Janeiro 2018 - R-br

Duvidas acerca de teste estatistico.
by Vinicius Reis 24 Jan '18

24 Jan '18

Boa tarde, Encontrei esta lista de discussões em um website sobre estatística, o que na verdade estava procurando informacoes sobre problemas que venho tenho com testes estatísticos. Minha área é Ciências Biológicas, especificamente Microbiologia. Trabalho com um modelo in vitro de células que são deficientes para um determinado gene e para realizar meus ensaios uso o respectivo tipo selvagem. Ou seja, tenho duas linhagens celulares uma wild-type e uma knockout. Assim sendo, o meu trabalho consiste em analisar se a delecao do dado gene altera a infeccao bacteriana. Nesse caso, fiz o delineamento experimental e pretendo analisar diferentes aspectos da infeccao bacteriana como por exemplo adesão, internalizacao e replicacao. Para fins de analise estatística, os experimentos foram realizados em triplicata e tres experimentos independente. Ao final da coleta de dados, essas amostras foram quantificadas e transformadas em log e assim, apliquei o teste de Mann-Whitney para detectar diferenças entre os grupos. Grosseiramente, em alguns experimentos tenho uma diferença de aproximadamente 0.5 log do grupo wild-type para o grupo knockout. Isso significa que a presença de tal gene influencia a infeccao bacteriana. Entretanto, essa diferença parece ser tao pequena (pra nao dizer miserável) que fica até difícil fazer alguma inferência se essa diferença reflete relevância biológica. Entretanto, o teste de Mann-Whitney demonstrou que essa diferenca é extremamente significante (p=0.0001) ou seja o teste estatístico mostra uma extrema significância. Em ambos os grupos, tenho 9 replicatas (3 experimentos independentes com 3 replicatas cada). Gostaria muito de obter sugestões sobre como proceder nesse caso dos testes estatísticos pois da forma como é mostrado, parece bastante estranho: um gráfico mostrando absolutamente pouca ou nenhuma diferença e um teste estatístico mostrando extrema significância. Alguém pode orientar-me com este tipo de analise? Abaixo, seguem algumas informcoes sobre o teste. Agradeco imensamente qualquer ajuda. P.S.; desculpe a falta de acentuação mas no momento estou no exterior e o teclado não possui tal função. Column A MEF-WT vs.vs, Column B MEF-PPR-/- Mann Whitney test P value 0,0008 Exact or approximate P value? Exact P value summary*** Significantly different? (P < 0.05)Yes One- or two-tailed P value? Two-tailed Sum of ranks in column A,B121,0 , 50,00 Mann-Whitney U 5,000 Difference between medians Median of column A 6,176 Median of column B 5,964 Difference: Actual 0,2125 Difference: Hodges-Lehmann0,2266 96.01% CI of difference0,1040 to 0,3490 Exact or approximate CI? Exact MEF-WT vs MEF-PPR-/- Number of values9 9; Minimum 5,964 5,737; 25% Percentile 6,090 5,835; Median 6,176 5,964; 75% Percentile 6,246 6,035; Maximum 6,313 6,086; Mean 6,158 5,933 Std. Deviation 0,1092 0,1169; Std. Error of Mean 0,03639 0,03898; Lower 95% CI 6,074 5,843; Upper 95% CI 6,242 6,023; Mean ranks13,44 5,556 <https://www.avast.com/sig-email?utm_medium=email&utm_source=link&utm_campai…> Virenfrei. www.avast.com <https://www.avast.com/sig-email?utm_medium=email&utm_source=link&utm_campai…> <#DAB4FAD8-2DD7-40BB-A1B8-4E2AA1F9FDF2>

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Re: [R-br] Acesso à lista
by marcelejc.marinho 23 Jan '18

