Março 2017 - R-br

Ajuda comando restruturação
by Edmar Caldas 18 Mar '17

18 Mar '17

Bom Dia! Preciso de uma ajuda e não sei como começar. tenho uma arquivo que está na coluna e quero que ele fique na linha. segue exemplo. Estou procurando um comando de restruturação e não encontro. alguém pode me direcionar. Edmar

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grafico de distribuicao acumulada de uma variavel continua
by Nilson Guiotoku 18 Mar '17

18 Mar '17

Bom dia! Eu preciso construir o gráfico da densidade acumulada de uma variável continua (domínio dos Reais) que não tem um modelo identificado. Usei o gráfico de pareto construído por tabelas de frequência, porém, no eixo x, ele coloca as frequência em ordem decrescente. Eu gostaria de construir esse mesmo gráfico, todavia, em que no eixo x ficasse as classes das tabelas na sequencia crescente (Ex: (-17.1,32.9] (32.9,82.9] (82.9,133] (133,183] (183,233] (233,283] (283,333] ), não usando a sequencia decrescente da frequência como no pareto. Alguma ideia de como fazer isso? > # Grafico de pareto > MT <- Global$Z > head(MT) [1] 127.45555 23.10762 36.16764 88.45139 142.60974 151.68347 > intervalo <- cut(MT, breaks= seq(min(MT), max(MT), 50 )) > x = table(intervalo) > print(x) intervalo (-17.1,32.9] (32.9,82.9] (82.9,133] (133,183] (183,233] (233,283] (283,333] 5 6 9 7 4 5 6 > require(qcc) > pareto.chart(x,ylab = "Frequencia", main = "classes do lucro MT", + col=rainbow(length(x))) Pareto chart analysis for x Frequency Cum.Freq. Percentage Cum.Percent. (82.9,133] 9 9 21.42857 21.42857 (133,183] 7 16 16.66667 38.09524 (32.9,82.9] 6 22 14.28571 52.38095 (283,333] 6 28 14.28571 66.66667 (-17.1,32.9] 5 33 11.90476 78.57143 (233,283] 5 38 11.90476 90.47619 (183,233] 4 42 9.52381 100.00000 Ver Figura 1 do pareto em anexo. No eixo x (aparece as classes fora de ordem), mas na ordem decrescente da frequência. Gostaria que as classes ficassem na ordem no eixo x ((-17.1,32.9] (32.9,82.9] (82.9,133] (133,183] (183,233] (233,283] (283,333] ) O ideal é que apareça na ordem crescente no eixo x, como na Figura em anexo (Figura 2). Nilson Silva.

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Box's M Test
by Pollyanna Alves 17 Mar '17

17 Mar '17

Oi pessoal, estou tentando realizar o teste Box's M que avalia a homogeneidade da matriz var-covar dos dados, pressuposto para MANOVA, mas não estou entendendo o que seria esse *grouping *no script: *Pacote *biotools *Usage* boxM(data, grouping) *Arguments* data a numeric data.frame or matrix containing n observations of p variables; it is expected that n > p. grouping a vector of length n containing the class of each observation; it is usualy a factor. *O exemplo fornecido foi esse:* data(iris) boxM(iris[, -5], iris[, 5]) # End (not run) Os meus dados possuem 23 variáveis (colunas: medidas) e 189 linhas (espécimes) sem contar com o cabeçário. Alguém poderia me ajudar? Agradeço desde já, Att., Pollyanna Alves de Barros Mestranda em Biologia Animal Graduada em Ciências Biológicas Graduação Sanduíche na "University of Western Australia" Museu de Zoologia João Moojen Universidade Federal de Viçosa

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Teste de Normalidade Multivariada
by Pollyanna Alves 13 Mar '17

