Outubro 2014 - R-br

mensagem de erro usando função glmer
by Ana Maria Nievas 16 Out '14

16 Out '14

Oi pessoal! Tentando reproduzir um script do livro do Zuur, me deparei com a seguinte mensagem de erro: O1.glmer <-glmer(NCalls~offset(LBroodSize)+SexParent*FoodTreatment+SexParent*ArrivalTime+(1 | fNest),data = an1, family = poisson) Mensagens de aviso perdidas: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model is nearly unidentifiable: very large eigenvalue - Rescale variables? Alguém sabe como solucionar? -- Ana Maria Nievas Bióloga e Mestre em Ciências, com ênfase em Ecologia Aplicada (16) 98843-7744

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Adicionar linhas em xyplot multipaneis
by Fernando Souza 16 Out '14

16 Out '14

Caros amigos estou criando um gráfico utilizando o pacote látice e a função xyplot(). O gráfico é composto de dois paneis um contendo dados de temperatura e humidade em função da data do ano. Eu tenho as variáveis de temperatura (minima,maxima e média) e humidade relativa (minima, maxima e média). Eu fiz os gráficos da temperatura e humidade média em função da data e gostaria de adicionar os valores de máximo e mínimo dentro dos respectivos paneis. Eu utilizei a função (exemplo) panel= panel.lines (x,dados$TEMPMAX) associado a funçao prepanel, no entanto o linha de temperatura máxima foi colocada tanto no panel de temperatura quanto no panel de humidade relativa. Fiz uma busca na internet e não encontrei nada que pudesse solucionar meu problema. Como eu posso fazer para adicionar as linhas TEMPMAX e TEMPMIN S somente no panel de temperatura e URAMAX E URAMIN somente no panel de humidade relativa? dados<- structure(list(DATA = structure(c(14485, 14486, 14487, 14488, 14489, 14490, 14491, 14492, 14493, 14494, 14495, 14496, 14497, 14498, 14499, 14500, 14501, 14502, 14503, 14504, 14505, 14506, 14507, 14508, 14509, 14510, 14511, 14512, 14513, 14514, 14515, 14516, 14517, 14518, 14519, 14520, 14523, 14524, 14525, 14526, 14527, 14528, 14529, 14530, 14531, 14532, 14533, 14534, 14535, 14536), class = "Date"), TEMPMIN = c(11.85, 11.85, 13.65, 17.9, 18.45, 18.6, 19.6, 19.2, 19.8, 17.8, 18.7, 18.7, 15.5, 15.55, 15.65, 16.4, 18.7, 18.15, 17.55, 17.85, 18.75, 20.95, 19.3, 19.35, 19.4, 18.8, 17.65, 17.75, 16.45, 16.95, 18.4, 21.1, 18.2, 18.05, 18.05, 18.55, 19.95, 20.7, 18.6, 18.6, 16.9, 17.15, 18.6, 20.8, 18.1, 19.85, 19.85, 20.45, 20.4, 19), TEMPMAX = c(28.05, 28.05, 28.3, 30, 30.9, 30.8, 30.35, 31.2, 27.25, 27.9, 31.3, 31.3, 28.6, 28.25, 29.7, 31.05, 31.95, 32.75, 30.7, 31.65, 32.85, 32.65, 33.2, 33.05, 24.7, 24.35, 24.95, 28, 28.15, 30.9, 33.1, 34.95, 26.65, 28.55, 28.55, 32.45, 31.7, 31.4, 23.4, 23.4, 27.95, 28.05, 30.45, 29.6, 31.2, 33.45, 33.45, 30.4, 28.6, 29.95), URAMIN = c(38, 38, 37, 40, 41.5, 43, 42.5, 41, 54, 61.5, 44.5, 44.5, 41.5, 41, 19.5, 19, 18, 19.5, 26.5, 19.5, 19.5, 20, 25.5, 29, 70, 71.5, 42.5, 50, 44, 31, 23, 15.65, 46.5, 46, 46, 32.5, 27, 31.5, 76, 76, 44.5, 44, 36.5, 45.5, 