Abril 2013 - R-br - DINF UFPR

obter media dos coeficientes de modelos
by Maurício Lordêlo 11 Abr '13

11 Abr '13

Caros, No CMR abaixo crio uma matriz de delineamento que estah associada ao nro de tratamentos, nro de repeticoes de cada tratamento e o tempo que cada resposta (neste caso binaria) foi observada. Suponha que o vetor y seja gerado levando em consideracao que no tempo=1, a probabilidade eh 0.78; nos tempos>1, esta probabilidade eh 0.35. n.trat=3 # número de tratamentos n.rep=2 # número de repetições n.time=4 # número de tempos n.ind=n.trat*n.rep # número de indivíduos n=n.trat*n.rep*n.time # número total de registros id=rep(1:n.ind, each = n.time) # identificação do indivíduo time=rep(1:n.time, times = n.ind) # identificação do tempo trat=rep(factor(LETTERS[1:n.trat]), each = n.rep*n.time) # tratamentos y = matrix(data = NA, nrow = n, ncol = 1, byrow = FALSE,dimnames = NULL) data1=data.frame(id,time,trat,y) for(i in 1:n) { y[i]=ifelse(data1[i,2]<2,rbinom(1,1,.78),rbinom(1,1,.35)) } data2=data.frame(id,time,trat,y) data2 Neste caso tenho formado meu conjunto de dados (data2) já com os valores de y gerados. Agora vem a minha dificuldade. Preciso rodar um mesmo modelo repetidas vezes, como por exemplo: modelo1=geeglm(y~trat, id=id, data=data2, family=binomial) e depois obter uma media para cada um dos coeficientes (com seus erros-padrao) obtidos. Ou seja, terei outros conjuntos de dados gerados (com o mesmo nro de tratamentos, repeticoes e tempos) sendo que a unica diferenca estarah nos valores de y. Preciso obter a média dos coeficientes de cada um dos modelos rodados a partir destes diferentes y´s. Agradeco quem puder auxiliar. Mauricio

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Modelo misto fatorial
by Eric Ferreira 10 Abr '13

10 Abr '13

Caros colegas, Alguém poderia me ajudar com relação à análise de um fatorial duplo, em que apenas 1 dos fatores é aleatório? Suponha dois fatores qualitativos (categóricos): A um fator aleatório e B um fator fixo, compondo um fatorial duplo em DIC. 1. Vocês sugerem o uso da função lme(), lmer() ou tanto faz? 2. Como seria a sintaxe? Eu tentei: lme(resposta ~ A*B, random= ~1|A) ...mas não obtive a resposta desejada (ele inclui o intercepto na anava e gera NaN para o p-valor de A) Tentei também: lmer(Syrliglukt ~ 1|b*Produkt) ... mas ele retorna " * not meaningful for factors". Então os fatores não podem ser categóricos?? Não entendi... Obrigado pela atenção, Eric. -- Dr Eric B Ferreira Exact Sciences Department Federal University of Alfenas Brazil

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erros
by alanarocha＠sapo.pt 10 Abr '13

10 Abr '13

Bom dia, alguém me sabe esplicar que erro de aviso é este? e se é possível corrigir. setwd("f:/dados panakeia e não panakeia") dados<-read.table("CustosTratamentos.csv",header=TRUE,sep=";",stringsAsFactors=FALSE,dec=",") Warning message: In read.table("CustosTratamentos.csv", header = TRUE, sep = ";", : incomplete final line found by readTableHeader on 'CustosTratamentos.csv' names(dados) [1] "PK..." dados [1] PK... <0 rows> (or 0-length row.names) e assim não me aparecem os dados. existe alguma esplicação de porque esses avisos aparecem se sim onde? Cumprimentos Ana

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Re: [R-br] Soma de quadrados tipo III
by Thiago de Paula Protásio 09 Abr '13

09 Abr '13

Walmes; Muito obrigado pela ajuda! Essa função facilitou demais! Consegui implementá-la. Att., -- Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Departamento de Ciências Florestais Ciência e Tecnologia da Madeira (035) 9183 - 2246

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Re: [R-br] Soma de quadrados tipo III
by Thiago de Paula Protásio 09 Abr '13

09 Abr '13

Walmes; Obrigado pela dica, mas em qual pacote eu encontro essa função? -- Thiago de Paula Protásio Acadêmico de Engenharia Florestal Universidade Federal de Lavras Departamento de Ciências Florestais Ciência e Tecnologia da Madeira (035) 9183 - 2246

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Curso
by Marcio Pires 09 Abr '13

09 Abr '13

Prezados Membros Gostaria de saber se existe um curso introdutório do R em Salvador-Ba, pois existe um interesse de alguns estudantes em apreender o software. Márcio

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Obter valor médio dos pixels de uma imagem gerada por krigagem
by ASANTOS 09 Abr '13

