Setembro 2016 - R-br

Re: [R-br] Distribuição exponencial mista
by Alisson Lucrécio 20 Set '16

20 Set '16

Jaildo Rocha, Muito obrigado por sua ajuda. Alisson 2016-09-20 20:53 GMT-03:00 Alisson Lucrécio < alisson.lucrecio(a)ifgoiano.edu.br>: > Jaildo Rocha, > > Muito obrigado por sua ajuda. > > Alisson > > 2016-09-20 19:27 GMT-03:00 Jaildo Rocha <j.vieirarocha(a)gmail.com>: > >> Prezado Alisson, >> >> Para realizar as estimativas dos parâmetros via o package “Renext” >> utilize a função “EM.mixexp”. Apesar disso, é importante notar dois >> detalhes desta distribuição; >> >> >> - O primeiro é o caso do coeficiente de variação maior ou igual a um >> que tende a gerar “erros” (convergir para uma exponencial simples) quando a >> amostra apresenta tal coeficiente menor que um. >> >> >> >> - Um segundo detalhe é que as estimativas dos parâmetros,no que diz >> respeito a convergência em relação a amostra, é bem mais “lenta” com o >> crescimento da amostra do que distribuições usuals como a gama, weibull, >> gumbel e outras (o segundo detalhe é apenas um feeling particular). >> >> >> Caso não queira usar o “Renext”, outra possibilidade é utilizar o pacote >> “fitdistplus” para a realização das estimativas dos parâmetros, o único >> inconveniente é a necessidade de inserir um valor inicial.Por fim, segue os >> exemplos de estimativas utilizando os dois pacotes diferentes. >> >> >> ##### >> >> # Via Renext >> >> library("Renext") >> mix <- rmixexp2(n = 1000, prob1 = 0.5, rate1 = 1.0, rate2 = 3.0) >> fit_mixexp <- EM.mixexp(x = mix) >> >> # Parâmetros >> fit_mixexp[[1]] >> >> >> # Via fitdistrplus >> >> library("Renext") >> library("fitdistrplus") >> >> fit_mixexp2 <- fitdist(mix, "mixexp2", start = list(prob1 = 0.8,rate1 = >> 1, rate2 = 2)) >> fit_mixexp2[[1]] >> >> >> #### >> >> Obs: No segundo exemplo, apesar de implícito, utilizei as funções >> pmixexp2, dmixexp2, qmixexp2 do pacote “Renext” mas caso seja de sua >> preferência é possível você mesmo defini-las. >> >> Att, >> ------- >> Jaildo Rocha >> MSc. pelo Programa Pós Graduação em Saneamento Meio Ambiente e Recursos >> Hídricos – UFMG >> Área de concentração: Recursos Hídricos >> >> >> Em 20 de set de 2016, à(s) 00:21, Alisson Lucrécio via R-br < >> r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: >> >> Cesar, >> >> Preciso solucionar essa equação f(x) = (alpha/beta1*exp(-x/beta1)) + >> ((1-alpha)/beta2*exp(-x/beta2)) para obter os paramentos da >> distribuição. Assim como solucionado pelo fitdistr do pacote MASS para >> as ditribuções gamma, webull e exponencial. Observe que fiz uma tentativa >> com o pacote Renext, mas sem sucesso. >> >> Muito obrigado. >> >> 2016-09-19 16:12 GMT-03:00 Alisson Lucrécio <alisson.lucrecio@ifg >> oiano.edu.br>: >> >>> Como solucionar essa equação