Abril 2017 - R-br - DINF UFPR

Dificuldade com o pacote survival - Problema resolvido
by Gilenio Borges Fernandes 25 Abr '17

25 Abr '17

A dificuldade no ajuste de modelo com a função survreg do pacote survival já foi resolvida com a re-instalação do pacote. Agradeço Gilênio Borges Fernandes Professor Associado IV (Aposentado) Professor Adjunto A (Substituto) Universidade Federal da Bahia Instituto de Matemática e Estatística Departamento de Estatística Av. Adhemar de Barros, s/n – Ondina. 40.170-110 - Salvador - BA, Brasil Tel.: (071)3283-6340/6341/6337 Fax: (071)3283-6336 Skype: gilenio.fernandes Lattes: http://lattes.cnpq.br/6764860618464860

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Dificuldade no ajuste de modelo com a função survreg do pacote survival
by Gilenio Borges Fernandes 25 Abr '17

25 Abr '17

Prezad@s Alguma ideia de solução na seguinte dificuldade: *library(survival)* *fit <- survreg(Surv(futime, fustat) ~ rx + age, data = ovarian, dist = "weibull")* Error in coxph.wtest(t(x) %*% (wt * x), c((wt * eta + weights * deriv$dg) %*% : object 'Ccoxph_wtest' not found *fit <- survreg(Surv(futime, fustat) ~ 1, data = ovarian, dist = "weibull")* summary(fit) Call: survreg(formula = Surv(futime, fustat) ~ 1, data = ovarian, dist = "weibull") Value Std. Error z p (Intercept) 7.111 0.293 24.292 2.36e-130 Log(scale) -0.103 0.254 -0.405 6.86e-01 Scale= 0.902 Weibull distribution Loglik(model)= -98 Loglik(intercept only)= -98 Number of Newton-Raphson Iterations: 5 n= 26 Ou seja, a função só funciona no ajuste do modelo sem variáveis explanatórias. Observação: o pacote survival tem a função coxph.wtest(.). Desde já agradeço Gilênio Borges Fernandes Professor Associado IV (Aposentado) Professor Adjunto A (Substituto) Universidade Federal da Bahia Instituto de Matemática e Estatística Departamento de Estatística Av. Adhemar de Barros, s/n – Ondina. 40.170-110 - Salvador - BA, Brasil Tel.: (071)3283-6340/6341/6337 Fax: (071)3283-6336 Skype: gilenio.fernandes Lattes: http://lattes.cnpq.br/6764860618464860

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Re: [R-br] Como escolher o melhor conjunto de dados imputador no MICE
by Cesar Rabak 25 Abr '17

25 Abr '17

Técnicas de bootstraping têm sido sugeridas para serem usadas *em conjunto* com imputação (geralmente múltipla como deseja o OP) mas não como uma solução para os valores inexistentes. HTH 2017-04-24 9:38 GMT-03:00 Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br>: > Não seria o caso de bootstrap? > Quick-R: Bootstrapping > <http://www.statmethods.net/advstats/bootstrapping.html> > > Quick-R: Bootstrapping > You can bootstrap a single statistic or a vector (e.g., regression > weights). This section will get you started w... > <http://www.statmethods.net/advstats/bootstrapping.html> > > > Prof. Edson Lira, Me > Estatístico > Manaus-Amazonas > > > Em Sexta-feira, 21 de Abril de 2017 10:16, Cesar Rabak via R-br < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > > > Elias, > > A imputação é uma técnica que super simplificadamente objetiva colocar > dados em variáveis cujos valores estão ausentes para não "perturbar" uma > determinada estatística e permitir analisar as outras variáveis dos casos > sob estudo. > > Um exemplo simples seria colocar a média da variável em todos os casos de > valores ausentes¹. > > No seu caso que você deseja fazer uma pesquisa usando redes bayesianas > haveria necessidade de ver se a abordagem em si da imputação faria sentido > e então ver qual (tipo) seria mais apropriada. > > Há uma extensa literatura sobre esse tema, que suponho você esteja > familiarizado e consultando-a, e pelo meu contato com o tema quer me > parecer que há uma certa preferência (do jeito da imputação) em função do > domínio do problema. > > HTH > -- > Cesar Rabak > > > [1] Bem simples, vou elidir a discussão sobre vantagens e desvantagens > dessa específica abordagem e propriedade em função da quantidade de dados > faltantes. > > 2017-04-19 0:34 GMT-03:00 Elias Carvalho via R-br < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>: > > Usando o pacote mice fiz o seguinte teste (imputação de dados): > imp <- mice(nhanes) > Isso gerou 5 conjuntos de dados imputados: > imp$imp$bmi > > > > Eu gostaria de entender como escolher o melhor dataset imputado > Por exemplo, para bmi (acima) qual das 5 colunas será a melhor escolha? > Eu achei vários exemplos usando regressão logistica, mas eu não vou rodar > uma regressão logistica, vou usar os dados para criar uma rede bayesiana. > Alguém poderia me ajudar por favor? > -- > > > *In Jesu et Maria* > *Obrigado* > *Prof. Elias Carvalho* > > "Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC) > "Blessed is he who has been able to understand the cause of things" > > ______________________________ _________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/ cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > <https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br- guia > <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia>) e forneça código mínimo reproduzível. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a > c�digo m�nimo reproduz�vel. > > >

