- R-br - DINF UFPR

leitura obrigatoria
by Benilton Carvalho 02 Mai '11

02 Mai '11

atualizada ha' 2 dias: http://www.burns-stat.com/pages/Tutor/R_inferno.pdf b -- Successful people ask better questions, and as a result, they get better answers. (Tony Robbins)

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experimentos em blocos
by rosanabarbosa＠inpa.gov.br 02 Mai '11

02 Mai '11

Boa noite a todos, Gostaria de saber do grupo como processar dados no R utilizando blocos perdidos. A instalação do experimento tem as seguintes características: uma área recebeu adubação e outra não. Em cada uma dessas áreas, possuem 3 blocos, ao acaso, para cada espécie plantada,cada bloco com 30 indivíduos, porém, existe bloco onde todas os indivíduos morreram(bloco perdido). Grata, Rosana.

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Filtrar data frame
by Marcos Silva 02 Mai '11

02 Mai '11

Companheiros, Rolou uma dúvida que não consegui resolver. Eu tenho o seguinte data frame (ou um pedacinho dele): Paciente Medic MEDICAMENTO AMERICO CALCITRIOL SACARATO DE HIDROXIDO FERRICO 100 MG INJET - FRASC AMERICO CALCITRIOL CALCITRIOL 0,25 MCG - POR CAPSULA AMERICO CALCITRIOL CALCITRIOL 0,25 MCG (POR CAPSULA) AMERICO CALCITRIOL SACARATO DE HIDROXIDO FERRICO 100 MG INJETAVEL (POR FRASCO D AMERICO CALCITRIOL ALFAEPOETINA 4.000 UI INJETAVEL (POR FRASCO-AMPOLA) AMERICO CALCITRIOL ALFAEPOETINA 4000 UI INJETAVEL - POR FRASCO - AM ANA LAMOTRIGINA INFLIXIMABE 10 MG/ML 10 ML INJETAVEL - TRATAMENTO ANA LAMOTRIGINA CICLOSPORINA 50 MG (POR CAPSULA) ANA LAMOTRIGINA INFLIXIMABE 10 MG/ML INJETAVEL (POR FRASCO-AMPOLA COM 10 ML ANA LAMOTRIGINA CICLOSPORINA 50 MG - POR CAPSULA Eu gostaria de aplicar um filtro de forma que me fosse retornado apenas os registros onde a string contida na coluna Medic estivesse contida na string contida em MEDICAMENTO (um match para falar em termos de expressões regulares). No data frame acima, o filtro me retornaria os registros 2 e 3 (se eu não me enganei). Acho que não é nada muito complicado, mas deu branco. Não consegui encontrar uma solução simples (nem complexa!). Espero que a questão esteja clara! Abs. -- Marcos F. Silva http://sites.google.com/site/marcosfs2006

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procurar valores de uma variavel que inicia com...
by Samuel Carvalho 30 Abr '11

30 Abr '11

Caros Alguem saberia me dizer como faço para o R me retornar os valores de uma variável que começa com uma letra especificamente? Por exemplo: dados$especie <- c('A', 'B', 'C', 'AB', 'AC'); e quero criar uma variavel dados$especie2 (com dados$especie) que iniciem com a letra 'A' me retornando portanto ('A', 'AB', 'AC') e evitar de se fazer dados$especie2 <- dados[dados$especie == c('A', 'AB', 'AC'),] valeu Samuel ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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Welch–Satterthwaite
by Fernando Henrique Toledo 30 Abr '11

30 Abr '11

Prezados colegas de lista, Realizei uma análise em DBC (4 repetições, 10 tratamentos, mais de uma colheita), conforme o modelo de parcelas subdividas no tempo, ou seja: y_{ijk} = \mu + t_i + r_j + (tr)_{ij} + s_k + (rc)_{jk} + (ts)_{ik} + e_{ijk}, assim nas os testes F (e o p-valor), para a fonte de variação colheita (s_k) deve ser feitas de acordo com as esperanças e para tal faz-se necessário a combinação de alguns quadrados médios, portanto tem que se realizar a aproximação por Welch-Satterthwaite, como posso realizar isso no R? Aberto a qualquer sugestão... Grato desde já! att, FH

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Como diferenciar planos em um grafico 3D.
by Claudio Carneiro 30 Abr '11

30 Abr '11

Walmes, A idéia é mais ou menos assim. Eu tenho uma função custo que depende de T1 e M1, eu queria plotar cada plano ( por exemplo para M1=1, etc) de cores diferente ou de símbolos diferentes para destacar qual o plano que contém o custo mínimo. Embaixo segue os dados, os valores de T1 estão abaixo de T1, e abaixo de M1=1 está os valores do custo para M1=1 e os T1's dados. T1 M1=1 M1=2 251.3 0.12627 0.094528 252.6 0.126112 0.094158 253.9 0.125953 0.093791 255.2 0.125794 0.093426 256.5 0.125634 0.093063 257.8 0.125473 0.092703 259.1 0.125312 0.092346 260.4 0.12515 0.091991 261.7 0.124988 0.091638 263 0.124825 0.091288 264.3 0.124661 0.090941 265.6 0.124497 0.090596 266.9 0.124333 0.090254 268.2 0.124167 0.089914 269.5 0.124001 0.089578 270.8 0.123835 0.089244 272.1 0.123668 0.088912 273.4 0.1235 0.088584 274.7 0.123332 0.088258 276 0.123163 0.087935 277.3 0.122994 0.087614 278.6 0.122825 0.087297 279.9 0.122654 0.086982 281.2 0.122483 0.08667 282.5 0.122312 0.086361 Desde já agradecido,Claudio Carneiro

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Dúvida contrastes glm binomial
by Alexandre dos Santos 30 Abr '11

