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OFF TOPIC: 1o Congresso de Aplicações de Linguagem R em Administração COPPEAD/UFRJ.
by Marcos Silva 14 Mar '16

14 Mar '16

Talvez possa ser de interesse para alguns: http://cara.coppead.ufrj.br/ Abs. -- Marcos F. Silva http://sites.google.com/site/marcosfs2006

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OFF-TOPIC: Aniversário da lista
by Éder Comunello 13 Mar '16

13 Mar '16

Pessoal, boa tarde! Em 15 de março a r-br completará 5 anos. Meus parabéns aos mantenedores da lista e todos seus usuários por essa importante fonte de aprendizado. Abaixo vai um código que encontrei na rede e que permite tocar o "Parabéns pra você" no R. ### <code r> # browseURL(" http://stackoverflow.com/questions/31782580/how-can-i-play-birthday-music-u… ") library("dplyr") library("audio") notes <- c(A = 0, B = 2, C = 3, D = 5, E = 7, F = 8, G = 10) pitch <- "D D E D G F# D D E D A G D D D5 B G F# E C5 C5 B G A G" duration <- c(rep(c(0.75, 0.25, 1, 1, 1, 2), 2), 0.75, 0.25, 1, 1, 1, 1, 1, 0.75, 0.25, 1, 1, 1, 2) bday <- data_frame(pitch = strsplit(pitch, " ")[[1]], duration = duration) bday <- bday %>% mutate(octave = substring(pitch, nchar(pitch)) %>% {suppressWarnings(as.numeric(.))} %>% ifelse(is.na(.), 4, .), note = notes[substr(pitch, 1, 1)], note = note + grepl("#", pitch) - grepl("b", pitch) + octave * 12 + 12 * (note < 3), freq = 2 ^ ((note - 60) / 12) * 440) tempo <- 120 sample_rate <- 44100 make_sine <- function(freq, duration) { wave <- sin(seq(0, duration / tempo * 60, 1 / sample_rate) * freq * 2 * pi) fade <- seq(0, 1, 50 / sample_rate) wave * c(fade, rep(1, length(wave) - 2 * length(fade)), rev(fade)) } bday_wave <- mapply(make_sine, bday$freq, bday$duration) %>% do.call("c", .) play(bday_wave) ### </code> ================================================ Éder Comunello Agronomist (UEM), MSc in Environ. Sciences (UEM) DSc in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil |<O>| ================================================ GEO, -22.2752, -54.8182, 408m UTC-04:00 / DST: UTC-03:00

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GlobalEnv
by Wagner Tassinari 11 Mar '16

11 Mar '16

Olá pessoal, Sei que é besteira, mas o que significa esta mensagem abaixo, pois não consigo atachar o meu banco quando ela aparece. Como devo proceder ? > attach(data) The following object is masked _by_ .GlobalEnv: cadastro Obrigado pessoal... abs -- Wagner S. Tassinari Departamento de Matemática Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. BR-465, Km 7 - Seropedica, RJ - Brasil CEP: 23890-000 Skype: wagner.tassinari wtassinari(a)gmail.com tassinari(a)ufrrj.br ------------------------------------------------------- "Statistical thinking will one day be as necessary for efficient citizenship as the ability to read and write." (H.G.Wellis)

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Criar comparações múltiplas entre fatores
by ASANTOS 11 Mar '16

11 Mar '16

Caros listeiros, Gostaria de achar uma maneira de automatizar a criação de comparações múltiplas entre fatores, no meu caso: #Fator treat <- gl(3, 20, labels = paste("t", 1:3, sep="")) #Variables sp1_1 = rnorm(10, 5, 0.25) sp1_2 = rnorm(50, 2.5, 0.25) sp1 = c(sp1_1,sp1_2) sp2 = rnorm(60, 2.5, 0.25) sp3_1 = rnorm(10, 12, 0.25) sp3_2 = rnorm(50, 2.5, 0.25) sp3 = c(sp3_1,sp3_2) sp4 = rnorm(60, 2.5, 0.25) sp<-cbind(sp1,sp2,sp3,sp4) #Criação da matriz de contrastes Treat_Imp<-model.matrix(~ treat-1) Treat_Imp1_2<-Treat_Imp[, 1] - Treat_Imp[, 2] Treat_Imp2_3<-Treat_Imp[, 2] - Treat_Imp[, 3] Treat_Imp1_3<-Treat_Imp[, 1] - Treat_Imp[, 3] Eu acabei criando manualmente as comparações, através dos objetos Treat_Imp1_2, Treat_Imp2_3 e Treat_Imp1_3. Mas alguém poderia me dar uma ideia de como sistematizar isso, e ter a criação desses objetos de uma maneira direta e que não envolva pacotes como o multcomp? Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: https://br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 ======================================================================

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I Congresso de Aplicações de R em Administração
by Celina Rebello 11 Mar '16

11 Mar '16

O I Congresso de Aplicações de R em Administração - CARA - visa disseminar o universo de estudos na área de Administração que utilizam a linguagem R como forma de alavancar a eficiência e qualidade dos trabalhos elaborados. Haverá espaço para exposição de trabalhos das diversas áreas de Administração, que tenham sido desenvolvidos utilizando a linguagem R. O foco não deverá ser a discussão do código desenvolvido, mas sim a análise proposta, e do poder estatístico oferecido pela linguagem. Interessados devem submeter até três artigos pelo sistema disponível neste site, observando o calendário do evento. O CARA é destinado tanto a profissionais que nunca escreveram um código em R, bem como a profissionais experientes que desejarem conhecer trabalhos que têm sido desenvolvidos utilizando-se desta poderosa linguagem. Serão também oferecidas duas atividades: Workshop Análise de Business Intelligence, para profissionais que possuem um conhecimento básico de R; Minicurso Apresentação do R, voltado àqueles que desejarem ter o primeiro contato com a linguagem. Submeta seus trabalhos em: http://cara.coppead.ufrj.br/submissao-de-trabalhos Saiba Mais em :http://cara.coppead.ufrj.br/home

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Bons valores iniciais e não convergência - regressão não linear
by Adriele Pereira 08 Mar '16

08 Mar '16

Olá, bom dia a todos. Estou tentando ajustar o modelo não linear Richards ao seguinte conjunto de dados: y<-c(32.2,45.1,63.3,87.7,107.6,120.4,131.8,148.9,159.3,166.8,173.4,187.4,195.5,198.8,211.0,221.4,226.6,231.2,237.7,243.1,246.6,250.3) x<-c(90,180,270,360,450,540,630,720,810,900,990,1080,1170,1260,1350,1440,1530,1620,1710,1800,1890,1980) Ao utilizar o shiny, obtive os seguintes valores iniciais: alpha=270 , beta= 402, k=0.0016 , d=0.8. O problema é que o gráfico fica muito bom com esses valores, mas ao colocar esse valores iniciais na nls aparece a mensagem de erro: ajuste=nls(y~(alpha*(1 + (d - 1)*exp(-k*(x-beta)))^(1/(1-d))), start=c(alpha= 270, beta= 402 , k= 0.0016, d=0.8)) Error in numericDeriv(form[[3L]], names(ind), env) : Obtido valor faltante ou infinito quando avaliando o modelo Já tentei mudar a parametrização do modelo e aumentar o número de iterações e mesmo assim não ajustou. Alguém já se deparou com um problema parecido? Desde já agradeço.

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Soma com intervalo definido dentro de um loop
by Yury Duarte 07 Mar '16

07 Mar '16

Bom dia colegas de R! Preciso somar uma serie de dados com tamanho definido igual a "a" repetições. Tentei usar o comando for() para realizar essa tarefa e somar os valores de x1 até xa; x2 até x(a+1) e assim sucessivamente até xn. Usando a estrutura básica da função soma fora do comando for não tive problemas: sum(Nasa$PP.Liquida[1:140]) Quando tentei aplicar esse formato no comando for não consegui ter sucesso: PP = for(i in Nasa$PP.Liquida){ sum(Nasa$PP.Liquida[i:(i+139)]) } Acredito que possa ser um problema de entendimento conceitual do funcionamento desse comando. Alguém poderia me ajudar nessa questão? Desde já, agradeço a todos pelo apoio! Att Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP

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Aumentar o tamanho de fontes em gráfico ggplot2
by Marcelo Laia 05 Mar '16

05 Mar '16

Olá, Rodei o exemplo de gráfico disponível em http://www.r-bloggers.com/how-to-plot-three-categorical-variables-and-one-c… Tive dois problemas: 1. não consegui incluir o Título do gráfico. É informado que a função opts não existe. 2. as fontes ficaram muito pequenas. Se eu insiro a função geom_text(size = 12, ....aes(....)) dá erro. Alguém saberia em que local do código eu posso alterar as fontes globalmente (de todo o gráfico)? Obrigado. -- Marcelo

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Re: [R-br] problema ao conveter data:hora armazenado em texto (função strptime)
by Éder Comunello 04 Mar '16

04 Mar '16

Paulo, bom dia! Não consegui reproduzir o erro. Qual a saída de str(lista.exames)? ### <code r> lista.exames <- structure(list(id = 1:3, `Data de Liberação:` = c("10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34")), .Names = c("id", "Data de Liberação:"), row.names = c(NA, -3L), class = "data.frame") str(lista.exames) # 'data.frame': 3 obs. of 2 variables: # $ id : int 1 2 3 # $ Data de Liberação:: chr "10/06/2007 01:03:34" "10/06/2007 01:03:34" "10/06/2007 01:03:34" class(lista.exames[,"Data de Liberação:"]) # [1] "character" dt.hr <- lista.exames[,"Data de Liberação:"][1:3]; dt.hr # [1] "10/06/2007 01:03:34" "10/06/2007 01:03:34" "10/06/2007 01:03:34" strptime(dt.hr, format = "%d/%m/%Y %H:%M:%S", tz="America/Sao_Paulo") # [1] "2007-06-10 01:03:34 BRT" "2007-06-10 01:03:34 BRT" "2007-06-10 01:03:34 BRT" ### </code> ================================================ Éder Comunello Agronomist (UEM), MSc in Environ. Sciences (UEM) DSc in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil |<O>| ================================================ GEO, -22.2752, -54.8182, 408m UTC-04:00 / DST: UTC-03:00 Em 3 de março de 2016 17:03, Paulo Nogueira Starzynski <paulons(a)gmail.com> escreveu: > Pessoal, > estou tentando fazer uma conversão simples de data e hora armazena em um > vetor de caracters para formato "POSIXlt" "POSIXt". > Porém, está acontecendo algo que não entendo ao usar a função strptime. > > Se eu passo o vetor com os dados diretamete, retorna NA. > Se eu copio e colo os valores na função, dá certo... ou o mesmo usando o > dput, como abaixo... vejam... > > > > class(lista.exames[,"Data de Liberação:"])[1] "character"> dt.hr <- lista.exames[,"Data de Liberação:"][1:10]> strptime(dt.hr, format = "%d/%m/%Y %H:%M:%S") [1] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA > > > # não deu certo > > > dput(lista.exames[,"Data de Liberação:"][1:10])c("10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", > "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", > "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", > "10/06/2007 01:03:34")> dt.hr <- c("10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34",+ "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34",+ "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34",+ "10/06/2007 01:03:34")> strptime(dt.hr, format = "%d/%m/%Y %H:%M:%S") [1] "2007-06-10 01:03:34 BRT" "2007-06-10 01:03:34 BRT" "2007-06-10 01:03:34 BRT" > [4] "2007-06-10 01:03:34 BRT" "2007-06-10 01:03:34 BRT" "2007-06-10 01:03:34 BRT" > [7] "2007-06-10 01:03:34 BRT" "2007-06-10 01:03:34 BRT" "2007-06-10 01:03:34 BRT" > [10] "2007-06-10 01:03:34 BRT" > > > > # deu certo!! > > O que pode estar ocorrendo? Não basta o meu vetor original ser do tipo > character? > > > Abraços, > Paulo > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. >

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Verificar duplicados na integra
by Wagner Tassinari 04 Mar '16

04 Mar '16

Olá pessoal, Gostaria de verificar as duplicidade na integra, o comando "duplicated" mostra os duplicados a partir do segundo registro. Mas eu gostaria de identificar desde o primeiro registro as duplicidade. Por exemplo, o que ocorre fazendo o comando "duplicated": df <- read.table(header=TRUE, text=' label value A 4 B 3 C 6 B 3 B 1 A 2 A 4 A 4 ') df = data.table(df, key = "value") df$duplic = duplicated(df, by="label") df label value duplic 1: B 1 FALSE 2: A 2 FALSE 3: B 3 TRUE 4: B 3 TRUE 5: A 4 TRUE 6: A 4 TRUE 7: A 4 TRUE 8: C 6 FALSE Mas na realidade gostaria que aparecesse da seguinte forma: df label value duplic 1: B 1 TRUE 2: A 2 TRUE 3: B 3 TRUE 4: B 3 TRUE 5: A 4 TRUE 6: A 4 TRUE 7: A 4 TRUE 8: C 6 FALSE Obrigado pela ajuda de vocÊs galera. ABS -- Wagner S. Tassinari Departamento de Matemática Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. BR-465, Km 7 - Seropedica, RJ - Brasil CEP: 23890-000 Skype: wagner.tassinari wtassinari(a)gmail.com tassinari(a)ufrrj.br ------------------------------------------------------- "Statistical thinking will one day be as necessary for efficient citizenship as the ability to read and write." (H.G.Wellis)

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transferir modelo da função nls para a função curve() automaticamente
by Fernando Antonio de souza 03 Mar '16

03 Mar '16

Olá a todos. Estou criando uma função para trabalhar com o pacote Rpanel no qual pretendo criar uma lista de seleção com opção para escolher vários modelos. Como vou trabalhar com vários modelos quero criar funções que automatizem todo o processo. Minha questão é a seguinte: Eu ajusto um modelo não-linear, produzo um gráfico e adiciono a curva do modelo aos gráfico, utilizando a função curve(). Gostaria de passar o modelo para a função curve() de forma que dependendo do modelo selecionado a expressão incluída na função curve() se altere. Tentei a opção modelo$call conforme código abaixo o qual me retorna o lado esquerdo da fórmula. Entretanto não funciona. A função curve retorna a seguinte mensagem de erro; "Error in curve(fm1$call[[2]][[3]], add = TRUE, col = 2) : 'expr' must be a function, or a call or an expression containing 'x' Isto se deve ao fato de a formula retornada pelo comando fm1$call[[2]][[3]] ser do typo "language" typeof(fm1$call[[2]][[3]]) [1] "language" ja tentei utilizar o comando as.expression e não obtive sucesso. Procurei na internet e nada! Como eu posso substituir o comando "fm1$call[[2]][[3]]" na função curve de forma que ela funcione? fm1 <- nls(circumference ~ A/(1+exp((B-age)/C)), Orange,start = list(A = 160, B = 700, C = 350)) plot (circumference~ age, Orange) with(as.list(coef(fm1)), curve("fm1$call[[2]][[3]]",add=TRUE, col=2)) -- ======================================================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção Animal e-mail:nandodesouza@gmail.com https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ========================================================================

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problema ao conveter data:hora armazenado em texto (função strptime)
by Paulo Nogueira Starzynski 03 Mar '16

03 Mar '16

Pessoal, estou tentando fazer uma conversão simples de data e hora armazena em um vetor de caracters para formato "POSIXlt" "POSIXt". Porém, está acontecendo algo que não entendo ao usar a função strptime. Se eu passo o vetor com os dados diretamete, retorna NA. Se eu copio e colo os valores na função, dá certo... ou o mesmo usando o dput, como abaixo... vejam... > class(lista.exames[,"Data de Liberação:"])[1] "character"> dt.hr <- lista.exames[,"Data de Liberação:"][1:10]> strptime(dt.hr, format = "%d/%m/%Y %H:%M:%S") [1] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA # não deu certo > dput(lista.exames[,"Data de Liberação:"][1:10])c("10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34")> dt.hr <- c("10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34",+ "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34",+ "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34", "10/06/2007 01:03:34",+ "10/06/2007 01:03:34")> strptime(dt.hr, format = "%d/%m/%Y %H:%M:%S") [1] "2007-06-10 01:03:34 BRT" "2007-06-10 01:03:34 BRT" "2007-06-10 01:03:34 BRT" [4] "2007-06-10 01:03:34 BRT" "2007-06-10 01:03:34 BRT" "2007-06-10 01:03:34 BRT" [7] "2007-06-10 01:03:34 BRT" "2007-06-10 01:03:34 BRT" "2007-06-10 01:03:34 BRT" [10] "2007-06-10 01:03:34 BRT" > # deu certo!! O que pode estar ocorrendo? Não basta o meu vetor original ser do tipo character? Abraços, Paulo

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Converter JSON
by Elias Carvalho 03 Mar '16

03 Mar '16

Ola Pessoal Eu preciso transformar um json em formato tabular. Alguem pode ajudar ? -- Best regards... 8^) “The mind that is open to new ideas never come back to its original size” *Albert Einstein* _____________________________________________ Prof. Elias César Araújo de Carvalho CV: http://lattes.cnpq.br/4248328961021251

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Merge não funciona
by Wagner Tassinari 02 Mar '16

02 Mar '16

Olá pessoal, tudo bem ? Estou com um dúvida quando executo a função merge. Tenho um banco de dados x com 1.630.328 registros. Tenho um outro banco de dados y com 503.615. Quando irei fazer o relacionamento dessas bases, x e y, com a chave primária chamada ID. w = merge(x, y, by.x=c('ID'), by.y=c('ID'), all.x = T) Neste caso, como fixei o o numero de resgistroa igual ao do banco x, o banco w deveria ter o mesmo número de x, mas isso não ocorre. O banco w fica com 1.641.990. Gostaria de saber o que está ocorrendo, e como posso "blindar" o número de registros de w sendo igual ao do banco x. Muito obrigado mais uma vez pessoal. -- Wagner S. Tassinari Departamento de Matemática Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. BR-465, Km 7 - Seropedica, RJ - Brasil CEP: 23890-000 Skype: wagner.tassinari wtassinari(a)gmail.com tassinari(a)ufrrj.br ------------------------------------------------------- "Statistical thinking will one day be as necessary for efficient citizenship as the ability to read and write." (H.G.Wellis)

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Armin - Joinville - Mudança no e-mail
by ARMIN KOENIG 29 Fev '16

29 Fev '16

Prezado(a), Estou migrando para o GMAIL, dada a lentidão de navegação no Yahoo.Peço que alterem meu e-mail para : armin.kng(a)gmail.com Muito obrigado, Armin Koenig

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Artigo que não tem no periodicos capes
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 29 Fev '16

29 Fev '16

Amigos de R, Será que alguem tem na mão que possa me enviar o pdf desse artigo aqui: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/sim.4780141909/full Grato, Pedro Brasil

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Função para remover colunas
by Elias Carvalho 29 Fev '16

