Julho 2016 - R-br - DINF UFPR

[OFF -Tópic] Cotas em concursos para negros e índios!
by Andre Oliveira 12 Jun '49

12 Jun '49

Pessoal, tem um colegar meu que vou fazer um concurso ele é descendente de negro ele é pardo. Ele veio com a pergunta como provar que sou negro, pois, tem vagas reservada para negros e índios? Eu sinceramente não sei e não tenho ideia pois nunca tive esta curiosidade. O que de fato comprova sua raça? Algum documento? O que são usados em concursos para provar? obrigado André Oliveira Souza

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Legenda eixo X
by Luciano F. Sgarbi 10 Jun '49

10 Jun '49

Prezados, Estou tentando centralizar a legenda do eixo X em uma figura com vários gráficos. Estou conseguindo centralizar a legenda da linha inferior como no exemplo, mas as linhas do meio não. par(mfrow=c(2,2)) plot(rnorm(100),xlab="",ylab="y1") plot(rnorm(100),xlab="",ylab="y2") mtext(side=1,cex=2,line=-1.8,text="Variável Explanatória 1",outer=TRUE) ### o problema está aqui, pois a legenda desce para a parte inferior da figura. plot(rnorm(100),xlab="",ylab="y1") plot(rnorm(100),xlab="",ylab="y2") mtext(side=1,cex=2,line=-1.8,text="Variável Explanatória 2",outer=TRUE)## Esse dá certo Alguém podia dar uma luz de como eu posso fazer isso? Abraços -- *Luciano F. Sgarbi* Mestrando em Ecologia e Evolução Laboratório de Ecologia de Insetos (sl. 222) Departamento de Ecologia Instituto de Ciências Biológicas - ICB 1 Universidade Federal de Goiás, campus II Goiânia-GO 74001-970 Brazil

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Exclusão de casos por critério temporal
by Paulo Dick 23 Ago '16

23 Ago '16

Companheiros, bom dia. Gostaria que me ajudassem na solução do seguinte problema: Tenho uma base que possui mais de um registro por indivíduo, que preciso fazer uma limpeza a partir das variáveis mês e ano. Preciso retirar apenas os registros que possuem intervalo de tempo menor que 3 meses entre eles, priorizando os registros mais antigos. Ou seja, se tenho 4 registros para um mesmo indivíduo, nos meses 1, 3, 5 e 6 (mesmo ano), fico com as linhas dos meses 1 e 5, e excluo a linha dos meses 3 e 6. Segue sintaxe para gerar fragmento extraído desta base: structure(list(identificador = structure(c(1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 3L, 4L, 4L, 5L, 5L, 6L, 6L, 7L, 7L, 8L, 8L, 8L, 9L, 9L, 10L, 10L), .Label = c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10"), class = "factor"), ano = c(2016L, 2016L, 2016L, 2016L, 2016L, 2016L, 2016L, 2016L, 2016L, 2016L, 2016L, 2016L, 2016L, 2016L, 2016L, 2016L, 2016L, 2016L, 2016L, 2016L, 2016L), mes = c(5L, 6L, 2L, 7L, 3L, 7L, 2L, 6L, 2L, 5L, 5L, 6L, 6L, 7L, 1L, 3L, 6L, 3L, 6L, 2L, 7L)), .Names = c("identificador", "ano", "mes"), row.names = c(NA, 21L), class = "data.frame") Agradeço pela ajuda. Abraços *Paulo Dick* Estatístico / Epidemiologia em Saúde Pública Tel.: (55 21) 99591-2716

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Concordância
by Edson Lira 02 Ago '16

02 Ago '16

Caros amigos, tenho um aparelho que o aparelho que sabemos estar fazendo as medidas corretas. Temos outros aparelhos que foram feitas 3 medidas para cada.Como testar a concordância entre as medidas do aparelho ouro com os outros aparelhos? Busquei o epiR, mas não consegui implementar um teste para verificar a sensibilidade, especificidades dos aparelhos testados com o ouro. Não sei se usar Kappa resolve. faixa eqouro eqtest | | A | 56 | 42 | 43 | 43 | | 50-60 | B | 54 | 41 | 42 | 42 | | | C | 53 | 39 | 41 | 40 | | | | | | | | | | D | 87 | 66 | 67 | 70 | | 70-95 | E | 81 | 65 | 63 | 66 | | | F | 90 | 67 | 68 | 67 | | | | | | | | | | G | 210 | 148 | 145 | 147 | | 115-400 | H | 117 | 92 | 88 | 90 | | | I | 141 | 120 | 117 | 114 | | | J | 200 | 157 | 156 | 155 | Alguém tem alguma sugestão? Um abraço. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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Combinar vários gráficos em uma página
by Thiago V. dos Santos 01 Ago '16

