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Erro ao carregar lme4
by Walmes Zeviani 09 Set '11

09 Set '11

Saudações pessoal, Estou diante de um erro ao carregar a lme4. Eu fiz a requisição e apreceu essa mensagem de erro > require(lme4) Carregando pacotes exigidos: lme4 Carregando pacotes exigidos: Matrix Carregando pacotes exigidos: lattice Anexando pacote: 'Matrix' The following object(s) are masked from 'package:base': det Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : pacote 'cholmod_l_start' não oferece a função 'Matrix' Ingenuamente pensei eu instalar novamente e procedimento de instalação correu sem problemas > install.packages("lme4" , "/usr/lib/R/site-library", dep=TRUE) --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- Carregando a interface Tcl/Tk ... pronto tentando a URL 'http://cran.fhcrc.org/src/contrib/lme4_0.999375-41.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 1040482 bytes (1016 Kb) URL aberta ================================================== downloaded 1016 Kb * installing *source* package ‘lme4’ ... ** libs gcc -I/usr/share/R/include -I"/usr/lib/R/library/Matrix/include" -I"/usr/lib/R/library/stats/include" -fpic -std=gnu99 -O3 -pipe -g -c init.c -o init.o gcc -I/usr/share/R/include -I"/usr/lib/R/library/Matrix/include" -I"/usr/lib/R/library/stats/include" -fpic -std=gnu99 -O3 -pipe -g -c lmer.c -o lmer.o gcc -I/usr/share/R/include -I"/usr/lib/R/library/Matrix/include" -I"/usr/lib/R/library/stats/include" -fpic -std=gnu99 -O3 -pipe -g -c local_stubs.c -o local_stubs.o gcc -shared -o lme4.so init.o lmer.o local_stubs.o -llapack -lblas -lgfortran -lm -L/usr/lib/R/lib -lR installing to /usr/lib/R/site-library/lme4/libs ** R ** data ** moving datasets to lazyload DB ** inst ** preparing package for lazy loading Loading required package: lattice Attaching package: 'Matrix' The following object(s) are masked from 'package:base': det Creating a generic for ‘VarCorr’ in package ‘lme4’ (the supplied definition differs from and overrides the implicit generic in package ‘nlme’: Formal arguments differ: (x, ...), (x, sigma, rdig)) Creating a new generic function for "coef" in "lme4" Creating a new generic function for "confint" in "lme4" Creating a new generic function for "plot" in "lme4" Creating a new generic function for "formula" in "lme4" Creating a new generic function for "fixef" in "lme4" Creating a new generic function for "ranef" in "lme4" Creating a new generic function for "anova" in "lme4" Creating a new generic function for "deviance" in "lme4" Creating a new generic function for "fitted" in "lme4" Creating a new generic function for "predict" in "lme4" Creating a new generic function for "residuals" in "lme4" Creating a new generic function for "resid" in "lme4" Creating a new generic function for "simulate" in "lme4" Creating a new generic function for "model.frame" in "lme4" Creating a new generic function for "model.matrix" in "lme4" Creating a new generic function for "terms" in "lme4" Creating a new generic function for "vcov" in "lme4" Creating a new generic function for "with" in "lme4" Creating a new generic function for "as.data.frame" in "lme4" Creating a new generic function for "xyplot" in "lme4" Creating a new generic function for "densityplot" in "lme4" Creating a new generic function for "qqmath" in "lme4" ** help *** installing help indices ** building package indices ... ** testing if installed package can be loaded * DONE (lme4) The downloaded packages are in ‘/tmp/RtmpYPs5qU/downloaded_packages’ > Quando fiz a nova requisição outra mensagem de erro apareceu > require(lme4) Carregando pacotes exigidos: lme4 Error in get(Info[i, 1], envir = env) : não foi possível alocar um bloco de memória de tamanho 2.3 Gb Os dados da minha sessão R são > sessionInfo() R version 2.13.1 (2011-07-08) Platform: i486-pc-linux-gnu (32-bit) locale: [1] LC_CTYPE=pt_BR.utf8 LC_NUMERIC=C [3] LC_TIME=pt_BR.utf8 LC_COLLATE=pt_BR.utf8 [5] LC_MONETARY=C LC_MESSAGES=pt_BR.utf8 [7] LC_PAPER=pt_BR.utf8 LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=pt_BR.utf8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] Matrix_0.9996875-3 lattice_0.19-33 loaded via a namespace (and not attached): [1] grid_2.13.1 nlme_3.1-102 stats4_2.13.1 > Toda ajuda é bem vinda. Grato. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================

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Contar dias uteis entre duas datas
by Edson Lira 09 Set '11

09 Set '11

Pessoal, como faço para contar somente os dias úteis das seguintes datas: DATA FINAL: 09/09/2011 DATA INICIAL: 09/06/2011 []'S. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Re: [R-br] Duvida no summary da ancova, usando GLM
by Walmes Zeviani 09 Set '11

09 Set '11

Caro amigo sem nome, O fato de ser glm não complica as coisas. O nível de referência segue ordem alfanumérica e não de entrada na planilha. A densidade está declarada como contínua e presente apenas com efeito de primeira ordem? Você vai ter que comparar as estimativas das médias para um valor fixo de densidade. Se usar o pacote contraste, isso é bem simples. Veja abaixo um exemplo simulado bem mediocre mas que é útil para entender o procedimento tr <- gl(3,4) # níveis de tratamento ds <- runif(length(tr), 1, 1.2) # densidade do solo y <- rbinom(length(tr), prob=0.5, size=50) # germinação # tr é categórica, ds é númerica m0 <- glm(cbind(y, 50-y)~tr*ds, family=binomial) anova(m0, test="Chisq") summary(m0) # compara os níveis de tratamento entre sí com ds=1.1 require(contrast) # tr 1 contra tr 2 sendo a densidade do solo igual a 1.1 contrast(m0, list(tr="1", ds=1.1), list(tr="2", ds=1.1)) # diferença em termos de preditor linear predict(m0, data.frame(tr="1", ds=1.1))- predict(m0, data.frame(tr="2", ds=1.1)) # diferença em termos de resposta predict(m0, data.frame(tr="1", ds=1.1), type="response")- predict(m0, data.frame(tr="2", ds=1.1), type="response") # fazer as demais comparações. usar método Bonferroni para # manutenção do erro tipo 1. Recomendo que você participe da nossa lista de discussão sobre R. Suas dúvidas serão bem recebidas e as respostas bem rápidas. Neste link estão informações para cadastro, envio e etiqueta na lista http://www.leg.ufpr.br/doku.php/software:rbr À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== 2011/9/9 <frdor85(a)hotmail.com> > Olá Walmes, > > É a primeira vez que pergunto algo aqui e gostaria muito de resolver um > dúvida nas minhas análises. Faço mestrado trabalhando com emergência de > plântulas herbáceas em diferentes tratamentos de serrapilheira(Adição, > controle e exclusão de serrapilheira). O meu modelo inclui o teor de argila > no solo e a interaçãoentre argila e os 3 tratamentos. No summary do teste > não aparece os resultados referentes ao tratamento de adição de > serrapilheira. Me falaram que o R compara o primeiro nível do tratamento com > os outros (na minha planilha original a adição de serrapilheira é o primeiro > nível dos tratamentos). Eu inverti a ordem de entrada dos tratamentos e a > comparação foi a mesma!!! Como não é possível usar HDS Tukey, como posso > obter todos os resultados da comparação entre os tratamentos de uma ancova, > usando GLM??? > >

