Novembro 2014 - R-br

Trocar valores de colunas condicionalmente
by Thiago V. dos Santos 20 Nov '14

20 Nov '14

Olá pessoal, Considerem o seguinte data.frame: df <- structure(list(date = structure(c(1251350100.288, 1251351900, 1251353699.712, 1251355500.288, 1251357300, 1251359099.712), class = c("POSIXct", "POSIXt")), mix.ratio.csi = c(442.78316237477, 436.757082063885, 425.742872761246, 395.770804307671, 386.758335309866, 392.115887652156), mix.ratio.licor = c(447.141491945547, 441.319548211994, 430.854166343173, 402.232640566763, 393.683007533694, 398.388336602215), ToKeep = c(FALSE, FALSE, TRUE, TRUE, TRUE, TRUE)), .Names = c("date", "value1", "value2", "ToKeep"), index = structure(integer(0), ToKeep = c(1L, 2L, 8L, 52L, 53L, 54L, 55L, 85L, 86L, 87L, 88L, 89L, 92L, 93L, 94L, 95L, 96L, 97L, 98L, 99L, 100L, 102L, 103L, 105L, 106L, 192L, 193L, 220L, 223L, 225L, 228L, 229L, 260L, 263L, 264L, 265L, 266L, 267L, 305L, 306L, 307L, 308L, 309L, 310L, 311L, 312L, 313L, 314L, 315L, 352L, 353L, 354L, 375L, 376L, 378L, 379L, 380L, 383L, 411L, 412L, 413L, 414L, 415L, 416L, 418L, 419L, 445L, 453L, 463L, 464L, 465L, 466L, 467L, 468L, 497L, 504L, 547L, 548L, 549L, 586L, 589L, 630L, 631L, 632L, 633L, 634L, 635L, 636L, 644L, 645L, 646L, 647L, 648L, 649L, 650L, 651L, 674L, 675L, 676L, 677L, 678L, 682L, 687L, 690L, 691L, 724L, 725L, 726L, 727L, 728L, 729L, 730L, 731L, 732L, 733L, 734L, 735L, 736L, 739L, 740L, 741L, 742L, 768L, 771L, 772L, 773L, 774L, 775L, 776L, 777L, 778L, 779L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 9L, 10L, 11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 24L, 25L, 26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 31L, 32L, 33L, 34L, 35L, 36L, 37L, 38L, 39L, 40L, 41L, 42L, 43L, 44L, 45L, 46L, 47L, 48L, 49L, 50L, 51L, 56L, 57L, 58L, 59L, 60L, 61L, 62L, 63L, 64L, 65L, 66L, 67L, 68L, 69L, 70L, 71L, 72L, 73L, 74L, 75L, 76L, 77L, 78L, 79L, 80L, 81L, 82L, 83L, 84L, 90L, 91L, 101L, 104L, 107L, 108L, 109L, 110L, 111L, 112L, 113L, 114L, 115L, 116L, 117L, 118L, 119L, 120L, 121L, 122L, 123L, 124L, 125L, 126L, 127L, 128L, 129L, 130L, 131L, 132L, 133L, 134L, 135L, 136L, 137L, 138L, 139L, 140L, 141L, 142L, 143L, 144L, 145L, 146L, 147L, 148L, 149L, 150L, 151L, 152L, 153L, 154L, 155L, 156L, 157L, 158L, 159L, 160L, 161L, 162L, 163L, 164L, 165L, 166L, 167L, 168L, 169L, 170L, 171L, 172L, 173L, 174L, 175L, 176L, 177L, 178L, 179L, 180L, 181L, 182L, 183L, 184L, 185L, 186L, 187L, 188L, 189L, 190L, 191L, 194L, 195L, 196L, 197L, 198L, 199L, 200L, 201L, 202L, 203L, 204L, 205L, 206L, 207L, 208L, 209L, 210L, 211L, 212L, 213L, 214L, 215L, 216L, 217L, 218L, 219L, 221L, 222L, 224L, 226L, 227L, 230L, 231L, 232L, 233L, 234L, 235L, 236L, 237L, 238L, 239L, 240L, 241L, 242L, 243L, 244L, 245L, 246L, 247L, 248L, 249L, 250L, 251L, 252L, 253L, 254L, 255L, 256L, 257L, 258L, 259L, 261L, 262L, 268L, 269L, 270L, 271L, 272L, 273L, 274L, 275L, 276L, 277L, 278L, 279L, 280L, 281L, 282L, 283L, 284L, 285L, 286L, 287L, 288L, 289L, 290L, 291L, 292L, 293L, 294L, 295L, 296L, 297L, 298L, 