01 Ago '16

Olá pessoal, Estou tendo problemas ao tentar combinar vários gráficos em uma página só. A princípio, o que eu tenho é o seguinte: #-------------------------------------------------------------------------------------------------- # Reproduzir conjunto de dados obs <- c(8.12903225806452, 4.65483870967742, 4.00967741935484, 2.82903225806452, 1.02258064516129, 4.94838709677419, 2.03548387096774, 4.56129032258065, 6.66451612903226, 10.4129032258065, 3.7741935483871, 9.93870967741936) uncorrected <- structure(list(CanESM2 = c(3.71099209785461, 6.68828105926514, 4.2675461769104, 4.29092979431152, 6.47999143600464, 6.30958032608032, 3.28256869316101, 1.06898427009583, 4.01592206954956, 7.88787031173706, 10.8663206100464, 9.14756298065186), GFDL.ESM2M = c(4.56643295288086, 8.36136913299561, 4.6934700012207, 4.62750291824341, 6.34791326522827, 0.916408598423004, 0.111764870584011, 0.570569038391113, 3.05491662025452, 3.29908037185669, 5.98263263702393, 7.52161026000977), MRI.CGCM3 = c(3.94400858879089, 2.48861312866211, 0.663281202316284, 0.422377318143845, 1.49548053741455, 1.8869035243988, 5.35201597213745, 3.94722390174866, 5.0041446685791, 6.11909627914429, 6.37435054779053, 5.9401068687439), NorESM1.M = c(8.83542060852051, 8.36209106445312, 3.22844076156616, 2.86131143569946, 2.05858564376831, 2.39689040184021, 1.06175291538239, 1.03921580314636, 2.49208211898804, 6.83605766296387, 7.95251750946045, 4.8852391242981), inmcm4 = c(5.88600730895996, 8.03514385223389, 3.86212635040283, 1.51728367805481, 3.46821308135986, 1.30993270874023, 0.497318655252457, 0.589299857616425, 1.63358855247498, 3.61927103996277, 4.99840354919434, 10.5596942901611)), .Names = c("CanESM2", "GFDL.ESM2M", "MRI.CGCM3", "NorESM1.M", "inmcm4"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -12L)) corrected <- structure(list(CanESM2 = c(4.69295692443848, 6.2362003326416, 4.48602199554443, 4.21368360519409, 6.02497625350952, 5.94498348236084, 3.92529225349426, 1.07059073448181, 3.92306709289551, 8.00215721130371, 10.9688482284546, 9.95723056793213), GFDL.ESM2M = c(6.74847173690796, 10.7781000137329, 6.89084196090698, 7.5780816078186, 8.96726703643799, 3.57111501693726, 1.20403492450714, 2.76221370697021, 4.98387718200684, 5.27927255630493, 8.87845706939697, 9.95864582061768), MRI.CGCM3 = c(5.45173072814941, 3.37272930145264, 2.20000958442688, 1.12101686000824, 2.67246603965759, 3.10278224945068, 6.02392053604126, 4.70185708999634, 5.86025190353394, 6.41299057006836, 7.1956262588501, 7.59840393066406), NorESM1.M = c(9.49540519714355, 9.88559532165527, 4.86537599563599, 4.56189870834351, 3.85974431037903, 4.07706260681152, 2.55634951591492, 2.63215637207031, 4.21092081069946, 7.66422271728516, 8.75070095062256, 5.95497798919678), inmcm4 = c(8.21576976776123, 11.1972188949585, 6.08181619644165, 3.58428621292114, 5.543297290802, 3.46666693687439, 1.88991332054138, 1.94812619686127, 3.71879911422729, 5.70409107208252, 6.85269260406494, 11.8774194717407)), .Names = c("CanESM2", "GFDL.ESM2M", "MRI.CGCM3", "NorESM1.M", "inmcm4"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -12L)) # Salvar ajustes originais de margem par.old <- par(no.readonly=T) # Definir novas margens par( mfrow = c(5, 2), mar = c(3, 3, 0.5, 0.5), tcl = -0.3, mgp = c(1.7, 0.4, 0) ) # Loop para plotar os gráficos for (i in 1:length(names(uncorrected))) { # Plot uncorrected vs obs qqplot(as.vector(obs), uncorrected[,i], xlim=c(0,14), ylim=c(0,14), xlab=expression("Obs. precip." ~ (mm ~ day^{-1})), ylab=expression("Mod. precip." ~ (mm ~ day^{-1}))) abline(0, 1) # Then plot corrected vs obs qqplot(as.vector(obs), corrected[,i], xlim=c(0,14), ylim=c(0,14), xlab=expression("Obs. precip." ~ (mm ~ day^{-1})), ylab=expression("Mod. precip." ~ (mm ~ day^{-1}))) abline(0, 1) } # Retomar config. de margem originais par(par.old)#-------------------------------------------------------------------------------------------------- Então, eu preciso apenas ajustar o tamanho da janela no RStudio salvar como pdf. Apesar disso funcionar bem, o problema é que o gráfico resultante fica "longo" demais para caber numa página do Word. Para solucionar isso, pensei em criar um layout em matriz e plotar os gráficos em conjuntos, da seguinte forma: #-------------------------------------------------------------------------------------------------- m <- cbind(c(1,5,9), c(2,6,10), c(3,7,9), c(4,8,10)) layout(m) for (i in 1:length(names(uncorrected))) { # Plot uncorrected vs obs qqplot(as.vector(obs), uncorrected[,i], xlim=c(0,14), ylim=c(0,14), xlab=expression("Obs. precip." ~ (mm ~ day^{-1})), ylab=expression("Mod. precip." ~ (mm ~ day^{-1}))) abline(0, 1) # Then plot corrected vs obs qqplot(as.vector(obs), corrected[,i], xlim=c(0,14), ylim=c(0,14), xlab=expression("Obs. precip." ~ (mm ~ day^{-1})), ylab=expression("Mod. precip." ~ (mm ~ day^{-1}))) abline(0, 1) } #-------------------------------------------------------------------------------------------------- O que *quase* funciona, exceto pelo dois gráficos inferiores que ficam completamente distorcidos em comparação aos demais. Alguém sabe como arrumar isso? Obrigado, -- Thiago V. dos Santos PhD student Land and Atmospheric Science University of Minnesota

