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GGPLOT
by Edson Lira 23 Fev '15

23 Fev '15

Meus caros amigos, estou tentando usar um exemplo de aplicação de MCA, script abaixo: #Usando MCA# load packagesrequire(FactoMineR)require(ggplot2) # load data teadata(tea)teanames(tea)# select these columnsnewtea = tea[, c("Tea", "How", "how", "sugar", "where", "always")] # take a peekhead(newtea)names(newtea)str(newtea)cats = apply(newtea, 2, function(x) nlevels(as.factor(x)))cats # apply MCAmca1 = MCA(newtea, graph = FALSE) # list of resultsmca1 # table of eigenvaluesmca1$eig #We can use the package "ggplot2()" to get a nice plot:# data frame with variable coordinatesmca1_vars_df = data.frame(mca1$var$coord, Variable = rep(names(cats), cats)) # data frame with observation coordinatesmca1_obs_df = data.frame(mca1$ind$coord) par(cex.axis=0.5)# plot of variable categoriesggplot(data=mca1_vars_df,cex.axis=0.5, cex.lab=0.5, aes(x = Dim.1, y = Dim.2, label = rownames(mca1_vars_df))) + geom_hline(yintercept = 0, colour = "gray70") + geom_vline(xintercept = 0, colour = "gray70") + geom_text(aes(colour=Variable)) + ggtitle("MCA plot of variables using R package FactoMineR") # MCA plot of observations and categoriesggplot(data = mca1_obs_df, aes(x = Dim.1, y = Dim.2)) + geom_hline(yintercept = 0, colour = "gray70") + geom_vline(xintercept = 0, colour = "gray70") + geom_point(colour = "gray50", alpha = 0.7) + geom_density2d(colour = "gray80") + geom_text(data = mca1_vars_df, aes(x = Dim.1, y = Dim.2, label = rownames(mca1_vars_df), colour = Variable)) + ggtitle("MCA plot of variables using R package FactoMineR") + scale_colour_discrete(name = "Variable") Como faço para mudar o tamanho da fonte do título, dos eixos, legenda, etc.? Tentei os comandos cex, cex.axis, cex.lab, mas não consegui. Alguém tem alguma sugestão? [ ]'s.Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Pacote precintcon
by Lucas Venezian Povoa 19 Fev '15

19 Fev '15

Prezados, Toma a liberdade de divulgar nessa lista um novo pacote do R chamado *precintcon*, o qual foi publicado hoje no CRAN. Eu sou o autor e mantenedor desse pacote, cuja finalidade é analisar concentração, intensidade e anomalia de séries de precipitação (diárias e/ou mensais). Os principais índices implementados nesse pacote são: * Percent of Normal (PN) * Deciles * Concentration Index (CI) * Precipitation Concentration Index (PCI) * Rainfall Anomaly Index (RAI) * Standardized Precipitation Index (SPI) Além disso, são disponibilizadas várias funções para plotagem de séries de precipitação definidas com base no pacote *ggplot2*. Qualquer sugestão, crítica ou problema encontrado me enviem através do site do github (https://www.github.com/lucasvenez/precintcon) referente ao pacote. Grato pela atenção. Lucas

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Re: [R-br] Vídeo Aula R
by Téo Calvo 19 Fev '15

19 Fev '15

Olá novamente, fico feliz com o retorno positivo dos companheiro em relação às vídeo aulas. O Sistema Operacional que uso, é o Manjaro (GNU/Linux), o programa de gravação de vídeo da desktop é o Kazam. Sempre tento dar preferência para softwares livres, acredito que para usuários Windows, há o Camtasia, mas não sei informar se é proprietários. E muito obrigado novamente, sem dúvida serve como motivação. :) Abraços.

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Anova, fatorial triplo, interacao dupla
by Odirley Campos 13 Fev '15

13 Fev '15

# Boa noite! Novamente venho recorrer a lista para tirar duvidas sobre desdobramento na ANOVA.# Tenho resultados de materia seca de eucalipto de um experimento em arranjo fatorial triplo (solo; nc; np) com # UE ditribuidas em DBC. # Dados estão no: http://www.datafilehost.com/d/32efcd4b# Gostaria de corrigir os valores do Fcal no desdobramento das interações duplas solo:nc.# Na anova geral (avi) o GL e SQ do residuo são obtidos normalmente: avi<-aov(mspa~bloco + trat, data=a1) anova(avi) Response: mspa Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) bloco 2 2 0.993 0.1636 0.8493 trat 59 4963 84.119 13.8640 <2e-16 ***Residuals 118 716 6.067 #refiz no excel e os resultados batem av1<-aov(mspa~bloco + solo*nc*np, data=a1) # com mais detalhes anova(av1) Response: mspa Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) bloco 2 1.99 0.99 0.1636 0.84927 solo 5 1987.74 397.55 65.5217 < 2.2e-16 *** nc 1 0.75 0.75 0.1232 0.72621 np 4 2350.35 587.59 96.8431 < 2.2e-16 *** solo:nc 5 95.86 19.17 3.1599 0.01031 * solo:np 20 395.63 19.78 3.2603 3.261e-05 *** nc:np 4 10.54 2.64 0.4345 0.78348 solo:nc:np 20 122.12 6.11 1.0064 0.46028 Residuals 118 715.95 6.07 # Após conferir no excel vi que: df, SS, MS, F e Pr estão corretos para av1 # quando fui para o desdobramento conforme segue, obtive os resultados no R: av2 <- aov(mspa~bloco+solo/nc) #nc dentro solo anova(av2) names(coef(av2)) length(names(coef(av2))) # buscando as posiçoes por expressões regulares grep("ES", names(coef(av2))[9:14]) grep("EU_0-10", names(coef(av2))[9:14]) grep("EU_40-60", names(coef(av2))[9:14]) grep("SE_0-10", names(coef(av2))[9:14]) grep("SE_40-60", names(coef(av2))[9:14]) grep("TM", names(coef(av2))[9:14]) summary(av2, split=list("solo:nc"=list( "ES"= c(1), "EU_0-10"=c(2), "EU_40-60"=c(3), "SE_0-10"=c(4), "SE_40-60"= c(5), "TM"= c(6) ))) # saida da av2 abaixo: Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) bloco 2 2 1.0 0.046 0.9552 solo 5 1988 397.5 18.359 1.73e-14 *** solo:nc 6 97 16.1 0.744 0.6153 solo:nc: ES 1 11 10.6 0.488 0.4859 solo:nc: EU_0-10 1 0 0.5 0.022 0.8817 solo:nc: EU_40-60 1 2 2.1 0.096 0.7570 solo:nc: SE_0-10 1 81 81.0 3.741 0.0548 . solo:nc: SE_40-60 1 0 0.0 0.000 0.9875 solo:nc: TM 1 2 2.5 0.114 0.7362 Residuals 166 3595 21.7 # vi que na parte que me interessa em destaque a SQ e QM estão corretas, mas o Fcal e P-valor estão errados pois o GL, SQ e QM do residuo não estão corretos. Conforme conferi pelo excel: # saida do excel FV Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)solo:nc: ES 10.6 10.6 1.740 0.1897solo:nc: EU_0-10 0.5 0.5 0.079 0.2213solo:nc: EU_40-60 2.1 2.1 0.343 0.4406solo:nc: SE_0-10 81.0 81.0 13.347 0.0004solo:nc: SE_40-60 0.0 0.0 0.001 0.0236solo:nc: TM 2.5 2.5 0.406 0.4748 # Existe alguma maneira de informar o df e Sum Sq corretos (que estão na avi ou av1) no procedimento da av2 # de modo que o F e Pr sejam corrigidos na saida do comando?# Ou como eu poderia extrair a coluna do Sum Sq ou Mean Sq na forma de vector ou data.frame para fazer as correções manualmente no R? Odirley R. Campos Engenheiro Agrônomo UFV/MGDoutorando em Solos e Nutrição de Plantas UFV/MG

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Para apreciacao
by Benilton Carvalho 12 Fev '15

12 Fev '15

Para voces que usam as coisas com mais afinco... ;-) http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0115069 divirtam-se, b

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Desdobramento de vários níveis dentro de um fator
by ASANTOS 12 Fev '15