13 Mar '17

Olá pessoal, sou iniciante no programa R e estou tentando realizar um teste de normalidade multivariada. Dei uma pesquisada na internet e encontrei o comando > mshapiro.test(M), no pacote mvnormtest. Tenho uma planinha no formato .csv com dados numéricos apenas (castorianb). Digitei o comando > mshapiro.test (Castoria). Está correto? O comando gerou erros... Vocês teriam algum script deste teste para compartilhar? Erro gerado: Error in mshapiro.test(castorianb) : U[] is not a matrix with number of columns (sample size) between 3 and 5000 Grata Att., Pollyanna Alves de Barros Mestranda em Biologia Animal Graduada em Ciências Biológicas Graduação Sanduíche na "University of Western Australia" Museu de Zoologia João Moojen Universidade Federal de Viçosa

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 75, assunto 8
by sznelwar＠uol.com.br 12 Mar '17

12 Mar '17

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 75, assunto 8
by Maurício Sangiogo 12 Mar '17

12 Mar '17

Obrigado Walmes, Obrigado pela indicação. Mas acabei optando por realizar o cálculo dos quadrados médios combinados e graus de liberdade combinados manualmente mesmo, era isso que eu estava na dúvida... e de fato deu resultado diferente do método que estava de exemplo no pacote agricolae. Acredito eu que está certo como fiz. Se a alguém interessar, ou se disponibilizar de conferir, mando os dados e comandos: # Análise de um experimento em faixas com interação significativa: dados<- structure(list(local = c(1, 2, 3, 4, 1, 2, 3, 4, 1, 2, 3, 4, 1, 2, 3, 4, 1, 2, 3, 4, 1, 2, 3, 4, 1, 2, 3, 4, 1, 2, 3, 4, 1, 2, 3, 4), trat = c(0, 0, 0, 0, 30, 30, 30, 30, 60, 60, 60, 60, 0, 0, 0, 0, 30, 30, 30, 30, 60, 60, 60, 60, 0, 0, 0, 0, 30, 30, 30, 30, 60, 60, 60, 60), bloco = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3), yield = c(150, 163, 164, 171, 188, 174, 182, 182, 220, 170, 170, 182, 147, 141, 133, 140, 157, 166, 144, 143, 173, 165, 152, 170, 146, 140, 149, 150, 172, 158, 142, 160, 204, 163, 150, 175)), .Names = c("local", "trat", "bloco", "yield" ), row.names = c(NA, 36L), class = "data.frame") model<-with(dados,strip.plot(bloco, trat, local, yield)) # Se interação não significativa: comparison1<-with(dados,HSD.test(yield,trat,model$gl.a,model$Ea));comparison1 comparison2<-with(dados,HSD.test(yield,local,model$gl.b,model$Eb)); comparison2 # Se tiver interação significativa: QMea<- model$Ea ;Dfea<-model$gl.a QMeb<- model$Eb; Dfeb<-model$gl.b QMec<- model$Ec ; Dfec<-model$gl.c a <-3; b <-4 #Erro medio a e c QMeac <-(QMea+(b-1)*QMec)/b ##Graus de liberdade a e c Glac<-((QMea+(b-1)*QMec)^2) / ( ((QMea^2)/Dfea) + ((((b-1)*QMec)^2)/Dfec) ) #Erro medio b e c QMebc<-(QMeb+(a-1)*QMec)/a ##Graus de liberdade a e c Glbc<-((QMeb+(a-1)*QMec)^2) / ( ((QMeb^2)/Dfeb) + ((((a-1)*QMec)^2)/Dfec) ) #--------------------------------------------------------------------------------- # Comparação de médias por Tukey: ## Tratamentos dentro de locais: L1<-subset(dados,dados$local=="1") t1<-HSD.test(L1$yield,L1$trat,Glac,QMeac) t1 L2<-subset(dados,dados$local=="2") t2<-HSD.test(L2$yield,L2$trat,Glac,QMeac) t2 L3<-subset(dados,dados$local=="3") t3<-HSD.test(L3$yield,L3$trat,Glac,QMeac) t3 L4<-subset(dados,dados$local=="4") t4<-HSD.test(L4$yield,L4$trat,Glac,QMeac) t4 ## Locais dentro de tratamentos: A1<-subset(dados,dados$trat=="0") ta1<-HSD.test(A1$yield,A1$local,Glbc,QMebc) ta1 A2<-subset(dados,dados$trat=="30") ta2<-HSD.test(A2$yield,A2$local,Glbc,QMebc) ta2 A3<-subset(dados,dados$trat=="60") ta3<-HSD.test(A3$yield,A3$local,Glbc,QMebc) ta3 # FIM ? Abraços! .................. Me. Eng. Agr. Maurício Sangiogo TEL:(55) 96822030 ________________________________ De: R-br <r-br-bounces(a)listas.c3sl.ufpr.br> em nome de r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> Enviado: domingo, 12 de março de 2017 12:00 Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Assunto: Digest R-br, volume 75, assunto 8 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br R-br Página de Detalhes<https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> listas.inf.ufpr.br A [R-br] é a lista Brasileira oficial de discussão do programa R e tem o propósito de permitir a troca de informações entre os usuários de R (em português). ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: Desdobramento de um experimento em faixas (Walmes Zeviani) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Sat, 11 Mar 2017 17:44:03 -0300 From: Walmes Zeviani <walmeszeviani(a)gmail.com> To: Maurício Sangiogo <ms_sangiogo(a)hotmail.com>, a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Desdobramento de um experimento em faixas Message-ID: <CAFU=EkYuWZnFRExk8eNhcLSq3u1=OG0Yg=ZQUNeGoxQQc8obzQ(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Verifique se essa postagem do histórico da lista serve: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Anova-em-faixas-td4655899.html. Caso R-br - [R-br] Anova em faixas<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Anova-em-faixas-td4655899.html> r-br.2285057.n4.nabble.com [R-br] Anova em faixas. Srs, Preciso de uma ajuda. Preciso fazer uma ANOVA de um experimento com três fatores, porém o problema está no delineamento que foi em faixas. Tenho o quadro da análise... não funcione, envie no corpo da mensagem os resultados que você tem como sendo os certos e o resultado que você está conseguindo. Não esqueça de disponibilizar acesso aos dados usados no corpo da mensagem (use dput()). À disposição. Walmes. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20170311/02ec2ff1/atta…> ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br R-br Página de Detalhes<https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> listas.inf.ufpr.br A [R-br] é a lista Brasileira oficial de discussão do programa R e tem o propósito de permitir a troca de informações entre os usuários de R (em português). ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 75, assunto 8 ****************************************

