Novembro 2018 - R-br

converter coordenadas geográficas
by Ze Henrique 23 Nov '18

23 Nov '18

Boa tarde pessoal, tenho um aquivo de dados que as coordenadas estão saindo em: "+proj=poly +lat_0=0 +lon_0=-54 +x_0=0 +y_0=0 +datum=WGS84 +units=m +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0" exemplo: " -1051.3741" "-3489634" Não estou conseguindo interpretar alguém poderia me ajudar. Creio que tenho que transformar, para que os pontos neste arquivo de dados coincidam com as coordenadas igual ao do googlemaps. Desde já obrigado. -- *José Henrique Soler Guilhen* Doutorando em Genética e Melhoramento Universidade Federal do Espírito Santo - CCAUFES

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Hurwitz zeta function
by Ana Beatriz Souza Souza 20 Nov '18

20 Nov '18

Prezados Colegas, Boa tarde! Gostaria de sugestões (caso vcs conheçam) de pacotes os funções que façam o cálculo da função Hurwitz zeta function no R. Desde já agradeço. Att., Ana

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MS/PhD assistantship at Univ. of Florida on Bayesian statistics applied to environmental sciences / malaria epidemiology
by Denis Valle 15 Nov '18

15 Nov '18

Hi, we currently have an opening for a MS/PhD student in our group focused on the development and application of novel Bayesian models here at Univ. of Florida. It would be great if you could help spread the word to people that might be interested in this opportunity. Details are attached. Thank you, Denis Valle Assistant Professor University of Florida http://denisvalle.weebly.com

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Eliminar NA no gráfico
by Edson Lira 14 Nov '18

14 Nov '18

Boa noite a todos, usando a rotina abaixo: library(ggpubr)p <- ggboxplot(hg2, x = "Grau", y = "glicose", color = "Grau", palette = "jco", add = "jitter",na.rm=T)p + stat_compare_means(aes(group = Grau), na.rm=T) Tenho a seguinte mensagem de erro: Don't know how to automatically pick scale for object of type quosure/formula. Defaulting to continuous.Don't know how to automatically pick scale for object of type quosure/formula. Defaulting to continuous.Error in validDetails.text(x) : objeto do tipo 'pairlist' não é coercível para tipo 'double'Além disso: Warning message:Removed 2 rows containing missing values (geom_point). Quando ploto o gráfico abaixo, aparece NA, como faço para eliminar o NA e qual o problema com a minha primeira rotina? O banco está nesse link:https://www.datafilehost.com/d/15ca7130 [ ]'sProf. Edson Lira, Me Estatístico Manaus-Amazonas

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Classificar um conjunto de dados
by Yury Duarte 09 Nov '18

09 Nov '18

Boa tarde colegas listeiros, como vão? Tenho um problema e estou com certa dificuldade em resolver de forma prática. Meu conjunto de dados é o seguinte: local frequencia data quantidade *valido* A 2 13/05/2015 500,00 *0* A 2 13/05/2015 700,00 *1* A 1 13/05/2015 700,00 *0* B 3 13/05/2015 400,00 *1* C 5 13/05/2015 300,00 *0* C 5 10/05/2015 400,00 *0* C 5 13/05/2016 400,00 *1* C 5 13/05/2015 900,00 *1* D 3 13/05/2015 550,00 *0* D 4 13/05/2015 500,00 *1* Para esse conjunto, gostaria de gerar a coluna 'valida', que me classifica os dados da seguinte maneira: para cada local e para cada ano, retornar apenas o local de maior frequência, mais recente e de maior quantidade (nessa ordem). Pensei em gerar um objeto para cada local a partir do which(), mas como meu conjunto de dados tem mais de 150 mil linhas e mais de 2000 locais, achei que essa abordagem não seria muito prática nem rápida de ser processada. Desde já, agradeço pela colaboração de todos! Att Yury Duarte Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP

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GLM model
by Lucas Stempkowski 09 Nov '18

