Novembro 2017 - R-br

Função do ExpDes.pt
by Andre Oliveira 10 Nov '17

10 Nov '17

Boa noite,não houve atualização por aqui, mas, a função faixas do pacote ExpDes.pt não funciona mais. Alguém saberia apontar uma possível causa? faixas(trat, mes, bloco, altura, quali = c(TRUE, TRUE), mcomp = "sk", fac.names = c("trat", "mes"), sigT = 0.05, sigF = 0.05) Error in faixas(trat, mes, bloco, altura, quali = c(TRUE, TRUE), mcomp = "sk", : não foi possível encontrar a função "faixas" att., André Oliveira Souza

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Qual teste devo ou se dá para usar
by Felipe Felix Costa 08 Nov '17

08 Nov '17

Olá, estou com dúvidas se existe algum teste estatístico que permita eu analisar, ao mesmo tempo, o índice de área foliar em diferentes estratos de altura da vegetação e regiões diferentes. Sendo que há dependência entre os estratos nas diferentes alturas. att., abs -- *Felipe Felix Costa* Tel. 96-98122-3077

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Ajuste dos graus de liberdade - método Cochran
by Euriann Yamamoto 08 Nov '17

08 Nov '17

Boa tarde, r-nautas. O R possui uma rotina para o cálculo dos ajustes dos graus de liberdade quando as variâncias são muito heterogêneas (>7)? No entanto, já fiz o cálculo à mão. Gostaria de saber se tem algum problema em continuar a análise de estabilidade e adaptabilidade com as médias originais (sem transformação), considerando essas variâncias. Att.,

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 83, assunto 2
by Wilson Cohen 08 Nov '17