23 Jan '18

Está tudo certo, Fernando. Obrigada. Enviado do meu smartphone Samsung Galaxy. -------- Mensagem original --------De: Fernando Mayer <fernandomayer(a)gmail.com> Data: 23/01/18 18:40 (GMT-03:00) Para: Marcele de Jesus Correa <marcelejc.marinho(a)gmail.com>, "a lista Brasileira oficial de discussão do programa R." <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Assunto: Re: [R-br] Acesso à lista Marcele, o que exatamente não consegue acessar? O seu email foi enviado para a lista. Para se inscrever cadastre seu email em: https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br (se der aviso de conexão não privada pode prosseguir no seu navegador). O histórico da lista pode ser acessado via nabble: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/ --- Fernando de Pol MayerLaboratório de Estatística e Geoinformação - LEGDepartamento de Estatística - DESTUniversidade Federal do Paraná - UFPRURL: http://leg.ufpr.br/~fernandomayere-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, ufpr.br} On Fri, Jan 19, 2018 at 5:52 PM, Marcele de Jesus Correa via R-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: Olá, Não consigo acessar a lista de discussão. Marcele Correa.GeographerMaster Student in Climate SciencesResearch Line - Bioclimatology and Climatic ChangesAdvisor - Kellen Carla LimaFederal University of Rio Grande do Norte - UFRN / Brazil. _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

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Acesso à lista
by Marcele de Jesus Correa 23 Jan '18

23 Jan '18

Olá, Não consigo acessar a lista de discussão. Marcele Correa. Geographer Master Student in Climate Sciences Research Line - Bioclimatology and C limatic C hanges Advisor - Kellen Carla Lima Federal University of Rio Grande do Norte - UFRN / Brazil.

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Criar coluna de identificação de observações
by Fernando Souza 23 Jan '18

23 Jan '18

Caros amigos Como faço para criar uma coluna ID no data frame abaixo que identifique as observações de um indivíduos com um único numero. Cada linha representa uma observação em um indíviduo que recebeu um tratamento. Cada indivíduo teve 6 observações (SEMANA). Desejo identificar as observações que pertencem a cada indivíduo, sequencialmente, indiferente do tratamento por exemplo as seis observações do indivíduo 1, serão identificadas na coluna ID como 1; as seis do indivíduo 2 como 2 ...... C <- expand.grid(PESO=rnorm(10),SEMANA=1:6,TRAT=c("a","b","c")) -- ========================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção e Alimentação Animal Celular: (31)99796-8781 (Vivo) E-mail:nandodesouza@gmail.com <e-mail%3Anandodesouza(a)gmail.com> Lattes: http://lattes.cnpq.br/6519538815038307 Blog: https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ==========================================

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Ordernar eixo y (indivíduos) em gráfico xyplot Lattice
by Fernando Souza 23 Jan '18

23 Jan '18

Caros amigos, no exemplo abaixo, como faço para colocar as identificações do indivíduo em ordem crescente? att library(nlme) library(lattice) install.packages("tidyr") library(tidyr) DADOS.CURTO <- read.csv("https://www.dropbox.com/s/b4cckybgrcg86me/ galinhas.csv?raw=1 <https://n1.nylas.com/link/MESSAGE_ID/0?redirect=https%3A%2F%2Fwww.dropbox.c…>",head = TRUE) head(DADOS.CURTO) colnames(DADOS.CURTO) <- c("0","1","2","3","4","5","6","TRAT") DADOS<- DADOS.CURTO %>% gather('0','1','2','3','4','5','6',key ="SEMANA",value = "PESO", -TRAT) head(DADOS) str(DADOS) ID <-rep(seq(1,370), times=7) DADOS<-cbind(ID,DADOS) DADOS <- transform(DADOS, SEMANA = as.numeric(SEMANA),ID=factor(ID)) modelo1.list <- nlsList(PESO ~ a * exp(-b * exp( -c * SEMANA)),start = c(a = 4.10,b = 4.53,c = 0.37 ),na.action=na.omit,data =DADOS) modelo.nlme.0<-nlme(modelo1.list) modelo.nlme.2<-update(modelo.nlme.0,fixed=list(a~TRAT,b + c~1),start=c(4.10,0,0,4.77,0.34),control=controle2) (corr2 <- plot(ACF(modelo.nlme.2,resType="pearson"),alpha = 0.05,ylab="autocorrelação",col = "gray",main = "B")) MM3.3<- update(modelo.nlme.2,weights = varExp(form = ~fitted(.)|SEMANA),correlation = corARMA(form = ~SEMANA |ID,q = 4)) #-------------------Gráfico---------------------------------------------------------------- s <- seq(1, nlevels(GALINHA$ID), by = 10) (RANDOMEFFECTS <- plot(ranef(MM3.3),id=0.05,idResType="normalized",layout=c(3,1),scales = list(y = list(tck = 1, at = s, labels = levels(GALINHA$ID)[s]),x=list(relation="free")),abline=c(v=0),ylab="Indivíduo",strip=TRUE)) -- ========================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção e Alimentação Animal Celular: (31)99796-8781 (Vivo) E-mail:nandodesouza@gmail.com <e-mail%3Anandodesouza(a)gmail.com> Lattes: http://lattes.cnpq.br/6519538815038307 Blog: https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ==========================================

