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Inputação Múltipla (IM) com MICE
by Elias Carvalho 20 Jan '17

20 Jan '17

Bom dia pessoal Preciso de uma orientação. Tenho uma base de dados com missing em uma quantidade razoável. As variáveis com missing são: 4 dicotômicas (0 e 1) e 5 quantitativas contínuas. Lendo sobre sobre os métodos para váriáveis quantitativas eu percebi que se usa muito o Predicitive Mean Matching (PMM) como um bom método de machine learning para IM, então pensei em usar este, mas tem outros. Já para variáveis qualitativas dicotomicas vi na documentação: logreg, logreg.boot, porém vi em uma dissertação de mestrado que se utilizou o polyreg que é indicada para variáveis qualitativa nominal, assim como o método lda. Portanto, minha dúvida é: como escolher/avaliar o melhor método de imputação? -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"*

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Script Odds Ratio para o multinom ou vglm
by Wagner Tassinari 13 Jan '17

13 Jan '17

Saudações pessoal, Gostaria de saber se alguém teria o script para calcular direto o Odd Ratio (OR) + IC 95% do modelo multinomial utilizando as funções multinom do nnet ou do vglm do VGAM. Obrigado, ----- Wagner S. Tassinari Departamento de Matemática Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. BR-465, Km 7 - Seropedica, RJ - Brasil CEP: 23890-000 Skype: wagner.tassinari wtassinari(a)gmail.com ----------------------------------------------------------------------

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Comparando dois grupos com a mesma var categórica
by Wagner Tassinari 13 Jan '17

13 Jan '17

Saudações pessoal, Gostaria de uma sugestão, Como proceder em um teste de qui-quadrado na comparação de dois grupos populacionais em uma mesma variável categórica. Ex: Quero saber se a distribuição das faixas etárias é a mesma em ambos os grupos. gurpoA = table(banco$var_idade[banco$grupo==1]) grupoB = table(banco$var_idade[banco$grupo==2]) tabela = cbind(grupoA, grupoB) chisq.test(tabela) Gostaria de saber se está coerente fazer desta forma, Obrigado ---- Wagner S. Tassinari Departamento de Matemática Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. BR-465, Km 7 - Seropedica, RJ - Brasil CEP: 23890-000 Skype: wagner.tassinari wtassinari(a)gmail.com ----------------------------------------------------------------------

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Re: [R-br] Retirar eixos frontais de gráficos construídos com a função wireframe() do pacote lattice
by Giovani Theisen 10 Jan '17

10 Jan '17

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Retirar eixos frontais de gráficos construídos com a função wireframe() do pacote lattice
by Delcio Rudinei Bortolanza 06 Jan '17

06 Jan '17

Olá, bom dia! Haveria a possibilidade de retirar os três eixos frontais que ficam atrapalhando a visualização da superfície de resposta construída com a função wireframe() do pacote lattice? E os valores na escala logarítmica serem exibidos na sua forma normal (ex: 0.001 ao invés de 10^-3) e exibir as menores marcas de escala? Se alguém puder ajudar fico imensamente agradecido. Att., Delcio R. Bortolanza Doutorando em agronomia-UPF [cid:28c02203-4ba5-421e-8358-9d1113b24708]

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letras gregas no ggplot2
by Rodrigo Plei 03 Jan '17

03 Jan '17

Prezados, Estou formatando um heatmap utilizando o ggplo2 e preciso colocar a letra ômega, na sua forma grega e em maiúsculo na legenda. Já tentei várias coisas - encontradas na internet - com o argumento "name", mas sem sucesso. Segue o script (adaptado de outro script que encontrei no R bloggers). O "AHM" são meus dados, que acredito nãos erem necessários nesse caso. #=== library(ggplot2) ggheatmap2 <- ggplot(MHM, aes(Var1, Var2, fill = value))+ geom_tile(color = "white")+ scale_fill_gradient2(low = "white", high = "gray69", mid = "white", space = "Lab", name="Grand Mean") + #theme_minimal()+ # minimal theme theme(legend.title = element_text(size = 12),legend.text=element_text(size=12))+ theme(axis.text.x = element_text(angle = 360, vjust = 1, size = 12, hjust = 1))+ theme(axis.text.y = element_text(angle = 360, vjust = 1, size = 12, hjust = 1))+ coord_fixed() # Print the heatmap print(ggheatmap2) #=== Agradeço qualquer ajuda desde logo, Rodrigo -- =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> http://www.unifesp.br/campus/san7/ <http://www.unifesp.br/campus/san7/graduacao/cursos/bacharelado-interdiscipl…> Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br; rsmartins(a)unifesp.br CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777 Google Scholar: http://scholar.google.com.br/citations?user=zX_EezEAAAAJ&hl=pt-BR Orcid: http://orcid.org/0000-0002-9884-1515 Research Gate: https://www.researchgate.net/profile/Rodrigo_Martins6/ <https://www.researchgate.net/profile/Rodrigo_Martins6/?ev=hdr_xprf>

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Modelo linear com autocorrelação
by Paulo Dick 02 Jan '17

02 Jan '17

Caros colegas, Gostaria da ajuda de vocês com um problema, que tem um pouco de novidade para mim. Possuo uma série de 19 resultados agregados por trimestre, para os quais espero que haja uma estrutura de correlação temporal. Gostaria de fazer um modelo linear que relacione a variável y (média de rendimentos) às variáveis x1 (medida derivada do salário mínimo) e x2 (medida derivada do PIB). Pensei em fazer um autorregressivo de ordem 1, de acordo com a estrutura a seguir (omiti algumas passagens das saídas): dados <- structure(list(periodo = structure(1:19, .Label = c("2012_01", "2012_02", "2012_03", "2012_04", "2013_01", "2013_02", "2013_03", "2013_04", "2014_01", "2014_02", "2014_03", "2014_04", "2015_01", "2015_02", "2015_03", "2015_04", "2016_01", "2016_02", "2016_03"), class = "factor"), y = c(733.384601, 744.827647, 753.5034207, 753.1709712, 768.7507878, 777.6006481, 791.1782806, 791.9151729, 811.0964066, 780.0872518, 767.3666407, 793.1892722, 812.0534955, 797.8992735, 786.6962087, 776.6167214, 781.8815115, 778.9038465, 783.0461686), x1 = c(8.569195652, 8.466388156, 8.389005478, 8.243063605, 8.786043379, 8.665048836, 8.619304392, 8.494686625, 8.877923393, 8.69843061, 8.641290323, 8.512972168, 8.971745386, 8.727847168, 8.587190411, 8.386888367, 9.078997556, 8.915777833, 8.8), x2 = c(163.19, 167.97, 173.63, 171.91, 167.62, 174.71, 178.42, 176.29, 173.51, 174.02, 177.27, 175.74, 170.41, 168.87, 169.24, 165.62, 161.17, 162.82, 164.38)), .Names = c("periodo", "y", "x1", "x2"), row.names = c(NA, -19L), class = "data.frame") > # Modelo sem correlacao *> summary(lm(log(y) ~ x1 + x2, data = dados))* [...] Coefficients: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) (Intercept) 5.4405431 0.3047514 17.852 5.47e-12 *** x1 0.0884444 0.0234849 3.766 0.00169 ** x2 0.0026444 0.0009688 2.730 0.01484 * --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 > # Modelo com correlacao *> summary(gls(log(y) ~ x1 + x2, data = dados, correlation = corARMA(p=1)))* [...] Correlation Structure: AR(1) Formula: ~1 Parameter estimate(s): Phi 0.8897408 Coefficients: Value Std.Error t-value p-value (Intercept) 6.025572 0.3182184 18.935334 0.0000 x1 0.042154 0.0168588 2.500400 0.0237 x2 0.001515 0.0012822 1.181606 0.2546 Estranhei a diferença relativamente grande nos coeficientes estimados do modelo a partir da inclusão. Graficamente, testei fazer apenas com x1 e o modelo pareceu não ter ajuste "bom". plot(log(y) ~ x1, dados); abline(gls(log(y) ~ x1, data = dados, correlation = corARMA(p=1)), col="blue") Ficou então a dúvida se procedi corretamente na sintaxe do modelo (ou na definição do modelo?). O que acham? Agradeço desde já. Abraços *Paulo Dick* Estatístico / Epidemiologia em Saúde Pública Tel.: (55 21) 99591-2716

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RStudio para criar e testar pacotes
by Elias Carvalho 01 Jan '17

01 Jan '17

Ola Pessoal Tenho usado o RStudio versão 1.0.39 e Roxygen2 versão 5.0.1 para criar e documentar um pacote, porém estou enfrentando os seguintes erros de forma aleatória quando tento executar meu pacote. - 'data' must be of a vector type, was 'NULL' quando passo um dataframe como parametro para a função, o estranho aqui é que hora funciona e hora dá esse erro - Error in fetch(key) : lazy-load database '......descopl.rdb' is corrupt, mesmo comentário A poucos dias atras rodava tudo certinho. Alguém usa RStudio para criar e documentar pacotes, me parece que ele anda instável ? O que recomendam ? ps:Uso linux Mint 18 Sara com interface Cinamon ( Mutter (Muffin)) -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"*