08 Nov '17

Olá Pessoal Alguém poderia compartilhar um exemplo simples de uso do modelo não-linear usando o pacote nlme? Obrigado. Em 6 de novembro de 2017 11:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Pacotes não carregam no R version 3.4.2 (Vanessa Felix) > 2. Re: Pacotes não carregam no R version 3.4.2 > (Fernando Antonio de souza) > 3. Re: Pacotes não carregam no R version 3.4.2 (Vanessa Felix) > 4. RES: Pacotes não carregam no R version 3.4.2 > (Jobenil Luiz Magalhães Júnior) > 5. Re: Pacotes não carregam no R version 3.4.2 > (Fernando Antonio de souza) > 6. Re: Pacotes não carregam no R version 3.4.2 (Vanessa Felix) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Mon, 6 Nov 2017 10:09:59 -0200 > From: Vanessa Felix <vanessa.felix.est(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Pacotes não carregam no R version 3.4.2 > Message-ID: > <CAJAeJpsU0JSoJZLDsFZTQReApafV-tYD+iy6ju0EASqjs+cLxQ@mail. > gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Pessoal, alguém pode me ajudar a resolver este problema?? > Isto está acontecendo com vários outros pacotes. > PS: Acabei de instalar o R na minha máquina. > > > install.packages(mapdata) > Error in install.packages(mapdata) : object 'mapdata' not found > > install.packages("mapdata") > --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- > Warning: unable to access index for repository > https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib: > cannot open URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib/PACKAGES' > Warning: unable to access index for repository > https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/contrib/3.4: > cannot open URL ' > https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/contrib/3.4/PACKAGES' > Warning message: > package ‘mapdata’ is not available (for R version 3.4.2) > > library(mapdata) > Error: package ‘maps’ required by ‘mapdata’ could not be found > > Desde já, obrigada!! > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20171106/0b524ef6/attachment-0001.html> > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Mon, 06 Nov 2017 12:18:38 +0000 > From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza(a)gmail.com> > To: Vanessa Felix <vanessa.felix.est(a)gmail.com>, a lista Brasileira > oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Pacotes não carregam no R version 3.4.2 > Message-ID: <local-ae5f2495-3148(a)nylas-mail.nylas.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20171106/88a0500b/attachment-0001.html> > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Mon, 6 Nov 2017 10:20:28 -0200 > From: Vanessa Felix <vanessa.felix.est(a)gmail.com> > To: Fernando Antonio de souza <nandodesouza(a)gmail.com> > Cc: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Pacotes não carregam no R version 3.4.2 > Message-ID: > <CAJAeJpssUAv_sBQg_UVYaP8ZsppdrdHiO6uOqMZgVSQT4qg > 8rw(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Tentei esse Fernando, e não funcionou. > > Em 6 de novembro de 2017 10:18, Fernando Antonio de souza < > nandodesouza(a)gmail.com> escreveu: > > > pode ser algum problema com o repositório! Você ja tentou com outro > > espelho? > > > > Eu utilizo esse aqui e deu certo https://vps.fmvz.usp.br/CRAN/ > > > > options(repos = "https://vps.fmvz.usp.br/CRAN/") > > > > att > > > > ========================================= > > Fernando Souza > > Celular: (31)99796-8781 <(31)%2099796-8781> (Vivo) > > E-mail:nandodesouza@gmail.com > > <https://n1.nylas.com/link/6593b52914d1aab4e1f96df3e30975 > 198aa7fa918e747a036a54cfff041669a0/0?redirect=mailto%3Ae- > mail%253Anandodesouza%40gmail.com&recipient=vanessa.felix.est%40gmail.com> > > ========================================== > > > > On Nov 6 2017, at 10:09 am, Vanessa Felix via R-br < > > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > > > >> Pessoal, alguém pode me ajudar a resolver este problema?? > >> Isto está acontecendo com vários outros pacotes. > >> PS: Acabei de instalar o R na minha máquina. > >> > >> > install.packages(mapdata) > >> Error in install.packages(mapdata) : object 'mapdata' not found > >> > install.packages("mapdata") > >> --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- > >> Warning: unable to access index for repository > >> https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib > >> <https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib?recipient=vanessa. > felix.est%40gmail.com> > >> : > >> cannot open URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib/PACKAGES > >> <https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib/PACKAGES? > recipient=vanessa.felix.est%40gmail.com> > >> ' > >> Warning: unable to access index for repository > >> https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/contrib/3.4 > >> <https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/contrib/3.4? > recipient=vanessa.felix.est%40gmail.com> > >> : > >> cannot open URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/contrib/3.4/ > >> PACKAGES > >> <https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/contrib/3.4/ > PACKAGES?recipient=vanessa.felix.est%40gmail.com> > >> ' > >> Warning message: > >> package ‘mapdata’ is not available (for R version 3.4.2) > >> > library(mapdata) > >> Error: package ‘maps’ required by ‘mapdata’ could not be found > >> > >> Desde já, obrigada!! > >> > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing listR-br@listas.c3sl.ufpr.brhttps://listas.inf.ufpr.br/ > cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a > c�digo m�nimo reproduz�vel. > >> > >> > > > -- > > > ------------------------------------------------------------ > ------------------------------ > Vanessa Felix do Nascimento Sergio > Graduada em Estatística - ICE/UFJF > Mestre em Saúde Coletiva - IMS/UERJ > http://lattes.cnpq.br/2516291371035474 > (21) 97557-3956 > ------------------------------------------------------------ > ------------------------------- > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20171106/eab9a5ac/attachment-0001.html> > > ------------------------------ > > Message: 4 > Date: Mon, 6 Nov 2017 10:53:34 -0200 > From: Jobenil Luiz Magalhães Júnior <pjobenil(a)gmail.com> > To: Vanessa Felix <vanessa.felix.est(a)gmail.com>, a lista Brasileira > oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] RES: Pacotes não carregam no R version 3.4.2 > Message-ID: <5a005b4d.6232c80a.fa547.21bf(a)mx.google.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Vanessa > > Deve ser problema com o repositório. Uma solução que você pode tentar é > baixar o pacote de qualquer um dos repositórios e instalá-lo diretamente > pelo menu. > > Atenciosamente > Jobenil Júnior > > Enviado do Email para Windows 10 > > De: Vanessa Felix via R-br > Enviado:segunda-feira, 6 de novembro de 2017 10:10 > Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Assunto: [R-br] Pacotes não carregam no R version 3.4.2 > > Pessoal, alguém pode me ajudar a resolver este problema?? > Isto está acontecendo com vários outros pacotes. > PS: Acabei de instalar o R na minha máquina. > > > install.packages(mapdata) > Error in install.packages(mapdata) : object 'mapdata' not found > > install.packages("mapdata") > --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- > Warning: unable to access index for repository > https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib: > cannot open URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib/PACKAGES' > Warning: unable to access index for repository > https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/contrib/3.4: > cannot open URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/contrib/3.4/ > PACKAGES' > Warning message: > package ‘mapdata’ is not available (for R version 3.4.2) > > library(mapdata) > Error: package ‘maps’ required by ‘mapdata’ could not be found > > Desde já, obrigada!! > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20171106/7f48670d/attachment-0001.html> > > ------------------------------ > > Message: 5 > Date: Mon, 06 Nov 2017 13:02:42 +0000 > From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza(a)gmail.com> > To: Vanessa Felix <vanessa.felix.est(a)gmail.com> > Cc: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Pacotes não carregam no R version 3.4.2 > Message-ID: <local-44011900-4fa9(a)nylas-mail.nylas.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20171106/f3a36933/attachment-0001.html> > > ------------------------------ > > Message: 6 > Date: Mon, 6 Nov 2017 11:04:27 -0200 > From: Vanessa Felix <vanessa.felix.est(a)gmail.com> > To: Fernando Antonio de souza <nandodesouza(a)gmail.com> > Cc: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Pacotes não carregam no R version 3.4.2 > Message-ID: > <CAJAeJpsK0PSQ5F7S=dbF=HczqdFM51bYH7nQfcHL3pzjL9tPaQ@mail. > gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Eu não uso Rstudio. > Vou tentar a dica do Jobenil tbm. > > Em 6 de novembro de 2017 11:02, Fernando Antonio de souza < > nandodesouza(a)gmail.com> escreveu: > > > Você utiliza o Rstudio? Se sim, tenta fazer a instalação manual > > > > Entre nesse diretório e baixa o arquivo zip do pacote maps e mapdata > > https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/contrib/3.4/ > > > > Na janela do Rstudo no canto inferior direito (Janela History), clique na > > aba packages >> install >> mude install from para: "Package Archive file" > > >> navegue até onde salvou os arquivos zip maps e mapdata e selecione>> > > clique em install. > > veja se assim instala > > > > ========================================= > > Fernando Souza > > Celular: (31)99796-8781 <(31)%2099796-8781> (Vivo) > > E-mail:nandodesouza@gmail.com > > <https://n1.nylas.com/link/e4be6b11068dee176cc7e8325461f6 > 