- R-br - DINF UFPR

Dendrograma com UPGMA e Mahalanobis
by Zeni 21 Jun '11

21 Jun '11

Pessoal, boa noite! Vou repassar na íntegra a minha dúvida que postei no R_STAT (grupo do yahoo) aqui no r-br. Estou tentando desenvolver um cluster e tenho duas linhas de comando distintas, vou tentar explicar o cenário: - Já tenho a matriz de distância de Mahalanobis (matriz de similaridade) e que no caso não está padronizada; - Preciso fazer o método de ligação UPGMA; A primeira linha de comando está abaixo: require(graphics) require(utils) clones=c("RB92579","RB768647","Q124","RB75126","RB925211","RB835486","RB946022", "RB912825","SP80-3280","RB855511","RB867515","SP83-5073","RB72454","SP80-1816", "RB825336","RB855156","RB855536","SP83-2847","RB855453","TUC77-42","SP70-2233", "RB931555","RB835054","RB855206","RB925345","RB8317","RB947501","RB93509", "RB813804","RB855113","RB83102","SP77-5181","RB845257","RB855046","RB845197", "RB835089","RB8495","RB825548","RB855463","RB925453","RB855595","RB945951", "RB946903","RB855035","RB92606","RB735200","RB945961","SP70-1143","RB855036", "IAC87-3396","CO62175","RB956911","TUC71-7","RB9350","RB966928","RB912850", "RB845210","L60-14","SP81-3250","RB928064","RB721012","SP79-1011","SP801842", "IAC52-326","RB935915","RB806043") soca35=matrix(scan(file="clipboard",sep="\t"),ncol=66) # Esse daqui pessoal é da onde eu copio e colo minha matriz de Mahalanobis do Excel # x=dist(soca35,method="euclidean") #Não conseguir Mahalanobis# hc=hclust(x,method="average") (dend1=as.dendrogram(hc)) plot(dend1,horiz=TRUE,edge.root=TRUE) abline(h=96.45,col="brown",lwd=2,lty=2) # esse número 96.45 é segundo um coeficiente de Mojita que me aconselha onde deve ser cortar o cluster # São dois problemas nessa linha: 1º eu não consigo colocar o vetor com os nomes dos clones nos respectivos números no dendrograma; 2º a escala da distância está terminando em 150 e deveria estar um pouco mais estendida, talvez indo até 170; 3º não consegui usar Mahalanobis, tive que usar Euclidiana para dar procedimento A segunda linha de comando: library(cluster) soca35=matrix(scan(file="clipboard",sep="\t"),ncol=82) is.matrix(soca35) sc=agnes(soca35,method="average",metric="mahalanobis",stand=FALSE) #Cultivares cultivares=c("RB925211","SP70-1143","RB91537","SP91-1049","RB943339","RB971537", "RB72454","RB855511","RB855156","RB835486","IAC86-2210","RB912695","RB945065", "RB945962","RB947532","RB936001","RB965586","RB931604","RB957751","SP85-3877", "RB961005","RB966920","SP89-1115","Laica98-208","RB855035","SP80-3280", "RB947501","RB835089","RB872552","CO434","RB946915","IAC87-3396","RB855063", "RB9620","RB961530","SP70-1284","SP80-1842","RB83102","RB855563","RB855536", "RB945961","RB945956","IAC93-7009","H83-9998","RB9557","RB896342","RB961527", "RB961539","SP71-6949","SP83-2847","RB946022","RB957712","RB945954","CB45-155", "L60-14","RB951015","RB867515","RB9364","RB93522","RB957689","RB92606", "RB971551","RB71114","RB962002","RB965921","RB855127","RB915124","RB935860", "RB941531","RB915141","RB735200","RB965911","RB855322","RB855206","RB945964", "RB92508","RB863129","RB925345","RB957610","RB956911","CO775","RB739735") dendro=as.dendrogram(as.hclust(sc)) pltree(sc,labels=clones,ylab="Distância",main="Dendograma ... ") abline(h=96.45,col="brown",lwd=2,lty=2) Problemas: 1º Quando consegui colocar o nome das indivíduos, no comando pltree não consigo deixar na horizontal como no primeiro exemplo; 2º Desconfio que não esteja usando a matriz de Mahalanobis, pois como não acusa erro, se retirar o metric="mahalanobis" também funciona, gerando o mesmo resultado Se pudesse exemplificar todo o meu dilema, gostaria de encontrar um gráfico como no trabalho abaixo (Figura 2): http://www.plosntds.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pntd.0000452 No qual ele usa a biblioteca pgirmess, a qual não obtive muito sucesso, como no comando pvclust() também não. Alguém poderia me ajudar? Abraços

1 0

Ticktest - Código lento
by Luciano Ramos Gonçalves 20 Jun '11

20 Jun '11

Colaboradores do grupo, realizei um teste de financas em R, conhecido como TICKTEST, porém meu código ficou muito lento. Talvez alguém possa ajudar a torná-lo mais ágil. Grato, Luciano Resumidamente: 1 - Prentende-se classificar mudanças de preço em uma ação. 2 - O primeiro negócio do dia não é classificado. Os negócios subsequentes em que haja estabilidade no preço tb não são classificados. 3 - Classifica-se as restantes conforme o movimento do preço. Se sobe, UPTICK. Se desce, DOWNTICK. Se é estável e a última variação foi positiva, ZERO.UPTICK. Se é estável e a última variação foi positiva, ZERO.DOWNTICK. Um exemplo dos dados: Data Operação Preço Classificação 1/1/2011 10 $10.00 NC 1/1/2011 20 $9.90 DOWNTICK 1/1/2011 30 $9.90 ZERO.DOWNTICK 1/1/2011 40 $10.10 UPTICK 1/1/2011 50 $10.20 UPTICK 1/2/2011 10 $9.80 NC 1/2/2011 20 $9.80 NC 1/2/2011 30 $9.90 UPTICK 1/2/2011 30 $9.90 ZERO.UPTICK _*O CÓDIGO EM SI:*_ *#* Abre o arquivo de dados, cria um novo objeto "y" com uma coluna vazia. x <- read.table("dados.txt",sep=";",header=F,skip=1) y <- cbind(x,(rep(NA,nrow(x)))) *# 1º Loop:* Se a operação foi nº 10 não classifica, o resto classifica. z <- 1:nrow(x) for (t in z) { if (y[t,2]==10) y[t,4]<-"NC" else y[t,4] <-"C" } *# 2º Loop:* Se a operação anterior não foi classificada e o preço não mudou na atual, desclassifica esta também. w <- 1:(nrow(x)-1) for (i in w) { if (y[i,4]=="NC" & y[i,3]==y[i+1,3]) y[i+1,4]<-"NC" } *# 3º Loop:* divide as operações classificadas em quatro classes: for (i in w) { *#*Se o preço diminuiu, DOWNTICK; if (y[i+1,4]=="C" & y[i,3]>y[i+1,3]) y[i+1,4]<-"DOWNTICK" *#*Se o preço aumentou, UPTICK; if (y[i+1,4]=="C" & y[i,3]<y[i+1,3]) y[i+1,4]<-"UPTICK" *#* Se o preço permaneceu constante, mas a ultima variação foi positiva, ZERO.UPTICK; if (y[i+1,4]=="C" & y[i,3]==y[i+1,3] & (y[i,4]=="UPTICK" | y[i,4]=="ZERO.UPTICK")) y[i+1,4]<-"ZERO.UPTICK" *#*Se o preço permaneceu constante, mas a ultima variação foi negativa, ZERO.DOWNTICK; if (y[i+1,4]=="C" & y[i,3]==y[i+1,3] & (y[i,4]=="DOWNTICK" | y[i,4]=="ZERO.DOWNTICK")) y[i+1,4]<-"ZERO.DOWNTICK" }