29 Fev '16

Ola Pessoal Para facilitar a vida de um usuário leigo, eu criei uma função para excluir as colunas de uma tabela, conforme código abaixo: 1. remove.variables <- function(dataset.name, vars.to.remove) 2. { 3. # scan the variables to be removed 4. for (x in 1 : length(vars.to.remove)) 5. { 6. # transform command.Remove in "data$variable <- NULL" 7. command.Remove <- paste(dataset.name,"$",vars.to.remove[x], " <- NULL",sep="") 8. # execute the command 9. command.Remove <- eval(parse(text=command.Remove)) 10. } # for (x in 1 : length(vars.to.remove)) 11. } # remove.variables <- function(dataset.name, vars.to.remove) Fazendo um teste local, ou seja, executando o procedimento abaixo com as variáveisdataset.name, vars.to.remove carregadas respectivamente com o nome do meu data frame "data" e com o nome de duas variáveis "var1" e "var5" a serem removidas e executando da linha 2 a 11 tudo tunciona bem e as colunas são removidas. dataset.name <- "data" vars.to.remove<-c("var1", "var5") No entanto se carrego a função e executo os procedimentos abaixo em outro script, a função é executada sem erro, mas não remove nenhuma coluna do data frame: vars.to.remove = c("var1", "var5") dataset.name = "data" remove.variables(dataset.name, vars.to.remove) Eu acredito que tem a ver com o ambiente, acesso global algo assim mas não estou achando a solução. Agradeço se aguem puder me ajudar. -- Best regards... 8^) “The mind that is open to new ideas never come back to its original size” *Albert Einstein* _____________________________________________ Prof. Elias César Araújo de Carvalho CV: http://lattes.cnpq.br/4248328961021251

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Colocar identificar único em registros repetidos
by Wagner Tassinari 28 Fev '16

28 Fev '16

Olá pessoal, Tenho um banco com registros repetidos por linha e gostaria de colocar o mesmo identificador (contador) para os registros que são repetidos baseado em alguns atributos. Por exemplo, se o existirem 4 registros com o mesmo nome, nome da mãe e data de nascimento, o identificador será o mesmo. Segue um exemplo do meu banco de dados: Registro Nome Nome Mãe Data Nascimento 1 João Maria 1976-09-08 2 Manuel Selma 1988-03-10 3 João Maria 1976-09-08 4 João Maria 1976-09-08 5 Ricardo Sonia 1990-05-12 6 Marcelo Marta 1987-08-06 7 Ricardo Sonia 1990-05-12 8 João Maria 1976-09-08 9 Ricardo Sonia 1990-05-12 10 Marcelo Marta 1987-08-06 Gostaria obter esse banco com o identificador ID: Registro ID Nome Nome Mãe Data Nascimento 1 1 João Maria 1976-09-08 2 2 João Selma 1988-03-10 3 1 João Maria 1976-09-08 4 1 João Maria 1976-09-08 5 3 Ricardo Sonia 1990-05-12 6 4 Marcelo Marta 1987-08-06 7 3 Ricardo Sonia 1990-05-12 8 1 João Maria 1976-09-08 9 3 Ricardo Sonia 1990-05-12 10 4 Marcelo Marta 1987-08-06 Muito obrigado a todos, -- Wagner S. Tassinari Departamento de Matemática Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. BR-465, Km 7 - Seropedica, RJ - Brasil CEP: 23890-000 Skype: wagner.tassinari wtassinari(a)gmail.com tassinari(a)ufrrj.br ------------------------------------------------------- "Statistical thinking will one day be as necessary for efficient citizenship as the ability to read and write." (H.G.Wellis)

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Exportar RSQLite para CSV
by Paulo Dick 26 Fev '16

26 Fev '16

Boa tarde colegas listeiros, Estou usando o RSQLite para manipular uma base grande que gostaria de exportar para CSV usando o R, contudo não consegui descobrir como fazer isto. Tentei combinar write.table com dbGetQuery mas extrapola a memória. Agradeço a ajuda. *Paulo Dick* Estatístico Mestre em Epidemiologia em Saúde Pública Tel.: (55 21) 99591-2716

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Gerar arquivo de saída netCDF no R
by Mateus Dias Nunes 25 Fev '16

25 Fev '16

Olá, eu preciso gerar um arquivo de saída .nc (netcdf) dos resultados da média da coluna de ozônio que carregue as informações de lat, lon e valor em cada ponto de grade da região analisada. Já consegui gerar um arquivo .txt, porém o programa que utilizo não lê arquivos modo texto. abaixo o arquivo de entrada também .nc Tentei utilizar a função create da biblioteca net https://www.dropbox.com/s/ntvmtx7wonwo839/teste.nc?dl=0 library(maps) library(ncdf4) dados <- nc_open('teste.nc') # lendo coordenadas espaço-temporal lat <- ncvar_get( dados, 'lat' ) lon <- ncvar_get( dados, 'lon' ) time <- ncvar_get( dados, 'time' ) # lendo dados coluna total de Ozônio ColumnAmountO3 <- ncvar_get( dados, 'ColumnAmountO3' ) # dimensoes da variavel ColumnAmountO3 dims_ColumnAmountO3 <- dim(ColumnAmountO3) # tornando o arranjo 3D (ColumnAmountO3) em um 2D, organizado em ptos de grade X tempo dim(ColumnAmountO3) <- c(dims_ColumnAmountO3[1]*dims_ColumnAmountO3[2], dims_ColumnAmountO3[3] ) # calculando a média e retornado-a em 2D media_ColumnAmountO3 <- rowMeans( ColumnAmountO3) dim(media_ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1],dims_ColumnAmountO3[2] ) # longitude varia de 0 a 360, convertendo para -180 a 180, essaconversão é feita para plotagem sobre o mapa for (i in 1:dim(lon)) { if (lon[i] > 180) { lon[i] <- lon[i]-360 } } desde já agradeço ____________________________________________________________________________ MATEUS DIAS NUNES MESTRANDO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM METEOROLOGIA - PPGMET UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS - UFPEL TELEFONE: +55 (53) 81125154 ____________________________________________________________________________

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 62, assunto 29
by Mateus Dias Nunes 24 Fev '16

24 Fev '16

Olá Mauro Sznelwar, obrigado pelas sujestões. No assunto 27 eu respondi que obtive êxito com as Sujestões propostas pelo Thiago Santos. Mas mesmo assim muito obrigado. abs, ____________________________________________________________________________ MATEUS DIAS NUNES MESTRANDO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM METEOROLOGIA - PPGMET UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS - UFPEL TELEFONE: +55 (53) 81125154 ____________________________________________________________________________ Em 24 de fevereiro de 2016 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. RES: Cores em mapas (Mauro Sznelwar) > 2. Artigo que não tem no periodicos capes > (Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil) > 3. Re: Artigo que não tem no periodicos capes (Marcelo Laia) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Wed, 24 Feb 2016 05:45:58 -0300 > From: "Mauro Sznelwar" <sznelwar(a)uol.com.br> > To: <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>, "'Thiago V. dos Santos'" > <thi_veloso(a)yahoo.com.br> > Subject: [R-br] RES: Cores em mapas > Message-ID: <004f01d16edf$c8d41680$5a7c4380$(a)com.br> > Content-Type: text/plain; charset="UTF-8" > > Teria o arquivo teste.nc para rodar? > > > > filled.contour( sort(lon), lat, media_ColumnAmountO3[ order(lon), ]) > map( xlim=c(-100,-10), ylim=c(-60,10), add=T) > > > Ou então eu deixo aqui algumas sugestões usando o levelplot (vai precisar > baixar o shapefile da AS em anexo): > > ---------------------- > library(raster) > library(rasterVis) > > # Abre Arquivo > r <- brick("~/Downloads/teste.nc") > > # Tira média dos dois mapas > r1 <- calc(r, fun=mean) > > # Uma das vantagens de usar raster/rasterVis: depois de duas linhas de > código, já estamos plotando os dados > levelplot(r1, margin=F, contour=T) > > # Descompacta e abre contorno da América do Sul para adicionar ao plot > #(precisa baixar arquivo em anexo ou do link > http://thematicmapping.org/downloads/TM_WORLD_BORDERS_SIMPL-0.3.zip) > > unzip("~/Downloads/TM_WORLD_BORDERS_SIMPL-0.3.zip") > mapaSHP <- shapefile('TM_WORLD_BORDERS_SIMPL-0.3.shp') > > # Plota com contorno da America do Sul > levelplot(r1, margin=F, contour=T, main="Campo médio de Ozônio Novembros") > + layer(sp.lines(mapaSHP, lwd=0.7, col='black')) > > # Quer mudar a cor? Basta mudar as configurações de 'par.settings' > levelplot(r1, margin=F, contour=T, main="Campo médio de Ozônio Novembros", > par.settings=RdBuTheme) + layer(sp.lines(mapaSHP, lwd=0.7, col='black')) > > # Também é possível criar a sua própria paleta de cores, usando o pacote > Rcolorbrewer > # Veja aconselhamento para cores de mapa aqui: http://colorbrewer2.org/ > # Vou criar uma escala sequencial, com 5 tons de azul > # Você pode ver todas as paletas disponíveis no pacote digitando > display.brewer.all() > my.Theme=rasterTheme(region=brewer.pal('Blues', n=5)) > > # Aqui eu personalizo a escala usando os valores do raster e um numero > maior de quebras > intervalos <- seq(trunc(min(values(r1))), trunc(max(values(r1))), > length.out=length(my.Theme$regions$col)-1) > > # Plota > p <- levelplot(r1, margin=F, contour=T, par.settings=my.Theme, > at=intervalos, main="Campo médio de Ozônio Novembros") > p + layer(sp.lines(mapaSHP, lwd=0.7, col='black')) > > # Para salvar, eu recomendo copiar a imagem direto do display para um > arquivo pdf > dev.copy2pdf(file="~/Desktop/ozone.pdf", width = 11, height = 8.5) > > # Depois fica fácil convertê-la para png em altíssima resolução (600dpi) > usando o ImageMagick (que precisa estar instalado): > # Assim a sua imagem está de acordo com as normas de publicação das > principais revistas científicas > system("convert -density 600 ~/Desktop/ozone.pdf ~/Desktop/ozone.png") > > > Veja o resultado final: > https://dl.dropboxusercontent.com/u/27700634/ozone.png > > Greetings, > -- Thiago V. dos Santos > > PhD student > Land and Atmospheric Science > University of Minnesota > > > On Friday, February 19, 2016 1:18 PM, Mateus Dias Nunes < > nunes.mateusdias(a)gmail.com> wrote: > > > > Olá eu gostaria de colocar cores (com a barra de cores ao lado da figura) > no meu mapa ao invés de usar os contornos com a função "contour"; > abaixo o link da figura que consegui gerar através dessa função. > > https://www.dropbox.com/s/xi622mbpqg7tgch/campo_medio_O3.png?dl=0 > > abaixo o script que gerou o grafico com os contornos. > > > > > # Carregando biblioteca para manipular arquivos netCDF > > library(maps) > library(ncdf4) > > #========================================================================== > > > #BIBLIOTECA "ncdf4". > # PARA ESTE EXEMPLO SÃO USADOS RECURSOS PARA ABRIR A BIBLIOTECA ) > #POIS RNetCDF, ncdf e ncdf4 APRESENTAM COMANDOS DIFERENTES PARA ABRIRMOS > AS VARIÁVEIS > > > dados <- nc_open('teste.nc') > # lendo coordenadas espaço-temporal > lat <- ncvar_get( dados, 'lat' ) > lon <- ncvar_get( dados, 'lon' ) > time <- ncvar_get( dados, 'time' ) > > > #======================================================================================================= > > # lendo dados coluna total de Ozônio > ColumnAmountO3 <- ncvar_get( dados, 'ColumnAmountO3' ) > > # dimensoes da variavel ColumnAmountO3 > dims_ColumnAmountO3 <- dim(ColumnAmountO3) > > # tornando o arranjo 3D (ColumnAmountO3) em um 2D, organizado em ptos de > grade X tempo > > dim(ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1]*dims_ColumnAmountO3[2], > dims_ColumnAmountO3[3] ) > > # calculando a média e retornado-a em 2D > > media_ColumnAmountO3 <- rowMeans( ColumnAmountO3) > dim(media_ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1], > dims_ColumnAmountO3[2] ) > > > #========================================================================================================== > # longitude varia de 0 a 360, convertendo para -180 a 180, essa conversão > é feita para plotagem sobre o mapa > for (i in 1:dim(lon)) { if (lon[i]>180) { lon[i] <- lon[i]-360 } } > > > # criando arquivo PNG que receberá o campo com o mapa > > #png( filename="campo_medio_O3_jan2005.png",width=600,height=800 ) > > # plotando mapa da America do Sul > map( xlim=c(-100,-10), ylim=c(-60,10) ) > map.axes() # plotando eixos > title( main="Campo médio de ozonio janeiros" ) # título do gráfico > > # definindo intervalo de 5 Dobson Units (DU) > intervalos = seq( trunc(min(ColumnAmountO3)), trunc(max(ColumnAmountO3)), > 5 ) > > # adicionando campo de coluna de ozonio > > > contour( sort(lon), lat, media_ColumnAmountO3[ order(lon), ], add=T, > levels=intervalos, lwd=2, labcex=1.3, col="black" ) > > > # fechando arquivo PNG > #dev.off() > > > obrigado > > ____________________________________________________________________________ > MATEUS DIAS NUNES > MESTRANDO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM METEOROLOGIA - PPGMET > UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS - UFPEL > > TELEFONE: +55 (53) 81125154 > > ____________________________________________________________________________ > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne� c�igo > m�imo reproduz�el. > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e fornea cdigo > mnimo reproduzvel. > > > --- > Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. > https://www.avast.com/antivirus > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Wed, 24 Feb 2016 08:31:03 -0300 > From: Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil > <emmanuel.brasil(a)gmail.com> > To: R BR lista <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Artigo que não tem no periodicos capes > Message-ID: > < > CAFfGvy+dQnZQ1XKJX3zUR56oH3ouV118FwW1Pq+6KQ73+cK84A(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Amigos de R, > > Será que alguem tem na mão que possa me enviar o pdf desse artigo aqui: > > http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/sim.4780141909/full > > Grato, > > Pedro Brasil > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160224/c6a4909e/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Wed, 24 Feb 2016 08:33:57 -0300 > From: Marcelo Laia <marcelolaia(a)gmail.com> > To: r-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Artigo que não tem no periodicos capes > Message-ID: > < > CAEEYVUD8wuMn+N9ymLOd8_5wiP7uLFbxhx8WBUkExhRaPHc99g(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > http://sci-hub.io/ > Em 24 de fev de 2016 08:31, "Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil" > < > emmanuel.brasil(a)gmail.com> escreveu: > > > Amigos de R, > > > > Será que alguem tem na mão que possa me enviar o pdf desse artigo aqui: > > > > http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/sim.4780141909/full > > > > Grato, > > > > Pedro Brasil > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160224/11e2033d/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 62, assunto 29 > ***************************************** >

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Cores em mapas
by Mateus Dias Nunes 24 Fev '16

24 Fev '16

Olá eu gostaria de colocar cores (com a barra de cores ao lado da figura) no meu mapa ao invés de usar os contornos com a função "contour"; abaixo o link da figura que consegui gerar através dessa função. https://www.dropbox.com/s/xi622mbpqg7tgch/campo_medio_O3.png?dl=0 abaixo o script que gerou o grafico com os contornos. # Carregando biblioteca para manipular arquivos netCDF library(maps) library(ncdf4) #========================================================================== #BIBLIOTECA "ncdf4". # PARA ESTE EXEMPLO SÃO USADOS RECURSOS PARA ABRIR A BIBLIOTECA ) #POIS RNetCDF, ncdf e ncdf4 APRESENTAM COMANDOS DIFERENTES PARA ABRIRMOS AS VARIÁVEIS dados <- nc_open('teste.nc') # lendo coordenadas espaço-temporal lat <- ncvar_get( dados, 'lat' ) lon <- ncvar_get( dados, 'lon' ) time <- ncvar_get( dados, 'time' ) #======================================================================================================= # lendo dados coluna total de Ozônio ColumnAmountO3 <- ncvar_get( dados, 'ColumnAmountO3' ) # dimensoes da variavel ColumnAmountO3 dims_ColumnAmountO3 <- dim(ColumnAmountO3) # tornando o arranjo 3D (ColumnAmountO3) em um 2D, organizado em ptos de grade X tempo dim(ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1]*dims_ColumnAmountO3[2], dims_ColumnAmountO3[3] ) # calculando a média e retornado-a em 2D media_ColumnAmountO3 <- rowMeans( ColumnAmountO3) dim(media_ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1], dims_ColumnAmountO3[2] ) #========================================================================================================== # longitude varia de 0 a 360, convertendo para -180 a 180, essa conversão é feita para plotagem sobre o mapa for (i in 1:dim(lon)) { if (lon[i]>180) { lon[i] <- lon[i]-360 } } # criando arquivo PNG que receberá o campo com o mapa #png( filename="campo_medio_O3_jan2005.png",width=600,height=800 ) # plotando mapa da America do Sul map( xlim=c(-100,-10), ylim=c(-60,10) ) map.axes() # plotando eixos title( main="Campo médio de ozonio janeiros" ) # título do gráfico # definindo intervalo de 5 Dobson Units (DU) intervalos = seq( trunc(min(ColumnAmountO3)), trunc(max(ColumnAmountO3)), 5 ) # adicionando campo de coluna de ozonio contour( sort(lon), lat, media_ColumnAmountO3[ order(lon), ], add=T, levels=intervalos, lwd=2, labcex=1.3, col="black" ) # fechando arquivo PNG #dev.off() obrigado ____________________________________________________________________________ MATEUS DIAS NUNES MESTRANDO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM METEOROLOGIA - PPGMET UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS - UFPEL TELEFONE: +55 (53) 81125154 ____________________________________________________________________________

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Conversão DBC DBF
by Paulo Dick 23 Fev '16

23 Fev '16

Boa noite colegas listeiros, Estou tentando montar um script que faça download e conversão (DBC para DBF) dos dados do DATASUS, usando como guia uma discussão anterior que encontrei em http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Extensao-DBC-td4665360.html. Contudo, meu script falha na conversão. Segue comandos: > caminho1 <- "ftp://ftp.datasus.gov.br/dissemin/publicos/SINASC/ANT/DNRES/" > salvar <- "C:/Publico_IBGE/ANALISES_R/DATASUS/SINASC/ARQUIVOS/DBF/" > > arq <- paste0("DNRRR95.dbc") > > baixar <- paste0(caminho1,arq) > baixar [1] "ftp://ftp.datasus.gov.br/dissemin/publicos/SINASC/ANT/DNRES/DNRRR95.dbc " > > temp <- "C:\\temp\\" > arqdbc <- paste0(temp,arq) > > download.file(url = baixar, destfile = arqdbc) trying URL ' ftp://ftp.datasus.gov.br/dissemin/publicos/SINASC/ANT/DNRES/DNRRR95.dbc' downloaded 115 KB > > system(paste("C:/TabWin/tab36b/dbf2dbc.exe", arqdbc)) DATASUS dbf2dbc 1.0: Comprime arquivos DBF e Expande arquivos DBC ----------------------------------------------------------------------- regs bytes arquivo ----------------------------------------------------------------------- DBC ==> DBF 7020 118149 DNRRR95.dbc 559.41%Erro de CRC no arquivo DNRRR95.dbc: expansao cancelada OK > Agradeço a atenção. *Paulo Dick* Estatístico Mestre em Epidemiologia em Saúde Pública Tel.: (55 21) 99591-2716