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Obtenção do Chi calculado em anova()
by ASANTOS 09 Set '11

09 Set '11

Boa tarde pessoal, Gostaria de saber como obter o valor de Chi calculado em uma anova() entre dois modelos usando GLM, exemplicando: y1<-rpois(50, lambda = 4) trat<-rep(1:10,5) mod.y1<-glm(y1~1, family="poisson") mod.y2<-glm(y1~trat, family="poisson") names(anova(mod.y1,mod.y2,test="Chi")) [1] "Resid. Df" "Resid. Dev" "Df" "Deviance" "P(>|Chi|)" O problema é que a anova() me dá o valor do P(>|Chi|), mas não o valor de Chi calculado, onde eu gostaria de saber se é possível obter esse valor? Obrigado, Alexandre

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Estabelecer CORTE CLASSIFICATÓRIO em uma base de dados
by Daniel Dantas 09 Set '11

09 Set '11

Bom dia a cada um de vocês amigos de lista, Preciso de uma ajuda relacionado à cortes classificatórios em uma base de dados. Tenho informações de uma amostra n funcionários que solicitam atestado médico em dias, ou seja, tal funcionário no ano ausentou-se do trabalho, por exemplo, 5, 10, 40,... ou 100 dias. O problema é: Preciso estabelecer um corte para classificar o quanto posso considerar como MUITO/ALTO os dias folgas do funcionário. Como não conheço a distribuição dos dados o pensei foi: classificar como alto a média + 1 ou 2 desvios padrão. Nessa perspectiva, eu poderia cometer algum equívoco? Na opinião de vocês, qual seria o melhor método para classificar como ALTO os dias de folga? O meu muito obrigado para quem puder me ajudar, Daniel

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Contar somente dias úteis
by Edson Lira 09 Set '11

09 Set '11

Pessoal, como faço para contar somente os dias úteis das seguintes datas: DATA FINAL: 09/09/2011 DATA INICIAL: 09/06/2011 []'S. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Erro ao carregar lme4
by Walmes Zeviani 09 Set '11

09 Set '11

Saudações pessoal, Estou diante de erro ao carregar o pacote lme4 ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes(a)ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================

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Re: [R-br] [Dúvida] Invocar funções C++ no R
by Pedro Rafael 09 Set '11

09 Set '11

Quando eu falo conectado quero dizer que ele não está sendo reconhecido no DOS. Tava lendo um tutorial que ele manda testar se as variáveis ambientes adicionadas foram colocadas de forma correta. Para ver se o gcc está sendo reconhecido pelo DOS o tutorial manda digitar gcc --help. Para ver se o R está podendo ser chamado pelo DOS sem referenciar o caminho visto que o patch foi add corretamente ele manda fazer R.exe. Já para ver se a variável ambiente do Rtools está adicionada de forma correta ele manda digitar o comando grep. Contudo consegui corrigir o problema a poucos minutos atrás. Muito obrigado Benilton pelas dicas. Qualquer dúvida a mais que tiver eu irei aperriar (risos). Em 26 de agosto de 2011 08:55, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho(a)gmail.com>escreveu: > Quando eu falo conectado quero dizer que ele não está sendo reconhecido no > DOS. Tava lendo um tutorial q > > Em 26 de agosto de 2011 08:41, beniltoncarvalho [via R-br] < > ml-node+3770614-1267126705-223914(a)n4.nabble.com> escreveu: > > O que exatamente vc quer dizer com 'RTools nao esta conectado'? RTools >> e' apenas um conjunto de ferramentas (MinGW, Perl, etc) e essas voce >> acessa pelo terminal do DOS. Note que, com o RTools, vc nao precisa do >> gcc. >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=3770614&i=0> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the discussion >> below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Invocar-funcoes-C-no-R-tp3768… >> To unsubscribe from R-br, click here<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscrib…>. >> >> > > > > -- > Saudações, > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho.

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Re: [R-br] [Dúvida] Como destacar contorno de mapa?
by Pedro Rafael 09 Set '11