34, 25.5, 25.5, 49.5, 55.5, 52.5), URAMAX = c(89, 89, 89, 94, 91, 91, 96.5, 94.5, 99, 99, 95.5, 95.5, 91, 93, 80.5, 76.5, 74.5, 74.5, 75.5, 77, 76, 80, 88, 92, 94, 93.5, 94, 91.5, 85.5, 83.5, 79, 51.75, 77.5, 81, 81, 91.5, 86.5, 88.5, 92.5, 92.5, 84, 85, 82, 86, 80, 90, 90, 95, 90.5, 97), TEMPMED = c(19.95, 19.95, 20.975, 23.95, 24.675, 24.7, 24.975, 25.2, 23.525, 22.85, 25, 25, 22.05, 21.9, 22.675, 23.725, 25.325, 25.45, 24.125, 24.75, 25.8, 26.8, 26.25, 26.2, 22.05, 21.575, 21.3, 22.875, 22.3, 23.925, 25.75, 28.025, 22.425, 23.3, 23.3, 25.5, 25.825, 26.05, 21, 21, 22.425, 22.6, 24.525, 25.2, 24.65, 26.65, 26.65, 25.425, 24.5, 24.475), URAMED = c(63.5, 63.5, 63, 67, 66.25, 67, 69.5, 67.75, 76.5, 80.25, 70, 70, 66.25, 67, 50, 47.75, 46.25, 47, 51, 48.25, 47.75, 50, 56.75, 60.5, 82, 82.5, 68.25, 70.75, 64.75, 57.25, 51, 33.7, 62, 63.5, 63.5, 62, 56.75, 60, 84.25, 84.25, 64.25, 64.5, 59.25, 65.75, 57, 57.75, 57.75, 72.25, 73, 74.75), ITH = c(65.88425, 65.88425, 67.355125, 71.62425, 72.664625, 72.7005, 73.095125, 73.418, 71.014375, 70.04575, 73.131, 73.131, 68.89775, 68.6825, 69.794625, 71.301375, 73.597375, 73.77675, 71.875375, 72.77225, 74.279, 75.714, 74.92475, 74.853, 68.89775, 68.216125, 67.8215, 70.081625, 69.2565, 71.588375, 74.20725, 77.471875, 69.435875, 70.6915, 70.6915, 73.8485, 74.314875, 74.63775, 67.391, 67.391, 69.435875, 69.687, 72.449375, 73.418, 72.62875, 75.49875, 75.49875, 73.740875, 72.4135, 72.377625)), .Names = c("DATA", "TEMPMIN", "TEMPMAX", "URAMIN", "URAMAX", "TEMPMED", "URAMED", "ITH"), row.names = c(NA, 50L), class = "data.frame") library(lattice) #-ítulo dos gráficos humidade <- "Relative Humidity (%)" temperatura <- as.expression(expression( paste("Average Air Temperature(", degree*C, ")") )) #--Personalização do cabeçario dos gráficos # (NB the colour used is the default lattice strip background colour) my.strip <- function(which.given, which.panel, ...) { strip.labels <- c(temperatura,humidade) panel.rect(0,0, 1, 1, col="gray95", border=1) panel.text(x=0.5, y=0.5, adj=c(0.5, 0.55), cex=0.95, lab=strip.labels[which.panel[which.given]]) } #--Intervalo do eixo X xlim <- range(as.Date(dados$DATA,format="%d/%m/%y",tz="UTC")) #--marcadores para as linhas grid d <- seq(from=as.Date("2009-08-29"), to=as.Date("2009-12-04"), by=365/4) #--Definição das cores das linhas col.raw <- "gray0" #colset[2] } see note above col.smo <-"gray80" #colset[1] } col.lm <- "grey20" #--Criação dos gráficos xyplot(TEMPMED +URAMED ~DATA, data=dados, scales=list(y="free", rot=0), xlim=xlim, strip=my.strip, outer=TRUE, layout=c(1, 2, 1), ylab="",xlab=NULL, panel=function(x, y, ...) { panel.fill(col ="gray100") #define a cor de fundo do panel panel.xyplot(x, y, ..., type="l", col=col.raw, lwd=1.0) # x~y panel.loess(x, y, ..., col=col.smo, span=0.14, lwd=1) # smoothed data panel.grid(h=-1,v=-1) }, key=list(text=list(c("raw data", "smoothed curve")), col=c(col.raw, col.smo), lty=c(1, 1), columns=2, cex=0.95, lines=TRUE ), )