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Gerar arquivo de saída ascii
by Mateus Dias Nunes 23 Fev '16

23 Fev '16

Olá preciso gerar um arquivo de saída ascii que contenha as informações de lat e lon para este campo meteorológico. Já consegui gerar o arquivo ascii, porém ele fica sem as informações de lat (-60S,10N) e lon(-120W,10E) abaixo o script. library(maps) library(ncdf4) dados <- nc_open('teste.nc') lat <- ncvar_get( dados, 'lat' ) lon <- ncvar_get( dados, 'lon' ) time <- ncvar_get( dados, 'time' ) # lendo dados coluna total de Ozônio ColumnAmountO3 <- ncvar_get( dados, 'ColumnAmountO3' ) # dimensoes da variavel ColumnAmountO3 dims_ColumnAmountO3 <- dim(ColumnAmountO3) # tornando o arranjo 3D (ColumnAmountO3) em um 2D, organizado em ptos de grade X tempo dim(ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1]*dims_ColumnAmountO3[2], dims_ColumnAmountO3[3] ) # calculando a média e retornado-a em 2D media_ColumnAmountO3 <- rowMeans( ColumnAmountO3) dim(media_ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1], dims_ColumnAmountO3[2] ) #========================================================================================================== # longitude varia de 0 a 360, convertendo para -180 a 180, essa conversão é feita para plotagem sobre o mapa for (i in 1:dim(lon)) { if (lon[i]>180) { lon[i] <- lon[i]-360 } } plotando mapa da America do Sul map(xlim=c(-90,-30), ylim=c(-60,10)) map.axes() # plotando eixos title( main="Campo médio de Ozônio " ) # título do gráfico # definindo intervalo de 5 Dobson Units (DU) intervalos = seq( trunc(min(ColumnAmountO3)), trunc(max(ColumnAmountO3)), 5 ) #PARA PLOTAR GRAFICO CONTORNOS EM PRETO E BRANCO contour( sort(lon), lat, media_ColumnAmountO3[ order(lon), ], add=T, levels=intervalos, lwd=2, labcex=1.3 ) teste=data.frame(media_ColumnAmountO3) write.table(teste,file="teste.txt",row.names=TRUE,sep="",quote=FALSE) ____________________________________________________________________________ MATEUS DIAS NUNES MESTRANDO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM METEOROLOGIA - PPGMET UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS - UFPEL TELEFONE: +55 (53) 81125154 ____________________________________________________________________________

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 62, assunto 26
by Mateus Dias Nunes 22 Fev '16

22 Fev '16

Olá, Obtive ótimos resultados com as sujestões. Desculpem a demora para passar o feedback das minhas dúvidas. O único problema que tive que ainda não solucionei foi com relação ao atributo "margin": levelplot(r1, margin=F, contour=T) ele me retorna a este erro: Error in do.call("constructMargin", margin) : second argument must be a list ai eu substituo por "margin=T" e ele apresenta a figura com essas bordas https://www.dropbox.com/s/l8q3sttsqg3iu2s/ozone.pdf?dl=0 o que eu acredito que faz com que a barra de cores fique na horizontal(não que seja problema a orientação da barra). ASCii quanto a geração do arquivo de saida do tipo ascii eu consegui realizar com êxito. Muito obrigado pelas sujestões *Thiago V. dos Santos *e * Éder Comunello* ____________________________________________________________________________ MATEUS DIAS NUNES MESTRANDO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM METEOROLOGIA - PPGMET UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS - UFPEL TELEFONE: +55 (53) 81125154 ____________________________________________________________________________ Em 21 de fevereiro de 2016 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Re: Cores em mapas (salah) > 2. Re: Cores em mapas (Éder Comunello) > 3. Re: Cores em mapas (Thiago V. dos Santos) > 4. Gerar arquivo de saída ascii (Mateus Dias Nunes) > 5. Re: Gerar arquivo de saída ascii (Éder Comunello) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Sat, 20 Feb 2016 16:46:44 -0200 > From: salah <salah3.1416(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Cores em mapas > Message-ID: <56C8B494.2040303(a)gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed" > > Olá Mateus > > segue sugestão: > > ## paleta de cores > cor1 = heat.colors(15) > cor2 = terrain.colors(15) > cor3 = topo.colors(15, alpha = .5) > cor4 = palette(rainbow(9)) > library(RColorBrewer) > cor5 = brewer.pal(7, "BrBG") > > contour( > sort(lon), > lat, > levels = intervalos, > nlevels = 15, > media_ColumnAmountO3[ order(lon), ], > add = T, > lwd = 2, > col = cor1, > labcex = 1.3) > > ## usando o pacote raster > library(raster) > oz = raster('teste.nc') > xlim = c(-100, -10) > ylim = c(-60, 10) > plot(oz, xlim = xlim, ylim = ylim) > map(xlim = xlim, ylim = ylim, add = TRUE, col = "black") > title(main = "Campo médio de Ozônio Novembros" ) > contour(oz, add = TRUE, xlim = xlim, ylim = ylim) > > saudações > > Em 19/02/2016 17:18, Mateus Dias Nunes escreveu: > > Olá eu gostaria de colocar cores (com a barra de cores ao lado da > > figura) no meu mapa ao invés de usar os contornos com a função "contour"; > > abaixo o link da figura que consegui gerar através dessa função. > > > > https://www.dropbox.com/s/xi622mbpqg7tgch/campo_medio_O3.png?dl=0 > > > > abaixo o script que gerou o grafico com os contornos. > > > > > > > > # Carregando biblioteca para manipular arquivos netCDF > > > > library(maps) > > library(ncdf4) > > > #========================================================================== > > > > > > #BIBLIOTECA "ncdf4". > > # PARA ESTE EXEMPLO SÃO USADOS RECURSOS PARA ABRIR A BIBLIOTECA ) > > #POIS RNetCDF, ncdf e ncdf4 APRESENTAM COMANDOS DIFERENTES PARA > > ABRIRMOS AS VARIÁVEIS > > > > > > dados <- nc_open('teste.nc <http://teste.nc>') > > # lendo coordenadas espaço-temporal > > lat <- ncvar_get( dados, 'lat' ) > > lon <- ncvar_get( dados, 'lon' ) > > time <- ncvar_get( dados, 'time' ) > > > > > #======================================================================================================= > > > > # lendo dados coluna total de Ozônio > > ColumnAmountO3 <- ncvar_get( dados, 'ColumnAmountO3' ) > > > > # dimensoes da variavel ColumnAmountO3 > > dims_ColumnAmountO3 <- dim(ColumnAmountO3) > > > > # tornando o arranjo 3D (ColumnAmountO3) em um 2D, organizado em ptos > > de grade X tempo > > > > dim(ColumnAmountO3) <- c( > > dims_ColumnAmountO3[1]*dims_ColumnAmountO3[2], dims_ColumnAmountO3[3] ) > > > > # calculando a média e retornado-a em 2D > > > > media_ColumnAmountO3 <- rowMeans( ColumnAmountO3) > > dim(media_ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1], > > dims_ColumnAmountO3[2] ) > > > > > #========================================================================================================== > > # longitude varia de 0 a 360, convertendo para -180 a 180, essa > > conversão é feita para plotagem sobre o mapa > > for (i in 1:dim(lon)) { if (lon[i]>180) { lon[i] <- lon[i]-360 } } > > > > > > # criando arquivo PNG que receberá o campo com o mapa > > > > #png( filename="campo_medio_O3_jan2005.png",width=600,height=800 ) > > > > # plotando mapa da America do Sul > > map( xlim=c(-100,-10), ylim=c(-60,10) ) > > map.axes() # plotando eixos > > title( main="Campo médio de ozonio janeiros" ) # título do gráfico > > > > # definindo intervalo de 5 Dobson Units (DU) > > intervalos = seq( trunc(min(ColumnAmountO3)), > > trunc(max(ColumnAmountO3)), 5 ) > > > > # adicionando campo de coluna de ozonio > > > > > > contour( sort(lon), lat, media_ColumnAmountO3[ order(lon), ], add=T, > > levels=intervalos, lwd=2, labcex=1.3, col="black" ) > > > > > > # fechando arquivo PNG > > #dev.off() > > > > > > obrigado > > > ____________________________________________________________________________ > > > > MATEUS DIAS NUNES > > MESTRANDO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM METEOROLOGIA - PPGMET > > UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS - UFPEL > > TELEFONE: +55 (53) 81125154 > > > ____________________________________________________________________________ > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a > c�digo m�nimo reproduz�vel. > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160220/2a7a5001/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Sat, 20 Feb 2016 18:15:55 -0300 > From: Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Cores em mapas > Message-ID: > < > CABmC8gmAVX1Hsd7xViw+Lk6_aJqAruPTNhZzYqZJmOzAC9JeUg(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Senhores, boa tarde! > > Outra opção: > > intervalos = seq( trunc(min(ColumnAmountO3)), trunc(max(ColumnAmountO3)), 5 > ) > map( xlim=c(-100,-10), ylim=c(-60,10)) -> tmp > filled.contour(sort(lon), lat, media_ColumnAmountO3[order(lon),], > levels=intervalos, lwd=2, col=terrain.colors(14), > xlim=c(-100,-10), ylim=c(-60,10), > plot.axes={axis(1); axis(2); lines(tmp)}) > title( main="Campo médio de ozonio janeiros" ) # título do gráfico > > > > > > ================================================ > Éder Comunello > Agronomist (UEM), MSc in Environ. Sciences (UEM) > DSc in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) > Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) > Dourados, MS, Brazil |<O>| > ================================================ > GEO, -22.2752, -54.8182, 408m > UTC-04:00 / DST: UTC-03:00 > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160220/03a857a9/atta… > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo não-texto foi limpo... > Nome: Rplot_tmp.png > Tipo: image/png > Tamanho: 7776 bytes > Descrição: não disponível > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160220/03a857a9/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Sat, 20 Feb 2016 21:33:53 +0000 (UTC) > From: "Thiago V. dos Santos" <thi_veloso(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Cores em mapas > Message-ID: > <978737470.349160.1456004033164.JavaMail.yahoo(a)mail.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 > > Acho que você procura a função filled.contour, ao invés de contour. > Experimente: > > filled.contour( sort(lon), lat, media_ColumnAmountO3[ order(lon), ]) > map( xlim=c(-100,-10), ylim=c(-60,10), add=T) > > > Ou então eu deixo aqui algumas sugestões usando o levelplot (vai precisar > baixar o shapefile da AS em anexo): > > ---------------------- > library(raster) > library(rasterVis) > > # Abre Arquivo > r <- brick("~/Downloads/teste.nc") > > # Tira média dos dois mapas > r1 <- calc(r, fun=mean) > > # Uma das vantagens de usar raster/rasterVis: depois de duas linhas de > código, já estamos plotando os dados > levelplot(r1, margin=F, contour=T) > > # Descompacta e abre contorno da América do Sul para adicionar ao plot > #(precisa baixar arquivo em anexo ou do link > http://thematicmapping.org/downloads/TM_WORLD_BORDERS_SIMPL-0.3.zip) > > unzip("~/Downloads/TM_WORLD_BORDERS_SIMPL-0.3.zip") > mapaSHP <- shapefile('TM_WORLD_BORDERS_SIMPL-0.3.shp') > > # Plota com contorno da America do Sul > levelplot(r1, margin=F, contour=T, main="Campo médio de Ozônio Novembros") > + layer(sp.lines(mapaSHP, lwd=0.7, col='black')) > > # Quer mudar a cor? Basta mudar as configurações de 'par.settings' > levelplot(r1, margin=F, contour=T, main="Campo médio de Ozônio Novembros", > par.settings=RdBuTheme) + layer(sp.lines(mapaSHP, lwd=0.7, col='black')) > > # Também é possível criar a sua própria paleta de cores, usando o pacote > Rcolorbrewer > # Veja aconselhamento para cores de mapa aqui: http://colorbrewer2.org/ > # Vou criar uma escala sequencial, com 5 tons de azul > # Você pode ver todas as paletas disponíveis no pacote digitando > display.brewer.all() > my.Theme=rasterTheme(region=brewer.pal('Blues', n=5)) > > # Aqui eu personalizo a escala usando os valores do raster e um numero > maior de quebras > intervalos <- seq(trunc(min(values(r1))), trunc(max(values(r1))), > length.out=length(my.Theme$regions$col)-1) > > # Plota > p <- levelplot(r1, margin=F, contour=T, par.settings=my.Theme, > at=intervalos, main="Campo médio de Ozônio Novembros") > p + layer(sp.lines(mapaSHP, lwd=0.7, col='black')) > > # Para salvar, eu recomendo copiar a imagem direto do display para um > arquivo pdf > dev.copy2pdf(file="~/Desktop/ozone.pdf", width = 11, height = 8.5) > > # Depois fica fácil convertê-la para png em altíssima resolução (600dpi) > usando o ImageMagick (que precisa estar instalado): > # Assim a sua imagem está de acordo com as normas de publicação das > principais revistas científicas > system("convert -density 600 ~/Desktop/ozone.pdf ~/Desktop/ozone.png") > > > Veja o resultado final: > https://dl.dropboxusercontent.com/u/27700634/ozone.png > > Greetings, > -- Thiago V. dos Santos > > PhD student > Land and Atmospheric Science > University of Minnesota > > > On Friday, February 19, 2016 1:18 PM, Mateus Dias Nunes < > nunes.mateusdias(a)gmail.com> wrote: > > > > Olá eu gostaria de colocar cores (com a barra de cores ao lado da figura) > no meu mapa ao invés de usar os contornos com a função "contour"; > abaixo o link da figura que consegui gerar através dessa função. > > https://www.dropbox.com/s/xi622mbpqg7tgch/campo_medio_O3.png?dl=0 > > abaixo o script que gerou o grafico com os contornos. > > > > > # Carregando biblioteca para manipular arquivos netCDF > > library(maps) > library(ncdf4) > > #========================================================================== > > > #BIBLIOTECA "ncdf4". > # PARA ESTE EXEMPLO SÃO USADOS RECURSOS PARA ABRIR A BIBLIOTECA ) > #POIS RNetCDF, ncdf e ncdf4 APRESENTAM COMANDOS DIFERENTES PARA ABRIRMOS > AS VARIÁVEIS > > > dados <- nc_open('teste.nc') > # lendo coordenadas espaço-temporal > lat <- ncvar_get( dados, 'lat' ) > lon <- ncvar_get( dados, 'lon' ) > time <- ncvar_get( dados, 'time' ) > > > #======================================================================================================= > > # lendo dados coluna total de Ozônio > ColumnAmountO3 <- ncvar_get( dados, 'ColumnAmountO3' ) > > # dimensoes da variavel ColumnAmountO3 > dims_ColumnAmountO3 <- dim(ColumnAmountO3) > > # tornando o arranjo 3D (ColumnAmountO3) em um 2D, organizado em ptos de > grade X tempo > > dim(ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1]*dims_ColumnAmountO3[2], > dims_ColumnAmountO3[3] ) > > # calculando a média e retornado-a em 2D > > media_ColumnAmountO3 <- rowMeans( ColumnAmountO3) > dim(media_ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1], > dims_ColumnAmountO3[2] ) > > > #========================================================================================================== > # longitude varia de 0 a 360, convertendo para -180 a 180, essa conversão > é feita para plotagem sobre o mapa > for (i in 1:dim(lon)) { if (lon[i]>180) { lon[i] <- lon[i]-360 } } > > > # criando arquivo PNG que receberá o campo com o mapa > > #png( filename="campo_medio_O3_jan2005.png",width=600,height=800 ) > > # plotando mapa da America do Sul > map( xlim=c(-100,-10), ylim=c(-60,10) ) > map.axes() # plotando eixos > title( main="Campo médio de ozonio janeiros" ) # título do gráfico > > # definindo intervalo de 5 Dobson Units (DU) > intervalos = seq( trunc(min(ColumnAmountO3)), trunc(max(ColumnAmountO3)), > 5 ) > > # adicionando campo de coluna de ozonio > > > contour( sort(lon), lat, media_ColumnAmountO3[ order(lon), ], add=T, > levels=intervalos, lwd=2, labcex=1.3, col="black" ) > > > # fechando arquivo PNG > #dev.off() > > > obrigado > > ____________________________________________________________________________ > MATEUS DIAS NUNES > MESTRANDO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM METEOROLOGIA - PPGMET > UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS - UFPEL > > TELEFONE: +55 (53) 81125154 > > ____________________________________________________________________________ > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne� c�igo > m�imo reproduz�el. > > > ------------------------------ > > Message: 4 > Date: Sun, 21 Feb 2016 00:44:03 -0300 > From: Mateus Dias Nunes <nunes.mateusdias(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Gerar arquivo de saída ascii > Message-ID: > < > CAHw9po8NFWiPiO5h78Jf8g_o7XL+uioeWJ47USTUGk_n1wFpFA(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Olá preciso gerar um arquivo de saída ascii que contenha as informações de > lat e lon para este campo meteorológico. > Já consegui gerar o arquivo ascii, porém ele fica sem as informações de lat > (-60S,10N) e lon(-120W,10E) > abaixo o script. > > library(maps) > > library(ncdf4) > > > dados <- nc_open('teste.nc') > > > lat <- ncvar_get( dados, 'lat' ) > > lon <- ncvar_get( dados, 'lon' ) > > time <- ncvar_get( dados, 'time' ) > > > # lendo dados coluna total de Ozônio > > ColumnAmountO3 <- ncvar_get( dados, 'ColumnAmountO3' ) > > > > # dimensoes da variavel ColumnAmountO3 > > dims_ColumnAmountO3 <- dim(ColumnAmountO3) > > > > # tornando o arranjo 3D (ColumnAmountO3) em um 2D, organizado em ptos de > grade X tempo > > dim(ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1]*dims_ColumnAmountO3[2], > dims_ColumnAmountO3[3] ) > > # calculando a média e retornado-a em 2D > > media_ColumnAmountO3 <- rowMeans( ColumnAmountO3) > > dim(media_ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1], > dims_ColumnAmountO3[2] ) > > > > > #========================================================================================================== > > # longitude varia de 0 a 360, convertendo para -180 a 180, essa conversão é > feita para plotagem sobre o mapa > > for (i in 1:dim(lon)) { if (lon[i]>180) { lon[i] <- lon[i]-360 } } > > plotando mapa da America do Sul > > map(xlim=c(-90,-30), ylim=c(-60,10)) > > map.axes() # plotando eixos > > title( main="Campo médio de Ozônio " ) # título do gráfico > > > # definindo intervalo de 5 Dobson Units (DU) > > intervalos = seq( trunc(min(ColumnAmountO3)), trunc(max(ColumnAmountO3)), 5 > ) > > > #PARA PLOTAR GRAFICO CONTORNOS EM PRETO E BRANCO > > contour( sort(lon), lat, media_ColumnAmountO3[ order(lon), ], add=T, > levels=intervalos, lwd=2, labcex=1.3 ) > > teste=data.frame(media_ColumnAmountO3) > > write.table(teste,file="teste.txt",row.names=TRUE,sep="",quote=FALSE) > > ____________________________________________________________________________ > > MATEUS DIAS NUNES > MESTRANDO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM METEOROLOGIA - PPGMET > UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS - UFPEL > TELEFONE: +55 (53) 81125154 > > ____________________________________________________________________________ > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160221/3dedadde/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 5 > Date: Sun, 21 Feb 2016 09:23:10 -0400 > From: Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Gerar arquivo de saída ascii > Message-ID: > < > CABmC8gmiCj-Y78SJvzpcpMi3vyOYKpmFbRJDUsNWLVNtESEA+Q(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Mateus, bom dia! > > Sugiro que você forneça o feedback acerca das sugestões que recebe na > lista. Assim, podemos saber qual solução funcionou e o material fica útil > pra referência futura. Dentro das suas possibilidades, avalie a > possibilidade de postar o script final com a solução que você produziu. > > Segue uma ideia pra produzir um arquivo ascii (x, y, z): > > ### <code r> > ### acrescente no seu script! > > map( xlim=c(-100,-10), ylim=c(-60,10)) > map.axes() > contour(lon, lat, media_ColumnAmountO3, add=T, levels=intervalos, lwd=2, > labcex=1.3, col=heat.colors(14) ) > > # Transpose + flip pra matriz corresponder ao que você vê plotado na tela > com contour(), filled.countour() > tmp <- (t(media_ColumnAmountO3)[ncol(media_ColumnAmountO3):1,]) > > # Verificando... > tmp[1:3, 1:4] # UL > tmp[1:3, 127:130] # UR > tmp[68:70, 1:4] # LL > tmp[68:70, 127:130] # LR > as.vector(tmp[1:3, 1:4]) ### by columns - upper left > > grid <- expand.grid(x=lon, y=lat) > head(grid[order(grid$x, rev(grid$y)),]) # by columns > > teste <- cbind(grid[order(grid$x, rev(grid$y)),], z=as.vector(tmp)) > head(teste, 3) > # x y z > # 8971 -119.5 9.5 245.2939 > # 8841 -119.5 8.5 244.0713 > # 8711 -119.5 7.5 242.9422 > > tail(teste, 3) > # x y z > # 390 9.5 -57.5 296.8890 > # 260 9.5 -58.5 297.0280 > # 130 9.5 -59.5 296.6809 > > write.table(teste,file="teste.txt",row.names=TRUE, sep="", quote=FALSE) > ### </code> > > > > ================================================ > Éder Comunello > Agronomist (UEM), MSc in Environ. Sciences (UEM) > DSc in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) > Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) > Dourados, MS, Brazil |<O>| > ================================================ > GEO, -22.2752, -54.8182, 408m > UTC-04:00 / DST: UTC-03:00 > > > > > Em 20 de fevereiro de 2016 23:44, Mateus Dias Nunes < > nunes.mateusdias(a)gmail.com> escreveu: > > > Olá preciso gerar um arquivo de saída ascii que contenha as informações > de > > lat e lon para este campo meteorológico. > > Já consegui gerar o arquivo ascii, porém ele fica sem as informações de > > lat (-60S,10N) e lon(-120W,10E) > > abaixo o script. > > > > library(maps) > > > > library(ncdf4) > > > > > > dados <- nc_open('teste.nc') > > > > > > lat <- ncvar_get( dados, 'lat' ) > > > > lon <- ncvar_get( dados, 'lon' ) > > > > time <- ncvar_get( dados, 'time' ) > > > > > > # lendo dados coluna total de Ozônio > > > > ColumnAmountO3 <- ncvar_get( dados, 'ColumnAmountO3' ) > > > > > > > > # dimensoes da variavel ColumnAmountO3 > > > > dims_ColumnAmountO3 <- dim(ColumnAmountO3) > > > > > > > > # tornando o arranjo 3D (ColumnAmountO3) em um 2D, organizado em ptos de > > grade X tempo > > > > dim(ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1]*dims_ColumnAmountO3[2], > > dims_ColumnAmountO3[3] ) > > > > # calculando a média e retornado-a em 2D > > > > media_ColumnAmountO3 <- rowMeans( ColumnAmountO3) > > > > dim(media_ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1], > > dims_ColumnAmountO3[2] ) > > > > > > > > > > > #========================================================================================================== > > > > # longitude varia de 0 a 360, convertendo para -180 a 180, essa conversão > > é feita para plotagem sobre o mapa > > > > for (i in 1:dim(lon)) { if (lon[i]>180) { lon[i] <- lon[i]-360 } } > > > > plotando mapa da America do Sul > > > > map(xlim=c(-90,-30), ylim=c(-60,10)) > > > > map.axes() # plotando eixos > > > > title( main="Campo médio de Ozônio " ) # título do gráfico > > > > > > # definindo intervalo de 5 Dobson Units (DU) > > > > intervalos = seq( trunc(min(ColumnAmountO3)), trunc(max(ColumnAmountO3)), > > 5 ) > > > > > > #PARA PLOTAR GRAFICO CONTORNOS EM PRETO E BRANCO > > > > contour( sort(lon), lat, media_ColumnAmountO3[ order(lon), ], add=T, > > levels=intervalos, lwd=2, labcex=1.3 ) > > > > teste=data.frame(media_ColumnAmountO3) > > > > write.table(teste,file="teste.txt",row.names=TRUE,sep="",quote=FALSE) > > > > > ____________________________________________________________________________ > > > > MATEUS DIAS NUNES > > MESTRANDO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM METEOROLOGIA - PPGMET > > UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS - UFPEL > > TELEFONE: +55 (53) 81125154 > > ____________________________________________ > > ________________________________ > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160221/02cfb14c/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 62, assunto 26 > ***************************************** >