612bca66bb056034be806c868a54955594/0?redirect=mailto%3Ae- > mail%253Anandodesouza%40gmail.com&recipient=vanessa.felix.est%40gmail.com> > > ========================================== > > > > On Nov 6 2017, at 10:20 am, Vanessa Felix <vanessa.felix.est(a)gmail.com> > > wrote: > > > >> Tentei esse Fernando, e não funcionou. > >> > >> Em 6 de novembro de 2017 10:18, Fernando Antonio de souza < > >> nandodesouza(a)gmail.com> escreveu: > >> > >> pode ser algum problema com o repositório! Você ja tentou com outro > >> espelho? > >> > >> Eu utilizo esse aqui e deu certo https://vps.fmvz.usp.br/CRAN/ > >> <https://vps.fmvz.usp.br/CRAN/?recipient=vanessa.felix.est%40gmail.com> > >> > >> options(repos = "https://vps.fmvz.usp.br/CRAN/ > >> <https://vps.fmvz.usp.br/CRAN/?recipient=vanessa.felix.est%40gmail.com > >") > >> > >> att > >> > >> ========================================= > >> Fernando Souza > >> Celular: (31)99796-8781 (Vivo) > >> E-mail:nandodesouza@gmail.com > >> <https://n1.nylas.com/link/6593b52914d1aab4e1f96df3e30975 > 198aa7fa918e747a036a54cfff041669a0/0?redirect=mailto%3Ae- > mail%253Anandodesouza%40gmail.com&amp%3Brecipient=vanessa. > felix.est%40gmail.com&recipient=vanessa.felix.est%40gmail.com> > >> ========================================== > >> > >> On Nov 6 2017, at 10:09 am, Vanessa Felix via R-br < > >> r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > >> > >> Pessoal, alguém pode me ajudar a resolver este problema?? > >> Isto está acontecendo com vários outros pacotes. > >> PS: Acabei de instalar o R na minha máquina. > >> > >> > install.packages(mapdata) > >> Error in install.packages(mapdata) : object 'mapdata' not found > >> > install.packages("mapdata") > >> --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- > >> Warning: unable to access index for repository > >> https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib > >> <https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib?recipient=vanessa. > felix.est%40gmail.com> > >> : > >> cannot open URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib/PACKAGES > >> <https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib/PACKAGES? > recipient=vanessa.felix.est%40gmail.com> > >> ' > >> Warning: unable to access index for repository > >> https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/contrib/3.4 > >> <https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/contrib/3.4? > recipient=vanessa.felix.est%40gmail.com> > >> : > >> cannot open URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/b > >> in/windows/contrib/3.4/PACKAGES > >> <https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/contrib/3.4/ > PACKAGES?recipient=vanessa.felix.est%40gmail.com> > >> ' > >> Warning message: > >> package ‘mapdata’ is not available (for R version 3.4.2) > >> > library(mapdata) > >> Error: package ‘maps’ required by ‘mapdata’ could not be found > >> > >> Desde já, obrigada!! > >> > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing listR-br@listas.c3sl.ufpr.brhttps://listas.inf.ufpr.br/ > cgi-bin/mailman/listinfo/r-br <https://listas.inf.ufpr.br/ > cgi-bin/mailman/listinfo/r-br?recipient=vanessa.felix.est%40gmail.com> > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia < > http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia?recipient=vanessa.felix.est%40gmail.com>) > e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. > >> > >> > >> > >> > >> -- > >> > >> > >> ------------------------------------------------------------ > >> ------------------------------ > >> Vanessa Felix do Nascimento Sergio > >> Graduada em Estatística - ICE/UFJF > >> Mestre em Saúde Coletiva - IMS/UERJ > >> http://lattes.cnpq.br/2516291371035474 > >> <http://lattes.cnpq.br/2516291371035474?recipient= > vanessa.felix.est%40gmail.com> > >> (21) 97557-3956 > >> ------------------------------------------------------------ > >> ------------------------------- > >> > >> > > > -- > > > ------------------------------------------------------------ > ------------------------------ > Vanessa Felix do Nascimento Sergio > Graduada em Estatística - ICE/UFJF > Mestre em Saúde Coletiva - IMS/UERJ > http://lattes.cnpq.br/2516291371035474 > (21) 97557-3956 > ------------------------------------------------------------ > ------------------------------- > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ > 20171106/61cfccac/attachment-0001.html> > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 83, assunto 2 > **************************************** > -- *Prof. MSc. Wilson Martins da Silva* *Mestre em Ecologia Aquática e Pesca - PPGEAP/ICB/UFPA* *Especialista em Biodiversidade Amazônica - UFPA/ATMDepto de Morfologia e Ciências Fisiológicas* *Centro de Ciências Biológicas e da Saúde* *Universidade do Estado do Pará* *Campus IX - Altamira - Pará* http://lattes.cnpq.br/2440617911389759 wilsoncelula(a)gmail.com, wilsoncelula(a)hotmail.com <wilsonms(a)ufpa.br>

