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RES.: Função runs.test! Falta de Ajuste!!!!
by Thiago De paula protásio 09 Abr '11

09 Abr '11

Walmes e demais membros da lista; Analisei aqueles dados conforme vc sugeriu.... Os dados são os mesmos que eu enviei a lista recentemente..... No meu caso eu tenho repetições......e os resultados que obtive com o teste de falta de ajuste sugere que o modelo não linear não está adequado. Por favor, veja o que vc acha! Caso vc e os demais membros da lista queiram reproduzir....basta utilizar os dados que enviei... As variáveis são as mesmas!! m0 <- lm(UEQ~factor(UR)) > summary(m0) Call: lm(formula = UEQ ~ factor(UR)) Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -1.1275 -0.2663 0.0900 0.3284 0.6525 Coefficients: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) (Intercept) 5.3113 0.1631 32.556 < 2e-16 *** factor(UR)40 -0.3262 0.2307 -1.414 0.164 factor(UR)50 1.8825 0.2307 8.159 1.09e-10 *** factor(UR)60 2.9800 0.2307 12.916 < 2e-16 *** factor(UR)70 3.4750 0.2307 15.062 < 2e-16 *** factor(UR)80 7.8688 0.2307 34.106 < 2e-16 *** factor(UR)90 16.9163 0.2307 73.321 < 2e-16 *** --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Residual standard error: 0.4614 on 49 degrees of freedom Multiple R-squared: 0.9941, Adjusted R-squared: 0.9934 F-statistic: 1372 on 6 and 49 DF, p-value: < 2.2e-16 > anova(n0,m0) # teste da falta de ajuste Analysis of Variance Table Model 1: UEQ ~ A * (1 - exp(B * UR)) Model 2: UEQ ~ factor(UR) Res.Df Res.Sum Sq Df Sum Sq F value Pr(>F) 1 54 202.799 2 49 10.433 5 192.37 180.69 < 2.2e-16 *** --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Muito Obrigado! Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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RES.: Função runs.test()!!!
by Thiago De paula protásio 09 Abr '11

09 Abr '11

Walmes e demais membros da lista; Com base naquelas dados que eu envie a lista ....Ajustei o modelo abaixo e gostaria de testar se o mesmo é compatível...... Também ajustei um polinômio de ordem 2 e fiz uma anova() entre os dois modelos....Vc acha que esse procedimento é válido? Dessa forma, estava pesquisando e encontrei esse teste de sequências da função runs.test(). Dê uma olhada nos comandos abaixo..... n0 <- nls(UEQ~A*(1-exp(B*UR)), data=da, start=list(A=-2, B=0.03)) summary(n0) # curva ajustada A <- coef(n0)["A"] B <- coef(n0)["B"] plot(UEQ~UR, da) curve(A*(1-exp(B*x)), add=TRUE, col=2,lty=1) title("Tratamento 1 ") SQE <- summary(n0)$sigma^2*summary(n0)$df[2] SQE SQT <- var(da$UR)*(length(da$UR)-1)# soma de quadrado total corrigida R2 <- 1 - SQE/SQT R2 erro1=residuals(n0) #pacotes necessários.... library(tseries) library(quadprog) library(zoo) runs.test(factor(sign(erro1))) # permite testar se os dados diferem da curva ajustada ########Modelo polinomial model=lm(UEQ~UR+I(UR^2)) summary(model) anova (model, n0) Muito obrigado pelas dicas ..vou olhar aqui no banco de teses da UFLA e encontrar a sua dissertação..... Valeu mesmo..... Suas dicas tem me ajudo bastante! Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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Função runs.test()!
by Thiago De paula protásio 09 Abr '11

09 Abr '11

Prezado membros da R-Br; Gostaria de perguntar uma coisa a vcs: O teste de sequência da função runs.test() é confiável para verificar se os dados diferem significativamente da curva ajustada? No meu caso uma função não linear..... Ou existe uma maneira melhor de verificar isso? Obrigado pela ajuda! Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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Correlação de Spearman
by Rafael Felice Fan Chen 09 Abr '11

09 Abr '11

Não sei se me expliquei bem, a minha intenção é verificar se existe alguma relação do preço pago pelo sexo, os dados não tem uma distribuição normal, e estão assim tabulados preco sexo 98 1 99 2 98 1 97 2 ...... Não é apropriado usar a correlação de spearman? Qual a interpretaçao do resultado do teste de Wilcox? Obrigado

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Converter o vetor de slot de lista para que cada elemento do vetor seja um slot dela
by Walmes Zeviani 09 Abr '11

09 Abr '11

Saudações a todos, Estou montando um procedimento em que numa certa altura do código eu preciso de uma lista. Eu possuo um vetor nomeado que quero incluir nessa lista, mas que cada elemento do vetor seja um slot da lista, sendo o primeiro slot é x NULL e o ultimo o corpo de uma função. Abaixo tento via código esclarecer o meu objetivo. #----------------------------------------------------------------------------- # uma função fn <- function(x){ sen(x) } #----------------------------------------------------------------------------- # um vetor vec <- c(a=1, b=2, c=3, d=4) #----------------------------------------------------------------------------- # a lista que sei até agora obter(preciso converte-la) list(x=NULL, vec, body(fn)) $x NULL [[2]] a b c d 1 2 3 4 [[3]] { sen(x) } #----------------------------------------------------------------------------- # como faço para obter essa lista aqui, em que cada elemento do vetor # é um slot da lista, ficando assim, mas convertendo a lista de cima? # essa abaixo é a lista no formato de que preciso list(x=NULL, a=1, b=2, c=3, d=4, body(fn)) $x NULL $a [1] 1 $b [1] 2 $c [1] 3 $d [1] 4 [[6]] { sen(x) } #----------------------------------------------------------------------------- Grato à todos. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================

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RES.: Função sigmóide! Função nls.lm
by Ivan Bezerra Allaman 09 Abr '11

09 Abr '11

Walmes, Não generalise. Eu falei especificamente da função "nls.lm". Acredito que pelos comentários vc não leu sobre tal função. Assim como vc, também trabalhei com modelos não-lineares durante toda minha tese. Com tal função, vc não chuta qualquer coisa e não obtém qualquer coisa. Muito pelo contrário! Vc não precisa chutar nada. O algorítmo proposto pelos autores é extremamente confiável e converge qualquer coisa. Então, pode surgir a pergunta: Mas se ela converge qualquer coisa, é confiável? Sim! Pois se o modelo ajustado pelo função não descreve realmente o comportamento dos dados, no momento que utilizar outras funções para fazer inferências (confit, summary, entre outras), a função retornará um erro, o que indica que a função "apenas" converge. Sabemos muito bem que para encontrar estimativas dos estimadores nenhuma pressuposição estatística precisa ser feito. Logo, com esta função em mãos, é completamente desnecessário brincar de encontrar chutes iniciais. Portanto, fiquem tranquilos, por mais que a função encontre valores sem sentido, no momento de realizar inferência ela lhe retornará um erro, lhe indicando que aquelo modelo não é o correto. Ainda utilizo a função "nls" como já comentei, em casos no qual preciso utilizar o argumento "weights", do contrário, é muita perca de tempo, pois as 30 horas que gastastes para encontrar os chutes iniciais para utilizar a função "nls" (já perdi este tempo no paleozóico), a função "nls.lm" encontra em poucos segundos com a mesma precisão da função "nls". Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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Correlação de Spearman
by Rafael Felice Fan Chen 09 Abr '11

09 Abr '11

Bom dia Estou tentando fazer uma correlação de spearman entre o preço ( variavel quantitativa continua) e o sexo do animal (variavel qualitativa nominal, nesse caso usei 1 para macho e 2 para femea) e estão pareados. Usei o seguinte comando cor(dados$preco, dados$sexo, method="spearman") E o R me deu um valor, a minha dúvida se está certo o jeito que eu fiz e como gerar um p-value? Rafael Felice Fan Chen TEL - 041 9231-9056 MSN rafaelchen(a)hotmail.com SKYPE- rafaelffchen

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Re:Função sigmóide! Dados!
by Ivan Bezerra Allaman 08 Abr '11

08 Abr '11

Guilherme! Não quebre muita a cabeça com a função "nls". A pouco tempo, o Gustavo se eu não me engano, passou a função "nls.lm" da library "minpack.lm". Essa função é fantástica, pois não precisamos ficar quebrando a cabeça com chutes iniciais. Eu só utilizo a função "nls" nos casos em que preciso utilizar o argumento "weights", pois na função "nls.lm" ainda não encontrei algo parecido. Teste esta função, tenho certeza que irá gostar. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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RES.: Função Sigmóide! Obrigado!
by Thiago De paula protásio 08 Abr '11

08 Abr '11

Walmes; Muito obrigado pela imensa ajuda..... Sua didática foi fenomenal....agora compreendi! Muito obrigado! Abraço!