12 Fev '15

Caros Listeiros, Estou tentando utilizar a função apc do Walmes para fazer um desdobramento de 26 níveis dentro de um fator, a função dele ajuda muita a fugir da montagem manual de contrastes, funcionou muito bem para interações duplas e triplas, mas para investigar um nível não estou conseguindo, já quebrei a cabeça e quando chego no momento de montar os níveis dentro dele mesmo quando tento criar o objeto contr recebo a mensagem: Erro em pmc[cbn[1, ], ] : número incorreto de dimensões Baseado no CRM abaixo alguém pode me ajudar? Obrigado ##----------------------------------------------------------------------------- require(multcomp) require(doBy) require(latticeExtra) ## apc: build all pairwise comparisons matrix by a LSmatrix. source("apc.r") ##----------------------------------------------------------------------------- d <- data.frame(a=factor(sample(c(paste("Tratamento_",letters,sep="")), 1000, rep=TRUE))) xtabs(~a, d) d$y <- rpois(nrow(d), lambda=10) ## Interação. d$a.int <- interaction(d$a) levels(d$a.int) ## O padrão de funcionamento faz assim, o primeiro fator troca níveis ## dentro do segundo que troca níveis dentro do terceiro, etc, veja. do.call(rbind, strsplit(levels(d$a.int), "\\.")) ## Sabendo disso você pode passar da a, b e c na forma que lhe for mais ## conveniente. Por outro lado, é desperdício de tempo operar assim ## porque eu considero mais fácil declarar o modelo fatorial, usar a ## LSmatrix para gerar a matriz de contraste e usá-la. g0 <- glm(y~a, family="poisson", data=d) g1 <- glm(y~0+d$a.int, family="poisson", data=d) M <- LSmatrix(g0, effect=c("a")) M ## As estimativas das médias (na escala do preditor linear). data.frame(g0=M%*%coef(g0), g1=coef(g1)) ## Combinações de níveis correspondentes as médias. str(M) grid <- attr(M, "grid") ## Matriz de contrastes entre níveis de `focus` dentro dos níveis de ## `split`. trat <- "a" trat <- "a" spl <- interaction(grid[,split]) i <- 1:nrow(grid) l <- split(i, f=spl) contr <- lapply(l, function(row){ ## Matriz de contrastes par a par. a <- apc(M[row,], lev=levels(d[,trat])) ## Prefixo no nome das linhas. rownames(a) <- paste(spl[row[1]], rownames(a), sep="/") return(a) }) contr <- do.call(rbind, contr) contr ## Constrastes. summary(glht(g0, linfct=contr), test=adjusted(type="fdr")) -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com

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Parcela subdividida
by Andre Oliveira 12 Fev '15

12 Fev '15

Pessoal estou com dúvida com relação a declaração do modelo no R para experimentos em parcela subdividida DIC e DBC. Depois de pesquisar na internet observei a declaração abaixo. Gostaria de saber se é isto mesmo. ajuste1=aov(Resposta ~factor(parcela)*factor(subparcela)+ Error(Parcela/Subparcela) # DIC ajuste2<-aov(Resposta~factor(bloco)+factor(parcela)*factor(subparcela)+Error(factor(bloco)/factor(parcela)),data=dados) # DBC obrigado

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ESS do emacs indentando o código - desabilitar
by Marcelo Laia 12 Fev '15

12 Fev '15

Uso o Emacs com ESS para rodar meus scripts. No entanto, a partir de uma atualização do sistema (tive que instalar o Debian do zero), ele passou a indentar tudo. Algo do tipo: xyplot(Morte ~ log10(Dose)|Isolado, data = data01) Se eu clicar no final da linha acima e der enter, acontece o seguinte: xyplot(Morte ~ log10(Dose)|Isolado, data = data01) [local do cursos] Ele indenta a linha 14 colunas a frente e o curso vai para logo abaixo da primeira letra da linha. Já inseri os códigos abaixo no meu ~/emacs.d/init.el e nada de resolver. (setq-default indent-tabs-mode nil) (setq auto-indent-assign-indent-level-variables nil) (setq standard-indent 2) (which-func-mode) (add-to-list 'which-func-modes 'ess-mode) (setq-default mode-line-format '("L%l C%c %b" global-mode-string " (" mode-name minor-mode-alist "%n)" (which-func-mode (" " which-func-format "")))) (add-hook 'ess-mode-hook (lambda () (local-set-key (kbd "RET") 'newline))) (setq ess-ask-for-ess-directory nil) (setq ess-local-process-name "R") (setq ansi-color-for-comint-mode 'filter) (setq comint-prompt-read-only t) (setq comint-scroll-to-bottom-on-input t) (setq comint-scroll-to-bottom-on-output t) (setq comint-move-point-for-output t) (defun my-ess-start-R () (interactive) (if (not (member "*R*" (mapcar (function buffer-name) (buffer-list)))) (progn (delete-other-windows) (setq w1 (selected-window)) (setq w1name (buffer-name)) (setq w2 (split-window w1)) (R) (set-window-buffer w2 "*R*") (set-window-buffer w1 w1name)))) (defun my-ess-eval () (interactive) (my-ess-start-R) (if (and transient-mark-mode mark-active) (call-interactively 'ess-eval-region) (call-interactively 'ess-eval-line-and-step))) (add-hook 'ess-mode-hook '(lambda() (local-set-key [(shift return)] 'my-ess-eval))) (add-hook 'inferior-ess-mode-hook '(lambda() (local-set-key [C-up] 'comint-previous-input) (local-set-key [C-down] 'comint-next-input))) (require 'ess-site) (add-hook 'ess-mode-hook '(lambda () (outline-minor-mode) (setq outline-regexp "\$^#\\{4,5\\} \$\\|\$^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{\$") (defun outline-level (lambda () (interactive) (cond ((looking-at "^##### ") 1)((looking-at "^#### ") 2)((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3) (t 1000))) ))) Alguma luz? -- Marcelo

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[OFF-TOPIC] Preciso de um freelance
by Henry Mazer 10 Fev '15

10 Fev '15

Ola! Preciso de um freelance para um trabalho com R. Deve ser feita uma analise multidimensional (analise fatorial de correspondencia multipla) Mais detalhes por e-mail. Grato. Henry.

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Re: [R-br] hist para 2 variáveis
by Rafael Tieppo 10 Fev '15

10 Fev '15

Entre as soluções possíveis, uma simples, caso vc faça os gráficos com ggplot: library(gridExtra) library(ggplot2) a <- qplot(rnorm(20), rnorm(20)) b <- qplot(rnorm(20), rnorm(20)) grid.arrange(a, b, ncol=2) Rafael Tieppo UNEMAT - site: http://www2.unemat.br/rafaeltieppo Blog https://sistemasagricolas.wordpress.com/ "Evite o desperdício: antes de imprimir pense na sua responsabilidade com o ambiente". Fim da Digest R-br, volume 50, assunto 7 ****************************************

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hist para 2 variáveis
by joão Rodrigo Castro 10 Fev '15

10 Fev '15

Pessoal, estou com uma dificuldade e gostaria de uma ajuda. Estou tentando fazer um histograma com duas variáveis no mesmo gráfico, com o objetivo de facilitar o entendimento do comportamento das mesmas. Ambas estão no mesmo arquivo como segue: dado1 = read.table("chuva_ALGT_BC.txt", dec=".", sep = " ", h= T, col.names = c("b","c","ano","mes","jday","Rad","Tmax","Tmin","estacao_latitude","estacao_longitude","Rad_Pot","Rad_Est")) radest<-dado1$Rad_Est rad<-dado1$Rad onde, Rad = Radiação solar global medida no instrumento Rad_Est = É a estimativa de Rad utilizando o modelo de Bristow-Campbell Quero evitar de usar a função par() pois estou trabalhando com outros modelos e muitas estações, o que resultaria em muitos gráficos caso tenha que fazer 2 histogramas por estação (Rad e Rad_Est) Abs -- João Rodrigo de Castro Programa de Pós-Graduação em Meteorologia Bolsista Laboratório de Agrometeorologia - Embrapa Clima Temperado Universidade Federal de Pelotas

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Ordenar os elementos de um data frame dada uma condição
by Alexandre Santos 04 Fev '15

04 Fev '15

Caros Listeiros, Tenho um data frame constituído da variável y (valores aleatório) e da variável h.x (sequencia de número de 1 a 24), gostaria de saber se existe uma maneira de reordenar os dados da variável h.x de maneira que 14 seja o primeiro valor da variável h.x e os demais venham depois? Tentei modificações da função sort() sem sucesso, segue CRM: ## Váriavel respostada<-NULLda$y<-rnorm(24, mean=27.8)##Variável explicativada$h.x<-seq(1:24)#Aqui gostaria de reorganizar a variável h.x de maneira que comece no valor 14 Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Transformar banco
by Edson Lira 03 Fev '15

03 Fev '15

Caros amigos, tenho um banco com 45 variáveis com respostas do tipo caracter (1,2,3,4,5), como transformar para numéricas do tipo (1,2,3,4,5)? [ ]'s Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Comparação entre dois data frames
by Alexandre Santos 03 Fev '15

03 Fev '15

Bom dia Pessoal, Se quero separar somente os elementos em comum entre dois data frames hipotéticos, uso merge, sendo:a1 <- data.frame(a = 1:5, b=letters[1:5])a2 <- data.frame(a = 1:3, b=letters[1:3])merge(a1,a2)a1a2 Mas e para separar somente os elementos desiguais entre os dois data frames, o que eu poderia utilizar? Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Microsoft to acquire Revolution Analytics
by Rodolfo Timoteo da Silva 31 Jan '15

