Agosto 2014 - R-br

Fwd: Análise de componentes principais (PCA) - ajuda
by Bianca Schindler 11 Ago '14

11 Ago '14

Olá pessoal! Meu nome é Bianca Schindler, sou mestranda em Engenharia Florestal pela UFSM. Estou tentando realizar uma PCA ou ACP (análise de componentes principais) com alguns dados da minha dissertação, porém no gráfico da ordenação os vetores que seriam os descritores estão muito aglomerados de forma que não é possível observá-los. Gostaria de expandir estes eixos para poder observar quais são os respectivos "descritores" dos "objetos". Neste caso, os dados que trabalho os descritores seriam constituintes químicos do óleo essencial e os objetos os órgãos vegetais de onde foram extraídos. O pacote utilizado é o "*stats*" O scrip utilizado segue abaixo: #Principal Components Analysis getwd() dir() dados=read.csv("dados.csv", h=T, row.names=1, sep=";") dados require(stats) prcomp(dados, scale = FALSE) plot(prcomp(dados)) summary(prcomp(dados, scale = FALSE)) biplot(prcomp(dados), col = c("black", "blue"), main="ACP - Análise de Componente Principais", xlab = "Componente 1(colocar a proporção da variância%)", ylab = "Componente 2 (colocar a proporção da variância%)") Em anexo segue a imagem da ordenação. Onde em azul são os vetores aglomerados (descritores), os quais quero expandir. As demais siglas são os objetos. Obs: Caso alguém precise dos dados, segue o link: http://www.datafilehost.com/d/29e3f3bc. Agradeço a atenção e qualquer ajuda. Atenciosamente, Bianca Schindler. -- Bianca Schindler. Mestranda em Engenharia Florestal - UFSM. Laboratório de Extrativos Vegetais (LABEVE) Tel: (55) 9661-7429.

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 44, assunto 11
by Bianca Schindler 11 Ago '14

