0,100,100,169) v1<-c(12,33,544,600, 34,30, 03,3390,3030,302,20,108,170,101,2009) v2<-c(0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1) v3<-c(12,33,544,600, 34,30, 03,3390,3030,302,20,108,170,101,2009) df<-data.frame(y, v1, v2) #GAM com variável categórica gam1<-gam(y~s(v1)+factor(v2), data=df) summary(gam1) #GAM model sem factor gam2<-gam(y~s(v1), data=df) summary(gam2) # data.frame com o valor constante #(da classe ’factor’) para ser usado na função predict( ). #Esse comando foi retirado do documento do pacote brt (http://cran.r-project.org/web/packages/dismo/vignettes/brt.pdf <http://cran.r-project.org/web/packages/dismo/vignettes/brt.pdf>) página 20. # Tentei algumas variações sem sucesso. Method<-factor(var.factor<-factor( '0' ,levels=levels(df$v2))) df$add<-data.frame(var.factor) #Prediction with factor p<-predict(v1rst,gam1, type='response', const='add' ) #Mensagem de ERRO - 'Error in `[.data.frame`(blockvals, , f[j]) : undefined columns selected #Prediction sem o fator p<-predict(v1rst,gam2, type='response') plot(p) #ok!

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Estimativa de prob. de geada
by Leonardo Monteiro 10 Nov '14

10 Nov '14

Prezados, Eu tenho dados de temperatura minima diária (~30 anos) e preciso estimar a prob. de geada para diversos locais. Estou considerando que ocorreu geada quando a tmin < 2°C. Eu poderia considerar o numero de dias q ocorre tmin<2°C / total de dias avaliados da serie? Ou seria melhor partir para uma binomial? Espero que possam me ajudar com sugestoes. Obrigado, Leonardo

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Re: [R-br] Ajuste de um semivariograma
by Tiago Souza Marçal 10 Nov '14

10 Nov '14

Obrigado Luis Paulo. Luis Paulo Braga <lpbraga(a)geologia.ufrj.br> escreveu: Não entendi muito bem o que vc quer. Um exemplo de ajuste de variograma no R é o seguinte: *vgm1=variogram(Cd~1,locations=~Xloc+Yloc,data=prediction.dat)#variograma experimental* *f<-fit.variogram(vgm1,vgm(0.8,"Sph",2,0.5))#ajuste por regressão não linear com “chutes” iniciais para os #parametros* *ff<-variogramLine(f,maxdist=2,n=500,min=1.0e-6)#geração de pontos do modelo* *plot(ff,col="blue")#plotando o modelo* *points(vgm1[,2],vgm1[,3], col="red")#plotando o variograma experimental* Em 7 de novembro de 2014 15:33, Tiago Souza Marçal < tiagosouzamarcal(a)hotmail.com> escreveu: > Boa tarde pessoal, > > gostaria de saber como faço para manipular os pares de pontos no > semivariograma ? > > Att. > > Tiago. > > > ################################################################# > > Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES > > Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de > Plantas > > ################################################################# > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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Instalação de pacotes
by Andre Oliveira 10 Nov '14

10 Nov '14

Pessoal, depois de muita tentativa e pesquisa no google e aqui na lista eu recorro a vocês. Estou com alguns problemas. Por algum motivo vou apresentar o Rcmdr em um curso e a importação de arquivos .xls depende instalar o XLConnect. que não dá certo de forma alguma. > install.packages("XLConnect") Installing package into ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1’ (as ‘lib’ is unspecified) also installing the dependency ‘XLConnectJars’ tentando a URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/XLConnectJars_0.2-9.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 12946884 bytes (12.3 Mb) URL aberta ================================================== downloaded 12.3 Mb tentando a URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/XLConnect_0.2-9.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 5735190 bytes (5.5 Mb) URL aberta ================================================== downloaded 5.5 Mb * installing *source* package ‘XLConnectJars’ ... ** package ‘XLConnectJars’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** R ** inst ** preparing package for lazy loading Error : package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install it ERROR: lazy loading failed for package ‘XLConnectJars’ * removing ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnectJars’ Warning in install.packages : installation of package ‘XLConnectJars’ had non-zero exit status ERROR: dependency ‘XLConnectJars’ is not available for package ‘XLConnect’ * removing ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnect’ Warning in install.packages : installation of package ‘XLConnect’ had non-zero exit status The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpqBkTaa/downloaded_packages’ > install.packages("XLConnectJars") Installing package into ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1’ (as ‘lib’ is unspecified) tentando a URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/XLConnectJars_0.2-9.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 12946884 bytes (12.3 Mb) URL aberta ================================================== downloaded 12.3 Mb * installing *source* package ‘XLConnectJars’ ... ** package ‘XLConnectJars’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** R ** inst ** preparing package for lazy loading Error : package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install it ERROR: lazy loading failed for package ‘XLConnectJars’ * removing ‘/home/andre/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/XLConnectJars’ Warning in install.packages : installation of package ‘XLConnectJars’ had non-zero exit status The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpqBkTaa/downloaded_packages’ Na verdade não instala nem o XLConnectJars, xlsx, e rjava! Dá os mesmo erros. Alguma sugestão? Sempre resolvi a questão assim, mas neste momento não deu certo! sudo apt-get build-dep r-cran-rjava sudo apt-get build-dep r-cran-rgl sudo apt-get build-dep r-cran-rcmdr install.packages("Rcmdr", dep=T) install.packages("XLConnect", dep=T) install.packages("XLConnectJars", dep=T) install.packages("rJava", dep=T) André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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Problema na matriz transposta
by Giselle Davi 10 Nov '14

10 Nov '14

Prezados, Tentei fazer a transposta de uma matriz ( 32459 x 19) no R. A transposição ocorre, mas o interior da matriz vira tudo NA.Verifiquei se o arquivo estava sendo lido como matriz e para minha surpresa: ESTAVA ( is.matriz(snp) ---> TRUE) !!!! Fui orientada a ler o arquivo já pedindo a transposição, mas o erro permanece. Alguém poderia me dizer como solucionar este problema ?Desde já agradeço. Att, Giselle

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Verificação de tendência
by Felinto COSTA 10 Nov '14

10 Nov '14

Prezados. Se os variogramas experimentais contruídos para várias direções mostram sempre um patamar e alcances bem definidos (ie, a semivariância não prossegue aumentando indefinidamente com a distância), isso é condição necessária e suficiente para afastar a existência de tendência? Pergunto isso porque é o caso dos meus dados, embora apresente as condições acima, também mostra ao plotarmos a variável vs. os eixos <plot.geodata> a linha da função lowess como um arco com max ao centro das coordenadas. Obrigado pela ajuda.