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Comparação de modelos não lineares via teste de Vuong [nonnest2]
by Diego Vieira 07 Nov '17

07 Nov '17

Companheiros recorro a ajuda de vocês novamente. Meu objetivo é comparar dois modelos, ambos exponenciais negativo, porém para dois diferentes tratamentos. Como os modelos não são aninhados eu estou utilizando o teste de Vuong do pacote "nonnest2" para avaliar se as curvas obtidas a partir desses modelos diferem entre si. O problema é que eu consigo entender a saída do R. O "Variance test" diz que os modelos são indistinguíveis, porém o teste de razão de verossimilhança não aninhada diz que o modelo 1 e diferente do 2, isso é correto ? Segue a saída e os comandos. Agradeço a todos que me ajudarem. Abraços. SAÍDA: Model 1 Class: nls Call: nls(formula = diversidade ~ a * parA^b, data = dados.ajuste[dados.ajuste$sistema == ... Model 2 Class: nls Call: nls(formula = diversidade ~ a * parA^b, data = dados.ajuste[dados.ajuste$sistema == ... Variance test H0: Model 1 and Model 2 are indistinguishable H1: Model 1 and Model 2 are distinguishable w2 = 0.048, p = 0.997 Non-nested likelihood ratio test H0: Model fits are equal for the focal population H1A: Model 1 fits better than Model 2 z = 6.840, p = 3.97e-12 H1B: Model 2 fits better than Model 1 z = 6.840, p = 1 COMANDOS: dados.ajuste <- expand.grid(parA = c(0.0,0.99,2,3,4,5,6)+1, sistema = factor(c("MAFA01","MAFA04"))); perfilMAFA01; perfilMAFA04 dados.ajuste$diversidade <- c(55.00000,19.572140, 10.230871, 7.224990, 6.004212, 5.402218, 5.056630, 62.00000, 31.69523, 21.41784, 17.61259, 15.76542, 14.70719, 14.03339); dados.ajuste expMAFA01 <- nls(diversidade ~ a * parA^b, data = dados.ajuste[dados.ajuste$sistema == "MAFA01",], start = list(a = 50, b = -1)) summary(expMAFA01) lines(fitted.values(expMAFA01)) expMAFA04 <- nls(diversidade ~ a * parA^b, data = dados.ajuste[dados.ajuste$sistema == "MAFA04",], start = list(a = 50, b = -1)) summary(expMAFA04) lines(fitted.values(expMAFA04)) ggplot(dados.ajuste,aes(parA,diversidade))+ stat_function(fun=function(parA){coef(expMAFA01)[[1]] * parA^coef(expMAFA01)[[2]]}, aes(colour="MAFA01", linetype="MAFA01")) + stat_function(fun=function(parA){coef(expMAFA04)[[1]] * parA^coef(expMAFA04)[[2]]}, aes(colour="MAFA04", linetype="MAFA04")) AIC(expMAFA01,expMAFA04) vuongtest(expMAFA01,expMAFA04) -- Diego dos Santos Vieira Engenheiro Florestal - UFRA Mestre em Ciência Florestal - UFVJM Doutorando em Ciência Florestal - UFVJM

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Pacotes não carregam no R version 3.4.2
by Vanessa Felix 06 Nov '17

06 Nov '17

Pessoal, alguém pode me ajudar a resolver este problema?? Isto está acontecendo com vários outros pacotes. PS: Acabei de instalar o R na minha máquina. > install.packages(mapdata) Error in install.packages(mapdata) : object 'mapdata' not found > install.packages("mapdata") --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- Warning: unable to access index for repository https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib: cannot open URL 'https://cran-r.c3sl.ufpr.br/src/contrib/PACKAGES' Warning: unable to access index for repository https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/contrib/3.4: cannot open URL ' https://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/windows/contrib/3.4/PACKAGES' Warning message: package ‘mapdata’ is not available (for R version 3.4.2) > library(mapdata) Error: package ‘maps’ required by ‘mapdata’ could not be found Desde já, obrigada!!

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