Junho 2014 - R-br - DINF UFPR

Re: [R-br] Questão de concurso verossimilhança...
by Leal 30 Jun '14

30 Jun '14

Correção. O emv da variância é (24^2)/12=48. Desculpe. Li a questão na pressa. Conectado pela Motorola andrebvs(a)bol.com.br escreveu: >_______________________________________________ >R-br mailing list >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

1 0

Anosim_dúvidas
by Silma Leite Rocha 29 Jun '14

29 Jun '14

Boa tarde, preciso aprender a fazer uma análise - Anosim. Dei uma olhadinha no grupo e vi que já fizeram uma postagem sobre isso mas não entendi muito. Por exemplo: uma pessoa cita que são necessárias duas tabelas, o que seria essa outra tabela? Alguém teria o script para me ajudar? Nunca trabalhei com este tipo de análise. Fiz os meus testes utilizando o G-test em um artigo, e o referee solicitou que eu substituísse a análise pela Anosim. Desde já agradeço o auxílio.

1 0

Re: [R-br] Questão de concurso verossimilhança...
by andrebvs＠bol.com.br 29 Jun '14

29 Jun '14

2 1

Questão de concurso verossimilhança...
by andrebvs＠bol.com.br 29 Jun '14

29 Jun '14

2 1

Substituir valores de uma tabela por :-)
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 28 Jun '14

28 Jun '14

Amigos de R, Eu fucei um pouco mas não achei como. Segue abaixo um pedaço de uma tabela que eu tenho que eu gostaria de exportar para um documento texto. Mas antes, eu gostaria de substituir o "Unclear" por "?", o "Low risk" por ":-)" e "High risk" por ":-(" de tal forma a reproduzir com os meus dados a tabela desse link: http://annals.org/data/Journals/AIM/8187/9TT2.jpeg É possível? Como? > t2ELISAb Study ID2 Patient selection Index test Reference standard 48 LORCA M-1992 High risk Unclear Low risk 21 PAN AA-1992 High risk High risk Unclear 42 CARVALHO MR-1993 High risk Unclear Unclear 82 TEIXEIRA MGM-1994 High risk High risk Unclear Abraço forte e que força esteja sempre com voces. Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil http://blog.ipec.fiocruz.br/lapclin-chagas/ Curriculum Lattes: http://lattes.cnpq.br/6597654894290806 ResearchGate.net: https://www.researchgate.net/profile/Pedro_Brasil2/ Instituto Nacional de Infectologia/Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 e-mail: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br e-mail: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

2 1

Seleção Assistida por marcadores
by Marco Aurélio 27 Jun '14

27 Jun '14

Bom dia amigos; Vou iniciar um trabalho de análises de associação de marcadores microssatélites e SNP com características de desempenho. Gostaria de saber se alguém da lista trabalha com este tipo de análises, e se sim quais pacotes indicam? Att., Marco Aurélio Desimoni Dias Zootecnista/UFLA Mestre em Produção e Nutrição de Não-Ruminantes/UFLA Doutorando em Produção e Nutrição de Não-Ruminantes/UFLA

3 2

Re: [R-br] Ajuda com método de Newton Raphson!! Urgente!!!
by Robert Iquiapaza 25 Jun '14