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Ajuste de um semivariograma
by Tiago Souza Marçal 09 Nov '14

09 Nov '14

Boa tarde pessoal, gostaria de saber como faço para manipular os pares de pontos no semivariograma ? Att. Tiago. ################################################################# Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas #################################################################

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by Edson Lira 09 Nov '14

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Re: [R-br] Erro ao rodar Wibugs/Openbugs
by Alisson Lucrécio 08 Nov '14

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Victor, Minha sugestão é que vc sustituia o código rbug por rstan, o rbug é muito problemático e ineficente, mande um CMR. Vc conseguiu rodar o rstar? Att. 2014-11-08 15:52 GMT-02:00 Alisson Lucrécio < alisson.lucrecio(a)ifgoiano.edu.br>: > Victor, > > Minha sugestão é que vc sustituia o código rbug por rstan, o rbug é muito > problemático e ineficente, mande um CRM. Vc conseguiu rodar o rstar? > Att. > > 2014-11-08 15:38 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] < > ml-node+s2285057n4663486h2(a)n4.nabble.com>: > > Não rodou aqui. =/ >> >> O erro que tinha incialmente eu consegui arrumar, só que agora surgiu >> outro >> >> Error in handleRes(res) : NA >> >> >> Só que não tem NA na minha base de dados >> >> 2014-11-08 14:10 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] >> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=0>>: >> >>> Caro Victor, >>> >>> Se der certo teste esse exemplo. >>> >>> library(rstan) >>> >>> treatment_level <- c("0", "5", "10", "15") >>> repetition_number <- 20 >>> response_mean <- c(100, 94, 88, 82) >>> >>> treatment <- gl(n = length(treatment_level), k = repetition_number, >>> labels = treatment_level) >>> str_error <- 2 >>> >>> response_temp <- sapply(response_mean, function(x){ >>> response <- rnorm(n = repetition_number, mean = x, sd = str_error) >>> }) >>> >>> response <- c(response_temp) >>> >>> plot(response ~ treatment) >>> >>> summary(lm(response ~ treatment -1)) >>> >>> mean(response) >>> sd(response) >>> >>> stan_data <- list(N = length(response), I = length(treatment_level), >>> Treatment=as.numeric(treatment), Response = response) >>> >>> # Bayesian method for estimate mean and standard error by treatment >>> >>> stan_modelcode <- " >>> data { // data setup >>> int<lower=0> N; // sample size >>> int<lower=1> I; // number of treatments >>> real Response[N]; // Response >>> int<lower=1, upper=I> Treatment[N]; // Treatment >>> } >>> >>> parameters { >>> real mu[I]; >>> real<lower=0, upper=100> sigma[I]; >>> } >>> >>> model { >>> //Priors >>> mu ~ normal(0, 100); >>> sigma ~ uniform(0, 100); >>> //Likelihood >>> for(i in 1:N) { >>> Response[i] ~ normal(mu[Treatment[i]], sigma[Treatment[i]]); >>> } >>> } >>> " >>> >>> fit <- stan(model_code = stan_modelcode, data = stan_data, iter = 1000, >>> chains = 3, >>> verbose = TRUE) >>> >>> plot(fit) >>> >>> 2014-11-08 14:09 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] >>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=1>>: >>> >>> Use esse código. >>>> >>>> Sys.setenv(MAKEFLAGS = "-j4") >>>> source('http://mc-stan.org/rstan/install.R', echo = TRUE, >>>> max.deparse.length = 2000) >>>> install_rstan() >>>> >>>> 2014-11-08 13:41 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email] >>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=2>>: >>>> >>>>> Oi Alisson, o pacote deu erro para instalar. Tanto pelo arquivo quando >>>>> pelo código install.packages >>>>> >>>>> >>>>> Esse erro que está acontecendo comigo é no modelo? Porque >>>>> aparentemente está tudo ok com ele. >>>>> >>>>> Em 8 de novembro de 2014 13:01, Alisson Lucrécio <[hidden email] >>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=0>> escreveu: >>>>> >>>>>> Victor, >>>>>> >>>>>> Boa tarde. >>>>>> >>>>>> Use o pacote rstan. >>>>>> >>>>>> Att. >>>>>> >>>>>> >>>>>> 2014-11-08 12:53 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email] >>>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=1>>: >>>>>> >>>>>> Pessoal, estou rodando um modelo de regressão pelo Openbugs. Na hora >>>>>>> de rodar ele da o seguinte erro durante o processo >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> Error in BRugs::samplesSet(parametersToSave) : >>>>>>> model must be initialized before monitors used >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> O que seria exatamente isso? Já mexi em tudo quanto é configuração >>>>>>> e código do meu modelo e nada até agora >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> Atenciosamente, >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> Victor Eduardo >>>>>>> >>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>> R-br mailing list >>>>>>> [hidden email] >>>>>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663480&i=0> >>>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>>>>> forneça código mínimo reproduzível. >>>>>>> >>>>>>> ------------------------------ >>>>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>>>> discussion below: >>>>>>> >>>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp4663… >>>>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>>>> NAML >>>>>>> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >>>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> -- >>>>>> Alisson Lucrecio da Costa >>>>>> >>>>>> _______________________________________________ >>>>>> R-br mailing list >>>>>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=2> >>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>>>>> código mínimo reproduzível. >>>>>> >>>>> >>>>> >>>>> _______________________________________________ >>>>> R-br mailing list >>>>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=3> >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>>>> código mínimo reproduzível. >>>>> >>>>> ------------------------------ >>>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>>> discussion below: >>>>> >>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp4663… >>>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>>> NAML >>>>> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >>>>> >>>> >>>> >>>> >>>> -- >>>> Alisson Lucrecio da Costa >>>> >>> >>> >>> >>> -- >>> Alisson Lucrecio da Costa >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=3> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=4> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp4663… >> To unsubscribe from R-br, click here >> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscrib…> >> . >> NAML >> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_view…> >> > > > > -- > Alisson Lucrecio da Costa > -- Alisson Lucrecio da Costa

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Erro ao rodar Wibugs/Openbugs
by Victor Eduardo 08 Nov '14