299L, 300L, 301L, 302L, 303L, 304L, 316L, 317L, 318L, 319L, 320L, 321L, 322L, 323L, 324L, 325L, 326L, 327L, 328L, 329L, 330L, 331L, 332L, 333L, 334L, 335L, 336L, 337L, 338L, 339L, 340L, 341L, 342L, 343L, 344L, 345L, 346L, 347L, 348L, 349L, 350L, 351L, 355L, 356L, 357L, 358L, 359L, 360L, 361L, 362L, 363L, 364L, 365L, 366L, 367L, 368L, 369L, 370L, 371L, 372L, 373L, 374L, 377L, 381L, 382L, 384L, 385L, 386L, 387L, 388L, 389L, 390L, 391L, 392L, 393L, 394L, 395L, 396L, 397L, 398L, 399L, 400L, 401L, 402L, 403L, 404L, 405L, 406L, 407L, 408L, 409L, 410L, 417L, 420L, 421L, 422L, 423L, 424L, 425L, 426L, 427L, 428L, 429L, 430L, 431L, 432L, 433L, 434L, 435L, 436L, 437L, 438L, 439L, 440L, 441L, 442L, 443L, 444L, 446L, 447L, 448L, 449L, 450L, 451L, 452L, 454L, 455L, 456L, 457L, 458L, 459L, 460L, 461L, 462L, 469L, 470L, 471L, 472L, 473L, 474L, 475L, 476L, 477L, 478L, 479L, 480L, 481L, 482L, 483L, 484L, 485L, 486L, 487L, 488L, 489L, 490L, 491L, 492L, 493L, 494L, 495L, 496L, 498L, 499L, 500L, 501L, 502L, 503L, 505L, 506L, 507L, 508L, 509L, 510L, 511L, 512L, 513L, 514L, 515L, 516L, 517L, 518L, 519L, 520L, 521L, 522L, 523L, 524L, 525L, 526L, 527L, 528L, 529L, 530L, 531L, 532L, 533L, 534L, 535L, 536L, 537L, 538L, 539L, 540L, 541L, 542L, 543L, 544L, 545L, 546L, 550L, 551L, 552L, 553L, 554L, 555L, 556L, 557L, 558L, 559L, 560L, 561L, 562L, 563L, 564L, 565L, 566L, 567L, 568L, 569L, 570L, 571L, 572L, 573L, 574L, 575L, 576L, 577L, 578L, 579L, 580L, 581L, 582L, 583L, 584L, 585L, 587L, 588L, 590L, 591L, 592L, 593L, 594L, 595L, 596L, 597L, 598L, 599L, 600L, 601L, 602L, 603L, 604L, 605L, 606L, 607L, 608L, 609L, 610L, 611L, 612L, 613L, 614L, 615L, 616L, 617L, 618L, 619L, 620L, 621L, 622L, 623L, 624L, 625L, 626L, 627L, 628L, 629L, 637L, 638L, 639L, 640L, 641L, 642L, 643L, 652L, 653L, 654L, 655L, 656L, 657L, 658L, 659L, 660L, 661L, 662L, 663L, 664L, 665L, 666L, 667L, 668L, 669L, 670L, 671L, 672L, 673L, 679L, 680L, 681L, 683L, 684L, 685L, 686L, 688L, 689L, 692L, 693L, 694L, 695L, 696L, 697L, 698L, 699L, 700L, 701L, 702L, 703L, 704L, 705L, 706L, 707L, 708L, 709L, 710L, 711L, 712L, 713L, 714L, 715L, 716L, 717L, 718L, 719L, 720L, 721L, 722L, 723L, 737L, 738L, 743L, 744L, 745L, 746L, 747L, 748L, 749L, 750L, 751L, 752L, 753L, 754L, 755L, 756L, 757L, 758L, 759L, 760L, 761L, 762L, 763L, 764L, 765L, 766L, 767L, 769L, 770L, 780L, 781L, 782L, 783L, 784L, 785L, 786L, 787L, 788L, 789L)), row.names = c(NA, 6L), class = "data.frame") Preciso criar um novo data.frame com a seguinte estrutura: 1) manter a coluna de data intocável, 2) se a coluna 'ToKeep' for igual a FALSE, as colunas 'value1' e 'value2' recebem NA, 3) se a coluna 'ToKeep' for igual a TRUE, as colunas 'value1' e 'value2' nao mudam. Estou tentando usar ifelse, mas por enquanto não consegui encontrar o caminho certo para fazer a indexação. Alguém tem alguma sugestão? Saudações, -- Thiago V. dos Santos PhD student Land and Atmospheric Science University of Minnesota http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/ind… Phone: (612) 323 9898

