Março 2013 - R-br

Mandar email pelo R
by Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil 15 Mar '13

15 Mar '13

Amigos de R, Sei que essa questão volta algumas vezes na lista mas estou empacado. Estou fazendo um data management de um projeto em que consiste em repetidas vezes, tipo toda semana, verificar quantos voluntários entraram no proejto, dados inconsistentes, dados ausentes e coisas assim. Então, eu consegui fazer um script para esse fim em que gera um arquivo com algumas tabelas e graficos. Agora eu gostaria de incluir nesse script o envio de um email pra mim mesmo com esse arquivo, para que eu possa verificar e depois encaminhar para os outros participantes. Sei que existe o sendmailR, mas não estou conseguindo fazer funcionar. Encontrei um catatau de gente referindo o mesmo erro em diversos diferentes foruns: > sendmail(from, to, subject, body,control=list(smtpServer=" ASPMX.L.GOOGLE.COM")) Erro em socketConnection(host = server, port = port, blocking = TRUE) : não é possível abrir a conexão Além disso: Mensagens de aviso perdidas: In socketConnection(host = server, port = port, blocking = TRUE) : ASPMX.L.GOOGLE.COM:25 cannot be opened Depois, consegui encontrar essa função em um dos foruns. O autor fala que funciona, mas comigo tem dado um erro de conectividade e eu não sabendo como dar a volta nesse erro. Será que tem alguma relação com o proxy? > send.email function(to, from, subject, message, attachment=NULL, username, password, server="smtp.gmail.com:587", confirmBeforeSend=TRUE){ # to: a list object of length 1. Using list("Recipient" = " recip(a)somewhere.net") will send the message to the address but # the name will appear instead of the address. # from: a list object of length 1. Same behavior as 'to' # subject: Character(1) giving the subject line. # message: Character(1) giving the body of the message # attachment: Character(1) giving the location of the attachment # username: character(1) giving the username. If missing and you are using Windows, R will prompt you for the username. # password: character(1) giving the password. If missing and you are using Windows, R will prompt you for the password. # server: character(1) giving the smtp server. # confirmBeforeSend: Logical. If True, a dialog box appears seeking confirmation before sending the e-mail. This is to # prevent me to send multiple updates to a collaborator while I am working interactively. if (!is.list(to) | !is.list(from)) stop("'to' and 'from' must be lists") if (length(from) > 1) stop("'from' must have length 1") if (length(to) > 1) stop("'send.email' currently only supports one recipient e-mail address") if (length(attachment) > 1) stop("'send.email' can currently send only one attachment") if (length(message) > 1){ stop("'message' must be of length 1") message <- paste(message, collapse="\\n\\n") } if (is.null(names(to))) names(to) <- to if (is.null(names(from))) names(from) <- from if (!is.null(attachment)) if (!file.exists(attachment)) stop(paste("'", attachment, "' does not exist!", sep="")) if (missing(username)) username <- winDialogString("Please enter your e-mail username", "") if (missing(password)) password <- winDialogString("Please enter your e-mail password", "") require(rJython) rJython <- rJython() rJython$exec("import smtplib") rJython$exec("import os") rJython$exec("from email.MIMEMultipart import MIMEMultipart") rJython$exec("from email.MIMEBase import MIMEBase") rJython$exec("from email.MIMEText import MIMEText") rJython$exec("from email.Utils import COMMASPACE, formatdate") rJython$exec("from email import Encoders") rJython$exec("import email.utils") mail<-c( #Email settings paste("fromaddr = '", from, "'", sep=""), paste("toaddrs = '", to, "'", sep=""), "msg = MIMEMultipart()", paste("msg.attach(MIMEText('", message, "'))", sep=""), paste("msg['From'] = email.utils.formataddr(('", names(from), "', fromaddr))", sep=""), paste("msg['To'] = email.utils.formataddr(('", names(to), "', toaddrs))", sep=""), paste("msg['Subject'] = '", subject, "'", sep="")) if (!is.null(attachment)){ mail <- c(mail, paste("f = '", attachment, "'", sep=""), "part=MIMEBase('application', 'octet-stream')", "part.set_payload(open(f, 'rb').read())", "Encoders.encode_base64(part)", "part.add_header('Content-Disposition', 'attachment; filename=\"%s\"' % os.path.basename(f))", "msg.attach(part)") } #SMTP server credentials mail <- c(mail, paste("username = '", username, "'", sep=""), paste("password = '", password, "'", sep=""), #Set SMTP server and send email, e.g., google mail SMTP server paste("server = smtplib.SMTP('", server, "')", sep=""), "server.ehlo()", "server.starttls()", "server.ehlo()", "server.login(username,password)", "server.sendmail(fromaddr, toaddrs, msg.as_string())", "server.quit()") message.details <- paste("To: ", names(to), " (", unlist(to), ")", "\n", "From: ", names(from), " (", unlist(from), ")", "\n", "Using server: ", server, "\n", "Subject: ", subject, "\n", "With Attachments: ", attachment, "\n", "And the message:\n", message, "\n", sep="") if (confirmBeforeSend) SEND <- winDialog("yesnocancel", paste("Are you sure you want to send this e-mail to ", unlist(to), "?", sep="")) else SEND <- "YES" if (SEND %in% "YES"){ jython.exec(rJython,mail) cat(message.details) } else cat("E-mail Delivery was Canceled by the User") } from <- list("Recipient" = "emmanuel.brasil(a)gmail.com") to <- list("Recipient" = "emmanuel.brasil(a)gmail.com") subject <- paste0("Pendencias Nomograma de ",Sys.time()) message <- "Mensagem automática com relatório de pendências do projeto Nomograma." attachment <- 'c:/banco/nomograma/Controle_recrutamento.doc' > send.email(to,from,subject,message,attachment,'emmanuel.brasil(a)gmail.com ','...',confirmBeforeSend=FALSE) Erro em jython.exec(rJython, mail) : (62, 'Connection refused') Qualquer luz é bem vinda. Abraço forte, Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil Curriculum Lattes: http://lattes.cnpq.br/6597654894290806 Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas Fundação Oswaldo Cruz Rio de Janeiro - Brasil Av. Brasil 4365, CEP 21040-360, Tel 55 21 3865-9648 email: pedro.brasil(a)ipec.fiocruz.br email: emmanuel.brasil(a)gmail.com ---Apoio aos softwares livres www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas. www.broffice.org ou www.libreoffice.org - textos, planilhas ou apresentações. www.epidata.dk - entrada de dados. www.r-project.org - análise de dados. www.ubuntu.com - sistema operacional