09 Set '11

Sem problemas João Felipe. Desculpas aceitas e seja bem vindo. Em 9 de setembro de 2011 09:00, Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho(a)gmail.com > escreveu: > Sem problemas João Felipe. Desculpas aceitas e seja bem vindo. > > Em 9 de setembro de 2011 08:58, João Felipe Santos [via R-br] < > ml-node+s2285057n3801436h93(a)n4.nabble.com> escreveu: > > Oi Pedro, >> >> minha intenção não foi ofender, só fazer uma observação comum de >> "netiqueta". Peço desculpas se você se sentiu ofendido. Como comentei, >> sou novo na lista e minha intenção é somente contribuir. >> >> []s >> >> -- >> João Felipe Santos >> >> >> >> 2011/9/9 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=3801436&i=0>>: >> >> >> > João Felipe, muitos sabem sobre o assunto. Já sou mais antigo na lista e >> >> > acreditei que pode ter havido erro no envio do e-mail >> > Saudações, >> > Pedro Rafael Diniz Marinho >> > >> > Em 9 de setembro de 2011 08:45, João Felipe Santos [via R-br] >> > <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=3801436&i=1>> >> escreveu: >> >> >> >> Nunca trabalhei com mapas (minha área não tem nada a ver com isso), >> >> mas uma busca rápida no Stack Overflow me mostrou o seguinte: >> >> >> >> >> >> >> http://stackoverflow.com/questions/1260965/developing-geographic-thematic-m… >> >> >> >> Nessa página, encontrei o seguinte exemplo: >> >> http://www.ai.rug.nl/~hedderik/R/US2004/ >> >> >> >> Acredito que os programas de exemplo mostrem mais ou menos como fazer. >> >> >> >> Sou novo na lista, mas acho que deve existir uma política para que se >> >> evite repetição de tópicos. Se ninguém respondeu, é porque >> >> provavelmente ninguém sabia como fazer. >> >> >> >> []s >> >> >> >> -- >> >> João Felipe Santos >> >> >> >> >> >> >> >> 2011/9/9 Pedro Rafael <[hidden email]>: >> >> > Pessoal como destacar contornos de um mapa no R. Tenho um mapa com >> 223 >> >> > municípios (Paraíba) e alguns conjuntos desses municípios formam >> >> > regionais >> >> > de saúde. Logo, os 223 municípios se agrupam em 12 regiões de saúde. >> >> > Gostaria de saber qual o comando no R para que eu possa trabalhar com >> os >> >> > contornos de forma a os destacar com cores diferentes. Possivelmente >> >> > terei >> >> > que alterar o arquivo DBF para informar quais municípios pertence à >> >> > primeira >> >> > regional, segunda, etc. >> >> > >> >> > -- >> >> > Saudações, >> >> > Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> > Currículo >> >> > >> >> > Lattes: >> http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4250792T6 >> >> > >> >> > >> >> > _______________________________________________ >> >> > R-br mailing list >> >> > [hidden email] >> >> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> >> >> > código >> >> > mínimo reproduzível. >> >> > >> >> _______________________________________________ >> >> R-br mailing list >> >> [hidden email] >> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> >> código mínimo reproduzível. >> >> >> >> >> >> ________________________________ >> >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion >> >> below: >> >> >> >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Como-destacar-contorno-de-map… >> >> To unsubscribe from R-br, click here. >> > >> > >> > -- >> > Saudações, >> > Pedro Rafael Diniz Marinho. >> > Currículo >> > Lattes: >> http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4250792T6 >> > >> > >> > _______________________________________________ >> > R-br mailing list >> > [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=3801436&i=2> >> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código >> > mínimo reproduzível. >> > >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=3801436&i=3> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the discussion >> below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Como-destacar-contorno-de-map… >> To unsubscribe from R-br, click here<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscrib…>. >> >> > > > > -- > Saudações, > Pedro Rafael Diniz Marinho. > Estatístico - Secretaria de Estado da Saúde - PB. > > > -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho. Estatístico - Secretaria de Estado da Saúde - PB.

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[Dúvida] Como destacar contorno de mapa?
by Pedro Rafael 09 Set '11

09 Set '11

Pessoal como destacar contornos de um mapa no R. Tenho um mapa com 223 municípios (Paraíba) e alguns conjuntos desses municípios formam regionais de saúde. Logo, os 223 municípios se agrupam em 12 regiões de saúde. Gostaria de saber qual o comando no R para que eu possa trabalhar com os contornos de forma a os destacar com cores diferentes. Possivelmente terei que alterar o arquivo DBF para informar quais municípios pertence à primeira regional, segunda, etc. -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho. Currículo Lattes: http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4250792T6

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GGE Biplot
by Andre Oliveira 09 Set '11

09 Set '11

Boa tarde, alguém sabe em qual pacote e qual função tem a técnica GGE Biplotimplementada no R? Tem um amigo procurando. André Oliveira Souza

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[Dúvida] Destacando contornos mapa.
by Pedro Rafael 08 Set '11

08 Set '11

Pessoal como destacar o contorno de um conjunto de municípios de um mapa .shp importado pelo R? Criei uma função chamada mapa.coropletico definida abaixo só que os municípios apresentam divididos por exemplo em macro regiões. Gostaria de contornar as macros desses municípios por linhas vermelhas por exemplo. mapa.coropletico <- function(dados){ library(maptools) library(RColorBrewer) library(classInt) mapa <- readShapePoly("C:\\Users\\GORR-PEDRO\\INDICADORES\\MALHA MUNICIPAL (MAPA)\\PB.shp") colours <- brewer.pal(5, "Blues") brks<-classIntervals(dados, n=5, style="quantile") plot(brks, pal=colours) brks<- brks$brk plot(mapa, col=colours[findInterval(dados, brks,all.inside=TRUE)], axes=TRUE) title(paste (main = "MAPA DA PARAÍBA"), xlab = "Longitude", ylab = "Latitude") SpatialPolygonsRescale(layout.north.arrow(1), offset= c(-38.5,-8.5),plot.grid=FALSE, scale = 0.4) # Plota a direção do Norte. legend(locator(1), legend=leglabs(brks), fill=colours, bty="o", cex = 0.7) # Plota a legenda ao lado do gráfico. SpatialPolygonsRescale(layout.scale.bar(height = 0.01), offset= c(-38.9,-8.0), fill= c("transparent", "black"), plot.grid=F) text(-36.84889, -8.70114, "10KM", cex= 1) text(534000,152000, "Boundary Data Crown Copyright Ordnance Survey 2009.", cex= 1) text(556500, 166000, "Coberturas", cex= 1) } -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho. Currículo Lattes: http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4250792T6

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[Dúvida] Destacar contornos no MAPA.
by Pedro Rafael 08 Set '11

08 Set '11

Pessoal tenho o mapa da Paraíba por municípios (223 municípios). Esses municípios estão divididos em 12 Regiões de Saúde. Como destacar os contornos de cada região de saúde, ou seja, como destacar na malha da Paraíba as 12 Regiões de Saúde? Uma outra dúvida que tenho é como eu posso colocar símbolos no interior de cada polígono. Digamos no município de João Pessoa por exemplo colocar duas estrelas uma amarela e outra vermelha? -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho. Currículo Lattes: http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4250792T6

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Como colocar a letra grega rho na legenda de um gráfico?
by Roberto Leoni 08 Set '11

