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Emacs
by Alexandre Loures 06 Mar '17

06 Mar '17

Boa tarde! Alguém saberia informar algum material para configurar o Emacs para trabalhar com os scripts, ou seja, "destacar" os códigos do R? Desde já muito obrigado! -- *Alexandre Rodrigues Loures* Doutorando em Economia Aplicada Universidade Federal da Paraíba - UFPB Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge orcid www.orcid.org/0000-0002-1288-0135

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alterar character para numeric, dentro de uma matriz
by Adriele Giaretta Biase 02 Mar '17

02 Mar '17

Olá amigos, sabem com posso transformar uma matriz de caracteres, em uma matriz numérica ? Queria usar o apply, num determinado conjunto (já removi as colunas que são de caracteres), porém, o erro é que a matriz toda seja de caracteres, preciso transforma-la parte de suas colunas em numérica (dentro de um loop), sem perder as informações de suas dimensões a cada vez que rodar. > head(data[, 1:3]) DMI_OBS MARGINAL_VALUE MARGINAL_COST [1,] "6.96854098333583" "6.65221200159797" "5.27352744344053" [2,] "6.98339853826561" "6.7072041317201" "5.28263898757677" [3,] "6.99836013545516" "6.75898075373724" "5.29181433666923" [4,] "7.01341956926359" "6.80804464548042" "5.30104968504659" [5,] "7.02856890831318" "6.85360715009623" "5.31034016871214" [6,] "7.04380198056193" "6.89645505407463" "5.31968200259941" > dim(data data[, 1:3]) [1] 90 3 > class(data[, 1:3]) [1] "matrix" > mode(data[, 1:3]) [1] "character" > soma_acumulada = t(as.matrix( apply(data[, 1:3], 2, sum))) Error in FUN(newX[, i], ...) : invalid 'type' (character) of argument -- Adriele.

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Simulação com Monte Carlo
by Rodolfo Silva 28 Fev '17

28 Fev '17

Gente, bom dia. Aproveitando o carnaval, estou tentando implementar uma simulaçao utilizando o método de Monte Carlo. Com o script abaixo, para simular o vpl de um projeto de investimento, o qual já fiz em aula no excel® de maneira muito mais complicada obtive resultado bem próximo. Falta muito para chegar no Método de Monte Carlo? Qualquer ajuda é bem vinda. library(ggplot2) investimento <- 1152000 n <- 100000 mediaVendas <- 30000 mediaLucros <- 8 mediaCVendas <- 0.2 mediaCLucros <- 0.11 desvioVendas <- 2000 desvioLucros <- 1 desvioCVendas <- 0.02 desvioCLucros <- 0.02 taxa <- 0.12 VENDAS <- rnorm(n,mean = mediaVendas, sd = desvioVendas) LUCRO <- rnorm(n, mean = mediaLucros, sd = desvioLucros) cVENDAS <- rnorm(n, mean = mediaCVendas, sd=desvioCVendas) cLUCRO <- rnorm(n, mean = mediaCLucros, sd=desvioCLucros) ano1 <- VENDAS*LUCRO ano2 <- ano1*(1+cVENDAS)*(1+cLUCRO) ano3 <- ano2*(1+cVENDAS)*(1+cLUCRO) ano4 <- ano3*(1+cVENDAS)*(1+cLUCRO) vpl2 <- ((ano1/(1+taxa)^1)+(ano2/(1+taxa)^2)+(ano3/(1+taxa)^3)+(ano4/(1+taxa)^4))-investimento ggplot() + aes(vpl2)+ geom_histogram(breaks=seq(-1500000,1500000,by =50000),colour="red", aes(fill=..count..)) + scale_fill_gradient("Count",low="green",high="red") Antecipadamente...

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Referências para justificar o uso de teste de médias baseados em preditores lineares [OFF-TOPIC]
by ASANTOS 28 Fev '17

28 Fev '17

Prezados membros, Utilizo de maneira rotineira o ajuste de modelos GLM (normalmente para as famílias de Poisson e binomial) e realizo para variáveis qualitativas comparações múltiplas de médias baseada em funções como glht() do pacote multicomp. No entanto, tenho encontrado bastante dificuldade em convencer revisores de periódicos na minha área, onde a estatística parou nos anos 50, a aceitar o o uso de teste de médias baseados em preditores lineares para variáveis qualitativas. Alguém poderia sugerir algumas referências de peso nessas abordagem para uma melhor justificação das abordagem estatísticas escolhidas por mim? Obrigado, Alexandre -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 99686-6970 (VIVO) (+55) 65 3221-2674 (FIXO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 - ResearcherID: A-5790-2016 Researchgate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 Mendeley:www.mendeley.com/profiles/alexandre-dos-santos6/ ======================================================================

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Re: [R-br] Municipalities IBGE x TSE
by rcoster＠gmail.com 26 Fev '17

26 Fev '17

Martina, I have this file in my workplace, but I'm on vacation. You can find it in Github, just search for "ribge" package. Em Sáb, 25 de fev de 2017 12:15, Martina Garcia <Martina.Garcia(a)opml.co.uk> escreveu: > Dear Rodrigo Coster, > > > > My name is Martina Garcia, and I am a PhD student from Spain. Following > this link > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/2016-September/017861.html, I’ve > noticed you might have a file that shows the relationship between IBGE > municipality codes and TSE municipality codes. > > > > I would be very grateful if you could share this with me. > > > > Much appreciated, > > > > Martina > > > > Oxford Policy Management Ltd. > Level 3 > 52 Cornmarket Street > Oxford > OX1 3HJ > United Kingdom > > Company Registered in England No. 3122495 > > Tel. +44 (0) 1865 207300 > Fax. +44 (0) 1865 207301 > Website:www.opml.co.uk > The information in this message is confidential and may be legally > privileged. It is intended solely > for the addressee. Access to this message by anyone else is unauthorised. > If you are not the intended > recipient, any disclosure, copying, distribution or any action taken or > omitted to be taken in reliance > on it, is prohibited and may be unlawful. > > Any attachment(s) to this message has been checked for viruses, but please > rely on your own virus > checker and procedures. > > Please consider the environment before printing this email. > >

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 74, assunto 25
by Wilson Cohen 23 Fev '17

23 Fev '17

Olá Ary Serpa Como você falou "preferencialmente presencial", aqui vai um *curso online *para não programadores que te permite fazer análises rapidamente. Apenas *aprendendo a sintaxe e usando funções pré-definidas do R*. Se lhe interessar entre em contato no email - wilsoncelula(a)gmail.com Um abraço Em 23 de fevereiro de 2017 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Re: Digest R-br, volume 74, assunto 24 (L N) > 2. Curso R São Paulo (gustavo.a.agudelo(a)gmail.com) > 3. Curso R São Paulo (Julimar Pinto) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Wed, 22 Feb 2017 12:06:21 -0300 > From: L N <leofn3(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Digest R-br, volume 74, assunto 24 > Message-ID: > <CAJ7tAfb+==ce9b0ocQoaQROmMxLw0mbQGAaB12-uimrxL= > mJUQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Caro Ary Serpa, > > Veja aqui os cursos: http://www.ibpad.com.br/cursos/ > Abs > L > > Em 22 de fevereiro de 2017 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> > escreveu: > > > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > > corpo da mensagem para > > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > > endereço > > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > > > > Tópicos de Hoje: > > > > 1. Curso R São Paulo (Ary Serpa Neto) > > 2. Re: Curso R São Paulo (Jelson Ventura Fresca) > > > > > > ---------------------------------------------------------------------- > > > > Message: 1 > > Date: Tue, 21 Feb 17 18:20:22 +0000 > > From: Ary Serpa Neto <aryserpa(a)terra.com.br> > > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Subject: [R-br] Curso R São Paulo > > Message-ID: <OID_1487701170969826_0aryserpa(a)terra.com.br> > > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > > > Um anexo em HTML foi limpo... > > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > > 20170221/7c274731/attachment-0001.html> > > > > ------------------------------ > > > > Message: 2 > > Date: Tue, 21 Feb 2017 15:27:25 -0300 > > From: Jelson Ventura Fresca <jelsonvf(a)gmail.com> > > To: aryserpa(a)terra.com.br, a lista Brasileira oficial de discussão > > do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > > Subject: Re: [R-br] Curso R São Paulo > > Message-ID: > > <CA+YaL5Vdme7qejr87PF4mpArGsdvQJmDJ4iB8zkJ4-uwrSU6Qw(a)mail.gmail. > > com> > > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > > > http://analitix.com.br/?p=550 > > > > Em 21 de fevereiro de 2017 15:20, Ary Serpa Neto via R-br < > > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > > > > > Pessoal > > > > > > Boa tarde. Vocês conhecem bons cursos de R aqui em São Paulo? Todos os > > > níveis, do básico ao avançado e de preferência presencial. > > > > > > Obrigado e grande abraço a todos > > > > > > Ary Serpa Neto, MD, MSc, PhD > > > Hospital Israelita Albert Einstein, São Paulo, Brazil ( > > > http://www.einstein.br) Department of Critical Care Medicine & Jewish > > > Institute of Education and Research Albert Einstein ( > > > http://www.einstein.br/pesquisa) > > > The PROtective VEntilation NETwork (www.provenet.eu) > > > Associate Editor: BMC Anesthesiology > > > http://publicationslist.org/a.serpa_neto > > > http://lattes.cnpq.br/0254664157557375 > > > > > > _______________________________________________ > > > R-br mailing list > > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > > código mínimo reproduzível. > > > > > -------------- Próxima Parte ---------- > > Um anexo em HTML foi limpo... > > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > > 20170221/3875c81b/attachment-0001.html> > > > > ------------------------------ > > > > Subject: Legenda do Digest > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > > > > ------------------------------ > > > > Fim da Digest R-br, volume 74, assunto 24 > > ***************************************** > > > > > > -- > *Leonardo F. Nascimento* > Sociólogo Digital > Lattes <http://lattes.cnpq.br/7141811368487014> - Twitter > <http://twitter.com/leofn3> - Website <http://www.leofn.com/> - > ResearchGate > <https://www.researchgate.net/profile/Leonardo_Nascimento12> - Github > <https://github.com/leofn/Digital-Sociology> > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20170222/a13d55d7/attachment-0001.html> > > ------------------------------ > > Message: 2 > From: gustavo.a.agudelo(a)gmail.com > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Curso R São Paulo > Message-ID: > <1199544043.78666.1487777741979.JavaMail. > administrator(a)mjoe.nabble.com> > > Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 > > <quote author='R-br mailing list'> > Olá Ary, > > No Depto. de Ecologia do IB-USP são oferecidas duas disciplinas > presenciais, uma básica e outra avançada, nas quais também podem se > inscrever pessoal externo à USP como aluno especial. Nesse semestre > ocorrerá a básica do 8 ao 26 de maio, mas não sei nada de matrícula. Te > deixo o link do curso, aí vc verá todas as informações que precisar ao > respeito: http://ecologia.ib.usp.br/bie5782/doku.php > > Também está o curso virtual do R para Biologia da Conservação, ministrado > pelo Prof. Marcos Vital da UFAL com o pessoal da Bocaina. Eu fiz e > recomendo, muito bom mesmo. > > Abraço, > > Gustavo. > > Pessoal Boa tarde. Vocês conhecem bons cursos de R aqui em São Paulo? Todos > os níveis, do básico ao avançado e de preferência presencial. Obrigado e > grande abraço a todos Ary Serpa Neto, MD, MSc, PhD Hospital Israelita > Albert > Einstein, São Paulo, Brazil (http://www.einstein.br) Department of > Critical > Care Medicine & Jewish Institute of Education and Research Albert > Einstein (http://www.einstein.br/pesquisa) The PROtective VEntilation > NETwork (www.provenet.eu) Associate Editor: BMC Anesthesiology > http://publicationslist.org/a.serpa_neto > http://lattes.cnpq.br/0254664157557375 > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a > c�digo > m�nimo reproduz�vel. > </quote> > Quoted from: > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Curso-R-Sao-Paulo-tp4667085.html > > > _____________________________________ > Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com > > > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Thu, 23 Feb 2017 11:00:04 +0000 > From: Julimar Pinto <julimarsp.r(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br, Ary Serpa Neto <aryserpa(a)terra.com.br> > Subject: [R-br] Curso R São Paulo > Message-ID: > <CAM=r93x-3tnRnPX8vsbGAqdV2Laxy=cV_Mx- > iHMCjfOq2RTyQw(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Oi pessoal, bom dia, > > Se se pergunta sobre cursos, recebe-se respostas sobre cursos. > > Mas a taxonomia dos escopos de prática, para diferentes especialidades > médicas, permitiria alguma adequabilidade de aprendizado de R em um formato > do tipo curso? > > Minha contribuição (1e-03 Centavo de Real): > > > date() > [1] "Thu Feb 23 07:59:00 2017" > > > > Saudações, > > Julimar Pinto. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20170223/f9169997/attachment-0001.html> > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 74, assunto 25 > ***************************************** > -- *Prof. MSc. Wilson Martins da Silva* *Mestre em Ecologia Aquática e Pesca - PPGEAP/ICB/UFPA* *Especialista em Biodiversidade Amazônica - UFPA/ATMDepto de Morfologia e Ciências Fisiológicas* *Centro de Ciências Biológicas e da Saúde* *Universidade do Estado do Pará* *Campus IX - Altamira - Pará* http://lattes.cnpq.br/2440617911389759 wilsoncelula(a)gmail.com, wilsoncelula(a)hotmail.com <wilsonms(a)ufpa.br>