2 6

Dados longitudinais e medidas repetidas
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 20 Jun '11

20 Jun '11

Amigos de R, Sai do meu cafofo no Rio de Janeiro e vim para na John Hopkins, pra fazer um curso de dados longitudinais. O curso começa hoje, mas a resenha não é muito específica quanto ao conteudo. Arrumei uns livros sobre o assunto na internet e li algumas coisas. Andei procurando funções no R especificamente para dados longitudinais e encontrei algumas (abaixo). Gostaria de saber se os que tem experiencia usam essas ou outras funçoes e se podem fazer algum comentario sobre limitações. A impressão que tive com essas abaixo foi que, salvo a rm.boot, não ha funções graficas amigáveis para mostrar trajetórias ajustadas de grupos de interesse. epicalc::followup.plot ; Hmisc::curveRep ; Hmisc::rm.boot ; longitudinal ; longpower ; mixAK Abraço forte e que a força esteja com você, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365 Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.openoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

2 1

Séries temporais
by Ana Paula Sousa 20 Jun '11

20 Jun '11

Tenho o seguinte modelo de uma série temporal m = arima(x,order=c(0,1,1),seasonal=list(order=c(1,0,0))) Alguém sabe como calcular o Durbin Watson e a ANOVA para o modelo ARIMA? Já realizei os demais testes do KPSS, PP, Shapiro.... etc. Obrigada!

2 1

Obtendo a CDF a partir de uma PDF
by Cristiano Strieder 19 Jun '11

19 Jun '11

Olá, tenho o código de uma PDF a partida da qual deveria ser possível, integrando, obter a CDF, certo pessoal? E esta CDF deveria somar 1 sobre todo o intervalo... O problema é que a CDF que obtive não soma 1. Seguem os códigos da PDF e da CDF: dpoix <- function(y, frac, rate, log=FALSE) { b <- y*log(frac) m <- log(rate) n <- (y+1)*log(rate+frac) exp(b+m-n) } ppoix <- function(y,frac,rate) { a <- function(y,frac,rate) { #a1 <- (frac+rate)^(-y-1)*frac^(y+1) a1 <- exp((-y-1)*log(frac+rate) + (y+1)*log(frac)) #a2 <- (frac+rate)^(-y-1)*frac^y*rate a2 <- exp((-y-1)*log(frac+rate) + y*log(frac) + log(rate)) rate*(-1 + a1 + a2) } b <- function(y,frac,rate) { (log(frac) - log(frac+rate))*(frac+rate) } a(y,frac,rate)/b(y,frac,rate) } Alguém poderia dar alguma dica? Desde já obrigado.

1 0

mudar cor da curva media na nlme
by Samuel Carvalho 19 Jun '11

19 Jun '11

Caros(as) Alguem saberia dizer como faço para mudar a cor da curva média da regressao ajustada pela nlme no CMR plot(augPred)? Segue o código para réplica ###CMR fm1 <- nlme(height ~ SSasymp(age, Asym, R0, lrc), data = Loblolly, fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1, random = Asym ~ 1, start = c(Asym = 103, R0 = -8.5, lrc = -3.3)) fm2 <- update(fm1, random = pdDiag(Asym + lrc ~ 1)) plot(augPred(fm2, level=0)) Neste plot eu gostaria de mudar a cor default da curva do efeito fixo Att, ==================================== Samuel P. C. Carvalho Mestre em Ciências Florestais [UFLA] Doutorando em Recursos Florestais [ESALQ/USP] =============================================

2 2

help - Ajuda com seleção de dados de uma coluna e criação de funções.
by Rafael Fernandes 18 Jun '11

18 Jun '11

Olá, gostaria de saber como selecionar uma coluna de uma tabela, e criar uma nova tabela com esses dados. E aí eu queria fazer uma função que some essa coluna e multiplique por 3,6. Obrigado. -- Rafael Dreux Miranda Fernandes Estudante de Graduação em Engª Agronômica http://opinioesrafadreux.blogspot.com/

4 6

Re: [R-br] redes neurais
by Ivan Bezerra Allaman 18 Jun '11

18 Jun '11

Material eu não sei, mais tem a seguinte biblioteca: "neuralnet". Se você já entende da teoria, os exemplos do pacote já lhe serão útil. Tem esse site também: http://econometricsense.blogspot.com/2010/12/r-code-example-for-neural-netw… É um blog. Talvez possa trocar idéias com o dono do blog. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

1 0

redes neurais
by Ana Paula Sousa 18 Jun '11

18 Jun '11

Alguém tem material das redes neurais no R? Atenciosamente, Ana Paula de Sousa

1 0

Problema ao truncar PDF
by Cristiano Strieder 18 Jun '11

18 Jun '11

Olá, estou com problemas no seguinte código: dricker = function (x,b,...) {b^2*x*exp(-b*x)} pricker = function (x, b,...){exp(-b*x)*(exp(b*x)-b*x-1)} # CDF dricker.t = function (x, b,...){ p.trunc = pricker(trunc,b) dricker(x,b)/(1 - p.trunc)} dricker.t(10, b=0.1) Error in -b * x : non-numeric argument to binary operator Alguma sugestão? Obrigado. -- Cristiano Strieder São José dos Campos - SP

5 13

Estatística circular
by Diogo Borges Provete 17 Jun '11

17 Jun '11

Oi pessoal da lista, gostaria de pedir um auxílio para analisar dados circulares. Sei que existe um pacote chamado circular no R. Os meus dados são da abundância de sapos em 12 meses. Acontece que tenho meses com abundância 0, como faço para inserir isso na análise no circular ou mesmo no Oriana? Obrigado desde já. Diogo Atenciosamente, Diogo Borges Provete ============================== Biólogo Mestre em Biologia Animal (UNESP) Doutorando PPG Ecologia e Evolução Laboratório de Ecologia de Insetos (sl. 222) Departamento de Ecologia Instituto de Ciências Biológicas - ICB 1 Universidade Federal de Goiás - UFG Goiânia-GO CP: 131 74001-970 Brazil Tel. +55 62 3521-1732 Cel. +55 62 8231-5775 Skype: diogoprovete MSN: diogoprov(a)yahoo.com.br Personal web page Traduza conosco: <<<American Journal Experts>>> <<<D-Lang Soluções linguisticas>>> <<<Perfil no ProZ.com como tradutor freelancer>>> ==============================

7 13

Simulação de baralho
by Mauro Sznelwar 17 Jun '11

17 Jun '11

Como faço a simulação deste problema? Um baralho possui dez cartas numeradas de 1a 10. Após embaralhadas as cartas são viradas uma a uma, deixando aparecer a face com o número. Nós dizemos que ocorreu uma coincidência se a carta de número i é a i-ésima carta a ser virada. Considere a variável aleatória X que conta o número de coincidências. Escreva um algoritmo pra gerar de X.

