Outubro 2015 - R-br

Comandos
by sergio simao joao 23 Out '15

23 Out '15

Bom dia. Acabo de ser novo usuário do programa R, e estou tendo problema de encontrar comandos que permitem comparar graficamente a significância de dois ou mais grupos de medias.Pedir desculpa desde já porque ser uma questão tao básica. Continuação de optimo dia

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Imputação de dados com processamento paralelo
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 23 Out '15

23 Out '15

Amigos de R, Eu estou trabalhando com um banco de dados que possui mais de 220000 linhas. Eu cheguei numa parte do plano de análise em que imputação multipla será conduzida. Eu já usei a função Hmisc::aregIMpute e mice::mice que considero muito boas. O problema é que com essa quantidade de dados pra descobrir que deu um erro eu levo de 2h a 8h esperando. Então eu fiz um estrategia de testar em bancos menores subsets do principal. Eu procurei por ai e há outros pacotes que fazem imputação mas não consegui encontrar qualquer um que possa fazer imputação com computação em paralelo. Alguem saberia indicar uma função que faça imputação multipla com computação em paralelo? Alguem ja tentou criar um algoritmo de computação em paralelo para fazer imputação multipla com Hmisc::aregImput? Abraço a todos, Pedro Brasil

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[LEMBRETE] Meetup R São Paulo Users Group (IME-USP) - Sexta 23 de outubro do 2015
by Luis Benites Sánchez 22 Out '15

22 Out '15

Caros, Amanha sexta teremos nossa reunião número 5 do Meetup de usuários de R de São Paulo, no auditório Jacy Monteiro no Bloco B das 14 ate as 16 horas. Segue a programação desta sexta. Programação da sexta 23 de outubro (14h-16h) - [14:00 - 14:55] Usando o R no ambiente corporativo - [14:55 - 15:05] Coffee Break - [15:05 - 16:00] Criação de pacotes em R Segue os resumos das palestras: 1) Usando o R no ambiente corporativo - Fernando Henrique Ferraz P Rosa, Souza Cruz S.A. Resumo: A utilização do R em grandes corporações oferece sempre um desafio. Por questão de histórico, inércia ou desconhecimento, a maioria das organizações sempre deu preferência aos pacotes comerciais (SPSS, SAS, Minitab, etc.) . A ideia desta apresentação é compartilhar um pouco dos desafios que passei para adoção do R ao longo dos 12 anos de experiência atuando no mercado em diversas empresas de médio e grande porte, algumas das soluções adotadas e casos de sucesso com o uso de ferramentas open-source. 2) Criação de pacote em R - Julio Trecenti, IME-USP Resumo: Criar pacotes em R é a melhor forma de tornar um código reprodutível. Além disso, é eficiente para transferir conhecimento, uma vez que é mais prático rodar um código já documentado do que implementar soluções do zero a partir de teses e dissertações. Neste encontro vamos mostrar superficialmente como criar pacotes com a ajuda do devtools e do RStudio. Com isso, gostaríamos de motivar pesquisadores a implementarem novos modelos no R, contribuindo para nossa comunidade. As palestras serão transmitidas ao vivo pela conexão IPTV da USP e YouTube (segue o link: https://plus.google.com/u/0/events/cirduc4q5mk8bb8egkvgmmcm5eo) Para poder participar, pode confirmar sua participação gratuitamente no site do Meetup :) Para mais informações: Site: www.meetup.com/pt/useR-SP Canal de YouTube: www.youtube.com/channel/UCb9PdJYYaElE6Uqb1KxhE8w e-mail: meetuprsp(a)gmail.com Um abraço, Luis Benites Sánchez Rocío Paola Maehara Organizadores do São Paulo R Users Group

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Problemas em foreach e parallel
by Clécio da Silva Ferreira 21 Out '15

