Fevereiro 2014 - R-br

erro modelo de metaregressão.
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 25 Fev '14

25 Fev '14

Olá Estou realizando um modelo de metaregressão usando a biblioteca metafor res <- rma.glmm(measure="PLO", xi=npart, ni=ntot, mods = ~ ano + factor(selecao) + relevel(factor(desfecho1),3) + relevel(factor(regiao),2), model="UM.RS", data=meta) porém está dando o seguinte erro: Erro em apply(X[, !is.d], 2, scale) : dim(X) must have a positive length Alguém sabe o porque desse erro? str(meta) 'data.frame': 34 obs. of 8 variables: $ id : int 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... $ ref : Factor w/ 34 levels "Alkerwi et al",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... $ ntot : num 4452 2071 11136 12786 22260 ... $ npart : num 1432 1776 8006 3699 18365 ... $ selecao : Factor w/ 3 levels "Amostragem","Censo",..: 1 1 2 1 2 1 1 2 3 1 ... $ desfecho : Factor w/ 16 levels "Absenteísmo",..: 7 15 7 7 3 7 4 6 13 8 ... $ ano : num 2006 1998 1989 2000 2002 ... $ regiao1 : Factor w/ 3 levels "América do Norte",..: 2 2 1 2 3 1 3 2 2 1 ... -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 968463637 http://www.linkedin.com/profile/view?id=250437145&trk=tab_pro

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Material didático de R para os não iniciados
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 25 Fev '14

25 Fev '14

Amigos de R, Depois de alguns anos penando com alunos e colegas de instituição pedindo ajuda com o R eu finalmente consegui fazer com o que o R seja uma parte do curso da pós-graduação dentro de uma disciplina. Eu sei que há muitos livros e materiais por ai, mas, dado as características da plateia e do tempo, eu tive elaborar um material com a cara da minha plateia. Eu disponibilizo para todos os que acharem conveniente para fazerem bom uso e distribuirem a partir desses links: http://blog.ipec.fiocruz.br/lapclin-chagas/ensino/computacao/ ou http://blog.ipec.fiocruz.br/lapclin-chagas/wp-content/uploads/sites/2/2014/… Abraço forte a todos e façam boas análises. :) Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil http://blog.ipec.fiocruz.br/lapclin-chagas/ Curriculum Lattes: http://lattes.cnpq.br/6597654894290806 ResearchGate.net: https://www.researchgate.net/profile/Pedro_Brasil2/ Instituto Nacional de Infectologia/Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 e-mail: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br e-mail: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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Multivariate Regression tree (MRT) usando Indval
by Jackson Rodrigues 24 Fev '14

24 Fev '14

Olá pessoal, Pergunta é simples, como usar o Indval para fazer o MRT? Eu sei calcular o Indval, sei fazer o MRT mas não consigo juntar os dois. Quero usar as espécies com Indval maior que 20% e p<0,001 para fazer meu MRT, mas como fazê-lo? Só mais uma coisa, depois de pronto meu MRT como plotar as porcentagesexplicadas por cada "galho"? Aguém poderia me socorrer? Desde já fico muito grato. Jackson

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Dúvida em tryCatch
by Felipe Buchbinder 22 Fev '14

22 Fev '14

Prezados, Preciso de ajuda com a função tryCatch. Se eu tenho, por exemplo, uma expressão expr que, em caso de erro ou warning, eu quero que me retorne NA, como é que eu devo escrever a função tryCatch? Pensei (não sei se está correto) em algo tipo tryCatch(expr, error <- function( ?? ) {return(NA)}, warnings <- function(??) {return(NA)}) mas não sei o que colocar como argumentos de error e de warnings. Desde já agradeço, Felipe

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Datacamp
by Rodolfo Silva 22 Fev '14

22 Fev '14

Para aprender e estudar: http://datacamp.com Muito bom.