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Bundle - Aplicativos em Shiny
by leodesouza10＠hotmail.com 31 Dez '16

31 Dez '16

Bom dia pessoal!! Estou com problemas na hora de upar a pasta do meu aplicativo para os servidores do shinyapps.io. O banco de dados que o aplicativo analisa foi upado conjuntamente com o UI e o SERVER da aplicação, o banco de dados está em formato CSV e funciona perfeitamente. O problema é que meu aplicativo usa mapas, e quando eu tento upar os arquivos da shapefiles do mapa para o servidor do shiny aparece os seguintes erros: Error: Unhandled Exception: Child Task 320015626 failed: Error parsing manifest: Bundle does not contain manifest file: www/MUNICIPIOS_polígonos.txt Error: Unhandled Exception: Child Task 320015627 failed: Error parsing manifest: Bundle does not contain manifest file: www/MUNICIPIOS_polígonos.prj Error: Unhandled Exception: Child Task 320015628 failed: Error parsing manifest: Bundle does not contain manifest file: www/MUNICIPIOS_polígonos.shp Error: Unhandled Exception: Child Task 320015629 failed: Error parsing manifest: Bundle does not contain manifest file: www/MUNICIPIOS_polígonos.shx Com isso, o aplicativo não chega a ser enviado completamente, consequentemente não funciona. O único jeito de fazer o upload funcionar é tirando todos os arquivos shapefiles da pasta do aplicativo e depois reenviar. Por favor me ajudem, não consigo resolver isso em canto nenhum, já tentei entrar em contato com os administradores do site shinyapps.io e não obtive resposta. LINK DO APLICATIVO (SEM MAPAS): https://ovgam.shinyapps.io/ovgam/ _____________________________________ Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com

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R companies
by Felipe Barletta 30 Dez '16

30 Dez '16

Para quem ainda acha que o R é usado apenas na academia. http://www.listendata.com/2016/12/companies-using-r.html?m=1&_utm_source=1-…

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 72, assunto 26
by marcos paulo 30 Dez '16

30 Dez '16

Olá Walmes, bom dia! Grato pela sugestão, a modificação deu certo. Abraço. Att., Marcos Paulo Técnico Agrícola em Zootecnia Bacharel em Agronomia Mestrando em Produção Vegetal - Universidade Federal de Goiás Estagiário de Pós-Graduação da Embrapa Arroz e Feijão/CNPAF-Santo Antônio de Goiás-GO Contato: (62) 85075783 http://lattes.cnpq.br/4322347592884852 ________________________________ De: R-br <r-br-bounces(a)listas.c3sl.ufpr.br> em nome de r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> Enviado: sexta-feira, 30 de dezembro de 2016 12:00 Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Assunto: Digest R-br, volume 72, assunto 26 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: Atualização da função cld() (Walmes Zeviani) 2. Re: R companies (Cesar Rabak) 3. Re: R companies (Leonardo Aguirre) 4. Re: RStudio para criar e testar pacotes (Karina Rebuli) 5. Proxy RStudio (Emilio Higashikawa) 6. Re: Proxy RStudio (Karina Rebuli) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Thu, 29 Dec 2016 14:11:39 -0200 From: Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com> To: marcos paulo <marcospaulo_agronomo(a)hotmail.com>, a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Atualização da função cld() Message-ID: <CAFU=EkaF6sWEiFw1vSf-Je3qhK6umH4j017W6FMRJB1qNTEHQA(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Marcos, Eu não sei te dizer o que mudou na mulcomp::cld() mas na época dessa matéria ela devia funcionar. Para situações semelhantes a essa do fatorial, eu acabei fazendo uma cópia da cld() e modifiquei algumas coisas para que pudesse usá-la. Ela está disponível no fonte de um pacote onde mantenho uma miscelânea de funções: github.com/walmes/wzRfun. O código abaixo usa a cld2() que é a cópia que mencionei. # source(" https://raw.githubusercontent.com/walmes/wzRfun/master/R/pairwise.R") # cld2(c0) # Função disponível no pacote wzRfun: github.com/walmes/wzRfun. cld2 <- function(object, level = 0.05) { lvl_order <- unique(unlist( strsplit(rownames(object$linfct), "-"))) signif <- (object$test$pvalues < level) ret <- list() ret$signif <- signif ret$comps <- do.call(rbind, strsplit(rownames(object$linfct), "-")) # Modificação feita aqui. ret$mcletters <- multcomp:::insert_absorb(x = signif, decreasing = FALSE, comps = ret$comps, lvl_order = lvl_order) class(ret) <- "cld" return(ret) } cld2(c0) result$cld <- cld2(c0)$mcletters$Letters result[with(result, order(Estimate)), ] ordered_cld <- function(x) { s <- strsplit(x, "") ul <- unique(unlist(s)) UL <- toupper(sort(ul, decreasing = TRUE)) l <- sapply(s, FUN = function(i) { tolower(paste(sort(UL[match(i, table = ul)]), collapse = "")) }) return(l) } # Ordena o vetor de letras pelas médias dos tratamentos. v <- result[with(result, order(Estimate)), ]$cld result$cld <- ordered_cld(v) À disposição. Walmes. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20161229/a7fff636/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Thu, 29 Dec 2016 16:26:52 -0200 From: Cesar Rabak <cesar.rabak(a)gmail.com> To: Felipe Barletta <felipe.e.barletta(a)gmail.com>, a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] R companies Message-ID: <CAKrF98kWvpebrW6ULvLj0cRYyvR=UZ987tKbBSdjg-SnF3BCLQ(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Enquanto a lista é alvissareira e nos dá munição para evitar críticas ao tentar usá-lo em algum ambiente que seja mais avesso a software livre, etc., é importante ver que algumas empresas são tão usuárias do R como de todos os outros SW estatísticos, e portanto a lista acaba tendo apenas valor moral. A Microsoft comprou a Revolution R que imediatamente a renomeou "Microsoft R". . . note-se que a dita cuja Revolution R foi fundada pelo ex dono da SPSS, que foi vendida para IBM (que passou a denominar-se comercialmente IBM SPSS Statistics), esta IBM que tem como política estar em todas e todos os lugares faz *também* parte do R Consortium Group. . . Neste momento do ciclo de vida do R, é tautológico querer afirmar algo sobre ele apresentando a lista de usuários, da mesma forma que é possível, sem medo de errar de trocar as duas listas apresentadas nos links como usuárias do Linux e do Windows da Microsoft (aliás isso vale também para banco de dados Oracle e um equivalente open source como MySQL, etc.)