Outubro 2013 - R-br

erro na validação cruzada com pacote geoR (Éder Comunello)
by Wenceslau Teixeira 22 Out '13

22 Out '13

Message: 1 Date: Sun, 20 Oct 2013 15:01:59 -0300 From: Éder Comunello <comunello.eder(a)gmail.com> To: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] erro na validação cruzada com pacote geoR Message-ID: <CABmC8g=yZ1eCQXA_hNp_iOrP9v8CqNztVLBYN4dgCtHMy7Z9cQ(a)mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1" Caros, Aproveitando a discussão para aprender sobre a validação de modelos em geoestatisticos. Dado que estest modelos e tecnicas são novas para mim. A krigagem é um estimador exato se o numero de pontos estimados for o mesmo dos avaliados, não ? Se eu estimar 10.000 valores para um universo de 1000 valores medidos. Os valores estimados para os 1000 pontos avaliados serão os mesmos valores ? Saudações geoestatisticas Wenceslau Teixeira Embrapa Solos _________________________________________________ Prezado Helio, boa tarde! Pensando melhor sobre a questão do resíduo, o que coloquei no email anterior não faz muito sentido, já que a krigagem é um estimador exato e a operação retornaria praticamente o próprio valor inicial (e o resíduo tenderia ser zero/nulo). O que faria sentido seria separar o efeito da tendência ('drift') e descontar esse valor dos dados originais, tendo aí sim o resíduo a ser modelado (sem o efeito da tendência). Para o produto final teria que somar o drift novamente para retornar os valores. Acredito que não seja muito difícil de fazer no R, mas só tentando fazer pra ver. Fui dar uma conferida no seu post antigo sobre o erro na validação cruzada: < http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-erro-na-validacao-cruzada-td4659526.… > Mas o link dos dados não está mais disponível... <https://www.dropbox.com/s/tfml7zjpc7hmbc3/dados250.txt> Se importaria em dispor esses dados novamente? Atte.

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tapply
by geovane barbosa 22 Out '13

22 Out '13

Olá pessoal tudo bem, estou com uma dúvida. Estou sando a função tapply da seguinte forma : tapply(pressaoarterial, raca9, mean,na.rm = TRUE) # só que nesse caso ele me retorna o valor médio da pressão por raça, eu gostaria de introduzir mais uma variável que é atividade física caracterizada por 4 variáveis. Logo, seria visto a média da pressão arterial nas raças dividas por períodos de atividade física. grato #################################### #################################### Prof. Geovane Carlos Barbosa UCL - Faculdade do Centro Leste ################################### ###################################

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Duvida rcpp, como remover um elemento de um vetor no código C++
by Augusto Ribas 20 Out '13

20 Out '13

Ola pessoal. Eu estou com uma dificuldade em como fazer uma chamada recursiva usando o Rcpp. Por curiosidade, eu estava fazendo alguns códigos aqui usando o Rcpp, só por experiencia. Ai eu estava implementando o código para o insertion sort ( http://pt.wikipedia.org/wiki/Insertion_sort) Minha duvida é a seguinte: #Suponha que eu tenho um vetor qualquer: vetor<-sample(100) vetor #Iterativamente, eu fiz um código para usar com o Rcpp assim: library(Rcpp) cppFunction(" NumericVector insertionsortC(NumericVector vetor) { int n = vetor.size(); double aux; int i , j; for(i=1;i<n;i++) { aux=vetor[i]; j=i-1; while(j>=0 && vetor[j]>aux) { vetor[j+1]=vetor[j]; j=j-1; } vetor[j+1]=aux; } return vetor; } ") #Funcionou beleza. Ai eu fui tentar repetir a tentativa, recursivamente cppFunction(" NumericVector insertionsortRC(NumericVector vetor, int n) { double aux; int i; if(n>1) { insertionsortRC(vetor,n-1); aux=vetor[n-1]; i=n-1; while(vetor[i-1]>aux && i>=0 ) { vetor[i]=vetor[i-1]; i--; } vetor[i]=aux; } return vetor; } ") #E assim funcionou blz, mas eu tive que começar a mandar o argumento n, #que é o tamanho do vetor #o que eu queria é fazer algo aqui, na chamada recursiva #insertionsortRC(vetor,n-1); #sei la, se eu conseguir tirar o ultimo elemento, eu posso suprimir esse n-1 #Eu não entendo de Rcpp e C++ muito bem. #Mas tem uma forma simples de mudar o tamanho do vetor, ou arrancar o ultimo elemento dele #algo tipo vetor.pop() #pra fazer a chamada ficar tipo #vetor.pop(); #insertionsortRC(vetor); #que ai no inicio da chamada eu uso o int n = vetor.size(); igual ao formato iterativo. #Bem, espero não estar sendo muito confuso na pergunta e que a função funcione. #Mas imagino que deve ser super simples isso. Agradeço a atenção desde ja :) -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://recologia.com.br/ <http://augustoribas.heliohost.org> Github: https://github.com/Squiercg Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056