30 Abr '11

Boa tarde pessoal, Tenho uma váriavel resposta binomial chamada Infestação (1 presença e 0 ausência de insetos) e dois fatores qualitativos que são vegetação (pastagem e floresta) e altitude (alta e baixa), além de parcelle que são as repetições no campo. Gostaria de fazer contrastes utilizando glm (family=binomial), então primeiro eu fiz: > m.full<-glm(Infestacao~Altitude*Vegetation*Parcelle, data=H.termes, family="binomial")# Modelo completo Mensagens de aviso perdidas: In model.matrix.default(mt, mf, contrasts) : variable 'Altitude' converted to a factor Já fiquei preocupado com essa mensagem, mais de qualquer maneira Altitude é um fator mesmo, então fiz: > summary(m.full) Call: glm(formula = Infestacao ~ Altitude * Vegetation * Parcelle, family = "binomial", data = H.termes) Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -1.0793 -0.4643 -0.4542 -0.2530 2.6296 Coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -3.2454 0.6030 -5.382 7.36e-08 *** Altitudebaixa 3.0243 0.6322 4.784 1.72e-06 *** Vegetationpature 0.9997 0.9678 1.033 0.30161 Parcelle 0.5115 0.2564 1.995 0.04602 * Altitudebaixa:Vegetationpature -3.0214 1.0505 -2.876 0.00403 ** Altitudebaixa:Parcelle -0.5256 0.2669 -1.969 0.04893 * Vegetationpature:Parcelle -0.9048 0.4561 -1.984 0.04729 * Altitudebaixa:Vegetationpature:Parcelle 0.9421 0.5024 1.875 0.06073 . --- Signif. codes: 0 *** 0.001 ** 0.01 * 0.05 . 0.1 1 (Dispersion parameter for binomial family taken to be 1) Null deviance: 1578.6 on 1532 degrees of freedom Residual deviance: 1317.2 on 1525 degrees of freedom AIC: 1333.2 Number of Fisher Scoring iterations: 5 Não tem superdispersão então fiz uma anova: > anova(m.full,test="Chi") Analysis of Deviance Table Model: binomial, link: logit Response: Infestacao Terms added sequentially (first to last) Df Deviance Resid. Df Resid. Dev P(>|Chi|) NULL 1532 1578.6 Altitude 1 94.613 1531 1484.0 < 2e-16 *** Vegetation 1 154.761 1530 1329.2 < 2e-16 *** Parcelle 1 0.248 1529 1329.0 0.61866 Altitude:Vegetation 1 6.511 1528 1322.5 0.01072 * Altitude:Parcelle 1 1.195 1527 1321.3 0.27440 Vegetation:Parcelle 1 0.491 1526 1320.8 0.48328 Altitude:Vegetation:Parcelle 1 3.577 1525 1317.2 0.05857 . --- Signif. codes: 0 *** 0.001 ** 0.01 * 0.05 . 0.1 1 Mensagens de aviso perdidas: In model.matrix.default(object, data = list(Infestacao = c(0, 0, : variable 'Altitude' converted to a factor Então fui reduzindo o modelo ate restarem as variáveis significativas, sendo: > anova(m3,test="Chi") Analysis of Deviance Table Model: binomial, link: logit Response: Infestacao Terms added sequentially (first to last) Df Deviance Resid. Df Resid. Dev P(>|Chi|) NULL 1532 1578.6 Altitude 1 94.613 1531 1484.0 < 2e-16 *** Vegetation 1 154.761 1530 1329.2 < 2e-16 *** Parcelle 1 0.248 1529 1329.0 0.61866 Altitude:Vegetation 1 6.511 1528 1322.5 0.01072 * --- Signif. codes: 0 *** 0.001 ** 0.01 * 0.05 . 0.1 1 Mensagens de aviso perdidas: In model.matrix.default(object, data = list(Infestacao = c(0, 0, : variable 'Altitude' converted to a factor > summary(m3) Call: glm(formula = Infestacao ~ Altitude + Vegetation + Parcelle + Altitude:Vegetation, family = "binomial", data = H.termes) Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -1.0824 -0.4636 -0.4554 -0.3072 2.4807 Coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -2.20627 0.23768 -9.283 < 2e-16 *** Altitudebaixa 1.91926 0.21846 8.785 < 2e-16 *** Vegetationpature -0.83836 0.36768 -2.280 0.02260 * Parcelle 0.01484 0.06585 0.225 0.82173 Altitudebaixa:Vegetationpature -1.10337 0.41007 -2.691 0.00713 ** --- Signif. codes: 0 *** 0.001 ** 0.01 * 0.05 . 0.1 1 (Dispersion parameter for binomial family taken to be 1) Null deviance: 1578.6 on 1532 degrees of freedom Residual deviance: 1322.5 on 1528 degrees of freedom AIC: 1332.5 Number of Fisher Scoring iterations: 5 Então posso deduzir, se é que agora fiz tudo certo, que a variável resposta é diferente entre altitude alta e baixa e entre vegetação de pastagem e floresta, agora gostaria de comparar altitude alta com as diferentes vegetações, só que não entendi porque a análise separou Vegetationbaixa e Vegetationpaturage e também não sei que fator a análise fixou no intercepto, Alguém saberia me explicar o que posso estar fazendo de errado, Obrigado, Alexandre dos Santos Ingenieur forestier, Msc. INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29

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alocacao de memoria no R
by Samuel Carvalho 29 Abr '11

29 Abr '11

Caros(as) Muitas vezes me deparo com problemas de alocação de memoria no R. Me retornando msg como 'nao foi possivel alocar vetor de comprimento x...' Alguem poderia me auxiliar em como aproveitar todo desempenho do micro nas analises? Dei uma olhada em memory.size() and memory.limit() e como estou usando o R em 32bit creio que ele so consiga enxergar 4gb de ram. Em resumo tenho interesse de usar em certas analises mais de 2 processadores e mais de 4gb de ram. []`s ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

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R e análise criminal
by David orais 29 Abr '11

29 Abr '11

Prezados colegas Alguém da lista usa o R para análise de dados criminais. Desde já agradeço. Atenciosamente David Morais Universidade Candido Mendes Rio de Janeiro - RJ

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Efeitos fixo e aleatório em Experimentos.
by Edson Lira 29 Abr '11

29 Abr '11

Boa tarde a todos. Estou dando uma estudada em Análise de Experimentos. Supondo que estou trabalhando com um fatorial 2X2 com repetições diferentes e efeitos fixos. No R como identifico o tipo de efeito fixo para a análise de variância? O efeito aleatório é o default, imagino. E as repetições perdidas, ou seja, os missings? Posso eliminá-las ? No caso de estimar as repetições perdidas comop proceder no R? p.s. algumas respostas já encontrei no Help, mas gostaria de ouvir os amigos da lista, para confirmar minha interpretação. []'s Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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plotar gráfico de dispersão com três variáveis
by Rodrigo Plei 29 Abr '11

29 Abr '11

Prezados, Como fazer para plotar um gráfico de dispersão mostrando três variáveis no mesmo gráfico? Tenho dados de profundidade, temperatura e salinidade. Gostaria que: 1) no eixo X inferior, ficasse plotado a relação profundidade~temperatura 2) no eixo X superior, icasse plotado a relação profundidade~salinidade O eixo Y seria o da profundidade. Alguma idéia? Agradeço desde logo, Rodrigo Em 28 de abril de 2011 18:36, Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com>escreveu: > Pessoal, > > Vejam o cartão de referência do R (no google: R reference card). Ele tem > todas essas opções de operadores lógicos, de datas, de horas, de importação, > parâmetros gráficos, distribuição de probabilidades, etc. Vale a pena ter > ele salvo no navegador ou impresso na gaveta mais próxima. > > À disposição. > Walmes. > > ========================================================================== > Walmes Marques Zeviani > LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) > Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná > fone: (+55) 41 3361 3573 > VoIP: (3361 3600) 1053 1173 > e-mail: walmes(a)ufpr.br > twitter: @walmeszeviani > homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes > linux user number: 531218 > ========================================================================== > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > -- =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> Rodrigo Silvestre Martins, PhD Bolsista FAPESP Pós-Doutorado Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B) Butantã - São Paulo/SP, Brasil 05508-900 Tel: +55 11 3091 6549 Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777

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comparação de substratos
by Gilson Sanchez 29 Abr '11