! Empresas de porte enorme e com ziliões de aplicações e usuários com diferentes necessidades e históricos... Meus 0,019999... -- Cesar Rabak 2016-12-28 20:13 GMT-02:00 Felipe Barletta via R-br < r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>: > Para quem ainda acha que o R é usado apenas na academia. > > http://www.listendata.com/2016/12/companies-using-r. > html?m=1&_utm_source=1-2-2 > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20161229/0e3ac5db/atta…> ------------------------------ Message: 3 Date: Thu, 29 Dec 2016 17:15:19 -0200 From: Leonardo Aguirre <leoaguirre32(a)gmail.com> To: Cesar Rabak <cesar.rabak(a)gmail.com>, a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] R companies Message-ID: <CAAdDf_MadyiGs3V1rv-AgvL9iwyYuSOY8SW-51uj2qHV_H=9hg(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Pra complementar, segue artigo com as principais linguagens de programação de 2016 (R em 5º): http://spectrum.ieee.org/computing/software/the-2016-top-programming-langua… Abraços, Leonardo Em 29 de dezembro de 2016 16:26, Cesar Rabak via R-br < r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enquanto a lista é alvissareira e nos dá munição para evitar críticas ao > tentar usá-lo em algum ambiente que seja mais avesso a software livre, > etc., é importante ver que algumas empresas são tão usuárias do R como de > todos os outros SW estatísticos, e portanto a lista acaba tendo apenas > valor moral. > > A Microsoft comprou a Revolution R que imediatamente a renomeou "Microsoft > R". . . note-se que a dita cuja Revolution R foi fundada pelo ex dono da > SPSS, que foi vendida para IBM (que passou a denominar-se comercialmente > IBM SPSS Statistics), esta IBM que tem como política estar em todas e todos > os lugares faz *também* parte do R Consortium Group. . . > > Neste momento do ciclo de vida do R, é tautológico querer afirmar algo > sobre ele apresentando a lista de usuários, da mesma forma que é possível, > sem medo de errar de trocar as duas listas apresentadas nos links como > usuárias do Linux e do Windows da Microsoft (aliás isso vale também para > banco de dados Oracle e um equivalente open source como MySQL, etc.)! > > Empresas de porte enorme e com ziliões de aplicações e usuários com > diferentes necessidades e históricos... > > Meus 0,019999... > > -- > Cesar Rabak > > > 2016-12-28 20:13 GMT-02:00 Felipe Barletta via R-br < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>: > >> Para quem ainda acha que o R é usado apenas na academia. >> >> http://www.listendata.com/2016/12/companies-using-r.html?m= >> 1&_utm_source=1-2-2 >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -- Leonardo de Lima Aguirre mobile: +55 (61) 98133-8373 email: leoaguirre32(a)gmail.com <http://facebook.com/leoaguirre32> <http://linkedin.com/in/leonardo-aguirre-1965a660> <http://instagram.com/leoaguirre32> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20161229/84163aa0/atta…> ------------------------------ Message: 4 Date: Fri, 30 Dec 2016 09:41:43 +0000 From: Karina Rebuli <karina.rebuli(a)gmail.com> To: Elias Carvalho <ecacarva(a)gmail.com>, a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>, Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com> Subject: Re: [R-br] RStudio para criar e testar pacotes Message-ID: <CALfxEuW65hQGqM6eLjrtKZvcXZMfm3DhP6h3Xc429CSZv0LDrQ(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Bom dia, Elias! Conseguiu resolver o problema? >>> 'data' must be of a vector type, was 'NULL' quando passo um dataframe como parametro para a função... >>> Error in fetch(key) : lazy-load database '......descopl.rdb' is corrupt Só com esses dados que você passou, parece que ambos os erros são causados por um problema na hora de gerar, ler ou utilizar o data.frame: o primeiro diz que o objeto é NULL e o segundo não encontra alguma chave no objeto - o que pode ser por ele estar NULL mesmo. Ou pode ser que você não esteja passando o objeto vazio, mas utilizando alguma função específica de vectors em um data.frame. Não ficou claro para mim se o 'data' deveria ser um vector ou data.frame. O R é bastante flexível quanto à classe dos objetos (S3), mas tem algumas coisas que precisam do objeto na classe certa mesmo. >>> Isso acontece quando tento usar alguma função do pacote Quaisquer funções? No desenvolvimento funciona e depois que você vai usar o pacote compilado e instalado dá erro? O objeto de dados deveria fazer parte do pacote? Pelo menos eu, para poder ajudar, preciso de mais informação. Caso ainda esteja ocorrendo, você poderia passar o código de uma função que dá esse erro? Abs, Karina On Tue, Dec 20, 2016 at 11:05 PM Elias Carvalho via R-br < r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > Ola Valmes > > Obrigado pelo retorno > > Isso acontece quando tento usar alguma função do pacote > > Em 17 de dezembro de 2016 10:37, Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com> > escreveu: > > Professor Elias, > > Eu uso os recursos do roxygen2 e devtools, porém sem usar o RStudio. Ainda > não me deparei com os problemas que você mencionou. Isso está acontecendo > quando roda o check()? > > À disposição. > Walmes. > > > > > > -- > > > *In Jesu et Maria* > *Obrigado* > *Prof. Elias Carvalho* > > *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he > who has been able to understand the cause of things"* > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20161230/bed84914/atta…> ------------------------------ Message: 5 Date: Fri, 30 Dec 2016 08:32:52 -0400 From: Emilio Higashikawa <emilio.higashikawa(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Proxy RStudio Message-ID: <CAMe-7A411_3hTYpi3dfti13Viade5KxqaUQRpMzu-anZQVFyCg(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Bom dia moçada..... Estou eu tentando baixar um script feito por um pesquisador porem, ele deixou disponível no github para a gente testar. O problema e que não consigo baixar o pacote. E mesmo baixando o pacote no site do github não consigo carregar o pacote. Fiz os procedimentos para configurar o proxy pro R e RStudio, funciona para baixar os pacotes e atualização deste mas, não funciona com o script disponibilizado no github. Alguém já passou por isso ? Abraço. -- *Emílio Manabu Higashikawa* -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20161230/6ef2bef0/atta…> ------------------------------ Message: 6 Date: Fri, 30 Dec 2016 12:41:22 +0000 From: Karina Rebuli <karina.rebuli(a)gmail.com> To: Emilio Higashikawa <emilio.higashikawa(a)gmail.com>, a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Proxy RStudio Message-ID: <CALfxEuVSGsFES2V_2VBXcyRdhSp-MNTnnP65HNRZuY5Q_+-q=g(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Bom dia, Emílio! Se você baixou o pacote e está instalando do fonte local, verifique: (i) se o pacote foi instalado corretamente. (ii) pode ter alguma dependência que ainda está bloqueada pelo proxy (deve dar erro ainda na instalação do pacote). (iii) já tentou instalar outro pacote do github? (iv) nunca vi problema de proxy ao carregar pacote; mas se o pacote faz download de alguma coisa quando é carregado, teria que ver o que ele tenta baixar. Se você puder mandar mais informações, ajuda. Retorno do sessionInfo() e as mensagens de erro ajudam. Se quiser passar o path do repositório, testo aqui também :) Abs, Karina On Fri, Dec 30, 2016 at 10:33 AM Emilio Higashikawa via R-br < r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > Bom dia moçada..... > Estou eu tentando baixar um script feito por um pesquisador porem, ele > deixou disponível no github para a gente testar. > O problema e que não consigo baixar o pacote. E mesmo baixando o pacote no > site do github não consigo carregar o pacote. > Fiz os procedimentos para configurar o proxy pro R e RStudio, funciona > para baixar os pacotes e atualização deste mas, não funciona com o script > disponibilizado no github. > Alguém já passou por isso ? > > Abraço. > > -- > *Emílio Manabu Higashikawa* > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20161230/77a44be2/atta…> ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 72, assunto 26 *****************************************