08 Set '11

Como posso colocar a letra grega rho na legenda desse gráfico? Obrigado desde já. r_0.3_a_0.5_b_0.5 =c(125.59,50.72,20.41,125.59,107.76,53.20,22.99,50.72,53.20,36.01,19.28,20.41,22.99,19.28,12.93) r_0.5_a_0.5_b_0.5 =c(115.53,41.92,15.78,115.53,115.53,55.33,21.99,41.92,55.33,41.92,21.99,15.98,21.99,21.99,15.78) r_0.7_a_0.5_b_0.5 =c(94.19,27.26,9.11,94.19,122.11,51.63,16.97,27.26,51.63,47.52,22.96,9.11,16.97,22.96,18.67) plot (x,r_0.3_a_0.5_b_0.5, pch=20, cex=1.5, xlab= "X", ylab="Y", main=" ", xlim=c(1,15), ylim=c(0,200),axes = FALSE) axis(1, 1:15, LETTERS[1:15]) axis(2); box() points(x,r_0.5_a_0.5_b_0.5, pch=21, cex=1.5 ) points(x,r_0.7_a_0.5_b_0.5, pch=22, cex=1.5 ) legend(11, 190, c('rô=0,3', "rô=0,5", "rô=0,7"), text.col = "black", pch=20:22, bg = 'gray95' ) Roberto C. Leoni ________________________________ De: "r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quinta-feira, 8 de Setembro de 2011 12:00 Assunto: Digest R-br, volume 7, assunto 8 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: NPMANOVA (Victor L. Landeiro) 2. GGE Biplot (Andre Oliveira) 3. Re: GGE Biplot (Fabio Mathias Corrêa) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Wed, 7 Sep 2011 13:24:54 -0300 From: "Victor L. Landeiro" <vllandeiro(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] NPMANOVA Message-ID: <CAGVYSMuCy8Q0YZu1PAeEZ=wZS_mCE8vs1KNxB_OR0gkV=wWJiQ(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Marcelo, data(dune)## dados das espécies data(dune.env) ### dados ambientais adonis(dune ~ Management*A1, data=dune.env, permutations=99) Management*A1 são variáveis que estão dentro dos dados dune.env (dados ambientais) usados no exemplo. para você usar a função informe quem é a resposta e quem são os preditores. adonis(resposta ~ preditores) 2011/9/6 Marcelo Claro de Souza <marcelo_claro(a)yahoo.com.br> > Olá, alguém poderia me explicar como rodar uma NPMANOVA, pois tentei rodar > utilizando o exemplo do pacote vegan e não entendi de onde saiu o argumento > Management*A1 > > Exemplo do help do R: > > data(dune) > data(dune.env) > adonis(dune ~ Management*A1, data=dune.env, permutations=99) > > Muito obrigado. > > Marcelo > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -- victor _______________________________ Victor Lemes Landeiro www.inpa.gov.br http://ppbio.inpa.gov.br http://ppbio.inpa.gov.br/Port/public/disciplinas fones (62)85764316(Oi); (62)81702517(Tim) -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20110907/f71e497f/atta…> ------------------------------ Message: 2 Date: Wed, 7 Sep 2011 13:21:42 -0700 (PDT) From: Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] GGE Biplot Message-ID: <1315426902.60881.YahooMailNeo(a)web161814.mail.bf1.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Boa tarde, alguém sabe em qual pacote e qual função tem a técnica GGE Biplotimplementada no R? Tem um amigo procurando. André Oliveira Souza -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20110907/ebc44317/atta…> ------------------------------ Message: 3 Date: Wed, 7 Sep 2011 14:35:17 -0700 (PDT) From: Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla(a)yahoo.com.br> To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>, Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> Subject: Re: [R-br] GGE Biplot Message-ID: <1315431317.18356.YahooMailNeo(a)web59703.mail.ac4.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Só um alerta! Muitas vezes achamos a resposta no próprio site da cran! No search!!! cran.r-project.org/web/packages/GGEBiplotGUI/GGEBiplotGUI.pdf Valeu!!! Fábio Mathias Corrêa Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia Tel.: 73-3680-5076 ________________________________ De: Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> Para: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Enviadas: Quarta-feira, 7 de Setembro de 2011 17:21 Assunto: [R-br] GGE Biplot Boa tarde, alguém sabe em qual pacote e qual função tem a técnica GGE Biplotimplementada no R? Tem um amigo procurando. André Oliveira Souza _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20110907/a6767401/atta…> ------------------------------ _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Fim da Digest R-br, volume 7, assunto 8 ***************************************

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NPMANOVA
by Marcelo Claro de Souza 07 Set '11

07 Set '11

Olá, alguém poderia me explicar como rodar uma NPMANOVA, pois tentei rodar utilizando o exemplo do pacote vegan e não entendi de onde saiu o argumento Management*A1 Exemplo do help do R: data(dune) data(dune.env) adonis(dune ~ Management*A1, data=dune.env, permutations=99) Muito obrigado. Marcelo

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Generalizando chamada de função
by . . 06 Set '11

06 Set '11

Olá pessoal, Gostaria da ajuda de vcs para entender o que acontece no código da "func2". Meu plano é fazer com que func2 e func1 retornem os mesmos valores. Para "func1" obtenho... 0.25 with absolute error < 8.4e-05 Mas "func2" está retornando... Error in dpois(1, 0.1, 23.3065168689948, 0.000429064542600244, 3.82988398013855, : unused argument(s) (0.000429064542600244, 3.82988398013855, 0.00261104515224461, 1.37999516465199, 0.0072464022020844, 0.673787740945863, 0.0148414691931943, 0.383193602946711, 0.0260964690514175, 0.236612585866545, 0.0422631787036055, 0.152456705113438, 0.0655923922306948) func1 <- function(y, a, rate) { f1 <- function(n, y, a, rate) { lambda <- a * n dexp(n, rate) * dpois(y, lambda) } integrate(f1, 0, Inf, y, a, rate) } func1(1, 0.1, 0.1) func2 <- function(y, a, rate, samp) { f1 <- function(n, y, a, rate, samp) { SampDist <- function(y, a, n, samp) { lambda <- a * n dcom <- paste("d", samp, sep="") dots <- as.list(c(y, lambda)) do.call(dcom, dots) } dexp(n, rate) * SampDist(y, a, n, samp) } integrate(f1, 0, Inf, y, a, rate, samp) } func2(1, 0.1, 0.1, "pois") Desde já obrigado.

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[OT] LaTeX
by Leandro Marino 05 Set '11

05 Set '11

*Caros, estou com algum problema no LaTeX que não consigo resolver de jeito nenhum. Meu arquivo compila sem erros mas não carrega a bibliografia. Alguma alma caridosa poderia me enviar (em pvt) um algum exemplo reprodutível para que possa rodar e tentar descrobrir qual o problema em minha máquina? *Atenciosamente, Leandro Marino Cel.: + 55 21 9845-7707 Cel.: + 55 21 8777-7907

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Ajuda RSNNS
by Ana Paula Sousa 05 Set '11

05 Set '11

Pessoal, Estou trabalhando com o pacote RSNNS. Treinei uma rede neural de Elman, agora preciso projetar os valores com a rede treinada. Como posso fazer isso? Desde já agradeço.

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Re: [R-br] multivariada dados qualitativos
by Thiago De paula protásio 04 Set '11

04 Set '11

Ricardo, concordo com o Guilherme.... Por favor, nos informe quais técnicas de análise multivariada vc pretende utilizar........ MANOVACLUSTERCCAPCAetc........ Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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multivariada dados qualitativos
by Ricardo Cesar Silva 04 Set '11

04 Set '11

Boa tarde, Colegas. Alguém poderia me dizer se há algum pacote do R próprio para fazer análises multivariadas com dados qualitativos? Muito obrigado! -- R Cesar

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Modelo de Ising em duas dimensões para imagens
by Mauro Sznelwar 03 Set '11

03 Set '11

Existe em algum lugar, ou alguém tem implementado este no modelo no R para imagens?