09 Nov '18

Olá boa noite, Estou utilizando um GLM para análise de incidência de doença. Utilizei o seguinte comando: Call: glm(formula = incid ~ factor(bloco) + factor(cod) + cultivar + Amostragem, family = quasibinomial("probit"), data = dados) e obtive os resultados a seguir: Minha dúvida fica em relação ao AIC: NA, há algo errado no modelo usado? Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -0.62644 -0.17630 -0.07311 0.07820 0.85815 Coefficients: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) (Intercept) -0.717767 0.107812 -6.658 1.40e-10 *** factor(bloco)2 -0.002541 0.087289 -0.029 0.9768 factor(bloco)3 -0.093526 0.089447 -1.046 0.2966 factor(bloco)4 -0.051161 0.088405 -0.579 0.5632 factor(cod)2 -0.153266 0.083405 -1.838 0.0671 . factor(cod)3 0.027784 0.079826 0.348 0.7280 factor(cod)4 -1.132366 0.135880 -8.334 3.21e-15 *** factor(cod)5 -1.266976 0.151660 -8.354 2.79e-15 *** cultivarParrudo -0.752089 0.084474 -8.903 < 2e-16 *** cultivarReponte -0.331743 0.071247 -4.656 4.92e-06 *** Amostragem -0.038367 0.022256 -1.724 0.0858 . --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 (Dispersion parameter for quasibinomial family taken to be 0.06977337) Null deviance: 39.898 on 299 degrees of freedom Residual deviance: 18.381 on 289 degrees of freedom AIC: NA Number of Fisher Scoring iterations: 7 Minha dúvida fica em relação ao AIC: NA, há algo errado no modelo usado? -- ----------------------------------------------------- Lucas Antonio Stempkowski Eng. Agronômo - UFFS Mestrando em Produção Vegetal CAV/UDESC +55 54 99153-0124/ 98448-4633 -------------------------------------------------- [https://ipmcdn.avast.com/images/icons/icon-envelope-tick-green-avg-v1.png]<http://www.avg.com/email-signature?utm_medium=email&utm_source=link&utm_cam…> Livre de vírus. www.avg.com<http://www.avg.com/email-signature?utm_medium=email&utm_source=link&utm_cam…>.

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 95, assunto 9
by Adilson de Oliveira Jr. 08 Nov '18

