Março 2014 - R-br

função BiCopKPlot
by Natalia Martins 24 Mar '14

24 Mar '14

Prezados boa tarde, estou estudando a função BiCopKPlot utilizada para a modelagem de cópulas. Nesta função tem-se: function (u1, u2, PLOT = TRUE, ...) { if (is.null(u1) == TRUE || is.null(u2) == TRUE) stop("u1 and/or u2 are not set or have length zero.") if (length(u1) != length(u2)) stop("Lengths of 'u1' and 'u2' do not match.") if (length(u1) < 2) stop("Number of observations has to be at least 2.") if (PLOT != TRUE && PLOT != FALSE) stop("The parameter 'PLOT' has to be set to 'TRUE' or 'FALSE'.") Wi <- W(u1, u2) Hi <- H(u1, u2) Hi.sort <- sort(Hi) n <- length(u1) W.in <- rep(NA, n) for (i in 1:n) { f = function(w) { w * (-log(w)) * (w - w * log(w))^(i - 1) * (1 - w + w * log(w))^(n - i) } W.in[i] <- n * choose(n - 1, i - 1) * (integrate(f, lower = 0, upper = 1)$value) } g <- function(w) { w - w * log(w) } if (PLOT) { plot(g, xlim = c(0, 1), ylim = c(0, 1), pch = "x", xlab = expression(W[1:n]), ylab = "H", ...) points(W.in, Hi.sort, pch = "x", cex = 0.4, ...) abline(a = 0, b = 1) } else { kendall.plot.output <- list(W.in, Hi.sort) names(kendall.plot.output) <- c("W.in", "Hi.sort") return(kendall.plot.output) } } Porem, não encontrei no pdf da library(CDVine) como é definida a função H e W (em destaque). Por favor se alguem souber e puder me ajudar. Muito obrigada! -- Natália Martins Contato: (35) 91812482

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Python no Coursera [offtopic]
by Paulo Nogueira Starzynski 24 Mar '14

24 Mar '14

Pessoal, me desculpem caso a mensagem esteja fora do propósito de uma lista sobre R, mas creio que Python seja interessante para muitos dos usuários do R. Começou essa semana um curso introdutório sobre a linguagem no Coursera. Pode valer a pena. Eu vou fazer. https://www.coursera.org/course/interactivepython Abraços, Paulo Nogueira Starzynski

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 39, assunto 21
by Marcos Batista 21 Mar '14

