Junho 2013 - R-br - DINF UFPR

Funções beta-generalizada, beta-generalizada mononuclear, Richards ou Beta-Richards no R
by Ederson Civardi 20 Jun '13

20 Jun '13

Bom dia a todos. Gostaria de obter ajuda de algum de vocês que já trabalharam ou utilizaram alguma dessas funções (beta-generalizada, beta-generalizada mononuclear, Richards ou Beta-Richards) ou outras similares/adequadas para ajustar curvas de regressão não linear para o R. Estou avaliando tamanho de lesão de uma doença em função da temperatura (10 - 15 -20 -25 e 30 graus C) e molhamento foliar de 4 h até 32h, com intervalo de 4h. Preciso gerar superfície de resposta para estes fatores e não sei como fazer isso no R. Além já trabalhou com isso? E como posso fazer no R? Desde já agradeço a qualquer resposta obtida. Ederson --

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teste wilcoxon
by alanarocha＠sapo.pt 20 Jun '13

20 Jun '13

----- Mensagem encaminhada de alanarocha(a)sapo.pt ----- Data: Tue, 18 Jun 2013 17:29:28 +0100 De: alanarocha(a)sapo.pt Assunto: teste wilcoxon Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Olá a todos, executei a base de dados original: DoseT-9 DoseT-6 DoseT-3 DoseT+3 DoseT+6 DoseT+9 1 54020104 930,0 900,0 900,0 390,0 1.170,0 2 54020178 1.860,0 930,0 900,0 420,0 840,0 3 54020303 1.860,0 2.790,0 2.700,0 1.620,0 1.440,0 4 54020492 930,0 930,0 900,0 420,0 840,0 5 54020637 1.080,0 480,0 870,0 2.970,0 2.700,0 6 54020698 2.790,0 1.590,0 930,0 390,0 720,0 NA 1 2.700,0 2 630,0 3 1.530,0 4 720,0 5 2.520,0 6 2.340,0 depois tentei executar só duas colunas da base de dados onde quero aplicar o teste de wilcoxon para elas o resultado não entendo: > setwd("f:/Ana_trabalho/Cinacalset") > dados<-read.table("Cinacalset.csv",header=TRUE,sep=";",dec=",") > colnames(dados)<-c("DoseT-9", "DoseT-6", "DoseT-3", "DoseT+3", > "DoseT+6", "DoseT+9") > dados[,-c(1,2,5,6,7)] DoseT-3 DoseT+3 1 900,0 900,0 2 930,0 900,0 3 2.790,0 2.700,0 4 930,0 900,0 5 480,0 870,0 6 1.590,0 930,0 7 930,0 900,0 8 750,0 780,0 9 3.720,0 3.600,0 10 420,0 60,0 11 2.790,0 2.790,0 12 930,0 900,0 13 3.720,0 3.720,0 14 930,0 900,0 15 930,0 1.800,0 16 900,0 930,0 17 1.860,0 1.860,0 18 1.800,0 1.800,0 19 390,0 270,0 20 750,0 780,0 21 930,0 900,0 22 930,0 930,0 23 540,0 450,0 24 390,0 390,0 25 1.860,0 1.860,0 26 2.340,0 2.340,0 27 210,0 390,0 28 390,0 930,0 29 1.440,0 1.350,0 30 930,0 900,0 31 1.410,0 1.560,0 32 840,0 930,0 33 900,0 930,0 34 1.860,0 1.710,0 35 900,0 600,0 36 900,0 1.860,0 37 900,0 930,0 38 900,0 930,0 39 900,0 930,0 40 900,0 930,0 41 390,0 390,0 42 900,0 930,0 43 930,0 900,0 44 2.700,0 2.790,0 45 900,0 930,0 46 900,0 930,0 47 900,0 930,0 48 900,0 930,0 49 900,0 1.860,0 50 1.800,0 930,0 51 1.800,0 930,0 52 3.600,0 3.720,0 53 1.800,0 1.860,0 54 1.860,0 1.860,0 55 1.860,0 1.860,0 56 