2 1

função, if dentro fo loop
by Daniela Recchia 19 Nov '14

19 Nov '14

Boa tarde pessoal, tenho certeza que meu problema é bem simples mas não estou conseguindo visualizar a solução, criei a função: conv<- function(n){u<-matrix(nrow=n+1,ncol=1) for (i in 0:n) { if(i==0) f<-function(i) {pnorm(i,m,dp)} else f<- function(i) {pnorm(i*1/n,m,dp)} if(i==0) p<- function(i) {f(i)} else p<- function(i) {f(i)-f(i-1)} I<- function (i) {-p(i)*log2(p(i))} u[i,]<- I(i)} y<-u[0:n,]; y} Mas para o caso onde i==0 não está sendo feito corretamente, e preciso idendificar se não tenho problemas na condição f(i)-f(i-1), o que ele retorna no lugar do i=0 é o valor do i=1. Alguém saberia me dar uma dica? Abraços, Daniela -- Daniela Rodrigues Recchia “The standard of success in life is absolutely the amount of joy you feel” Esther & Jerry Hick

2 8

Não consigo estimar por máxima verossimilhança (problemas com logaritmo de argumento negativo)
by Romero Luiz M. Sales Filho 18 Nov '14

18 Nov '14

Caros colegas, estou com um problema que não consigo resolver... Na verdade acredito que já identifiquei o problemas, mas não sei como contornar esse tipo de situação no R. É o seguinte estou maximizando a função de log-verossimilhança de uma dist. de probabilidade, com o intuito de estimar os parâmetros da dist. Entretanto a otimização não está convergindo para o parâmetro conhecido. Essa dist. possui dois parâmetros, onde um deles o "z" assume valores menores que 2, e o outro parâmetro "eta" assume valores maiores que 0. Consegui simular situações para os casos que tenho 1<z<2 e para 0<z<1, entretanto para valores negativos de z, não estou conseguindo convergência para o parâmetro. Estou usando a função optim() do R, selecionando nessa função o método de Nelder-Mead (já usei outros métodos e nenhum convergiu). O problema que ocorre é que para z negativo, durante as iterações ocorrem o cálculo de logaritmos cujos argumentos estão com valores negativos, tenho quase certeza que o problema da não convergência está aí, aí eu gostaria de saber se tem como colocar alguma restrição durante o processo de iteração para que os argumentos das funções logarítmicas nunca sejam valores negativos. A seguir coloco o código que estou usando: ############################################## ##### Fornecendo os parâmetros ############################## n<-50 z<--1.95 eta<-0.1 z.est=vector() eta.est=vector() p=1 while (p<1001) { ###### Gerando valores da varíavel cujos parâmetros são z e eta u<-runif(n) y = eta*((1-(u)^((1-z)/(2-z)))/(1-z)) #### Obtendo as estimativas para z e eta ######################################## vero <- function(par,x){ z = par[1] eta = par[2] saida<-((sum(log(1 - ((1 - z)*x*(1/eta)))))/(1 - z)) + ((n)*log(2 - z)) + (n*log(1/eta)) return(-saida) } saida1<-optim(par=c(-1,4),fn=vero, method="Nelder-Mead",x=y ) z.est[p]<-saida1[1]$par[1] eta.est[p]<-saida1[1]$par[2] p=p+1 } mean(z.est) mean(eta.est) ############################################## Como estou replicando o procedimento mil vezes, irei utilizar a média das 1000 estimativas encontradas para z e para eta... Então fazendo isso tenho a seguinte saída: > mean(z.est) [1] -30177882 > mean(eta.est) [1] 964132.7 Conforme observamos as estimativas estão muito distantes dos parâmetros reais definidos no início do código (z = -1.95 e eta = 0.1). Dessa forma, desconfio que o problema seja decorrente dos vários erros de logaritmos, que se repetem durante a interação e são da seguinte forma: 1: In log(1 - ((1 - z) * x * (1/eta))) : NaNs produzidos Então tem alguma forma de controlar esse problema que ocorre durante a interação??? Tenho que fazer de alguma forma com que os argumentos fiquem sempre positivos, ou seja: (1-((1-z)*x*(1/eta))) tem que ser sempre positivo... Por favor, caso vcs possam me ajudar, eu agradeço imensamente. Att, Romero.

