Agosto 2016 - R-br

[Dúvida] Hessiana pela função optim
by Pedro Rafael 08 Ago '16

08 Ago '16

Caros, sabemos que a matriz Hessiana multiplicada por -1 da função de log-verossimilhança nos fornecem a matriz de informação observada que converge assintoticamente para a matriz de informação esperada. A diagonal principal da matriz inversa da informação esperada nos dá as variâncias os estimadores de máxima verossimilhança. Um fato importante para o o questionamento que vou fazer é que estou fazendo uso da matriz de informação observada de modo a ter ao menos uma aproximação da variância dos estimadores de máxima verossimilhança obtidos numericamente pelo método BFGS. O problema é que estou obtendo em alguns caros que a solve(-diag(hessiana)) negativa o que não era de se esperar. Vejam se possível o código. # PDF pdf_ekww <- function(par,x){ a = par[1] b = par[2] c = par[3] alpha = par[4] beta = par[5] g = dweibull(x = x, shape = alpha, scale = beta, log = FALSE) G = pweibull(q = x, shape = alpha, scale = beta, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE) a * b * c * g * G^(a-1) * (1-G^a)^(b-1) * (1-(1-G^a)^b)^(c-1) } # Quantilica sample_ekww <- function(n,par){ a = par[1] b = par[2] c = par[3] alpha = par[4] beta = par[5] u = runif(n=n,min=0, max=1) qweibull(p = (1-(1-u^(1/c))^(1/b))^(1/a), shape = alpha, scale = beta, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE) } set.seed(1987) vector_par_true = c(1,1,1,1,1) data = sample_ekww(n = 1000, par = vector_par_true) # Função de log-verossimilhança. obj_ekww = function(par,x){ sum(log(pdf_ekww(par,x))) } # Maximizando log-verossimilhança. result = optim(fn = obj_ekww, par = c(0.5,1.4,1,1,1), method = "BFGS", x = data, hessian = TRUE, control=list("fnscale"=-1)) diag(solve(-result$hessian)) Observem que o primeiro elemento do vetor logo acima é negativo o que não deveria ser verdade. Notem também que houve convergência segundo o critério de parada da função optim, em que convergence é igual a zero. O que para vocês podem estar provocando esse problema? A função objetivo é complicada a ponto de provocar problemas na convergência do algoritmo vindo por sua vez acarretar esse tipo de problema? Digo isso porque essas novas classes de distribuições de probabilidade por apresentar diversos parâmetros produzem log-verossimilhanças muito complicadas incluindo problemas de regiões aproximadamente planas bem como problemas piores como log-verossimilhanças monótonas. Obrigado desde já, Pedro Rafael.

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Levene Test em experimentos fatoriais
by Maurício Sangiogo 07 Ago '16