08 Nov '14

Pessoal, estou rodando um modelo de regressão pelo Openbugs. Na hora de rodar ele da o seguinte erro durante o processo Error in BRugs::samplesSet(parametersToSave) : model must be initialized before monitors used O que seria exatamente isso? Já mexi em tudo quanto é configuração e código do meu modelo e nada até agora Atenciosamente, Victor Eduardo

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Desdobrar interação dupla e tripla com glm
by Maurício Lordêlo 06 Nov '14

06 Nov '14

Saudações a todos! No mês passado, solicitei um auxílio sobre como analisar os dados de um experimento realizado com explantes de bananeiras considerando três fatores. Na ocasião descrevi o problema mais ou menos da seguinte forma (ocorreram algumas mudanças): "*Experimento realizado com explantes de bananeiras considerando três fatores:* *1. Genótipo, com dois níveis;* *2. Meio, com sete níveis;* *3. Tipo de corte, com oito níveis.* *O objetivo é verificar qual tipo de corte induziu melhor o explante na formação do embrião considerando os setes meios e os dois genótipos.* *Para isso foram preparadas duas placas (caracterizando o número de repetições) com uma quantidade de explantes idênticos de acordo com o corte e o genótipo (esta quantidade de explantes em cada placa variou de 6 a 11). Cada placa com estes explantes foi introduzida nos sete diferentes meios. As respostas foram obtidas registrando-se, em relação ao total de cada placa, quantos explantes oxidaram, quantos formaram calos, quantos não desenvolveram, etc.* *Os dados com uma variável resposta está neste link:* *https://www.dropbox.com/s/ci4u8c4vn4cmk4l/dados.txt?dl=0 <https://www.dropbox.com/s/ci4u8c4vn4cmk4l/dados.txt?dl=0> *" Obtive retorno do Walmes que contribui com valiosas sugestões. *O que preciso agora é realizar o desdobramento de interações duplas e triplas utilizando "glm"*. No CRM abaixo, apenas a interação dupla foi significativa. Porém, tenho outras variáveis neste experimento cuja interação tripla foi significativa e será necessário também desdobrar. Na busca que fiz, encontrei apenas comandos de desdobramentos para modelos ajustados com "aov". Antecipadamente, agradeço quem possa contribuir. Maurício dados = read.table("dados.txt",header=TRUE, sep="\t") str(dados) attach(dados) # Modelo fatorial completo, glm (quasi)binomial para variável resposta "n_ex_ox" model1 = glm(cbind(good=n_ex_ox, bad=n_explant-n_ex_ox)~genotipo*meio*tipo, data=dados, family=quasibinomial) anova(model1,test="F") summary(model1)

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Fatorial no R
by Andre Oliveira 06 Nov '14

06 Nov '14

Pessoas,como posso otimizar este cálculo? Com 365 o R nem faz o cálculo! Alguma sugestão? Obrigado! n=40np=factorial(365)/((365^n)*factorial(365-n))1-np André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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GeoXp <variocloudmap>
by Felinto COSTA 05 Nov '14

05 Nov '14

Prezados. Não consigo rodar a função acima sobre minha base de dados (1 variável/648 posições). O GeoXp só consegue retornar a nuvem/mapa/quadro de comando se eu eliminar cerca de 200 dados. Acima de 450 dados ele começa a retornar a mensagem: "não é possível alocar vetor com mais de xGB" (para 500 dados o x é de 3.8GB, para 648 dados o x é de 11GB). Tanto meu PC quanto o notebook possuem 8GB de RAM e trabalha em 64b (sistema e R). Minha dúvida é se esse problema se trata da arquitetura do pacote (insanável até atualização por parte do autor), de meu PC (8GB são tão pouco assim?) ou se o tamanho dos meus dados é grande (não creio). Há algum outro pacote que associe à nuvem o mapa da distribuição dos dados para identificação pontual? Abs. e obrigado pela colaboração.

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Dúvida
by Vanessa Felix 04 Nov '14

04 Nov '14

Alguém poderia me ajudar a passar esse comando de SAS pra R, tem que usar mtos if's e não tô conseguindo acertar. SELECT; WHEN(V0602=2) DO; *(FREQUENTA A ESCOLA); SELECT; WHEN(V6003=1) DO; *(REGULAR DE PRIMEIRO GRAU); SELECT; WHEN (V6030=1) DO;*(DURAÇÃO DO ENSINO FUNDAMENTAL = 8 ANOS); SELECT; WHEN(V0605=1) EDUCA3=0; WHEN(V0605=2) EDUCA3=1; WHEN(V0605=3) EDUCA3=2; WHEN(V0605=4) EDUCA3=3; WHEN(V0605=5) EDUCA3=4; WHEN(V0605=6) EDUCA3=5; WHEN(V0605=7) EDUCA3=6; WHEN(V0605=8) EDUCA3=7; OTHERWISE EDUCA3=100; Desde já obrigada, -- ------------------------------------------------------------------------------------------ Vanessa Felix do Nascimento Sergio Graduada em Estatística - ICE/UFJF Mestranda em Saúde Coletiva - IMS/UERJ Assistente de pesquisa I - Instituto de Pesquisa Econômica Aplicada – IPEA (32) 8854-4881 / 9142-8428 (21) 97656-3448 -------------------------------------------------------------------------------------------

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Função likfitBGCCM e predict
by Jacqueline Cantú 04 Nov '14

04 Nov '14

Caros,Usando os comando que seguem (os quais estão disponíveis em: http://www.leg.ufpr.br/geoR/tutorials/CCM.R)Gostaria de saber como proceder para obter a predição espacial para a segunda variável (y2), uma vez que essa rotina me fornece apenas os valores da predição da primeira variável (y1). require(geoR)set.seed(30)all.coords <- round(cbind(runif(200), runif(200)), dig=3)set.seed(111); ind1 <- sample(1:200, 120) coords1 <- all.coords[ind1,]set.seed(222); ind2 <- sample(1:200, 80) coords2 <- all.coords[ind2,] ## Model parameters:mu1 <- 10; mu2 <- 50sigma01 <- 2; sigma1 <- 1.5; sigma02 <- 8; sigma2 <- 6phi0 <- 0.2; phi1 <- 0.15; phi2 <- 0.25 ## Model parameters (reparametrised)sigma <- sigma01nu1 <- sigma1/sigmaeta <- sigma02/sigma; nu2 <- sigma2/sigma ## Simulating model componentsS0 <- grf(grid=all.coords, cov.pars=c(sigma, phi0))$dataS1 <- grf(grid=coords1, cov.pars=c(sigma1, phi1))$dataS2 <- grf(grid=coords2, cov.pars=c(sigma2, phi2))$data ## Y1 and Y2 datay1 <- as.geodata(cbind(coords1,10+S0[ind1]+S1))y2 <- as.geodata(cbind(coords2,50+S0[ind2]+S2)) ## maximum likelihood estimationfit12 <- likfitBGCCM(y1, y2, ini.s=c(2,1.5,8,6), ini.phi=c(.2,.15,.25), control=list(trace=T))fit12 ## Predictionlocs <- cbind(c(0.2, 0.5, 0.7, 0.2), c(0.3, 0.5, 0.2, 0.8))pred12 <- predict(fit12, loc=locs) Att, Jacqueline.

