Abril 2016 - R-br - DINF UFPR

Erro ao plotar proflik geoR
by Andre Oliveira 09 Abr '16

09 Abr '16

Pessoal boa tarde, dado os objetos do modelo estou obtenho o erro ao tentar plotar o perfil. Não sei que parâmetro np é este! Alguém pode me ajudar? dados = read.geodata("dados.txt", coords.col = 2:3, data.col=4, header=T, dec=",") ml <- likfit(dados, lik.method="ML", ini=c(0.5, 0.5), fix.nug = TRUE, trend = "cte")mlperfil <- proflik(ml, geodata = dados) plot(mlperfil, dados)Error in plot.proflik(mlperfil, dados) : objeto 'np' não encontrado André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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Firth's Logistic Regression | Interpretação do summary()
by Jefferson Ferreira-Ferreira 09 Abr '16

09 Abr '16

Colegas listeiros, Estou ajustando um modelo logístico com a abordagem de Firth, implementada no pacote logistf, que serve para diminuir o "bias" advindo da separação quase linear dos dados. O famoso warning "0 ou 1 ocorreu. Probabilidades ajustadas para 0 ou 1". Ocorre que, também por lacunas em conhecimento estatístico, estou com dificuldade de interpretar os resultados. O que me intriga é o chi quadrado ter dado infinito para o intercepto e para o primeiro slope (cota). O que isso significa? A coluna "p" (0 ou 1), o que pode exatamente me informar? Que outras informações importantes sobre meu modelo podem ser tomadas dese summary? Estou em meio a leituras sobre isso, mas tenho encontrado dificuldades em encontrar uma explicação simples e objetiva. Por isso resolvi escrever ao grupo. Se alguém puder me dar uma luz, seria muito grato. Obrigado! Model fitted by Penalized ML Confidence intervals and p-values by Profile Likelihood Profile Likelihood Profile Likelihood Profile Likelihood Profile Likelihood coef se(coef) lower 0.95 upper 0.95 Chisq p (Intercept) -3.664271274 6.121964e-02 -11.711146274 -2.02364627 Inf 0 cota 0.164131556 1.898407e-03 0.165001297 0.43176839 Inf 0 euc_dist 0.001365946 3.193816e-05 -0.006119111 0.02485933 0 1 hand -0.292236449 1.372033e-02 -2.145942673 1.35570275 0 1 cota:hand 0.007027402 4.259128e-04 -0.044974804 0.05951507 0 1 Likelihood ratio test=379581.2 on 4 df, p=0, n=389232 Wald test = 19581.7 on 4 df, p = 0 Covariance-Matrix: [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [1,] 3.747844e-03 -1.153026e-04 -1.610677e-07 -5.500070e-04 1.705722e-05 [2,] -1.153026e-04 3.603948e-06 7.945498e-10 1.708245e-05 -5.335900e-07 [3,] -1.610677e-07 7.945498e-10 1.020046e-09 -2.612271e-08 2.927902e-10 [4,] -5.500070e-04 1.708245e-05 -2.612271e-08 1.882476e-04 -5.807466e-06 [5,] 1.705722e-05 -5.335900e-07 2.927902e-10 -5.807466e-06 1.814017e-07 -- *Jefferson Ferreira-Ferreira* Geógrafo – GEOPROCESSAMENTO IDSM | Coordenadoria de TI Jefferson.ferreira(a)mamiraua.org.br *Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá* Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação Telefone: +55 97 3343-9710 *Google Maps* - Mapas deste e-mail: Exibir mapa ampliado <https://maps.google.com.br/maps?q=-3.355557,-64.731151&ll=-3.355471,-64.731…> *Contatos particulares:* *(55) 9615-0100*

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Eliminar linhas repetidas de informações
by Rudiney S Pereira 08 Abr '16