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Desdobramento de um experimento em faixas
by Maurício Sangiogo 11 Mar '17

11 Mar '17

Bom dia pessoal, Mais uma vez venho recorrer a vocês em relação a uma dúvida... Estou trabalhando com um experimento em DBC em faixas, porém tenho encontrado poucos exemplos em relação a comparação de médias no caso de interação. Encontrei um exemplo em uma aula na internet e um exemplo com os comandos no pacote agricolae (http://127.0.0.1:25234/library/agricolae/html/strip.plot.html) porém mesmo usando os mesmos valores a comparação de médias não está batendo entre o exemplo da aula e quando rodo usando os comandos do exemplo do agricolae. Alguém ai poderia conferir se esses comandos que envio logo a baixo estão corretos? Principalmente na parte referente a comparação de médias. (Seria um experimento em blocos completos no esquema em faixas.) Desde já muito obrigado! Abraços # Yield library(agricolae) data(huasahuasi) YIELD<-huasahuasi$YIELD market <- YIELD$y1da + YIELD$y2da non_market <- YIELD$y3da yield <- market + non_market model<-with(YIELD,strip.plot(block, clon, trt, yield)) comparison<-with(YIELD,LSD.test(yield,clon,model$gl.a,model$Ea)) comparison<-with(YIELD,LSD.test(yield,trt,model$gl.b,model$Eb)) # simple effects A<-model$data a<-nlevels(A$clon) b<-nlevels(A$trt) r<-nlevels(A$block) Ea<-model$Ea; Eb<-model$Ec; Ec<-model$Ec; gla<-model$gl.a; glb<-model$gl.b; glc<-model$gl.c; B <-tapply.stat(A[,4],A[,2:3],mean) std<-tapply.stat(A[,4],A[,2:3],function(x) sd(x)/sqrt(length(x))) B<-data.frame(B[,1:2],yield=B[,3],std=std[,3]) cmab<-(b-1)*Ec + Ea cmba<-(a-1)*Ec + Eb # order.group # Tukey ta <- qtukey(0.95,a,gla) tb <- qtukey(0.95,b,glb) tc <- qtukey(0.95,a*b,glc) tab<- ((b-1)*Ec*tc + Ea*ta)/cmab tba<- ((a-1)*Ec*tc + Eb*tb)/cmba # Comparison of clones by treatment groups<-by(B,B[,2], function(x) order.group(x$clon,x$yield,N=b*r, cmab,tab, std.err=x$std,parameter=0.5,console=FALSE)) groups # Comparison of treatments by clon groups<-by(B,B[,1], function(x) order.group(x$trt,x$yield,N=a*r,cmba,tba, std.err=x$std,parameter=0.5,console=FALSE)) groups .................. Me. Eng. Agr. Maurício Sangiogo TEL:(55) 96822030