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Inserir valores em gráfico de barras
by Sergio Pinto 29 Jul '16

29 Jul '16

Prezados Tenho um banco de dados de prevalência de dor em dançarinos de frevo. Nele aparece uma variável dicotômica descrita a seguir: > Dor_antes_Frevo [1] sim sim não não não sim sim não sim não sim não não sim sim sim sim sim não sim [21] sim sim sim não sim sim não não sim não não sim não não não não sim não sim sim [41] não sim sim sim sim sim não não sim sim sim sim não não não sim não sim sim sim [61] não sim não não sim sim não não sim não não não não Levels: não sim Pretendo construir um gráfico de barras com os valores de sim e de não. Gerei uma tabela da seguinte forma: > taba <-table(frevo$Dor_antes_Frevo) > taba não sim 34 39 Estes são os valores que gostaria de inserir sobre cada barra do gráfico. Escrevi este comando: > barplot(taba, main = "Prevalência de dor", ylim = c(0,40)) O gráfico aparece perfeitamente. porém sem os valores. Vi no acervo desta lista um comando que achei que seria adequado para o meu caso que foi: > localdor<- barplot(taba, main = "Prevalência de dor", ylim = c(0,40)) Para criar uma variável.. > localdor [,1] [1,] 0.7 [2,] 1.9 Aqui já achei esquisito pois acredito que deveria aparecer 34 e 39. Depois escrevi o seguinte comando: > text(localdor,barplot(taba, main = "Prevalência de dor", ylim = c(0,40))) Não consegui. Apareceu 1 e 2 nas barras. Talvez minha dúvida seja de iniciante mas peço alguma luz . Estou usando o R- studio Version 0.99.902 e o R 3.3.0 Desde já agradeço a atenção *Sergio Medeiros Pinto* Doutorando em Ciências Médicas UERJ Prof. de Educação Física

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Inserir valores em gráficos de barras
by Sergio Pinto 29 Jul '16

29 Jul '16

Marcus Seu código serviu perfeitamente. Muito obrigado!!! Sergio M. Pinto

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(sem assunto)
by Elias Carvalho 23 Jul '16

23 Jul '16

Ola Pessoal Estou lendo meu data set assim: data <- read.csv(file.choose(), header = TRUE, na.strings=c("", " ", "NA")) No entanto no meu data set o atributo msg com a frase: "Documento pendente" é convertido para fator . Alguém sabe se é possivel evitar esse tipo de problema ? Obrigado -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho*

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Identificar todos os tipos de variaveis em um data frame
by Elias Carvalho 23 Jul '16

23 Jul '16

Ola Pessoal Eu tenho o seguinte data frame: Existe alguma função do R que pode me infomar se tenho somente dados contínuos, somente categóricos ou ambos ? -- *In Jesu et Maria* *Obrigado* *Prof. Elias Carvalho*

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Determinar área foliar afetada pelo patógeno
by Maurício Sangiogo 22 Jul '16