07 Ago '16

Pessoal, estou iniciando no R, e me surgiu uma dúvida: no caso de experimentos fatoriais, com dois fatores como devo proceder a análise de homogeneidade das variâncias pelo teste Levene?Desde já agradeço! ..................Mauricio SangiogoTEL:(55) 96822030 Currículo Lattes: http://lattes.cnpq.br/1098128601727996 > From: r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Digest R-br, volume 68, assunto 5 > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Date: Fri, 5 Aug 2016 12:00:01 -0300 > > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Re: plotar batimetrias tracejadas (Éder Comunello) > 2. [Dúvida] Hessiana pela função optim (Pedro Rafael) > 3. Re: [Dúvida] Hessiana pela função optim (Wagner Bonat) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Thu, 4 Aug 2016 12:58:54 -0400 > From: Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> > To: Rodrigo Plei <rodrigo.plei(a)gmail.com>, a lista Brasileira oficial > de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] plotar batimetrias tracejadas > Message-ID: > <CABmC8g=X4h50BJndGYpsrV58odUJ3R8XoNZZnu1j3cK42zoj0g(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Rodrigo, > > Ao importar o shape ele se torna um objeto da classe sp (SpatialLines ou > SpatialLinesDF). A partir daí vc pode isolar as linhas e definir o padrão > ao usar plot(). Para tracejado use o argumento lty=2 ou 3. > > # <code r> > # http://mapas.mma.gov.br/i3geo/datadownload.htm > fn <- paste0("http://mapas.mma.gov.br/ms_tmp/estadosl_2007", c(".shp", > ".dbf", ".shx")) > for (i in fn) download.file(i, basename(i), mode="wb") > > require(maptools) > est <- readShapeLines("estadosl_2007") > est.pol <- readShapePoly("estadosl_2007") > str(est, max=2) > est@data > est@data[c(7,9,12,13),] > > plot(est, lty=2) > lines(est[c(7,9,12,13),], col=2, add=T) > # plot(est.pol[c(7,9,12,13),], col=2, add=T) > # </code> > > > > ================================================ > Éder Comunello > Researcher at Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) > DSc in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) > MSc in Environ. Sciences (UEM), Agronomist (UEM) > --- > Embrapa Agropecuária Oeste, Dourados, MS, Brazil |<O>| > ================================================ > GEO, -22.2752, -54.8182, 408m > UTC-04:00 / DST: UTC-03:00 > > > > > Em 3 de agosto de 2016 21:05, Rodrigo Plei via R-br < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > > > Prezados, > > > > Tenho um shapefile que contém os dados da linha de costa e de batimetrias > > (100 a 500 m). > > > > Eu uso o pacote "maptools" para plotar o mapa nos limites que eu quero, > > que obviamente acaba plotando tudo o que está no shapefile em linha > > contínua. > > > > Gostaria de saber: > > > > 1 - se há como plotar a linha de costa em traço contínuo e as batimetrias > > tracejadas > > > > 2 - se há como escolher somente uma das batimetrias (digamos, a de 200 m) > > para ser plotada (tracejada obviamente) no mesmo mapa. > > > > ------------------------------------------------------------ > > ------------------------------------------ > > CRM: > > > > setwd("C:\\ ...") # diretório onde está o shapefile > > > > mapa <- readShapeLines("nome_do_shapefile.shp") > > > > plot(mapa, xlim =c(-48, -44), ylim = c(-26.5, - 23), axes = TRUE, > > cex.axis=1.2) > > ------------------------------------------------------------ > > --------------------------------------------- > > > > Não dá para mandar o shapefile porque é muito grande, mas pelo CRM dá para > > visualizar o que eu fiz e o que eu gostaria de fazer. > > > > Agradeço desde logo, > > > > Rodrigo > > > > > > -- > > =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> > > > > Prof. Dr. Rodrigo Silvestre Martins > > > > Universidade Federal de São Paulo > > Instituto do Mar > > Campus Baixada Santista > > Rua Dr. Carvalho de Mendonça, 144 > > Encruzilhada, 11070100, Santos, SP - Brasil > > Tel: + 55 13 3229-0365 > > > > http://www.unifesp.br/campus/san7/ > > <http://www.unifesp.br/campus/san7/graduacao/cursos/bacharelado-interdiscipl…> > > > > Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br; > > rsmartins(a)unifesp.br > > CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777 > > Google Scholar: http://scholar.google.com.br/citations?user=zX_EezEAAAAJ& > > hl=pt-BR > > Orcid: http://orcid.org/0000-0002-9884-1515 > > Research Gate: https://www.researchgate.net/profile/Rodrigo_Martins6/ > > <https://www.researchgate.net/profile/Rodrigo_Martins6/?ev=hdr_xprf> > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160804/1c0b1756/atta…> > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Thu, 4 Aug 2016 18:39:32 -0300 > From: Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] [Dúvida] Hessiana pela função optim > Message-ID: > <CAKwavrkG0RvV+R6dGmVM1LRbw3KAK_bAJ7F4EriAHEXh4V0G8w(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Caros, > > sabemos que a matriz Hessiana multiplicada por -1 da função de > log-verossimilhança nos fornecem a matriz de informação observada que > converge assintoticamente para a matriz de informação esperada. A diagonal > principal da matriz inversa da informação esperada nos dá as variâncias os > estimadores de máxima verossimilhança. > > Um fato importante para o o questionamento que vou fazer é que estou > fazendo uso da matriz de informação observada de modo a ter ao menos uma > aproximação da variância dos estimadores de máxima verossimilhança obtidos > numericamente pelo método BFGS. > > O problema é que estou obtendo em alguns caros que a solve(-diag(hessiana)) > negativa o que não era de se esperar. Vejam se possível o código. > > # PDF > pdf_ekww <- function(par,x){ > a = par[1] > b = par[2] > c = par[3] > alpha = par[4] > beta = par[5] > g = dweibull(x = x, shape = alpha, scale = beta, log = FALSE) > G = pweibull(q = x, shape = alpha, scale = beta, lower.tail = TRUE, log.p > = FALSE) > a * b * c * g * G^(a-1) * (1-G^a)^(b-1) * (1-(1-G^a)^b)^(c-1) > } > > # Quantilica > sample_ekww <- function(n,par){ > a = par[1] > b = par[2] > c = par[3] > alpha = par[4] > beta = par[5] > u = runif(n=n,min=0, max=1) > qweibull(p = (1-(1-u^(1/c))^(1/b))^(1/a), shape = alpha, scale = beta, > lower.tail = TRUE, log.p = FALSE) > } > set.seed(1987) > > vector_par_true = c(1,1,1,1,1) > data = sample_ekww(n = 1000, par = vector_par_true) > > # Função de log-verossimilhança. > obj_ekww = function(par,x){ > sum(log(pdf_ekww(par,x))) > } > > # Maximizando log-verossimilhança. > result = optim(fn = obj_ekww, par = c(0.5,1.4,1,1,1), method = "BFGS", x = > data, hessian = TRUE, control=list("fnscale"=-1)) > > diag(solve(-result$hessian)) > > Observem que o primeiro elemento do vetor logo acima é negativo o que não > deveria ser verdade. Notem também que houve convergência segundo o critério > de parada da função optim, em que convergence é igual a zero. O que para > vocês podem estar provocando esse problema? A função objetivo é complicada > a ponto de provocar problemas na convergência do algoritmo vindo por sua > vez acarretar esse tipo de problema? > > Digo isso porque essas novas classes de distribuições de probabilidade por > apresentar diversos parâmetros produzem log-verossimilhanças muito > complicadas incluindo problemas de regiões aproximadamente planas bem como > problemas piores como log-verossimilhanças monótonas. > > Obrigado desde já, > Pedro Rafael. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160804/f76ae573/atta…> > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Fri, 5 Aug 2016 13:39:14 +0100 > From: Wagner Bonat <wbonat(a)gmail.com> > To: Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho(a)gmail.com>, a lista Brasileira > oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Hessiana pela função optim > Message-ID: > <CANt=4Mj_ScQyHrorVUCq7aG2ZyD-VZxBe_5Jb3HtmLuuNoSJuQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Esse problema pode ocorrer por muitos motivos incluindo apenas uma má > aproximação do hessiano. > Eu recomendo algumas coisas: > 1 - Calcule a verossimilhança perfilhada de cada parâmetro. Isso vai de dar > certeza que o algoritmo convergiu e te mostrar a cara da função. De acordo > com o comportamento da profile likelihood vc pode tentar alguma > reparametrização pra melhorar o comportamento do algoritmo numerico. Eu > usaria o pacote bbmle que vai fazer isso automaticamente pra vc. > 2 - Calcule ao menos a primeira derivada da sua log-verossimilhança e use > no BFGS. > 3 - Calcule o hessiano numericamente porém separado, vc pode usar por > exemplo o pacote numDeriv. > > Att > > Em 4 de agosto de 2016 22:39, Pedro Rafael via R-br < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > > > Caros, > > > > sabemos que a matriz Hessiana multiplicada por -1 da função de > > log-verossimilhança nos fornecem a matriz de informação observada que > > converge assintoticamente para a matriz de informação esperada. A diagonal > > principal da matriz inversa da informação esperada nos dá as variâncias os > > estimadores de máxima verossimilhança. > > > > Um fato importante para o o questionamento que vou fazer é que estou > > fazendo uso da matriz de informação observada de modo a ter ao menos uma > > aproximação da variância dos estimadores de máxima verossimilhança obtidos > > numericamente pelo método BFGS. > > > > O problema é que estou obtendo em alguns caros que a > > solve(-diag(hessiana)) negativa o que não era de se esperar. Vejam se > > possível o código. > > > > # PDF > > pdf_ekww <- function(par,x){ > > a = par[1] > > b = par[2] > > c = par[3] > > alpha = par[4] > > beta = par[5] > > g = dweibull(x = x, shape = alpha, scale = beta, log = FALSE) > > G = pweibull(q = x, shape = alpha, scale = beta, lower.tail = TRUE, > > log.p = FALSE) > > a * b * c * g * G^(a-1) * (1-G^a)^(b-1) * (1-(1-G^a)^b)^(c-1) > > } > > > > # Quantilica > > sample_ekww <- function(n,par){ > > a = par[1] > > b = par[2] > > c = par[3] > > alpha = par[4] > > beta = par[5] > > u = runif(n=n,min=0, max=1) > > qweibull(p = (1-(1-u^(1/c))^(1/b))^(1/a), shape = alpha, scale = beta, > > lower.tail = TRUE, log.p = FALSE) > > } > > set.seed(1987) > > > > vector_par_true = c(1,1,1,1,1) > > data = sample_ekww(n = 1000, par = vector_par_true) > > > > # Função de log-verossimilhança. > > obj_ekww = function(par,x){ > > sum(log(pdf_ekww(par,x))) > > } > > > > # Maximizando log-verossimilhança. > > result = optim(fn = obj_ekww, par = c(0.5,1.4,1,1,1), method = "BFGS", x = > > data, hessian = TRUE, control=list("fnscale"=-1)) > > > > diag(solve(-result$hessian)) > > > > Observem que o primeiro elemento do vetor logo acima é negativo o que não > > deveria ser verdade. Notem também que houve convergência segundo o critério > > de parada da função optim, em que convergence é igual a zero. O que para > > vocês podem estar provocando esse problema? A função objetivo é complicada > > a ponto de provocar problemas na convergência do algoritmo vindo por sua > > vez acarretar esse tipo de problema? > > > > Digo isso porque essas novas classes de distribuições de probabilidade por > > apresentar diversos parâmetros produzem log-verossimilhanças muito > > complicadas incluindo problemas de regiões aproximadamente planas bem como > > problemas piores como log-verossimilhanças monótonas. > > > > Obrigado desde já, > > Pedro Rafael. > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > -- > Wagner Hugo Bonat > ---------------------------------------------------------------------------------------------- > Department of Mathematics and Computer Science (IMADA) > University of Southern Denmark (SDU) and > Laboratório de Estatística e Geoinformação (LEG) > Universidade Federal do Paraná (UFPR) > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160805/4139cbe0/atta…> > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 68, assunto 5 > ****************************************