31 Jan '15

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Enc: desdobramento de interação numa análise conjunta
by helcio duarte pereira 30 Jan '15

30 Jan '15

Em Terça-feira, 27 de Janeiro de 2015 1:31, helcio duarte pereira <hhelciopassos(a)yahoo.com.br> escreveu: Pessoal, estou tentando fazer um desdobramento de interação em uma análise conjunta, que consiste em 2 experimentos em DBC com 6 tratamentos e 5 blocos cada, mas estou tendo problemas apenas em um dos desdobramentos. Ao desdobrar tratamentos dentro de experimentos da seguinte forma: desd1<-aov(formula = AACPD~EXPERIMENTO + EXPERIMENTO/BLOCO + EXPERIMENTO/TRATAMENTO, data = dados)anova(desd1) summary.aov(object = desd1, split = list("EXPERIMENTO:TRATAMENTO"=list("dag"=c(1,3,5,7,9), "vitorinha"=c(2,4,6,8,10)))) não ocorre nenhum problema.Porém, ao tentar fazer o desdobramento de experimentos dentro de tratamentos da seguinte maneira: desd2<-aov(formula = AACPD~TRATAMENTO + TRATAMENTO/EXPERIMENTO + EXPERIMENTO/BLOCO, data = dados)anova(desd2) primeiramente o quadro de Anava fica assim: Response: AACPD FV Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) TRATAMENTO 5 170,5 34,1 0,4086 0,83999 EXPERIMENTO 1 5094,5 5094,5 61,0295 1,423e-09 ***TRATAMENTO:EXPERIMENTO 5 1249,2 249,8 2,9930 0,02184 * EXPERIMENTO:BLOCO 8 995,2 124,4 1,4903 0,19143 Residuals 40 3339,0 83,5 E o seguinte desdobramento summary.aov(object = desd2,split = list("TRATAMENTO:EXPERIMENTO"= list("N:S.30:07"=1, "nit+sulf."=2, "nitrato"=3, "sem.N"=4, "sulfato"=5, "ureia"=6))) resulta em: FV Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) TRATAMENTO 5 171 34 0,409 0,839988 EXPERIMENTO 1 5095 5095 61,030 1,42e-09 ***TRATAMENTO:EXPERIMENTO 5 1249 250 2,993 0,021835 * TRATAMENTO:EXPERIMENTO: N:S 30:07 1 5 5 0,054 0,816936 TRATAMENTO:EXPERIMENTO: nit+sulf 1 99 99 1,184 0,282958 TRATAMENTO:EXPERIMENTO: nitrato 1 1116 1116 13,364 0,000738 *** TRATAMENTO:EXPERIMENTO: sem N 1 19 19 0,226 0,637284 TRATAMENTO:EXPERIMENTO: sulfato 1 11 11 0,137 0,713210 TRATAMENTO:EXPERIMENTO: ureia 1 EXPERIMENTO:BLOCO 8 995 124 1,490 0,191434 Residuals 40 3339 83 o que não está correto! Alguém sabe onde errei nas funções acima?

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Re: [R-br] Gerar um executável de um arquivo.r (anexo)
by Ivan Bezerra Allaman 27 Jan '15

27 Jan '15

Pelo pouco que pesquisei não há como criar um executável com arquivos r. Algumas opções: 1 - Criar um pacote no qual o usuário irá apenas precisar instalar tal pacote e rodar algo como "runappp" para a interface aparecer. 2 - Criar o aplicativo utilizando o pacote shiny e disponilizá-lo online. (s,f,p) Allaman

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xyplot com três interações só plota o último painel
by Marcelo Laia 27 Jan '15

27 Jan '15

Olá, Estou a fazer um gráfico xyplot (lattice) e desejo por três interações. Quando rodo o script, ele executa, mas, somente mostra o último painel. Dá a impressão que ele vai sobrepondo os gráficos e somente mostra o último. Eis o CMR ############## df <- data.frame(id=c(1,1,2,2,1,1,3,3,4,4), grp=c(1,1,1,1,2,2,2,2,2,2), x=1:10, y=1:10, z=jitter(1:10)) df <- within(df, { id <- factor(id) grp <- factor(grp) x <- factor(x) y <- factor(y) }) xyplot(z ~ y | id*grp*x, data=df, type="b", main="Test", ylab="y axis", xlab="x axis") ############### O que será que está faltando? Obrigado. -- Marcelo

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Re: [R-br] Gerar um executável de um arquivo.r (anexo)
by Thaís Brenda Martins 27 Jan '15

27 Jan '15

Luiz Roberto, por algum motivo não anexou! Agora sim, boa tarde! Att.,Thaís Brenda Martins Date: Tue, 27 Jan 2015 11:55:51 -0200 Subject: Re: [R-br] Gerar um executável de um arquivo.r (anexo) From: luizroberto.uesc(a)gmail.com To: thaais_vga(a)hotmail.com Thaís, Os arqs não foram anexados, nem indicados endereços para acesso. Luiz RobertoLuiz Roberto Martins Pinto Prof. Pleno/DCET/UESCLaboratório de Estatística ComputacionalUniversidade Estadual de Santa CruzIlhéus-Bahia luizroberto.uesc(a)gmail.com skype: lrmpinto http://lattes.cnpq.br/2732314327604831 Em 26 de janeiro de 2015 21:34, Thaís Brenda Martins <thaais_vga(a)hotmail.com> escreveu: Boa noite pessoal, segue os meus arquivos conforme solicitado pelo Luiz Roberto. O arquivo principal é o modulo_interface nele você usa o source e consegue ver a interface. Por enquanto, as amostras devem ser digitadas ou copiadas e coladas na caixa de texto. Mas estou tentando inserir um botão para extrair as amostras de um arquivo txt. Se alguém puder me ajudar, conforme disse, preciso facilitar a utilização dessa ferramenta.Abraços.Att.,Thaís Brenda Martins 2015-01-20 13:29 GMT-02:00 Thaís Brenda Martins <thaais_vga(a)hotmail.com>: Boa tarde pessoal, Meu trabalho de conclusão de curso foi desenvolver uma ferramenta gráfica para teste de hipótese sob médias via R. Mas estou com três scripts, e queria deixar com apenas um executável, ou seja, para que o usuário só clicasse no ícone e já executasse a interface gráfica. Atualmente eu tenho que passar os três arquivos.r pra pessoa e através do R ele consegue executar. Como posso fazer para compilar estes arquivos e gerar um executável? Att., Thaís Brenda Martins _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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Gerar um executável de um arquivo.r (anexo)
by Thaís Brenda Martins 26 Jan '15

26 Jan '15

Boa noite pessoal, segue os meus arquivos conforme solicitado pelo Luiz Roberto. O arquivo principal é o modulo_interface nele você usa o source e consegue ver a interface. Por enquanto, as amostras devem ser digitadas ou copiadas e coladas na caixa de texto. Mas estou tentando inserir um botão para extrair as amostras de um arquivo txt. Se alguém puder me ajudar, conforme disse, preciso facilitar a utilização dessa ferramenta.Abraços.Att.,Thaís Brenda Martins 2015-01-20 13:29 GMT-02:00 Thaís Brenda Martins <thaais_vga(a)hotmail.com>: Boa tarde pessoal, Meu trabalho de conclusão de curso foi desenvolver uma ferramenta gráfica para teste de hipótese sob médias via R. Mas estou com três scripts, e queria deixar com apenas um executável, ou seja, para que o usuário só clicasse no ícone e já executasse a interface gráfica. Atualmente eu tenho que passar os três arquivos.r pra pessoa e através do R ele consegue executar. Como posso fazer para compilar estes arquivos e gerar um executável? Att., Thaís Brenda Martins _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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Diferença na interpretação da diferença da log-verossimilhança e do teste de Vuong em modelos inflacionados de zeros
by ASANTOS 25 Jan '15