22 Jul '16

Boa noite pessoal,Visitando alguns blogs descobri a possibilidade do uso do R para determinar a área foliar através do pacote EBImage. Alguém de vocês já usou o R para determinar a área foliar afetada pelo patógeno, ou área foliar sadia? Se sim, e alguém puder passar algum script ou exemplo, muito obrigado. Abraços ..................Mauricio SangiogoTEL:(55) 96822030 Currículo Lattes: http://lattes.cnpq.br/1098128601727996 > From: r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Digest R-br, volume 67, assunto 13 > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Date: Sat, 16 Jul 2016 12:00:01 -0300 > > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Re: RES: RES: [Dúvida] Microsoft R Open (Benilton Carvalho) > 2. Re: RES: RES: [Dúvida] Microsoft R Open (Leonard Assis) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Sat, 16 Jul 2016 01:37:50 +0000 > From: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho(a)gmail.com> > To: Cristofer Weber <cristofer.weber(a)neogrid.com> > Cc: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. > <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] RES: RES: [Dúvida] Microsoft R Open > Message-ID: > <CAO-arWMpQdDSEFBqto=MEKh2OC7bjux2w+k=BitobjFLHLdA_w(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Então tire a parte "foreach/do*". > > On Fri, Jul 15, 2016 at 10:36 PM Cristofer Weber < > cristofer.weber(a)neogrid.com> wrote: > > > Desculpe, eu me referia ao R Open em relação ao CRAN R. Você listou > > packages muito importantes como foreach, que foi um diferencial para ganho > > de desempenho em ambiente multicore, mas ela funciona também com o CRAN R. > > As demais eu posso estar enganado, mas a meu ver são comerciais e > > proprietárias, não fazem parte do R Open. > > > > Sent from my iPhone > > > > On 15 de jul de 2016, at 22:30, Benilton Carvalho < > > beniltoncarvalho(a)gmail.com> wrote: > > > > Reescrita de códigos-base; ScaleR; integração com Azure; integração com > > SQL Server; Azure ML; Azure HDInsight; suporte Teradata e Hadoop; em cima > > de tudo isso, vem MKL e todas as coisinhas *a la *foreach/do* da época da > > Revolution R. > > > > Obviamente, vc pode gastar todo um tempo pra configurar e ajustar o > > funcionamento similar usando o "R padrão", mas no corporativo vc não tem > > habitualmente esse tipo de disponibilidade. > > > > On Fri, Jul 15, 2016 at 1:07 PM Cristofer Weber via R-br < > > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > > > >> Benilton, você pode nos apontar quais outras melhoras existem no > >> Revolution R / Microsoft R além das já discutidas? Essa é uma das > >> principais questões dessa thread, e tua contribuição ajudará bastante! > >> > >> > >> > >> []’s > >> > >> Cristofer > >> > >> > >> > >> *De:* Benilton Carvalho [mailto:beniltoncarvalho@gmail.com] > >> *Enviada em:* Friday, July 15, 2016 12:56 > >> *Para:* Cristofer Weber <cristofer.weber(a)neogrid.com>; a lista > >> Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > >> *Assunto:* Re: [R-br] RES: [Dúvida] Microsoft R Open > >> > >> > >> > >> FYI: o MRO é o Revolutions R e, sim, eles estão dispostos a cooperar. A > >> melhora não é apenas via MKL. > >> > >> > >> > >> On Thu, Jul 14, 2016 at 6:19 PM Cristofer Weber via R-br < > >> r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > >> > >> Esclarecendo a questão da licença da lib MKL: > >> > >> > >> > >> https://software.intel.com/en-us/articles/free-mkl > >> > >> > >> > >> “The Intel® Math Kernel Library (Intel® MKL), > >> <https://software.intel.com/en-us/intel-mkl> the high performance math > >> library for x86 and x86-64, is available, on Windows*, Linux*, or OS X* for > >> free for everyone (click here now to register and download > >> <https://registrationcenter.intel.com/en/forms/?productid=2558>). > >> Purchasing is only necessary if you want access to Intel® Premier Support > >> (direct 1:1 private support from Intel), older versions of the library or > >> access to other tools in Intel® > >> <https://software.intel.com/en-us/intel-mkl>Parallel Studio XE. > >> <https://software.intel.com/en-us/intel-parallel-studio-xe> Intel > >> continues to actively develop and support this very powerful library - and > >> everyone can benefit from that!” > >> > >> > >> > >> Não há restrição para uso comercial. O licenciamento só é necessário se > >> você quiser suporte. > >> > >> > >> > >> O R Open (antigo Revolution, agora MS) é uma distribuição do CRAN R Open > >> Source pré-compilado para uso da MKL e configurado para outro repositório > >> do CRAN gerenciado pela MS, com versões estáticas dos pacotes. É a MS quem > >> escolhe a versão de cada pacote neste repositório. O repositório fica > >> vinculado à versão do R Open, ou seja, você só terá acesso a versões mais > >> recentes dos pacotes quando atualizar a versão do R Open ( > >> https://mran.revolutionanalytics.com/rro/#repos) > >> > >> > >> > >> Outra diferença mais sutil é que o R Open já traz consigo alguns pacotes > >> a mais que o CRAN R (https://mran.revolutionanalytics.com/rro/installed/) > >> > >> > >> > >> > >> Utilizamos o R Open desde os tempos da Revolution. As operações > >> matriciais da MKL são mais eficientes mesmo em modo single-thread. Tenha em > >> mente que tanto single-thread quanto multithread você só terá benefício > >> onde as primitivas de álgebra matricial forem aplicadas. Não há melhoria no > >> desempenho da linguagem em si, que é bastante limitado devido ao modelo de > >> memória baseado em listas encadeadas, Garbage Collector deficiente e > >> passagem de parâmetros por cópia, entre outros. > >> > >> > >> > >> Sobre a performance da linguagem, a Tibco possui uma versão proprietária > >> mais eficiente (eles compraram o S-Plus, versão comercial da linguagem S, > >> “pai” do R) e a Oracle também mantém uma versão proprietária (a qual ainda > >> não avaliei). > >> > >> > >> > >> Além disso, a Oracle está trabalhando numa implementação chamada FastR ( > >> https://github.com/graalvm/fastr) compatível com o CRAN R mas compilada > >> para a JVM (Java Virtual Machine), com otimizações em tempo de compilação e > >> por tabela com todas as otimizações da JVM para uso eficiente de > >> arquiteturas de computadores modernas. Conversei com alguns dos envolvidos > >> no projeto e eles reportam cobertura de 80% da versão 3.2.X do R sendo que > >> as pendências estão na interoperabilidade com processos nativos > >> (principalmente a integração com código C). Além do mais, será necessário > >> recompilar todas as bibliotecas do CRAN a partir dos fontes. Mas é um > >> projeto bastante promissor para quem espera maior desempenho na execução de > >> programas escritos em R. > >> > >> > >> > >> []’s > >> > >> Cristofer > >> > >> > >> > >> *De:* R-br [mailto:r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br] *Em nome de *Leonardo > >> Fontenelle via R-br > >> *Enviada em:* Tuesday, July 12, 2016 14:28 > >> *Para:* r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> *Assunto:* Re: [R-br] [Dúvida] Microsoft R Open > >> > >> > >> > >> Se a questão for apenas a biblioteca MKL da Intel, isso é possível sem o > >> cliente R da Microsoft. Detalhe que, para usar a biblioteca MKL, é > >> necessário adquirir uma licença. Não entendi muito bem qual é a restrição, > >> mas existe uma licença comunitária gratuita. > >> > >> > >> > >> No caso específico do Arch Linux, é possível usar o pacote r-mkl do AUR. > >> Ao compilar o mkl, é melhor não usar o yaourt, e sim baixar o PKGBUILD > >> direto do AUR e rodar o makepkg à mão. > >> > >> > >> > >> Imagino que, a longo prazo, a estratégia da Microsoft seja expandir a > >> base de usuários para que isso estimule as empresas a trabalhar com o > >> servidor R a Microsoft. > >> > >> > >> > >> Abraços, > >> > >> > >> > >> Leonardo Ferreira Fontenelle <http://lattes.cnpq.br/9234772336296638> > >> > >> > >> > >> > >> > >> Em Ter 12 jul. 2016, às 14:13, Pedro Rafael via R-br escreveu: > >> > >> Caros, como todos nós sabemos, a Microsoft está com o projeto Microsoft R > >> Open que promete melhorar a versão de R disponibilizada no site do CRAN. > >> Como padrão é utilizado a biblioteca MKL ao invés da OpenBLAS o que > >> proporciona algumas melhorias a depender dos hardwares. > >> > >> Sinceramente eu ainda não testei e li muito por cima sobre esse projeto, > >> isto é, não tive ainda tempo de fazer benchmark para comparar. > >> > >> Alguém de vocês já fizeram testes e teve algum tipo de experiência > >> positiva ou negativa sobre o assunto que poderiam compartilhar aqui? Eu > >> atualmente uso Arch Linux e tenho uma certa restrição à produtos da > >> Microsoft. Porém, se de fato a empresa se propõe a melhorar massivamente a > >> performance da linguagem, talvez seja algo muito interessante uma vez que > >> existem novas linguagens dinâmicas surgindo e atendendo muito bem esses > >> requisitos. > >> > >> Saudações, > >> > >> Pedro Rafael. > >> > >> *_______________________________________________* > >> > >> R-br mailing list > >> > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> código mínimo reproduzível. > >> > >> > >> > >> *This e-mail message, including any attachments, is for the sole use of > >> the person to whom it has been sent and may contain information that is > >> confidential or legally protected. If you are not the intended recipient or > >> have received this message in error, you are not authorized to copy, > >> distribute, or otherwise use it or its attachments. Please notify the > >> sender immediately by return email and permanently delete this message and > >> any attachments. NeoGrid makes no warranty that this email is error or > >> virus free. NeoGrid Europe Limited is a company registered in the United > >> Kingdom with the registration number 7717968. The registered office is 8-10 > >> Upper Marlborough Road, St Albans AL1 3UR, Hertfordshire, UK. NeoGrid > >> Netherlands B.V. is a company registered in the Netherlands with the > >> registration number 3416.6499 and registered office at Science Park 400, > >> 1098 XH Amsterdam, NL. NeoGrid North America Limited is a company > >> registered in the United States with the registration number 52-2242825. > >> The registered office is 55 West Monroe Street, Suite 3590-60603, Chicago, > >> IL, USA. NeoGrid Japan is located at