29 Abr '11

Pessoal mais uma vez precissando ajuda de vc's Estou com um experimento de 3 especies de mudas com 6 tratamentos (substratos) e 3 repetições (exemplo abaixo) eu estou fazendo uma comparação dos substratos por espécie individualmete, mas eu não consigo fazer a compração entre os tratamentos com as espécies, ou seja eu quero comparar trata1 entre as espe1, espe2, e espe3; trat2 entre as esp1, esp2 e esp3 e assim por diante. algem pode ajudar. assi eu teria uma tabela com Tukey na linha compração dos substratos por éspecie indivualmente e na coluna comparação dos substratos entre as espécies. obrigado ############################### ### ANALIZANDO VARIAVEL nf1 ### ############################### #ANÁLISE DE VARIÂNCIA anova.nf<-aov(nf~trat, data = dados) anova(anova.nf) #COMPRAÇÃO DAS MÉDIAS TUKEY 5% require(laercio) LTukey(anova.nf,"trat") # TESTE DE TUKEY ### TESTES DE HOMOGENEIDADE DE VARIÂNCIAS bartlett.test(nf~trat) ### TESTE DE NORMALIDADE shapiro.test(residuals(anova.nf)) Dados: especie trat nf dc alt pts... esp1 1 2 3 4 5 esp1 1 2 3 4 5 esp1 1 2 3 4 5 esp1 2 2 3 4 5 esp1 2 2 3 4 5 esp1 2 2 3 4 5 ... esp1 6 2 3 4 5 esp2 1 2 3 4 5 esp2 1 2 3 4 5 esp2 1 2 3 4 5 esp2 2 2 3 4 5 esp2 2 2 3 4 5 esp2 2 2 3 4 5 ... esp2 6 2 3 4 5 esp3 1 2 3 4 5 esp3 1 2 3 4 5 esp3 1 2 3 4 5 esp3 2 2 3 4 5 esp3 2 2 3 4 5 esp3 2 2 3 4 5 ... esp1 6 2 3 4 5 -- MSc. Gilson Sánchez Chia Laboratório de Fisiologia Vegetal Embrapa Amazônia Ocidental Fone: (92) 3303-7841 --- Antes de imprimir, pense na sua responsabilidade com o Meio Ambiente. Please consider the environment before printing this email. Renew, Reduce and Recycle. The Planet Knows.

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Teste logica para comando subset{base}
by Augusto Ribas 28 Abr '11

28 Abr '11

Ola pessoal. Venho aqui novamente com um problema que deve ser bem simples, mas pra mim ta difícil pensar. Suponhamos que eu tenha dados assim: #exemplo test<-matrix(c(rep(1:3,each=5),rep(4,each=4),runif(38)),byrow=F,nrow=19) Basicamente a primeira coluna é um fator e as demais colunas são as medidas dela. Eu queria selecionar os levels do fator que tem 5 ou mais medidas. (Nesse exemplo seria o levels 1,2 e 3 da coluna 1 do test) Então o level 4 não é pra entrar. Acredito que seria com o comando subset, mas eu nao consegui visualisar como seria um teste de logica pra fazer isso. Nem achei um exemplo pra essa situação dando sopa pela net ou na documentação dele. Se alguem puder dar uma ajudinha. Obrigado. -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org/ http://dhost.info/augusto/ Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Minimum Convex Polygon Estimator - mcp {adehabitatHR}
by Augusto Ribas 28 Abr '11

28 Abr '11

Ola Galera. Bem eu estou tendo dificuldade com essa função que calcula o Minimo polígono convexo. Eu tinha feito uma pergunta e a Nory, o Benilton , o Walmes e o Gustavo estavam me dando uma mão. Mas me parece que eu fui querer ser muito economico no exemplo e não consegui realmente resolver meu problema. Bem vou tentar dar um exemplo melhor: Então, eu quero calcular o Minimo polígono convexo para um data-set, procurei no google e vi que o pacote adehabitatHR tem a função mcp que faz isso. Começei a ler a documentação que vi no pacote( http://cran.r-project.org/web/packages/adehabitatHR/vignettes/adehabitatHR.… ). E primeiro fui replicar o exemplo dele: ##Exemplo proposto na documentação## library(adehabitatHR) #coordenadas da especie 1 xy <- matrix(runif(10), ncol = 2) #coordenadas da especie 2 xy2 <- matrix(runif(10), ncol = 2) #juntando as 2 xyt <- rbind(xy, xy2) xyt #criando um id que é o nome das especies id <- gl(2, 5) id #preparando um data frame idsp <- data.frame(id) idsp #função coordinates que por os valores gerados ali em cima como coordenadas no dataframe, é uma função deste pacote coordinates(idsp) <- xyt class(idsp) idsp #calculando o mcp e fazendo o plot mcp(idsp) plot(mcp(idsp)) Até aqui tudo bem, exatamente isso que eu queria fazer, então fui tentar com meus dados que tenho aqui: #Meu dados estão mais ou menos assim: test<-matrix(c(rep(1:3,each=5),rep(4,each=4),rep(5,each=6),runif(50)),byrow=F,nrow=25) test test<-as.data.frame(test) test[[1]] <- as.factor(test[[1]]) str(test) #tentando replicar o exemplo #criando nome das especies id<-test[,1] id #preparando dataframe idsp<-data.frame(id) idsp #inserindo coordenadas coordinates(idsp)<-test[,2:3] #tudo ok idsp mcp(idsp) # At least 5 relocations are required to fit an home range #pimba, da uma msg de erro, pois tem uma especie que tem menos de 5 locais e nao pode se traçar o homerange dela por esse metodo #dai veio minha necessidade de tirar ela do dataframe. #então seguindo Benilton e Gustavo bleh<-rle(sort(as.character(test[, 1]))) bleh<-bleh$values[bleh$lengths > 4] test2<-test[test[, 1] %in% bleh, ] test2 #aqui achei que era exatamente assim que tinha que se parecer o dataframe, ai la fui eu denovo id<-test2[,1] id idsp<-data.frame(id) idsp coordinates(idsp)<-test2[,2:3] idsp mcp(idsp) #tive a mesma mensagem denovo, ai pensei que na função do cara talvez exija o level, e tem um level la que ficou vaziu, o 4. #então eu tirei levels(id) levels(test2[,1]) test2[,1]<-factor(test2[,1]) levels(test2[,1]) id<-test2[,1] levels(id) idsp coordinates(idsp)<-test2[,2:3] #ai parei aqui, não conseguir ver a diferença aqui do exemplo la em cima que é dado documentação do pacote. #Bem é isso -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org/ http://dhost.info/augusto/ Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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Enc: Linux ubuntu
by Luciana Melo 28 Abr '11

28 Abr '11

continuo aguardando resposta --- Em ter, 19/4/11, Luciana Melo <melo_lucavalcanti(a)yahoo.com.br> escreveu: De: Luciana Melo <melo_lucavalcanti(a)yahoo.com.br> Assunto: Linux ubuntu Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Data: Terça-feira, 19 de Abril de 2011, 18:03 Prezados, Preciso instalar o R-project num sistema linux ubuntu e depois de vários erros na tentativa o sistema me indicou o R Kward. Pergunta: é a mesma coisa? Grata, Luciana Melo

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Re: [R-br] [R_STAT] Modelagem do Exemplo 3.8 do livro de Multivariada da Mingoti [2 Anexos]
by Vinicius Brito Rocha 28 Abr '11