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Erro em fazendo pacote. .Random.seed e caracteres ASCII
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 10 Mar '17

10 Mar '17

Amigos de R, Submeti recentemente um pacote ao CRAN, e ha erros que preciso consertar antes da publicaçao. Mas dois deles eu nao estou sabendo como. https://win-builder.r-project.org/incoming_pretest/170309_202247_ems_0311/0… O primeiro deles é que o check acusa que no pacote há um banco chamado .Random.seed. Esse banco nao deveria estar la. Eu nao sei ao certo de onde veio, nem onde ele está. A unica coisa que sei é que ele nao está na pasta dos dados e nem está visivel no namespace do pacote. Imagino que retira-lo da arvore do pacote resolveria, mas nao estou sabendo como. O segundo problema é que o banco de dados de exemplo utilizado no pacote, possui níveis de variaveis categoricas que ficaram "desconfiguradas", por conta dos "ç" ou "ã". Isso faz com que caracteres fiquem irreconheciveis. Imagino que em algum momento entre importar editar e salvar, o encoding dos caracteres mudou, e retornar ao encoding original resolveria. Como faço pra voltar ao encoding original? Ou há alguma maneira mais inteligente de resolver e eliminar o erro de presença de caracteres nao ASCII? Alguem tem um bizu pra eu saber como arrumar essas questoes? Abraço forte, Pedro Brasil (:)=

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Teste de Normalidade Multivariada
by Gustavo Agudelo 09 Mar '17

09 Mar '17

Olá Pollyanna, Tente usar as ferramentas do pacote MVN (Multivariate Normality Tests). Achei o material do pacote muito instrutivo e relativamente fácil de se seguir, tendo várias funções para testar normalidade multivariada e ferramentas gráficas úteis. Abraços, Gustavo. *====================================* *Gustavo A. Agudelo-Cantero, M.Sc.*Ph.D. Student in Physiology Laboratory of Ecophysiology and Evolutionary Physiology Institute of Biosciences University of São Paulo Rua do Matão 101, Travessa 14, Room 219. CEP 05508-090 (+55-11) 3091-7609 (+55-11) 94281-6827 São Paulo - SP Brazil ====================================

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Silenciar os warnings
by Andre Oliveira 09 Mar '17

09 Mar '17

Boa tarde,sempre em um relatório cito os pacotes que usei nas referências, no entanto require(biotools) deixa a aviso solto no meio de meu relatório de um .rnw. Estou usando: ```{r,include=F} # Esconde avisos e comentários e códigos R require(knitr) opts_chunk$set(echo = F, comment="", message=F, warnings = F) suppressPackageStartupMessages(require(biotools,quietly = TRUE)) ```Alguém sabe como posso excluir tal aviso? André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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