New Otani Garden Court 7F, 4-1 > >> Kioi-cho, Chiyoda-ku, Tokyo 102-0094, Japan. NeoGrid Software SA is a > >> company registered in Brazil, with the registration number CNPJ: > >> 03.553.145/0001-08 and located at Av. * > >> > >> *Santos Dumont, 935, 89.218-105, Joinville - SC – Brazil. Esta mensagem > >> pode conter informação confidencial ou privilegiada, sendo seu sigilo > >> protegido por lei. Se você não for o destinatário ou a pessoa autorizada a > >> receber esta mensagem, não pode usar, copiar ou divulgar as informações > >> nela contidas ou tomar qualquer ação baseada nessas informações. Se você > >> recebeu esta mensagem por engano, por favor, avise imediatamente ao > >> remetente, respondendo o e-mail e em seguida apague-a. Agradecemos sua > >> cooperação. * > >> > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> código mínimo reproduzível. > >> > >> This e-mail message, including any attachments, is for the sole use of > >> the person to whom it has been sent and may contain information that is > >> confidential or legally protected. If you are not the intended recipient or > >> have received this message in error, you are not authorized to copy, > >> distribute, or otherwise use it or its attachments. Please notify the > >> sender immediately by return email and permanently delete this message and > >> any attachments. NeoGrid makes no warranty that this email is error or > >> virus free. NeoGrid Europe Limited is a company registered in the United > >> Kingdom with the registration number 7717968. The registered office is 8-10 > >> Upper Marlborough Road, St Albans AL1 3UR, Hertfordshire, UK. NeoGrid > >> Netherlands B.V. is a company registered in the Netherlands with the > >> registration number 3416.6499 and registered office at Science Park 400, > >> 1098 XH Amsterdam, NL. NeoGrid North America Limited is a company > >> registered in the United States with the registration number 52-2242825. > >> The registered office is 55 West Monroe Street, Suite 3590-60603, Chicago, > >> IL, USA. NeoGrid Japan is located at New Otani Garden Court 7F, 4-1 > >> Kioi-cho, Chiyoda-ku, Tokyo 102-0094, Japan. NeoGrid Software SA is a > >> company registered in Brazil, with the registration number CNPJ: > >> 03.553.145/0001-08 and located at Av. Santos Dumont, 935, 89.218-105, > >> Joinville - SC – Brazil. > >> > >> Esta mensagem pode conter informação confidencial ou privilegiada, sendo > >> seu sigilo protegido por lei. Se você não for o destinatário ou a pessoa > >> autorizada a receber esta mensagem, não pode usar, copiar ou divulgar as > >> informações nela contidas ou tomar qualquer ação baseada nessas > >> informações. Se você recebeu esta mensagem por engano, por favor, avise > >> imediatamente ao remetente, respondendo o e-mail e em seguida apague-a. > >> Agradecemos sua cooperação. > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> código mínimo reproduzível. > > > > This e-mail message, including any attachments, is for the sole use of the > > person to whom it has been sent and may contain information that is > > confidential or legally protected. 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Se você recebeu esta mensagem por engano, por favor, avise > > imediatamente ao remetente, respondendo o e-mail e em seguida apague-a. > > Agradecemos sua cooperação. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160716/53687a78/atta…> > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Fri, 15 Jul 2016 23:19:30 -0300 > From: Leonard Assis <assis.leonard(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br, Benilton Carvalho > <beniltoncarvalho(a)gmail.com> > Subject: Re: [R-br] RES: RES: [Dúvida] Microsoft R Open > Message-ID: > <CAEG0FK-mTf0oUSQMFgr5DX-TdKEVX4t1eeL5FsiFTN-Kq7PCxg(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Sem o mkl, única vantagem é o mran. Com o mkl, muita coisa executa muito > mais rápido sem mexer no código. > > Em 15 de jul de 2016 9:38 PM, "Benilton Carvalho via R-br" < > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > > > Então tire a parte "foreach/do*". > > > > On Fri, Jul 15, 2016 at 10:36 PM Cristofer Weber < > > cristofer.weber(a)neogrid.com> wrote: > > > >> Desculpe, eu me referia ao R Open em relação ao CRAN R. Você listou > >> packages muito importantes como foreach, que foi um diferencial para ganho > >> de desempenho em ambiente multicore, mas ela funciona também com o CRAN R. > >> As demais eu posso estar enganado, mas a meu ver são comerciais e > >> proprietárias, não fazem parte do R Open. > >> > >> Sent from my iPhone > >> > >> On 15 de jul de 2016, at 22:30, Benilton Carvalho < > >> beniltoncarvalho(a)gmail.com> wrote: > >> > >> Reescrita de códigos-base; ScaleR; integração com Azure; integração com > >> SQL Server; Azure ML; Azure HDInsight; suporte Teradata e Hadoop; em cima > >> de tudo isso, vem MKL e todas as coisinhas *a la *foreach/do* da época > >> da Revolution R. > >> > >> Obviamente, vc pode gastar todo um tempo pra configurar e ajustar o > >> funcionamento similar usando o "R padrão", mas no corporativo vc não tem > >> habitualmente esse tipo de disponibilidade. > >> > >> On