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Correlação Canônica! Cargas Padronizadas!
by Thiago De paula protásio 02 Set '11

02 Set '11

Pessoal; Gostaria da valiosa ajuda de vcs... Alguém conhece algum comando no R para que eu possa obter as cargas canônicas e as cargas canônicas cruzadas padronizadas??? Muito obrigado!!!! Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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sqlSave - pacote RODBC
by Vinicius Brito Rocha 02 Set '11

02 Set '11

Senhores, estou tentando, sem sucesso, dar um apend em uma tabela criada em um banco Teradata, usei o própiro sqlSave para criar a tabela, porém quando uso o sqlSave para inputar a tabela com parâmeto apend=T e inputar os arquivos tenho a seguinte mensagem de erro. sqlwrite returned [RODBC] Failed exec in Update 23000 -2802 [NCR][ODBC Teradata Driver][Teradata Database] Duplicate row error in SB_MERCADO.ech_amostra_4. alguem sabe o que pode ter ocorrido? -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário, Mestre em Pesquisa Operacional www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor "Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores." - Albert Einstein.

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movimentar legenda eixo Y
by Marcelo Claro de Souza 01 Set '11

01 Set '11

Gostaria de saber como faço para alterar a distância das legendas nos eixos x e y, pois quando escrevo cm2 g-1 no eixo Y os expontes aparecem cortados quando salvo a figura em pdf ou jpg. Muito obrigado.

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R: Script x Programa
by Lucas Ferreira 01 Set '11

01 Set '11

Desculpem a ingenuidade...Gostaria de saber se um Script feito para o R pode ser considerado um programa.Por exemplo, vejo algumas pessoas com o currículo possuindo : Programa X sem registro.Um dos meus scripts é usado por pessoas em universidades diferentes. sera que eu poderia declara-lo no no lattes como um "programa sem registro " ?existe algum impedimento legal em fazer isso? Não tenho nem ideia. obrigado e desculpem ------------------------------------------------------------------ -Lucas Ferreira da Silva Mestrando em Biotecnologia - UFESLaboratório de Biotecnologia Aplicada ao AgronegócioNúcleo de Biotecnologia/CCS/UFESAv. Marechal Campos, 146829040-090, Vitória, ES, BrasilTel/Fax. 55.27. 3335-7348 ----------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------------

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Ajuda com Função poder
by Victor Eduardo 31 Ago '11

31 Ago '11

Gente, alguém poderia me dar uma luz de como construir a função poder para um teste de hipóteses desse jeito: lançando uma moeda 10 vezes e quero testar isso: H0: p=0.5 H1: p diferente de 0.5 A questão fornece a regiao critica e pede para construir a função poder. Resolvendo tudo, cheguei : P(0.6 - p)/sqrt(p*(1-p)/10) - P (0.4 - p)/sqrt(p*(1-p)/10) Como poderia começar a construir a função poder nesse caso? Abraços!

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equivalente ao "select case" do VB em R
by Antonio Silva 31 Ago '11

31 Ago '11

Olá, Estou passando para R uma rotina em visual basic. No R, qual o comando mais similar ao "select case" do VB? Por exemplo: select case int(AG) case 0, 5, 8, 10 VAR = 37 case 1, 4 VAR = 70 case 3, 6, 9 VAR = 90 case 2, 7 VAR = 112 end select Uma saída seria utilizar "if else" de forma encadeada, mas isto não seria muito elegante. Alguém saberia informar outra opção? Obrigado! Antonio Olinto

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MS-VAR
by julio cesar araujo 31 Ago '11

31 Ago '11

Boa noite Alguem saberia me dizer se o R tem alguma rotina para estimar MS-VAR (Markov Switching-Autoregressions Vector)? Atc Julio

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Dúvida em função de maximização (maxLik)
by Orleans Martins 31 Ago '11

31 Ago '11

Prezados, estou tentando maximizar uma função de verossimilhança para estimar 5 parâmetros. Contudo, meus resultados estão dando NULL. Sou iniciante na manipulação do R, por isso posso ter cometido erros primários. Favor alguém me ajude. Meus dados são: B <-c(1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,1,1,1,1,0,1,0,0,0,1,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0) S <- c(0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,0,0,0,0,1,0,1,1,1,0,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1) A distribuição é de Poisson: B <- rpois(50, 1) S <- rpois(50, 1) A equação que utilizo é: loglik <- function(param) { alpha <- param[1] mu <- param[2] Eb <- param[3] Es <- param[4] delta <- param[5] ll <- (1-alpha)*exp(-Eb)*((Eb^B)/factorial(B))*exp(-Es)*((Es^S)/factorial(S)) + alpha*delta*exp(-Eb)*((Eb^B)/factorial(B))*exp(-(mu+Es))*((mu+Es)^S/factorial(S)) + alpha*(1-delta)*exp(-(mu+Eb))*((mu+Eb)^B/factorial(B))*exp(-Es)*((Es^S)/factorial(S)) } res <- maxLik(loglik, grad=NULL, hess=NULL, start=c(0,1), constraints=NULL) print(res) coef(res) Acho que estou errando nos argumentos dessa equação. Alguém tem alguma sugestão?

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Correlação Canônica!!
by Thiago De paula protásio 31 Ago '11

31 Ago '11

Pessoal, novamente recorro a valiosa ajuda de vcs... Estou querendo utilizar as variáveis canônicas para um agrupamento preliminar de clones de Eucalyptus..... Dessa forma, estou utilizando o pacote CCA e função cc(). Eu queria plotar os escores do primeiro par de variáveis canônicas e analisar..... Contudo, a função plt.indiv() desse mesmo pacote me retorna um gráfico que não estou compreendendo. Me parece que não está sendo plotado os escores.... Talvez, o R esteja considerando as variáveis canônicas padronizadas, mas não tenho certeza.Olhei no help da função, mas as informações são escassas. Gostaria de perguntar se alguém já trabalhou com essa função. Muito obrigado...Todas as contribuições são muito bem vindas.... Olhei no help, mas não tem muitas informações.... Gostaria de valiosa ajuda do senhor para resolver esse problema. Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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Erro relacionado a algum loop?
by . . 30 Ago '11