11 Ago '14

Obrigada Augusto Ribas! Irei testar! Em 10 de agosto de 2014 21:50, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Fwd: Análise de componentes principais (PCA) - ajuda > (Bianca Schindler) > 2. Re: Fwd: Análise de componentes principais (PCA) - ajuda > (Augusto Ribas) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Sun, 10 Aug 2014 20:42:47 -0300 > From: Bianca Schindler <bia.schindler(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Fwd: Análise de componentes principais (PCA) - ajuda > Message-ID: > < > CALu7XvYEsVkHt+s2Er4LbB2w_y31MdBsfb733Mv-gooyAZBhMQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Olá pessoal! > > Meu nome é Bianca Schindler, sou mestranda em Engenharia Florestal pela > UFSM. > Estou tentando realizar uma PCA ou ACP (análise de componentes principais) > com alguns dados da minha dissertação, porém no gráfico da ordenação os > vetores que seriam os descritores estão muito aglomerados de forma que não > é possível observá-los. Gostaria de expandir estes eixos para poder > observar quais são os respectivos "descritores" dos "objetos". Neste caso, > os dados que trabalho os descritores seriam constituintes químicos do óleo > essencial e os objetos os órgãos vegetais de onde foram extraídos. > > O pacote utilizado é o "*stats*" > O scrip utilizado segue abaixo: > > #Principal Components Analysis > getwd() > dir() > dados=read.csv("dados.csv", h=T, row.names=1, sep=";") > dados > require(stats) > prcomp(dados, scale = FALSE) > plot(prcomp(dados)) > summary(prcomp(dados, scale = FALSE)) > biplot(prcomp(dados), col = c("black", "blue"), main="ACP - Análise de > Componente Principais", xlab = "Componente 1(colocar a proporção da > variância%)", ylab = "Componente 2 (colocar a proporção da variância%)") > > Em anexo segue a imagem da ordenação. Onde em azul são os vetores > aglomerados (descritores), os quais quero expandir. As demais siglas são os > objetos. > > Obs: Caso alguém precise dos dados, segue o link: > http://www.datafilehost.com/d/29e3f3bc. > > Agradeço a atenção e qualquer ajuda. > > Atenciosamente, > > Bianca Schindler. > > > > -- > Bianca Schindler. > Mestranda em Engenharia Florestal - UFSM. > Laboratório de Extrativos Vegetais (LABEVE) > Tel: (55) 9661-7429. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140810/4e9646a6/atta… > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo não-texto foi limpo... > Nome: Rplot.jpeg > Tipo: image/jpeg > Tamanho: 104234 bytes > Descrição: não disponível > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140810/4e9646a6/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Sun, 10 Aug 2014 20:50:28 -0400 > From: Augusto Ribas <ribas.aca(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Fwd: Análise de componentes principais (PCA) - > ajuda > Message-ID: > < > CACMkfRwc8wrxvvyGg_sub-zt0wbuzJ2f9Ab2OCt0mW-hE7GgQQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Ola Bianca, uma possibilidade seria usar algum tipo de transformação para > os dados. > Por exemplo, o pacote vegan do R tem uma função chamada decostand que tem > um número de possibilidades comuns para essas transformações, usadas em > comumente em ordenações. Segue dois exemplos que "desembolam" um pouco o > seu gráfico. > > dados<-read.csv2("./Downloads/15C.csv",h=T, row.names=1,stringsAsFactors > =F) > dados<-apply(dados,2,as.numeric) > str(dados) > pca1<-princomp(dados) > biplot(pca1) > > ############################## > library(vegan) > pca2<-princomp(decostand(dados,"normalize",2)) > biplot(pca2) > > ################################## > pca3<-princomp(decostand(dados,"max",2)) > biplot(pca3) > > > Mas seria importante dar uma boa olhada na literatura sobre transformações > para ordenações, ja que elas tem muitas vezes um impacto sobre o que > estamos vendo, o que muitas vezes é o nosso interesse, ja que os pontos > ficarem aglomerados pode ser devido a escalas em que as medidas são feitas, > por exemplo. Bem talvez alguém ainda tenha sugestões melhores, mas essas > transformações podem ser uma boa possibilidade. > > > Em 10 de agosto de 2014 19:42, Bianca Schindler <bia.schindler(a)gmail.com> > escreveu: > > > Olá pessoal! > > > > Meu nome é Bianca Schindler, sou mestranda em Engenharia Florestal pela > > UFSM. > > Estou tentando realizar uma PCA ou ACP (análise de componentes > principais) > > com alguns dados da minha dissertação, porém no gráfico da ordenação os > > vetores que seriam os descritores estão muito aglomerados de forma que > não > > é possível observá-los. Gostaria de expandir estes eixos para poder > > observar quais são os respectivos "descritores" dos "objetos". Neste > caso, > > os dados que trabalho os descritores seriam constituintes químicos do > óleo > > essencial e os objetos os órgãos vegetais de onde foram extraídos. > > > > O pacote utilizado é o "*stats*" > > O scrip utilizado segue abaixo: > > > > #Principal Components Analysis > > getwd() > > dir() > > dados=read.csv("dados.csv", h=T, row.names=1, sep=";") > > dados > > require(stats) > > prcomp(dados, scale = FALSE) > > plot(prcomp(dados)) > > summary(prcomp(dados, scale = FALSE)) > > biplot(prcomp(dados), col = c("black", "blue"), main="ACP - Análise de > > Componente Principais", xlab = "Componente 1(colocar a proporção da > > variância%)", ylab = "Componente 2 (colocar a proporção da variância%)") > > > > Em anexo segue a imagem da ordenação. Onde em azul são os vetores > > aglomerados (descritores), os quais quero expandir. As demais siglas são > os > > objetos. > > > > Obs: Caso alguém precise dos dados, segue o link: > > http://www.datafilehost.com/d/29e3f3bc. > > > > Agradeço a atenção e qualquer ajuda. > > > > Atenciosamente, > > > > Bianca Schindler. > > > > > > > > -- > > Bianca Schindler. > > Mestranda em Engenharia Florestal - UFSM. > > Laboratório de Extrativos Vegetais (LABEVE) > > Tel: (55) 9661-7429. > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > -- > Grato > Augusto C. A. Ribas > > Site Pessoal: http://recologia.com.br/ <http://augustoribas.heliohost.org> > Github: https://github.com/Squiercg > Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056 > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140810/3e7b8fa3/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 44, assunto 11 > ***************************************** > -- Bianca Schindler. Mestranda em Engenharia Florestal - UFSM. Laboratório de Extrativos Vegetais (LABEVE) Tel: (55) 9661-7429.

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Calcular distância entre cidades usando o nome
by ASANTOS 09 Ago '14

09 Ago '14

Boa noite pessoal, Fiz uma busca na rede sobre métodos de calculo de distâncias à partir de nomes de cidades no R e não encontrei nada, estava imaginando criar uma lista com dois objetos, na primeira com nomes de cidades que corresponde a city from e um segundo objeto city to e a combinação destes me dariam as distâncias. Alguém conhece alguma função para fazer isto, imaginei que deveria haver algo usando o pacote RgoogleMaps, mas não encontrei nada semelhante no manual do pacote, Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Regresssão poisson
by geovane barbosa 08 Ago '14

08 Ago '14

Olá pessoal boa tarde. Estou rodando um modelo de regressão de poisson, porém esta dando o seguinte erro. model2<- glm(AF ~ Sexo + Idade + Cor + Esc.mae + Escolinha + Socio.eco + EP, data=dados, family="poisson",na.action="na.omit") AF é binária. Erro em if (any(y < 0)) stop("negative values not allowed for the 'Poisson' family") : valor ausente onde TRUE/FALSE necessário Além disso: Mensagens de aviso perdidas: In Ops.factor(y, 0) : < not meaningful for factors > grato

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Re: [R-br] Ciclo de um vetor a partir de restrição dada
by andrebvs＠bol.com.br 07 Ago '14