09 Abr '13

Boa noite membros da lista, Gostaria de receber ideias para calcular o valor médio dos pixel em uma imagem gerada por krigagem em sub-regiões de interesse na imagem, por exemplo usando um exemplo do Prof. Paulo, onde ajusta-se um semivariograma e faz a krigagem ordinária dos dados: # require(geoR) plot(s100$coords, xlim=c(0,1.2), ylim=c(0,1.2), xlab="Coord X", ylab="Coord Y") loci <- matrix(c(0.2, 0.6, 0.2, 1.1, 0.2, 0.3, 1.0, 1.1), ncol=2) text(loci, as.character(1:4), col="red") polygon(x=c(0,1,1,0), y=c(0,0,1,1), lty=2) # Fitting models with nugget fixed to zero ml <- likfit(s100, ini = c(1,0.5), fix.nugget = T) # defining the grid pred.grid <- expand.grid(seq(0,1, l=51), seq(0,1, l=51)) # kriging calculations kc <- krige.conv(s100, loc = pred.grid, krige = krige.control(obj.m = ml)) # displaying predicted values image(kc, loc = pred.grid, col=gray(seq(1,0.1,l=30)), xlab="Coord X", ylab="Coord Y") # #Agora vou dividir esta área em 25 partes e lançar os centroides destas subáreas: #Centro das 25 parcela 0.2 x 0.2 p0<-c(0.1,0.1) # c0 <- seq(p0[1],p0[1]+0.9,by=0.2) d0 <- seq(p0[2],p0[2]+0.9,by=0.2) d1 <- expand.grid(x=c0, y=d0) points(d1[,1],d1[,2],col="red") ver<-c(0.0,0.2,0.4,0.6,0.8,1.0) hor<-c(0.0,0.2,0.4,0.6,0.8,1.0) abline(v=ver, col="red") abline(h=hor, col="red") # E aqui vem minha pergunta, como calcular o valor médio dos pixels contidos em cada subárea de 0.2 x 0.2? Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal Coordenador do curso Técnico em Florestas Vice Coordenador do curso de Engenharia Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br ======================================================================

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Rotação de matrizes com coordenadas geográficas em UTM
by ASANTOS 09 Abr '13

09 Abr '13

Bom dia pessoal, Estou cá de volta com o problema de rotacionar matrizes para rotacionar um grid criado com expand.grid(), o exemplo numérico que havia postado na lista esta OK, porém agora quando emprego coordenadas geográficas em UTM não estou conseguindo plotar, pois os valores no eixo x estão estranhos e o eixo y esta negativo, alguém saberia me dar alguma sugestão, segue CRM abaixo, obrigado # p0<-c(524237,7978856)### Primeiro ponto (Coordenada geográfica conhecida em UTM) points(p0[1],p0[2], col="red") # # c0 <- seq(p0[1],p0[1]+400,by=100)### Criando o grid d0 <- seq(p0[2],p0[2]+500,by=100) d1 <- expand.grid(x=c0, y=d0) plot(d1[,1],d1[,2]) # d2<-as.matrix(d1) ang<- 60 #### Angulo a ser rotacionado Q<-rbind(c(cos(ang),sin(ang)),c(-sin(ang), cos(ang))) ## Matriz de rotação drt<-d2 %*% Q # Multiplicação de matrizes points(drt[,1],drt[,2], col="red") # -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal Coordenador do curso Técnico em Florestas Vice Coordenador do curso de Engenharia Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br ======================================================================

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Modelo não linear- correção
by Fernando A. Souza 08 Abr '13

08 Abr '13

Caros colegas, Estou rodando uma série de equações não lineares, utilizando o modelo de gompertz. A minha dúvida é a seguinte: Quais estimativas eu devo fornecer para avaliação do modelo ? Eu penso em fornecer o "erro padrão residual" e o "log-likelihood". Quais a melhores informações a serem fornecidas? Abraço a todos -- Fernando Antônio de Souza Zootecnista, Dsc. Nutricão Animal, UFMG lattes: http://lattes.cnpq.br/6519538815038307

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Criando uma mascara com shapefile sobre raster
by ASANTOS 07 Abr '13

07 Abr '13

Boa tarde pessoal, Estou com um problema e não consigo criar uma mascara com um arquivo no formato shapefile sobre raster usando a função crop() do pacote raster, por algum motivo meu objeto contorno que é um SpatialLinesDataFrame não esta servido para oferecer o polígono limítrofe da área, alguém poderia me dar um help, segue CRM: require("raster") A <- stack(c("LANDSAT_5_TM_20100506_217_074_L2_BAND7.tif"))## Imagem plotRGB(A) ## Plota a imagem contorno<- readShapeLines("Catas_Altas.shp") ## Contorno da área lines(contorno, col="red")Plota o contorno C <- crop(A,contorno) ## Recorta o que esta contido no contorno na imagem Erro em .local(x, y, ...) : nenhum slot de nome "legend" para esse objeto de classe "RasterStack" -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal Coordenador do curso Técnico em Florestas Vice Coordenador do curso de Engenharia Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br ======================================================================

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