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Proxy RStudio
by Emilio Higashikawa 30 Dez '16

30 Dez '16

Bom dia moçada..... Estou eu tentando baixar um script feito por um pesquisador porem, ele deixou disponível no github para a gente testar. O problema e que não consigo baixar o pacote. E mesmo baixando o pacote no site do github não consigo carregar o pacote. Fiz os procedimentos para configurar o proxy pro R e RStudio, funciona para baixar os pacotes e atualização deste mas, não funciona com o script disponibilizado no github. Alguém já passou por isso ? Abraço. -- *Emílio Manabu Higashikawa*

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Atualização da função cld()
by marcos paulo 29 Dez '16

29 Dez '16

Olá prezados, boa tarde! Estou com uma dificuldade para efetuar os contrastes de tratamentos de um ensaio em DBC 3*3 + 2. Minha situação assemelha-se a do código: https://ridiculas.wordpress.com/tag/fatorial/ Entretanto quando chego na parte de apresentar os contrastes utilizando da função cld() aparece o seguinte erro: Trecho do código: > #----------------------------------------------------------------------------- > # fazendo as comparações com a glht, método para correção de p-valor > # fdr, o single-step demora muito > c0 <- summary(glht(m6, linfct=Xc), test=adjusted(type="fdr")) > c0 Simultaneous Tests for General Linear Hypotheses Fit: lm(formula = y ~ -1 + mm, data = fu) Linear Hypotheses: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) benlate:puro-benlate:antes == 0 0.008761 0.070134 0.125 0.901153 benlate:puro-benlate:misturado == 0 -0.100584 0.070134 -1.434 0.249216 benlate:puro-captam:puro == 0 -0.364723 0.070134 -5.200 1.71e-05 *** benlate:puro-captam:antes == 0 -0.055481 0.070134 -0.791 0.554020 benlate:puro-captam:misturado == 0 -0.302970 0.070134 -4.320 0.000201 *** benlate:puro-derosal:puro == 0 0.027171 0.070134 0.387 0.755244 benlate:puro-derosal:antes == 0 0.040517 0.070134 0.578 0.649000 benlate:puro-derosal:misturado == 0 0.072273 0.070134 1.031 0.436194 benlate:puro-polimero:polimero == 0 -0.375107 0.070134 -5.348 1.19e-05 *** benlate:puro-testemunha:testemunha == 0 -0.417647 0.070134 -5.955 2.98e-06 *** benlate:antes-benlate:misturado == 0 -0.109345 0.070134 -1.559 0.204047 benlate:antes-captam:puro == 0 -0.373485 0.070134 -5.325 1.20e-05 *** benlate:antes-captam:antes == 0 -0.064242 0.070134 -0.916 0.496458 benlate:antes-captam:misturado == 0 -0.311731 0.070134 -4.445 0.000147 *** benlate:antes-derosal:puro == 0 0.018409 0.070134 0.262 0.839986 benlate:antes-derosal:antes == 0 0.031756 0.070134 0.453 0.718215 benlate:antes-derosal:misturado == 0 0.063512 0.070134 0.906 0.496458 benlate:antes-polimero:polimero == 0 -0.383869 0.070134 -5.473 9.13e-06 *** benlate:antes-testemunha:testemunha == 0 -0.426409 0.070134 -6.080 2.36e-06 *** benlate:misturado-captam:puro == 0 -0.264140 0.070134 -3.766 0.001033 ** benlate:misturado-captam:antes == 0 0.045103 0.070134 0.643 0.625923 benlate:misturado-captam:misturado == 0 -0.202386 0.070134 -2.886 0.011843 * benlate:misturado-derosal:puro == 0 0.127755 0.070134 1.822 0.129457 benlate:misturado-derosal:antes == 0 0.141101 0.070134 2.012 0.092362 . benlate:misturado-derosal:misturado == 0 0.172857 0.070134 2.465 0.033547 * benlate:misturado-polimero:polimero == 0 -0.274524 0.070134 -3.914 0.000685 *** benlate:misturado-testemunha:testemunha == 0 -0.317064 0.070134 -4.521 0.000121 *** captam:puro-captam:antes == 0 0.309242 0.070134 4.409 0.000158 *** captam:puro-captam:misturado == 0 0.061754 0.070134 0.881 0.502026 captam:puro-derosal:puro == 0 0.391894 0.070134 5.588 6.78e-06 *** captam:puro-derosal:antes == 0 0.405241 0.070134 5.778 4.37e-06 *** captam:puro-derosal:misturado == 0 0.436997 0.070134 6.231 1.70e-06 *** captam:puro-polimero:polimero == 0 -0.010384 0.070134 -0.148 0.899323 captam:puro-testemunha:testemunha == 0 -0.052924 0.070134 -0.755 0.568124 captam:antes-captam:misturado == 0 -0.247489 0.070134 -3.529 0.002019 ** captam:antes-derosal:puro == 0 0.082652 0.070134 1.178 0.364093 captam:antes-derosal:antes == 0 0.095998 0.070134 1.369 0.271962 captam:antes-derosal:misturado == 0 0.127755 0.070134 1.822 0.129457 captam:antes-polimero:polimero == 0 -0.319626 0.070134 -4.557 0.000113 *** captam:antes-testemunha:testemunha == 0 -0.362166 0.070134 -5.164 1.81e-05 *** captam:misturado-derosal:puro == 0 0.330141 0.070134 4.707 7.29e-05 *** captam:misturado-derosal:antes == 0 0.343487 0.070134 4.898 4.13e-05 *** captam:misturado-derosal:misturado == 0 0.375243 0.070134 5.350 1.19e-05 *** captam:misturado-polimero:polimero == 0 -0.072138 0.070134 -1.029 0.436194 captam:misturado-testemunha:testemunha == 0 -0.114678 0.070134 -1.635 0.181928 derosal:puro-derosal:antes == 0 0.013347 0.070134 0.190 0.882020 derosal:puro-derosal:misturado == 0 0.045103 0.070134 0.643 0.625923 derosal:puro-polimero:polimero == 0 -0.402278 0.070134 -5.736 4.53e-06 *** derosal:puro-testemunha:testemunha == 0 -0.444818 0.070134 -6.342 1.45e-06 *** derosal:antes-derosal:misturado == 0 0.031756 0.070134 0.453 0.718215 derosal:antes-polimero:polimero == 0 -0.415625 0.070134 -5.926 2.98e-06 *** derosal:antes-testemunha:testemunha == 0 -0.458165 0.070134 -6.533 1.45e-06 *** derosal:misturado-polimero:polimero == 0 -0.447381 0.070134 -6.379 1.45e-06 *** derosal:misturado-testemunha:testemunha == 0 -0.489921 0.070134 -6.986 6.60e-07 *** polimero:polimero-testemunha:testemunha == 0 -0.042540 0.070134 -0.607 0.640414 --- Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1 (Adjusted p values reported -- fdr method) > c0$focus <- "comparacoes" # para poder usar a cld() > cld(c0) Error in contrMat(table(x), type = "Tukey") : less than two groups > fdr(c0) Error: could not find function "fdr" > Achei que poderia ser algo relacionado com atualização da função cld(), porém, buscando em outros CMR não encontrei uma resposta pertinente. Na tentantiva de uma solução, conto com a ajuda de vcs. Att., Marcos Paulo fatorial | Ridículas<https://ridiculas.wordpress.com/tag/fatorial/> ridiculas.wordpress.com Posts sobre fatorial escritos por Walmes Zeviani and fernandohtoledo Técnico Agrícola em Zootecnia Bacharel em Agronomia Mestrando em Produção Vegetal - Universidade Federal de Goiás Estagiário de Pós-Graduação da Embrapa Arroz e Feijão/CNPAF-Santo Antônio de Goiás-GO Contato: (62) 85075783 http://lattes.cnpq.br/4322347592884852

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Diferença entre datas
by Leonard Mendonça de Assis 22 Dez '16

22 Dez '16

Boa tarde Imagine o seguinte cmr: as.Date(c("2011-01-17", "2009-11-21"))-Sys.Date() Time differences in days [1] -2166 -2588 > Como eu conseguiria obter este resultado, não em dias, mas em meses? Leonard

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Analise de experimentos em faixas
by Andre Oliveira 22 Dez '16

22 Dez '16

Pessoal,além ExpDes qual outro pacote em R há para analisar experimentos em faixas? André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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Modelar os Ys de um data frame
by Andre Oliveira 20 Dez '16

20 Dez '16

Pessoal como eu poderia modelar os Ys com um for ou de alguma outra forma? (Tenho 20 Ys) Exemplo. library(mvtnorm) Sigma <- matrix(c(1,1,-.4,-.9,1,4,1.6,-1.2,-.4,1.6,4, 1.8,-.9,-1.2,1.8,9),ncol=4) Y <- rmvnorm(10, c(2,4,6,8), Sigma) X1=as.factor(c(rep("A",5),rep("B",5))) X2=as.factor(c(rep("1",2),rep("3",3),rep("2",2),rep("0",3))) dados = data.frame(Y,X1,X2) for (i in 1:4) lm(dados[,i] ~X1*X2)) No verdade desejo usar ajustar com a função! require(ExpDes.pt) fat2.dic(X1, X2, dados[i], quali = c(TRUE, TRUE), mcomp = "sk", fac.names = c("Doses", "Substrato"), sigT = 0.05, sigF = 0.05) obg André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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classes de colunas: iris como exemplo
by Cleber N.Borges 19 Dez '16

19 Dez '16

Prezados, tentando detectar quais as classes de colunas de dados me deparei com duas situações abaixo. Elas não deveriam produzir respostas iguais? > for( i in 1:5 ) print( class( iris[,i] ) ) [1] "numeric" [1] "numeric" [1] "numeric" [1] "numeric" [1] "factor" > > apply( iris, 2, class ) Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species "character" "character" "character" "character" "character" > > summary( iris ) Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species Min. :4.300 Min. :2.000 Min. :1.000 Min. :0.100 setosa :50 1st Qu.:5.100 1st Qu.:2.800 1st Qu.:1.600 1st Qu.:0.300 versicolor:50 Median :5.800 Median :3.000 Median :4.350 Median :1.300 virginica :50 Mean :5.843 Mean :3.057 Mean :3.758 Mean :1.199 3rd Qu.:6.400 3rd Qu.:3.300 3rd Qu.:5.100 3rd Qu.:1.800 Max. :7.900 Max. :4.400 Max. :6.900 Max. :2.500 > --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. https://www.avast.com/antivirus

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Gráfico
by Emerson Cotta Bodevan 14 Dez '16

14 Dez '16

Prezados, bom dia. Existe algum pacote no R que faz o gráfico em anexo? Agradeço qualquer ajuda. Att., *Emerson*

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trabalhando com números pequenos
by Luiz Leal 12 Dez '16

12 Dez '16

Boa noite a todos.Há alguma forma de trabalhar com números muito pequenos no R?O cálculo abaixo não é exatamente igual a -1. É muito próximo, mas não igual.Há alguma forma de realizar esse cálculo?AbsLuiz > 500^(-10)[1] 1.024e-27 > 500^(-10)-1[1] -1

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como saber o nome da variável passada para uma função
by Cleber N.Borges 10 Dez '16

10 Dez '16

Prezados, Como obter o seguinte efeito numa função. Exemplificando o que desejo: a=1; b=2; c=3 f <- function( var ) cat( 'nome de var:', *pega o nome da variavel passada prara a função*, '\n' ) saída desejada: f( a ) nome de var: a f( b ) nome de var: b f( c ) nome de var: c agradeço antecipadamente pela atenção grato cleber --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. https://www.avast.com/antivirus

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ANOVA: elementos para ensino introdutório
by Jose Claudio Faria 07 Dez '16

