Março 2015 - R-br

P-valor
by ana paula coelho madeira 22 Mar '15

22 Mar '15

Bom dia! Aplicando o teste de Kolmogorov à uma amostra "proveniente " de uma distribuição gama, obtem-se: ks.test(d, "pgamma", ahat, bhat) #p-value = 0.9779 One-sample Kolmogorov-Smirnov test data: d D = 0.0503, p-value = 0.9779 A dúvida é: como faço para encontrar o p-valor associado ao teste de uma distribuição não implementada n R? Sei que devo calcular a estatística D, mas e o p valor? Desde já agradeço Ana Paula

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Empilhar variáveis em colunas para linhas
by ASANTOS 22 Mar '15

22 Mar '15

Caros Listeiros, Tenho um conjunto de dados artificiais abaixo, constituído de dados de contagem de três espécies (Esp1, Esp2 e Esp3) e duas variáveis trat e tempo. As três espécies e as variáveis estão dispostas em colunas, sendo: #Dados artificiais ----------------------------------- da <- expand.grid(trat=gl(4,1), tempo=1:10) X <- model.matrix(~trat+tempo, da); ncol(X) da$Esp1<-rpois(da[,1],5) da$Esp2<-rpois(da[,1],10) da$Esp3<-rpois(da[,1],15) head(da) trat tempo Esp1 Esp2 Esp3 1 1 1 4 13 8 2 2 1 7 7 17 3 3 1 3 12 16 4 4 1 8 8 13 5 1 2 4 13 22 6 2 2 4 8 10 Porém, eu gostaria de reorganizar o banco de dados e substituir as três espécies (Esp1, Esp2 e Esp3), por duas colunas, sendo uma coluna com o nome das espécies e uma nova coluna para os dados de contagem, representada por N, de forma que mantenha a correspondência entre as variáveis trat e tempo, ficando da seguinte maneira: head(new.da) trat tempo Esp N 1 1 1 Esp1 4 2 1 1 Esp2 13 3 1 1 Esp3 8 4 2 1 Esp1 7 5 2 1 Esp2 7 6 2 1 Esp3 17 Alguém poderia me indicar alguma função ou procedimento para fazer isso? Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com

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R versões 3.2 e 3.3 para windows
by Cleber N.Borges 21 Mar '15

21 Mar '15

olá a todos, Vi no site do R, que as próximas versões para Windows terá modificações, como por exemplo, na versão 3.2 prestes a ser lançada: WINDOWS BUILD CHANGES A number of changes to the Windows build system are in development. The following are currently in place. * Installation using external binary distributions of zlib, bzip, liblzma, pcre, libpng, jpeglib and libtiff is now required, and the build instructions have been revised. (mas que, até onde percebi, ainda terá essas libs (dll) empacotadas no R-3.2 já no R-3.3 (só ano que vem), isso será removido de vez... Alguém sabe falar o porquê do R-Core Team ter adotado essa estratégia? Algum problema de patente ou coisa assim? ... ou se isso implica em alguma melhoria? Agradeço antecipadamente por qualquer comentário. Grato Cleber Borges --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com

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Re: [R-br] Calculo de correlcao entre coluas que apresentam NAS de varias matrizes
by Éder Comunello 21 Mar '15