25 Jun '14

Romero, A função curve não serve não seu caso porque vc tem um vetor na sua função. Compare os gráficos xi=seq(1.8,2.1,length.out=180) fi=vector() for (i in 1:length(xi))fi[i]=fx0(xi[i]) fyt=curve(fx0, 1.5, 2.5,n=length(xi)) plot(xi,fi,type="l") cbind(xi,fi,fyt$x,fyt$y) xi[which.min(fi)] Para seu código não dar erro tem que definir x primeiro como vetor e depois atribuir o valor inicial x <- vector() x <- 1.6 Logo seu código roda mas não para a função específica que vc quer, não pesquisei porque, mesmo aumentando o nº de passos a 500. Pode ser que exista um probelma mas derivadas, pois elas não aproximan da solução. O algoritmo em si aparentemente funciona, teste com #Aproximação da raiz de 5 > f=function(x){(x^3)/3-5*x} > df=function(x){x^2 - 5} > ddf=function(x){2*x} > > ns=110 > tol=10^-9 > > i=1 > x=vector() > x=12.5 > dif=100 > > while(i<ns & dif>tol){ + x[i+1] <- x[i]-df(x[i])/ddf(x[i]) + dif <- abs(x[i+1]-x[i]) + i <- i+1 + print(c(i,x[i])) + } [1] 2.00 6.45 [1] 3.000000 3.612597 [1] 4.000000 2.498321 [1] 5.000000 2.249833 [1] 6.00000 2.23611 [1] 7.000000 2.236068 [1] 8.000000 2.236068 From: Benilton Carvalho Sent: Wednesday, June 25, 2014 1:43 PM To: r-br Subject: Re: [R-br]Ajuda com método de Newton Raphson!! Urgente!!! alem disso, o 'x' eh definido inicialmente como escalar e depois usado como vetor. b Em 25 de junho de 2014 10:54, Rodrigo Coster <rcoster(a)gmail.com> escreveu: O problema está no chute inicial, pq a tua função [aparentemente] não é definida no ponto x = 0. Colocando qualquer outro valor da certo (apesar deu achar que o algoritmo ta errado, pq sempre converge pra um valor perto do chute inicial, seja qual for ele) 2014-06-25 10:16 GMT-03:00 Manoel Galdino <mcz.fea(a)gmail.com>: Confesso que fiquei com preguiça de olhar o seu código. Mas tente o seguinte para descobrir qual é o erro: 1. Adicione um print(i) no loop para saber em que passo do loop dá o erro. 2. Em seguida, rode i < 100 & dif > tol e veja se retorna um True ou False. 3. Não retornando, veja o conteúdo de dif e tol. Por fim, vendo o erro (NaN, ou seja, Not a Number), em algum momento você pode estar fazendo alguma operação proibida. Por exemplo, se você rodar no R 0 / 0, ele dá NaN. Isso pode acontecer no seu código, por exemplo, por um problema de aritimética de ponto flutuante. Como tol é inicializado como 10^-9, dependendo das operações que você faz, o R vai aproximar o valor pra zero e vai acontecer uma divisão pro zero, e vai retornar um NaN. E aí, na condição do while, algo como x > NaN dá um NA (ao invpés de T ou F), dando o seu erro. Enfim, estou especulando apenas com base no erro. Abcs M 2014-06-25 1:09 GMT-03:00 Romero Luiz M. Sales Filho <romero.sfilho(a)gmail.com>: Caros amigos, por gentileza alguém poderia me auxiliar nesse programa!! Estou tentando obter a raiz de uma função utilizando o método de Newton, entretanto o R dá um erro e não consigo obter o valor da raiz... Alguém poderia me alertar sobre o que estou errando? Segue o códio completo: #fornecendo os parâmetros n<-100 u<-runif(n) q<-1.5 theta<-2 #Obtendo valores da variável Y y = (1/(theta*(q-2)))*((u^((1-q)/(2-q))-1)/((1-q)/(2-q))) ###função que quero obter a raiz f <- quote((n/x)-((n*sum(y/(1+x*y)))/sum(log(1+x*y)))-sum(y/(1+x*y))) fx0 <- function(x){ eval(f) } curve(fx0, 2, 10) ### primeira derivada da função f1 <-quote((n*(sum(y/(1+x*y)))^2/(sum(log(1+x*y)))^2)-sum(-(y^2/(1+x*y)^2))-(n*sum(-(y^2/(1+x*y)^2))/sum(log(1+x*y)))-(n/x^2)) fx1 <- function(x){ eval(f1) } curve(fx1, 0, 10, col=2) ###segunda derivada da função f2 <-quote((2*n/x^3)-sum(2*y^3/(1+x*y)^3)-(n*sum(2*y^3/(1+x*y)^3)/sum(log(1+x*y)^3))+(3*n*sum(-(y^2/(1+x*y)^2))*sum(y/(1+x*y))/(sum(log (1+x*y)))^2)-(2*n*(sum(y/1+x*y))^3/(sum(log(1+x*y)))^3)) fx2 <- function(x){ eval(f2) } #aplicando o newton-raphson # valor inicial para o passo i <- 1 # valor inical para a diferença entre duas avaliações dif <- 100 # diferência mínima entre duas avaliações (tolerância) tol <- 10^-9 # número máximo de passos dif <- 100 # valor inicial para a raiz x <- 0 while(i<100 & dif>tol){ x[i+1] <- x[i]-fx1(x[i])/fx2(x[i]) dif <- abs(x[i+1]-x[i]) i <- i+1 print(x[i]) } No final estou tendo o seguinte erro: [1] NaN Erro em while (i < 100 & dif > tol) { : valor ausente onde TRUE/FALSE necessário Alguém pode me ajudar?? Obrigado, Romero. _______________________________________________ R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

1 0

Ajuda com método de Newton Raphson!! Urgente!!!
by Romero Luiz M. Sales Filho 25 Jun '14