4 4

Pacote Multicomp
by Eduardo Vargas 16 Jun '11

16 Jun '11

Bom dia pessoal,estou com um problema. Preciso usar o pacote multicomp,porém instalo e quando vou usar dá a seguinte mensagem de erro: library ("multicomp") Erro em library("multicomp") : não há nenhum pacote chamado 'multicomp' Será que alguem pode me ajudar? Obrigado -- José Eduardo Vargas Lopes de Aráujo Engenheiro Agrônomo Contato:(38)8811-6985 duvargas(a)gmail.com

4 10

Problema com apply em loop
by Alexandre dos Santos 16 Jun '11

16 Jun '11

Boa Tarde Pessoal, Estou reorganizando minhas coordenadas geográficas (pontos) para calcular todas os arranjos possíveis de pontos em diferentes distâncias (código abaixo), até aí tudo bem, mas o problema é quando utilizo o comando apply(), dentro do loop para remover as linhas que contem NAs e ficar somente com as coordenadas em X com correspondencia em Y (xyc) e posteriormente adicionar os resultados em maille. Neste objeto maille que guarda o resultado de cada loop se eu adiciono c(xyc,n.pontos,Bk[m]) o resultado fica todo bagunçado, com n.pontos na mesma coluna que xyc , mais se deixo só xyc o resultado fica correto, tem alguma forma de fazercom que xyc,n.pontos,Bk[m] apareça individualmente em cada maille[i,], Obrigado, ############################################################################ ################### pt0 <- c(725990,7912746)#Ponto inicial h.b.a.f.p1<- expand.grid(latitude=seq(pt0[1], by=25, length.out=12),longitude=seq(pt0[2], by=25, length.out=12)) ##Malha x<-c(20,100,110,144) h.b.a.f.p1<-h.b.a.f.p1[-(x),]##Removendo alguns pontos para criar distâncias inexistentes Bk=seq(0,50,25)###Diferentes distâncias entre pontos amostrais maille<-NULL for(m in 1:length(Bk)){ Px<-c(h.b.a.f.p1[,1])###Coordenadas X Py<-c(h.b.a.f.p1[,2])###Coordenadas Y Pxy<-cbind(Px,Py) plot(Pxy) sqx<-seq(min(Px)+Bk[m],max(Px),25)###Sequência de distancias em X sqy<-seq(min(Py)+Bk[m],max(Py),25)###Sequência de distancias em Y for(j in 1:length(Px)){ for(k in 1:length(Py)){ n.pontos<-1:length(Px) xx=sqx[j] ###Coordenada X presente ou não nesta posição yy=sqy[k] ###Coordenada Y presente ou não nesta posição xyc=cbind(xx,yy) xyc=xyc[apply(xyc, 1, function(x)!any(is.na(x))), drop=F] ###Remove linhas se NA maille=rbind(maille,c(xyc,n.pontos,Bk[m]))###Resultado }}} # Alexandre dos Santos Ingenieur forestier, Msc. INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29

1 0

Código de barra
by Rodrigo Pereira 16 Jun '11

16 Jun '11

Caros Colegas, boa tarde. Tenho uma lista de 50 indivíduos e para cada um há 15 amostras (um total de 750 amostras) e gostaria de gerar códigos de barra para cada indivíduo associada à respectiva amostra sequencial para leitura. Há algum pacote do R que gere esses valores de uma forma que depois eu possa utilizá-los para criar etiquetas de identificação para leitura? (Estou perguntando isso, porque é a primeira vez que farei este tipo de coisa!) Desde já obrigado pela atenção! Abraço! Rodrigo Pereira (31)9326 3139

1 0

Problema com o pacote gamlss
by Alexandre dos Santos 16 Jun '11

16 Jun '11

Bom dia Pessoal, Estou tentando modelizar a variável resposta ndeath (plantas mortas)em função da variável nhole (numeros de insetos), com o uso de um modelo hierárquico de Bernoulli e Beta binomial, para isso usei o pacote gamlss, para estimar os parâmetros sendo: require(gamlss) mort_syn<-read.table(file="m_syn.txt", header=T) dd=NULL dd$y=cbind(ndeath,ntree-ndeath) dd$y dd$nhole=nhole mm=gamlss(formula=y~1+nhole,nu.formula=~1+nhole,sigma.formula=~1, data=dd, family=ZIBB(mu.link="logit",nu.link="logit",sigma.link="log")) Mais o objeto mm que deveria estimar o parâmetro de Nu esta dando NA, sem erros, sendo: > mm Family: c("ZIBB", "Zero Inflated Beta Binomial") Fitting method: RS() Call: gamlss(formula = y ~ 1 + nhole, sigma.formula = ~1, nu.formula = ~1 + nhole, family = ZIBB(mu.link = "logit", nu.link = "logit", sigma.link = "log"), data = dd) Mu Coefficients: (Intercept) nhole -2.10530 0.02949 Sigma Coefficients: (Intercept) -3.422 Nu Coefficients: (Intercept) nhole -2.367 NA Degrees of Freedom for the fit: 4 Residual Deg. of Freedom 104 Global Deviance: 420.808 AIC: 428.808 SBC: 439.537 Alguém que utiliza ou já utilizou o pacote gamlss, saberia me dizer o que esta acontecendo, os dados que utilizei estão anexo, Obrigado, Alexandre dos Santos Ingenieur forestier, Msc. INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29

