Agosto 2013 - R-br

OFF-TOPIC: Curso RNA-Seq usando R/BioConductor
by Benilton Carvalho 20 Ago '13

20 Ago '13

Prezados, peço desculpas pelo OT, mas aproveito esta oportunidade para anunciar a realizacao de um curso de análise de dados de RNA-Seq em Recife/PE, a partir de 28 de Outubro. Vejam detalhes no flyer 'linkado' abaixo, contaremos com a participação de alguns nomes interessantes, como: Robert Gentleman (o criador do R e do BioConductor), Martin Morgan (o atual diretor do BioConductor) e Wolfgang Huber (autor de vários pacotes, incluindo o DESeq e vsn). https://dl.dropboxusercontent.com/u/83643/RnaSeqRecife.pdf Os custos incluem acomodação e alimentação. Att, benilton

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Dúvida: Utilizando o RCurl para preencher formulários
by Rogério Barbosa 20 Ago '13

20 Ago '13

Olá, Estou tentando aprender a mexer com o RCurl para postar formulários web. Mas não estou tendo muito sucesso com o uso da função postForm. Abaixo há dois exemplos de tentativas minhas... ambas não deram certo. Alguma dica? abraços, Rogério J. Barbosa ######## Exemplo 1 - Preenchimento de um Google Form require(XML) require(RCurl) # Página com o formulário url = " https://docs.google.com/forms/d/1daaGo7XZaaGGPvTOconG8QZItqaLeIZmSpPPcgxTJv… " # Define o a ser usado certificado options(RCurlOptions = list(cainfo = system.file("CurlSSL", "cacert.pem", package = "RCurl"))) #Baixa a url orig = getURLContent(url=url) #Parsing... doc = htmlParse(orig[[1]], asText=TRUE) # Obtem os formulários forms = getNodeSet(doc, "//form") forms[[1]] #exibe o primeiro # Mostra os nodes do tipo "input" que devem ser preenchidos no formulário getNodeSet(forms[[1]], ".//input") # Mostra os nodes do tipo "select" que devem ser preenchidos no formulário getNodeSet(forms[[1]], ".//select") # Tentativa de postar o formulário ---------- "Error: Method Not Allowed" htmlParse(postForm(url, "entry.1945263135"="Option 1", "entry.1427156778"="", "entry.296661609"="Option 1", "entry.1456907668"="Option 1", style = 'POST')) ################################### ######## Exemplo 2 - Tentativa de prencher um fomulario em que o botão de submissão é uma ######## funçao javascript url = " http://www.javascript-coder.com/files/form-submit/javascript-form-submit-ex… " # Preenchimento do formulario ---------- não acontece nada, não submete htmlParse(postForm(url, "query"="bla", .opts=curlOptions( referer=url,verbose = TRUE, followLocation = TRUE) ) )

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Passar parâmetro para with() dentro de uma função
by Rodrigo Coster 19 Ago '13

19 Ago '13

Caros, eu tenho uma função que me retorna um data.frame() com várias colunas que vou utilizar para outros calculos. Eu queria facilitar a minha vida e colocar esses calculos dentro da função, como um parâmetro (dado que não existe somente um calculo). Encontrei uma maneira de fazer isso fora da função pelo with() ou até mesmo evalq(), só que não consegui fazer isso dentro da função. Eu entendo os erros que dão e concordo com eles, mas não consegui encontrar uma maneira que funcione. Basicamente é isso: dados <- data.frame(x=1:10, v1=rnorm(10), v2=rnorm(10)) with(dados, v1+v2) # Fora da função funciona func <- function(data, func) { with(dados, func) } func(dados, v1+v2) # Da erro na hora de chamar a função func(dados, 'v1+v2') # Retorna o string Alguma sugestão/solução?

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Modelo Random Forest em ambiente de produção.
by Fabrício Barth 19 Ago '13

