Julho 2013 - R-br - DINF UFPR

Pesos Censo 2010
by Raphael Saldanha 08 Jul '13

08 Jul '13

Prezados, Tenho uma dúvida mais conceitual sobre os microdados do censo 2010. Como devo trabalhar com os pesos dos registros? Mais exatamente no meu caso, preciso fazer algumas tabulações de variáveis categóricas, por exemplo, sexo e cor, com os microdados. Como devo proceder? ---Atenciosamente,Raphael Saldanha rfsaldanha(a)outlook.com

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Sugestao de pacote
by Marcelo Laia 08 Jul '13

08 Jul '13

Preciso realizar uma análise sobre a resistência de dado genótipo a uma praga. O experimento foi o seguinte: genotipo T0 T1 T2 1 10 8 3 2 10 10 10 3 10 2 0 4 10 1 0 5 10 10 10 (...) n 10 8 2 Em cada genótipo foram adicionados 10 insetos no tempo zero e passou-se a contar o número de sobreviventes a cada dia. Genótipos onde os insetos morreram de início são mais resistentes que aqueles em que os insetos sobreviveram mais tempo. Há repetição desse mesmo experimento ao longo do tempo. Foi observado que em determinada época do ano a mortalidade varia. Poderia sugerir um pacote que auxilia nesse tipo de análise? Ou sugerir material bibliográfico? Funções, etc...? Obrigado -- Marcelo Brasil (Brazil, for English Speakers) Linux user number 487797

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Tamanho de uma Variável!
by Sérgio Henrique almeida da silva ju 08 Jul '13

08 Jul '13

Qual comando do R que me retorna o tamanho de uma variável? Sei que o length me dá o tamanho do banco! ex.: var <- c(123, 123, 456,456") tamanho da variável = 3 Abraços -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 68463637 http://www.linkedin.com/profile/view?id=250437145&trk=tab_pro

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Como obter coeficientes padronizados em modelos mistos Poisson?
by Juliana Schietti 08 Jul '13

08 Jul '13

Olá, Gostaria de saber se é possivel obter os coeficientes beta padronizados para as variáveis preditoras (efeitos fixos) em um modelo misto para distribuição Poisson. Minha pergunta é mais sobre estatística do que sobre uso do R, mas espero que alguém possa ajudar. Obrigada, Juliana

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Re: [R-br] Como extrair índices linha e coluna de um raster
by Alex 08 Jul '13

08 Jul '13

Jônatan, a função rasterToshapefile é interessante, mas não atribuí o índices i e j ao shapefile criado. Encontrei outra solução no script abaixo e espero auxilar outras pessoas. Apenas uma ressalva, ao final gero um shapefile de pontos, com os atributos i, j e o valor da célula, mas depois associo ao shapefile de polígonos no Quantum GIS através da função Join de Tabelas. Outra solução possível é juntar a sua solução de rasterToPolygon e depois realizar o Join de tabela com os shapefiles de pontos. Realmente seria interessante que a função rasterToPolygon levasse as informações de linha e coluna para o shapefile criado. Mais uma vez obrigado Jôntan e Elias, vocês me orientaram bastante na solução deste problema. require(raster) require(rgdal) require(shapefiles) require(maptools) ### ENTRADA DE DADOS ### ## criando um raster r <- raster(ncol=319,nrow=319) atribuindo valores r[] <- (1:ncell(r)) ## linha, coluna, celula, valor cbind(rowColFromCell(r,1:ncell(r)), 1:ncell(r),getValues(r)) matriz<-cbind(rowColFromCell(r,1:ncell(r)), 1:ncell(r),getValues(r)) matriz dim(matriz) tail(matriz) summary (matriz) names(matriz) # a matriz não possui nome de campos # Data Frame possui nome dos atributos class(matriz) require(sp) pontos<-data.frame(matriz) head(pontos) class(pontos) dim(pontos) names(pontos) coordinates(pontos) <- c("row","col") # c("Norte_Sul","Leste_Oeste") class(pontos) dim(pontos) getSlots("SpatialPointsDataFrame") slot(pontos, "bbox") require(maptools) writePointsShape(pontos,"matriz319pt", factor2char = TRUE, max_nchar=254) readShapePoints("matriz319pt", proj4string = CRS(as.character(NA)),verbose = FALSE,repair=FALSE)

