Dezembro 2013 - R-br

Novo espelho do CRAN na refião Nordeste do Brasil
by Jose Claudio Faria 26 Dez '13

26 Dez '13

Caros membros, Para os que estão mais próximos da região Nordeste do nosso imenso Brasil, gostaria de anunciar que um novo espelho (estava em fase experimental como anunciado nesta lista) foi incorporado ontem (dia de natal) e já consta na lista dos repositórios oficiais estáveis do CRAN. O link: http://nbcgib.uesc.br/mirrors/cran/ Ab, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)9100.7351 - TIM 55(73)8817.6159 - OI ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\

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Substituir valores em um vetor
by ASANTOS 24 Dez '13

24 Dez '13

Pessoal, Gostaria de substituir em dados$y todos os valores maiores que 1 por 1 , sendo: y<-rpois(100,2) x<-1:100 dados<-cbind(x,y) dados[dados[, 2] %in% >1, 2] <- 1 Porém, se utilizo >1 não funciona, mas se escolho um valor de cada vez ao invés de >1 funciona, alguém poderia me ajudar? Obrigado, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Uso de modelos mistos e graus de liberdade
by Mario Ribeiro de Moura 24 Dez '13

24 Dez '13

Prezados, bom dia, Meu nome é Mario e sou estudante de doutorado em Ecologia na UFMG. Estou tentando realizar uma análise com uso de modelos mistos, mas aparentemente falhei na construção adequada do modelo, de modo que perco graus de liberdade e inviabilizo análises posteriores. Coloquei as dúvidas comentadas juntas com o CMR abaixo. Ficaria grato caso alguém pudesse me indicar como corrigir a questão dos "g.l. desaparecidos"? ############################### INÍCIO DO CMR ############################### #Considere um experimento para avaliar o efeito de borda na abundância de uma determinada espécie. #O delineamento envolve o uso de 5 transectos paralelos dispostos a 0, 10, 25, 50, 100 m de distância a partir da borda de uma floresta. #As 5 distâncias não são consideradas independentes espacialmente (minha interpretação). #No total, existem 8 conjuntos (daqui em diante tratados como réplicas), cada um com 5 transectos. #Deste modo, uma planilha de dados brutos teria 40 linhas (8 réplicas * 5 distâncias). #Considere que machos e fêmeas respondem de modo distinto. Neste contexto, também sera desejável avaliar o efeito do sexo do espécime dentro do modelo. #Sendo assim, existe a variável categórica "sexo" (com 2 níveis, [1] macho ou [2] fêmea). #Coleta de dados #Em cada uma das 5 distâncias, de cada uma das 8 réplicas, foram medidas a abundância de machos e fêmeas (separadamente). #A planilha final contem 80 linhas (40 para machos / 40 para fêmeas). #Logo, o uso de modelos mistos para corrigir o número de graus de liberdade do experimento. #Gerando dados para simulação: #Criando variável categórica "sexo", com dois níveis (macho ou fêmea) sexo<-c(rep("macho", 40), rep("femea", 40)) #Criando réplicas (cada conjunto de 5 transectos) rep1<-c(rep(1, 5), rep (2, 5), rep (3, 5), rep (4, 5), rep (5, 5), rep (6, 5), rep (7, 5), rep (8, 5)) replica<-c(rep(rep1, 2)) #Criando pseudo-dados de abundância abundancia<-sample(1:50, 80, replace=T) #Criando a variável "distancia", a qual estara aninhada dentro de "replica" (5 distâncias em cada réplica). medidas<-c(0, 10, 25, 50, 100) distancia<-rep(medidas, 16) #Consolidando a base de dados do exemplo em um data.frame dados<-data.frame(abundancia, distancia, sexo, replica) names(dados) #Carregando pacotes necessários library(nlme) library(lme4) #Criando modelo misto (considerando 8 réplicas, havendo 10 medidas em cada réplica) m1<-glmer(abundancia~distancia*sexo+(sexo|distancia)+(distancia|replica), family=poisson) #Criando modelo nulo para teste m.null<-glmer(abundancia~1+(1|distancia)+(1|replica), family=poisson) #Teste contra modelo nulo anova (m1, m.null, test="Chisq") #Ok, diferente do modeulo nulo. #O modelo "m1" possui três parâmetros como variável explanatória (distancia + sexo + distancia:sexo). Qual a influência de cada uma na abundância? anova (m1, test="Chisq") #Aqui está o problema, segundo o output da análise realizada, não existem graus de liberdade disponíveis para o teste. Pela minha interpretação, teríamos pelo menos 7 g.l. a serem utilizados, subtraídos os 3 parâmetros em uso, ainda sobrariam 4 g.l.? #Alguém saberia indicar onde está o problema? ############################### FIM DO CMR ############################### Obrigado pela atenção, Mário Ribeiro de Moura Biólogo (CRBio 62872) e Mestre em Biologia Animal Programa de Pós Graduação em Ecologia, Conservação e Manejo da Vida Silvestre <https://www.ufmg.br/pos/ecologia/>, Universidade Federal de Minas Gerais Ecos Biota Consultoria Ambiental <http://www.ecosbiota.com.br/> Cel.: (31) 8704-8370 / (31) 9252-3712 Skype: mario.ecosbiota http://lattes.cnpq.br/5336500595805051