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 38, assunto 18
by Talita andrade ferreira 21 Fev '14

21 Fev '14

Prezados gostaria de saber se tem um pacote no R para trabalhos com analise de sobrevivencia, e como faço para acessa-lo. Obrigada Talita Em 21 de fevereiro de 2014 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br>escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Rpresentation (Ari Clecius) > 2. Re: Rpresentation (Fernando Souza) > 3. Re: Rpresentation (Bruno Barros) > 4. Re: Rpresentation (Ari Clecius) > 5. Re: Rpresentation (Alisson Lucrecio) > 6. gpData (Giselle Davi) > 7. Re: gpData (André Figueiras Rutz) > 8. Re: gpData (Giselle Davi) > 9. Re: gpData (André Figueiras Rutz) > 10. Re: gpData (Éder Comunello) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Thu, 20 Feb 2014 08:05:17 -0800 (PST) > From: Ari Clecius <ari072000(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] Rpresentation > Message-ID: > <1392912317.58063.YahooMailNeo(a)web124501.mail.ne1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations, > mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas, > alguém saberia resolver? > > Att, > > Ari Clecius Alves de Lima > Engenheiro Químico > Me. Engenharia Civil > (085)88412345 > (085)33669042 > > > Biogás > ======================================================== > author: Ari Clecius Alves de Lima > date: 19/02/2014 > > > Definição de Biogás > ======================================================== > > > > Biogás ... > > > - Bullet 1 > - Bullet 2 > - Bullet 3 > > Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido > ======================================================== > > ```{r} > summary(cars) > > ``` > > Slide With Plot > ======================================================== > > ```{r, echo=FALSE} > plot(cars) > ``` > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/18636ed0/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Thu, 20 Feb 2014 14:25:57 -0300 > From: Fernando Souza <nandodesouza(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br, Ari Clecius <ari072000(a)yahoo.com.br> > Subject: Re: [R-br] Rpresentation > Message-ID: <53063AA5.5070405(a)gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"; Format="flowed" > > Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding, > e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar. > att > > Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu: > > Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R > > presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem > > desconfiguradas, alguém saberia resolver? > > > > Att, > > Ari Clecius Alves de Lima > > Engenheiro Químico > > Me. Engenharia Civil > > (085)88412345 > > (085)33669042 > > > > > > */Biogás/* > > */========================================================/* > > */author: Ari Clecius Alves de Lima/* > > */date: 19/02/2014/* > > */ > > /* > > */ > > /* > > */Definição de Biogás/* > > */========================================================/* > > */ > > /* > > */ > > /* > > */ > > /* > > */Biogás .../* > > */ > > /* > > */ > > /* > > */- Bullet 1/* > > */- Bullet 2/* > > */- Bullet 3/* > > */ > > /* > > */Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido/* > > */========================================================/* > > */ > > /* > > */```{r}/* > > */summary(cars)/* > > */ > > /* > > */```/* > > */ > > /* > > */Slide With Plot/* > > */========================================================/* > > */ > > /* > > */```{r, echo=FALSE}/* > > */plot(cars)/* > > *//* > > */```/* > > > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/ec7556b8/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 3 > Date: Thu, 20 Feb 2014 14:42:35 -0300 > From: Bruno Barros <brunosoab(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Rpresentation > Message-ID: > < > CAD5Js7hugp9+iPrJHzuWXaLKhVBObdQODSJ9RHNLbHbsDxLaQQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Pode tentar também usar: > > source("file.r", encoding="utf-8") > > abs, > > Bruno Barros > @brunosoab > > > Em 20 de fevereiro de 2014 14:25, Fernando Souza > <nandodesouza(a)gmail.com>escreveu: > > > Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding, > > e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar. > > att > > > > Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu: > > > > Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations, > > mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas, > > alguém saberia resolver? > > > > Att, > > > > Ari Clecius Alves de Lima > > Engenheiro Químico > > Me. Engenharia Civil > > (085)88412345 > > (085)33669042 > > > > > > *Biogás* > > *========================================================* > > *author: Ari Clecius Alves de Lima* > > *date: 19/02/2014* > > > > > > *Definição de Biogás* > > *========================================================* > > > > > > > > *Biogás ...* > > > > > > *- Bullet 1* > > *- Bullet 2* > > *- Bullet 3* > > > > *Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido* > > *========================================================* > > > > *```{r}* > > *summary(cars)* > > > > *```* > > > > *Slide With Plot* > > *========================================================* > > > > *```{r, echo=FALSE}* > > *plot(cars)* > > *```* > > > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing listR-br@listas.c3sl.ufpr.brhttps:// > listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/0806e82c/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 4 > Date: Thu, 20 Feb 2014 09:57:57 -0800 (PST) > From: Ari Clecius <ari072000(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Rpresentation > Message-ID: > <1392919077.12594.YahooMailNeo(a)web124504.mail.ne1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Ok obrigado deu certo. > > Att, > > Ari Clecius Alves de Lima > Engenheiro Químico > Me. Engenharia Civil > (085)88412345 > (085)33669042 > > > > Em Quinta-feira, 20 de Fevereiro de 2014 14:42, Bruno Barros < > brunosoab(a)gmail.com> escreveu: > > Pode tentar também usar: > > source("file.r",encoding="utf-8") > > > abs, > > Bruno