25 Jan '15

Caros Membros, Estou com uma dúvida referente a diferença na interpretação dos resultados da diferença da log-verossimilhança e do teste de Vuong em modelos inflacionados de zeros, ajustados com o pacote pscl. Fiz a junção de dois tratamentos e ajustei um novo modelo e comparei com o modelo completo pela diferença entre a log-verossimilhança dos modelos, sendo: > pchisq(D, df=df, lower.tail=FALSE)#Os tratamento 1 e 2 são diferentes [1] 4.986542e-07 e em seguida realizei a comparação pelo teste de Vuong (que utiliza a razão de verossimilhança entre modelos), sendo: Vuong z-statistic H_A p-value Raw 1.0541254 model1 > model2 0.14591 AIC-corrected 1.0517040 model1 > model2 0.14647 BIC-corrected 0.7567064 model1 > model2 0.22461 porém os resultados foram diversos e fiquei em dúvida. Como os tratamentos podem ser diferentes e ao mesmo tempo o modelo que os considera semelhantes é significativamente igual ao modelo completo? Segue CRM com meu problema com dados artificiais, obrigado, #------------------------------------------------------------------ # Definições da sessão rm(list=ls()) require(pscl) #------------------------------------------------------------------ # Dados artificiais da <- expand.grid(trat=gl(4,1), tempo=1:15) X <- model.matrix(~trat+tempo, da); ncol(X) betas <- c(0.1,0.3,0.5,0.7,0.8) eta <- X%*%betas y1 <- rpois(da$trat, lambda=exp(eta)) y2 <- rbinom(y1, size=1, prob=0.20) da$y <- y1*y2 str(da) #------------------------------------------------------------------ # Ajuste do modelo completo m1 <- zeroinfl(y~trat+tempo|trat, data=da) summary(m1) # sort(tapply(da$y,da$trat,mean))# Ordena as medias por tratamento # ########### Comparando pela junção dos tratamentos 1 e 2 ----------- trat_1_2<-da$trat levels(trat_1_2) levels(trat_1_2)[1]<-"trat_1_2" levels(trat_1_2)[2]<-"trat_1_2" levels(trat_1_2) # m2 <- zeroinfl(y~trat_1_2+tempo|trat_1_2, data=da) summary(m2) # # Comparando o modelo completo e o ajunte com junção dos tratamentos- df <- length(coef(m1))-length(coef(m2)) D <- 2*abs(diff(c(logLik(m1), logLik(m2)))) D pchisq(D, df=df, lower.tail=FALSE)#Os tratamento 1 e 2 são diferentes # # # Comparando os modelos pelo teste de Vuong------------------------- vuong(m1,m2)#Porém os modelos são iguais # #<END>---------------------------------------------------------------- -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com

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GLM de Poisson para dados com ponto máximo
by ASANTOS 25 Jan '15

25 Jan '15

Bom dia Pessoal, Estou com problemas no ajuste de um modelo GLM de Poisson, trata-se de uma relação entre número de insetos (n.insetos) com a temperatura (temp). O ajuste usando o modelo GLM de Poisson (mod.1) não parece ser o mais adequado e demonstra sobredispersão, além que a interpretação da curva do ponto de vista biológico não é realistica, pois eu teria que ter uma curva que aumenta com a temperatura, chega a um ponto ótimo e diminui, como uma equação de 2º grau, porém o modelo de Poisson que utilizei não faz isto, por isso pergunto, existe alguma sugestão de como eu poderia ajustar dados dessa natureza com mais semelhança biológica com o fenômeno observado? Segue CRM como exemplo: ##Dados artificias # Número de indivíduos n.insetos<-c(rpois(10,lambda=5),rpois(10,lambda=8),rpois(10,lambda=20),rpois(10,lambda=30),rpois(10,lambda=7),rpois(10,lambda=5)) #Temperatura temp<- c(rnorm(10,10,0.1),rnorm(10,15,0.1),rnorm(10,22,0.1),rnorm(10,24,0.1),rnorm(10,28,0.1),rnorm(10,32,0.1)) # #Visualiza o comportamentos das variáveis plot(temp,n.insetos) #Ajuste por GLM de Poisson mod.1<-glm(n.insetos~temp, family="poisson") summary(mod.1) anova(mod.1, test="Chi")## Anova #Representação do modelo a<-mod.1$coeff[1]###Coeficiente a b<-mod.1$coeff[2] ###Coeficiente b x<-seq(5,38,1) curve(exp(a+b*x),lty=1, add=T) # Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com

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Microsoft adquire Revolution Analytics
by David Feitosa 23 Jan '15

23 Jan '15

Microsoft to acquire Revolution Analytics to help customers find big data value with advanced statistical analysis http://blogs.microsoft.com/blog/2015/01/23/microsoft-acquire-revolution-ana… Revolution Analytics joins Microsoft http://blog.revolutionanalytics.com/2015/01/revolution-acquired.html Atenciosamente, David Feitosa (\_(\ (=°;°) (("")("")

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Ordenação de importância de variáveis dependentes usando permanova
by Alexandre Santos 23 Jan '15

23 Jan '15

Caros listeiros, Estou tentando ordenar as variáveis dependentes mais importantes na projeção, dentre de 5 (y1 a y5), responsáveis pelas diferenças apresentadas por três tratamentos (colony1, colony2 e colony3) usando Permanova com a função adonis do pacote vegan. Porém, não estou conseguindo extrair essa informação do objeto man.col2, criado pela função adonis para ordenar as variáveis dependentes mais importantes que no meu caso separaram os tratamentos colony 1 e 2 da colony 3, alguém com familiaridade com a função adonis poderia me ajudar, segue CRM: #Pacotesrequire(vegan) #Dados artificiais#Tratamentoscolony<-as.factor(sort(rep(c("colony1", "colony2","colony3"), 100)))#Variáveis dependentesy1 <- c(rnorm(100,1,0.1),rnorm(100,1,0.1),rnorm(100,3.5,0.1))y2 <- c(rnorm(100,50,0.3),rnorm(100,50,0.3),rnorm(100,5,0.6))y3 <- c(rnorm(100,10,2.3),rnorm(100,10,2.3),rnorm(100,11,2.5))y4 <- c(rnorm(100,5,0.5),rnorm(100,5,0.5),rnorm(100,22,0.5))y5 <- c(rnorm(100,15,0.1),rnorm(100,15,0.1),rnorm(100,14,0.1)) #Cria o data frameavaliacao <- as.factor(colony)espectro <- cbind(y1,y2,y3,y4,y5)dados <- data.frame(avaliacao = I(as.matrix(avaliacao)), bands = I(as.matrix(espectro))) ## Cria uma matriz de contraste contrasts(avaliacao) <- cbind(c(1, -1, 0), c(1, 0, -1))avaliacao.ortho <- model.matrix(~ avaliacao) ## Cria um fator para cada contrastecol1vs2 <-avaliacao.ortho[, 2]col1vs3<-avaliacao.ortho[, 3] #Permanova com adonis para o modelo completoman.col<-adonis(bands ~ avaliacao, data=dados,permutations=99)man.col #Permananova com adonis para o modelo com o modelo decomposto#Inserindo os contrastes de interesseman.col2 <- adonis(dados$bands ~ col1vs2 + col1vs3, permutations=99)man.col2## Obrigado-- ======================================================================Alexandre dos SantosProteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato GrossoCampus CáceresCaixa Postal 244Avenida dos Ramires, s/nBairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO)e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 =====================================================================

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Ordenação de importância de variáveis dependentes usando permanova
by Alexandre Santos 23 Jan '15

23 Jan '15

Caros listeiros, Estou tentando ordenar as variáveis dependentes mais importantes na projeção, dentre de 5 (y1 a y5), responsáveis pelas diferenças apresentadas por três tratamentos (colony1, colony2 e colony3) usando Permanova com a função adonis do pacote vegan. Porém, não estou conseguindo extrair essa informação do objeto man.col2, criado pela função adonis para ordenar as variáveis dependentes mais importantes que no meu caso separaram os tratamentos colony 1 e 2 da colony 3, alguém com familiaridade com a função adonis poderia me ajudar, segue CRM: #Pacotesrequire(vegan) #Dados artificiais#Tratamentoscolony<-as.factor(sort(rep(c("colony1", "colony2","colony3"), 100)))#Variáveis dependentesy1 <- c(rnorm(100,1,0.1),rnorm(100,1,0.1),rnorm(100,3.5,0.1))y2 <- c(rnorm(100,50,0.3),rnorm(100,50,0.3),rnorm(100,5,0.6))y3 <- c(rnorm(100,10,2.3),rnorm(100,10,2.3),rnorm(100,11,2.5))y4 <- c(rnorm(100,5,0.5),rnorm(100,5,0.5),rnorm(100,22,0.5))y5 <- c(rnorm(100,15,0.1),rnorm(100,15,0.1),rnorm(100,14,0.1)) #Cria o data frameavaliacao <- as.factor(colony)espectro <- cbind(y1,y2,y3,y4,y5)dados <- data.frame(avaliacao = I(as.matrix(avaliacao)), bands = I(as.matrix(espectro))) ## Cria uma matriz de contraste contrasts(avaliacao) <- cbind(c(1, -1, 0), c(1, 0, -1))avaliacao.ortho <- model.matrix(~ avaliacao) ## Cria um fator para cada contrastecol1vs2 <-avaliacao.ortho[, 2]col1vs3<-avaliacao.ortho[, 3] #Permanova com adonis para o modelo completoman.col<-adonis(bands ~ avaliacao, data=dados,permutations=99)man.col #Permananova com adonis para o modelo com o modelo decomposto#Inserindo os contrastes de interesseman.col2 <- adonis(dados$bands ~ col1vs2 + col1vs3, permutations=99)man.col2## Obrigado-- ======================================================================Alexandre dos SantosProteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato GrossoCampus CáceresCaixa Postal 244Avenida dos Ramires, s/nBairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO)e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 =====================================================================