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Alterações no gráfico
by Charlenny Melo 20 Fev '16

20 Fev '16

Prezados bom dia! Estou utilizando o comando decompose(logdados,type="additive") e ele me retorna o gráfico de decomposição de uma série, com as instruções no gráfico tais como: tendência, sazonalidade, aleatoriedade, série observada e título do gráfico em inglês, e preciso passar para português. Alguém poderia me ajudar? Muito obrigada!

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Cores em campos meteorologicos
by Mateus Dias Nunes 19 Fev '16

19 Fev '16

Olá eu gostaria de colocar cores (com a barra de cores ao lado da figura) no meu mapa ao invés de usar os contornos com a função "contour"; abaixo o link da figura que consegui gerar através dessa função. https://www.dropbox.com/s/xi622mbpqg7tgch/campo_medio_O3.png?dl=0 a figura foi gerada a partir do script a baixo e o dado(netcdf) esta no link a baixo https://www.dropbox.com/s/ntvmtx7wonwo839/teste.nc?dl=0 O script: # Carregando biblioteca para manipular arquivos netCDF library(maps) library(ncdf4) #========================================================================== # carregando arquivo e lendo dados - para essa versão do R usa-se o comando # var.get.nc, quando o comando original é get.var.nc (não sei o porque) #EXISTEM DIFERENÇAS PARA ABRIR AS BIBLIOTECAS "RNetCDF" e "ncdf4". # PARA ESTE EXEMPLO SÃO USADOS RECURSOS PARA ABRIR A BIBLIOTECA ( http://nbcgib.uesc.br/mirrors/cran/) #POIS RNetCDF, ncdf e ncdf4 APRESENTAM COMANDOS DIFERENTES PARA ABRIRMOS AS VARIÁVEIS dados <- nc_open('teste.nc') # lendo coordenadas espaço-temporal lat <- ncvar_get( dados, 'lat' ) lon <- ncvar_get( dados, 'lon' ) time <- ncvar_get( dados, 'time' ) #======================================================================================================= # lendo dados coluna total de Ozônio ColumnAmountO3 <- ncvar_get( dados, 'ColumnAmountO3' ) # dimensoes da variavel ColumnAmountO3 dims_ColumnAmountO3 <- dim(ColumnAmountO3) # tornando o arranjo 3D (ColumnAmountO3) em um 2D, organizado em ptos de grade X tempo dim(ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1]*dims_ColumnAmountO3[2], dims_ColumnAmountO3[3] ) # calculando a média e retornado-a em 2D media_ColumnAmountO3 <- rowMeans( ColumnAmountO3) dim(media_ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1], dims_ColumnAmountO3[2] ) #========================================================================================================== # longitude varia de 0 a 360, convertendo para -180 a 180, essa conversão é feita para plotagem sobre o mapa for (i in 1:dim(lon)) { if (lon[i]>180) { lon[i] <- lon[i]-360 } } # criando arquivo PNG que receberá o campo com o mapa #png( filename="campo_medio_O3_jan2005.png",width=600,height=800 ) # plotando mapa da America do Sul map( xlim=c(-100,-10), ylim=c(-60,10) ) map.axes() # plotando eixos title( main="Campo médio de Ozônio Novembros" ) # título do gráfico # definindo intervalo de 5 Dobson Units (DU) intervalos = seq( trunc(min(ColumnAmountO3)), trunc(max(ColumnAmountO3)), 5 ) # adicionando campo de pressao ao nivel medio do mar ao mapa # ler mais a respeito da função contour() com help(contour) contour( sort(lon), lat, media_ColumnAmountO3[ order(lon), ], add=T, levels=intervalos, lwd=2, labcex=1.3, col="black" ) # fechando arquivo PNG #dev.off() Acredito que não seja complicado porém não consegui aplicar essa função. att, ____________________________________________________________________________ MATEUS DIAS NUNES MESTRANDO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM METEOROLOGIA - PPGMET UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS - UFPEL TELEFONE: +55 (53) 81125154 ____________________________________________________________________________

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Diferença no resultado da função sort() entre windows e linux
by Luciano F. Sgarbi 19 Fev '16

19 Fev '16

Boa tarde pessoal. Tentei ordenar um mesmo vetor no R usando Linux ou Windows e os resultados foram diferentes. #linux > sort(c('AB CD','ABCD')) [1] "ABCD" "AB CD" #windows > sort(c('AB CD','ABCD')) [1] "AB CD" "ABCD" Pelo que eu consegui entender, o problema está relacionado ao "LOCALE" usado por cada uma dos sistemas... estou certo? Alguém saberia dizer qual o motivo disso, e como posso fazer com que os dois sistemas gerem os mesmos resultados? De preferência quero tornar o resultado do Linux igual ao do Windows. Ou seja, quero alterar as configurações do R no Linux Abraços, Luciano ps: Informações das seções: ##UBUNTU > sessionInfo() R version 3.2.2 (2015-08-14) Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit) Running under: Ubuntu precise (12.04.5 LTS) locale: [1] LC_CTYPE=pt_BR.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=pt_BR.UTF-8 LC_COLLATE=pt_BR.UTF-8 [5] LC_MONETARY=pt_BR.UTF-8 LC_MESSAGES=pt_BR.UTF-8 LC_PAPER=pt_BR.UTF-8 LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=pt_BR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base loaded via a namespace (and not attached): [1] tools_3.2.2 > sort(c('AB CD','ABCD')) [1] "ABCD" "AB CD" ###WINDOWS > sessionInfo() R version 3.2.1 (2015-06-18) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1 locale: [1] LC_COLLATE=Portuguese_Brazil.1252 LC_CTYPE=Portuguese_Brazil.1252 LC_MONETARY=Portuguese_Brazil.1252 [4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=Portuguese_Brazil.1252 attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base loaded via a namespace (and not attached): [1] tools_3.2.1 > sort(c('AB CD','ABCD')) [1] "AB CD" "ABCD" -- Luciano F. Sgarbi Currículo Lattes <http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4299200T7> Laboratório de Ecologia Teórica e Síntese Departamento de Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas V. Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil

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Criar arquivo de saida a partir de dados NetCDF
by Mateus Dias Nunes 19 Fev '16

19 Fev '16

Olá, eu gerei alguns resultados de campo médio de Ozonio, a partir de um arquivo .nc (netCDF) a partir deste meu resultado eu gostaria de gerar um novo arquivo no formato ascii ou .nc porém não consegui gerar esse arquivo de saída. abaixo a estrutura do Script # Carregando biblioteca para manipular arquivos netCDF library(maps) library(RNetCDF) library(fields) #========================================================================== # carregando arquivo e lendo dados - para essa versão do R usa-se o comando # var.get.nc, quando o comando original é get.var.nc (não sei o porque) dados <- open.nc('novembros20052014.nc') # lendo coordenadas espaço-temporal lat <- var.get.nc( dados, 'lat' ) lon <- var.get.nc( dados, 'lon' ) time <- var.get.nc( dados, 'time' ) #========================================================================= # lendo dados coluna total de Ozônio ColumnAmountO3 <- var.get.nc( dados, 'ColumnAmountO3' ) # dimensoes da variavel ColumnAmountO3 dims_ColumnAmountO3 <- dim(ColumnAmountO3) # tornando o arranjo 3D (ColumnAmountO3) em um 2D, organizado em ptos de grade X tempo dim(ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1]*dims_ColumnAmountO3[2], dims_ColumnAmountO3[3] ) # calculando a média e retornado-a em 2D media_ColumnAmountO3 <- rowMeans( ColumnAmountO3) dim(media_ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1], dims_ColumnAmountO3[2] ) #========================================================================================================== # longitude varia de 0 a 360, convertendo para -180 a 180, essa conversão é feita para plotagem sobre o mapa for (i in 1:dim(lon)) { if (lon[i]>180) { lon[i] <- lon[i]-360 } } # criando arquivo PNG que receberá o campo com o mapa #png( filename="campo_medio_O3_jan2005.png",width=600,height=800 ) # plotando mapa da America do Sul map( xlim=c(-110,-10), ylim=c(-60,10) ) map.axes() # plotando eixos title( main="Campo médio de Ozônio Novembros" ) # título do gráfico # definindo intervalo de 5 Dobson Units (DU) intervalos = seq( trunc(min(ColumnAmountO3)), trunc(max(ColumnAmountO3)), 5 ) # adicionando campo de pressao ao nivel medio do mar ao mapa # ler mais a respeito da função contour() com help(contour) contour( sort(lon), lat, media_ColumnAmountO3[ order(lon), ], add=T, levels=intervalos, lwd=2, labcex=1.2, col="black" ) # fechando arquivo PNG #dev.off() Desde já agradeço ____________________________________________________________________________ MATEUS DIAS NUNES MESTRANDO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM METEOROLOGIA - PPGMET UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS - UFPEL TELEFONE: +55 (53) 81125154 ____________________________________________________________________________

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Re: [R-br] Obtenção de Valores em Pontos de Arquivo Raster x ASCII
by Éder Comunello 18 Fev '16

18 Fev '16

Senhores, bom dia! Fiz o exercício abaixo, me preocupando mais com uso de memória. Nesse quesito o pacote {raster} traz grandes vantagens. Além disso, formatos binários otimizam a leitura e ocupam menor espaço em disco. ### <code r> setwd("D:/Temp") sapply(c("raster", "sp", "rgdal"), require, char=T) url0 <- "http://download.osgeo.org/geotiff/samples/spot/chicago/UTM2GTIF.TIF " fn <- basename(url0) # download.file(url0, fn, mode="wb") ### Leitura com pacotes {raster} e {readGDAL}... ### O pacote {raster} acessa informações do arquivo em disco, ### enquanto {readGDAL} carrega na memória. img1 <- raster(fn) img2 <- readGDAL(fn) par(mfrow=c(1,2)) image(img1, asp=T, axes=F, ann=F); image(img2, asp=T) par(mfrow=c(1,1)) print(object.size(img1), units="Kb") # 11.4 Kb print(object.size(img2), units="Kb") # 2540.9 Kb ### Você pode converter seu objeto para {raster}... ### Mas em princípio ele vai ficar residente na memória img2a <- raster(img2) print(object.size(img2a), units="Kb") # 2548 Kb ### Para economizar memória, você pode salvar no disco e reabrir com {raster} ### Pode usar qualquer formato aceito por raster, inclusive ascii ### Mas formatos binários otimizam o acesso e leitura writeFormats() writeRaster(img2a, "novo.tif", "GTiff", overwrite=F) writeRaster(img2a, "novo.asc", "ascii", overwrite=F) rm(img2, img2a) ### apagar intermediários pra liberar memória system.time(img3a <- raster("novo.tif")) # 0.03s system.time(img3b <- raster("novo.asc")) # 0.06s print(object.size(img3a), units="Kb") # 11.4 Kb print(object.size(img3b), units="Kb") # 11.3 Kb file.info(dir(patt="novo\\.")) ### tamanho no disco # size isdir mode mtime ctime atime exe # novo.asc 2289309 FALSE 666 2016-02-18 05:50:06 2016-02-18 05:50:02 2016-02-18 05:50:02 no # novo.tif 1249547 FALSE 666 2016-02-18 05:49:48 2016-02-18 05:49:48 2016-02-18 05:49:48 no ### tamanho no disco em "Mb" file.info(dir(patt="novo\\."))$size/1024^2 # [1] 2.183255 1.191661 par(mfrow=c(1,2)) image(img3a, asp=T); image(img3b, asp=T) par(mfrow=c(1,1)) ### Geotiff preserva mais atributos... img3a # class : RasterLayer # dimensions : 929, 699, 649371 (nrow, ncol, ncell) # resolution : 10, 10 (x, y) # extent : 444650, 451640, 4631220, 4640510 (xmin, xmax, ymin, ymax) # coord. ref. : +proj=utm +zone=16 +datum=NAD27 +units=m +no_defs +ellps=clrk66 +nadgrids=@conus,@alaska,@ntv2_0.gsb,@ntv1_can.dat # data source : D:\Temp\novo.tif # names : novo # values : 6, 255 (min, max) img3b # class : RasterLayer # dimensions : 929, 699, 649371 (nrow, ncol, ncell) # resolution : 10, 10 (x, y) # extent : 444650, 451640, 4631220, 4640510 (xmin, xmax, ymin, ymax) # coord. ref. : NA # data source : D:\Temp\novo.asc # names : novo ### </code> ================================================ Éder Comunello Agronomist (UEM), MSc in Environ. Sciences (UEM) DSc in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil |<O>| ================================================ GEO, -22.2752, -54.8182, 408m UTC-04:00 / DST: UTC-03:00

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Gráfico Pareto
by ana paula coelho madeira 18 Fev '16

18 Fev '16

Prezados, boa noite! Construí um gráfico de Pareto utilizando a função paretoPlot e a saída é da forma: Gostaria de fazer uma das seguintes alterações: 1) Apresentar as barras na horizontal; ou 2) Colocar as estimativas na vertical ( para não ficar tão difícil de visualizar). Desde já agradeço. Att., Ana Paula