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Seria um caso de R inferno?
by Jose Claudio Faria 03 Nov '14

03 Nov '14

Olá, Estava preparando um material didático para aulas de introdução à estatística, na parte das variáveis aleatórias contínuas e me deparei com um problema que ainda não encontrei resposta. Seria um caso de R inferno? # Função de densidade: chisq fchisq <- function(x, n) (1/(2^(n/2)*gamma(n/2)))*x^(n/2-1)*exp(-x/2) par(mfrow=c(1, 2)) plot(fchisq(x=1:100, n=10)) curve(dchisq(x, 10), col='red', lw=2, add=TRUE, n=1e3) ## OK: a função fchisq está correta! plot(fchisq(x=seq(0, 50, len=100), n=10)) curve(dchisq(x, 10), col='red', lw=2, add=TRUE, n=1e3) ## ? Gastei um bom tempo para perceber que o uso de "seq" não é correto nesses casos. Ab, ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)9966.9100 - VIVO 55(73)9100.7351 - TIM 55(73)8817.6159 - OI ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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Re: [R-br] Função likfitBGCCM e predict
by Jacqueline.cantu 03 Nov '14

03 Nov '14

Ao trocar y1por y2 todos os parâmetros da função mudam.. Por se tratar do modelo bivariado BGCCM os parâmetros não deveriam ser os mesmos? Enviado por Samsung Mobile "walmes ." <walmeszeviani(a)gmail.com> wrote: Não é só uma questão de trocar y1 por y2 em todas as ocorrências, e vice versa? À disposição. Walmes. Em 03/11/2014 16:23, "Jacqueline Cantú" <jacqueline.cantu(a)hotmail.com> escreveu: Caros, Usando os comando que seguem (os quais estão disponíveis em: http://www.leg.ufpr.br/geoR/tutorials/CCM.R) Gostaria de saber como proceder para obter a predição espacial para a segunda variável (y2), uma vez que essa rotina me fornece apenas os valores da predição da primeira variável (y1). require(geoR) set.seed(30) all.coords <- round(cbind(runif(200), runif(200)), dig=3) set.seed(111); ind1 <- sample(1:200, 120) coords1 <- all.coords[ind1,] set.seed(222); ind2 <- sample(1:200, 80) coords2 <- all.coords[ind2,] ## Model parameters: mu1 <- 10; mu2 <- 50 sigma01 <- 2; sigma1 <- 1.5; sigma02 <- 8; sigma2 <- 6 phi0 <- 0.2; phi1 <- 0.15; phi2 <- 0.25 ## Model parameters (reparametrised) sigma <- sigma01 nu1 <- sigma1/sigma eta <- sigma02/sigma; nu2 <- sigma2/sigma ## Simulating model components S0 <- grf(grid=all.coords, cov.pars=c(sigma, phi0))$data S1 <- grf(grid=coords1, cov.pars=c(sigma1, phi1))$data S2 <- grf(grid=coords2, cov.pars=c(sigma2, phi2))$data ## Y1 and Y2 data y1 <- as.geodata(cbind(coords1,10+S0[ind1]+S1)) y2 <- as.geodata(cbind(coords2,50+S0[ind2]+S2)) ## maximum likelihood estimation fit12 <- likfitBGCCM(y1, y2, ini.s=c(2,1.5,8,6), ini.phi=c(.2,.15,.25), control=list(trace=T)) fit12 ## Prediction locs <- cbind(c(0.2, 0.5, 0.7, 0.2), c(0.3, 0.5, 0.2, 0.8)) pred12 <- predict(fit12, loc=locs) Att, Jacqueline. _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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separador decimal e milhar
by Cleber N.Borges 03 Nov '14

03 Nov '14

Prezados, Boa Tarde... Tenho uma tabela de valores monetários em que há: 1) separação decimal por vírgula e 2) separação de milhar por ponto. como ler isso direto no R? Pensei na função read.table, porém só vi a opção *dec=","* e nada para a questão da separação de casa de milhar. Agradeço antecipo pela ajuda Cleber Exemplo de linhas: 1 2.195,46 666,66 0,00 1.436,83 46,03 20,94 25,00 200.000,00 2 2.238,43 666,66 0,00 1.479,95 45,88 20,94 25,00 199.333,34 3 2.233,33 666,66 0,00 1.475,00 45,73 20,94 25,00 198.666,68

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dados Facebook
by Vinicius Brito Rocha 03 Nov '14

03 Nov '14

Senhores, alguém já extraiu informação do facebook com o R? O pacote Rfacebook está com problemas. Abs -- *Vinicius Brito Rocha.* *Estatístico e Atuário * *M.Sc. Engenharia de Produção/PO* *Ph.D. Estudante Sistemas Computacionais*

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Dúvida teórica sobre hipótese nula e alternativa
by Fernando Antonio de souza 02 Nov '14

02 Nov '14

Caros colegas Não sei se é uma questão ingênua, me ocorreu agora e queria uma opinião. A hipótese nula representa a hipótese comumente aceita e que o pesquisador deseja provar ser falsa. Esta hipótese não necessariamente expressa igualdade de dois tratamentos ou da media da população a um valor pre-determinado. Por exemplo se é sabido q dois tratamentos são diferentes e você deseja demonstrar q são iguais, a hipótese nula não é de igualdade mas de diferença. Estou certo? Como procedo na Anova uma vez q a hipótese nula no R é de igualdade? Penso q conduzo a analise da mesma forma só q meu interesse estará em aceitar a hipótese nula ao invés de rejeita-la . Não deveria o software permitir a definição da hipótese nula pelo usuário?