30 Ago '11

Olá pessoal, estou recebendo o seguinte erro, Error: evaluation nested too deeply: infinite recursion / options(expressions=)? mas nem sequer há um loop explícito no código. O que pode ser? Obrigado. func <- Vectorize(function(x, a, sad, trunc=0, ...) { result <- function(x) { f1 <- function(n) { dcom <- paste("d", deparse(substitute(sad)), sep="") dots <- c(as.name("n"), list(...)) f <- do.call(dcom, dots) g <- dpois(x,a*n) f * g } integrate(f1, 0, Inf)$value } return(result(x) / (1 - result(trunc))) }, "x") func(1, 0.1, exp)

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[OFF- Dúvida] Linguagem de programação para trabalhar com estatística.
by Pedro Rafael 30 Ago '11

30 Ago '11

Pessoal qual seria uma outra boa linguagem de programação para se trabalhar com estatística? Estudo C já faz algum tempo e vi ser bastante interessante pelo fato de puder unir C com o R. Estava pensando em migrar para o C++, será que é mais interessante? Existe outras linguagens de programação que vocês indicam? -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho - Estatístico SES-PB Currículo Lattes: http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.jsp?id=K4250792T6

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Dúvida na função glht multcomp
by Marcelo Cardoso mello 30 Ago '11

30 Ago '11

Na função glht quando é solicitado comparações múltiplas com o argumento Tukey, o summary apresenta a saída abaixo. É feito um teste de tukey ou t? Porque a saída apresenta um valor de t? Multiple Comparisons of Means: Tukey Contrasts Linear Hypotheses: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) B - A == 0 4.667 1.477 3.160 0.10735 C - A == 0 20.583 1.732 11.887 < 0.001 *** D - A == 0 35.083 1.732 20.261 < 0.001 *** C - B == 0 15.917 1.732 9.192 0.00313 ** D - B == 0 30.417 1.732 17.566 < 0.001 *** D - C == 0 14.500 1.809 8.017 0.00471 ** --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 (Adjusted p values reported -- single-step method)

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Função não encontrada
by . . 30 Ago '11

30 Ago '11

Olá pessoal, ao rodar a função abaixo, obtenho o erro Error in f(x, ...) : could not find function "f2" ...mas f2 está definida logo acima de f... Alguma dica? Obrigado. func <- Vectorize(FUN= function(y, frac, rate, sad, samp="Poisson", trunc=0, ...){ f0 <- function(y,frac,n) { f1 <- function(y,frac,n){ dpois(y,frac*n) } dcom <- paste("d",deparse(substitute(sad)),sep="") dots <- c(as.name("n"),list(...)) f2 <- call(dcom,dots) f <- function(n){ f1(y,frac,n)*f2(n) } myintegrate <- function() { r <- 0 r1 <- 1 x1 <- 0 dx <- 20 while(r1 > 10e-500) { r1 <- integrate(f,x1,x1+dx)$value r <- r + r1 x1 <- x1 + dx } integrate(f,x1,Inf)$valu } myintegrate() } f0(y,frac,n)/(1-f0(trunc,frac,n)) },"y") func(10, 0.1, 0.1, exp)

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Paste em data.frame
by Leandro Marino 30 Ago '11

30 Ago '11

Caros, Certa vez perguntei aqui na lista como separar uma variável em diversas colunas. Consegui uma solução bem interessante. Agora preciso de um caminho reverso. Alguma sugestão? ### separando as colunas x <- sprintf("%010d",1:30) taux <- max(nchar(x)) temp <- t(data.frame(lapply(x,substring,1:taux,1:taux))) rownames(temp) <- 1:nrow(temp) ### desejo algo do tipo: temp2 <- paste(temp[,1],temp[,2],temp[,3],temp[,4],temp[,5],temp[,6],temp[,7],temp[,8],temp[,9],temp[,10],sep='') No entanto tenho um numero de colunas variavel, alguma sugestão?! Atenciosamente, Leandro Lins Marino Centro de Avaliação Fundação CESGRANRIO Rua Santa Alexandrina, 1011 - 2º andar Rio de Janeiro, RJ - CEP: 20261-903 R (21) 2103-9600 R.:236 ( leandro(a)cesgranrio.org.br  Antes de imprimir pense em sua responsabilidade e compromisso com o MEIO AMBIENTE Esta mensagem, incluindo seus anexos, pode conter informacoes privilegiadas e/ou de carater confidencial, nao podendo ser retransmitida sem autorizacao do remetente. Se voce nao e o destinatario ou pessoa autorizada a recebe-la, informamos que o seu uso, divulgacao, copia ou arquivamento sao proibidos. Portanto, se você recebeu esta mensagem por engano, por favor, nos informe respondendo imediatamente a este e-mail e em seguida apague-a.

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legenda, renomear eixo x no boxplot
by Daniele Portela de oliveira 30 Ago '11

30 Ago '11

Caros colegas, mais uma vez eu recorro a vcs para resolver um problema com gráfico. Gostaria que aparecessem os valores de média e intervalos de credibilidade em cada caixa; segundo, no eixo x, aparecesse em forma de letra grega sigma^2 para representar os componentes de variancia σ2a, σ2p, σ2ep, σ2e. Abaixo tem um exemplo da minha tentativa mas não deu certo. Aceito sugestões!!! #exemplo require(coda) mat.pn=read.table("cadeia.txt", header=F) mat.pn=as.matrix(mat.pn) # falar que é uma matriz y=mcmc(mat.pn) vara= y[,1] varp= y[,3] varep= y[,4] vare= y[,2] library(grDevices) x.1=cbind(vara,varp,varep,vare) y.1=boxplot(x.1,range=0,ylab='Observações',font.main=3, font.lab=1, main = "PN", cex.main = 1.2, font.main = 3) axis(1, at = c(sigma^2(a), sigma^2(p),sigma^2(ep),sigma^2(e)), labels = expression(sigma^2(a), sigma^2(p),sigma^2(ep),sigma^2(e))) Abraços Daniele Portela de Oliveira Mestranda Produção Animal - UEM Cel: 44 9949 3525 67 9617 0965

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OFF TOPIC - artigo antigo
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 29 Ago '11

29 Ago '11

Amigos de R, Achei um artigo antigo que gostaria de ler, no entanto nao tenho acesso ao texto completo. Alguem teria acesso ao texto completo que poderia mandra pra mim? http://onlinelibrary.wiley.com.ez68.periodicos.capes.gov.br/doi/10.1002/sim… ou http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2692111 , Abraço forte e que a força esteja com você, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365 Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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Função eigen
by Junior Beleti 29 Ago '11