21 Mar '14

Prezados, sou biólogo e um dos objetivos da minha pesquisa é examinar os efeitos da heterogeneidade do ambiente na variabilidade genética. Para isso, eu estimei a distância genética, geodésica e ecológica e usei uma função do R - http://datadryad.org/resource/doi:10.5061/dryad.kt71r/1 - para testar a regressão múltipla dessas matrizes. O script para realizar o teste eu consegui fazer, entretanto, não encontrei uma função para fazer o gráfico da regressão linear sobre meus dados. O único gráfico que consigo fazer é entre duas variáveis é usando a função splom (matriz1, matriz2, lm=TRUE) e obtive uma resposta de erro (lm object not found). Mas, o que eu queria era fazer um gráfico de uma matriz1 x matriz2+matriz3. Alguém tem uma sugestão de função que eu possa usar? Agradeço a todos desde já. Cordialmente, Marcos Batista Marcos Roberto Dias Batista Departamento de Genética, Evolução e Bioagentes Instituto de Biologia, Unicamp Caixa Postal 6109, Campinas, São Paulo CEP 13083-970, Brasil Telefone: (19) 3521 1151 2014-03-21 12:00 GMT-03:00 <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br>: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Re: Calendário do pacote googleVis (Éder Comunello) > 2. Re: Grárico de controle (Edson Lira) > 3. Iteração com optim (jborssoi .) > 4. Re: Iteração com optim (Diogo Ferrari) > 5. Re: Grárico de controle (Éder Comunello) > 6. Re: Iteração com optim (walmes .) > 7. Re: Iteração com optim (Wagner Bonat) > 8. Re: Iteração com optim (jborssoi .) > 9. Re: Iteração com optim (Wagner Bonat) > 10. Re: Grárico de controle (Edson Lira) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Fri, 21 Mar 2014 07:17:25 -0400 > From: Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Calendário do pacote googleVis > Message-ID: > <CABmC8gnNgPU2mWLFczTUrWYsqOf2A9OjKv5dpF7UnNM= > aTie6A(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Olá, pessoal! Bom dia! > > Tudo indica que o problema está na API do Google e não propriamente no R. O > link que segue relata o mesmo problema numa aplicação fora do R, feita > também por um brasileiro, reforçando que o problema está ligado ao > 'Brazilian > Portuguese'. > > > https://code.google.com/p/google-visualization-api-issues/issues/detail?id=… > > Éder Comunello <c <comunello.eder(a)gmail.com>omunello.eder(a)gmail.com> > Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/a91fe90a/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Fri, 21 Mar 2014 05:47:41 -0700 (PDT) > From: Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > To: "ecomunel(a)gmail.com" <ecomunel(a)gmail.com>, > "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Grárico de controle > Message-ID: > <1395406061.56210.YahooMailNeo(a)web160103.mail.bf1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Eder, muito obrigado, ajudou muito, vi que tenho no mesmo dia vários > grupos. > > Como faço para ter um único resultado por dia? Ou seja, para cada dia um > único ponto no gráfico. > > > [ ]'s. > > Edson Lira > Estatístico > Manaus-Amazonas > > > > Em Terça-feira, 18 de Março de 2014 12:52, Éder Comunello < > comunello.eder(a)gmail.com> escreveu: > > Edson, boa tarde! > > Não sei se irá lhe atender, mas tentei alguma coisa com os dados de > exemplo que você havia enviado (n=300). > > ### <code r> > ### restaurando dados de exemplo! > dat <- > > data.frame(tempo=c(30.48,32.17,32.32,32.68,33.42,34.1,34.33,35.12,35.95,36.18,36.73,36.75,36.78,37.05,37.18,38.1,38.4,40.05,40.62,40.87,41.33,41.38,41.5,41.63,43.38,43.65,43.85,43.88,44.37,45.67,45.73,46.17,46.5,46.75,47.17,47.55,47.63,47.65,49.62,49.85,49.98,50.65,51.15,51.67,51.7,51.97,53.12,53.23,53.77,54.08,54.18,54.32,54.65,54.98,55.55,56.47,58.13,58.65,58.93,59.2,59.67,59.92,60.08,60.28,60.63,60.93,61.78,62.58,63.42,63.93,64.13,65.12,66.02,66.55,67.23,67.85,71.32,73.03,73.68,75.1,75.52,79.75,79.93,80.88,81.23,91.85,103.73,109.27,115.65,123.63,131.88,173.28,30.68,31.68,32.1,33.12,33.25,33.48,34.5,35.15,35.52,35.87,36.52,36.63,36.75,39.32,40.37,41.4,41.57,41.57,41.78,43.85,44.05,44.97,45.47,45.93,47.03,47.1,47.35,47.63,48.3,48.38,48.62,48.85,48.88,49,49.87,50.65,50.73,51.07,51.42,51.8,52.08,52.72,52.83,53.23,53.32,53.57,53.68,54,54.12,54.23,54.28,54.5,55.13,55.32,55.65,55.85,56.02,56.15,56.43,56.45,56.58,56.58,57.22,57.77,57.78,58.17,58.43,58.57,58 > .58,59.38,59.8,59.87,60.18,60.67,61.35,61.42,61.6,62.07,62.18,62.42,63.07,63.93,64.57,65.2,65.33,65.78,65.8,66.38,66.55,66.78,67.07,67.43,67.57,68.28,68.3,68.32,68.43,68.68,68.82,69,69.55,70.22,70.58,71.42,71.6,72.13,72.17,72.55,72.57,72.67,72.7,72.8,72.8,73.38,73.38,73.67,74.28,75.05,75.4,75.53,75.75,76.6,77.75,78.22,78.42,78.47,78.63,79.27,79.58,79.78,80.18,81.53,81.78,82.17,84.87,85.07,85.2,85.77,86.37,87.25,88.78,88.93,88.98,89.68,91,92.62,93.5,93.83,95.12,97.1,97.23,97.77,98.83,101.47,107.87,108.17,109.07,112.25,112.58,113.53,113.75,119.48,121.32,132.88,139.73,31.95,32.4,35.2,35.35,36.62,36.88,37.62,38.65,39.68,40.05,41.25,41.28,42,42.03,42.23,42.63,42.67,43.02,43.32,43.32,44.23,44.27,44.7,45.08,46.42,48.17,48.25,49.55,50.13,50.85,50.97,51.85,52.28,52.85,52.9,53.13,54.23,54.98,55.45,56.28,56.53,57.33,57.75), > dia_doa=rep(c(1:3), c(92,165,43))) > > table(dat$dia_doa) > > ### (r)andom (Pos)itions (dentro de cada dia) > {set.seed(765); rPos <- unlist(sapply(unique(dat$dia_doa), function(x) > sample(which(dat$dia_doa==x))))} > > ### set.seed() é pra controle do CMR, considere removê-lo > > rDat <- dat[rPos,]; head(rDat) > rDat$dia_doa ### observe que não muda ordem dos dias! > > dN <- unique(table(dat$dia_doa)) ### dados em cada dia! > grp <- NULL; for (n in dN) grp <- c(grp, rep(1:ceiling(n/5), each=5, > len=n)) ### grupos dentro de dias > > DAT <- cbind(rDat, grp); row.names(DAT) <- NULL; head(DAT) > DAT$id <- DAT$dia_doa*1000+DAT$grp ### cria um id/label único para grupos! > > ### Caso deseje remover dados/grupos incompletos... > grp.i <- names(table(DAT$id))[table(DAT$id)<5];grp.i ### grupos > incompletos > dat.i <- unlist(sapply(grp.i, function(x) which(DAT$id==x))); dat.i ### > dados pertencentes a grupos incompletos > > DAT[dat.i,] ### linhas dos grupos incompletos > DATCompl <- DAT[-dat.i,] ### só grupos completos > table(DATCompl$dia_doa) > table(DATCompl$id) > > ### > > require(qcc) > qcc(qcc.groups(DAT$tempo, DAT$id)) ### todos > qcc(qcc.groups(DATCompl$tempo, DATCompl$id)) ### somente completos > ### </code> > > > > > Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> > > Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/451376a0/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Fri, 21 Mar 2014 10:26:15 -0300 > From: "jborssoi ." <joelmirb(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: [R-br] Iteração com optim > Message-ID: > < > CAEFzrQsPbZ_DxKqC5w3iSYP7851UZaqqCdTUUikwBTnVeSShPA(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Caros, > tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando > a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com o > chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no passo > anterior? > > Grato pela ajuda > Joelmir > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/85bdad8e/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 4 > Date: Fri, 21 Mar 2014 09:55:59 -0400 > From: Diogo Ferrari <diogoferrari(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Iteração com optim > Message-ID: > < > CAEvjS8Lwo0C5DuQUisvNfATUJ6Zy3Qcao_pa_UxM5jA5G_2eDg(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Nao sei se compreendi bem sua questao, mas acredito q optim faz exatamente > isso automaticamente. > On Mar 21, 2014 9:26 AM, "jborssoi ." <joelmirb(a)gmail.com> wrote: > > > Caros, > > tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando > > a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com o > > chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no passo > > anterior? > > > > Grato pela ajuda > > Joelmir > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/7fdd0eb1/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 5 > Date: Fri, 21 Mar 2014 10:09:24 -0400 > From: Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>, Edson Lira > <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > Subject: Re: [R-br] Grárico de controle > Message-ID: > < > CABmC8gkK_HxJ7wGUqsUhounM84TPkQgzd6ZHcA7O0VyPWPzqAA(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Edson, bom dia! > > Um ponto por dia simplifica bastante o procedimento e você pode dispensar > praticamente todo o código anteriormente enviado. > > Tendo criado (ou restaurado) o objeto de dados 'dat', utilize: > > ### qcc.groups(data, sample) > qcc.groups(dat$tempo, dat$dia_doa) > qcc(qcc.groups(dat$tempo, dat$dia_doa)) > > Reforçando que serão amostras de tamanhos distintos. > > Éder Comunello <c <comunello.eder(a)gmail.com>omunello.eder(a)gmail.com> > Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] > > > Em 21 de março de 2014 08:47, Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br > >escreveu: > > > Eder, muito obrigado, ajudou muito, vi que tenho no mesmo dia vários > > grupos. > > > > Como faço para ter um único resultado por dia? Ou seja, para cada dia um > > único ponto no gráfico. > > > > > > [ ]'s. > > Edson Lira > > Estatístico > > Manaus-Amazonas > > > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/8124fe7c/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 6 > Date: Fri, 21 Mar 2014 11:15:50 -0300 > From: "walmes ." <walmeszeviani(a)gmail.com> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Iteração com optim > Message-ID: > <CAFU= > EkZMw34AABsMzb9r8Ey5KkbZi6rg1UFgpmBcc0u03wfzUA(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Faça com um laço for por exemplo > > chute <- ... > for(...){ > op <- optim(chute, ...) > chute <- op$par > } > > À disposição. > Walmes. > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/d078d6db/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 7 > Date: Fri, 21 Mar 2014 15:16:27 +0100 > From: Wagner Bonat <wbonat(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Iteração com optim > Message-ID: > <CANt= > 4MhG-eB4uOTxSCzmJrdm1aEbpmXa3LF6ax3c_OsaDAfgdw(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > O que vc quer dizer com 100 amostras ?? Vc tem 100 conjuntos de dados > diferentes e quer estimar para cada um determinado modelo ... Nao consegui > entender ... Que metodo vc quer usar para inferencia ?? > > > Em 21 de março de 2014 14:55, Diogo Ferrari <diogoferrari(a)gmail.com > >escreveu: > > > Nao sei se compreendi bem sua questao, mas acredito q optim faz > exatamente > > isso automaticamente. > > On Mar 21, 2014 9:26 AM, "jborssoi ." <joelmirb(a)gmail.com> wrote: > > > >> Caros, > >> tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando > >> a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com o > >> chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no > passo > >> anterior? > >> > >> Grato pela ajuda > >> Joelmir > >> > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> código mínimo reproduzível. > >> > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > -- > Wagner Hugo Bonat > LEG - Laboratório de Estatística e Geoinformação > UFPR - Universidade Federal do Paraná > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/a5d6012f/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 8 > Date: Fri, 21 Mar 2014 11:23:04 -0300 > From: "jborssoi ." <joelmirb(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Iteração com optim > Message-ID: > < > CAEFzrQuNS+oj9FmamJJkmUtp9zp8rYhHXknMdawxnxcmRE151A(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Olá Wagner, > é isso... tenho 100 conjuntos de dados. Eu preciso maximizar o vetor de > parâmetros para a primeira amostra. Já para a segunda (e assim por diante) > o optim deve utilizar o vetor obtido para a primeira amostra (e assim por > diante). > Imagino algo do tipo: > for(i in 1:J){ > maxL.rep <- optim(par=???, fn, gr, method="BFGS", > control=list(fnscale=-1,maxit=1000),y=W1$y[,i], u=W1$u[,i], X=d[,c(1,2)], > Z=Zi, sigma.e=1) > } > > mas não sei como fazer para que o optim atualize "par". > > abraço > > > Em 21 de março de 2014 11:16, Wagner Bonat <wbonat(a)gmail.com> escreveu: > > > O que vc quer dizer com 100 amostras ?? Vc tem 100 conjuntos de dados > > diferentes e quer estimar para cada um determinado modelo ... Nao > consegui > > entender ... Que metodo vc quer usar para inferencia ?? > > > > > > Em 21 de março de 2014 14:55, Diogo Ferrari <diogoferrari(a)gmail.com > >escreveu: > > > > Nao sei se compreendi bem sua questao, mas acredito q optim faz > exatamente > >> isso automaticamente. > >> On Mar 21, 2014 9:26 AM, "jborssoi ." <joelmirb(a)gmail.com> wrote: > >> > >>> Caros, > >>> tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando > >>> a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com > o > >>> chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no > passo > >>> anterior? > >>> > >>> Grato pela ajuda > >>> Joelmir > >>> > >>> _______________________________________________ > >>> R-br mailing list > >>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >>> código mínimo reproduzível. > >>> > >> > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> código mínimo reproduzível. > >> > > > > > > > > -- > > Wagner Hugo Bonat > > LEG - Laboratório de Estatística e Geoinformação > > UFPR - Universidade Federal do Paraná > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/94ab16c2/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 9 > Date: Fri, 21 Mar 2014 15:36:43 +0100 > From: Wagner Bonat <wbonat(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Iteração com optim > Message-ID: > <CANt= > 4Mh5gG2QAodJvBDv+3R9vZs3_wf+qRnGZ9Bo0iV-NjjYhw(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Talvez isso ajude ! > > ll <- function(mu,x){-sum(dnorm(x,mean=mu, sd=1,log=TRUE))} > ll(mu = 0, x = rnorm(10)) > dados <- matrix(rnorm(1000), ncol=100, nrow=10) > saida <- list() > saida[1][[1]] <- optim(par= 0, f = ll, x = dados[,1], method="Brent", upper > = 10, lower = -10) > saida[1][[1]]$par > for(i in 2:100){ > print(saida[c(i-1)][[1]]$par) > saida[i][[1]] <- optim(par= saida[c(i-1)][[1]]$par, f = ll, x = > dados[,i], method="Brent", upper = 10, lower = -10) > } > > > > Em 21 de março de 2014 15:23, jborssoi . <joelmirb(a)gmail.com> escreveu: > > > Olá Wagner, > > é isso... tenho 100 conjuntos de dados. Eu preciso maximizar o vetor de > > parâmetros para a primeira amostra. Já para a segunda (e assim por > diante) > > o optim deve utilizar o vetor obtido para a primeira amostra (e assim por > > diante). > > Imagino algo do tipo: > > for(i in 1:J){ > > maxL.rep <- optim(par=???, fn, gr, method="BFGS", > > control=list(fnscale=-1,maxit=1000),y=W1$y[,i], u=W1$u[,i], X=d[,c(1,2)], > > Z=Zi, sigma.e=1) > > } > > > > mas não sei como fazer para que o optim atualize "par". > > > > abraço > > > > > > Em 21 de março de 2014 11:16, Wagner Bonat <wbonat(a)gmail.com> escreveu: > > > > O que vc quer dizer com 100 amostras ?? Vc tem 100 conjuntos de dados > >> diferentes e quer estimar para cada um determinado modelo ... Nao > consegui > >> entender ... Que metodo vc quer usar para inferencia ?? > >> > >> > >> Em 21 de março de 2014 14:55, Diogo Ferrari <diogoferrari(a)gmail.com > >escreveu: > >> > >> Nao sei se compreendi bem sua questao, mas acredito q optim faz > >>> exatamente isso automaticamente. > >>> On Mar 21, 2014 9:26 AM, "jborssoi ." <joelmirb(a)gmail.com> wrote: > >>> > >>>> Caros, > >>>> tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando > >>>> a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor > com o > >>>> chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no > passo > >>>> anterior? > >>>> > >>>> Grato pela ajuda > >>>> Joelmir > >>>> > >>>> _______________________________________________ > >>>> R-br mailing list > >>>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >>>> código mínimo reproduzível. > >>>> > >>> > >>> _______________________________________________ > >>> R-br mailing list > >>> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >>> código mínimo reproduzível. > >>> > >> > >> > >> > >> -- > >> Wagner Hugo Bonat > >> LEG - Laboratório de Estatística e Geoinformação > >> UFPR - Universidade Federal do Paraná > >> > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> código mínimo reproduzível. > >> > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > -- > Wagner Hugo Bonat > LEG - Laboratório de Estatística e Geoinformação > UFPR - Universidade Federal do Paraná > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/e0e422aa/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 10 > Date: Fri, 21 Mar 2014 07:57:30 -0700 (PDT) > From: Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > To: "ecomunel(a)gmail.com" <ecomunel(a)gmail.com>, > "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Grárico de controle > Message-ID: > <1395413850.17732.YahooMailNeo(a)web160101.mail.bf1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Era isso mesmo que precisava. > > Agora tenho as seguintes perguntas: > > Como faço para fixar os limites em 2 sigmas, usando o comando que vi no > help não funcionou, não sei por que. > Quando uso size ele fixa, mas não me permite mexer no nsigma. tem algo que > não estou sabendo fazer. > > Veja se você consegue alguma sugestão. > > Muito obrigado pela sua atenção Eder. > > > [ ]'s. > > Edson Lira > Estatístico > Manaus-Amazonas > > > > Em Sexta-feira, 21 de Março de 2014 10:09, Éder Comunello < > comunello.eder(a)gmail.com> escreveu: > > Edson, bom dia! > > Um ponto por dia simplifica bastante o procedimento e você pode dispensar > praticamente todo o código anteriormente enviado. > > Tendo criado (ou restaurado) o objeto de dados 'dat', utilize: > > ### qcc.groups(data, sample) > qcc.groups(dat$tempo, dat$dia_doa) > qcc(qcc.groups(dat$tempo, dat$dia_doa)) > > Reforçando que serão amostras de tamanhos distintos. > > > Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> > Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] > > > > Em 21 de março de 2014 08:47, Edson Lira <edinhoestat(a)yahoo.com.br> > escreveu: > > Eder, muito obrigado, ajudou muito, vi que tenho no mesmo dia vários > grupos. > > > >Como faço para ter um único resultado por dia? Ou seja, para cada dia um > único ponto no gráfico. > > > > > > > > > >[ ]'s. > > > >Edson Lira > >Estatístico > >Manaus-Amazonas > > > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/3cd59f3c/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 39, assunto 21 > ***************************************** >