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Legenda mapa erro padrão predição krigagem
by Helder Gramacho 31 Out '14

31 Out '14

Olá pessoal boa noite, Na figura estão representados o erro padrão de predição de duas krigagens obtidas a partir dos seguintes comandos: # mapa da esquerda image(kr.ln.vti.ha,val=sqrt(kr.ln.vti.ha$krige.var),ylim=c(-10,110),xlim=c(1,80),col=rev(heat.colors(10)),ylab="Coordenada N",xlab="Coordenada E") legend.krige(x.leg=c(0,80),y.leg=c(-8,0),val=sqrt(kr.ln.vti.ha$krige.var),col=rev(heat.colors(10))) # mapa da direita image(kr.vp.mod.2.1.sar,val=sqrt(kr.vp.mod.2.1.sar$krige.var),ylim=c(-10,110),xlim=c(1,80),col=rev(heat.colors(10)),ylab="Coordenada N",xlab="Coordenada E") legend.krige(x.leg=c(0.81,83.74),y.leg=c(-8,0),val=sqrt(kr.vp.mod.2.1.sar$krige.var),col=rev(heat.colors(10))) Como dá para perceber, os intervalos de representação das cores são diferentes, como o objetivo é compará-las o ideal é que o intervalo fosse o mesmo para ambas. É possível fixar o intervalo de representação para geração dos dois mapas? Como? [image: Imagem inline 1] Desde já agradeço a ajuda, *Hélder Gramacho * Recife-PE / *agrohelder(a)gmail.com <agrohelder(a)hotmail.com>*

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Teste de hipoteses para assimetria e curtose.
by Andre Oliveira 30 Out '14

30 Out '14

Pessoas,estou buscando como testar as hipóteses para os coeficientes de assimetria e curtose. Aqui eu consigo os coeficientes mas não tenho o teste. require(e1071) x=c(72, 70, 77, 60, 67, 69, 68, 66, 65, 71, 69) kurtosis(x,type=1)+3 skewness(x,type=1) Para assimetria gostaria de testar se o coeficiente B1 difere de 0 (Um teste de normalidade o suficiente?) Para curtose preciso testar se B2 difere de 3. Alguém tem alguma sugestões? E só mesmo para colocar em minha notas de aulas. André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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Instalação plotKML
by Felinto COSTA 30 Out '14

30 Out '14

Colegas. Não consigo executar o pacote <plotKML>. O console retorna a mensagem: ------------------------------------------------------------------------ > library(plotKML) Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : there is no package called ‘Rcpp’ Erro: package or namespace load failed for ‘plotKML’ ------------------------------------------------------------------------ Essa é a versão que tenho do R: ------------------------------------------------------------------------ > sessionInfo() R version 3.1.1 (2014-07-10) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) locale: [1] LC_COLLATE=Portuguese_Brazil.1252 LC_CTYPE=Portuguese_Brazil.1252 [3] LC_MONETARY=Portuguese_Brazil.1252 LC_NUMERIC=C [5] LC_TIME=Portuguese_Brazil.1252 attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base ------------------------------------------------------------------------ Já tentei a instalação do mesmo com <install.packages("plotKML", dependencies=T)> sem dar certo também. Mesmo problema ao tentar executar o pacote <ggplot2>. Agradeço a cooperação.

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Função qnorm()
by Jodavid Ferreira 29 Out '14

29 Out '14

Alguém sabe como funciona a função qnorm()? estou precisando implementar alguém sabe a fórmula utlizada? em que eu tenho o valor da probabilidade e me retorne o valor de Z. por exemplo em dou a entrada de 0.5 e me retorne 0 ou dou entrada de 0.05 e me retorne -1.64 -- Jodavid Ferreira Bacharelando em Estatística - Universidade Federal da Paraíba - www.de.ufpb.br Estagiário no Laboratório de Estatística Aplicada ao Processamento de Imagens e Geoprocessamento - http://de.ufpb.br/~leapig Site Pessoal - http://blog.jodavidferreira.com Twitter - @JodavidFerreira <http://twitter.com/JodavidFerreira>

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Transformação reversa
by Felinto COSTA 29 Out '14

29 Out '14

Prezados. Alguém já implementou uma rotina para realizar a transformação reversa dos resultados de uma krigagem ordinária cujos dados originais foram transformados, cf. o Prof. Jorge Yamamoto propôs?

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Submissão ao CRAN
by Waldelene Moura 29 Out '14

29 Out '14

Olá Pessoal Gostaria de submeter ao CRAN, um pacote que implementei no meu mestrado. Alguém que já domine o assunto pode me dar umas dicas de como faze-lo para diminuir a possibilidade de erros? Tenho algumas dúvidas, por exemplo: 1. O manual de documentação necessariamente tem que ser em ingles? 2. Dentre as funções do pacote existe uma que foi implementada no Matlab por outra pessoa e adaptada por mim no R. Preciso pedir autorização ao autor para submeter ou só referencio ele na documentação?. Agradeço a quem puder me ajudar. Waldelene Moura Analista de Sistemas Universidade Federal do Maranhão

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mesclar dataframes
by Leonard de Assis 29 Out '14

29 Out '14

O melhor jeito de juntar dois dataframes ao bom e velho estilo SQL (SELECT ... INNER JOIN ...) é com merge mesmo né?

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R - matlab
by Fernanda De Bastiani 28 Out '14

28 Out '14

Caros, alguém tem algum exemplo prático de como usar o pacote R.matlab para poder ler e rodar funções do matlab no R? Ou conhece algum outro pacote? Obrigada. Fernanda

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Fazer rasterbricks a partir de rasterstacks que estão no ambiente do R e na pasta de trabalho.
by Maraisa Braga 28 Out '14

28 Out '14

Olá a todos! Sou nova por aqui, então se cometer alguma gafe, por favor me avisem. Preciso fazer rasterbricks de objetos que são rasterstacks e estão no meu ambiente do R com arquivos que tb são rasterstacks e estão no meu working diretory. Então, tenho isso: JJA<-list.files(pattern="JJA.grd") seasonal<-apropos(what="seasonal_") anual<-apropos(what="anual_") >JJA [1] "CCSM_0k_JJA.grd" "CCSM_26_JJA.grd" "CCSM_85_JJA.grd" > seasonal [1] "seasonal_CCSM_0k" "seasonal_CCSM_26" "seasonal_CCSM_85" > anual [1] "anual_CCSM_0k" "anual_CCSM_26" "anual_CCSM_85" Assim, os objetos "anual" e "seasonal" estão no ambiente do R e o objeto "JJA" está no working diretory. Tentei fazer isso, mas não dá certo: >brick(stack(JJA[1]), anual[1], seasonal[1]) Error in round(nl) : non-numeric argument to mathematical function > brick(stack(JJA[1]), stack(anual[1]), stack(seasonal[1])) Error in .local(.Object, ...) : `D:\...\seasonal_CCSM_0k' does not exist in the file system, and is not recognised as a supported dataset name. Error in .rasterObjectFromFile(x, objecttype = "RasterBrick", ...) : Cannot create a RasterLayer object from this file. (file does not exist) Alguma sugestão? Maraísa