3 4

Problema com apply em loop
by Alexandre dos Santos 16 Jun '11

16 Jun '11

Boa Tarde Pessoal, Estou reorganizando minhas coordenadas geográficas (pontos) para calcular todas os arranjos possíveis de pontos em diferentes distâncias (código abaixo), até aí tudo bem, mas o problema é quando utilizo o comando apply(), dentro do loop para remover as linhas que contem NAs e ficar somente com as coordenadas em X com correspondencia em Y (xyc) e posteriormente adicionar os resultados em maille. Neste objeto maille que guarda o resultado de cada loop se eu adiciono c(xyc,n.pontos,Bk[m]) o resultado fica todo bagunçado, com n.pontos na mesma coluna que xyc , mais se deixo só xyc o resultado fica correto, tem alguma forma de fazercom que xyc,n.pontos,Bk[m] apareça individualmente em cada maille[i,], Obrigado, ############################################################################ ################### pt0 <- c(725990,7912746)#Ponto inicial h.b.a.f.p1<- expand.grid(latitude=seq(pt0[1], by=25, length.out=12),longitude=seq(pt0[2], by=25, length.out=12)) ##Malha x<-c(20,100,110,144) h.b.a.f.p1<-h.b.a.f.p1[-(x),]##Removendo alguns pontos para criar distâncias inexistentes Bk=seq(0,50,25)###Diferentes distâncias entre pontos amostrais maille<-NULL for(m in 1:length(Bk)){ Px<-c(h.b.a.f.p1[,1])###Coordenadas X Py<-c(h.b.a.f.p1[,2])###Coordenadas Y Pxy<-cbind(Px,Py) plot(Pxy) sqx<-seq(min(Px)+Bk[m],max(Px),25)###Sequência de distancias em X sqy<-seq(min(Py)+Bk[m],max(Py),25)###Sequência de distancias em Y for(j in 1:length(Px)){ for(k in 1:length(Py)){ n.pontos<-1:length(Px) xx=sqx[j] ###Coordenada X presente ou não nesta posição yy=sqy[k] ###Coordenada Y presente ou não nesta posição xyc=cbind(xx,yy) xyc=xyc[apply(xyc, 1, function(x)!any(is.na(x))), drop=F] ###Remove linhas se NA maille=rbind(maille,c(xyc,n.pontos,Bk[m]))###Resultado }}} # Alexandre dos Santos Ingenieur forestier, Msc. INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29

1 0

adicionar curva de ajuste no grafico
by Gilson Sanchez 16 Jun '11

16 Jun '11

Pessoal mais uma vez com minhas coisas. O seguinte estou tentando fazer um grafico de fotossintese com pontos que representam a média e desvio padrão em diferente intesidades de luz que variam de 0 até 2000. Mas eu quero adicionar uma curva de ajuste [por exemplo dada pela equação A.Det~a+b/(1+exp(-(PAR-c)/d))]. Como estimo os valores de a,b,c e d; de esta equação? Como eu posso adcioar esse ajuste no meu grafico... da pra fazer isso? Desde já agradeço dados http://www.datafilehost.com/download-061180ff.html CMR: require(XLConnect) especie<-loadWorkbook("especie1.xls", create= FALSE) especie1<-readWorksheet(especie, sheet="especie.1") especie1 attach(especie1) #------------------------------------------------------------------------- #Média especie.me <- tapply(especie1$A.Det, INDEX = especie1$PAR, FUN = mean) especie.me plot(especie.me) #Luz luz<-c(0,25,50,75,100,500,1000,1500,2000) #Desvio padrão especie.sd <- tapply(especie1$A.Det, INDEX = especie1$PAR, FUN = sd) especie.sd #Amplitude total especie.le <- tapply(especie1$A.Det,INDEX = especie1$PAR, FUN = length) especie.le especie.se <- especie.sd / sqrt(especie.le) especie.se plot(especie.me~luz) stripchart(especie.me~luz, ylim=c(-1,5), vert = TRUE, pch = 1, method = "jitter", jit = 0.05, xlab = "PAR", ylab = "Fotossintese", data=especie1) points(1:9, especie.me, pch = 16, col=2,cex = 1.0) arrows(1:9, especie.me, 1:9, especie.me + especie.se, lwd = 1.5, angle = 90, length = 0.1, col=2, add=TRUE) arrows(1:9, especie.me,1:9, especie.me - especie.se, lwd = 1.5, angle = 90, length = 0.1, col=2) abline(h=0, lty=4) MSc. Gilson Sánchez Chia Laboratório de Fisiologia Vegetal Embrapa Amazônia Ocidental Fone: (92) 3303-7841 --- Antes de imprimir, pense na sua responsabilidade com o Meio Ambiente. Please consider the environment before printing this email. Renew, Reduce and Recycle. The Planet Knows.

3 2

3D waterfall plot
by Marcelo Claro de Souza 16 Jun '11

16 Jun '11

Olá, Estou tentando plotar 3 espectros na mesma figura e gostaria de fazer um gráfico waterfall 3d. Eu utilizava esse tipo de figura no origin, como posso fazer isso no R? meus dados estão dispostos da seguinte maneira: counts, deciduous, semideciuous, evergreen eu quero que o counts seja o Y, no caso será o mesmo p todos e cada uma das três colunas será um espectro. Muito obrigado.

2 1

Dificuldade para manipular interlavo de minutos.
by Augusto Ribas 15 Jun '11

15 Jun '11

Ola pessoal, estou aqui tendo problemas para usar horas com o R. Bem basicamente o que eu queria fazer é o seguinte, fiquei observando uns propágulos de macrófitas descendo o rio, ai marcando que horas eu os via. Quando subia algum barquinho eu marcava numa planilha barco subiu, e continuava marcando. Ai ficou uma planilha mais ou menos assim: classe hora s 06:45 s 08:30 s 09:17 b 10:20 b 10:30 b 10:40 b 11:10 b 11:22 b 11:33 onde "s" é sem barco e "b" com barco ai a partir dessa planilha eu queria gerar uma planilha com a diferença de tempo entre cada propágulo, tipo linha 2 - linha 1 por classe; segue um código do que estive fazendo e no final algumas perguntas: ############################################################## # exemplo hora<-c("11:33","9:17","6:45","8:30","10:20","10:30","10:40","11:10","11:22") classe<-c("b",rep("s",3),rep("b",5)) exemplo<-data.frame(cbind(classe,hora)) exemplo #transformando em hora exemplo$hora<-as.POSIXct(strptime(exemplo$hora,format="%H:%M")) exemplo #organizando a planilha por hora exemplo<-exemplo[order(exemplo$hora),] exemplo #o que eu preciso são as diferenças de tempo assim: difftime(exemplo[2,2],exemplo[1,2]) #tentando gerar a planilha que gostaria com um loop de for e um if dif<-NA evento<-NA for (n in 1:(nrow(exemplo)-1)) { if(exemplo$classe[n+1]==exemplo$classe[n]) { dif[n]<-difftime(exemplo[n+1,2],exemplo[n,2]) evento[n]<-exemplo$classe[n] } } final<-data.frame(cbind(evento,dif)) final #########################################################################3 Bem, estou quebrando cabeça aqui, se alguem puder dar uma luz no seguinte: 01 - Porque o difftime se torna um numero quando o loop o coloca dentro do dif? O Dif tem que ser de antemão da classe Date-time? 02 - Porque o evento ali sai numeros e não a classe s ou b? 03 - no meu final, eu nao quero a diferença de tempo da hora que ta trocando de sem barco pra com barco, onde fica NA, como eu faria fazer aquilo nao existir? Tem que colocar algo no else pra não realizar nenhuma operação? 04 - A mensagem truncated se dar por causa do if não calcular a diferença da linha 4 com a 3? Bem é isso, se alguem puder ajudar... -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

2 2

Re: [R-br] Plotar dois tipos de gráficos em uma mesma janela gráfica com a lattice
by Ivan Bezerra Allaman 15 Jun '11

15 Jun '11

Valeu Walmes! Quanto a sua inequação, eu tenho uma outra bem mais realística e menos poética. if(necessidade + disposição = tempo) "êxito" else "fudeu" rsrsrsrsr. Abração e obrigado de novo. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