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Curso R São Paulo
by Ary Serpa Neto 23 Fev '17

23 Fev '17

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Curso R São Paulo
by gustavo.a.agudelo＠gmail.com 22 Fev '17

22 Fev '17

<quote author='R-br mailing list'> Olá Ary, No Depto. de Ecologia do IB-USP são oferecidas duas disciplinas presenciais, uma básica e outra avançada, nas quais também podem se inscrever pessoal externo à USP como aluno especial. Nesse semestre ocorrerá a básica do 8 ao 26 de maio, mas não sei nada de matrícula. Te deixo o link do curso, aí vc verá todas as informações que precisar ao respeito: http://ecologia.ib.usp.br/bie5782/doku.php Também está o curso virtual do R para Biologia da Conservação, ministrado pelo Prof. Marcos Vital da UFAL com o pessoal da Bocaina. Eu fiz e recomendo, muito bom mesmo. Abraço, Gustavo. Pessoal Boa tarde. Vocês conhecem bons cursos de R aqui em São Paulo? Todos os níveis, do básico ao avançado e de preferência presencial. Obrigado e grande abraço a todos Ary Serpa Neto, MD, MSc, PhD Hospital Israelita Albert Einstein, São Paulo, Brazil (http://www.einstein.br) Department of Critical Care Medicine & Jewish Institute of Education and Research Albert Einstein (http://www.einstein.br/pesquisa) The PROtective VEntilation NETwork (www.provenet.eu) Associate Editor: BMC Anesthesiology http://publicationslist.org/a.serpa_neto http://lattes.cnpq.br/0254664157557375 _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. </quote> Quoted from: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Curso-R-Sao-Paulo-tp4667085.html _____________________________________ Sent from http://r-br.2285057.n4.nabble.com

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 74, assunto 24
by L N 22 Fev '17

22 Fev '17

Caro Ary Serpa, Veja aqui os cursos: http://www.ibpad.com.br/cursos/ Abs L Em 22 de fevereiro de 2017 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Curso R São Paulo (Ary Serpa Neto) > 2. Re: Curso R São Paulo (Jelson Ventura Fresca) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Tue, 21 Feb 17 18:20:22 +0000 > From: Ary Serpa Neto <aryserpa(a)terra.com.br> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Curso R São Paulo > Message-ID: <OID_1487701170969826_0aryserpa(a)terra.com.br> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20170221/7c274731/attachment-0001.html> > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Tue, 21 Feb 2017 15:27:25 -0300 > From: Jelson Ventura Fresca <jelsonvf(a)gmail.com> > To: aryserpa(a)terra.com.br, a lista Brasileira oficial de discussão > do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Curso R São Paulo > Message-ID: > <CA+YaL5Vdme7qejr87PF4mpArGsdvQJmDJ4iB8zkJ4-uwrSU6Qw(a)mail.gmail. > com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > http://analitix.com.br/?p=550 > > Em 21 de fevereiro de 2017 15:20, Ary Serpa Neto via R-br < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > > > Pessoal > > > > Boa tarde. Vocês conhecem bons cursos de R aqui em São Paulo? Todos os > > níveis, do básico ao avançado e de preferência presencial. > > > > Obrigado e grande abraço a todos > > > > Ary Serpa Neto, MD, MSc, PhD > > Hospital Israelita Albert Einstein, São Paulo, Brazil ( > > http://www.einstein.br) Department of Critical Care Medicine & Jewish > > Institute of Education and Research Albert Einstein ( > > http://www.einstein.br/pesquisa) > > The PROtective VEntilation NETwork (www.provenet.eu) > > Associate Editor: BMC Anesthesiology > > http://publicationslist.org/a.serpa_neto > > http://lattes.cnpq.br/0254664157557375 > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20170221/3875c81b/attachment-0001.html> > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 74, assunto 24 > ***************************************** > -- *Leonardo F. Nascimento* Sociólogo Digital Lattes <http://lattes.cnpq.br/7141811368487014> - Twitter <http://twitter.com/leofn3> - Website <http://www.leofn.com/> - ResearchGate <https://www.researchgate.net/profile/Leonardo_Nascimento12> - Github <https://github.com/leofn/Digital-Sociology>

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Re: [R-br] pacote ribge
by sznelwar＠uol.com.br 20 Fev '17

20 Fev '17

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Problemas em cortar linhas iguais
by Amiko Bh 20 Fev '17

20 Fev '17

Pessoal: Dado o DF, com o seguinte nomes fictícios: *NOME* *FILIACAO* AENDER XXXXX AMORIM APARECIDA XXXXX AMORIM AGAPE XXXXX SILVA MARISA IRENEIA DE SOUZA SILVA AGATIL XXXXX OLIVEIRA VANESSA XXXXX DA COSTA AGATIL XXXXX OLIVEIRA VANESSA XXXXX DA COSTA AGATIL XXXXX OLIVEIRA VANESSA XXXXX DA COSTA AGNALDO XXXXX SANTOS BORGES MIRTES XXXXX LUCIANO AGUIDA XXXXX LISBOA DIVA XXXXX LISBOA AGUINALDO XXXXX PAIXAO ROSANE XXXXX PAIXAO AILTON XXXXX DOS SANTOS PATRICIA XXXXX ARAUJO AILTON XXXXX ESTEVES MARIA XXXXX ESTEVES AILTON XXXXX JUNIOR FLAVIA XXXXX MARTINS Uso o seguinte para cortar os nomes repetidos: banco_sem_nome_repetido <- df[!duplicated(data.frame(df$NOME, df$FILIACAO)),] Meu problema: o script resulta o seguinte df: *NOME* *FILIACAO* AENDER XXXXX AMORIM APARECIDA XXXXX AMORIM AGAPE XXXXX SILVA MARISA IRENEIA DE SOUZA SILVA AGATIL XXXXX OLIVEIRA VANESSA XXXXX DA COSTA AGATIL XXXXX OLIVEIRA VANESSA XXXXX DA COSTA AGNALDO XXXXX SANTOS BORGES MIRTES XXXXX LUCIANO AGUIDA XXXXX LISBOA DIVA XXXXX LISBOA AGUINALDO XXXXX PAIXAO ROSANE XXXXX PAIXAO AILTON XXXXX DOS SANTOS PATRICIA XXXXX ARAUJO AILTON XXXXX ESTEVES MARIA XXXXX ESTEVES AILTON XXXXX JUNIOR FLAVIA XXXXX MARTINS Observe-se que: AGATIL XXXXX OLIVEIRA VANESSA XXXXX DA COSTA AGATIL XXXXX OLIVEIRA VANESSA XXXXX DA COSTA Não é cortada a linha porque após o OLIVEIRA tem um espaço. O banco é enorme e tem vários casos iguais ao citado. Alguma solução?

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Re: [R-br] modelo misto aninhado
by Fernando Antonio de souza 19 Fev '17

19 Fev '17

Mande um CMR (código mínimo reproduzível) para que possamos ajudar. Att Em 19/02/2017 09:25, "Adriele Giaretta Biase via R-br" < r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: Bom dia! como faço para estimar um modelo estatístico no R, que que tenho três fatores aninhados da seguinte forma: método, confinamento, gênero (sendo os animais a unidade experimental). Sendo os confinamentos aleatórios. E os seus desdobramentos dentro de cada nível dos fatores? -- Adriele Giaretta Biase. Mestre em Estatística e Experimentação Agropecuária - UFLA. Doutora em Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP Contato: (19) 98861-0619. _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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modelo misto aninhado
by Adriele Giaretta Biase 19 Fev '17

19 Fev '17

Bom dia! como faço para estimar um modelo estatístico no R, que que tenho três fatores aninhados da seguinte forma: método, confinamento, gênero (sendo os animais a unidade experimental). Sendo os confinamentos aleatórios. E os seus desdobramentos dentro de cada nível dos fatores? -- Adriele Giaretta Biase. Mestre em Estatística e Experimentação Agropecuária - UFLA. Doutora em Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP Contato: (19) 98861-0619.

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anova em delineamento em dic desbalanceado
by Adriele Giaretta Biase 18 Fev '17

18 Fev '17

Pessoal, qual é a melhor função para testar um conjunto de dados desbalanceados, com fator qualitativo, ao acaso (delineamento inteiramente ao acaso), no R? Como usar o tukey para esse caso? --

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pacote ribge
by Telmo Brugnara 16 Fev '17

16 Fev '17

Pessoal, Criei um pacote, ribge <https://github.com/tbrugz/ribge>, para consulta a algumas bases do IBGE. Funcionalidades/consultas atuais: - populacao dos municipios: 2000-2016 - pip dos municipíos - area dos municípios - indices de preços: INPC, IPCA, SINAPI, deflator PIB - consulta às series de <http://seriesestatisticas.ibge.gov.br/> - mapeamento dos códigos de municipios IBGE-TSE Espero que possa ser útil a alguns por aqui. Críticas e sugestões (e pull requests) são bem-vindos ;) Att, Telmo

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Fatorial incompleto
by Fernando Antonio de souza 14 Fev '17

14 Fev '17

Caros colegas Possuo um banco de dados de um experimento em que tenho os fatores experimentais a linhagem (LG) e Idade (faixa de idade). acontece que não possuo todas as combinações dos níveis dos fatores, como vocês podem ver na tabela abaixo. Isso seria um fatorial incompleto. Eu queria aproveitar os dados que tenho das linhagens na idade 1 (L03,L415,L65) e compará-las com as demais idades e linhagens. Como eu poderia proceder? DADOS<-read.csv("https://www.dropbox.com/s/yvd9cgz55462yeo/CAMILA.csv?raw=1 ",head=TRUE) DADOS<-transform(DADOS,LG=factor(LG),IDADE=factor(IDADE)) ℝ> table(CAMILA[,c(1,4)]) IDADE LG 1 2 3 L02 0 415 1258 L03 10 771 1052 L27 0 98 184 L415 31 181 1038 L62 0 163 570 L65 8 389 1226 -- ========================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção e Alimentação Animal Celular: (31)99796-8781 (Vivo) E-mail:nandodesouza@gmail.com <e-mail%3Anandodesouza(a)gmail.com> Lattes: http://lattes.cnpq.br/6519538815038307 Blog: https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ==========================================

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Fóruns e grupos
by Roberto Guevara 14 Fev '17

14 Fev '17

Colegas usuários de R, estou em busca de fóruns na internet ou grupos de whatsapp sobre Matemática e/ou Estatística (incluindo sobre R). Poderiam me indicar algum? Obrigado -- Roberto Guevara Ferreira Lima Biólogo - CRBio 6ª Região: 73146/06-D Mestre em Zoologia Laboratório de Ecologia e Zoologia de Vertebrados Instituto de Ciências Biológicas Universidade Federal do Pará Rua Augusto Corrêa, nº 01 - Bairro: Guamá. CEP: 66075-110 Currículo Lattes: http://lattes.cnpq.br/7363382159007600

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Benchmarking the unidades de saúde
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 14 Fev '17