25 Jun '14

Caros amigos, por gentileza alguém poderia me auxiliar nesse programa!! Estou tentando obter a raiz de uma função utilizando o método de Newton, entretanto o R dá um erro e não consigo obter o valor da raiz... Alguém poderia me alertar sobre o que estou errando? Segue o códio completo: #fornecendo os parâmetros n<-100 u<-runif(n) q<-1.5 theta<-2 #Obtendo valores da variável Y y = (1/(theta*(q-2)))*((u^((1-q)/(2-q))-1)/((1-q)/(2-q))) ###função que quero obter a raiz f <- quote((n/x)-((n*sum(y/(1+x*y)))/sum(log(1+x*y)))-sum(y/(1+x*y))) fx0 <- function(x){ eval(f) } curve(fx0, 2, 10) ### primeira derivada da função f1 <-quote((n*(sum(y/(1+x*y)))^2/(sum(log(1+x*y)))^2)-sum(-(y^2/(1+x*y)^2))-(n*sum(-(y^2/(1+x*y)^2))/sum(log(1+x*y)))-(n/x^2)) fx1 <- function(x){ eval(f1) } curve(fx1, 0, 10, col=2) ###segunda derivada da função f2 <-quote((2*n/x^3)-sum(2*y^3/(1+x*y)^3)-(n*sum(2*y^3/(1+x*y)^3)/sum(log(1+x*y)^3))+(3*n*sum(-(y^2/(1+x*y)^2))*sum(y/(1+x*y))/(sum(log (1+x*y)))^2)-(2*n*(sum(y/1+x*y))^3/(sum(log(1+x*y)))^3)) fx2 <- function(x){ eval(f2) } #aplicando o newton-raphson # valor inicial para o passo i <- 1 # valor inical para a diferença entre duas avaliações dif <- 100 # diferência mínima entre duas avaliações (tolerância) tol <- 10^-9 # número máximo de passos dif <- 100 # valor inicial para a raiz x <- 0 while(i<100 & dif>tol){ x[i+1] <- x[i]-fx1(x[i])/fx2(x[i]) dif <- abs(x[i+1]-x[i]) i <- i+1 print(x[i]) } No final estou tendo o seguinte erro: [1] NaN Erro em while (i < 100 & dif > tol) { : valor ausente onde TRUE/FALSE necessário Alguém pode me ajudar?? Obrigado, Romero.

4 3

Tempo limite de operação
by Leonardo Monteiro 25 Jun '14

25 Jun '14

Boa tarde, prezados Alguem saberia como modificar o tempo limite de uma operação no R? Como eu ja havia comentado em um email anterior, a seguinte msg aparece p mim quando tento carregar dados da internet: 'InternetOpenUrl failed: 'O tempo limite da operação foi atingido'' obrigado, Leonardo.

1 0

Interpretação Tabela ANOVA
by Jefferson Ferreira Ferreira 23 Jun '14

23 Jun '14

Olá pessoal; Estou começando a estudar regressão e estou com um pouco de dificuldade em interpretar a tabela ANOVA de meu modelo. Tenho o seguinte modelo ajustado: Call: lm(formula = dados$y_boxcox ~ dados$ndvi) Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -0.238352 -0.051448 0.005705 0.063027 0.225765 Coefficients: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) (Intercept) -0.92694 0.02619 -35.39 <2e-16 *** dados$ndvi 2.06763 0.05047 40.97 <2e-16 *** --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Residual standard error: 0.08817 on 98 degrees of freedom Multiple R-squared: 0.9448, Adjusted R-squared: 0.9443 F-statistic: 1678 on 1 and 98 DF, p-value: < 2.2e-16 Consigo interpretar e descrever bem o significado da estatística F e dos outros elementos do summary() a fim de avaliar o modelo. Mas o que dizer dessa anova? O que ela me diz além do que já está dito no summary()? Que conclusões extras posso tirar dela? > anova(ml_bc) Analysis of Variance Table Response: dados$y_boxcox Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) dados$ndvi 1 13.0491 13.0491 1678.4 < 2.2e-16 *** Residuals 98 0.7619 0.0078 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 Obrigado! -- *Jefferson Ferreira-Ferreira* Geógrafo – GEOPROCESSAMENTO IDSM | Coordenadoria de TI Jefferson.ferreira(a)mamiraua.org.br *Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá* Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação Telefone: +55 97 3343-9710 *Google Maps* - Mapas deste e-mail: Exibir mapa ampliado <https://maps.google.com.br/maps?q=-3.355557,-64.731151&ll=-3.355471,-64.731…> *Contatos particulares:* *(55) 9615-0100*

4 5