29 Ago '11

Boa Noite.. Estou analisando um script que realiza um loop e chama a função eigen. Com o pacote debug constatei que a execução desse script gasta muito tempo nessa função. Vi também que ela faz chamada para código fortran. Gostaria de saber se existe outra função que realiza o mesmo que a eigen. Att, -- Carlos Roberto Beleti Junior Mestrado em Ciência da Computação Departamento de Informática Universidade Estadual de Maringá

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distribuições de probabilidade contínuas
by Guilherme Moraes Ferraudo 28 Ago '11

28 Ago '11

Boa tarde, por favor, alguém sabe me indicar alguma referência on-line que mostre as distribuições contínuas no R??? Muito obrigado. Abs -- Guilherme Moraes Ferraudo Jaboticabal/Campinas - SP http://lattes.cnpq.br/2096118558794430

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Re: [R-br] Correlação Canônica!!
by Thiago De paula protásio 28 Ago '11

28 Ago '11

Ok Gustavo;Obrigado! Dei uma olhada no pacote vegan e não consegui exatamente o que eu preciso.... O meu interesse é apenas correlacionar dois grupos de várias da madeira e explicar as correlações existentes e fazer um agrupamento preliminar dos materiais genéticos. De qualquer forma, ainda não consegui descobrir o que a função plt.indiv () do pacote CCA está plotando. Não sei o que está sendo considerado como eixo X (Dimensão 1) e eixo Y (Dimensão 2)...Essa função plota os tratamentos....e é isso que estou precisando. Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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parcelas subdividas
by Gilson Sanchez 27 Ago '11

27 Ago '11

Pessoal mais uma duvida, estou rodando dados em parcelas subdivididas, mas como eu faço comparação das médias pelo teste Tukey? obrigado! -- Eng. Agr.Gilson Sánchez Chia, MSc. Laboratório de Fisiologia Vegetal Embrapa Amazônia Ocidental Fone: (92) 3303-7841 --- Antes de imprimir, pense na sua responsabilidade com o Meio Ambiente. Please consider the environment before printing this email. Renew, Reduce and Recycle. The Planet Knows.

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Re: [R-br] Correlação Canônica!!
by Thiago De paula protásio 27 Ago '11

27 Ago '11

Obrigado Gustavo; Dei uma olhada no pacote vegan, mas acho que ele é mais apropriado para dados ecológicos.... Obrigado! Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Laboratório de Energia da Biomassa Florestal Laboratório de Biomateriais (035) 9183-2246

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Re: [R-br] Salvar Base de Dados com +400.000 linhas
by Roney Fraga Souza 26 Ago '11

26 Ago '11

Daniel, Fiz o procedimento que vc deseja com a PNAD 2009. Não obtive problema, o arquivo .csv ficou com 42 MB e o PSPP (alternativa livre ao SPSS) importou normalmente. Meu computador é um mac, c2d (64bits) com 2gb de ram e utilizo o R no Eclipse. > load('PNAD2009.RData') load('PNAD2009.RData') > ls() ls() [1] "PNAD2009" > dim(PNAD2009) dim(PNAD2009) [1] 399387 383 > PNAD2009 <- PNAD2009[,1:40] PNAD2009 <- PNAD2009[,1:40] write.csv(PNAD2009, file='pnad2009.csv', quote=FALSE) > write.csv(PNAD2009, file='pnad2009.csv', quote=FALSE) Att Roney

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Interpretação saída do pacote contrast
by ASANTOS 26 Ago '11

26 Ago '11

Bom dia pessoal, Bom já sei que esse assunto já foi motivo de tópicos passados no nosso mail-list e no internacional ,tem material na internet etc, mais essa saída do pacote contraste não entrou na minha cabeça ainda não e venho pedir ajuda do grupo. Estou comparando minha variável resposta número de óvulos de fêmeas de um parasitóide com as variáveis explicativa tratamento (com 2 níveis: 1 casal e 10 casais) e geração (com 4 níveis: 3, 6, 9 e 12 gerações). Na saída da funcao contrast(), ele solta o trata- mento10 casais no intercepto(imagino) e não faz as comparacoes dentro de cada geração, ele só desdobra para o tratamento 1casal, mesmo assim sumiu com a geracao 12, onde pergunto onde que estou errando é na funcao ou na interpretação? Sendo os argumentos que usei: > ##Contraste tratamentos x desenvolvimento oviposicao a mumia > m.comple<-glm(des.ov.mu~tratamento*geracao,data=dados6, family="quasipoisson") > anova.comple<-anova(m.comple,test="Chi") > anova.comple Analysis of Deviance Table Model: quasipoisson, link: log Response: des.ov.mu Terms added sequentially (first to last) Df Deviance Resid. Df Resid. Dev P(>|Chi|) NULL 82 9.1366 tratamento 1 1.0969 81 8.0397 2.265e-07 *** geracao 3 2.2880 78 5.7518 4.445e-12 *** tratamento:geracao 3 2.7715 75 2.9802 1.328e-14 *** --- Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1 > #summary(m.comple) 10 casais > # > ##Fazendo os contrastes > require(contrast) > contr<-contrast(m.comple, list(geracao=levels(geracao),tratamento="1casal"),list(geracao=levels(geracao),tratamento="10casal")) > print(contr,X=TRUE) glm model parameter contrast Contrast S.E. Lower Upper t df Pr(>|t|) -0.298869262 0.03278233 -0.36417501 -0.23356352 -9.12 75 0.0000 0.006271251 0.03351287 -0.06048982 0.07303232 0.19 75 0.8521 -0.103435587 0.03532313 -0.17380286 -0.03306831 -2.93 75 0.0045 0.049914391 0.03237891 -0.01458771 0.11441650 1.54 75 0.1274 Contrast coefficients: (Intercept) tratamento1casal geracaog3 geracaog6 geracaog9 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 tratamento1casal:geracaog3 tratamento1casal:geracaog6 tratamento1casal:geracaog9 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 > ## > summary(m.comple)## Dando uma olhada no modelo Call: glm(formula = des.ov.mu ~ tratamento * geracao, family = "quasipoisson", data = dados6) Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -0.38017 -0.09964 0.00000 0.03447 0.87147 Coefficients: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) (Intercept) 2.09063 0.02250 92.934< 2e-16 *** tratamento1casal -0.29887 0.03278 -9.117 8.93e-14 *** geracaog3 -0.15385 0.03229 -4.765 9.04e-06 *** geracaog6 -0.15621 0.03313 -4.715 1.09e-05 *** geracaog9 -0.05985 0.03230 -1.853 0.067820 . tratamento1casal:geracaog3 0.30514 0.04688 6.509 7.62e-09 *** tratamento1casal:geracaog6 0.19543 0.04819 4.055 0.000121 *** tratamento1casal:geracaog9 0.34878 0.04608 7.570 7.83e-11 *** --- Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1 Null deviance: 9.1366 on 82 degrees of freedom Residual deviance: 2.9802 on 75 degrees of freedom AIC: NA Number of Fisher Scoring iterations: 4 Obrigado, Alexandre