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Seleção de um vetor em um list
by ASANTOS 24 Dez '13

24 Dez '13

Boa tarde pessoal, Estou quebrando a cabeça com um list criado com o pacote spatstat, gostaria de selecionar o vetor $ x : num [1:906] dentro do - attr(*, "class")= chr "owin" no objeto syn.ppp abaixo, porém fiz str() e names() em vários níveis, como syn.ppp$window$units e vários outros e não consegui achar este vetor, alguém poderia me dar um help? Obrigado > str(syn.ppp) List of 5 $ window :List of 11 ..$ type : chr "mask" ..$ xrange : num [1:2] 368178 371550 ..$ yrange : num [1:2] 8246348 8249244 ..$ dim : int [1:2] 128 128 ..$ xstep : num 26.3 ..$ ystep : num 22.6 ..$ warnings: chr [1:3] "Row index corresponds to increasing y coordinate; column to increasing x" "Transpose matrices to get the standard presentation in R" "Example: image(result$xcol,result$yrow,t(result$d))" ..$ xcol : num [1:128] 368191 368218 368244 368270 368297 ... ..$ yrow : num [1:128] 8246359 8246382 8246405 8246427 8246450 ... ..$ m : logi [1:128, 1:128] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE ... ..$ units :List of 3 .. ..$ singular : chr "unit" .. ..$ plural : chr "units" .. ..$ multiplier: num 1 .. ..- attr(*, "class")= chr "units" ..- attr(*, "class")= chr "owin" $ n : int 74 $ x : num [1:74] 368987 371068 368638 368800 368424 ... $ y : num [1:74] 8248993 8246965 8248866 8249077 8248739 ... $ markformat: chr "none" - attr(*, "class")= chr "ppp" - attr(*, "rejects")=List of 5 ..$ window :List of 5 .. ..$ type : chr "polygonal" .. ..$ xrange: num [1:2] 368167 371564 .. ..$ yrange: num [1:2] 8246335 8249255 .. ..$ bdry :List of 1 .. .. ..$ :List of 2 .. .. .. ..$ x: num [1:17] 371564 371520 371370 371087 368410 ... .. .. .. ..$ y: num [1:17] 8248172 8249235 8249252 8249255 8249248 ... .. ..$ units :List of 3 .. .. ..$ singular : chr "unit" .. .. ..$ plural : chr "units" .. .. ..$ multiplier: num 1 .. .. ..- attr(*, "class")= chr "units" .. ..- attr(*, "class")= chr "owin" ..$ n : int 906 ..$ x : num [1:906] 370662 368804 370729 370616 369597 ... ..$ y : num [1:906] 8246749 8246960 8247257 8247999 8248656 ... ..$ markformat: chr "none" ..- attr(*, "class")= chr "ppp" -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos(a)cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================