28 Abr '11

Vanderlei, primeiro esse grupo está sendo desativado. O grupo novo é o r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br. A respeito da sua dúvida basta vc definir a variável como um fator. as.factor(variavel) Att. Vinicius Em 28 de abril de 2011 15:11, Vanderlei Borges <vanderwalls28(a)yahoo.com.br>escreveu: > > [Anexos <#12f9d4fcebe8afa9_TopText> de Vanderlei Borges incluídos abaixo] > > Passei aqui rapido e vir seu e-mail. Talvez estes dois exmplares tenham > algo pra voce. > > --- Em *qui, 28/4/11, samir_thompson <samir_thompson(a)yahoo.com.br>*escreveu: > > > De: samir_thompson <samir_thompson(a)yahoo.com.br> > Assunto: [R_STAT] Modelagem do Exemplo 3.8 do livro de Multivariada da > Mingoti > Para: R_STAT(a)yahoogrupos.com.br > Data: Quinta-feira, 28 de Abril de 2011, 14:33 > > > > Prezados, boa tarde! > Estou com uma dúvida para modelar! > Estou fazendo o exemplo 3.8 do Livro de Análise Fatorial da Mingoti. > > Ao chegar no final, me deparei com uma modelagem que contém como variável > dependente "ID" que é o Indice de Desenvolvimento, e "Tempo" e "Sexo" como > variáveis independentes. > > Só que a variável "Sexo" é 0 ou 1 e não sei como falar para o R que > "Sexo" é uma variável dummy, alguém poderia me ajudar. > > Segue os meus comandos até agora: > # Lendo os dados #: > Exemplo3_8_ID = read.delim("Exemplo 3.8_ID_Tabela.txt",header=T) > Exemplo3_8_ID > > # Grava as informações #: > attach(Exemplo3_8_ID) > Exemplo3_8_ID > > # Regressão Linear #: > res.lm = lm ( ID ~ Tempo + sexo , data=Exemplo3_8_ID) > res.lm > summary(res.lm) > > __._,_.___ > > Anexo(s) de Vanderlei Borges > > 2 de 2 arquivo(s) > Rcore_A handbook of statistical analyses using R1420079336.pdf<http://xa.yimg.com/kq/groups/11923275/1570948868/name/Rcore_A%20handbook%20…> > Rcore_Faraway.pdf<http://xa.yimg.com/kq/groups/11923275/551263925/name/Rcore_Faraway%2Epdf> > > <vanderwalls28@yahoo.com.br?subject=Res%3A%20Re%3A%20%5BR_STAT%5D%20Modelagem%20do%20Exemplo%203%2E8%20do%20livro%20de%20Multivariada%20da%20Mingoti>| através > de email<R_STAT@yahoogrupos.com.br?subject=Res%3A%20Re%3A%20%5BR_STAT%5D%20Modelagem%20do%20Exemplo%203%2E8%20do%20livro%20de%20Multivariada%20da%20Mingoti>| Responder > através da web<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJydXZ1c2U4BF9TAzk3N…>| Adicionar > um novo tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJmZnVodTNzBF9TAzk3N…> > Mensagens neste tópico<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/message/16052;_ylc=X3oDMTM3NXZxYjdt…>( > 2) > Atividade nos últimos dias: > > - Novos usuários<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/members;_ylc=X3oDMTJnN3Nvcm1nBF9TAz…> > 11 > > Visite seu Grupo<http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT;_ylc=X3oDMTJmcHRvYm40BF9TAzk3NDkwND…> > Não deixe de ir atrás da pessoa dos seus sonhos!<http://global.ard.yahoo.com/SIG=15mpbqt62/M=758712.14532720.14422460.129601…> > [image: Yahoo! Grupos]<http://br.groups.yahoo.com/;_ylc=X3oDMTJlbXF0bHVxBF9TAzk3NDkwNDM1BGdycElkAz…> > Trocar para: SÃ³ Texto<R_STAT-traditional@yahoogrupos.com.br?subject=Mudar+Formato+de+Envio:+Tradicional>, > Resenha DiÃ¡ria<R_STAT-digest@yahoogrupos.com.br?subject=Envio+de+email:+Resenha>• Sair > do grupo <R_STAT-unsubscribe(a)yahoogrupos.com.br?subject=Sair+do+grupo> • Termos > de uso <http://br.yahoo.com/info/utos.html> > . > > __,_._,___ > -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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dados desbalanceados
by rosanabarbosa＠inpa.gov.br 28 Abr '11

28 Abr '11

Boa noite, Estou trabalhando em uma pesquisa, onde os dados estão desbalaceados, ou seja, dentro das repetições existem muitas espécies que morreram e também existem repetições que não há nenhum indivíduo vivo,surgindo assim, os excessos de zeros. tem-se outras situações, como: ausência de normalidade e homogeneidade. Fiz a transformação pelo boxcox e também pelo raiz quadadra, ainda sim continuam com os mesmos problemas. Outra dúvida: qual a implicação de utilizar para anova "aov" para estes dados. espero respostas. grata, Rosana

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grafico_dados longitudinais
by Ayuni Sena 28 Abr '11

28 Abr '11

Boa Noite Pessoal, Estou precisando muito de uma ajuda com graficos... Tenho um conjunto de dados longitudinais desbalanceados, onde cada amostra foi medida duas ou tres vezes (dependendo da amostra) com intervalos de 1 a 2 anos entre as medições. Eu gostaria de plotar em um gráfico X1~X2, de modo que os pontos que correspondem a mesma unidade amostral, porem em tempos diferentes, possam ser ligados, unidos um ao outro, mostrando o que aconteceu com a unidade amostral de um ano pro outro (aumentou X1 em função do aumento de X2, por exemplo). Lembrando que nem X1 nem X2 correspondem a variavel tempo. Quero fazer algo semelhante a figura que esta disponivel no seguinte link: http://www.datafilehost.com/download-e7370438.html Alguem sabe como fazer isso no R? Abraços Ayuni

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Como diferenciar planos em um grafico 3D.
by Claudio Carneiro 28 Abr '11

28 Abr '11

Oi pessoal, Estou com um problema, eu tenho uma função que depende de duas variáveis. Estou com os pontos para vários planos, bastando plotar. Plotei usando a função scatter3dplot(). Porém agora eu gostaria de diferenciar as curvas feitas em cada plano( por exemplo na cor), como eu posso fazer isso? Qualquer ajuda será bem vinda. Obrigado

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grafico complexo...
by Ayuni Sena 28 Abr '11