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Re: [R-br] Obtenção de Valores em Pontos de Arquivo Raster
by Éder Comunello 17 Fev '16

17 Fev '16

Senhores, bom dia! Também tenho interesse no uso de dados dessa natureza, sendo assim, aproveitei o código do Yuri e as dicas do Thiago pra fazer um exercício. Deixo o script que utilizei, caso possa ser útil. ### <code r> setwd("D:/Temp") sapply(c("raster", "sp", "ncdf4"), require, char=T) url0 <- "https://drive.google.com/file/d/0B6tnaf2fmoCcOXhnRDIxWnM5UDA/view" browseURL(url0) ### 266 Mb dir(patt="\\.nc") fn <- "Rs_daily_UT_Brazil_v2_20070101_20131231.nc" download.file(url1, fn, mode="wb") # nc <- nc_open(fn); names(nc[['var']]) ### inspeção de conteúdo # r <- raster(fn); dim(r); object.size(r) ### importará somente primeiro layer s <- stack(fn, varname="Rs") dim(s); print(object.size(s), units="Mb") ### 2557 layers (datas), 30.4 Mb POI <- SpatialPoints(cbind(lon=c(-47.5,-47.5,-44.5,-40), lat=c(-18.5,-19.5,-20.5,-22))) proj4string(POI) <- proj4string(s) e <- extract(s, POI, method= "bilinear", df=T) #ou method="simple" dim(e); head(e[,1:5]) e2 <- t(e[-1]) ### inverte, retirando a primeira coluna (ID) dim(e2) ### [1] 2557 4 head(e2, 3) # [,1] [,2] [,3] [,4] # X2007.01.01 11.67222 12.36980 8.660182 NA # X2007.01.02 17.28591 14.08362 9.963414 NA # X2007.01.03 15.78652 12.72562 10.278209 NA tail(e2, 3) # [,1] [,2] [,3] [,4] # X2013.12.29 23.22835 23.38377 19.95641 NA # X2013.12.30 18.80989 21.45013 16.14789 NA # X2013.12.31 19.01340 17.74833 20.40014 NA ### Comparação de métodos de extração (utilizando primeiro layer) sp1 <- as(s[[1]], "SpatialPixelsDataFrame") over(POI, sp1)[,1] data.frame(POI@coords, over = over(POI, sp1)[,1], bil = extract(s[[1]], POI, method= "bilinear", df=T)[,2], simp = extract(s[[1]], POI, method= "simple", df=T)[,2]) # lon lat over bil simp # 1 -47.5 -18.5 11.586952 11.672215 11.639958 # 2 -47.5 -19.5 12.564141 12.369798 11.964512 # 3 -44.5 -20.5 8.624653 8.660182 7.975467 # 4 -40.0 -22.0 NA NA NaN ### Visualizando os dois primeiros pontos crop <- crop(s[[1]], extent(-48, -47, -20, -18)) image(crop, asp=T) text(crop, lab=round(getValues(crop), 6), cex=.5); points(POI, pch=20, cex=2) ### over pega à esquerda, simple à direita e bilinear interpola. ### </code> ================================================ Éder Comunello PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] Em 15 de fevereiro de 2016 15:19, Thiago V. dos Santos < thi_veloso(a)yahoo.com.br> escreveu: > Oi Yury, > > > Pelo que entendi, você quer ter certeza que o código está realmente > extraindo as informações de que você precisa. > > Nesse caso a melhor opção seria usar o ncview para extrair a serie > temporal da coordenada que você precisa, e então comparar com os valores > que o seu código recuperou do arquivo. > > Veja a seguir um código que adaptei do seu para comparar a série temporal > extraída pelo seu código com a que eu extrai do ponto adjacente (-47.375 e > -18.375) usando o ncview. Para rodar a parte final desse código você vai > precisar do arquivo que eu anexei a essa mensagem. > > Antes, algumas observações sobre o seu código: > > 1) Você não precisa usar o comando raster, precisa usar apenas o comando > stack. A diferença é que o comando raster carrega apenas uma "fatia" do > arquivo netcdf, ao passo que o comando stack carrega toda a "pilha". Para > ilustrar: você está trabalhando com um arquivo de radiação, cujas medidas > vão de 1 de janeiro de 2007 a 31 de dezembro de 2013. Usando o comando > raster, você carrega apenas a primeira fatia dos dados, que seria o dia 1 > de janeiro/07. Usando o comando stack vc "empilha" todas as fatias de dados > - de 1 jan/07 a 31 dec/13 - em uma só variável (que tem o nome de 's' no > seu código). > > 2) Para definir os pontos de seu interesse, você precisa apenas do > cbind... Isso já fornece para o comando "extract" as informações que ele > precisa. O comando SpatialPoints serve apenas para converter aquelas > coordenadas em pontos georeferenciados. (experimente dar um plot(sp) pra > ver o que acontece). Qualquer um dos dois funciona para o comando > "extract", mas vc não precisa necessariamente dessa linha no seu código. > > 3) As coordenadas desse arquivo netcdf não coincidem exatamente com as > coordenadas que você busca. Por exemplo, você busca o ponto (-47.5 e > -18.5), mas as coordenadas mais próximas no arquivo são -47.375 e -47.625 > na longitude e -18.375 e -18.625 na latitude. Como a coordenada que você > busca não "cai" exatamente dentro de uma célula do arquivo, o comando > extract vai fazer uma média das 4 células adjacentes e entregar esse valor. > Note que última coordenada que você passou cai no oceano, cujos valores no > arquivo são inválidos. Por isso a última coluna do dataframe mostra apenas > NA's. > > Veja a comparação entre os dados extraídos pelo pacote raster e pelo > visualizador ncview: > > -------------------------------------- > #carrega pacote > library(raster) > > #carrega arquivo netcdf, especificando a variável desejada (util caso haja > mais de uma) > s <- stack("~/Downloads/Rs_daily_UT_Brazil_v2_20070101_20131231.nc", > varname="Rs") > > #criar lista de pontos a serem extraidos os valores de Rs > longitude <- c(-47.5,-47.5,-44.5,-40) > latitude <- c(-18.5,-19.5,-20.5,-22) > xy <- cbind(longitude,latitude) > > #extração dos valores > e <- extract(s, xy, method= "bilinear", df=T) > > # Melhorar aparencia do data frame > df <- data.frame(t(e)[-1,]) > head(df) > > # Abre output de texto do ncview para comparacao > ncv <- read.csv('~/Downloads/ncview.dump', header=F, skip=4, sep='') > head(ncv) > > # Cria um plot simples comparando os valores, apenas para inspecao visual > avalia <- data.frame(df$X1, ncv$V2) > plot(df$X1, ncv$V2) > > > -------------------------------------- > > Uma nota que vale a pena mencionar, sobre esse conjunto de dados que você > está usando, é que ele já foi criado a partir de dados observados. Por > sinal, junto de cada arquivo de dados existe um arquivo complementar com as > medidas de erro associadas à espacialização (interpolação) dos dados. Se me > lembro bem, essas medidas de erro são: distância da estação mais próxima e > erro médio quadrático da medida do ponto em relação a essa estação. > Vale a pena dar uma olhada no paper que descreve esse conjuntos de dados: > http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/joc.4518/abstract. > > O primeiro autor, Alexandre, é quem produziu esse conjunto de dados. > Caso você esteja planejando "validar" esses dados, pode valer mais a pena > investir tempo na leitura do paper e utilização das medidas de erro. (e eu > digo "pode" porque não conheço o objetivo final). > > > Era essa a validação do código que você buscava? > > Hope this helps, > -- Thiago V. dos Santos > > PhD student > Land and Atmospheric Science > University of Minnesota > > > On Monday, February 15, 2016 7:09 AM, Yury Duarte < > yurynepomuceno(a)gmail.com> wrote: > > > > Bom dia colegas programadores. > > Estive trabalhando na obtenção de de dados climáticos a partir de um > arquivo de extensão .nc, com um gride de 0,25 grau para todo o território > nacional. > Minha necessidade é de extrair essas informações climáticas, dia a dia, em > formato numérico para alguns pontos específicos do mapa, que irão coincidir > com os pontos das estações meteorológicas de onde coletei os dados > observados. > Após algumas tentativas e com algumas ajudas dos colegas, cheguei no > código que segue ao final do texto junto com o link para baixar o arquivo > analisado. > Gostaria de validar esse código, pois não estou familiarizado com esse > tipo de arquivo e com o pacote do R que usei para abri-lo. Como não conheço > o conteúdo do arquivo, também não sei se houve uma limitação na > visualização da saída do comando View(e) pelo R. > Desde já, agradeço pela ajuda de todos! > > Link para download do arquivo: > > https://drive.google.com/file/d/0B6tnaf2fmoCcOXhnRDIxWnM5UDA/view > > > Código do R: > > #seleção de diretorio > setwd("C:/Users/user/Desktop/Novo_BD") > #seleção de pacote > library(raster) > #seleção do arquivo de interesse > r=raster("Rs_daily_UT_Brazil_v2_19800101_19891231.nc") > #seleção da variavel de interesse dentro do arquivo > s=stack("Rs_daily_UT_Brazil_v2_19800101_19891231.nc", varname="Rs") > #criar lista de pontos a serem extraidos os valores de Rs > longitude=c(-47.5,-47.5,-44.5,-40) > latitude=c(-18.5,-19.5,-20.5,-22) > xy=cbind(longitude,latitude) > sp=SpatialPoints(xy) > #extração dos valores > e=extract(s, sp, method= "bilinear", df=T) #ou method="simple" > #View(e) > # Consertar data frame > df=data.frame(t(e)[,]) > View(df) > > > > > Yury Duarte > Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne� c�igo > m�imo reproduz�el. > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. >

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Automatização de contrastes pela combinação de níveis para PERMANOVA
by ASANTOS 17 Fev '16

17 Fev '16

Caros Listeiros, Eu estava tentando adaptar uma rotina do Walmes para geração de uma matriz de combinação de níveis para ajustes de modelos GLM, só que para PERMANOVA, criados pela função adonis () do pacote vegan, sem sucesso, na minha tentativa a rotina já não funciona na geração da LSmatrix do pacote doBy e gostria de saber se alguém poderia olhar o meu CRM abaixo e dar uma luz? #Pacotes require(vegan) require(doBy) require(wzRfun) require(multcomp) #Dados artificiais data(mite) A = c(rep(c(0), 30), rep(c(1), 30)) B = rep(c(rep(c(0), 15), rep(c(1), 15)), 2) A <- as.factor(A) B <- as.factor(B) species <- mite[1:60,] # Ajuste da PERMANOVA com índice de Jaccard man.com<-adonis(species ~ A * B, method = "jaccard",permutations=999) man.com #Criação da interação entre os fatores A_B<- interaction(A, B) levels(A_B) do.call(rbind, strsplit(levels(A_B), "\\.")) #Novos ajustes g0 <- adonis(species ~ A * B, method = "jaccard",permutations=999) g1 <- adonis(species ~ A_B, method = "jaccard",permutations=999) #Criação da matriz de comparação M <- LSmatrix(g0, effect=c("A","B")) data.frame(g0=M%*%coef(g0), g1=coef(g1)) str(M) grid <- attr(M, "grid") #Matriz de contrastes B <- "b" A <- "a" spl <- interaction(grid[,2]) i <- 1:nrow(grid) l <- split(i, f=spl) contr <- lapply(l, function(row){ ## Contrast matrix parwise a <- apc(M[row,], lev=levels(d[,2])) rownames(a) <- paste(spl[row[1]], rownames(a), sep="/") return(a) }) contr <- do.call(rbind, contr) contr #Contrastes com pacote multcomp summary(glht(g0, linfct=contr), test=adjusted(type="fdr")) Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: https://br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 ======================================================================

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Mapas no R - para iniciantes
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 17 Fev '16

17 Fev '16

Amigos de R, Estou me envolvendo num projeto em que um dos resultados interessantes seria fazer um ou mais mapas como na função SpatialEpi::plotmap. install.packages(SpatialEpi) library(SpatialEpi) example(plotmap) Eu não tenho qualquer intimidade com análise espacial, isso é novidade pra mim. Estamos elaborando alguns versões preliminares do formulário de coleta, que será aplicado por entrevistadores a pacientes quando estes forem atendidos em unidades de saúde. A minha pergunta é: que informação é necessaria para poder gerar um mapa como esse? Entendi que para gerar o grafico ha informações referentes aos limites dos municípios, há informação referente a incidênica em cada município e há uma localizaçao do município. Se eu quiser por example fazer uma mapa do Brasil, eu consigo fazer a partir dos endereços (rua + cidade + estado + cep) contidos nos formulários? se for possível, há alguma ferramenta para gerar coordenandas espaciais a partir do endereço? Se não for possível, qua informações seriam necessárias? Lembrando que se com coordenadas de GPS inviabiliza o projeto. Pretendo investir um tempo nesse ano pra estudar os caminhos pra isso, mas agora eu preciso mesmo é um bizu para montar a proposta de formulário inicial. Se puderem indicar um tutorial, ou algum texto para iniciantes eu tambem agradeceria. Abraço forte, Pedro Brasil

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irkernel: native R kernel for the Jupyter/IPython interactive notebook.
by nei 17 Fev '16

17 Fev '16

Oi Pessoal, Vi essa mensagem em uma lista Debian e resolvi compartilhar: Um Abraço, Markos ======================================================================= irkernel: native R kernel for the Jupyter/IPython interactive notebook. This allows you to run R code in a notebook directly (and capture plot output, autocomplete code, etc). See [1], [2] [1]:http://irkernel.github.io/ [2]:http://jupyter.org/ =======================================================================

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Importação de planilha de contingência
by Marie-Christine . 17 Fev '16

17 Fev '16

Olá, Estou querendo fazer uma análise RLQ pelo pacote ade4. Para isso, preciso fazer uso de diversas funções do pacote, tais como dudi.coa(), dudi.hillsmith() e dudi.pca().Para fazer esta análise necessito usar três planilhas diferentes, cada qual está no formato de contingência (vide exemplo do pacote com o banco de dados ''aravo'').Entretanto estou com problemas para importar as minhas planilhas do excel (que já estão no formato de tabela de contingência) e aplicar essas funções em cima delas.Sempre que importo, o R atribui um ''X'' no lugar da primeira célula da minha planilha, aonde, contudo, não deveria constar nada.Já tentei usar a função ftable() e read.xls(), mas não consegui aplicá-las. Alguém teria alguma solução para resolver o meu problema? Att., Marie Diese E-Mail wurde von einem virenfreien Computer gesendet, der von Avast geschützt wird.www.avast.com

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Alteração do Gráfico
by ana paula coelho madeira 17 Fev '16

17 Fev '16

Prezados, boa tarde! Construí uma gráfico de Pareto utilizando a função paretoPlot e a saída é da forma: Gostaria de fazer uma das seguintes alterações: 1) Apresentar as barras na horizontal; ou 2) Colocar as estimativas na vertical ( para não ficar tão difícil de visualizar). Desde já agradeço. Att., Ana Paula

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Rmarkdow - Script Walmes
by Fernando Antonio de souza 17 Fev '16

17 Fev '16

Caros colegas, ha algum tempo postei uma dúvida sobre o Rmarkadow na lista. O Walmes me respondeu co um bash script para compilar arquivo através do terminal. Acontece que este script utiliza o comando "purl -n" o qual não possuo em meu sistema (Debian 8). Já procurei na internet e não encontrei nenhuma referência a este comando. Alguém sabe me informar de onde ele é oriundo?E como obtê-lo? att Fala do Walmes: "Eu uso o Emacs para edição de documentos R. Para compilar eu abro um terminal e dou instrução lá. Antes eu abria um terminal do linux e chamava o R dentro. Hoje já uso um shell script que facilita bem mais as coisas. Segue o shell script. Dentro tem o comentário logo no topo de como fazer o link simbólico." ## COMEÇA ARQUIVO render #!/bin/bash # Seguir as intruções aqui # https://github.com/rstudio/rmarkdown/blob/master/PANDOC.md para criar # links simbólicos para o pandoc. No caso, tem-se que fazer # $ sudo ln -s /usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc /usr/local/bin # $ sudo ln -s /usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc-citeproc /usr/local/bin # para poder usar esse bash. #----------------------------------------------------------------------------- # Compilar *.Rmd para *.html com rmarkdown::render. # Walmes Zeviani #----------------------------------------------------------------------------- echo echo "=============================================================================" echo "Compilando *.Rmd para *.html com rmarkdown::render." echo " Walmes Zeviani" echo "=============================================================================" echo ##----------------------------------------------------------------------------- ## http://stackoverflow.com/questions/402377/using-getopts-in-bash-shell-scrip… Options=$@ Optnum=$# _usage() { #-------------------------------------------- # Shows how use. cat <<EOF render $Options $* Usage: render <[options]> file file Is a filename with extension *.Rmd. Options: -h --help Show this message -p --purl To purl the file EOF } if [ $# = 0 ]; then _usage; fi #----------------------------------------------------------------------------- # NOTE: This requires GNU getopt. On Mac OS X and FreeBSD, you have to # install this separately. TEMP=`getopt -o hp --long help,purl -n 'render' -- "$@"` if [ $? != 0 ] ; then echo "Terminating." >&2 ; exit 1 ; fi # Note the quotes around `$TEMP': they are essential! eval set -- "$TEMP" PURL= while true; do case "$1" in -h | --help ) _usage break exit 1 ;; -p | --purl ) PURL=true shift ;; -- ) shift; break ;; * ) _usage break exit 1 ;; esac done INPUT=$1 case "$INPUT" in *.Rmd ) echo; echo "Running rmarkdown::render(\"$INPUT\")."; echo Rscript -e "require(knitr); require(rmarkdown); render(\"$INPUT\")" ;; *) echo "The file $INPUT has a non supported file extension." exit 1 ;; esac if [[ "$PURL" == "true" ]] then purl -n $INPUT fi ##----------------------------------------------------------------------------- ## Para fazer em batelada. ## for file in `ls *.Rmd` ## do ## rmarkdownRender -p $file ## done ## FIM DO ARQUIVO render Esse arquivo "render" você pode deixar na sua pasta "/bin" do linux. Tem que dar permissão de execussão. Suponha que o arquivo seja criado num lugar qualquer então execute esses passos. $ ls -l render ## Lista permissões. $ chmod +x render ## Permite execução. $ ls -l render ## Lista novamente. $ sudo cp render /bin ## Copia para a pasta /bin $ render nome_do_arquivo.Rmd ## Modo de usar. Eu na verdade prefiro deixar meus shell numa pasta própria ao inves da /bin. Vamos supor que seja a /home/bashs. Você só precisa adicionar o PATH ao conjunto de paths monitorados. Se faz isso incluindo a seguinte linha dentro do seu arquivo /home/walmes/.bashrc export PATH=$PATH:/home/walmes/bashs/ À disposição. Walmes. _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- ======================================================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção Animal e-mail:nandodesouza@gmail.com https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ========================================================================

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paretoPlot
by ana paula coelho madeira 16 Fev '16