1 0

Plotar dois tipos de gráficos em uma mesma janela gráfica com a lattice.
by Ivan Bezerra Allaman 15 Jun '11

15 Jun '11

Bom dia senhores! Estou tentando plotar dois tipos de gráficos em uma mesma janela gráfica, mais tá difícil. Não sei até onde vale a pena o 'tempo/benefício' em se usar a lattice. Segue abaixo o CMR. require(plotrix) jet.colors <- colorRampPalette( c("blue", "green") ) x <- seq(-1.95, 1.95, length=30) y <- seq(-1.95, 1.95, length=35) da <- expand.grid(x=x, y=y) da$z <- with(da, x*y^2) require(lattice) panel.3d.contour <- function(x, y, z, rot.mat, distance, nlevels = 20, zlim.scaled, ...) { add.line <- trellis.par.get("add.line") panel.3dwire(x, y, z, rot.mat, distance, zlim.scaled = zlim.scaled, ...) clines <- contourLines(x, y, matrix(z, nrow = length(x), byrow = TRUE), nlevels = nlevels) for (ll in clines) { m <- ltransform3dto3d(rbind(ll$x, ll$y, zlim.scaled[1]), rot.mat, distance) panel.lines(m[1,], m[2,], col = add.line$col, lty = add.line$lty, lwd = add.line$lwd) } } g1 <- wireframe(z~x+y, da, drape=TRUE, scales=list(arrows=FALSE),col.regions=jet.colors(100),panel.3d.wireframe="panel.3d.contour") g2 <- contourplot(z ~ x+y,da) library(grid) pushViewport(viewport(layout=grid.layout(2,1))) print(g1,vp=viewport(layout.pos.row=1,layout.pos.col=1)) print(g2,vp=viewport(layout.pos.row=2,layout.pos.col=1)) Este último comando não plota os dois gráficos em uma mesma janela gráfica. Eu gostaria de um comando equivalente ao par(mfrow). Desde já agradeço novamente a atenção de todos. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

2 1

Funcionamento (implementação) da função apply (lapply) em loops
by Junior Beleti 14 Jun '11

14 Jun '11

Boa noite, gostaria de entender o funcionamento da função apply, mais precisamente lapply, para loops. Já conheço a descrição de seu funcionamento: ‘lapply’ returns a list of the same length as ‘X’, each element of which is the result of applying ‘FUN’ to the corresponding element of ‘X’. Mas o que eu gostaria de saber é como ele funciona em sua essência. Por exemplo, utilizar um lapply ao invés de um loop "for" é mais rápido. Eu gostaria de saber o porque, ou seja, como o lapply é implementado. Não sei se fui claro, mas gostaria de encontrar a implementação da função lapply, o que não encontrei no diretório do pacote "base". Se alguém puder ajudar. Também peço desculpas por não ter dado grandes contribuições para a lista, mas creio ter mais experiência em programação (lógica) de fato, do que no ambiente R. Obrigado. -- Carlos Roberto Beleti Junior Mestrado em Ciência da Computação Departamento de Informática Universidade Estadual de Maringá

5 5

krige.conv() do geoR
by Alexandre dos Santos 14 Jun '11

14 Jun '11

Boa noite a todos, Transformei minha variável resposta (data) do geoR em log(x+1), mas na hora de fazer a krigagem desejo que o $predict da krige.conv() fosse com os valores da minha variável sem tranformação, então gostaria de saber se tem alguma forma de fazer exp(x)+1 no $predict. Uma outra pergunta também, tem como fazer interpolação pelo inverso do quadrado da distância com o krige.control(), Obrigado, Alexandre dos Santos Ingenieur forestier, Msc. INRA- Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) Domaine Saint-Paul Site Agroparc 84914 - Avignon - France Tél. : +33 (0)6 87 95 16 29

3 4

número mínimo de casos em glm e betafit
by Daniel Marcelino 13 Jun '11

13 Jun '11

Caros, alguém saberia me informar se existe algum limite mínimo de casos para uma análise de glm, gls e betafit? Não achei nenhuma informação que me levasse diretamente a este ponto.

5 9

erro padrão no grafico
by Gilson Sanchez 13 Jun '11

13 Jun '11

Pessol mais uma vez consultando vc's Estou querendo fazer um gráfico de linhas, e em cada ponto quero colocar o erro padrão (sd), alguem pode ajudar O CMR que estou trabalhando require(XLConnect) especie1<-loadWorkbook("foto.xls", create= FALSE) especie1<-readWorksheet(folha.numero1, sheet="especie1") especie1 attach(especie1) plot(par,foto, type= "p", ylim=c(-2,10), xlim=c(0,2000), pch=16) abline(h=0, lty=4) lines(par,hib) dados: http://www.datafilehost.com/download-94c764d9.html Obrigado! -- MSc. Gilson Sánchez Chia Laboratório de Fisiologia Vegetal Embrapa Amazônia Ocidental Fone: (92) 3303-7841 --- Antes de imprimir, pense na sua responsabilidade com o Meio Ambiente. Please consider the environment before printing this email. Renew, Reduce and Recycle. The Planet Knows.

2 1

Converter datas em nº de dias do ano
by Cristiano Santos 13 Jun '11

13 Jun '11

Caros, Sou novo no R e não estou conseguindo manipular datas. Tenho uma variável com data e hora, e quero transformar no número de dias do ano, por exemplo: "4/02/2011 03:24:13" deverá transformar-se em "35" Desde já agradeço pela ajuda. Cristiano Santos Economia-UFC

5 8

geoestatística - ajuste de modelo
by nani.design＠bol.com.br 13 Jun '11

13 Jun '11

2 2

Re: [R-br] Atualização do R no Ubuntu 11.04
by Junior Beleti 12 Jun '11

12 Jun '11

Instalei o aptitude e subversion, e após consegui instalar o R. Muito obrigado... abraços -- Carlos Roberto Beleti Junior Mestrado em Ciência da Computação Departamento de Informática Universidade Estadual de Maringá

1 0

Re: [R-br] Eliminar NA e merge com colunas de dif tamanho
by Alexandre Heinemann 12 Jun '11

12 Jun '11

Olá Eder, Muito obrigado. Alexandre

1 0

Desdobrar modelos de regresão em fatorial duplo (um fator quantitativo)
by Marcelo Cardoso mello 12 Jun '11

12 Jun '11

Estou com dificuldades em desdobrar a interação em uma regressão em fatorial. Segue um exemplo abaixo. Como obter um modelo de regressão de r em função de b para a1 e a2?????? a<-as.factor(c(rep(1,9),rep(2,9))) b<-c(rep(0,3),rep(5,3),rep(10,3), rep(0,3),rep(5,3),rep(10,3)) r<-c(1,1.2,1.3,2,2.3,2.25,4,3.9,3.8,5,4.8,4.7,3.5,3,3.4,1.7,1.5,1.2) b<-as.factor(b) m<-lm(r~a*b) anova(m) b<-as.numeric(b) regressão<-lm(r~b) regressão anova(regressão) Como desdobrar b dentro de a1 e a2????? Obrigado. Marcelo.