28 Abr '11

Pessoal, lá vai mais uma mega duvida.... Eu preciso gerar um gráfico muito parecido com a figura disponivel no link: http://www.datafilehost.com/download-f1ba4ceb.html Existe apenas uma pequena diferença: No meu caso, o eixo Y é repesentado pela variável N o eixo X pela variavel D Foram ajustados os seguintes modelos: 1 - N~SSasymp(D) #Regressao assintotica do livro do Pinheiro e Bates (2000) - Mixed effect models 2 - D ~ b0*N^b1*hdc^b2 3 - V ~ b3*D^b4*hdc^b5*N^b6 A partir destes modelos, quero plotar no gráfico as isolinhas que correspondem a: 1 - 100%, 55%, 40% e 15% da curva N~SSasymp(Dq) - isso vai gerar apenas um deslocamento da curva para baixo, mantendo o mesmo comportamento. 2 - a partir do modelo 2, obtemos a seguinte equação: N = (D/(b0*hdc^b2))^(1/b1) e assim, quero plotar no grafico as isolinhas correspondente a hdc=5, hdc=10, hdc=15, hdc=20, e assim por diante... (existirá o mesmo paralelismo entre as isolinhas relatado no passo acima) 3 = a partir do modelo 3, obtemos a seguinte equação: N = (V/(b3*D^b4*hdc^b5))^(1/b6) e assim, quero plotar as isolinhas correspondentes a V=50, V=100, V=150, e assim por diante.... (existirá o mesmo paralelismo entre as isolinhas relatado no passo acima) os passos nº 1 e nº 2 eu consegui fazer com auxilio dos comandos "seq" e "lines", da seguinte forma: #passo 1: N100<-779.36+(26947.92)*(exp(-exp(-1.29)*D)) N55<-428.648+(14821.356)*(exp(-exp(-1.29)*D)) N40<-311.744+(10779.168)*(exp(-exp(-1.29)*D)) N15<-116.904+(4042.188)*(exp(-exp(-1.29)*D)) plot(D, N, xlab=" Dq (cm)", ylab="Número de plantas por hectare (N/ha)", ylim=c(0,5000)) lines(dq,n100,type="l", lty=1, lwd=1) lines(dq,n55,type="l", lty=2, lwd=1) lines(dq,n40,type="l", lty=1, lwd=1) lines(dq,n15,type="l", lty=2, lwd=1) #passo 2: b0=25.360699 b1=-0.303046 b2=0.51502 b3=0.0000377 b4=2.2286023 b5=0.7798658 b6=0.9907735 D<-seq(from=5.5, to=21, lenght.out=1061) hdc<-seq(from=7, to=31,5, lenght.out=1061) N1<-(D/(b0*15^b2))^(1/b1) N2<-(D/(b0*20^b2))^(1/b1) #etc etc etc plot(DQ, NHA, ylab="Densidade de plantas por hectare (N/ha)", xlab="Dq (cm)") lines(D, N1,type="l", lty=1, lwd=1) lines(D, N2,type="l", lty=1, lwd=1) #etc etc etc Com auxílio desta rotina eu nao consegui fazer o passo 3.... Alguem teria uma sugestão melhor???????????????????????????? Agradeço a atenção de todos! Ayuni

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Re: [R-br] regressão multivariada
by Ivan Bezerra Allaman 28 Abr '11

28 Abr '11

Oi Ayuni, Nos últimos dois meses, estou estudando um pouco sobre análise multivariada, e até onde eu entendi, a análise de correlação canônica é uma extensão da análise de regressão múltipla. Neste tipo de análise você têm um grupo de variáveis dependentes e outro grupo de variáveis independentes. Dê uma olhada na teoria, acho que é o que você procura. O bom pacote que achei para fazer estes tipos de análises e a "candisc". Baixe o pdf do pacote e veja como utilizar as funções. Outro pacote que gera gráficos ótimos nestes casos é o "heplot". Só para lembrar, a candisc trabalha com variáveis canônicas. Veja em qual caso ela se aplique, pois pode ser que a utilização de componentes principais seja mais apropriado. Você poderia fazer também: modelo <- lm(cbind(var1, var2, etc..) ~ x1 + x2 + etc...) summary(modelo) Dê uma olhada na MASS para estes tipos de utilização. Abraços. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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regressão multivariada
by Ivan Bezerra Allaman 28 Abr '11

28 Abr '11

Opa!! Certinho Benilton!! Aquele caso se aplica quando o interesse é uma MANOVA. Ayuni, Desconsidere a parte da lm, ok? No entanto, os demais comentários se mantém. Apenas uma correção se vc me permite. A library "candisc", permite fazer um ajuste quando você tem um grupo de variáveis dependentes numéricas e um grupo de variáveis independentes como fatores ou do tipo dummy. Se vc quer fazer uma análise de regressão multivariada em que se tem dois grupos de variáveis numéricas propriamente ditas (matriz Y e X) aí você pode dar uma olhada no pacote "CCA" que ele tem as funções para isso. Compare as funcionalidades dos dois pacotes (candisc e CCA). Abraço. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

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Re: [R-br] R² ajustado de Modelos Não Lineares! - complementando mensagem
by Mauro Sznelwar 28 Abr '11

28 Abr '11

Eu copiei direto do corpo da mensagem Obrigado pelo retorno, mas originou uma só coluna em vez de duas, veja um trecho: Dias 1 Tambaqui 2 0 3 6.09 4 0 5 6.09 6 0 7 6.09 8 30 9 65.73 10 30 11 52.00 12 30 13 53.13 14 60 15 105.88 16 60 17 115.80 18 60 Olá Mauro. O comando "clipboard" extrai da área de trasnferência. Faça o seguinte. digite o comando abaixo e deixe o cursor no final do texto, após ) x=read.table('clipboard', h=T) Vá para a tabela em um arquivo de texto ou planilha e copie para a área de transferencia Volte para a área de trabalho do R e digite enter Pronto, o R recupera da área de transfêrência e vc cria o objeto x com a tabela que vc quiser. Valeu.

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porque não recebo meus e-mails enviados para a lista
by Luciana Melo 28 Abr '11

28 Abr '11

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R² ajustado de Modelos Não Lineares!
by Thiago De paula protásio 27 Abr '11

27 Abr '11

Pessoal; Gostaria de perguntar-lhe uma coisa: Como faço para extrair o R² ajustado dos modelos não lineares?Agradeço-lhes qualquer ajuda! Att., Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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Converter valores em numeros 1 correspondentes
by Alexandre dos Santos 27 Abr '11

27 Abr '11

Boa tarde amigos do R, Estou com uma conversão que imagino ser bem complicada de fazer, preciso pegar vários objetos como por exemplo um deles: > m.2 [1] 5 2 1 2 2 1 1 5 6 8 2 1 3 6 2 12 7 2 19 1 1 3 7 2 3 2 1 1 4 5 1 3 2 1 3 8 3 37 3 3 2 2 3 1 1 1 1 1 4 3 1 4 2 1 3 3 55 5 1 3 3 1 1 4 E converter para um novo vetor somente com números 1 correspondentes a cada um dos valores em m.2 , obviamente que os valores que já são 1 não seriam modicados, mas o primeiro valor o 5, seria substituido por 1 1 1 1 1, o 2 por 1 1 , assim successivamente para todos os valores, Alguém poderia me dar uma luz, se é que tem jeito, Obrigado, Alexandre dos Santos Ingenieur forestier, Msc. INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29

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Comando para organizar os dados da planilhas
by Victor Eduardo 27 Abr '11