16 Fev '16

Prezados, boa tarde! Estou utilizando o pacote "qualityTools" para plotar o gráfico de Pareto. O gráfico apresenta as colunas na vertical , gostaria de saber se é possível alterar essa visualização. Desde já agradeço Att., Ana Paula

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Erro no ajuste usando nls()
by Michelle Bau Graczyk 16 Fev '16

16 Fev '16

Caros, boa tarde, Eu estou fazendo um ajuste não linear usando nls mas o resultado que ele dá é uma curva de ajuste com concavidade invertida da que eu preciso. Já tentei usar o gnm() mas não consegui, fiquei confusa. Alguém poderia me dar uma dica? Muito obrigada, Michelle > dput(meanCurtose) c(12.6411612236072, 12.4796294865894, 11.7837399107729, 9.3366244767958, 8.78234352198318, 8.80804015042667, 7.95307495971197, 7.32343842457161, 8.14299654574164, 7.70975671017602, 8.18694316251001, 7.80329447515565, 7.34631424875244, 7.36272816078658, 7.51141407180884, 7.2984543038216, 7.18798034231446, 7.39050028173958, 7.38081189490019, 6.95713316227877, 7.63791968455754, 7.87986509970493, 7.73055700377501, 7.70222565081336, 7.30022411141346, 7.4083910760296, 8.00578570236547, 7.93193221955052, 6.64327337064239, 6.68647106547987, 6.3000528994051, 6.54137808760309, 7.48995510261887, 6.54309655530203, 7.52087344933623, 7.42164647655176, 6.92162268458166, 7.77143984793159, 7.20394459256519, 7.83235593399696, 6.83302649488445, 7.62258779095348, 6.38055427433855, 8.05998045599357, 7.46958190677157, 7.60765302681021, 8.80234303007986, 6.68187705863027, 8.21926338640429, 7.08617024720737, 7.08317235004987, 7.41892957604937, 7.16982143599, 8.15539571232209, 7.28334499900169, 6.58120042409299, 7.81224922275858, 7.38171333668406, 8.00614692588858, 6.84451553168819, 6.74857828793314, 6.67461633312983, 7.16362668836922, 8.00479494155055, 7.70268389750672, 7.14336039340061, 6.97576022415651, 7.80929673006598, 6.45416855124862, 6.78896259995105, 7.7614373562682, 7.34338936769521, 8.66360167525496, 7.56010811040502, 7.22027035686588, 7.1154305341104, 8.04483181906421, 7.26686896074475, 7.2819554225349, 7.1660546357157, 6.59147414023302, 7.75283390623264, 7.15010401592893, 8.13303971786744, 7.32855414357015, 7.52914612700985, 7.48539350747664, 7.3116359925766, 7.66883205205566, 7.54386649172369, 7.45086562401987, 7.5330535884964, 7.78202225997345, 7.76056734608042, 7.59433966583985, 8.11435339265086, 7.70162351095566, 8.37601740131695, 8.25165697702199, 7.24643615541509, 8.54880044435138, 8.0340772543879, 7.60142401295378, 8.15271059000679, 7.60593160597471, 7.72593944394177, 8.41079717372872, 7.11927697642025, 7.88710645083062, 7.71902768095523, 8.26215306007541, 7.86133931721877, 8.37393605745582, 8.19932022059118, 8.18707328398938, 7.94521059286453, 7.53190992758944, 9.09382323175141, 7.61894746233992, 7.10017784239385, 7.57104786675778, 8.01430433052944, 7.7371487858432, 7.60325496858967, 8.52249282126512, 7.74248433340973, 8.79986883820701, 9.46167401431283, 8.41320689887244, 8.12675091813675, 8.19305074669362, 8.26033026649083, 8.98967698600776, 8.34788307021593, 7.98891745840651, 8.02766826748111, 7.94540270707373, 7.91235184351595, 8.18550024134088, 7.6791216969593, 7.79872542391477, 7.74940943117668, 8.96965964554471, 8.5629016313986, 8.22026114318125, 8.09935379363855, 8.51695691589121, 8.38650625250542, 8.34913902264381, 8.16013457394217, 8.50829038864903, 8.44833145927061, 7.66193460778894, 8.38570214117961, 7.95599813376551, 8.87323589444497, 8.7542820309813, 8.86246741162272, 8.02505832824182, 8.3294679557415, 8.62676738321297, 8.82047798447757, 8.57418113309101, 8.58699004470501, 7.91426791727072, 8.97177329700974, 9.21737012827076, 8.93131253848201, 9.05373040821843, 8.8060047926233, 8.63579398153133, 8.86336549714936, 8.527665790551, 9.09306532526363, 8.28087778847272, 8.60347913720265, 8.86989145702297, 9.0949684712681, 8.9078756146992, 8.46550552582034, 8.67664030286659, 8.20430660038124, 8.81351904607292, 8.37902232147903, 8.14550617357246, 8.87063158098105, 8.97666317275847, 9.27478818986505, 8.1547402409359, 9.47636797667675, 8.7719585836935, 9.10650559618523, 8.74628232738224, 8.66484384581281, 8.89461512012232, 8.94112698262295, 8.88625194909964, 9.16563208180781, 8.95119538370992, 8.18141433709592, 8.76643815564861, 8.11691951072044, 8.59918991951036, 8.49949758795904, 9.03815995715459, 8.96746895317108, 8.25155230561287, 8.99757528829419, 8.38019837587032, 7.89015644871282, 8.40680211022081, 8.18371594452072, 8.30410415342907, 9.20936736591405, 7.65703515300426, 8.51162764995946, 8.6646690100554, 8.73118454744911, 8.14430230247998, 9.35891665431139, 9.06160792496678, 8.44947473873207, 8.71740324034868, 8.84001466116642, 9.00589707824947, 8.43952480018863, 8.66283352173145, 8.1727011762143, 8.57579566514626, 8.93818965665359, 8.15206368488664, 8.33232107289189, 8.341762471693, 9.06623499334649, 9.26537578767064, 7.81307094388884, 8.24572869326094, 8.59586522687647, 9.25576297899288, 8.58797131328683, 8.32067682057009, 8.91930638689767, 8.52526396708155, 8.66723332530741, 8.40559307237315, 8.17799487428929, 8.82784323424394, 9.18465209204581, 9.3587241829983, 8.50637042594598, 8.01927234485536, 9.29896008716075, 8.34070882949313, 8.77293341674818, 8.18474544087248, 8.91510004993898, 8.5566201885022, 8.39486013632365, 7.9046867529931, 7.92430863681382, 8.36021307048988, 7.8417605494278, 8.11914705328606, 9.10171237192372, 8.17450387129867, 8.53448727634444, 8.28989881325439, 9.54818539345608, 8.28338368115583, 7.79002534544918, 7.3242854513379, 7.84079127816179, 6.9410953499969, 8.07876380902682, 7.58591611244066, 8.50453944587674, 7.73770574293502, 7.62996698908472, 7.45841033089338, 8.32542977978427, 8.42312792960234, 9.21829530875374, 8.42984858400488, 8.16205343552221, 7.75295741897613, 8.52015614478337, 7.53969212359461, 8.44365531449399, 8.52590287623014, 8.51149053329986, 8.69193569875344, 7.87514214098904, 8.72564455261839, 8.41118186910311, 8.43201983191773, 8.04652209962358, 8.07673862977229, 7.66548826291252, 6.80349186801062, 7.01637383923338, 8.70616450025012, 7.72444099740669, 6.80701060733422, 6.99815237424822, 7.36641433774333, 7.27795135228736, 7.92905477052055, 7.88735066444516, 7.5016857370229, 6.78728786146448, 7.0532105574119, 7.36774907460969, 7.21358655480566, 7.2330664851842, 6.55433878970998, 7.73491483882012, 7.48043763676256, 7.80308727452244, 8.56098368763194, 7.70955796849379, 7.29653875674424, 7.42506463782188, 7.55914784837445, 7.42273393281136, 7.73515546731259, 7.48590913285387, 7.52434898743792, 7.44438234261102, 6.51597932800007, 6.28377247781507, 7.30133580341582, 6.73090842393085, 7.1361818350794, 6.78857257971843, 7.47023659527815, 7.37037478855289, 7.11798413310505, 7.16775471917832, 7.57517612767556, 7.10452737365334, 7.39660110571226, 7.17465591962981, 7.21164585791059, 7.40357201965638, 6.9947991909269, 7.14911017223732, 7.62484959829372, 6.76931262019786, 7.07638840273463, 7.15180066875616, 7.110350823662, 7.70131655729898, 7.03758321040949, 6.81957650696621, 7.16672630698447, 7.550947643418, 7.18035062270062, 6.83580537458554, 7.53556587395976, 6.31195290707872, 5.83287753761713, 5.81867638752022, 6.83541015330383, 6.52334107459094, 6.11436061339103, 7.10260940620634, 6.98757628158683, 5.89634862010814, 6.64905982592843, 6.10904544483375, 6.59560059326794, 6.62860732208668, 6.34612245052279, 6.5980097843679, 5.78737540356475, 6.38550118181323, 6.79787866750963, 6.12697207250661, 6.79967388180314, 6.47852836132581, 6.32902303599, 6.77030416330563, 6.36992000626642, 6.29767779306828, 5.86680261035713, 6.17573748646501, 5.44879619119357, 5.15153675140756, 4.97657133718324, 10.8727474295956, 11.4568422631567) > x<-c(1:391) > xx2<-c(269:380) > yy2<-meanCurtose[269:380] > ajuste1<-nls(yy2~9.548-b*(xx2-268)^c,start=list(b=1,c=1)) > plot(x,meanCurtose) > lines(c(269:380),((predict(ajuste1))),col="blue",lwd=5)

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erro no scale_x_continuous
by joão Rodrigo Castro 16 Fev '16

16 Fev '16

Pessoal, Um erro que acredito ser no scale_x_continuous está gerando um erro no gráfico. Ao reproduzirem o script, vejam que os valores no gráfico não correspondem aos valores referentes aos fatores county e value. Script: ############ library(ggplot2) library(reshape2) library(grid) this_base = "Indice de concordancia" my_data = data.frame( modelos = c("BC", "CD", "DB", "HG1", "HG2"), Alegrete = c(0.75,0.77,0.76,0.72,0.78), Bage = c(0.80,0.82,0.79,0.76,0.81), Camaqua = c(0.72,0.76,0.73,0.78,0.77), Cangucu = c(0.68,0.70,0.68,0.76,0.73), Dom_Pedrito = c(0.812,0.829,0.812,0.845,0.831), Enc._do_Sul = c(0.457,0.751,0.741,0.785,0.749), Jaguarao = c(0.742,0.775,0.722,0.815,0.821), Mostardas = c(0.510,0.423,0.135,0.590,0.506), Pelotas = c(0.739,0.760,0.745,0.773,0.741), Porto_Alegre = c(0.778,0.801,0.773,0.808,0.800), Quarai = c(0.8008,0.8205,0.8052,0.8210,0.8095), Rio_Grande = c(0.591,0.598,0.382,0.725,0.734), Rio_Pardo = c(0.803,0.818,0.780,0.830,0.805), Santiago= c(0.779,0.778,0.763,0.800,0.760), Sao_Borja= c(0.755,0.777,0.756,0.804,0.782), Sao_Gabriel= c(0.812,0.829,0.811,0.849,0.831), Sao_Luiz_Gonzaga= c(0.770,0.778,0.766,0.805,0.756), Sant._Livramento= c(0.803,0.805,0.801,0.817,0.777), Santa_V_Palmar= c(0.619,0.588,0.385,0.710,0.702), Santa_Maria= c(0.721,0.753,0.685,0.775,0.764), Torres= c(0.544,0.595,0.306,0.603,0.621), Tramandai= c(0.461,0.483,0.111,0.561,0.544), Uruguaiana= c(0.801,0.811,0.782,0.818,0.795)) my_data_long = melt(my_data, id = "modelos", variable.name = "county", value.name = "Indice c") my_data_long$county = factor( c("Alegrete", "Bage", "Camaqua", "Cangucu", "Dom Pedrito", "Enc. do Sul", "Jaguarao", "Mostardas", "Pelotas", "Porto Alegre", "Quarai", "Rio Grande","Rio Pardo", "Santiago","Sao Borja","Sao Gabriel", "S.L. Gonzaga","S. Livramento", "St.V. Palmar","Santa Maria","Torres", "Tramandai","Uruguaiana")) my_data_long$modelos = factor(my_data_long$modelos, rev(c("BC", "CD", "DB", "HG1", "HG2"))) p <- ggplot(my_data_long, aes(x = value*10, y = modelos)) + geom_point() + facet_wrap(~ county, ncol = 4) #scale_x_continuous(breaks = c(0,0.5,1),labels = c( 0,0.6,0.9)) + labs(x = "Indice de concordancia", y = NULL) ggtitle("Indice de concordancia c") + theme_bw() theme(panel.grid.major.y = element_line(colour = "grey60"), panel.grid.major.x = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(), panel.margin = unit(0, "lines"), plot.title = element_text(size = rel(1.1), face = "bold", vjust = 2), strip.background = element_rect(fill = "grey80"), axis.ticks.y = element_blank()) p ggsave(paste(this_base, ".png"), p, width = 6, height = 8) ################ Acredito que seja no argumento break, sinceramente não consegui desenvolver.. sds -- João Rodrigo de Castro Programa de Pós-Graduação em Meteorologia Bolsista Laboratório de Agrometeorologia - Embrapa Clima Temperado Universidade Federal de Pelotas

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Leitura de base GIS usando servidor Postgre
by Paulo Dick 15 Fev '16

15 Fev '16

Caros colegas, bom dia Estou tentando fazer a conexão do R com um servidor Postgre já existente que possui diversas bases espaciais. Após algumas buscas, aparentemente consegui configurar a conexão usando a seguinte estrutura: > library(RPostgreSQL) > drv <- dbDriver("PostgreSQL") > con <- dbConnect(drv, dbname = "bases_1000", host = "....", port = 5432, user = "curso", password = "....") E então testei para ver se as bases eram listadas, e aparentemente tudo ok. > dbListTables(con) [1] "ac_2010" "spatial_ref_sys" "geometry_columns" [4] "al_2010" "am_2010" "ap_2010" [7] "ba_2010" "ac_2007" "ADM_Edif_Pub_Militar_P" [...] A partir daqui, não consigo carregar estas bases no R de forma que sejam entendidas como bases espaciais. Alguém sabe como proceder? Obrigado e abraços *Paulo Dick* Estatístico Mestre em Epidemiologia em Saúde Pública Tel.: (55 21) 99591-2716

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Instalação ggplot2 e reshape2
by joão Rodrigo Castro 15 Fev '16

15 Fev '16

Olá pessoal, Gostaria da ajuda de vcs para solucionar um pequeno problema que estou encontrando. Preciso gerar um gráfico onde são necessários carregar os pacotes ggplot2 e reshape2... acontece que sempre que instalo o ggplot2 para uma determinada versão do R , acontece que o reshape2 não é disponível para tal versão. Já tentei na 2.10.1 (não deu porq o reshape é para >= 2.14), na 2.14.1 e na 3.2.3 Gostaria de saber qual versão do R tem disponível ambos os pacotes. abs -- João Rodrigo de Castro Programa de Pós-Graduação em Meteorologia Bolsista Laboratório de Agrometeorologia - Embrapa Clima Temperado Universidade Federal de Pelotas

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Obtenção de Valores em Pontos de Arquivo Raster
by Yury Duarte 15 Fev '16

15 Fev '16

Bom dia colegas programadores. Estive trabalhando na obtenção de de dados climáticos a partir de um arquivo de extensão .nc, com um gride de 0,25 grau para todo o território nacional. Minha necessidade é de extrair essas informações climáticas, dia a dia, em formato numérico para alguns pontos específicos do mapa, que irão coincidir com os pontos das estações meteorológicas de onde coletei os dados observados. Após algumas tentativas e com algumas ajudas dos colegas, cheguei no código que segue ao final do texto junto com o link para baixar o arquivo analisado. Gostaria de validar esse código, pois não estou familiarizado com esse tipo de arquivo e com o pacote do R que usei para abri-lo. Como não conheço o conteúdo do arquivo, também não sei se houve uma limitação na visualização da saída do comando View(e) pelo R. Desde já, agradeço pela ajuda de todos! Link para download do arquivo: https://drive.google.com/file/d/0B6tnaf2fmoCcOXhnRDIxWnM5UDA/view Código do R: #seleção de diretorio setwd("C:/Users/user/Desktop/Novo_BD") #seleção de pacote library(raster) #seleção do arquivo de interesse r=raster("Rs_daily_UT_Brazil_v2_19800101_19891231.nc") #seleção da variavel de interesse dentro do arquivo s=stack("Rs_daily_UT_Brazil_v2_19800101_19891231.nc", varname="Rs") #criar lista de pontos a serem extraidos os valores de Rs longitude=c(-47.5,-47.5,-44.5,-40) latitude=c(-18.5,-19.5,-20.5,-22) xy=cbind(longitude,latitude) sp=SpatialPoints(xy) #extração dos valores e=extract(s, sp, method= "bilinear", df=T) #ou method="simple" #View(e) # Consertar data frame df=data.frame(t(e)[,]) View(df) Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP

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Re: [R-br] Render {rmarkdown} não funciona em emacs
by Rafael Tieppo 13 Fev '16