14 Fev '17

Olá amigos de R, Uma colega e eu escrevemos um pacote que tem como missão principal fazer analises de benchmarking (comparações quanto a eficiência de previnir morte e reduzir tempo de internação) de unidades de saúde. As principais fontes são relacionadas a literatura de unidades de terapia intensiva. Estou escrevendo pra pedir aos amigos de R, baixarem, testarem e fazer algum comentário sobre possíveis bugs, aperfeiçoamentos ou novas funcionalidades, pois acho que o pacote já poderia ser submetido ao CRAN. *install.packages("ems", repos="http://R-Forge.R-project.org <http://R-Forge.R-project.org>")* As vezes a instalção do r-forge não funciona pq fazemos a sincronização de arquivos não finalizados, para copia de segurança e que impede r-forge de construir o pacote. A Version: *0.3.1* | Last change: *2017-02-10 21:32:52+01* | Rev.: *30. É a última que certamente funciona.* Nós estamos nos programando estudar outras coisas relacionadas com benchmarking (e.g. análise de envelopes), mas na área da saúde essa literatura é muito pobre. Então quem puder indicar textos ou livros de formas adicionais de fazer benchmarking eu agradeço. Abraço forte a todos, Pedro Brasil

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Distribuição para regressão de resposta binária
by Marcos Bissoli 14 Fev '17

14 Fev '17

Prezados, De antemão peço desculpas se desvio o tópico da lista. Mas creio que o tema da mensagem é minimamente transversal aos aqui tratados. Tenho uma variável resposta binária. Como a frequência da resposta é alta (38,11%), teóricos da Estatística aplicada à Epidemiologia sugerem que não seja usada uma regressão logística. Neste caso (de alta prevalência do desfecho), a primeira opção deveria ser uma log-binomial. Mas (e isso não é raro de ocorrer), minha log-binomial não apresentou convergência. Quando não há convergência, os teóricos sugerem uma regressão de Poisson com variância robusta. Entretanto, como meus dados sugerem subdispersão, optei por um modelo de quasi-poisson. Isso já deu certo em outras análises que fiz para terceiros. Inclusive, tenho conseguido adaptar a variância robusta ao modelo de quasi-poisson. Mas justamente agora, com os dados de minha tese... O diagnóstico visual está, ao meu ver, péssimo, para ajuste. A imagem anexa é do modelo de quasi-poisson. Mas experimentei todos os acima citados (logística e Poisson) e o gráfico não diferiu muito. [image: Imagem inline 1] A dúvida é... Há alguma outra alternativa de técnica de regressão que eu poderia tentar? Minhas variáveis explicativas são diversas, em quantidade e tipo (há contínuas, ordinais e binárias). Ou será (embora eu ache pouco provável) que este gráfico não significa um grande incômodo? Fiz o teste de qui-quadrado da deviance residual e estranhamente o valor p está resultando em 1, tanto para Poisson quanto para quasi-Poisson. Um outro fato estranho é o pseudo R² de Nagelkerke ter acusado 20%: todas as outras minhas variáveis resposta não passaram de 12%. Não sei se é correto (consultei bibliografia que sugeria isso para a regressão logística), mas apliquei um teste de Hosmer e Lemeshow e ele acusou um bom ajuste do modelo, também (p = 0,2718). Até uma curva de ROC eu fiz e a área está grande no gráfico (mais uma técnica que não sei se deve ser aplicada além da regressão logística,). Seguem alguns resultados, caso possa ajudar em algo. Desde já agradeço qualquer comentário. E reforço minhas desculpas caso eu tenha desviado do tópico além do esperado, e desde já acato qualquer negativa em prosseguir o debate. Nesse caso, se possível, aceitaria sugestões de boas listas para debates nesse nível onde eu pudesse me inscrever. Há braços, Marcos Bissoli Faculdade de Nutrição Unifal-MG > Mod1 <- glm(Tabagismo~.,data = TabModelagem,family = quasipoisson)> summary(Mod1) Call: glm(formula = Tabagismo ~ ., family = quasipoisson, data = TabModelagem) Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -1.4867 -0.7821 -0.5889 0.5349 1.6624 Coefficients: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) (Intercept) -1.245e+00 8.738e-01 -1.424 0.154644 factor.SexoDic.1 5.800e-01 8.273e-02 7.011 4.11e-12 *** factor.Branca.1 -8.332e-01 7.836e-01 -1.063 0.287863 factor.Negra.1 -8.210e-01 7.987e-01 -1.028 0.304185 factor.Parda.1 -9.009e-01 7.863e-01 -1.146 0.252163 factor.Amarela.1 -1.089e+00 8.481e-01 -1.284 0.199466 factor.SemReligiao.1 -9.670e-02 1.888e-01 -0.512 0.608566 factor.Catolica.1 -4.813e-01 1.862e-01 -2.585 0.009863 ** factor.Espirita.1 -1.235e-01 2.181e-01 -0.566 0.571230 factor.Evangelica.1 -9.177e-01 2.429e-01 -3.779 0.000166 *** factor.AfroBrasileira.1 6.068e-01 4.303e-01 1.410 0.158794 factor.Turno.1 1.534e-03 1.034e-01 0.015 0.988169 factor.Aposentado.1 -4.516e-02 1.055e-01 -0.428 0.668597 factor.OcupaEstDiApenasDesemp.1 7.249e-02 1.411e-01 0.514 0.607474 factor.ComFamilia.1 -4.323e-01 2.128e-01 -2.031 0.042444 * factor.ComOutParentes.1 -5.029e-01 3.517e-01 -1.430 0.153011 factor.Republica.1 8.985e-03 1.959e-01 0.046 0.963429 factor.Sozinho.1 -2.475e-01 2.236e-01 -1.107 0.268673 factor.Pensao.1 -8.439e-01 4.000e-01 -2.110 0.035106 * factor.OutroMoradia.1 -5.262e-01 3.353e-01 -1.569 0.116880 factor.RU.1 -1.937e-01 1.059e-01 -1.830 0.067589 . factor.praec4.1 -1.583e-01 2.666e-01 -0.594 0.552951 IdadeA 3.787e-02 9.381e-03 4.037 5.79e-05 *** escola 8.576e-02 3.441e-02 2.492 0.012836 * RendaPC 4.045e-05 1.313e-05 3.080 0.002119 ** Dist 2.605e-05 1.296e-04 0.201 0.840689 PraecSoma 2.419e-02 3.086e-02 0.784 0.433427 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 (Dispersion parameter for quasipoisson family taken to be 0.6036898) Null deviance: 834.67 on 1135 degrees of freedom Residual deviance: 706.16 on 1109 degrees of freedom AIC: NA Number of Fisher Scoring iterations: 5 -- MARCOS BISSOLI Faculdade de Nutrição Universidade Federal de Alfenas Blog: bocademiamaldita.blogspot.com/ E-mail: mbissoli(a)gmail.com Twitter: #mbissoli Alfenas, Minas Gerais, Brasil *****Pense na Natureza antes de Imprimir***** Divulgue ON-LINE Eu apoio a ENEN "na luta por um Brasil sem fome" "por ĉiu popolo ties propran lingvon, por ĉiuj popoloj la esperantan" (para cada povo sua própria língua, para todos os povos o Esperanto) E nunca votarei no PSDB/DEM!

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Acrescentar nova coluna com base em palavras de outra coluna
by Amikobh 11 Fev '17

11 Fev '17

Pessoal: Trabalho um banco de dados com a seguinte variável, dentre muitas outras: *NOME_DA_ESCOLA* CASA ESPERENCA III COLEGIO METODO COLEGIO MUNICIPAL MARCONI COLEGIO MUNICIPAL MARCONI COLEGIO MUNICIPAL MARCONI COLEGIO MUNICIPAL MARCONI COLEGIO SALESIANO COLEGIO SALESIANO COLEGIO SALESIANO ESCOLA ESTADUAL PROFESSORA AMELIA DE CASTRO MONTEIRO ESCOLA ESTADUAL PROFESSORA AMELIA DE CASTRO MONTEIRO ESCOLA MUNICIPAL BELO HORIZONTE ESCOLA MUNICIPAL BELO HORIZONTE ESCOLA ESTADUAL AFONSO PENA ESCOLA ESTADUAL AFONSO PENA ESCOLA ESTADUAL ALISSON PEREIRA GUIMARAES ESCOLA ESTADUAL ALISSON PEREIRA GUIMARAES ESCOLA ESTADUAL ALISSON PEREIRA GUIMARAES 1) Pretendo acrescentar mais 1 variável com base nas palavras "MUNICIPAL" e "ESTADUAL" deste banco para que fique assim: *NOME_DA_ESCOLA* *TIPO_DE_ESCOLA* CASA ESPERENCA III PARTICULAR COLEGIO METODO PARTICULAR COLEGIO MUNICIPAL MARCONI MUNICIPAL COLEGIO MUNICIPAL MARCONI MUNICIPAL COLEGIO MUNICIPAL MARCONI MUNICIPAL COLEGIO MUNICIPAL MARCONI MUNICIPAL COLEGIO SALESIANO PARTICULAR COLEGIO SALESIANO PARTICULAR COLEGIO SALESIANO PARTICULAR ESCOLA ESTADUAL PROFESSORA AMELIA DE CASTRO MONTEIRO ESTADUAL ESCOLA ESTADUAL PROFESSORA AMELIA DE CASTRO MONTEIRO ESTADUAL ESCOLA MUNICIPAL BELO HORIZONTE MUNICIPAL ESCOLA MUNICIPAL BELO HORIZONTE MUNICIPAL ESCOLA ESTADUAL AFONSO PENA ESTADUAL ESCOLA ESTADUAL AFONSO PENA ESTADUAL ESCOLA ESTADUAL ALISSON PEREIRA GUIMARAES ESTADUAL ESCOLA ESTADUAL ALISSON PEREIRA GUIMARAES ESTADUAL ESCOLA ESTADUAL ALISSON PEREIRA GUIMARAES ESTADUAL 2) Há como fazê-lo no R. Grande Abraço.

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Modelo de Clutter - método dos mínimos quadrados em dois estágios
by Gustavo Martins Soares 11 Fev '17

11 Fev '17

Usualmente utilizo o EVIEWS para ajustar o modelo de Clutter aos meus dados, porém a fim de curiosidade estou tentando ajusta-lo usando o R. Vi que existe um pacote chamado "systemfit", o qual estou utilizando, porém, não tenho tido sucesso. library("systemfit") eqAB <- LNB2 ~ offset(X1) + X2 + X3 -1 eqVol <- LNVol2 ~ INVI2 + S1 + LNB2 system <- list( AB = eqAB, Vol = eqVol ) inst <- ~ X1 + X2 + X3 + INVI2 + S1 instlist <- inst fit2sls2 <- systemfit( system, "2SLS", inst = instlist, data = dados ) print( fit2sls2 ) -- *__________________________________________________* *Gustavo Martins Soares* Doutorando em Silvicultura e Manejo Florestal - ESALQ/USP Mestre em Silvicultura e Manejo Florestal - ESALQ/USP Engenheiro Florestal - Universidade Federal de Viçosa (UFV) CREA: 16633 (19)98179-4424 Laboratório de Ecofisiologia Florestal e Silvicultura - (19)3447-6689 <https://br.linkedin.com/pub/gustavo-martins-soares/105/17a/b62> ___________________________________________________

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Cruzamento para alinhar duas matrizes com colunas iguais, mas dimensões diferentes
by Adriele Giaretta Biase 10 Fev '17

10 Fev '17

Pessoal, boa tarde! eu preciso comparar duas matrizes de dados (A e B) , que possuem três colunas (x, y, z). O número de linhas matriz A é superior que o número de linhas da matriz B. As duas matrizes A e B possuem as colunas x e y com valores iguais, ressalvo que na matriz A, existe um número de linhas maior que na matriz B. Nunca existirá linhas com valores exatamente iguais, considerando a combinação entre x e y, respectivamente. Eu gostaria de saber como obter uma nova matriz C, que remova da matriz A, as linhas que não estão na matriz B, obtendo as mesmas colunas x, y e z, respectivamente. Didaticamente, eu queria obter a seguinte matriz C, com as linhas com os valores comuns entre A e B (das colunas x e y), ressalvando respectivamente os valores de z da planilha original A. A= x y z 1 1 2.3 2 1 1.4 3 1 2.5 1 2 7.8 2 2 9.1 3 2 0 1 3 2 2 3 4.5 3 3 8 B= x y z 2 1 7 3 1 6.3 1 2 9 2 2 7.4 3 2 13.5 2 3 12 3 3 11 C= x y z 2 1 1.4 3 1 2.5 1 2 7.8 2 2 9.1 3 2 0 2 3 4.5 3 3 8 Agradeço de alguém puder me ajudar, caso já tenha alguma função no R, que faça isso. A função *match(x,y) *funciona se for apenas com vetor (uma coluna apenas). *match(x,y):* ele cruza o vetor x com o vetor y. Ele retorna um vetor do tamanho de x, informando o índice em y no qual se encontram os elementos de x. Caso contrário, ele informa NA. -- Adriele Giaretta Biase. Mestre em Estatística e Experimentação Agropecuária - UFLA. Doutora em Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP Contato: (19) 98861-0619.