3 3

Não consigo estimar por máxima verossimilhança (problemas com logaritmo de argumento negativo)
by Romero Luiz M. Sales Filho 18 Nov '14

18 Nov '14

Caros, perdoem mas não estou conseguindo responder a mensagem diretamente pelo tópico já existente... Estou simplesmente dando o reply na mensagem que chega na minha conta e a mensagem retorna... Estou fazendo algum procedimento errado??? Bom, continuando com o tópico comentado por Walmes e Vinícius, faço os meus comentários: Olá Walmes e Vinícius, obrigado pelas dicas, pelo menos já estou buscando encontrar alguma forma de resolver, pois confesso, que já não estava vendo mais como sair do dilema. Vinicius, já tinha tentado fazer a otimização da função de verossimilhança (sem o log), entretanto, não sei o que acontece, mas as estimativas ficam todas iguais aos pontos iniciais, ou seja, para as mil replicações que estou fazendo, todos os resultados são iguais aos pontos iniciais... Com certeza, fazendo dessa forma, não deve estar chegando nem na segunda iteração (não sei o motivo). Walmes, a sua dica é boa, alguém já tinha falado em algo do tipo, mas eu não tinha entendido bem... acho que agora com sua explicação ficou mais claro, resumindo, por favor veja se é isso: preciso encontrar funções cujos possíveis resultado sejam pertencentes ao domínio dos meus dois parâmetros de interesse, com a exigência de que o argumento dessas funções sejam sempre valores pertencentes aos reais, certo?? Pensando assim, como o parâmetro z é sempre menor que 2 e o parâmetro eta é sempre um número positivo, então teoricamente posso usar a seguinte transformação: z= 2-exp(x) (argumento x real e resultado da função sempre menor que 2) e eta=exp (k) (argumento k real e resultado da função sempre maior que zero). É isso mesmo, vcs concordam??? Obrigado pela atenção, Romero. -- *Profº Romero Luiz Mendonça Sales Filho* *Estatístico / Mestre em Engª de ProduçãoUFRPE - UAGCel.: (81) 9667-4477* *romero.sfilho(a)gmail.com* <romero.sfilho(a)gmail.com> *romero_sfilho(a)yahoo.com.br* <romero_sfilho(a)yahoo.com.br>