f(x) = (alpha/beta1*exp(-x/beta1)) + >>> ((1-alpha)/beta2*exp(-x/beta2)) para obter os paramentos da >>> distribuição. Assim como é feito pelo fitdistr do pacote MASS para as >>> ditribuções gamma, webull e exponencial. Observe que fiz uma tentativa com >>> o pacote Renext, mas sem sucesso. >>> >>> Muito obrigado. >>> >>> >>> On 19 September 2016 at 16:05, Cesar Rabak <cesar.rabak(a)gmail.com> >>> wrote: >>> >>>> . . . e sua dúvida seria? >>>> >>>> On Mon, Sep 19, 2016 at 10:54 AM, Alisson Lucrécio via R-br < >>>> r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: >>>> >>>>> Caro Colegas, >>>>> >>>>> Bom dia. >>>>> >>>>> Algum colega da poderia me ajudar na solução de uma distribução >>>>> exponencial mista. >>>>> >>>>> # Script >>>>> >>>>> library(MASS) >>>>> >>>>> # Distribuição Gamma >>>>> >>>>> rg <- rgamma(100, shape = 1.5, rate = 1) >>>>> >>>>> fit_gamma <- fitdistr(rg,"gamma") >>>>> >>>>> par(bg="white", las=1, cex=1.1) >>>>> plot(density(rg, bw=0.5, cut=0), las=1, lwd=2, >>>>> xlim=c(0,5),col="steelblue") >>>>> >>>>> # Distribuição Weibull >>>>> >>>>> rw <- rweibull(100, scale=1, shape=1.5) >>>>> >>>>> par(bg="white", las=1, cex=1.1) >>>>> plot(density(rw, bw=0.5, cut=0), las=1, lwd=2, >>>>> xlim=c(0,5),col="steelblue") >>>>> >>>>> fit_weibull <- fitdistr(rw,"weibull") >>>>> >>>>> # Distribuição Exponential >>>>> >>>>> ex <- rexp(100, rate = 1) >>>>> >>>>> par(bg="white", las=1, cex=1.1) >>>>> plot(density(ex, bw=0.5, cut=0), las=1, lwd=2, >>>>> xlim=c(0,5),col="steelblue") >>>>> >>>>> fit_exp <- fitdistr(ex, "exponential") >>>>> >>>>> plot(density(rw, bw=0.5, cut=0), las=1, lwd=2, >>>>> xlim=c(0,5),col="steelblue") >>>>> lines(density(rg, bw=0.5, cut=0),col="green") >>>>> lines(density(ex, bw=0.5, cut=0),col="red") >>>>> >>>>> # Distribuição Exponencial mista >>>>> >>>>> library(Renext) >>>>> >>>>> # f(x) = (alpha/beta1*exp(-x/beta1)) + ((1-alpha)/beta2*exp(-x/beta2)) >>>>> >>>>> mixexp <- rmixexp2(n = 100, prob1 = 0.5, rate1 = 1.0, rate2 = 3.0) >>>>> >>>>> fit_mixexp <- mom.mixexp2(mixexp) >>>>> >>>>> plot(density(mixexp, bw=0.5, cut=1), lwd=2, >>>>> xlim=c(0, 5),col="steelblue") >>>>> lines(density(ex, bw=0.5, cut=0),col="red") >>>>> >>>>> mod <- nls(mixexp ~ prob1 * dexp(x, rate1) + (1 - prob1) * dexp(x, >>>>> rate2), >>>>> start = list(prob1 = 1, rate1 = 1, rate2 = 3.0), control = >>>>> nls.control(maxiter = 100)) >>>>> >>>>> Obrigado. >>>>> -- >>>>> Alisson Lucrecio da Costa >>>>> >>>>> _______________________________________________ >>>>> R-br mailing list >>>>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>>>> código mínimo reproduzível. >>>>> >>>> >>>> >>> >>> >>> -- >>> Alisson Lucrecio da Costa >>> >> >> >> >> -- >> Alisson Lucrecio da Costa >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >> >> > > > -- > Alisson Lucrecio da Costa > -- Alisson Lucrecio da Costa