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RES.: Função sigmóide! Dados!
by Thiago De paula protásio 08 Abr '11

08 Abr '11

Walmes e demais amigos da lista; Estou enviando os dados (link abaixo) conforme o Walmes sugeriu... Está em txt e a variável UR (umidade relativa) e a variável UEQ (umidade de equilíbrio)....A ideia é tentar o ajuste de um modelo do tipo sigmóide entre a UEQ~UR. http://www.datafilehost.com/download-a7e94384.html Estou tentando ajustar o seguinte modelo.....conforme comando abaixo, mas estou tendo dificuldades em determinar os parâmetros iniciais. n0 <- nls(UME~SSlogis(UR, Asym, scal, xmid),start=list(Asym=5,scal=1,xmid=0.5),data=umi) Erro em nlsModel(formula, mf, start, wts) : matriz gradiente singular nas estimativas iniciais dos parâmetros Além disso: Warning messages: 1: In min(x) : nenhum argumento não faltante para min; retornando Inf 2: In max(x) : nenhum argumento não faltante para max; retornando -Inf Talvez, com esses dados que enviei vcs possam me ajudar...... Muito obrigado ao Walmes e demais membros da lista!

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mensagem de erro no RKWard
by Antonio Silva 08 Abr '11

08 Abr '11

Olá, Começei a utilizar a pouco tempo o RKWard, estou gostando muito. No entanto ao final de cada linha recebo o aviso: Erro: unprotect(): somente 1 itens protegidos Estou utilizando o Ubuntu 10.4 64 bits, o R 2.12.2 (64 bits) e o RKWard 0.5.2 A versão do site do RHward é 0.5.5 mas não há repositório para Debian/Ubuntu. Apenas há a orientação de instalar a partir de um arquivo tar.gz através das instruções dadas em http://sourceforge.net/apps/mediawiki/rkward/index.php?title=Building_RKWar… Gostaria de saber se alguém já conseguiu resolver este problema de outra forma ou se, pelo menos, ao instalar a versão 0.5.5 o problema é solucionado. Obrigado, Antônio -- Antônio Olinto Ávila da Silva Biólogo / Oceanógrafo Instituto de Pesca São Paulo, Brasil

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Re: [R-br] Problemas write.table
by Leandro Marino 08 Abr '11

08 Abr '11

Alan, Para visualizarmos melhor, seria possivel colocar o arquivo em.um site. Desta forma, poderemos entender melhir seu problema. -- Enviado de um dispositivo móvel. Atenciosamente, Leandro Marino http://www.leandromarino.com.br http://est.leandromarino.com.br +55 21 9845-7707 +55 21 8777-7907 On 8 Apr 2011 11:57, "Alan Rodrigo Panosso" <arpanosso(a)yahoo.com.br> wrote:

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Erro! Função sigmóide!
by Thiago De paula protásio 08 Abr '11

08 Abr '11

Walmes e demais membros da lista; Segui as suas valiosas dicas, mas apareceu um erro... n0 <- nls(UME~SSlogis(UR, Asym, scal, xmid),data=umi) Erro em nls(y ~ 1/(1 + exp((xmid - x)/scal)), data = xy, start = list(xmid = aux[1L], : fator de passos 0.000488281 reduzido abaixo de 'minFactor' de 0.000976562 Vc sabe o porquê desse erro? Muito obrigado!

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Problemas write.table
by Alan Rodrigo Panosso 08 Abr '11

08 Abr '11

Caros amigos, estou com dúvidas a respeito da função write.table Seria possível, por meio desta função, salvar um arquivo .txt com a seguinte estrutura? DSAA 2 4 793966.54 794157.09 7630457.79 7630525.47 0.3632 0.8710 1.740000 1.708702 1.713383 1.730106 1.707076 1.710679 1.716457 1.696783 A partir dos objetos abaixo? cab<-data.frame("DSAA");cab m1<-matrix(c(2, 793966.54, 7630457.79, 0.3632, 4, 794157.09, 7630525.47, 0.8710),ncol=2);m1 m2<-matrix(c(1.740000, 1.707076, 1.708702, 1.710679, 1.713383, 1.716457, 1.730106, 1.696783),ncol=4);m2 lista<-list(cab,m1,m2);lista Onde está meu erro? Existe algum outro procedimento? Desde já agradeço a atenção de todos. Abraços Alan Rodrigo Panosso

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enviando dados para RmySQL
by Victor Eduardo 08 Abr '11

08 Abr '11

Pessoal, to com dúvida de como evitar de enviar dados repetidos para o meu banco de dados mysql. Como posso fazer isso? O Script é esse: dir2 <- paste(dat.dir, anomes, sep="") dados<-dir(dir2, recursive = TRUE, pattern='\\.txt$', full.names = TRUE) dados1 <- 0 n<-5 nomecol<- c("sid", "ano", "mes", "dia", "hora", "hh", "lon", "lat", "height", "hls", "ps", "pmsl", "dd", "ff", "t", "td") for ( i in 1:n) { arquivo<-read.table(dados[i]) attach(arquivo) dados1<-subset(arquivo, substr(as.numeric(V1), 1, 2) == "82" | substr(as.numeric(V1), 1, 2) == "83") write.table(dados1,file=paste(anomes, ".txt", sep="paste(anomes, ".txt", sep="")"),append=TRUE,col.names=FALSE, row.names=FALSE) } dadosf <-read.table(paste(anomes, ".txt", sep=""), col.names=nomecol) if(dbExistsTable (con,paste("smar3_",anomes, sep=""))) { dbWriteTable(con,paste("smar3_",anomes, sep=""),dadosf,append=T) }else { dbWriteTable(con,paste("smar3_",anomes, sep=""),dadosf, sep="") } file.remove(paste(anomes, ".txt", sep=""),showWarnings = TRUE) Tentei montar um if aqui para tentar avisar que os dados já existem, mas nao ficou muito legal, ele fica sempre jogando dados repetidos para o banco. Alguém tem alguma dica para eu possa evitar isso? Abraços!

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ajuda instalação fBasics
by carla eloize carducci 08 Abr '11

08 Abr '11

OLÁ.. Sou iniciante primária ainda no uso do R e preciso de ajuda... por favor... como faço para instalar pacotes quando ao executar o comando por ex: library(fBasics) recebo a mensagem:Erro em library(fBasics) : não há nenhum pacote chamado 'fBasics' ou ainda o comando: install.packages ("fBasics",dep=TRUE) mensagem: Mensagens de aviso perdidas: In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) : package ‘fBasics’ is not available como eu faço.. preciso de uma opinião: para iniciantes como eu.. qual interface do R é, mais, digamos simples de utilizar: TimR ou Rkward ou o básico mesmo... onde baixo no site do programa? muito obrigada Atenciosamente, Carla Eloize Carducci Engº Agronoma (UFGD) Msc. Ciência do Solo (UFLA) Doutoranda em Ciência do Solo (UFLA)

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Função sigmóide!
by Thiago De paula protásio 08 Abr '11

08 Abr '11

Professor Justiniano e demais membros da lista; Estive estudando a função que o senhor me recomendou....mas não estou entendendo como irei ajustar o meu modelo. O meu trabalho consiste na modelagem da umidade de equilíbrio de painéis de madeira em função da umidade relativa do ar........ou seja, tenho apenas duas variáveis..... Não sei se ficou claro a minha dúvida... Agradeço imensamente as contribuições!