08 Abr '16

Prezados, Estou com um conjunto de dados com mais de 65.000 registros sendo estes, com dezenas de campos (variáveis). O problema consiste em desenvolver um códio em R para eliminar linhas que possuem informações iguais e repetidas nos registros. Exemplo de um trecho de arquivo onde o 2º campo (variável) em negrito e as demais colunas, repetem-se nas informações. 584;*019642*;ESTUDO E IMPLEMENTAÇÃO DE AUTORIZAÇÃO NO ACESSO PARA O PORTAL DO HUSM UTILIZANDO O CIBAC ;Pesquisa;Avaliado;12/10/2006;01/10/2006;30/04/2007;14680000;22/01/2008;Concluído/Publicado;6985093 - RAUL CERETTA NUNES;07.00.00.00.0.0 - CENTRO DE TECNOLOGIA - CT;07.39.00.00.0.0 - CURSO DE CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO;, , ,;Não necessita contratar fundação;379536 - MARTHA BOHRER ADAIME;Não se aplica;Geral;0;0;Não paga nenhum tipo de bolsa;Santa Maria;RS;Brasil;01/01/2016;01/01/2021;Linha de pesquisa;07.01.00 - SISTEMAS DE COMPUTAÇÃO;;; 585;*019642*;ESTUDO E IMPLEMENTAÇÃO DE AUTORIZAÇÃO NO ACESSO PARA O PORTAL DO HUSM UTILIZANDO O CIBAC ;Pesquisa;Avaliado;12/10/2006;01/10/2006;30/04/2007;14680000;22/01/2008;Concluído/Publicado;6985093 - RAUL CERETTA NUNES;07.00.00.00.0.0 - CENTRO DE TECNOLOGIA - CT;07.39.00.00.0.0 - CURSO DE CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO;, , ,;Não necessita contratar fundação;379536 - MARTHA BOHRER ADAIME;Não se aplica;Geral;0;0;Não paga nenhum tipo de bolsa;Santa Maria;RS;Brasil;01/01/2016;01/01/2021;Quanto ao tipo de projeto de pesquisa;2.06 - Projeto de Pesquisa e Extensão;;; 586;*019128*;ESTUDO E IMPLEMENTAÇÃO DE UMA ARQUITETURA ORIENTADA A SERVIÇOS;Pesquisa;Avaliado;26/05/2006;18/05/2006;22/09/2006;;16/02/2007;Concluído/Publicado;6985093 - RAUL CERETTA NUNES;07.00.00.00.0.0 - CENTRO DE TECNOLOGIA - CT;07.39.00.00.0.0 - CURSO DE CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO;, , ,;Não necessita contratar fundação;;Não se aplica;Geral;0;0;Não paga nenhum tipo de bolsa;;;;;;Classificação CNPq;1.03.04.00-2 - SISTEMAS DE COMPUTAÇÃO;;; 587;*019128*;ESTUDO E IMPLEMENTAÇÃO DE UMA ARQUITETURA ORIENTADA A SERVIÇOS;Pesquisa;Avaliado;26/05/2006;18/05/2006;22/09/2006;;16/02/2007;Concluído/Publicado;6985093 - RAUL CERETTA NUNES;07.00.00.00.0.0 - CENTRO DE TECNOLOGIA - CT;07.39.00.00.0.0 - CURSO DE CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO;, , ,;Não necessita contratar fundação;;Não se aplica;Geral;0;0;Não paga nenhum tipo de bolsa;;;;;;Linha de pesquisa;07.01.00 - SISTEMAS DE COMPUTAÇÃO;;; Agradeço a colaboração de quem possa. Atenciosamente, -- Prof. Dr. Rudiney Soares Pereira UFSM - CCR - DER - Núcleo de Geotecnologias Prédio 44 J, Sala 214 RS 509 KM 9 - Campus Universitário 97.105-900 Santa Maria RS Brasil site: http://www.ufsm.br/geosere skype: rudiney.s.pereira fone: 55 3220-9468 55 9118-4142

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distr::Pois e apply
by Davi Butturi-Gomes 08 Abr '16