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(sem assunto)
by Luís Fernando Pirondi Junior 21 Mar '14

21 Mar '14

Olá, escrevi o seguinte script: > A<-read.table("A.txt", header=TRUE) > A Dias Massa 1 38 370 2 121 4200 3 208 13200 4 291 17100 5 381 18000 > plot(A$Dias,A$Massa,xlab="Dias",ylab="Massa", col="blue") > modelo<-glm(Massa~Dias, data=A, family=binomial) Mensagens de aviso perdidas: In eval(expr, envir, enclos) : #sucessos não-inteiro em um glm binomial! > summary(modelo) Call: glm(formula = Massa ~ Dias, family = binomial, data = A) Deviance Residuals: 1 2 3 4 5 -0.19282 -0.03793 0.15578 0.09105 -0.11083 Coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -3.737847 4.166859 -0.897 0.37 Dias 0.006566 0.014028 0.468 0.64 (Dispersion parameter for binomial family taken to be 1) Null deviance: 0.339765 on 4 degrees of freedom Residual deviance: 0.083459 on 3 degrees of freedom AIC: 5.1496 Number of Fisher Scoring iterations: 6 E obtive o gráfico em anexo. Minha intenção era fazer uma regressão logística com os valores da Tabela "A", no entanto a curva não parece muito ajustada aos parâmetros. O que pode estar errado ? -- *Luís Fernando Pirondi Junior*

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Iteração com optim
by jborssoi . 21 Mar '14

21 Mar '14

Caros, tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com o chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no passo anterior? Grato pela ajuda Joelmir

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Calendário do pacote googleVis
by bruno vidigal 21 Mar '14

21 Mar '14

Olá, alguém tentou rodar o calendário do pacote googleVis? Estou utilizando o mesmo exemplo disponibilizado pelo autor mas não aparecem os valores a partir do dia 20/out para todos os 3 anos de análise. Alguém teria alguma solução? install.packages(c("devtools","RJSONIO", "knitr", "shiny", "httpuv")) library(devtools) install_github("mages/googleVis") cl1 <- gvisCalendar(Cairo, datevar="Date", numvar="Temp", options=list(width=1000)) plot(cl1) Talvez seria um problema de locale... -- Bruno C. Vidigal

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Organizando os dados (limpando sinais desnecessários)
by Tropidurus Torquatus 20 Mar '14

20 Mar '14

Tenho a matriz a baixo: > str(bmatrix1) 'data.frame': 2189 obs. of 16 variables: $ numMA.ACC : num 15 15 15 15 15 14 14 8 8 8 ... $ numMA.DON : num 11 11 11 11 11 10 10 5 5 5 ... $ numMA.Mol_ID : num 2 2 2 2 2 4 4 31 31 31 ... $ numMA.ROT : num 5 5 5 5 5 4 4 6 6 6 ... $ charMA.energy : Factor w/ 2189 levels "10.745595054136636 __ ",..: 825 840 855 928 957 768 807 54 66 165 ... ..- attr(*, "names")= chr "CMP1" "CMP2" "CMP3" "CMP4" ... A coluna "$ charMA.energy” É a minha coluna de interesse, como retirar os “__” e alterá-la para coluna numérica mantendo todos as casas decimais? No mais agradeço. Thales

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Teste proporção
by Andre Oliveira 19 Mar '14

19 Mar '14

Boa noite, qual função faz o teste para proporções e calcula IC além da função binom.test(12,29, p = 0.5, conf.level = 0.95)? André Oliveira Souza

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Re: [R-br] IC Variancia
by Robert Iquiapaza 18 Mar '14

18 Mar '14

#http://pages.stat.wisc.edu/~yandell/st571/R/append7.pdf var.interval = function(data, conf.level = 0.95) { df = length(data) - 1 chilower = qchisq((1 - conf.level)/2, df) chiupper = qchisq((1 - conf.level)/2, df, lower.tail = FALSE) v = var(data) c(l.inf=df * v/chiupper, l.sup=df * v/chilower) } plot(x=rnorm(48,34,7)) hist(x) var(x) var.interval(x) Em 15 de março de 2014 09:08, Andre Oliveira <andreolsouza(a)yahoo.com.br> escreveu: > Pessoal qual função do R calcula IC para variancia? > obrigado > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código > mínimo reproduzível.

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combine_factor
by Dian Andrade 17 Mar '14

17 Mar '14

Como posso combinar NA com outra categoria a <- c("4", "9","1","1", "4",NA,"9",NA) table(a, useNA = "ifany") 1 4 9 <NA> 2 2 2 2 Neste exemplo como incluir o valor do NA em ? Obrigado

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