Setembro 2012 - R-br

Problemas com rgl!
by Ivan Bezerra Allaman 08 Set '12

08 Set '12

Boa tarde senhores! Ao rodar um gráfico em 3D com a rgl percebi que estava muito lento, travando. Então descobri que não estava instalado o driver de vídeo da minha máquina. Ao instalar e tentar usar a rgl obtive erros. Então removi o pacote que estava dentro do usr blablab e tentei reinstalar o pacote sem sucesso com o seguinte erro: * installing *source* package ‘rgl’ ... ** package ‘rgl’ successfully unpacked and MD5 sums checked checking for gcc... gcc -std=gnu99 checking whether the C compiler works... yes checking for C compiler default output file name... a.out checking for suffix of executables... checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E checking for gcc... (cached) gcc -std=gnu99 checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... (cached) yes checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... (cached) none needed checking for libpng-config... yes configure: using libpng-config configure: using libpng dynamic linkage checking for X... libraries , headers checking GL/gl.h usability... yes checking GL/gl.h presence... yes checking for GL/gl.h... yes checking GL/glu.h usability... yes checking GL/glu.h presence... yes checking for GL/glu.h... yes checking for glEnd in -lGL... yes checking for gluProject in -lGLU... yes checking for freetype-config... yes configure: using Freetype and FTGL configure: creating ./config.status config.status: creating src/Makevars . . . Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rgl', details: call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) error: impossível carregar objeto compartilhado '/usr/local/lib/R/site-library/rgl/libs/rgl.so': libGL.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory Erro: loading failed Execução interrompida ERROR: loading failed * removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/rgl’ The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpS6wZHV/downloaded_packages’ Mensagens de aviso perdidas: In install.packages("rgl") : installation of package ‘rgl’ had non-zero exit status Já pesquisei em vários lugares, instalar várias coisas e o erro persiste. Grato se alguém puder ajudar. Utilizo o mint 13 maya ubuntu. Abraços! \begin{signatu <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

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rJava
by William Amorim 08 Set '12

08 Set '12

Oi, estou tentando usar o pacote rJava mas, quando tento carregá-lo, aparece esse erro: > require(rJava) Carregando pacotes exigidos: rJava Error : .onLoad falhou em loadNamespace() para 'rJava', detalhes: chamada: stop("No CurrentVersion entry in '", key, "'! Try re-installing Java and make sure R and Java have matching architectures.") erro: objeto 'key' não encontrado Alguém teria uma solução?

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Mensagem de erro
by Renato Braga 07 Set '12

07 Set '12

Lista, o que significa o erro "Unrecognized record type 7, subtype 18 encountered in system file" na importação de uma base de dados do SPSS (.sav)? Obrigado,

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Re: [R-br] Séries Temporais dividir dados em teste e treino
by Hugo Sena 06 Set '12

06 Set '12

Obrigado Alisson<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=user_nodes…> Já tentei aplicar e não consigo. Alguém pode ajudar como se faz neste caso, tipo (80% de teste 20% de treino). Será que posso e/ou é mais fácil se dividir os dados manualmente em 2 ficheiros? O exemplo poderá ser com estes dados. http://robjhyndman.com/tsdldata/data/cola.dat Já googlei e não consigo aplicar. Cumps.

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Como substituir caracteres de um data frame por valores numéricos?
by Elisa Barreto 06 Set '12

06 Set '12

Bom dia, tenho um data frame composto por quatro caracteres "a","g","t" e "c". Nas linhas do data frame estão as espécies (sp1, sp2, sp3 ...) e nas colunas estão os sítios, que vão de 1 a 320 e podem conter qualquer um dos quatro caracteres. Gostaria de transformar todos os caracteres "a" e "g" do data frame em 1 e todos os caracteres "t" e "c" em 2. Como faço isso? Tentei usar o *transform*, mas não consegui. Obrigada, -- Elisa

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Plot
by Stephan M. CARVALHO 05 Set '12