08 Abr '16

Prezados, boa tarde! Usando o pacote distr, estou tentando criar uma série de variáveis aleatórias sem fazer manualmente e sem usar um laço. Talvez algumas das funções ?apply funcionem, mas não consegui nada dar certo até agora. A ideia é a seguinte: tenho um vetor numérico e quero que cada valor desse valor seja correspondente ao parâmetro de uma distribuição, por exemplo, Poisson. Exemplo. #### require(distr) pars <- c(10,5,8,10) V1 <- Pois(pars[1]) V2 <- Pois(pars[2]) V3 <- Pois(pars[3]) V4 <- Pois(pars[4]) Vf <- list(V1,V2,V3,V4) ### Na verdade não preciso “guardar” V1, V2, V3 e V4 em objetos separados, tendo apenas a Vf resolve meu problema. Alguma sugestão? Obrigado! ____________________ Davi Butturi-Gomes Doutor em Estatística e Experimentação Agronômica ESALQ/USP - Piracicaba Mestre em Biometria - IB/UNESP - Botucatu Ecólogo - IB/UNESP - Rio Claro De: R-br [mailto:r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br] Em nome de Elias Carvalho Enviada em: sexta-feira, 8 de abril de 2016 09:15 Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Assunto: [R-br] Extração Parcial de Texto Bom dia Pessoal Eu tenho uma planilha com vários abstracts de artigos científicos e gostaria de poder identificar o objetivo de cada um, como no exemplo abaixo começando em "To address" até "image segmentation": Image segmentation plays an important role in many medical applications. ... However, it is disadvantageous in high complexity, poor real time capability and premature convergence and etc. To address these issues, an improved evolution strategy is proposed for medical image segmentation. There are 2 populations... Eu sei que tenho que verificar vários termos como "The aim of this study", "The objective", etc, mas no caso acima eu gostaria de identificar por exemplo "To address" e capturar o texto após o ponto inicial em "etc." até o ponto final "segmentation.". Eu tenho que extrair o objetivo de 1808 artigos e por isso quero automatizar. Posso fazer um for que lê letra a letra da string em busca de termos chave e quando achar marca a posição do ponto inicial e final e depois extrai o texto, mas tem algo mais funcional que for ? Obrigado e um excelente dia -- Best regards... 8^) “The mind that is open to new ideas never come back to its original size” Albert Einstein _____________________________________________ Prof. Elias César Araújo de Carvalho CV: http://lattes.cnpq.br/4248328961021251

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Extração Parcial de Texto
by Elias Carvalho 08 Abr '16

08 Abr '16

Bom dia Pessoal Eu tenho uma planilha com vários abstracts de artigos científicos e gostaria de poder identificar o objetivo de cada um, como no exemplo abaixo começando em "To address" até "image segmentation": Image segmentation plays an important role in many medical applications. ... However, it is disadvantageous in high complexity, poor real time capability and premature convergence and etc. *To address these issues, an improved evolution strategy is proposed for medical image segmentation*. There are 2 populations... Eu sei que tenho que verificar vários termos como "The aim of this study", "The objective", etc, mas no caso acima eu gostaria de identificar por exemplo "To address" e capturar o texto após o ponto inicial em "etc." até o ponto final "segmentation.". Eu tenho que extrair o objetivo de 1808 artigos e por isso quero automatizar. Posso fazer um for que lê letra a letra da string em busca de termos chave e quando achar marca a posição do ponto inicial e final e depois extrai o texto, mas tem algo mais funcional que for ? Obrigado e um excelente dia -- Best regards... 8^) “The mind that is open to new ideas never come back to its original size” *Albert Einstein* _____________________________________________ Prof. Elias César Araújo de Carvalho CV: http://lattes.cnpq.br/4248328961021251

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Desativação de conta por "excessive bounces"?
by Thiago V. dos Santos 06 Abr '16

06 Abr '16

Olá pessoal, Eventualmente eu recebo um e-mail automático da lista com o seguinte conteúdo: "O membro de sua lista de discussão R-br foi desativado por due to excessive bounces The last bounce received from you was dated 04-Apr-2016. Você não receberá mais mensagens desta lista até que re-ative seu membro. Você receberá mais 3 lembretes antes que o membro da lista seja removido." Pelo que parece, aparentemente o servidor decide suspender a minha conta por suspeita de alguma atividade indevida, que aparentemente seriam esses bounces. Algum dos administradores da lista conhece a razão desse aviso? O que exatamente está acontecendo com a minha conta? Além de alguns acessos por dia do laptop, eventualmente eu também acesso a lista pelo app da Yahoo no celular. Talvez esse aviso seja por excesso de visitas à lista? Agradeço qualquer informação, -- Thiago V. dos Santos PhD student Land and Atmospheric Science University of Minnesota

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Microdados IBGE
by Thiago Silva Pereira 04 Abr '16

04 Abr '16

#Packages > library("dicionariosIBGE", lib.loc="~/R/win-library/3.2") #Carregar dados armazenados no pacote > data(dicPNAD2005) #ver dados > View(dicpes2005) #localizar micro dados > caminho.microdados <- file.path("C:","DADOS","PES2005.TXT") > DADOS <- le.pesquisa(dicionario=dicpes2005, pathname.in =caminho.microdados, + pathname.out="dados.Rdata", + codigos=c("V4703","V4704","V4705","V4707","V4729"), + nomes=c("ANOSEST","CONDATV","CONDOCP","HTRAB","PESO"), + quant=408148) Error in le.pesquisa(dicionario = dicpes2005, pathname.in = caminho.microdados, : unused arguments (pathname.out = "dados.Rdata", nomes = c("ANOSEST", "CONDATV", "CONDOCP", "HTRAB", "PESO"), quant = 408148) Vou mandar o PDF que estou estudando, Obrigado deis de já Obs: Os codigos e explicações estão lá.