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Extração de valores de pixels de interesse em uma área circular usando extract()
by ASANTOS 09 Fev '17

09 Fev '17

Prezados membros, Gostaria de extrair a média de valores dos pixels de interesse em um raster, dadas as coordenadas centrais de áreas circulares e a determinação do raio, que é dada pelo buffer da função extract() do pacote raster, porém da forma como estou fazendo não esta funcionando, em meu exemplo: require(raster) require(sp) require(plotrix)# Somente para representar a área alvo ## Crio um raster r <- raster(nc=30, nr=30) r <- setValues(r, round(runif(ncell(r))* 255)) plot(r) #Seleciono o centro das áreas circulares xd <- c(-24.99270,45.12069,99.40321,73.64419) yd <- c(-45.435267,-88.369745,-7.086949,44.174530) pts <- data.frame(xd,yd) pts_s<- SpatialPoints(pts) #Representação da área alvo for (i in 1:length(xd)) { draw.circle(pts$xd[i],pts$yd[i],20,border="blue",col="grey") } #Visualização das coordenadas do centro points(pts_s, col="red", pch=16) #Visualização das coordenadas do centro #Extração da média dos valores de pixels em uma parcela de raio = 20 r_sample <- extract(x = r, y = pts_s, buffer=20, fun=mean, df=TRUE) r_sample Não funciona quando realizado dessa maneira. Alguém poderia me dar um help? Obrigado -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 99686-6970 (VIVO) (+55) 65 3221-2674 (FIXO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 - ResearcherID: A-5790-2016 Researchgate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 Mendeley:www.mendeley.com/profiles/alexandre-dos-santos6/ ======================================================================

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RES: Distribuição para regressão de resposta binária
by Leonard Mendonça de Assis 08 Fev '17

08 Fev '17

Exato, Existem várias funções de ligação pre definidas para cada família. Não tenho certeza se ‘log’ é um link válido para binomial, nunca o usei com binomial. Caso este link não exista, você terá que cria-lo antes, veja um exemplo neste local: https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2013-November/362787.html Neste exemplo, é criado o link ‘clog’, muito próximo ao que você precisa. Mas o que você chama de ‘não consigo criar o modelo’? Eu já ajustei modelo logístico com mais de 200 variáveis (Contínuas, discretas, fatores ...) sem problemas, a não ser problemas de algumas variáveis serem linearmente dependentes e, com isto, me gerou problemas de estimação. Outro problema que tive (não o tenho a mais de ano) foi estourar memória do computador. Mande pra mim o erro especifico que está dando ao executar o comando. Só assim posso ser mais preciso em te ajudar De: Marcos Bissoli [mailto:mbissoli@gmail.com] Enviada em: quarta-feira, 8 de fevereiro de 2017 19:35 Para: Leonard Mendonça de Assis <assis.leonard(a)gmail.com> Assunto: Re: [R-br] Distribuição para regressão de resposta binária Prezado Leonard e amigos, Agradeço muito pelo debate. Venho tentando cada vez mais dialogar com estatísticos, pois respeito muito o trabalho de vocês, embora admita ainda ser "um menino" na arte. Em relação à função de ligação para logística, talvez eu não tenha sido claro. Eu tentei uma função "ln(y)" que, ao menos no material que venho consultando, seria uma regressão log-binomial. Este seria um modelo ideal, e foi minha primeira tentativa. Ou seja, usei um código semelhante a: > Modelo -> glm(y~., data = Dados, family = binomial(link = "log")) O problema é que o R não consegue criar tal modelo. Tenho muitas variáveis explicativas (isso é bastante comum em estudos epidemiológicos descritivos), incluindo cinco contínuas, se é que esse seja o motivo. O fato é que em uma das referências que citei em e-mail anterior, os autores tratam deste problema. Veja os resultados apresentados no resumo de Coutinho et al: "RESULTADOS: As estimativas por ponto e por intervalo [das razões de prevalência] obtidas pelas regressões de Cox e Poisson foram semelhantes à obtida pela estratificação de Mantel-Haenszel [considerada 'prova-ouro' para a Epidemiologia], independentemente da prevalência do desfecho [variável resposta] e das covariáveis [variáveis explicativas, pode-se dizer; talvez, para que tem uma formação mais voltada para análises experimentais, poderíamos dizer que covariáveis referem-se mais a 'blocos'] do modelo. O modelo log-binomial apresentou dificuldade de convergência quando o desfecho tinha prevalência alta e havia covariável contínua no modelo. A regressão logística [valendo-se de logito como função de ligação] produziu estimativas por ponto e por intervalo maiores do que as obtidas pelos outros métodos, principalmente para os desfechos com maiores prevalências iniciais. Se interpretados como estimativas de RP, os OR superestimariam as associações para os desfechos com prevalência inicial baixa, intermediária e alta em 13%, quase 100% e quatro vezes mais, respectivamente." [notas minhas] [grifos meus] Portanto, os autores indicam (e vi isso em outros artigos) regressão de Poisson, mesmo admitindo a variável resposta como sendo binária, variando de 0 a 1, que representa a probabilidade de ocorrência do desfecho (doença). Quase todos são unânimes em recomendar apenas que se use ajuste de variância robusta para sanar problemas nos intervalos de confiança dos coeficientes. Em Epidemiologia, mais importante que os valores p são esses intervalos de confiança, pois há muitos desdobramentos inferenciais que são feitos a partir deles. Portanto, creio que a justificativa para adoção de Poisson seja esta: a não convergência da log-binomial. Talvez uma outra função de ligação em família binomial possa ser uma solução, então? Como disse, tentei "log" e o próprio "logit". "Log" não deu convergência e o modelo nem foi gerado. O "logit" eu também tentei, e o gráfico de resíduos do modelo foi praticamente idêntico a este de quasi-poisson que postei na primeira mensagem. Seria grato caso pudesse me indicar algum referencial sobre outras funções de ligação, preferencialmente com aplicações. Mas acho que isso se tornará um problema, pois os coeficientes gerados certamente me resultarão indicadores não reconhecidos na área da Epidemiologia. Não sei até que ponto eu posso "converter" coeficientes livremente aplicando pura e simplesmente aritméticas a estes coeficientes. Como acho que já expliquei acima: "logit" me devolve razão de chances (odds ratio, OR) e "log" me retorna a tão desejada razão de prevalência (razão de riscos, RR). Se eu não tiver como converter meus coeficientes em uma dessas razões (e preferencialmente a RR) eu vou apanhar tanto da banca que vou sair dali roxo e sem título. :D (Um parênteses: essas questões, como a brincadeira acima, tem me motivado muito a ingressar em um doutorado em Estatística assim que eu concluir esse. Creio que há muito há se propor de novo para a Epidemiologia, a partir de um conhecimento mais profundo em Estatística. A Epidemiologia é, de fato, bastante limitada naquilo que ela "aceita" como técnica válida para suas análises inferenciais) Quando o senhor diz: "Uma segunda forma de analisar, seria termos uma resposta composta de número de ocorrências do evento em um total possível", eu posso interpretar que isso também seria adaptável a uma probabilidade? Valeria a pena eu tentar ajuste com Gamma ou Beta? A binomial negativa eu até tentei, mais por curiosidade, pois tenho seguido o material do curso que fiz com o Walmes em Varginha e ele preconizou que ela seria recomendada para casos de superdispersão, e minha variável resposta aparenta subdispersão. Mas a binomial negativa também gerou o mesmo gráfico de resíduos. Eu posso usar uma variável binária como resposta num modelo Gamma ou Beta? Ou teria que dar algum "tratamento" na variável antes de aplicar estes modelos. Confesso que estes ainda não tentei com essa resposta com a qual estou enfrentando o problema. Em outras variáveis eu experimentei modelos Gamma, mas eles não apresentaram melhor ajuste que o gaussiano, a ponto de justificar eu enfrentar tamanha novidade com a banca de epidemiologistas. :D Agradeço, já, e muito, o diálogo estabelecido. Abraços fraternos, Marcos Em 8 de fevereiro de 2017 17:28, Leonard Mendonça de Assis <assis.leonard(a)gmail.com <mailto:assis.leonard@gmail.com> > escreveu: Marcos, Não tenho acesso aos artigos, mas ... baseado em 27 anos de experiência ajustando regressão logística, vamos aos meus pitacos: 1. Quando eu tenho os Y em forma binária (Presente/ausente), isto, estatisticamente falando, é uma distribuição de Bernoulli 2. Esta distribuição de bernoulli tem como parâmetro, a proporção. Esta proporção varia de 0 a 1. 