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Re: [R-br] Digest R-br, volume 36, assunto 32
by Gilenio Borges Fernandes 23 Dez '13

23 Dez '13

Prezados(as) Gostaria de comentar a seguinte colocação de Walmes, "*Na minha humilde opinião, em pesquisa em agronomia, os blocos têm sido usados mais como maneira de deixar o experimento mais organizado (no sentido de layout mesmo) do que cumprir o papel de blocos. Não que esse seja seu caso. Bem, de qualquer forma, minha sugestão é de manter os blocos tem todos os modelos"* Na minha humilde opinião blocos não são usados com o objetivo de deixar o experimento mais organizado. Eles são usados com o objetivo de controlar uma causa de variação conhecida, que deve ter efeito significativo sobre a variável resposta e deve ser eliminada do erro para aumentar a eficiência experimental. Apos a execução do experimento a eficiência de blocos pode ser avaliada. Se o experimento foi planejado e executado como blocos, a análise (modelo) tem que ser processada como blocos independente de ter sido significativo (eficiente) ou não. Um esquivo que aparece em alguns textos e que deve ser evitado é usar a estatística F da ANOVA para avaliar o efeito de blocos. Um abraço, feliz Natal e próspero 2014 para todos Gilenio Fernandes Em 23 de dezembro de 2013 12:00, <r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br>escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para > r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > r-br-request(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > r-br-owner(a)listas.c3sl.ufpr.br > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Re: Funções lme e gls - modelos mistos (Cássio Dessotti) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Sun, 22 Dec 2013 21:49:50 -0800 (PST) > From: Cássio Dessotti <cassiodessotti(a)yahoo.com.br> > To: Cássio Dessotti <cassiodessotti(a)yahoo.com.br>, > "r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br" <r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br> > Subject: Re: [R-br] Funções lme e gls - modelos mistos > Message-ID: > <1387777790.52854.YahooMailNeo(a)web120603.mail.ne1.yahoo.com> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" > > Senhores, novamente meu muito obrigado pela ajuda, pelas diversas > sugestões e discussões que foram levantadas, e pelo material indicado... > tenho bastante conteúdo a analisar que foi abordado nestes emails. > > > Wagner, este mapa que você cita que poderia ser feito com os resíduos, não > é o mapa de krigagem né? Verificarei o modelo matern que você citou... > muito bem lembrado!! > > Walmes, achei muito interessante seu ponto de vista a respeito de retirar > o fator blocos do modelo. Realmente, se o experimento foi planejado com os > blocos, eles possivelmente tem sua função no modelo e devem ser > "significativos" e relevantes. Considerarei sua sugestão (observação), > optando então pelo modelo - dentre os que possuem o efeito de blocos - com > menor AIC. > > Elias, abusando um pouco mais da sua boa vontade, você sabe algum material > interessante de validação cruzada que eu possa estudar? Existe alguma > função no R que você poderia me indicar para analisar o meu modelo > escolhido? E por fim, você considera mais interessante eu aplicar o > critério de validação apenas no modelo escolhido, ou em todos os modelos > trabalhados? > > Muito obrigado a todos por todo o auxílio e atenção. > Grande abraço. > Cássio Dessotti. > > > > Em Sexta-feira, 20 de Dezembro de 2013 11:52, walmes . < > walmeszeviani(a)gmail.com> escreveu: > > Wagner e Elias já contribuíram no sentido dos testes e gráficos dos > resíduos. Eu só tenho uma observação a fazer que á a seguinte. Será que o > bloco pode ser omitido na análise? > > > Bem, quando trabalhamos em modelos de regressão em situações que não são > de experimentos planejamos, é comum testarmos e abandonarmos variáveis do > modelo. Numa situação de experimento planejado um pouco de cuidado deve ser > tomado. Nos meus cursos eu já fui questionado sobre isso. Vamos > contextualizar. Imagine um experimento fatorial com dois fatores (A e B) em > delineamento de blocos. Suponha que a interação seja não significativa. O > modelo maior considerado para os dados é > > > E(y) = constante+bloco+A+B+A:B, > > > Se a interação é nula, então eu caio no modelo logo acima desse que é > > E(y) = constante+bloco+A+B. > > > Predição de valores e testes de médias, por exemplo, seriam baseados nesse > modelo menor. Os pesquisadores não foram favoráveis a isso, diziam que não > se pode fazer isso porque a soma de quadrados (SQ) da interação se junta ao > resíduo, deixando ele maior, perdendo poder. Não exatamente. Aumenta-se SQ, > mas aumenta-se os graus de liberdade, o quadrado médio pouco se altera. > Então se o efeito de blocos for nulo pode-se abandonar do modelo? Bem, > discutindo com outras pessoas, conclui que isso não deve ser feito pelo > fato de bloco não representar tão somente um efeito no modelo mas também > uma restrição à casualização na hora de montar o experimento. Por isso > acredito que esse termo não deveria ser abandonado. > > > Na minha humilde opinião, em pesquisa em agronomia, os blocos têm sido > usados mais como maneira de deixar o experimento mais organizado (no > sentido de layout mesmo) do que cumprir o papel de blocos. Não que esse > seja seu caso. Bem, de qualquer forma, minha sugestão é de manter os blocos > tem todos os modelos. > > > À disposição. > > Walmes. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20131222/56c7ccce/atta… > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br(a)listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest R-br, volume 36, assunto 32 > ***************************************** > -- Gilenio Borges Fernandes Professor Associado IV Universidade Federal da Bahia Instituto de Matemática Departamento de Estatística Av. Adhemar de Barros, s/n – Ondina. 40.170-110 - Salvador - BA, Brasil Tel.: (071)3283-6280/6336 Fax: (071)3283-6276 URL: http://lattes.cnpq.br/6764860618464860