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Comparação de slope e intercepto entre regressões lineares
by marcelo claro de souza 22 Jan '15

22 Jan '15

Bom dia pessoal Eu plotei 10 regressões lineares, tipo dose resposta, e gostaria de comparar se elas diferem entre si em relação ao slope ou intercepto. Alguma dica de script para fazer uma comparação múltipla entre as regressões? Muito obrigado pela colaboração. Abraço Marcelo -- Marcelo Claro de Souza Post doc at the University of São Paulo School of Pharmaceutical Sciences of Ribeirão Preto Laboratory of Pharmacognosy Brazil

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Ajuda com a criação de um looping
by Simone D. Sartorio 21 Jan '15

21 Jan '15

Pessoal, preciso de uma ajuda... Meus dados são esses "a21", nele tenho a observação de 219 vacas (n_vaca), que estão numeradas de maneira aleatória. As vacas foram separadas em 3 grupos, onde em cada grupo aplicaram um tratamento diferente. Esse tratamento foi aplicado em forma de injeções (17 injeções) e entre uma injeção e outra, temos 14 dias de intervalo. A variável de interesse é "producao"> head(a21) n_vaca n_lactacao trat pri_multiparas n_injecao dia_ciclo dia_exp producao saude8 1731 3 1 2 0 1 -13 45.1 healthy9 1731 3 1 2 0 2 -12 47.8 healthy10 1731 3 1 2 0 3 -11 45.5 healthy11 1731 3 1 2 0 4 -10 45.2 healthy12 1731 3 1 2 0 5 -9 47.4 enrollment13 1731 3 1 2 0 6 -8 48.3 enrollment # Aqui estou criando um subconjunto, onde tenho todas as informações da vaca 1731:> (vaca1731<- subset(a21, a21$n_vaca==1731)); dim(vaca1731) n_vaca n_lactacao trat pri_multiparas n_injecao dia_ciclo dia_exp producao saude8 1731 3 1 2 0 1 -13 45.1 healthy9 1731 3 1 2 0 2 -12 47.8 healthy10 1731 3 1 2 0 3 -11 45.5 healthy11 1731 3 1 2 0 4 -10 45.2 healthy12 1731 3 1 2 0 5 -9 47.4 enrollment13 1731 3 1 2 0 6 -8 48.3 enrollment14 1731 3 1 2 0 7 -7 46.4 enrollment15 1731 3 1 2 0 8 -6 47.9 enrollment16 1731 3 1 2 0 9 -5 50.3 enrollment17 1731 3 1 2 0 10 -4 50.8 enrollment18 1731 3 1 2 0 11 -3 47.9 enrollment19 1731 3 1 2 0 12 -2 46.2 heat20 1731 3 1 2 0 13 -1 50.8 healthy21 1731 3 1 2 0 14 0 45.8 healthy22 1731 3 1 2 1 1 1 50.5 healthy23 1731 3 1 2 1 2 2 49.0 healthy24 1731 3 1 2 1 3 3 48.8 healthy25 1731 3 1 2 1 4 4 53.9 healthy26 1731 3 1 2 1 5 5 45.4 healthy27 1731 3 1 2 1 6 6 38.6 healthy28 1731 3 1 2 1 7 7 41.3 healthy29 1731 3 1 2 1 8 8 50.2 healthy30 1731 3 1 2 1 9 9 50.2 healthy31 1731 3 1 2 1 10 10 50.4 healthy32 1731 3 1 2 1 11 11 49.9 healthy33 1731 3 1 2 1 12 12 50.1 healthy34 1731 3 1 2 1 13 13 52.0 healthy35 1731 3 1 2 1 14 14 47.8 healthy36 1731 3 1 2 2 1 15 50.0 healthy37 1731 3 1 2 2 2 16 49.7 healthy38 1731 3 1 2 2 3 17 50.4 healthy39 1731 3 1 2 2 4 18 48.9 healthy40 1731 3 1 2 2 5 19 49.5 healthy41 1731 3 1 2 2 6 20 48.8 healthy42 1731 3 1 2 2 7 21 56.3 healthy43 1731 3 1 2 2 8 22 52.1 healthy44 1731 3 1 2 2 9 23 51.6 healthy45 1731 3 1 2 2 10 24 50.5 healthy46 1731 3 1 2 2 11 25 46.0 healthy47 1731 3 1 2 2 12 26 53.7 healthy48 1731 3 1 2 2 13 27 51.7 healthy49 1731 3 1 2 2 14 28 49.1 healthy50 1731 3 1 2 3 1 29 51.9 healthy51 1731 3 1 2 3 2 30 51.4 healthy...256 1731 3 1 2 17 11 235 21.2 lamness257 1731 3 1 2 17 12 236 19.4 lamness258 1731 3 1 2 17 13 237 23.5 lamness259 1731 3 1 2 17 14 238 19.9 lamness[1] 251 9 # Para simplificar, considere que temos apenas 10 vacas:#--------------------------------------------> vacas <- c(1731, 2090, 2652, 2945, 2946, 3246, 3413, 3593, 3878, 3882) # é a numeração das vacas # O que eu quero fazer com esses dados é o seguinte:v1<- subset(a21, a21$n_vaca==vacas[1]); dim(v1) v2<- subset(a21, a21$n_vaca==vacas[2]); dim(v2)v3<- subset(a21, a21$n_vaca==vacas[3]); dim(v3)v4<- subset(a21, a21$n_vaca==vacas[4]); dim(v4)v5<- subset(a21, a21$n_vaca==vacas[5]); dim(v5)v6<- subset(a21, a21$n_vaca==vacas[6]); dim(v6)v7<- subset(a21, a21$n_vaca==vacas[7]); dim(v7)v8<- subset(a21, a21$n_vaca==vacas[8]); dim(v8)v9<- subset(a21, a21$n_vaca==vacas[9]); dim(v9)v10<- subset(a21, a21$n_vaca==vacas[10]); dim(v10) b<- c(tapply(v1$producao, v1$dia_ciclo, mean),tapply(v2$producao, v2$dia_ciclo, mean),tapply(v3$producao, v3$dia_ciclo, mean),tapply(v4$producao, v4$dia_ciclo, mean),tapply(v5$producao, v5$dia_ciclo, mean),tapply(v6$producao, v6$dia_ciclo, mean),tapply(v7$producao, v7$dia_ciclo, mean),tapply(v8$producao, v8$dia_ciclo, mean),tapply(v9$producao, v9$dia_ciclo, mean),tapply(v10$producao, v10$dia_ciclo, mean))#-------------------------------------------- Ainda estou engatinhando em questão de programação no R, como poderia fazer um looping com essas linhas de comando, pois preciso fazer isso para as 219 vacas! desde já, muito obrigada!Simone ***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---**** Simone Daniela Sartorio* Professora Adjunta I no CCA/UFSCar, Araras/SP.* Doutora e Mestre em Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/USP.* Licenciada em Matemática - UNESP/Rio Claro.***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---*** Tenha um bom dia! ;)

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Pacote plyr - group_by
by Henry Mazer 21 Jan '15

21 Jan '15

Olá! No csv http://www.datafilehost.com/d/32b663ce tenho 4 variáveis.Quero saber quantas pessoas são homens, víuvos, com idade acima de 79 e se formaram no Paraná e também todos os outros cruzamentos. Fiz o seguinte:teste <- read.csv('cruzamento1.csv')library("dplyr")group_by(teste, Qual.o.seu.gênero., Qual.o.seu.estado.civil., grupos.de.idade, Em.qual.estado.você.se.formou.)%>%summarise(sum) E tive como resposta:Erro: not a vector O que fiz de errado? Agradeço desde já.