27 Abr '11

Como eu posso organizar uma planilha gigantesta de acordo com o dado apenas da primeira coluna? Por exemplo, tenho uma planilha com a primeira coluna com vários dados misturados e queria colocar em ordem, por exemplo, os dados são A801, A878, A602, A652, no caso queria que organizasse meus dados da planilha em A602, A652, A801, A878. Abraços

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Problemas com leitura do arquivo
by Victor Eduardo 27 Abr '11

27 Abr '11

Galera, como faço para ler um arquivo que tem essa cara: A322 2011 04 24 00 12.5 23 20.6 20.7 20.6 93 93 92 19.4 19.5 19.3 922.0 922.1 921.5 2.1 103 3.9 -2.790 0.0 / //// ///// ///// = A811 2011 04 24 00 12.7 15 12.3 13.1 12.3 56 59 55 3.9 5.2 3.8 964.3 964.3 964.1 5.9 223 9.3 -3.540 0.0 / //// ///// ///// = A008 2011 04 24 00 12.4 23 20.5 21.1 20.1 64 66 62 13.4 13.6 13.4 888.8 888.8 888.4 2.0 98 3.3 -4 0.0 / //// ///// ///// = A025 2011 04 24 00 12.6 25 21.4 22.7 20.8 73 75 67 16.4 16.6 15.9 927.3 927.3 926.7 1.7 232 2.6 -3.536 0.0 / //// ///// ///// = Eu uso o read.table normal, mas fica dando o seguinte erro: Erro em scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings, : linha 53 não tinha 29 elementos Abraços

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Dúvida para obtenção do poder do teste
by Olympio Neto 27 Abr '11

27 Abr '11

Pessoal, bom dia. Estou com uma dúvida. Pretendo calcular o poder do teste via simulação para dados de correlação intra-classe. Que eu saiba, não existe um método formal para isso. Assim, como pretendo fazê-lo via simulação gostaria de saber o seguinte: Devo replicar a amostra que tenho (como é feito no bootstrap) e tomar o número de vezes em que o teste foi menor que meu nível de significância, ou estes dados devem ser gerados aleatoriamente? O problema é que não há uma distribuição evidente para estes dados. Outra coisa, se for utilizar os dados que já disponho, posso alterar o número de elementos na reamostragem para verificar o efeito do tamanho da amostra no poder do teste e a fim de gerar um gráfico? Por exemplo, a amostra tem 100 avaliações, quero saber o poder do teste com 10, 30, 70 e 90, além das 100... é incorreto proceder dessa maneira? Muito obrigado pela atenção. Olympio

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Teste de Aderência
by Cristiano Melo 27 Abr '11

27 Abr '11

É o seguinte: tenho em um arquivo txt um vetor que representa tempos até a falha de equipamentos. Gostaria de fazer alguns teste de aderência para verificar se estes dados se aproximam de algumas distribuições de probabilidade. Usei o lillie.test(dados) para verificar se dos dados aderem a uma distribuição nomal. No entanto, gostaria de verificar se estes mesmos dados (e algumas variações) se aderem a uma exponencial, gamma e weibull. Sei que a função é a ks.test(x, y,..., alternative=c("two.sided" "less" or "greater")) para o teste de Kolmogorov-Smirnov. Para testar normalidade com a função ks, fiz o seguinte: ks.test(vetor, "pnorm", sd=sd(vetor), mean=mean(vetor),alternative=c("two.sided")). Curioso que o resultado foi bem diferente da lillie.test, a seguinte mensagem foi apresentada: Warning message: In ks.test(vetor, "pnorm", sd=sd(vetor), mean=mean(vetor),alternative=c("two.sided")), : não é possível calcular os níveis descritivos corretos com empates. O que isso quer dizer??????? Quando tentei usar outra distribuição, pweibull por exemplo, o p-value foi menor que 2.2e-16, ou seja, nada a ver, e repetindo a mesma frase anterior. O mesmo resultado foi com as outras. Como não sei a sintaxe para weibull fiz o seguinte: ks.test(vetor, "pweibull", 1.129, 2,alternative=c("two.sided")) Onde estou errando? Vi que para montar uma pweibull são necessários o vetor de quantis e os parâmetros shape e scale. É necessário fazer separado e quardar em uma variável e depois jogar na ks? Como consigo esse vetor de quantis? Achei que seria automático. Estou correto se fizer assim: ks.test(vetor, "pweibull",10,2) E tem alguma forma de estimar os parâmetros shape e scale desta função?

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Análise de Cluster em R
by karla Sabrina Magalhaes 26 Abr '11

26 Abr '11

> Prezados, > > Estou precisando rodar uma análise de Cluster em R, será que alguem sabe > como posso fazer isto, pois não consegui achar o tutorial na internet. > Alguem já fez este tipo de análise, pois não estou conseguindo, fazer os comandos. > > Aguardo respostas > Grata, > > -- > -- > Atenciosamente, > Karla Sabrina Magalhães > Bióloga - Mestranda em Bioengenharia Celular e Tecidual - UFSJ > MASP - 1240384 - 6 > > > > > -- -- Atenciosamente, Karla Sabrina Magalhães Bióloga - Mestranda em Bioengenharia Celular e Tecidual - UFSJ MASP - 1240384 - 6

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Re: [R-br] R² ajustado de Modelos Não Lineares!
by Thiago De paula protásio 26 Abr '11

26 Abr '11

Ótima sugestão Walmes.....Já estou utilizando essa maneira simplificada de cálculo!!! Obrigado!Att., Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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Teste de Autocorrelação Residual! Durbin-Watson!
by Thiago De paula protásio 26 Abr '11

26 Abr '11

Pessoal; Novamente conto com a experiência de vcs! Gostaria de fazer um teste para a comprovação ou não da presença de autocorrelação residual de modelos não lineares......uma vez que isso pode deixar as estimativas de y tendenciosas...... Para equações lineares eu sempre usei a função dwtest() do pacote lmtest, mas para modelos não lineares essa função não é válida..... Gostaria de perguntar-lhes se existe alguma função pronta no R para que eu possa realizar esse teste! Qualquer ajuda ou opinião é sempre muito bem vinda!Att., Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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regressão logística com wls
by Andre Guimaraes 26 Abr '11

26 Abr '11

Prezados, Busco referências sobre regressão logística binária com mínimos quadrados ponderados (usando lrm com weights) no seguinte cenário: 1) amostra desbalanceada (n0=10000, n1=700); 2) pesos (sampling weights) para reequilibrar a amostra (w0=1, w1=14.2857); e 3) após a modelagem, ajuste do intercepto para refletir a % esperada de 1’s na população (ex. 7% e não 50%). Já localizei referências que tratam do último ponto, mas não identifiquei nenhum artigo mais conclusivo, quanto ao uso dos pesos em amostras desbalanceadas. A área sob a curva ROC = 0.70, e a probabilidade estimada é próxima à frequência de 1’s em diferentes faixas, o que parece satisfatório. O teste de Hosmer & Lemeshow é não significativo, como esperado. Alguém pode comentar a estratégia adotada, ou sugerir alguma bibliografia específica para a questão do peso e amostra desbalanceada? Obrigado, André Guimarães

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Correção de Bonferroni em casos-controle
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 26 Abr '11