Fri, Jul 15, 2016 at 1:07 PM Cristofer Weber via R-br < > >> r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > >> > >>> Benilton, você pode nos apontar quais outras melhoras existem no > >>> Revolution R / Microsoft R além das já discutidas? Essa é uma das > >>> principais questões dessa thread, e tua contribuição ajudará bastante! > >>> > >>> > >>> > >>> []’s > >>> > >>> Cristofer > >>> > >>> > >>> > >>> *De:* Benilton Carvalho [mailto:beniltoncarvalho@gmail.com] > >>> *Enviada em:* Friday, July 15, 2016 12:56 > >>> *Para:* Cristofer Weber <cristofer.weber(a)neogrid.com>; a lista > >>> Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >>> > > >>> *Assunto:* Re: [R-br] RES: [Dúvida] Microsoft R Open > >>> > >>> > >>> > >>> FYI: o MRO é o Revolutions R e, sim, eles estão dispostos a cooperar. A > >>> melhora não é apenas via MKL. > >>> > >>> > >>> > >>> On Thu, Jul 14, 2016 at 6:19 PM Cristofer Weber via R-br < > >>> r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > >>> > >>> Esclarecendo a questão da licença da lib MKL: > >>> > >>> > >>> > >>> https://software.intel.com/en-us/articles/free-mkl > >>> > >>> > >>> > >>> “The Intel® Math Kernel Library (Intel® MKL), > >>> <https://software.intel.com/en-us/intel-mkl> the high performance math > >>> library for x86 and x86-64, is available, on Windows*, Linux*, or OS X* for > >>> free for everyone (click here now to register and download > >>> <https://registrationcenter.intel.com/en/forms/?productid=2558>). > >>> Purchasing is only necessary if you want access to Intel® Premier Support > >>> (direct 1:1 private support from Intel), older versions of the library or > >>> access to other tools in Intel® > >>> <https://software.intel.com/en-us/intel-mkl>Parallel Studio XE. > >>> <https://software.intel.com/en-us/intel-parallel-studio-xe> Intel > >>> continues to actively develop and support this very powerful library - and > >>> everyone can benefit from that!” > >>> > >>> > >>> > >>> Não há restrição para uso comercial. O licenciamento só é necessário se > >>> você quiser suporte. > >>> > >>> > >>> > >>> O R Open (antigo Revolution, agora MS) é uma distribuição do CRAN R Open > >>> Source pré-compilado para uso da MKL e configurado para outro repositório > >>> do CRAN gerenciado pela MS, com versões estáticas dos pacotes. É a MS quem > >>> escolhe a versão de cada pacote neste repositório. O repositório fica > >>> vinculado à versão do R Open, ou seja, você só terá acesso a versões mais > >>> recentes dos pacotes quando atualizar a versão do R Open ( > >>> https://mran.revolutionanalytics.com/rro/#repos) > >>> > >>> > >>> > >>> Outra diferença mais sutil é que o R Open já traz consigo alguns pacotes > >>> a mais que o CRAN R (https://mran.revolutionanalytics.com/rro/installed/) > >>> > >>> > >>> > >>> > >>> Utilizamos o R Open desde os tempos da Revolution. As operações > >>> matriciais da MKL são mais eficientes mesmo em modo single-thread. Tenha em > >>> mente que tanto single-thread quanto multithread você só terá benefício > >>> onde as primitivas de álgebra matricial forem aplicadas. Não há melhoria no > >>> desempenho da linguagem em si, que é bastante limitado devido ao modelo de > >>> memória baseado em listas encadeadas, Garbage Collector deficiente e > >>> passagem de parâmetros por cópia, entre outros. > >>> > >>> > >>> > >>> Sobre a performance da linguagem, a Tibco possui uma versão proprietária > >>> mais eficiente (eles compraram o S-Plus, versão comercial da linguagem S, > >>> “pai” do R) e a Oracle também mantém uma versão proprietária (a qual ainda > >>> não avaliei). > >>> > >>> > >>> > >>> Além disso, a Oracle está trabalhando numa implementação chamada FastR ( > >>> https://github.com/graalvm/fastr) compatível com o CRAN R mas > >>> compilada para a JVM (Java Virtual Machine), com otimizações em tempo de > >>> compilação e por tabela com todas as otimizações da JVM para uso eficiente > >>> de arquiteturas de computadores modernas. Conversei com alguns dos > >>> envolvidos no projeto e eles reportam cobertura de 80% da versão 3.2.X do R > >>> sendo que as pendências estão na interoperabilidade com processos nativos > >>> (principalmente a integração com código C). Além do mais, será necessário > >>> recompilar todas as bibliotecas do CRAN a partir dos fontes. Mas é um > >>> projeto bastante promissor para quem espera maior desempenho na execução de > >>> programas escritos em R. > >>> > >>> > >>> > >>> []’s > >>> > >>> Cristofer > >>> > >>> > >>> > >>> *De:* R-br [mailto:r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br] *Em nome de *Leonardo > >>> Fontenelle via R-br > >>> *Enviada em:* Tuesday, July 12, 2016 14:28 > >>> *Para:* r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >>> *Assunto:* Re: [R-br] [Dúvida] Microsoft R Open > >>> > >>> > >>> > >>> Se a questão for apenas a biblioteca MKL da Intel, isso é possível sem o > >>> cliente R da Microsoft. Detalhe que, para usar a biblioteca MKL, é > >>> necessário adquirir uma licença. Não entendi muito bem qual é a restrição, > >>> mas existe uma licença comunitária gratuita. > >>> > >>> > >>> > >>> No caso específico do Arch