05 Set '12

Boa noite amigos do R, Estou precisando de uma ajuda para plotar uma figura! Na verdade é algo bem simples, pois preciso somente plotar meus dados médios e o desvio padrão. O grande problema é que quando uso o pacote gplots ele não mantem a proporção no eixo x, o que acaba distorcendo os dados. Abaixo tem uma tentativa minha usando a função "plot", mas ainda não consegui uma saída pra plotar a média + desvio padrão. Por acaso alguém tem uma solução???? Att, Stephan par(cex.lab=2,cex.axis=2,bty="n",yaxs="r",xaxs="r",lwd=2,family="",mar=c(5,5,2.5,2.5),mex=1.7) plot(M1~Conc,ylim=c(0,0.015),yaxt="n",xaxt="n",type="b",ylab="v(OD/min)",xlab="[AcSCh](mM)") y=seq(0,0.015,0.003) axis(2,y,cex.axis=1.6) x=c(0.0,0.006,0.009,0.012,0.018,0.024,0.051,0.099,0.201,0.399,0.0624,1.251,2.5,5,10,20,30,40,50,60,70,80) axis(1,x,cex.axis=1.5) Conc M1 M2 1 0.006 0.001878293 0.002188962 2 0.006 0.001979844 0.002324205 3 0.006 0.001923994 0.002458228 4 0.009 0.002777392 0.002851871 5 0.009 0.002666793 0.003053945 6 0.009 0.002961166 0.002890259 7 0.012 0.003439677 0.003595863 8 0.012 0.003258286 0.003884679 9 0.012 0.003643608 0.004078671 10 0.018 0.004100375 0.004927258 11 0.018 0.004246799 0.004782028 12 0.018 0.004502533 0.005023878 13 0.024 0.005001329 0.005659239 14 0.024 0.005206655 0.005692063 15 0.024 0.005172655 0.005850228 16 0.051 0.006123975 0.006956247 17 0.051 0.005811863 0.007316030 18 0.051 0.006167323 0.006911872 19 0.099 0.006962573 0.007377967 20 0.099 0.007139235 0.008086381 21 0.099 0.006480800 0.008198115 22 0.201 0.007123331 0.008603852 23 0.201 0.007168465 0.008660410 24 0.201 0.007407053 0.008852498 25 0.399 0.006926494 0.008316612 26 0.399 0.007173567 0.008623142 27 0.399 0.007018680 0.008502061 28 0.624 0.006472567 0.008146881 29 0.624 0.007144195 0.008449461 30 0.624 0.006987643 0.007874225 31 1.251 0.005747177 0.007065195 32 1.251 0.006040083 0.007266183 33 1.251 0.006227965 0.006856509 34 2.500 0.006262694 0.007632029 35 2.500 0.006196804 0.007620238 36 2.500 0.006325028 0.007639225 37 5.000 0.006178142 0.007060139 38 5.000 0.006097117 0.006880805 39 5.000 0.006209771 0.006781390 40 10.000 0.005537297 0.006051157 41 10.000 0.004966642 0.006025582 42 10.000 0.005145429 0.006104559 43 20.000 0.004470247 0.005349909 44 20.000 0.004525358 0.005015830 45 20.000 0.004317146 0.005267166 46 30.000 0.004269059 0.004942385 47 30.000 0.003840345 0.004537099 48 30.000 0.004240015 0.004720365 49 40.000 0.003817233 0.004359037 50 40.000 0.003796501 0.004416372 51 40.000 0.003692410 0.004425881 52 50.000 0.003174361 0.003873741 53 50.000 0.003279383 0.003953878 54 50.000 0.003280700 0.004253781 55 60.000 0.002868184 0.003442964 56 60.000 0.003055768 0.003253154 57 60.000 0.002782196 0.003396175 58 70.000 0.002111723 0.003052187 59 70.000 0.002271047 0.002656482 60 70.000 0.002223503 0.002681296 61 80.000 0.001827056 0.001720578 62 80.000 0.001311233 0.001930022 63 80.000 0.001532169 0.001639464 -- *************************************************** STEPHAN M. CARVALHO "Honeybee protection and ecotoxicology" Universidade Estadual Paulista Centro de Estudo de Insetos Sociais Av. 24A, 1515 Bela Vista 13.506-900 Rio Claro/SP Brazil smalfitano(a)uol.com.br msn: pefasmc(a)hotmail.com / Skype: smalfitano +55 19 3526-4284 (university) +55 19 3534-8523 (fax) +55 35 9103-9822 (mobile) +55 35 9949-0707 (mobile) Antes de imprimir, pense no ambiente! Before printing, think in the environment! Avant d'imprimer, pensez à l'environnement! ***************************************************