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Re: [R-br] Comparações Múltiplas
by coroasolaris 24 Abr '17

24 Abr '17

Isabela, boa noite! No livro "Métodos de Análise Multivariada em R", Anderson Rodrigues da Silva, Ed. Fealq, 2016, penso que você vai encontrar a ajuda da qual precisa. O c.8 cuida do assunto. Enviado do meu smartphone Samsung Galaxy. -------- Mensagem original --------De: "Isabela M. via R-br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Data: 22/04/17 17:38 (GMT-03:00) Para: "a lista Brasileira oficial de discussão do programa R." <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Assunto: [R-br] Comparações Múltiplas Boa tarde, Meu nome é Isabela, faço iniciação científica e trabalho com análise multivariada, mais especificamente com a MANOVA. Alguém poderia me ajudar com script do R, para realizar a comparação múltipla multivariada, no caso para 5 variáveis? Desde já agradeço!

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Resolver equações com o R
by Delcio Rudinei Bortolanza 22 Abr '17

22 Abr '17

Olá! Tenho esta equação para encontrar a solução e gostaria de utilizar o R para isso. (0.501143 - 0.314445)*((1 + (0.716407*x)^1.574827)^(((1 - 1/1.574827) - 1) - 1)*(((1 - 1/1.574827) - 1)*((0.716407*x)^(1.574827 - 1)*(1.574827*0.716407)))*((1 - 1/1.574827)*((0.716407*x)^(1.574827 - 1)*(1.574827*0.716407))) + (1 + (0.716407*x)^1.574827)^((1 - 1/1.574827) - 1)*((1 - 1/1.574827)*((0.716407*x)^((1.574827 - 1) - 1)*((1.574827 - 1)*0.716407)*(1.574827*0.716407))))/((1 + (0.716407*x)^1.574827)^(1 - 1/1.574827))^2 - (0.501143 - 0.314445)*((1 + (0.716407*x)^1.574827)^((1 - 1/1.574827) - 1)*((1 - 1/1.574827)*((0.716407*x)^(1.574827 - 1)*(1.574827*0.716407))))*(2*((1 + (0.716407*x)^1.574827)^((1 - 1/1.574827) - 1)*((1 - 1/1.574827)*((0.716407*x)^(1.574827 - 1)*(1.574827*0.716407)))*((1 + (0.716407*x)^1.574827)^(1 - 1/1.574827))))/(((1 + (0.716407*x)^1.574827)^(1 - 1/1.574827))^2)^2 == 0 Utilizando o Wolfram Mathematica consigo encontrar a resposta com Solve[(0.501143 - 0.314445)*((1 + ... ==0, x, Reals], que nesse caso é x = 0.736051, mas o problema é que ai toda vez tem ficar abrindo outro software (pago) e transformar em valores as variáveis com atribuição. Existe alguma maneira de resolver essa equação utilizando o R? Att., Delcio R. Bortolanza Doutorando em agronomia - UPF

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Como escolher o melhor conjunto de dados imputador no MICE
by Elias Carvalho 21 Abr '17

21 Abr '17

Usando o pacote mice fiz o seguinte teste (imputação de dados): imp <- mice(nhanes) Isso gerou 5 conjuntos de dados imputados: imp$imp$bmi Eu gostaria de entender como escolher o melhor dataset imputado Por exemplo, para bmi (acima) qual das 5 colunas será a melhor escolha? Eu achei vários exemplos usando regressão logistica, mas eu não vou rodar uma regressão logistica, vou usar os dados para criar uma rede bayesiana. Alguém poderia me ajudar por favor? -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"*

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Re: [R-br] Plotar linhas em gráfico 3d no R
by sznelwar＠uol.com.br 21 Abr '17

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Plotar linhas em gráfico 3d no R
by Laura Teixeira Rocha 20 Abr '17

20 Abr '17

Possuo um gráfico de dispersão 3d realizado com duas funções no R, a função 'plotly' e a ''scatterplot3d'. Os gráficos podem ser reproduzidos através do código: x <- c(0,50,100,150,200,250,300,350,400,450) y <- c(0,50,100,150,200,250,300,350,400,450) z <- c(1,2,1,1,2,1,2,1,2,1) plot_ly(x=x,y=y,z=z) scatterplot3d(x, y, z) Se possível, para ambas as funções, gostaria de saber como posso plotar, no plano deste gráfico, duas retas cortando o eixo x e duas retas cortando o eixo y, de modo que essas retas se encontrem no plano, formando uma região de intersecção entre as duas. Além disso, gostaria de saber se é possível preencher/ressaltar essa área de encontro com alguma cor. Muito obrigada! Laura.