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Re: [R-br] Como extrair índices linha e coluna de um raster
by Alex 08 Jul '13

08 Jul '13

Mauro, falta o carregar o pacote GDAL. Por favor, insira o comando no script require(rgdal). Att, Alex Santos Por que não rodaram os últimos comandos? > require(raster) > Loading required package: raster > Loading required package: sp > > r <- raster(nc=20,nr=10) > r[] <- rep(1:5,each=40) > plot(r) > res <- data.frame(rowColFromCell(r,1:ncell(r)), 1:ncell(r),getValues(r)) > names(res) <- c("row","col","cell","v") > ## criando stack com 4 layers > s <- stack(r,r,r,r) > ## atribuindo valores para cada layer baseado no res > s[] <- as.matrix(res) > plot(s) > #p<-rasterToPoints(s, spatial=T) > pp<- rasterToPolygons(s,dissolve=F) > #spplot(pp) > # writeOGR(p,getwd(),"p2",driver="ESRI Shapefile") > writeOGR(pp,getwd(),"matriz_pl",driver="ESRI Shapefile") > Error: could not find function "writeOGR" > > pescrito <- readOGR(getwd(), "matriz_pl") > Error: could not find function "readOGR" > pescrito@data > Error: object 'pescrito' not found >

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Table com zeros
by Fátima Lima Paula 07 Jul '13

07 Jul '13

Olá pessoal. Tenho uma variável cnes.1 (número do hospital) num banco. Quando faço table(banco$cnes.1), retornam vários com quantidade zero. Acho que é porque existe uma variável cnes.2 que apresenta quantidades para esses hospitais que no cnes.1 estão com zeros. Existe uma forma de se evitar isso? Obrigada Fátima -- "Minha felicidade depende da qualidade dos meus pensamentos"

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Dúvidas sobre a amostra
by edmar Caldas 07 Jul '13

07 Jul '13

Como eu sei que a minha amostra representa a população. Ex: tenho 10 mil observações minha população. Retirei aleatoriamente 1000 observações que é minha amostra Faço uma inferência. Um teste T. A partir do resultado do p-valor <0,05 posso dizer que minha amostra pode representar minha população com um IC 95%?

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Re: [R-br] Como extrair índices linha e coluna de um raster
by Alex 07 Jul '13

07 Jul '13

Jônatan, excelente! no seu script apenas substitui rasterToPoints para rasterToPolygons no final. O objetivo do raster é apenas para extrair as informações do índice (i, j). Os valores do pixel funcionam como ID's. Agora, o resultado final já é georreferenciado e as quadrículas estão prontas para uma posterior análise geoestatística. Att, Alex Santos ### ENTRADA DE DADOS ### r <- raster(nc=20,nr=10) r[] <- rep(1:5,each=40) plot(r) res <- data.frame(rowColFromCell(r,1:ncell(r)), 1:ncell(r),getValues(r)) names(res) <- c("row","col","cell","v") ## criando stack com 4 layers s <- stack(r,r,r,r) ## atribuindo valores para cada layer baseado no res s[] <- as.matrix(res) plot(s) #p<-rasterToPoints(s, spatial=T) pp<- rasterToPolygons(s,dissolve=F) #spplot(pp) # writeOGR(p,getwd(),"p2",driver="ESRI Shapefile") writeOGR(pp,getwd(),"matriz_pl",driver="ESRI Shapefile") pescrito <- readOGR(getwd(), "matriz_pl") pescrito@data

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Re: [R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R.
by Pedro Rafael 06 Jul '13