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Re: [R-br] Distribuição exponencial mista
by Alisson Lucrécio 20 Set '16

20 Set '16

Cesar, Preciso solucionar essa equação f(x) = (alpha/beta1*exp(-x/beta1)) + ((1-alpha)/beta2*exp(-x/beta2)) para obter os paramentos da distribuição. Assim como solucionado pelo fitdistr do pacote MASS para as ditribuções gamma, webull e exponencial. Observe que fiz uma tentativa com o pacote Renext, mas sem sucesso. Muito obrigado. 2016-09-19 16:12 GMT-03:00 Alisson Lucrécio < alisson.lucrecio(a)ifgoiano.edu.br>: > Como solucionar essa equação f(x) = (alpha/beta1*exp(-x/beta1)) + > ((1-alpha)/beta2*exp(-x/beta2)) para obter os paramentos da distribuição. > Assim como é feito pelo fitdistr do pacote MASS para as ditribuções > gamma, webull e exponencial. Observe que fiz uma tentativa com o pacote > Renext, mas sem sucesso. > > Muito obrigado. > > > On 19 September 2016 at 16:05, Cesar Rabak <cesar.rabak(a)gmail.com> wrote: > >> . . . e sua dúvida seria? >> >> On Mon, Sep 19, 2016 at 10:54 AM, Alisson Lucrécio via R-br < >> r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: >> >>> Caro Colegas, >>> >>> Bom dia. >>> >>> Algum colega da poderia me ajudar na solução de uma distribução >>> exponencial mista. >>> >>> # Script >>> >>> library(MASS) >>> >>> # Distribuição Gamma >>> >>> rg <- rgamma(100, shape = 1.5, rate = 1) >>> >>> fit_gamma <- fitdistr(rg,"gamma") >>> >>> par(bg="white", las=1, cex=1.1) >>> plot(density(rg, bw=0.5, cut=0), las=1, lwd=2, >>> xlim=c(0,5),col="steelblue") >>> >>> # Distribuição Weibull >>> >>> rw <- rweibull(100, scale=1, shape=1.5) >>> >>> par(bg="white", las=1, cex=1.1) >>> plot(density(rw, bw=0.5, cut=0), las=1, lwd=2, >>> xlim=c(0,5),col="steelblue") >>> >>> fit_weibull <- fitdistr(rw,"weibull") >>> >>> # Distribuição Exponential >>> >>> ex <- rexp(100, rate = 1) >>> >>> par(bg="white", las=1, cex=1.1) >>> plot(density(ex, bw=0.5, cut=0), las=1, lwd=2, >>> xlim=c(0,5),col="steelblue") >>> >>> fit_exp <- fitdistr(ex, "exponential") >>> >>> plot(density(rw, bw=0.5, cut=0), las=1, lwd=2, >>> xlim=c(0,5),col="steelblue") >>> lines(density(rg, bw=0.5, cut=0),col="green") >>> lines(density(ex, bw=0.5, cut=0),col="red") >>> >>> # Distribuição Exponencial mista >>> >>> library(Renext) >>> >>> # f(x) = (alpha/beta1*exp(-x/beta1)) + ((1-alpha)/beta2*exp(-x/beta2)) >>> >>> mixexp <- rmixexp2(n = 100, prob1 = 0.5, rate1 = 1.0, rate2 = 3.0) >>> >>> fit_mixexp <- mom.mixexp2(mixexp) >>> >>> plot(density(mixexp, bw=0.5, cut=1), lwd=2, >>> xlim=c(0, 5),col="steelblue") >>> lines(density(ex, bw=0.5, cut=0),col="red") >>> >>> mod <- nls(mixexp ~ prob1 * dexp(x, rate1) + (1 - prob1) * dexp(x, >>> rate2), >>> start = list(prob1 = 1, rate1 = 1, rate2 = 3.0), control = >>> nls.control(maxiter = 100)) >>> >>> Obrigado. >>> -- >>> Alisson Lucrecio da Costa >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >> >> > > > -- > Alisson Lucrecio da Costa > -- Alisson Lucrecio da Costa

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Erro no RStudio
by ROSIANA RODRIGUES ALVES 20 Set '16

20 Set '16

Olá Boa Noite, Estou precisando de uma solução para um problema que descobri no RStudio. Todo vez que tento instalar um biblioteca , ou importar um arquivo de dados pela abas disponíveis no RStudio e o nome de usuário do computador ou o nome da pasta contém acentos aparece essa mensagem de erro "r code execution error". A solução que arrumei foi sempre instalar por linhas de comando, mas a maioria dos meus alunos preferem a forma "clique-aqui-clique-ali". Abraços, Rosiana Rodrig ues Alves Estat ística e Experi mentação Agropecuária Em brapa Pesca e Aquicu ltura Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) Palmas/TO +55 (63) 3229-7805/7800 | Skype: cnpasa.rosiana http://cnpasa.sede.embrapa.br | twitter.com/embrapa Confira também: www.facebook.com/agrosustentavel ____________________________________________________________________________ Aviso de confidencialidade Esta mensagem da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), empresa publica federal regida pelo disposto na Lei Federal no. 5.851, de 7 de dezembro de 1972, e enviada exclusivamente a seu destinatario e pode conter informacoes confidenciais, protegidas por sigilo profissional. Sua utilizacao desautorizada e ilegal e sujeita o infrator as penas da lei. Se voce a recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenvia-la ao emitente, esclarecendo o equivoco. Confidentiality note This message from Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), a government company established under Brazilian law (5.851/72), is directed exclusively to its addressee and may contain confidential data, protected under professional secrecy rules. Its unauthorized use is illegal and may subject the transgressor to the law's penalties. If you are not the addressee, please send it back, elucidating the failure.