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Problemas com manipulação de dados e arquivos .csv
by Paulo Henrique Pimenta 05 Ago '16

05 Ago '16

Olá listeiros! Estou com um problema na manipulação de um .csv e acredito que vcs possam me ajudar. O arquivo (http://www.filedropper.com/teste_3) possui várias colunas que contém informações sobre a imigração da comunidade chilena a partir do ano de 1973 até os anos mais recentes. Ao manipular no R o arquivo não consigo criar um gráfico. Ao usar um comando como: #### ## dados_2 <- read.csv("teste.csv", header=T, sep=",") plot(dados_2$Year[1:100], dados_2$Value[1:100], type="h") ## #### O gráfico não coloca os valores correspondentes da população emigrada por ano de saída e posteriormente quando feito para a série completa o mesmo erro continuar e ainda parece que os valores vão ser sempre crescentes para os anos após 1990. Ao tentar também manipular um elemento também encontro problemas, por exemplo: #### ## dados_2$Value[1] + 1 #Um simples teste para mexer com o valor... #Os erro é: #Warning message: #In Ops.factor(dados_2$Value[1], 2) : ‘*’ not meaningful for factors## #### Espero que vcs possam me ajudar! Um abraço. Paulo Henrique de A. S. Pimenta. Graduando em Meteorologia (Bacharelado) - IAG/USP. Fone: +5511981318435.

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plotar batimetrias tracejadas
by Rodrigo Plei 04 Ago '16

04 Ago '16

Prezados, Tenho um shapefile que contém os dados da linha de costa e de batimetrias (100 a 500 m). Eu uso o pacote "maptools" para plotar o mapa nos limites que eu quero, que obviamente acaba plotando tudo o que está no shapefile em linha contínua. Gostaria de saber: 1 - se há como plotar a linha de costa em traço contínuo e as batimetrias tracejadas 2 - se há como escolher somente uma das batimetrias (digamos, a de 200 m) para ser plotada (tracejada obviamente) no mesmo mapa. ------------------------------------------------------------------------------------------------------ CRM: setwd("C:\\ ...") # diretório onde está o shapefile mapa <- readShapeLines("nome_do_shapefile.shp") plot(mapa, xlim =c(-48, -44), ylim = c(-26.5, - 23), axes = TRUE, cex.axis=1.2) --------------------------------------------------------------------------------------------------------- Não dá para mandar o shapefile porque é muito grande, mas pelo CRM dá para visualizar o que eu fiz e o que eu gostaria de fazer. Agradeço desde logo, Rodrigo -- =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8--> Prof. Dr. Rodrigo Silvestre Martins Universidade Federal de São Paulo Instituto do Mar Campus Baixada Santista Rua Dr. Carvalho de Mendonça, 144 Encruzilhada, 11070100, Santos, SP - Brasil Tel: + 55 13 3229-0365 http://www.unifesp.br/campus/san7/ <http://www.unifesp.br/campus/san7/graduacao/cursos/bacharelado-interdiscipl…> Email: rodrigo.plei(a)gmail.com ; ocersm(a)lycos.com; rsmartins(a)usp.br; rsmartins(a)unifesp.br CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777 Google Scholar: http://scholar.google.com.br/citations?user=zX_EezEAAAAJ&hl=pt-BR Orcid: http://orcid.org/0000-0002-9884-1515 Research Gate: https://www.researchgate.net/profile/Rodrigo_Martins6/ <https://www.researchgate.net/profile/Rodrigo_Martins6/?ev=hdr_xprf>

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Error: Aesthetics
by gabriel henrique pires de mello ribeiro 04 Ago '16