07 Dez '16

Caros membros, Gostaria de socializar algumas idéias e scripts em R de auxílio aos professores universitários para fundamentar o estudante de nível superior em cursos introdutórios de inferência estatística e análise de variância (ANOVA). Creio que todos que tiveram esta experiência sentiram a dificuldade de o fazer de forma compreensível e simples no contexto de cursos introdutórios de 60 ou 75 horas. A intenção é que o estudante possa compreender as idéias centrais de uma ANOVA - comparando cálculos por dois critérios: função aov e elementar. O uso da função aov é a referência e e cálculo elementar é o compreensível. Em outras palavras, os scripts permitem realizar as análises sem a necessidade do apelo da álgebra linear - e seus pre-supostos - em geral é inacessível a eles; ou aos procedimentos algébricos convencionais (decomposição da soma de quadrados total em relação a média geral em fontes reconhecidas e aleatórias de variação) também pouco difíceis de digerir de forma compreensível (pois parece mágico). P.S: 1- Os ensaios - simples no delineamento inteiramente ao acaso - podem ser balanceados ou não; 2- Optei por colocar todo o material (figuras e scripts) em anexos. Aberto a correções, críticas, sugestões e melhoramentos. Ab, ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)99966.9100 - VIVO 55(73)99100.7351 - TIM 55(73)98817.6159 - OI 55(73)98129.9942 - CLARO ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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Re: [R-br] Loop script
by sznelwar＠uol.com.br 07 Dez '16

07 Dez '16

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Loop script
by Fernando Rodrigo Bortolozo 07 Dez '16

07 Dez '16

Eu estou fazendo anova e com posterior teste de médias de um experimento com muitas variáveis. Então eu tenho que repetir o script muitas vezes o mesmo script para cada variável. Os colegas sabem me dizer se existe alguma maneira de fazer um Loop para um script, ou mesmo criar um elemento com todas variáveis para analisar de uma só vez? Aqui vai uma pequena parte das variáveis que vou analisar, tenho 7 tratamentos, 4 repetições. [image: pasted1] Aqui esta o script (Agricolae Package) dados <- read.csv("~/Documents/R/Data306090DAPv2.csv", header = TRUE) head(dados) model<-aov(Cas30 ~Trat, data=dados) out <- HSD.test(model,"Trat", group=TRUE,console=TRUE, main="Calcio") par(mfrow=c(1,2)) out$means par (mar = c (3,3,2,0),cex=0.9) bar.group(out$groups,ylim=c(0, 360),density=50,border="blue", col="blue", las=1) bar.err(out$means,variation="SE",horiz=FALSE, ylim = c(0, 360), col=colors()[15],space=0.3,bar=TRUE, las=1) out<-HSD.test(model,"Trat", group=FALSE) means<-out$means df<-df.residual(model) MSerror<-deviance(model)/df with(dados,HSD.test(Cas30,Trat,df,MSerror, group=TRUE,console=TRUE, main="Cálcio")) Muito obrigado desde já.

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Ajuda para incluir valores
by Rafael Garcia Cunha 06 Dez '16

06 Dez '16

Boa tarde, eu tenho o seguinte problema. Eu preciso juntar dois conjuntos de dados que possuem 2 variáveis em comum, "uor" e "mes". Só que 1 variável não possui valores para determinado mês. E o que eu queria era que para os meses que não possuem informação, essa determinada variável, assumisse o valor 0 e fosse incluídos esses meses faltantes. Abaixo eu envio um código para exemplificar. A ideia é que seja incluída o valor 0 na variável x para os meses 4, 5 e 6 da uor "B". ## exemplo de codigo ## library(data.table) uor <- c(rep("A", 8), rep("B", 5), rep("C", 8), rep("D", 8)) uor2 <- c(rep("A", 8), rep("B", 8), rep("C", 8), rep("D", 8)) mes1 <- c(1:8, 1,2,3,7,8, 1:8, 1:8) mes2 <- rep(1:8, 4) DT <- data.table(uor, mes1, x = rnorm(length(uor))) DT2 <- data.table(uor2, mes2, x1 = rnorm(length(uor2)), x2 = rpois(length(uor2), 4)) ## Atenciosamente, -- Rafael Garcia Cunha YNWA

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Datasets
by Regis Godoy Barros 05 Dez '16

05 Dez '16

Boa noite Pessoal Gostaria de saber onde posso obter dados sobre o mercado financeiro tanto interno como externo e o movimento da bolsa de valores. Grato Regis

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Erro ao criar manual em pdf do pacote - Only *source* packages can be checked
by Elias Carvalho 04 Dez '16

04 Dez '16

*Bom dia pessoal* *Estou criando um pacote R, quando executo o comando "R CMD check diretorio_do_meu_pacote" de dentro do diretório "/home/ecacarva/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/" onde tem a pasta do pacote instalado para gerar o manual em pdf, ocorre o erro: Only *source* packages can be checked.* *Alguém poderia me ajudar ?* * using log directory ‘/home/ecacarva/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/bnpa.Rcheck’ * using R version 3.3.2 (2016-10-31) * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) * using session charset: UTF-8 * checking for file ‘bnpa/DESCRIPTION’ ... OK * checking extension type ... Package * this is package ‘bnpa’ version ‘0.1.0’ * package encoding: UTF-8 * checking package namespace information ... OK * checking package dependencies ... OK * checking if this is a source package ... ERROR *Only *source* packages can be checked.* * DONE Status: 1 ERROR *Meu file description tem o seguinte conteúdo:* Package: bnpa Type: Package Title: Bayesian Networks & Path Analysis Version: 0.1.0 Date: 2016-11-30 Depends: R (>= 3.2.3) Suggests: bnlearn, gdata, graph, lavaan, parallel, plyr, Rgraphviz, stats, semPlot, qgraph Author: Elias C A Carvalho, Joao R N Vissoci, Luciano Andrade, Emerson P Cabrera, Julio C Nievola Maintainer: Elias C A Carvalho <ecacarva(a)gmail.com> Description: Functions to help a novice research to build Path Analysis model. URL: License: GPL-3 Encoding: UTF-8 LazyData: TRUE RoxygenNote: 5.0.1 -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"*

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Como incluir um cabeçalho em um data.frame sem cabeçalho?
by Lari Loriato 04 Dez '16

04 Dez '16

Olá pessoal! Tudo bem? É a primeira vez que uso esse canal, então se eu não for clara, me avisem que elaboro novamente a pergunta. Tenho um data.frame que está sem cabeçalho, no entanto, tenho o cabeçalho num arquivo separado (também em data.frame). Como faço pra juntar esses arquivos, de uma maneira que "header_arquivo" se torne o cabeçalho do "dados_brutos"? Esses são meus arquivos em data.frame: > dados_brutos <- read.csv('20161202.CSV', header=FALSE, sep="\t") > header_arquivo <- read.csv("csv_header_from2013.txt", header=FALSE, sep="\t") Agradeço desde já, Larissa Loriato.

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no visible global function definition for ‘biocLite’
by Elias Carvalho 01 Dez '16

01 Dez '16

Pessoal, Estou construindo um pacote onde uso o pacote Rgraphviz do site " http://bioconductor.org/biocLite.R", porém quando vou checar o pacote gera o seguinte alerta: check.package: no visible global function definition for ‘biocLite’Undefined global functions or variables: biocLite Esta minha função "check:package" (abaixo) verifica se os pacotes necessários estão instalados e se não estiverem então instala. Alguem sabe como posso resolver ? check.package <- function(package.name) { if (!is.element(package.name, utils::installed.packages())) { print(c("========== Instalando: ", package.name, "=========="), sep="") if (package.name == "Rgraphviz") { source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("Rgraphviz", suppressUpdates=TRUE) } # else if (package.name == 'Rgraphviz') else if (package.name == 'graph') { source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("graph", suppressUpdates=TRUE) } # else if (package.name == 'graph') else { utils::install.packages(package.name, verbose = FALSE, dependencies = TRUE) if (!is.element(package.name, utils::installed.packages())) stop("Package not found") } # else } # if (!is.element(package.name, installed.packages())) } # check.package <- function(package.name) -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"*

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Cálculo do coeficiente de assimetria (skewness coefficient) - ecologia de populações
by Juliana Loureiro 01 Dez '16

01 Dez '16

Olá pessoal! Estou com uma dúvida relacionada ao cálculo do coeficiente de assimetria, que ajuda a prever a direção de mudança de uma população (crescimento ou declínio). No caso, eu trabalho com a população de uma espécie de palmeira e dividi os indivíduos em classes de altura. Gostaria de saber como faço pra calcular esse coeficiente utilizando o R. Agradeço muito, Juliana Loureiro

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Dúvida sobre o gls
by Luiz Leal 01 Dez '16