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Interface para usuário realizar chamada de função em R
by Paulo Nogueira Starzynski 20 Abr '17

20 Abr '17

Olá colegas de lista. Gostaria da opinião de vocês com relação a algo que envolve R, mas não apenas ele. Desenvolvi em R um código que automatiza alguns processos. Todo o trabalho foi encapsulado dentro de uma função principal (aqui chamada de *realiza.consulta*), que recebe um parâmetro com as configurações informando o que deve ser feito. Criei algo parecido para exemplificar: # # "Painel de Controle" do Usuário # configuracoes <- list( idUser <- 'usuario', idPassword <- 'senha123', consultas <- list(c("info1", "todos"), c("info2", "apenas alguns"), c("info3", NA), c("info4", "opcao1", "opcao2") ) ) # # Excucao do PROGRAMA PRINCIPAL source("/codigos.R") realiza.consulta(configuracoes) Como vocês podem ver, as configurações ficam armazenadas em um objeto do tipo lista, que é passado para a função principal. É de responsabilidade do usuário criar esse objeto e chamar a função realiza.consulta. A questão é que eu gostaria de desenvolver uma "máscara" para esse processo, onde os usuários informariam tais configurações e clicariam em um botão para iniciar o procedimento, sem ter de abrir o R ou RStudio. Vocês já fizeram algo semelhante para poder dividir o conhecimento? Abraços, Paulo

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Experimento em faixa com medidas repetidas no tempo
by ROSIANA RODRIGUES ALVES 20 Abr '17