930,0 900,0 57 360,0 930,0 58 390,0 390,0 59 1.800,0 1.860,0 60 900,0 1.860,0 61 900,0 930,0 62 930,0 930,0 63 930,0 930,0 64 930,0 900,0 65 930,0 900,0 66 900,0 930,0 67 930,0 900,0 68 2.790,0 2.790,0 69 1.860,0 1.800,0 70 390,0 900,0 71 930,0 900,0 72 360,0 390,0 73 900,0 930,0 74 930,0 930,0 75 2.520,0 2.040,0 76 900,0 840,0 77 1.680,0 2.820,0 78 1.680,0 1.860,0 79 840,0 930,0 80 930,0 930,0 81 1.680,0 1.860,0 82 1.860,0 1.800,0 83 900,0 840,0 84 930,0 1.860,0 85 930,0 900,0 86 930,0 390,0 87 360,0 360,0 88 930,0 930,0 89 930,0 900,0 90 930,0 900,0 91 840,0 1.860,0 92 360,0 360,0 93 1.800,0 1.680,0 wilcox.test(dados[,-c(1,2,5,6,7)]$DoseT-3, + dados[,-c(1,2,5,6,7)]$DoseT+3, paired=TRUE) Error in wilcox.test.default(dados[, -c(1, 2, 5, 6, 7)]$DoseT - 3, dados[, : not enough (finite) 'x' observations Cumprimentos Ana Quoting r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. trabalho em R test wilcox ou regressão (alanarocha(a)sapo.pt) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Tue, 18 Jun 2013 11:06:30 +0100 > From: alanarocha(a)sapo.pt > To: r-br <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br>, fjsequeira(a)fc.ul.pt, > sandro.matos(a)vodafone.com, rcoster(a)gmail.com, > cezar-fonseca(a)hotmail.com > Subject: [R-br] trabalho em R test wilcox ou regressão > Message-ID: > <20130618110630.Horde.PzJaJaeWCxtRwDEmmikGXKA(a)mail.sapo.pt> > Content-Type: text/plain; charset=UTF-8; format=flowed; DelSp=Yes > > > Bom dia tenho a seguinte questão a resolver, alguém me sabe dizer se > devo utilizar o teste de wilcoxon emparelhado ou um modelo de > regressão linear > 1. Avaliar as médias para cada caso, considerando 2 períodos > a. Período antes é igual aos Doset-9 ao Doset-3, que passará a ser > designado como H > b. Período depois é igual aos Doset+3 ao Doset+9, que passará a ser > designado como C > DoseT-9 DoseT-6 DoseT-3 DoseT+3 DoseT+6 DoseT+9 > 930,0 900,0 900,0 390,0 1.170,0 2.700,0 > 1.860,0 930,0 900,0 420,0 840,0 630,0 > 1.860,0 2.790,0 2.700,0 1.620,0 1.440,0 1.530,0 > 930,0 930,0 900,0 420,0 840,0 720,0 > 1.080,0 480,0 870,0 2.970,0 2.700,0 2.520,0 > 2.790,0 1.590,0 930,0 390,0 720,0 2.340,0 > 930,0 930,0 900,0 390,0 390,0 390,0 > 1.860,0 750,0 780,0 720,0 780,0 720,0 > 3.720,0 3.720,0 3.600,0 840,0 840,0 840,0 > 780,0 420,0 60,0 390,0 390,0 420,0 > 2.700,0 2.790,0 2.790,0 720,0 780,0 360,0 > 930,0 930,0 900,0 420,0 420,0 360,0 > 2.700,0 3.720,0 3.720,0 1.170,0 1.170,0 540,0 > 1.860,0 930,0 900,0 420,0 420,0 720,0 > ..... > no total são 93 dados para cada coluna. > > a minha ideia é fazer o calculo das médias entre doset-9 e doset+9 > entre -6 e +6 e entre -3 e +3. > Ana > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 30, assunto 24 > ***************************************** ----- Fim de mensagem reenviada -----