01 Dez '16

Boa dia a todos, tenho algumas dúvidas sobre os mínimos quadrados generalizados (gls) no que se refere aos pressupostos de normalidade. Quando utilizo gls(y ~ x, ...) pressupõe-se que y tem distribuição normal? E os resíduos também? Ou deve me preocupar apenas em analisar o gráficos dos resíduos (bem distribuídos em torno de zero e sem padrão)?. A grande totalidade dos dados que trabalho quase nunca y segue uma distribuição normal. A outra dúvida se refere ao cálculo no R. Conforme script abaixo consegui reproduzir a fórmula de calculo da função gls() nos casos em que weights = varFixed() e weights = varFunc(), mas não entendi a fórmula de cálculo nos casos em que weights = varExp() e weights = varPower(). Li a documentação do R, mas não consegui reproduzir. Alguém sabe?Desde já agradeço.Luiz # Dados x=c(1,2,3,3,4,5,6,7,8,9) y=c(7,5,7,8,8,5,7,9,9,9) # Carregar pacote library(nlme) # Matrix X X=model.matrix(~x) # varFixed / varFunc r=fitted(lm(y~x)) omegafit=matrix(0,length(r),length(r)) ; diag(omegafit)=r solve( t(X) %*% solve(omegafit) %*% X ) %*% t(X) %*% solve(omegafit) %*% y gls(y ~ x, weights = varFixed(~r), method = "ML")$coefficients gls(y ~ x, weights = varFunc(~r) , method = "ML")$coefficients # Dúvida # varExp() r=exp( 2*fitted(lm(y~x)) ) omegafit=matrix(0,length(r),length(r)) ; diag(omegafit)=r solve( t(X) %*% solve(omegafit) %*% X ) %*% t(X) %*% solve(omegafit) %*% y gls(y ~ x, weights = varExp(), method = "ML")$coefficients # varPower r=abs(fitted(lm(y~x)))^2 omegafit=matrix(0,length(r),length(r)) ; diag(omegafit)=r solve( t(X) %*% solve(omegafit) %*% X ) %*% t(X) %*% solve(omegafit) %*% y gls(y ~ x, weights = varPower(), method = "ML")$coefficients

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Extraindo parte de uma formula
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 30 Nov '16

30 Nov '16

Amigos de R, Estou tentando fazer uma função com alguns loops que comparam modelos em diferentes subsets de dados. No caminho, eu precisaria extrair a parte dependente das formulas dos modelos, mas não estou sabendo como. O que me interessa é repetir a parte dependente da fomrula nos diferente subsets. > library(survival) > f <- coxph(Surv(time, status) ~ ph.ecog + age, data=lung) > f$formula Surv(time, status) ~ ph.ecog + age # Eu gostaria de extrair o "Surv(time, status)" para um objeto de tal forma que eu consiga seguir um modelo igual ao abaixo. objeto <- Surv(time, status) # Esse passo que eu não estou conseguindo. E deveria vir do primeiro fit "f" f2 <- survfit(objeto ~ 1, data=lung, subset = lung$age >= 63 , type = "kaplan-meier") f2b <- survfit(objeto~ 1, data=lung, subset = lung$age < 63 , type = "kaplan-meier") Abraço forte, Pedro Brasil

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logica condicional e criar arquivo netCDF
by Mateus Dias Nunes 25 Nov '16

25 Nov '16

Olá, Eu calculei a média e o percentil 95% (P95), da área que desejo trabalhar, porém preciso fazer duas coisas: 1 - fazer a média somente dos casos acima do P95, ou seja, não consegui achar a lógica para que mostre os valores numéricos onde casos <- UV[UV>=resultado] e fazer a média somente destes casos acima do P95 para cada ponto de grade. 2- criar um arquivo .nc que contenha os valores de "casos". Abaixo o link do meu script https://www.dropbox.com/s/ph03e1b9l6ziylg/TESTE.R?dl=0 E aqui abaixo o link do dado .nc que estou utilizando https://www.dropbox.com/s/81k73nffpt1zwq7/310times_fillmissJAN.nc?dl=0 Desde já agradeço, ____________________________________________________________________________ MATEUS DIAS NUNES MESTRANDO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM METEOROLOGIA - PPGMET GRUPO DE ESTUDOS EM POLUIÇÃO ATMOSFÉRICA - GEPA UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS - UFPEL TELEFONE: +55 (53) 98112-5154 SKYPE: mateus.diasnunes ____________________________________________________________________________ Sent with Mailtrack <https://mailtrack.io/install?source=signature&lang=en&referral=nunes.mateus…>

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Função escondida - como achar
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 25 Nov '16

25 Nov '16

Amigos de R, Instalei o pacote SurvCorr que faz quase o que eu quero. Entao eu digitei no console >survcorr E a função aparece no console. Eu a copiei para um script e fiz pequenas modificações pra poder se adequar a minha necessidade e renomiei a função para survcorr2 e salvei num arquivo. Quando fui testar percebi que há no final do script uma função chamada "pearson". Inicialmente eu achei que era uma função do pacote original. Então eu carreguei o pacote achando que a survcorr2 iria chamar a pearson do pacote survcorr, mas vem o aviso... >survcorr2(formula1 = Surv(los, desfecho.los) ~ 1, obj = y, obj2 = x2, data = bv) Error in survcorr2(formula1 = Surv(los, desfecho.los) ~ 1, obj = y, obj2 = x2, : could not find function "pearson" Procurei na documentação e não achei em qualquer lugar essa função. Mesmo editando o script para onde essa função aparece como SurvCorr::pearson pra ter certeza que ele procura onde devia, não funciona. Ela tem que estar la em algum lugar porque o exemplo da survcorr original funciona muito bem. Eu já tinha me deparado com o problema de saber que a função existe e não conseguir olhar dentro da função, mas nunca tinha me deparado com não achar a função. Alguma luz em como achar essa função? Pedro Brasil

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sobre a utilização do paste para formar nomes de objetos
by Antonio Silva 24 Nov '16

24 Nov '16

Olá a todos Quero fazer cálculos de íncides que utilizam duas matrizes. No total tenho mais que 100. matriz1 <- matrix(.... matriz2 <- matrix(.... matriz3 <- matrix(.... ls() matriz1 matriz2 matriz3 Tentei fazer um looping for (a in 1 to ...) { for (b in 1 to ...) { resp <- função(paste("matriz",a,sep=""),paste("matriz",b,sep="")) assing(paste("resp_",a,"_",b,sep=""),resp) } } No entanto as funções não reconhecem o resultado de paste("matriz",a,sep="") ou as.name(paste("matriz",a,sep="")) como o objeto matriz1, matriz2, etc. Alguém sabe uma forma de "montar" o nome de um objeto de forma que este seja reconhecido como tal? Obrigado Antônio Olinto

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Re: [R-br] Heterocedasticidade e teste de média
by sznelwar＠uol.com.br 22 Nov '16

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Re: [R-br] Loop para ler e trabalhar com diversos arquivos simultaneamente
by sznelwar＠uol.com.br 22 Nov '16

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Re: [R-br] Heterocedasticidade e teste de média
by sznelwar＠uol.com.br 20 Nov '16

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Residuos do Teste T de Student
by Graciliano Galdino 19 Nov '16

19 Nov '16

Olá a todos, Quando faço uma análise qualquer usando teste T (t.test) não aparecem os resíduos na lista dos resultados da análise, como aparece na ANOVA. Como faço para extraí-los? Abraço -- Graciliano Galdino A. dos Santos Biólogo Doutorando em Ciências Florestais - PPGCF Universidade Federal Rural da Amazônia - UFRA

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experimento com delineamento diferente
by Ze Henrique 18 Nov '16

18 Nov '16

Boa tarde a todos, gostaria de saber se alguém poderia me ajudar em um problema. Foi feito a coleta de solo em 2 altitudes, dentro de cada altitude em 4 sistemas diferentes (mata, pastagem, lavoura degradada e lavoura conservada) e dentro de cada um dos sistemas em duas diferentes profundidades (0-20 cm e 20-40 cm). Sendo que o que tenho de repetição é apenas três amostras coletadas por profundidade na mesma sistema e altitude. Seria uma parcela sub-subdividida em DIC ou qual o delineamento e alguém conhece algum lugar onde eu possa ter estas informações ou algum pacote no R que faça este tipo de análise. Gostaria de verificar as interações se existe e fazer um teste de média. Desde já agradeço a todos pela contribuição.