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Gerar um executável de um arquivo.r
by Thaís Brenda Martins 21 Jan '15

21 Jan '15

Boa tarde pessoal, Meu trabalho de conclusão de curso foi desenvolver uma ferramenta gráfica para teste de hipótese sob médias via R. Mas estou com três scripts, e queria deixar com apenas um executável, ou seja, para que o usuário só clicasse no ícone e já executasse a interface gráfica. Atualmente eu tenho que passar os três arquivos.r pra pessoa e através do R ele consegue executar. Como posso fazer para compilar estes arquivos e gerar um executável? Att.,Thaís Brenda Martins

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off-topic Criar função no emacs para fazer um Text-template
by Augusto Ribas 20 Jan '15

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Ola pessoal. Estou tentando aprender como faz para criar funções no Emacs, mais especificamente macro. Algo do tipo, eu aperto ctrl c mais alguma coisa e ele colocar um trechinho de texto no buffer que ta selecionando. Por exemplo algo assim ##################### # ##################### Pra mim escrever um titulo, sei la. Alguém tem algum exemplo de algo assim? Eu estou apanhando um pouco de alguns manuais que estou tentando ler. Bem agradeço a atenção. -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://recologia.com.br/ <http://augustoribas.heliohost.org> Github: https://github.com/Squiercg Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Dúvida summary com factor GLM
by Thiago Cesar Lima Silveira 20 Jan '15

20 Jan '15

Bom dia Pessoal, Tenho uma dúvida sobre como apresentar os dados de um GLM rodado no R. Estou modelando a distribuição e abundâncias de um peixe em relação a preditores ambientais. As coletas foram realizadas em diferentes épocas do ano, portanto usei a estação do ano como fator para controlar essa possível influência. O problema é: Segundo alguns posts no R-br, vi o comentário do Prof. Walmes citando que o glm no R tem por padrão zerar o primeiro nível do fator. Gostaria de apresentar os dados dos coeficientes do modelo ajustado, mas não faz sentido mostrar os coeficientes para três níveis somente. Alguém teria uma sugestão? Muito obrigado. Segue um exemplo código reproduzível: # Dados y<-c(1,33,500,700, 334,320, 703,303,3030,3002,200,0,100,100,169,12) v1<-c(12,33,544,600, 34,30, 03,3390,3030,302,20,108,170,101,2009, 22) v2<-c('s','s','s','s','a','a','a','a','w','w','w','w','f','f',’f, ‘f' ) df<-data.frame(y, v1, v2) #GLM glm1<-glm(y~v1 + factor(v2), data=df) summary(glm1) __________________________________ Thiago Cesar Lima Silveira Biólogo, Me. Biologia Animal Doutorando do PPG Zoologia - PUCRS e-mail: thiagoclsilveira(a)yahoo.com.br Skype: thiagocesarls

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Barchart ordenado
by Odirley Campos 19 Jan '15

19 Jan '15

# Boa noite a todos!# Estou tentando criar graficos de barra utilizando a funções do pacote lattice KinA37.5<-KinA[[1]][5] #extraindo da lista de testes KinA37.5<-as.data.frame(KinA$`37.5`$groups) #de list para data.frame KinA37.5<-KinA37.5[sort(KinA37.5$trt,decreasing=T),] #ordenando por trt KinA37.5 #visualizando KinA50<-KinA[[2]][5] #extraindo da lista de testes KinA50<-as.data.frame(KinA$`50`$groups) #de list para data.frame KinA50<-KinA50[sort(KinA50$trt,decreasing=T),] #ordenando por trt KinA50 KinA62.5<-KinA[[3]][5] #extraindo da lista de testes KinA62.5<-as.data.frame(KinA$`62.5`$groups) #de list para data.frame KinA62.5<-KinA62.5[sort(KinA62.5$trt,decreasing=T),] #ordenando por trt KinA62.5 #---juntando em um único data----# resumoKinA<-rbind(KinA37.5,KinA50, KinA62.5) id<-as.factor(rep(c(37.5, 50, 62.5),each=5)) resumoKinA<-cbind(id,resumoKinA) resumoKinA ##--- graficando ---# require(lattice) barchart(means~trt|id, data=resumoKinA, horiz=FALSE, layout=c(3,1), ylim=c(0,max(resumoKinA$means*1.3)), panel=function(x, y, subscripts, ...){ panel.barchart(x, y, subscripts= subscripts,...) panel.text(x, y, label=resumoKinA[subscripts,"M"], pos=3) } ) # Mas as barras dentro de cada grafico não estão ordenadas como os dados em "means" no resumoKinA.# Existe alguma função para ordenar os dados dentro da função barchart?# Tentei sort e order, mas não consegui. # Antecipadamente agradeço! Odirley R. Campos Engenheiro Agrônomo UFV/MGDoutorando em Solos e Nutrição de Plantas UFV/MG Tell:(31)88452031

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Obter a distância de um municipio a outro
by Daniel Marcelino 19 Jan '15

19 Jan '15

Eu estou com uma dúvida e gostaria muito de ouvir os expertos da área geografia/estatística espacial. Usualmente eu vejo estudos usando a distância euclidiana de centro a centro de municípios. Mas isso não faz tanto sentido já que estes são ligados por estradas sinuosas. Minha dúvida é: alguém saberia me dizer se alguém já fez, ou se eu consigo obter a distância de um município a outro usando a malha de estradas? Evidentemente o Google faz isso, mas seria um trabalho monstruoso verificar isso para 5656 municípios. att. Daniel

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Prof. Assistente vs Prof. Adjunto
by andrebvs＠bol.com.br 19 Jan '15

19 Jan '15

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Dificuldade em montar matriz de contraste com sapply()
by ASANTOS 18 Jan '15

18 Jan '15

Caros Listeiros, Estou tentando montar um matriz de contraste entre 3 níveis (colony1, colony2 e colony3) dentro de um fator chamado P1 com a função sapply, mas não consigo ver onde estou errando, pois os coeficientes entre as combinações de níveis não estão ficando corretos, alguém poderia dar uma ajuda, segue CRM: ## Cria uma matriz de contraste # Níveis dentro de um fator P1 P1 <- c("colony1", "colony2", "colony3") dados <- data.frame(P1) comb <- cbind(combn(unique(c(P1,P1)), 2)[2:1,])## Combinação entre os níveis comb # Comparação entre níveis com sapply() sapply(1:ncol(comb), function(x) with(dados, 2*( (P1==comb[1,x] & P1 == comb[2,x]) | (P1==comb[1,x] & P1 == comb[2,x])) - (P1 == P1 & P1 %in% comb[,x]) ) ) dados[ , 2:4] <- sapply(1:ncol(comb), function(x) with(dados, 2*( (P1==comb[1,x] & P1 == comb[2,x]) | (P1==comb[1,x] & P1 == comb[2,x])) - (P1 == P1 & P1 %in% comb[,x]) ) ) dados## Os coeficientes não estão corretos Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com

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Vaga para trabalhar com R em Porto Alegre, RS
by Fernando Henrique Ferraz Pereira da Rosa 17 Jan '15

17 Jan '15

Pessoal, Estamos com uma vaga para trabalhar com Estatística e R no RS. Se tiver interesse vejam mais detalhes em: https://www.linkedin.com/pulse/last-call-internship-position-data-science-f… , https://plus.google.com/+FernandoHenriqueFerrazPereiradaRosa/posts/p/pub ou https://www.facebook.com/photo.php?fbid=10152750369209601&set=a.10151426344… . Abcs, -- "Though this be randomness, yet there is structure in't." Fernando H Rosa - Statistician http://www.fernandohrosa.com.br / http://www.feferraz.net - Estatística, Matemática e Computação AprendaAlemao.net <http://aprendaalemao.net/> - Seu ponto de partida para melhorar seu Alemão! @fhrosa

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artigo - geoestatistica
by Fernanda De Bastiani 16 Jan '15

16 Jan '15

Estimados, alguém tem acesso ao seguinte artigo: Diggle, P.J. \& Ribeiro Jr, P.J. (2002) Bayesian inference in Gaussian model-based geostatistics. Geographical and Environmental Modelling, Vol. 6, No. 2, 129-146. e poderia me enviá-lo em formato .pdf por gentileza.Não tenho acesso gratuito aos artigos publicados nesta revista. Desde já agradeço,Fernanda

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Re: [R-br] Problema com download de arquivos no dropbox (ASANTOS)
by Rafael Tieppo 15 Jan '15

15 Jan '15

Tem outro meio: #solucao"http://stackoverflow.com/questions/14580850/reading-raw-data-in-r-to-be-sav…" #camnho do arquivo (nao sei se vc consegue acessar) #se precisar troque pelo caminho do seu arquivo https://www.dropbox.com/s/wo1whtogsz3wmlz/EXAMPLE_DONE.csv?dl=0 #instalar Pacote install.packages("httr") library(httr) FILE <- GET(url="https://www.dropbox.com/s/wo1whtogsz3wmlz/EXAMPLE_DONE.csv?dl=0") writeBin(FILE$content, "DADOS.csv") (read.csv("DADOS.csv", head=T, sep=";")) Testei aqui e deu certo.Saudações Rafael Tieppo UNEMAT - site: http://www2.unemat.br/rafaeltieppo https://sistemasagricolas.wordpress.com/ "Evite o desperdício: antes de imprimir pense na sua responsabilidade com o ambiente". On Thursday, January 15, 2015 12:00 PM, "r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote:

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Material Regressão logística múltipla
by ELIAS MENDES COSTA MENDES 15 Jan '15

15 Jan '15

Boa tarde pessoal, Algum de vocês tem material sobre regressão logística múltipla? (De preferencia usando o R) Desde de já agradeço Att,Elias Mendes Costa

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Distâncias no R
by Roberto Guevara 15 Jan '15