08 Nov '18

Boa tarde! Alguém poderia me ajudar com um delineamento em parcelas subdividadas com fatorial nas parcelas? Parcela: Fator A (3 doses de K no sulco de Semeadura) x Fator B (4 doses de K em cobertura) Subparcela: Aplicação ou não de K via foliar! Desde já, muito grato! Att., Adilson -- Adilson de Oliveira Junior Pesquisador, Fertilidade do Solo e Nutrição de Plantas Secretário Executivo CTI Embrapa Soja, Londrina - PR Telefone: +55 (43) 3371-6225 | Celular: +55 (43) 9 9979-6428 adilson.oliveira(a)embrapa.br Skype : adilsonoliveirajr www.embrapa.br/s oja | twitter.com/embrapa Confira também: www.facebook.com/agrosustentavel Aviso de confidencialidade: Esta mensagem da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa),empresa pública federal regida pelo disposto na Lei Federal no. 5.851, de 7 de dezembro de 1972, é enviada exclusivamente a seu destinatário e pode conter informações confidenciais, protegidas por sigilo profissional. Sua utilização desautorizada é ilegal e sujeita o infrator às penas da lei. Se você recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenviá-la ao emitente,esclarecendo o equívoco. Confidentiality note: This message from Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecu?a (Embrapa), a government company established under Brazilian law (5.851/72) is directed exclusively to its addressee and may contain confidential data, protected under professional secrecy rules. Its unauthorized use is illegal and may subject the transgressor to the law's penalties. If you are not the addressee, please send it back, elucidating the failure. "ANTES DE IMPRIMIR, pense em sua responsabilidade e compromisso com o MEIO AMBIENTE" ----- Mensagem original ----- De: r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quinta-feira, 8 de novembro de 2018 12:00:02 Assunto: Digest R-br, volume 95, assunto 9 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Duplo fatorial desbalanceado - Soluções simples de análise (Jair) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Wed, 7 Nov 2018 12:04:34 -0300 From: Jair <jair.stat(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Duplo fatorial desbalanceado - Soluções simples de análise Message-ID: <ac344a4d-fd23-c8e7-637b-ee3af919e78e(a)gmail.com> Content-Type: text/plain; charset=utf-8; format=flowed Pessoal, gostaria de sugestões de soluções simples para análise do experimento a seguir. #------------------------------------------------------------------ #Experimento fatorial com dois fatores em DIC #Fator 1: Solo (4 tipos de solo) #Fator 2: Profundidade (3 profundidades) #Variável resposta: Teor de cromo #Desbalanceado: não foi possível detectar a variável resposta #para alguns solos em alguma profundidade. #------------------------------------------------------------------ rm(list = ls()) solo <- rep(c("S1","S2","S3","S4"), each=15) #solos prof <- rep(rep(c("P1","P2","P3"), each=5),4) #profundidades rep <- rep(1:5, 12) #repetição cromo <- c(30.40, 4.28, 9.27, 14.46, 10.54, 34.52, 6.36, 16.89, 18.92, 12.92, 44.63, 18.53, 23.42, 23.37, 18.43, 57.54, 132.40, 129.17, 135.37, 157.58, 67.89, 154.09, 162.63, 155.19, 171.08, 70.82, 122.19, 164.69, 179.06, 160.65, 121.25, 37.54, 30.26, 46.60, NA, 81.91, 26.35, 34.91, 46.03, 13.42, NA, NA, NA, NA, NA, 1.80, 4.33, 8.57, 3.75, 2.31, 4.12, 10.72, 24.70, 6.50, 3.55, 57.91, 1.58, NA, 97.41, 56.73) dados <- data.frame(solo, prof, rep, cromo) str(dados) #dados<-na.omit(dados) #str(dados) require(lattice) xyplot(cromo~prof|solo, data = dados) xyplot(cromo~solo|prof, data = dados) library(car) #Type III SS ANOVA names(dados) m1 <- Anova(lm(cromo ~ solo * prof, dados), type = "3") m1 require(easyanova) dado <- dados[,c(1:2,4)] m2 <- ea2(data=dado, design = 1, alpha = 0.05, list = FALSE, p.adjust=1, plot=2) m2 #--------------------------------------------------------------------- Obrigado desde já, Jair ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 95, assunto 9 **************************************** ____________________________________________________________________________ Aviso de confidencialidade Esta mensagem da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), empresa publica federal regida pelo disposto na Lei Federal no. 5.851, de 7 de dezembro de 1972, e enviada exclusivamente a seu destinatario e pode conter informacoes confidenciais, protegidas por sigilo profissional. Sua utilizacao desautorizada e ilegal e sujeita o infrator as penas da lei. Se voce a recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenvia-la ao emitente, esclarecendo o equivoco. Confidentiality note This message from Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), a government company established under Brazilian law (5.851/72), is directed exclusively to its addressee and may contain confidential data, protected under professional secrecy rules. Its unauthorized use is illegal and may subject the transgressor to the law's penalties. If you are not the addressee, please send it back, elucidating the failure.

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Duplo fatorial desbalanceado - Soluções simples de análise
by Jair 07 Nov '18

07 Nov '18

Pessoal, gostaria de sugestões de soluções simples para análise do experimento a seguir. #------------------------------------------------------------------ #Experimento fatorial com dois fatores em DIC #Fator 1: Solo (4 tipos de solo) #Fator 2: Profundidade (3 profundidades) #Variável resposta: Teor de cromo #Desbalanceado: não foi possível detectar a variável resposta #para alguns solos em alguma profundidade. #------------------------------------------------------------------ rm(list = ls()) solo <- rep(c("S1","S2","S3","S4"), each=15) #solos prof <- rep(rep(c("P1","P2","P3"), each=5),4) #profundidades rep <- rep(1:5, 12) #repetição cromo <- c(30.40, 4.28, 9.27, 14.46, 10.54, 34.52, 6.36, 16.89, 18.92, 12.92, 44.63, 18.53, 23.42, 23.37, 18.43, 57.54, 132.40, 129.17, 135.37, 157.58, 67.89, 154.09, 162.63, 155.19, 171.08, 70.82, 122.19, 164.69, 179.06, 160.65, 121.25, 37.54, 30.26, 46.60, NA, 81.91, 26.35, 34.91, 46.03, 13.42, NA, NA, NA, NA, NA, 1.80, 4.33, 8.57, 3.75, 2.31, 4.12, 10.72, 24.70, 6.50, 3.55, 57.91, 1.58, NA, 97.41, 56.73) dados <- data.frame(solo, prof, rep, cromo) str(dados) #dados<-na.omit(dados) #str(dados) require(lattice) xyplot(cromo~prof|solo, data = dados) xyplot(cromo~solo|prof, data = dados) library(car) #Type III SS ANOVA names(dados) m1 <- Anova(lm(cromo ~ solo * prof, dados), type = "3") m1 require(easyanova) dado <- dados[,c(1:2,4)] m2 <- ea2(data=dado, design = 1, alpha = 0.05, list = FALSE, p.adjust=1, plot=2) m2 #--------------------------------------------------------------------- Obrigado desde já, Jair