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Simbolos pré-definidos em função das linhas de uma tabela
by Marcelo Claro de Souza 08 Abr '11

08 Abr '11

Possuo um conjunto de dados composto por 21 linhas e 3 colunas. Ao importar os dados eu utilizo o comando row.names e atribuo nome as linhas para facilitar a visualização das espécies na pca (no caso utilizo o pacote vegan e uso o comando rda(dados,scale=TRUE) nesse conjunto de dados da linha 1 a 7 são plantas da mesma espécie, de 8 a 14 outra e de 16 a 21 a outra. Como eu faço p atribuir um símbolo único para cada espécie (ex: quadrado, circulo e triângulo) ao plotar um biplot? Muito obrigado. Marcelo Claro de Souza Biólogo, Doutorando em Biologia Vegetal, Depto. de botânica, IBRC- UNESP.16 - 91914780 http://lattes.cnpq.br/5691388412841376

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trabalhando na area de trabalho do R
by Samuel Carvalho 08 Abr '11

08 Abr '11

Caros(as) Help-me com o este script. A idéia é trabalhar com 2 data.frames e atribuir codigos para variaveis semelhantes em ambos. ### Segue o código dados <- data.frame(parcela = rep(1:5, each=3), repeticao = rep(1:3, 5)) dados2 <- data.frame(parcela = rep(1:7, each=3), repeticao = rep(1:3, 7)) dados dados2 dados2$mesma <- 0 if(dados2$parcela == dados$parcela) { dados2$mesma <- 1 } ### Warning messages: 1: In dados2$parcela == dados$parcela : longer object length is not a multiple of shorter object length 2: In if (dados2$parcela == dados$parcela) { : a condi��o tem comprimento > 1 e somente o primeiro elemento ser� usado### ### A questão é que este loop completa todos valores de "dados2$mesma com o número 1 e ### a idéia é preencher apenas as parcelas em comum... Entendi que não é possível trabalhar com objetos com dimensões diferentes []'s Samuel ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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RES.: Função Sigmóide!
by Thiago De paula protásio 07 Abr '11

07 Abr '11

Obrigado Professor Paulo Justiniano pela ajuda.... Vou verificar a função e tentar o ajuste!!

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Função sigmóide!!
by Thiago De paula protásio 07 Abr '11

07 Abr '11

Pessoal; Existe alguma função pronta no R que me permita o ajuste de uma função sigmóide (função abaixo)? Estou trabalhando com a umidade de equilíbrio de painéis de madeira e gostaria de tentar esse ajuste..... Agradeço-lhes a grande ajuda!!

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Instalação do pacote 'smida'
by Rafael Garcia Cunha 07 Abr '11

07 Abr '11

Bom dia a todos. A algum tempo venho tentando instalar o pacote 'smida' [um pacote com as técnicas e os dados descritos no livro Statistics for Microarrays]. Porém, quando vou instalá-lo, a seguinte mensagem de erro aparece: ERROR: dependencies ‘mva’, ‘modreg’ are not available for package ‘smida’ Esses dois pacotes não existem mais, a partir do R1.9 do pacote 'stats' substitui ambos [informação contida no site do livro]. Alguém teria alguma ideia de como conseguir instalar esse pacote? Pois achei que o R iria reconhecer essas duas dependências faltantes como o pacote 'stats'. Desde já agradeço. Atenciosamente, Rafael Cunha -- YNWA

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ajuste simultaneo
by Samuel Carvalho 07 Abr '11

07 Abr '11

Pessoal Alguem saberia me dizer como se faz um ajuste simultaneo no R? Algo tipo ### mod1 <- Y ~ X1 + X2 + X3 mod2 <- W ~ Z1 + Z2 + Y ### Valeu Samuel ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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Limite de dados
by Rafael Felice Fan Chen 07 Abr '11

07 Abr '11

Boa Tarde Existe alguma limitação de quantidade de dados para fazer a correlaçao de spearman?? tenho um banco de dados com mais de 80 mil dados Rafael Felice Fan Chen TEL - 041 9231-9056 MSN rafaelchen(a)hotmail.com SKYPE- rafaelffchen

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borda de um shape no R
by Paulo Justiniano 06 Abr '11

06 Abr '11

Leonardo 1. qual sistema oprecional vc estÃ¡ usando? se for Linux instale primeiro as dependencias: $ sudo apt-get install libgeos-dev e depois a biblioteca rgeos no R > install.packages("rgeos", dep=T) veja se hÃ¡ mensagens sobre outras dependencias (estou repondendo na lista r-br uma vez que isto pode ser util a outros) Por favor cadastre-se na lista e compartilhe duvidas e solucoes! instrucoes em www.leg.ufpr.br/rbr --------------------------------------------- Caro Paulo, Já li os shapes como SP e vi que a função gIntersects e outras do geos realmente fazem o que é necessário. Muito obrigado. Mas eu preciso ajuda com uma coisa muito prosaica mesmo: não consegui instalar a library Geos. Como não está nos repositórios, eu baixei o tar.bz2, mas só me enrolei e não consegui instalar. Vc poderia me dar uma dica. Novamente, grato. Abracos, Leonardo. -----Mensagem original----- De: Paulo Justiniano Ribeiro Jr [mailto:paulojus@c3sl.ufpr.br] Enviada em: quarta-feira, 6 de abril de 2011 15:42 Para: Leonardo Monteiro Monasterio Cc: Pedro Henrique Melo Albuquerque; Pedro Ribeiro de Andrade Neto Assunto: Re: borda de um shape no R Caro Leonardo Nao tenho codigo especifico para isto mas o que eu tentaria seria o seguinte: 1. ler um objeto com os poligonos (de preferencia no formato sp) 2. ler ou montar um outro objeto com o poligono do contorno de toda a area (uniao dos poligonos anteriores) 3. Efetuar uma operacao que varificando 1 a 1 dos poligonos em (1) se tocam ou sao internos os poligono de (2) rgeos (nao tenho certeza) e/ou aRT, possivelmente dentre outros devem fazer isto Paulo Justiniano Ribeiro Jr LEG (Laboratorio de Estatistica e Geoinformacao) Universidade Federal do Parana Caixa Postal 19.081 CEP 81.531-990 Curitiba, PR - Brasil Tel: (+55) 41 3361 3573 VOIP: (+55) (41) (3361 3600) 1053 1066 Fax: (+55) 41 3361 3141 e-mail: paulojus AT ufpr br http://www.leg.ufpr.br/~paulojus On Wed, 6 Apr 2011, Leonardo Monteiro Monasterio wrote: > Caro Paulo, > > Eu tomei a liberdade de entrar em contato com vc por indicação do Pedro H Alburquerque (do IPEAGeo). Eu e outros pesquisadores do IPEA estamos trabalhando em um indicador de monocentralidade e usamos o R como ferramenta. A questão é que esbarramos em um problema e, como vc é referência na área, talvez possa no ajudar. > > A questão é a seguinte: no cálculo do nosso indicador é necessário identificar os polígonos localizados na borda de um shapefile. Por enquanto estamos fazendo isso no Arcview e imporanto os dados , mas o ideal seria que isso fosse feito diretamente no R. (A propósito, eu postei a pergunta no R-sig-geo, mas não tive resposta.). > > Muito obrigado pela atenção. > Atenciosamente, > > Leonardo. > > > Leonardo Monasterio > Técnico de Planejamento e Pesquisa > IPEA/DIRUR > leonardo.monasterio(a)ipea.gov.br > SBS Q. 01 Ed. BNDES sala 721 > BRASILIA, DF > 70076-900 > +55 61 3315-5506 > >