13 Fev '16

Fernando, por acaso testei ontem o "render" com 'pandoc'. Aqui funcionou 100% para gerar o pdf. Só que rodei o comando 'render(xxx.Rmd , pdf)' de uma janela aberta no modo terminal fora do emacs. não testei de outro modo. Rafael Tieppo State University of Mato Grosso - Department of Agricultural Engineering site: http://www2.unemat.br/rafaeltieppo blog: https://sistemasagricolas.wordpress.com "Evite o desperdício: antes de imprimir pense na sua responsabilidade com o ambiente". On Monday, March 16, 2015 11:00 AM, "r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Render {rmarkdown} não funciona em emacs (Fernando Antonio de souza) 2. loop lento (Roney Fraga Souza) 3. RES: [R-brUso do laço for para impessão de mais de um arquivo gerado. (Mauro Sznelwar) 4. Re: RES: [R-brUso do laço for para impessão de mais de um arquivo gerado. (izi) 5. Re: loop lento (Daniel Batista Lemes) 6. Re: loop lento (Roney Fraga Souza) 7. Re: loop lento (Daniel Batista Lemes) 8. Chamada de Trabalhos - VIII Reunião da ABAVE (Leandro Marino) 9. RES: RES: [R-brUso do laço for para impessão de mais de um arquivo gerado. (Mauro Sznelwar) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Sun, 15 Mar 2015 12:57:45 -0300 From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza(a)gmail.com> To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Render {rmarkdown} não funciona em emacs Message-ID: <CAFrWFskiv2-XGy0jo=4FdyqzRsh3xqFzeaQ-y1Gj1m8HPjgjEg(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Caros amigos Preciso rodar um arquivo *.rmd e gostaria de utilizar a função Render do pacote rmarkdown. Acontece que ao utilizá-la ela retorna a seguinte mensagem "Error: pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found." Eu já atualizee a versão do pandoc mas a mensagem continau. Fiz uma busca na internte e encontrei esta postagem do Walmes que teve o mesmo problema http://r.789695.n4.nabble.com/Apply-rmarkdown-render-outside-the-RStudio-do… Segundo o Walmes ele solucionou criando um soft-link. Sou usuário novo em linux. Como posso fazer isso? abraços -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150315/59c3c8e2/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Sun, 15 Mar 2015 19:25:03 +0000 From: Roney Fraga Souza <roneyfraga(a)gmail.com> To: R-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] loop lento Message-ID: <10C667AD-0A7A-425E-9D05-2CA56ACFE7D1(a)gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Olá pessoal, Eu tenho uma lista (ver2) composta por com 14 elementos, cada elemento é um data.frame() contendo as mesmas variáveis, o que varia é apenas a quantidade de linhas. Cada elemento da lista é um ano específico do data.frame(), exemplo, ver2[[1]] é o ano de 1977, ver2[[2]] é 1978, ver2[[3]] é 1979 até o último ano ver2[[14]] que é 1990. Nos data.frame() tenho informações sobre artigos científicos: nome (código que não se repete), grupo (extraído via processo de clusterização), PY (ano que o artigo foi publicado) e one (variável apenas com valor 1 que uso em outros procedimentos). Os data.frame() são cumulativos, no ano de 1978 estão todos os artigos publicados até 1978, em 1979 estão todos os artigos publicados até 1978 mais os artigos publicados em 1979, no em de 1990 estão todos os artigos publicados até 1990. O procedimento de clusterização é realizado de modo independente para cada ano, logo o artigo 'Baker, 1976, V4, P5' pode estar em grupos diferentes para cada ano. Quero saber a origem dos artigos que estão em um determinado grupo. Exemplo, grupo 1 de 1990, é composto por 100 artigos, desses 25 faziam parte do grupo 1 em 1989, 30 do grupo 2 em 1989, 35 do grupo 3 em 1989, e os 10 restantes eu não tenho interesse, pois, foram publicados no ano de 1990 logo não existim nos anos anteriores. Segue exemplo do resultado que eu obtenho o código atual: label qtde tm1.grupo tm1.ano t.grupo t.ano 1-2 6 1 1989 2 1990 2-1 5 2 1989 1 1990 3-1 3 3 1989 1 1990 4-5 3 4 1989 5 1990 5-4 2 5 1989 4 1990 6-9 2 6 1989 9 1990 7-6 2 7 1989 6 1990 8-8 2 8 1989 8 1990 9-10 2 9 1989 10 1990 qtde = quantidade de artigos em cada grupo tm1.grupo = ano t menos 1 determinado grupo tm1.ano = ano t menos 1 t.grupo = grupo t.ano = ano Para chegar a tal resultado eu utilizo o seguinte código: # ------------------------------ # início do código # ------------------------------ # baixar o arquivo 'ver2.rds' nesse link: # https://db.tt/13dT9XQI <https://db.tt/13dT9XQI> ver2 <- readRDS("~/Downloads/ver2.rds") grupo <- list() for(k in 2:length(ver2)){ grp <- sort(unique((ver2[[k-1]]$grupo))) ### qtde de grupos no ano t-1 grp2 <- sort(unique((ver2[[k]]$grupo))) ### qtde de grupos no ano t RES <- LAB <- list() for (i in grp) { for (j in grp2) { RES <- append(RES,list(length(intersect(ver2[[k-1]]$name[ver2[[k-1]]$grupo==i], ver2[[k]]$name[ver2[[k]]$grupo==j])))) LAB <- append(LAB, paste(i,j, sep='-')) } } grupo[[k]] <- data.frame(label=sapply(LAB, "["), qtde=sapply(RES, sum)) grupo[[k]] <- subset(grupo[[k]],qtde>0) grupo[[k]]$tm1.grupo <- as.numeric(gsub('-.*','',grupo[[k]]$label)) grupo[[k]]$tm1.ano <- as.numeric(max(ver2[[k]]$PY)-1) grupo[[k]]$t.grupo <- as.numeric(gsub('^.-','',grupo[[k]]$label)) grupo[[k]]$t.ano <- as.numeric(max(ver2[[k]]$PY)) } # grupo # ------------------------------ # fim do código # ------------------------------ Meu problema é: esse código funciona mas é muito lento, muito mesmo, inviabilizando sua aplicação para o volume de dados que trabalho no dia a dia. Alguém conhece uma forma mais rápida de fazer isso. Obs.: parte desse código foi contribuição de Eder Comunello através dessa lista, mas naquela altura o problema estava estruturado de outra forma. Abraço Roney -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150315/a40bddcd/atta…> ------------------------------ Message: 3 Date: Sun, 15 Mar 2015 20:43:09 -0300 From: "Mauro Sznelwar" <sznelwar(a)uol.com.br> To: <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] RES: [R-brUso do laço for para impessão de mais de um arquivo gerado. Message-ID: <00e001d05f79$cb0b2090$612161b0$(a)com.br> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Por que não estou conseguindo rodar? symbol<-c("XOM","AAPL", "DIS") getCSV <- function(symbol){ + URL <- paste0("http://chartapi.finance.yahoo.com/instrument/1.0/", symbol, "/chartdata;type=quote;range=1d/csv") + tab <- read.table(URL, sep = ",", dec = ".", skip = 17) + colnames(tab) <- paste(c("timestamp","close","high","low","open","volume"), 1:6, sep = "-") + rownames(tab) <- paste(symbol, 1:nrow(tab)) + SAIDA <- paste0("Dados",symbol,"yahoo20150312.txt") + write.table(tab, file = SAIDA, sep = ";", dec = ".", header = T) + } sapply(symbol, getCSV) Error in write.table(tab, file = SAIDA, sep = ";", dec = ".", header = T) : unused argument (header = T) Oi Luis, Assim fica bem mais elegante =) Muito obrigada pela dica! Queria aproveitar para perguntar se você saberia um jeito de obter do yahoo usando o R todos os tickers das companhias pertencentes ao NIKKEI, porque ao invés de escrever os 225 tickers no symbol, eu puxaria direto. Muito obrigada mais uma vez! Em 13 de março de 2015 09:50, Luis G. S. e Silva <lgsilvaesilva(a)gmail.com> escreveu: Michelle, Essa tarefa pode ser realizada eliminado os loops (for) e algumas linha também. Dá uma olhadinha no script abaixo. Abraço symbol<-c("XOM","AAPL", "DIS") getCSV <- function(symbol){ URL <- paste0("http://chartapi.finance.yahoo.com/instrument/1.0/", symbol, "/chartdata;type=quote;range=1d/csv") tab <- read.table(URL, sep = ",", dec = ".", skip = 17) colnames(tab) <- paste(c("timestamp","close","high","low","open","volume"), 1:6, sep = "-") rownames(tab) <- paste(symbol, 1:nrow(tab)) SAIDA <- paste0("Dados",symbol,"yahoo20150312.txt") write.table(tab, file = SAIDA, sep = ";", dec = ".", header = T) } sapply(symbol, getCSV) --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150315/88a0159d/atta…> ------------------------------ Message: 4 Date: Sun, 15 Mar 2015 21:27:02 -0300 From: izi <salah3.1416(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] RES: [R-brUso do laço for para impessão de mais de um arquivo gerado. Message-ID: <1426465622.4713.2.camel(a)gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="UTF-8" Retire o argumento <header = T> da função write.table ficando assim: write.table(tab, file = SAIDA, sep = ";", dec = ".") -- Salah Saudações! ------------------------------ Message: 5 Date: Sun, 15 Mar 2015 21:28:50 -0300 From: Daniel Batista Lemes <dlemes(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] loop lento Message-ID: <CAPa99wrNeQ8JZ_=d9Rn0B7GkauicANPgxKjehDmU3=7n_fL2Dw(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Roney, Não sei teu conhecimento de programação(não uso R, mas sou programador) o que tu está fazendo é 3 loop, onde, me parece, que tu percorre toda a matriz todas as vezes, uma forma de otimizar o que tu está fazendo é não fazer aquele sort ali, tu pode organizar os dados forra do loop, porque aquilo diminui muito a performance. Não consegui ver o código, mas quem sabe tu posta ele aqui http://pastebin.com/ assim como código fica melhor de analisar. Me parece que tu esta usando esse código apenas para organizar os dados, se for isso, existe linguagens para eficientes para fazer isso(python é um exemplo) e ai tu usa o R só para fazer as análises estatísticas. Caso tu não conheça python e queira manter o R existem implementações com melhor performance como o pqR(http://www.pqr-project.org/) ou o fastr ( https://github.com/allr/fastr) Sei que não te ajudei muito, mas espero ter te dado um norte :D Daniel Lemes Em 15 de março de 2015 16:25, Roney Fraga Souza <roneyfraga(a)gmail.com> escreveu: > Olá pessoal, > > Eu tenho uma lista (ver2) composta por com 14 elementos, cada elemento é > um data.frame() contendo as mesmas variáveis, o que varia é apenas a > quantidade de linhas. Cada elemento da lista é um ano específico do > data.frame(), exemplo, ver2[[1]] é o ano de 1977, ver2[[2]] é 1978, > ver2[[3]] é 1979 até o último ano ver2[[14]] que é 1990. Nos data.frame() > tenho informações sobre artigos científicos: nome (código que não se > repete), grupo (extraído via processo de clusterização), PY (ano que o > artigo foi publicado) e one (variável apenas com valor 1 que uso em outros > procedimentos). Os data.frame() são cumulativos, no ano de 1978 estão todos > os artigos publicados até 1978, em 1979 estão todos os artigos publicados > até 1978 mais os artigos publicados em 1979, no em de 1990 estão todos os > artigos publicados até 1990. O procedimento de clusterização é realizado de > modo independente para cada ano, logo o artigo 'Baker, 1976, V4, P5' pode > estar em grupos diferentes para cada ano. > > Quero saber a origem dos artigos que estão em um determinado grupo. > Exemplo, grupo 1 de 1990, é composto por 100 artigos, desses 25 faziam > parte do grupo 1 em 1989, 30 do grupo 2 em 1989, 35 do grupo 3 em 1989, e > os 10 restantes eu não tenho interesse, pois, foram publicados no ano de > 1990 logo não existim nos anos anteriores. Segue exemplo do resultado que > eu obtenho o código atual: > > label qtde tm1.grupo tm1.ano t.grupo t.ano > 1-2 6 1 1989 2 1990 > 2-1 5 2 1989 1 1990 > 3-1 3 3 1989 1 1990 > 4-5 3 4 1989 5 1990 > 5-4 2 5 1989 4 1990 > 6-9 2 6 1989 9 1990 > 7-6 2 7 1989 6 1990 > 8-8 2 8 1989 8 1990 > 9-10 2 9 1989 10 1990 > > qtde = quantidade de artigos em cada grupo > tm1.grupo = ano t menos 1 determinado grupo > tm1.ano = ano t menos 1 > t.grupo = grupo > t.ano = ano > > Para chegar a tal resultado eu utilizo o seguinte código: > # ------------------------------ > # início do código > # ------------------------------ > > # baixar o arquivo 'ver2.rds' nesse link: > # https://db.tt/13dT9XQI > > ver2 <- readRDS("~/Downloads/ver2.rds") > > grupo <- list() > > for(k in 2:length(ver2)){ > grp <- sort(unique((ver2[[k-1]]$grupo))) ### qtde de grupos no ano t-1 > grp2 <- sort(unique((ver2[[k]]$grupo))) ### qtde de grupos no ano t > RES <- LAB <- list() > for (i in grp) { > for (j in grp2) { > RES <- > append(RES,list(length(intersect(ver2[[k-1]]$name[ver2[[k-1]]$grupo==i], > ver2[[k]]$name[ver2[[k]]$grupo==j])))) > LAB <- append(LAB, paste(i,j, sep='-')) > } > } > grupo[[k]] <- data.frame(label=sapply(LAB, "["), qtde=sapply(RES, sum)) > grupo[[k]] <- subset(grupo[[k]],qtde>0) > grupo[[k]]$tm1.grupo <- as.numeric(gsub('-.*','',grupo[[k]]$label)) > grupo[[k]]$tm1.ano <- as.numeric(max(ver2[[k]]$PY)-1) > grupo[[k]]$t.grupo <- as.numeric(gsub('^.-','',grupo[[k]]$label)) > grupo[[k]]$t.ano <- as.numeric(max(ver2[[k]]$PY)) > } > # grupo > # ------------------------------ > # fim do código > # ------------------------------ > > Meu problema é: esse código funciona mas é muito lento, muito mesmo, > inviabilizando sua aplicação para o volume de dados que trabalho no dia a > dia. Alguém conhece uma forma mais rápida de fazer isso. > > Obs.: parte desse código foi contribuição de Eder Comunello através dessa > lista, mas naquela altura o problema estava estruturado de outra forma. > > Abraço > Roney > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -- @lemes_daniel -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150315/301f5b32/atta…> ------------------------------ Message: 6 Date: Mon, 16 Mar 2015 01:09:48 +0000 From: Roney Fraga Souza <roneyfraga(a)gmail.com> To: R-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] loop lento Message-ID: <3DA46750-883C-49E3-8F43-3D3D79625304(a)gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="windows-1252" Olá Daniel, obrigado pela ajuda! Sou economista sem estudo formal de algoritmo, daí a chance de fazer cagada é grande. Segue link do código: https://gist.github.com/roneyfraga/debb242d919d9fdb3412 <https://gist.github.com/roneyfraga/debb242d919d9fdb3412> Quanto ao sort(), eu preciso fazer ele dentro do primeiro loop, pois e feito um para cada ano e/ou data.frame(). Conversando no IRC freenode #R recomendaram eu substituir a ?append? pelo ?outer?, sendo a segunda uma função mais rápida. Vou tentar ir nesse caminho no primeiro momento, caso não tenho sucesso estou pensando em me aventurar na mundo de Julia. Abraço Roney -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150316/d6e9d207/atta…> ------------------------------ Message: 7 Date: Sun, 15 Mar 2015 23:54:10 -0300 From: Daniel Batista Lemes <dlemes(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] loop lento Message-ID: <CAPa99wqAvLd9dLr7GsxQRT+AXRiq7fPYFSt5-piG5bxMNDYfuA(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Bom a primeira coisa que eu faria era gerar um data.frame com os dados organizados, ai tu teria um loop separado para organizar os dados e depois poderia usar os outros, já te daria uma certa performance Em 15 de março de 2015 22:09, Roney Fraga Souza <roneyfraga(a)gmail.com> escreveu: > Olá Daniel, obrigado pela ajuda! > > Sou economista sem estudo formal de algoritmo, daí a chance de fazer > cagada é grande. Segue link do código: > https://gist.github.com/roneyfraga/debb242d919d9fdb3412 > > Quanto ao sort(), eu preciso fazer ele dentro do primeiro loop, pois e > feito um para cada ano e/ou data.frame(). > > Conversando no IRC freenode #R recomendaram eu substituir a ?append? pelo > ?outer?, sendo a segunda uma função mais rápida. Vou tentar ir nesse > caminho no primeiro momento, caso não tenho sucesso estou pensando em me > aventurar na mundo de Julia. > > Abraço > Roney > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -- @lemes_daniel -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150315/f354ba5e/atta…> ------------------------------ Message: 8 Date: Wed, 11 Mar 2015 16:11:40 -0300 From: Leandro Marino <leandromarino(a)leandromarino.com.br> To: undisclosed-recipients:; Subject: [R-br] Chamada de Trabalhos - VIII Reunião da ABAVE Message-ID: <CAKSaaFnKY5K+u0mp8eqDUD3qZWWK3uF3Dpdr-_5OQVP8Ww3WJw(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" *VIII Reunião da ABAVE * *Avaliação de Larga Escala no Brasil: * *ensinamentos, aprendizagens e tendências* Florianópolis/SC ? 19 a 21 de agosto de 2015 A Diretoria e os membros da Diretoria Científica da ABAVE convocam os interessados a enviar os trabalhos originais, contendo resultados de suas atividades de pesquisa científica ou de execução de projetos de avaliação educacional tanto da educação básica, quanto da educação superior, para apresentação durante a reunião. O formato da reunião foi pensado para favorecer a discussão e troca de experiências. Os autores deverão submeter seus artigos em duas categorias: - *Apresentação oral:* Serão aceitos textos que apresentem pesquisas com conclusão parciais ou finais, abordando temáticas novas ou já estabelecidas na área de avaliação educacional, preferencialmente utilizando os dados disponíveis das avaliações educacionais em larga escala, que evidenciem elaboração teórica e rigor conceitual e metodológico na análise. - *Apresentação pôster: *Serão aceitos textos que apresentem projetos de pesquisa em andamento ou relatos de experiências na área de avaliação educacional. Os trabalhos deverão ser submetidos eletronicamente até 30 de março de 2015. Em breve serão divulgados os procedimentos para a submissão eletrônica dos trabalhos. No ato da submissão, os próprios autores deverão classificar o trabalho em uma das categorias: apresentação oral ou pôster. *Regras para Submissão de Trabalhos:* Os artigos que serão submetidos à análise devem conter as seguintes especificações: - Deve estar no formato PDF, na fonte Arial, corpo 12. - Os artigos podem ser escritos em português, espanhol ou inglês. - A página deverá ser configurada em papel A4, utilizando os seguintes parâmetros: margem superior 2,5 cm; inferior 2,5 cm; lateral esquerda 3,5 cm; lateral direita 2,5 cm. - O trabalho deve conter apenas o título no corpo do texto. NENHUMA informação de autoria deve ser inserida no texto do artigo ou do seu resumo. - A primeira página do artigo deverá conter APENAS as seguintes informações de identificação: 1. Título do texto 2. Nome do autor ? sigla da Instituição 3. Nome(s) do co/autor(es) ? sigla da(s) instituição(es) (quando houver) 4. Agência ou Instituição Financiadora (quando houver) *Para Apresentação Ora**l* ?O texto deve conter no máximo 20 páginas, incluindo resumo, figuras, diagramas,bibliografias e anexos. Colocar resumo em português com, no máximo, 200 palavras, terminado pelas palavras-chave, em negrito. ?As notas de rodapé, em caso de serem indispensáveis, devem ser colocadas no final dotrabalho, antes das referências bibliográficas. ?Os títulos das seções internas devem estar em negrito e posicionado à margemesquerda. ?As figuras e tabelas devem ter legendas e estas, como as referências, devem seguir opadrão ABNT. *Para Apresentação de Pôster* ? O texto deve conter no máximo 10 páginas, incluindo resumo, figuras, diagramas, bibliografias e anexos. ? Colocar resumo em português com, no máximo, 200 palavras, terminado pelas palavras-chave, em negrito. ? As notas de rodapé, em caso de serem indispensáveis, devem ser colocadas no final do trabalho, antes das referências bibliográficas. ? Os títulos das seções internas devem estar em negrito e posicionado à margem esquerda. ? As figuras e tabelas devem ter legendas e estas, como as referências, devem seguir o padrão ABNT. *Avaliação dos Trabalhos* ? Os artigos submetidos serão avaliados pelos membros da Diretoria Científica e por pareceristas ad hoc indicados pela Diretoria. ? Os trabalhos serão avaliados pelo método do double blind review, que possibilita a análise inominada dos artigos, garantindo a imparcialidade da avaliação. ? Serão selecionados, para a apresentação na VIII Reunião Anual da ABAVE, 50 trabalhos na categoria Apresentação Oral e 70 na categoria Pôster. ? Cabe à Comissão Científica a possibilidade de reclassificar o trabalho, a partir de critérios da natureza da pesquisa desenvolvida, como também por disponibilidade de espaço para alocação das sessões apresentação oral. *Datas Relevantes* ? 30 de março: data final para submissão de trabalhos completos, nas categorias apresentação oral e apresentação de pôster; ? 01 de abril a 15 de maio: julgamento dos trabalhos pela Comissão Científica; ? 20 de maio: Divulgação do resultado final sobre os trabalhos aprovados. *Outras Informações* ? Os artigos aprovados e apresentados serão publicados eletronicamente nos anais do evento no sítio da ABAVE. ? O autor que apresentará o artigo submetido deverá estar inscrito no evento para que o artigo seja considerado para apresentação. Outras Informações devem ser solicitadas à: Secretaria da ABAVE (21) 2103-9635 abave(a)abave.org.br -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150311/7d692d4c/atta…> ------------------------------ Message: 9 Date: Mon, 16 Mar 2015 11:13:46 -0300 From: "Mauro Sznelwar" <sznelwar(a)uol.com.br> To: <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] RES: RES: [R-brUso do laço for para impessão de mais de um arquivo gerado. Message-ID: <001a01d05ff3$6c6abad0$45403070$(a)com.br> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Muito obrigado pelo retorno,mas poderia me enviar o código fonte otimizado de novo, eu sem querer acabei acabei apagando. Retire o argumento <header = T> da função write.table ficando assim: write.table(tab, file = SAIDA, sep = ";", dec = ".") -- Salah Saudações! --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 51, assunto 17 *****************************************