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Intervalo de Confiança para Binomial Negativa...
by andrebvs 05 Set '12

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RgoogleMaps e rgdal
by Mauricio Cardeal 05 Set '12

05 Set '12

Olá caros mestRes ! Estou reenviando essa mensagem porque não tenho certeza de que ela chegou à lista, uma vez que não recebi no meu email a notificação. Estou tentando plotar alguns pontos (latitude e longitude) no mapa de Monte Santo, Bahia, para uma pesquisa em genética médica, através do Rgoogle e rgdal, mas o mapa que aparece ao final não é o de Monte Santo, apesar de as coordenadas estarem de acordo com as de Monte Santo. O código não apresenta erro, mas o resultado não está certo. Uso o Ubuntu 12.04, o R 2.15.1 e o ESS/Emacs. O que estou fazendo errado ? Segue o CMR: #bibliotecas library(RgoogleMaps) library(rgdal) #dados de latitude bdlt <- c(-43.565,-43.564,-43.563,-43.565,-43.564) #dados de longitude bdlg <- c(-10.518,-10.466,-10.412,-10.516,-10.474) dados <- as.data.frame(cbind(bdlt,bdlg)) names(dados) <- c("lat","lon") attach(dados,warn.conflicts=F) dados dados$size <- "tiny" dados$col <- "red" dados$char <- "" #get the bounding box: bb <- qbbox(lat = dados[,"lat"], lon = dados[,"lon"]) #download the map: mapa <- GetMap.bbox(bb$lonR, bb$latR, destfile = "dados.png", GRAYSCALE =F, markers = dados); #determine the max zoom, so that all points fit on the plot zoom <- min(MaxZoom(latrange=bb$latR,lonrange=bb$lonR)); plot.new() PlotOnStaticMap(mapa,lat = dados[,"lat"], lon = dados[,"lon"], cex=1.5,pch=20,col=c('blue', 'green', 'red'),add=F); Agradeço a ajuda, Mauricio Cardeal Complexo Hospitalar Universitário Prof. Edgard Santos Pós-graduação Processos Interativos dos Órgãos e Sistemas Instituto de Ciências da Saúde Universidade Federal da Bahia

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Re: [R-br] RgoogleMaps e rgdal
by Elias T. Krainski 04 Set '12