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likfit (geoR), normalidade da variável e do resíduo do modelo Trend
by Wagner Wolff 04 Abr '16

04 Abr '16

Olá pessoal a dúvida é a seguinte. Preciso interpolar uma variável na qual não consegui normalizá-la pelo BoxCox(); entretanto, a análise exploratória de tendência espacial indicou um modelo para remoção da mesma; assim, passo a interpolar os resíduos deste modelo, correto? Sendo assim, posso desconsiderar a não normalidade da variável inicial e apenas considerar a normalidade dos resíduos do modelo Trend? Outra questão é se realmente preciso normalizar a Variável, é plausível aceitar a normalidade dela por este gráfico abaixo? Acabei aceitando esta condição e não tive problemas na obtenção dos meus parâmetros. Att. Wagner Wolff

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Classificação de um data frame em função de outro
by ASANTOS 04 Abr '16

04 Abr '16

Caros Listeiros, Tenho dois data frames DF1 e DF2, sendo que o primeiro representa a comparação múltipla entre alguns tratamentos de DF2 e o p valor correspondente. Eu gostaria de criar um variável groups dentro de DF2 em função do valor de p de DF1, de foram que meu output final seja: # trat sp1 sp2 sp3 sp4 groups 1 P12A 4.653732 2.490977 4.236323 5.382113 "P12AvsP12BvsP12CvsP12D" 2 P12A 5.009581 2.254713 4.604529 4.842553 "P12AvsP12BvsP12CvsP12D" 3 P12A 4.809242 2.391435 4.675318 4.732977 "P12AvsP12BvsP12CvsP12D" 4 P12A 5.053077 2.483129 4.561690 5.311215 "P12AvsP12BvsP12CvsP12D" 5 P12A 5.356384 2.745474 4.616074 5.114969 "P12AvsP12BvsP12CvsP12D" 6 P12A 5.186120 2.384487 4.401133 5.041926 "P12AvsP12BvsP12CvsP12D" ... # Ou seja, se p=ou> que 0.05 eu vou juntando os níveis do tratamento ("P12AvsP12BvsP12CvsP12D"), separados por vs, se não eu repito o nome do nível ("P13A"), segue meu CRM abaixo e minha função que não esta fazendo isso, muito obrigado, ## Data frame 1 pares<-c("P12A vs P12B","P12A vs P12C","P12A vs P12D","P12A vs P12E","P16A vs P12F", "P18A vs P12G","P20A vs P12H","P21A vs P12I","P22A vs P13A","P30A vs P13B","P33A vs P142", "P34A vs p142","P35A vs P148","P35A vs p148") p<-c(1,1,4.00E-04,1.00E-04,0.0272,1,0.0012,1,2.00E-04,0.0281,2.00E-04,1,4.00E-04,1) DF1<-data.frame(pares,p) head(DF1) #Data frame 2 #Fator trat <- gl(3, 15, labels = paste("P", 12:14, "A",sep="")) # Variaveis resposta set.seed(124) sp <- cbind(c(rnorm(10, 5, 0.25), rnorm(35, 5, 0.25)), rnorm(45, 2.5, 0.25), c(rnorm(10, 4.5, 0.25), rnorm(35, 5, 0.25)), rnorm(45, 5, 0.25)) colnames(sp) <- c("sp1", "sp2", "sp3", "sp4") DF2<-data.frame(trat,sp) ## Classificando data frame 2 em função de p de data frame 1 # Tentativa de função if (DF1$p>=0.05) { DF2$groups = DF1$pares } else { DF2$groups = DF1$trat } head(DF2) # -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: https://br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 ======================================================================

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Email de banimento
by regis barros 04 Abr '16

04 Abr '16

Bom dia PessoalRecebi um email de banimento da lista.Acho estranho o recebimento desse email.Alguém já recebeu este tipo de email?? grato Regis

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