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Estatistica z em modelo de máxima verossimilhança, cálculo do p-valor no R
by Helder Gramacho 07 Ago '14

07 Ago '14

Boa tarde pessoal, Lendo um trabalho sobre modelos de regressão espacial o autor afirma que: *"A estatística z corresponde ao equivalente para a regressão por máxima verossimilhança ao valor t de Student para o método de mínimos quadrados."* A minha dúvida é com relação ao cálculo do p-valor pois se para calculá-lo com relação à estatística t de Student utilizamos: t value=3.034 DF=69 2*pt(3.034,69,lower=FALSE) Como pode ser calculada a probabilidade associada ao z value? Desde já agradeço, *Hélder Gramacho * Recife-PE / * agrohelder(a)gmail.com <agrohelder(a)hotmail.com>*

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Ciclo de um vetor a partir de restrição dada
by andrebvs＠bol.com.br 06 Ago '14

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Nome das variáveis em um data.frame
by Ari Clecius 05 Ago '14

05 Ago '14

Prezados colegas, estou tentando executar um pacote do R, "pls", que tem um conjunto de dados que faz referência a um conjunto de variáveis por um único nome (NIR) que faz referência a várias outras NIR.900 nm... , como faço para configurar isto no R? Att, Ari Clecius Alves de Lima Engenheiro Químico Me. Engenharia Civil (085)88412345 (085)33669042 library(pls) data("gasoline") class(gasoline) [1] "data.frame" names(gasoline) [1] "octane" "NIR" gasTrain <- gasoline[1:50, ] gasTest <- gasoline[51:60, ] gas1 <- plsr(octane ~ NIR, ncomp = 10, data = gasTrain, validation = "LOO") head(gasoline) octane NIR.900 nm NIR.902 nm NIR.904 nm NIR.906 nm NIR.908 nm NIR.910 nm 1 85.30 -0.050193 -0.045903 -0.042187 -0.037177 -0.033348 -0.031207 2 85.25 -0.044227 -0.039602 -0.035673 -0.030911 -0.026675 -0.023871 3 88.45 -0.046867 -0.04126 -0.036979 -0.031458 -0.02652 -0.023346 4 83.40 -0.046705 -0.04224 -0.038561 -0.034513 -0.030206 -0.02768 5 87.90 -0.050859 -0.045145 -0.041025 -0.036357 -0.032747 -0.031498 6 85.50 -0.048094 -0.042739 -0.038812 -0.034017 -0.030143 -0.02769

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 44, assunto 4
by Adésio Ferreira 05 Ago '14

05 Ago '14

Prezado o livro Biometria Aplicada ao Estudo da Diversidade Genética do Cruz et al. (2011) aborda o tema com exemplos. E, via dados moleculares e quantitativos. Att. Em 5 de agosto de 2014 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Cluster Books (David Feitosa) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Tue, 5 Aug 2014 07:27:50 -0300 > From: David Feitosa <contato(a)davidfeitosa.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Cluster Books > Message-ID: > < > CAL1rLtpkrN7LayH-sNRD5YO3RyAsyfuA9dkeTAdo9CaNzHNnPw(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Senhoras e senhores, bom dia. > > Estou procurando livros sobre Cluster. > > Os dois que encontrei em discussões na net foram: > > Exploratory Data Analysis with MATLAB > http://www.amazon.com/dp/1584883669/?tag=stackoverfl08-20 > > Finding Groups in Data: An Introduction to Cluster Analysis > > http://www.amazon.com/Finding-Groups-Data-Introduction-Analysis/dp/04717357… > > O 1º é um livro em Matlab e o 2º em S-Plus. > Pelos comentários, o 2º já estaria desatualizado, > apenas com parte do conteúdo relevante. > > Vocês teriam alguma outra indicação? > Pode ser algum site também sobre o tema. > Se possuir códigos em R, melhor. > > Obrigado! [?] > > Atenciosamente, > > David Feitosa > > (\_(\ > (=°;°) > (("")("") > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140805/400372de/atta… > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo não-texto foi limpo... > Nome: 330.gif > Tipo: image/gif > Tamanho: 96 bytes > Descrição: não disponível > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140805/400372de/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 44, assunto 4 > **************************************** > -- OBS.: confirmar por favor o recebimento da mensagem. #################################### Adésio Ferreira Universidade Federal do Espírito Santo Centro de Ciências Agrárias Departamento de Produção Vegetal ####################################

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Re: [R-br] Digest R-br,
by Gleyson Vieira dos Santos 05 Ago '14

05 Ago '14

Boa tarde a todos. Qual a diferença na estimativa de herdabilidade utilizando modelo animal, adotando distribuição de Poisson e distribuição normal? E como é calcula? GLEYSON VIEIRA DOS SANTOS ZOOTECNISTA - UFPI DOUTORANDO EM CIÊNCIA ANIMAL-UFPI TEL: (89) 9985-5488

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