04 Set '12

Troquei os pacotes. É necessário o pacote plotGoogleMaps. Corrigindo: y <- c(-43.565,-43.564,-43.563,-43.565,-43.564) x <- c(-10.518,-10.466,-10.412,-10.516,-10.474) require(sp) xy <- SpatialPoints(cbind(xy)) require(plotGoogleMaps) plotGoogleMaps(xy) Elias T. Krainski >________________________________ > De: Mauro Sznelwar <sznelwar(a)uol.com.br> >Para: Elias T. Krainski <eliaskrainski(a)yahoo.com.br> >Enviadas: Terça-feira, 4 de Setembro de 2012 22:06 >Assunto: Re: [R-br] RgoogleMaps e rgdal > > > >Tentei rodar e veja o resultado: > >> plotGoogleMaps(x,y) >Erro: não foi possível encontrar a função "plotGoogleMaps" > >Veja se isso serve: >> >> >>y <- c(-43.565,-43.564,-43.563,-43.565,-43.564) >> >>x <- c(-10.518,-10.466,-10.412,-10.516,-10.474) >> >> >>require(sp) >>xy <- SpatialPoints(cbind(xy)) >> >> >> >>require(RgoogleMaps) >>plotGoogleMaps(xy) >> >> >>Att. >>Elias T. Krainski >> >> >>>________________________________ >>> De: Mauricio Cardeal <mcardeal2010(a)gmail.com> >>>Para: r-br(a)listas.c3sl.ufpr.br >>>Enviadas: Terça-feira, 4 de Setembro de 2012 15:36 >>>Assunto: [R-br] RgoogleMaps e rgdal >>> >>> >>>Olá caros mestRes ! Estou reenviando essa mensagem porque não tenho certeza de que ela chegou à lista, >>>uma vez que não recebi no meu email a notificação. >>> >>>Estou tentando plotar alguns pontos (latitude e longitude) no mapa de Monte Santo, Bahia, >>>para uma pesquisa em genética médica, através >>>do Rgoogle e rgdal, mas o mapa que aparece ao final não é o de Monte Santo, >>>apesar de as coordenadas estarem de acordo com as de Monte Santo. >>>O código não apresenta erro, mas o resultado não está certo. >>> >>>Uso o Ubuntu 12.04, o R 2.15.1 e o ESS/Emacs. >>> >>>O que estou fazendo errado ? Segue o CMR: >>> >>>#bibliotecas >>>library(RgoogleMaps) >>>library(rgdal) >>> >>>#dados de latitude >>>bdlt <- c(-43.565,-43.564,-43.563,-43.565,-43.564) >>>#dados de longitude >>>bdlg <- c(-10.518,-10.466,-10.412,-10.516,-10.474) >>>dados <- as.data.frame(cbind(bdlt,bdlg)) >>>names(dados) <- c("lat","lon") >>>attach(dados,warn.conflicts=F) >>>dados >>> >>>dados$size <- "tiny" >>>dados$col <- "red" >>>dados$char <- "" >>>#get the bounding box: >>>bb <- qbbox(lat = dados[,"lat"], lon = dados[,"lon"]) >>> >>>#download the map: >>>mapa <- GetMap.bbox(bb$lonR, bb$latR, destfile = "dados.png", GRAYSCALE =F, >>>markers = dados); >>> >>>#determine the max zoom, so that all points fit on the plot >>>zoom <- min(MaxZoom(latrange=bb$latR,lonrange=bb$lonR)); >>>plot.new() >>>PlotOnStaticMap(mapa,lat = dados[,"lat"], lon = dados[,"lon"], >>> cex=1.5,pch=20,col=c('blue', 'green', 'red'),add=F); >>> >>>Agradeço a ajuda, >>> >>>Mauricio Cardeal >>>Complexo Hospitalar Universitário Prof. Edgard Santos >>>Pós-graduação Processos Interativos dos Órgãos e Sistemas >>>Instituto de Ciências da Saúde >>>Universidade Federal da Bahia >>> > >

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Re: [R-br] Erro GVim+R
by Roney Fraga 04 Set '12

04 Set '12

Jakson, Tinha instalado o vim-r-plugin pelo yaourt do Arch Linux, que é uma instalação via terminal, simples e fácil. Pressupondo que o erro poderia ter origem na forma de instalação, resolvi seguir passo a passo o material elaborado por você e por Jose Claudio Faria, que por sinal está muito bem feito, mas o erro continua. Também tentei usar o vim pelo terminal, mas não resolveu. Talvez não exclui todos os arquivos da primeira instalação, basta substituir os arquivos em ~/.vim ou eles ficam salvos em outro lugar e devo deletá-los? Ao selecionar várias linhas e executá-las com '\ss' as vezes aparece no console do R: source("/tmp/r-plugin-roney/Rsource-9742-JD.R") Obrigado pela ajuda Roney

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