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Re: [R-br] Como extrair índices linha e coluna de um raster
by Alex 20 Jun '13

20 Jun '13

Elias, parece simples, mas não posso utilizar o centróide do pixel, pois haverá descontinuidade nas minhas amostras, conceitualmente está errado. As quadrículas (pixels) adjacentes são contínuas, mas entre um centróide e outro há descontinuidade, conceitualmente está inconsistente. Como mencionei, existe uma solução num software comercial FME (única que encontrei até então, nem mesmo no ArcGIS encontrei tal função) e o resultado da krigagem foi coerente, realmente estimei quadrículas (áreas) não amostradas. Att, Alex Santos

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teste de wilcoxon
by alanarocha＠sapo.pt 20 Jun '13

20 Jun '13

Bom dia, alguém me pode dizer como resolvo este erro sem mudar os nomes das variáveis? setwd("f:/Ana_trabalho/Cinacalset") dados<-read.table("Cinacalset_DoseT.csv",header=TRUE,sep=";",dec=",",stringsAsFactors=FALSE) colnames(dados)<-c("DoseT-9", "DoseT-6", "DoseT-3", "DoseT+3", "DoseT+6", "DoseT+9") dados[,-c(1,2,5,6,7)] DoseT-3 DoseT+3 1 900,0 900,0 2 930,0 900,0 3 2.790,0 2.700,0 4 930,0 900,0 5 480,0 870,0 6 1.590,0 930,0 7 930,0 900,0 8 750,0 780,0 9 3.720,0 3.600,0 10 420,0 60,0 11 2.790,0 2.790,0 12 930,0 900,0 13 3.720,0 3.720,0 14 930,0 900,0 15 930,0 1.800,0 16 900,0 930,0 17 1.860,0 1.860,0 18 1.800,0 1.800,0 19 390,0 270,0 20 750,0 780,0 21 930,0 900,0 22 930,0 930,0 23 540,0 450,0 24 390,0 390,0 25 1.860,0 1.860,0 26 2.340,0 2.340,0 27 210,0 390,0 28 390,0 930,0 29 1.440,0 1.350,0 30 930,0 900,0 31 1.410,0 1.560,0 32 840,0 930,0 33 900,0 930,0 34 1.860,0 1.710,0 35 900,0 600,0 36 900,0 1.860,0 37 900,0 930,0 38 900,0 930,0 39 900,0 930,0 40 900,0 930,0 41 390,0 390,0 42 900,0 930,0 43 930,0 900,0 44 2.700,0 2.790,0 45 900,0 930,0 46 900,0 930,0 47 900,0 930,0 48 900,0 930,0 49 900,0 1.860,0 50 1.800,0 930,0 51 1.800,0 930,0 52 3.600,0 3.720,0 53 1.800,0 1.860,0 54 1.860,0 1.860,0 55 1.860,0 1.860,0 56 930,0 900,0 57 360,0 930,0 58 390,0 390,0 59 1.800,0 1.860,0 60 900,0 1.860,0 61 900,0 930,0 62 930,0 930,0 63 930,0 930,0 64 930,0 900,0 65 930,0 900,0 66 900,0 930,0 67 930,0 900,0 68 2.790,0 2.790,0 69 1.860,0 1.800,0 70 390,0 900,0 71 930,0 900,0 72 360,0 390,0 73 900,0 930,0 74 930,0 930,0 75 2.520,0 2.040,0 76 900,0 840,0 77 1.680,0 2.820,0 78 1.680,0 1.860,0 79 840,0 930,0 80 930,0 930,0 81 1.680,0 1.860,0 82 1.860,0 1.800,0 83 900,0 840,0 84 930,0 1.860,0 85 930,0 900,0 86 930,0 390,0 87 360,0 360,0 88 930,0 930,0 89 930,0 900,0 90 930,0 900,0 91 840,0 1.860,0 92 360,0 360,0 93 1.800,0 1.680,0 wilcox.test(dados[,-c(1,2,5,6,7)]$DoseT-3, + dados[,-c(1,2,5,6,7)]$DoseT+3, paired=TRUE) Error in wilcox.test.default(dados[, -c(1, 2, 5, 6, 7)]$DoseT - 3, dados[, : not enough (finite) 'x' observations Ana