04 Ago '16

Prezados listeiros, antes de atualizar o R para a versão 3.3.1, o script abaixo rodava sem erros (apenas um Warning). segue a estrutura dos dados require(car) require(compute.es) require(effects) require(ggplot2) require(multcomp) require(pastecs) require(WRS2) require(extrafont) require(scales) str(d) 'data.frame': 60 obs. of 13 variables: $ Top : Factor w/ 2 levels "P","V": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ... $ nome2 : Factor w/ 3 levels "Eschweilera_spp",..: 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 ... $ Stem : num 1212 896 769 935 477 ... $ Crown : num 650 499 199 344 129 ... $ AGB : num 1862 1395 967 1279 606 ... $ HT : num 27.9 26.1 25.7 26.8 20.6 ... $ DBH : num 34.6 31.6 27.6 29.8 24.5 20 38.8 35 38.1 19.5 ... $ Center : num 11.61 10.86 9.48 10.8 8.14 ... $ failure: Factor w/ 2 levels "snap","uprooted": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... $ CTM : num 260554 197344 131775 195757 133708 ... $ SWD : num 0.9 0.79 0.84 0.82 0.82 0.92 0.81 0.83 0.86 0.9 ... $ slender: num 80.7 82.6 93.1 90 84.1 ... $ grain : Factor w/ 3 levels "cross","interlocked",..: 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 ... ####SCRIPT########### lb1 <- expression(paste(M[crit]~'(kN-m)')) # Critical turning moment lb2 <- expression(paste("AGB (kg)")) # biomass plot7 <- ggplot(d, aes(x = AGB, y = CTM/1000, col = grain, group = grain,colour=d[,"grain"], shape=d[,"grain"],linetype=d[,"grain"])) + geom_point(size = 3) + geom_smooth(method = "lm", group = d$grain, se = F) + stat_smooth(method="lm")+ ylab(lb1) + xlab(lb2) + scale_y_continuous(limits = c(0, 400)) + labs(colour = "grain", shape="grain",linetype="grain") + guides(colour = guide_legend(title="Type of grain"), linetype=guide_legend(title="Type of grain"), shape=guide_legend(title="Type of grain")) + scale_shape_manual(values = c(15,16,17)) + scale_colour_manual(values = c("black","red","blue"))+ scale_linetype_manual(values=c("dashed","solid","dotted"))+ theme_bw() + theme_classic()+ theme(text=element_text(family="CM Roman", face="bold")) + theme(axis.text=element_text(size=18),axis.title=element_text(size=18), legend.text=element_text(size=16),legend.title=element_text(size=14))+ theme(legend.justification = 'right', legend.position=c(0.29,0.85)) plot7 #+ annotate("text", x = 0.4, y = 370, label = "Intercept test\np - value\n0.00438",size=6,family="CM Roman") Após rodar o script aparece a seguinte mensagem *(Warning message:The plyr::rename operation has created duplicates for the following name(s): (`colour`) > plot7 #+ annotate("text", x = 0.4, y = 370, label = "Intercept test\np - value\n0.00438",size=6,family="CM Roman")* *Error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (240): group.* *Desde já agradeço qualquer comentário, abr* *Gabriel Ribeiro*

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[Dúvida] Microsoft R Open
by Pedro Rafael 03 Ago '16

03 Ago '16

Olá pessoal, como vão? Atualmente venho pesquisando sobre alguns projetos interessantes que visam melhorar a linguagem R no tocante ao desempenho e proporcionando algumas vantagens. Li sobre a existências de alguns projetos como o Microsoft R Open antigo REvolution. Ainda não tive tempo de fazer alguns benchmarks com alguns códigos que tenho comparando com a versão de R distribuída no site do CRAN. Alguém aqui já fez alguns comparativos e poderia me informar as suas percepções? As melhorias se refere apenas ao uso de bibliotecas como MKL em substituição da BLAS e LAPACK? O que eu quero perguntar é se há uma melhoria propriamente dita na linguagem R e se esse projeto tem como propósito melhorar e/ou reformular a linguagem ou se esses projetos apresentam apenas melhorias para programação em ambientes multicores com uso de OpenMPI ou mesmo OpenMP? Obrigado desde já, Pedro Rafael.

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Concordância
by Edson Lira 02 Ago '16

02 Ago '16

Caros amigos, tenho um aparelho que o aparelho que sabemos estar fazendo as medidas corretas. Temos outros aparelhos que foram feitas 3 medidas para cada.Como testar a concordância entre as medidas do aparelho ouro com os outros aparelhos? Busquei o epiR, mas não consegui implementar um teste para verificar a sensibilidade, especificidades dos aparelhos testados com o ouro. Não sei se usar Kappa resolve. faixa eqouro eqtest | | A | 56 | 42 | 43 | 43 | | 50-60 | B | 54 | 41 | 42 | 42 | | | C | 53 | 39 | 41 | 40 | | | | | | | | | | D | 87 | 66 | 67 | 70 | | 70-95 | E | 81 | 65 | 63 | 66 | | | F | 90 | 67 | 68 | 67 | | | | | | | | | | G | 210 | 148 | 145 | 147 | | 115-400 | H | 117 | 92 | 88 | 90 | | | I | 141 | 120 | 117 | 114 | | | J | 200 | 157 | 156 | 155 | Alguém tem alguma sugestão? Um abraço. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 68, assunto 2: Combinar vários gráficos em uma página
by sirio＠ig.com.br 02 Ago '16