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Re: [R-br] Limite de dados
by Ivan Bezerra Allaman 06 Abr '11

06 Abr '11

Faça o teste! cor(rnorm(1000000),rnorm(1000000)) aqui não tive problemas!! Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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Dica para instalar pacotes.
by Bernardo Rangel Tura 06 Abr '11

06 Abr '11

Caros companheiros de lista, De tempos em tempos eu tento me aventurar no mundo da compilação de programas. Nestas experiências resolvi reinstalar o R do zero no meu Ubuntu 10.10 (já me preparando para a nova versão do R e do Ubuntu). Quando fui instalar os pacotes resolvi reler o help e notei um opção no comando install.packages() que é muito interessante: Ncpus Essencialmente você informa o número de núcleos do seu comutador para o R e ele compila o pacote de forma multiporcessada. Aqui na minha maquina Ncpus=6 (AMD Phenom X6) fez maravilhas... Aconselho a quem puder experimentar nos seus computadores -- []s Tura

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GLM - logit
by Vinicius Brito Rocha 05 Abr '11

05 Abr '11

Senhores, estou ajustando uma regressão logistica via glm na hora de validar meu modelo com amostra teste,no comando predict, de acordo com o Help o default para a previsão é o log do odd ratio e o type="response" retornaria as probabilidades, porem me parece que o default está retornando as probabilidades e o response o ajuste linear. segue o trecho do help the type of prediction required. The default is on the scale of the linear predictors; the alternative "response" is on the scale of the response variable. Thus for a default binomial model the default predictions are of log-odds (probabilities on logit scale) and type = "response" gives the predicted probabilities. The "terms" option returns a matrix giving the fitted values of each term in the model formula on the linear predictor scale. Alguem sabe alguma coisa sobre isso? Att. -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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Ajuda com Monte Carlo
by Maria Papa 05 Abr '11

05 Abr '11

Olá Pessoal, boa tarde! Gostaria de saber se alguém tem algum material sobre o método de Monte Carlo no R. Pode ser algum exemplo, qq coisa. Desde já agradeço a todos. Célia

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Re: [R-br] ajuda instalação fBasics
by carla eloize carducci 05 Abr '11

05 Abr '11

OI Benilton bom .. o resultado foi o número 4.. o que isso quer dizer? Atenciosamente, Carla Eloize Carducci Engº Agronoma (UFGD) Msc. Ciência do Solo (UFLA) Doutoranda em Ciência do Solo (UFLA) > From: beniltoncarvalho(a)gmail.com > Date: Tue, 5 Apr 2011 19:22:27 +0100 > Subject: Re: [R-br] ajuda instalação fBasics > CC: elocarducci(a)hotmail.com > > me de uns minutinhos, q ja' retorno pra vc... pode ser algum problema > com o processo de construcao do pacote... > > abra o R e execute o seguinte (e me diga qual eh o resultado): > > .Machine[['sizeof.pointer']] > > ## note o ponto antes de Machine > > b > > 2011/4/5 carla eloize carducci <elocarducci(a)hotmail.com>: > > > > oi Benilton.. > > > > > > agora vc me deixou preocupada.. pq estou com a versão mais recente... R > > 2.12.2 > > o que eu posso tentar. fazer. > > outros pacotes consigo instalar e carregar mais o fBasics... tá quase > > impossível,,,, > > > > help me > > > > Atenciosamente, > > > > Carla Eloize Carducci > > Engº Agronoma (UFGD) > > Msc. Ciência do Solo (UFLA) > > Doutoranda em Ciência do Solo (UFLA) > > > > > > > > > >> From: beniltoncarvalho(a)gmail.com > >> Date: Tue, 5 Apr 2011 19:11:36 +0100 > >> Subject: Re: [R-br] ajuda instalação fBasics > >> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> CC: elocarducci(a)hotmail.com > >> > >> Carla, > >> > >> que versao do R vc esta' usando? > >> > >> A versao atual e' 2.12.2 (que sera' atualizada no prox dia 13 de > >> abril, mas a pre-release sera' amanha - a prox versao sera' 2.13.0). > >> > >> Muito provavel que vc esteja rodando uma versao desatualizada. Neste > >> caso atualize o R e tente novamente. > >> > >> b > >> > >> 2011/4/5 carla eloize carducci <elocarducci(a)hotmail.com>: > >> > oi Nory > >> > > >> > eu tenho esse material... nele: > >> > está da forma como eu digitei > >> > install.packages('fBasics').. por exemplo... e > >> > a mensagem de retorno é que não está disponível.. > >> > meu sistema operacional é windows.. xp. > >> > > >> > > >> > Atenciosamente, > >> > > >> > Carla Eloize Carducci > >> > Engº Agronoma (UFGD) > >> > Msc. Ciência do Solo (UFLA) > >> > Doutoranda em Ciência do Solo (UFLA) > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > ________________________________ > >> > Date: Tue, 5 Apr 2011 13:55:49 -0400 > >> > Subject: Re: [R-br] ajuda instalação fBasics > >> > From: norydaniel(a)gmail.com > >> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> > CC: elocarducci(a)hotmail.com > >> > > >> > Carla, > >> > > >> > Veja o material disponível do Prof. Paulo no link: > >> > > >> > http://leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa/ > >> > > >> > Nory Daniel > >> > > >> > > >> > > >> > Em 5 de abril de 2011 13:48, carla eloize carducci > >> > <elocarducci(a)hotmail.com> > >> > escreveu: > >> > > >> > OLÁ.. > >> > > >> > Sou iniciante primária ainda no uso do R e preciso de ajuda... por > >> > favor... > >> > como faço para instalar pacotes quando ao executar o comando por ex: > >> > library(fBasics) > >> > recebo a mensagem:Erro em library(fBasics) : não há nenhum pacote > >> > chamado > >> > 'fBasics' > >> > > >> > ou ainda o comando: install.packages ("fBasics",dep=TRUE) > >> > > >> > mensagem: Mensagens de aviso perdidas: In getDependencies(pkgs, > >> > dependencies, available, lib) : > >> > package ‘fBasics’ is not available > >> > > >> > como eu faço.. > >> > > >> > preciso de uma opinião: para iniciantes como eu.. qual interface do R é, > >> > mais, digamos simples de utilizar: TimR ou Rkward ou o básico mesmo... > >> > onde > >> > baixo no site do programa? > >> > muito obrigada > >> > > >> > Atenciosamente, > >> > > >> > Carla Eloize Carducci > >> > Engº Agronoma (UFGD) > >> > Msc. Ciência do Solo (UFLA) > >> > Doutoranda em Ciência do Solo (UFLA) > >> > > >> > > >> > > >> > _______________________________________________ > >> > R-br mailing list > >> > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> > > >> > > >> > > >> > > >> > -- > >> > Nory Daniel de Carvalho Erazo > >> > > >> > Técnico em Sistemática Vegetal/Herbário > >> > Coordenação de Pesquisas em Botânica-CPBO > >> > Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia-INPA > >> > Av. André Araújo, 2936, Aleixo, CEP 69060-001, Manaus-AM > >> > Fone: (92) 3643-3125 > >> > Celular: (92) 8196-4472 > >> > E-mail: > >> > nory(a)inpa.gov.br > >> > norydaniel(a)yahoo.com.br > >> > norydaniel(a)hotmail.com > >> > norydaniel(a)gmail.com > >> > > >> > _______________________________________________ > >> > R-br mailing list > >> > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> > > >> > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > >

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derivativas e integrais
by Samuel Carvalho 05 Abr '11

05 Abr '11

Boa tarde caros membros Alguém poderia auxiliar no seguinte código... Tenho um modelo linear conforme expresso no objeto"y". Neste código gostaria de obter uma integral "genérica" semelhante à derivada génerica obtida em D(y, "x1"). A idéia é integrar (dydx) em função de x1. x1 é o intervalo de no instante 1 e 2 Segue o código ### y <- expression( a + b/x1 + c*log(x2) + d*((1/x1)*log(x2)) ) D(y, "x1") dydx1 <- function(x, a=a, b=b, c=c, d=d) { -(d * (1/x1^2 * log(x2)) + b/x1^2) } integrate(dydx, lower = x1 <- 1, upper = x1 <- 2) # Aqui que está o interesse em generalizar a integral independente dos valores dos parametros (a, b, c, d). O que se deseja é uma expressão. ### Obrigado Samuel ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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Regressão lógistica com uma variável explicativa ordinal
by Marcelo Cardoso mello 05 Abr '11

05 Abr '11

Bom dia pessoal. Tenho entre outras variáveis uma que é ordinal (4 categorias = 4 raças). Se eu rodar via glm obterei um único beta para ela. Se eu rodar via lrm obterei 3 betas. Qual análise seria mais correta? Via glm fica como uma variável quantitativa? Certo? Como obter a odds e seus intervalos do modelo via lrm? Se o intercepto for não significativo tem algum problema? O que esse fato influencia na qualidade do modelo? Obrigado. Marcelo

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fit por distribuição de Landau
by Joaquim Marques 04 Abr '11

04 Abr '11

Tenho 2 ficheiros com amostras de radiação que preciso analisar e aproximar por distribuição de Landau. Como calculo os parâmetros da distribuição de Landau? Joaquim

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Problema nas dimensões. Cálculo Matricial
by Luciano Ramos Gonçalves 04 Abr '11

04 Abr '11

Mais uma dúvida simples: O problema é no final do código ( em vermelho) : datas <- read.table("ddd.txt", header=F) datas <- as.Date(datas[,1], format="%m/%d/%y") i <- read.table("iii.txt", header=F) i <- i[,1] cupons <- read.table("cc1.txt", header=F) cupons <- as.Date(cupons[,1], format="%m/%d/%Y") fluxo <- read.table("ff1.txt", header=F) fluxo <- fluxo[,1] falta <- outer (cupons, datas, "-") *.69 falta <- matrix(falta,nrow(falta),ncol(falta)) falta <- ifelse(falta < 0, NA, falta) VP <- cbind((fluxo)/((1+i)^(falta))) plot(colSums(VP, na.rm=T), type="l") i tem 297 elementos, datas tem 297 elementos cupons tem 14 elementos, e fluxo tem 14 elementos; Logo, falta e VP tem 297 colunas e 14 linhas quanto ploto VP, aparecem 14 vales no gráfico. Acho que algo de errado em (1+i)^(falta). O que quero fazer é,(1+i[1])^(falta[,1]), (1+i[2])^(falta[,2]), ... , (1+i[n])^(falta[,n]), ou seja, elevar (1+ i), para cada i["n"] em todos os elementos da coluna "n" em "falta". Assim, acabaria também com uma matriz 14 por 297. E quero dividir os 14 elementos de "fluxo" pelos 14 elementos de cada coluna na matriz gerada. Deu pra entender? Obrigado, Luciano.

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poder a posteriori e regressão multinomial: como responder a um parecerista?
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 04 Abr '11

04 Abr '11

Amigos de R, Eu escrevi um relatorio de uma investigação em que um dos objetivos era tentar explorar potenciais preditores de um subgrupo de uma serie de casos. Inclui na investigação uma serie de pessoas sob suspeita de uma doença. Após a investigação inicial, apenas 81 sujeitos apresentaram investigação inicial inconclusiva (este era o subgrupo de interesse). Eu achei que era um numero muito reduzido, e mesmo assim eu tentei rodar uma multinomial com trés desfechos categóricos (doente/nao doente/abandono). CLaro que nao foi possivel rodar a regressão com múltiplos preditores e dos modelos univariados que nao deram erro na função, nenhum foi significativo. Tentei colocar isso nos resultados e na discussão, porque era um objetivo inicial, mas obviamente não havia muito o que discutir sobre esse aspecto. No entanto, um dos parecerista impôs a questão de saber qual seria o beta (poder) para essa análise. No início eu não havia pensado calcular o poder para essa análise, porque era um objetivo secundário, porque os dados eram retrospectivos a partir dos registros médicos, e porque não ha dados similares na literatura que poderiam basear uma estimativa de tamanho amostral de forma razoável. Eu sou da política de sempre tentar agradar os pareceristas, salvo se for uma coisa descabida e absurda, como por exemplo que modificaria os objetivos iniciais. Perguntas: (1) è razoável estimar o poder depois que as análises ja foram conduzidas? Ja li algumas coisas sobre estimativa de poder 'post-hoc' e essas nao foram muito animadoras. (2) procurei mas nao encontrei uma função n R que estimasse poder (ou tamnho amostral ) de regressões multinomiais. Alguém conhece alguma? Se alguem achar que não é razoável estimar o poder nessa situação, poeria indicar argumentos razoáveis que pudesse utilizar com o parecerista? Abraço forte e que a força esteja com você, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365 Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.openoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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Res: [R_STAT] split plot _ bayesiana
by Walmes Zeviani 02 Abr '11

02 Abr '11

Daniele, Qualitativa e seguir distribuição de Poisson? Não seria quantitativa? Para parcela subdividida com resposta Poisson, você pode usar a função MASS::glmm.PQL(), é só declarar como aleatório e erro à nível de parcela. Mude para a lista Brasileira oficial de R, a [R-br], Instruções em http://www.leg.ufpr.br/doku.php/software:rbr À disposição. Walmes ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== ------------------------------ *De:* Daniele Portela de oliveira <dane_portela(a)yahoo.com.br> *Para:* R_STAT(a)yahoogrupos.com.br *Enviadas:* Sexta-feira, 1 de Abril de 2011 17:47:43 *Assunto:* [R_STAT] split plot _ bayesiana Caros colegas É a primeira vez que recorro ao grupo, apesar de já ter um tempo que trabalho com o R estou precisando de um help!! Estou com uns dados que precico resolver por inferencia bayesiana. O delineamento do experimento é em parcela subdivida mas a minha resposta é qualitativa, segue uma distribuição de poisson. Bom gente, qualquer ajuda será bem vinda pois não sei como resolver essa analise com o R. Abraços Daniele Portela de Oliveira Mestranda Produção Animal - UEM Cel: 44 9949 3525 67 9617 0965 __._,_.___ <dane_portela(a)yahoo.com.br?subject=Res%3A%20split%20plot%20_%20bayesiana>| através de email<R_STAT@yahoogrupos.com.br?subject=Res%3A%20split%20plot%20_%20bayesiana>| Responder através da web<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJyZWltaXJsBF9TAzk3N…>| Adicionar um novo tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJma2FoZ2Y5BF9TAzk3N…> Mensagens neste tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/message/15980;_ylc=X3oDMTM3ajBwN20y…>( 1) Atividade nos últimos dias: - Novos usuários<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/members;_ylc=X3oDMTJncGo3YzRnBF9TAz…> 7 Visite seu Grupo<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT;_ylc=X3oDMTJmZm9lNWYyBF9TAzk3NDkwND…> [image: Yahoo! Grupos]<http://br.groups.yahoo.com/;_ylc=X3oDMTJlNTJidGtiBF9TAzk3NDkwNDM1BGdycElkAz…> Trocar para: SÃ³ Texto<R_STAT-traditional@yahoogrupos.com.br?subject=Mudar%20Formato%20de%20Envio:%20Tradicional>, Resenha DiÃ¡ria<R_STAT-digest@yahoogrupos.com.br?subject=Envio%20de%20email:%20Resenha>• Sair do grupo <R_STAT-unsubscribe(a)yahoogrupos.com.br?subject=Sair%20do%20grupo> • Termos de uso <http://br.yahoo.com/info/utos.html> . __,_._,___