21 Out '15

Prezados, estou tentando utilizar as ferramentas de paralelo em R para Windows. Acontecem dois problemas: 1. Às vezes parece que os workers não 'ativam', dando a mensagem de erro abaixo. Note que não roda, pois o tetaM continua como matriz de 0s. Eu às vezes tenho de colar as funções mais de uma vez para então 'ligar'. 2. Neste exemplo, eu faço replicações de amostras de um MRLM (só um treinamento) e estimo o modelo para cada amostra. Independente da quantidade de amostras que eu gero (M amostras), ele sempre me devolve com 3 resultados a menos. 3 é o nº de cores que eu coloquei. Alguém tem alguma ideia da origem do problema? Ah, eu fiz para outros modelos que trabalho e ocorrem os mesmos problemas # Criação dos cores em paralelo: library(doParallel) library(foreach) cl<-makeCluster(3, type="SOCK") library(doSNOW) registerDoSNOW(cl) # Código # Modelo Normal n=100 M=10 p=2 X=matrix(1,n,p) X[,2]=runif(n) beta0=matrix(c(5,1),2,1) sigma2=1 yM=matrix(0,n,M) for (k in 1:M) { erro=rnorm(n,0,sigma2) yM[,k]=X%*%beta0+erro } tetaM=matrix(0,p,M) strt<-Sys.time() tetaM=foreach (k = 1:M,.combine=cbind) %dopar% { y=yM[,k] tetaM[,k]=lm(y~X-1)$coefficients #sgn.logL(teta3,y,X) } print(Sys.time()-strt) tetaM # Rodando no R: > tetaM=matrix(0,p,M) > strt<-Sys.time() > tetaM=foreach (k = 1:M,.combine=cbind) %dopar% { + y=yM[,k] + tetaM[,k]=lm(y~X-1)$coefficients + #sgn.logL(teta3,y,X) + } Error in e$fun(obj, substitute(ex), parent.frame(), e$data) : worker initialization failed: 5.207760032192210.72556160440376 > print(Sys.time()-strt) Time difference of 0.06304097 secs > > tetaM [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [1,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 [2,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 > tetaM=matrix(0,p,M) > strt<-Sys.time() > tetaM=foreach (k = 1:M,.combine=cbind) %dopar% { + y=yM[,k] + tetaM[,k]=lm(y~X-1)$coefficients + #sgn.logL(teta3,y,X) + } > print(Sys.time()-strt) Time difference of 0.07505703 secs > > tetaM result.1 result.2 result.3 result.4 result.6 result.7 result.10 X1 4.738553 4.584143 4.923599 4.962845 4.737695 5.2330998 4.9280171 X2 1.313208 1.855138 1.121618 1.053215 1.571513 0.6168855 0.9040763 Atenciosamente, Prof. Clécio da Silva Ferreira Depto de Estatística - UFJF Tel: (32) 2102-3306 Página: www.ufjf.br/clecio_ferreira

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Fwd: Erro em chave
by Ivan Bezerra Allaman 21 Out '15

21 Out '15

---------- Mensagem encaminhada ---------- De: Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman(a)gmail.com> Data: 19 de outubro de 2015 11:13 Assunto: Re: Erro em chave Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br O erro diz que a chave expirou! Já tentastes utilizar a chave que está no CRAN agora? (S,f,P) Allaman -- \begin{signature} <<>>= Prof. D.Sc. Ivan Bezerra Allaman Laboratório de Estatística Computacional Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Universidade Estadual de Santa Cruz Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail:ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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Meetup R São Paulo Users Group (IME-USP) - Sexta 23 de outubro do 2015
by Luis Benites Sánchez 21 Out '15

21 Out '15

Caros, Nesta sexta teremos nossa reunião número 5 do Meetup de R no auditório Jacy Monteiro no Bloco B das 14 ate as 16 horas. Segue a programação desta sexta. Programação da sexta 23 de outubro (14h-16h) - [14:00 - 14:55] Usando o R no ambiente corporativo - [14:55 - 15:05] Coffee Break - [15:05 - 16:00] Criação de pacotes em R Segue os resumos das palestras: 1) Usando o R no ambiente corporativo - Fernando Henrique Ferraz P Rosa, Souza Cruz S.A. Resumo: A utilização do R em grandes corporações oferece sempre um desafio. Por questão de histórico, inércia ou desconhecimento, a maioria das organizações sempre deu preferência aos pacotes comerciais (SPSS, SAS, Minitab, etc.) . A ideia desta apresentação é compartilhar um pouco dos desafios que passei para adoção do R ao longo dos 12 anos de experiência atuando no mercado em diversas empresas de médio e grande porte, algumas das soluções adotadas e casos de sucesso com o uso de ferramentas open-source. 2) Criação de pacote em R - Julio Trecenti, IME-USP Resumo: Criar pacotes em R é a melhor forma de tornar um código reprodutível. Além disso, é eficiente para transferir conhecimento, uma vez que é mais prático rodar um código já documentado do que implementar soluções do zero a partir de teses e dissertações. Neste encontro vamos mostrar superficialmente como criar pacotes com a ajuda do devtools e do RStudio. Com isso, gostaríamos de motivar pesquisadores a implementarem novos modelos no R, contribuindo para nossa comunidade. As palestras serão transmitidas ao vivo pela conexão IPTV da USP e YouTube (segue o link: https://plus.google.com/u/0/events/cirduc4q5mk8bb8egkvgmmcm5eo) Confirme gratuitamente sua participação no site do Meetup :) Para mais informações: Site: www.meetup.com/pt/useR-SP Canal de YouTube: www.youtube.com/channel/UCb9PdJYYaElE6Uqb1KxhE8w e-mail: meetuprsp(a)gmail.com <https://webmail.ime.usp.br/imp/dynamic.php?page=mailbox#> Um abraço, Luis Benites Sánchez Rocío Paola Maehara Organizadores do São Paulo R Users Group --