4 9

Problema com o Excell.
by Edson Lira 11 Jun '11

11 Jun '11

Boa noite a todos, estou lendo um banco de dados do excell que transformei em csv em um Mac OS 10.6.6. Estou com o problema abaixo: id Nome Amostra idade cor est_civ escol alcool dro_ili 1 1 D.P.S Amostra 2 e 3 26 Faiodermo Solteiro 1 G N\xe3o N\xe3o 2 2 C.S.S.F Amostra 4 41 Faiodermo Casado 1 G Sim N\xe3o 3 3 A.M.S.A Amostra 5 e 6 37 Faiodermo Solteiro 2 G N\xe3o N\xe3o 4 4 F.M.M Amostra 7e 8 34 Faiodermo Amasiado 2 G N\xe3o N\xe3o 5 5 S.B.F Amostra 9 e 10 45 Faiodermo Solteiro 3 G Sim N\xe3o 6 6 W.S.A Amostra 11 e 12 32 Faiodermo Solteiro 2 G N\xe3o N\xe3o 7 7 A.S.M Amostra 13 e 14 50 Faiodermo Solteiro 2 G N\xe3o sim 8 8 T.F.D Amostra 15 e 16 21 Leucodermo Solteiro 2 G N\xe3o sim 9 9 E.S.C Amostra 17 e 18 32 Leucodermo Solteiro 2 G N\xe3o N\xe3o 10 10 D.A.V Amostra 19 e 20 44 Faiodermo Solteiro 1 G Sim N\xe3o O não está aparecendo N\xe3o. O excell que foi gerado este banco de dados em em espanhol, tentei corrigir e não consegui, alguém já teve esse problema? O que tentar fazer? Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

2 1

Como adicionar ponto(s) de sela(s) em superfície resposta?
by Ivan Bezerra Allaman 11 Jun '11

11 Jun '11

Boa noite senhores!! Após ler quase todos os tópicos do nabble internacional de como adicionar pontos com "wireframe" e manipular de tudo qualquer jeito as funções panel.3d.INFERNO e outras milhões de funções da lattice para tentar fazer uma coisa simples, venho recorrer novamente a ajuda dos senhores. Tenho o seguinte CMR. require(plotrix) jet.colors <- colorRampPalette( c("blue", "green") ) x <- seq(-1.95, 1.95, length=30) y <- seq(-1.95, 1.95, length=35) da <- expand.grid(x=x, y=y) da$z <- with(da, x*y^2) require(lattice) panel.3d.contour <- function(x, y, z, rot.mat, distance, nlevels = 20, zlim.scaled, ...) { add.line <- trellis.par.get("add.line") panel.3dwire(x, y, z, rot.mat, distance, zlim.scaled = zlim.scaled, ...) clines <- contourLines(x, y, matrix(z, nrow = length(x), byrow = TRUE), nlevels = nlevels) for (ll in clines) { m <- ltransform3dto3d(rbind(ll$x, ll$y, zlim.scaled[1]), rot.mat, distance) panel.lines(m[1,], m[2,], col = add.line$col, lty = add.line$lty, lwd = add.line$lwd) } } wireframe(z~x+y, da, drape=TRUE, scales=list(arrows=FALSE),col.regions=jet.colors(100),panel.3d.wireframe="panel.3d.contour") Gostaria de indicar no gráfico o(s) ponto(s) (coordenadas x,y e z) de sela, para tornar o gráfico autoexplicativo. Desde já agradeço mais uma vez a atenção de todos. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

2 2

Re: [R-br] Atualização do R no Ubuntu 11.04
by Junior Beleti 11 Jun '11

11 Jun '11

Bom dia.. Estou tentando instalar o R 2-13 em outra máquina, compilando por meio do script que foi descrito neste tópico, porém estou recebendo as seguintes mensagens: ============================================= ============================================= ARQUIVOS FONTE R - VERSAO 2-13 ============================================= ============================================= ============================================= ============================================= ARQUIVOS FONTES R - VERSAO 2-13 ============================================= ============================================= Rpatch.sh: 46: aptitude: not found ============================================= ============================================= ARQUIVOS FONTE R-VERSAO 2-13 ============================================= ============================================= Rpatch.sh: 69: svn: not found Rpatch.sh: 69: ./tools/rsync-recommended: not found Rpatch.sh: 69: ./tools/link-recommended: not found Rpatch.sh: 88: ../R/configure: not found make: *** Nenhum alvo indicado e nenhum arquivo make encontrado. Pare. make: *** Sem regra para processar o alvo `vignettes'. Pare. make: *** Sem regra para processar o alvo `dvi'. Pare. make: *** Sem regra para processar o alvo `pdf'. Pare. make: *** Sem regra para processar o alvo `info'. Pare. ============================================= ============================================= ARQUIVOS FONTE R - VERSAO 2-13 ============================================= ============================================= make: *** Sem regra para processar o alvo `install'. Pare. make: *** Sem regra para processar o alvo `install-dvi'. Pare. make: *** Sem regra para processar o alvo `install-pdf'. Pare. make: *** Sem regra para processar o alvo `install-info'. Pare. ============================================= ============================================= ARQUIVOS FONTE R - VERSAO 2-13 ============================================= ============================================= Gostaria de saber o que pode estar errado, pois não consigo instalá-lo. Versão Ubuntu: 11.04 Obrigado. -- Carlos Roberto Beleti Junior Mestrado em Ciência da Computação Departamento de Informática Universidade Estadual de Maringá

4 3

Eliminar NA e merge com colunas de dif tamanho
by Alexandre Heinemann 11 Jun '11

11 Jun '11

Caros Colegas, Estou com um problema de programação no R. No seguinte arquivo: http://sharex.xpg.com.br/files/6386884446/teste.txt.html, a coluna 1 representa a data. Essa data não considera os dias 31 dos respectivos meses. Nessa coluna Data ha NAs que representam datas inxistentes (30/2 e 29/2 para os anos que esse não existe). Necessito eliminar as linhas que possuem NA (somente para a coluna Data). Após eliminar os NAs, necessito fazer um "merge" com um vetor criado abaixo Data_1. Esse vetor Data_1 representa as datas "reais", ou seja, o ano com 365 e ou 366 dias. Esse merge deve ser feito em função da coluna teste$Data, com a finalidade de criar as datas referentes aos dias 31, preenchendo com NA as restantes. A saída que eu espero é: Data prec_mm tmax_C tmin_C rad_W.m2 file_name Lat Long Cenario rad_MJ.m2 tmax_memo tmin_memo rad_memo 1977-08-30 3.40726e-06 36.9722 23.0109 279.2510 lat_0.5_lon_46.2_P.dat -0.5 -46.2 P 24.127286 35.89341 22.94294 23.02423 1977-08-31 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1977-09-01 3.87843e-04 36.8744 23.0071 263.9960 lat_0.5_lon_46.2_P.dat -0.5 -46.2 P 22.809254 36.51460 22.99073 23.90967 O arquivo no qual estou trabalhando tem 1517400 linhas. http://sharex.xpg.com.br/files/6386884446/teste.txt.html (download) teste <- read.table("teste.txt",sep=";", header=T, colClasses=c("Date", "numeric","numeric","numeric","numeric","character","numeric","numeric","character", "numeric","numeric","numeric","numeric")) str(teste) head(teste) teste$Data = format(as.Date(teste$Data,'%d-%m-%y')) dim(teste) current = as.Date("1975-01-01") final = as.Date("1977-10-10") Data_1 <- seq(from=current,to = final, 1) length(Data_1) Obrigado, Alexandre