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Funções lme e gls - modelos mistos
by Cássio Dessotti 23 Dez '13

23 Dez '13

Olá pessoal, boa tarde!! Estou trabalhando com um grupo de experimentos em blocos ao acaso, com dados georreferenciados (x,y), buscando comparar modelos mistos (usuais) com modelos mistos que levam em conta a dependência espacial, utilizando de funções geoestatísticas na matriz de resíduos (R). Consigo construir o modelo M1 (BA) com efeito de blocos aleatório a partir da função "lme", além do modelo M2 (Exp-H) que desconsidera o efeito de blocos, e considera uma função exponencial na matriz de covariâncias para os resíduos, além de considerar variâncias diferentes para os 2 locais. 1) A primeira questão está no modelo M3 (BA-Exp-H) que deve "unir" as características dos dois anteriores, considerando efeito de blocos aleatório, função exponencial para a matriz de covariâncias, além de heterogeneidade de variâncias, porém não consegui tal realização nem por meio da função "lme", nem por "gls". Seria necessário o uso de uma outra função? Como eu poderia trabalhar com este modelo no R? 2) A segunda questão é o seguinte: a partir do modelo que eu selecionar (provavelmente por AIC), desejo extrair os resíduos condicionais estudentizados, e separá-los segundo seus locais, para que em cada local eu possa construir semivariogramas destes resíduos, verificando a "força" da dependência, e realizar a krigagem de cada área (trabalhando com os resíduos para "limpar" os dados de seus efeitos de tratamentos e demais efeitos). Posso seguir esta linha? Acredito que é um ganho de informação trabalhar com todos os locais (análise conjunta) neste sentido, ao invés de fazer todo esse processo em cada local separadamente. Muito obrigado desde já pela atenção. Abraço a todos. Cássio Dessotti. ### Segue o código (com dados fictícios) para exemplificar o meu problema: local <- as.factor(c(rep(1,6),rep(2,6))); blo <- as.factor(rep(c(rep(1,3),rep(2,3)),2)) lat <- as.factor(rep(1:3,4)) ; long <- as.factor(rep(c(rep(1,3),rep(2,3)),2)) blo_local <- as.factor(c(rep("1_1",3),rep("2_1",3),rep("1_2",3),rep("2_2",3))) trat <- as.factor(c(2,3,1,1,3,2,1,3,2,3,2,1)) resp <- c(2,1.9,1.9,1.8,2,1.9,2,2.1,2.3,2,1.9,1.8) dados <- data.frame(local,trat,blo,lat,long,blo_local,resp) require(nlme) ### M1 - BA (efeito de blocos aleatório) M1 <- lme(resp ~ 1 + trat + local + local:trat, random = list(blo_local = pdIdent(~1)), method = "REML", na.action = na.omit, data=dados, keep.data=FALSE) ### M2 - Exp H (sem efeito de blocos - função exponencial para R - heterogeneidade de variâncias nos locais) M2 <- gls(resp ~ 1 + trat + local + local:trat, weight=varComb(varIdent(form = ~ 1|local)), correlation=corExp(form=~as.numeric(as.character(lat))+as.numeric(as.character(long))|local, metric="euclidean", nugget=FALSE), method="REML", na.action=na.omit, data=dados) ### M3 - BA-Exp-H (PROBLEMA - blocos aleatórios - função exponencial - heterogeneidade de variâncias) M3 <- gls(resp ~ 1 + trat + local + local:trat, random = list(blo_local = pdIdent(~1)), weight=varComb(varIdent(form = ~ 1|local)), correlation=corExp(form = ~ as.numeric(as.character(lat))+as.numeric(as.character(long))|local, metric="euclidean", nugget=FALSE), method="REML", na.action=na.omit, data=dados)