02 Ago '16

Também os parâmetros: mar e oma do comando par, fornecem os espaçamentos adequados entre gráficos e com a margem externa do gráfico como um todo. Exemplo par(mfrow=c(2,2),mar=c(4,4,1,1),cex=1.0,oma = c(3, 2, 2, 2)) cria um gráfico com 4 plotagens (2x2) e com o espaçamento definido em mar e oma. Att, Humberto Em 02/08/2016 12:00, r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br [1] > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > Tópicos de Hoje: > > 1. Re: Concordância (Leonardo Fontenelle) > 2. Re: Combinar vários gráficos em uma página > (Thiago V. dos Santos) > 3. Re: Concordância (Edson Lira) > 4. Re: Concordância (Edson Lira) > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Mon, 01 Aug 2016 18:02:14 -0300 > From: Leonardo Fontenelle <leonardof(a)leonardof.med.br> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Concordância > Message-ID: > <1470085334.3887242.683032841.49645801(a)webmail.messagingengine.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Se você quer estudar a concordância entre dois aparelhos quanto a uma > medida (variável numérica), deve estar interessado no trabalho de Bland > e Altmann: https://www-users.york.ac.uk/~mb55/meas/ba.htm [3]Leonardo Ferreira Fontenelle[1] > > Em Sex 22 jul. 2016, às 13:21, Edson Lira via R-br escreveu: > >> Caros amigos, tenho um aparelho que o aparelho que sabemos estar fazendo as medidas corretas. Temos outros aparelhos que foram feitas 3 medidas para cada.Como testar a concordância entre as medidas do aparelho ouro com os outros aparelhos? Busquei o epiR, mas não consegui implementar um teste para verificar a sensibilidade, especificidades dos aparelhos testados com o ouro. Não sei se usar Kappa resolve. faixa eqouro eqtest A 56 42 43 43 50-60 B 54 41 42 42 C 53 39 41 40 D 87 66 67 70 70-95 E 81 65 63 66 F 90 67 68 67 G 210 148 145 147 115-400 H 117 92 88 90 I 141 120 117 114 J 200 157 156 155 Alguém tem alguma sugestão? Um abraço. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas _________________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br [1] Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia [2]) e forneça código mínimo reproduzível. > > Links: > > 1. http://lattes.cnpq.br/9234772336296638 [4] > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160801/f3609523/atta… [5]> > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Tue, 2 Aug 2016 02:46:00 +0000 (UTC) > From: "Thiago V. dos Santos" <thi_veloso(a)yahoo.com.br> > To: Mauro Sznelwar <msznelwar(a)gmail.com>, "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Combinar vários gráficos em uma página > Message-ID: > <384079991.7863416.1470105960749.JavaMail.yahoo(a)mail.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Lamento, isso foi um erro do corretor do celular. > O comando certo é layout.show(10) > > Sent from Yahoo Mail on Android > > On Mon, Aug 1, 2016 at 9:35 PM, Mauro Sznelwar<msznelwar(a)gmail.com> wrote: Nâo consegui rodar o comando show.layout, tem alguma bibliotéca para isto? > > Depois de um pouco mais de pesquisa, acabei encontrando uma solução. > > Basicamente, basta adicionar alguns espaços em branco na matriz que definirá o layout do painel: > > m <- cbind(c(1,5,0), c(2,6,9), c(3,7,10), c(4,8,0)) > > layout(m) > show.layout(10) # para conferir como ficará o resultado > > Com isso, o primeiro e último elementos da linha inferior serão alocados mas não usados. > > Um pequeno comentário em off: depois alguns anos (cerca de cinco) como usuário do R, estou praticamente convencido de que, para as minhas aplicações - que vão de clima a sensoriamento remoto - não existe virtualmente nada que NÃO possa ser feito em R. A pergunta é apenas COMO pode ser feito... > Greetings, > -- Thiago V. dos Santos > > PhD student > Land and Atmospheric Science > University of Minnesota > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160802/68a297a4/atta… [6]> > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Tue, 2 Aug 2016 12:40:45 +0000 (UTC) > From: Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > To: Leonardo Fontenelle <leonardof(a)leonardof.med.br>, > "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>, a lista > Brasileira oficial de discussão do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Concordância > Message-ID: > <720068745.9658037.1470141645107.JavaMail.yahoo(a)mail.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Bom dia a todos! > Muito obrigado Leonardo, garimpando na net, achei algo relacionado a Bland e Altmann. > > Valeu!!! > Edson Lira > Estatístico > Manaus-Amazonas > > Em Segunda-feira, 1 de Agosto de 2016 17:02, Leonardo Fontenelle via R-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > > Se você quer estudar a concordância entre dois aparelhos quanto a uma medida (variável numérica), deve estar interessado no trabalho de Bland e Altmann: https://www-users.york.ac.uk/~mb55/meas/ba.htm [3] > > Leonardo Ferreira Fontenelle > > Em Sex 22 jul. 2016, às 13:21, Edson Lira via R-br escreveu: > > Caros amigos, tenho um aparelho que o aparelho que sabemos estar fazendo as medidas corretas. Temos outros aparelhos que foram feitas 3 medidas para cada.Como testar a concordância entre as medidas do aparelho ouro com os outros aparelhos? Busquei o epiR, mas não consegui implementar um teste para verificar a sensibilidade, especificidades dos aparelhos testados com o ouro. Não sei se usar Kappa resolve. > > faixa eqouro eqtest > A 56 42 43 43 50-60 B 54 41 42 42 C 53 39 41 40 D 87 66 67 70 70-95 E 81 65 63 66 F 90 67 68 67 G 210 148 145 147 115-400 H 117 92 88 90 I 141 120 117 114 J 200 157 156 155 > > Alguém tem alguma sugestão? > > Um abraço. > > Edson Lira > Estatístico > Manaus-Amazonas > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br [1] > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia [2]) e forneça código mínimo reproduzível. > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br [1] > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia [2]) e forne� c�igo m�imo reproduz�el. > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160802/a7d9567e/atta… [7]> > > ------------------------------ > > Message: 4 > Date: Tue, 2 Aug 2016 12:40:45 +0000 (UTC) > From: Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > To: Leonardo Fontenelle <leonardof(a)leonardof.med.br>, > "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>, a lista > Brasileira oficial de discussão do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Concordância > Message-ID: > <720068745.9658037.1470141645107.JavaMail.yahoo(a)mail.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Bom dia a todos! > Muito obrigado Leonardo, garimpando na net, achei algo relacionado a Bland e Altmann. > > Valeu!!! > Edson Lira > Estatístico > Manaus-Amazonas > > Em Segunda-feira, 1 de Agosto de 2016 17:02, Leonardo Fontenelle via R-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > > Se você quer estudar a concordância entre dois aparelhos quanto a uma medida (variável numérica), deve estar interessado no trabalho de Bland e Altmann: https://www-users.york.ac.uk/~mb55/meas/ba.htm [3] > > Leonardo Ferreira Fontenelle > > Em Sex 22 jul. 2016, às 13:21, Edson Lira via R-br escreveu: > > Caros amigos, tenho um aparelho que o aparelho que sabemos estar fazendo as medidas corretas. Temos outros aparelhos que foram feitas 3 medidas para cada.Como testar a concordância entre as medidas do aparelho ouro com os outros aparelhos? Busquei o epiR, mas não consegui implementar um teste para verificar a sensibilidade, especificidades dos aparelhos testados com o ouro. Não sei se usar Kappa resolve. > > faixa eqouro eqtest > A 56 42 43 43 50-60 B 54 41 42 42 C 53 39 41 40 D 87 66 67 70 70-95 E 81 65 63 66 F 90 67 68 67 G 210 148 145 147 115-400 H 117 92 88 90 I 141 120 117 114 J 200 157 156 155 > > Alguém tem alguma sugestão? > > Um abraço. > > Edson Lira > Estatístico > Manaus-Amazonas > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br [1] > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia [2]) e forneça código mínimo reproduzível. > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br [1] > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia [2]) e forne� c�igo m�imo reproduz�el. > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160802/a7d9567e/atta… [8]> > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br [1] > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 68, assunto 2 > **************************************** Links: ------ [1] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br [2] http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia [3] https://www-users.york.ac.uk/~mb55/meas/ba.htm [4] http://lattes.cnpq.br/9234772336296638 [5] http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160801/f3609523/atta… [6] http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160802/68a297a4/atta… [7] http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160802/a7d9567e/atta… [8] http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160802/a7d9567e/atta…