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Operação com datas - Construção de Matrix
by Luciano Ramos Gonçalves 01 Abr '11

01 Abr '11

Amigos da R-BR, meu nome é Luciano, pela primeira vez me dirijo à lista e sou relativamente novo ao R. Acredito que meu problema seja simples, embora eu não consiga resolvê-lo. Possuo duas séries de dados da classe "Date". O primeiro objeto contém as datas em que um evento irá ocorrer e o segundo objeto as datas do ponto de referência. Meu objetivo é construir uma matriz em que cada coluna seja o número de dias entre a data de referência e as datas dos eventos, e.g., quero diminuir o primeiro elemento do segundo objeto de todos os elementos do primeiro objeto, e pôr a série resultante na primeira coluna. Depois diminuir o segundo elemento do segundo objeto de todos do primeiro e por na segunda coluna e assim por diante. Esse é o código que eu tentei usar, mas todas as colunas da matriz contém as diferenças em dias entre as datas dos eventos e o primeiro elemento do segundo objeto. A operação não se estende às outras datas de referência. for (j in NROW(Obj1)) { for (k in NROW(Obj2)) { Recip <- matrix (NA,j,k) n <- 1:k Recip[,n] <- as.numeric (Obj1[1:j] - Obj2[n]) } } Desculpem pelo texto longo, Grato, Luciano.

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iniciando r...
by claudia christina sobrinho do nascimento 01 Abr '11

01 Abr '11

Colegas, estou iniciando o aprendizado com a plataforma R. Alguém tem dicas, ou sumário dos principais comandos e funções para iniciantes? Obrigada! Cláudia christina, ouvinte mestrado Epidemiologia/saude coletiva/IMS/UERJ Em 1 de abril de 2011 11:29, Emmanuel Arnhold <emmanuelarnhold(a)yahoo.com.br>escreveu: > # Colegas ... no exemplo abaixo tento realizar uma análise do > desdobramento (via glht:multcomp) do fator Proteína dentro do nível L1 e L2 > do fator Linhagens. > > > > #Quem tiver um tempo e interesse gostaria que desse uma olhada e me desse > uma opinião ou uma forma mais fácil de fazer o desdobramento > > > > Proteína > > Linhagens > > Peso > > p1 > > L1 > > 1.6 > > p1 > > L1 > > 1.7 > > p1 > > L2 > > 2.3 > > p1 > > L2 > > 2.2 > > p2 > > L1 > > 1.9 > > p2 > > L1 > > 2 > > p2 > > L2 > > 2.2 > > p2 > > L2 > > 2.3 > > p3 > > L1 > > 2.3 > > p3 > > L1 > > 2.4 > > p3 > > L2 > > 2.3 > > p3 > > L2 > > 2.3 > > y=read.table("clipboard", h=T) > > > > attach(y) > > > > m=aov(Peso~Proteína+Linhagens+Proteína*Linhagens ) > > anova(m) > > > > * # análise via agricolae* > > * * > > *require(agricolae)* > > df<-df.residual(m) > > MSError<-deviance(m)/ df.residual(m) > > > > * * > > *#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 1* > > ** > > with(subset(y, Linhagens == "L1"), HSD.test(Peso,Proteína, df, MSError, > group=F)) > > *#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2* > > with(subset(y, Linhagens == "L2"), HSD.test(Peso,Proteína, df, MSError, > group=F)) > > > > > > > > > > > > > > > > > > *# análise via multcomp* > > * * > > *require(multcomp)* > > * * > > a=subset(y, Linhagens == "L1") > > b=subset(y, Linhagens == "L2") > > > > #*#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 1, OK!!!!* > > > > y1=with(a, glht (m, linfct = mcp(Proteína = "Tukey" ))) > > summary(y1) > > > > *#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2, RODA DENTRO DA LINHAGEM > 1?????* > > y2=with(b, glht (m, linfct = mcp(Proteína ="Tukey"))) > > summary(y2) > > > > > > > > *#Criei um sistema que segue abaixo. Consiste em trocar os códigos dos > níveis do fator Linhagens* > > * * > > *Linhagens=c('L2', 'L2', 'L1', 'L1', 'L2', 'L2', 'L1', 'L1', 'L2', 'L2', > 'L1', 'L1')* > > Linhagens=as.factor(*Linhagens)* > > y=data.frame(Proteína, Linhagens, Peso) > > > > a=subset(y, Linhagens == "L1") > > m2=aov(Peso~Proteína+Linhagens+Proteína*Linhagens) > > > > > > *#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2, OK!!! Agora temos o > resultado correto!!!* > > y1=with(a, glht (m2, linfct = mcp(Proteína = "Tukey" ))) > > summary(y1) > > * * > > * * > > *Perguntas.* > > * * > > *Alguém tem uma solução mais fácil? Prática?* > > * * > > *Como** trocar o código dos níveis dos fatores de maneira mais fácil?* > > * * > > * * > > * * > > *Obrigado desde já por qualquer colaboração.* > > * * > > *Emmanuel Arnhold* > > * * > > * * > > * * > > * * > > * * > > > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >

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Re: [R-br] [R_STAT] utilização da função expression
by Henrique Dallazuanna 01 Abr '11

01 Abr '11

Tente: substitute(expression(W[t]==a%*%L[m]^b), list(a = a, b = b)) E se inscreva na lista que substituiu esta: http://www.leg.ufpr.br/doku.php/software:rbr 2011/4/1 Antonio Silva <aolinto.lst(a)gmail.com> > > > Olá, > > Estou com dúvida na utilização da função expression. > > Quero fazer uma rotina que coloque uma equação no gráfico como legenda, mas > os valores das contantes devem mudar de gráfico para gráfico > > Suponhamos: > > a<- 0.005 > b <- 3 > plot(...) > legend(locator(1), legend=c(expression(W[t]==a%*%L[m]^b)),bty="n",cex=1.4) > > Assim obtemos W=a×Lmb (com m subscrito e b sobrescrito). > > No entanto eu queria que as letras a e b fossem substituídas pelo valor das > constantes (0.005 e 3). > > Já quebrei bastante a cabeça e não consegui. > > Agradeço muito se alguém puder dar uma dica. > > Abraços, > > Antônio > > -- > Antônio Olinto Ávila da Silva > Biólogo / Oceanógrafo > Instituto de Pesca (Fisheries Institute) > São Paulo, Brasil > > > > __._,_.___ > > > Suas configurações de e-mail: E-mail individual |Tradicional > Alterar configurações via web<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/join;_ylc=X3oDMTJnYWFiN2xtBF9TAzk3N…>(Requer Yahoo! ID) > Alterar configurações via e-mail: Alterar recebimento para lista diária de > mensagens<R_STAT-digest@yahoogrupos.com.br?subject=Email+Delivery:+Digest>| Alterar > para completo<R_STAT-fullfeatured@yahoogrupos.com.br?subject=+Alterar+formato+de+distribui%C3%A7%C3%A3o:+Completo> > Visite seu grupo > <http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT;_ylc=X3oDMTJlNHVrbnFsBF9TAzk3NDkwND…>| Termos > de Uso do Yahoo! Grupos <http://br.yahoo.com/info/utos.html> | Descadastrado > <R_STAT-unsubscribe(a)yahoogrupos.com.br?subject=Unsubscribe> > > __,_._,___ -- Henrique Dallazuanna Curitiba-Paraná-Brasil 25° 25' 40" S 49° 16' 22" O