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Erro checando o pacote: No Visivle global function
by Elias Carvalho 18 Nov '16

18 Nov '16

Pessoal, Desculpe, acabei enviando sem assunto. Estou construindo um pacote onde uso o pacote Rgraphviz do site " http://bioconductor.org/biocLite.R", porém quando vou checar o pacote gera o seguinte alerta: check.package: no visible global function definition for ‘biocLite’Undefined global functions or variables: biocLite Alguém sabe como resolver isso ? Embora seja um Warning eu gostaria de resolver -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"*

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Loop para ler e trabalhar com diversos arquivos simultaneamente
by Yury Duarte 17 Nov '16

17 Nov '16

Bom dia, colegas programadores!! Estive trabalhando num script que tem a finalidade de ler diversos arquivos de um diretório especifico, fazer cálculos/modificações nesses arquivos e salvar uma saída num novo diretório. Acredito que meu problema seja bem simples de ser resolvido. Quero que, para cada file de cidade aberto dentro do for, seja usada a latitude dessa cidade em especifico, e apenas essa. As estruturas que tentei até o momento ou utilizam apenas a primeira latitude informada no vetor correspondente ou utilizam todas elas, mas salvam apenas a última. O ultimo script que usei e os arquivos base seguem em anexo, para que possam ser reproduzidos pelos Srs. Desde já agradeço pela colaboração! Att Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP

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FTP no R
by Savano Pereira 16 Nov '16

16 Nov '16

Prezados, Estou tentando apagar um arquivo no servidor ftp com o seguinte comando: library(RCurl) curlPerform(url, quote = paste('DELE',name.filenames[1]), userpwd = "xxx") Porém, está retornando o seguinte erro: Error in curlOptions(..., .opts = .opts) : unnamed curl option(s): ftp://xxx.xxx.xx.xx/wca_files/ Alguém tem alguma dica? Att, Savano Pereira TEL: 21 9-8771-9063

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(sem assunto)
by Elias Carvalho 15 Nov '16

15 Nov '16

Pessoal, estou construindo um pacote onde uso o pacote Rgraphviz do site " http://bioconductor.org/biocLite.R", porém quando vou checar o pacote gera o seguinte alerta: check.package: no visible global function definition for ‘biocLite’Undefined global functions or variables: biocLite Alguém sabe como resolver isso ? Embora seja um Warning eu gostaria de resolver -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"*

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Tamanho de amostras
by Emerson Cotta Bodevan 14 Nov '16

14 Nov '16

Pessoal, boa noite. Existe algum pacote do R que nos permite calcular tamanho de amostra para planejamento de experimentos? Experimentos completamente aleatorizados com efeitos fixos, efeitos aleatórios, blocos, etc. (- ANOVA 1 fator; - ANOVA 2 fatores, etc) Agradeço qualquer ajuda. Att., *Emerson*

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Re: [R-br] Heterocedasticidade e teste de média
by Wagner Bonat 14 Nov '16

14 Nov '16

Prezados membros da lista, Alguns dias postei um código não reproduzível sobre modelos para heterocedásticidade. Peço desculpas e abaixo vai o código que imagino ser possível reproduzir. Os dois principais problemas eram a instalação do pacote mcglm e o conjunto de dados. O pacote pode ser instalado facilmente pelo github repository neste endereço https://github.com/wbonat/mcglm install_github("wbonat/mcglm", ref = "devel") # Saliento para instalar a versão devel !! O conjunto de dados está anexado neste e-mail. Além disso, o Luiz Leal estava com problemas pra ter acesso e pediu o .tar.gz que também vai em anexo. Aproveito para salientar que o mcglm está em desenvolvimento, assim quaisquer dúvidas, criticas e/ou sugestões serão muito bem vindas. All the best! # Heteroscedastic regression model ------------------------------------- # Author: Wagner Hugo Bonat LEG/UFPR ----------------------------------- # Date: 13/11/2016 ----------------------------------------------------- # Loading extra packages install.packages("devtools") require(devtools) # Install mcglm package from github repository ------------------------- install_github("wbonat/mcglm", ref = "devel") require(mcglm) # Loading data set Fenois <- c(337.311, 344.874, 342.353, 325.546, 333.950, 330.588, 328.067, 328.067, 318.824, 331.429, 333.950, 334.790, 336.471, 338.151, 342.353, 259.160, 252.437, 268.403, 265.882, 266.723, 287.731, 88.571, 88.571, 90.252, 41.513, 52.437, 49.076, 88.571, 88.571, 90.252, 64.202, 60.000, 61.681) Cor <- factor(c(rep("ambar",6), rep("ambar_claro",3), rep("ambar",6), rep("ambar_claro",6),rep("branco",6), rep("extra_ambar_claro",3),rep("branco",3))) dados <- data.frame("Fenois" = Fenois, "Cor" = Cor) boxplot(dados$Fenois ~ dados$Cor) tapply(dados$Fenois, dados$Cor, sd) # Linear regression model- --------------------------------------------- fit1 <- lm(Fenois ~ Cor, data = dados) anova(fit1) plot(residuals(fit1) ~ fitted(fit1)) plot(residuals(fit1) ~ Cor) # Double Linear regression model --------------------------------------- dados$id <- 1 fit2 <- mcglm(c(Fenois ~ Cor), list(mc_dglm(~ Cor, id = "id", data = dados)), covariance = "expm", data = dados) summary(fit2) summary(fit1) summary(fit2) cbind(coef(fit1), coef(fit2, type = "beta")$Estimates) cbind(sqrt(diag(vcov(fit1))), coef(fit2, type = "beta", std.error = TRUE)$Std.error) # Example 2 ------------------------------------------------------------ dados2 <- read.table("HETE.csv", header = TRUE, sep = ";", dec = ",") with(dados2, boxplot(y ~ x)) # Note that, the A33 has no variance, so we need to remove this level. dados2 <- dados2[which(dados2$x != "A33"),] dados2$x <- droplevels(dados2$x) tapply(dados2$y, dados2$x, sd) # Linear regression model ---------------------------------------------- fit_lm <- lm(y ~ x, data = dados2) summary(fit_lm) plot(residuals(fit_lm) ~ fitted(fit_lm)) plot(residuals(fit_lm) ~ dados2$x) # Double linear regression model --------------------------------------- dados2$id <- 1 fit_dlm <- mcglm(c(y ~ x), list(mc_dglm(~ x, id = "id", data = dados2)), covariance = "expm", data = dados2) summary(fit_dlm) # Comparing estimates and standard errors ------------------------------ cbind(coef(fit_lm), coef(fit_dlm, type = "beta")$Estimates) cbind(sqrt(diag(vcov(fit_lm))), coef(fit_dlm, type = "beta", std.error = TRUE)$Std.error) Em 11 de novembro de 2016 17:01, Luiz Leal <richfield1974(a)yahoo.com> escreveu: > Prezado Wagner, uso o R no trabalho e devido a restrições técnicas só > consigo instalar pacotes a partir do zip. Poderia me mandar o zip deste > pacote? > Att > Luiz > > > On Friday, November 4, 2016 5:05 PM, Wagner Bonat <wbonat(a)gmail.com> > wrote: > > > Sim, vc pode usar qualquer dos testes padrões. > A única diferença é que vc deve usar os beta e erros padrões que vem deste > modelo. > Não sei se vc pode incluir sua própria matriz de covariancia nas funções > do R. > Talvez, sim. Se não tem que implementar. > O Walmes é muito bom nestes testes de comparações múltiplas talvez ele > possa ajudar. > > O que houve q não conseguiu instalar o pacote? > Tentou pelo github ou do CRAN? > > https://cran.r-project.org/web/packages/mcglm/index.html > https://github.com/wbonat/mcglm > > > > > Em 4 de novembro de 2016 19:46, Luiz Leal <richfield1974(a)yahoo.com> > escreveu: > > Wagner, meu interesse é, uma vez identificado que existe diferença entre > os tratamentos (considerando que um deles é o controle) utilizar o teste de > Dunnett para verificar quais tratamentos diferem do tratamento controle. > Como o pressuposto de homogeneidade das variâncias é violado busquei > alternativas para "homogeneizar" as variâncias. Posso aplicar esse teste a > partir do modelo acima descrito? > Desde já agradeço > Luiz > PS. Não consegui instalar o pacote > > > On Friday, November 4, 2016 4:13 PM, Wagner Bonat via R-br < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > > > Caros, > > Alguém postou esse conjunto de dados com problema de pressupostos, > principalmente heterocedasticidade. Agora a pouco veio outro e-mail com um > problema similar. Fiz um exemplo um pouco mais detalhado de como isso pode > ser facilmente resolvido e mostrando o efeito disso no modelo. > > # Example 2 ------------------------------ ------------------------------ > Fenois = c(337.311, 344.874, 342.353, 325.546, 333.950, 330.588, 328.067, > 328.067, 318.824, 331.429, 333.950, 334.790, 336.471, 338.151, > 342.353, 259.160, 252.437, 268.403, 265.882, 266.723, 287.731, > 88.571, 88.571, 90.252, 41.513, 52.437, 49.076, 88.571, > 88.571, 90.252, 64.202, 60.000, 61.681) > Cor = factor(c(rep("ambar",6), rep("ambar_claro",3), rep("ambar",6), > rep("ambar_claro",6),rep(" branco",6), > rep("extra_ambar_claro",3), rep("branco",3))) > > > # Exploratory analysis > boxplot(Fenois ~ Cor) > tapply(Fenois, Cor, sd) > dados <- data.frame(Fenois, Cor) > dados$id <- 1 > > # Fitting > fit1 <- mcglm(c(Fenois ~ Cor), list(mc_id(dados)), data = dados) > fit2 <- mcglm(c(Fenois ~ Cor), list(mc_dglm(~ Cor, id = "id", data = > dados)), > covariance = "expm", data = dados) > # Goodness-of-fit > gof(fit1) > gof(fit2) > > # Comparing estimates and standard errors > coef(fit1, type = "beta", std.error = TRUE) > coef(fit2, type = "beta", std.error = TRUE) > > O interessante é que a estimativa pontual é exatamente a mesma, porém > olha a enorme diferença nos erros padrões dos betas. > > -- > Wagner Hugo Bonat > ------------------------------ ------------------------------ > ------------------------------ ---- > Department of Mathematics and Computer Science (IMADA) > University of Southern Denmark (SDU) and > Laboratório de Estatística e Geoinformação (LEG) > Universidade Federal do Paraná (UFPR) > > > ______________________________ _________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/ cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > <https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br- guia > <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia>) e forne� c�igo m�imo reproduz�el. > > > > > -- > Wagner Hugo Bonat > ------------------------------------------------------------ > ---------------------------------- > Department of Mathematics and Computer Science (IMADA) > University of Southern Denmark (SDU) and > Laboratório de Estatística e Geoinformação (LEG) > Universidade Federal do Paraná (UFPR) > > > > -- Wagner Hugo Bonat ---------------------------------------------------------------------------------------------- Department of Mathematics and Computer Science (IMADA) University of Southern Denmark (SDU) and Laboratório de Estatística e Geoinformação (LEG) Universidade Federal do Paraná (UFPR)