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Salvar Base de Dados com +400.000 linhas
by Daniel Dantas 26 Ago '11

26 Ago '11

Boa tarde a cada um de vcs! Em que formato eu salvo uma base de dados que tem mais de 400.000 linhas e no max 30-40 colunas? A ideia é salvar essa base de dados para futuramente abrir no SPSS (seria o melhor) ou qualquer outro software com uma interface mais prática que a do R, pois preciso encaminhá-la para uma pessoa que não entende nada de R. Na minha incessante procura, o que encontrei foram pacotes que somente importavam e não exportavam formato .sav. Se puderem me ajudar com esse problema, e até mesmo comentar de outros formatos e softwares interessantes que possam ser utilizados para divulgação desses resultados obtidos com o R para usuários de softwares que são comumente usados por não estatísticos-matemáticos. Obrigado, Daniel

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OFF-topic[artigo]
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 26 Ago '11

26 Ago '11

Amigos de R, alguem tem acesso a esse artigo completo, que poderia pegar pra mim? http://www.jstor.org/pss/2530910 , Abraço forte e que a força esteja com você, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365 Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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Leitura de vários arquivos
by Leandro Marino 26 Ago '11

26 Ago '11

*Caros, estou há algum tempo pesquisando no histórico da lista e nao encontro. Estou com uma rotina que diariamente tenho que importar vários arquivos. Existe alguma forma de importar todas para data.frames diferentes cada um com seu nome original?! Ex.: Arq1.txt ar1312.txt lll.txt Arq1 <- read.table('Arq1.txt') ar1312 <- **read.table('ar1312.txt') . . . Como os recebo via ftp e cada dia com um nome mais criativo que o outro fica complicado. Já uso o dir() para listar e salvar os nomes. Assim vou num editor de texto e manipulo esses nomes, entretanto, gostaria de saber se existiria uma forma de importalos mais rápido... ** *Atenciosamente, Leandro Marino http://www.leandromarino.com.br (Fotógrafo) http://est.leandromarino.com.br/Blog (Estatístico) Cel.: + 55 21 9845-7707 Cel.: + 55 21 8777-7907

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Reorganização de banco de dados
by Greice Laureano 26 Ago '11

26 Ago '11

Bom dia, Gostaria de ajuda no seguinte problema: Tenho a um conjunto de dados assim: ID AF1MEDIDA1 AF1MEDIDA2 AF2MEDIDA1 AF2MEDIDA2 AF3MEDIDA1 AF3MEDIDA2 1 11.7 5.0 21.7 21.0 33.0 20.3 E gostaria de transformar ele nesse tipo: ID REP AF VALOR 1 MEDIDA1 AF1 11.7 1 MEDIDA2 AF1 5 1 MEDIDA1 AF2 21 1 MEDIDA2 AF2 21 1 MEDIDA1 AF3 33 1 MEDIDA2 AF3 20.03 Obrigado, Att, Greice.

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Re: [R-br] [Dúvida] Invocar funções C++ no R
by FHRB Toledo 26 Ago '11

26 Ago '11

Me perdoem por enviar arquivos... Espero compreensão de todos! att, FH 2011/8/26 FHRB Toledo <fernandohtoledo(a)gmail.com> > Siga esse tutorial p/ invocar funções em C no R p/ windows... tudo > funcionando! > > att, > FH > > 2011/8/26 Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho(a)gmail.com> > >> Já vi o erro. Fiz uma besteira de compilar o código em 32bits e tava >> tentando rodar no R 64bits. Na verdade eu acho que um código 32bits era para >> rodar sem problemas em no 64bits. >> >> Em 26 de agosto de 2011 09:40, Pedro Rafael < >> pedro.rafael.marinho(a)gmail.com> escreveu: >> >> Benilton realmente no Windows o arquivo gerado e uma dll como você tinha >>> falado. Consegui gerar um programa chamado hello.c. O conteúdo do programa >>> apresenta-se logo abaixo: >>> >>> #include <R.h> >>> void hello(int *n) >>> { >>> int i; >>> for(i=0; i < *n; i++) { >>> Rprintf("Hello, world!\n"); >>> } >>> } >>> >>> Fui no terminal do DOS e digitei R CMD SHLIB hello.c e o arquivo >>> hello.dll foi gerado. Setei o R no diretório da dll e fiz: >>> >>> > dyn.load("hello.dll") >>> Erro em inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...) : >>> impossível carregar objeto compartilhado 'C:/PEDRO/PACOTES_R/hello.dll': >>> LoadLibrary failure: %1 não é um aplicativo Win32 válido. >>> specificado. >>> >>> Como você pode ver deu um erro. O que pode ter sido? >>> >>> Em 26 de agosto de 2011 09:19, beniltoncarvalho [via R-br] < >>> ml-node+3770707-1188459073-223914(a)n4.nabble.com> escreveu: >>> >>> Confirme que sua variavel PATH aponta para a localizacao correta do >>>> RTools e MinGW. Por exemplo, se o RTools foi instalado em "c:\RTools", >>>> entao confirme que a variavel PATH tenha os seguintes valores >>>> inclusos: >>>> >>>> c:\Rtools\bin;c:\Rtools\MinGW\bin; >>>> >>>> Eu so' nao tenho certeza se, depois de mudar os valores de PATH, vc >>>> vai precisar reiniciar o computador... >>>> >>>> Uma vez que voce tenha certeza de que a variavel PATH tem os valores >>>> corretos, voce abre um novo terminal DOS e tenta o grep.... >>>> >>>> b >>>> _______________________________________________ >>>> R-br mailing list >>>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=3770707&i=0> >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>>> código mínimo reproduzível. >>>> >>>> >>>> ------------------------------ >>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>> discussion below: >>>> >>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Invocar-funcoes-C-no-R-tp3768… >>>> To unsubscribe from R-br, click here<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscrib…>. >>>> >>>> >>> >>> >>> >>> -- >>> Saudações, >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> >> >> >> -- >> Saudações, >> Pedro Rafael Diniz Marinho. >> >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> > >

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[Dúvida] Invocar funções C++ no R
by Pedro Rafael 26 Ago '11

26 Ago '11

Como se procede para importar uma função C++ ou até mesmo C para o R? -- Saudações, Pedro Rafael Diniz Marinho - Estatístico SES-PB Currículo Lattes: http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.jsp?id=K4250792T6

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