19 Ago '13

Pessoal, Usei o algoritmo randomForest do pacote http://cran.r-project.org/web/packages/randomForest/randomForest.pdf para criar um classificador com 80% de acurácia. Quero utilizar este modelo (classificador) em ambiente de produção, integrado a uma aplicação escrita em Ruby. Para implementar a integração eu já fiz alguns testes com: 1) RApache: http://rapache.net/ 2) Rserver: http://www.rforge.net/Rserve/doc.html 3) RinRuby: https://sites.google.com/a/ddahl.org/rinruby-users/ 4) RScript: http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/utils/html/Rscript.html 5) R com a opção "-e EXPR" via bash do unix. 6) Exportar o modelo usando PMML ( http://journal.r-project.org/archive/2009-1/RJournal_2009-1_Guazzelli+et+al…) e importá-lo no ruby. No entanto, nenhuma das opções é rápida e robusta o sufiente para processar 4e+09 requisições em no máximo 4 horas. Aliás, se eu fosse fazer um ranking das opções, eu diria que em primeiro lugar está "R com a opção "-e EXPR" via bash do unix", seguido por RScript, depois RinRuby e depois todas as outras alternativas. A parte em Ruby já foi desenvolvida para processar paralelamente em várias máquinas. No entanto, o gargalo da aplicação está sendo a execução do modelo em R. Alguém conhece alguma forma para converter um modelo preditivo em R (no caso, randomForest) para uma estrutura em C ou Ruby? Valeu! -- Fabrício J. Barth http://fbarth.net.br http://blog.fbarth.net.br http://twitter.com/fbarth http://www.flickr.com/fbarth

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Text Mining
by Vinicius Brito Rocha 19 Ago '13

19 Ago '13

Pessoal, sabe me dizer se no pacote tm ou no RCurl, existe alguma função para extrair o conteúdo de uma pagina baixada via getURL? Ou seja, apenas o texto do corpo principal da página. Abs -- *Vinicius Brito Rocha.* *Estatístico e Atuário ** M.Sc. Engenharia de Produção/PO*

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'If' dentro do 'Else'
by Arthur Telles Calegario 19 Ago '13

19 Ago '13

Oi pessoal,Estou com uma dificuldade de efetivar um 'if' dentro do 'else'.É possível fazer isso né? Estou trabalhando com uma técnica de agrupamento baseado na "transferência de entropia mútua" que é a matriz do exemplo.Grifei o problema em amarelo.Se puderem me ajudar.Agradecido,Arthur. #Exemplo: col1=c(1,0.45,0.25,0.18,0.14,0.22,0.26,0.41)col2=c(0.54,1,0.50,0.15,0.15,0.3,0.27,0.28)col3=c(0.2,0.52,1,0.21,0.17,0.5,0.22,0.26)col4=c(0.13,0.17,0.28,1,0.4,0.22,0.5,0.16)col5=c(0.12,0.15,0.15,0.42,1,0.19,0.31,0.14)col6=c(0.2,0.32,0.49,0.25,0.21,1,0.23,0.2)col7=c(0.21,0.25,0.19,0.48,0.29,0.19,1,0.21)col8=c(0.47,0.32,0.29,0.22,0.15,0.23,0.2,1) dados=cbind(col1,col2,col3,col4,col5,col6,col7,col8) # matrix DIT (direcional information transfer) #Prática Dit=dadosthreshold=0.35grupos=list(0,0,0,0,0,0,0,0) # 8 pois é o máximo número de grupos #lógica 1for (i in 1:ncol(dados)) { for (j in i:ncol(dados)) { if ((Dit[i,j]>=threshold && Dit[j,i]>=threshold) && Dit[i,j]!=1) #condição para agrupar --> i e j > thresold for (k in 1:i) #verificar se i ou j estão em algum grupo anterior { if (sum(grupos[[k]])==i | sum(grupos[[k]])==j) {grupos[[k]]=cbind(grupos[[k]],i,j)} else {(if (grupos[[k]]==0) {grupos[[k]]=c(i,j)})} ##Problema: fazer if dentro do else } } }

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referência - violação normalidade ANOVA
by Heloíse Pavanato 16 Ago '13

16 Ago '13

Boa tarde, Alguém tem uma sugestão de referência sobre violação do pressuposto de normalidade em análise de variâncias? Grata, Heloise

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Artigo de geoestatística com rastreamento de veículos
by Mauro Sznelwar 16 Ago '13

16 Ago '13

Alguém tem artigo do Geoestatística sobre rastreamento de veículos, ou alguma coisa no genero para área de transposrtes? Pode ser em outro idioma. Desde já agradeço!

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function heplot package heplots
by Alisson Lucrecio 15 Ago '13

15 Ago '13

Caro Colegas, Boa tarde. Eu estou precisando ter acesso ao código da função "heplot" ou alguma similar para poder plotar uma discriminante canônica. Algum de vcs poderia me ajudar? Obrigado Alisson Lucrécio da Costa

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MAIúSCULA- MINúSCULA
by Edson Lira 15 Ago '13

15 Ago '13

Bom dia a todos. Tenho um banco de dados aonde foram digitados todos os dados com as letras maiúsculas. Como faço no R para corrigir, ou seja, para formatar para letras minúsculas? [ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas

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