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Re: [R-br] Combinar vários gráficos em uma página
by Thiago V. dos Santos 02 Ago '16

02 Ago '16

Lamento, isso foi um erro do corretor do celular. O comando certo é layout.show(10) Sent from Yahoo Mail on Android On Mon, Aug 1, 2016 at 9:35 PM, Mauro Sznelwar<msznelwar(a)gmail.com> wrote: Nâo consegui rodar o comando show.layout, tem alguma bibliotéca para isto? Depois de um pouco mais de pesquisa, acabei encontrando uma solução. Basicamente, basta adicionar alguns espaços em branco na matriz que definirá o layout do painel: m <- cbind(c(1,5,0), c(2,6,9), c(3,7,10), c(4,8,0)) layout(m) show.layout(10) # para conferir como ficará o resultado Com isso, o primeiro e último elementos da linha inferior serão alocados mas não usados. Um pequeno comentário em off: depois alguns anos (cerca de cinco) como usuário do R, estou praticamente convencido de que, para as minhas aplicações - que vão de clima a sensoriamento remoto - não existe virtualmente nada que NÃO possa ser feito em R. A pergunta é apenas COMO pode ser feito... Greetings, -- Thiago V. dos Santos PhD student Land and Atmospheric Science University of Minnesota

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Combinar vários gráficos em uma página
by Thiago V. dos Santos 01 Ago '16