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Re: [R-br] Diferenças entre sistemas operacionais (geoR)
by Yury Duarte 07 Nov '18

07 Nov '18

Boa noite Paulo, como vai? Agradeço desde já pela atenção. Tentei remover ao máximo as partes que não afetam na função e anexei o script no arquivo texto que segue. Att Em qui, 4 de out de 2018 19:23, Paulo Justiniano Ribeiro Junior < paulojus(a)ufpr.br> escreveu: > Olá! > > krige.conv() só utiliza simulações caso seja indicado em output.options > o número de simulações da distribuição preditiva. > Neste caso são geradas simulações. > As simulações só são geradas se: > 1. especificado explicitamente > 2. se for utilizada alguma transformação com lambda diferente de 0, 1/2 > > O seu exemplo se enquadra em algum caso? > > A msg tb indica que voce colocou algum em micro.scale e seria bom saber o > que deseja com isto. > > Se dados e códigos são grande Envie o comando completo da chamada da > krige.conv() para vermos as opções > > P.J. > > > > > ------------------------------ > *From: *"Yury Duarte" <yurynepomuceno(a)gmail.com> > *To: *"Thiago V. dos Santos" <thi_veloso(a)yahoo.com.br> > *Cc: *"a lista Brasileira oficial de discussão do programa R." < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>, paulojus(a)ufpr.br, "p diggle" < > p.diggle(a)lancaster.ac.uk> > *Sent: *Thursday, 4 October, 2018 6:08:32 PM > *Subject: *Re: [R-br] Diferenças entre sistemas operacionais (geoR) > > Não sei se existe um gerador de números aleatórios dentro da função, mas > estou passando pra ela todos os parâmetros já pré definidos antes dela ser > chamada. > Vou colocar um set.sead() no início do código, conforme sugestão do César > para então comparar os valores gerados nos diferentes sistemas operacionais > e ver o que acontece. > > Em qui, 4 de out de 2018 17:45, Thiago V. dos Santos < > thi_veloso(a)yahoo.com.br> escreveu: > >> Da maneira que eu vejo, a unica explicacao plausivel seria se a >> krige.conv usasse um algoritmo gerador de numeros aleatorios. Caso voce >> tenha experiencia com esmagamento de bugs, vc pode conferir isso no codigo >> dela. Ou entao esperar o feedback dos autores. >> >> Greetings, >> -- Thiago V. dos Santos >> >> Postdoctoral Research Fellow >> Department of Climate and Space Science and Engineering >> University of Michigan >> >> >> On Thursday, October 4, 2018, 4:39:08 PM EDT, Yury Duarte < >> yurynepomuceno(a)gmail.com> wrote: >> >> >> Sim, Thiago. >> Até o último passo os resultados são iguais. A mesma grade com o mesmo >> número de pontos é gerada. As mesmas informações são passadas como >> parâmetro para a função, mas os resultados não batem. >> Nem mesmo em casos onde a função não quebra, os valores gerados no Ubuntu >> não batem com os valores gerados em Windows. Isso está me intrigando muito. >> >> Em qui, 4 de out de 2018 17:23, Thiago V. dos Santos < >> thi_veloso(a)yahoo.com.br> escreveu: >> >> Nao deveria ser assim. >> >> O seu codigo produz resultados identicos ate o momento em que voce roda a >> krige.conv? >> >> Em caso positivo, acho que seria uma boa ideia reportar esse erro ao >> Paulo (paulojus(a)ufpr.br) ou ao Peter (p.diggle(a)lancaster.ac.uk) >> >> Greetings, >> -- Thiago V. dos Santos >> >> Postdoctoral Research Fellow >> Department of Climate and Space Science and Engineering >> University of Michigan >> >> >> On Thursday, October 4, 2018, 3:42:35 PM EDT, Yury Duarte via R-br < >> r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: >> >> >> Boa tarde a todos os coleas! >> >> Fiz um código simples para interpolar valores que tenho em uma grade que >> construo dentro do próprio código. Para isso, estou utilizando um modelo >> esférico de interpolação por krigagem através da função krige.conv(). >> Estou achando muito estranho o fato de que, quando rodo o script em >> ambiente Windows, não tenho problemas e meu script gera as saídas >> exatamente como o esperado, entretanto, quando rodo o mesmo script (com o >> mesmo banco de dados) em ambiente Linux (Ubuntu), a função krige.conv() >> corrompe e o erro gerado é: >> krige.control: micro.scale must be in the interval [0, nugget] >> >> Não encontrei nada em outros fóruns que pudesse me ajudar para explicar >> isso. >> Caso alguém tenha interesse em testar exatamente o mesmo conjunto de >> dados que estou utilizando, informem que passo um link no google drive, já >> que o código e os dados de entrada são grandes demais para serem anexados >> no corpo do e-mail/nos anexos. >> >> Desde já, agradeço a atenção e a ajuda de todos! >> >> Yury Duarte >> Engenheiro Agrônomo - ESALQ/USP >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a >> c�digo m�nimo reproduz�vel. >> >> >