2 1

Re: [R-br] Problemas lendo .dbf no R
by Paulo Pimenta 16 Nov '14

16 Nov '14

Paulo Henrique de A. S. Pimenta. Graduando em Meteorologia (Bacharelado) - IAG/USP. Fone: +5511981318435. Obrigado pela ajuda!! Suas dicas foram de grande valor!! > ------------------------------ > > Message: 2 > Date: Thu, 13 Nov 2014 10:53:21 -0300 > From: Augusto Ribas <ribas.aca(a)gmail.com> > To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > Subject: Re: [R-br] Problemas lendo .dbf no R > Message-ID: > <CACMkfRxzSNWYuQcfjAExR5DA5Z8XdW1EZE+n19+YO08H+Rv1gg(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Opa, talvez você possa tentar o seguinte: > > > Um exemplo, suponto que vc tenha 20 arquivos: > > Quando voce da arquivos <- list.files(pattern="\\.dbf$"), você gostaria de > ver algo como isso que fiz no vetor1 certo? > > > vetor1<-paste("corte_estrada_aneis",1:20,".dbf",sep="") > > vetor1 > [1] "corte_estrada_aneis1.dbf" "corte_estrada_aneis2.dbf" > "corte_estrada_aneis3.dbf" > [4] "corte_estrada_aneis4.dbf" "corte_estrada_aneis5.dbf" > "corte_estrada_aneis6.dbf" > [7] "corte_estrada_aneis7.dbf" "corte_estrada_aneis8.dbf" > "corte_estrada_aneis9.dbf" > [10] "corte_estrada_aneis10.dbf" "corte_estrada_aneis11.dbf" > "corte_estrada_aneis12.dbf" > [13] "corte_estrada_aneis13.dbf" "corte_estrada_aneis14.dbf" > "corte_estrada_aneis15.dbf" > [16] "corte_estrada_aneis16.dbf" "corte_estrada_aneis17.dbf" > "corte_estrada_aneis18.dbf" > [19] "corte_estrada_aneis19.dbf" "corte_estrada_aneis20.dbf" > > > Mas o que você ve na verdade é o que está no vetor 2, certo, porque ta tudo > na ordem lexicografia,(Essa palavra é bonita né? Nem sei se escrevi certo, > desculpa) > > > vetor2<-sort(vetor1) > > vetor2 > [1] "corte_estrada_aneis10.dbf" "corte_estrada_aneis11.dbf" > "corte_estrada_aneis12.dbf" > [4] "corte_estrada_aneis13.dbf" "corte_estrada_aneis14.dbf" > "corte_estrada_aneis15.dbf" > [7] "corte_estrada_aneis16.dbf" "corte_estrada_aneis17.dbf" > "corte_estrada_aneis18.dbf" > [10] "corte_estrada_aneis19.dbf" "corte_estrada_aneis1.dbf" > "corte_estrada_aneis20.dbf" > [13] "corte_estrada_aneis2.dbf" "corte_estrada_aneis3.dbf" > "corte_estrada_aneis4.dbf" > [16] "corte_estrada_aneis5.dbf" "corte_estrada_aneis6.dbf" > "corte_estrada_aneis7.dbf" > [19] "corte_estrada_aneis8.dbf" "corte_estrada_aneis9.dbf" > > Mas beleza, você ta vendo o vetor 2 na saida do arquivos <- > list.files(pattern="\\.dbf$"), quando da arquivos. > Uma possibilidade seria reordenar o seu arquivos, antes de fazer a leitura, > da seguinte formula. > > Crie um vetor de numeros, usando uma expressão regular para pegar somente > os números, das string do arquivo, depois transforme em numero pro R > entender: > > > > numeros<-as.numeric(gsub("[a-z_.]", "\\1", vetor2)) > > numeros > [1] 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 1 20 2 3 4 5 6 7 8 9 > > vetor2 > [1] "corte_estrada_aneis10.dbf" "corte_estrada_aneis11.dbf" > "corte_estrada_aneis12.dbf" > [4] "corte_estrada_aneis13.dbf" "corte_estrada_aneis14.dbf" > "corte_estrada_aneis15.dbf" > [7] "corte_estrada_aneis16.dbf" "corte_estrada_aneis17.dbf" > "corte_estrada_aneis18.dbf" > [10] "corte_estrada_aneis19.dbf" "corte_estrada_aneis1.dbf" > "corte_estrada_aneis20.dbf" > [13] "corte_estrada_aneis2.dbf" "corte_estrada_aneis3.dbf" > "corte_estrada_aneis4.dbf" > [16] "corte_estrada_aneis5.dbf" "corte_estrada_aneis6.dbf" > "corte_estrada_aneis7.dbf" > [19] "corte_estrada_aneis8.dbf" "corte_estrada_aneis9.dbf" > > > Veja que a numeração ta na ordem dos arquivos, agora ordene pelos numeros > usando order, que ele vai te dar a ordem que você quer pros indices. > > order(numeros) > [1] 11 13 14 15 16 17 18 19 20 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 12 > > numeros[order(numeros)] > [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 > > > > Agora você aplica a ordem dos numeros no seu arquivos, que você pegou o ls > do