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GeoR <likfit>
by Felinto COSTA 28 Out '14

28 Out '14

Caros colegas. Ao se usar a função <likfit>, os valores por ela estimados da anisotropia geométrica (anisotropy angle e anisotropy ratio) já estão considerados no variograma ajustado ou devemos usá-los como base para transformar as coordenadas via <coords.aniso>, corrigir a anisotropia detectada e então estimar novamente os parâmetros do variograma teórico. FCosta

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geoR: variog4, posição da legenda
by Helder Gramacho 28 Out '14

28 Out '14

Bom dia pessoal, Sempre que utilizo a função variog4 do pacote geoR as legendas estão ficando sobrepostas às curvas dos semivariogramas direcionais. Tentei posiciona-la adequadamente mas não consegui. É possível posicionar a legenda em outro local? [image: Imagem inline 1] Desde já agradeço, *Hélder Gramacho * Recife-PE / *agrohelder(a)gmail.com <agrohelder(a)hotmail.com>*

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análise de agrupamento
by Aline Lipsky 28 Out '14

28 Out '14

Prezados colegas, Estou fazendo uma análise de agrupamento hierárquico pelo método de Ward com o seguinte script: safra2012 <- read.csv2("safra2012.csv") tiff("safra2012.tiff", width = 2000, height = 1100) par( mfrow = c (1,1), cex.main = 1.6, cex.lab = 1.2, cex.axis = 1.2, cex = 1.4) d <- vegdist(safra2012, method = "jaccard", binary = TRUE) dissimilaridade <- hclust(d, method="ward") plot(dissimilaridade, hang=-1, main = "Safra 2012") dev.off( ) Eu gostaria de plotar o dendograma sem o nome de cada objeto da minha matriz. Grata pela atenção. Atenciosamente, Aline Lipsky

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[OFF-topic] Processar uma base de dados grande - ENEM 2012 - 6 milhões de registros - só 40 segundos
by walmes . 27 Out '14

27 Out '14

Saudações, Essa mensagem é apenas para compartilhar uma experiência que tive e considero que o problema aqui discutido não seja tão particular. Fui procurado por alguém que precisava processar um arquivo com resultados da prova do ENEM 2012 para aplicar teoria de resposta ao item. Precisava-se processar o arquivo original para chegar em um que tivesse apenas 5 das 80 colunas (notas para as competências sobre a redação) e somente às linhas que tivessem o conteúdo "P" (de presente) para a coluna "IN_STATUS_REDACAO". O arquivo é um csv, delimitador vírgula, aspas nas strings, 5791066 de linhas, 3.8 GB. Fiz o que me veio na cabeça de primeira: "dividir para conquistar". Lia porções de 30 mil linhas do arquivo (usando na read.table() o skip= e nrow=), separava as 5 colunas, mantinha só as linhas com registro P e escrevia para um arquivo com write.table(..., append=TRUE). Isso dentro de um for(). Na minha implementação, um tanto ingenua e corrida porque fiz enquanto era assistido a programar, quanto apliquei ao arquivo alvo levou 3h40. Esperava que fosse demorar mas não tanto. Minha máquina tem 16 GB de RAM. Sabendo que o bash do linux é muito eficiente para tarefas como operações em arquivos texto, eu fui buscar na internet como fazer o mesmo. Resultado é que tudo se resolveu com 37 segundos!!! É por isso que achei interessante compartilhar com a lista, inclusive para saber se alguem tem meios alternativos para solucionar o problema. Seguem os comandos que apliquei no terminal do Linux. Os dados fornecidos no exemplo são apenas as 10 mil primeiras linhas do arquivo original. ##----------------------------------------------------------------------------- ## 0. Aquisição dos dados. Apenas 10000 registros dos 5791066 do arquivo ## original. wget http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/DADOS_ENEM_2012_10millinhas.csv -O DADOS_ENEM_2012.csv ls wc -l DADOS_ENEM_2012.csv ##----------------------------------------------------------------------------- ## 1. Filtrar só às colunas de interesse. Da 74 à 79. Na 74 tem-se os ## valores P, F e outros. cut -d , -f 74-79 DADOS_ENEM_2012.csv > file.csv head -10 file.csv wc -l file.csv ##----------------------------------------------------------------------------- ## 2. Manter só as linhas com ocorrência do P. grep "P" file.csv > fileP.csv wc -l fileP.csv head -10 fileP.csv ##----------------------------------------------------------------------------- ## 3. Remover à colunas com P, ou seja, manter da 2 à 6. cut -d , -f 2-6 fileP.csv > file.csv head -10 file.csv wc -l file.csv ##----------------------------------------------------------------------------- ## 4. Remover as aspas para salvar espaço em disco. sed 's/\"//g' file.csv > fileP.csv head -10 fileP.csv ##----------------------------------------------------------------------------- ## 5. Como contar o número de linhas repetidas. Gerar tabela de frequência dos ## padrões de resposta. Economiza espaço e é a informação mínima ## necessária para ajustar TRI. Remover o cabeçalho. sed 1d fileP.csv > file.csv sort file.csv | uniq --count > fileP.csv head -10 fileP.csv tail -10 fileP.csv ##----------------------------------------------------------------------------- ## 6. Eliminar espaços no ínicio e colocar uma vírgula entre a ## frequência e o primeiro registro para que todos os campos sejam ## separados por `,`. sed -e 's/^ *//;s/ /,/' fileP.csv > fileFreq.csv head -10 fileFreq.csv wc -l fileFreq.csv ##----------------------------------------------------------------------------- À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 skype: walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================

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Tabela 2 x 2
by Taynãna César Simões 27 Out '14

27 Out '14

Bom dia, pessoal. Gostaria de identificar os labels em uma tabela 2x2, através de uma condição. Em uma tabela comum, consigo usar: names(tabela)[condicao] Por exemplo: names(tabela)[sum(tabela)>1] Não consigo usar a mesma ideia com uma tabela 2x2: names(table(variável1,variável2))[condicao] Já tentei colnames e rownames, sem sucesso. Alguma ideia? Grata, Taynãna FIOCRUZ-Minas