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Abrir Arquivo de Extensão .nc
by Yury Duarte 10 Fev '16

10 Fev '16

Boa tarde colegas programadores! Estou com alguns problemas em trabalhar com arquivos de extensão .nc. Acredito que esses são arquivos do tipo raster. Baixei os pacotes ncdf4; ncdf.tools e o RNetCDF. Com nenhum desses pacotes consegui fazer a leitura do arquivo, até o momento. Estou selecionando o diretório de onde irei buscar os arquivos .nc e em seguida uso o comando library() para instalar um dos três pacotes que mencionei acima. Feito isso, o próximo passo sugerido pelo R é usar um comando open.nc/open.ncdf (dependendo do pacote escolhido), entretanto o R não reconhece os comandos open. Alguém tem familiaridade com esse tipo de arquivo e pode me dar uma ajuda nessa questão? Desde já, agradeço pela disponibilidade de todos! Abs Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP

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Obtenção de matriz completa
by mau.gm＠hotmail.com 10 Fev '16

10 Fev '16

Boa tarde. Estou tentando obter uma matriz de dissimilaridade genética, a partir de dados qualitativos e quantitativos, de 208 linhagens de mamoneira. Entretanto só consigo visualizar parte da matriz. Como obter a matriz completa e salvá-la em planilha Excel? Obrigado Maurício Silva Enviado do Outlook Mobile On Tue, Feb 9, 2016 at 6:00 AM -0800, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: Bug report (Thiago V. dos Santos) 2. Re: Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame (Éder Comunello) 3. Re: Número máximo de variáveis (Éder Comunello) 4. Re: Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame [RESOLVIDO] (ASANTOS) 5. Re: Número máximo de variáveis (Alexandre Loures) 6. Re: Bug report (Leonard Assis) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Mon, 8 Feb 2016 14:42:22 +0000 (UTC) From: "Thiago V. dos Santos" <thi_veloso(a)yahoo.com.br> To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Bug report Message-ID: <1313169499.699118.1454942542137.JavaMail.yahoo(a)mail.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Se você já tem certeza que é bug, o primeiro passo que eu daria seria contatar os autores e/ou mantenedores do pacote: https://cran.r-project.org/web/packages/neuralnet/index.html Greetings, -- Thiago V. dos Santos PhD studentLand and Atmospheric ScienceUniversity of Minnesota On Monday, February 8, 2016 6:56 AM, Leonard de Assis <assis.leonard(a)gmail.com> wrote: Bom dia a todos Eu estava (na verdade, ainda estou) com um problema no pacote neuralnet. O fato é que se descobriu que o problema é bug do pacote, a pergunta então fica: como devo fazer para reportar este problema? _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne� c�igo m�imo reproduz�el. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/f9835033/atta…> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: não disponível Tipo: image/png Tamanho: 7861 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/f9835033/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Mon, 8 Feb 2016 12:14:38 -0300 From: Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> To: ASANTOS <alexandresantosbr(a)yahoo.com.br> Cc: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame Message-ID: <CABmC8gnHfswFsZPumokW-e563HRQY1mqGpzmNyCz52-NoJbDpQ(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Alexandre, bom dia! Fiz apenas uma pequena alteração indicada no código. ### <code r> require(raster) require(sp) # RasterLayer inventado r <- raster(nrows=10, ncols=10) r <- setValues(r, 1:ncell(r)) plot(r) band2<- as(r, 'SpatialGridDataFrame') ### transforma em SpatialGridDataFrame ##Função para conversão DN para radiância - LISS III --------------------------- radconvL<-function(x, band = 2) { Lmax <- switch(as.character(band), "2" = 120.64, "3" = 151.31, "4" = 157.57, "5" = 69.03, NA) if (is.na(Lmax)) stop("invalid band") Lmin = 0 Qmax = 127 x <- as.vector(as.matrix(x)) results <- band2 ### <==== alterado aqui!!! x <- Lmin + ((Lmax-Lmin)*x)/Qmax if (class(results) == "SpatialGridDataFrame") results@data[, 1] <- x else if (is.data.frame(x)) results <- data.frame(matrix(x, nrow = nrow(results), ncol = ncol(results))) else results <- x print(paste(band, Lmax)) print(results) results } ######-- teste2<-radconvL(band2, band = 2) spplot(teste2) teste3<-radconvL(band2, band = 3) teste1<-radconvL(band2, band = 1) ### </code> ================================================ Éder Comunello PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/09d04cf3/atta…> ------------------------------ Message: 3 Date: Mon, 8 Feb 2016 13:53:55 -0300 From: Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Número máximo de variáveis Message-ID: <CABmC8gmDnz4f0E2FdoQ=c7_hYF7ab4GigVZr2FMN5J2FRi24Bg(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Alexandre, boa tarde! Acredito que o que esteja dando problemas não é o número de colunas, mas sim o tamanho dos objetos. Verifique com memory.size() antes da operação e veja se há espaço suficiente para alocar object.size() do último objeto. Pra funcionar, além de quantidade, é necessário que o espaço de memória esteja em um bloco de endereço contínuo. Abaixo fiz um teste com cbind, trabalhando com 1000x mais colunas e rodou legal. Só que o tamanho dos objetos é pequeno... ### <code r> n <- c(30, 217, 181, 4123, 3439) n <- n*1000 for (i in 1:5) assign(letters[i], t(cbind(rnorm(n[i]), runif(n[i])))) ls() # [1] "a" "b" "c" "d" "e" "i" "n" for (i in 1:5) print(object.size(get(letters[i])), units="Mb") # 0.5 Mb # 3.3 Mb # 2.8 Mb # 62.9 Mb # 52.5 Mb x <- cbind(a, b, c, d, e) str(x) # num [1:2, 1:7990000] 0.675 0.15 -0.979 0.681 -0.944 ... print(object.size(x), units="Mb") # 121.9 Mb gc() ### </code> ================================================ Éder Comunello PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] Em 7 de fevereiro de 2016 14:12, Alexandre Loures < alexandre.loures(a)ymail.com> escreveu: > Boa tarde pessoal! > > Estou tentando fazer um cbind em cinco objetos (a, b, c, d, e). Porém no > último (fiz separado para ter certeza quando apareceria o erro) aparece a > seguinte mensagem de erro: > > Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 2.0 Mb > > Tenho a seguinte quantidade de variáveis em cada um dos objetos: > > a = 30 > b = 217 > c = 181 > d = 4123 > e = 3439 > > Total = 7990 > > Minha dúvida é: há limite de variáveis no R e por isso está reportando o > erro supracitado. > > > Desde já muito obrigado! > > > -- > *Alexandre Rodrigues Loures* > Doutorando em Economia Aplicada > Universidade Federal da Paraíba - UFPB > Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA > Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE > Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge > [image: orcid] www.orcid.org/0000-0002-1288-0135 > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/93ba6dcb/atta…> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: iD icon.gif Tipo: image/gif Tamanho: 1221 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/93ba6dcb/atta…> ------------------------------ Message: 4 Date: Mon, 8 Feb 2016 17:36:23 -0300 From: ASANTOS <alexandresantosbr(a)yahoo.com.br> To: comunello.eder(a)gmail.com Cc: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame [RESOLVIDO] Message-ID: <56B8FC47.6010309(a)yahoo.com.br> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed" Muito obrigado Éder, funcionou perfeitamente!!!!!! Também tem outra alteração que resolve o meu problema e aumenta a velocidade de processamento, uma vez que tenho rasters muito grandes, sendo: radconvL <- function(x, band = 2) { Lmax <- switch(band, "2" = 120.64, "3" = 151.31, "4" = 157.57, "5" = 69.03, NA) if (is.na(Lmax)) stop("invalid band") Lmin = 0 Qmax = 127 setValues(x, Lmin + ((Lmax-Lmin)*values(x))/Qmax) } library(raster) b <- brick(system.file("external/rlogo.grd", package="raster")) test <- radconvL(b[[2]], band = 2) Abraços, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: https://br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 ====================================================================== Em 08/02/2016 12:14, Éder Comunello escreveu: > Alexandre, bom dia! > > Fiz apenas uma pequena alteração indicada no código. > > ### <code r> > require(raster) > require(sp) > > # RasterLayer inventado > r <- raster(nrows=10, ncols=10) > r <- setValues(r, 1:ncell(r)) > plot(r) > > band2<- as(r, 'SpatialGridDataFrame') ### transforma em > SpatialGridDataFrame > > > ##Função para conversão DN para radiância - LISS III > --------------------------- > radconvL<-function(x, band = 2) > { > Lmax <- switch(as.character(band), > "2" = 120.64, > "3" = 151.31, > "4" = 157.57, > "5" = 69.03, > NA) > > if (is.na <http://is.na>(Lmax)) stop("invalid band") > > Lmin = 0 > Qmax = 127 > x <- as.vector(as.matrix(x)) > results <- band2 ### <==== alterado aqui!!! > > x <- Lmin + ((Lmax-Lmin)*x)/Qmax > if (class(results) == "SpatialGridDataFrame") > results@data[, 1] <- x > else if (is.data.frame(x)) > results <- data.frame(matrix(x, nrow = nrow(results), > ncol = ncol(results))) > else results <- x > print(paste(band, Lmax)) > print(results) > results > } > ######-- > > teste2<-radconvL(band2, band = 2) > spplot(teste2) > > teste3<-radconvL(band2, band = 3) > teste1<-radconvL(band2, band = 1) > > ### </code> > > > > > ================================================ > Éder Comunello > PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) > Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) > Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] > > > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/319620ad/atta…> ------------------------------ Message: 5 Date: Mon, 8 Feb 2016 20:03:47 -0300 From: Alexandre Loures <alexandre.loures(a)ymail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br, comunello.eder(a)gmail.com Subject: Re: [R-br] Número máximo de variáveis Message-ID: <56B91ED3.4040107(a)ymail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed" Boa noite Éder! Muito obrigado pelo retorno! Meus objetos possuem: 72.7 Mb 455.6 Mb 382.4 Mb 8401.1 Mb 7009.7 Mb Mas defini o uso da memória em 36Gb. Logo não estou entendo porque não consigo fazer o cbind dos cinco objetos. Em 08/02/2016 13:53, Éder Comunello escreveu: > Alexandre, boa tarde! > > Acredito que o que esteja dando problemas não é o número de colunas, > mas sim o tamanho dos objetos. Verifique com memory.size() antes da > operação e veja se há espaço suficiente para alocar object.size() do > último objeto. Pra funcionar, além de quantidade, é necessário que o > espaço de memória esteja em um bloco de endereço contínuo. > > Abaixo fiz um teste com cbind, trabalhando com 1000x mais colunas e > rodou legal. Só que o tamanho dos objetos é pequeno... > > ### <code r> > n <- c(30, 217, 181, 4123, 3439) > n <- n*1000 > > for (i in 1:5) assign(letters[i], t(cbind(rnorm(n[i]), runif(n[i])))) > ls() # [1] "a" "b" "c" "d" "e" "i" "n" > > for (i in 1:5) print(object.size(get(letters[i])), units="Mb") > # 0.5 Mb > # 3.3 Mb > # 2.8 Mb > # 62.9 Mb > # 52.5 Mb > > x <- cbind(a, b, c, d, e) > str(x) > # num [1:2, 1:7990000] 0.675 0.15 -0.979 0.681 -0.944 ... > > print(object.size(x), units="Mb") > # 121.9 Mb > > gc() > ### </code> > > > > > ================================================ > Éder Comunello > PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) > Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) > Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] > > > > > Em 7 de fevereiro de 2016 14:12, Alexandre Loures > <alexandre.loures(a)ymail.com <mailto:alexandre.loures@ymail.com>> escreveu: > > Boa tarde pessoal! > > Estou tentando fazer um cbind em cinco objetos (a, b, c, d, e). > Porém no último (fiz separado para ter certeza quando apareceria o > erro) aparece a seguinte mensagem de erro: > > Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 2.0 Mb > > Tenho a seguinte quantidade de variáveis em cada um dos objetos: > > a = 30 > b = 217 > c = 181 > d = 4123 > e = 3439 > > Total = 7990 > > Minha dúvida é: há limite de variáveis no R e por isso está > reportando o erro supracitado. > > > Desde já muito obrigado! > > > -- > *Alexandre Rodrigues Loures* > Doutorando em Economia Aplicada > Universidade Federal da Paraíba - UFPB > Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA > Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE > Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge <http://www.ccsa.ufpb.br/ppge> > orcid www.orcid.org/0000-0002-1288-0135 > <http://www.orcid.org/0000-0002-1288-0135> > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > forneça código mínimo reproduzível. > > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. -- *Alexandre Rodrigues Loures* Doutorando em Economia Aplicada Universidade Federal da Paraíba - UFPB Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge orcid www.orcid.org/0000-0002-1288-0135 -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/2b057d21/atta…> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: não disponível Tipo: image/gif Tamanho: 1221 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/2b057d21/atta…> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: iD icon.gif Tipo: image/gif Tamanho: 1221 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/2b057d21/atta…> ------------------------------ Message: 6 Date: Tue, 9 Feb 2016 10:33:43 -0200 From: Leonard Assis <assis.leonard(a)gmail.com> To: "Thiago V. dos Santos" <thi_veloso(a)yahoo.com.br>, r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Bug report Message-ID: <CAEG0FK8CG0H+4u5ZyS0uazg3hcG+w6GqaGDpwCxtf8-shgjF5A(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" É bug Já até sei como corrige (e já corrigi nos fontes deles). É um erro louco no plot.nn que não gera o plot no rmarkdown Em 8 de fev de 2016 12:42 PM, "Thiago V. dos Santos" < thi_veloso(a)yahoo.com.br> escreveu: > Se você já tem certeza que é bug, o primeiro passo que eu daria seria > contatar os autores e/ou mantenedores do pacote: > https://cran.r-project.org/web/packages/neuralnet/index.html > > Greetings, > -- Thiago V. dos Santos > > PhD student > Land and Atmospheric Science > University of Minnesota > > > On Monday, February 8, 2016 6:56 AM, Leonard de Assis < > assis.leonard(a)gmail.com> wrote: > > > Bom dia a todos > > Eu estava (na verdade, ainda estou) com um problema no pacote neuralnet. > > O fato é que se descobriu que o problema é bug do pacote, a pergunta então > fica: como devo fazer para reportar este problema? > > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne� c�igo > m�imo reproduz�el. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160209/133a879d/atta…> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: não disponível Tipo: image/png Tamanho: 7861 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160209/133a879d/atta…> ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 62, assunto 9 ****************************************

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Re: [R-br] Obtenção de matriz completa
by Marcos Vital 10 Fev '16

10 Fev '16

Oi, Maurício! Na hora de gerar a matriz, use os argumentos diag=T e upper=T dentro da função. Isso funciona com a função dist() e vegdist(), não sei se irá funcionar com outras funções. Com estes argumentos a matriz vai ser completa, com diagonal principal e a parte acima da diagonal. Espero que resolva. Abraços Marcos Em 10 de fevereiro de 2016 11:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Obtenção de matriz completa (mau.gm(a)hotmail.com) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Tue, 9 Feb 2016 17:55:50 +0000 > From: <mau.gm(a)hotmail.com> > To: <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Obtenção de matriz completa > Message-ID: <SNT406-EAS421BDE0E0500C4D529E3BD192D60(a)phx.gbl> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > > > Boa tarde. > > Estou tentando obter uma matriz de dissimilaridade genética, a partir de > dados qualitativos e quantitativos, de 208 linhagens de mamoneira. > > Entretanto só consigo visualizar parte da matriz. Como obter a matriz > completa e salvá-la em planilha Excel? > > > Obrigado > > > Maurício Silva > > > Enviado do Outlook Mobile > > > -- Marcos Vinícius Carneiro Vital Universidade Federal de Alagoas Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde Setor de Biodiversidade e Ecologia

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Bug report
by Leonard de Assis 09 Fev '16

09 Fev '16

Bom dia a todos Eu estava (na verdade, ainda estou) com um problema no pacote neuralnet. O fato é que se descobriu que o problema é bug do pacote, a pergunta então fica: como devo fazer para reportar este problema?

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Número máximo de variáveis
by Alexandre Loures 08 Fev '16

08 Fev '16

Boa tarde pessoal! Estou tentando fazer um cbind em cinco objetos (a, b, c, d, e). Porém no último (fiz separado para ter certeza quando apareceria o erro) aparece a seguinte mensagem de erro: Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 2.0 Mb Tenho a seguinte quantidade de variáveis em cada um dos objetos: a = 30 b = 217 c = 181 d = 4123 e = 3439 Total = 7990 Minha dúvida é: há limite de variáveis no R e por isso está reportando o erro supracitado. Desde já muito obrigado! -- *Alexandre Rodrigues Loures* Doutorando em Economia Aplicada Universidade Federal da Paraíba - UFPB Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge orcid www.orcid.org/0000-0002-1288-0135

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