26 Abr '11

Amigos de R, Ha algumas semanas atras um parceiro e eu recebemos de uma revista a devolução de um relatorio de uma investigação caso-controle. Um dos pontos que um dos pareceristas abordou, é a correção e Bonferroni para os p valores colocados. Sei que o procedimento de bonferroni é o mais restrito de todos para correção de p valores, e que ha uma tendencia atual a aceitar mais as probabilidades de faslo positivo e falso negativo para cada p valor ao inves de corrigir pela multiplicidade. No entanto para este ultimo, ha necessidade de mais informações nao disponíveis no moemnto e algumas assunções a priori que exigem alguma maturidade da linha de investigação. Então alguem conhece por ai alguma função que corrija p valores de testes de hipoteses para tabelas de contigencia 2x2 pelo procedimento de bonferroni? Abraço forte e que a força esteja com você, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365 Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.openoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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Re: [R-br] Ajuda com o R
by Thiago De paula protásio 26 Abr '11

26 Abr '11

Karla; Dê uma olhada nos comandos abaixo....Talvez, te ajude.....!!! comp=read.csv("D:/componentes principais/comp.csv",sep=";",dec=",",h=T,row.name="Resíduos") matrix=as.matrix(comp) de=dist(matrix,method="euclidean")^0.5 # distância euclidiana entre os objetos da matrix hc=hclust(de,"average")#cluster pelo método da ligação média e a distância euclidianaplot(hc,cex=1.0,hang=0.5) hc$height cof=cophenetic(hc) cor(cof,de) # Correlação entre as distâncias originais e as distânicias recuperas no dendrograma (Correlação cofenética) library(pvclust) X=t(as.matrix(comp))X fit=pvclust(X, method.hclust="average",method.dist="euclidean")plot(fit) pvrect(fit, alpha=.95) Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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Ajuda com o R
by karla Sabrina Magalhaes 26 Abr '11

26 Abr '11

Prezados, Estou precisando rodar uma análise de Cluster em R, será que alguem sabe como posso fazer isto, pois não consegui achar o tutorial na internet. Aguardo respostas Grata, -- -- Atenciosamente, Karla Sabrina Magalhães Bióloga - Mestranda em Bioengenharia Celular e Tecidual - UFSJ MASP - 1240384 - 6

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Re: [R-br] R² ajustado de Modelos Não Lineares!
by Thiago De paula protásio 26 Abr '11

26 Abr '11

Obrigado Emmanuel..... Exatamente isso!!! Muito obrigado por enviar o exemplo!! Att., Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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Ajuda
by karla Sabrina Magalhaes 26 Abr '11

26 Abr '11

Olá pessoal, Meu nome é Karla, estou precisando de rodar uma análise de cluster no R, mas não consigo encontrar o tutorial com os comandos, será que alguem pode me ajudar? Grata, Em 26 de abril de 2011 18:16, Leonard Assis <assis.leonard(a)gmail.com>escreveu: > Acredito q seja o erro padrão, repare este exemplo, direto do help da > função fitdistr > > set.seed(123) > x <- rgamma(100, shape = 5, rate = 0.1) > fitdistr(x, "gamma") > ## now do this directly with more control. > fitdistr(x, dgamma, list(shape = 1, rate = 0.1), lower = 0.001) > > ainda no help, observe o que diz: > > " > An object of class "fitdistr", a list with four components, > > estimate the parameter estimates, > sd the estimated standard errors, > vcov the estimated variance-covariance matrix, and > loglik the log-likelihood. > > " > executando > zzz <-fitdistr(x, dgamma, list(shape = 1, rate = 0.1), lower = 0.001) > zzz$sd > > repare que retorna os valores que estão entre parêntesis > > Leonard > > > On 26/04/2011, at 14:01, Cristiano Melo wrote: > > > Walmes, > > > > Fiz o seguinte: > > library(MASS) > > fitdistr(vetor_observado,"weibull") - que acredito ser suficiente. > > > > O resultado foi: > > shape scale > > 1.377413 210.784742 > > (0.167581) (23.479204) > > > > Que novamente acredito ser o que quero. Só não entendi esta informação > entre > > parênteses. > > > > Em 26 de abril de 2011 09:21, Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com > >escreveu: > > > >> Cristiano, > >> > >> A mensagem sobre os empates vem do fato da sua amostra possuir valores > >> repetidos. Às vezes, a precisão dessa medidas (casas decimais) é > pequeno, > >> imagine medir altura de 100 pessoas, é bem provável ter duas com 1,78 m, > ou > >> outro valor. > >> > >> Na ks.test(vetor_observado, distribuição, parametro1, parametro2, > >> demais_opções), você precisa passar o valor dos parâmetros sob hipótese. > >> Normalmente os valores usando são as estimativas obtidas com os dados. > Então > >> você precisa estimar. Para o caso da normal, mean(x) e sd(x) são os > >> estimadores. Para outras distribuições você pode usar a função > >> MASS::fitdistr(). Consulte a documentação para instruções de uso. > >> > >> À disposição. > >> Walmes. > >> > >> > ========================================================================== > >> Walmes Marques Zeviani > >> LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 > W) > >> Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná > >> fone: (+55) 41 3361 3573 > >> VoIP: (3361 3600) 1053 1173 > >> e-mail: walmes(a)ufpr.br > >> twitter: @walmeszeviani > >> homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes > >> linux user number: 531218 > >> > ========================================================================== > >> > >> > >> 2011/4/25 Cristiano Melo <cristianogmelo(a)gmail.com> > >> > >>> É o seguinte: tenho em um arquivo txt um vetor que representa tempos > até a > >>> falha de equipamentos. Gostaria de fazer alguns teste de aderência para > >>> verificar se estes dados se aproximam de algumas distribuições de > >>> probabilidade. Usei o lillie.test(dados) para verificar se dos dados > aderem > >>> a uma distribuição nomal. No entanto, gostaria de verificar se estes > mesmos > >>> dados (e algumas variações) se aderem a uma exponencial, gamma e > weibull. > >>> > >>> Sei que a função é a ks.test(x, y,..., alternative=c("two.sided" "less" > or > >>> "greater")) para o teste de Kolmogorov-Smirnov. > >>> Para testar normalidade com a função ks, fiz o seguinte: ks.test(vetor, > >>> "pnorm", sd=sd(vetor), mean=mean(vetor),alternative=c("two.sided")). > Curioso > >>> que o resultado foi bem diferente da lillie.test, a seguinte mensagem > foi > >>> apresentada: > >>> Warning message: > >>> In ks.test(vetor, "pnorm", sd=sd(vetor), > >>> mean=mean(vetor),alternative=c("two.sided")), : não é possível calcular > os > >>> níveis descritivos corretos com empates. > >>> O que isso quer dizer??????? > >>> > >>> Quando tentei usar outra distribuição, pweibull por exemplo, o p-value > foi > >>> menor que 2.2e-16, ou seja, nada a ver, e repetindo a mesma frase > anterior. > >>> O mesmo resultado foi com as outras. Como não sei a sintaxe para > weibull fiz > >>> o seguinte: > >>> ks.test(vetor, "pweibull", 1.129, 2,alternative=c("two.sided")) > >>> > >>> Onde estou errando? Vi que para montar uma pweibull são necessários o > >>> vetor de quantis e os parâmetros shape e scale. É necessário fazer > separado > >>> e quardar em uma variável e depois jogar na ks? Como consigo esse vetor > de > >>> quantis? Achei que seria automático. > >>> Estou correto se fizer assim: > >>> > >>> ks.test(vetor, "pweibull",10,2) > >>> > >>> E tem alguma forma de estimar os parâmetros shape e scale desta função? > >>> > >>> > >>> _______________________________________________ > >>> R-br mailing list > >>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>> > >>> > >> > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> > >> > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > -- -- Atenciosamente, Karla Sabrina Magalhães Bióloga - Mestranda em Bioengenharia Celular e Tecidual - UFSJ MASP - 1240384 - 6