2 1

Re: [R-br] Pacote doMC ou doSMP
by Junior Beleti 11 Jun '11

11 Jun '11

Não conheço tais pacotes, mas vou tentar utilizá-los. Obrigado -- Carlos Roberto Beleti Junior Mestrado em Ciência da Computação Departamento de Informática Universidade Estadual de Maringá

1 0

modificar lavels de uma variável
by Edson Lira 10 Jun '11

10 Jun '11

Boa tarde a todos, Tenho um banco de dados, com estrutura abaixo, gostaria de mudar os níveis da variável Lab, por exemplo, aonde tem "ACIDO URICO" ou "ALBUMINA" ou "AMILASE" gostaria de atribuir o nome "Bioquímica", aonde é "17 ALFA HIDROXI PROGESTERONA" atribuir "Citoquímica" e etc... Como fazer isto? Descrição Convenio Quantidade Lab 1 17 ALFA HIDROXI PROGESTERONA <NA> NA 17 ALFA HIDROXI PROGESTERONA 2 17 ALFA HIDROXI PROGESTERONA GOLDEN CROSS 1 17 ALFA HIDROXI PROGESTERONA 3 17 ALFA HIDROXI PROGESTERONA PARTICULAR 1 17 ALFA HIDROXI PROGESTERONA 4 17 ALFA HIDROXI PROGESTERONA SUS 1 17 ALFA HIDROXI PROGESTERONA 5 17 ALFA HIDROXI PROGESTERONA UNIMED 2 17 ALFA HIDROXI PROGESTERONA 6 <NA> <NA> 5 <NA> 7 ACIDO URICO <NA> NA ACIDO URICO 8 ACIDO URICO AMIL 1 ACIDO URICO 9 ACIDO URICO CASSIS 1 ACIDO URICO 10 ACIDO URICO GEAP 5 ACIDO URICO []'s Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

4 3

Plot em R studio
by Marcelo Claro de Souza 10 Jun '11

10 Jun '11

Estou rodando umas PCAs utilizando o R studio no Ubuntu 11, utilizando o pacote vegan pelos seguintes comandos: > dados=read.csv2(file.choose(),h=T,row.names=1) > dados=t(dados) > dados=as.data.frame(dados) > dados.pca=rda(dados,scale=TRUE) > summary(dados.pca) > simbolos=c(rep(19,7),rep(2,7),rep(3,7)) > plot(dados.pca,type="none",xlab="PC1 = 36%",ylab="PC2 = 14%") > points(dados.pca,display="sites",pch=simbolos) > legend("topleft",c("D","Sd","Eg"),pch=c(19,2,3))A análise está rodando certinha, mas na hora de exportar a figura não aprece a legenda na figura. Nem exportando como pdf e nem como png. Tem algum comando errado? Muito obrigado.

2 1

Pacote doMC ou doSMP
by Junior Beleti 09 Jun '11

09 Jun '11

Boa noite a todos. Estou utilizando os pacotes doMC e doSMP para paralelizar loops "for". No entanto, estou com problema de consumo de memória. Ambos os pacotes estão causando falta de memória. Tenho 4GB de memória real, e cheguei a deixar 20GB para swap. Gostaria de saber se alguém já utilizou tais pacotes ou já enfrentou problema semelhante. Obrigado.. -- Carlos Roberto Beleti Junior Mestrado em Ciência da Computação Departamento de Informática Universidade Estadual de Maringá

2 1

Transformar tabelas em data.frames
by Edson Lira 09 Jun '11

09 Jun '11

Bom dia a todos, Tenho a estrutura abaixo: Descrição Convenio Quantidade 1 PROCEDIMENTO : 17 ALFA HIDROXI PROGESTERONA 2 GOLDEN CROSS 03 3 PARTICULAR 10 4 SUS 100 5 UNIMED 200 Como transformar a tabela em dados, sendo cada linha uma observação. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

2 1

Ensaios clínicos
by Rodrigo Pereira 09 Jun '11

09 Jun '11

Caros Colegas, boa tarde. Existe algum pacote do R que faça testes de não-inferioridade, superioridade e equivalência em ensaios clínicos controlados? No caso há alguns ensaios que podem ser feitos utilizando um delineamento crossover ou paralelo, mas no momento preciso saber de algum que faça a análise para o delineamento paralelo. Desde já obrigado. Abraço! Rodrigo Pereira (31)9326 3139

4 4

Re: [R-br] Legenda com gradientes-valores em superfície resposta!
by Ivan Bezerra Allaman 08 Jun '11

08 Jun '11

Mauro, O Walmes já cantou a pedra. É necessário instalar a library(plotrix) para que a função seja reconhecida. Walmes, Você é chato com esta lattes!(brincadeirinha), mas tenho que reconhecer, o gráfico ficou mil vezes melhor com a lattes. Abraços! Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

1 0

Re: [R-br] Legenda com gradientes-valores em superfície resposta!
by Ivan Bezerra Allaman 08 Jun '11

08 Jun '11

Walmes! Valeu pela dica, mais meu sangue não bate com a lattes. rsrsrsrsrs. Bem, eu encontrei uma solução com a graphics. Segue abaixo para aqueles que se interessarem. layout(matrix(c(1,2),1,2,byrow=T),widths=c(4,1)) x <- seq(-1.95, 1.95, length = 30) y <- seq(-1.95, 1.95, length = 35) z <- outer(x, y, function(a,b) a*b^2) nrz <- nrow(z) ncz <- ncol(z) # Create a function interpolating colors in the range of specified colors jet.colors <- colorRampPalette( c("blue", "green") ) # Generate the desired number of colors from this palette nbcol <- 100 color <- jet.colors(nbcol) # Compute the z-value at the facet centres zfacet <- z[-1, -1] + z[-1, -ncz] + z[-nrz, -1] + z[-nrz, -ncz] # Recode facet z-values into color indices facetcol <- cut(zfacet, nbcol) persp(x, y, z, col=color[facetcol], phi=30, theta=-30) col.labels <- c("0.0","0.2","0.4","0.6","0.8","1.0")#intervalo de valores do Z. plot(0:10,type="n",axes=FALSE,xlab="",ylab="") color.legend(1,1.5,9,8,col.labels,color,gradient="y",align="rb") Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

3 2

Legenda com gradientes-valores em superfície resposta!
by Ivan Bezerra Allaman 08 Jun '11