15 Jan '15

Olá, usuários de R. Minha dúvida é em relação ao cálculo de distâncias entre unidades amostrais para dados multivariados utilizando as funções dist e vegdist. Sabendo que o R calcula sempre as dissimilaridades, ao fazer uma análise de agrupamento baseado em algum índice de similaridade utilizando a função hclust eu devo diminuir os valores de 1 previamente ou a função já converte as dissimilaridades em similaridades por si só? Obrigado pela atenção -- Roberto Guevara Ferreira Lima Biólogo - CRBio 6ª Região: 73146/06-D Mestre em Zoologia Laboratório de Ecologia e Zoologia de Vertebrados Instituto de Ciências Biológicas Universidade Federal do Pará Rua Augusto Corrêa, nº 01 - Bairro: Guamá. CEP: 66075-110 Currículo Lattes: http://lattes.cnpq.br/7363382159007600

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Gerar uma matriz de contraste para comparação multivariada
by ASANTOS 15 Jan '15

15 Jan '15

Caros Listeiros, Gostaria de utilizar a função LSmatrix utilizando apc.R do Walmes (http://dl.dropboxusercontent.com/u/48140237/apc.R) para não ter que montar as matrizes de contraste manualmente e evitar erros para realizar contrastes multivariados com a função adonis() do pacote vegan. No entanto, a função LSmatrix não esta funcionando para o objeto criado para a função adonis(), então pergunto, baseado no CRM abaixo, onde pode estar o erro? Obrigado, #Pacotes require(vegan) require(multcomp) require(doBy) require(latticeExtra) source("apc.R.r")##source("http://dl.dropboxusercontent.com/u/48140237/apc.R") #Dados artificiais colony<-as.factor(sort(rep(c("colony1", "colony2","colony3"), 100))) y1 <- c(rnorm(100,1,0.1),rnorm(100,5,0.1),rnorm(100,3.5,0.1)) y2 <- c(rnorm(100,10,0.3),rnorm(100,11,0.6),rnorm(100,5,0.6)) y3 <- c(rnorm(100,10,2.3),rnorm(100,11,2.6),rnorm(100,11,2.5)) y4 <- c(rnorm(100,5,0.5),rnorm(100,7,0.5),rnorm(100,22,0.5)) y5 <- c(rnorm(100,11,0.1),rnorm(100,11,0.1),rnorm(100,11,0.1)) #Cria o data frame avaliacao <- as.factor(colony) espectro <- cbind(y1,y2,y3,y4,y5) dados <- data.frame(avaliacao = I(as.matrix(avaliacao)), bands = I(as.matrix(espectro))) #Manova com adonis function man.col<-adonis(bands ~ avaliacao, data=dados,permutations=99) man.col #Contrastes entre as avaliações M <- LSmatrix(man.col, effect=c("colony1","colony2","colony3")) M # -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com

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Re: [R-br] Problema com download de arquivos no dropbox (ASANTOS)
by Rafael Tieppo 14 Jan '15

14 Jan '15

Prezado, passei por algo semelhante. Solução: crédito: "http://stackoverflow.com/questions/3236651/read-data-from-internet" Usei o pacote RCurl, comandos básicos:library(RCurl) DADOS <- read.csv(textConnection(getURL("LINK_DO_SEU_ARQUIVO")), sep=",", head=T) Saudações Rafael Tieppo UNEMAT - site: http://www2.unemat.br/rafaeltieppo blog - https://sistemasagricolas.wordpress.com/ "Evite o desperdício: antes de imprimir pense na sua responsabilidade com o ambiente".

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Problema com download de arquivos no dropbox
by ASANTOS 13 Jan '15

13 Jan '15

Boa noite Listeiros, Estou tento um problema que não ocorria antes ao baixar arquivos do dropbox, alguém saberia me dizer se mudou algo em relação ao acesso ao dropbox e qual uma possível solução, segue CRM: links <- c( "https://www.dropbox.com/s/7lt3xzw50ffwll1/termite_NIR.csv") tokens <- gsub("^.*/s/","",dirname(links)) fileNames <- basename(links) newLinks <- file.path("http://dl.dropbox.com/s", tokens, fileNames); newLinks for (a in newLinks) { tryCatch(download.file(a, dest=basename(a), mode='wb'), error=function(...) print("Download error!!!"))} Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com

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Erro 'x' deve ser numérico
by Henry Mazer 13 Jan '15

13 Jan '15

Olá! Meu nome é Henry e sou um iniciante em R. Vou descrever o que fiz e qual foi o resultado: importei o seguinte arquivo http://www.datafilehost.com/d/8c230f1edeste jeito: cff <- read.csv('MyData.csv') e tentei criar uma variável nova:cff$Qual.a.sua.idade. <- cut(cff$grupos.de.idade, c(19, 26, 36, 46, 56, 66, 76, 80), labels = c("19 ate 26", "27 ate 36", "37 ate 46", "47 ate 56", "57 ate 66", "67 ate 76", "acima de 77")) e recebi o seguinte erro:Erro em cut.default(cff$grupos.de.idade, c(19, 26, 36, 46, 56, 66, 76, : 'x' deve ser numérico Procurei aqui na lista e não encontrei a resposta. Agradeço desde já pela ajuda.

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operacao com colunas
by Angélica Jaconi 12 Jan '15

12 Jan '15

Prezados, venho novamente com a mesma duvida, pq acho que nao me fiz ser claro no ultimo email sobre colunas. se eu tenho um data.frame (nomeado 'teste') com os nomes das colunas: "nome", "media", "nota1", "nota2", "nota3", "nota4", "nota5". se eu buscar o ncol (teste) sera igual a 7. Entretanto eu gostaria de tratar as colunas iniciadas em "nota" como uma unica coluna, no qual no momento que eu chamar ncol (teste), isso me retorne apenas ncol(teste) = 3. Por favor alguem teria alguma sugestao para tal? obrigada, AJ.

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Classificação de níveis de um fator
by ASANTOS 08 Jan '15

08 Jan '15

Caros listeiros, Tenho um conjunto de dados artificiais chamado da, onde trat é representados pelas letras de A a E, no entanto, gostaria de dados valores para A a E, sendo 0.5, 0.5, 0.0, 0.1 e 0.7; e criar um novo vetor de classificação repetido essas medidas em todo o conjunto de dados da, sendo meu CRM: rm(list=ls(all=TRUE)) ## dados artificiais da <- expand.grid(trat=rep(paste(LETTERS[1:5]),10), tempo=1:3) da$y1 <- rnorm(da$trat) #Classificação classificacao<-cbind(trat=letters[1:5], classf=c(0.5, 0.5, 0.0, 0.1, 0.7)) Pensei em algo como da$classf<-if(classificacao$trat %in% da$trat, classificacao$classf), mas devido a limitações de programação não consegui resolver, alguém poderia me dar um help, Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com

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Re: [R-br] Como selecionar um dataframe dentro de outro dataframe
by Giselle Davi 08 Jan '15