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Series temporais
by edmar Caldas 14 Mar '13

14 Mar '13

Estou rodando na versão 2.11.1 e quando peço a curva normal no histograma dá uma mensagem de erro (plot.new ainda não foi chamado). Mas na versão 2.8 funciona. Estranho. Pode me ajudar por favor. Segue o código em TXT.

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"Ordenação Mergesort"
by Jackeline Bonetti Campos 14 Mar '13

14 Mar '13

Olá!Procurei no fórum e não encontrei nenhum post a respeito desse tipo de ordenação.Esse algorítimo quebra o vetor de tamanho n em subvetores e se chama recursivamente até que os subvetores tenham tamanho 1.Depois, compara dois subvetores colando na posição 1 o subvetor menor e na posição 2 o subvetor maior.E depois volta a comparar os subvetores à direita e à esquerda até ter o vetor original ordenado. Estou implementando esse algoritmo porém, não estou conseguindo dividir o vetor até que length seja = 1. mergesort=function(x){ # Função que irá dividir o subvetor ao meio subsort=function(y,z){ #Função que vai juntando ordenadamente as partes da entrada resultado=NULL tam=length(x) # Se a entrada tiver mais de um elemento, o algoritmo irá "quebrar" a entrada ao "meio" para ordenar individualmente cada entrada e depois juntar as metades já ordenadas if(tamanho>1) { meio= tam/2 esq=c[1:flor(meio)] dit=c[(meio+1):tam] esq=mergesort(esq) #vou ter que ficar aplicando o mergesort até o vetor da esquerda ter um elemento. dit=mergesort(dit) #vou ter que ficar aplicando o mergesort até o vetor da direita ter um elemento if(esq[length(esq)]<=dit[1]) #se o vetor da esquerda do tamanho da esquerda (que deve ser um) for menor ou igual a 1 { return(c(esq,dit)) #na hora de juntar o subvetor da esquerda fica primeiro. } else { subsort(esq,dit) #subsort é o vetor temporário. } } else # Se a entrada for um único elemento não existe ordenação. Se TAM<1. devolve o elemento. { return(x) } Obrigada! Att,Jackeline

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Re: [R-br] Limite de confiança em uma distribuição Beta
by Juliano Farias 14 Mar '13

14 Mar '13

Prezados, Obrigado a todos pela ajuda. A função qbeta(c(0.025,0.975),7,241) não funcionou para o que preciso. Porém, consegui solucionar utilizando o pacote "binom" com a função " binom.bayes". Atenciosamente, Juliano

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[Dúvida] Inversa da função gamma incompleta.
by Pedro Rafael 14 Mar '13

14 Mar '13

Pessoal existe algum pacote que tenha implementada a função inversa da função gama incompleta? Obrigado, Pedro Rafael Diniz Marinho.

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Limite de confiança em uma distribuição Beta
by Juliano Farias 14 Mar '13

14 Mar '13

Prezados, Vou ser mais específico. *Preciso estimar o *limite* de confiança de **uma distribuição **beta.* * * *Estou estimando a frequência de alelos resistentes a um determinado agente de controle.* * * *Para isso uso o método de inferência **bayesiana sem prévia informação.* * * *O valor de frequência é 0,008 e os parâmetros Beta (7, 241). Preciso determinar o limite inferior e superior 95% (0,025 - 0,975).* * * *Grato pela atenção.* * * *Atenciosamente,* *Juliano*

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aRT
by Gilbert Queiroz 14 Mar '13

14 Mar '13

Pessoal, estou utilizando o pacote aRT para trabalhar com dados de um db criado no TerraView. Consegui chegar até os dados das tabelas do layer. Porém, surgiu uma dúvida: é possivel modelar esses dados no R e criar uma nova coluna, ainda no R, com os resultados dessa modelagem, para ser introduzida no db original, via R ? E como seria isso??? Abs. Gilbert. PS: tem um bd chamado "peixe-boi"na página do aRT e o script correspondente que tem um comando errado...

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Compilacao do fonte, dependencias e "vanilla systems"
by Benilton Carvalho 14 Mar '13

14 Mar '13

Ola', algum de voces tem algum script, colecao de comandos, guia ou qq coisa que o valha que possa auxiliar na automacao de resolucao de dependencias e compilacao do R a partir dos fontes em ambientes "vanilla" (que nao tem nada instalado) e baseados no Fedora 18? Obrigado, b

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Limite de confiança em uma distribuição Beta
by Juliano Farias 14 Mar '13

14 Mar '13

Boa noite prezados, Preciso estimar o limite de confiança (95%) de um distribuição Beta. Alguém sabe algo sobre isso? Grato pela atenção. Juliano

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Pacote drc
by Tiago Souza Marçal 13 Mar '13

13 Mar '13

Bom dia pessoal, gostaria de saber se alguem da lista utiliza o pacote drc para estimar a CL-50. Caso tenha gostaria que me esclarecesse as seguintes dúvidas: Ele calcula a mortalidade corrigida pelo critério de Abbott? Porque as estimativas geradas por este pacote são diferentes das geradas pelo SAS e o Polo? Att. Tiago.

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