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Re: [R-br] Como extrair índices linha e coluna de um raster
by Alex 20 Jun '13

20 Jun '13

Thiago e Elias, primeiramente obrigado! Os polígonos são uma matriz com quadriculas que cobrem uma região e sendo que algumas foram selecionadas de forma sistemática. Em cada quadrícula selecionada houve uma análise espacial formando um índice (por exemplo: um percentual de erro). Como vou aplicar a geoestatística, para estimar quadrículas não amostradas (constatei pelo variograma que há correlação espacial) preciso que as quadrículas sejam contínuas, logo o índice das células é crucial. Ainda não testei a sugestão do Elias e em relação a função rasterToPolygons não encontrei um parâmetro para extrair a informação do índice das células. Mas considero ser uma demanda relevante, extrair todas as posições i e j de um raster (junto com o valor do respectivo pixel), como já mencionei inexistente em muitos softwares. Att, Alex Santos

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Caixa de texto no rodapé em gráfico no ggplot2
by Alisson Lucrecio 20 Jun '13

20 Jun '13

Caro Colegas, Boa noite. Eu preciso adicionar uma caixa de texto no rodapé de um gráfico formado no ggplot2, alguém poderia me ajudar. Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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Como extrair índices linha e coluna de um raster
by Alex 20 Jun '13

20 Jun '13

Thiago e Elias, primeiramente obrigado! Os polígonos são uma matriz com quadriculas que cobrem uma região e sendo que algumas foram selecionadas de forma sistemática. Em cada quadrícula selecionada houve uma análise espacial formando um índice (por exemplo: um percentual de erro). Como vou aplicar a geoestatística, para estimar quadrículas não amostradas (constatei pelo variograma que há correlação espacial) preciso que as quadrículas sejam contínuas, logo o índice das células é crucial. Ainda não testei a sugestão do Elias e em relação a função rasterToPolygons não encontrei um parâmetro para extrair a informação do índice das células. Mas considero ser uma demanda relevante, extrair todas as posições i e j de um raster (junto com o valor do respectivo pixel), como já mencionei inexistente em muitos softwares. Att, Alex Santos

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Como extrair índices linha e coluna de um raster
by Alex 19 Jun '13

19 Jun '13

Aos membros da lista. Por favor, eu gostaria de criar a partir de um dado raster um shapefile (polígono) com os seguintes atributos: - A posição (i, j) de cada célula e os respectivos valores de pixel para compor os atributos X, Y, Z com estas informações. No R existe a conversão de raster para polígono ( rasterToPolygons), mas não encontrei uma função para extrair os índices (i,j) das células do raster e colocar como atributo no shapefile. Nota: A princípio parece ser uma rotina simples, mas inexistente até mesmos nos melhores softwares de geoprocessamento, encontrei apenas no FME (comercial) mas gostaria de realizá-la em software livre. Desde já agradeço, Alex Santos

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Edição de gráficos
by Ayuni Sena 19 Jun '13

19 Jun '13

Olá Pessoal! Estou ajustando modelos lineares e não-lineares usando as funções lm, gls, nls, e gnls. Minha duvida é bem simples: preciso aumentar o tamanho da fonte dos textos dos eixos do gráfico de resíduos. Para os modelos lineares ajustados pela função lm, consegui fazer isso tranquilamente usando os comandos cex.lab e cex.axis dentro da função plot {graphics} Para os demais modelos, esses comandos não surtiram efeito. Gostaria de saber se alguem aí sabe como fazer isso dentro da função plot do pacote nlme. Abraço Ayuni

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BFAST
by Polyanne Aguiar 19 Jun '13

19 Jun '13

Olá, Alguém usa ou já usou o pacote BFAST? Att. Polyanne Aguiar

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