Linux, é possível usar o pacote r-mkl do AUR. > >>> Ao compilar o mkl, é melhor não usar o yaourt, e sim baixar o PKGBUILD > >>> direto do AUR e rodar o makepkg à mão. > >>> > >>> > >>> > >>> Imagino que, a longo prazo, a estratégia da Microsoft seja expandir a > >>> base de usuários para que isso estimule as empresas a trabalhar com o > >>> servidor R a Microsoft. > >>> > >>> > >>> > >>> Abraços, > >>> > >>> > >>> > >>> Leonardo Ferreira Fontenelle <http://lattes.cnpq.br/9234772336296638> > >>> > >>> > >>> > >>> > >>> > >>> Em Ter 12 jul. 2016, às 14:13, Pedro Rafael via R-br escreveu: > >>> > >>> Caros, como todos nós sabemos, a Microsoft está com o projeto Microsoft > >>> R Open que promete melhorar a versão de R disponibilizada no site do CRAN. > >>> Como padrão é utilizado a biblioteca MKL ao invés da OpenBLAS o que > >>> proporciona algumas melhorias a depender dos hardwares. > >>> > >>> Sinceramente eu ainda não testei e li muito por cima sobre esse projeto, > >>> isto é, não tive ainda tempo de fazer benchmark para comparar. > >>> > >>> Alguém de vocês já fizeram testes e teve algum tipo de experiência > >>> positiva ou negativa sobre o assunto que poderiam compartilhar aqui? Eu > >>> atualmente uso Arch Linux e tenho uma certa restrição à produtos da > >>> Microsoft. Porém, se de fato a empresa se propõe a melhorar massivamente a > >>> performance da linguagem, talvez seja algo muito interessante uma vez que > >>> existem novas linguagens dinâmicas surgindo e atendendo muito bem esses > >>> requisitos. > >>> > >>> Saudações, > >>> > >>> Pedro Rafael. > >>> > >>> *_______________________________________________* > >>> > >>> R-br mailing list > >>> > >>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >>> > >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>> > >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >>> código mínimo reproduzível. > >>> > >>> > >>> > >>> *This e-mail message, including any attachments, is for the sole use of > >>> the person to whom it has been sent and may contain information that is > >>> confidential or legally protected. If you are not the intended recipient or > >>> have received this message in error, you are not authorized to copy, > >>> distribute, or otherwise use it or its attachments. Please notify the > >>> sender immediately by return email and permanently delete this message and > >>> any attachments. NeoGrid makes no warranty that this email is error or > >>> virus free. NeoGrid Europe Limited is a company registered in the United > >>> Kingdom with the registration number 7717968. The registered office is 8-10 > >>> Upper Marlborough Road, St Albans AL1 3UR, Hertfordshire, UK. NeoGrid > >>> Netherlands B.V. is a company registered in the Netherlands with the > >>> registration number 3416.6499 and registered office at Science Park 400, > >>> 1098 XH Amsterdam, NL. NeoGrid North America Limited is a company > >>> registered in the United States with the registration number 52-2242825. > >>> The registered office is 55 West Monroe Street, Suite 3590-60603, Chicago, > >>> IL, USA. NeoGrid Japan is located at New Otani Garden Court 7F, 4-1 > >>> Kioi-cho, Chiyoda-ku, Tokyo 102-0094, Japan. NeoGrid Software SA is a > >>> company registered in Brazil, with the registration number CNPJ: > >>> 03.553.145/0001-08 and located at Av. * > >>> > >>> *Santos Dumont, 935, 89.218-105, Joinville - SC – Brazil. Esta mensagem > >>> pode conter informação confidencial ou privilegiada, sendo seu sigilo > >>> protegido por lei. Se você não for o destinatário ou a pessoa autorizada a > >>> receber esta mensagem, não pode usar, copiar ou divulgar as informações > >>> nela contidas ou tomar qualquer ação baseada nessas informações. Se você > >>> recebeu esta mensagem por engano, por favor, avise imediatamente ao > >>> remetente, respondendo o e-mail e em seguida apague-a. Agradecemos sua > >>> cooperação. * > >>> > >>> _______________________________________________ > >>> R-br mailing list > >>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >>> código mínimo reproduzível. > >>> > >>> This e-mail message, including any attachments, is for the sole use of > >>> the person to whom it has been sent and may contain information that is > >>> confidential or legally protected. If you are not the intended recipient or > >>> have received this message in error, you are not authorized to copy, > >>> distribute, or otherwise use it or its attachments. Please notify the > >>> sender immediately by return email and permanently delete this message and > >>> any attachments. NeoGrid makes no warranty that this email is error or > >>> virus free. 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Santos Dumont, 935, 89.218-105, > >>> Joinville - SC – Brazil. > >>> > >>> Esta mensagem pode conter informação confidencial ou privilegiada, sendo > >>> seu sigilo protegido por lei. Se você não for o destinatário ou a pessoa > >>> autorizada a receber esta mensagem, não pode usar, copiar ou divulgar as > >>> informações nela contidas ou tomar qualquer ação baseada nessas > >>> informações. 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