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(sem assunto)
by Fátima Lima Paula 20 Out '13

20 Out '13

Pessoal, o Fernando me ajudou a agregar com 2 variáveis. Agora preciso agregar estratificando. Ou seja, idade=c("1","3","2","2","1","2","1","3","1","3") sexo <- c("1","1","2","2","1","2","1","1","1","1") tcont <- c(100,320,24,256,134,290,18,34,15,121) read <- c("s","n","n","n","s","s","s","n","n","s") dados <- data.frame(sexo,tcont,read) dados dados$read <- as.numeric(ifelse(read == 's', 1, 0)) dados Agora quero que o resultado fique assim: sexo idade tcont read 1 1 1 2 1 2 3 1 3 4 2 1 5 2 2 6 2 3 O tcont será a soma e a coluna de read terá a quantidade de readmissões estratificada. Alguém pode me ajudar? Obrigada Fátima -- "Minha felicidade depende da qualidade dos meus pensamentos"

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mensagem de erro em simulacao
by Maurício Lordêlo 19 Out '13

19 Out '13

#Caros, #Estou fazendo uso da função "bild" pertencente ao pacote com mesmo nome. #Nos dados que são usados como exemplo do pacote (locust) temos: install.packages("bild") require(bild) locust2 <- bild(move ~ time+feed, data = locust,start = NULL, aggregate = feed, dependence = "MC1R") summary(locust2) #O programa retorna os resultados sem problemas, como mostrado abaixo: Call: bild(formula = move ~ time + feed, data = locust, aggregate = feed,start = NULL, dependence = "MC1R") Number of profiles in the dataset: 24 Number of profiles used in the fit: 24 Log likelihood: -1537.923 AIC: 3085.845 Coefficients: Label Value Std. Error t value p-value (Intercept) 1 -1.048305 0.30730336 -3.411 0.000647 time 2 1.572124 0.14600334 10.768 0.000000 feed1 3 -3.161945 0.43072021 -7.341 0.000000 log.psi1 4 1.070874 0.09833972 10.890 0.000000 Random effect (omega): Value Std. Error -0.03532051 0.34195846 Message: 0 #Porém, se faço warnings() #Ele me retorna Mensagens de aviso: 1: In sqrt(prob * (1 - prob)) : NaNs produzidos 2: In sqrt(prob * (1 - prob)) : NaNs produzidos 3: In sqrt(prob * (1 - prob)) : NaNs produzidos 4: In sqrt(prob * (1 - prob)) : NaNs produzidos #Mesmo com estas mensagens consigo obter os resultados. #O problema surge quando peço para simular muitos ajustes deste modelo. #Por exemplo, n.time=4 #numero de medidas no tempo n.trat=3 #numero de tratamentos n.rep=10 #numero de repeticoes ns=15 #numero de simulacoes n.ind <- n.trat * n.rep #numero de individuos n <- n.trat * n.rep * n.time #numero total de registros id <- rep(1:n.ind, each = n.time) #identificacao do individuo time <- rep(1:n.time, times = n.ind) #tempo trat <- rep(factor(LETTERS[1:n.trat]), each = n.rep*n.time) #tratamentos dados=data.frame(id,time,trat) #estrutura do banco de dados #funcao para gerar resposta binaria z <- function() { y <- integer(n) for(i in 1:n) y[i] <- rbinom(1,1,.5) return(y) } repet <- replicate(ns, z(), simplify = FALSE) #funcao para obter as estimativas coef_bild <- function(y) { dat <- data.frame(dados, y=z()) coefs=bild(y ~ trat+time, data = dat, start=NULL,dependence="MC1R")@coefficients coefs_bild=coefs[1:4] } #lista dos coeficientes ajustados coefs_ajust <- do.call(rbind, lapply(repet, coef_bild)) #obtencao das medias dos coeficientes estimados media_coefs <- apply(coefs_ajust, 2, mean) #Com apenas ns=15 ele me dá as mensagens de aviso sem eu pedir (as mesmas do exemplo para o conjunto de dados "locust"), mas me retorna o que preciso. #Quando coloco ns=2000 (que é a quantidade que preciso) demora bastante tempo, não retorna o que preciso e emite a mensagem: Error in solve.default(Info) : system is computationally singular: reciprocal condition number = 1.69179e-16 In addition: There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50) #As 50 ou mais mensagens são as mesmas que aparecem quando rodo com uma quantidade menor . Alguém tem alguma dica ou forma de conseguir estes resultados para o número de simulações que desejo? # Caso nao encontre uma solução, verifiquei que com ns=100 ele faz. Tentei fazer um "for de 1 a 20, com ns=100" das funções que defini como "z" e "coef_bild" e depois concatenar, mas não consegui. Em último caso, peço ajuda a quem saiba fazer para este caso específico. #Agradeço antecipadamente, #Maurício