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hclust nested
by David Feitosa 25 Out '14

25 Out '14

Caríssimos, boa noite. Consegui fazer um código que gera objetos hclust e os ploto como dendrograma. Procurei na net por código que pudesse usar como na figura do link abaixo: http://www.cs.jhu.edu/~razvanm/fs-expedition/hclust-example.png Plotar como a imagem da esquerda eu consigo tranquilo, mas como a da direita, não achei nenhuma referência. Alguém saberia qual pacote ou função eu devo usar para conseguir esse resultado em forma de círculos/elipses? Atenciosamente, David Feitosa (\_(\ (=°;°) (("")("")

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Re: [R-br] skater e deldir
by Rafael Tieppo 25 Out '14

25 Out '14

Hélio, Após dividir sua área em polígonos, vc terá um conjunto de coordenadas, onde cada conjunto será um polígono. Com esse objeto pronto em forma de lista: Passo 1: Formar "Polygons" POLS <- lapply(1:length(AREAS), function(x) Polygons(list(Polygon(AREAS[[x]])), ID = paste("reg", x, sep = ""))) Passo 2:Converter em "SpatialPolygons" POLS <- as.SpatialPolygons.PolygonsList(POLS, proj4string=CRS(as.character(NA))) Agora vc já pode usar a função poly2nb() poly2nb(POLS) Tem um tutorial bem detalhado do professor: Classes para dados espaciais: o pacote sp Classes para dados espaciais: o pacote sp [next] [prev] [prev-tail] [tail] [up] 31 Classes para dados espaciais: o pacote sp View on www.leg.ufpr.br Preview by Yahoo Rafael Tieppo On Sunday, October 19, 2014 7:52 PM, "r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Integral (andrebvs(a)bol.com.br) 2. skater e deldir (Hélio Gallo Rocha) 3. Re: Integral (walmes .) 4. Re: Integral (Diogo Ferrari) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Sun, 19 Oct 2014 17:23:19 -0200 From: andrebvs(a)bol.com.br To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Integral Message-ID: <54440fa757983_6ecd6f8283895160(a)a4-winter16.mail> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20141019/d7d3470d/atta…> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: Integral.jpg Tipo: image/jpeg Tamanho: 38510 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20141019/d7d3470d/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Sun, 19 Oct 2014 18:29:49 -0200 From: Hélio Gallo Rocha <heliogallorocha(a)gmail.com> To: r-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] skater e deldir Message-ID: <CA+ppPW4iTRziJQf191Xjd_vpHgaW2E5eTyxxs4_pDAOfKX23Kg(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Caros da lista, Estou tentando implementar o uso de SKATER do pacote spdep. Gostaria de contar com a boa vontade dos listeiros para resolver esta dificuldade. Para iniciar o skater tenho de dividir minha área em poligonos. Para tal estou usando o pacote deldir. Abaixo um exemplo da própria página CRAN. require(deldir) set.seed(42) x <- runif(20) y <- runif(20) d <- deldir(x,y) (ttt <- triang.list(d) ) plot(ttt,border="red",showrect=TRUE) (sss <- tile.list(d)) plot(sss) plot(ttt,add=TRUE,border="blue") O objeto ttt lista os conjuntos de três pontos que formam o poligono Teria uma forma automatizada para gerar estes poligonos no formato shape, pois o CRM do skater que tenho utiliza o comando "readShapePoly" do spdep. Tentei exportar para o formato XLS, mas não foi possível pois o objeto ttt não é um data.frame Agradeço desde já -- Hélio Gallo Rocha IFSULDEMINAS - Câmpus Muzambinho -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20141019/e658abd9/atta…> ------------------------------ Message: 3 Date: Sun, 19 Oct 2014 19:40:44 -0200 From: "walmes ." <walmeszeviani(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Integral Message-ID: <CAFU=EkZ_E8hLAgXoUk79T7u6qpi4LLtbqrNAvjCXx+rwjT6Fdw(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" ? Eu gosto muito de desafios de cálculo mas aprecio muito mais o desafio quando sei do que se trata, quando tem contexto. Você não forneceu nenhum. Meu julgamento adivinhatório de imprecisão acha que tem a ver com estatísticas de ordem. Essa lista tem a prerrogativa de não resolver problemas de sala de aula para não tirar do aluno o privilégio do conhecimento a se adquirir em resolvê-lo. Espero que não seja esse o caso. A lista também pede para não encaminhar conteúdo em anexo. Como se trata de uma sequência de desenvolvimento matemático, um opção seria fazer no eqneditor (http://www.codecogs.com/latex/eqneditor.php) e colar o código latex correspondente, como por exemplo esse código \begin{align*} f(x) &= \theta_y+\theta_2 (x-\theta_x)^2 \\ &= \theta_y+\theta_2 (x^2-2\theta_x x+\theta_x^2)\\ &= \underbrace{(\theta_y+\theta_2\theta_x^2)}_{\beta_0}-\underbrace{2\theta_2\theta_x}_{-\beta_1} x+\underbrace{\theta_2}_{\beta_2} x^2\\ &= \beta_0+\beta_1 x+\beta_2 x^2 \end{align*} Aí a coisa funciona como CMR, onde o código é latex. É só recortar esse código e colar no eqneditor. O mais experts em latex podem editar sem precisar renderizar, inclusive. À disposição. Walmes. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20141019/587e8e00/atta…> ------------------------------ Message: 4 Date: Sun, 19 Oct 2014 17:52:04 -0400 From: Diogo Ferrari <diogoferrari(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Integral Message-ID: <9324409F-1A97-4147-874B-B711B15C4E3F(a)gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Caro Andre Segue abaixo a resposta. Acho porem que existem alguns fóruns mais apropriados para perguntas desse tipo. Procure fóruns sobre matemática, ou calculo especificamente. Acho que essa lista e mais adequada para questões envolvendo programação estatística. Use integração por partes (no exemplo q estou enviando, não inclui a constante na integral indefinida pq vc tem uma integral definida. Portanto, apenas inclua os limites de integração no exemplo). Abracos -- Diogo Ferrari PhD Student University of Michigan, Ann Arbor Department of Political Science E-mail: dferrari(a)umich.edu <mailto:dferrari@umich.edu> Open Source! Use R! Use Linux! "A vida é a arte de tirar conclusões suficientes de dados insuficientes" > On Oct 19, 2014, at 3:23 PM, andrebvs(a)bol.com.br wrote: > > Aonde estou errando nessa integral, o caminho não seria esse? > > Att. > André > <Integral.jpg>_______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20141019/f9144d27/atta…> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: latexit-drag.pdf Tipo: application/pdf Tamanho: 59430 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20141019/f9144d27/atta…> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20141019/f9144d27/atta…> ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 46, assunto 20 *****************************************