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Usar R para Salvar Referencias
by Elias Carvalho 19 Set '16

19 Set '16

Boa tarde pessoal Alguém sabe se é possível fazer uma busca no google scholar e salvar os resultados automaticamente no mendeley, tudo via script ? -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho*

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Distribuição exponencial mista
by Alisson Lucrécio 19 Set '16

19 Set '16

Caro Colegas, Bom dia. Algum colega da poderia me ajudar na solução de uma distribução exponencial mista. # Script library(MASS) # Distribuição Gamma rg <- rgamma(100, shape = 1.5, rate = 1) fit_gamma <- fitdistr(rg,"gamma") par(bg="white", las=1, cex=1.1) plot(density(rg, bw=0.5, cut=0), las=1, lwd=2, xlim=c(0,5),col="steelblue") # Distribuição Weibull rw <- rweibull(100, scale=1, shape=1.5) par(bg="white", las=1, cex=1.1) plot(density(rw, bw=0.5, cut=0), las=1, lwd=2, xlim=c(0,5),col="steelblue") fit_weibull <- fitdistr(rw,"weibull") # Distribuição Exponential ex <- rexp(100, rate = 1) par(bg="white", las=1, cex=1.1) plot(density(ex, bw=0.5, cut=0), las=1, lwd=2, xlim=c(0,5),col="steelblue") fit_exp <- fitdistr(ex, "exponential") plot(density(rw, bw=0.5, cut=0), las=1, lwd=2, xlim=c(0,5),col="steelblue") lines(density(rg, bw=0.5, cut=0),col="green") lines(density(ex, bw=0.5, cut=0),col="red") # Distribuição Exponencial mista library(Renext) # f(x) = (alpha/beta1*exp(-x/beta1)) + ((1-alpha)/beta2*exp(-x/beta2)) mixexp <- rmixexp2(n = 100, prob1 = 0.5, rate1 = 1.0, rate2 = 3.0) fit_mixexp <- mom.mixexp2(mixexp) plot(density(mixexp, bw=0.5, cut=1), lwd=2, xlim=c(0, 5),col="steelblue") lines(density(ex, bw=0.5, cut=0),col="red") mod <- nls(mixexp ~ prob1 * dexp(x, rate1) + (1 - prob1) * dexp(x, rate2), start = list(prob1 = 1, rate1 = 1, rate2 = 3.0), control = nls.control(maxiter = 100)) Obrigado. -- Alisson Lucrecio da Costa

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Divulgação de pacote para stemming
by Daniel Falbel 17 Set '16

17 Set '16

Boa tarde, Acabei de publicar no CRAN a versão 0.0.2 do pacote ptstem. https://github.com/dfalbel/ptstem Esse pacote implementa 3 algoritmos para fazer stemming na língua portuguesa. Espero que seja útil. Abraços, Daniel

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Criação de um Fluxograma
by Abel Brasil Ramos da Silva 14 Set '16