3. Uma forma de ajustar este tipo de dados é a regressão logística, esta pode assumir vários tipos de ligação. Aqui, de cabeça, eu lembro uns 5, mas deve ter muito mais. 4. Estas funções de ligação se ajustam melhor a determinados tipos de dados e algumas áreas de conhecimento às vezes preferem um em detrimento de outros. Baseado neste cenário acima, acho “estranho” utilizar outro tipo de modelo (com dados na característica acima), sem uma justificativa bastante forte. Uma segunda forma de analisar, seria termos uma resposta composta de número de ocorrências do evento em um total possível. Neste caso, teríamos uma variedade de distribuições que provavelmente se encaixariam nos documentos que você apresentou. Neste caso, o modelo seria ou binomial negativa, ou Gama, ou Beta, ou qualquer outra similar. Ajustados os conceitos, vamos agora à minha opinião sobre seu problema. 1. Pelo que consegui entender de seu texto inicial e seu código fornecido, você está ajustando algo que é 0 ou 1 como sendo uma quase-poisson (esta é uma das opções de ajuste para o que expliquei acima, onde existe uma determinada quantidade. 2. Como seus dados são 0/1 (suposição esta que faço baseado em sua explicação), o ajuste estar deficiente é algo bem esperado Seria bom se você informasse do que se trata a variável tabagismo, se ela é 0/1 ou se é uma quantidade. Se for 0/1, certamente o problema dos dados é esperado, por serem oriundos de uma distribuição diversa da que você está ajustando. No aguardo Leonard De: Marcos Bissoli [mailto:mbissoli@gmail.com <mailto:mbissoli@gmail.com> ] Enviada em: quarta-feira, 8 de fevereiro de 2017 14:57 Para: Leonard Assis <assis.leonard(a)gmail.com <mailto:assis.leonard@gmail.com> >; a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br> > Assunto: Re: [R-br] Distribuição para regressão de resposta binária Olá Leonard, Muito obrigado pelo interesse no debate. Minha afirmação baseada em epidemiologistas é, na verdade, baseada numa série de artigos que venho estudando recentemente. Seguem algumas referências, dentre outras várias, sobre as quais venho me fundamentando. ZOU, G. A Modified Poisson Regression Approach to Prospective Studies with Binary Data. American Journal of Epidemiology, v. 159, n. 7, p. 702–706, 1 abr. 2004. COUTINHO, L. M. S.; SCAZUFCA, M.; MENEZES, P. R. Métodos para estimar razão de prevalência em estudos de corte transversal. Revista de Saúde Pública, v. 42, n. 6, p. 992–998, dez. 2008. BARROS, A. J.; HIRAKATA, V. N. Alternatives for logistic regression in cross-sectional studies: an empirical comparison of models that directly estimate the prevalence ratio. BMC Medical Research Methodology, v. 3, n. 1, p. 21, 20 dez. 2003. FRANCISCO, P. M. S. B. et al. Medidas de associação em estudo transversal com delineamento complexo: razão de chances e razão de prevalência. Revista Brasileira de Epidemiologia, v. 11, n. 3, p. 347–355, set. 2008. WILLIAMSON, T.; ELIASZIW, M.; FICK, G. H. Log-binomial models: exploring failed convergence. Emerging themes in epidemiology, v. 10, n. 1, p. 14, 13 dez. 2013. Abraços fraternos, Marcos Em 7 de fevereiro de 2017 22:22, Leonard Assis via R-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br> > escreveu: Tem ruído aí nesta explicação. Na verdade, o que o "epidemiologista" alegou, não me convenceu. Em 7 de fev de 2017 9:14 PM, "Marcos Bissoli via R-br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br> > escreveu: Prezados, De antemão peço desculpas se desvio o tópico da lista. Mas creio que o tema da mensagem é minimamente transversal aos aqui tratados. Tenho uma variável resposta binária. Como a frequência da resposta é alta (38,11%), teóricos da Estatística aplicada à Epidemiologia sugerem que não seja usada uma regressão logística. Neste caso (de alta prevalência do desfecho), a primeira opção deveria ser uma log-binomial. Mas (e isso não é raro de ocorrer), minha log-binomial não apresentou convergência. Quando não há convergência, os teóricos sugerem uma regressão de Poisson com variância robusta. Entretanto, como meus dados sugerem subdispersão, optei por um modelo de quasi-poisson. Isso já deu certo em outras análises que fiz para terceiros. Inclusive, tenho conseguido adaptar a variância robusta ao modelo de quasi-poisson. Mas justamente agora, com os dados de minha tese... O diagnóstico visual está, ao meu ver, péssimo, para ajuste. A imagem anexa é do modelo de quasi-poisson. Mas experimentei todos os acima citados (logística e Poisson) e o gráfico não diferiu muito. A dúvida é... Há alguma outra alternativa de técnica de regressão que eu poderia tentar? Minhas variáveis explicativas são diversas, em quantidade e tipo (há contínuas, ordinais e binárias). Ou será (embora eu ache pouco provável) que este gráfico não significa um grande incômodo? Fiz o teste de qui-quadrado da deviance residual e estranhamente o valor p está resultando em 1, tanto para Poisson quanto para quasi-Poisson. Um outro fato estranho é o pseudo R² de Nagelkerke ter acusado 20%: todas as outras minhas variáveis resposta não passaram de 12%. Não sei se é correto (consultei bibliografia que sugeria isso para a regressão logística), mas apliquei um teste de Hosmer e Lemeshow e ele acusou um bom ajuste do modelo, também (p = 0,2718). Até uma curva de ROC eu fiz e a área está grande no gráfico (mais uma técnica que não sei se deve ser aplicada além da regressão logística,). Seguem alguns resultados, caso possa ajudar em algo. Desde já agradeço qualquer comentário. E reforço minhas desculpas caso eu tenha desviado do tópico além do esperado, e desde já acato qualquer negativa em prosseguir o debate. Nesse caso, se possível, aceitaria sugestões de boas listas para debates nesse nível onde eu pudesse me inscrever. Há braços, Marcos Bissoli Faculdade de Nutrição Unifal-MG > Mod1 <- glm(Tabagismo~.,data = TabModelagem,family = quasipoisson) > summary(Mod1) Call: glm(formula = Tabagismo ~ ., family = quasipoisson, data = TabModelagem) Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -1.4867 -0.7821 -0.5889 0.5349 1.6624 Coefficients: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) (Intercept) -1.245e+00 8.738e-01 -1.424 0.154644 factor.SexoDic.1 5.800e-01 8.273e-02 7.011 4.11e-12 *** factor.Branca.1 -8.332e-01 7.836e-01 -1.063 0.287863 factor.Negra.1 -8.210e-01 7.987e-01 -1.028 0.304185 factor.Parda.1 -9.009e-01 7.863e-01 -1.146 0.252163 factor.Amarela.1 -1.089e+00 8.481e-01 -1.284 0.199466 factor.SemReligiao.1 -9.670e-02 1.888e-01 -0.512 0.608566 factor.Catolica.1 -4.813e-01 1.862e-01 -2.585 0.009863 ** factor.Espirita.1 -1.235e-01 2.181e-01 -0.566 0.571230 factor.Evangelica.1 -9.177e-01 2.429e-01 -3.779 0.000166 *** factor.AfroBrasileira.1 6.068e-01 4.303e-01 1.410 0.158794 factor.Turno.1 1.534e-03 1.034e-01 0.015 0.988169 factor.Aposentado.1 -4.516e-02 1.055e-01 -0.428 0.668597 factor.OcupaEstDiApenasDesemp.1 7.249e-02 1.411e-01 0.514 0.607474 factor.ComFamilia.1 -4.323e-01 2.128e-01 -2.031 0.042444 * factor.ComOutParentes.1 -5.029e-01 3.517e-01 -1.430 0.153011 factor.Republica.1 8.985e-03 1.959e-01 0.046 0.963429 factor.Sozinho.1 -2.475e-01 2.236e-01 -1.107 0.268673 factor.Pensao.1 -8.439e-01 4.000e-01 -2.110 0.035106 * factor.OutroMoradia.1 -5.262e-01 3.353e-01 -1.569 0.116880 factor.RU.1 -1.937e-01 1.059e-01 -1.830 0.067589 . factor.praec4.1 -1.583e-01 2.666e-01 -0.594 0.552951 IdadeA 3.787e-02 9.381e-03 4.037 5.79e-05 *** escola 8.576e-02 3.441e-02 2.492 0.012836 * RendaPC 4.045e-05 1.313e-05 3.080 0.002119 ** Dist 2.605e-05 1.296e-04 0.201 0.840689 PraecSoma 2.419e-02 3.086e-02 0.784 0.433427 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 (Dispersion parameter for quasipoisson family taken to be 0.6036898) Null deviance: 834.67 on 1135 degrees of freedom Residual deviance: 706.16 on 1109 degrees of freedom AIC: NA Number of Fisher Scoring iterations: 5 -- MARCOS BISSOLI Faculdade de Nutrição Universidade Federal de Alfenas Blog: bocademiamaldita.blogspot.com/ <http://bocademiamaldita.blogspot.com/> E-mail: mbissoli(a)gmail.com <mailto:mbissoli@gmail.com> Twitter: #mbissoli Alfenas, Minas Gerais, Brasil *****Pense na Natureza antes de Imprimir***** Divulgue ON-LINE Eu apoio a ENEN "na luta por um Brasil sem fome" "por ĉiu popolo ties propran lingvon, por ĉiuj popoloj la esperantan" (para cada povo sua própria língua, para todos os povos o Esperanto) E nunca votarei no PSDB/DEM! _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- MARCOS BISSOLI Faculdade de Nutrição Universidade Federal de Alfenas Blog: bocademiamaldita.blogspot.com/ <http://bocademiamaldita.blogspot.com/> E-mail: mbissoli(a)gmail.com <mailto:mbissoli@gmail.com> Twitter: #mbissoli Alfenas, Minas Gerais, Brasil *****Pense na Natureza antes de Imprimir***** Divulgue ON-LINE Eu apoio a ENEN "na luta por um Brasil sem fome" "por ĉiu popolo ties propran lingvon, por ĉiuj popoloj la esperantan" (para cada povo sua própria língua, para todos os povos o Esperanto) E nunca votarei no PSDB/DEM! -- MARCOS BISSOLI Faculdade de Nutrição Universidade Federal de Alfenas Blog: bocademiamaldita.blogspot.com/ <http://bocademiamaldita.blogspot.com/> E-mail: mbissoli(a)gmail.com <mailto:mbissoli@gmail.com> Twitter: #mbissoli Alfenas, Minas Gerais, Brasil *****Pense na Natureza antes de Imprimir***** Divulgue ON-LINE Eu apoio a ENEN "na luta por um Brasil sem fome" "por ĉiu popolo ties propran lingvon, por ĉiuj popoloj la esperantan" (para cada povo sua própria língua, para todos os povos o Esperanto) E nunca votarei no PSDB/DEM!