20 Abr '17

Boa noite, Tenho que analisar um experimento e estou com duvidas como analisar. Os experimento teve o objetivo de avaliar a produção e qualidade de matéria seca de uma pastagem ao longo de um ano, que foi conduzida em piquetes com duas alturas de pastejo e três lâminas de irrigação. Dois fatores (Altura de pastejo e Laminas de irrigação). Devido a dificuldade de casualização das laminas de irrigação o experimento foi conduzido em faixas. Já analisei e experimentos em faixa, e experimentos com medida repetida mas os dois ao mesmo tempo, nunca analisei, peço ajuda de alguém que já fez esse tipo de analise para me passar umas dicas. Abraços Rosiana Rodrig ues Alves Estat ística e Experi mentação Agropecuária Em brapa Pesca e Aquicu ltura Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) Palmas/TO +55 (63) 3229-7805/7800 | Skype: cnpasa.rosiana http://cnpasa.sede.embrapa.br | twitter.com/embrapa Confira também: www.facebook.com/agrosustentavel ----- Mensagem original ----- De: r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quarta-feira, 19 de abril de 2017 12:00:17 Assunto: Digest R-br, volume 76, assunto 13 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://imsva91-ctp.trendmicro.com:443/wis/clicktime/v1/query?url=https%3a%… ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: Banco de Dados - Linhas e Colunas (Luis G. S. e Silva) 2. Como escolher o melhor conjunto de dados imputador no MICE (Elias Carvalho) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Tue, 18 Apr 2017 20:29:01 +0000 From: "Luis G. S. e Silva" <lgsilvaesilva(a)gmail.com> To: jose gomes de souza filho Gomes <zegomesufg(a)gmail.com>, a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Banco de Dados - Linhas e Colunas Message-ID: <CALruoAEa75fUUwPbBtwmm+cxcZAk-YCXdU5m1uecviqUKLdsdw(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" require(reshape2) dados <- read.csv2('dadosg.csv', encoding = 'latin1') dcast(cidade+parcela2+parcela3~item+ano, value.var = 'quantidade', data = dados) On Tue, Apr 18, 2017 at 4:27 PM jose gomes de souza filho Gomes via R-br < r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > Boa tarde, > > Tem o seguinte banco de dados > > base de dados: > https://imsva91-ctp.trendmicro.com:443/wis/clicktime/v1/query?url=https%3a%… > > *cidade* > > *parcela2* > > *parcela3* > > *ano* > > *item* > > *quantidade* > > *GOIÂNIA* > > *Ana* > > *serv* > > *2011* > > *baixados* > > *82331* > > *GOIÂNIA* > > *Paulo* > > *terc* > > *2011* > > *baixados* > > *15733* > > *ANÁPOLIS* > > *Roberto* > > *serv* > > *2011* > > *baixados* > > *9989* > > *GOIÂNIA* > > *Ana* > > *serv* > > *2011* > > *Pendentes* > > *7282* > > *GOIÂNIA* > > *Paulo* > > *terc* > > *2011* > > *Pendentes* > > *6819* > > *ANÁPOLIS* > > *Roberto* > > *serv* > > *2011* > > *Pendentes* > > *5420* > > *GOIÂNIA* > > *Ana* > > *serv* > > *2011* > > *novos* > > *4635* > > *GOIÂNIA* > > *Paulo* > > *terc* > > *2011* > > *novos* > > *4270* > > *ANÁPOLIS* > > *Roberto* > > *serv* > > *2011* > > *novos* > > *4125* > > *GOIÂNIA* > > *Ana* > > *serv* > > *2012* > > *baixados* > > *82332* > > *GOIÂNIA* > > *Paulo* > > *terc* > > *2012* > > *baixados* > > *15734* > > *ANÁPOLIS* > > *Roberto* > > *serv* > > *2012* > > *baixados* > > *9990* > > *GOIÂNIA* > > *Ana* > > *serv* > > *2012* > > *Pendentes* > > *7283* > > *GOIÂNIA* > > *Paulo* > > *terc* > > *2012* > > *Pendentes* > > *6820* > > *ANÁPOLIS* > > *Roberto* > > *serv* > > *2012* > > *Pendentes* > > *5421* > > *GOIÂNIA* > > *Ana* > > *serv* > > *2012* > > *novos* > > *4636* > > *GOIÂNIA* > > *Paulo* > > *terc* > > *2012* > > *novos* > > *4271* > > *ANÁPOLIS* > > *Roberto* > > *serv* > > *2012* > > *novos* > > *4126* > > > > > Gostaria que ficasse assim: > > > > *cidade* > > *parcela2* > > *parcela3* > > *baixados_2011* > > *baixados_2012* > > *Pendentes_2011* > > *Pendentes_2012* > > *novos_2011* > > *novos_2012* > > *GOIÂNIA* > > *Ana* > > *serv* > > *82331* > > *82332* > > *7282* > > *7283* > > *4635* > > *4636* > > *GOIÂNIA* > > *Paulo* > > *terc* > > *15733* > > *15734* > > *6819* > > *6820* > > *4636* > > *4271* > > *ANÁPOLIS* > > *Roberto* > > *serv* > > *9989* > > *9990* > > *5420* > > *5421* > > *4125* > > *4126* > > > > Obrigado. > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://imsva91-ctp.trendmicro.com:443/wis/clicktime/v1/query?url=https%3a%… > Leia o guia de postagem (https://imsva91-ctp.trendmicro.com:443/wis/clicktime/v1/query?url=http%3a%2… e forneça > código mínimo reproduzível. -- Luís G. Silva e Silva -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <https://imsva91-ctp.trendmicro.com:443/wis/clicktime/v1/query?url=http%3a%2… ------------------------------ Message: 2 Date: Wed, 19 Apr 2017 00:34:50 -0300 From: Elias Carvalho <ecacarva(a)gmail.com> To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Como escolher o melhor conjunto de dados imputador no MICE Message-ID: <CAH8E6UuWYW_xG_OKU0ft=UNWOFODNWX-c8e0kzxbi_qzV43xSw(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Usando o pacote mice fiz o seguinte teste (imputação de dados): imp <- mice(nhanes) Isso gerou 5 conjuntos de dados imputados: imp$imp$bmi Eu gostaria de entender como escolher o melhor dataset imputado Por exemplo, para bmi (acima) qual das 5 colunas será a melhor escolha? Eu achei vários exemplos usando regressão logistica, mas eu não vou rodar uma regressão logistica, vou usar os dados para criar uma rede bayesiana. Alguém poderia me ajudar por favor? -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho* *"Felix, qui potuit rerum cognoscere causas" (Virgil 29 BC)"Blessed is he who has been able to understand the cause of things"* -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <https://imsva91-ctp.trendmicro.com:443/wis/clicktime/v1/query?url=http%3a%2… -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: Captura de tela de 2017-04-19 00-30-32.png Tipo: image/png Tamanho: 14828 bytes Descrição: não disponível URL: <https://imsva91-ctp.trendmicro.com:443/wis/clicktime/v1/query?url=http%3a%2… ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://imsva91-ctp.trendmicro.com:443/wis/clicktime/v1/query?url=https%3a%… ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 76, assunto 13 ***************************************** ____________________________________________________________________________ Aviso de confidencialidade Esta mensagem da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), empresa publica federal regida pelo disposto na Lei Federal no. 5.851, de 7 de dezembro de 1972, e enviada exclusivamente a seu destinatario e pode conter informacoes confidenciais, protegidas por sigilo profissional. 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