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ADAPTAR UMA MATRIZ NO R
by Tiago Souza Marçal 16 Out '14

16 Out '14

Boa noite pessoal,estou trabalhando com o desenvolvimento matricial dos efeitos dialélicos dos modelos de Griffing no R.No entanto, estou tendo dificuldade para adaptar a matriz CR (mostrada abaixo) para a matriz CR1 (mostrada abaixo) que codifica os efeitos recíprocos. Qualquer sugestão é bem vinda.diall = structure(c(1L, 2L, 3L, 4L, 2L, 5L, 6L, 7L, 3L, 6L, 8L, 9L, 4L, 7L, 9L, 10L), .Label = c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10"), class = "factor")mat <- model.matrix(~-1+diall)mat[,colSums(mat)==1] = 0CR = matCR1 <- structure(c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), .Dim = c(16L, 10L), .Dimnames = list(c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12", "13", "14", "15", "16"), c("dia1", "dia2", "dia3", "dia4", "dia5", "dia6", "dia7", "dia8", "dia9", "dia10")), assign = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), contrasts = structure(list(dia = "contr.treatment"), .Names = "dia")) Att.Tiago. ################################################################# Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas #################################################################

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ecospat
by juan manuel Otalora 16 Out '14

16 Out '14

Colegas boa noite, eu estou usando o pacote ecospat para identificar similaridade de nichos, no script aparece este erro: *Error in validObject(.Object) : invalid class “SpatialPoints” object: bbox should never contain infinite values...* *9 stop(msg, ": ", errors, domain = NA) * *8 validObject(.Object) * *7 initialize(value, ...) * *6 initialize(value, ...) * *5 new("SpatialPoints", coords = coords, bbox = bbox, proj4string = proj4string) * *4 SpatialPoints(spr[, 1:2]) * *3 inherits(xy, "SpatialPoints") * *2 kernelUD(SpatialPoints(spr[, 1:2]), h = "href", grid = mask, * * kern = "bivnorm") * *1 ecospat.grid.clim.dyn(scores.clim, scores.clim, scores.sp2, R)* Alguém poderia me orientar sobre possíveis soluções. Muito obrigado -- *Juan Manuel Otálora Villamil*

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OT: Visto
by Leonard de Assis 14 Out '14

14 Out '14

Bom dia, Para eu participar de algum evento nos USA, só meu visto B1 B2 basta? Ou tenho que pedir outro específico

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Estimar assimetria e curtose
by Andre Oliveira 14 Out '14

14 Out '14

Pessoal alguém tem alguma sugestão melhor para estimar assimetria e curtose? Este pacote não bate a definição de Ferreira,D, F. 2005. curtose=m_4/s^4 assimetria= m_3/s^3 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- x=c(2,3,,5,6,8,9) library(fBasics) basicStats(x) André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES

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[OT] Curso: Variacao Genomica - Campinas
by Benilton Carvalho 13 Out '14

13 Out '14

Prezados, Escrevo para anunciar um curso, a ser realizado em Campinas/SP, no qual serao trabalhadas estrategias para analise de variantes genomicas. http://www.ebi.ac.uk/training/workshop/exploring-variation-animal-genomes-b… O curso sera' liderado por Ian Streeter e Anja Thormann, ambos membros do time Ensembl do EBI-EMBL. O curso sera' ministrado em ingles e contara' com sessoes teoricas e praticas. Peco a gentileza de que aqueles que se inscreveram, tentem novamente. Se voces precisarem de maiores informacoes, por favor, nao hesitem em entrar em contato comigo. Tambem, se possivel, encaminhem para eventuais interessados. Novamente, meus pedidos de desculpas pelo envio de mais uma mensagem a este respeito e possivel duplicacao. Espero ve-los em breve em Campinas, benilton

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Referência sobre o R
by Helder Gramacho 12 Out '14

12 Out '14

Olá, boa noite, Alguém possui este trabalho e poderia disponibilizar? *FRERY, A. C.* ; PERCIANO, T. <http://lattes.cnpq.br/6877649058117092> Elementos de Processamento e Análise Estatístico de Imagens usando R. In: Marco Antônio Piteri; José Carlos Rodrigues. (Org.). Fundamentos de Visão Computacional. Santa Cruz do Rio Pardo, SP: Unesp, 2011, v. , p. 1-63. Desde já agradeço, *Hélder Gramacho * Recife-PE / *agrohelder(a)gmail.com <agrohelder(a)hotmail.com>*

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dados climáticos históricos
by Fernando Antonio de souza 11 Out '14

11 Out '14

Caros amigos, estou necessitando de dados climáticos (temperatura max e min, e umidade relativa do ar max e min) do entorno da cidade de pedro leopoldo para o ano de 2009 ( julho a dezembro). Alguém sabe onde consigo estas informações? Att

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mapa: rosa dos ventos
by Aline Lipsky 10 Out '14

10 Out '14

Boa tarde caros colegas, Estou plotando um mapa com o seguinte script: library(maptools)library(maps)library(mapdata)library(mapproj)library(sp) SHP22 <- readShapeSpatial("hidrografia_poligonos_utm22.shp") #Plotar o mapax11() par(mar=c(2,2,2,4.2)) # ajustando as margens (bottom, left, top, right)plot(SHP22, col='light blue', axes=F, ylim=c(6441000,6530000),xlim=c(380000,410000)) #adicionando eixo no mapaaxis(4, las=1, cex.axis=0.9) #adicionando latitude do lado direito do mapaaxis(1, las=1, cex.axis=0.9) #adicionando longitude abaixo do mapa Mas quando tento plotar a rosa dos ventos com a seguinte função: compassRose(430000,6525000, rot=0, cex=0.65) aparece o erro: Error: could not find function "compassRose". Alguém saberia me dizer o que posso fazer? Grata desde já pela atenção, Att., Aline

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