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Re: [R-br] R² ajustado de Modelos Não Lineares!
by Thiago De paula protásio 26 Abr '11

26 Abr '11

Ok Fábio! Certamente, estou lendo na medida do possível! Infelizmente,trabalho com estatística aplicada e nos artigos que tenho consultado eles utilizam CV e outros parâmetros mencionados. Por isso é importante consultar estatísticos e especialistas.... Quanto ao R² ajustado ontem mesmo o Walmes sugeriu a sua utilização..Eu tenho calculado o R² com base na soma de quadrado total corrigida e tenho algumas dúvidas da sua validade na comparação de diferentes modelos..... Tenho utilizados os comandos.... t50=read.csv2("D:/UEQ/t50.csv",dec=",",h=T)> t1=t50[(1:48),] > B <- 1.5 > C <- 0.03 > n1 <- nls(UEQ~B*exp(C*UR), data=t1,+ start=list(B=B, C=C))> summary(n1) Formula: UEQ ~ B * exp(C * UR) Parameters: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) B 1.6159757 0.0594401 27.19 <2e-16 ***C 0.0267234 0.0004624 57.79 <2e-16 ***---Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Residual standard error: 0.483 on 46 degrees of freedom Number of iterations to convergence: 4 Achieved convergence tolerance: 1.641e-07 > SQE <- summary(n1)$sigma^2*summary(n1)$df[2]> SQE[1] 10.73154> SQT <- var(t1$UR)*(length(t1$UR)-1)# soma de quadrado total corrigida> SQT[1] 14000> R2 <- 1 - SQE/SQT> R2[1] 0.9992335 Att., Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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Nome das barras
by Emerson Cotta Bodevan 26 Abr '11

26 Abr '11

Prezados, novamente recorro à lista. Minha dúvida agora é a seguinte: Construí um barplot com meus dados. Esses dados são municípios de Minas Gerais. Como existem vários municípios, o R não mostra todos eles no eixo x (não há espaço para escrever na horizontal). Há como fazer aparecer os nomes dos municípios no pé de cada barra, com texto inclinado em 45 graus? Abs, Emerson.

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transformar fotos numa matriz
by Guilherme Moraes Ferraudo 26 Abr '11

26 Abr '11

Boa tarde a todos, por favor alguém sabe como transformar uma foto tirada numa câmera Sony, por exemplo, numa matriz contendo os valores das cores???? Consegui ser claro??? Obrigado. Abs -- Guilherme Moraes Ferraudo Jaboticabal/Campinas - SP http://lattes.cnpq.br/2096118558794430

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Re: [R-br] Frequencia relativa no Histograma
by José Cláudio Faria 26 Abr '11

26 Abr '11

Emerson, Vale a pena também uma olhada no pacote fdth: ele foi feito para isso e muitas outras coisas relativas a frequencia, histograma e poligonos. Um exemplo, library(fdth) dad <- rnorm(1e3, m=10, sd=2) plot(fdt(dad), type='rfh') Abs, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica - prof. Titular UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria(a)gmail.com ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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Frequencia relativa no Histograma
by Emerson Cotta Bodevan 26 Abr '11

26 Abr '11

Prezados, como faço para construir um histograma com frequências relativas? No comando *hist* só encontrei opções para frequência absoluta e densidade. Abs, Emerson.

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Experimento fatorial
by Edson Lira 26 Abr '11

26 Abr '11

Caros amigos, no R o teste de kruskal no pacote agricolae, verfica a ANOVA para tratementos - kruskal(y, trt, alpha = 0.05, group=TRUE, main = NULL) - no caso de haverem dois fatores ou mais, qual o teste ou rotina que devo usar? O teste de Friedman trabalha com o experimento sem repetição. O experimento que estou analisando tem 3 repetições sendo em algumas medidas repetições perdidas. []'s Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Transformar data em anos
by Mauro Sznelwar 26 Abr '11

26 Abr '11

Tentei transformar 21/04/87 em anos e não consegui! x=21/04/87 (c(Sys.Date() - as.Date(gsub("(\\d{2})$", "19\\1", x), "%d/%m/%Y")) /365.25) %/% 1 [1] NA

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Datas de nascimento
by Emerson Cotta Bodevan 26 Abr '11

26 Abr '11

Prezados. Tenho um data frame no R com datas de nascimento. Exemplo: 21/04/87 30/11/65 14/02/73 etc Eu gostaria de transformar essa coluna em idades em anos: Exemplo(relativo aos dados acima): 24 45 38 etc Alguém sabe como fazer? Abraço, Emerson.

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Maria Célia quer manter contato no LinkedIn
by Maria Célia 25 Abr '11

25 Abr '11

LinkedIn ------------ Eu gostaria de adicioná-lo(a) à minha rede profissional no LinkedIn. - Maria Célia Maria Célia Bolsista de Doutorado Capes na UNIMEP Campinas e redondezas, Brasil Confirme que você conhece Maria Célia https://www.linkedin.com/e/-33g73l-gmy7ihq5-46/isd/2761087434/AbRIiBol/ -- (c) 2011, LinkedIn Corporation

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Re: [R-br] Coeficiente de Variação! Modelos não lineares!
by Thiago De paula protásio 25 Abr '11

25 Abr '11

Ok Walmes... Muito obrigado pela dica... Acho que o critério de informação de akaike (AIC) irá ser de grande utilidade nessa comparação....... Acho que no R existe funções prontas para o cálculo do AIC ou BIC...... Obrigado! Att., Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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Off-topic: atualização Ubuntu 11.04 (Natty)
by Daniel C Bezerra 25 Abr '11

25 Abr '11

Prezados amigos, Como sei que um grande número de pessoas nesta lista usa Ubuntu resolvi dar uma dica após atualizar o meu Ubuntu para a nova versão 11.04 beta (a atualização oficial virá na 5a feira). Se vcs como eu não gostarem da nova interface (Unity), é facil voltar atrás. Na tela de login, após clicar no seu nome observe que barra inferior da tela aparecerá o seu idioma, o modo do teclado e ao lado algumas opções de interface. Basta mudar a interface do desktop de "Ubuntu", para "Ubuntu Classic", que usa o conhecido Gnome 2.3. Não precisa instalar o Gnome 3 como alguns tem sugerido, pois se vc o fizer, não haverá como voltar atrás. É isso. grande abraço, D P.S.: O R está funcionando bem.

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