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Como trabalhar com medida repetida para um mesmo indivíduo
by Carlos Peixoto Neto 23 Jan '18

23 Jan '18

Caros colegas, busco ajuda para gerar uma análise no R. Estou iniciando o uso do software. Tenho um conjunto de dados e investigo o que segue: se o efeito da interação entre tamanhos diferentes de uma espécie de peixe - tamanhos "grande" e "pequeno" - pode afetar a altura de alimentação em lâminas dispostas em tanques. Também inseri uma outra especie de peixe com tamanho padronizado para ver interação interespecífica. Os tratamentos são o focal separado, exemplo: 1- peixe grande focal sozinho. Os demais tratamentos são par-a-par : 2- peixe grande focal com outro peixe grande e 3- mesmo peixe focal grande com um peixe pequeno. 4- peixe focal grande com peixe de outra espécie. O mesmo esquema é reproduzido para os peixe focais pequenos. Obs 1: Os peixes mesma espécie não são irmãos. Obs 2 : Durante os testes alguns peixes focais de ambos os tamanhos não foram as lâminas isso deixou células vagas na tabela de dados. Qual análise posso usar tendo em vista medidas repetidas de um mesmo animal (peixes focais)? Como lidar com os dados ausentes na tabela (missing data)? Imputação? Segue exemplo de dados: https://drive.google.com/open?id=18rIlIO1HtrjSlX1mKIzDauoxWhJ37EHu *Carlos Alberto Algarves Peixoto Neto* Biólogo | Universidade Federal do Maranhão - UFMA Laboratório de Herpetologia e Ecologia Aplicada a Conservação - LHEAC/UFMA Programa de Pós-Graduação em Biodiversidade e Conservação - PPGBC/UFMA Lattes: http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4303028A6 __ "O amor de Deus: Cristo morrer em nosso favor quando ainda éramos pecadores." Romanos cap. 5: vers. 8 (NVI)

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[OFF-TOPIC] Anúncio da 63ª RBras em Curitiba 23-25 de Maio e R Day
by Walmes Zeviani 18 Jan '18

18 Jan '18

O Departamento de Estatística da UFPR, o Conselho Diretor da RBras e a Comissão Organizadora Local tem a honra de anunciar a *63ª Reunião Anual da Região Brasileira da Sociedade Internacional de Biometria* (RBras). O site do evento é http://rbras.org.br/rbras63/ A 63ª RBras acontecerá *em Curitiba/PR nos dias 23-25 de Maio de 2018* na Universidade Federal do Paraná. Este evento terá a participação de conferencistas internacionais e nacionais, profissionais, pesquisadores e estudantes de graduação e pós graduação. As inscrições para o evento estão abertas, assim como estão abertas as submissões para trabalhos na forma de banner, apresentação oral, sessões temáticas e minicursos. Verifique em http://rbras.org.br/rbras63/?q=pt-br/cronograma os prazos para cada atividade. A 63ª RBras terá ainda a *participação das Regiões Argentina, Centro-América e Caribenha*. Além disso, terá um *evento satélite, o R-day, no dia 22*, dedicado à comunidade de usuários do software e linguagem de programação R. A inscrição no R-day e gratuita mas obrigatória. Acesse o site http://rday.leg.ufpr.br/ para realizá-la. O R-day terá conferências, apresentações orais (submissão online) e tutoriais (submissão online). Conforme forem recebidas e aprovadas as submissões de propostas e realizadas as confirmações dos conferencistas, será atualizado o quadro de programação do evento. Em caso de dúvidas, reclamações ou sugestões, entrar em contato pelo formulário no site (http://rbras.org.br/rbras63/? q=pt-br/contact). Em breve o site terá informações sobre rede de hotéis, formas de deslocamento e principais atividades turísticas e culturais. Estamos entusiasmados e comprometidos para recebê-los na 63ª RBras. Saudações Curitibanas. Até breve. Walmes Zeviani & Wagner Bonat Coordenadores da Comissão Organizadora Local

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 85, assunto 13
by Carlos Peixoto Neto 18 Jan '18

18 Jan '18

Cesar Brack, obrigado pelo comentário. Bem, a variável resposta altura de alimentação é quantitativa mesmo. Medida em centímetros. Sobre a questão da diferenciação dos peixes na interação intraespecífica, eu posso diferenciá-los durante filmagens que integram o experimento.