21 Mar '15

Olá, Michelle! Inicialmente gostaria de sugerir que você disponibilizasse os links dos arquivos do Dropbox diretamente no teu script, evitando as diversas mensagens de compartilhamento na lista. Para isso você pode consultar o tópico que segue: < http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Problema-em-abrir-conexao-com-source… > Quanto ao problema em si, não entendi muito bem, mas deixo um trecho de código que pode te ajudar: ### <code r> urls1 <- c(" https://www.dropbox.com/s/kgxo3s8qrrv74p3/AAparaCalculodaMedia.txt", " https://www.dropbox.com/s/fhutciprhgt077x/AIGparaCalculodaMedia.txt", " https://www.dropbox.com/s/kvubgji1tce8sm8/AXPparaCalculodaMedia.txt") ### alterar links públicos para carregamento direto! urls2 <- sub("^.*/s/", "http://dl.dropbox.com/s/", urls1) AA <- read.table(urls2[1], header=T, as.is=T) AIG <- read.table(urls2[2], header=T, as.is=T) AXP <- read.table(urls2[3], header=T, as.is=T) sapply(c("AA", "AIG", "AXP"), function(x) length(get(x))) ### tamanhos diferentes sapply(c("AA", "AIG", "AXP"), function(x) tail(names(get(x)))) COR <- NULL for (i in 2:394) { AA_AIG <- cor(AA[,i], AIG[,i], use = "pairwise.complete.obs") AA_AXP <- cor(AA[,i], AXP[,i], use = "pairwise.complete.obs") AIG_AXP <- cor(AIG[,i], AXP[,i], use = "pairwise.complete.obs") row <- data.frame(i, AA_AIG, AA_AXP, AIG_AXP) COR <- rbind(COR, row) } head(COR) ### </code> Éder Comunello <c <comunello.eder(a)gmail.com>omunello.eder(a)gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] 2015-03-18 13:38 GMT-04:00 Michelle Bau Graczyk <mbgraczyk(a)gmail.com>: > Boa tarde, > > Eu tenho tres matrizes de tres empresas diferentes que estao dispostas da > seguinte maneira: > > Empresa AA > data 9:31 > data > 09:31 09:32 09:33 09:34 09:35 09:36 09:37 09:38 09:39 09:40 09:41 09:42 > 09:43 09:44 09:45 09:46 09:47 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 2004-07-01 700 200 7000 9400 1300 1500 6300 1800 4300 1300 4800 3900 2500 > 4300 4300 > > > > > > > 2004-07-02 NA NA 68900 2800 4900 1200 12300 NA NA 6500 NA 2900 8900 11600 > 26900 > > > > > > > 2004-07-06 800 4400 13700 10700 4700 4000 18700 9000 2100 2300 700 8900 > 10500 3900 8400 > > > > > > > 2004-07-07 NA 5600 1000 7300 5600 11200 3900 5800 5700 4500 34400 4100 > 500 15300 500 > > > > > > > 2004-07-08 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 154100 42400 16700 4700 5900 > > > > > > > 2004-07-09 NA 96900 1000 20400 18300 18000 22500 4100 6000 1000 1900 3700 > 600 2900 14600 > > > > > > > 2004-07-12 1400 100 4500 3000 1300 4200 6500 4500 1600 1600 5600 7600 > 1900 4600 8300 > > > > > > > 2004-07-13 NA 5600 3400 16900 9000 5700 16500 1800 21000 6300 5900 12500 > 51000 7500 13100 > > > > > > > 2004-07-14 NA NA NA NA NA NA 164400 35000 41600 56600 27800 36500 55300 > 29900 13100 > > > > > > > 2004-07-15 NA 8100 2000 6100 4900 4500 2500 1400 5200 4100 5400 4000 > 13400 3200 11300 > > > > > > > 2004-07-16 282300 18100 30400 NA 15900 40800 9000 5300 5200 27600 7600 > 12100 8400 1000 8400 > > > > > > > 2004-07-19 28700 1700 2900 9500 400 2800 1100 6200 11500 17900 11100 > 16000 6800 5200 7100 > > > > > > > > Onde as datas vao de 2004-07-01 ate 2004-12-31(ao todo 128) e os horarios > vao de 09:31 ate 16:04( ao todo 397) > > Eu quero calcular a correlacao entre essas tres empresas para cada hora > fixa,ou seja, para a empresa AA eu calculo com ela mesma e com a AIG e a > AXP para cada hora fixa, e por isso montei este programa: > > A<-read.table(file="/home/usuario/Documentos/AAparaCalculodaMedia.txt", > header=TRUE) > AA.<-as.matrix(AA) > ##write.table(AA.,"AA..txt") > > AXP<-read.table("/home/usuario/Documentos/AXPparaCalculodaMedia.txt",header=TRUE) > AXP.<-as.matrix(AXP) > ##write.table(AXP.,"AXP..txt") > > AIG<-read.table("/home/usuario/Documentos/AIGparaCalculodaMedia.txt",header=TRUE) > AIG.<-as.matrix(AIG) > > Symbols<-c("AA.","AIG.","AXP.") > matrizAA<-matrix() > j<-1 > for (j in 1:length(Symbols)){ > empresa<-paste0(Symbols)#,"[",j,"]") > > for (i in 2:397){ > empresa1<-as.numeric(paste0(empresa,"[,",i,"]")) > head(empresa1) > matrizAA[,i-1]<-cor(as.numeric(AA.[,i]), as.numeric(empresa1), > use="pairwise.complete.obs") > > } > > } > > Mas da o erro: Erro em cor(as.numeric(AA.[, i]), as.numeric(empresa1), use > = "pairwise.complete.obs") : > incompatible dimensions > Além disso: Mensagens de aviso perdidas: > NAs introduzidos por coerção > > Eu achava que usando o use = "pairwise.complete.obs" as correlacoes seriam > calculadas apenas entre pares de numeros, mas acho que isso nao esta > acontecendo. > Os tres arquivos vou deixar em dropbox. > > Muito obrigada, > > Michelle > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. >