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PCA
by ana paula coelho madeira 12 Nov '16

12 Nov '16

Prezados colegas, boa tarde! Preciso de sugestões de material e/ou pacotes do R que faça análise de componentes principais. Desde já agradeço Att., Ana PAula

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Eliminar observações iguais em variáveis distintas
by Alexandre Loures 11 Nov '16

11 Nov '16

Boa tarde! Estou tentando eliminar as observações idênticas mas está dando erro. expand <- expand[expand[,2] != expand[,3],] Error in Ops.factor(expand[, 2], expand[, 3]) : level sets of factors are different str (expand) 'data.frame': 2862000 obs. of 3 variables: $ year: Factor w/ 54 levels "1962","1963",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... $ ido : Factor w/ 212 levels "ABW","AFG","AGO",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... $ idd : Factor w/ 250 levels "ABW","AFG","AGO",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... - attr(*, "out.attrs")=List of 2 ..$ dim : int 54 212 250 ..$ dimnames:List of 3 .. ..$ Var1: chr "Var1=1962" "Var1=1963" "Var1=1964" "Var1=1965" ... .. ..$ Var2: chr "Var2=ABW" "Var2=AFG" "Var2=AGO" "Var2=AIA" ... .. ..$ Var3: chr "Var3=ABW" "Var3=AFG" "Var3=AGO" "Var3=AIA" ... Desde já muito obrigado! structure(list(year = structure(1:20, .Label = c("1962", "1963", "1964", "1965", "1966", "1967", "1968", "1969", "1970", "1971", "1972", "1973", "1974", "1975", "1976", "1977", "1978", "1979", "1980", "1981", "1982", "1983", "1984", "1985", "1986", "1987", "1988", "1989", "1990", "1991", "1992", "1993", "1994", "1995", "1996", "1997", "1998", "1999", "2000", "2001", "2002", "2003", "2004", "2005", "2006", "2007", "2008", "2009", "2010", "2011", "2012", "2013", "2014", "2015"), class = "factor"), ido = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("ABW", "AFG", "AGO", "AIA", "ALB", "AND", "ANT", "ARE", "ARG", "ARM", "ATG", "AUS", "AUT", "AZE", "BDI", "BEL", "BEN", "BFA", "BGD", "BGR", "BHR", "BHS", "BIH", "BLR", "BLZ", "BMU", "BOL", "BRA", "BRB", "BRN", "BTN", "BWA", "CAF", "CAN", "CHE", "CHL", "CHN", "CIV", "CMR", "COD", "COG", "COK", "COL", "COM", "CPV", "CRI", "CSK", "CUB", "CYM", "CYP", "CZE", "DDR", "DEU", "DJI", "DMA", "DNK", "DOM", "DZA", "ECU", "EGY", "ERI", "ESP", "EST", "ETH", "EU2", "FIN", "FJI", "FRA", "FRO", "FSM", "GAB", "GBR", "GEO", "GHA", "GIN", "GLP", "GMB", "GNB", "GRC", "GRD", "GRL", "GTM", "GUF", "GUY", "HKG", "HND", "HRV", "HTI", "HUN", "IDN", "IND", "IRL", "IRN", "IRQ", "ISL", "ISR", "ITA", "JAM", "JOR", "JPN", "KAZ", "KEN", "KGZ", "KHM", "KIR", "KNA", "KOR", "KWT", "LAO", "LBN", "LBR", "LBY", "LCA", "LKA", "LSO", "LTU", "LUX", "LVA", "MAC", "MAR", "MDA", "MDG", "MDV", "MEX", "MKD", "MLI", "MLT", "MMR", "MNE", "MNG", "MOZ", "MRT", "MSR", "MTQ", "MUS", "MWI", "MYS", "MYT", "NAM", "NCL", "NER", "NGA", "NIC", "NLD", "NOR", "NPL", "NZL", "OMN", "PAK", "PAN", "PER", "PHL", "PLW", "PNG", "POL", "PRT", "PRY", "PSE", "PYF", "QAT", "REU", "ROU", "RUS", "RWA", "SAU", "SCG", "SDN", "SEN", "SGP", "SLB", "SLE", "SLV", "SOM", "SPM", "SRB", "STP", "SUR", "SVK", "SVN", "SWE", "SWZ", "SYC", "SYR", "TCA", "TCD", "TGO", "THA", "TJK", "TKM", "TLS", "TON", "TTO", "TUN", "TUR", "TUV", 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Re: [R-br] Ajuste de modelo não linear
by sznelwar＠uol.com.br 10 Nov '16

10 Nov '16

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Re: [R-br] geom_points () legenda como intervalo de variação e não valor único
by sznelwar＠uol.com.br 10 Nov '16

10 Nov '16

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geom_points () legenda como intervalo de variação e não valor único
by fabianidenise＠gmail.com 10 Nov '16

10 Nov '16

Olá Listeiros! Sou pós-graduanda da Engenharia de Biossistemas. Estou com dificuldade em editar a legenda usando geom_point(). Acredito que alguém possa me dar uma indicação de como solucionar. O que eu pretendia fazer, era expressar a presente legenda (do exemplo abaixo) como intervalos de variação. Deste modo, gostaria de expressa-la como: [-35, -20), [-20, -10), [-10, 0), [0, 10), [10, 20), (20, 35]. Porém, sem perder a proporção de tamanho dos pontos de acordo com a distribuição dos valores. Alguém saberia me indicar se é possível de fazer? Abaixo, segue exemplo do que tenho feito #======================================================== rm(list=ls()) library(raster) library(rgeos) library(ggplot2) # retrieve map bra <- getData('GADM', country='BRA', level=1) bra_simpl <- gSimplify(bra, 0.01, topologyPreserve=TRUE) bra_map <- fortify(bra_simpl) # Plotting map gg <- ggplot() gg <- gg + geom_map(map=bra_map, data=bra_map, aes(x=long, y=lat, map_id=id), color="#2b2b2b", size=0.15, fill=NA) #================================================================================================= # Data to be plotted dados <- data.frame( Lon = c(-52.41,-53.60,-51.20,-52.61,-50.00,-51.13,-48.91,-47.36,-49.98,-45.00,-47.95,-46.43,-46.88,-53.81,-51.18,-56.45, -47.95,-51.71,-47.92,-43.41,-45.00,-43.16,-44.11,-45.93,-47.46,-45.23,-46.41,-48.41,-48.18,-51.96,-49.13), Lat = c(-31.78,-28.63,-27.38,-27.11,-24.78,-23.31,-23.08,-20.58,-20.41,-20.03,-19.73,-18.51,-16.36,-22.30, -19.75,-14.40,-18.18,-17.91,-15.78,-13.26,-12.15,-11.08,-9.10,-9.10,-7.33,-5.50,-12.40,-10.71,-8.96,-6.63,-5.36), delta =c(18.08,13.38,19.38,14.10,13.76,9.03,8.84,-0.72,3.45,-2.78,-1.10,-8.07,-12.92,2.38,4.88,-3.94,-5.54,-5.89,-13.26, -24.18,-26.60,-31.46,-27.76,-30.17,-29.57,-29.87,-21.15,-20.95,-21.34,-26.82,-30.53)) # Plotting coordinate point on map p1 <- gg + geom_point(data=dados, aes(x=Lon, y=Lat, colour=delta,size=delta)) + scale_color_continuous(name = "Incremento (%)",limits=c(-35,35), breaks=c(-35,-20,-10,0,10,20,35),low = c("red"), high="blue")+ guides(color= guide_legend(), size=guide_legend()) p1 <- p1 + scale_size_continuous(name = "Incremento (%)",limits=c(-35,35), breaks=c(-35,-20,-10,0,10,20,35)) p1 #================================================================================================= Desde já, muito obrigada pela atenção.

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