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Pontos médio da classes de um histograma.
by Andre Oliveira 24 Out '14

24 Out '14

Boa tarde,alguém pode ajudar nesta questão? x=rnorm(3000,50,3) a=hist(x)xi<-c(10, 11, 12, 13) # Pontos médios das classes do histograma apenas exemplo! Freq<-c(5, 8, 10, 6) # Frequências de cada classe do histograma apenas exemplo! med2=sum(xi*Freq)/sum(Freq) med2 André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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retornar os valores originais de SP1 no modelo offset
by Humberto Hazin 24 Out '14

24 Out '14

Prezados, Gostaria de tirar uma dúvida Como faço para retornar os valores originais de SP1 em um modelo no qual utilizo o offset(): exemplo Set1= <https://www.dropbox.com/s/7cv6zr76zn6i733/set1.csv?dl=0> https://www.dropbox.com/s/7cv6zr76zn6i733/set1.csv?dl=0 infile2<-"set1.csv" setS<-read.csv(infile2, header = TRUE, sep = ",", quote="\"", dec=".",fill = TRUE) # Criar Fatores myfile$S<-factor(myfile$group) myfile$M<-factor(myfile$mes) myfile$Y<-factor(myfile$ano) library(mgcv) library(MASS) mod<-gam(SP1~s(lon,lat)+ s(mes)+Y+log(offset(effort), family=negbin,data=setS) no mais agradeço desde já Humberto ___ Humberto Gomes Hazin Coordenador do curso Engenharia de Pesca Departamento de Ciências Animais DCAn Universidade Federal Rural do Semi-Árido Av. Francisco Mota, n° 572, Km 47, BR 110, Costa e Silva. Mossoró/RN - CEP: 59625-900 - Rio Grande do Norte E-mail: <mailto:coordenacaopesca@ufersa.edu.br> coordenacaopesca(a)ufersa.edu.br

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retornar os valores originais de SP1 no modelo offset
by Humberto Vazio 24 Out '14

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PrezaEnviado do meu iPhone

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(sem assunto)
by Ari Clecius 24 Out '14

24 Out '14

Caros colegas, uso alguns modelos de isotermas de adsorção, para o modelo de Langmuir existem algumas linearizações, como faço para avaliar no R se o modelo não linear é melhor que o modelo linearizado? Att, Ari Clecius Alves de Lima Engenheiro Químico Me. Engenharia Civil (085)88412345 (085)33669042 #CRM ce=c(0.66450,0.92395,1.22510,1.53040,12.89600,32.44400,70.93000,135.54800) qe=c(0.65864,0.83815,1.09135,1.42049,11.57060,15.42198,16.41500,20.42020) #########Modelo linear#################### ce_inv=1/ce qe_inv=1/qe Langmuir_Linear=lm(qe_inv~ce_inv) summary(Langmuir_Linear) names(Langmuir_Linear) Langmuir_Linear$coefficients Langmuir_Linear$coefficients[1] qmax_L=1/Langmuir_Linear$coefficients[1] qmax_L kl_L=1/qmax*Langmuir_Linear$coefficients[2] kl_L qe_est_L=qmax_L* kl_L*ce/(1+ kl_L *ce) plot(ce,qe) lines(ce,qe_est_L,col="blue") ########################################## library(nlstools) adsorption=list(ce,qe) langmuir<-nls(qe~qmax*kl*ce/(1+kl*ce),adsorption,start=list(qmax=30,kl=0.02)) summary(langmuir) qe_Est_NL=21.40602* 0.07498 *ce/(1+ 0.07498 *ce) qe_Est_NL plot(ce,qe) lines(ce,qe_Est_NL,col="red") legend("top",legend=c("LangmuirExp","Langmuir_Est_NL"), lty=c(NA,1), col=c("black","red"),pch=c(3,NA),cex=0.6) ######################################## ############################################# plot(ce,qe) lines(ce,qe_est_L,col="blue") lines(ce,qe_Est_NL,col="red") legend("topleft",legend=c("LangmuirExp","Langmuir_Est_L","Langmuir_Est_NL"), lty=c(NA,1,1), col=c("black","blue","red"),pch=c(3,NA,NA),cex=0.6) #####################################################

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ggplot2, círculos e setas
by Roney Fraga Souza 24 Out '14

24 Out '14

Pessoal, Estou fazendo um gráfico no ggplot2() com o seguinte código: #———————————— # inicio do código #———————————— library(ggplot2) library(grid) mydf <- read.csv(file='http://dpaste.com/24KGSW9.txt', sep=',') head(mydf) g <- ggplot(data=mydf, aes( x=t.ano, y=nn.t.grupo, size=t.ttgrupo)) + geom_point(shape=21) + scale_size_area(max_size=12) + scale_x_continuous(limits=c(min(mydf[,'t.ano']), max(mydf[,'t.ano'])), breaks = seq(min(mydf[,'t.ano']), max(mydf[,'t.ano']),by=1)) + scale_y_continuous(limits=c(min(mydf[,'nn.t.grupo']), max(mydf[,'nn.t.grupo'])), breaks = seq(min(mydf[,'nn.t.grupo']), max(mydf[,'nn.t.grupo']),by=1)) + geom_segment( data=mydf, aes( x = xbeg, y = ybeg, xend = xend, yend = yend), arrow = arrow(length = unit(0.30,"cm"), type='closed'), size=0.5, color='black') + theme(legend.position='none') print(g) #———————————— # fim do código #———————————— O link do gráfico esta aqui. http://i.imgur.com/o0nyYzA.png <http://i.imgur.com/o0nyYzA.png> Eu preciso que as setas iniciem e parem nas bordas dos círculos, considerando o tamanho dos círculos depende da variável mydf$t.ttgrupo. Ou seja, eu teria que saber o raio dos círculos para desconta-los nas variáveis mydf$xbeg e mydf$xend. Alguma dica de como fazer isso? Att Roney

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converter UTM para graus
by Aline Lipsky 24 Out '14

24 Out '14

Boa tarde, Eu tenho um shapefile em UTM. Gostaria de saber se existe uma função que possa plotar o mapa em graus. Grata desde já pela atenção Aline

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