Setembro 2013 - R-br

Modelos não-linear misto (nlme), obtenção do intervalo de confiança
by Alisson Lucrecio 12 Set '13

12 Set '13

Caro Colegas r-br, Boa tarde, Eu estou usando a função "augPred" para obter as estimativas do modelo não-linear misto, entretanto gostaria de plotar com o intervalo de confiança de 95%. Você saberiam qual função posso usar para obter o intervalo de confiança? Em lm posso usar a função predict(...., interval="confidence"), mas nlme ela não funciona. Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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PGLS - Phylogenetic Generalized Least Squares
by marcelo claro de souza 11 Set '13

11 Set '13

Boa tarde, Gostaria de comparar a variação no acúmulo de N foliar entre duas comunidades vegetais utilizando regressões lineares filogenéticas (PGLS ou OLS). Tal análise foi realizada por Penũelas et al 2011 (tabela 2) ao comparar o acúmulo de nutrientes floiares entre duas comunidades vegetais, uma em Borneo e a outra no Hawaii ( http://www.esajournals.org/doi/abs/10.1890/ES10-00185.1) O pacote CAPER possui a função 'pgls' capaz de rodar esse tipo de análise, entretanto, eu só encontrei exemplos sobre comparações de duas variáveis dentro da mesma comunidade: require(caper) data(shorebird) shorebird <- comparative.data(shorebird.tree, shorebird.data, Species, vcv=TRUE) mod <- pgls(log(Egg.Mass) ~ log(M.Mass), shorebird) summary(mod) Alguém poderia me dar uma luz sobre como fazer isso, mas comparando duas populações? Agradeço imensamente por qualquer ajuda. Abraço Marcelo

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Transformar string em binário
by Gerson R. Primo Jr 11 Set '13

11 Set '13

Pessoal, Estou com uma base que algumas variáveis são dicotômica (SIM/NÃO) e o campo está preenchido com a palavra SIM/NÃO. Gostaria de transforma-la em binárias, ou seja, SIM = 1 e NÃO = 0. É uma base de 800k e acredito que com essa mudança posso diminuir seu tamanho e também facilita a analise. T em algum comando que possa fazer essa transformação? No aguardo. Att, *Gerson R. Primo Jr** *

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wilcox.test()
by Marcos Paulo Felizardo 10 Set '13

10 Set '13

Boa tarde pessoal, então na verdade a minha dúvida é conceitual, peço desculpas, estou estudando, mas ainda sou muito leigo nos conceitos de estatística para inferência não-paramétrica. Bem, estou caracterizando sementes, e os dados não tem distribuição normal e nem são possíveis de serem normalizados por outras funções. Para comparar então estas propriedades vou usar o testes de wilcox.test() com paired=FALSE, ou seja o teste de Man-Whitney. Na consulta a documentação tem dois parâmetros: exact e correct, que não consigo entender o que significam. E se coloco igual a TRUE para os dois, tem uma mensagem de aviso. Colo abaixo a mensagem de aviso e o resultado. > wilcox.test(t2pen2$Dmax,t3pen2$Dmax,alternative = c("two.sided"),mu = 0,exact = TRUE,correct = TRUE, paired = FALSE, conf.level = 0.95) Wilcoxon rank sum test with continuity correction data: t2pen2$Dmax and t3pen2$Dmax W = 101755.5, p-value = 0.1205 alternative hypothesis: true location shift is not equal to 0 Mensagens de aviso perdidas: In wilcox.test.default(t2pen2$Dmax, t3pen2$Dmax, alternative = c("two.sided"), :não é possível computar o valor de p exato com o de desempate O que essa mensagem quer dizer? E estou usando esses parâmetros corretamente? Se a pergunta for muito leiga, aceito sugestões de bibliografia. Estou usando o livro: D'HAINAUTI, L. Conceitos e métodos da estatística, V.1. Fundação Caloute Gulbenkian, 1997. Marcos Paulo Felizardo

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erro em carregar rjava
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 10 Set '13

10 Set '13

Amigos de R, Meu problema é que preciso importar dados para dentro do R a partir planilhas xls, onde cada sujeito possui dados em diferentes arquivos e os dados não estao dispostos em linhas em colunas como em um banco de dados. No entanto, o software de avaliação nutricional que gerou as planilhas de cada sujeito repete a estrutura. Então imaginei que o que eu preciso e saber aonde os dados que me interessa estão planilha e importar somente esse pedaço da planilha. Descobri então que o pacote xlsx permite que eu escolha com antecedência quais caselas o R irá ler. O problema é que o xlsx depende do rjava e toda vez que eu tento carregar o xlsx vem um erro dizendo que não consegue encontrar o java. Eu atualizei o java da maquina que uso, mas o erro persiste. Ainda, descobri que há diferenças entre java e javascript... mas não entendi muito bem qual dos dois o pacote precisa. Alguem pode me dar uma luz de como fazer essa comunicação funcionar? > library('xlsx') Carregando pacotes exigidos: xlsxjars Carregando pacotes exigidos: rJava Error : .onLoad falhou em loadNamespace() para 'rJava', detalhes: chamada: fun(libname, pkgname) erro: No CurrentVersion entry in Software/JavaSoft registry! Try re-installing Java and make sure R and Java have matching architectures. Error: package ‘rJava’ could not be loaded QUe a força esteja sempre com voces, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil http://blog.ipec.fiocruz.br/lapclin-chagas/ Curriculum Lattes: http://lattes.cnpq.br/6597654894290806 ResearchGate.net: https://www.researchgate.net/profile/Pedro_Brasil2/ Instituto Nacional de Infectologia/Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 e-mail: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br e-mail: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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missing Exploratory Factor Analysis
by Luciane Maria Pilotto 09 Set '13

09 Set '13

Olá pessoal, como faço para informar os missing (NA) numa análise fatorial exploratória? Não gostaria de excluir a linha toda, apenas desconsiderar o missing na variável em questão. Estou usando os comandos: matcor <- cor(oidp9) print(matcor, digits = 2) fit <- factanal(oidp9, 3, rotation="varimax") print(fit, digits=2, cutoff=.3, sort=TRUE) Att., Luciane Pilotto

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Re: [R-br] missing Exploratory Factor Analysis
by Ivan Bezerra Allaman 09 Set '13

09 Set '13

?factanal tem a solução!! (s,f,p) Allaman

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Estimativa do intervalo de confiança em nlme
by Alisson Lucrecio 09 Set '13

09 Set '13

Caro Colegas r-br, Boa tarde, Eu estou usando a função "augPred" para obter as estimativas do modelo não-linear misto, entretanto gostaria de plotar com o intervalo de confiança de 95%. Você saberiam qual função posso usar para obter o intervalo de confiança? Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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Re: [R-br] List
by Ivan Bezerra Allaman 08 Set '13

08 Set '13

Difícillll adivinhar!!! Um CMR caso ainda queira ajuda!!

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Re: [R-br] Gerar e analizar dados por TRI
by Ivan Bezerra Allaman 08 Set '13

08 Set '13

Envie um código reproduzível para que as pessoas possa lhe ajudar!!! (s,f,p) Allaman

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