01 Ago '16

Olá pessoal, Estou tendo problemas ao tentar combinar vários gráficos em uma página só. A princípio, o que eu tenho é o seguinte: #-------------------------------------------------------------------------------------------------- # Reproduzir conjunto de dados obs <- c(8.12903225806452, 4.65483870967742, 4.00967741935484, 2.82903225806452, 1.02258064516129, 4.94838709677419, 2.03548387096774, 4.56129032258065, 6.66451612903226, 10.4129032258065, 3.7741935483871, 9.93870967741936) uncorrected <- structure(list(CanESM2 = c(3.71099209785461, 6.68828105926514, 4.2675461769104, 4.29092979431152, 6.47999143600464, 6.30958032608032, 3.28256869316101, 1.06898427009583, 4.01592206954956, 7.88787031173706, 10.8663206100464, 9.14756298065186), GFDL.ESM2M = c(4.56643295288086, 8.36136913299561, 4.6934700012207, 4.62750291824341, 6.34791326522827, 0.916408598423004, 0.111764870584011, 0.570569038391113, 3.05491662025452, 3.29908037185669, 5.98263263702393, 7.52161026000977), MRI.CGCM3 = c(3.94400858879089, 2.48861312866211, 0.663281202316284, 0.422377318143845, 1.49548053741455, 1.8869035243988, 5.35201597213745, 3.94722390174866, 5.0041446685791, 6.11909627914429, 6.37435054779053, 5.9401068687439), NorESM1.M = c(8.83542060852051, 8.36209106445312, 3.22844076156616, 2.86131143569946, 2.05858564376831, 2.39689040184021, 1.06175291538239, 1.03921580314636, 2.49208211898804, 6.83605766296387, 7.95251750946045, 4.8852391242981), inmcm4 = c(5.88600730895996, 8.03514385223389, 3.86212635040283, 1.51728367805481, 3.46821308135986, 1.30993270874023, 0.497318655252457, 0.589299857616425, 1.63358855247498, 3.61927103996277, 4.99840354919434, 10.5596942901611)), .Names = c("CanESM2", "GFDL.ESM2M", "MRI.CGCM3", "NorESM1.M", "inmcm4"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -12L)) corrected <- structure(list(CanESM2 = c(4.69295692443848, 6.2362003326416, 4.48602199554443, 4.21368360519409, 6.02497625350952, 5.94498348236084, 3.92529225349426, 1.07059073448181, 3.92306709289551, 8.00215721130371, 10.9688482284546, 9.95723056793213), GFDL.ESM2M = c(6.74847173690796, 10.7781000137329, 6.89084196090698, 7.5780816078186, 8.96726703643799, 3.57111501693726, 1.20403492450714, 2.76221370697021, 4.98387718200684, 5.27927255630493, 8.87845706939697, 9.95864582061768), MRI.CGCM3 = c(5.45173072814941, 3.37272930145264, 2.20000958442688, 1.12101686000824, 2.67246603965759, 3.10278224945068, 6.02392053604126, 4.70185708999634, 5.86025190353394, 6.41299057006836, 7.1956262588501, 7.59840393066406), NorESM1.M = c(9.49540519714355, 9.88559532165527, 4.86537599563599, 4.56189870834351, 3.85974431037903, 4.07706260681152, 2.55634951591492, 2.63215637207031, 4.21092081069946, 7.66422271728516, 8.75070095062256, 5.95497798919678), inmcm4 = c(8.21576976776123, 11.1972188949585, 6.08181619644165, 3.58428621292114, 5.543297290802, 3.46666693687439, 1.88991332054138, 1.94812619686127, 3.71879911422729, 5.70409107208252, 6.85269260406494, 11.8774194717407)), .Names = c("CanESM2", "GFDL.ESM2M", "MRI.CGCM3", "NorESM1.M", "inmcm4"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -12L)) # Salvar ajustes originais de margem par.old <- par(no.readonly=T) # Definir novas margens par( mfrow = c(5, 2), mar = c(3, 3, 0.5, 0.5), tcl = -0.3, mgp = c(1.7, 0.4, 0) ) # Loop para plotar os gráficos for (i in 1:length(names(uncorrected))) { # Plot uncorrected vs obs qqplot(as.vector(obs), uncorrected[,i], xlim=c(0,14), ylim=c(0,14), xlab=expression("Obs. precip." ~ (mm ~ day^{-1})), ylab=expression("Mod. precip." ~ (mm ~ day^{-1}))) abline(0, 1) # Then plot corrected vs obs qqplot(as.vector(obs), corrected[,i], xlim=c(0,14), ylim=c(0,14), xlab=expression("Obs. precip." ~ (mm ~ day^{-1})), ylab=expression("Mod. precip." ~ (mm ~ day^{-1}))) abline(0, 1) } # Retomar config. de margem originais par(par.old)#-------------------------------------------------------------------------------------------------- Então, eu preciso apenas ajustar o tamanho da janela no RStudio salvar como pdf. Apesar disso funcionar bem, o problema é que o gráfico resultante fica "longo" demais para caber numa página do Word. Para solucionar isso, pensei em criar um layout em matriz e plotar os gráficos em conjuntos, da seguinte forma: #-------------------------------------------------------------------------------------------------- m <- cbind(c(1,5,9), c(2,6,10), c(3,7,9), c(4,8,10)) layout(m) for (i in 1:length(names(uncorrected))) { # Plot uncorrected vs obs qqplot(as.vector(obs), uncorrected[,i], xlim=c(0,14), ylim=c(0,14), xlab=expression("Obs. precip." ~ (mm ~ day^{-1})), ylab=expression("Mod. precip." ~ (mm ~ day^{-1}))) abline(0, 1) # Then plot corrected vs obs qqplot(as.vector(obs), corrected[,i], xlim=c(0,14), ylim=c(0,14), xlab=expression("Obs. precip." ~ (mm ~ day^{-1})), ylab=expression("Mod. precip." ~ (mm ~ day^{-1}))) abline(0, 1) } #-------------------------------------------------------------------------------------------------- O que *quase* funciona, exceto pelo dois gráficos inferiores que ficam completamente distorcidos em comparação aos demais. Alguém sabe como arrumar isso? Obrigado, -- Thiago V. dos Santos PhD student Land and Atmospheric Science University of Minnesota

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