08 Jan '15

Então, segue:dput(sample(gen, 10)): > dput(sample(gen, 10))structure(list(S1_5719699 = c(0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), S1_228254954 = c(1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L), S1_35929087 = c(0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L), S1_271311840 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L), S1_110780932 = c(1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L), S1_29391767 = c(0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L), S1_55455793 = c(1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L), S1_35135950 = c(1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L), S1_5516961 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L), S1_30262521 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L)), .Names = c("S1_5719699", "S1_228254954", "S1_35929087", "S1_271311840", "S1_110780932", "S1_29391767", "S1_55455793", "S1_35135950", "S1_5516961", 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0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), S1_217586127 = c(0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L), S1_289338857 = c(1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L), S1_189190087 = c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L), S1_82633392 = c(0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), S1_211264709 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 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0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L), S1_49131053 = c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L), S1_195416162 = c(0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L), S1_293795584 = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), S1_43059180 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L), S1_298690372 = c(1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L)), .Names = c("S1_95703374", "S1_19948955", "S1_64972675", "S1_212259765", "S1_55454770", "S1_49131053", "S1_195416162", "S1_293795584", "S1_43059180", "S1_298690372"), row.names = c("D 1xF 1", "D 1xF 2", "D 1xF 3", "D 1xF 4", "D 1xF 5", "D 1xF 6", "D 1xF 7", "D 1xF 8", "D 1xF 9", "D 2xF 1", "D 2xF 2", "D 2xF 3", "D 2xF 4", "D 2xF 5", "D 2xF 6", "D 2xF 7", "D 2xF 8", "D 2xF 9", "D 3xF 1", "D 3xF 2", "D 3xF 3", "D 3xF 4", "D 3xF 5", "D 3xF 6", "D 3xF 7", "D 3xF 8", "D 3xF 9", "D 4xF 1", "D 4xF 2", "D 4xF 3", "D 4xF 4", "D 4xF 5", "D 4xF 6", "D 4xF 7", "D 4xF 8", "D 4xF 9", "D 5xF 1", "D 5xF 2", "D 5xF 3", "D 5xF 4", "D 5xF 5", "D 5xF 6", "D 5xF 7", "D 5xF 8", "D 5xF 9", "D 6xF 1", "D 6xF 2", "D 6xF 3", "D 6xF 4", "D 6xF 5", "D 6xF 6", "D 6xF 7", "D 6xF 8", "D 6xF 9", "D 7xF 1", "D 7xF 2", "D 7xF 3", "D 7xF 4", "D 7xF 5", "D 7xF 6", "D 7xF 7", "D 7xF 8", "D 7xF 9", "D 8xF 1", "D 8xF 2", "D 8xF 3", "D 8xF 4", "D 8xF 5", "D 8xF 6", "D 8xF 7", "D 8xF 8", "D 8xF 9", "D 9xF 1", "D 9xF 2", "D 9xF 3", "D 9xF 4", "D 9xF 5", "D 9xF 6", "D 9xF 7", "D 9xF 8", "D 9xF 9", "D 10xF 1", "D 10xF 2", "D 10xF 3", "D 10xF 4", "D 10xF 5", "D 10xF 6", "D 10xF 7", "D 10xF 8", "D 10xF 9"), class = "data.frame")> Desde já agradeço a atenção. Att, Giselle Em Quinta-feira, 8 de Janeiro de 2015 11:15, Daniel Marcelino <dmarcelino(a)live.com> escreveu: Não resolve muito. O que voce mandou sao apenas os nomes das colunas, o que diz absolutamente nada sobre como seus dados estão salvos internamente. O comando é o dput mesmo. O que voce pode fazer é selecionar uma pequena amostra dos dados tipo: dput(sample(dados, 10)) Daniel Please, excuse me for typos and brevity. Sent from my iPhone On Jan 8, 2015, at 9:01 AM, Giselle Davi <giselle_davi(a)yahoo.com.br> wrote: Prezados, Utilizei o comando (dput()) sugerido, porém a saída vira tudo texto imagino que deve ser por causa do tamanho do arquivo.Com o objetivo de tornar o código reproduzível achei melhor salvar os arquivos com os head de cada objeto e anexá-los ao e-mail. Imagino que assim tenha-se uma visão melhor dos dados. Desde já agradeço a atenção. Att, Giselle Em Quarta-feira, 7 de Janeiro de 2015 22:28, Daniel Marcelino <dmarcelino(a)live.com> escreveu: Sem uma amostra dos dados ou informações mais detalhadas a estrutura do banco é difícil oferecer uma solução. Mas eu acredito que possa ser problema envolvendo os níveis dos fatores. Veja ?droplevels . Daniel 2015-01-07 17:24 GMT-02:00 Fernando Antonio de souza <nandodesouza(a)gmail.com>: > Sua questão é interessante mas seu código não é reproduzível, o que > difulcuta a ajuda. faça um dput() de parte de seu banco de dados copie e > cole no e-mail para que possamos ter facil acesso e assim poder lhe ajudar. > > Seja mais clara sobre o seu problema para obter ajuda mais rapidamente. > > Em 7 de janeiro de 2015 15:13, Giselle Davi <giselle_davi(a)yahoo.com.br> > escreveu: >> >> Prezados, >> >> Alguém poderia me ajudar a selecionar um dataframe, para este caso o nome >> é list que corresponde à Lista de SNP's selecionados, a partir de de outro >> dataframe, que para este caso corresponde ao gen1 ( sem precisar indicar a >> posição das colunas )? >> >> Utilizei a rotina especificada abaixo, mas o comando não me disponibiliza >> a seleção de todas as 22894 colunas, ou seja, de todos os SNP's. Existem 7 >> deles que não conseguem ser selecionados por serem declarados como falsos. >> Alguém poderia me ajudar ? Desde já agradeço. >> >> Att, >> >> Giselle >> >> >> ROTINA: >> #1)Lendo arquivo genotipos >> gen=read.table("matriz_genotipos.txt",h=T)#lendo arquivo genotipos >> dim(gen)#90 x 24165. Tem que colocar o nome dos cruzamentos na primerira >> coluna >> head(gen) >> >> #2)Gerando o arquivo com o nome dos SNP's selecionados >> nomes<- read.table("D_F_nomes.txt",h=F, sep=",",row.names=1,quote="") >> dim(nomes)#90 x 0 >> >> #3)Arquivo de genótipos com os indivíduos nas linhas e com todos SNP's nas >> colunas >> gen1<-cbind(nomes,gen) >> head(gen1)#juntou ! >> dim(gen1)#90 x 24165 >> >> #4)Lendo o arquivo de frequência alélica >> freq=read.table("chr1_alefreq.txt",h=T) #lendo arquivo freq alel >> dim(freq)#22894 x 4 >> head(freq) >> >> #5) Gerando o arquivo com os SNP's selecionados pela MAF >> lista_SNP_sel<- freq$nun_snp_freq >> head(lista_SNP_sel)#Está como fator >> list<-as.character(lista_SNP_sel) >> head(list) >> length(list) >> dim(gen1) >> >> #6)Verificando se os SNP's selecionados são realmente os 22894 >> selecionados pela MAF >> table(list%in%colnames(gen1)) >> >> #SURPRESA:Existem 7 SNP's lidos como falsos e por isso não completam os >> 22894 ! >> logico<-colnames(gen1)%in%list >> head(logico) >> head(gen1) >> head(list) >> gen2<- gen1[,logico] >> head(gen2) >> dim(gen2)#90 x 22887 ( Existem 7 snps que estão sendo declarados como >> falsos, por que ?) >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código > mínimo reproduzível. <head(gen).txt> <head(gen1).txt> <head(freq).txt> <head(list).txt> <head(gen2).txt>

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Como selecionar um dataframe dentro de outro dataframe
by Giselle Davi 07 Jan '15

07 Jan '15

Prezados, Alguém poderia me ajudar a selecionar um dataframe, para este caso o nome é list que corresponde à Lista de SNP's selecionados, a partir de de outro dataframe, que para este caso corresponde ao gen1 ( sem precisar indicar a posição das colunas )? Utilizei a rotina especificada abaixo, mas o comando não me disponibiliza a seleção de todas as 22894 colunas, ou seja, de todos os SNP's. Existem 7 deles que não conseguem ser selecionados por serem declarados como falsos. Alguém poderia me ajudar ? Desde já agradeço. Att, Giselle ROTINA:#1)Lendo arquivo genotiposgen=read.table("matriz_genotipos.txt",h=T)#lendo arquivo genotiposdim(gen)#90 x 24165. Tem que colocar o nome dos cruzamentos na primerira colunahead(gen) #2)Gerando o arquivo com o nome dos SNP's selecionadosnomes<- read.table("D_F_nomes.txt",h=F, sep=",",row.names=1,quote="")dim(nomes)#90 x 0 #3)Arquivo de genótipos com os indivíduos nas linhas e com todos SNP's nas colunasgen1<-cbind(nomes,gen)head(gen1)#juntou !dim(gen1)#90 x 24165 #4)Lendo o arquivo de frequência alélicafreq=read.table("chr1_alefreq.txt",h=T) #lendo arquivo freq aleldim(freq)#22894 x 4head(freq) #5) Gerando o arquivo com os SNP's selecionados pela MAFlista_SNP_sel<- freq$nun_snp_freqhead(lista_SNP_sel)#Está como fatorlist<-as.character(lista_SNP_sel)head(list)length(list)dim(gen1) #6)Verificando se os SNP's selecionados são realmente os 22894 selecionados pela MAFtable(list%in%colnames(gen1)) #SURPRESA:Existem 7 SNP's lidos como falsos e por isso não completam os 22894 !logico<-colnames(gen1)%in%listhead(logico)head(gen1)head(list)gen2<- gen1[,logico]head(gen2)dim(gen2)#90 x 22887 ( Existem 7 snps que estão sendo declarados como falsos, por que ?)

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Pca
by Fernando Zuchello 07 Jan '15

07 Jan '15

Boa tarde, estou com uma pequena dificuldade em realizar uma pca, tenho 49 variaves nas colunas e 4 areas nas linhas, consigo realizar a pca para as variaveis, mas como separar as areas (linhas). Agradeco a ajuda.

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Discretizando uma variável contínua no chisq.test
by ASANTOS 07 Jan '15

07 Jan '15

Caros Listeiros, Gostaria de comparar valores entre parcelas observadas e estimadas para saber a similaridade ou não entre dados estimados vs observados. No entanto, as variáveis observadas são dados de contagem e os dados estimados são variáveis contínuas, então minha dúvida é se violo algum pressuposto estatístico ao discretizar os dados estimados com a função round() para realizar o teste de Chi-quadrado? Segue CRM: ## Comparação entre parcelas estimadas e observadas # #Dados das parcelas observadas - Dados de contagem data.obs<-c(11, 8, 8, 8, 7, 14) # #Medias estimadas para as parcelas observadas - Dados contínuos data.est<-c(14.6,16.0, 19.1, 3.4, 9.4, 15.8) # #Distretizando as médias estimadas tr.data.est<-round(data.est) # #Comparando parcelas observadas e estimadas chisq.test(x=tr.data.est, y=data.obs, simulate.p.value=TRUE) Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com

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