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Ajuda em análise de trilha (path analysis)
by Alisson Lucrecio 21 Dez '13

21 Dez '13

Caro Colegas, Boa noite. Eu estou fazendo uma análise de trilha (path analysis) para um colega, entretanto nunca realizei uma análise desse tipo. Assim gostaria de uma ajuda de vocês com sugestões e materiais para consulta. Esse colega conduziu um experimento em fatorial com 4 níveis de solo e 6 níveis de amenizantes para metais pesados com cultivo de planta indicadoras. Ele determinou os metais nos solos e mediu os parâmetros de crescimento das plantas que foram cultivadas nesses solos com os amenizantes. Ele estudou relações causa e efeito com as variáveis mediadas. Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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Bootstrap ou Mont carlo - Dúvida
by Fernando Souza 20 Dez '13

20 Dez '13

Caros colegas Gostaria de ouvir a opinião de vocês a respeito da seguinte questão: Ajustei um modelo de predição de consumo de água em ovelhas em função de variáveis fisiológicas e ambientais. No entanto não tenho como fazer a validação dos valores preditos pelo modelo pois não disponho de outro banco de dados. Não conheço muito bem, mas pelo que me informei métodos bootstrap ou Mont carlo permitiria avaliar o modelo baseado na simulação de dados dentro de uma determinada distribuição amostral. A minha dúvida é: Esse procedimento pode ser utilizado como método de validação do modelo? O que vocês sugerem fazer nessa situação? att --- Este email está limpo de vírus e malwares porque a proteção do avast! Antivírus está ativa. http://www.avast.com

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Plot xyplot com 4 painéis com escala livre e com ylim diferente para cada painel
by Alisson Lucrecio 19 Dez '13

19 Dez '13

Caro Colegas do grupo r-br, Boa tarde. Eu preciso plotar um gráfico no lattice com 4 painéis com escala livre (scales =list(relation = "free")) e como y limite "ylim", entretanto não estou conseguindo definir um função para os ylim diferente em cada painel. Você poderiam me ajudar? Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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Transformação Box Cox
by ana paula coelho madeira 19 Dez '13

19 Dez '13

Boa tarde pessoal, Tenho uma variável resposta constituída de comprimento de raízes, porém tenho muitos valores zero (a planta não desenvolveu a raiz). Tentei fazer uma transformação de box-cox para tentar normalizar os dados, porém quando fiz: boxcox(MVR ~ FTR, data = dados, lambda = seq(-1, 1, 0.1)) Error in boxcox.default(MVR ~ FTR, data = dados, lambda = seq(-1, 1,0.1)) : response variable must be positive Isso ocorre devido ao excesso de zeros? Alguma sugestão de como modelar os dados?Desde já agradeço Ana Paula

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