Barros > @brunosoab > > > > Em 20 de fevereiro de 2014 14:25, Fernando Souza <nandodesouza(a)gmail.com> > escreveu: > > Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding, e > altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar. > >att > > > > > >Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu: > > > >Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations, > mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas, > alguém saberia resolver? > >> > >> > >>Att, > >> > >>Ari Clecius Alves de Lima > >>Engenheiro Químico > >>Me. Engenharia Civil > >>(085)88412345 > >>(085)33669042 > >> > >> > >> > >> > >>Biogás > >>======================================================== > >>author: Ari Clecius Alves de Lima > >>date: 19/02/2014 > >> > >> > >> > >> > >>Definição de Biogás > >>======================================================== > >> > >> > >> > >> > >> > >> > >>Biogás ... > >> > >> > >> > >> > >>- Bullet 1 > >>- Bullet 2 > >>- Bullet 3 > >> > >> > >>Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido > >>======================================================== > >> > >> > >>```{r} > >>summary(cars) > >> > >> > >>``` > >> > >> > >>Slide With Plot > >>======================================================== > >> > >> > >>```{r, echo=FALSE} > >>plot(cars) > >>``` > >> > >> > >> > >> > >>_______________________________________________ > R-br mailing list R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de > postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo > reproduzível. > > > >_______________________________________________ > >R-br mailing list > >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/40df52cc/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 5 > Date: Thu, 20 Feb 2014 15:00:01 -0300 > From: Alisson Lucrecio <alissonluc(a)gmail.com> > To: r-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Rpresentation > Message-ID: > <CAGE5b4d+BpdF8F94je9+YxUrCZT8r_SGWm= > sCeWj-AFPvWc0vw(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > user encoding = "latin1" > > read.csv("nomedoarquivo.csv", ...., encoding = "latin1") > > att > > > 2014-02-20 14:42 GMT-03:00 Bruno Barros <brunosoab(a)gmail.com>: > > > Pode tentar também usar: > > > > source("file.r", encoding="utf-8") > > > > abs, > > > > Bruno Barros > > @brunosoab > > > > > > Em 20 de fevereiro de 2014 14:25, Fernando Souza <nandodesouza(a)gmail.com > >escreveu: > > > > Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding, > >> e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar. > >> att > >> > >> Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu: > >> > >> Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R > >> presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem > >> desconfiguradas, alguém saberia resolver? > >> > >> Att, > >> > >> Ari Clecius Alves de Lima > >> Engenheiro Químico > >> Me. Engenharia Civil > >> (085)88412345 > >> (085)33669042 > >> > >> > >> *Biogás* > >> *========================================================* > >> *author: Ari Clecius Alves de Lima* > >> *date: 19/02/2014* > >> > >> > >> *Definição de Biogás* > >> *========================================================* > >> > >> > >> > >> *Biogás ...* > >> > >> > >> *- Bullet 1* > >> *- Bullet 2* > >> *- Bullet 3* > >> > >> *Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido* > >> *========================================================* > >> > >> *```{r}* > >> *summary(cars)* > >> > >> *```* > >> > >> *Slide With Plot* > >> *========================================================* > >> > >> *```{r, echo=FALSE}* > >> *plot(cars)* > >> *```* > >> > >> > >> > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing listR-br@listas.c3sl.ufpr.brhttps:// > listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > >> > >> > >> > >> _______________________________________________ > >> R-br mailing list > >> R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > >> código mínimo reproduzível. > >> > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > -- > Alisson Lucrecio da Costa > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/61696c61/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 6 > Date: Thu, 20 Feb 2014 10:50:11 -0800 (PST) > From: Giselle Davi <giselle_davi(a)yahoo.com.br> > To: r-br <R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: [R-br] gpData > Message-ID: > <1392922211.92369.YahooMailNeo(a)web126102.mail.ne1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Ao rodar esta rotina: > ############################################# > ## Test gpData object and regress > ## > ## > ## author : Hans-Juergen Auinger > ## date : 2011 - 11 - 30 > ## > ############################################## > > # number of locations > nLoc <- 3 > # number of genotypes > nEntry <- 10 > # number of replications > nRep <- 2 > # phenotypic residuals > pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc), > Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3), > Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2, > Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5), > loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry), > wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc)) > head(pheno) > # individual values > IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry, > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > head(IDvals) > # location values > locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc, > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > # replication values > repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5), > rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > # sums > Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) + > IDvals[pheno$ID, 1] > Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) + > IDvals[pheno$ID, 2] > Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) + > IDvals[pheno$ID, 3] > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1 > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2 > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3 > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5 > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2 > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10 > # genotypic values > geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry, > ncol=15) > rownames(geno) <- 1:nEntry > colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="") > # map infomation > map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2, > each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25)) > head(map) > # create a gpData object > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) > > > O seguinte erro aparece : > > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) > Error: could not find function "create.gpData" > > > Alguém poderia me ajudar ??? > Desde já agradeço. > > Att, > > Giselle > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/16251a0d/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 7 > Date: Thu, 20 Feb 2014 17:02:05 -0300 > From: André Figueiras Rutz <rutzaf(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] gpData > Message-ID: > <CAE7MPagSX85UdBwE-uA5rsc+7NdUM9SKc= > ATReFSJ3E5B67mDQ(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Já tentou verificar se o pacote gpData está instalado? > > Abs > > "Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is > clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?" > Lao Tzu - Tao Te Ching > Em 20/02/2014 15:50, "Giselle Davi" <giselle_davi(a)yahoo.com.br> escreveu: > > > Ao rodar esta rotina: > > ############################################# > > ## Test gpData object and regress > > ## > > ## > > ## author : Hans-Juergen Auinger > > ## date : 2011 - 11 - 30 > > ## > > ############################################## > > > > # number of locations > > nLoc <- 3 > > # number of genotypes > > nEntry <- 10 > > # number of replications > > nRep <- 2 > > # phenotypic residuals > > pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc), > > Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3), > > Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2, > > Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5), > > loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry), > > wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc)) > > head(pheno) > > # individual values > > IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry, > > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > > head(IDvals) > > # location values > > locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc, > > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > > # replication values > > repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5), > > rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > > # sums > > Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) + > > IDvals[pheno$ID, 1] > > Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) + > > IDvals[pheno$ID, 2] > > Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) + > > IDvals[pheno$ID, 3] > > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1 > > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2 > > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3 > > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5 > > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2 > > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10 > > # genotypic values > > geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry, > > ncol=15) > > rownames(geno) <- 1:nEntry > > colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="") > > # map infomation > > map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2, > > each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25)) > > head(map) > > # create a gpData object > > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = > > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) > > > > > > O seguinte erro aparece : > > > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = > > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) > > Error: could not find function "create.gpData" > > > > > > Alguém poderia me ajudar ??? > > Desde já agradeço. > > > > Att, > > > > Giselle > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/7ad7cd81/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 8 > Date: Thu, 20 Feb 2014 12:30:09 -0800 (PST) > From: Giselle Davi <giselle_davi(a)yahoo.com.br> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] gpData > Message-ID: > <1392928209.63193.YahooMailNeo(a)web126106.mail.ne1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Sim, está !!! > > > > Em Quinta-feira, 20 de Fevereiro de 2014 17:02, André Figueiras Rutz < > rutzaf(a)gmail.com> escreveu: > > Já tentou verificar se o pacote gpData está instalado? > Abs > ?Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is > clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?" > Lao Tzu - Tao Te Ching > Em 20/02/2014 15:50, "Giselle Davi" <giselle_davi(a)yahoo.com.br> escreveu: > > Ao rodar esta rotina: > >############################################# > >## Test gpData object and regress > >## > >## > >## author : Hans-Juergen Auinger > >## date : 2011 - 11 - 30 > >## > >############################################## > > > > > ># number of locations > >nLoc <- 3 > ># number of genotypes > >nEntry <- 10 > ># number of replications > >nRep <- 2 > ># phenotypic residuals > >pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc), > > Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3), > > Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2, > > Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5), > > loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry), > > wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc)) > >head(pheno) > ># individual values > >IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry, > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > >head(IDvals) > ># location values > >locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc, > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > ># replication values > >repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5), > rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > ># sums > >Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) + > IDvals[pheno$ID, 1] > >Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) + > IDvals[pheno$ID, 2] > >Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) + > IDvals[pheno$ID, 3] > >pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1 > >pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2 > >pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3 > >pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5 > >pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2 > >pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10 > ># genotypic values > >geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry, > ncol=15) > >rownames(geno) <- 1:nEntry > >colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="") > ># map infomation > >map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2, > each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25)) > >head(map) > ># create a gpData object > >gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) > > > > > > > > > >O seguinte erro aparece : > >> gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) > >Error: could not find function "create.gpData" > > > > > > > > > >Alguém poderia me ajudar ??? > >Desde já agradeço. > > > > > >Att, > > > > > >Giselle > > > > > >_______________________________________________ > >R-br mailing list > >R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/d6cb18b0/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 9 > Date: Thu, 20 Feb 2014 17:34:54 -0300 > From: André Figueiras Rutz <rutzaf(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] gpData > Message-ID: > < > CAE7MPajUcri-EesQGEaghMia4qLuC3qXLaa5UVq_D_jW9Nrv7Q(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Vc carregou ele na sessão com o require? > > "Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is > clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?" > Lao Tzu - Tao Te Ching > Em 20/02/2014 17:30, "Giselle Davi" <giselle_davi(a)yahoo.com.br> escreveu: > > > Sim, está !!! > > > > > > Em Quinta-feira, 20 de Fevereiro de 2014 17:02, André Figueiras Rutz < > > rutzaf(a)gmail.com> escreveu: > > Já tentou verificar se o pacote gpData está instalado? > > Abs > > "Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water > is > > clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?" > > Lao Tzu - Tao Te Ching > > Em 20/02/2014 15:50, "Giselle Davi" <giselle_davi(a)yahoo.com.br> > escreveu: > > > > Ao rodar esta rotina: > > ############################################# > > ## Test gpData object and regress > > ## > > ## > > ## author : Hans-Juergen Auinger > > ## date : 2011 - 11 - 30 > > ## > > ############################################## > > > > # number of locations > > nLoc <- 3 > > # number of genotypes > > nEntry <- 10 > > # number of replications > > nRep <- 2 > > # phenotypic residuals > > pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc), > > Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3), > > Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2, > > Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5), > > loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry), > > wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc)) > > head(pheno) > > # individual values > > IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry, > > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > > head(IDvals) > > # location values > > locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc, > > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > > # replication values > > repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5), > > rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) > > # sums > > Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) + > > IDvals[pheno$ID, 1] > > Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) + > > IDvals[pheno$ID, 2] > > Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) + > > IDvals[pheno$ID, 3] > > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1 > > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2 > > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3 > > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5 > > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2 > > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10 > > # genotypic values > > geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry, > > ncol=15) > > rownames(geno) <- 1:nEntry > > colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="") > > # map infomation > > map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2, > > each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25)) > > head(map) > > # create a gpData object > > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = > > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) > > > > > > O seguinte erro aparece : > > > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = > > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) > > Error: could not find function "create.gpData" > > > > > > Alguém poderia me ajudar ??? > > Desde já agradeço. > > > > Att, > > > > Giselle > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/7700d9bc/atta… > > > > ------------------------------ > > Message: 10 > Date: Thu, 20 Feb 2014 21:09:24 -0400 > From: Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> > To: "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] gpData > Message-ID: > < > CABmC8gnsy-EkSDtBAGWBzisEW4VtVpVLkwtLKdjb8JGWvi9qaw(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Boa noite! > > A função create.gpData() pertence ao pacote {synbreed}. > > Inicie com: > require(synbreed) > > -- > Éder Comunello <c <comunello.eder(a)gmail.com>omunello.eder(a)gmail.com> > Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W] > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/3121fda7/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 38, assunto 18 > ***************************************** >