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Materiais de programacao gratuitos
by Benilton Carvalho 19 Out '13

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https://github.com/vhf/free-programming-books/blob/master/free-programming-… divirtam-se

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Notação potências de dez (Gráficos)
by Eric Leandro 18 Out '13

18 Out '13

Boa tarde pessoal Tenho uma dúvida quanto a intervalo com potências de dez no R. Quando dou este comando : plot(areadrenagem,vazao, xlab="Área drenagem (m²)",ylab="Q(m³/s)",pch=16,xlim=range(0:5e+12),ylim=range(0:150000)), No eixo x aparece 1e+12..... 5e+12, como eu faria para aparecer neste formato : 2.1012 ..... 5.1012. ATT Eric Leandro Silva Pereira Mestrando em Clima e Ambiente Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia Programa de Grande Escala da Biosfera-Atmosfera na Amazônia Av. André Araújo, 2936 - Aleixo, CEP 69060-001, Manaus - AM.

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Substituir NA em data.frame 1 por dados data.frame 2
by Alisson Lucrecio 18 Out '13

18 Out '13

Caro Colegas da r-br, Boa noite. Eu tenho 2 data.frame, uma com dados originais publicado e outra como dados gerados a partir de dados de estação climatológicas do Brasil. A primeira data.frame tem alguns NA, os quais preciso substituir pelos valores calculado, assim preciso fazer uma função que encontre o valor e substitua pelo valor na data.frame 2, entretanto essas duas data.frame não tem e numero de linha e ordem. Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa

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função 'relógio'
by Teodoro Calvo 17 Out '13

17 Out '13

Olá, mais uma vez recorro a vocês. hehe Gostaria de saber se existe alguma função "relógio", onde eu possa criar uma estrutura de repetição que seja executada a cada 'x' minutos por exemplo. Muito obrigado. Att Téo Calvo.

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Duvida sobre rlm()
by Luiz Henrique da Conceicao Leal 17 Out '13

17 Out '13

Pessoal, estou com dúvidas para interpretar os resultados abaixo. O intercepto estimado (em cada caso) é uma média ponderada? Quais seriam os pesos? Desde já agradeço a ajuda. summary(rlm(y~1,method="M",scale.est="Huber",k2=1.345))$coefficients summary(rlm(y~1,method="M",weights=1/uncer^2,scale.est="Huber"))$coefficients summary(rlm(y~1,method="MM",weights=1/uncer^2))$coefficients Luiz Henrique.

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