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Falta de memória
by Ze Henrique 20 Out '15

20 Out '15

Boa tarde pessoal, estou trabalhando com um bando de dados muito grande e precisando fazer loop ai está aparece um erro de falta de espaço de memória da máquina, porém quando faço de um a um é possível executar. Alguém poderia me ajudar como devo preceder. Parece que o loop armazena e usa toda a memória disponível mesmo sendo pra ele executar em cima da outra. O erro que aparece é este: 'Realloc' could not re-allocate memory (277104640 bytes) Desde já agradeço a ajuda de todos. -- *José Henrique Soler Guilhen* Mestrando em Genética e Melhoramento Universidade Federal do Espírito Santo - CCAUFES

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Fwd: package or namespace load failed for ‘dismo’
by Ivan Bezerra Allaman 19 Out '15

19 Out '15

---------- Mensagem encaminhada ---------- De: Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman(a)gmail.com> Data: 19 de outubro de 2015 11:09 Assunto: Re: package or namespace load failed for ‘dismo’ Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Por gentileza atualize a sua versão do R e tente instalar o pacote novamente. (S,f,P) Allaman -- \begin{signature} <<>>= Prof. D.Sc. Ivan Bezerra Allaman Laboratório de Estatística Computacional Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Universidade Estadual de Santa Cruz Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail:ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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PCA
by ana paula coelho madeira 18 Out '15

18 Out '15

Prezados colegas, bom dia! Estou estudando sobre o PCA e gostaria de pedir sugestões de materiais que tratam dessas análises no R. Desde já agradeço. Ana Paula

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Erro em chave
by Andre Oliveira 18 Out '15

18 Out '15

Prezad@s boa tarde, estou com este problema no Ubuntu 14.04 sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade.....Atingido http://ppa.launchpad.net trusty/main amd64 Packages Atingido http://ppa.launchpad.net trusty/main i386 Packages Atingido http://ppa.launchpad.net trusty/main Translation-en Baixados 490 B em 10s (44 B/s) Lendo listas de pacotes... Pronto W: Erro GPG: http://cran-r.c3sl.ufpr.br trusty/ Release: As seguintes assinaturas eram inválidas: KEYEXPIRED 1445181253 KEYEXPIRED 1445181253 KEYEXPIRED 1445181253Lendo listas de pacotes... Pronto Construindo árvore de dependências Lendo informação de estado... Pronto Calculando atualização... Pronto 0 pacotes atualizados, 0 pacotes novos instalados, 0 a serem removidos e 0 não atualizados. andre@andre-Inspiron-3542:~$ Desde 2008 sempre resolvi assim: andre@andre-Inspiron-3542:~$ cd /home/andre/Arquivos/Pendrive/KINGSTON/sweave/r_br/Chave_R/chave_r andre@andre-Inspiron-3542:~/Arquivos/Pendrive/KINGSTON/sweave/r_br/Chave_R/chave_r$ ls chave.txt andre@andre-Inspiron-3542:~/Arquivos/Pendrive/KINGSTON/sweave/r_br/Chave_R/chave_r$ sudo apt-key add chave.txt OK andre@andre-Inspiron-3542:~/Arquivos/Pendrive/KINGSTON/sweave/r_br/Chave_R/chave_r$ Acontece que, após o procedimento, o erro dizendo sobre a chave continua! Isto apareceu depois de uma atualização .deb para o site da caixa ser instalada. Alguma dica? obrigado André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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