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GLM
by ana paula coelho madeira 19 Mar '15

19 Mar '15

Boa tarde! Tenho um experimento que visa analisar como transgenia e controle químico (tratamentos) afetam número de parasitóides (Chelonus). Construí o modelo: m1<-glm.nb(n_parasit_Chelonus~trat) > summary(m1) Coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) 2.54553 0.16046 15.864 < 2e-16 *** tratC -0.24295 0.23851 -1.019 0.3084 tratD 0.17905 0.21973 0.815 0.4152 tratF -21.84812 4713.30843 -0.005 0.9963 tratG 0.46262 0.21032 2.200 0.0278 * tratI -1.22378 0.31394 -3.898 9.69e-05 *** tratJ 0.12862 0.22165 0.580 0.5617 tratL -21.84812 4713.30843 -0.005 0.9963 tratM -0.40547 0.24759 -1.638 0.1015 tratN 0.28768 0.21586 1.333 0.1826 tratP -3.23868 0.72931 -4.441 8.96e-06 *** tratQ -0.04001 0.22868 -0.175 0.8611 tratS -21.84812 4713.30843 -0.005 0.9963 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 (Dispersion parameter for Negative Binomial(40.7143) family taken to be 1) Null deviance: 376.329 on 51 degrees of freedom Residual deviance: 39.605 on 39 degrees of freedom AIC: 234.09 Como posso interpretar esses resultados? Agradeço pela ajuda. Ana

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Re: [R-br] Valores repetidos no eixo de um gráfico
by Paulo Pimenta 19 Mar '15

19 Mar '15

Boa saída esta apresentada, mas a série de dados por ser dia varia bastante e não é possível realizar manualmente. Existe algum comando que pega dados contendo os dias (de 1 a 31 e alguns de 1 a 29 ou 28, dependendo do ano) e plota no eixo "x" ou "y" esta mesmos valores mantendo sua devida repetição, ou seja, 0 1 2 3 4 5 6 ... 31 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ... 28 ... 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ... 30? Abraços. Paulo Henrique Pimenta. > ------------------------------ > > Message: 11 > Date: Thu, 19 Mar 2015 06:04:02 +0000 > From: Paulo Pimenta <paulopimenta6(a)hotmail.com> > To: "=?utf-8?Q?r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br?=" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Valores repetidos no eixo de um gráfico > Message-ID: <BAY404-EAS22211DD7A124D389B0F770AF4010(a)phx.gbl> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Olá Listeiros, > > > Possuo uma dúvida que consiste no seguinte: Possuo uma série de dados que estão listadas por dias ordenados da forma: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10,? sendo que estes correspondem cada a um valor de uma determinada variável física. > > O problema é que ao plotar o gráfico os valores em ?x? não são mostrados de forma seguida, ou seja: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10,? mas sim como de 1 a 10 e os valores de cada dia aparecem acumulados. > > Como plotar um eixo com os valores seguidos? > > Abraços. > > Paulo Henrique Pimenta. > > > > > > > Sent from Windows Mail > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20150319/906996c9/atta…> > > ------------------------------ > > Message: 12 > Date: Thu, 19 Mar 2015 08:01:32 -0300 > From: "Luis G. S. e Silva" <lgsilvaesilva(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Valores repetidos no eixo de um gráfico > Message-ID: > <CALruoAF9DBBfmYw-zEjDoNZ_QMGNTb76rQnHtU7aq5aS3CECKQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > x <- c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10) > y <- rnorm(length(x)) > plot(y, xaxt = 'n') > axis(1, at = 1:length(x), labels = x) > > 2015-03-19 3:04 GMT-03:00 Paulo Pimenta <paulopimenta6(a)hotmail.com>: > > > Olá Listeiros, > > > > Possuo uma dúvida que consiste no seguinte: Possuo uma série de dados que > > estão listadas por dias ordenados da forma: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, > > 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10,? sendo que estes correspondem cada a um > > valor de uma determinada variável física. > > > > O problema é que ao plotar o gráfico os valores em ?x? não são mostrados > > de forma seguida, ou seja: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, > > 7, 8, 9, 10,? mas sim como de 1 a 10 e os valores de cada dia aparecem > > acumulados. > > > > Como plotar um eixo com os valores seguidos? > > > > Abraços. > > > > Paulo Henrique Pimenta. > > > > Sent from Windows Mail