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detecção de outliers modelos mistos não lineares
by Fernando Souza 17 Jan '18

17 Jan '18

Caros colegas, Nos comandos abaixo, realizo a análise de um modelo não linear misto. Após selecionar o modelo, realizei um teste outliers do modelo. Identifiquei os outliers e os removi. Ajustei novamente o modelo, porém a nova análise gráfica dos resíduos desses modelo indica novos outliers. Porque isso ocorre? Como lido com isso? Removê-los não é uma opção, uma vez que estarei perdendo muitas observações. A minha outra dúvida é: Qual o melhor momento para realizar o teste de outliers? Eu realizo após a seleção do melhor modelo, pois com a correta definição dos efeitos aleatórios e da matriz R, o número de outliers normalmente reduz. Porém a remoção de outliers pode alterar o modelo e as estruturas até então selecionadas para as matrizes D e R podem não ser mais adequadas. Qual procedimento mais indicado? Att library(nlme) install.packages("tidyr") library(tidyr) DADOS.CURTO <- read.csv(" https://www.dropbox.com/s/b4cckybgrcg86me/galinhas.csv?raw=1",head = TRUE) head(DADOS.CURTO) colnames(DADOS.CURTO) <- c("0","1","2","3","4","5","6","TRAT") DADOS<- DADOS.CURTO %>% gather('0','1','2','3','4','5','6',key ="SEMANA",value = "PESO", -TRAT) head(DADOS) str(DADOS) ID <-rep(seq(1,370), times=7) DADOS<-cbind(ID,DADOS) DADOS <- transform(DADOS, SEMANA = as.numeric(SEMANA),ID=factor(ID)) #-----------------------------------ajuste dos modelos---------------------------------------------------- MNG8<-gnls(PESO ~ a * exp(-b * exp( -c * SEMANA)),params=list(a~TRAT,b~1,c~1),start = list(c(a = c(4.10,4.79,4.75),b = 4.53,c = 0.37)),na.action=na.omit,data =DADOS) MNG8.4 <- update(MNG8,weights = varExp(form = ~fitted(.)|SEMANA),correlation = corARMA(form = ~SEMANA |ID,q = 6)) #-----------------------------------outliers---------------------------------------------------------------- (GRAF8 <- plot(MNG8final,resid(.,type = "pearson")~fitted(.),id=0.05,xlab="Valores ajustados",ylab="Residuos Padronizados",abline = 0,main = "MNG8.4")) #------------------------------------ Identificação de outliers--------------------------------------- DADOS <- DADOS[complete.cases(DADOS),] ifelse(abs(residuals(MNG8,type="pearson"))>qnorm(0.975),1,0)-> DADOS$cookMNG #-----------------------------------novo modelo---------------------------------------------- MNG8final <- update(MNG8,data=subset(DADOS,cookMNG==0)) #------------------------------- (GRAF8 <- plot(MNG8final,resid(.,type = "pearson")~fitted(.),id=0.05,xlab="Valores ajustados",ylab="Residuos Padronizados",abline = 0,main = "MNG8.4")) -- ========================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção e Alimentação Animal Celular: (31)99796-8781 (Vivo) E-mail:nandodesouza@gmail.com <e-mail%3Anandodesouza(a)gmail.com> Lattes: http://lattes.cnpq.br/6519538815038307 Blog: https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ==========================================

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Re: [R-br] Instalar pacote do github
by Maurício Lordêlo 16 Jan '18