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Sorteio de n linhas com especificação de variáveis e repetição dos valores calculados nas linhas
by ASANTOS 06 Nov '18

06 Nov '18

Prezados Membros, Segue um exemplo do que estou tentando fazer: #Tenho um banco de dados d com 4 variáveis (State, Amb, Year e rate) library(data.table) d <- fread (" State Amb Year rate GA soil 2015 .4 GA soil 2015 .4 GA soil 2015 .5 GA soil 2015 .2 GA soil 2015 .3 GA soil 2015 NA GA soil 2016 1.0 GA soil 2016 2.0 GA soil 2016 .5 GA soil 2016 1.0 GA veg 2015 .4 GA veg 2015 .4 GA veg 2015 .5 GA veg 2015 .2 GA veg 2015 .3 GA veg 2015 NA GA veg 2016 1.0 GA veg 2016 2.0 GA veg 2016 .5 GA veg 2016 1.0 ") # Gostaria de sortear 5 linhas dentro de cada variável Amb, calcular o desvio padrão da variável rate e repetir os valores obtidos nas linhas envolvidas em uma nova coluna (desv_pad) ao fim cada sorteio, sendo meu output desejado em um sorteio hipotético: State Age Year rate desv_pad 1: GA soil 2015 0.4 0.7549834 2: GA soil 2015 0.4 0.7549834 3: GA soil 2015 0.5 0.3082207 4: GA soil 2015 0.2 0.3082207 5: GA soil 2015 0.3 0.3082207 6: GA soil 2015 NA 0.7549834 7: GA soil 2016 1.0 0.7549834 8: GA soil 2016 2.0 0.7549834 9: GA soil 2016 0.5 0.3082207 10: GA soil 2016 1.0 0.3082207 11: GA veg 2015 0.4 0.580517 12: GA veg 2015 0.8 0.8736895 13: GA veg 2015 0.5 0.580517 14: GA veg 2015 1.5 0.580517 15: GA veg 2015 0.3 0.8736895 16: GA veg 2015 NA 0.8736895 17: GA veg 2016 1.0 0.580517 18: GA veg 2016 NA 0.8736895 19: GA veg 2016 2.0 0.8736895 20: GA veg 2016 1.7 0.580517 Alguém teria uma dica de como resolver isso? Obrigado -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 99686-6970 (VIVO) (+55) 65 3221-2674 (FIXO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 - ResearcherID: A-5790-2016 Researchgate: www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 Mendeley:www.mendeley.com/profiles/alexandre-dos-santos6/ ======================================================================

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