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Trabalhando com datas
by Edson Lira 07 Fev '17

07 Fev '17

Bom dia listeiros, tenho esse banco: | dt_sol | dt_atend | hora_ent | hora_sai | | 01/02/2016 | 02/02/2016 | 09:20 | 09:50 | | 01/02/2016 | 03/02/2016 | 09:00 | 10:44 | | 02/02/2016 | 02/02/2016 | 09:30 | 11:00 | | 02/02/2016 | 05/02/2016 | 10:00 | 12:00 | | 02/02/2016 | 12/02/2016 | 10:30 | 12:00 | | 02/02/2016 | 16/02/2016 | 10:00 | 11:30 | | 02/02/2016 | 18/02/2016 | 09:30 | 10:16 | As variáveis hora_ent e hora_saida como fator. Gostaria de calcular a diferença entre o tempo da entrada para a saída Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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boxplot com outliers, como colocar os valores?
by Christina Grupioni 06 Fev '17

06 Fev '17

Olá listeiros! Estou precisando incluir o valor dos outliers no boxplot que estou plotando junto com o histograma. E também necessito incluir o valor dos quartis. É possível? O código que estou usando é o seguinte. mat <- matrix(c(1,2,0,0), 2) mat layout(mat, c(3.5,1), c(1,3)) par(mar=c(0.5, 4.5, 0.5, 0.5)) boxplot(campo$ef, horizontal=TRUE, axes=FALSE, col=(cores)) par(mar=c(4.5, 4.5, 0.5, 0.5)) par(cex.axis=0.8,cex.main=1) hist(campo$ef,col=(cores),main="Histograma da Eficiência de colheita",xlab=("Eficiência (%)"),ylab="Frequencia",adj=0,breaks=12,border="white", labels=qcap) axis(1,at=seq(50,100,5)) axis(2,at=seq(0,22,2)) density.default(campo$ef) d<-density(campo$ef) par(new=TRUE) plot(d,ann=FALSE, axes=FALSE) -- Abaixo aqui meus dados. Não sei se está correto, sou nova mesmo no uso e me indicaram usar o comando dput para incluir os dados no post: dput(campo) structure(list(trat = c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 5L, 5L, 5L, 5L, 6L, 6L, 6L, 6L, 7L, 7L, 7L, 7L, 8L, 8L, 8L, 8L), cacho = c(34L, 35L, 15L, 33L, 24L, 28L, 25L, 29L, 14L, 8L, 5L, 13L, 20L, 31L, 32L, 27L, 9L, 10L, 11L, 12L, 26L, 23L, 22L, 21L, 6L, 4L, 7L, 2L, 19L, 18L, 17L, 16L), carret = structure(c(1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("nao", "sim"), class = "factor"), local = structure(c(1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("MG", "MS"), class = "factor"), est = structure(c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("maduro", "vez"), class = "factor"), A = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("continuo", "repique" ), class = "factor"), H = c(4L, 4L, 4L, 4L, 8L, 8L, 8L, 8L, 4L, 4L, 4L, 4L, 8L, 8L, 8L, 8L, 4L, 4L, 4L, 4L, 8L, 8L, 8L, 8L, 4L, 4L, 4L, 4L, 8L, 8L, 8L, 8L), tempo = c(87L, 127L, 35L, 100L, 59L, 27L, 30L, 64L, 44L, 31L, 52L, 75L, 40L, 63L, 62L, 32L, 43L, 35L, 21L, 57L, 19L, 112L, 113L, 73L, 27L, 24L, 29L, 51L, 41L, 50L, 39L, 88L), frutos.bons = c(114L, 138L, 170L, 222L, 83L, 81L, 125L, 134L, 76L, 155L, 240L, 189L, 55L, 295L, 281L, 369L, 74L, 67L, 126L, 214L, 62L, 10L, 32L, 185L, 83L, 83L, 77L, 208L, 42L, 54L, 41L, 50L), Kg.frutos.bons = c(5.9, 7.6, 4.7, 10.8, 4.1, 5.2, 7.8, 5.6, 5.5, 8, 9.1, 4.8, 2.9, 11, 13.2, 15.5, 4, 2.1, 5.1, 5.1, 2.7, 2.4, 2.5, 8.4, 3.2, 4, 4.7, 9.9, 1.9, 2.5, 4.4, 5.7), colhidos = c(146L, 187L, 189L, 288L, 110L, 113L, 128L, 180L, 148L, 162L, 249L, 246L, 80L, 349L, 397L, 422L, 82L, 104L, 131L, 240L, 66L, 88L, 96L, 235L, 84L, 91L, 97L, 258L, 50L, 109L, 204L, 250L), dleves = c(6L, 30L, 12L, 37L, 14L, 24L, 3L, 24L, 51L, 5L, 5L, 50L, 22L, 41L, 86L, 43L, 2L, 29L, 5L, 13L, 4L, 44L, 23L, 40L, 1L, 6L, 18L, 20L, 6L, 39L, 101L, 48L), dgraves = c(26L, 19L, 7L, 29L, 13L, 8L, 0L, 22L, 21L, 2L, 4L, 7L, 3L, 13L, 30L, 10L, 6L, 8L, 0L, 13L, 0L, 34L, 41L, 10L, 0L, 2L, 2L, 30L, 2L, 16L, 62L, 152L), naocolhidos = c(7L, 4L, 17L, 8L, 2L, 9L, 0L, 16L, 10L, 3L, 8L, 23L, 2L, 8L, 4L, 1L, 5L, 4L, 1L, 9L, 0L, 19L, 87L, 6L, 1L, 1L, 2L, 21L, 6L, 13L, 10L, 19L), carga = c(153L, 191L, 206L, 296L, 112L, 122L, 128L, 196L, 158L, 165L, 257L, 269L, 82L, 357L, 401L, 423L, 87L, 108L, 132L, 249L, 66L, 107L, 183L, 241L, 85L, 92L, 99L, 279L, 56L, 122L, 214L, 269L ), tamanho = c(0.76, 0.84, 0.77, 0.97, 0.64, 0.71, 1.04, 0.89, 0.94, 0.88, 0.86, 0.82, 0.81, 1, 0.95, 1.09, 0.83, 0.74, 0.84, 0.63, 1.02, 0.54, 0.87, 0.86, 0.87, 0.79, 0.82, 0.78, 0.74, 0.69, 0.57, 0.66), altura = c(2.4, 2.6, 3, 2.67, 2.26, 2.36, 2.45, 2.98, 2.97, 2.39, 3.13, 2.28, 1.76, 2.66, 2.51, 3.8, 3.52, 2.31, 2.86, 2.97, 2.39, 3.34, 3.42, 2.38, 3.33, 3.02, 2.47, 3.46, 1.58, 3.56, 3.4, 3.71), cap = c(244.137931, 215.4330709, 483.4285714, 388.8, 250.1694915, 693.3333333, 936, 315, 450, 929.0322581, 630, 230.4, 261, 628.5714286, 766.4516129, 1743.75, 334.8837209, 216, 874.2857143, 322.1052632, 511.5789474, 77.14285714, 79.6460177, 414.2465753, 426.6666667, 600, 583.4482759, 698.8235294, 166.8292683, 180, 406.1538462, 233.1818182), ef = c(95.4248366, 97.90575916, 91.74757282, 97.2972973, 98.21428571, 92.62295082, 100, 91.83673469, 93.67088608, 98.18181818, 96.88715953, 91.44981413, 97.56097561, 97.75910364, 99.00249377, 99.76359338, 94.25287356, 96.2962963, 99.24242424, 96.38554217, 100, 82.24299065, 52.45901639, 97.51037344, 98.82352941, 98.91304348, 97.97979798, 92.47311828, 89.28571429, 89.3442623, 95.3271028, 92.93680297)), .Names = c("trat", "cacho", "carret", "local", "est", "A", "H", "tempo", "frutos.bons", "Kg.frutos.bons", "colhidos", "dleves", "dgraves", "naocolhidos", "carga", "tamanho", "altura", "cap", "ef"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -32L)) Na escuta, CHRISTINA GRUPIONI Engenheira Agrícola e Ambiental- CREA BA: 84142 *OCA (Organização Cooperativa de Agroecologia**)* *Tecnologias Ecológicas e Sociais* (31) 8863-0005, (31) 3892-2236 *skype:chrisgrupioni@gmail.com <chrisgrupioni(a)gmail.com>*

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Kruskal-Wallis com comparações entre tratamentos
by Maurício Sangiogo 05 Fev '17

05 Fev '17

Boa tarde listeiros, Estou iniciando meus estudos por conta própria em cima das análises não paramétricas, e decidi começar pelo teste de Kruskal-Wallis. Porém ao comparar duas funções diferentes com a finalidade de realizar as comparações múltiplas entre os tratamentos notei diferenças entre os valores de "diferença crítica". Me refiro ao "kruskal()" do pacote agricolae e ao "kruskalmc()" do pacote pgirness. Qual dessas funções vocês acham mais adequada para realizar as comparações? Ou se há outra mais apropriada... Segue os comandos para reprodução: Tratamentos <-rep(c("A","B","C"), each=6) resposta <- c(6.0,5.0,4.0,3.0,5.0,5.0,3.0,3.0,3.0,4.0,3.0,2.0,5.0,4.0,4.0,5.0,4.5,4.5) # Opção 1: require(agricolae) kw <- kruskal(resposta, Tratamentos); kw # Opção 2: require(pgirmess) kruskalmc(resposta, Tratamentos) Desde já muito obrigado! .................. Eng. Agr. Maurício Sangiogo Mestre em Fitossanidade - UFPel Doutorando em Fitossanidade - UFPel TEL:(55) 96822030

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Re: [R-br] Selecionar a extração de valores dos pixels em linhas a cada número de pixels arbitrário
by ASANTOS 03 Fev '17

03 Fev '17

Muito obrigado Jônatan, ajudou muito!!! -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 99686-6970 (VIVO) (+55) 65 3221-2674 (FIXO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 - ResearcherID: A-5790-2016 Researchgate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 Mendeley:www.mendeley.com/profiles/alexandre-dos-santos6/ ====================================================================== Em 03/02/2017 16:59, Jônatan escreveu: > > require(raster); require(sp) > set.seed(1) > ## Criando um raster > r <- raster(nc=10, nr=10) > r <- setValues(r, round(runif(ncell(r))* 255)) > #Consigo extrair os valores dos pixels de interesse dadas as > coordenadas centrais dos mesmos > # x <- c(54,18,54,54) > # y <- c(27,81,9,63) > > # inventando ptos que não coincidam com os centros das células > x <- c(54,18,54,54) > x <- x + runif(length(x), 0, 35) > y <- c(27,81,9,63) > y <- y - runif(length(y), 0, 17) > > # data frame com pontos de interesse > p <- data.frame(x,y) > # celulas do raster interceptadas pelos pontos > p$cel <- cellFromXY(r, pontos) > p$col <- colFromCell(r, p$cel) > p$row <- rowFromCell(r, p$cel) > # adicionando as coordenadas centrais das células > p.cen <- as.data.frame(xyFromCell(r, p$cel)) > names(p.cen) <- c("xc", "yc") > p <- data.frame(p, p.cen) > # coordenadas das células à direita > *p.rigth <- as.data.frame(xyFromCell(r, cellFromRowCol(r, rownr = > df$row, df$col + 1)))* > *names(p.rigth) <- c("xr", "yr")* > *p <- data.frame(p, p.rigth)* > > p > plot(r) > text(r) > points(p[, c("x", "y")], pch = 4, col = 2) > points(p[, c("xc", "yc")], pch = 3, col = "gray", cex = 2) > points(p[, c("xr", "yr")], pch = "_", col = "gray30", cex = 2) > > library(plyr) > vals2cols <- ldply(1:nrow(p), > function(ir){ > getValuesBlock(r, > col = p$col[ir], > ncols = 2, > row = p$row[ir], > nrows = 1) > }# end fun > ) > > df <- data.frame(p, vals2cols) > df > #dput(df) > structure(list(x = c(76.9153374827001, 30.3619045177475, > 63.4591051060706, 88.7439421410672), y = c(16.2306145045441, > 77.3754617013037, 6.80067008268088, 54.8719934166875), cel = c(48, 6, > 47, 18), col = c(8L, 6L, 7L, 8L), row = c(5, 1, 5, 2), xc = c(90, 18, > 54, 90), yc = c(9, 81, 9, 63), xr = c(126, 54, 90, 126 ), yr = c(9, > 81, 9, 63), V1 = c(122, 229, 6, 253), V2 = c(187, 241, 122, 97)), > .Names = c("x", "y", "cel", "col", "row", "xc", "yc", "xr", "yr", > "V1", "V2"), row.names = c(NA, -4L), class = "data.frame")

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Selecionar a extração de valores dos pixels em linhas a cada número de pixels arbitrário
by ASANTOS 03 Fev '17

03 Fev '17

Prezados Membros, Tenho um raster hipotético r: require(raster); require(sp) ## Criando um raster r <- raster(nc=10, nr=10) r <- setValues(r, round(runif(ncell(r))* 255)) Consigo extrair os valores dos pixels de interesse dadas as coordenadas centrais dos mesmos: x <- c(54,18,54,54) y <- c(27,81,9,63) pontos <- SpatialPoints(cbind(x,y)) cells <- cellFromXY(r, pontos); cells p.cen <- xyFromCell(r, cells); p.cen values <- extract(r,p.cen) dados<-cbind(p.cen,cells,values) No entanto, eu gostaria de encontrar um modo para extrair o valor dos pixels, no qual, eu selecionaria uma coordenada e a função realizaria a extração dos pixels de linhas verticais inteiras do raster a cada dois pixels à partir da coordenada dada, por exemplo? Alguém poderia me dar uma ideia de como chegar a esse resultado? Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 99686-6970 (VIVO) (+55) 65 3221-2674 (FIXO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 - ResearcherID: A-5790-2016 Researchgate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 Mendeley:www.mendeley.com/profiles/alexandre-dos-santos6/ ======================================================================

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trellis.focus com grid.arrange
by Elias T. Krainski 03 Fev '17

03 Fev '17

Se tenho library(Matrix) library(lattice) library(gridExtra) m1 = sparseMatrix(i=c(1,1,2,3,4,4,4,5), j=c(3,4,4,1,2,3,5,4), x=1:8) m2=m1/2 grid.arrange(image(m1), image(m2), ncol=2) Como faco para panel.text() funcionar no plot da esquerda? Elias

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Material para estudo (Modelos Aditivos linear generalizado)
by Fernando Antonio de souza 03 Fev '17

03 Fev '17

Caros colegas, Alguém dispõe de material sobre modelos aditivos e que possuam exemplos voltados ao R que possa compartilhar? De preferência em português Att -- ========================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção e Alimentação Animal Celular: (31)99796-8781 (Vivo) E-mail:nandodesouza@gmail.com <e-mail%3Anandodesouza(a)gmail.com> Lattes: http://lattes.cnpq.br/6519538815038307 Blog: https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ==========================================

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Juntar múltiplos data.frame com número diferente de linhas, um ao lado do outro, mantendo todas as colunas
by Delcio Rudinei Bortolanza 03 Fev '17

03 Fev '17

Olá Regularmente preciso salvar em um arquivo .xlsx por volta de uns 100 arquivos .txt. Esses arquivos .txt possuem exatamente o mesmo nome de colunas, mas um numero diferente de linhas (aproximadamente 300 linhas cada arquivo). Cada arquivo .txt é lido como um data frame com o nome do arquivo da pasta (ex: `121`,`60`,`591`... ). Como poderia criar um data.frame gigante juntando todos esses data.frames um ao lado do outro,mantendo todas as colunas de todos eles, já que possuem numero diferenciado de linhas e deveria deixá-los todos com o mesmo numero de linhas preenchendo com NA, por exemplo. Também, o nome das colunas deveria ser substituído pelo nome do arquivo (por ex: V1, V2, V3, V4, V5, V6, V7, V8 por 121, 121, 121, 121, 121, 121, 121, 121; V1, ... V7, V8 por 60, ...60, 60; e assim sucessivamente). Isso tudo teria que ser feito de forma automática, pois são muitos arquivos (sempre em torno de 100). Anexada, uma captura de tela do que eu tentei explicar. Att., Delcio Bortolanza.