16 Jan '18

Agradeço pelas sugestões. Consegui fazer a instalação. Muito grato! Maurício Em 12 de janeiro de 2018 11:10, Rodrigo de Souza Oliveira < rddsouzaoliveira(a)gmail.com> escreveu: > Maurício, > > Segue abaixo um pouco mais detalhado. Fiz os passos mencionados utilizando > o linux, mas caso você esteja no windows basta ajustar a estrutura de > pastas. > > O primeiro passo consiste apenas em fazer uma cópia da pasta do Github > (utilizei o git pelo terminal). Você pode fazer o download dos arquivos > direto do navegador e salvar em uma pasta também. Portanto, abaixo os > passos um pouco mais detalhados (usando Windows): > > > 1. Download dos arquivos do Github. Por padrão, irá salvar um arquivo > .ZIP. Extraia os arquivos do ZIP para uma pasta que você desejar (no meu > caso coloquei em "C:/R"); > 2. Renomeia a pasta de "ggbiplot-master" para "ggbiplot"; > 3. Execute o script abaixo: > > library(devtools) > path <- setwd("C:/R") # coloquei aqui a pasta com os arquivos que extrai > do github nos passos 1 e 2 > build(paste0(path,"/ggbiplot")) > install.packages(paste0(path,"/ggbiplot_0.55.tar.gz"),repos=NULL, > type="source") > > > Abaixo print do console do R: > [image: Imagem inline 1] > > Acredito que este erro se deu pelo fato da rede bloquear o acesso à api do > Github (estou numa rede corporativa e o proxy está barrando). Consegui > instalar o pacote perfeitamente quando me conectei a outra rede sem > política de proxy, usando o "install_github". > > > Em 11 de janeiro de 2018 21:33, Maurício Lordêlo <mslordelo(a)gmail.com> > escreveu: > >> Caro Rodrigo, >> Agradeço sua sugestão porém não consegui fazer este passo-a-passo. >> Você poderia ser um pouco mais detalhado? >> Os termos usados ("clonar" e "empacotar") bem como os comandos não >> ficaram muito claros para mim. >> Se puder escrever em forma de código reproduzível, ficarei ainda mais >> agradecido. >> Maurício >> >> Em 11 de janeiro de 2018 16:39, Rodrigo de Souza Oliveira < >> rddsouzaoliveira(a)gmail.com> escreveu: >> >>> Tentei fazer aqui, mas estava dando timeout. >>> >>> Consegui fazer funcionar com os seguintes passos: >>> >>> 1. Clonar a pasta do Github - comando "git clone >>> http://github.com/vqv/ggbiplot" pelo terminal; >>> 2. "Empacotar" a pasta com o comando devtools:: >>> >>> build ": >>> >>> build("pasta_do_clone/ggbiplot") - Esse comando vai gerar um arquivo >>> tar.gz >>> 3. Instalar manualmente o pacote: >>> >>> install.packages("pasta_do_clone/ggbiplot_0.55.tar.gz",repos=NULL, >>> type="source") >>> >>> >>> >>> Em 11 de janeiro de 2018 16:37, Maurício Lordêlo via R-br < >>> r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: >>> >>>> Sim. Estou usando as versões mais recentes do R e do RStudio. >>>> >>>> >>>> Em 11 de janeiro de 2018 16:27, <sznelwar(a)uol.com.br> escreveu: >>>> >>>>> Tentou atualizar sua versão do R? >>>>> >>>>> >>>>> Caros, >>>>> Certa vez eu consegui instalar o pacote "ggbiplot" que considero bem >>>>> interessante. >>>>> Não sei se pela atualização do R, ou de mudança de versão do Windows, >>>>> não mais consigo instalar este pacote. >>>>> Pelo que tenho registrado nos meus scripts, eu seguia os passos abaixo: >>>>> library(devtools) >>>>> install.packages("githubinstall") >>>>> library(githubinstall) >>>>> install.packages("ggbiplot-master") >>>>> library(ggbiplot-master) >>>>> >>>>> install_github("ggbiplot","vqv") >>>>> >>>>> Também fiz estas duas tentativas sem sucesso >>>>> >>>>> install.packages("diretório de trabalho/ggbiplot-master.zip") #aqui eu >>>>> fiz o download do arquivo zip e salvei no "diretório de trabalho" >>>>> >>>>> install.packages("https://github.com/vqv/ggbiplot.git") >>>>> >>>>> Alguém saberia informar como resolver este problema? >>>>> _______________________________________________ >>>>> R-br mailing list >>>>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a >>>>> c�digo m�nimo reproduz�vel. >>>>> >>>> >>>> >>>> _______________________________________________ >>>> R-br mailing list >>>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>>> código mínimo reproduzível. >>>> >>> >>> >>> >>> -- >>> >>> >>> Rodrigo Oliveira >>> >> >> > > > -- > > > Rodrigo Oliveira >

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