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gpData
by Giselle Davi 21 Fev '14

21 Fev '14

Ao rodar esta rotina: ############################################# ## Test gpData object and regress ## ## ## author : Hans-Juergen Auinger ## date : 2011 - 11 - 30 ## ############################################## # number of locations nLoc <- 3 # number of genotypes nEntry <- 10 # number of replications nRep <- 2 # phenotypic residuals pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc), Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3), Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2, Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5), loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry), wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc)) head(pheno) # individual values IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) head(IDvals) # location values locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) # replication values repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE) # sums Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 1] Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 2] Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 3] pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1 pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2 pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3 pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5 pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2 pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10 # genotypic values geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry, ncol=15) rownames(geno) <- 1:nEntry colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="") # map infomation map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2, each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25)) head(map) # create a gpData object gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) O seguinte erro aparece : > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh")) Error: could not find function "create.gpData" Alguém poderia me ajudar ??? Desde já agradeço. Att, Giselle

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Rpresentation
by Ari Clecius 20 Fev '14

20 Fev '14

Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas, alguém saberia resolver? Att, Ari Clecius Alves de Lima Engenheiro Químico Me. Engenharia Civil (085)88412345 (085)33669042 Biogás ======================================================== author: Ari Clecius Alves de Lima date: 19/02/2014 Definição de Biogás ======================================================== Biogás ... - Bullet 1 - Bullet 2 - Bullet 3 Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido ======================================================== ```{r} summary(cars) ``` Slide With Plot ======================================================== ```{r, echo=FALSE} plot(cars) ```

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Bases Grandes
by Gerson R. Primo Jr 17 Fev '14

17 Fev '14

Pessoal, Estou migrando meus processos do SPSS, para o R e tenho encontrado dificuldade na input de bases muito grandes. Tipo: 1,5Gb, com ~3 milhões de registros. Alguém sabe de algum pacote para trabalhar com bases grandes? Aproveitando para compartilhar essa noticia. http://www.revista.espiritolivre.org/a-ambiciosa-linguagem-de-programacao-q… Abraços *Att,Gerson R. Primo Jr*

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adehabitatLT | Objeto ltraj - análise de deslocamento animal
by Jefferson Ferreira Ferreira 15 Fev '14

15 Fev '14

Boa tarde pessoal! Estou usando o pacote adehabitatLT para realizar análises espaciais de um carnívoro terrestre monitorado. A questão, acho eu, que é bastante simples. Nesse pacote há uma função chamada plotltr para plotar em um gráfico a distância de deslocamento versus data de cada registro. O problema é que não encontrei um meio para manipular graficamente o plot: mudar cores, controlar o intervalo dos eixos, e nem mesmo encontrei na documentação da internet um modo de trocar as labels dos eixos. Na documentação diz-se que : Arguments x- An object of class ltraj which - a character string giving any syntactically correct R expression implying the descriptive elements in x or the variables in the optional attribute infolocs. pch- the type of points on the plot (see help(par)). cex - the size of points on the plot (see help(par)). addlines - logical. Indicates whether lines should be added to the plot. addpoints - logical. Indicates whether points should be added to the plot. ... *additional parameters to be passed to the generic function plot* Mas como controlar esses parâmetros adicionais? Tentei col, ylab, main, e nada disso funcionou. Alguma ideia? Segue um cmr: library(adehabitatLT) onca <- simm.crw(date = 1:100) plotltr(onca) -- *Jefferson Ferreira-Ferreira* Geógrafo - GEOPROCESSAMENTO IDSM | Coordenadoria de TI Jefferson.ferreira(a)mamiraua.org.br *Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá* Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação Telefone: +55 97 3343-9710 *Google Maps* - Mapas deste e-mail: Exibir mapa ampliado<https://maps.google.com.br/maps?q=-3.355557,-64.731151&ll=-3.355471,-64.731…> *Contatos particulares:* *(55) 9615-0100*

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