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Valores repetidos no eixo de um gráfico
by Paulo Pimenta 19 Mar '15

19 Mar '15

Olá Listeiros, Possuo uma dúvida que consiste no seguinte: Possuo uma série de dados que estão listadas por dias ordenados da forma: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10,… sendo que estes correspondem cada a um valor de uma determinada variável física. O problema é que ao plotar o gráfico os valores em “x” não são mostrados de forma seguida, ou seja: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10,… mas sim como de 1 a 10 e os valores de cada dia aparecem acumulados. Como plotar um eixo com os valores seguidos? Abraços. Paulo Henrique Pimenta. Sent from Windows Mail

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Construção de Gráficos
by Thiago Touya 19 Mar '15

19 Mar '15

Boa noite! Gostaria de saber se é possível a criação de gráficos, por exemplo, de densidades de distribuições de probabilidade, sem a necessidade de um vetor de valores X, ou seja, se é possível criar gráficos apenas a partir das restrições de parâmetros e suporte. Se for possível, gostaria de ver um exemplo. Obrigado. -- Att, Thiago Morais de Carvalho (61 - 8169-5094)

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Duvida modo de uso da função paste
by Michelle Bau Graczyk 18 Mar '15

18 Mar '15

Boa tarde, estou com uma dúvida de como usar a função paste ou se tem como eu fazer de outro modo. Eu tentei primeiramente assim: matrizAA<-matrix(nrow=395, ncol=31) Symbols<-c("AA","AIG","AXP") for(j in 2:3) { empresa<-Symbols[j] for (i in 2:4){ matrizAA[i-1,j]<-cor(AA[,i],Symbols[j][,i], use="pairwise.complete.obs") } } write.table(matrizAA,"mAAteste23.txt") Entâo surge o erro: Erro em show(symbols[j][, 2]) : erro na avaliação do argumento 'object' na seleção do método para a função 'show': 'Erro em symbols[j] : objeto de tipo 'closure' não possível dividir em subconjuntos Ai tentei usar a funçao paste0 desta maneira: matrizAA<-matrix(nrow=395, ncol=31) Symbols<-c("AA","AIG","AXP") for(j in 1:3) { empresa<-Symbols[j] for (i in 2:4){ empresa1<-paste0(empresa,"[,",i,"]") ou empresa1<-paste0(empresa) matrizAA[i-1,j]<-cor(AA[,i],empresa1, use="pairwise.complete.obs") ou matrizAA[i-1,j]<-cor(AA[,i],empresa1[,i], use="pairwise.complete.obs") } } write.table(matrizAA,"mAAteste23.txt") e os erros são: Erro em cor(AA[, i], empresa1, use = "pairwise.complete.obs") : 'y' deve ser numérico ou Erro em empresa1[, i] : número incorreto de dimensões O que me leva a crer que usando o paste ele passa a não mais entender como um vetor AIG[,i] por exemplo, e sim por uma string. Alguem poderia me dizer como posso resolver isso? Muuuito obrigada, Michelle

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Michelle Baú Gaczyk compartilhou "AXPparaCalculodaMedia.txt" com você.
by Michelle Baú Gaczyk via Dropbox 18 Mar '15

18 Mar '15

Michelle usou o Dropbox para compartilhar um arquivo com você! Clique aqui para visualizar.: https://www.dropbox.com/l/iUzfT7j35DiOHPtoHtQPvi?text=1

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