14 Set '16

Olá a todos, Gostaria de saber como faço para produzir um fluxograma/diagrama de um data.frame, a ideia é produzir algo desse tipo, porém inserindo os totais de cada subamostra e a porcentagem em cada nó. P.S: A forma de saída pode ser qualquer uma. |Econômica /--S --- classe |Master |Executiva M---surv | |Econômica \--N --- classe |Master |Executiva sex--| |Econômica /--S --- classe |Master |Executiva F---surv | |Econômica \--N --- classe |Master |Executiva Exemplo seria um banco similar a esse: set.seed(1) sexo=sample(c(0,1),50,replace=T) sexo=factor(sexo,levels=c(0,1),label=c("Feminino","Masculino")) surv=sample(c(0,1),50,replace=T) surv=factor(surv,levels=c(0,1),label=c("Não","Sim")) classe=sample(c(0,1,2),50,replace=T) classe=factor(classe,levels=c(0,1,2),label=c("Econômica"," Master","Executiva")) dados=data.frame(sexo,surv,classe) s=table(dados$sexo);s sp=round(prop.table(s)*100,2);sp Msexo=subset(dados,sexo=="Masculino") cM=table(Msexo$classe);cM cpM=round(prop.table(c)*100,2);cpM Fsexo=subset(dados,sexo=="Feminino") cF=table(Fsexo$classe);cF cpF=round(prop.table(c)*100,2);cpF Agradeço pela ajuda desde já. Abs.

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Relação de cidades IBGE x TSE
by Rodrigo Coster 13 Set '16

13 Set '16

Boa tarde, Alguém teria uma lista relacionando os códigos de cidade IBGE e TSE? Por exemplo, enquanto para o IBGE (e a maioria dos outros órgãos), Porto Alegre / RS tem o código 431490-2, enquanto para o TSE o código é 88013. Há um tempo atrás eu fiz essa relação através do nome das cidades, mas havia diferença na grafia de algumas cidades. []'s

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Passando um objeto para "character"
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 09 Set '16

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Ola amigos de R, Estou tentando fazer um função para um plot mas sem obrigar que o usuário chame as variáveis de um banco entre aspas. Isso porque no conjunto de funções hierarquizadas, todas as outras não precisam que os argumentos sejam character, vai facilitar muito inclusive pra documentar. Eu achei a função Hmisc::Cs que faz o que eu gostaria, mas não gostaria de criar uma dependencia do Hmisc apenas por conta dessa função. Ao mesmo tempo, eu não consigo saber o que tem dentro da Cs() por que quando digito Cs no console, esse retorna apenas o namespace. Eu gostaria de clonar a Cs ou dar um outro jeito de não obrigar que usuario entrasse as variáveis como character. Eu dei uma olhada nas fuçoes parse, deparse e substitute no pacote base mas não consegui me desenrolar. Assim funciona mydata <- data.frame(Var1 = rnorm(10, 1 , 2), Var2 = rnorm(10, 2, 2)) myplot <- function(x, y, data){ plot(data[ , c(x, y)]) } myplot("Var1", "Var2", mydata) # Mas eu gostaria de algo assim... myplot <- function(x, y, data){ if ( is.character(x) & is.character(y)){ plot(data[ , c(x, y)]) } else { # essa parte não funciona plot(data[ , Hmisc::Cs(x, y)]) # essa é a parte que estou enrolado pq não quero depender de Hmisc } myplot(Var1, Var2, mydata) Eu pensei numa coisa do tipo ... with(mydata, plot(Var1 , Var2)) Mas dentro da função não funciona... myplot <- function(x, y, data){ if ( is.character(x) & is.character(y)){ plot(data[ , c(x, y)]) } else { with(data, plot(x, y)) } } myplot( Var1, Var2, mydata) Abraços fortes, Pedro Brasil

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Erro devtools no "build & reload" com Rstudio
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 09 Set '16

09 Set '16

Amigos de R, Uma luz por favor. Estou montando um pacote utilizando o Rstudio. Fiz algumas funções, estou usando o roxygen2 pra fazer a documentação. Estou tentando documentar as funções que já tenho e estava tudo indo bem até que o seguinte erro começou a impedir o meu progresso. O erro aparece na janela "build" quando pressiono "build & reload". Tentei desfazer as ultimas modificações que fiz para descobrir o que estava causando o erro mas sem sucesso. ==> devtools::document(roclets=c('rd', 'collate', 'namespace')) Updating DiagnosisMed documentation Loading DiagnosisMed Writing SS.Rd Error in dirname(path) : caminho muito longo Calls: suppressPackageStartupMessages ... roc_output.rd_roclet -> mapply -> <Anonymous> -> file.exists -> dirname Execu��o interrompida Exited with status 1. O que me deixa mais curioso é que eu não mudei a pasta do pacote e quando eu vou nas configurações do "build" para esse pacote, a pasta destino está correta. Alguma luz de como poderia acertar esse erro? Pedro Brasil

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