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Desdobramento da interação via glht:multcomp
by Emmanuel Arnhold 01 Abr '11

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# Colegas ... no exemplo abaixo tento realizar uma análise do desdobramento (via glht:multcomp) do fator Proteína dentro do nível L1 e L2 do fator Linhagens. #Quem tiver um tempo e interesse gostaria que desse uma olhada e me desse uma opinião ou uma forma mais fácil de fazer o desdobramento Proteína Linhagens Peso p1 L1 1.6 p1 L1 1.7 p1 L2 2.3 p1 L2 2.2 p2 L1 1.9 p2 L1 2 p2 L2 2.2 p2 L2 2.3 p3 L1 2.3 p3 L1 2.4 p3 L2 2.3 p3 L2 2.3 y=read.table("clipboard", h=T) attach(y) m=aov(Peso~Proteína+Linhagens+Proteína*Linhagens ) anova(m) # análise via agricolae require(agricolae) df<-df.residual(m)MSError<-deviance(m)/ df.residual(m) #Melhor teor de proteína dentro da linhagem 1 with(subset(y, Linhagens == "L1"), HSD.test(Peso,Proteína, df, MSError, group=F)) #Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2 with(subset(y, Linhagens == "L2"), HSD.test(Peso,Proteína, df, MSError, group=F)) # análise via multcomp require(multcomp) a=subset(y, Linhagens == "L1") b=subset(y, Linhagens == "L2") ##Melhor teor de proteína dentro da linhagem 1, OK!!!! y1=with(a, glht (m, linfct = mcp(Proteína = "Tukey" ))) summary(y1) #Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2, RODA DENTRO DA LINHAGEM 1????? y2=with(b, glht (m, linfct = mcp(Proteína ="Tukey"))) summary(y2) #Criei um sistema que segue abaixo. Consiste em trocar os códigos dos níveis do fator Linhagens Linhagens=c('L2', 'L2', 'L1', 'L1', 'L2', 'L2', 'L1', 'L1', 'L2', 'L2', 'L1', 'L1') Linhagens=as.factor(Linhagens) y=data.frame(Proteína, Linhagens, Peso) a=subset(y, Linhagens == "L1") m2=aov(Peso~Proteína+Linhagens+Proteína*Linhagens) #Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2, OK!!! Agora temos o resultado correto!!! y1=with(a, glht (m2, linfct = mcp(Proteína = "Tukey" ))) summary(y1) Perguntas. Alguém tem uma solução mais fácil? Prática? Como trocar o código dos níveis dos fatores de maneira mais fácil? Obrigado desde já por qualquer colaboração. Emmanuel Arnhold

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Pintando os ladinhos de uma distribuição normal com o comando polygon {graphics}
by Augusto Ribas 01 Abr '11

01 Abr '11

Olá pessoal. Bem eu estava lendo um livro aqui, o The R Book do M. J Crawley(2007) E na pagina 212 tem uma figura que to tentando reproduzir mas num to conseguindo. A ideia é mais ou menos o seguinte. #Primeiro temos la um plot de uma curva de distribuição normal com 3 desvios: x<-seq(-3,3,0.01) y<-exp(-abs(x)^2) plot(x,y,type="l") #Dai se no exemplo dele ele fala que se trata de dados de alturas de pessoas, onde a media é 170cm e desvio padrão de 8cm #dai eu mudei o eixo X da seguinte forma altura<-170+(8*x) plot(altura,y,type="l") #dai o grafico fica com a a distribuição baseado no dados em questão altura e nao em unidades de desvio. #então chega o meu problema, ele nao deixo codigo de como faze o pintadinho de ver a chande de alguma coisa. #por exemplo, alturas menores de 162, qual a chance de ver alguem menor de 162. #eu vi naquelas listas de graficos que tem codigo que da pra marcar isso com o comando polygon #mas eu nao to conseguindo usalo direito pra isso, e no help dele os exemplos nao me ajudaram muito #algo assim plot(altura,y,type="l") polygon(c(146,162,162),pnorm(c(-3,-1,-3)),col="black") #mas eu nao quero fazer um triangulo, tinha que ser aquela curvinha seguindo os valores de y, mas ai como ter varios #valores de y ao longo dos de x pra fica bonitinho que eu nao to conseguindo, acho que olhando a figura da pra entender #minha duvida Obrigado a todos. -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Criar arquivo
by Victor Eduardo 01 Abr '11

01 Abr '11

Galera, além do Write, existe algum outro arquivo que faça eu criar um arquivo em txt? Quero armazenar as linhas de uns arquivos que selecionei, por exemplo, tem algumas das delas aqui: V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 V10 V11 V12 V13 V14 V15 9 8200 2010 5 22 16 0 -49.7 -29.4 4 -9999 1019 1019 106 1.6 294.6 15 8203 2010 5 22 16 0 -52.7 -31.4 464 -9999 967 1021 60 4.3 291.9 24 8238 2010 5 22 16 0 -54.5 -25.6 231 -9999 988 1014 68 2.2 296.8 26 8240 2010 5 22 16 0 -53.6 -26.3 810 -9999 924 1016 63 5.0 293.2 64 8209 2010 5 22 16 0 -49.3 -26.9 86 -9999 1009 1019 176 1.3 293.8 68 8204 2010 5 22 16 0 -53.5 -30.5 450 -9999 970 1022 67 7.5 293.4 Abraços!

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string
by Daniel Marcelino 01 Abr '11

01 Abr '11

Caros, como eu poderia escrever um loop para retirar todos os caracateres que estão antes e depois da "/" na string abaixo e colocando-os em novas variáveis? Ex. data <-c("155 - VITAL DO REGO FILHO - PB - Senador", "1111 - - PP - - Deputado Federal / 25888 - ATAIDES MENDES PEDROSA - PB - Deputado Estadual", "1111 - - PP - - Deputado Federal / 22333 - EDNALDO PEREIRA DE SANTANA - PB - Deputado Estadual", "151 - JOSE WILSON SANTIAGO - PB - Senador", "45123 - ANTONIO HERVAZIO BEZERRA CAVALCANTI - PB - Deputado Estadual", "1212 - DAMIÃO FELICIANO DA SILVA - PB -Deputado Federal")

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Res: Res: Res: [R_STAT] Dados não balanceados!
by Walmes Zeviani 01 Abr '11