diretorio. > > vetor2[order(numeros)] > [1] "corte_estrada_aneis1.dbf" "corte_estrada_aneis2.dbf" > "corte_estrada_aneis3.dbf" > [4] "corte_estrada_aneis4.dbf" "corte_estrada_aneis5.dbf" > "corte_estrada_aneis6.dbf" > [7] "corte_estrada_aneis7.dbf" "corte_estrada_aneis8.dbf" > "corte_estrada_aneis9.dbf" > [10] "corte_estrada_aneis10.dbf" "corte_estrada_aneis11.dbf" > "corte_estrada_aneis12.dbf" > [13] "corte_estrada_aneis13.dbf" "corte_estrada_aneis14.dbf" > "corte_estrada_aneis15.dbf" > [16] "corte_estrada_aneis16.dbf" "corte_estrada_aneis17.dbf" > "corte_estrada_aneis18.dbf" > [19] "corte_estrada_aneis19.dbf" "corte_estrada_aneis20.dbf" > > > > Ai você le tudo usando essa ordem > > for (nome_arquivo in arquivos){ > > g[i] <- read.dbf(paste("I:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/testes/teste_1/", > nome_arquivo,sep="")) > > } > > Eu acho que isso deve funcionar. > Bem espero ter mais ajudado que atrabalhado :) > > > > Em 12 de novembro de 2014 03:08, Paulo Pimenta <paulopimenta6(a)hotmail.com> > escreveu: > > > Prezados, > > > > Estou com um problema ao ler arquivos .dbf no R. Abaixo segue a lógica que > > usei em meu código para fazer a leitura: > > > > > > ########################################################################################## > > > > > > > > ########################################################################################### > > ##comando para ler um arquivo ".dbf" > > > > ## > > ## > > > > ## > > ##library("foreign") > > > > ## > > ## > > > > ## > > ##read.dbf("I:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/testes/teste_1/corte_estrada_aneis.dbf") > > ## > > ## > > > > ## > > > > ########################################################################################### > > ## > > ##Salvando tudo em forma de lista > > > > library("foreign") > > > > setwd("I:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/testes/teste_1") > > > > arquivos <- list.files(pattern="\\.dbf$") > > > > x <- lapply(arquivos, read.dbf) > > > > ##Exportando os comprimentos de cada estrada cortada por um anel > > > > for (i in 1:91){ > > > > y[[i]] <- x[[i]] > > vector_length[i] <- sum(y[[i]][,2]) > > > > } > > > > > > ########################################################################################## > > > > Assim como mostrado no exemplo acima estou lendo um arquivo chamado "corte_estrada_aneis.dbf", > > todavia possui um banco com 91 desses arquivos numerados de forma que seus > > nomes ficam, por exemplo: corte_estrada_aneis.1dbf, > > corte_estrada_aneis2.dbf, corte_estrada_aneis3.dbf, ... até finalmente corte_estrada_aneis91.dbf. > > O problema na leitura dos .dbf consiste que a lógica acima usada por mim > > faz com que a ordenação saia errada, ou seja, ele faz a leitura dos > > arquivos corte_estrada_aneis1.dbf, corte_estrada_aneis12.dbf, corte_estrada_aneis13.dbf > > e assim por diante. Uma tentativa minha, porém não muito bem sucedida foi a > > seguinte: > > > > > > ######################################################################################### > > > > library("foreign") > > > > for (i in 1:9){ > > > > g[i] <- > > read.dbf("I:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/testes/teste_1/corte_estrada_aneis[i].dbf") > > > > } > > > > g > > > > > > ######################################################################################### > > > > Mas como tudo esta contido em " " o índice [i] será lido literalmente. > > Peço ajuda aos colegas para poder solucinar este problema, seja com a minha > > lógica ou com alguma idéia diferente. > > > > Abraços a todos! > > > > Paulo Henrique de A. S. Pimenta. > > > > Graduando em Meteorologia (Bacharelado) - IAG/USP. > > Fone: +5511981318435. > > > > _______________________________________________ > > R-br mailing list > > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > > código mínimo reproduzível. > > > > > > -- > Grato > Augusto C. A. Ribas > > Site Pessoal: http://recologia.com.br/ <http://augustoribas.heliohost.org> > Github: https://github.com/Squiercg > Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056 > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20141113/eaa31741/atta…> > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 47, assunto 14 > *****************************************