08 Jun '11

Boa tarde senhores! Gostaria de saber se é possível criar uma legenda com gradiente-valores em um gráfico de superfície resposta? Vejamos o seguinte CMR. par(bg = "white") x <- seq(-1.95, 1.95, length = 30) y <- seq(-1.95, 1.95, length = 35) z <- outer(x, y, function(a,b) a*b^2) nrz <- nrow(z) ncz <- ncol(z) # Create a function interpolating colors in the range of specified colors jet.colors <- colorRampPalette( c("blue", "green") ) # Generate the desired number of colors from this palette nbcol <- 100 color <- jet.colors(nbcol) # Compute the z-value at the facet centres zfacet <- z[-1, -1] + z[-1, -ncz] + z[-nrz, -1] + z[-nrz, -ncz] # Recode facet z-values into color indices facetcol <- cut(zfacet, nbcol) persp(x, y, z, col=color[facetcol], phi=30, theta=-30) Aqui é criado um gráfico de superfície resposta, com cores que vão do azul ao verde. Vejamos outro CMR, para chegarmos onde eu quero. library(fields) loc <- make.surface.grid(list( seq(1,dim(z)[1],length=500), seq(1,dim(z)[2],length=500) )) r <- interp.surface( list(x=1:dim(z)[1], y=1:dim(z)[2], z=z), loc ) op <- par(mfrow=c(2,1)) image.plot(z, main="Raw data") image.plot(as.surface(loc,r), main="Linear interpolation") par(op) Percebam que aqui, é criado um gráfico com uma legenda indicando cores que correspondem a determinados valores. O que eu quero é justamente esta legenda no gráfico do primeiro CMR. É possível? Desde já agradeço a atenção de todos. Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman(a)yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

2 1

Re: [R-br] lillie.test vs ks.test
by Cristiano Melo 08 Jun '11

08 Jun '11

Texto da ajuda do R The Lilliefors (Kolomorov-Smirnov) test is the most famous EDF omnibus test for normality. Compared to the Anderson-Darling test and the Cramer-von Mises test it is known to perform worse. Although the test statistic obtained from lillie.test(x) is the same as that obtained from ks.test(x, "pnorm", mean(x), sd(x)), it is not correct to use the p-value from the latter for the composite hypothesis of normality (mean and variance unknown), since the distribution of the test statistic is different when the parameters are estimated. Minha base de dados consiste de uma amostra de tempos de reparo de equipamentos e tempos de operação (um vetor para cada). Neste caso o mais adequado é o lillie.test?

3 3

Semelhança de textos
by Leandro Marino 08 Jun '11

08 Jun '11

Caros, Alguém saberia me dizer se o R tem alguma função implementada que forneça um percentual de concordância de textos dentro de um determinado data.frame? Preciso testar todos contra todos, em geral, são diversos conjuntos de 15 a 20 pequenos textos. Na realidade estou preparando uma função para encontrar registros duplicados que possam ter pequenas diferenças de grafia. Atenciosamente, Leandro Lins Marino Centro de Avaliação Fundação CESGRANRIO Rua Santa Alexandrina, 1011 - 2º andar Rio de Janeiro, RJ - CEP: 20261-903 ( (21) 2103-9600 R.:236 * <mailto:leandro@cesgranrio.org.br> leandro(a)cesgranrio.org.br P Antes de imprimir pense em sua responsabilidade e compromisso com o MEIO AMBIENTE Esta mensagem, incluindo seus anexos, pode conter informacoes privilegiadas e/ou de carater confidencial, nao podendo ser retransmitida sem autorizacao do remetente. Se voce nao e o destinatario ou pessoa autorizada a recebe-la, informamos que o seu uso, divulgacao, copia ou arquivamento sao proibidos. Portanto, se você recebeu esta mensagem por engano, por favor, nos informe respondendo imediatamente a este e-mail e em seguida apague-a.

7 11

gráfico de médias com desvio determinado pelo usuário
by Rodrigo Plei 07 Jun '11

07 Jun '11

Prezados, Gostraia de fazer um gráfico mostrando a média de porcentagem larvas transportadas por localidade, tendo como a linha de desvio o intervalo de confianca 95% (± 95% IC) da média dos mínimos quadrados (least square means) É possível fazer isso usando os recursos gráficos do R? A base de dados que tenho é assim: Local propLarvasTransp 1 0.75 1 0.37 1 0.42 1 0.25 2 0 2 0.22 2 0.15 2 0.05 3 0.11 3 0.14 3 0.07 3 0.16 . . . Encontrei em livros e na internet como plotar todos os tipos de desvios, menos esse bendito intervalo de confiança. Agradeço qualquer ajuda desde logo. Rodrigo -- =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> Rodrigo Silvestre Martins, PhD Bolsista FAPESP Pós-Doutorado Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq) Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B) Butantã - São Paulo/SP, Brasil 05508-900 Tel: +55 11 3091 6549 Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777

2 2

sobre a utilização da função expression
by Antonio Silva 06 Jun '11

06 Jun '11

Olá, Quero escrever a equação de von Bertalanffy como um legenda em um gráfico. Utilizo o R no Ubuntu. A forma mais adequada de escrever a equação é Li=L∞×[1-e-k×(t-t0)], sendo "i" e "∞" subscritos e "-k×(t-t0)" sobrescrito. O "0" do "t0" também é subscrito. Para tal escrevi: legend(locator(1),bty="n",expression(L[i]==L["\U221E"]%*%(1-e^{-k%*%(t-t[0])})),cex=1.5) Notem que não consegui colocar os colchetes, repito os parêntesis ... Tentei várias formas como "[" ou mesmo "\U005B" mas não deu certo. Agradeço qualquer dica. Abraços, Antônio -- Antônio Olinto Ávila da Silva Biólogo / Oceanógrafo Instituto de Pesca (Fisheries Institute) São Paulo, Brasil

4 8

Criando arquivo com dados - Extracão
by Luciano Ramos Gonçalves 06 Jun '11

06 Jun '11

Tenho um arquivo com 11 colunas. A coluna 2 (V2) tem aproximadamente 300 /levels/. O que eu pretendo é separar todo o arquivo conforme esses leveis. Ou seja, sendo o level 1 "AAA", eu quero extrair todas as linhas cujo valor na segunda coluna seja "AAA" e gravar em um novo arquivo, usando "sink()" por exemplo. Como selecionar as linhas conforme o valor do level da segunda coluna? Grato, Luciano.

4 7

Integração Numérica - Método de Filon
by Tiago Vieira 06 Jun '11

06 Jun '11

Olá caros colegas, Estou com uma "quase árdua" tarefa de implementar no R uma função do Método de Filon para resolver integrais numericamente, mas estou com dificuldades para encontrar materiais (livres) que abordem o assunto de um modo prático. Alguém tem alguma bibliografia que me sugira, ou que possa me disponibilizar. Desde já agradeço! Att, Tiago Vieira. Obs.: Já tentei acessar o texto oficial de proposição do método, mas faltou $$$$$$...

1 0