01 Abr '11

Thiago, Se no seu modelo você tiver que estimar efeitos da interação clone:local, um dos efeitos será não estimável por não possuir informação amostral para ele, no coef() do modelo vai haver um NA para esse termo. Por outro lado, se essa interação clone:local for desprezada (assumida ser zero, não fizer sentido, etc), o desbalanceamento não vai impedir você de estimar os efeitos principais. No primeiro caso, caso exista interação, você terá dificuldade para testar efeitos principais, embora não exista o mínimo de sentido testar os efeitos principais na presença de interação, no entanto alguns softwares usam algumas restrições e coisa e tal e fazem testes para os efeitos principais na presença de interação em delineamentos com perda completa de casela, um esforço um tanto desnecessário. Se a interação é não significativa você pode ajustar um modelo com apenas os efeitos principais e estima-los e testar hipóteses a respeito tranquilamente. Outra saída é considerar o efeito de local e suas interações como aleatório. Daí a coisa saí fácil porque a estimação vai importar informação das demais observações. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== *De:* Thiago De paula protásio <depaulaprotasio(a)yahoo.com.br> *Para:* R_STAT(a)yahoogrupos.com.br *Enviadas:* Quinta-feira, 31 de Março de 2011 19:20:24 *Assunto:* Re: Res: Res: [R_STAT] Dados não balanceados! Pessoal; Necessito da grande ajuda de vcs.... Tem um delineamento em esquema fatorial, mas os dados estão desbalaceados. Nesse caso, um dos fatores não está completo.... Eu tenho 4 clones, 3 locais e 2 espaçamentos, mas para um dos clones eu não tenho todos os locais. Como posso proceder com essa estatística no R? O Walmes já me deu alguns toques sobre algo parecido a algum tempo.... Conto com vcs! Muito obrigado! --- Em *sáb, 12/2/11, walmes zeviani <walmeszeviani(a)yahoo.com.br>* escreveu: De: walmes zeviani <walmeszeviani(a)yahoo.com.br> Assunto: Res: Res: [R_STAT] Dados não balanceados! Para: R_STAT(a)yahoogrupos.com.br Data: Sábado, 12 de Fevereiro de 2011, 13:21 Thiago, Como o Ivan disse, a coisa do teste dos termos do modelo ou anova, pode ser empregada a car::Anova(..., type="III"). Mas os cuidados com desbalanceamentos atravessam a fronteira da anova. Os testes de médias (ou demais inferências) não são mais baseados nas médias amostrais, uma vez que essas são viesadas devido a perda de ortogonalidade causada pelo desbalanceamento. O que deve ser obtido são as médias ajustadas que requerem manipulação matricial do vetor de solução do sistema linear, ou coef(modelo.lm). Antes de tudo isso, deve se saber se o seu desbalanceamento não comprometeu a estimação dos efeitos, pois existem duas "intensidades" de desbalanceamento: * apenas perda de repetições: aqui toda combinação entre níveis dos fatores tem pelo menos uma repetição com observação, e.g. fator A (A1,A2,A3) e B (B1,B2) todas as 6 combinações de A com B possuem pelo menos uma observação. Aqui todos os efeitos podem ser estimados embora com erros padrões diferentes em função do desbalanceamento. * perda de caselas: aqui pelo menos uma combinação dos níveis dos tratamentos não foi observada, e.g. fator A (A1,A2,A3) e B (B1,B2) alguma das 6 combinações foi completamente não observada (e.g. A1B1). Nesse caso não é possível estimar alguns efeitos justamente por não haver as observações experimentais correspondentes para estimá-los. No caso de dois fatores sem interação entre eles tem um exemplo na página de Rídiculas do LEG que fiz ontem para outro fim. Quem sabe possamos fazer uma Rídicula com o seu problema. http://www.leg.ufpr.br/doku.php/ridiculas À disposição. Walmes. ============================================================ Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br / @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes ============================================================ ------------------------------ *De:* Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman(a)yahoo.com.br> *Para:* R_STAT(a)yahoogrupos.com.br *Enviadas:* Sábado, 12 de Fevereiro de 2011 10:38:53 *Assunto:* Res: [R_STAT] Dados não balanceados! Bom dia Thiago!! Nestes casos é aconselhável vc utilizar a soma de quadrados do tipo III. Para obter resultados semelhantes a alguns softwares consagrados vc pode utilizar a reparametrização do tipo soma zero. Para isso: options(contrasts = c("contr.sum", "contr.helmert")) library(car) modelo <- lm( y ~ A*B) Anova(modelo, type="III") Abraço. (S,f,P) Allaman *M.Sc Ivan Bezerra Allaman* Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA **email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9925-6428 ------------------------------ *De:* Thiago De paula protásio <depaulaprotasio(a)yahoo.com.br> *Para:* R_STAT(a)yahoogrupos.com.br *Enviadas:* Sábado, 12 de Fevereiro de 2011 10:20:28 *Assunto:* [R_STAT] Dados não balanceados! Olá Pessoal; Estou precisando de algumas orientações para rodar um um fatorial com dados desbalaceados. Espero que alguém posso me ajudar com alguma função ou material. Muito obrigado! Bom final de semana a todos!!

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Implementação em C
by Fernando Henrique Toledo 01 Abr '11

01 Abr '11

Lista, boa noite. Gostaria de pedir a quem possa algumas dicas e tutoriais que me posibilitem um maior entendimento do processo de implementação de funções em C e uso dessas mesmas no ambiente R! Na verdade não programo em C, mas estou enfrentando certos problemas com algumas funções que crio no R, pois o tempo de processamento delasestá um pouco impeditivo. Li alguns tutoriais do R e do GCC, mas ainda não tenho conhecimento suficiente para enveredar por esse lado. Assim gostaria de saber da experiencia de vocês quanto a isso. fico no aguardo, att, Fernando H

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Gráfico de surface
by Ana Lúcia Souza Silva Mateus 01 Abr '11

01 Abr '11

Como fazer um gráfico de surface no R? Grata Ana

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Testar ângulos de componentes principais
by Ivan Bezerra Allaman 31 Mar '11

31 Mar '11

Boa tarde senhores! Mais uma vez venho recorrer ao auxílio dos senhores. Estou querendo testar se o ângulo entre componentes principais de 3 populações são iguais a zero. Suponhamos 3 populações: POP1, POP2 e POP3. Para cada população eu calculei um componente principal (PC). O interesse é se avaliar se um determinado estudo pode ser feito utilizando um único componente principal, considerando os dados agrupados, ou se é necessário fazer o estudo em separado para cada população. Segundo o material que estou seguindo, o autor calculou o ângulo entre cada componente principal de cada população e testou se estes são iguais a zero por meio do procedimento bootstrap. Chamando de @ o ângulo entre dois componentes principais, a hipótese de nulidade é: H0: @(POP1,POP2) = @(POP1,POP3) = @(POP2,POP3) = 0 Segundo o autor, o uso do procedimento bootstrap é direto. Nas suas palavras: "The bootstrap test procedure is straightforward: use the data to generate a modified data set that conforms to the null hypothesis, then repeatedly draw bootstrap samples and compute the test statistic, and finally compare the empirical distribution of the test statistic to the value calculated for the original data (Efron and Tibshirani, 1993)." É a primeira vez que utilizo o procedimento bootstrap, e estou tendo dificuldades de digerir o procedimento descrito pelo autor acima. Já li o livro do Efron (o tópico teste de hipóteses), mas não consigo entender como o procedimento consegue testar a hípotese de nulidade. Se for possível me darem uma luz eu agradeço. Abraços. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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Re: [R-br] Blocos incompletos no R
by Julia Maria 31 Mar '11

31 Mar '11

O experimento é em parcela subdividida com tratamentos principais dispostos em blocos incompletos balanceados. (Tese Iemma) Ele se dispõe da seguinte forma: V tratamentos principais dispostos em A blocos incompletos balanceados, com R repetições para cada tratamento principal, K tratamentos principais por bloco e U tratamentos secundários. Assim no experimento eu teria: V=4 tratamentos principais no experimento todo; K=2 tratamentos principais por bloco; R=3 repetições para cada tratamento principal; A=6 blocos; U=5 tratamentos secundários no ensaio. Assim, na primeira repetição do experimento eu teria somente 2 tratamentos primarios ao invés dos 4 (o que esta caracterizando o BIB) e dentro de cada tratamento primario, tenho os 5 secundários. Na segunda repetição, eu teria outro par de tratamento primario e dentro deles os 5 secndarios. Estou enviando uma figura com um tipo de croqui, do jeito que se encontra na tese.

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Margem de saída de gráfico
by Ana Lúcia Souza Silva Mateus 31 Mar '11

31 Mar '11

Bom dia .... Tenho necessidade de colocar 22 gráficos em uma página de saída do R, do jeito que estou fazendo so cabe 9 (para uma boa visualização gráfica). Qdo peço um par(mfrow=c(5,5)) ele da a seguinte mensagem: margens da figura mto grande. Existe uma forma de aumentá-la. Grata Ana

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{off topic) ubuntu usando wubi?
by Luis Iván Ortiz Valencia 31 Mar '11

31 Mar '11

Boa noite... Estou tentando instalar o Ubuntu no meu micro com windows. Voces recomendam usar o WUBI para instalar ou e melhor usar o caminho usual de particionar o hd ( este ultimo sendo muito confuso para mim ainda)? ivan

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