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Fwd: função glht{multcomp} comparaçãos função lme
by sznelwar＠uol.com.br 02 Fev '17

02 Fev '17

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Abrir Netcdf (NCEP, NOAA etc) no R
by Jackson Rodrigues 02 Fev '17

02 Fev '17

Oi Pessoal, Gostaria de saber se há algum pacote recomendado para trabalhar dados climáticos em formato netcdf no R. Eu já tentei alguns pacotes (RNetCDF, netcddf e outros) que em determinado passo dão mensagem de erro, mesmo seguindo os passos dos tutoriais dos próprios pacotes. Há algum pacote que permita trabalhar esses dados tão bem quanto, por exemplo, o grads e ferret? Obrigado Jackson

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Re: [R-br] função glht{multcomp} comparaçãos função lme
by sznelwar＠uol.com.br 01 Fev '17

01 Fev '17

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Finalizando a lista de blogs brasileiro de Rq
by Marcos Vital 31 Jan '17

31 Jan '17

Oi, pessoal! Finalizei a primeira versão da lista de blogs brasileiros de R, e lancei como um site usando o GitHub, aqui: https://marcosvital.github.io/blogs-de-R-no-Brasil/ Agradeço aos que contribuíram com a lista, que continua aberta para adições de novos blogs (basta me escrever ou contribuir pelo github). Abraços! Marcos -- Marcos Vinícius Carneiro Vital Universidade Federal de Alagoas Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde Setor de Biodiversidade e Ecologia

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função glht{multcomp} comparaçãos função lme
by Fernando Souza 31 Jan '17

31 Jan '17

Caros colegas, Estou realizando um exercício de parcela subdividida utilizando a função lme{nlme}. Acontece que quando rodo a função summary.glht as comparações pairwise são feitas e eu recebo as seguintes mensagens warnings: Warning messages: 1: In RET$pfunction("adjusted", ...) : Completion with error > abseps 2: In RET$pfunction("adjusted", ...) : Completion with error > abseps 3: In RET$pfunction("adjusted", ...) : Completion with error > abseps 4: In RET$pfunction("adjusted", ...) : Completion with error > abseps Essas mensagens no entanto não aparecem quando defino outro teste na função summary.glht summary.glht(compara, test=adjusted("fdr")) Porque isso ocorre? Segue o CMR. att #install.packages(c("nlme","multcomp")) library(nlme) library(multcomp) PARCSUB<-read.csv("https://www.dropbox.com/s/y8qmhwau0i8euva/ExemploSub.csv?raw=1",head=TRUE) PARCSUB<-transform(PARCSUB,PARCELA=factor(PARCELA),BLOCO=factor(BLOCO),PASTO=factor(PASTO),MINERAL=factor(MINERAL)) modeloPARSUBlme<-lme(PRODLEIT~BLOCO+PASTO*MINERAL,random=~1|PARCELA,data=PARCSUB) compara<- glht(modeloPARSUBlme, linfct=mcp(PASTO="Tukey")) summary.glht(compara) ================================== Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção e Alimentação Animal celular: (31)99796-8781 (Vivo) / (31)97358-4685 (Tim) e-mail:nandodesouza@gmail.com Lattes: http://lattes.cnpq.br/6519538815038307 blog: https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ =================================

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barplot agrupado e empilhado
by Christina Grupioni 31 Jan '17

31 Jan '17

Olá pessoal, Estou precisando fazer um grafico de barras mixto, que mistura agrupado e empilhado. É possível? Qual pacote faz isso? De qualquer forma, sou usuária nova e não consegui fazer nem ao menos o agrupado sem o empilhado. A necessidade é a seguinte: a primeira barra será empilhada (variaveis: colhidos e não colhidos). As outras três barras agrupadas devem ser a proporção de semdanos, dleves e dgraves. Na tabela, o X.semdanos representa a porcentagem de semdanos. e o X.leves e o X.graves representam a porcentagem de danos também. Preciso fazer isso para os 8 tratamentos. Preferencialmente no mesmo plot, para efeito de comparação. Meu data frame é o seguinte: trat colhidos dleves dgraves naocolhidos carga X._leves X._graves cap ef semdanos X.semdanos 1 810 85 81 36 846 10,49 10 332,95 95,74 644 79,51 2 531 65 43 27 558 12,24 8,1 548,63 95,16 423 79,66 3 805 111 34 44 849 13,79 4,22 559,86 94,82 660 81,99 4 1248 192 56 15 1263 15,38 4,49 849,94 98,81 1000 80,13 5 557 49 27 19 576 8,8 4,85 436,82 96,7 481 86,36 6 485 111 85 112 597 22,89 17,53 270,65 81,24 289 59,59 7 530 45 34 25 555 8,49 6,42 577,23 95,5 451 85,09 8 613 194 132 48 661 31,65 21,53 246,54 92,74 287 46,82 Na escuta, -- CHRISTINA GRUPIONI Engenheira Agrícola e Ambiental- CREA BA: 84142 *OCA (Organização Cooperativa de Agroecologia**)* *Tecnologias Ecológicas e Sociais* (31) 8863-0005, (31) 3892-2236 *skype:chrisgrupioni@gmail.com <chrisgrupioni(a)gmail.com>*

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Extrair Período de datas
by Amiko Bh 30 Jan '17

30 Jan '17

Prezados, Estou postando, por não ter conseguido encontrar a solução aqui na lista, a despeito de procurar... Tenho um banco de dados, alimentado diariamente, sendo uma das variáveis o dia de entrada (dd/mm/aaaa). Preciso extrair deste banco todas as entradas que se deram no período do carnaval... Como faço? Uso subset? Atenciosamente,

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problema em rJava
by Christina Grupioni 30 Jan '17

30 Jan '17

Olá pessoal, Estou com problema no rJava. Está instalado, mas sempre que preciso de usar, ele dá a noticia do erro, da forma abaixo. Alguém sabe como resolver isso? Na escuta, chris -- Carregando pacotes exigidos: xlsx Carregando pacotes exigidos: rJava Error : .onLoad falhou em loadNamespace() para 'rJava', detalhes: chamada: fun(libname, pkgname) erro: No CurrentVersion entry in Software/JavaSoft registry! Try re-installing Java and make sure R and Java have matching architectures. In addition: Warning messages: 1: package ‘xlsx’ was built under R version 3.2.5 2: package ‘rJava’ was built under R version 3.2.5 Failed with error: ‘package ‘rJava’ could not be loaded’ CHRISTINA GRUPIONI Engenheira Agrícola e Ambiental- CREA BA: 84142 *OCA (Organização Cooperativa de Agroecologia**)* *Tecnologias Ecológicas e Sociais* (31) 8863-0005, (31) 3892-2236 *skype:chrisgrupioni@gmail.com <chrisgrupioni(a)gmail.com>*

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Extraindo valores de interesse em um dataframe
by Yury Duarte 30 Jan '17

30 Jan '17

Bom dia colegas programadores! Há algum tempo venho trabalhando com o modelo de simulação DSSAT. Agora estou tentando organizar suas saídas de uma forma que facilite as analises. Para que possam entender melhor o formato das saídas, anexei dois links para download do output do modelo. Toda simulação é antecedida de um pequeno cabeçalho e cada uma delas representa uma data de plantio (primeira linha da coluna DOY) em um determinado ano (coluna YEAR). Dessa forma, dentro de cada arquivo eu tenho 36 simulações de plantio por ano e 34 anos de histórico. A informação que eu gostaria de extrair é exatamente a última linha de cada simulação, referente a décima coluna (GWAD). Como cada simulação tem um numero diferente de linhas (dias do ciclo da cultura em questão), fiquei sem ter como resgatar os valores da coluna de interesse em intervalos fixos. Infelizmente não tenho nenhum script decente em andamento que possa ser compartilhado para elucidar melhor minhas intenções, mas espero ter conseguido explicar minimamente a minha dúvida. Desde já, agradeço a todos! link para a saída parcial: https://drive.google.com/file/d/0B6tnaf2fmoCcbUtPQ0NfUmpxdXM/ view?usp=sharing link para a saída completa: https://drive.google.com/file/d/0B6tnaf2fmoCcWjlFclc2R2NkVEU/ view?usp=sharing Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP

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Re: [R-br] problema em rJava
by Felinto COSTA 29 Jan '17

29 Jan '17

Christina, localiza o diretório onde está instalada a versão do Java na sua máquina. Por exemplo: 'C:/Program Files/Java/jre1.8.0_121'(se 64b) 'C:/Program Files (x86)/Java/jre1.8.0_121'(se 32b) Tente informar o R: Para versão 64-bit Sys.setenv(JAVA_HOME='C:/Program Files/Java/jre18.0_121') Para versão 32-Bit Sys.setenv(JAVA_HOME='C:/Program Files (x86)/Java/jre1.8.0_121') Sempre que o java for atualizado (a versão irá ser alterada) você deverá refazer a linha. FCosta ================== ================== On Sun, 29 Jan 2017 18:45 , Christina Grupioni via R-br r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br sent: > Olá pessoal, > Estou com problema no rJava. Está instalado, mas sempre que preciso > de usar, ele dá a noticia do erro, da forma abaixo. Alguém sabe como > resolver isso?Na escuta, chris > -- Carregando pacotes exigidos: xlsxCarregando pacotes exigidos: > rJavaError : .DEFANGED_OnLoad falhou em loadNamespace() para > 'rJava', detalhes: chamada: fun(libname, pkgname) erro: > No CurrentVersion entry in Software/JavaSoft registry! Try > re-installing Java and make sure R and Java have matching > architectures.In addition: Warning messages:1: package ‘xlsx’ was > built under R version 3.2.5 2: package ‘rJava’ was built under R > version 3.2.5 Failed with error: ‘package ‘rJava’ could not > be loaded’ > CHRISTINA GRUPIONIEngenheira Agrícola e Ambiental- CREA BA: 84142 > OCA (ORGANIZAçãO COOPERATIVA DE AGROECOLOGIA )TECNOLOGIAS > ECOLóGICAS E SOCIAIS(31) 8863-0005, (31) 3892-2236 _skype:_ > > > ---- Mensagem enviada pelo sistema e-mail Onda- Powered By Onda Empresas

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dose-resposta
by Maurício Lordêlo 27 Jan '17

27 Jan '17

Caros, Foi realizado um experimento no qual deseja-se saber qual composto extraído de uma determinada espécie vegetal é mais eficiente para matar uma determinado tipo de inseto. Foram utilizadas 32 placas cada uma contendo 10 insetos vivos. Em cada placa, foram realizadas 4 repetições das 8 diferentes doses do composto de cada espécie. O número de insetos mortos foi registrado após um determinado período de tempo. O objetivo é encontrar qual a dose, para cada um das três espécies, que mata 50% dos insetos. Alguma sugestão de como encontrar os modelos para as três espécies? dose = rep(c(0,0.15625,0.31250,0.62500,1.2500, 2.5000, 5.0000, 10.000), each=4) n_insetos = rep(10,32) m_especie1 = c(1,3,4,0,5,2,5,5,4,4,2,2,0,3,3,5,10,10,7,0,10,10,10,10,10,10,10,10,10,10,10,10) m_especie2 = c(0,3,4,4,1,0,4,0,0,1,0,0,3,2,0,3,3,2,0,3,3,3,3,6,9,4,7,2,10, 10, 10, 10) m_especie3 = c(4,2,2,3,4,6,8,6,4,6,6,5,5,9,5,8,10,8,5,5,10,10,10,10,10,10,10,10,10,10,10,10) pm_especie1 = m_especie1/n_insetos pm_especie2 = m_especie2/n_insetos pm_especie3 = m_especie3/n_insetos dose.fator = as.factor(dose) boxplot(pm_especie1~dose.fator, xlab= "Dose", ylab="Proporção de mortos espécie 1",cex.axis=.85) boxplot(pm_especie2~dose.fator, xlab= "Dose", ylab="Proporção de mortos espécie 2",cex.axis=.85) boxplot(pm_especie3~dose.fator, xlab= "Dose", ylab="Proporção de mortos espécie 3",cex.axis=.85) bartlett.test(pm_especie1~dose.fator) bartlett.test(pm_especie2~dose.fator) bartlett.test(pm_especie3~dose.fator) modelo1 = glm(cbind(good=m_especie1, bad=n_insetos-m_especie1)~dose,family="binomial", data=dados) par(mfrow=c(2,2)) plot(modelo1) shapiro.test(modelo1$residuals) modelo2 = glm(cbind(good=m_especie2, bad=n_insetos-m_especie2)~dose,family="binomial", data=dados) par(mfrow=c(2,2)) plot(modelo2) shapiro.test(modelo2$residuals) modelo3 = glm(cbind(good=m_especie3, bad=n_insetos-m_especie3)~dose,family="binomial", data=dados) par(mfrow=c(2,2)) plot(modelo2) shapiro.test(modelo3$residuals)