06 Jul '13

Obrigado pela opinião Leonard Mendonça. [ ], Pedro Rafael Diniz Marinho. Em 17 de novembro de 2012 14:45, Pedro Rafael < pedro.rafael.marinho(a)gmail.com> escreveu: > Obrigado pela opinião Leonard Mendonça. > > [ ], > Pedro Rafael Diniz Marinho. > > > Em 17 de novembro de 2012 12:13, Leonard Mendonça de Assis [via R-br] < > ml-node+s2285057n4657102h39(a)n4.nabble.com> escreveu: > > No meu entendimento é uma nova versão >> >> []s >> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >> >> Em 17/11/2012 11:32, Pedro Rafael escreveu: >> >> Benilton voce poderia me tirar uma dúvida? Já li a documentacao do R mas >> nao ficou claro para mim. Caso eu queira fazer uma nova versao do pacote >> pelo que eu entendi eu devo fazer upload do novo arquivo tar.gz informando >> a nova versao. Contudo, caso eu precise fazer pequenos ajustes, por >> exemplo, ajustes na documentacao. Como fazer isso sem mudar a versao do >> pacote? Isso pode ser feito? >> ---------- Mensagem encaminhada ---------- >> >> De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=0> >> > >> Data: 16/11/2012 17:50 >> Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R. >> Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=1> >> > >> >> >> Aguarde 24-48h, é o tempo do ciclo dos "builds". >> On 16 Nov 2012 20:47, "Pedro Rafael" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=0>> >> wrote: >> >>> Pessoal os binarios para windows e Mac sao gerados pelo CRAN? Vi em >>> alguns pacotes que entraram nos espelhos hoje nao tem esses binarios. >>> Existe uma mensagem do lado dizendo que os pacotes sao novos. Os binarios >>> nao sao gerados logo quando o pacofe entra no CRAN? >>> ---------- Mensagem encaminhada ---------- >>> De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=1>> >>> >>> >>> Data: 16/11/2012 17:01 >>> Assunto: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=2>> >>> >>> >>> >>> Se vc rodar >>> >>> R CMD check pacote >>> >>> ou seu equivalente para o windows... o que sao os erros e o conteudo >>> dos logs? >>> >>> 2012/11/16 tiago souza marçal <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=0> >>> > >>> >>> O meu path esta configurado da seguinte forma: >>> >>> C:\Perl\site\bin;C:\Perl\bin;C:\Rtools\bin;C:\MiKTeX2.9\miktex\bin;C:\R\R-2.15.2\bin\i386;C:\MinGW\bin;C:\HTMLHelpWorkshop;C:\Program >>> Files\Common Files\Microsoft >>> Shared\WindowsLive;%LINDOAPI_HOME%bin\win32;C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\System32\Wbem;C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program >>> Files\Windows Live\Shared;C:\Program Files\Internet Explorer >>> >>> Você vê algum problema? >>> >>> Att. >>> >>> Tiago. >>> >>> ------------------------------ >>> Date: Fri, 16 Nov 2012 13:58:58 -0200 >>> >>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=1> >>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=2> >>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> >>> na minha vm windows, eu instalei primeiro o miktex, depois instalei o >>> rtools. Deve ser alguma loucura do windows (Path faltando, por exemplo) >>> >>> []s >>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >>> >>> Em 16/11/2012 13:11, tiago souza marçal escreveu: >>> >>> O Rtools eu tenho o problema e quando eu peço para gerar o PDF ( R CMD >>> Rd2pdf ) ele me retorna uma mensagem de erro falando do MikTex 1.9, >>> entretanto, eu estou utilizando o MikTex 2.9. >>> >>> Att. >>> >>> Tiago. >>> >>> ------------------------------ >>> Date: Thu, 15 Nov 2012 20:33:21 -0200 >>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=3> >>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=4> >>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> >>> RTools, errei o nome >>> >>> voce acha no CRAN >>> >>> []s >>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >>> >>> Em 15/11/2012 09:42, tiago souza marçal escreveu: >>> >>> Leonard onde eu consigo baixar esse rutil? >>> >>> Att. >>> >>> Tiago. >>> >>> ------------------------------ >>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200 >>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=5> >>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=6> >>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> >>> No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que >>> estamos usando. >>> >>> Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei >>> quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os >>> 'bichinhos' do Rutil os quais precisava. >>> >>> []s >>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis >>> >>> Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu: >>> >>> Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu >>> caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R >>> CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão >>> antiga do MikTex que eu não estou usando. >>> >>> Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de >>> instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este >>> pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd. >>> Observe que foi retornado pra você um WARNING no check dos arquivos.Rd >>> com algumas mensagens de erro. >>> >>> Espero ter te ajudado. >>> >>> Att. >>> >>> Tiago. >>> >>> ------------------------------ >>> Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300 >>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=7> >>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=8> >>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R. >>> >>> Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro >>> na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da >>> documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro? >>> >>> OBS: Estou em uma máquina Linux. >>> >>> * using log directory >>> ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’ >>> * using R version 2.15.1 (2012-06-22) >>> * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) >>> * using session charset: UTF-8 >>> * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK >>> * checking extension type ... Package >>> * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’ >>> * checking package namespace information ... OK >>> * checking package dependencies ... OK >>> * checking if this is a source package ... OK >>> * checking if there is a namespace ... OK >>> * checking for executable files ... OK >>> * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK >>> * checking installed package size ... OK >>> * checking package directory ... OK >>> * checking for portable file names ... OK >>> * checking for sufficient/correct file permissions ... OK >>> * checking DESCRIPTION meta-information ... OK >>> * checking top-level files ... OK >>> * checking index information ... OK >>> * checking package subdirectories ... OK >>> * checking R files for non-ASCII characters ... OK >>> * checking R files for syntax errors ... OK >>> * checking whether the package can be loaded ... OK >>> * checking whether the package can be loaded with stated dependencies >>> ... OK >>> * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK >>> * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies >>> ... OK >>> * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK >>> * checking for unstated dependencies in R code ... OK >>> * checking S3 generic/method consistency ... OK >>> * checking replacement functions ... OK >>> * checking foreign function calls ... OK >>> * checking R code for possible problems ... OK >>> * checking Rd files ... WARNING >>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section >>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section >>> prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value >>> * checking Rd metadata ... OK >>> * checking Rd cross-references ... OK >>> * checking for missing documentation entries ... OK >>> * checking for code/documentation mismatches ... OK >>> * checking Rd \usage sections ... OK >>> * checking Rd contents ... OK >>> * checking for unstated dependencies in examples ... OK >>> * checking examples ... OK >>> * checking PDF version of manual ... ERROR >>> Rd conversion errors: >>> Warning: unknown option '-' >>> Warning in file(con, "r") : >>> cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or >>> directory >>> Error in file(con, "r") : cannot open the connection >>> >>> >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=9> >>> > escreveu: >>> >>> Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas >>> informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei >>> meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT que >>> eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código. >>> Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2 é se uma pessoa poderá desmanchar >>> algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome >>> dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por >>> uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara >>> de fora e reimplementou o pacote e tirou o nome dos autores antigos e >>> depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu como "autores antigos". >>> Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção >>> do pacote que deve ser respeitada? >>> >>> [ ], >>> Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> >>> >>> Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden >>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=10>>escreveu: >>> >>> >>> >>> On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote: >>> >>> > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo >>> de submissão? >>> >>> 1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions" que descreve isto >>> em >>> detalhes. >>> >>> 2 certifique-se que voce testou o seu pacote : >>> >>> R CMD check SEU_PACOTE >>> >>> e corrija todos os eventuais problemas >>> >>> > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira >>> > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu >>> tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as >>> atualizações >>> > fiquem disponíveis? >>> >>> Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION >>> >>> > >>> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote >>> não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele >>> > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem >>> que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela >>> primeira >>> > vez? >>> > >>> >>> Bem vindo ao Universo do Software livre >>> >>> Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que >>> quiser >>> >>> Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca. >>> Leia sobre licxancas GPL e análogas >>> >>> Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e >>> livre-se destas preocupacoes >>> >>> > >>> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito. >>> >>> Nao sao somente suas. >>> Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem >>> controvérsias! >>> >>> > >>> > Obrigado à todos. >>> > [ ], >>> > Pedro Rafael Diniz Marinho. >>> > >>> > >>> > >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] 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