2 2

Permutação ou aleatorização
by Luciano F. Sgarbi 14 Nov '14

14 Nov '14

Bom dia Pessoal. Qual a diferença entre permutação e aleatorização? Se é que essas coisas são realmente diferentes... ou permutação é um tipo de aleatorização Em uma busca rápida no google encontrei (de modo bem simplificado) que permutação seria um rearranjo (ou recombinação) dos dados observados. No exemplo abaixo eu fiz uma aleatorização ou permutação? x<-1:50 y<-(.2*x)+rnorm(length(x)) plot(x,y,pch='*',cex=2);abline(lm(y~x),lwd=2) Ay<-sample(y) plot(x,Ay,pch='*',cex=2);abline(lm(Ay~x),lwd=2) Obrigado pela atenção! Luciano -- *Luciano F. Sgarbi* * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354>* *Laboratório de Ecologia Teórica e Síntese**Departamento de Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas V.* *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*

2 2

Semente
by Emerson Cotta Bodevan 13 Nov '14

13 Nov '14

Prezados, bom dia. Quero gerar uma sequência de números aleatórios. Mas quero guardar a semente para poder replicar a mesma sequência em outras simulações. Como faço para guardar esta semente e como faço para usá-la. Na verdade estarei gerando uma sequência de triplas ordenadas. Onde cada número da tripla representa uma localização. Agradeço qualquer ajuda. Att., *Emerson*

3 4

Estimação dos parâmetros <likfit>
by Felinto COSTA 13 Nov '14

13 Nov '14

Prezados. Preciso estimar os parâmetros do componente espacial (e do erro) da função de correlação usando a função <likfit> com a remoção de tendência da média. Para isso estou inserindo uma função para esta tendência <trend=~coords[,1]+coords[,2]+ I(coords[,1]^2)+I(coords[,2]^2)+coords[,1]*coords[,2]>, mas que parece ser incorreta para esta situação pelo aviso de erro que retorna. Seria o caso de estimar os resíduos partindo da regressão da matriz de tendência (via <trend.spatial>) pelos valores observados e daí sim usá-los como o novo <geodata> a função <likfit>? Uma vez estimados os parâmetros da função usando os resíduos, a aplicação dela para realizar estimativas em pontos não amostrados deverá ser sobre o <geodata> original? O o <geodata> dos resíduos, somando-se a esta estimativa a parte estimada pelo polinômio de 2ª ordem? Antecipadamente agradeço a atenção de todos.

1 0

Problemas lendo .dbf no R
by Paulo Pimenta 13 Nov '14

13 Nov '14

Prezados, Estou com um problema ao ler arquivos .dbf no R. Abaixo segue a lógica que usei em meu código para fazer a leitura: ########################################################################################## #############################################################################################comando para ler um arquivo ".dbf" #### ## ##library("foreign") #### ####read.dbf("I:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/testes/teste_1/corte_estrada_aneis.dbf") #### ## ###############################################################################################Salvando tudo em forma de lista library("foreign") setwd("I:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/testes/teste_1") arquivos <- list.files(pattern="\\.dbf$") x <- lapply(arquivos, read.dbf) ##Exportando os comprimentos de cada estrada cortada por um anel for (i in 1:91){ y[[i]] <- x[[i]] vector_length[i] <- sum(y[[i]][,2]) } ########################################################################################## Assim como mostrado no exemplo acima estou lendo um arquivo chamado "corte_estrada_aneis.dbf", todavia possui um banco com 91 desses arquivos numerados de forma que seus nomes ficam, por exemplo: corte_estrada_aneis.1dbf, corte_estrada_aneis2.dbf, corte_estrada_aneis3.dbf, ... até finalmente corte_estrada_aneis91.dbf. O problema na leitura dos .dbf consiste que a lógica acima usada por mim faz com que a ordenação saia errada, ou seja, ele faz a leitura dos arquivos corte_estrada_aneis1.dbf, corte_estrada_aneis12.dbf, corte_estrada_aneis13.dbf e assim por diante. Uma tentativa minha, porém não muito bem sucedida foi a seguinte: ######################################################################################### library("foreign") for (i in 1:9){ g[i] <- read.dbf("I:/qgis_1/exercicio_buffer_L1/testes/teste_1/corte_estrada_aneis[i].dbf") } g ######################################################################################### Mas como tudo esta contido em " " o índice [i] será lido literalmente. Peço ajuda aos colegas para poder solucinar este problema, seja com a minha lógica ou com alguma idéia diferente. Abraços a todos! Paulo Henrique de A. S. Pimenta. Graduando em Meteorologia (Bacharelado) - IAG/USP. Fone: +5511981318435.

2 1

Read.table
by Giselle Davi 12 Nov '14

12 Nov '14

Prezados, Fiz a leitura do arquivo de dados dessa maneira: snp0 <- as.matrix(read.table("SNP.txt", header = TRUE, as.is = TRUE, sep="\t")) A leitura ocorre sem mensagem de erro. Logo, eu utilizo o comando head(snp0)para visualizar os dados, mas some tudo no Console do R como se eu tivesse iniciado o programa. Alguém saberia me ajudar ?? Desde já agradeço !! Att, Giselle

2 1