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Re: [R-br] Extraindo valores de interesse em um dataframe
by Rafael Tieppo 26 Jan '17

26 Jan '17

Prezado Yuri, Para extrair alguma informações dos arquivos de saída do DSSAT utilizei alguns comandos do shell, talvez te ajude (substituir o TESTE.txt pelo aquivo DSSAT): # Grep ## filtra as linhas grep "^ 2016" < teste.txt O resultado são todas as linhas que começam com um espaço em branco e depois têm os caracteres 2016 ## linhas com qualquer characgter que tenha JAN grep "^$.*$JAN" < TESTE.txt ## Get text between two strings grep -Po 'XX \K.*(?= YY)' < TESTE.txt Rafael Tieppo State University of Mato Grosso - Department of Agricultural Engineering site: https://rafatieppo.github.io blog: https://fuidebicicleta.wordpress.com"Evite o desperdício: antes de imprimir pense na sua responsabilidade com o ambiente". On Tuesday, January 24, 2017 11:00 AM, "r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: Fim da Digest R-br, volume 73, assunto 17 *****************************************

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Lista de blogs brasileiros sobre o R
by Marcos Vital 26 Jan '17

26 Jan '17

Olá, colegas de lista! Peço desculpas para aqueles que estão lá na comunidade de R no facebook, para quem isso será um pouco de cross-posting... Estou construindo uma lista de blogs brasileiros que falem sobre o R. Nada sofisticado, só uma listona mesmo, simples e direta. Acho que será um recurso útil, especialmente para os iniciantes. A lista em construção está aqui: https://github.com/marcosvital/blogs-de-R-no-Brasil Quem quiser contribuir pode responder aqui pela nossa lista de emails, ou fazê-lo diretamente lá pelo github mesmo (via issue ou pull request). Basta me indicar o link para um blog que eu incluo lá. O critério de inclusão é bem frouxo: basta ser um blog (ou página similar) que trate do uso do R, que seja brasileiro e com material em português. Mesmo blogs parados mas que continuam online podem ser adicionados, caso tenham recursos úteis. Desde já agradeço qualquer contribuição! Abraços Marcos -- Marcos Vinícius Carneiro Vital Universidade Federal de Alagoas Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde Setor de Biodiversidade e Ecologia

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Modificar um data frame em uma matriz de comparação múltipla específica
by ASANTOS 24 Jan '17

24 Jan '17

Caros Membros, Eu gostaria de modificar um data frame em uma matriz de comparação múltipla específica para tanto tenho um data frame DF com a nota dada por dois indivíduos (Indv) para cinco diferentes produtos químicos, sendo: Indv<-c(1,2) deltametrina<-c(1,1) fipronil<-c(5,3) imidaclopride<-c(7,5) sulfluramida<-c(3,7) tiametoxam<-c(9,9) DF<-cbind(Indv,deltametrina,fipronil,imidaclopride,sulfluramida,tiametoxam) > DF Indv deltametrina fipronil imidaclopride sulfluramida tiametoxam [1,] 1 1 5 7 3 9 [2,] 2 1 3 5 7 9 Depois eu montei uma matriz de comparação múltipla com a seguinte regra, a variável (cada produto) com maior valor menos o de menor valor e armazenei a nota de cada Indv em um list, sendo: df <- as.data.frame(t(DF[, -1])) out <- lapply(df, function(x) outer(x, x, function(x, y) abs(x-y))) out2 <- lapply(out, function(m) { dimnames(m) <- list(rownames(df), rownames(df)) m }) out2 $V1 deltametrina fipronil imidaclopride sulfluramida tiametoxam deltametrina 0 4 6 2 8 fipronil 4 0 2 2 4 imidaclopride 6 2 0 4 2 sulfluramida 2 2 4 0 6 tiametoxam 8 4 2 6 0 $V2 deltametrina fipronil imidaclopride sulfluramida tiametoxam deltametrina 0 2 4 6 8 fipronil 2 0 2 4 6 imidaclopride 4 2 0 2 4 sulfluramida 6 4 2 0 2 tiametoxam 8 6 4 2 0 No entanto, gostaria que meu output fosse: $V1 - [deltametrina, fipronil, 4] - [deltametrina, imidaclopride, 6] - [deltametrina, sulfluramida, 2] - [deltametrina, tiametoxam, 8] - [fipronil, imidaclopride, 2] - [fipronil, sulfluramida, 2] - [fipronil, tiametoxam, 4] - [imidaclopride, sulfluramida, 4] - [imidaclopride, tiametoxam, 2] - [sulfluramida, tiametoxam, 6] $V2 - [deltametrina, fipronil, 2] - [deltametrina, imidaclopride, 4] - [deltametrina, sulfluramida, 6] - [deltametrina, tiametoxam, 8] - [fipronil, imidaclopride, 2] - [fipronil, sulfluramida, 4] - [fipronil, tiametoxam, 6] - [imidaclopride, sulfluramida, 2] - [imidaclopride, tiametoxam, 4] - [sulfluramida, tiametoxam, 2] Alguém teria alguma sugestão para ajudar? Obrigado, Alexandre -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 99686-6970 (VIVO) (+55) 65 3221-2674 (FIXO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 - ResearcherID: A-5790-2016 Researchgate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 Mendeley:www.mendeley.com/profiles/alexandre-dos-santos6/ ======================================================================

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Importar arquivo para Objeto - Erro
by Marcelo Menezes 24 Jan '17

24 Jan '17

Boa Noite pessoal! Sou Marcelo, iniciante no uso do R, ainda estou aprendendo os comandos básicos a partir do ótimo material disponibilizado pelo professor Marcos Vital em seu blog. Estou tentando importar o arquivo “pratica1.txt” para o objeto “planilha”, estou usando o comando > planilha <- read.table (“pratica1.txt”) sem sucesso, o print apresenta isso. Alguém pode me explicar o que está acontecendo por favor? Desde já fico grato! [image: Imagem inline 1] Att *Marcelo Menezes Alves* Graduado em Ciências Biológicas pela Universidade Federal de Campina Grande Técnico em Manutenção e Suporte em Informática pelo Instituto Federal da Paraíba Crbio Nº *107.640/05-P*WhatsApp +55 83 9 8200-8021 ou +55 83 9 9821-1967 *Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/1992059133849245>*

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Analise fatorial
by Bruce Kelly 24 Jan '17

24 Jan '17

Boa tarde Listeiros, Estou aplicando analise fatorial (AF) utilizando a a função 'factanal' do package 'stats'. minha duvida é sobre o p-value que esta dando baixo como pode ser visto abaixo nos resultados: Loadings: Factor1 Factor2 Factor3 Factor4 Factor5 Factor6 v1 0.899 0.275 0.145 0.136 0.244 0.114 v2 0.269 0.222 0.902 0.203 0.129 v3 0.316 0.313 0.847 0.196 0.130 0.159 v4 -0.205 -0.161 v5 0.199 0.758 0.337 0.418 0.134 v6 -0.164 0.406 0.389 0.167 -0.210 v7 0.140 0.182 0.941 v8 0.508 0.773 0.177 0.190 v9 0.116 0.133 0.886 v10 0.407 0.277 0.203 0.802 0.260 v11 0.725 0.379 0.103 0.152 0.226 v12 0.861 0.185 0.123 v13 0.163 0.117 0.371 v14 0.309 0.813 0.293 0.245 0.144 0.267 Factor1 Factor2 Factor3 Factor4 Factor5 Factor6 SS loadings 2.914 2.480 2.073 1.879 0.974 0.516 Proportion Var 0.208 0.177 0.148 0.134 0.070 0.037 Cumulative Var 0.208 0.385 0.533 0.668 0.737 0.774 Test of the hypothesis that 6 factors are sufficient. The chi square statistic is 61.12 on 22 degrees of freedom. The p-value is 1.52e-05 Então tento reduzir o número de fatores, como por exemplo 5, já que 74% da variância no modela será captada, mas qndo rodo a rotina aparece Error in factanal(dad, factors = 5, scores = c("none"), rotation = "varimax") : unable to optimize from this starting value Desta forma utilizei a package 'rela' onde ele realiza a analise com 4 fatores. Logo minha duvida é porque no 'factanal' não pode fazer, com esse valor? tem alguma coisa que eu possa fazer nos dados (além de padronizar) para ter uma melhor resposta no p-value? Muito obrigado a todos(as). Bruce

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Extrair Valores de Interesse Num DataFrame
by Yury Duarte 23 Jan '17

23 Jan '17

Bom dia colegas programadores! Há algum tempo venho trabalhando com o modelo de simulação DSSAT. Agora estou tentando organizar suas saídas de uma forma que facilite as analises. Para que possam entender melhor o formato das saídas, anexei dois links para download do arquivo de saída. Toda simulação é antecedida de um pequeno cabeçalho e cada uma delas representa uma data de plantio (primeira linha da coluna DOY) em um determinado ano (coluna YEAR). Dessa forma, dentro de cada arquivo eu tenho 36 simulações de plantio por ano e 34 anos de histórico. A informação que eu gostaria de extrair é exatamente a última linha de cada simulação, referente a décima coluna (GWAD). Como cada simulação tem um numero diferente de linhas (dias do ciclo da cultura em questão), fiquei sem ter como resgatar os valores da coluna de interesse em intervalos fixos. Infelizmente não tenho nenhum script decente em andamento que possa ser compartilhado para elucidar melhor minhas intenções, mas espero ter conseguido explicar minimamente a minha dúvida. Desde já, agradeço a todos! link para a saída parcial: https://drive.google.com/file/d/0B6tnaf2fmoCcbUtPQ0NfUmpxdXM/view?usp=shari… link para a saída completa: https://drive.google.com/file/d/0B6tnaf2fmoCcWjlFclc2R2NkVEU/view?usp=shari… Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 73, assunto 14
by Wilson Cohen 21 Jan '17

21 Jan '17

Lista de blogs brasileiros sobre o R Responsável: Prof. Wilson Martins da Silva www.estatisticacomr.com.br Curso R para Biológicas http://estatisticacomr.com.br/R_para_Biologicas Em 21 de janeiro de 2017 11:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Lista de blogs brasileiros sobre o R (Marcos Vital) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Sat, 21 Jan 2017 10:15:10 -0300 > From: Marcos Vital <marcosvital(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Lista de blogs brasileiros sobre o R > Message-ID: > <CAKLUGQ9+_q43KFr7-kocUQ7CfuzZBpgs1R_ > VnYyrT29vwh3oGA(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Olá, colegas de lista! > > Peço desculpas para aqueles que estão lá na comunidade de R no facebook, > para quem isso será um pouco de cross-posting... > > Estou construindo uma lista de blogs brasileiros que falem sobre o R. Nada > sofisticado, só uma listona mesmo, simples e direta. Acho que será um > recurso útil, especialmente para os iniciantes. > > A lista em construção está aqui: > https://github.com/marcosvital/blogs-de-R-no-Brasil > > Quem quiser contribuir pode responder aqui pela nossa lista de emails, ou > fazê-lo diretamente lá pelo github mesmo (via issue ou pull request). Basta > me indicar o link para um blog que eu incluo lá. > > O critério de inclusão é bem frouxo: basta ser um blog (ou página similar) > que trate do uso do R, que seja brasileiro e com material em português. > Mesmo blogs parados mas que continuam online podem ser adicionados, caso > tenham recursos úteis. > > Desde já agradeço qualquer contribuição! > > Abraços > > Marcos > > -- > Marcos Vinícius Carneiro Vital > Universidade Federal de Alagoas > Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde > Setor de Biodiversidade e Ecologia > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20170121/30ec57bb/attachment-0001.html> > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 73, assunto 14 > ***************************************** > -- *Prof. MSc. Wilson Martins da Silva* *Mestre em Ecologia Aquática e Pesca - PPGEAP/ICB/UFPA* *Especialista em Biodiversidade Amazônica - UFPA/ATMDepto de Morfologia e Ciências Fisiológicas* *Centro de Ciências Biológicas e da Saúde* *Universidade do Estado do Pará* *Campus IX - Altamira - Pará* http://lattes.cnpq.br/2440617911389759 wilsoncelula(a)gmail.com, wilsoncelula(a)hotmail.com <wilsonms(a)ufpa.br>

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